sp|Q5JL96|ZFP34_ORYSJ ----> Probable E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34
Intron 1 GTGTGTACTT ... TTTGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.07 | 89 | 227 | 256 |
| A2 | 76.78 | 62 | 150 | 260 |
| A3 | 69.1 | 74 | 145 | 186 |
| A4 | 72.83 | 58 | 125 | 186 |
| A5 | 73.48 | 24 | 78 | 55 |
| A6 | 66.14 | 32 | 39 | 86 |
| A7 | 66.74 | 73 | 93 | 200 |
| A8 | 67.47 | 61 | 69 | 184 |
| A9 | 68.35 | 50 | 82 | 134 |
| A10 | 64.62 | 46 | 55 | 113 |
>TRINITY_DN110570_c0_g2_i5 from sample A4 / Example spliced isoformTTGTTACGAATGACAAAATATAGTTTACCTTAATTTATGTATTCGTTTTTGCTTTTCTATTAATTTTATCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATT
CTTTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATTAAAATATGGTTACGACATCATCGTTGAGGATAGAATTCTTTAGGTATGATGGAAATTTATATGTTTGCAGCATATGCTAATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGT
TGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTACATGTTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCT
CTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGT
CATATGTTAGTGACAGGTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTTGCCGACCTCATTGACCATTAATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATT
TAAATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACGAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGATCTCAGTGGTCATTAATAATTAACACATTTTGA
ATGAATGTATAAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTCAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTAT
TTGGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGCCTTCTTGACATTGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATT
TGAAGTATGG
>TRINITY_DN110570_c0_g2_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:TTGTTACGAATGACAAAATATAGTTTACCTTAATTTATGTATTCGTTTTTGCTTTTCTATTAATTTTATCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATT
CTTTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAAAATAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATTAAAATATGGTTACGACATCATCGTTGAGGATAGAATTCTTTAGGTATGATGGAAATTTATATGTTTGCAGCATATGCTAATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGT
TGAAGTGCCATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTACATGTTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCT
CTACATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGT
CATATGTTAGTGACAGGTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAATATTCTTTAGGGGACAAAGGTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGACTTGCTGACCTCATTGACCATTAATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAAATGAATTG
ACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGATAAATCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACGAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGACCTCAATGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATGAATGTATA
AAGTCAAACAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTCAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTT
GGGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGCCTTCTTGACATTgtgtgtacttgtttctcttttactcttgtttttcttggttcttcgtgtgcttgatttgttgcttctcttttcttttcaccagaaaatggaggttttgcccctgttctcttctggactggttgcctttacttgagaaaactattggtttgacactgcat
caaatgatcgtgcggcaaagttcatgttcctggactgaaacaaattagttgcaaacagcacccggtcaactcttcaaagttgtgacactgaagaattcttcgggagctgattgagattgcagttgggcttaaattgctgtgcattttctattgatttcatccatggcaatttcgccgtatggagctgtccaagattgtac
ttggattttgtgctttctgactcgggttgctatgcagtattgtgaccagaatggagctgttcaaagagatgtgaccggtgttcttagatggctgtagactgcaataattgtatttatctatagctgtaaacactgactccctttaaattttgatgcagGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTC
ATGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGTATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCAC
AATGACGCAAAG
Intron 2 GTACGTAAAT ... TGTATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.82 | 304.3 | 67 | 55.5 |
| A2 | 18.14 | 233.8 | 50 | 34 |
| A3 | 20.64 | 214.5 | 53 | 42.5 |
| A4 | 22.3 | 215.8 | 59 | 49.5 |
| A5 | 16.24 | 89.5 | 17 | 18 |
| A6 | 13.18 | 174.5 | 25 | 25.3 |
| A7 | 12.54 | 298.3 | 40 | 38 |
| A8 | 16.54 | 237.8 | 45 | 26 |
| A9 | 15.12 | 174.5 | 30 | 19.5 |
