sp|O04212|Y2090_ARATH ----> Putative ABC1 protein At2g40090
Intron 1 GTGTTTAATT ... TTCTTCAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.27 | 8 | 2 | 4 |
| A2 | 10 | 18 | 1 | 3 |
| A3 | 24.44 | 17 | 8 | 3 |
| A4 | 7.69 | 6 | 1 | 0 |
| A5 | 14.29 | 3 | 0 | 1 |
| A6 | 10.34 | 26 | 5 | 1 |
| A7 | 21.21 | 26 | 12 | 2 |
| A8 | 9.52 | 19 | 2 | 2 |
| A9 | 13.85 | 28 | 7 | 2 |
| A10 | 20 | 26 | 6 | 7 |
>TRINITY_DN41701_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformTGCTGTGGTTAGGTATCCCTTGAAAGCTTGAAGCCCTTCTGCTACAACTATAAAATACGTGTCCAAGGGAGAAACCGGGAATGTCGACAGAGGGAAGACCGACATGGCGTCCAGATCTCTCACTCTCACTCGCCTACTGCGCCCGCGATCTTGTTTATCAATGGGAAATCCTCAATTGCTTGGGCATTCTTCTTCATTCA
GAAGGTGGTCGACAACAGATGCCCAGAACGTTCACAGGGGTGGGAAGTGGATTCGAAGGGTGATGTTCGGGGGATCGTTTGTAGGTCTGGGTGCCCTCGGCTGCCTGTCTCTCGGGTGGGACACCGATTTCTCAAGGACGCTCAAGGTCTTATGGGCGCTGCCTATTCGCCTTGGCCGGGATGCTCTCACTGCTGCCACC
ATTGCGATTGATTATGAATATTCATTATGGGGATTGCCGGAAGGAAGCATTGAGAGAACAATGGCAAAACATGAAGTGCACCTTCGATGTGCGAATAGACTTCAACAATTATGTTTCCAGAATGGTGGAATCTATATTAAGCTTGGGCAACATATTGGGCAATTGGAATACCTAATTCCTGAGGAATACGTACAGGTTAT
GAGGGCATCAATGCTGAACAAGTGTCCTGTATCTTCGTATGCACAAGTCTGTGATGTGTTTATGAAAGAACTAGGCAAGCTTCCACATGAAGTGTTCTTGGAGTTTGACCGGATTCCGTTGGCAAGTGCTTCACTTGCTCAAGTGCATGCTGCTCGCACCCATGATGGCAGGAAAGTTGCTGTCAAGGTTCAGCACACAC
ATTTGACAGACACAGCAGCTGTGGATACTGCCACTGTAGAGTTGGTTGTCAATATTTTGTATTGGATTTTTCCTGCATTTGATTATAGGTGGCTAATTGATGAAGTGCACGAGAGTCTTCCAAAGGAGCTAGATTTCCTGTACGAGGCAAAGAATAGTGAACAGTGTGTTTATAATTTCAAAAGATTATCTCCTCATCTT
GCACCTTATGTTTATATTCCCAAAGTTTATTGGAATTTGAGTACATCAAGATTGATGACGATGGAGTTCATGGATGGAGTCGGAGTCACTGATGTGAATGCCATCAAGCGACTTGGAATTCGGCCAAGTGATGTTGCAAAACTGATAAGCCAGGCTTTTGCAGAGATGATTTTCAAACATGGATTTGTGCATTGTGACCC
ACATGCCGCAAACATGATGGTTCAGGTTGCACCCTCTGGTAAAACAGGCATCCTGGGTAAAAAAAAACCACAGTTGGTATTACTTGACCATGGTTTATATAGGGTGCTTGAACCATCAACACGGGCACACTATGCTAAGCTTTGGAAGTTCATGTGCAGGCTCTTGTGTTTGCAGATGTCAAGGGGATAAAGGAGAATAG
TGTCAAATTAGGTGCAGGTGAGGATCTCTATGTGCTTTTTGCTGGTATTCTAACAATGAGGCCATGGCAGAAGGTGCTTGATCCAGCAATCGACCATTTACGTTTGAATGGGACTGATGCTGATCGTGCTGAACTTCAGATGTATGCATCACAATATTTCATGCAAATTTCAGAGCTTTTGAAGAGACTTCCTCGTGTAA
