sp|Q9TKZ2|CEMA_NEPOL ----> Chloroplast envelope membrane protein

Intron 1 GTTAAAATAT ... TTCTTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.07	61	3	25
A2	36.73	31	5	18
A3	22.81	44	2	13
A4	32.79	41	3	20
A5	34.38	21	0	11
A6	26.98	46	0	17
A7	25	93	0	31
A8	34.71	79	0	42
A9	15.73	75	0	14
A10	23.58	81	0	25

>TRINITY_DN116322_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAGCTCAAGCCGGATGAAAAGACGCAAACAGAGACATCTGTGACTCTTCAATGGCTGATCACAAATTGTAGGCTTGGTACCCTTCAAAAACAAATTCACATCTTCATTCTCCGGTTTAGCTAGTGGAAAATGATCATTCGGGTCATGTTATGTTTATGTTATTAATGACCAATTCCTGTGCGGGAGGCACTCTTCATTT
CCTATGCACAGAAGCTTCATTAGCACTGTCCTTTCGCTGTCCAATTCCTACATTTCACATGCCCTCGTGGGATAACAACCGTATTAAAAGCAACAGGAGGAGGTTCAGGAGCTTTATCGTCAGAGCGGAGGCCAAGGAACCCAAGAAGAAAAGATGGTGGGAAAAGTTCCTGCTGCAGGAAATCAATACGAGCAGCTGGT
TCGGCATCGACGAAGATTTGGGCTCAGGCGACCAACTTCCAAATGACGGTCCAATGGAGGAAGAAGGGGAGGACGATGTTGCCTGGAAATGGCGTGTAGATGCGCTTTCGGAACTTCGGGAGTTCCAACAGAATGGGAGAATGAAAGATAAAGATTGGGAGGATTGGCTTGACGAGAGCTGGAGGCAGCGGGATAAACCC
TCTCAGCAGGACGATGAGGAGGGCTTTAACGATTGGGACAAGGAAGGCCCTCCCAGGGATAAAACTTCAATGCCTGAACGGGGCATGTATTTGAACGATAAGGAAATACTCTTCAATCTTTTTGATAATCCTGATAAAATGGAGGAAGACTTGAGTTCCGAGGACCGGGTTTTTCAGTATACTTCTCAAACTACTGCCAA
GTTTGTGGCATTGCTGGTGCTTGTGCCATGGGCAGTTGGTTTTGTTTTTCATGATTATGTCATGGTACCGTTCCTGAACAGGTATGTTGAGCTTGTGCCATTTGCAGCACAGTTGCTCGATGTTAGAAAAGATCAAAAGCTTGAGATGGTAGAGACCTTGAAACATGAAAAGTTACGATTTCGTTTTGAAGCAGAAATTC
GTCAGGCTCCTCCCCCTTCCAATGGAGAGGTTTCAGAACATATGAGGCATAAAGCGAGAGAACTGCGGGAGGAATTGCGATTGGAGAATAGGAAAGCATTTGGAAATATTTGGTCAGACATGGTTGTTGGGATCACTGCATTCCTCATGTTAGTTTTCAATCGAAGTAAAGTGGAAGTAATGAAATTCACAGGCTCAAGA
ATAGTAAAAGGGATTTCCGATACAGGAAAGGCATTTCTTCTTATTCTTGTTACTGACATTTTTTTGGGGTATCATTCTGAGTCAGGATGGCATACACTAATAGAGATGGTTTTGGAACACTATGGACTAACAGTCGATGAATCTGCTATCACTGTTTTTATTTGCACAGTTCCCGTCAGCATGGATGTTTGTTTCAAGCT
ATGGGTTTTCAAGTATCTTCCAAGGTTATCTCCTTCTACAGGTGCTACTTTTCATGAGATGAAACGACACTAGTGTAAATTCACCATTCTGATTGGATCAAGCTATTCAAGAACTTGTATAGAGTCTCTTGATAAAATCGGGATATTTAACAGTAATCATTATTTTGTCATTCATTGCTTCAATTTTATTACTGAATCCT
CATATGTTAATGATATTTTTTTTCAAGGACATTGCCTTGAACTTTCACATAATAGTATACATTTCCAGAATGTTGTGGGATTCAAGTTTCTAGTATTTTTGGAAGCTGTCATACAGATCAAGATTTTCTGCCTGCATAAATTCTGTAACAGGAGCTCTAATTTTGATGACATTCAATATTGTACTTATACCTCTTGTGAC
CAAAATGAAATTCACCAAATTTCATCAACAATAAGCATATTCGATCTCAGCAATACATTGAAAGATTTCTATCACTGGTGAGCCTTGAAGTTTGGTAATAGTAATAATTATAAAATATTT

