sp|F4HT41|SAMC2_ARATH ----> Probable S-adenosylmethionine carrier 2, chloroplastic

Intron 1 GTGAGTGATT ... TGTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.4	125.7	22	144
A2	52.86	129.3	23	145
A3	54.2	145.3	19	172
A4	53.12	125.3	19	142
A5	53.4	84.7	14	97
A6	52.4	228	14	251
A7	52.02	229.7	17	249
A8	51.46	78.3	9	83
A9	53.46	156.7	9	180
A10	54.16	242	16	286

>TRINITY_DN43496_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTATCTTTTCGGTAGGAAAGTTAACGAACGATTAATTTGGAAAGAGTGTGTATTACATGCCATACCTACCTTGCCTTAGGGTACGCAGATCATTTTTGTTTGATGACGAGTAGTAGGGTTTCATTTTTTTATTGTGTTTGAGGAGGCGATGGGAGGTTTGAGGGGTGATGGTGGCCTCAAAGTCAGCAGAGGGATATGA
ATGGGCTCTTCGTTTTATTACCAGGGTTTTTCTCTCAAACTGGTATGCCTTTCAAATTCTTTATTTCTTTTCCCAGAAATTTTGTGCAGAACTGTTTGTACTTATTTTGTTAAAAACATGTGGAGAAAGGGTTTACATGGTATTGAAATGGAAAGCAAATAGTTTAGTGGTAAAACAAATCTGTGTGTGAGGCAAATCTA
TGTGTTTGTGTGTGAAAACAAATATGTGTGCGTGATTGATAGAGAAAAGCTTCTGGATAGGTCACAGTCATTGAGTGATTTTGTTCAGGGCGGCTGCAAATCTGGGGGTTAGAAAAATCTATGTGATTCTGTGTCAAACAAATCTGTGTGTGTGAGAATAGAGACACGCATGTGGATTGATCATTGGAAGTTGTGGGTGG
TTTTCAGTCCGGGTTTGGCTCGATGGCATCTACTCTTAGATCAGGTGTTAATCAGACCTAGGCCTAGGCCAGACCCAGGTATGTATGTTCTCTAGAGGTCAGATCAGAGCCACAACCGACCATTGTTTTACATAACCATAACCAGATCTACTACTGTAAAATATGTTGTATATTATGGGTTTGGGATACACATGTATTGT
ATATTTTTTTTAGGCATCTTGTACATACTCGTGTTCTCAGAAGGGGTTGGAATTTCTTATGAGATTGCTGGGCCAGCCAGAGGATTTTGTGATTGATCTCATGGAGGTCTTGGCTTTTCATCCAGTGGGTTGATTGACCGTGCTACAAAGCTCTGTCAACGCAATTAGGCAATAATTTTCACAGCCTTAGAAGACTTCAG
TTTATTGTAAATTTGATAGTTTGGTAACTTCTGTGTATAAGTGTTGTGGGTTCGTTTGTGAGAAGAAGAATTGGGTGCCTAGGACCTGCTAGAGTCACCTTATCTTGTTATCCGTTGGGTTTGCTGGTTGGTGGGAAGCTGTTCGTTGGCTTTGTTGGTCGGTGGGGAACTGTTCGTTGGGTTTTCAATTTTAATGTAGA
TACACTACCATAACTAATAGATCGACAGCAAAACTAGCAGGACAGTTCTCTTGGATTTTCCTTGTTGCAAAGATGAGCCTCAGAACTTCTCAACAGCCTGCAGCAGACATCCGTCTGCCGGCAGACATAGATTGGCAAATGCTTGACAAATCCAAGTTCTTTATCCTTGGAGCAGCTCTCTTTTCAGGAGTATCGGCAAC
TCTATATCCAGTTGTTGTTCTTAAAACCAGGCAGCAGGTTTCACAGAAGCATATGTCTTGTATGAGTGTTGGAACAAACATCTTACGCCATGAAGGTTTTAAGGGCATGTATAGAGGTTTTGGAACATCATTAATGGGGACAATACCAGCTAGGGCACTCTACATGAGTGCGCTTGAGATCACCAAGAGCTATGTCGGCA
CCACAGCTGTTCAGTTGGGATTCTCAGAACCTGCAGCAGCAGCTGTTGCAAATGCTTCTGCTGGCCTGAGTGCAGCCATGGCTGCACAACTTGTTTGGACCCCAGTCGATGTAATTAGCCAGAGGCTGATGGTTCAAGGGGGGCAGGGCATGTCTCAGATATCCACAAATTACAGCGGGGGTATTGATGCTTTTCGGACT
