sp|K7VYZ9|COAC1_MAIZE ----> Mitochondrial carrier protein CoAc1
Intron 1 GTAAGTTGTC ... ATTTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.93 | 107 | 12 | 17 |
| A2 | 13.78 | 97 | 14 | 17 |
| A3 | 11.27 | 126 | 15 | 17 |
| A4 | 12.8 | 109 | 19 | 13 |
| A5 | 10.53 | 51 | 4 | 8 |
| A6 | 9.51 | 119 | 15 | 10 |
| A7 | 10.45 | 227 | 35 | 18 |
| A8 | 10.45 | 120 | 8 | 20 |
| A9 | 9.26 | 201 | 23 | 18 |
| A10 | 8.44 | 179 | 15 | 18 |
>TRINITY_DN108235_c1_g1_i10 from sample A4 / Example spliced isoformGGGGGAGGCAGTTCTCCGTGCATCTCAACGTTCACGGGTAGAAAAGATCGCCCCTTCGCGGAAAAGAAGAAAAAACGAACAGAAGCAGCGGCAGCGGCAGAGCCAGACGCGAAACATCCATTTTCTTCTTATTTTCTTGGACGTGTCGGCCCTGCAAATCCTCTTCCGTGTAAGTGTATATGAATCTCCATGACAAACTT
TTCCTTATATAGAATCCGAGGATTCAGCCAATGCTGCCGCTGTATGTTGTGTATATAGGAGCGAAGTCATTGATCAATAGCAGCGATTAGCAATTGATGTCTCTAGCAGAATCGGCAGATGAGCGAAAATATCTGTTGATGAGCGTTCGGAGGATCTCAGAGCTGCCATTACAGCGTGTTCTCTTCTCCTTTTGCCTGTC
CAGAGACCGATGGGATAAAGAGTTTGCCAAACTGGAGACTGGGTAATACCTCTAGCCCGGTGCTTATTTGGAGGCTTTATTGCTTATCCTATATTTGAGTGTCGGCTATTCTTGATTTGGGCCATTGAGGTTGCTCCAAATTTGGACATTGGGGTATTGCTTAAATTGCTTGGGGTCTTTAGAGATTCTTCATTCTGATC
CAAATTTGGACATTGGGTATTGCTAAAATTGGTTGGGGTCTTCAATCTGCACTCAGGGTATTGGAAACCTTATAAGAACTGCGTATTGCGGGTCAAATTTGGGTTTTTGATTGATTAGTTTTCTCCAAACCCAAACTCATATACTGTCAAACCTTGAGTTAGGTCATTAGGGTTTCTCCAGATTAAATTTGGAGCATAAG
GTTTGTCTAAGCCAGAGACAAGGTATCGATAAAGTGATTTGGGATTATAAAGGTTTCCCCAGATTGACAAACCGTGATTTACCTCTATTGGGGTCAAAAAGGGGTTCCCCGCTTTGGAAATTTGTCTTTGATTAACCTGATTTGGGTGTTCGAAATTCATTCAGATTGGATACTGGTCGTTGTCTTTTATTCTTTTGCCA
TTCTATTGGCAGCAGACCAGGATTGTATTTTCATTCTATAATCCTTCTCCGCTTGATTCTTACTCCTTGGAATCACTTTACACATCTGGTTTGGAAATTGAGGTGGTAGTTGATTGGTCTGCCCGTATGGGTTCACCTCAAGGACCTGCTATGACAACGGTGGTTGCTTCCAAGACGCTGATGGCTAGTCAGGACCACCC
GGCTCAAGGAAGTTTCTCAATATGCAATGCGATGCCTGTGTATGTCAAGGAGCTGATTGCAGGAGGGTTTGCAGGCGGACTTGCAAAGACGGCAGTCGCACCTTTGGAGCGTACGAAGATTCTCTTTCAGACTAGGCGTGGAGATTTTCAATCCTTGGGAGTGTGGAGATCTATGGGGAAGATCTTGCAAAATGAAGGAA
TACTTGGCTTTTACAAAGGAAATGGAGCGAGTGTCCTTAGAATAGTCCCTTATGCAGCATTGCATTTTATGACATATGAACAATACCGCTGCTGGATTTTAAATAACTGCCCTGCTATGGGAACAGGTCCTGTTGTGGATCTGCTAGCTGGATCAGTTGCAGGTGGAACATCAGTTCTGTTTACCTATCCCTTGGATTTA
GCTCGGACCAAATTGGCTTACCAGGTAAATTAACGTCCAACTTTTGTAGCTCCTTCATGCTGAACTTTGAGGCAACTTTTGAATTTTTGAAAAACTCAAATTCTGTAAATCCAGACTCTTTTGTAACATAGATTCTAAAATTCAATTTAACAAAAATGATCAATTAGATTCTGTAGACATTTGTTACTTCGATA
>TRINITY_DN108235_c1_g1_i13 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGGGGAGGCAGTTCTCCGTGCATCTCAACGTTCACGGGTAGAAAAGATCGCCCCTTCGCGGAAAAGAAGAAAAAACGAACAGAAGCAGCGGCAGCGGCAGAGCCAGACGCGAAACATCCATTTTCTTCTTATTTTCTTGGACGTGTCGGCCCTGCAAATCCTCTTCCGTGTAAGTGTATATGAATCTCCATGACAAACTT
TTCCTTATATAGAATCCGAGGATTCAGCCAATGCTGCCGCTGTATGTTGTGTATATAGGAGCGAAGTCATTGATCAATAGCAGCGATTAGCAATTGATGTCTCTAGCAGAATCGGCAGATGAGCGAAAATATCTGTTGATGAGCGTTCGGAGGATCTCAGAGCTGCCATTACAGCGTGTTCTCTTCTCCTTTTGCCTGTC
CAGAGACCGATGGGATAAAGAGTTTGCCAAACTGGAGACTGGGTAATACCTCTAGCCCGGTGCTTATTTGGAGGCTTTATTGCTTATCCTATATTTGAGTGTCGGCTATTCTTGATTTGGGCCATTGAGGTTGCTCCAAATTTGGACATTGGGGTATTGCTTAAATTGCTTGGGGTCTTTAGAGATTCTTCATTCTGATC
CAAATTTGGACATTGGGTATTGCTAAAATTGGTTGGGGTCTTCAATCTGCACTCAGGGTATTGGAAACCTTATAAGAACTGCGTATTGCGGGTCAAATTTGGGTTTTTGATTGATTAGTTTTCTCCAAACCCAAACTCATATACTGTCAAACCTTGAGTTAGGTCATTAGGGTTTCTCCAGATTAAATTTGGAGCATAAG
GTTTGTCTAAGCCAGAGACAAGGTATCGATAAAGTGATTTGGGATTATAAAGGTTTCCCCAGATTGACAAACCGTGATTTACCTCTATTGGGGTCAAAAAGGGGTTCCCCGCTTTGGAAATTTGTCTTTGATTAACCTGATTTGGGTGTTCGAAATTCATTCAGATTGGATACTGGTCGTTGTCTTTTATTCTTTTGCCA
TTCTATTGGCAGCAGACCAGGATTGTATTTTCATTCTATAATCCTTCTCCGCTTGATTCTTACTCCTTGGAATCACTTTACACATCTGGTTTGGAAATTGAGGTGGTAGTTGATTGGTCTGCCCGTATGGGTTCACCTCAAGGACCTGCTATGACAACGGTGGTTGCTTCCAAGACGCTGATGGCTAGTCAGGACCACCC
GGCTCAAGGAAGTTTCTCAATATGCAATGCGATGCCTGTGTATGTCAAGGAGCTGATTGCAGGAGGGTTTGCAGGCGGACTTGCAAAGACGGCAGTCGCACCTTTGGAGCGTACGAAGATTCTCTTTCAGACTAGGCGTGGAGATTTTCAATCCTTGGGAGTGTGGAGATCTATGGGGAAGATCTTGCAAAATGAAGGAA
TACTTGGCTTTTACAAgtaagttgtcagcaaatggcaaagcttatatttgcatgtttgtaaatattcttttacagcaccagaataattcctttttttatttgtattttgacggcaaaaaatctattctgatttttatttatttttccagAGGAAATGGAGCGAGTGTCCTTAGAATAGTCCCTTATGCAGCATTGCATTT
TATGACATATGAACAATACCGCTGCTGGATTTTAAATAACTGCCCTGCTATGGGAACAGGTCCTGTTGTGGATCTGCTAGCTGGATCAGTTGCAGGTGGAACATCAGTTCTGTTTACCTATCCCTTGGATTTAGCTCGGACCAAATTGGCTTACCAGGTTACAAGAAATTCTTGTGCGACAGGGCTAGATAAAAGTCTCA
GATCCCAATGTATCCAGCCAGCCTACAGGGGTGTTACTGATGTTTTCACAAAAGTTTATAGGGAAAGTGGATTGCGTGGCCTGTACAGAGGAGTAGGACCAACAATGATCGGAATACTTCCTTATGCTGGTTTGAAATTCTACATATACGAGGAACTAAAGAATCATGTTCCAGAGGAGCATCGAACCTCTGTTGTCATG