| A10 | 15.3 | 204.8 | 35 | 21 |
>TRINITY_DN110570_c0_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoformTATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTTGCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTA
ATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAA
AATAAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAACAATAGAAATTTATATGTTTGCAGCATATTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGC
CATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTA
CATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCAT
ATGTTAGTGACAGGTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTTGCCGACCTCATTGACCATTAATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAA
ATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACGAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGATCTCAGTGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATG
AATGTATAAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTCAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTG
GGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGTTTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTTTACTTGAGAAAACTATTGGTTTGACACTGCATC
AAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACT
TGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGCTATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATAATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCCCTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCA
TGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGTATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACA
ATGACGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATAC
CACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACAC
CATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGTAATGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCAT
TTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGGGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAACTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTG
CGTTGCATTCAGCCATAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTCAAGTTACAGACAGCAGATTTTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGTTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATG
TTTGCAATTAAAGTTACCAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGTATTTTATAGAAGTAACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACAGACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATTGCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGG
TCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGATTAGCAGCTCTCTATTCCCTCTACATAGTAATTGACTTGTTTTGGGCATTTAAGTCATTTCTTCATCAATTCAGATTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGTATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCA
AGCCGTTCTACTTGGCACATGTAGAAGTTGATGAAATAACTTATTTCGGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGACCAGTACTTATGCCATTCCAATCTATCTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATATGCCAACAATTTTGGTATTTTTGAAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTG
AAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGTTAAGATTTTTGAGAAC
>TRINITY_DN110570_c0_g2_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:TATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTTGCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTA
ATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAA
AATAAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAACAATAGAAATTTATATGTTTGCAGCATATTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGC
CATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTA
CATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCAT
ATGTTAGTGACAGGTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTTGCCGACCTCATTGACCATTAATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAA
ATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACGAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGATCTCAGTGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATG
AATGTATAAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTCAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTG
GGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGTTTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTTTACTTGAGAAAACTATTGGTTTGACACTGCATC
AAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACT
TGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGCTATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATAATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCCCTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCA
TGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGgtacgtaaattctcttaagtgcttgtatttgtggtttttgtgcttgaacttaaacttgggtccaaatttctatttgc
tatgtatggtcaacaacaaaaactttacagtataagattccttgacatgtatagtatgaagctagctgcagatacatctctacatgagcgtgtagcaatgttaatgcatatatggaagttagtgaaggggaatcctgtgttaatcttaatgtctcttatgtttaagattttagtttttgttgtatggtcaacaacaaaaa
ctttacagtataagattccttgacatgtatagtatgaagctagctgcagatacatctctacatgagcgtgtagcaatgttaatgcatatatggaagttagtgaaggggaatcctgtgttaatcttaatgtctcttatgtttaagattttagtggctcatcatgcatcatataacatgaagtatagtatgaagttaactgc
aaatacatctctatgaggttgtaaaaatgttaatgcacatatggacgttagtgaaggggaaccctgtgttaatctcaatgtctcttattcctaagattttagtggctcattgttgatataatggcactaaaaatctatgaaggaaaacctgatccatttctttggccttagaaattgtgtatttaatttttattgtatcc
ttgtgcatatgtttcgctagatttctcataatagagtatatgagatgctgtttactgctaaaagaaaagttgttttatctattgtagtagcaagcgctagggtgtggggagtgtttctgcattaccattattttctaaagactcgagagacatgttttatgacctggtgtaaaaacttgtttgtatgagatgtttatcta
ttctctttcgttgtccgtgatttacaaattaacatgtatggcagCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGTATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGACGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTG
TTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATACCACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACT
CGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGAT
ATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGTAATGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACAC
TTGTCGACAGTAGGGGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAACTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGCGTTGCATTCAGCCATAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTCAAGTTACAGACAGCAGATTTT
TTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGTTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACCAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGTATTTTATAGAAGTAACTGCTCTACCACCTTAGAATT
GTATTGTAGGTTGATGAATACATGACAGACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATTGCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGATTAGCAGCTCTCTATTCCCTCTACATAGTAATTGACTTGTTTTGGGCA
TTTAAGTCATTTCTTCATCAATTCAGATTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGTATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTCTACTTGGCACATGTAGAAGTTGATGAAATAACTTATTTCGGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGG
ACCAGTACTTATGCCATTCCAATCTATCTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATATGCCAACAATTTTGGTATTTTTGAAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGTTAAGATTTTTGAGAAC
Intron 3 GTACACACTT ... TGTGATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 3.64 | 318.5 | 11.3 | 0 |
| A2 | 5.39 | 258.5 | 13.3 | 12.8 |
| A3 | 7.4 | 214.3 | 16.5 | 3.5 |
| A4 | 5.05 | 203.5 | 10 | 1 |
| A5 | 5.54 | 88.3 | 5 | 5.3 |
| A6 | 0.58 | 183.5 | 1 | 0.5 |
| A7 | 0.22 | 320.8 | 0.8 | 0 |
| A8 | 0 | 255.3 | 0 | 0 |
| A9 | 2.79 | 169.5 | 4.3 | 0 |
| A10 | 0 | 188.8 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN123696_c0_g3_i2 from sample A2 / Example spliced isoformTTACAGTATAAGATTCCTTGACATGTATAGTATGAAGCTAGCTGCAGATACATCTCTACATGAGCGTGTAGCAATGTTAATGTATATATGGAAGTTAGTGAAGGGGAATCCTGTGTTAATCTTAATGTCTCTTATGTTCAAGATTTTAGTGGCTCATCATGCATCATATAACATGAAGTATAGTATGAAGTTAACTGCAA
ATACATCTATATGAGGTTGTAGCAATGTTAATGCATATATGGACGTTAGTGAAGGGGAACCCTGTGTTAATCTCAATGTCTCTTATTCCTAAGATTTTAGTGGCTCATTGTTGATATAATGGCACTAAAAATCTATGAAGGAAAACCTGATCCATTTCTTTGGCCTTAGAAATTGTGTATTTAATTTTTATTGTATCCTT
GTGCATATGTTTCGCTAGATTTCTCATAATAGAGTATATGAGATGCTGTTTACTGCTAAAAGAAAGTTGTTTTATCTATTGTAGTAGCAAGCGCTAGGGTGTGGGGAGTCTTTCTGCATTACTATTATTTTCTAAAGACTCGAGAGACATGTTTTATGACCTGGTGTAAAAACTTGTTTGTATGAGATGTTTATCTATTC