TTCTATTGCTTCTGAAGACTAATGACTGCTTACGTGCGGTGGATAATGCCCTGGGAGCATCTGTCAACACGTATGTCATCATTGGGAGAGTCTCATCAATGGCAGTTGCTGAGATGCAGCTGTCACAAGGGTCATCTATTTGGTCAAGTTTGAGTATTTATTTAGATAAGTTGGAAGTGGAAGCTCGTCTCCTTGCTTTA
CAAGTTGCTGCTTGGCTTATGAGCCTTCAAAGATTTTTGAGCTCATTTGGTATGAGATTGGGGTTCAGGGAGCAGGTATTGTAGTATAGCAGGTATTTATACTCGGTTGTATTTCTGAGGATTCAATTCTTTCCATCAAGGTGAGGACCTTCATGGGACTCTTTTTTACATGGTAAGCGGAAATGTATTTCTCGGAAAAG
GTATATGCAATTTTCTGTGACATGGATTGAAATATAATTTTTTTCAATACCTTGATTCAGAAAAAGCATGGTATCAAGAATAGTGCCATTGATATCAATAAGAGAACAATGTATCCTGTCATAATTTTCCTTGATGATGACAACTTTGATTTCCAAAAAATTGTTGTGTTGTCTATTTATTGCTTATTACATGC
>TRINITY_DN41701_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGCTGTGGTTAGGTATCCCTTGAAAGCTTGAAGCCCTTCTGCTACAACTATAAAATACGTGTCCAAGGGAGAAACCGGGAATGTCGACAGAGGGAAGACCGACATGGCGTCCAGATCTCTCACTCTCACTCGCCTACTGCGCCCGCGATCTTGTTTATCAATGGGAAATCCTCAATTGCTTGGGCATTCTTCTTCATTCA
GAAGGTGGTCGACAACAGATGCCCAGAACGTTCACAGGGGTGGGAAGTGGATTCGAAGGGTGATGTTCGGGGGATCGTTTGTAGGTCTGGGTGCCCTCGGCTGCCTGTCTCTCGGGTGGGACACCGATTTCTCAAGGACGCTCAAGGTCTTATGGGCGCTGCCTATTCGCCTTGGCCGGGATGCTCTCACTGCTGCCACC
ATTGCGATTGATTATGAATATTCATTATGGGGATTGCCGGAAGGAAGCATTGAGAGAACAATGGCAAAACATGAAGTGCACCTTCGATGTGCGAATAGACTTCAACAATTATGTTTCCAGAATGGTGGAATCTATATTAAGCTTGGGCAACATATTGGGCAATTGGAATACCTAATTCCTGAGGAATACGTACAGGTTAT
GAGGGCATCAATGCTGAACAAGTGTCCTGTATCTTCGTATGCACAAGTCTGTGATGTGTTTATGAAAGAACTAGGCAAGCTTCCACATGAAGTGTTCTTGGAGTTTGACCGGATTCCGTTGGCAAGTGCTTCACTTGCTCAAGTGCATGCTGCTCGCACCCATGATGGCAGGAAAGTTGCTGTCAAGGTTCAGCACACAC
ATTTGACAGACACAGCAGCTGTGGATACTGCCACTGTAGAGTTGGTTGTCAATATTTTGTATTGGATTTTTCCTGCATTTGATTATAGGTGGCTAATTGATGAAGTGCACGAGAGTCTTCCAAAGGAGCTAGATTTCCTGTACGAGGCAAAGAATAGTGAACAGTGTGTTTATAATTTCAAAAGATTATCTCCTCATCTT
GCACCTTATGTTTATATTCCCAAAGTTTATTGGAATTTGAGTACATCAAGATTGATGACGATGGAGTTCATGGATGGAGTCGGAGTCACTGATGTGAATGCCATCAAGCGACTTGGAATTCGGCCAAGTGATGTTGCAAAACTGATAAGCCAGGCTTTTGCAGAGATGATTTTCAAACATGGATTTGTGCATTGTGACCC
ACATGCCGCAAACATGATGGTTCAGGTTGCACCCTCTGGTAAAACAGGCATCCTGGGTAAAAAAAAACCACAGTTGGTATTACTTGACCATGGTTTATATAGGGTGCTTGAACCATCAACACGGGCACACTATGCTAAGCTTTGGAAGgtgtttaattaaacttttgaagttttgtttggcccaaaacttttagctttta