AAGCTTACTTGTGGTGCTTTAGCAGGTTTATTAGGACAAACTTTCACCTATCCATTGGATGTTGTCAAACGGCAAATGCAGGTACAGAGCATACCAGTTAGTCAAAGCCATAAGTCTTCTCTTCAATTAGCAGAACCCAAAATGAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGAT
GTTTTCAGGTCTGAGCATCAACTACTTAAAGATTGTTCCTTCAGTGGCAATAGGCTTTGCTGTATATGATGGGATGAAGTCTTGGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTCAAGGGCTCAACATGAGAGAGACAGGTCCTGCGGGTACTTTCTTGGCGTGATAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGTACAGAGC
ATACCAGTTAGTCAAAGCCATATGTCTTCTCTTAAATTAGCAGAACCCGAAATCAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACAACTTGAAGACTGTTCCTTAAGTGGCAATAGGTTTTTCTGTATATCATGGAATGAAGTTTTTGCTGGG
TTGTCCACCTCGAGAAAAGACATAAGTCAAGGCTTCAATATGAGAGAGACAGGTCCTGTGGGCACTTTCTTGGTGTGATAAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGCAAACATCTTTTGAATCTGTTTTGGACTTGGTCATATCGCAGGATAAACATGATTTAAAAGATGCCATTGGAGGTTGAGATGCAGTTGGTGTTTGCT
AATGATTCTTATTGACTAATTATCACCATTTAAGTTTCTGTATAACTTTTAAAGCACCCGACTAAAAAATAAATTATTAATTAGAGCATGTCTGCAATGTAATGAGCTGATCCTATCTGACAGGTTTGTTGTTTAGTGTTCTGTGAAGATGTCAAAATCGTACTTTAAATGATGATCGGCTCAAGTGCTGTCCGGTATTA
CTTTCGAAAGTTGCAAACTTGCCAATCCAGTAATCTTGCAGCATATCCTCGTGTTTATGTCACGTACAAAGTTTCTGAATACAATTGGCAATGCCATGATTGGAAAGAACTTGTTGCCATTCTAGATGTCTTGAATACATATGCTACGAATTTGGGGGATCGTTGATTGTTGAACCGTGTTTAATGTCTGTAGATGCTTC
AACCTGGTGTTCATTGTTCTATAGGAAAACCTCCAAAGTAACCCTGCGTTCTACAAGATGTAATTTAATCCTAAAGTACACGCTCAACCCAAACTGAACGTTGAAGGCACCATTATATTCCAAAATGCGAACAATAGACGTTAAACTCACACCCTTTTGGAAGTACTTGGAAGATATTTGCTCTAGCCTGTATTCATTGC
ATCAAAAGCAAGCATGACAAAAAGCATCTAACCCCACAAATAATAATGAACTGTTTAAATAGCACCATAGTGAGATGAATATCCGGAATATGTTTGCTTATGGTGATGCTGAATTGAACCAGTTTCTCTAAATTGCAGTGATTAAGTAATCCACATAGAAACATTTGTGCTCAAAAGAAAACTGATAAATAGCAATAAAA
AATGCCTCGGGTTCAATTTACAAATAATCAGTGATAAAAAGGTTTGGCAAAAGGTGCTTCTTAAAACTCTTAATGTGCCATGTATCCACTTTTTATTAAGAGGCGGGATGCTGCATTGCAGTTCATGGTGTGTGACCTGCCCTCCCTTAATGGTCATGACGGCTTTATTTAACGGCGGTTGCAAAGGGGGGTGTGCCCAG
CCCATAAGGGGAGAACATATCACTTATTTGGAGACTTGAACCTTGGTGGGAAATAAAACCACAATGTTTTCATTGAACCAAAAAACACCCTATTACAATAATCAGTGATATAAATGAACAGCATTTTTTGCTGGAGTAAAGCAGACCAAAATGAACAGCAGATTTTGCTGGAGTAAAACAGACCAAATCAAATAATAATC
CGATGTCTAGAGGAATAAGCTGAAATTGACTACTTATGTAAGGGCTTGTACTCCAGGCATGAATGATCCTTGGTTACAATTTGAGGTCAGATTCCAAAAACCGGGAGAAACTTTGTGATGTTGGGCGTGGCTGATAGCAAATACAACGGTTTGATCTCTACTTATTTCAATTAAATTTTTAATAGAATCGACTGCAATGT
GAAATGCATTCTCAAATGCATGTCAAATTAGTGTACATAGAAGTCATTTCTCAAATCGTTGATCCTCGTGAAGCCTAACATTGTTGAGTGGTGTAATATTCACATGGCCATGGCCATACCATATTGTGTTGGTAATGCATAGTTGTAGTCTAAACATTCTACGAATTTGTCATTTTCCAAGTACTCAGTATAACCAGAAT
TACAGTAATAATCATTTGGATTTATAGAAATATCAAATGTTAATGTCGTACAATCCTATTGCAATAGAGGTGCATTTTAGGATGTTGAACTAATTTTTGCATTAAAAACAATAATTTGATCAGTCCATAATTGTATGCATGGCTCAATTCTAGTGATGACAAACCAAAAAAATCAAATAACCTTCTTAATGCTAGGTTAT
GGTCAATGTCGACCTAGTCAACTTTGATATGGAGTCTTAATAATCATTTTAAAAAGTGCACCCTTTTTAAATGGGCACATAAAATCCCTTTTGGGAGGATACCTTACTTGAGGAGTTTGTAAATACACAATTAAAACCTCGTTGGTAAATGTACAAGGACAATGACAAACCAATGTAATTAAGTATTGATGGGTTGCCAT
GCAGTTCATAAAGCTTTGGTGGATGTATTGCGGTCTAAAACTAAAAAATAGTGAAGATTGATGGGGTTTTCATGCAGTTCATAAAGCTTTGGT
Intron 2 GTAAATGTTA ... TGGTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15 | 85 | 19 | 11 |
| A2 | 16.54 | 53 | 13 | 8 |
| A3 | 12.5 | 35 | 8 | 2 |
| A4 | 19.69 | 51 | 9 | 16 |
| A5 | 7.41 | 25 | 2 | 2 |
| A6 | 9.16 | 114 | 15 | 8 |
| A7 | 10.78 | 236 | 40 | 17 |
| A8 | 14.95 | 202 | 52 | 19 |
| A9 | 10.65 | 193 | 38 | 8 |
| A10 | 13.85 | 112 | 22 | 14 |
>TRINITY_DN48608_c4_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoformATTCAACAACAGGGCTTGAAGCCATACAACAATATAATACTCATCATATCATCATATTACTTACGAGAATAAAACTTGAGTGGGGAGGATAATATTCCATCCCACAACCATTAGCACTAGACCCAATTGATAACAAATTATAATTGACAACAAATTATAGCTATCCTTTTGACCATGAAGAAATATGGGGGACTATTATT
GAGTCAACAAACCTTTTTGGAAGAAAATGAAAAATAGACAAATGGAGAATATTAGTCTTTATGTTCTTTGGTTTGATGCTTTGTTTGCCATTTCTTGAAGGGTTATGATGGTGAAACCTTGAATTTGGGGTTGTGGTAGTATATATGCTTGGTGCAAGTTGCCAAGTCACGAGGAGCGTCATCCAATGAAAATCTTATTC
GTGGCACAGTGAGGGTGAAGGCACTTTGCTTGCTCTATGCACCAAGTCTTGTGAAGGTTTTTGGTAAGGTCGTTTCATGTAGCATGAAAGTGTGAGATGGGATATGATTTTTTTTTCTCGAAGGAAAAATTTGTGAGGAAACCCTTGTGTATTTGTATTTTGTGAATCTGAACTTGGAAGGCACATCTAATGAGACACAC
GATAAAGTTAATCAGCTTGGAGAATCAACCTTAAAATCTTTTACATGAAGCTCAAATCACTCAACACTTAATGCTTTATCCCACCTAACTAACAGAAAGTTTATATACACAAATCTCAAGTTAATAAGTAGATTTGTTGAAAACATATTCGGTATTTATATCCAATAGGTGAAATGCTGTGATAGTTAGAAGTTGGGAGT
GATTCGTCTTCTATGTTACTTACATGACTTATTACAACTCATCCTCTGTTGATTTGTTGTGATGGCCACTTTCATTTTTTATATCAGTGCCATTTGTTCGCTATTGGTGTGATAATTATGGAGTTTCCAGATATTATATTACTCACGGAGGTCTTATCAAACTACTTTCTGACAATGTCTATCTATCAATATATGAGATT
ATATCTGCGTCTTGGGATCTTTATCACTTTTTCCACATGTACAACTGTCTGTCTTCAGATGATGTTGAGGAATCATGTTCAAGCACTGGGACTCGTTGAACATCTTTGGTGGAGGTGTCAATGCAACCACTTTGCAAGCGTCATAATTTTGTTATGGAGTAATTTTCAATTTGCTCAAGAGAAATAAGCATCTAGCTAAC