>TRINITY_DN116322_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGATTTCAATGATAGTTTTGATATTCCTTTTTTCTTGGCTTCTTTTGCAAATGGAACCTTGTATGGTCACTTGCTAGTTTTGTCTGTAAGTTGTTGGGCTCAGTTGAAAATAAATGACAACTAGATAATTAAAGAGTTAAAACGAGACTGTTTAGCTTACATTTTTCTTGTTTCATATGATGTGCAGGCCAAGTTTGTGG
CATTGCTGGTGCTTGTGCCATGGGCAGTTGGTTTTGTTTTTCATGATTATGTCATGGTACCGTTCCTGAACAGgttaaaatataattctgtttcttctcaaaattttcagtgctttttaagcaattatcattgaattatgaaaacactgttggttttcaaaataaaaccatgcagaagttgtttcttgatagcgggcatt
tttcatgttgcaatatgcaatcagtgcttatgtagttttgtgtttattttactctctgtttgttttatatttaactgtgattttctttctttttctaaagtcttggtcatgctttttcaaatgttatttcattatcttattgtcatttctggttgaactcggtgttgctttgcatttctttctgttatgctttataatat
ttagggtggcagctgcatggatatagtttatggtctcagattatttagtattttctatctgacatcacagatactttcttcttaggtttagtatgaagacaatatgtgtggagttaagtttgatttaaaatacattcctatccatggttctttttcttgcacttagagagtgtttattttgaacaatttttttttcttca
cagGTATGTTGAGCTTGTGCCATTTGCAGCACAGTTGCTCGATGTTAGAAAAGATCAAAAGCTTGAGATGGTAGAGACCTTGAAACATGAAAAGTTACGATTTCGTTTTGAAGCAGAAATTCGTCAGGCTCCTCCCCCTTCCAATGGAGAGGTTTCAGAACATATGAGGCATAAAGCGAGAGAACTGCGGGAGGAATTGC
GATTGGAGAATAGGAAAGCATTTGGAAATATTTGGTCAGACATGGTTGTTGGGATCACTGCATTCCTCATGTTAGTTTTCAATCGAAGTAAAGTAAGTTTTGCACCTTATTCTTCCACACTTTTGTCATTAAACCGTGGAAATTGAAAATGTTGTCATAGGTTAATCAATACCACATATGATCTCTGTCAATCATAAAAT
TGGGAATTGGTTGGACCTTATTATGAAAATGCATGCTCACCTTGTTCGTACATATTTATTTTTGTTTTAAAAAAGTTAATATACGCTTTTCTGACTTTGTTCTTGATCAAAGTTCAACCTTTATTGTTCTTTAGTAAAGAACAATGATCCATCTGTTTGACATTCTAATCTCTAGAGATCCCTCTTGGAATTCTGCCAAC
TTTTGTAAACAATTCTATCAGCACATTAATCAACTTATCTTCATGGTTGTGAATCTGTATGTATTGGTAGAGCTGATACTTAACTTTTAACTTGATATTTTGATAATAACTGCCTGATTCGAGTAATAGACAGTGACTCAAGCCACTGGTATATTTGTTTTGAAACCCTTGATCAAATTAATTAATTCCTCTCCACATGT
ATATCTATGTATTACCTACTGTGCAAGAACTACTAGAATAGTTCACTGTGTGAAAAGCAACTGGTACAAGAAAGCTATCGAGTAGCC