ttgcttctgctatatctttctaatttgtggatctaatggttcttcaaagTTCATGTGCAGGCTCTTGTGTTTGCAGATGTCAAGGGGATAAAGGAGAATAGTGTCAAATTAGGTGCAGGTGAGGATCTCTATGTGCTTTTTGCTGGTATTCTAACAATGAGGCCATGGCAGAAGGTGCTTGATCCAGCAATCGACCATTT
ACGTTTGAATGGGACTGATGCTGATCGTGCTGAACTTCAGATGTATGCATCACAATATTTCATGCAAATTTCAGAGCTTTTGAAGAGACTTCCTCGTGTAATTCTATTGCTTCTGAAGACTAATGACTGCTTACGTGCGGTGGATAATGCCCTGGGAGCATCTGTCAACACGTATGTCATCATTGGGAGAGTCTCATCAA
TGGCAGTTGCTGAGATGCAGCTGTCACAAGGGTCATCTATTTGGTCAAGTTTGAGTATTTATTTAGATAAGTTGGAAGTGGAAGCTCGTCTCCTTGCTTTACAAGTTGCTGCTTGGCTTATGAGCCTTCAAAGATTTTTGAGCTCATTTGGTATGAGATTGGGGTTCAGGGAGCAGGTATTGTAGTATAGCAGGTATTTA
TACTCGGTTGTATTTCTGAGGATTCAATTCTTTCCATCAAGGTGAGGACCTTCATGGGACTCTTTTTTACATGGTAAGCGGAAATGTATTTCTCGGAAAAGGTATATGCAATTTTCTGTGACATGGATTGAAATATAATTTTTTTCAATACCTTGATTCAGAAAAAGCATGGTATCAAGAATAGTGCCATTGATATCAAT
AAGAGAACAATGTATCCTGTCATAATTTTCCTTGATGATGACAACTTTGATTTCCAAAAAATTGTTGTGTTGTCTATTTATTGCTTATTACATGC
Intron 2 GTATGATTTG ... TAAAATGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 10 | 1 | 4 |
| A2 | 36.84 | 6 | 2 | 5 |
| A3 | 33.33 | 10 | 2 | 8 |
| A4 | 28.57 | 15 | 8 | 4 |
| A5 | 47.06 | 9 | 6 | 10 |
| A6 | 26.32 | 28 | 5 | 15 |
| A7 | 24.56 | 43 | 11 | 17 |
| A8 | 15.38 | 11 | 3 | 1 |
| A9 | 26.32 | 21 | 9 | 6 |
| A10 | 21.1 | 43 | 9 | 14 |
>TRINITY_DN101765_c0_g1_i5 from sample A5 / Example spliced isoformCCCTTGAAAGCTTGAAGCCCTTCTGCTACAACTATAAAATACGTGTCCAAGGAAGAAACCGGGAATGTCGACAGAGGGAAGACCGACATGGCGTCCAGATCTCTCACTCTCACTCGCCTACTGCGCCCGCGATCTTGTTTATCATTGGGAAATCCTCAATTGCTTGGGCATTCTTCTTCATTCAGAAGGTGGTCGACAAC
AGATGCCCAGAACGTTCACAGGGGTGGGAAGTGGATTCGAAGGGTGATGTTCGGGGGATCGTTTGTAGGTCTGGGTGCCCTCGGCTGCCTGTCTCTCGGGTGGGACACCGATTTCTCAAGGACGCTCAAGGTCTTATGGGCGCTGCCTATTCGCCTTGGCCGGGATGCTCTCACTGCTGCCACCATTGCGATTGATTATG
AATATTCATTATGGGGATTGCCGGAAGGAAGCATTGAGAGAACAATGGCAAAACATGAAGTGCACCTTCGATGTGCGAATAGACTTCAACAATTATGTTTCCAGAATGGTGGAATCTATATTAAGCTTGGGCAACATATTGGGCAATTGGAATACCTAATTCCTGAGGAATACGTACAGGTTATGAGGGCATCAATGCTG
AACAAGTGTCCTGTATCTTCGTATGCACAAGTCTGTGATGTGTTTATGAAAGAACTAGGCAAGCTTCCACATGAAGTGTTCTTGGAGTTTGACCGGATTCCGTTGGCAAGTGCTTCACTTGCTCAAGTGCATGCTGCTCGCACCCATGATGGCAGGAAAGTTGCTGTCAAGGTTCAGCACACACATTTGACAGACACAGC
