NA ----> NA
Intron 1 GCTTTAAGAA ... CGTCAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 75 | 3 | 10 | 8 |
| A2 | 60 | 12 | 20 | 16 |
| A3 | 68.42 | 9 | 22 | 17 |
| A4 | 50 | 3 | 2 | 4 |
| A5 | 69.23 | 4 | 10 | 8 |
| A6 | 55.32 | 21 | 26 | 26 |
| A7 | 71.22 | 20 | 48 | 51 |
| A8 | 66.43 | 22.5 | 48 | 41 |
| A9 | 58.77 | 23.5 | 32 | 35 |
| A10 | 72.6 | 10 | 25 | 28 |
>TRINITY_DN43092_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoformCCCAACCGTTACGCCGTCCAACCAGAACCTTCAAGCCATATGTTTCCCCTTTATTGGATGCCACCTACCCTGGTTACTAGCCCCAAGTCCTCTCTGGACTCCTTCAATATTGCATTTTCGGAGTTTTTCATAACCGTTAGCCTTCTCAAGGCAGTGGTCTTGTATGTATATATATGTTTGTCTGTTAGTTTCAATGGTCA
GATTTGGGTCTATTGGCCTCCATTCTACATTTTATAAGTTTTTGAAAGCAGATCTGTTGTTGTTGCTTGGACTTGAGATCTGTGAGATTCAGTCACCATACAATAGAGCAGAATGTATGCGTTAAGGAATACGAATGGAAGTTTGAGGAAGGACCAACTGATCTGCCCCATACCTCACAGGATGATGGCCTCTGGCCCTT
GTACAGCGAGAGCAATACATAAACCCTATGCCAATAATCACAGCTATGGAGTTGCTGGAAATGAAGGGGAACCAAGTTATGAGATTTTAGATATATTATTGAGCGAGACGCTATAGCCTCCAACATACTTGGAGAAGAGAACACCTATCGAATGAAGTGAATGCACGAGTTTTTGAAGCCTGGCTCACTGAAACTTTATT
TATTGGAAATTTGGAGTCAGTATGGAGATCAAACAAATGTAAAAAGTTCTCAGCCATTCTTTTGTGGGTCACCCCCAACTCGCTCCGACAATCCTCTTGTTCGTGACACACAATTCATAAGGAAAGGAGTCCCATTGTCACCTGTCAATTTGTCAAAGAATACTTCTTGTGGAGCTTCATATGGAGCAAAGCCTTTGGTG
CGGGTGGAAGGTTTTGCTTCGAAAAACCAAGAGTCACACTGTAGTTTGCCAGCTCTCGCCTAAAACCCCAGTTGAATGATTTGTAATTTTGTACGATCTAAGGAGTTGTAAGCACTCATCACGAAGTTAGTAAAAACCCCTGCAAACAACTGCACAGAGCTGTGTTTCCAGAAACTCTGGCAAATGAAATCATGTTCAAT
AAGCCTTTAACAATCTTACTCAATTAGCGTATAGGTGTATGTTAAACACACAAGGTTGTCATTTTCCTCACTTCTGTCAATGAGGATATATTGCCCAAAGAAGCCTGTAGTAATCATTCAGGAGGGTATTATTTTACCTTGTATTATACAGTTCAACTGTAAGTATAGGTAGGGAATGACAGCCATCTGTAGTCTGAATT
TTGTCAAATGATTGGTAACAATTCTTAACCTAACTGTTTCTGGTGATATTGTACAGTTACAAAACTTGTAATATATTGTATTTCTGTCATTTAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGCTCAGATGTAAGGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAG
CAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGGTTTATTTGTTAATTTGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGGATAGTTTGTCAATTCTGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAG
TTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGTATGTGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGGTATGGTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTGTCAAGGGGATCTTCATTTGATCGTAAAGTGGAAGTGTTTCATTTTTCCAC
AGAATGTGGAAGTGTTTCATACCAAGGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTCCATAGATCTAACAATTCCAAGTCTGCTAACATAGATCTTGGCACGTTACACCATCTTCCTTCTTGTAAACACTCTTTGGCACTTTGCCTTTCCAT
TGAAATTTTTTATTGTTTTTGCAAGCCAGTGTGAGAAGCAAAATATATATTATTTTAAAAAGAATGAAAAGGAGGACGTTGGTTAACCTTAGATCTGTTGTAAATTGACTATTTCCTCATACAAAAGGAAATAGCATCTCAATAATATGTGAG
>TRINITY_DN43092_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:CCCAACCGTTACGCCGTCCAACCAGAACCTTCAAGCCATATGTTTCCCCTTTATTGGATGCCACCTACCCTGGTTACTAGCCCCAAGTCCTCTCTGGACTCCTTCAATATTGCATTTTCGGAGTTTTTCATAACCGTTAGCCTTCTCAAGGCAGTGGTCTTGTATGTATATATATGTTTGTCTGTTAGTTTCAATGGTCA
GATTTGGGTCTATTGGCCTCCATTCTACATTTTATAAGTTTTTGAAAGCAGATCTGTTGTTGTTGCTTGGACTTGAGATCTGTGAGATTCAGTCACCATACAATAGAGCAGAATGTATGCGTTAAGGAATACGAATGGAAGTTTGAGGAAGGACCAACTGATCTGCCCCATACCTCACAGGATGATGGCCTCTGGCCCTT
GTACAGCGAGAGCAATACATAAACCCTATGCCAATAATCACAGCTATGGAGTTGCTGGAAATGAAGGGGAACCAAGTTATGAGATTTTAGATATATTATTGAGCGAGgctttaagaactcgtatgatcgtcaaacagACGCTATAGCCTCCAACATACTTGGAGAAGAGAACACCTATCGAATGAAGTGAATGCACGAGT
TTTTGAAGCCTGGCTCACTGAAACTTTATTTATTGGAAATTTGGAGTCAGTATGGAGATCAAACAAATGTAAAAAGTTCTCAGCCATTCTTTTGTGGGTCACCCCCAACTCGCTCCGACAATCCTCTTGTTCGTGACACACAATTCATAAGGAAAGGAGTCCCATTGTCACCTGTCAATTTGTCAAAGAATACTTCTTGT
GGAGCTTCATATGGAGCAAAGCCTTTGGTGCGGGTGGAAGGTTTTGCTTCGAAAAACCAAGAGTCACACTGTAGTTTGCCAGCTCTCGCCTAAAACCCCAGTTGAATGATTTGTAATTTTGTACGATCTAAGGAGTTGTAAGCACTCATCACGAAGTTAGTAAAAACCCCTGCAAACAACTGCACAGAGCTGTGTTTCCA
GAAACTCTGGCAAATGAAATCATGTTCAATAAGCCTTTAACAATCTTACTCAATTAGCGTATAGGTGTATGTTAAACACACAAGGTTGTCATTTTCCTCACTTCTGTCAATGAGGATATATTGCCCAAAGAAGCCTGTAGTAATCATTCAGGAGGGTATTATTTTACCTTGTATTATACAGTTCAACTGTAAGTATAGGT