Intron 2 GTACATTGTC ... AATATACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.73	13	15	14
A2	43.75	9	4	10
A3	48.15	7	2	11
A4	60	4	8	4
A5	71.43	2	8	2
A6	25.93	10	5	2
A7	35.85	17	9	10
A8	44	14	14	8
A9	30	21	10	8
A10	43.75	9	6	8

>TRINITY_DN45100_c1_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

AGAGCATAGTTTGAAAGAAGAGAGCCATTTAATTTCCTCCTCTCCAACTTCATGAGTTTCGTATATTCATGTGGATGAACATACCAGAGAAGAAGAGGAGGTGGAGATGCCAGGGTGGTCTCCGCTGCTAAGGGTATTGCTTCCAGTAAGGAGCGAAAGATGACTAAATTGTTACATGAAAAGTGGATTTGCAAAAATAG
TACGATAAGTCCAGCTTCAAACCCAAGGGAATTGGCACCATTTGGCTCAAATAACCTGGATTCCATGACTTTGTGTTGCATAATGTTCTCTATATTCTGGAGTTATAGAGAAACTTGTTGTATCTTATGTAAATTCTATAGTAAGGTTATTCCATCCACATATTTGATGGGCATGTTGAGATAAGGAGATCCTTTGACAA
CCAAGTTATCATGTCTATGTATGAAGATGAGAAATTGTTGAAGCTAAAAGACACATTTTGCAAGGGCACATAATTTTGCACTCCTCTCACCATTATGAAGGATGATGTGATTGAAAGGATTGGAAGACTGAATCTTGAAGAGAATGAAGCACCACTAGCTAAGCAACATGTATCCTCGTAGAAAGTTTCAAAGTGGGTCA
TGAAGACACTTGAAAGTGTTCATCTTGATGAAGTTGGAAAGATCGGAACTAGAAGTTCGACAAGACAAGAAGATGGAGGAGATGCAGATAATTCAAATTCATGTGATGTAGATGATATGGATGTTTCATATGATTGTGAATTGAATTTATCTTCTATCCTTGAACCAAAGAAGTTGTTGCTCATGATTAATGGAAAGAAT
CCATGTAGAATGAATATAATGCTCTCATAAAAATGGGACATGGAAGTTGGTGGTCCATCCATTTGGTTGCAAGTGGGTCTACAAGAACAAATACAAATTAGATGGCTCACTTGATAAGAATAAATCGAGGCTTCTAGAAAAAAAAATTGCATAGAAAGAAGGAATTGACTTTGATAAGACTTTCATAAGAAATTACAACC
CCCAAAATGTATCCAA