TCTTTCGTTGCCCGTGATTTACAAATTAACATGTATGGCAGTTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGAAGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTAATGCTTGT
GCTGCTTGATTTGGAGAAAACCATTTCCCTTCACCATCTAAATTATATGTTTTTTCAATATGTGGATGAATTACACCTTGTGAATGCTTACTATTGTTTTTCCAGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAA
GTTATTTGATGATGAT
>TRINITY_DN123696_c0_g3_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTACAGTATAAGATTCCTTGACATGTATAGTATGAAGCTAGCTGCAGATACATCTCTACATGAGCGTGTAGCAATGTTAATGTATATATGGAAGTTAGTGAAGGGGAATCCTGTGTTAATCTTAATGTCTCTTATGTTCAAGATTTTAGTGGCTCATCATGCATCATATAACATGAAGTATAGTATGAAGTTAACTGCAA
ATACATCTCTATGAGGTTGTAAAAATGTTAATGCACATATGGACGTTAGTGAAGGGGAACCCTGTGTTAATCTCAATGTCTCTTATTCCTAAGATTTTAGTGGCTCATTGTTGATATAATGGCACTAAAAATCTATGAAGGAAAACCTGATCCATTTCTTTGGCCTTAGAAATTGTGTATTTAATTTTTATTGTATCCTT
GTGCATATGTTTCGCTAGATTTCTCATAATAGAGTATATGAGATGCTGTTTACTGCTAAAAGAAAAGTTGTTTTATCTATTGTAGTAGCAAGCGCTAGGGTGTGGGGAGTGTTTCTGCATTACCATTATTTTCTAAAGACTCGAGAGACATGTTTTATGACCTGGTGTAAAAACTTGTTTGTATGAGATGTTTATCTATT
CTCTTTCGTTGCCCGTGATTTACAAATTAACATGTATGGCAGTTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGAATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACAATGAAGCAAAGgtacacactttcaagaagttttatagacaataacagttatgattggactttcttgttgttatacacacag
cttgaatgtgctgttattccgaggcagagttgatgtatatacttgttttaaaatgtgatacagAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTAATGCTTGTGCTGCTTGATTTGGAGAAAACCATTTCCCTTCACCATCTAAATTATATGTTTTTTCAATATGTGGA
TGAATTACACCTTGTGAATGCTTACTATTGTTTTTCCAGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGAT
Intron 4 GTGATTTATC ... ATGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.04 | 188 | 52 | 67 |
| A2 | 33.76 | 155 | 78 | 80 |
| A3 | 28.54 | 174 | 44 | 95 |
| A4 | 30.46 | 145 | 60 | 67 |
| A5 | 25.36 | 78 | 12 | 41 |
| A6 | 26.65 | 161 | 39 | 78 |
| A7 | 26.87 | 283 | 63 | 145 |
| A8 | 28.12 | 239 | 62 | 125 |
| A9 | 28.33 | 191 | 64 | 87 |
| A10 | 27.65 | 208 | 41 | 118 |
>TRINITY_DN110570_c0_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoformTATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTTGCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTA
ATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAA
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AATGTATAAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTCAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTG
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AAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACT
TGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGCTATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATAATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCCCTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCA
TGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGTATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACA
ATGACGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATAC
CACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACAC
CATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGTAATGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCAT
TTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGGGCGTTGCCTCTGATGAAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAACTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTG
CGTTGCATTCAGCCATAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTCAAGTTACAGACAGCAGATTTTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTGTTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATG
TTTGCAATTAAAGTTACCAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGTATTTTATAGAAGTAACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACAGACCTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATTGCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGG
TCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGATTAGCAGCTCTCTATTCCCTCTACATAGTAATTGACTTGTTTTGGGCATTTAAGTCATTTCTTCATCAATTCAGATTATGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGTATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCA
AGCCGTTCTACTTGGCACATGTAGAAGTTGATGAAATAACTTATTTCGGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGACCAGTACTTATGCCATTCCAATCTATCTTGAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATATGCCAACAATTTTGGTATTTTTGAAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTG
AAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGTTAAGATTTTTGAGAAC
>TRINITY_DN110570_c0_g2_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:TATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTTGCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTA
ATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAA
AATAAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAACAATAGAAATTTATATGTTTGCAGCATATTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGC
CATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTA
CATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCAT
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ATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACGAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGATCTCAGTGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATG
AATGTATAAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTCAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTG
GGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGTTTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTTTACTTGAGAAAACTATTGGTTTGACACTGCATC
AAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACT
TGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGCTATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATAATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCCCTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCA
TGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGTATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACA
ATGACGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATAC
CACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACAC
CATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGgtgatttatctgtttgtgtaaatatataaaaaaacatccactgattggggagttcgggttattgaaatatggccttctgtaatgtttg
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TTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACCAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGTATTTTATAGAAGTAACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACAGAC
CTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATTGCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGATTAGCAGCTCTCTATTCCCTCTACATAGTAATTGACTTGTTTTGGGCATTTAAGTCATTTCTTCATCAATTCAGATTA
TGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGTATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTCTACTTGGCACATGTAGAAGTTGATGAAATAACTTATTTCGGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGACCAGTACTTATGCCATTCCAATCTATCTT
GAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATATGCCAACAATTTTGGTATTTTTGAAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGTTAAGATTTTTGAGAAC
Intron 5 GTGGGTTTTG ... TGAATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.67 | 160 | 2 | 32 |
| A2 | 21.62 | 116 | 4 | 32 |
| A3 | 25.44 | 126 | 11 | 43 |
| A4 | 22.82 | 115 | 6 | 34 |
| A5 | 21.15 | 41 | 2 | 11 |
| A6 | 25.58 | 96 | 0 | 33 |
| A7 | 16.84 | 158 | 0 | 32 |
| A8 | 22.82 | 186 | 0 | 55 |
| A9 | 23.77 | 93 | 0 | 29 |
| A10 | 31.06 | 91 | 0 | 41 |
>TRINITY_DN110570_c0_g2_i3 from sample A4 / Example spliced isoformTATGTCTCTTGTGTACATGTACTTTAAATATTTCAAGTTTTGTCCACTTTGCAAAACCTATGCTTCCAAACAAGATGTGATTAACTCAAATTCTCCCATTTTTTGGTGTGGTTATTTTTAGCATTTTGCTCTCTTATTTATCTTGGAAATGTCTTTTTTCCTAGTCCTTTGTTACGGATGTCAAAATATGGTTTACCTTA
ATTTATGTATTCTTTTTTGCTTTTCTATTAATGGTTTTGTCACAATCTATTTATGTTTGTGTTCAATCTCTCTGAAAAAATCCTTTGTGCACTTATGATAAATGCACTCTTTCAGACAAAGCTATTGAAGATTTCAAGTCCTAAGGTCTTCTTGTGGTCAAAGCTTGAATTCAGTGATTTCCAACAAAGTAATTGCACAA
AATAAAAAAAAGAAATAGCGAAGGAAATAATTGGAGGGTCAAATATGGTTTCATCGTTTAGGATAGAAATCTTTAGGTATGATTTGCAAAATCAAATAATATAACAAAGAACAATAGAAATTTATATGTTTGCAGCATATTCTGATTGCTCAAAAATTAAACTATAAAAGAGAATACATTAAAGCCTAAAGTTGAAGTGC
CATAGTAATCAAAGTTATGAAATGAGAGTATATATTTTCAGAATGCAAGTATTTTAAGATTGACATATTGTGAGTGCCTAAAACACTGCCCTGCCCTGCCAATTATATTTTTATTTTCAAAGCTTTAGGTGAAAACTTCACCCATCATTAGGCAAAACAACGGAAATATAGAGAACATTATTTGTGCATACAACGCTCTA