AGGGAATGACAGCCATCTGTAGTCTGAATTTTGTCAAATGATTGGTAACAATTCTTAACCTAACTGTTTCTGGTGATATTGTACAGTTACAAAACTTGTAATATATTGTATTTCTGTCATTTAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGCTCAGATG
TAAGGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGGTTTATTTGTTAATTTGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGGATAGTTTGTCAATTCTGTAA
TTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGTATGTGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGGTATGGTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTGTCAAGGGGATCTTCATTTGA
TCGTAAAGTGGAAGTGTTTCATTTTTCCACAGAATGTGGAAGTGTTTCATACCAAGGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTCCATAGATCTAACAATTCCAAGTCTGCTAACATAGATCTTGGCACGTTACACCATCTTCCTTCTTG
TAAACACTCTTTGGCACTTTGCCTTTCCATTGAAATTTTTTATTGTTTTTGCAAGCCAGTGTGAGAAGCAAAATATATATTATTTTAAAAAGAATGAAAAGGAGGACGTTGGTTAACCTTAGATCTGTTGTAAATTGACTATTTCCTCATACAAAAGGAAATAGCATCTCAATAATATGTGAG
Intron 2 GTAGATGTTC ... TACCGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.81 | 10.8 | 3 | 9 |
| A2 | 43.65 | 11.7 | 14 | 4 |
| A3 | 24.75 | 19.8 | 3 | 10 |
| A4 | 40 | 9 | 4 | 8 |
| A5 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A6 | 23.12 | 53.2 | 3 | 29 |
| A7 | 29.36 | 57.8 | 16 | 32 |
| A8 | 30.06 | 38.4 | 12 | 21 |
| A9 | 26.82 | 53.2 | 13 | 26 |
| A10 | 24.39 | 31 | 5 | 15 |
>TRINITY_DN44403_c0_g2_i5 from sample A7 / Example spliced isoformTTTAGATATATTATTGAGCGAGGTAAGCTTTTCCTTATACTTTTATTGAAACATATATCTATTTTTTTCGTTGTAAAGGTGAAGACTATGCACTGCTATCAAGAACATTTAAGAGCTCTGTGGAATAATGTCTTTTCAAAAAATTGTTATGTCAACGAGGCAAACAATCATGTTATGTCAACCAGGCAAACAGTCATTTG
ATGCAAATTAATCCTTTGATCATTAATTCTTCTGTGCCCATCATAGTCTAAACCTCTGTTCAAGATAGATTACAACTAACAAGTAAAAACCACACAGCTTTTGAGGATGCCCCTAACCTCTACCTTACATCCCTGTTCTAGGCATACAGAAGCCAAGGGACAACAGGAATGTTAGTACATATACTTTTAATGAAGTTTTT
TAATTAGATGTTTACCAGTTAAAGAGAGAATTGCAACTTTTATTTGTATATAATTGTATGGTGTACTGCTAGAGAGAGAAGCATGATGAGTGGAACCTTGATATTCTTTGTGCTTGTTGTAACATTGTTCATAATCTTCATGATCTTACTGGTGGGTGTTCGCATTATTATCGGAAGGTAGTCTTTATAGTTTCTATCAT
TTTTTGGAGTGTATGTGTTTATCTTTCATGGTCATTTTCCTTTCGTTTTAACTGTGTTTTGGTCATTGCATGTAAATCTTTAGCTCAATCTAGGCTTATGTGTGACATGGCCAGGCTTTAAGAACTCGTATGATCGTCAAACAGACGCTATAGCCTCCAACATACTTGGAGAAGAGAACACCTATCGAATGAAGTGAATG
CACGAGTTTTTGAAGCCTGGCTCTCTGAAACTTTATTTATTGGAAATTTGGAGTCAGTATGGAGATCAAACAAATGTAAAAAGTTCTCAGCCATTCTTTTGTGGGTCACCCCCAACTCGCTCCGACAATCCTCTTGTTCGTGACACACAATTCATAAGGAAAGGAGTCCCATTGTCACCTGTCAATTTGTCAAAGAATAC
TTCTTGTGGAGCTTCATATGGAGCAAAGCCTTTGGTGCGGGTGGAAGGTTTTGCTTCGAAAAACCAAGAGTCACACTGTAGTTTGCCAGCTCTCGCCTAAAACCCCAGTTGAATGATTTGTAATTTTGTACGATCTAAGGAGTTGTAAGCACTCATCACGAAGTTAGTAAAAACCCCTGCAAACAACTGCACAGAGCTGT
GTTTCCAGAAACTCTGGCAAATGAAATCATGTTCAATAAGCCTTTAACAATCTTACTCAATTAGCGTATAGGTGTATGTTAAACACACAAGGTTGTCATTTTCCTCACTTCTGTCAATGAGGATATATTGCCCAAAGAAGCCTGTAGTAATCATTCAGGAGGGTATTATTTTACCTTGTATTATACAGTTCAACTGTAAG
TATAGGTAGGGAATGACAGCCATCTGTAGTCTGAATTTTGTCAAATGATTGGTAACCTAACTGTTTCTGGTGATATTGTACAGTTGCAAAACTTGTAATATATTGTATTTCTGTCATTTAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGCTCAGATGTAA
GGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGGATAGTTTGTCAATTCTGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGTATG
TGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGGTATGTTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTGTCAAGGGGATCTTCATTTGATCGTAAAGTGGAAGTGTTTCATTTTTCCATAGAATGTGGAAGTGTTTCATACCAAGGTTAGGATTACAATTCCAGAAG
ATCTGGTTCTTGACACGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTCCATAGATCTAACAATTCCAAGTCTGCTAACATAGATCTTGGCACGTTACACCATCTTCCTTCTTGTAAACACTCTTTGGCACTTTGCCTTTCCATTGAAATTTTTTATTGTTTTTGCAAGCCAGTGTGAGAAGCAAAATATAT
ATTATTTTAAAAAG
>TRINITY_DN44403_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:TTTAGATATATTATTGAGCGAGGTAAGCTTTTCCTTATACTTTTATTGAAACATATATCTATTTTTTTCGTTGTAAAGGTGAAGACTATGCACTGCTATCAAGAACATTTAAGAGCTCTGTGGAATAATGTCTTTTCAAAAAATTGTTATGTCAACGAGGCAAACAATCATGTTATGTCAACCAGGCAAACAGTCATTTG