TTGTTAAGACACTTCTATGATTTTTACTATTTGTCTGATTATGAAAGTACTCATGGCTCCACAATTTATGGTACTGTGTATGCTTAGGTTATTTCACCGAGTTCTGCCCTTCCCCACATCGAAGATATATCCCAAGCTCTCAAACTTTCAAGTAGATACATGAGTTGGATAGTGTTCGATGGATTGGGTAGGATACGCCA
TTCATCAACAACTTATATAAATGTTTTCACCACAATGCACACTGGTAGGATACCGTATTGTACGAAGCAGGAATGAGGGGGAAATGACTGTAAGCCAGGGTGATGTTAGGGCTTATTATGCTTGCAAAAGTGAGTAAAAATTTCGATAGGTAACAAAGAACTTTGTGTGATACTTACCAATCTTTTTGGTGTTTGCCATT
TTTAAAGTCCTCATTTGGTGGCATCACTTGAGGATGTCGCTTCATGCAACATTTTAATTGGCAATATCTTTCACCTATCCACTGGATGTGGTCAAACGGCAAATGCACGTATCTAATAACTTGACATTCAATTTCCCTGGGTGTATAACATTTGAACAGTTTGCCTTGGATGGATTCTATGATTGATCCTAGTAGCATTT
AGAACCCACTTGGACAAAAGGTTCAGGGATTTCTCTGTAATTACTTTTTTATTCTGTGGGAGATTGTATTCAGGTACAGAGCATACCAGTTAGTCAAAGCCATAAGTCTTCTCTTCAATTAGCAGAACCCAAAATGAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAG
GTCTGAGCATCAACTACTTAAAGATTGTTCCTTCAGTGGCAATAGGCTTTGCTGTATATGATGGGATGAAGTCTTGGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTCAAGGGCTCAACATGAGAGAGACAGGTCCTGCGGGTACTTTCTTGGCGTGATAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGTAAAAGCCATATGTCT
TCTCTTAAATTAGCAGAACCCGAAATCAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACAACTTGAAGACTGTTCCTTAAGTGGCAATAGGTTTTTCTGTATATCATGGAATGAAGTTTTTGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACATAAGT
CAAGGCTTCAATATGAGAGAGACAGGTCCTGTGGGCACTTTCTTGGTGTGATAAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGCAAACATCTTTTGAATCTGTTTTGGACTTGGTCATATC
>TRINITY_DN48608_c4_g2_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTAAGACGGGTCAAGGAAGGAGGCAGTTCTCCGTGCATCTCAACGTTCACGGGTAGAAAAGATCGCCCCTTCGCGGAAAAGAAGAAAAAACGAACAGAAGCAGCGGCAGCGGCAGAGCCAGACGCGAAACATCCATTTTCTTCTTATTTTCTTGGACGTGTCGGCCCTGCAAATCCTCTTCCGTGTAAGTGTATATGAAT
CTCCATGACAAACTTTTCCTTATATAGAATCCGAGGATTCAGCCAATGCTGCCGCTGTATGTTGTGTATATAGGAGCGAAGTCATTGATCAATAGCAGCGATTAGCAATTGATGTCTCTAGCAGAATCGGCAGATGAGCGAAAATATCTGTTGATGAGCGTTCGGAGGATCTCAGAGCTGCCATTACAGCGTGTTCTCTT
CTCCTTTTGCCTGTCCAGAGACCGATGGGATAAAGAGTTTGCCAAACTGGAGACTGGGTAATACCTCTAGCCCGGTGCTTATTTGGAGGCTTTATTGCTTATCCTATATTTGAGTGTCGGCTATTCTTGATTTGGGCCATTGAGGTTGCTCCAAATTTGGACATTGGGGTATTGCTTAAATTGCTTGGGGTCTTTAGAGA
TTCTTCATTCTGATCCAAATTTGGACATTGGGTATTGCTAAAATTGGTTGGGGTCTTCAATCTGCACTCAGGGTATTGGAAACCTTATAAGAACTGCGTATTGCGGGTCAAATTTGGGTTTTTGATTGATTAGTTTTCTCCAAACCCAAACTCATATACTGTCAAACCTTGAGTTAGGTCATTAGGGTTTCTCCAGATTA
AATTTGGAGCATAAGGTTTGTCTAAGCCAGAGACAAGGTATCGATAAAGTGATTTGGGATTATAAAGGTTTCCCCAGATTGACAAACCGTGATTTACCTCTATTGGGGTCAAAAAGGGGTTCCCCGCTTTGGAAATTTGTCTTTGATTAACCTGATTTGGGTGTTCGAAATTCATTCAGATTGGATACTGGTCGTTGTCT
TTTATTCTTTTGCCATTCTATTGGCAGCAGACCAGGATTGTATTTTCATTCTATAATCCTTCTCCGCTTGATTCTTACTCCTTGGAATCACTTTACACATCTGGTTTGGAAATTGAGGTGGTAGTTGATTGGTCTGCCCGTATGGGTTCACCTCAAGGACCTGCTATGACAACGGTGGTTGCTTCCAAGACGCTGATGGC
TAGTCAGGACCACCCGGCTCAAGGAAGTTTCTCAATATGCAATGCGATGCCTGTGTATGTCAAGGAGCTGATTGCAGGAGGGTTTGCAGGCGGATTTGCAAAGACGGCAGTCGCACCTTTGGAGCGTACGAAGATTCTCTTTCAGACTAGGCGTGGAGATTTTCAATCCTTGGGAGTGTGGAGATCTATGGGGAAGATCT
TGCAAAATGAAGGAATACTTGGCTTTTACAAAGGAAATGGAGCGAGTGTCCTTAGAATAGTCCCTTATGCAGCATTGCATTTTATGACATATGAACAATACCGCTGCTGGATTTTAAATAACTGCCCTGCTATGGGAACAGGTCCTGTTGTGGATCTGCTAGCTGGATCAGTTGCAGGTGGAACATCAGTTCTGTTTACC
TATCCCTTGGATTTAGCTCGGACCAAATTGGCTTACCAGGTTACAAGAAATTCTTGTGCGACAGGGCTAGATAAAAGTCTCAGATCCCAATGTATCCAGCCAGCCTACAGGGGTGTTACTGATGTTTTCACAAAAGTTTATAGGGAAAGTGGATTGCGTGGCCTGTACAGAGGAGTAGGACCAACAATGATCGGAATACT
TCCTTATGCTGGTTTGAAATTCTACATATACGAGGAACTAAAGAATCATGTTCCAGAGGAGCATCGAACCTCTGTTGTCATGAAGCTTACTTGTGGTGCTTTAGCAGGTTTATTAGGACAAACTTTCACCTATCCATTGGATGTTGTCAAACGGCAAATGCAGGTACAGAGCATACCAGTTAGTCAAAGCCATAAGTCTT
CTCTTCAATTAGCAGAACCCAAAATGAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACTACTTAAAGATTGTTCCTTCAGTGGCAATAGGCTTTGCTGTATATGATGGGATGAAGTCTTGGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTC
AAGGGCTCAACATGAGAGAGACAGGTCCTGCGGGTACTTTCTTGGCGTGATAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGTACAGAGCATACCAGTTAGTCAAAGCCATATGTCTTCTCTTAAATTAGCAGAACCCGAAATCAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAG
GTCTGAGCATCAACAACTTGAAGgtaaatgttattcttcagtagtattactgaaaatagctttcatttaacatgtaatattgtgaatgtgtgatattttatattactatttgatctatttatggctgatgctagagttggtcagtgattgcaagattgtcaactattcaactggattgctgtggttggcagACTGTTCCT
TAAGTGGCAATAGGTTTTTCTGTATATCATGGAATGAAGTTTTTGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACATAAGTCAAGGCTTCAATATGAGAGAGACAGGTCCTGTGGGCACTTTCTTGGTGTGATAAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGCAAACATCTTTTGAATCTGTTTTGGACTTGGTCATATCACAGGATAA