ATTATTAGAACTGATGGATTGCGGGGCCTATACAGAGGATTTGGCATGTCCATTCTTACTTATGCTCCTTCAAATGCCCTCTGGTGGACCTCCTACTGCATGACACAGCGAATGGTGTGGTCAGGCCTTGGTTATTGCAGGAGTCGGGAGGAGCAGATCAAAGAATCCTTGGTGCCTGGTTGCAAAACAGTTGTTGCTGT
TCAAGGATTGAGTGCTGCGATGGCAGGGGGAGTCTCTGCCATTGTTACCACTCCTCTGGATACCATCAAAACTCGGTTACAAGTACTTGAAGGTAAGGAAAATTGTCAACCTACTGTAGGCCAAACTGTCAGAACACTCTTGAAAGAGGGTGGATGGATGGCTTGTTACAGAGGCTTGGGGCCAAGATGGGCTACTATGT
CAATGTCAGCCACCACCATGATTACAACCTATGAGTTTCTTAAGCGTTTGTCTACTAAGCCACAAGAAGATTTGAGTCATAAATCATATTAGAGAGTGCATGCTGATGGGAAATCCATCAGAAGATCTGAGCAAGAAGACATACTAAAGAATGCAGGTGAATGGGAAAAATAATCGATCACATGTTCCAGAATTCCAGTT
ATTAGAGAACCAGATTTGTTGAAATCTGCTGGGCTACATGAGATTCATTGTTACACTACTGTTCTTAGTCATGTAGATTTAAAAATTATATTGATACATGAACGATGGCTGTATACACTTAAAGGAGTCTGGCTGCTAGCCGGGCTTATAGAGACTAGTGTCGGAAGACTCGGATCAAGGTGGTTAAACTACTATAGATA
AAAAAGTATAATGTCTGCATTTTATGACTCTTTCCAGATATTTTGAAGCAAGCTTCGATTTTGGTGCTGAAATTTGTAAATTTTTTAATTGGCCACTATGTTAGTGTGATTTGTGTTTTGAGTACATGATTGGTTTTAGCAAGATACGTATCATTCTCGTTGATTTATTTTCTCTGGTTTATGCTGCATCAGAGATGATT
GTATTTATTAGAGTTGCGGTGTGCGTGATCTTCCAGCGCCCTAGTAATATTTTGCAAGTAAAGCATGGTGAAAAAATCTTTTAATCACAGTCCATTTAGTCTTTTCATAGAAGGCGATGCTGGTTTTCTGGTTTCGTTCTTCCTGTTGGAGATAGCTTGGGTTTTGGCAATATGTTTTTCTTTCACTATTCCTTCTTCTT
AAAGAATACATTTTGATTATTTTGGTATTGAGGAAAGGTGGGCAGCTGTGATCTTATGTTACCGTTATCCATATAAAAGTAACTTTAACC

>TRINITY_DN43496_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTATCTTTTCGGTAGGAAAGTTAACGAACGATTAATTTGGAAAGAGTGTGTATTACATGCCATACCTACCTTGCCTTAGGGTACGCAGATCATTTTTGTTTGATGACGAGTAGTAGGGTTTCATTTTTTTATTGTGTTTGAGGAGGCGATGGGAGGTTTGAGGGGTGATGGTGGCCTCAAAGTCAGCAGAGGGATATGA
ATGGGCTCTTCGTTTTATTACCAGGGTTTTTCTCTCAAACTGGTATGCCTTTCAAATTCTTTATTTCTTTTCCCAGAAATTTTGTGCAGAACTGTTTGTACTTATTTTGTTAAAAACATGTGGAGAAAGGGTTTACATGGTATTGAAATGGAAAGCAAATAGTTTAGTGGTAAAACAAATCTGTGTGTGAGGCAAATCTA
TGTGTTTGTGTGTGAAAACAAATATGTGTGCGTGATTGATAGAGAAAAGCTTCTGGATAGGTCACAGTCATTGAGTGATTTTGTTCAGGGCGGCTGCAAATCTGGGGGTTAGAAAAATCTATGTGATTCTGTGTCAAACAAATCTGTGTGTGTGAGAATAGAGACACGCATGTGGATTGATCAgtgagtgattctgggtt
gcagggtttgaggggtttttctttcttttaatgatgctttctgtagggtttgagatggttttctttattttgatgaagcccattgtgttgttgttgctgtgtgctgcagTTGGAAGTTGTGGGTGGTTTTCAGTCCGGGTTTGGCTCGATGGCATCTACTCTTAGATCAGGTGTTAATCAGACCTAGGCCTAGGCCAGAC
CCAGGTATGTATGTTCTCTAGAGGTCAGATCAGAGCCACAACCGACCATTGTTTTACATAACCATAACCAGATCTACTACTGTAAAATATGTTGTATATTATGGGTTTGGGATACACATGTATTGTATATTTTTTTTAGGCATCTTGTACATACTCGTGTTCTCAGAAGGGGTTGGAATTTCTTATGAGATTGCTGGGCC
