NA ----> NA

Intron 1 GTAAGCTCAA ... ATCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.93	114	32	0
A2	27.98	87.5	34	1
A3	25.13	86.5	29	0
A4	19.19	88.5	21	0
A5	23.67	64.5	20	0
A6	18.11	982	217	0
A7	19.09	530.5	125	0
A8	18.48	578.5	131	0
A9	22.31	641	184	0
A10	16.15	442	85	0

>TRINITY_DN106798_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

ATTTAATCAAAGAGACTTACATTGATTGCATTAAGCTGTGTTGCACTTGAAAACCCCAATAGAGTGTCATCGATTCTAATCAACCAAGTGTGGGATTTTGTCTCTCTGTAGACTGAACTGTCTAAATCTGGTCTGAACGGTGCTAGATACCAAAATCCCACCCGAGAAATGTCGGCTCTGTTCAATTTTCAGTCATTCTT
AACGGTTGTGCTGCTCGTGATATGCACTTGCACTTATATCAAATTGCATTTTCCTGCCGTTCTCGAACACAGAACAGGGTGAGCGTTTGAGTCCTTGGGTGGCAGCAGGATGCCTCACAATGGGGTTGTCTATACTGTTTTTTTGAACTGTAAATCTAGTTTTCATGACAGGAAACTGCTTCCTTCAGCCTTTTCTGCTC
TGACTGTCTAGAAAGTTGGCTACCCTCTTGATAACTTGCATATTTAATGTTGCGAAGCCTTCCAGCTACTTATACCAGAGTTCTCTGCATTGAGATGCTATTCATGGGCAACGTTTATATATTATTATTGCCTTTTTTTCATATGCAAGTTTTGTTGTGCAAAGAGGGTTAGCCTTACAAAAACTATTGATGCAGAACCT
GGTGAATTATTGGATTTTCTCTTGCCCCATTTTTTGAGAAAGGATTTTATTTCTGGTTTCTCCATTGAGTTTTTGACGCCTTCTGTACCAAGCTATGCAATCTAGACATATATATAATTGCACAAATTATTAAACTGGCTGGCTTTACAGATTGAAAGGAACAAGGAGCGGTAGTGAATTTGATAGTCATTTGATTCAAA
AGCATATGCATTTGTTACCCCTTTGGGGCAATAGATATGTATATTGAATTTGTGTAATAATATTGGATGCAGGCTTATTTTACAAATAATTTTGTTCAACTTTGTTGGTCTTGTCCTTTTCATGAAACATACCATCCTAAGGTGGTAGCTTTTAAAATTCCCATGCCTTATAATATGTCATCTTCAAGTGGAAGTCACGG
GCAAGGCATTTCCTCTCAATTATGATTCTGCTGTAAGTTGAAGTTGGATATTATTTACCAGCACAAAAATATAATGGGATTGAGTTGAGTTACAATGGAACTTGTATGAGATGAATTTATATGATGTATTGG

>TRINITY_DN106798_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATTTAATCAAAGAGACTTACATTGATTGCATTAAGCTGTGTTGCACTTGAAAACCCCAATAGAGTGTCATCGATTCTAATCAACCAAGTGTGGGATTTTGTCTCTCTGTAGACTGAACTGTCTAAATCTGGTCTGAACGGTGCTAGATACCAAAATCCCACCCGAGAAATGgtaagctcaatcccacttttctgtcttta
cgaagttcttgtttcagagaatttgtttgcccattattttttaatctcataatcagaatttctgtttggatcattgcagTCGGCTCTGTTCAATTTTCAGT

Intron 2 GTTTCGAGGT ... GCAAGGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.32	39	100	94
A2	66.45	26	54	49
A3	65.71	24	48	44
A4	67.19	21	43	43
A5	77.22	13	43.2	45
A6	64.11	374	690	646
A7	65.3	182	346	339
A8	64.42	230	441	392
A9	64.96	233	436	428
A10	64.45	169	317.7	295