ACGTGATTTAAAAGATGCCATTGGAGGTTGAGATGTAGTTGGTGTTTTCTAACGATTCTTATTGACTAATTATCACCATTTAAGTTTCTGTATAGCTTTTAAAGCACCTCACCAGAAAAGAAAATTATTAGAGTATTTCTGCAATGTAATGAGCTGATCCTATCTGATAGGTTTCTTGTTGTAGTGTTCTGTGAAGAGCC
CTGTCCGGTATTACTTTCGAAAGTTGCACAACTTGCCAATCCAGTAATCTCGCAGCACATCTTTTCCTGTTTATCTCACGTGCAAAGTTTCCAAATAAAATGTCAAGATTGGAAAGGACTTATTGCCATCCTAGATGTCTTGAATACATATGCTACGAATTTGGGGGATCGTTGATTGTTGAACCGTGTTTAATGTCTGT
AGATGCTTCAACCTGGTGTTCATTGTTCTATAGGAAAACCTCCAAAGTAACCCTGCGTTCTACAAGATGTAATTTAATCCTAAAGTACACGCTCAACCCAAACTGAACGTTGAAGGCACCATTATATTCCAAAATGCGAACAATAGACGTTAAACTCACACCCTTTTGGAAGTACTTGGAAGATATTTGCTCTAGCCTGT
ATTCATTGCATCAAAAGCAAGCATGACAAAAAGCATCTAACCCCACAAATAATAATGAACTGTTTAAATAGCACCATAGTGAGATGAATATCCGGAATATGTTTGCTTATGGTGATGCTGAATTGAACCAGTTTCTCTAAATTGCAGTGATTAAGTAATCCACATAGAAACATTTGTGCTCAAAAGAAAACTGATAAATA
GCAATAAAAAATGCCTCGGGTTCAATTTACAAATAATCAGTGATAAAAAGGTTTGGCAAAAGGTGCTTCTTAAAACTCTTAATGTGCCATGTATCCACTTTTTATTAAGAGGCGGGATGCTGCATTGCAGTTCATGGTGTGTGACCTGCCCTCCCTTAATGGTCATGACGGCTTTATTTAACGGCGGTTGCAAAGGGGGG
TGTGCCCAGCCCATAAGGGGAGAACATATCACTTATTTGGAGACTTGAACCTTGGTGGGAAATAAAACCACAATGTTTTCATTGAACCAAAAAACACCCTATTACAATAATCAGTGATATAAATGAACAGCATTTTTTGCTGGAGTAAAGCAGACCAAAATGAACAGCAGATTTTGCTGGAGTAAAACAGACCAAATCAA
ATAATAATCCGATGTCTAGAGGAATAAGCTGAAATTGACTACTTATGTAAGGGCTTGTACTCCAGGCATGAATGATCCTTGGTTACAATTTGAGGTCAGATTCCAAAAACCGGGAGAAACTTTGTGATGTTGGGCGTGGCTGATAGCAAATACAACGGTTTGATCTCTACTTATTTCAATTAAATTTTTAATAGAATCGA
CTGCAATGTGAAATGCATTCTCAAATGCATGTCAAATTAGTGTACATAGAAGTCATTTCTCAAATCGTTGATCCTCGTGAAGCCTAACATTGTTGAGTGGTGTAATATTCACATGGCCATGGCCATACCATATTGTGTTGGTAATGCATAGTTGTAGTCTAAACATTCTACGAATTTGTCATTTTCCAAGTACTCAGTAT
AACCAGAATTACAGTAATAATCATTTGGATTTATAGAAATATCAAATGTTAATGTCGTACAATCCTATTGCAATAGAGGTGCATTTTAGGATGTTGAACTAATTTTTGCATTAAAAACAATAATTTGATCAGTCCATAATTGTATGCATGGCTCAATTCTAGTGATGACAAACCAAAAAAATCAAATAACCTTCTTAATG
CTAGGTTATGGTCAATGTCGACCTAGTCAACTTTGATATGGAGTCTTAATAATCATTTTAAAAAGTGCACCCTATTTAAATGGGCACATAAAATCCCTTTTGGGAGGATACCTTACTTGAGGAGTTTGTAAATACACAATTAAAACCTCGTTGGTAAATGTACAAGGACAATGACAAACCAATGTAATTAAGTATTGATG
GGTTGCCATGCAGTTCATAAAGCTTTGGTGGATGTATTGCGGTCTAAAACTAAAAAATAGTGAAGATTGATGGGGTTTTCATGCAGTTCATAAAGCTTTGGTGGATGTATTGTAGTCTAAAACTAAAAATTAGTGAAGATCCATCTTAACCGTGAAGCTATTTAACATGAAATATATTATGGTAATTAATGGTATGAACT
TCCAAAATTTATTTATAATTCACCTAGCTTTGCTCTAGATTGCACCTCATTTCTCTTTGTGCAATTAACTATAAATAAAATTGATATTTGTGATTGTATTATGAAAGTTTGAAAAAAAGTTTTAATTATACAATAATGCTAGAGTAAAACTAACGAACCATCCACATAGAAAGACATTGTTTTTTTTAGAAATTGACATC
ATAGTTACAATTTAATAAGCAATGATTAATGTATAAAACATAAAATAAATAATGTTGAATATGTCATAGACTTCTCATTAAATGTACATTGCAAATTGATATGAATACATTTTCAAACTGTTACAATGGTCTGTTGTCGAAGAGGTAGCATAAATAGTGTTGGTATAAATTTTGTTGAATGCATCAAATGATGTTAGGAT
TAAGGGAATGTAGTGCAATATGCTTGTGATAAGAGTAAAGGGTAAATAAGTTTTATGTGTAAGGTGTCTAGAAAATTTATGATAGCATAGTTTTGCAAGGGAGTTAGGTATAGGGAAAACATGAATGAATCATATTAATTTATGATGCTTATTAGAATTAAGGGAATGCATAGGGAAAATATGAAAACAATCATATTTAT
TTTTACACACATGAAATTTTGAAGATTTTTTATAATTTTCAAGATATCAATTAATAAGATTTGGTAAGGACATTGAACAAGGTATTAAACTTCTAAGTATTATTTAATATTTGCAACAAATTGTAGTGGCCAATTCAACAACAGGGCTTGAA
Intron 3 GTAAGTGTAT ... GTGTATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.98 | 94 | 216 | 118 |
| A2 | 66.21 | 87 | 212 | 129 |
| A3 | 68.38 | 74 | 206 | 114 |
| A4 | 67.9 | 87 | 239 | 129 |
| A5 | 69.28 | 49 | 133 | 88 |
| A6 | 58.45 | 43 | 87 | 34 |
| A7 | 62.66 | 59 | 138 | 60 |
| A8 | 63.93 | 22 | 46 | 32 |
| A9 | 54.6 | 74 | 113 | 65 |
| A10 | 59.15 | 87 | 155 | 97 |
>TRINITY_DN108394_c3_g2_i4 from sample A5 / Example spliced isoformTCTCAACGTTCACGGGTAGAAAAGATCGCCCCTTCGCGGAAAAGAAGAAAAAACGAACAGAAGCAGCGGCAGCGGCAGAGCCAGACGCGAAACATCCATTTTCTTCTTATTTTCTTGGACGTGTCGGCCCTGCAAATCCTCTTCCGTGAGCGAAGTCATTGATCAATAGCAGCGATTAGCAATTGATGTCTCTAGCAGAA
TCGGCAGATGAGCGAAAATATCTGTTGATGAGCGTTCGGAGGATCTCAGAGCTGCCATTACAGCGTGTTCTCTTCTCCTTTTGCCTGTCCAGAGACCGATGGGATAAAGAGTTTGCCAAACTGGAGACTGGGTAATACCTCTAGCCCGGTGCTTATTTGGAGGCTTTATTGCTTATCCTATATTTGAGTGTCGGCTATTC
TTGATTTGGGCCATTGAGGTTGCTCCAAATTTGGACATTGGGGTATTGCTTAAATTGCTTGGGGTCTTTAGAGATTCTTCATTCTGATCCAAATTTGGACATTGGGTATTGCTAAAATTGGTTGGGGTCTTCAATCTGCACTCAGGGTATTGGAAACCTTATAAGAACTGCGTATTGCGGGTCAAATTTGGGTTTTTGAT
TGATTAGTTTTCTCCAAACCCAAACTCATATACTGTCAAACCTTGAGTTAGGTCATTAGGGTTTCTCCAGATTAAATTTGGAGCATAAGGTTTGTCTAAGCCAGAGACAAGGTATCGATAAAGTGATTTGGGATTATAAAGGTTTCCCCAGATTGACAAACCGTGATTTACCTCTATTGGGGTCAAAAAGGGGTTCCCCG
CTTTGGAAATTTGTCTTTGATTAACCTGATTTGGGTGTTCGAAATTCATTCAGATTGGATACTGGTCGTTGTCTTTTATTCTTTTGCCATTCTATTGGCAGCAGACCAGGATTGTATTTTCATTCTATAATCCTTCTCCGCTTGATTCTTACTCCTTGGAATCACTTTACACATCTGGTTTGGAAATTGAGGTGGTAGTT