AGCCAGAGGATTTTGTGATTGATCTCATGGAGGTCTTGGCTTTTCATCCAGTGGGTTGATTGACCGTGCTACAAAGCTCTGTCAACGCAATTAGGCAATAATTTTCACAGCCTTAGAAGACTTCAGTTTATTGTAAATTTGATAGTTTGGTAACTTCTGTGTATAAGTGTTGTGGGTTCGTTTGTGAGAAGAAGAATTGG
GTGCCTAGGACCTGCTAGAGTCACCTTATCTTGTTATCCGTTGGGTTTGCTGGTTGGTGGGAAGCTGTTCGTTGGCTTTGTTGGTCGGTGGGGAACTGTTCGTTGGGTTTTCAATTTTAATGTAGATACACTACCATAACTAATAGATCGACAGCAAAACTAGCAGGACAGTTCTCTTGGATTTTCCTTGTTGCAAAGAT
GAGCCTCAGAACTTCTCAACAGCCTGCAGCAGACATCCGTCTGCCGGCAGACATAGATTGGCAAATGCTTGACAAATCCAAGTTCTTTATCCTTGGAGCAGCTCTCTTTTCAGGAGTATCGGCAACTCTATATCCAGTTGTTGTTCTTAAAACCAGGCAGCAGGTTTCACAGAAGCATATGTCTTGTATGAGTGTTGGAA
CAAACATCTTACGCCATGAAGGTTTTAAGGGCATGTATAGAGGTTTTGGAACATCATTAATGGGGACAATACCAGCTAGGGCACTCTACATGAGTGCGCTTGAGATCACCAAGAGCTATGTCGGCACCACAGCTGTTCAGTTGGGATTCTCAGAACCTGCAGCAGCAGCTGTTGCAAATGCTTCTGCTGGCCTGAGTGCA
GCCATGGCTGCACAACTTGTTTGGACCCCAGTCGATGTAATTAGCCAGAGGCTGATGGTTCAAGGGGGGCAGGGCATGTCTCAGATATCCACAAATTACAGCGGGGGTATTGATGCTTTTCGGACTATTATTAGAACTGATGGATTGCGGGGCCTATACAGAGGATTTGGCATGTCCATTCTTACTTATGCTCCTTCAAA
TGCCCTCTGGTGGACCTCCTACTGCATGACACAGCGAATGGTGTGGTCAGGCCTTGGTTATTGCAGGAGTCGGGAGGAGCAGATCAAAGAATCCTTGGTGCCTGGTTGCAAAACAGTTGTTGCTGTTCAAGGATTGAGTGCTGCGATGGCAGGGGGAGTCTCTGCCATTGTTACCACTCCTCTGGATACCATCAAAACTC
GGTTACAAGTACTTGAAGGTAAGGAAAATTGTCAACCTACTGTAGGCCAAACTGTCAGAACACTCTTGAAAGAGGGTGGATGGATGGCTTGTTACAGAGGCTTGGGGCCAAGATGGGCTACTATGTCAATGTCAGCCACCACCATGATTACAACCTATGAGTTTCTTAAGCGTTTGTCTACTAAGCCACAAGAAGATTTG
AGTCATAAATCATATTAGAGAGTGCATGCTGATGGGAAATCCATCAGAAGATCTGAGCAAGAAGACATACTAAAGAATGCAGGTGAATGGGAAAAATAATCGATCACATGTTCCAGAATTCCAGTTATTAGAGAACCAGATTTGTTGAAATCTGCTGGGCTACATGAGATTCATTGTTACACTACTGTTCTTAGTCATGT
AGATTTAAAAATTATATTGATACATGAACGATGGCTGTATACACTTAAAGGAGTCTGGCTGCTAGCCGGGCTTATAGAGACTAGTGTCGGAAGACTCGGATCAAGGTGGTTAAACTACTATAGATAAAAAAGTATAATGTCTGCATTTTATGACTCTTTCCAGATATTTTGAAGCAAGCTTCGATTTTGGTGCTGAAATT
TGTAAATTTTTTAATTGGCCACTATGTTAGTGTGATTTGTGTTTTGAGTACATGATTGGTTTTAGCAAGATACGTATCATTCTCGTTGATTTATTTTCTCTGGTTTATGCTGCATCAGAGATGATTGTATTTATTAGAGTTGCGGTGTGCGTGATCTTCCAGCGCCCTAGTAATATTTTGCAAGTAAAGCATGGTGAAAA
AATCTTTTAATCACAGTCCATTTAGTCTTTTCATAGAAGGCGATGCTGGTTTTCTGGTTTCGTTCTTCCTGTTGGAGATAGCTTGGGTTTTGGCAATATGTTTTTCTTTCACTATTCCTTCTTCTTAAAGAATACATTTTGATTATTTTGGTATTGAGGAAAGGTGGGCAGCTGTGATCTTATGTTACCGTTATCCATAT
AAAAGTAACTTTAACC