>TRINITY_DN45100_c1_g1_i16 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGAGCATAGTTTGAAAGAAGAGAGCCATTTAATTTCCTCCTCTCCAACTTCATGAGTTTCGTATATTCATGTGGATGAACATACCAGAGAAGAAGAGGAGGTGGAGATGCCAGGGTGGTCTCCGCTGCTAAGGGTATTGCTTCCAGTAAGGAGCGAAAGATGACTAAATTGTTACATGAAAAGTGGATTTGCAAAAATAG
TACGATAAGTCCAGCTTCAAACCCAAGGGAATTGGCACCATTTGGCTCAAATAACCTGGATTCCATGACTTTGTGTTGCATAATGTTCTCTATATTCTGGAGTTATAGAGAAACTTGTTGTATCTTATGTAAATTCTATAGTAAGGTTATTCCATCCACATATTTGATGGGCATGTTGAGATAAGGAGATCCTTTGACAA
CCAAGTTATCATGTCTATGTATGAAGATGAGAAATTGTTGAAGCTAAAAGACACATTTTGCAAGGGCACATAATTTTGCACTCCTCTCACCATTATGAAGgtacattgtctcccagtcttttgtggcatgctagatatggacattgatagccttcatttgttaaagaagaatggtgtttttggttttcccaccattataa
agaagttgaaacaatgtgatgcttgtatttttggaaaacatagtaagtagcctttccatgagccaaattccagggcacgtagaaaattagagttgatacattatgacttcattgaccccatggttgttgcttttgcaaatgataataaatatctcatgaattttattgatgaatataccagGATGATGTGATTGAAAGGA
TTGGAAGACTGAATCTTGAAGAGAATGAAGCACCACTAGCTAAGCAACATGTATCCTCGTAGAAAGTTTCAAAGTGGGTCATGAAGACACTTGAAAGTGTTCATCTTGATGAAGTTGGAAAGATCGGAACTAGAAGTTCGACAAGACAAGAAGATGGAGGAGATGCAGATAATTCAAATTCATGTGATGTAGATGATATG
GATGTTTCATATGATTGTGAATTGAATTTATCTTCTATCCTTGAACCAAAGAAGTTGTTGCTCATGATTAATGGAAAGAATCCATGTAGAATGAATATAATGCTCTCATAAAAATGGGACATGGAAGTTGGTGGTCCATCCATTTGGTTGCAAGTGGGTCTACAAGAACAAATACAAATTAGATGGCTCACTTGATAAGA
ATAAATCGAGGCTTCTAGAAAAAAAAATTGCATAGAAAGAAGGAATTGACTTTGATAAGACTTTCATAAGAAATTACAACCCCCAAAATGTATCCAA

Intron 3 GCCAAGTTTG ... TCCTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.07	29	30	61
A2	60	22	35	31
A3	69.64	17	34	44
A4	59.26	22	23	41
A5	71.43	7	14	21
A6	72.28	14	27	46
A7	67.93	38	68	93
A8	60	43	50	79
A9	73.47	26	69	75
A10	66.02	35	55	81