GATTGGTCTGCCCGTATGGGTTCACCTCAAGGACCTGCTATGACAACGGTGGTTGCTTCCAAGACGCTGATGGCTAGTCAGGACCACCCGGCTCAAGGAAGTTTCTCAATATGCAATGCGATGCCTGTGTATGTCAAGGAGCTGATTGCAGGAGGGTTTGCAGGCGGATTTGCAAAGACGGCAGTCGCACCTTTGGAGCG
TACGAAGATTCTCTTTCAGACTAGGCGTGGAGATTTTCAATCCTTGGGAGTGTGGAGATCTATGGGGAAGATCTTGCAAAATGAAGGAATACTTGGCTTTTACAAAGGAAATGGAGCGAGTGTCCTTAGAATAGTCCCTTATGCAGCATTGCATTTTATGACATATGAACAATACCGCTGCTGGATTTTAAATAACTGCC
CTGCTATGGGAACAGGTCCTGTTGTGGATCTGCTAGCTGGATCAGTTGCAGGTGGAACATCAGTTCTGTTTACCTATCCCTTGGATTTAGCTCGGACCAAATTGGCTTACCAGGTTACAAGAAATTCTTGTGCGACAGGGCTAGATAAAAGTCTCAGATCCCAATGTATCCAGCCA
>TRINITY_DN108394_c3_g2_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:TCTCAACGTTCACGGGTAGAAAAGATCGCCCCTTCGCGGAAAAGAAGAAAAAACGAACAGAAGCAGCGGCAGCGGCAGAGCCAGACGCGAAACATCCATTTTCTTCTTATTTTCTTGGACGTGTCGGCCCTGCAAATCCTCTTCCGTgtaagtgtatatgaatctccatgacaaacttttccttatatagaatccgagga
ttcagccaatgctgccgctgtatgttgtgtatatagGAGCGAAGTCATTGATCAATAGCAGCGATTAGCAATTGATGTCTCTAGCAGAATCGGCAGATGAGCGAAAATATCTGTTGATGAGCGTTCGGAGGATCTCAGAGCTGCCATTACAGCGTGTTCTCTTCTCCTTTTGCCTGTCCAGAGACCGATGGGATAAAGAG
TTTGCCAAACTGGAGACTGGGTAATACCTCTAGCCCGGTGCTTATTTGGAGGCTTTATTGCTTATCCTATATTTGAGTGTCGGCTATTCTTGATTTGGGCCATTGAGGTTGCTCCAAATTTGGACATTGGGGTATTGCTTAAATTGCTTGGGGTCTTTAGAGATTCTTCATTCTGATCCAAATTTGGACATTGGGTATTG
CTAAAATTGGTTGGGGTCTTCAATCTGCACTCAGGGTATTGGAAACCTTATAAGAACTGCGTATTGCGGGTCAAATTTGGGTTTTTGATTGATTAGTTTTCTCCAAACCCAAACTCATATACTGTCAAACCTTGAGTTAGGTCATTAGGGTTTCTCCAGATTAAATTTGGAGCATAAGGTTTGTCTAAGCCAGAGACAAG
GTATCGATAAAGTGATTTGGGATTATAAAGGTTTCCCCAGATTGACAAACCGTGATTTACCTCTATTGGGGTCAAAAAGGGGTTCCCCGCTTTGGAAATTTGTCTTTGATTAACCTGATTTGGGTGTTCGAAATTCATTCAGATTGGATACTGGTCGTTGTCTTTTATTCTTTTGCCATTCTATTGGCAGCAGACCAGGA
TTGTATTTTCATTCTATAATCCTTCTCCGCTTGATTCTTACTCCTTGGAATCACTTTACACATCTGGTTTGGAAATTGAGGTGGTAGTTGATTGGTCTGCCCGTATGGGTTCACCTCAAGGACCTGCTATGACAACGGTGGTTGCTTCCAAGACGCTGATGGCTAGTCAGGACCACCCGGCTCAAGGAAGTTTCTCAATA
TGCAATGCGATGCCTGTGTATGTCAAGGAGCTGATTGCAGGAGGGTTTGCAGGCGGATTTGCAAAGACGGCAGTCGCACCTTTGGAGCGTACGAAGATTCTCTTTCAGACTAGGCGTGGAGATTTTCAATCCTTGGGAGTGTGGAGATCTATGGGGAAGATCTTGCAAAATGAAGGAATACTTGGCTTTTACAAAGGAAA
TGGAGCGAGTGTCCTTAGAATAGTCCCTTATGCAGCATTGCATTTTATGACATATGAACAATACCGCTGCTGGATTTTAAATAACTGCCCTGCTATGGGAACAGGTCCTGTTGTGGATCTGCTAGCTGGATCAGTTGCAGGTGGAACATCAGTTCTGTTTACCTATCCCTTGGATTTAGCTCGGACCAAATTGGCTTACC
AGGTTACAAGAAATTCTTGTGCGACAGGGCTAGATAAAAGTCTCAGATCCCAATGTATCCAGCCAGCCTACAGGGGTGTTACTGATGTTTTCACAAAAGTTTATAGGGAAAGTGGATTGCGTGGCCTGTACAGAGGAGTAGGACCAACAATGATCGGAATACTTCCTTATGCTGGTTTGAAATTCTACATATACGAGGAA
CTAAAGAATCATGTTCCAGAGGAGCATCGAACCTCTGTTGTCATGAAGCTTACTTGTGGTGCTTTAGCAGGTTTATTAGGACAAACTTTCACCTATCCATTGGATGTTGTCAAACGGCAAATGCAGGTACAGAGCATACCAGTTAGTCAAAGCCATAAGTCTTCTCTTCAATTAGCAGAACCCAAAATGAGAGGAACACT
TGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACTACTTAAAGATTGTTCCTTCAGTGGCAATAGGCTTTGCTGTATATGATGGGATGAAGTCTTGGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTCAAGGGCTCAACATGAGAGAGACAGGTCCTGCGGGTAC
TTTCTTGGCGTGATAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGTAAAAGCCATAAGTCTTCTCTTCAATTAGCAGAACCCAAAATGAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACAACTTGAAGACTGTTCCTTAAGTGGCAATAGGTTTTTCTGTA
TATCATGGAATGAAGTTTTTGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACATAAGTCAAGGCTTCAATATGAGAGAGACAGGTCCTGTGGGCACTTTCTTGGTGTGATAAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGCAAACATCTTTTGAATCTGTTTTGGACTTGGTCATATCGCAGGATAAACATGATTTAAAAGATGCCATTGG
AGGTTGAGATGCAGTTGGTGTTTGCTAATGATTCTTATTGACTAATTATCACCATTTAAGTTTCTGTATAACTTTTAAAGCACCCGACTAAAAAATAAATTATTAATTAGAGCATGTCTGCAATGTAATGAGCTGATCCTATCTGACAGGTTTGTTGTTTAGTGTTCTGTGAAGATGTCAAAATCGTACTTTAAATGATG
ATCGGCTCAAGTGCTGTCCGGTATTACTTTCGAAAGTTGCAAACTTGCCAATCCAGTAATCTTGCAGCATATCCTCGTGTTTATGTCACGTACAAAGTTTCTGAATACAATTGGCAATGCCATGATTGGAAAGAACTTGTTGCCATTCTAGATGTCTTGAATACATATGCTACGAATTTGGGGGATCGTTGATTGTTGAA
CCGTGTTTAATGTCTGTAGATGCTTCAACCTGGTGTTCATTGTTCTATAGGAAAACCTCCAAAGTAACCCTGCGTTCTACAAGATGTAATTTAATCCTAAAGTACACGCTCAACCCAAACTGAACGTTGAAGGCACCATTATATTCCAAAATGCGAACAATAGACGTTAAACTCACACCCTTTTGGAAGTACTTGGAAGA
TATTTGCTCTAGCCTGTATTCATTGCATCAAAAGCAAGCATGACAAAAAGCATCTAACCCCACAAATAATAATGAACTGTTTAAATAGCACCATAGTGAGATGAATATCCGG
Intron 4 GTATCTAATA ... TTGTATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.77 | 91.4 | 24 | 58.5 |
| A2 | 24.64 | 91.1 | 16 | 28.5 |
| A3 | 34.93 | 92.6 | 18.5 | 47.5 |
| A4 | 33.29 | 77.9 | 20.5 | 36.5 |
| A5 | 21.87 | 22.5 | 7 | 6 |
| A6 | 24.09 | 128.1 | 19 | 39.5 |
| A7 | 35.21 | 175.8 | 29.5 | 90 |
| A8 | 37.89 | 194 | 36.5 | 112.8 |
| A9 | 26.74 | 176.6 | 30 | 61.3 |
| A10 | 38.99 | 130.4 | 27 | 78.5 |