Intron 2 GTATGCCTTT ... TGTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.72	692.6	197.3	143
A2	20	741	225.4	145
A3	21.76	820.6	284.9	171.6
A4	21.32	634.8	202	142
A5	20.25	524.6	169.5	97
A6	17.74	1360.6	335	252
A7	19.16	1301	368.4	248.1
A8	20.73	436	145.1	82.9
A9	19.45	1006.3	306.3	179.9
A10	20.4	1392.3	427.8	285.6

>TRINITY_DN114458_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GACGATTAATTTGGAAAGAGTGTGTATTACATGCCATACCTACCTTGCCTTAGGGTACGCTGATCATTTTTGTTTGATGACGAGTAGTAGGGTTTCATTTTTTTATTGTGTTTGAGGAGGCGATGGGAGGTTTGAGGGGTGATGGTGGCCTCAAAGTCAGCAGAGGGATATGAATGGGCTCTTCGTTTTATTACCAGGGT
TTTTCTCTCAAACTGTTGGAAGTTGTGGGTGGTTTTCAGTCGGGTTTGGCTCGATGGCATCTACTCTTAGATCAGGTGTTAATCAGACCTAGGCCTAGGCCAGACCCAGGTATGTATGTTCTCTAGAGGTCAGATCAGAGCCACAACCGACCATTGTTTTACATAACCATAACCAGATCTACTACTGTAAAATATGTTGT
ATATTATGGGTTTGGGATACACATGTATTGTATATTTTTTTTAGGCATCTTGTACATACTCGTGTTCTCAGAAGGGGTTGGAATTTCTTATGAGATTGCTGGGCCAGCCAGAGGATTTTGTGATTGATCTCATGGAGGTCTTGGCTTTTCATCCAGTGGGTTGATTGACCGTGCTACAAAGCTCTATCAACGCAATTAGG
CAATAATTTTCACAGCCTTAGAAGACTTCAGTTTATTGTAAATTTGATAGTTTGGTAACTTCTGTGTATAAGTGTTGTGGGTTCGTTTGTGAGAAGAAGAATTGGGTGCCTAGGACCTGCTAGAGTCACCTTATCTTGTTATCCGTTGGGTTTGCTGGTTGGTGGGAAGCTGTTCGTTGGCTTTGTTGGTCGGTGGGGAA
CTGTTCGTTGGGTTTTCAATTTTAATGTAGATACACTACCATAACTAATAGATCGACAGCAAAACTAGCAGGACAGTTCTCTTGGATTTTCCTTGTTGCAAAGATGAGCCTCAGAACTTCTCAACAGCCTGCAGCAGACATCCGTCTGCCGGCAGACATAGATTGGCAAATGCTTGACAAATCCAAGTTCTTTATCCTTG
GAGCAGCTCTCTTTTCAGGAGTATCGGCAACTCTATATCCAGTTGTTGTTCTTAAAACCAGGCAGCAGGTTTCACAGAAGCATATGTCTTGTATGAGTGTTGGAACAAACATCTTACGCCATGAAGGTTTTAAGGGCATGTATAGAGGTTTTGGAACATCATTAATGGGGACAATACCAGCTAGGGCACTCTACATGAGT
GCGCTTGAGATCACCAAGAGCTATGTCGGCACCACAGCTGTTCAGTTGGGATTCTCAGAACCTGCAGCAGCAGCTGTTGCAAATGCTTCTGCTGGCCTGAGTGCAGCCATGGCTGCACAACTTGTTTGGACCCCAGTCGATGTAATTAGCCAGAGGCTGATGGTTCAAGGGGGGCAGGGCATGTCTCAGATATCCACAAA
TTACAGCGGGGGTATTGATGCTTTTCGGACTATTATTAGAACTGATGGATTGCGGGGCCTATACAGAGGATTTGGCATGTCCATTCTTACTTATGCTCCTTCAAATGCCCTCTGGTGGACCTCCTACTGCATGACACAGCGAATGGTGTGGTCAGGCCTTGGTTATTGCAGGAGTCGGGAGGAGCAGATCAAAGAATCCT
TGGTGCCTGGTTGCAAAACAGTTGTTGCTGTTCAAGGATTGAGTGCTGCGATGGCAGGGGGAGTCTCTGCCATTGTTACCACTCCTCTGGATACCATCAAAACTCGGTTACAAGTACTTGAAGGTAAGGAAAATTGTCAACCTACTGTAGGCCAAACTGTCAGAACACTCTTGAAAGAGGGTGGATGGATGGCTTGTTAC
