sp|Q9C882|GTL1_ARATH ----> Trihelix transcription factor GTL1
Intron 1 GTGAGTTATG ... CTCACCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 2 | 0 | 1 |
| A2 | 100 | 0 | 2 | 1 |
| A3 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A4 | 33.33 | 2 | 2 | 0 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 45.45 | 3 | 2 | 3 |
| A7 | 42.86 | 2 | 2 | 1 |
| A8 | 73.91 | 3 | 11 | 6 |
| A9 | 84.62 | 1 | 5 | 6 |
| A10 | 68 | 4 | 9 | 8 |
>TRINITY_DN41633_c1_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoformAAGCCCTGGTCGGATCAGAGGCTCAGACAAAGATAGCGGGAGTCAATTGGGCGGCGCTAATTTGAAAATCGGCCAAATACCGCGGCGGAGGACGAGGACGAGGACGACACTCCTGCCTTAATTCGCCGCCTTATTTATAATTAAATAACATAAAAGCCCGGACGCCATGAACGAACCAGCCGAGCACGCTGTCGCCGCCG
TCGCCGTCGCCGCTCAGCTCGTGCAGAAGCGCGGCCACCAGGTGGCGGAGGCGGACATGCCCACCGCCGCCAGGCTGCCAATGGAGAGAGGCGGCGCGGAAGCAGAGGCGGAGGAGGATAGGAAACGGGCGGCAGAGCACAAGAAACAGCGGTCCAAGAACTGGACGCGAGCGGAGACGCTGAAGCTCATCCGCCAGCGA
GCGGAGATGGAGCCGCGGTTCGCCCGCAGCGGGCGGAAGTCGGAGCTGTGGGAGGAGATCGCTGAATCCCTCCGCCGCGAGAGCGTCGCCCGAGATGCCCAGCGGTGCAGAGATAAGTGGGAGAAATTGACGGCGAGCTACAAGGAAGTCCGCGACGGGCTGCGCGACAGGCAGGACTTCCCGTTTTTCGACGAGCTCGA
CCCGCTGCTCTCACTTAAGCCTCAGAAGGCAGCGGCTGTGGCTGCGGCGGCCGCCGCTAATTTTGTTCCTGCCGAGACTCCCAGCAATTTTCCGACGGACGACGAGATGACAGAGGAGGGATCTCCTGCCGGGAAGCGTAGAAAGACAGTGGCCAGAGGCCTCTCGGCGATGGACCTGGACGCCGTCCGAGAGCTTTTGG
AGAGCCTTGTGAACCGACAGCAGAGGTTTTTCGTGGATCTGCTGGATTCGATCGAGCGTAAAGAGGAAATCCGCGAGCGGATTCGTCAAGAGAAGGAAGAGAAGTGGCGGGCGGAGGAGAGAGCACAGCGGGGTTTGTTTAACAACGCCATGATTGTTTTAGCCAAGAAGCTCGTTGATGGCGACGCGGGGTTTTGTGGG
TTTGACGCGGGGTTTTGTGGCGGGTTTGAAGAATTCAAACCCAAACCCACTACAGGGGGTTCTGAACAGACTGATCATGACGCTGGTGCAGCTGCTCCCATCGTTGGCGGCAGCGGCGGAGGGCCGAAGAAGAGGTCAAAGAATTGGAAGCGAGCGGAGGTTCTGCGGTTAATTAAATTCAGGGCGGAGATGGAGTCGAG
ATTCACCAAGTCGACTCGGCGGGCGGCGTTGTGGGAAGAGCTTGCTGAGCGTTTGGGGGCGGAGGGTATTAAGCGGGATGGGAAGCAGTGCAGAGAAAAGTGGGACAAGTTAATGGCAGAGTTCAAGGATGTGAGTGATGGCAAGAGGGATCGGAGCGAGAGCCCTTATTACGCAGAGCTCACGGCCACTGTCGGCCCCG
GCCGCTCTGCCGAAGCAGGGTGAACTTTGCCCAAATGGTGTGGGGTGGGGGTGAAGTTGTGCAACTTGCTTGCTCTTGATCATTTGTGGATATTGATAATAATTTTTTGTCCTCAAGCTCGGTGATCTCTGGGGGTGCAGTTGTATAACTTCTCTTGCTCTAATGACCTAATTCGATCAATTATAGACATTGATATAATT