>TRINITY_DN124013_c11_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTAGCAGGTTTATTAGGACAAACTTTCACCTATCCATTGGATGTTGTCAAACGGCAAATGCAGGTACAGAGCATACCAGTTAGTCAAAGCCATAAGTCTTCTCTTCAATTAGCAGAACCCAAAATGAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATC
AACTACTTAAAGATTGTTCCTTCAGTGGCAATAGGCTTTGCTGTATATGATGGGATGAAGTCTTGGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTCAAGGGCTCAACATGAGAGAGACAGGTCCTGCGGGTACTTTCTTGGCGTGATAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGTAAAGCCATATGTCTTCTCTTAAATTA
GCAGAACCCGAAATCAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACAACTTGAAGTTGTTGTTTAGTGTTCTGTGAAGATGTCAAAATCGTACTTTAAATGATGATCGGCTCAAGTGCTGTCCGGTATTACTTTCGAAAGTTGCACAACTTGC
CAATCCAGTAATCTCGCAGCACATCTTTTCCTGTTTATCTCACGTGCAAAGTTTCCAAATAAAATGTCAAGATTGGAAAG
>TRINITY_DN124013_c11_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAGCAGGTTTATTAGGACAAACTTTCACCTATCCATTGGATGTTGTCAAACGGCAAATGCAGgtatctaataacgtggcatctaatttccctgggcgtataacatattaacagtttgtcttggatggattctatgattgatcctagtagcatttatgacccacttggacaataggttcagcgatttctgtgtaattactt
ttttattctttgtgagattgtattcagGTACAGAGCATACCAGTTAGTCAAAGCCATAAGTCTTCTCTTCAATTAGCAGAACCCAAAATGAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACTACTTAAAGATTGTTCCTTCAGTGGCAATAGG
CTTTGCTGTATATGATGGGATGAAGTCTTGGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTCAAGGGCTCAACATGAGAGAGACAGGTCCTGCGGGTACTTTCTTGGCGTGATAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGTAAAGCCATATGTCTTCTCTTAAATTAGCAGAACCCGAAATCAGAGGAACACTTGAAGGACT
ATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACAACTTGAAGGTAAATGTTATTCTTCAGTAGTATTACTGAAAATAGCTTTCATTTAACATGTAATATTGTGAATGTGTGATATTTTATATTACTATTTGATCTATTTATGGCTGATGCTAGAGTTGGTCAGTGATTGCAAGAT
TGTCAACTGATATTCAACTGGATTGCTGTGGTTGGCAGACTGTTCCTTAAGTGGCAATAGGTTTTTCTGTATATCATGGAATGAAGTTTTTGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACATAAGTCAAGGCTTCAATATGAGAGAGACAGGTCCTGTGGGCACTTTCTTGGTGTGATAAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGG
CAAACATCTTTTGAATCTGTTTTGGACTTGGTCATATCACAGGATAAACGTGATTTAAAAGATGCCATTGGAGGTTGAGATGTAGTTGGTGTTTTCTAACGATTCTTATTGACTAATTATCACCATTTAAGTTTCTGTATATCATGGAATGAAGTTTTTGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTCAAGGCTT
CAATATGAGAGAGACAGGTCCTGTGGGCACTTTCTTGGTGTGATAAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGCAAACACCTTTTGAATCTGTTTTGGACTTG
Intron 5 GTATGTGAGT ... CTCGTATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26 | 111 | 27.3 | 39 |
| A2 | 17.5 | 66 | 10.7 | 14 |
| A3 | 29.01 | 93 | 19.3 | 38 |
| A4 | 19.17 | 97 | 16 | 23 |
| A5 | 23.81 | 32 | 6.7 | 10 |
| A6 | 28.03 | 113 | 19 | 44 |
| A7 | 24.51 | 191 | 31.7 | 62 |
| A8 | 23.23 | 119 | 12.7 | 36 |
| A9 | 25.46 | 161 | 17.3 | 55 |
| A10 | 20.54 | 147 | 20 | 38 |
>TRINITY_DN117889_c8_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoformTCAACGTTCACGGGTAGAAAAGATCGCCCCTTCGCGGAAAAGAAGAAAAAACGAACAGAAGCAGCGGCAGCGGCAGAGCCAGACGCGAAACATCCATTTTCTTCTTATTTTCTTGGACGTGTCGGCCCTGCAAATCCTCTTCCGTGTAAGTGTATATGAATCTCCATGACAAACTTTTCCTTATATAGAATCCGAGGATT
CAGCCAATGCTGCCGCTGTATGTTGTGTATATAGGAGCGAAGTCATTGATCAATAGCAGCGATTAGCAATTGATGTCTCTAGCAGAATCGGCAGATGAGCGAAAATATCTGTTGATGAGCGTTCGGAGGATCTCAGAGCTGCCATTACAGCGTGTTCTCTTCTCCTTTTGCCTGTCCAGAGACCGATGGGATAAAGAGTT
TGCCAAACTGGAGACTGGGTAATACCTCTAGCCCGGTGCTTATTTGGAGGCTTTATTGCTTATCCTATATTTGAGTGTCGGCTATTCTTGATTTGGGCCATTGAGGTTGCTCCAAATTTGGACATTGGGGTATTGCTTAAATTGCTTGGGGTCTTTAGAGATTCTTCATTCTGATCCAAATTTGGACATTGGGTATTGCT
AAAATTGGTTGGGGTCTTCAATCTGCACTCAGGGTATTGGAAACCTTATAAGAACTGCGTATTGCGGGTCAAATTTGGGTTTTTGATTGATTAGTTTTCTCCAAACCCAAACTCATATACTGTCAAACCTTGAGTTAGGTCATTAGGGTTTCTCCAGATTAAATTTGGAGCATAAGGTTTGTCTAAGCCAGAGACAAGGT
ATCGATAAAGTGATTTGGGATTATAAAGGTTTCCCCAGATTGACAAACCGTGATTTACCTCTATTGGGGTCAAAAAGGGGTTCCCCGCTTTGGAAATTTGTCTTTGATTAACCTGATTTGGGTGTTCGAAATTCATTCAGATTGGATACTGGTCGTTGTCTTTTATTCTTTTGCCATTCTATTGGCAGCAGACCAGGATT
GTATTTTCATTCTATAATCCTTCTCCGCTTGATTCTTACTCCTTGGAATCACTTTACACATCTGGTTTGGAAATTGAGGTGGTAGTTGATTGGTCTGCCCGTATGGGTTCACCTCAAGGACCTGCTATGACAACGGTGGTTGCTTCCAAGACGCTGATGGCTAGTCAGGACCACCCGGCTCAAGGAAGTTTCTCAATATG
CAATGCGATGCCTGTGTATGTCAAGGAGCTGATTGCAGGAGGGTTTGCAGGCGGACTTGCAAAGACGGCAGTCGCACCTTTGGAGCGTACGAAGATTCTCTTTCAGACTAGGCGTGGAGATTTTCAATCCTTGGGAGTGTGGAGATCTATGGGGAAGATCTTGCAAAATGAAGGAATACTTGGCTTTTACAAAGGAAATG
GAGCGAGTGTCCTTAGAATAGTCCCTTATGCAGCATTGCATTTTATGACATATGAACAATACCGCTGCTGGATTTTAAATAACTGCCCTGCTATGGGAACAGGTCCTGTTGTGGATCTGCTAGCTGGATCAGTTGCAGGTGGAACATCAGTTCTGTTTACCTATCCCTTGGATTTAGCTCGGACCAAATTGGCTTACCAG
GTTACAAGAAATTCTTGTGCGACAGGGCTAGATAAAAGTCTCAGATCCCAATGTATCCAGCCAGCCTACAGGGGTGTTACTGATGTTTTCACAAAAGTTTATAGGGAAAGTGGATTGCGTGGCCTGTACAGAGGAGTAGGACCAACAATGATCGGAATACTTCCTTATGCTGGTTTGAAATTCTACATATACGAGGAACT