ATGCAAATTAATCCTTTGATCATTAATTCTTCTGTGCCCATCATAGTCTAAACCTCTGTTCAAGATAGATTACAACTAACAAGTAAAAACCACACAGCTTTTGAGGATGCCCCTAACCTCTACCTTACATCCCTGTTCTAGGCATACAGAAGCCAAGGGACAACAGGAATGTTAGTACATATACTTTTAATGAAGTTTTT
TAATTAGATGTTTACCAGTTAAAGAGAGAATTGCAACTTTTATTTGTATATAATTGTATGGTGTACTGCTAGAGAGAGAAGCATGATGAGTGGAACCTTGATATTCTTTGTGCTTGTTGTAACATTGTTCATAATCTTCATGATCTTACTGGTGGGTGTTCGCATTATTATCGGAAGGTAGTCTTTATAGTTTCTATCAT
TTTTTGGAGTGTATGTGTTTATCTTTCATGGTCATTTTCCTTTCGTTTTAACTGTGTTTTGGTCATTGCATGTAAATCTTTAGCTCAATCTAGGCTTATGTGTGACATGGCCAGGCTTTAAGAACTCGTATGATCGTCAAACAGACGCTATAGCCTCCAACATACTTGGAGAAGAGAACACCTATCGAATGAAGTGAATG
CACGAGTTTTTGAAGCCTGGCTCTCTGAAACTTTATTTATTGGAAATTTGGgtagatgttctttactctggtcatccttcttattttggttgtgcttcagatacttctcatacgtataactgatgttgcaaattttttttaccgtgcagAGTCAGTATGGAGATCAAACAAATGTAAAAAGTTCTCAGCCATTCTTTTGT
GGGTCACCCCCAACTCGCTCCGACAATCCTCTTGTTCGTGACACACAATTCATAAGGAAAGGAGTCCCATTGTCACCTGTCAATTTGTCAAAGAATACTTCTTGTGGAGCTTCATATGGAGCAAAGCCTTTGGTGCGGGTGGAAGGTTTTGCTTCGAAAAACCAAGAGTCACACTGTAGTTTGCCAGCTCTCGCCTAAAA
CCCCAGTTGAATGATTTGTAATTTTGTACGATCTAAGGAGTTGTAAGCACTCATCACGAAGTTAGTAAAAACCCCTGCAAACAACTGCACAGAGCTGTGTTTCCAGAAACTCTGGCAAATGAAATCATGTTCAATAAGCCTTTAACAATCTTACTCAATTAGCGTATAGGTGTATGTTAAACACACAAGGTTGTCATTTT
CCTCACTTCTGTCAATGAGGATATATTGCCCAAAGAAGCCTGTAGTAATCATTCAGGAGGGTATTATTTTACCTTGTATTATACAGTTCAACTGTAAGTATAGGTAGGGAATGACAGCCATCTGTAGTCTGAATTTTGTCAAATGATTGGTAACCTAACTGTTTCTGGTGATATTGTACAGTTGCAAAACTTGTAATATA
TTGTATTTCTGTCATTTAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGCTCAGATGTAAGGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGG
ATAGTTTGTCAATTCTGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGTATGTGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGGTATGTTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTG
TCAAGGGGATCTTCATTTGATCGTAAAGTGGAAGTGTTTCATTTTTCCATAGAATGTGGAAGTGTTTCATACCAAGGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTCCATAGATCTAACAATTCCAAGTCTGCTAACATAGATCTTGGCACG
TTACACCATCTTCCTTCTTGTAAACACTCTTTGGCACTTTGCCTTTCCATTGAAATTTTTTATTGTTTTTGCAAGCCAGTGTGAGAAGCAAAATATATATTATTTTAAAAAG
Intron 3 GCTTTAAGAA ... TGTCATTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 81.25 | 3 | 10 | 16 |
| A2 | 72.73 | 6 | 20 | 12 |
| A3 | 60.87 | 9 | 22 | 6 |
| A4 | 57.14 | 6 | 2 | 14 |
| A5 | 56.52 | 5 | 10 | 3 |
| A6 | 56.32 | 57 | 26 | 121 |
| A7 | 68.21 | 24 | 48 | 55 |
| A8 | 59 | 41 | 48 | 70 |
| A9 | 69.14 | 25 | 32 | 80 |
| A10 | 67.44 | 21 | 25 | 62 |
>TRINITY_DN43279_c0_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoformAATCGCTCTCATTCTTTTTGGGTCCCCAACCGTTCCGCCGTCCAACCAGAACCTTGAAGCCATATGTTTCCCCTTTATTGGATGCCACCTACCCTGGTTACTAGCCCCAAGTCCTCTCTGGACTTCTTCAATATTGCATTTTCGGAGTTTTTCATAACCGTTAGCCTTCTCAAGGCAGTGGTCTTGTATGTATATATATG
TTTGTCTGTTAGTTTCAATGGTCAGATTTGGGTCTATTGGCCTCCATTCTACATTTTATAAGTTTTTGAAAGCAGATCTGTTGTTGTTGTTTGGACTTGAGATCTGTGAGATTCAGTCACCATACAATAGAGCAGAATGTATGCGTTAAGGAATACGAATGGAAGTTTGAGGAAGGACCAACTGATCTGCCCCATACCTC
ACAGGATGATGGCCTCTGGCCCTTGTACAGCGAGAGCAATACATAAACCCTATGCCAATAATCACAGCTATGGAGTTGCTGGAAATGAAGGGGAACCAAGTTATGAGATTTTAGATATATTATTGAGCGAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGC
TCAGATGTAAGGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGGATAGTTTGTCAATTCTGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTA
GTTAGGTATGTGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGGTATGTTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTGTCAAGGGGATCTTCATTTGATCGTAAAGTGGAAGTGTTTCATTTTTCCACAGAATGTGGAAGTGTTTCATACCAAGGTTAGGATTACA
ATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTCCATAGATCTAACAATTCCAAGTCTGCTAACATAGATCTTGGCACGTTACACCATCTTCCTTCTCGTAAACACTCTTTGGCACTTTGCCTTTCCATTGAAATTTTTTATTGTTTTTGCAAGCCAGTGTGAGAAGCAAAATATATATTATTTTAAAAAGAATGAAAAGGAGGA
CGTTGGTTAACCTTAGATCTGTTGTAAATTGACTATTTCCTCATACAAAAGGAAATAGCATCTCAATAATATGTGAGCCATTACCATAAAATTGTAATTGTATGTTATTTGAAATTAAAGAGGGTTATTTGGG