TCTTTCTTCACATCTTTGAAACCTTGTATGATACATGAGGTCTGGGCCAGGCCAATCAGAGGCCATGTTGTAATCGGTGGTAACGCCACTCTCTGTACATATAGATTAATGATTTGCTCCTGTTCATATGAAGGAATGATTTGCTGTTGTCTCGGAAAGGAGGATTTTAAGTCATCAAGGTATGTAATTTAAGGCAGTGT
TGGGGATAGCTAATGGGGCTTCTGTGTCTGCTGCCTTCAGTGCATGTAAAAGGCAGCAGTTGTGTATTTTGTGTATTTTATGGGCCTGTTCAAAAGCTTCCACCAGTTGAATATAGCAATCTAATTTAAAACATTTGCTTGTTTTACCATACTTGCAGTCTGTTCCTTTTGATTTTCTTTCTCAGGATGTGAATATATAT
GTATGGGAAAAGTTTGATGGATATTCTTTTGTTGTGAACTGAAGTTTCCAGTATACTGGGAAGGGGGGAACTTGTATGAAATGTCCGTTTGTTGTTAAATATTTGTCATGTTTGCAATATAGCATGTGATGCAGAAGTCGTGCAAAAAGGGCTTCACTGATTGAAATATCAGATGTGCCAGATGTGCCAGTGAAGCCAGC
GGCTTTGGCTGCCCGGTGGGCCATGGTTTAGTGCCTGATGACCTGGGTTTAAACTCTACCATGTTTACATCGTGTACCAGCTCGAAGTAAATGTTAATACCAGCTCAGGGAAGAATGAGTTCGACAGTGAGCTATGCTGCTCCCATACCTCATCATATATCATATATGAAAGCTCAGGAGGGAGGAATGAATTTGAAAAT
ATATGATAGCTTAGCGAGGAGCTTGGGATTTGACAGTGTGCTATGCCCATGTACACCCTCTCATATGTGGCAGTTTAAGCAAACCAGATCTGAGTTTGACAGTGAGGTGTTAGATGTGTTAGATCCCAGCTACTTTATTAATCAGTTCTCCGATCTAACACTTCAAAAAGCTAAGGTGTTCTGGCATCTGTGCAGAGGTT
AAGCAGATTTGATGAGCTGGCTTGCCTCACTACCAGTAGTACGAAAACAAATATCCATGAATCTGGAGTGGAAAGGAAACCACAAAGAAACAACTTTTTTATTGCAACGGATAGTGTTTCATTTGAAATATTTAAAATTATAGATTTGTTTTAACTTTGC
>TRINITY_DN41633_c1_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:AAGCCCTGGTCGGATCAGAGGCTCAGACAAAGATAGCGGGAGTCAATTGGGCGGCGCTAATTTGAAAATCGGCCAAATACCGCGGCGGAGGACGAGGACGAGGACGACACTCCTGCCTTAATTCGCCGCCTTATTTATAATTAAATAACATAAAAGCCCGGACGCCATGAACGAACCAGCCGAGCACGCTGTCGCCGCCG
TCGCCGTCGCCGCTCAGCTCGTGCAGAAGCGCGGCCACCAGGTGGCGGAGGCGGACATGCCCACCGCCGCCAGGCTGCCAATGGAGAGAGGCGGCGCGGAAGCAGAGGCGGAGGAGGATAGGAAACGGGCGGCAGAGCACAAGAAACAGCGGTCCAAGAACTGGACGCGAGCGGAGACGCTGAAGCTCATCCGCCAGCGA
GCGGAGATGGAGCCGCGGTTCGCCCGCAGCGGGCGGAAGTCGGAGCTGTGGGAGGAGATCGCTGAATCCCTCCGCCGCGAGAGCGTCGCCCGAGATGCCCAGCGGTGCAGAGATAAGTGGGAGAAATTGACGGCGAGCTACAAGGAAGTCCGCGACGGGCTGCGCGACAGGCAGGACTTCCCGTTTTTCGACGAGCTCGA
CCCGCTGCTCTCACTTAAGCCTCAGAAGGCAGCGGCTGTGGCTGCGGCGGCCGCCGCTAATTTTGTTCCTGCCGAGACTCCCAGCAATTTTCCGACGGACGACGAGATGACAGAGGAGGGATCTCCTGCCGGGAAGCGTAGAAAGACAGTGGCCAGAGGCCTCTCGGCGATGGACCTGGACGCCGTCCGAGAGCTTTTGG