>TRINITY_DN45734_c0_g3_i2 from sample A10 / Example spliced isoform

CGACGGTAGATTACGTGGCAAAACTCGTGTCAGTCTCGAAACTTTTAAGATATCTAAAGTCTCGTCCACAGAAGCGGAGCAAAAGCTCAAGCCGGATGAAAAGACGCAAACAGAGACATCTGTGACTCTTCAATGGCTGATCACAAATTGTAGGCTTGGTACCCTTCAAAAACAAATTCACATCTTCATTCTCCGGTTTA
GCTAGTGGAAAATGATCATTCGGGTCATGTTATGTTTATGTTATTAATGACCAATTCCTGTGCGGGAGGCACTCTTCATTTCCTATGCACAGAAGCTTCATTAGCACTGTCCTTTCGCTGTCCAATTCCTACATTTCACATGCCCTCGTGGGATAACAACCGTATTAAAAGCAACAGGAGGAGGTTCAGGAGCTTTATCG
TCAGAGCGGAGGCCAAGGAACCCAAGAAGAAAAGATGGTGGGAAAAGTTCCTGCTGCAGGAAATCAATACGAGCAGCTGGTTCGGCATCGACGAAGATTTGGGCTCAGGCGACCAACTTCCAAATGACGGTCCAATGGAGGAAGAAGGGGAGGACGATGTTGCCTGGAAATGGCGTGTAGATGCGCTTTCGGAACTTCGG
GAGTTCCAACAGAATGGGAGAATGAAAGATAAAGATTGGGAGGATTGGCTTGACGAGAGCTGGAGGCAGCGGGATAAACCCTCTCAGCAGGACGATGAGGAGGGCTTTAACGATTGGGACAAGGAAGGCCCTCCCAGGGATAAAACTTCAATGCCTGAACGGGGCATGTATTTGAACGATAAGGAAATACTCTTCAATCT
TTTTGATAATCCTGATAAAATGGAGGAAGACTTGAGTTCCGAGGACCGGGTTTTTCAGTATACTTCTCAAACTACTGTATGTTGAGCTTGTGCCATTTGCAGCACAGTTGCTCGATGTTAGAAAAGATCAAAAGCTTGAGATGGTAGAGACCTTGAAACATGAAAAGTTACGATTTCGTTTTGAAGCAGAAATTCGTCAG
GCTCCTCCCCCTTCCAATGGAGAGGTTTCAGAACATATGAGGCATAAAGCGAGAGAACTGCGGGAGGAATTGCGATTGGAGAATAGGAAAGCATTTGGAAATATTTGGTCAGACATGGTTGTTGGGATCACTGCATTCCTCATGTTAGTTTTCAATCGAAGTAAAGTGGAAGTAATGAAATTCACAGGCTCAAGAATAGT
AAAAGGGATTTCCGATACAGGAAAGGCATTTCTTCTTATTCTTGTTACTGACATTTTTTTGGGGTATCATTCTGAGTCAGGATGGCATACACTAATAGAGATGGTTTTGGAACACTATGGACTAACAGTCGATGAATCTGCTATCACTGTTTTTATTTGCACAGTTCCCGTCAGCATGGATGTTTGTTTCAAGCTATGGG
TTTTCAAGTATCTTCCAAGGTTATCTCCTTCTACAGGTGCTACTTTTCATGAGATGAAACGACACTAGTGTAAATTCACCATTCTGATTGGATCAAGCTATTCAAGAACTTGTATAGAGTCTCTTGATAAAATCGGGATATTTAACAGTAATCATTATTTTGTCATTCATTGCTTCAATTTTATTACTGAATCCTCATAT
GTTAATGATATTTTTTTTCAAGGACATTGCCTTGAACTTTCACATAATAGTATACATTTCCAGAATGTTGTGGGATTCAAGTTTCTAGTATTTTTGGAAGCTGTCATACAGATCAAGATTTTCTGCCTGCATAAATTCTGTAACAGGAGCTCTAATTTTGATGACATTCAATATTGTACTTATACCTCTTGTGACCAAAA
TGAAATTCACCAAATTTCATCAACAATAAGCATATTCGATCTCAGCAATACATTGAAAGATTTCTATCACTGGTGAGCCTTGAAGTTTGGTAATAGTAATAATTATAAAATATTTGTTGCCTAGTTCAAGCATGCCACACTATTCTTCCTTTTTGTGTCAACCAGAAAACTACACATAAATGCACACATATACTCTGAGA
CCAGTGATGTTTTCCCATGCTCCTCGGTGATTGAATGCAAAACATGATCTATATATCTGAGATTTATTTTTCATAAAATATCCAAATCGAGACAGCTATTGTAAAGGACTTCGATTTGCATCTCTCTGCTCCACATTTACATCATATGTGAAGGTGAATTGTAATATTGCTAGAATTGTTTTGGTATAAAATTATGGTAT
CAAGCATCGATGCCCCCTCCCATATACTAATGGTTGTAACATTTAGTTGCAATAAATAAGCTGCACTGTGAGTGCGAATTGCTATGACAAATCTTGTGTGTATGTTTGAAGTTGAACTTTGTGGCATTCATCATTTCCCACTGAGGTACACTCGGAGGGATTGCTGGAGTTAAAATCTCGGAGTTACTGTTTACTTGTGC
GTATGTTTGAACTTTGTGGCATTCATCATTTTCCATTGAGGTACACTCGGAGGGATTGCTCGGAGTTACCTTTCGCCTGTCATGATTTATATCACAGATGATAGGTTCAGATCCATTCTTCAATTGGAACATTAAATGGCCC