>TRINITY_DN43279_c0_g1_i8 from sample A8 / Example unspliced isoform:AATCGCTCTCATTCTTTTTGGGTCCCCAACCGTTCCGCCGTCCAACCAGAACCTTGAAGCCATATGTTTCCCCTTTATTGGATGCCACCTACCCTGGTTACTAGCCCCAAGTCCTCTCTGGACTTCTTCAATATTGCATTTTCGGAGTTTTTCATAACCGTTAGCCTTCTCAAGGCAGTGGTCTTGTATGTATATATATG
TTTGTCTGTTAGTTTCAATGGTCAGATTTGGGTCTATTGGCCTCCATTCTACATTTTATAAGTTTTTGAAAGCAGATCTGTTGTTGTTGTTTGGACTTGAGATCTGTGAGATTCAGTCACCATACAATAGAGCAGAATGTATGCGTTAAGGAATACGAATGGAAGTTTGAGGAAGGACCAACTGATCTGCCCCATACCTC
ACAGGATGATGGCCTCTGGCCCTTGTACAGCGAGAGCAATACATAAACCCTATGCCAATAATCACAGCTATGGAGTTGCTGGAAATGAAGGGGAACCAAGTTATGAGATTTTAGATATATTATTGAGCGAGgctttaagaactcgtatgatcgtcaaacagacgctatagcctccaacatacttggagaagagaacacct
atcgaatgaagtgaatgcacgagtttttgaagcctggctctctgaaactttatttattggaaatttggagtcagtatggagatcaaacaaatgtaaaaagttctcagccattcttttgtgggtcacccccaactcgctccgacaatcctcttgttcgtgacacacaattcataaggaaaggagtcccattgtcacctgtc
aatttgtcaaagaatacttcttgtggagcttcatatggagcaaagcctttggtgcgggtggaaggttttgcttcgaaaaaccaagagtcacactgtagtttgccagctctcgcctaaaaccccagttgaatgatttgtaattttgtacgatctaaggagttgtaagcactcatcacgaagttagtaaaaacccctgcaaa
caactgcacagagctgtgtttccagaaactctggcaaatgaaatcatgttcaataagcctttaacattcttactcaattagcgtataggtgtatattaaacacacaaggttgtcattttcctcacttctgtcaatgaggatatattgcccaaagaagcctgtagtaatcattcaggagggtattattttaccttgtatta
tacagttcaactgtaagtataggtagggaatgacagccatctgtagtctgaattttgtcaaatgattggtaacaattcttaacctaactgtttctggtgatattgtacagttgcaaaacttgtaatatattgtatttctgtcatttagTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGC
CCCCTTGGATACAAGGCTCAGATGTAAGGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGGATAGTTTGTCAATTCTGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATC
ATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGTATGTGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGGTATGTTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTGTCAAGGGGATCTTCATTTGATCGTAAAGTGGAAGTGTTTCATTTTTCCACAGAATGTGGAAGTGTTTCATA
CCAAGGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTCCATAGATCTAACAATTCCAAGTCTGCTAACATAGATCTTGGCACGTTACACCATCTTCCTTCTCGTAAACACTCTTTGGCACTTTGCCTTTCCATTGAAATTTTTTATTGTTTTTGCAAGCCAGTGTGAGAAGCAAAATATATATTATTTTAAA
AAGAATGAAAAGGAGGACGTTGGTTAACCTTAGATCTGTTGTAAATTGACTATTTCCTCATACAAAAGGAAATAGCATCTCAATAATATGTGAGCCATTACCATAAAATTGTAATTGTATGTTATTTGAAATTAAAGAGGGTTATTTGGG
Intron 4 GTAAGCTTTT ... ACATGGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.38 | 10 | 1 | 11 |
| A2 | 47.37 | 20 | 1 | 18 |
| A3 | 15.38 | 22 | 2 | 4 |
| A4 | 71.43 | 2 | 0 | 5 |
| A5 | 0 | 10 | 0 | 0 |
| A6 | 13.33 | 26 | 0 | 4 |
| A7 | 35.14 | 48 | 1 | 26 |
| A8 | 27.27 | 48 | 0 | 18 |
| A9 | 25.58 | 32 | 0 | 11 |
| A10 | 37.5 | 25 | 0 | 15 |
>TRINITY_DN44403_c0_g2_i4 from sample A7 / Example spliced isoformGTTTTTCATAACCGTTAGCCTTCTCAAGGCAGTGGTCTTGTATGTATATATATATGTTTGTCTGTTAGTTTCAATGGTCAGATTTGGGTCTATTGGCCTCCATTCTACATTTTATAAGTTTTTGAAAGCAGATCTGTTGTTGTTGTTTGGACTTGAGATCTGTGAGATTCAGTCACCATACAATAGAGCAGAATGTATGC
GTTAAGGAATACGAATGGAAGTTTGAAGAAGGACCAACTGATCTGCCCCATACCTCACAGGATGATGGCCTCTGGCCCTTGTACAGCGAGAGCAATACATAAACCCTATGCCAATAATCACAGCTATGGAGTTGCTGGAAATGAAGGGGAACCAAGTTATGAGATTTTAGATATATTATTGAGCGAGGCTTTAAGAACTC
GTATGATCGTCAAACAGACGCTATAGCCTCCAACATACTTGGAGAAGAGAACACCTATCGAATGAAGTGAATGCACGAGTTTTTGAAGCCTGGCTCTCTGAAACTTTATTTATTGGAAATTTGGAGTCAGTATGGAGATCAAACAAATGTAAAAAGTTCTCAGCCATTCTTTTGTGGGTCACCCCCAACTCGCTCCGACA
ATCCTCTTGTTCGTGACACACAATTCATAAGGAAAGGAGTCCCATTGTCACCTGTCAATTTGTCAAAGAATACTTCTTGTGGAGCTTCATATGGAGCAAAGCCTTTGGTGCGGGTGGAAGGTTTTGCTTCGAAAAACCAAGAGTCACACTGTAGTTTGCCAGCTCTCGCCTAAAACCCCAGTTGAATGATTTGTAATTTT
GTACGATCTAAGGAGTTGTAAGCACTCATCACGAAGTTAGTAAAAACCCCTGCAAACAACTGCACAGAGCTGTGTTTCCAGAAACTCTGGCAAATGAAATCATGTTCAATAAGCCTTTAACAATCTTACTCAATTAGCGTATAGGTGTATGTTAAACACACAAGGTTGTCATTTTCCTCACTTCTGTCAATGAGGATATA
TTGCCCAAAGAAGCCTGTAGTAATCATTCAGGAGGGTATTATTTTACCTTGTATTATACAGTTCAACTGTAAGTATAGGTAGGGAATGACAGCCATCTGTAGTCTGAATTTTGTCAAATGATTGGTAACAATTCTTAACCTAACTGTTTCTGGTGATATTGTACAGTTGCAAAACTTGTAATATATTGTATTTCTGTCAT
TTAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGCTCAGATGTAAGGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGGATAGTTTGTCAATTC
TGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGTATGTGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGGTATGTTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTGTCAAGGGGATCTTCA
TTTGATCGTAAAGTGGAAGTGTTTCATTTTTCCATAGAATGTGGAAGTGTTTCATACCAAGGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTCCATAGATCTAACAATTCCAAGTCTGCTAACATAGATCTTGGCACGTTACACCATCTTCCT
TCTTGTAAACACTCTTTGGCACTTTGCCTTTCCATTGAAATTTTTTATTGTTTTTGCAAGCCAGTGTGAGAAGCAAAATATATATTATTTTAAAAAG
>TRINITY_DN44403_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:TTTAGATATATTATTGAGCGAGgtaagcttttccttatacttttattgaaacatatatctatttttttcgttgtaaaggtgaagactatgcactgctatcaagaacatttaagagctctgtggaataatgtcttttcaaaaaattgttatgtcaacgaggcaaacaatcatgttatgtcaaccaggcaaacagtcatttg
atgcaaattaatcctttgatcattaattcttctgtgcccatcatagtctaaacctctgttcaagatagattacaactaacaagtaaaaaccacacagcttttgaggatgcccctaacctctaccttacatccctgttctaggcatacagaagccaagggacaacaggaatgttagtacatatacttttaatgaagttttt
taattagatgtttaccagttaaagagagaattgcaacttttatttgtatataattgtatggtgtactgctagagagagaagcatgatgagtggaaccttgatattctttgtgcttgttgtaacattgttcataatcttcatgatcttactggtgggtgttcgcattattatcggaaggtagtctttatagtttctatcat
tttttggagtgtatgtgtttatctttcatggtcattttcctttcgttttaactgtgttttggtcattgcatgtaaatctttagctcaatctaggcttatgtgtgacatggccagGCTTTAAGAACTCGTATGATCGTCAAACAGACGCTATAGCCTCCAACATACTTGGAGAAGAGAACACCTATCGAATGAAGTGAATG
CACGAGTTTTTGAAGCCTGGCTCTCTGAAACTTTATTTATTGGAAATTTGGGTAGATGTTCTTTACTCTGGTCATCCTTCTTATTTTGGTTGTGCTTCAGATACTTCTCATACGTATAACTGATGTTGCAAATTTTTTTTACCGTGCAGAGTCAGTATGGAGATCAAACAAATGTAAAAAGTTCTCAGCCATTCTTTTGT
GGGTCACCCCCAACTCGCTCCGACAATCCTCTTGTTCGTGACACACAATTCATAAGGAAAGGAGTCCCATTGTCACCTGTCAATTTGTCAAAGAATACTTCTTGTGGAGCTTCATATGGAGCAAAGCCTTTGGTGCGGGTGGAAGGTTTTGCTTCGAAAAACCAAGAGTCACACTGTAGTTTGCCAGCTCTCGCCTAAAA
CCCCAGTTGAATGATTTGTAATTTTGTACGATCTAAGGAGTTGTAAGCACTCATCACGAAGTTAGTAAAAACCCCTGCAAACAACTGCACAGAGCTGTGTTTCCAGAAACTCTGGCAAATGAAATCATGTTCAATAAGCCTTTAACAATCTTACTCAATTAGCGTATAGGTGTATGTTAAACACACAAGGTTGTCATTTT
CCTCACTTCTGTCAATGAGGATATATTGCCCAAAGAAGCCTGTAGTAATCATTCAGGAGGGTATTATTTTACCTTGTATTATACAGTTCAACTGTAAGTATAGGTAGGGAATGACAGCCATCTGTAGTCTGAATTTTGTCAAATGATTGGTAACCTAACTGTTTCTGGTGATATTGTACAGTTGCAAAACTTGTAATATA
TTGTATTTCTGTCATTTAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGCTCAGATGTAAGGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGG
ATAGTTTGTCAATTCTGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGTATGTGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGGTATGTTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTG
TCAAGGGGATCTTCATTTGATCGTAAAGTGGAAGTGTTTCATTTTTCCATAGAATGTGGAAGTGTTTCATACCAAGGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTCCATAGATCTAACAATTCCAAGTCTGCTAACATAGATCTTGGCACG
TTACACCATCTTCCTTCTTGTAAACACTCTTTGGCACTTTGCCTTTCCATTGAAATTTTTTATTGTTTTTGCAAGCCAGTGTGAGAAGCAAAATATATATTATTTTAAAAAG
Intron 5 GTAGATGTTC ... TACCGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.29 | 11 | 3 | 9 |
| A2 | 42.86 | 12 | 14 | 4 |
| A3 | 24.53 | 20 | 3 | 10 |
| A4 | 40 | 9 | 4 | 8 |
| A5 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A6 | 23.19 | 53 | 3 | 29 |
| A7 | 28.28 | 58.3 | 16 | 30 |
| A8 | 29.73 | 39 | 12 | 21 |
| A9 | 26.9 | 53 | 13 | 26 |
| A10 | 24.39 | 31 | 5 | 15 |
>TRINITY_DN113755_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGATTGGCCTCCATTCTACATTTTATAAGTTTTTGAAAGCAGATCTGTTGTTGTTGTTTGGACTTGAGATCTGTGAGATTCAGTCACCATACAATAGAGCAGAATGTATGCGTTAAGGAATACGAATGGAAGTTTGAGGAAGGACCAACTGATCTGCCCCATACCTCACAGGATGATGGCCTCTGGCCCTTGTACAGCGAG
AGCAATACATAAACCCTATGCCAATAATCACAGCTATGGAGTTGCTGGAAATGAAGGGGAACCAAGTTATGAGATTTTAGATATATTATTGAGCGAGGCTTTAAGAACTCGTATGATCGTCAAACAGACGCTATAGCCTCCAACATACTTGGAGAAGAGAACACCTATCGAATGAAGTGAATGCACGAGTTTTTGAAGCC