AGCTGTGGATACTGCCACTGTAGAGTTGGTTGTCAATATTTTGTATTGGATTTTTCCTGCATTTGATTATAGGTGGCTAATTGATGAAGTGCACGAGAGTCTTCCAAAGGAGCTAGATTTCCTGTACGAGGCAAAGAATAGTGAACAGTGTGTTTATAATTTCAAAAGATTATCTCCTCATCTTGCACCTTATGTTTATA
TTCCCAAAGTTTATTGGAATTTGAGTACATCAAGATTGATGACGATGGAGTTCATGGATGGAGTCGGAGTCACTGATGTGAATGCCATCAAGCGACTTGGAATTCGGCCAAGTGATGTTGCAAAACTGATAAGCCAGGCTTTTGCAGAGATGATTTTCAAACATGGATTTGTGCATTGTGACCCACATGCCGCAAACATG
ATGGTTCAGGTTGCACCCTCTGGTAAAACAGGCATCCTGGGTAAAAAAAAACCACAGTTGGTATTACTTGACCATGGTTTATATAGGGTGCTTGAACCATCAACACGGGCACACTATGCTAAGCTTTGGAAGGCTCTTGTGTTTGCAGATGTCAAGGGGATAAAGGAGAATAGTGTCAAATTAGGTGCAGGTGAGGATCT
CTATGTGCTTTTTGCTGGTATTCTAACAATGAGGCCATGGCAGAAGGTGCTTGATCCAGCAATCGACCATTTACGTTTGAATGGGACTGATGCTGATCGTGCTGAACTTCAGATGTATGCATCACAATATTTCATGCAAATTTCAGAGCTTTTGAAGAGACTTCCTCGTGTAATTCTATTGCTTCTGAAGACTAATGACT
GCTTACGTGCGGTGGATAATGCCCTGGTATCTCTTTCCCTCTATTTGTAAAGGAAACCAAAAGCAAAATCTTATTAGCGCTTCATTTCATGAGTATGTAAATATAGTATATACAAGTGGGATTTTATTTGGCATGTATTATCTACTTTTGAAAGCATCCTAGATTTCCTACTCATTTTTGTCAGAGCA
>TRINITY_DN101765_c0_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:CCCTTGAAAGCTTGAAGCCCTTCTGCTACAACTATAAAATACGTGTCCAAGGAAGAAACCGGGAATGTCGACAGAGGGAAGACCGACATGGCGTCCAGATCTCTCACTCTCACTCGCCTACTGCGCCCGCGATCTTGTTTATCATTGGGAAATCCTCAATTGCTTGGGCATTCTTCTTCATTCAGAAGGTGGTCGACAAC
AGATGCCCAGAACGTTCACAGGGGTGGGAAGTGGATTCGAAGGGTGATGTTCGGGGGATCGTTTGTAGGTCTGGGTGCCCTCGGCTGCCTGTCTCTCGGGTGGGACACCGATTTCTCAAGGACGCTCAAGGTCTTATGGGCGCTGCCTATTCGCCTTGGCCGGGATGCTCTCACTGCTGCCACCATTGCGATTGATTATG
AATATTCATTATGGGGATTGCCGGAAGGAAGCATTGAGAGAACAATGGCAAAACATGAAGTGCACCTTCGATGTGCGAATAGACTTCAACAATTATGTTTCCAGAATGGTGGAATCTATATTAAGCTTGGGCAACATATTGGGCAATTGGAATACCTAATTCCTGAGGAATACGTACAGGTTATGAGGGCATCAATGCTG
AACAAGTGTCCTGTATCTTCGTATGCACAAGTCTGTGATGTGTTTATGAAAGAACTAGGCAAGCTTCCACATGAAgtatgatttgaacctagtcttttgtttacaactttacattgcagtgctgaaaatgacatttccataatgttagaaatgttatgttcagaacttagagagttgaatcatattttctagatttctct
cgagtaaaaaaatgtggaggtctcgcacacttaatcatggtatatcctccttttttttaaaatgaagGTGTTCTTGGAGTTTGACCGGATTCCGTTGGCAAGTGCTTCACTTGCTCAAGTGCATGCTGCTCGCACCCATGATGGCAGGAAAGTTGCTGTCAAGGTTCAGCACACACATTTGACAGACACAGCAGCTGTGG