>TRINITY_DN45734_c0_g3_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CGACGGTAGATTACGTGGCAAAACTCGTGTCAGTCTCGAAACTTTTAAGATATCTAAAGTCTCGTCCACAGAAGCGGAGCAAAAGCTCAAGCCGGATGAAAAGACGCAAACAGAGACATCTGTGACTCTTCAATGGCTGATCACAAATTGTAGGCTTGGTACCCTTCAAAAACAAATTCACATCTTCATTCTCCGGTTTA
GCTAGTGGAAAATGATCATTCGGGTCATGTTATGTTTATGTTATTAATGACCAATTCCTGTGCGGGAGGCACTCTTCATTTCCTATGCACAGAAGCTTCATTAGCACTGTCCTTTCGCTGTCCAATTCCTACATTTCACATGCCCTCGTGGGATAACAACCGTATTAAAAGCAACAGGAGGAGGTTCAGGAGCTTTATCG
TCAGAGCGGAGGCCAAGGAACCCAAGAAGAAAAGATGGTGGGAAAAGTTCCTGCTGCAGGAAATCAATACGAGCAGCTGGTTCGGCATCGACGAAGATTTGGGCTCAGGCGACCAACTTCCAAATGACGGTCCAATGGAGGAAGAAGGGGAGGACGATGTTGCCTGGAAATGGCGTGTAGATGCGCTTTCGGAACTTCGG
GAGTTCCAACAGAATGGGAGAATGAAAGATAAAGATTGGGAGGATTGGCTTGACGAGAGCTGGAGGCAGCGGGATAAACCCTCTCAGCAGGACGATGAGGAGGGCTTTAACGATTGGGACAAGGAAGGCCCTCCCAGGGATAAAACTTCAATGCCTGAACGGGGCATGTATTTGAACGATAAGGAAATACTCTTCAATCT
TTTTGATAATCCTGATAAAATGGAGGAAGACTTGAGTTCCGAGGACCGGGTTTTTCAGTATACTTCTCAAACTACTgccaagtttgtggcattgctggtgcttgtgccatgggcagttggttttgtttttcatgattatgtcatggtaccgttcctgaacagGTATGTTGAGCTTGTGCCATTTGCAGCACAGTTGCTCG
ATGTTAGAAAAGATCAAAAGCTTGAGATGGTAGAGACCTTGAAACATGAAAAGTTACGATTTCGTTTTGAAGCAGAAATTCGTCAGGCTCCTCCCCCTTCCAATGGAGAGGTTTCAGAACATATGAGGCATAAAGCGAGAGAACTGCGGGAGGAATTGCGATTGGAGAATAGGAAAGCATTTGGAAATATTTGGTCAGAC
ATGGTTGTTGGGATCACTGCATTCCTCATGTTAGTTTTCAATCGAAGTAAAGTGGAAGTAATGAAATTCACAGGCTCAAGAATAGTAAAAGGGATTTCCGATACAGGAAAGGCATTTCTTCTTATTCTTGTTACTGACATTTTTTTGGGGTATCATTCTGAGTCAGGATGGCATACACTAATAGAGATGGTTTTGGAACA
CTATGGACTAACAGTCGATGAATCTGCTATCACTGTTTTTATTTGCACAGTTCCCGTCAGCATGGATGTTTGTTTCAAGCTATGGGTTTTCAAGTATCTTCCAAGGTTATCTCCTTCTACAGGTGCTACTTTTCATGAGATGAAACGACACTAGTGTAAATTCACCATTCTGATTGGATCAAGCTATTCAAGAACTTGTA
TAGAGTCTCTTGATAAAATCGGGATATTTAACAGTAATCATTATTTTGTCATTCATTGCTTCAATTTTATTACTGAATCCTCATATGTTAATGATATTTTTTTTCAAGGACATTGCCTTGAACTTTCACATAATAGTATACATTTCCAGAATGTTGTGGGATTCAAGTTTCTAGTATTTTTGGAAGCTGTCATACAGATC
AAGATTTTCTGCCTGCATAAATTCTGTAACAGGAGCTCTAATTTTGATGACATTCAATATTGTACTTATACCTCTTGTGACCAAAATGAAATTCACCAAATTTCATCAACAATAAGCATATTCGATCTCAGCAATACATTGAAAGATTTCTATCACTGGTGAGCCTTGAAGTTTGGTAATAGTAATAATTATAAAATATT
TGTTGCCTAGTTCAAGCATGCCACACTATTCTTCCTTTTTGTGTCAACCAGAAAACTACACATAAATGCACACATATACTCTGAGACCAGTGATGTTTTCCCATGCTCCTCGGTGATTGAATGCAAAACATGATCTATATATCTGAGATTTATTTTTCATAAAATATCCAAATCGAGACAGCTATTGTAAAGGACTTCGA
TTTGCATCTCTCTGCTCCACATTTACATCATATGTGAAGGTGAATTGTAATATTGCTAGAATTGTTTTGGTATAAAATTATGGTATCAAGCATCGATGCCCCCTCCCATATACTAATGGTTGTAACATTTAGTTGCAATAAATAAGCTGCACTGTGAGTGCGAATTGCTATGACAAATCTTGTGTGTATGTTTGAAGTTG
AACTTTGTGGCATTCATCATTTCCCACTGAGGTACACTCGGAGGGATTGCTGGAGTTAAAATCTCGGAGTTACTGTTTACTTGTGCGTATGTTTGAACTTTGTGGCATTCATCATTTTCCATTGAGGTACACTCGGAGGGATTGCTCGGAGTTACCTTTCGCCTGTCATGATTTATATCACAGATGATAGGTTCAGATCC
ATTCTTCAATTGGAACATTAAATGGCCC