TGGCTCTCTGAAACTTTATTTATTGGAAATTTGGAGTCAGTATGGAGATCAAACAAATGTAAAAAGTTCTCAGCCATTCTTTTGTGGGTCACCCCCAACTCGCTCCGACAATCCTCTTGTTCGTGACACACAATTCATAAGGAAAGGAGTCCCATTGTCACCTGTCAATTTGTCAAAGAATACTTCTTGTGGAGCTTCAT
ATGGAGCAAAGCCTTTGGTGCGGGTGGAAGGTTTTGCTTCGAAAAACCAAGAGTCACACTGTAGTTTGCCAGCTCTCGCCTAAAACCCCAGTTGAATGATTTGTAATTTTGTACGATCTAAGGAGTTGTAAGCACTCATCACGAAGTTAGTAAAAACCCCTGCAAACAACTGCACAGAGCTGTGTTTCCAGAAACTCTGG
CAAATGAAATCATGTTCAATAAGCCTTTAACATTCTTACTCAATTAGCGTATAGGTGTATGTTAAACACACAAGGTTGTCATTTTCCTCACTTCTGTCAATGAGGATATATTGCCCAAAGAAGCCTGTAGTAATCATTCAGGAGGGTATTATTTTACCTTGTATTATACAGTTCAACTGTAAGTATAGGTAGGGAATGAC
AGCCATCTGTAGTCTGAATTTTGTCAAATGATTGGTAACAATTCTTAACCTAACTGTTTCTGGTGATATTGTACAGTTGCAAAACTTGTAATATATTGTATTTCTGTCATTTAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGCTCAGATGTAAGGCTGAA
ATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGGATAGTTTGTCAATTCTGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGTATGTGAAGAT
GTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGGTATGGTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTGTCAAGGGGATCTTCATTTGATCGTAAAGTGGAAGTGC
>TRINITY_DN113755_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCGCATTATTATCGGAAGGTAGTCTTTATAGTTTCTATCATTTTTTGGAGTGTAAGTGTTTGTCTTTCATGGTCATTTTCCATTCGTTTTAACTGTGTTTTGGTCATTGCATGTAAATCTTTAGCTCAATCTAGGCTTATGTGTGACATGGCCAGGCTTTAAGAACTCGTATGATCGTCAAACAGACGCTATAGCCTCCA
ACATACTTGGAGAAGAGAACACCTATCGAATGAAGTGAATGCACGAGTTTTTGAAGCCTGGCTCTCTGAAACTTTATTTATTGGAAATTTGGgtagatgttctttactctggtcatccttcttattttggttgtgcttcagatacttctcatacgtataaatgatgttgcatttttttttaccgtgcagAGTCAGTATGG
AGATCAAACAAATGTAAAAAGTTCTCAGCCATTCTTTTGTGGGTCACCCCCAACTCGCTCCGACAATCCTCTTGTTCGTGACACACAATTCATAAGGAAAGGAGTCCCATTGTCACCTGTCAATTTGTCAAAGAATACTTCTTGTGGAGCTTCATATGGAGCAAAGCCTTTGGTGCGGGTGGAAGGTTTTGCTTCGAAAA
ACCAAGAGTCACACTGTAGTTTGCCAGCTCTCGCCTAAAACCCCAGTTGAATGATTTGTAATTTTGTACGATCTAAGGAGTTGTAAGCACTCATCACGAAGTTAGTAAAAACCCCTGCAAACAACTGCACAGAGCTGTGTTTCCAGAAACTCTGGCAAATGAAATCATGTTCAATAAGCCTTTAACATTCTTACTCAATT
AGCGTATAGGTGTATGTTAAACACACAAGGTTGTCATTTTCCTCACTTCTGTCAATGAGGATATATTGCCCAAAGAAGCCTGTAGTAATCATTCAGGAGGGTATTATTTTACCTTGTATTATACAGTTCAACTGTAAGTATAGGTAGGGAATGACAGCCATCTGTAGTCTGAATTTTGTCAAATGATTGGTAACAATTCT
TAACCTAACTGTTTCTGGTGATATTGTACAGTTGCAAAACTTGTAATATATTGTATTTCTGTCATTTAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGCTCAGATGTAAGGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTT
TCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGGATAGTTTGTCAATTCTGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGTATGTGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGG
TATGGTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTGTCAAGGGGATCTTCATTTGATCGTAAAGTGGAAGTGC
Intron 6 GTAAGCTTTT ... AAATCTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 54.55 | 5 | 1 | 6 |
| A2 | 61.11 | 7 | 1 | 11 |
| A3 | 18.18 | 9 | 2 | 2 |
| A4 | 80 | 1 | 0 | 4 |
| A5 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A6 | 23.08 | 10 | 0 | 3 |
| A7 | 41.18 | 10 | 1 | 7 |
| A8 | 40.74 | 16 | 0 | 11 |
| A9 | 31.82 | 15 | 0 | 7 |
| A10 | 48.48 | 17 | 0 | 16 |
>TRINITY_DN44403_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoformGTTTTTCATAACCGTTAGCCTTCTCAAGGCAGTGGTCTTGTATGTATATATATATGTTTGTCTGTTAGTTTCAATGGTCAGATTTGGGTCTATTGGCCTCCATTCTACATTTTATAAGTTTTTGAAAGCAGATCTGTTGTTGTTGTTTGGACTTGAGATCTGTGAGATTCAGTCACCATACAATAGAGCAGAATGTATGC
GTTAAGGAATACGAATGGAAGTTTGAAGAAGGACCAACTGATCTGCCCCATACCTCACAGGATGATGGCCTCTGGCCCTTGTACAGCGAGAGCAATACATAAACCCTATGCCAATAATCACAGCTATGGAGTTGCTGGAAATGAAGGGGAACCAAGTTATGAGATTTTAGATATATTATTGAGCGAGCTCAATCTAGGCT
TATGTGTGACATGGCCAGGCTTTAAGAACTCGTATGATCGTCAAACAGACGCTATAGCCTCCAACATACTTGGAGAAGAGAACACCTATCGAATGAAGTGAATGCACGAGTTTTTGAAGCCTGGCTCTCTGAAACTTTATTTATTGGAAATTTGGAGTCAGTATGGAGATCAAACAAATGTAAAAAGTTCTCAGCCATTC
TTTTGTGGGTCACCCCCAACTCGCTCCGACAATCCTCTTGTTCGTGACACACAATTCATAAGGAAAGGAGTCCCATTGTCACCTGTCAATTTGTCAAAGAATACTTCTTGTGGAGCTTCATATGGAGCAAAGCCTTTGGTGCGGGTGGAAGGTTTTGCTTCGAAAAACCAAGAGTCACACTGTAGTTTGCCAGCTCTCGC