ATACTGCCACTGTAGAGTTGGTTGTCAATATTTTGTATTGGATTTTTCCTGCATTTGATTATAGGTGGCTAATTGATGAAGTGCACGAGAGTCTTCCAAAGGAGCTAGATTTCCTGTACGAGGCAAAGAATAGTGAACAGTGTGTTTATAATTTCAAAAGATTATCTCCTCATCTTGCACCTTATGTTTATATTCCCAAA
GTTTATTGGAATTTGAGTACATCAAGATTGATGACGATGGAGTTCATGGATGGAGTCGGAGTCACTGATGTGAATGCCATCAAGCGACTTGGAATTCGGCCAAGTGATGTTGCAAAACTGATAAGCCAGGCTTTTGCAGAGATGATTTTCAAACATGGATTTGTGCATTGTGACCCACATGCCGCAAACATGATGGTTCA
GGTTGCACCCTCTGGTAAAACAGGCATCCTGGGTAAAAAAAAACCACAGTTGGTATTACTTGACCATGGTTTATATAGGGTGCTTGAACCATCAACACGGGCACACTATGCTAAGCTTTGGAAGGCTCTTGTGTTTGCAGATGTCAAGGGGATAAAGGAGAATAGTGTCAAATTAGGTGCAGGTGAGGATCTCTATGTGC
TTTTTGCTGGTATTCTAACAATGAGGCCATGGCAGAAGGTGCTTGATCCAGCAATCGACCATTTACGTTTGAATGGGACTGATGCTGATCGTGCTGAACTTCAGATGTATGCATCACAATATTTCATGCAAATTTCAGAGCTTTTGAAGAGACTTCCTCGTGTAATTCTATTGCTTCTGAAGACTAATGACTGCTTACGT
GCGGTGGATAATGCCCTGG
Intron 3 GTGTTTAATT ... TCGTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.29 | 11 | 0 | 6 |
| A2 | 15 | 17 | 0 | 3 |
| A3 | 23.08 | 20 | 1 | 6 |
| A4 | 12.5 | 7 | 0 | 1 |
| A5 | 40 | 3 | 0 | 2 |
| A6 | 6.9 | 27 | 0 | 2 |
| A7 | 7.14 | 26 | 0 | 2 |
| A8 | 13.04 | 20 | 0 | 3 |
| A9 | 14.29 | 30 | 0 | 5 |
| A10 | 28.57 | 30 | 0 | 12 |
>TRINITY_DN129316_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformGTGCTGTGGTTAGGTATCCCTTGAAAGCTTGAAGCCCTTCTGCTACAACTATAAAATACGTGTCCAAGGGAGAAACCGGGAATGTCGACAGAGGGAAGACCGACATGGCGTCCAGATCTCTCACTCTCACTCGCCTACTGCGCCCGCGATCTTGTTTATCAATGGGAAATCCTCAATTGCTTGGGCATTCTTCTTCATTC
AGAAGGTGGTCGACAACAGATGCCCAGAACGTTCACAGGGGCGGGAAGTGGATTCGAAGGGTGATGTTCGGGGGATCGTTTGTAGGTCTGGGTGCCCTCGGCTGCCTGTCTCTCGGGTGGGACACCGATTTCTCAAGGACGCTCAAGGTCTTATGGGCGCTGCCTATTCGCCTTGGCCGGGATGCTCTCACTGCTGCCAC
CATTGCGATTGATTATGAATATTCATTATGGGGATTGCCGGAAGGAAGCATTGAGAGAACAATGGCAAAACATGAAGTGCACCTTCGATGTGCGAATAGACTTCAACAATTATGTTTCCAGAATGGTGGAATCTATATTAAGCTTGGGCAACATATTGGGCAATTGGAATACCTAATTCCTGAGGAATACGTACAGGTTA
TGAGGGCATCAATGCTGAACAAGTGTCCTGTATCTTCGTATGCACAAGTCTGTGATGTGTTTATGAAAGAACTAGGCAAGCTTCCACATGAAGTGTTCTTGGAGTTTGACCGGATTCCGTTGGCAAGTGCTTCACTTGCTCAAGTGCATGCTGCTCGCACCCATGATGGCAGGAAAGTTGCTGTCAAGGTTCAGCACACA
CATTTGACAGACACAGCAGCTGTGGATACTGCCACTGTAGAGTTGGTTGTCAATATTTTGTATTGGATTTTTCCTGCATTTGATTATAGGTGGCTAATTGATGAAGTGCACGAGAGTCTTCCAAAGGAGCTAGATTTCCTGTACGAGGCAAAGAATAGTGAACAGTGTGTTTATAATTTCAAAAGATTATCTCCTCATCT