CATATAGAGGATTGAGTGAAGTGTGGAAGTGAGAGTAATGGAATAAATAAAATTAAAATAATTAGTTATAAATGATATTTAAATTGAATAATATAAATGACATATAAAATAAATTAAAGAAGTGTAAGAGAATAAACTAGTACATGAGATTAAAATAACTAATCATAAAGGAAATTGAAATTTATTTGAAGTAATGTCAT
ATGTTAGTGACAGGTAACAAGTTGGAGAGAGAAAAAACGACAATTAAAATGAATTGAAACTCTTTTATATGTTTCCATGTAAAAGGTTTTTTTTGGAATATTCTTTAGGGGAGTTGCCGACCTCATTGACCATTAATAATCAGCACATTTTGAAGGATTGTATAATGAAACAAGTTGGAGAGAGAGAGATGTCAATTTAA
ATGAATTGACAACCCAAAAGAACAAAAGAAAGATCACCAAAGACAAGTCTTCTATGAGCTATTTGTAAAGGTTGATGCTGCACACGAGGCAAAATGAGCTATCATATGTTTTCTATATACAAAGGTTATTGGAACATTCTAAAGGGAATTTAATAATTTATTGATCTCAGTGGTCATTAATAATTAACACATTTTGAATG
AATGTATAAAGTCAACCAACAATTTTGTTTTGGATATTACAAGAAGGAAGATGAAAAGCAGCTTATTCTTGAAGGAGATCTATTTGGGGATCTTAAGATGCAGGTTTTCATGTTACACAAAGCATTCAACAATTAGATGGACTGACACTTTTGCCAGAGGCCACAATACTGCAAGCAGCGATAGTTTTCTCAAGTATTTG
GGATGCTGCAATCTGGAGTACCCCCATGTTTTCTTGACATTGTGTGTACTTGTTTCTCTTTTACTCTTGTTTTTCTTGGTTCTTCGTGTGCTTGATTTGTTGCTTCTCTTTTCTTTTCACCAGAAAATGGAGGTTTTGCCCCTGTTCTCTTCTGGACTGGTTGCCTTTACTTGAGAAAACTATTGGTTTGACACTGCATC
AAATGATCGTGCGGCAAAGTTCATGTTCCTGGACTGAAACAAATTAGTTGCAAACAGCACCCGGTCAACTCTTCAAAGTTGTGACACTGAAGAATTCTTCGGGAGCTGATTGAGATTGCAGTTGGGCTTAAATTGCTGTGCATTTTCTATTGATTTCATCCATGGCAATTTCGCCGTATGGAGCTGTCCAAGATTGTACT
TGGATTTTGTGCTTTCTGACTCGGGTTGCTATGCAGTATTGTGACCAGAATGGAGCTGTTCAAAGAGATGTGACCGGTGTTCTTAGATGGCTGTAGACTGCAATAATTGTATTTATCTATAGCTGTAAACACTGACTCCCTTTAAATTTTGATGCAGGTACCCCACAGTAAATTATGGGTACAATGATGGAGTCTTTTCA
TGATGCTATGACCACTCATGGATGTAATGGATTGGAGGAACAGACATCAACTTCGAAAAAGAGTGTTATGGAAGGAAACGCTGAAAGCTTGGAAAGGCTAAATGAAGGGTATTTGAAGTATGGCTGTTCACATTATCAACGGAGGTGCCGTATAAGAGCCCCATGTTGCAATGAGGTCTTTGATTGTAGGCATTGTCACA
ATGACGCAAAGAACTCTGTCAACATCGATCCCCAACAGAGACATGATGTTCCTCGCCATAAAGTCCAAAGGGTCATCTGTTCACTTTGTGACACTGAGCAAGATGTTCACCAAGTGTGTATTAACTGTGGGGTCTGCATGGGGAAGTACTTTTGTGAGACTTGCAAGTTATTTGATGATGATATCTCAAAACAGCAATAC
CACTGTGATGGATGTGGTATATGTAGAACTGGGGGCAGCGATAATTTCTTCCACTGCTTTAAATGTGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAGCAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGTTCTTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACAC
CATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGTGATTTATCTGTTTGTGTAAATATATAAAAAAACATCCACTGATTGGGGAGTTCGGGTTATTGAAATATGGCCTTCTGTAATGTTTG
CAGGTTGCAGCGACAATAATGCCCGAGTCCTACCAGAATAAGAAGATCTGGATTTTATGTAATGATTGTAATGCAACTTCAGAAGTCCCATTTCACATTGTTGCACAAAAGTGCCTAAACTGCAATTCATTCAACACCCGGCAGACCAGAGGGTGCCTCACCACAAACACTTGTCGACAGTAGGGGCGTTGCCTCTGATG
AAAGTAGCGGTGTCTCCCAGAAGGTTTTGATGAACAGTCGTAAAAACTGCTGCAGCTATGAAGACGATTGAGCAGTCGGGATTTATTTTTGCGTTGCATTCAGCCATAGCTGATTTAGTGTATCTAGTGAAGAGTGCTGTTTGCAATTCAAGTTACAGACAGCAGATTTTTTGGCCCCCTGGATTTTATAGAAGTGACTG
TTCTGCCATCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATATATGACAGGCCTACCAGAATGGCTCGATTTAGTGTATCTAGTGAAGCGTGATGTTTGCAATTAAAGTTACCAGCAGCAGATTCTTTGCCCACCTGTATTTTATAGAAGTAACTGCTCTACCACCTTAGAATTGTATTGTAGGTTGATGAATACATGACAGAC
CTACCAGAATGGTTCTGAAAGGTTCGCATTGCAGATTGTTGCCATCTGCTGGACCTGCTAGGATAGCTTCAGTAGATTTGGCAAGGGCAGGTCAGAGAACACACATGGAAAGGCCTGACAGATTAGCAGCTCTCTATTCCCTCTACATAGTAATTGACTTGTTTTGGGCATTTAAGTCATTTCTTCATCAATTCAGATTA
TGGTTAAACATTTTATTCCGTCTCATAGTATTCGTTGATTGCTGGCCCTTCGGATGCATCTCTGGCTATTTTTAGCTTTAATGTCATCGCAAGCCGTTCTACTTGGCACATGTAGAAGTTGATGAAATAACTTATTTCGGCACCATTGGAACAGATTGGGGTGTATGGGGACCAGTACTTATGCCATTCCAATCTATCTT
GAGAATTTCTTGTCTAAACTTCAGAGAATATGCCAACAATTTTGGTATTTTTGAAACAAGAGCAGTAGACATAAAGATGGCTTTTCTGTTGAAAACTTTAAACCTGTTAATGAAGTTGTTAAGATTTTTGAGAAC
>TRINITY_DN110570_c0_g2_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:GTTCATATTTTCATGAGAACTCTGCTAAAGTTCATATTTTCATTTTATTTGATTTTGCTTCAGAGGAAGCATTCAATCGTCATTTTTTTATTAAAGTTGCATTATATGTATTTTGGATCTAAACTTATTGTTGTATTCTTCTTCTGAAGGTTGTTGCTACTCGATTCTGTTGAAGGATTGTCATCCTTGTGTAGAAAGAG
CAATGCACCACAACTGTCCCGTTTGTTTTGAGgtgggttttgtgcttgctttattttgtccactgttatcaacttgtatagttgtgagtctgacaaaaaaattatatttttgtcttttttaattgacataattcttgcctttcataaaaacagttgaaatcatgatcttaaattcttgctaatatactgaattgcagTTC
TTGTTCGAGTCCACAAGGGATATTAATGTACTACCTTGTGGGCACACCATTCATATGGATTGCTTGCAAGAGATGCAACAGCACCTACAGTTCTTTTGCCCAATGTGTTCCAAGTCAGTATGTGATATGTCAAAGGTGTGGGAGAAACTTGACGAAGAGGT