CTAAAACCCCAGTTGAATGATTTGTAATTTTGTACGATCTAAGGAGTTGTAAGCACTCATCACGAAGTTAGTAAAAACCCCTGCAAACAACTGCACAGAGCTGTGTTTCCAGAAACTCTGGCAAATGAAATCATGTTCAATAAGCCTTTAACAATCTTACTCAATTAGCGTATAGGTGTATGTTAAACACACAAGGTTGT
CATTTTCCTCACTTCTGTCAATGAGGATATATTGCCCAAAGAAGCCTGTAGTAATCATTCAGGAGGGTATTATTTTACCTTGTATTATACAGTTCAACTGTAAGTATAGGTAGGGAATGACAGCCATCTGTAGTCTGAATTTTGTCAAATGATTGGTAACAATTCTTAACCTAACTGTTTCTGGTGATATTGTACAGTTG
CAAAACTTGTAATATATTGTATTTCTGTCATTTAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGCTCAGATGTAAGGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAAT
GTTGGCAGTCTAATGGATAGTTTGTCAATTCTGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGTATGTGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGGTATGTTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCA
TTCATGAAATTTTTTGTCAAGGGGATCTTCATTTGATCGTAAAGTGGAAGTGTTTCATTTTTCCATAGAATGTGGAAGTGTTTCATACCAAGGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTCCATAGATCTAACAATTCCAAGTCTGCTAA
CATAGATCTTGGCACGTTACACCATCTTCCTTCTTGTAAACACTCTTTGGCACTTTGCCTTTCCATTGAAATTTTTTATTGTTTTTGCAAGCCAGTGTGAGAAGCAAAATATATATTATTTTAAAAAG
>TRINITY_DN44403_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:TTTAGATATATTATTGAGCGAGgtaagcttttccttatacttttattgaaacatatatctatttttttcgttgtaaaggtgaagactatgcactgctatcaagaacatttaagagctctgtggaataatgtcttttcaaaaaattgttatgtcaacgaggcaaacaatcatgttatgtcaaccaggcaaacagtcatttg
atgcaaattaatcctttgatcattaattcttctgtgcccatcatagtctaaacctctgttcaagatagattacaactaacaagtaaaaaccacacagcttttgaggatgcccctaacctctaccttacatccctgttctaggcatacagaagccaagggacaacaggaatgttagtacatatacttttaatgaagttttt
taattagatgtttaccagttaaagagagaattgcaacttttatttgtatataattgtatggtgtactgctagagagagaagcatgatgagtggaaccttgatattctttgtgcttgttgtaacattgttcataatcttcatgatcttactggtgggtgttcgcattattatcggaaggtagtctttatagtttctatcat
tttttggagtgtatgtgtttatctttcatggtcattttcctttcgttttaactgtgttttggtcattgcatgtaaatctttagCTCAATCTAGGCTTATGTGTGACATGGCCAGGCTTTAAGAACTCGTATGATCGTCAAACAGACGCTATAGCCTCCAACATACTTGGAGAAGAGAACACCTATCGAATGAAGTGAATG
CACGAGTTTTTGAAGCCTGGCTCTCTGAAACTTTATTTATTGGAAATTTGGGTAGATGTTCTTTACTCTGGTCATCCTTCTTATTTTGGTTGTGCTTCAGATACTTCTCATACGTATAACTGATGTTGCAAATTTTTTTTACCGTGCAGAGTCAGTATGGAGATCAAACAAATGTAAAAAGTTCTCAGCCATTCTTTTGT
GGGTCACCCCCAACTCGCTCCGACAATCCTCTTGTTCGTGACACACAATTCATAAGGAAAGGAGTCCCATTGTCACCTGTCAATTTGTCAAAGAATACTTCTTGTGGAGCTTCATATGGAGCAAAGCCTTTGGTGCGGGTGGAAGGTTTTGCTTCGAAAAACCAAGAGTCACACTGTAGTTTGCCAGCTCTCGCCTAAAA
CCCCAGTTGAATGATTTGTAATTTTGTACGATCTAAGGAGTTGTAAGCACTCATCACGAAGTTAGTAAAAACCCCTGCAAACAACTGCACAGAGCTGTGTTTCCAGAAACTCTGGCAAATGAAATCATGTTCAATAAGCCTTTAACAATCTTACTCAATTAGCGTATAGGTGTATGTTAAACACACAAGGTTGTCATTTT
CCTCACTTCTGTCAATGAGGATATATTGCCCAAAGAAGCCTGTAGTAATCATTCAGGAGGGTATTATTTTACCTTGTATTATACAGTTCAACTGTAAGTATAGGTAGGGAATGACAGCCATCTGTAGTCTGAATTTTGTCAAATGATTGGTAACCTAACTGTTTCTGGTGATATTGTACAGTTGCAAAACTTGTAATATA
TTGTATTTCTGTCATTTAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGCTCAGATGTAAGGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGG
ATAGTTTGTCAATTCTGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGTATGTGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGGTATGTTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTG
TCAAGGGGATCTTCATTTGATCGTAAAGTGGAAGTGTTTCATTTTTCCATAGAATGTGGAAGTGTTTCATACCAAGGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTCCATAGATCTAACAATTCCAAGTCTGCTAACATAGATCTTGGCACG
TTACACCATCTTCCTTCTTGTAAACACTCTTTGGCACTTTGCCTTTCCATTGAAATTTTTTATTGTTTTTGCAAGCCAGTGTGAGAAGCAAAATATATATTATTTTAAAAAG
Intron 7 GTATGTATAT ... TGGACTTGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.54 | 5 | 0 | 8 |
| A2 | 75.47 | 13 | 5 | 40 |
| A3 | 78.05 | 9 | 1 | 32 |
| A4 | 60 | 18 | 0 | 27 |
| A5 | 73.91 | 6 | 0 | 17 |
| A6 | 71.3 | 33 | 16 | 82 |
| A7 | 68.97 | 36 | 14 | 80 |
| A8 | 71.23 | 21 | 8 | 52 |
| A9 | 75.37 | 33 | 24 | 101 |
| A10 | 73.75 | 21 | 17 | 59 |