TGCACCTTATGTTTATATTCCCAAAGTTTATTGGAATTTGAGTACATCAAGATTGATGACGATGGAGTTCATGGATGGAGTCGGAGTCACTGATGTGAATGCCATCAAGCGACTTGGAATTCGGCCAAGTGATGTTGCAAAACTGATAAGCCAGGCTTTTGCAGAGATGATTTTCAAACATGGATTTGTGCATTGTGACC
CACATGCCGCAAACATGATGGTTCAGGTTGCACCCTCTGGTAAAACAGGCATCCTGGGTAAAAAAAAACCACAGTTGGTATTACTTGACCATGGTTTATATAGGGTGCTTGAACCATCAACACGGGCACACTATGCTAAGCTTTGGAAGGCTCTTGTGTTTGCAGATGTCAAGGGGATAAAGGAGAATAGTGTCAAATTA
GGTGCAGGTGAGGATCTCTATGTGCTTTTTGCTGGTATTCTAACAATGAGGCCATGGCAGAAGGTGCTTGATCCAGCAATCGACCATTTACGTTTGAATGGGACTGATGCTGATCGTGCTGAACTTCAGATGTATGCATCACAATATTTCATGCAAATTTCAGAGCTTTTGAAGAGACTTCCTCGTGTAATTCTATTGCT
TCTGAAGACTAATGACTGCTTACGTGCGGTGGATAATGCCCTGGGAGCATCTGTCAACACGTATGTCATCATTGGGAGAGTCTCATCAATGGCAGTTGCTGAGATGCAGCTGTCACAAGGGTCATCTATTTGGTCAAGTTTGAGTATTTATTTAGATAAGTTGGAAGTGGAAGCTCGTCTCCTTGCTTTACAAGTTGCTG
CTTGGCTTATAAGCCTTCAAAGATTTTTGAGCTCATTTGGTATGAGATTGGGGTTCAGGGAGCAGGTATTGTAGTATAGCAGGTATTTATACTCGGTTGTATTTCTGAGGATTCAATTCTTTCCATCAAGGTGAGGACCTTCATGGGACTCTTTTTTACATGGTAAGCGGAAATGTATTTCTCGGAAAAGGTATATGCAA
TTTTCTG
>TRINITY_DN129316_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:ACACTATGCTAAGCTTTGGAAGgtgtttaattaaacttttgaagttttgtttggcccaaaacttttagcttttattgcttctgctatatctgccttcagaaatatctttctaatttgtggatctaatggttcttcaaagttcgtgtgcagGCTCTTGTGTTTGCAGATGTCAAGGGGATAAAGGAGAATAGTGTCAAATT
AGGTGCAGGTGAGGATCTCTATGTGCTTTTTGCTGGTATTCTAACAATGAGGCCATGGCAGAAGGTGCTTGATCCAGCAATCGACCATTTACGTTTGAATGGGACTGATGCTGATCGTGCTGAACTTCAGGTATTTCTTTCATTTGTTCTGTAGTATGTGTGTGCTCTGTCATTGGTTACTATGTGAACTTTATGATATA
TTTGATTCTGTGCATTATTAAAAATAAAAAATAACAATGCCTTTATGTTTAAGTATCTGCCTTGAGATTGGAAGAGGACTCACTTTATTTGATTCTGTGCATTATTACAAATAAAAAA
Intron 4 GTGTTTAATT ... TCATGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.03 | 11 | 2 | 7 |
| A2 | 10.53 | 17 | 1 | 3 |
| A3 | 25.93 | 20 | 8 | 6 |
| A4 | 12.5 | 7 | 1 | 1 |
| A5 | 25 | 3 | 0 | 2 |
| A6 | 11.48 | 27 | 5 | 2 |
| A7 | 22.39 | 26 | 12 | 3 |
| A8 | 11.11 | 20 | 2 | 3 |
| A9 | 16.67 | 30 | 7 | 5 |
| A10 | 23.08 | 30 | 6 | 12 |