AGAGGCTTGGGGCCAAGATGGGCTACTATGTCAATGTCAGCCACCACCATGATTACAACCTATGAGTTTCTTAAGCGTTTGTCTACTAAGCCACAAGAAGATTTGAGTCATAAATCATATTAGAGAGTGCATGCTGATGGGAAATCCATCAGAAGATCTGAGCAAGAAGACATACTAAAGAATGCAGGTGAATGGGAAAA
ATAATCGATCACATGTTCCAGAATTCCAGTTATTAGAGAACCAGATTTGTTGAAATCTGCTGGGCTACATGAGATTCATTGTTACACTACTGTTCTTAGTCATGTAGATTTAAAAATTATATTGATACATGAACGATGGCTGTATACACTTAAAAGAGTCTGGCTGCTAGCCGGGCTTATAGAGACTAGTGTCGGAAGAC
TCGGATCAAGGTGGTTAAACTACTATAGATAAAAAAGTATAATGTCTGCATTTTATGACTCTTTCCAGATATTTTGAAGCAAGCTTCGATTTTGGTGCTGAAATTTGTAAATTTTTTAATTGGCCACTATGTTAGTGTGATTTGTGTTTTGAGTACATGATTGGTTTTAGCAAGATACGTATCATTCTCGTTGATTTATT
TTCTCTGGTTTATGCTGCATCAGAGATGATTGTATTTATTAGAGTTGCGGTGTGCGTGATCTTCCAGCGCCCTAGTAATATTTTGCAAGTAAGGCATGGTGAAAAAATCTTTTAATCACAGTCCATTTAGTCTTTTCATAGAAGGCGATGCTGGTTTTCTGGTTTCGTTCTTCCTGTTGGAGATAGCTTGGGTTTTGGCA
ATATGTTTTTCTTTCACTATTCCTTCTTCTTAAAGAATACATTTTGATTATTTTGGTATTGAGGAAAGGTGGGCAGCTGTGATCTTATGTTACCGTTATCCATATAAAAGTAACTTTAACCCCCAAAAGTACAAAGCTGCGTTGCCAGGGGAAATGTTCACCGTTGGGCAATGCATCCCTGCCCCACGTGCAGGATGCCA
TCCCTATACAACCGGGGGATTCACGCCGACCCGATGAAAATCAGGGGATTGCCCCCGTCGAAACATTTCCAAGTTCTGGTTTGTAAGGTCTAATCCCATGCATGATACCAAGTATTCTCACTTTGAAGATCTCATATATGTCTTCCATGCCCAGCAAGCTGATATAAGGTCTGCTTGTATTTTCCGTGTTGTGCGATCTG
TTACCTTTCTAGTAAGCGCGATCCCAACTTCCAAGAGTCTGAACTGCATATTTCATGTCCTGCTAGCAGATATAGAGATTTAATATGTGTGGTTTATATCTAATAACCTTTCAAAAGTTGGAGTTGGATTTATGTATTGCAATGCAACCTGTTACAGACATTCAACCTGTGTTTAAGTATTAGACTTTTTGGACTCATAT
ACAACTCCATAATCTGCTACGACCAAAAAAAGGCTAATTTACTTTAAAAAAAAAAAAAAGCCCAAAATATGGTAAAAA

>TRINITY_DN114458_c0_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GACGATTAATTTGGAAAGAGTGTGTATTACATGCCATACCTACCTTGCCTTAGGGTACGCTGATCATTTTTGTTTGATGACGAGTAGTAGGGTTTCATTTTTTTATTGTGTTTGAGGAGGCGATGGGAGGTTTGAGGGGTGATGGTGGCCTCAAAGTCAGCAGAGGGATATGAATGGGCTCTTCGTTTTATTACCAGGGT
TTTTCTCTCAAACTGgtatgcctttcaaattctttatttcttttcccagaaattttgtgcagaactgtttgtacttattttgttaaaaacatgtggagaaagggtttacatggtattgaaatggaaagcaaatagtttagtggtaaaacaaatctgtgtgtgaggcaaatctatgtgtttgtgtgtgaaaacaaatatgt
gtgcgtgattgatagagaaaagcttctggataggtcacagtcattgagtgattttgttcagggcggctgcaaatctgggggttagaaaaatctatgtgattctgtgtcaaacaaatctgtgtgtgtgagaatagagacacgcatgtggattgatcagtgagtgattctgggttgcagggtttgaggggtttttctttctt
ttaatgatgctttctgtagggtttgagatggttttctttattttgatgaagcccattgtgttgttgttgctgtgtgctgcagTTGGAAGTTGTGGGTGGTTTTCAGTCGGGTTTGGCTCGATGGCATCTACTCTTAGATCAGGTGTTAATCAGACCTAGGCCTAGGCCAGACCCAGGTATGTATGTTCTCTAGAGGTCAG