AGAGCCTTGTGAACCGACAGCAGAGGTTTTTCGTGGATCTGCTGGATTCGATCGAGCGTAAAGAGGAAATCCGCGAGCGGATTCGTCAAGAGAAGGAAGAGAAGTGGCGGGCGGAGGAGAGAGCACAGCGGGGTTTGTTTAACAACGCCATGATTGTTTTAGCCAAGAAGCTCGTTGATGGCGACGCGGGGTTTTGTGGG
TTTGACGCGGGGTTTTGTGGCGGGTTTGAAGAATTCAAACCCAAACCCACTACAGGGGGTTCTGAACAGACTGATCATGACGCTGGTGCAGCTGCTCCCATCGTTGGCGGCAGCGGCGGAGGGCCGAAGAAGAGGTCAAAGAATTGGAAGCGAGCGGAGGTTCTGCGGTTAATTAAATTCAGGGCGGAGATGGAGTCGAG
ATTCACCAAGTCGACTCGGCGGGCGGCGTTGTGGGAAGAGCTTGCTGAGCGTTTGGGGGCGGAGGGTATTAAGCGGGATGGGAAGCAGTGCAGAGAAAAGTGGGACAAGTTAATGGCAGAGTTCAAGGATGTGAGTGATGGCAAGAGGGATCGGAGCGAGAGCCCTTATTACGCAGAGCTCACGGCCACTGTCGGCCCCG
GCCGCTCTGCCGAAGCAGGGTGAACTTTGCCCAAATGGTGTGGGGTGGGGGTGAAGTTGTGCAACTTGCTTGCTCTTGATCATTTGTGGATATTGATAATAATTTTTTGTCCTCAAGCTCGGTGATCTCTGGGGGTGCAGTTGTATAACTTCTCTTGCTCTAATGACCTAATTCGATCAATTATAGACATTGATATAATT
TCTTTCTTCACATCTTTGAAACCTTGTATGATACATGAGGTCTGGGCCAGGCCAATCAGAGGCCATGTTGTAATCGGTGGTAACGCCACTCTCTGTACATATAGATTAATGATTTGCTCCTGTTCATATGAAGGAATGATTTGCTGTTGTCTCGGAAAGGAGGATTTTAAGTCATCAAGGTATGTAATTTAAGGCAGTGT
TGGGGATAGCTAATGGGGCTTCTGTGTCTGCTGCCTTCAGTGCATGTAAAAGGCAGCAGTTGTGTATTTTGTGTATTTTATGGGCCTGTTCAAAAGCTTCCACCAGTTGAATATAGCAATCTAATTTAAAACATTTGCTTGTTTTACCATACTTGCAGTCTGTTCCTTTTGATTTTCTTTCTCAGGATGTGAATATATAT
GTATGGGAAAAGTTTGATGGATATTCTTTTGTTGTGAACTGAAGTTTCCAGTATACTGGGAAGGGGGGAACTTGTATGAAATGTCCGTTTGTTGTTAAATATTTGTCATGTTTGCAATATAGCATGTGATGCAGAAGTCGTGCAAAAAGGGCTTCACTGATTGAAATATCAGATGTGCCAGATGTGCCAGTGAAGCCAGC
GGCTTTGGCTGCCCGGTGGGCCATGGTTTAGTGCCTGATGACCTGGGTTTAAACTCTACCATGTTTACATCGTGTACCAGCTCGAAGTAAATGTTAATACCAGCTCAGGGAAGAATGAGTTCGACAGTGAGCTATGCTGCTCCCATACCTCATCATATATCATATATGAAAGCTCAGGAGGGAGGAATGAATTTGAAAgt
gagttatgctcctcttatgtctcatcatatatgatagctctactctcatcacagtgagtgatgctcctcttatgtctcaccatagATATATGATAGCTTAGCGAGGAGCTTGGGATTTGACAGTGTGCTATGCCCATGTACACCCTCTCATATGTGGCAGTTTAAGCAAACCAGATCTGAGTTTGACAGTGAGGTGTTAG
ATGTGTTAGATCCCAGCTACTTTATTAATCAGTTCTCCGATCTAACACTTCAAAAAGCTAAGGTGTTCTGGCATCTGTGCAGAGGTTAAGCAGATTTGATGAGCTGGCTTGCCTCACTACCAGTAGTACGAAAACAAATATCCATGAATCTGGAGTGGAAAGGAAACCACAAAGAAACAACTTTTTTATTGCAACGGATA
GTGTTTCATTTGAAATATTTAAAATTATAGATTTGTTTTAACTTTGC
Intron 2 GTATGTAATT ... TGCAATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 71.43 | 8 | 20 | 3 |