>TRINITY_DN112214_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

AAATAATCCAATAAAACATGAAAAAGGTTCTCAATAGATGATTTAATCAAAGAGACTTACATTGATTGCATTAAGCTGTGTTGCACTTGAAAACCCCAATAGAGTGTCATCGATTCTAGTCAACCAAGTTTGGGATTTTGTCTCTCTGTAGACTGAACTGTCTAAATCTGGTCTGAACGGTGTTAGATACCAAAAATTCA
CCCGAGAAATGTCGGCTCTGTTCAATTTTCAGTCATTCTTAACGGTTGTGCTGCTCGTGATATGCACTTGCACTTATATCAAATTGCATTTTCCTGCCGTTCTCGAACACAGAACAGGGTGAGCGTTTGAGTCCTTGGGTGGCAGCAGGATGCCTCACAATGGGGTTGTCTATACTGTTTTTTTGAACTGTAAATCTAGT
TTTCATGACAGGAAACTGCTTCCTTCAGCCTTTTCTGCTCTGACTGTCTAGAAAGTTGGCTACCCTCTTGATAACTTGCATATTTAATGTTGCGATTCTGCGAAGCCTTCCAGCTACTTATACCAGAGTTCTCTGCATTGAGATGCTATTCATGGGCAACATTTATATATTATTATTGCTTATTTTTCATATGCAAGTTT
TGTTGTGCAAAGAGGGTTAGCCTTACAAAAACTATTGATGCAGAACCTGGTGAATTATTGGATTTTCTCTTGCCCCATTTTTTGAGAAAGGATTTTATTTCTGGTTTCTCCATTGAGTTTTTGACGCCTTCTGTACCAAGCTATGCAATCTAGACATATATATAATTGCACAAATTATTAAACTGGCTGGCTTTACAGAT
TGAAAGGAACAAGGAGCGGTAGTGAATTTGATAGTCATTTGATTCAAAAGCATATGCATTTGTTACCCCTTCGGGGCAATAGATATGTATATTGAATTTGTGTAATAATATTGGATGCAGGCTTATTTTACAAATAATTTTGTTCAACTTTGTTGGTCTTGTCCTTTTCATGAAACATACCATCCTAAGGTGGTAGCTTT
TAAAATTCCCATGCCTTATAATATGTCATCTTCAAGTGGAAGTAACGGGCAAGGCATTTCCTCTCAATTATGATTCTGCTGTAAGTTGAAGTTGGATATTATTTACCAGCACAAAAATATAATGGGATTGAGTTTAGTTACAATGGAACTTGTATGAGATGAATTTATATGATGTATTGGGCCTATTTCCTTCCAACTAT
CATGCG

>TRINITY_DN112214_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAATAATCCAATAAAACATGAAAAAGGTTCTCAATAGATGATTTAATCAAAGAGACTTACATTGATTGCATTAAGCTGTGTTGCACTTGAAAACCCCAATAGAGTGTCATCGATTCTAATCAACCAAGTGTGGGATTTTGTCTCTCTGTAGACTGAACTGTCTAAATCTGGTCTGAACGGTGCTAGATACCAAAATCCCA
CCCGAGAAATGTCGGCTCTGTTCAATTTTCAGTCATTCTTAACGGTTGTGCTGCTCGTGATATGCACTTGCACTTATATCAAATTGCATTTTCCTGCCGTTCTCGAACACAGAACAGGgtttcgaggtttcttctggaaggctgcaaggatagGTGAGCGTTTGAGTCCTTGGGTGGCAGCAGGATGCCTCACAATGGGG
TTGTCTATACTGTTTTTTTGAACTGTAAATCTAGTTTTCATGACAGGAAACTGCTTCCTTCAGCCTTTTCTGCTCTGACTGTCTAGAAAGTTGGCTACCCTCTTGATAACTTGCATATTTAATGTTGCGATTCTGCGAAGCCTTCCAGCTACTTATACCAGAGTTCTCTGCATTGAGATGCTATTCATGGGCAACATTTA
TATATTATTATTGCTTATTTTTCATATGCAAGTTTTGTTGTGCAAAGAGGGTTAGCCTTACAAAAACTATTGATGCAGAACCTGGTGAATTATTGGATTTTCTCTTGCCCCATTTTTTGAGAAAGGATTTTATTTCTGGTTTCTCCATTGAGTTTTTGACGCCTTCTGTACCAAGCTATGCAATCTAGACATATATATAA
TTGCACAAATTATTAAACTGGCTGGCTTTACAGATTGAAAGGAACAAGGAGCGGTAGTGAATTTGATAGTCATTTGATTCAAAAGCATATGCATTTGTTACCCCTTCGGGGCAATAGATATGTATATTGAATTTGTGTAATAATATTGGATGCAGGCTTATTTTACAAATAATTTTGTTCAACTTTGTTGGTCTTGTCCT
TTTCATGAAACATACCATCCTAAGGTGGTAGCTTTTAAAATTCCCATGCCTTATAATATGTCATCTTCAAGTGGAAGTAACGGGCAAGGCATTTCCTCTCAATTATGATTCTGCTGTAAGTTGAAGTTGGATATTATTTACCAGCACAAAAATATAATGGGATTGAGTTTAGTTACAATGGAACTTGTATGAGATGAATT
TATATGATGTATTGGGCCTATTTCCTTCCAACTATCATGCG