AAAGAATCATGTTCCAGAGGAGCATCGAACCTCTGTTGTCATGAAGCTTACTTGTGGTGCTTTAGCAGGTTTATTAGGACAAACTTTCACCTATCCATTGGATGTTGTCAAACGGCAAATGCAGGTACAGAGCATACCAGTTAGTCAAAGCCATAAGTCTTCTCTTCAATTAGCAGAACCCAAAATGAGAGGAACACTTG
AAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACTACTTAAAGATTGTTCCTTCAGTGGCAATAGGCTTTGCTGTATATGATGGGATGAAGTCTTGGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTCAAGGGCTCAACATGAGAGAGACAGGTCCTGCGGGTACTT
TCTTGGCGTGATAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGTAACATCTTTTGAATCTGTTTTGGACTTGGTCATATCGCAGGATAAACATGATTTAAAAGATGCCATTGGAGGTTGAGATGCAGTTGGTGTTTGCTAATGATTCTTATTGACTAATTATCACCATTTAAGTTTCTGTATAACTTTTAAAGCACCCGACTAAAAAA
TAAATTATTAATTAGAGCATGTCTGCAATGTAATGAGCTGATCCTATCTGACAGGTTTGTTGTTTAGTGTTCTGTGAAGATGTCAAAATCGTACTTTAAATGATGATCGGCTCAAGTGCTGTCCGGTATTACTTTCGAAAGTTGCAAACTTGCCAATCCAGTAATCTTGCAGCATATCCTCGTGTTTATGTCACGTACAA
AGTTTCTGAATACAATTGGCAATGCCATGATTGGAAAGAACTTGTTGCCATTCTAGATGTCTTGAATACATATGCTACGAATTTGGGGGATCGTTGATTGTTGAACCGTGTTTAATGTCTGTAGATGCTTCAACCTGGTGTTCATTGTTCTATAGGAAAACCTCCAAAGTAACCCTGCGTTCTACAAGATGTAATTTAAT
CCTAAAGTACACGCTCAACCCAAACTGAACGTTGAAGGCACCATTATATTCCAAAATGCGAACAATAGACGTTAAACTCACACCCTTTTGGAAGTACTTGGAAGATATTTGCTCTAGCCTGTATTCATTGCATCAAAAGCAAGCATGACAAAAAGCATCTAACCCCACAAATAATAATGAACTGTTTAAATAGCACCATA
GTGAGATGAATATCCGGAATATGTTTGCTTATGGTGATGCTGAATTGAACCAGTTTCTCTAAATTGCAGTGATTAAGTAATCCACATAGAAACATTTGTGCTCAAAAGAAAACTGATAAATAGCAATAAAAAATGCCTCGGGTTCAATTTACAAATAATCAGTGATAAAAAGGTTTGGCAAAAGGTGCTTCTTAAAACTC
TTAATGTGCCATGTATCCACTTTTTATTAAGAGGCGGGATGCTGCATTGCAGTTCATGGTGTGTGACCTGCCCTCCCTTAATGGTCATGACGGCTTTATTTAACGGCGGTTGCAAAGGGGGGTGTGCCCAGCCCATAAGGGGAGAACATATCACTTATTTGGAGACTTGAACCTTGGTGGGAAATAAAACCACAATGTTT
TCATTGAACCAAAAAACACCCTATTACAATAATCAGTGATATAAATGAACAGCATTTTTTGCTGGAGTAAAGCAGACCAAAATGAACAGCAGATTTTGCTGGAGTAAAACAGACCAAATCAAATAATAATCCGATGTCTAGAGGAATAAGCTGAAATTGACTACTTATGTAAGGGCTTGTACTCCAGGCATGAATGATCC
TTGGTTACAATTTGAGGTCAGATTCCAAAAACCGGGAGAAACTTTGTGATGTTGGGCGTGGCTGATAGCAAATACAACGGTTTGATCTCTACTTATTTCAATTAAATTTTTAATAGAATCGACTGCAATGTGAAATGCATTCTCAAATGCATGTCAAATTAGTGTACATAGAAGTCATTTCTCAAATCGTTGATCCTCGT
GAAGCCTAACATTGTTGAGTGGTGTAATATTCACATGGCCATGGCCATACCATATTGTGTTGGTAATGCATAGTTGTAGTCTAAACATTCTACGAATTTGTCATTTTCCAAGTACTCAGTATAACCAGAATTACAGTAATAATCATTTGGATTTATAGAAATATCAAATGTTAATGTCGTACAATCCTATTGCAATAGAG
GTGCATTTTAGGATGTTGAACTAATTTTTGCATTAAAAACAATAATTTGATCAGTCCATAATTGTATGCATGGCTCAATTCTAGTGATGACAAACCAAAAAAATCAAATAACCTTCTTAATGCTAGGTTATGGTCAATGTCGACCTAGTCAACTTTGATATGGAGTCTTAATAATCATTTTAAAAAGTGCACCCTATTTA
AATGGG
>TRINITY_DN117889_c8_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:CGTGGCCTGTACAGAGGAGTAGgtatgtgagttctttgtgtgtgttctgcagtagtataagatgcttgcaaatggatactttctttgtacatccacgcctgaaatgagtgcatatatatataaagtaatattaaaactcagaagtcaaggcaaacatgtttaaccttgtaatcagctttctgcttttttatacacacgtt
ttgcttcagtggttctgaatatcaatatggtagtatcccaacttttgttccagttatatccctgtttaatgcctatcatcttggttggatgtacgtaacgttgggtacttgggaactgtgtagattttccaattaccttatttcaaaaaagccaaaattgtgttcttcctggactgcttggaactgatatttagtgttat
aatatagttggactgcttgctgaagcatgtgtcgttttggttttaactggcttgaaaacaataaggaaacattttctatctaatttgcctcgtgagtcgagtttaagttgaagattcaagagactcattgtttgtgcaatcttggaggttagatcatggtttttggaaatatgtccaagaagtaaacgaggtgtttttct
agatatttgtgactatgattttaactgtgtataattggtttcaccagtttgattgatctgttatatatcttgttggctttggagttattattataggaatttattttacatgtccattaatggaggaacaattcttgcctcgtattagGACCAACAATGATCGGAATACTTCCTTATGCTGGTTTGAAATTCTACATATA
CGAGGAACTAAAGAATCATGTTCCAGAGGAGCATCGAACCTCTGTTGTCATGAAGCTTACTTGTGGTGCTTTAGCAGGTTTATTAGGACAAACTTTCACCTATCCATTGGATGTTGTCAAACGGCAAATGCAGGTACAGAGCATACCAGTTAGTCAAAGCCATAAGTCTTCTCTTCAATTAGCAGAACCCAAAATGAGAG
GAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACTACTTAAAGATTGTTCCTTCAGTGGCAATAGGCTTTGCTGTATATGATGGGATGAAGTCTTGGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTCAAGGGCTCAACATGAGAGAGACAGGTCCTG
CGGGTACTTTCTTGGCGTGATAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGTAACATCTTTTGAATCTGTTTTGGACTTGGTCATATCGCAGGATAAACATGATTTAAAAGATGCCATTGGAGGTTGAGATGCAGTTGGTGTTTGCTAATGATTCTTATTGACTAATTATCACCATTTAAGTTTCTGTATAACTTTTAAAGCACCCG
ACTAAAAAATAAATTATTAATTAGAGCATGTCTGCAATGTAATGAGCTGATCCTATCTGACAGGTTTGTTGTTTAGTGTTCTGTGAAGATGTCAAAATCGTACTTTAAATGATGATCGGCTCAAGTGCTGTCCGGTATTACTTTCGAAAGTTGCAAACTTGCCAATCCAGTAATCTTGCAGCATATCCTCGTGTTTATGT
CACGTACAAAGTTTCTGAATACAATTGGCAATGCCATGATTGGAAAGAACTTGTTGCCATTCTAGATGTCTTGAATACATATGCTACGAATTTGGGGGATCGTTGATTGTTGAACCGTGTTTAATGTCTGTAGATGCTTCAACCTGGTGTTCATTGTTCTATAGGAAAACCTCCAAAGTAACCCTGCGTTCTACAAGATG