| A2 | 73.68 | 5 | 14 | 0 |
| A3 | 58.82 | 7 | 10 | 0 |
| A4 | 100 | 0 | 10 | 0 |
| A5 | 50 | 8 | 8 | 1 |
| A6 | 68.4 | 85 | 184 | 5 |
| A7 | 68.75 | 25 | 55 | 1 |
| A8 | 70.99 | 60 | 146.8 | 6 |
| A9 | 69.36 | 29 | 65.7 | 6 |
| A10 | 66.19 | 47 | 92 | 4 |
>TRINITY_DN47284_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoformATCTACCGCCCCTTGGCATTCAATGTCCCGGGAAACATAACAAGCCCTGGTCGGATCAGAGGCTCAGACAAAGATAGCGGGAGTCAATTGGGCGGCGCTAATTTGAAAATCGGCCAAATACCGCGGCGGAGGACGAGGACGAGGACGACACTCCTGCCTTAATTCGCCGCCTTATTTATAATTAAATAACATAAAAGCCC
GGACGCCATGAACGAACCAGCCGAGCACGCTGTCGCCGCCGTCGCCGTCGCCGCTCAGCTCGTGCAGAAGCGCAGCCACCAGGTGGCGGAGGCGGACATGCCCACCGCCGCCAGGCCGCCAATGGAGAGAGGCGGCGCGGAAGCAGAGGCGGAGGAGGATAGGAAACGGGCGGCAGAGCACAAGAAACAGCGGTCCAAGA
ACTGGACGCGAGCGGAGACGCTGAAGCTCATCCGCCAGCGAGCGGAGATGGAGCCGCGGTTCGCCCGCAGCGGGCGGAAGTCGGAGCTGTGGGAGGAGATCGCTGAATCCCTCCGCCGCGAGAGCGTCGCTCGAGATGCCCAGCGGTGCAGAGATAAGTGGGAGAAATTGACGGCGAGCTACAAGGAAGTCCGCGACGGG
CTGCGCGACAGGCAGGACTTCCCGTTTTTCGACGAGCTCGACCCGCTGCTCTCACTTAAGCCTCAGAAGGCAGCGGCTGCGGCTGCGGCGGCCGCCGCTAATTTTGTTCCTGCTGAGACTCCCAGCAATTTCCCGACGGACGACGAGATGACAGAGGAGGGATCTCCTGCCGGGAAGCGTAGAAAGACAGTGGCCAGAGG
CCTCTCGGCGATGGACCTGGACGCCGTCCGAGAGCTCTTGGAGAGCCTTGTGAACCGACAGCAGAGGTTTTTCGTGGATCTGCTGGATTCGATCGAGCGCAAAGAGGAAATCCGCGAGCGGATTCGTCAAGAGAAGGAGGAGAAGTGGCGGGCGGAGGAGAGAGCACAGCGGGGTTTGTTTAACAACGCCATGATTGTTT
TAGCCAAGAAGTTCGTTGATGGCGACGCGGGGTTTTGTGGGTTTGACGCGGGGTTTTGTGGCGGGTTTGAAGAATTCAAACCCAAACCCACTACAGGGGGTTCTGAACAGACTGATCATGACGCTGGTGCAGCTGCTCCCATCGTTGGCGGCAGCGGCGGAGGGCCGAAGAAGAGGTCAAAGAATTGGAAGCGAGCGGAG
GTTCTGCGGTTAATTAAATTCAGGGCGGAGATGGAGTCGAGATTCACCAAGTCGACTCGGCGGGCGGCGTTGTGGGAAGAGCTTGCTGAGCGTTTGGGGGCGGAGGGTATTAAGCGGGATGGGAAGCAGTGCAGAGAAAAGTGGGACAAGTTAATGGCAGAGTTCAAGGATGTGAGTGATGGCAAGAGGGATCGGAGCGA
GAGCCCTTATTACGCAGAGCTCACCGCCACTGTCGGCCCCGGCCGCTCTGCCGAAGCAGGGTGAACTCTGCCCAAATGGTGTGGGGTGGGGGTGAAGTTGTGCAACTTGCTTGCTCTTGATCATTTGTGGATATTGATAATAATTTTTCGTCCTCAAGCTCGGTGATCTCTGAGGGTGCAGTTGTATAACTTCTCTTGCT
CTAATGACCTAATTCGATCAATTATAGACATTGATACAATTTCTTTCTTTCACATCTTTGAAACCTTGTATGATACATGAGGTCTGGGCCAGGCCAATCAGAGGCCATGTTGTAATCGGTGGTAACGCCACTCTCTGTACATATAGATTAATGATTTGCTCCTGTTCATATGAAGGAATGATTTGCTGTTGTCTCGGAAA