>TRINITY_DN41701_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformTGCTGTGGTTAGGTATCCCTTGAAAGCTTGAAGCCCTTCTGCTACAACTATAAAATACGTGTCCAAGGGAGAAACCGGGAATGTCGACAGAGGGAAGACCGACATGGCGTCCAGATCTCTCACTCTCACTCGCCTACTGCGCCCGCGATCTTGTTTATCAATGGGAAATCCTCAATTGCTTGGGCATTCTTCTTCATTCA
GAAGGTGGTCGACAACAGATGCCCAGAACGTTCACAGGGGTGGGAAGTGGATTCGAAGGGTGATGTTCGGGGGATCGTTTGTAGGTCTGGGTGCCCTCGGCTGCCTGTCTCTCGGGTGGGACACCGATTTCTCAAGGACGCTCAAGGTCTTATGGGCGCTGCCTATTCGCCTTGGCCGGGATGCTCTCACTGCTGCCACC
ATTGCGATTGATTATGAATATTCATTATGGGGATTGCCGGAAGGAAGCATTGAGAGAACAATGGCAAAACATGAAGTGCACCTTCGATGTGCGAATAGACTTCAACAATTATGTTTCCAGAATGGTGGAATCTATATTAAGCTTGGGCAACATATTGGGCAATTGGAATACCTAATTCCTGAGGAATACGTACAGGTTAT
GAGGGCATCAATGCTGAACAAGTGTCCTGTATCTTCGTATGCACAAGTCTGTGATGTGTTTATGAAAGAACTAGGCAAGCTTCCACATGAAGTGTTCTTGGAGTTTGACCGGATTCCGTTGGCAAGTGCTTCACTTGCTCAAGTGCATGCTGCTCGCACCCATGATGGCAGGAAAGTTGCTGTCAAGGTTCAGCACACAC
ATTTGACAGACACAGCAGCTGTGGATACTGCCACTGTAGAGTTGGTTGTCAATATTTTGTATTGGATTTTTCCTGCATTTGATTATAGGTGGCTAATTGATGAAGTGCACGAGAGTCTTCCAAAGGAGCTAGATTTCCTGTACGAGGCAAAGAATAGTGAACAGTGTGTTTATAATTTCAAAAGATTATCTCCTCATCTT
GCACCTTATGTTTATATTCCCAAAGTTTATTGGAATTTGAGTACATCAAGATTGATGACGATGGAGTTCATGGATGGAGTCGGAGTCACTGATGTGAATGCCATCAAGCGACTTGGAATTCGGCCAAGTGATGTTGCAAAACTGATAAGCCAGGCTTTTGCAGAGATGATTTTCAAACATGGATTTGTGCATTGTGACCC
ACATGCCGCAAACATGATGGTTCAGGTTGCACCCTCTGGTAAAACAGGCATCCTGGGTAAAAAAAAACCACAGTTGGTATTACTTGACCATGGTTTATATAGGGTGCTTGAACCATCAACACGGGCACACTATGCTAAGCTTTGGAAGGCTCTTGTGTTTGCAGATGTCAAGGGGATAAAGGAGAATAGTGTCAAATTAG
GTGCAGGTGAGGATCTCTATGTGCTTTTTGCTGGTATTCTAACAATGAGGCCATGGCAGAAGGTGCTTGATCCAGCAATCGACCATTTACGTTTGAATGGGACTGATGCTGATCGTGCTGAACTTCAGATGTATGCATCACAATATTTCATGCAAATTTCAGAGCTTTTGAAGAGACTTCCTCGTGTAATTCTATTGCTT
CTGAAGACTAATGACTGCTTACGTGCGGTGGATAATGCCCTGGTATCTCTTTCCCTCTATTTGTAATGGAAACCAAAAGCAAAATCTTATTAGCGCTTCATTTCATGAGTGTGTAAATATAGTATATACAAGTGGGATTTTATTTGGCATGTATTATCTACTTTTGAAAGCATCCTAGATTTCCTACTCATTTTTGTCAG
AGCAGTCTAAACATTACACATTTT
>TRINITY_DN41701_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGCTGTGGTTAGGTATCCCTTGAAAGCTTGAAGCCCTTCTGCTACAACTATAAAATACGTGTCCAAGGGAGAAACCGGGAATGTCGACAGAGGGAAGACCGACATGGCGTCCAGATCTCTCACTCTCACTCGCCTACTGCGCCCGCGATCTTGTTTATCAATGGGAAATCCTCAATTGCTTGGGCATTCTTCTTCATTCA