ATCAGAGCCACAACCGACCATTGTTTTACATAACCATAACCAGATCTACTACTGTAAAATATGTTGTATATTATGGGTTTGGGATACACATGTATTGTATATTTTTTTTAGGCATCTTGTACATACTCGTGTTCTCAGAAGGGGTTGGAATTTCTTATGAGATTGCTGGGCCAGCCAGAGGATTTTGTGATTGATCTCAT
GGAGGTCTTGGCTTTTCATCCAGTGGGTTGATTGACCGTGCTACAAAGCTCTATCAACGCAATTAGGCAATAATTTTCACAGCCTTAGAAGACTTCAGTTTATTGTAAATTTGATAGTTTGGTAACTTCTGTGTATAAGTGTTGTGGGTTCGTTTGTGAGAAGAAGAATTGGGTGCCTAGGACCTGCTAGAGTCACCTTA
TCTTGTTATCCGTTGGGTTTGCTGGTTGGTGGGAAGCTGTTCGTTGGCTTTGTTGGTCGGTGGGGAACTGTTCGTTGGGTTTTCAATTTTAATGTAGATACACTACCATAACTAATAGATCGACAGCAAAACTAGCAGGACAGTTCTCTTGGATTTTCCTTGTTGCAAAGATGAGCCTCAGAACTTCTCAACAGCCTGCA
GCAGACATCCGTCTGCCGGCAGACATAGATTGGCAAATGCTTGACAAATCCAAGTTCTTTATCCTTGGAGCAGCTCTCTTTTCAGGAGTATCGGCAACTCTATATCCAGTTGTTGTTCTTAAAACCAGGCAGCAGGTTTCACAGAAGCATATGTCTTGTATGAGTGTTGGAACAAACATCTTACGCCATGAAGGTTTTAA
GGGCATGTATAGAGGTTTTGGAACATCATTAATGGGGACAATACCAGCTAGGGCACTCTACATGAGTGCGCTTGAGATCACCAAGAGCTATGTCGGCACCACAGCTGTTCAGTTGGGATTCTCAGAACCTGCAGCAGCAGCTGTTGCAAATGCTTCTGCTGGCCTGAGTGCAGCCATGGCTGCACAACTTGTTTGGACCC
CAGTCGATGTAATTAGCCAGAGGCTGATGGTTCAAGGGGGGCAGGGCATGTCTCAGATATCCACAAATTACAGCGGGGGTATTGATGCTTTTCGGACTATTATTAGAACTGATGGATTGCGGGGCCTATACAGAGGATTTGGCATGTCCATTCTTACTTATGCTCCTTCAAATGCCCTCTGGTGGACCTCCTACTGCATG
ACACAGCGAATGGTGTGGTCAGGCCTTGGTTATTGCAGGAGTCGGGAGGAGCAGATCAAAGAATCCTTGGTGCCTGGTTGCAAAACAGTTGTTGCTGTTCAAGGATTGAGTGCTGCGATGGCAGGGGGAGTCTCTGCCATTGTTACCACTCCTCTGGATACCATCAAAACTCGGTTACAAGTACTTGAAGGTAAGGAAAA
TTGTCAACCTACTGTAGGCCAAACTGTCAGAACACTCTTGAAAGAGGGTGGATGGATGGCTTGTTACAGAGGCTTGGGGCCAAGATGGGCTACTATGTCAATGTCAGCCACCACCATGATTACAACCTATGAGTTTCTTAAGCGTTTGTCTACTAAGCCACAAGAAGATTTGAGTCATAAATCATATTAGAGAGTGCATG
CTGATGGGAAATCCATCAGAAGATCTGAGCAAGAAGACATACTAAAGAATGCAGGTGAATGGGAAAAATAATCGATCACATGTTCCAGAATTCCAGTTATTAGAGAACCAGATTTGTTGAAATCTGCTGGGCTACATGAGATTCATTGTTACACTACTGTTCTTAGTCATGTAGATTTAAAAATTATATTGATACATGAA
CGATGGCTGTATACACTTAAAAGAGTCTGGCTGCTAGCCGGGCTTATAGAGACTAGTGTCGGAAGACTCGGATCAAGGTGGTTAAACTACTATAGATAAAAAAGTATAATGTCTGCATTTTATGACTCTTTCCAGATATTTTGAAGCAAGCTTCGATTTTGGTGCTGAAATTTGTAAATTTTTTAATTGGCCACTATGTT
AGTGTGATTTGTGTTTTGAGTACATGATTGGTTTTAGCAAGATACGTATCATTCTCGTTGATTTATTTTCTCTGGTTTATGCTGCATCAGAGATGATTGTATTTATTAGAGTTGCGGTGTGCGTGATCTTCCAGCGCCCTAGTAATATTTTGCAAGTAAGGCATGGTGAAAAAATCTTTTAATCACAGTCCATTTAGTCT