GGAGGATTTTAAGTCATCAAGCATGTGATGCAGAAGTCGTGCAAAAAGGGCTTCACTGATTGAAATATCAGATGTGCCAGATGTGCCAGTGAAGCCAGCGGCTTTGGCTGCCCGGTGGGCCATGGTTTAGTGCCTGATGACCTGGGTTTAAACTCTACCATGTTTACATCGTGTACCAGCTCGAAGTAAATGTTAATACC
AGCTCAGGGAAGAATGAGTTCGACAGTGAGCTATGCTGCTCCCATACCTCATCATATATCATATATGAAAGCTCAGGAGGGAGGAATGAATTTGAAAGTGAGTTATGCTCCTCTTATGTCTCATCATATATGATAGCTCTACTCTCATCACAGTGAGTGATGCTCCTCTTATGTCTCACCATAGATATATGATAGCTTAG
CGAGGAGCTTGGGATTTGACAGTGTGCTATGCCCATGTACACCCTCTCATATGTGGCAGTTTAAGCAAACCAGATCTGAGTTTGACAGTGAGGTGTTAGATGTGTTAGATCCCAGCTACTTTATTAATCAGTTCTCCGATCTAACACTTCAAAAAGCTAAGGTGTTCTGGCATCTGTGCAGAGGTTAAGCAGATTTGATG
AGCTGGCTTGCCTCACTACCAGTAGTACGAAAACAAATATCCATGAATCTGGAGTGGAAAGAAAACCACTTTTTTATTGCAATGGACAGTTTTTCATCTGGAATATTTACAATTATAGATTTATTTTAAG
>TRINITY_DN47284_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATCTACCGCCCCTTGGCATTCAATGTCCCGGGAAACATAACAAGCCCTGGTCGGATCAGAGGCTCAGACAAAGATAGCGGGAGTCAATTGGGCGGCGCTAATTTGAAAATCGGCCAAATACCGCGGCGGAGGACGAGGACGAGGACGACACTCCTGCCTTAATTCGCCGCCTTATTTATAATTAAATAACATAAAAGCCC
GGACGCCATGAACGAACCAGCCGAGCACGCTGTCGCCGCCGTCGCCGTCGCCGCTCAGCTCGTGCAGAAGCGCAGCCACCAGGTGGCGGAGGCGGACATGCCCACCGCCGCCAGGCCGCCAATGGAGAGAGGCGGCGCGGAAGCAGAGGCGGAGGAGGATAGGAAACGGGCGGCAGAGCACAAGAAACAGCGGTCCAAGA
ACTGGACGCGAGCGGAGACGCTGAAGCTCATCCGCCAGCGAGCGGAGATGGAGCCGCGGTTCGCCCGCAGCGGGCGGAAGTCGGAGCTGTGGGAGGAGATCGCTGAATCCCTCCGCCGCGAGAGCGTCGCTCGAGATGCCCAGCGGTGCAGAGATAAGTGGGAGAAATTGACGGCGAGCTACAAGGAAGTCCGCGACGGG
CTGCGCGACAGGCAGGACTTCCCGTTTTTCGACGAGCTCGACCCGCTGCTCTCACTTAAGCCTCAGAAGGCAGCGGCTGCGGCTGCGGCGGCCGCCGCTAATTTTGTTCCTGCTGAGACTCCCAGCAATTTCCCGACGGACGACGAGATGACAGAGGAGGGATCTCCTGCCGGGAAGCGTAGAAAGACAGTGGCCAGAGG
CCTCTCGGCGATGGACCTGGACGCCGTCCGAGAGCTCTTGGAGAGCCTTGTGAACCGACAGCAGAGGTTTTTCGTGGATCTGCTGGATTCGATCGAGCGCAAAGAGGAAATCCGCGAGCGGATTCGTCAAGAGAAGGAGGAGAAGTGGCGGGCGGAGGAGAGAGCACAGCGGGGTTTGTTTAACAACGCCATGATTGTTT
TAGCCAAGAAGTTCGTTGATGGCGACGCGGGGTTTTGTGGGTTTGACGCGGGGTTTTGTGGCGGGTTTGAAGAATTCAAACCCAAACCCACTACAGGGGGTTCTGAACAGACTGATCATGACGCTGGTGCAGCTGCTCCCATCGTTGGCGGCAGCGGCGGAGGGCCGAAGAAGAGGTCAAAGAATTGGAAGCGAGCGGAG