GAAGGTGGTCGACAACAGATGCCCAGAACGTTCACAGGGGTGGGAAGTGGATTCGAAGGGTGATGTTCGGGGGATCGTTTGTAGGTCTGGGTGCCCTCGGCTGCCTGTCTCTCGGGTGGGACACCGATTTCTCAAGGACGCTCAAGGTCTTATGGGCGCTGCCTATTCGCCTTGGCCGGGATGCTCTCACTGCTGCCACC
ATTGCGATTGATTATGAATATTCATTATGGGGATTGCCGGAAGGAAGCATTGAGAGAACAATGGCAAAACATGAAGTGCACCTTCGATGTGCGAATAGACTTCAACAATTATGTTTCCAGAATGGTGGAATCTATATTAAGCTTGGGCAACATATTGGGCAATTGGAATACCTAATTCCTGAGGAATACGTACAGGTTAT
GAGGGCATCAATGCTGAACAAGTGTCCTGTATCTTCGTATGCACAAGTCTGTGATGTGTTTATGAAAGAACTAGGCAAGCTTCCACATGAAGTGTTCTTGGAGTTTGACCGGATTCCGTTGGCAAGTGCTTCACTTGCTCAAGTGCATGCTGCTCGCACCCATGATGGCAGGAAAGTTGCTGTCAAGGTTCAGCACACAC
ATTTGACAGACACAGCAGCTGTGGATACTGCCACTGTAGAGTTGGTTGTCAATATTTTGTATTGGATTTTTCCTGCATTTGATTATAGGTGGCTAATTGATGAAGTGCACGAGAGTCTTCCAAAGGAGCTAGATTTCCTGTACGAGGCAAAGAATAGTGAACAGTGTGTTTATAATTTCAAAAGATTATCTCCTCATCTT
GCACCTTATGTTTATATTCCCAAAGTTTATTGGAATTTGAGTACATCAAGATTGATGACGATGGAGTTCATGGATGGAGTCGGAGTCACTGATGTGAATGCCATCAAGCGACTTGGAATTCGGCCAAGTGATGTTGCAAAACTGATAAGCCAGGCTTTTGCAGAGATGATTTTCAAACATGGATTTGTGCATTGTGACCC
ACATGCCGCAAACATGATGGTTCAGGTTGCACCCTCTGGTAAAACAGGCATCCTGGGTAAAAAAAAACCACAGTTGGTATTACTTGACCATGGTTTATATAGGGTGCTTGAACCATCAACACGGGCACACTATGCTAAGCTTTGGAAGgtgtttaattaaacttttgaagttttgtttggcccaaaacttttagctttta
ttgcttctgctatatctttctaatttgtggatctaatggttcttcaaagttcatgtgcagGCTCTTGTGTTTGCAGATGTCAAGGGGATAAAGGAGAATAGTGTCAAATTAGGTGCAGGTGAGGATCTCTATGTGCTTTTTGCTGGTATTCTAACAATGAGGCCATGGCAGAAGGTGCTTGATCCAGCAATCGACCATTT
ACGTTTGAATGGGACTGATGCTGATCGTGCTGAACTTCAGATGTATGCATCACAATATTTCATGCAAATTTCAGAGCTTTTGAAGAGACTTCCTCGTGTAATTCTATTGCTTCTGAAGACTAATGACTGCTTACGTGCGGTGGATAATGCCCTGGGAGCATCTGTCAACACGTATGTCATCATTGGGAGAGTCTCATCAA
TGGCAGTTGCTGAGATGCAGCTGTCACAAGGGTCATCTATTTGGTCAAGTTTGAGTATTTATTTAGATAAGTTGGAAGTGGAAGCTCGTCTCCTTGCTTTACAAGTTGCTGCTTGGCTTATGAGCCTTCAAAGATTTTTGAGCTCATTTGGTATGAGATTGGGGTTCAGGGAGCAGGTATTGTAGTATAGCAGGTATTTA
TACTCGGTTGTATTTCTGAGGATTCAATTCTTTCCATCAAGGTGAGGACCTTCATGGGACTCTTTTTTACATGGTAAGCGGAAATGTATTTCTCGGAAAAGGTATATGCAATTTTCTGTGACATGGATTGAAATATAATTTTTTTCAATACCTTGATTCAGAAAAAGCATGGTATCAAGAATAGTGCCATTGATATCAAT
AAGAGAACAATGTATCCTGTCATAATTTTCCTTGATGATGACAACTTTGATTTCCAAAAAATTGTTGTGTTGTCTATTTATTGCTTATTACATGC