TTTCATAGAAGGCGATGCTGGTTTTCTGGTTTCGTTCTTCCTGTTGGAGATAGCTTGGGTTTTGGCAATATGTTTTTCTTTCACTATTCCTTCTTCTTAAAGAATACATTTTGATTATTTTGGTATTGAGGAAAGGTGGGCAGCTGTGATCTTATGTTACCGTTATCCATATAAAAGTAACTTTAACCCCCAAAAGTACA
AAGCTGCGTTTCCAGGGGAAATGTTCAGTGTTGGGCAATGCATCCCTGCCCCACGTGCAGGATGCCATCCCTATACAACCGGGGGATTCACGCCGACCCGATGAAAATCAGGGGATTGCCCCCGTCGAAACATTTCCAAGTTCTGGTTTGTAAGGTCTAATCCCATGCATGATACCAAGTATTCTCACTTTGAAGATCTC
ATATATGTCTTCCATGCCCAGCAAGCTGATATAAGGTCTGCTTGTATTTTCCGTGTTGTGCGATCTGTTACCTTTCTAGTAAGCGCGATCCCAACTTCCAAGAGTCTGAACTGCATATTTCATGTCCTGCTAGCAGATATAGAGATTTAATATGTGTGGTTTATATCTAATAACCTTTCAAAAGTTGGAGTTGGATTTAT
GTATTGCAATGCAACCTGTTACAGACATTCAACCTGTGTTTAAGTATTAGACTTTTTGGACTCATATACAACTCCATAATCTGCTACGACCAAAAAAAGGCTAATTTACTTTAAAAAAAAAAAAAAGCCCAAAATATGGTAAAAA

Intron 3 GTATGCCTTT ... TTTTGGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.18	213	198	7
A2	51.87	206	222	17
A3	50.63	273	280	15.5
A4	50.13	198	199	7
A5	51.4	156	165	13
A6	48.2	360	335	12.5
A7	48.86	382	365	15
A8	48.68	155	147	6
A9	48.65	324	307	12.5
A10	49.94	431	430	11

>TRINITY_DN41924_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

CATGCCATACCTACCTTGCCTTAGGGTACGCAGATCATTTTTGTTTGATGACGAGTAGTAGGGTTTCATTTTTTTATTGTGTTTGAGGAGGCGATGGGAGGTTTGAGGGGTGATGGTGGCCTCAAAGTCAGCAGAGGGATATGAATGGGCTCTTCGTTTTATTACCAGGGTTTTTCTCTCAAACTGGGCGGCTGCAAATC
TGGGGGTTAGAAAAATCTATGTGATTCTGTGTCAAACAAATCTGTGTGTGTGAGAATAGAGACACGCATGTGGATTGATCATTGGAAGTTGTGGGTGGTTTTCAGTCCGGGTTTGGCTCGATGGCATCTACTCTTAGATCAGGTGTTAATCAGACCTAGGCCTAGGCCAGACCCAGGTATGTATGTTCTCTAGAGGTCAG
ATCAGAGCCACAACCGACCATTGTATTACATAACCATAACCAGATCTACTACTGTAAAATATGTTGTATATTATGGGTTTGGGATACACATGTATTGTATATTTTTTTTAGGCATCTTGTACATACTCGTGTTCTCAGAAGGGGTTGGAATTTCTTATGAGATTGCTGGGCCAGCCAGAGGATTTTGTGATTGATCTCAT
GGAGGTCTTGGCTTTTCATCCAGTGGGTTGATTGACCGTGCTACAAAGCTCTGTCAACGCAATTAGGCAATAATTTTCACAGCCTTAGAAGACTTCAGTTTATTGTAAATTTGATAGTTTGGTAACTTCTGTGTATAAGTGTTGTGGGTTCGTTTGTGAGAAGAAGAATTGGGTGCCTAGGACCTGCTAGAGTCACCTTA
TCTTGTTATCCGTTGGGTTTGCTGGTTGGTGGGAAGCTGTTCGTTGGCTTTGTTGGTCGGTGGGGAACTGTTCGTTGGGTTTTCAATTTTAATGTAGATACACTACCATAACTAATAGATCGACAGCAAAACTAGCAGGACAGTTCTCTTGGATTTTCCTTGTTGCAAAGATGAGCCTCAGAACTTCTCAACAGCCTGCA
GCAGACATCCGTCTGCCGGCAGACATAGATTGGCAAATGCTTGACAAATCCAAGTTCTTTATCCTTGGAGCAGCTCTCTTTTCAGGAGTATCGGCAACTCTATATCCAGTTGTTGTTCTTAAAACCAGGCAGCAGGTTTCACAGAAGCATATGTCTTGTATGAGTGTTGGAACAAACATCTTACGCCATGAAGGTTTTAA