GTTCTGCGGTTAATTAAATTCAGGGCGGAGATGGAGTCGAGATTCACCAAGTCGACTCGGCGGGCGGCGTTGTGGGAAGAGCTTGCTGAGCGTTTGGGGGCGGAGGGTATTAAGCGGGATGGGAAGCAGTGCAGAGAAAAGTGGGACAAGTTAATGGCAGAGTTCAAGGATGTGAGTGATGGCAAGAGGGATCGGAGCGA
GAGCCCTTATTACGCAGAGCTCACCGCCACTGTCGGCCCCGGCCGCTCTGCCGAAGCAGGGTGAACTCTGCCCAAATGGTGTGGGGTGGGGGTGAAGTTGTGCAACTTGCTTGCTCTTGATCATTTGTGGATATTGATAATAATTTTTCGTCCTCAAGCTCGGTGATCTCTGAGGGTGCAGTTGTATAACTTCTCTTGCT
CTAATGACCTAATTCGATCAATTATAGACATTGATATAATTTCTTTCTTCACATCTTTGAAACCTTGTATGATACATGAGGTCTGGGCCAGGCCAATCAGAGGCCATGTTGTAATCGGTGGTAACGCCACTCTCTGTACATATAGATTAATGATTTGCTCCTGTTCATATGAAGGAATGATTTGCTGTTGTCTCGGAAAG
GAGGATTTTAAGTCATCAAGgtatgtaatttaaggcagtgttggggatagctaatggggcttctgtgtctgctgccttcagtgcatgtaaaaggcagcagttgtgtattttgtgtattttatgggcctgttcaaaagcttccaccagttgaatatagcaatctaatttaaaacatttgcttgttttaccatacttgcagt
ctgttccttttgattttctttctcaggatgtgaatatatatgtatgggaaaagtttgatggatattcttttgttgtgaactgaagtttccagtatactgggaaggggggaacttgtatgaaatgtccgtttgttgttaaatatttgtcatgtttgcaatatagCATGTGATGCAGAAGTCGTGCAAAAAGGGCTTCACTG
ATTGAAATATCAGATGTGCCAGATGTGCCAGTGAAGCCAGCGGCTTTGGCTGCCCGGTGGGCCATGGTTTAGTGCCTGATGACCTGGGTTTAAACTCTACCATGTTTACATCGTGTACCAGCTCGAAGTAAATGTTAATACCAGGTAAGTAGAGGATGATTCTGAAGTTAATGCCGAGGATGGTTATTGCTCGTGATTTT
TGAGATTAGGTGTAAAGTTTTGGTGATTGCCGAGGATGGTTATTGCTCGTGATTTTTGAGATTAGGTGTAAAGTTTTGGTGATTTTTGAGTGTAAATATTATGTTTTATGTTTTATTTTTTAATTATATGATAAGATTAAGTTTTAAATTGAGGATATACTTCAGGTTAGTTGTAAATTTTCATGATATTTGAGTGTTAT
AAATCATCATTTTGAGATTATCCGGGTCTTATGAGTAATTATTTTCGGGCTTGCAC
Intron 3 GTATGTAATT ... GATGTGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 74.07 | 7 | 20 | 5 |
| A2 | 70 | 6 | 14 | 1 |
| A3 | 66.67 | 5 | 10 | 2 |
| A4 | 100 | 0 | 10 | 0 |
| A5 | 38.1 | 13 | 8 | 2 |
| A6 | 69.61 | 80.3 | 184 | 9 |
| A7 | 73.01 | 20.3 | 55 | 2 |
| A8 | 72.06 | 57 | 147 | 5 |
| A9 | 62.66 | 39.3 | 66 | 12 |
| A10 | 65.88 | 47.7 | 92 | 2 |
>TRINITY_DN42467_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoformTCCTCGATCGAATCCAGCAGATCCACGAAAAACCTCTGCTGCGCGACAGGCAGGACTTCCCGTTTTTCGACGAGCTCGACCCGCTGCTCTCACTTAAGCCTCAGAAGGCAGCGGCTGCGGCTGCGGCGGCCGCCGCTAATTTTGTTCCTGCTGAGACTCCCAGCAATTTCCCGACGGACGACGAGATGACAGAGGAGGGA