>TRINITY_DN42784_c0_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoformCAACCGTTCCACCGTCCAACCAGAACCTTGAAGCCATATGTTTCCCCTTTATTGGATGCCACCTACCCTGGTTACTAGCCCCAAGTCCTCTCTGGACTCCTTCAATATTGCATTTTCGGAGTTTTTCATAACCGTTAGCCTTCTCAAGGCAGTGGTCTTATCTGTGAGATTCAGTCACCATACAATAGAGCAGAATGTAT
GCGTTAAGGAATACGAATGGAAGTTTGAGGAAGGACCAACTGATCTGCCCCATACCTCACAGGATGATGGCCTCTGGCCCTTGTACAGCGAGAGCAATACATAAACCCTATGCCAATAATCACAGCTATGGAGTTGCTGGAAATGAAGGGGAACCAAGTTATGAGATTTTAGATATATTATTGAGCGAGAGTCAGTATGG
AGATCAAACAAATGTAAAAAGTTCTCAGCCATTCTTTTGTGGGTCACCCCCAACTCGCTCCGACAATCCTCTTGTTCGTGACACACAATTCATAAGGAAAGGAGTCCCATTGTCACCTGTCAATTTGTCAAAGAATACTTCTTGTGGAGCTTCATATGGAGCAAAGCCTTTGGTGCGGGTGGAAGGTTTTGCTTCGAAAA
ACCAAGAGTCACACTGTAGTTTGCCAGCTCTCGCCTAAAACCCCAGTTGAATGATTTGTAATTTTGTACGATCTAAGGAGTTGTAAGCACTCATCACGAAGTTAGTAAAAACCCCTGCAAACAACTGCACAGAGCTGTGTTTCCAGAAACTCTGGCAAATGAAATCATGTTCAATAAGCCTTTAACAATCTTACTCAATT
AGCGTATAGGTGTATATTAAACACACAAGGTTGTCATTTTCCTCACTTCTGTCAATGAGGATATATTGCCCAAAGAAGCCTGTAGTAATCATTCAGGAGGGTATTATTTTACCTTGTATTATACAGTTCAACTGTAAGTATAGGTAGGGAATGACAGCCATCTGTAGTCTGAATTTTGTCAAATGATTGGTAACAATTCT
TAACCTAACTGTTTCTGGTGATATTGTACAGTTGCAAAACTTGTAATATATTGTATTTCTGTCATTTAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGCTCAGATGTAAGGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTT
TCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGGATAGTTTGTCAATTCTGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGTATGTGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGG
TATGTTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTGTCAAGGGGATCTTCATTTGATCGTAAAGTGGAAGTGTTTCATTTTTCCACAGAATGTGGAAGTGTTTCATACCAAGGTTAGGATTACAATTCCAGAAGA
>TRINITY_DN42784_c0_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:CAACCGTTCCACCGTCCAACCAGAACCTTGAAGCCATATGTTTCCCCTTTATTGGATGCCACCTACCCTGGTTACTAGCCCCAAGTCCTCTCTGGACTCCTTCAATATTGCATTTTCGGAGTTTTTCATAACCGTTAGCCTTCTCAAGGCAGTGGTCTTgtatgtatatatatatgtttgtctgttagtttcaatggtca
gatttgggtctattggcctccattctacattttataagtttttgaaagcagatctgttgttgttgtttggacttgagATCTGTGAGATTCAGTCACCATACAATAGAGCAGAATGTATGCGTTAAGGAATACGAATGGAAGTTTGAGGAAGGACCAACTGATCTGCCCCATACCTCACAGGATGATGGCCTCTGGCCCTT
GTACAGCGAGAGCAATACATAAACCCTATGCCAATAATCACAGCTATGGAGTTGCTGGAAATGAAGGGGAACCAAGTTATGAGATTTTAGATATATTATTGAGCGAGGCTTTAAGAACTCGTATGATCGTCAAACAGACGCTATAGCCTCCAACATACTTGGAGAAGAGAACACCTATCGAATGAAGTGAATGCACGAGT
TTTTGAAGCCTGGCTCTCTGAAACTTTATTTATTGGAAATTTGGAGTCAGTATGGAGATCAAACAAATGTAAAAAGTTCTCAGCCATTCTTTTGTGGGTCACCCCCAACTCGCTCCGACAATCCTCTTGTTCGTGACACACAATTCATAAGGAAAGGAGTCCCATTGTCACCTGTCAATTTGTCAAAGAATACTTCTTGT
GGAGCTTCATATGGAGCAAAGCCTTTGGTGCGGGTGGAAGGTTTTGCTTCGAAAAACCAAGAGTCACACTGTAGTTTGCCAGCTCTCGCCTAAAACCCCAGTTGAATGATTTGTAATTTTGTACGATCTAAGGAGTTGTAAGCACTCATCACGAAGTTAGTAAAAACCCCTGCAAACAACTGCACAGAGCTGTGTTTCCA
GAAACTCTGGCAAATGAAATCATGTTCAATAAGCCTTTAACAATCTTACTCAATTAGCGTATAGGTGTATATTAAACACACAAGGTTGTCATTTTCCTCACTTCTGTCAATGAGGATATATTGCCCAAAGAAGCCTGTAGTAATCATTCAGGAGGGTATTATTTTACCTTGTATTATACAGTTCAACTGTAAGTATAGGT
AGGGAATGACAGCCATCTGTAGTCTGAATTTTGTCAAATGATTGGTAACAATTCTTAACCTAACTGTTTCTGGTGATATTGTACAGTTGCAAAACTTGTAATATATTGTATTTCTGTCATTTAGTGGAAGATGTTCCTCTCTTCAGCCTTCGGAACTTGTAAAGAGGTGATGAGGCCCCCTTGGATACAAGGCTCAGATG
TAAGGCTGAAATTTGTAAAAATTGAAGCAGCAACTTTACAGTGCAGTGCACTTTTTCTGTAAGATTTATTTGTTAATTTGCTGAGAAATGTTGGCAGTCTAATGGATAGTTTGTCAATTCTGTAATTTGGTCAATTTTACCTCAAGTTTGGTCAGTTTAAACTCAATGTTGCTATCATCATTATTTTCTTGTAGTTAGGT
ATGTGAAGATGTTTACTTGAGCTGTTGGGATTAGGTGCCTCCTGGACATTTTGGGTATGTTCAAAAGAGAACTGTTCAATCCTCTGTCATTCATGAAATTTTTTGTCAAGGGGATCTTCATTTGATCGTAAAGTGGAAGTGTTTCATTTTTCCACAGAATGTGGAAGTGTTTCATACCAAGGTTAGGATTACAATTCCAG
AAGATCTGGTTCTTGACACGTTAGGATTACAATTCCAGAAGATCTGGTTCTTGACACGTCCATAGATCTAACAATTCCAAGTCTGCTAACATAGATCTTGGCACGTTACACCATCTTCCTTCTTGTAAACACTCTTTGGCACTTTGCCTTTCCATTGAAATTTTTTATTGTTTTTGCAAGCCAGTGTGAGAAGCAAAATA
TATATTATTTTAAAAAGAATGAAAAGGAGGACGTTGGTTAACCTTAGATCTGTTGTAAATTGACTATTTCCTCATACAAAAGGAAATGGCATCTCAATAATATGTGAGCCATTACCATAAAATTGTAATTGTAT