GGGCATGTATAGAGGTTTTGGAACATCATTAATGGGGACAATACCAGCTAGGGCACTCTACATGAGTGCGCTTGAGATCACCAAGAGCTATGTCGGCACCACAGCTGTTCAGTTGGGATTCTCAGAACCTGCAGCAGCAGCTGTTGCAAATGCTTCTGCTGGCCTGAGTGCAGCCATGGCTGCACAACTTGTTTGGACCC
CAGTCGATGTAATTAGCCAGAGGCTGATGGTTCAAGGGGGGCAGGGCATGTCTCAGATATCCACAAATTACAGCGGGGGTATTGATGCTTTTCGGACTATTATTAGAACTGATGGATTGCGGGGCCTATACAGAGGATTTGGCATGTCCATTCTTACTTATGCTCCTTCAAATGCCCTCTGGTGGACCTCCTACTGCATG
ACACAGCGAATGGTGTGGTCAGGCCTTGGTTATTGCAGGAGTCGGGAGGAGCAGATCAAAGAATCCTTGGTGCCTGGTTGCAAAACAGTTGTTGCTGTTCAAGGATTGAGTGCTGCGATGGCAGGGGGAGTCTCTGCCATTGTTACCACTCCTCTGGATACCATCAAAACTCGGTTACAAGTACTTGAAGGTAAGGAAAA
TTGTCAACCTACTGTAGGCCAAACTGTCAGAACACTCTTGAAAGAGGGTGGATGGATGGCTTGTTACAGAGGCTTGGGGCCAAGATGGGCTACTATGTCAATGTCAGCCACCACCATGATTACAACCTATGAGTTTCTTAAGCGTTTGTCTACTAAGCCACAAGAAGATTTGAGTCATAAATCATATTAGAGAGTGCATG
CTGATGGGAAATCCATCAGAAGATCTGAGCAAGAAGACATACTAAAGAATGCAGGTGAATGGGAAAAATAATCGATCACATGTTCCAGAATTCCAGTTATTAGAGAACCAGATTTGTTGAAATCTGCTGGGCTACATGAGATTCATTGTTACACTACTGTTCTTAGTCATGTAGATTTAAAAATTATATTGATACATGAA
CGATGGCTGTATACACTTAAAGGAGTCTGGCTGCTAGCCGGGCTTATAGAGACTAGTGTCGGAAGACTCGGATCAAGGTGGTTAAACTACTATAGATAAAAAAGTATAATGTCTGCACTTTATGACTCTTTCCAGATATTTTGAAGCAAGCTTCGATTTTGGTGCTGAAATTTGTAAATTTTTTAATTGGCCACTATGTC
AGTGTGATTTGTGTTTTGAGTACATGATTGGTTTTAGCAAGATACGTATCATTCTCGTTGATTTATTTTCTCTGGTTTATGCTGCATCAGAGATGATTGTATTTATTAGAGTTGCGGTGTGCGTGATCTTCCAGCGCCCTAGTAATATTTTGCAAGTAAGGCATGGTGAAAAAATCTTTTAATCACAGTCCATTTAGTCT
TTTCATAGAAGGCGATGCTGGTTTTCTGGTTTCGTTCTTCCTGTTGGAGATAGCTTGGGTTTTGGCAATATGTTTTTCTTTCACTATTCCTTCTTCTTAAAGAATACATTTTGATTATTTTGGTATTGAGGAAAGGTGGGCAGCTGTGATCTTATGTTACCGTTATCCATATAAAAGTAACTTTAACCCCCAAAAGTACA
AAGCTGCGTTGCCAGGGGAAATGTTCACCGTTGGGCAATGCATCCCTGCCCCACGTGCAGGATGCCATCCCTATACAACCGGGGGATTCACGCCGACCCGATGAAAATCAGGGGATTGCCCCCGTCGAAACATTTCCAAGTTCTGGTTTGTAAGGTCTAATCCCATGCATGATACCAAGTATTCTCACTTTGAAGATCTC
ATATATGTCTTCCATGCCCAGCAAGCTGATATAAGGTCTGCTTGTATTTTCCATGTTGTGCGATCTGTTACCTTTCTAGTAAGCGCGATCCCAACTTCCAAGAGTCTGAACTGCATGTTTCATGTCCTGCTAGCAGATATAGAGATTTAATATGTGTG

>TRINITY_DN41924_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CATGCCATACCTACCTTGCCTTAGGGTACGCAGATCATTTTTGTTTGATGACGAGTAGTAGGGTTTCATTTTTTTATTGTGTTTGAGGAGGCGATGGGAGGTTTGAGGGGTGATGGTGGCCTCAAAGTCAGCAGAGGGATATGAATGGGCTCTTCGTTTTATTACCAGGGTTTTTCTCTCAAACTGgtatgcctttcaaa
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