TCTCCTGCCGGGAAGCGTAGAAAGACAGTGGCCAGAGGCCTCTCGGCGATGGACCTGGACGCCGTCCGAGAGCTTTTGGAGAGCCTTGTGAACCGACAGCAGAGGTTTTTCGTGGATCTGCTGGATTCGATCGAGCGCAAAGAGGAAATCCGCGAGCGGATTCGTCAAGAGAAGGAGGAGAAGTGGCGGGCGGAGGAGAG
AGCACAGCGGGGTTTGTTTAACAACGCCATGATTGTTTTAGCCAAGAAGTTCGTTGATGGCGACGCGGGGTTTTGTGGGTTTGACGCGGGGTTTTGTGGCGGGTTTGAAGAATTCAAACCCAAACCCACTACAGGGGGTTCTGAACAGACTGATCATGACGCTGGTGCAGCTGCTCCCATCGTTGGCGGCAGCGGCGGAG
GGCCGAAGAAGAGGTCAAAGAATTGGAAGCGAGCGGAGGTTCTGCGGTTAATTAAATTCAGGGCGGAGATGGAGTCGAGATTCACCAAGTCGACTCGGCGGGCGGCGTTGTGGGAAGAGCTTGCTGAGCGTTTGGGGGCGGAGGGTATTAAGCGGGATGGGAAGCAGTGCAGAGAAAAGTGGGACAAGTTAATGGCAGAG
TTCAAGGATGTGAGTGATGGCAAGAGGGATCGGAGCGAGAGCCCTTATTACGCAGAGCTCACCGCCACTGTCGGCCCCGGCCGCTCTGCCGAAGCAGGGTGAACTTTGCCCAAATGGTGTGGGGTGGGGGTGAAGTTGTGCAACTTGCTTGCTCTTGATCATTTGTGGATATTGATAATAATTTTTTGTCCTCAAGCTCG
GTGATCTCTGGGGGTGCAGTTGTATAACTTCTCTTGCTCTAATGACCTAATTCGATCAATTATAGACATTGATACAATTTCTTTCTTTCACATCTTTGAAACCTTGTATGATACATGAGGTCTGGGCCAGGCCAATCAGAGGCCATGTTGTAATCGGTGGTAACGCCACTCTCTGTACATATAGATTAATGATTTGCTCC
TGTTCATATGAAGGAATGATTTGCTGTTGTCTCGGAAAGGAGGATTTTAAGTCATCAAGATGTGCCAGTGAAGCCAGCGGCTTTGGCTGCCCGGTGGGCCATGGTTTAGTGCCTGATGACCTGGGTTTAAACTCTACCATGTTTACATCGTGTACCAGCTCGAAGTAAATGTTAATACCAG
>TRINITY_DN42467_c0_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:GTCTGACAGTTTTAACGTCCTTCATGGGAAGACGAGATCTATCTACCGCCCCTTGGCATTCAATGTCCCGGGAAACATAACAAGCCCTGGTCGGATCAGAGGCTCAGACAAAGATAGCGGGAGTCAATTGGGCGGCGCTAATTTGAAAATCGGCCAAATACCGCGGCGGAGGACGAGGACGAGGACGACACTCCTGCCTT
AATTCGCCGCCTTATTTATAATTAAATAACATAAAAGCCCGGACGCCATGAACGAACCAGCCGAGCACGCTGCCGCCGCCGTCGCCGTCGCCGCTCAGCTCGTGCAGAAGCGCAGCCACCAGGTGGCGGAGGCGGACATGCCCACCGCCGCCAGGCTGCCAATGGAGAGAGGCGGCGCGGAAGCAGAGGCGGAGGAGGAT
AGGAAACGGGCGGCAGAGCACAAGAAACAGCGGTCCAAGAACTGGACGCGAGCGGAGACGCTGAAGCTCATCCGCCAGCGAGCGGAGATGGAGCCGCGGTTCGCCCGCAGCGGGCGGAAGTCGGAGCTGTGGGAGGAGATCGCTGAATCCCTCCGCCGCGAGAGCGTCGCCCGAGATGCCCAGCGGTGCAGAGATAAGTG
GGAGAAATTGACGGCGAGCTACAAGGAAGTCCGCGACGGGCTGCGCGACAGGCAGGACTTCCCGTTTTTCGACGAGCTCGACCCGCTGCTCTCACTTAAGCCTCAGAAGGCAGCGGCTGCGGCTGCGGCGGCCGCCGCTAATTTTGTTCCTGCTGAGACTCCCAGCAATTTCCCGACGGACGACGAGATGACAGAGGAGG