TAATTTAATCCTAAAGTACACGCTCAACCCAAACTGAACGTTGAAGGCACCATTATATTCCAAAATGCGAACAATAGACGTTAAACTCACACCCTTTTGGAAGTACTTGGAAGATATTTGCTCTAGCCTGTATTCATTGCATCAAAAGCAAGCATGACAAAAAGCATCTAACCCCACAAATAATAATGAACTGTTTAAAT
AGCACCATAGTGAGATGAATATCCGGAATATGTTTGCTTATGGTGATGCTGAATTGAACCAGTTTCTCTAAATTGCAGTGATTAAGTAATCCACATAGAAACATTTGTGCTCAAAAGAAAACTGATAAATAGCAATAAAAAATGCCTCGGGTTCAATTTACAAATAATCAGTGATAAAAAGGTTTGGCAAAAGGTGCTTC
TTAAAACTCTTAATGTGCCATGTATCCACTTTTTATTAAGAGGCGGGATGCTGCATTGCAGTTCATGGTGTGTGACCTGCCCTCCCTTAATGGTCATGACGGCTTTATTTAACGGCGGTTGCAAAGGGGGGTGTGCCCAGCCCATAAGGGGAGAACATATCACTTATTTGGAGACTTGAACCTTGGTGGGAAATAAAACC
ACAATGTTTTCATTGAACCAAAAAACACCCTATTACAATAATCAGTGATATAAATGAACAGCATTTTTTGCTGGAGTAAAGCAGACCAAAATGAACAGCAGATTTTGCTGGAGTAAAACAGACCAAATCAAATAATAATCCGATGTCTAGAGGAATAAGCTGAAATTGACTACTTATGTAAGGGCTTGTACTCCAGGCAT
GAATGATCCTTGGTTACAATTTGAGGTCAGATTCCAAAAACCGGGAGAAACTTTGTGATGTTGGGCGTGGCTGATAGCAAATACAACGGTTTGATCTCTACTTATTTCAATTAAATTTTTAATAGAATCGACTGCAATGTGAAATGCATTCTCAAATGCATGTCAAATTAGTGTACATAGAAGTCATTTCTCAAATCGTT
GATCCTCGTGAAGCCTAACATTGTTGAGTGGTGTAATATTCACATGGCCATGGCCATACCATATTGTGTTGGTAATGCATAGTTGTAGTCTAAACATTCTACGAATTTGTCATTTTCCAAGTACTCAGTATAACCAGAATTACAGTAATAATCATTTGGATTTATAGAAATATCAAATGTTAATGTCGTACAATCCTATT
GCAATAGAGGTGCATTTTAGGATGTTGAACTAATTTTTGCATTAAAAACAATAATTTGATCAGTCCATAATTGTATGCATGGCTCAATTCTAGTGATGACAAACCAAAAAAATCAAATAACCTTCTTAATGCTAGGTTATGGTCAATGTCGACCTAGTCAACTTTGATATGGAGTCTTAATAATCATTTTAAAAAGTGCA
CCCTATTTAAATGGG
Intron 6 GTAAATGTTA ... TGGTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.91 | 88.2 | 9.6 | 12 |
| A2 | 13.19 | 56.8 | 9.2 | 8 |
| A3 | 5.81 | 37.6 | 2.8 | 1.8 |
| A4 | 14.18 | 54.6 | 6.2 | 11.8 |
| A5 | 5.88 | 25.6 | 1.2 | 2 |
| A6 | 5.7 | 121.6 | 6.6 | 8 |
| A7 | 9.3 | 248.2 | 33.8 | 17 |
| A8 | 11.66 | 217.2 | 39.2 | 18 |
| A9 | 7.27 | 200.4 | 23.4 | 8 |
| A10 | 11.24 | 116.2 | 15.4 | 14 |
>TRINITY_DN124013_c11_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformTAGCAGGTTTATTAGGACAAACTTTCACCTATCCATTGGATGTTGTCAAACGGCAAATGCAGGTACAGAGCATACCAGTTAGTCAAAGCCATAAGTCTTCTCTTCAATTAGCAGAACCCAAAATGAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATC
AACTACTTAAAGATTGTTCCTTCAGTGGCAATAGGCTTTGCTGTATATGATGGGATGAAGTCTTGGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTCAAGGGCTCAACATGAGAGAGACAGGTCCTGCGGGTACTTTCTTGGCGTGATAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGTACAGAGCATACCAGTTAGTCAAAGCC
ATATGTCTTCTCTTAAATTAGCAGAACCCGAAATCAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACAACTTGAAGACTGTTCCTTAAGTGGCAATAGGTTTTTCTGTATATCATGGAATGAAGTTTTTGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAG
ACATAAGTCAAGGCTTCAATATGAGAGAGACAGGTCCTGTGGGCACTTTCTTGGTGTGATAAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGCAAACATCTTTTGAATCTGTTTTGGACTTGGTCATATCACAGGATAAACGTGATTTAAAAGATGCCATTGGAGGTTGAGATGTAGTTGGTGTTTTCTAACGATTCTTATTGACTAA
TTATCACCATTTAAGTTTCTGTATATCATGGAATGAAGTTTTTGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTCAAGGCTTCAATATGAGAGAGACAGGTCCTGTGGGCACTTTCTTGGTGTGATAAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGCAAACACCTTTTGAATCTGTTTTGGACTTG
>TRINITY_DN124013_c11_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAGCAGGTTTATTAGGACAAACTTTCACCTATCCATTGGATGTTGTCAAACGGCAAATGCAGGTATCTAATAACGTGGCATCTAATTTCCCTGGGCGTATAACATATTAACAGTTTGTCTTGGATGGATTCTATGATTGATCCTAGTAGCATTTATGACCCACTTGGACAATAGGTTCAGCGATTTCTGTGTAATTACTT
TTTTATTCTTTGTGAGATTGTATTCAGGTACAGAGCATACCAGTTAGTCAAAGCCATAAGTCTTCTCTTCAATTAGCAGAACCCAAAATGAGAGGAACACTTGAAGGACTATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACTACTTAAAGATTGTTCCTTCAGTGGCAATAGG
CTTTGCTGTATATGATGGGATGAAGTCTTGGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTCAAGGGCTCAACATGAGAGAGACAGGTCCTGCGGGTACTTTCTTGGCGTGATAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGTAAAGCCATATGTCTTCTCTTAAATTAGCAGAACCCGAAATCAGAGGAACACTTGAAGGACT
ATCCACCATTATTCGAACGCAAGGTTGGAAACAGATGTTTTCAGGTCTGAGCATCAACAACTTGAAGgtaaatgttattcttcagtagtattactgaaaatagctttcatttaacatgtaatattgtgaatgtgtgatattttatattactatttgatctatttatggctgatgctagagttggtcagtgattgcaagat
tgtcaactgatattcaactggattgctgtggttggcagACTGTTCCTTAAGTGGCAATAGGTTTTTCTGTATATCATGGAATGAAGTTTTTGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACATAAGTCAAGGCTTCAATATGAGAGAGACAGGTCCTGTGGGCACTTTCTTGGTGTGATAAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGG
CAAACATCTTTTGAATCTGTTTTGGACTTGGTCATATCACAGGATAAACGTGATTTAAAAGATGCCATTGGAGGTTGAGATGTAGTTGGTGTTTTCTAACGATTCTTATTGACTAATTATCACCATTTAAGTTTCTGTATATCATGGAATGAAGTTTTTGCTGGGTTGTCCACCTCGAGAAAAGACACAAGTCAAGGCTT
CAATATGAGAGAGACAGGTCCTGTGGGCACTTTCTTGGTGTGATAAAAGAAAGGATGTTTTCAATGGGCAAACACCTTTTGAATCTGTTTTGGACTTG