Intron 4 GTGAGTGTAA ... TATGTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.67	13	7	17
A2	68.75	5	7	11
A3	59.38	13	7	19
A4	66.67	3	6	6
A5	33.33	4	1	2
A6	32.5	81	4	39
A7	31.48	37	2	17
A8	43.86	32	4	25
A9	37.65	53	0	32
A10	51.52	16	3	17

>TRINITY_DN45100_c1_g1_i19 from sample A6 / Example spliced isoform

AGAGCATAGTTTGAAAGAAGAGAGCCATTTAATTTCCTCCTCTCCAACTTCATGAGGTTTCGTATATTCATGTGGATGAACATACCAGAGAAGAAGAGGAGGTGGAGATGCCAGGGTGGTCTCCGCTGCTAAGGGTATTGCTTCCAGTAAGGAGCGAAAGATGACTAAATTGTTACATGAAAAGTGGATTTGCAAAAATA
GTACGGGCACTTGCGTATTACATTTACCGATCAAGATCAACAAATGGTTGAGGATCGAGATCACGGTAATGATTAATTCGTGAGCGACAAGTCAGGGCACTTGCCCACTACATTTACCGGTGGATCAGAGGAACTTTCCAGTGATTTCAATCGATAGAAGAGATAGGAGCGCTAGGGTTTGAATCAATTTTACCCTTTCT
TATTTGATGTAGAAATCTGTTTGGTCCATCTGTATACATAGATTCGAGCTATTGTGGAAAACCATTTTGCTCTAAAAAATGATTCCATGCTCGGTCCCTTTCTCGAAGTTTAACTGATGTAACTATCGAGAACCTCTATTTTTTGGTGTTATATCCTCATAAGACCTGTTAATTTGGTTTTCTAATTTGTGCAATTTTTG
TCTATAAGCAGGC

>TRINITY_DN45100_c1_g1_i11 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GATTAATTCGTGAGCGACAAGgtgagtgtaatgatttgataggaaactattgtttgattttgtgttacatttttctggattcaatgaagggtatgaattcacgtttggcatgttttatgttccagTCAGGGCACTTGCCCACTACATTTACCGGTGGATCAGAGGAACTTTCCAGTGATTTCAATCGATAGAAGGGATAG
GAGCGCCAGGGTTTGAATCAATTTTACCCTTTCTTATTTGATGTAGAAATCTGTTTGGTCCATCTGTATACATAGATTCGAGCTATTGTGGAAAACCATTTTGCTCTAAAAAATGATTCCATGCTCGGTCCCTTTCTCGAAGTTTAACTGATGTAACTATCGAGAACCTCTATTTTTTGGTGTTATATCCTCATAAGACC
TGTTAATTTGGTTTTCTAATTTGTGCAATTTTTGTCTATAAGCAGGC