GATCTCCTGCCGGGAAGCGTAGAAAGACAGTGGCCAGAGGCCTCTCGGCGATGGACCTGGACGCCGTCCGAGAGCTTTTGGAGAGCCTTGTGAACCGACAGCAGAGGTTTTTCGTGGATCTGCTGGATTCGATCGAGCGCAAAGAGGAAATCCGCGAGCGGATTCGTCAAGAGAAGGAGGAGAAGTGGCGGGCGGAGGAG
AGAGCACAGCGGGGTTTGTTTAACAACGCCATGATTGTTTTAGCCAAGAAGTTCGTTGATGGCGACGCGGGGTTTTGTGGGTTTGACGCGGGGTTTTGTGGCGGGTTTGAAGAATTCAAACCCAAACCCACTACAGGGGGTTCTGAACAGACTGATCATGACGCTGGTGCAGCTGCTCCCATCGTTGGCGGCAGCGGCGG
AGGGCCGAAGAAGAGGTCAAAGAATTGGAAGCGAGCGGAGGTTCTGCGGTTAATTAAATTCAGGGCGGAGATGGAGTCGAGATTCACCAAGTCGACTCGGCGGGCGGCGTTGTGGGAAGAGCTTGCTGAGCGTTTGGGGGCGGAGGGTATTAAGCGGGATGGGAAGCAGTGCAGAGAAAAGTGGGACAAGTTAATGGCAG
AGTTCAAGGATGTGAGTGATGGCAAGAGGGATCGGAGCGAGAGCCCTTATTACGCAGAGCTCACCGCCACTGTCGGCCCCGGCCGCTCTGCCGAAGCAGGGTGAACTTTGCCCAAATGGTGTGGGGTGGGGGTGAAGTTGTGCAACTTGCTTGCTCTTGATCATTTGTGGATATTGATAATAATTTTTTGTCCTCAAGCT
CGGTGATCTCTGGGGGTGCAGTTGTATAACTTCTCTTGCTCTAATGACCTAATTCGATCAATTATAGACATTGATATAATTTCTTTCTTCACATCTTTGAAACCTTGTATGATACATGAGGTCTGGGCCAGGCCAATCAGAGGCCATGTTGTAATCGGTGGTAACGCCACTCTCTGTACATATAGATTAATGATTTGCTC
CTGTTCATATGAAGGAATGATTTGCTGTTGTCTCGGAAAGGAGGATTTTAAGTCATCAAGgtatgtaatttaaggcagtgttggggatagctaatggggcttctgtgtctgctgccttcagtgcatgtaaaaggcagcagttgtgtattttgtgtattttatgggcctgttcaaaagcttccaccagttgaatatagcaa
tctaatttaaaacatttgcttgttttaccatacttgcagtctgttccttttgattttctttctcaggatgtgaatatatatgtatgggaaaagtttgatggatattcttttgttgtgaactgaagtttccagtatactgggaaggggggaacttgtatgaaatgtccgtttgttgttaaatatttgtcatgtttgcaata
tagcatgtgatgcagaagtcgtgcaaaaagggcttcactgattgaaatatcagatgtgccagATGTGCCAGTGAAGCCAGCGGCTTTGGCTGCCCGGTGGGCCATGGTTTAGTGCCTGATGACCTGGGTTTAAACTCTACCATGTTTACATCGTGTACCAGCTCGAAGTAAATGTTAATACCAGGGAAGAATGAGTTCGA
CAGTGAGCTATGCTGCTCCCATACCTCATCATATATCATATATGAAAGCTCAGGAGGGAGGAATGAATTTGAAAGTGAGTTATGCTCCTCTTATGTCTCATCATATATGATAGCTCTACTCTCATCACAGTGAGTGATGCTCCTCTTATGTCTCACCATAGATATATGATAGCTTAGCGAGGAGCTTGGGATTTGACAGT
GTGCTATGCCCATGTACACCCTCTCATATGTGGCAGTTTAAGCAAACCAGATCTGAGTTTGACAGTGAGGTGTTAGATGTGTTAGATCCCAGCTACTTTATTAATCAGTTCTCCGATCTAACACTTCAAAAAGCTAAGGTGTTCTGGCATCTGTGCAGAGGTTAAGCAGATTTGATGAGCTGGCTTGCCTCACTACCAGT
AGTACGAAAACAAATATCCATGAATCTGGAGTGGAAAGGAAACCACAAAGAAACAACTTTTTTATTGCAACGGATAGTGTTTCATTTGAAATATTTAAAATTATAGATTTGTTTTAACTTTGCACTTTTAGTTTGGATTTATTAAGATGATTAATAGAAAGTCATGTTAATTTTGTAGGTTTAAAG