sp|Q2LAJ3|ARF2A_SOLLC ----> Auxin response factor 2A

Intron 1 GTAAGTATAG ... CTCTAAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.09	5	0	1
A2	27.27	4	2	1
A3	25	3	1	1
A4	50	3	2	4
A5	33.33	1	1	0
A6	18.92	60	14	14
A7	24.79	44	6	23
A8	35.14	36	18	21
A9	18.62	59	7	20
A10	18.07	34	7	8

>TRINITY_DN42044_c1_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GCGGGGGTTCCAAATTTCTCAGAAGTTCCAAACTTATTGGGTACTAGGAGTTTGCATGGAAATTTTAACATTTTGCTAATATAGATTTCTTTAACCAAACGAGAGGGGAAACGATTTAGATACCAATTTCTTTGCTAAAGAATTCCTTAAGAGTGAAAATTTACATGTTTATGTTATTGAAAAGATTTTGAAAATAAAAA
TGCATTTGCCTTCCAGGTATTTAAACAGCATAATTATATTGGAAGATCTGTGGATCTTACTAAATTTGAAGGTTATCCAGAGCTTATTGCTAAGTTGGAGGGATTGTTCAATCTTGAAGGACAACTGCGAGATTCCAGCAAAGGATGGTTAGTTGTATACGAAGATATTGAAGGAGACATGATCCTTATTGGGGACGAGC
CATGGCCAGAGTTTTGTAGTTTAGCGGCAAAGATTTGTATACATACACGTGAGGTGATTGAGAAAATGACTATCGACGTTCCCCCGATATTGAGGCTGCGTAACTGATCAGAATTTTTTATGTTATGTCAAGTGTTCGGGATCCAAATTTTTAATATTGTGAGAAGTGTTTGGAACTTCTGGGTATTTTATATTTAGGTT
GTTGAGGGATCGGAATTTTTAATATTGTGAGAAGTGTTGGAACTTCTCGGTAATTTATATATACTAAGGATGGTACATTGTTTAGCAGACTGCGTACACATTGCTTATGTGACTACGTTGAATTCAAAATATTTCAGTGCG

>TRINITY_DN42044_c1_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGAGCTTTAGATATTTAGATATTGAAGATTAGTAGCTTGTCAGAAGATAAAATTCTTAACCTAGCATCATGCAGATTTTGAAAGTTCAGCTGTACATTAATTCTGGCAGCCAGCTTGAATCGTCTAGGTCTATAGGCCAGGGCTGCTGAAGATTACCAGCTTATCTGAACAGAATGCTAATTTCGAAAATTCAACTGTAC
ATTAATTCGGGAGGCCTTGAAACCTCGGCGAGGAGGTAACGAGTATAGGGCACCGCTATGCTTGGGTTCATGGATTTTACACAAATTTAAAGCTTTTCAAAGGTCTTACAAGATCAAGAAGGTATGGACTGTAAAAAAAGATTGGTTTCAGAAGCTTCCTCTTCTCATGCTCCGGCCAGTGGTGAAATTAGAAAACCTGA
TTCTTATATTATGGAAGATGCCCGGCAAATAAAGGTTCCAAGAAATGGAAAATCGCCACATGAATCACAATTTTGTGGAGCAGTACTTCCTGAGCATCATCTTGGTTTTGGTTTTTCTATGCTGGAAACGTCCGTTTCCAAACCTGTTTCACGCCCTGTTCAGAGGAGCGTCAAATTGTTTGGTGTTAATTTGATTGAAA
CTCAACATAAAGCACGGCAAAATCCTCAGCGGAGTTGCACCAAGGTATTTAAACAGCATAATTATATTGGAAGATCTGTGGATCTTACTAAATTTGAAGGTTATCCAGAGCTTATTGCTAAGTTGGAGGGATTGTTCAATCTTGAAGGACAACTGCGAGATTCCAGCAAAGGATGGTTAGTTGTATACGAAGATATTGAA
GGAGACATGATCCTTATTGGGGACGAGCCATGGCCgtaagtatagttaaagtattttatcaagttatttatttatttgagcttttttttatttgtttatttatttgaattgttttttttttctctaaatagAGAGTTTTGTAGTTTAGCGGCAAAGATTTGTATACATACACGTGAGGTGATTGAGAAAATGACTATCGA
CGTTCCCCCGATATTGAGGCTGCGTAACTGATCAGAATTTTTTATGTTATGTCAAGTGTTCGGGATCCAAATTTTTAATATTGTGAGAAGTGTTTGGAACTTCTGGGTATTTTATATTTAGGTTGTTGAGGGATCGGAATTTTTAATATTGTGAGAAGTGTTGGAACTTCTCGGTAATTTATATATACTAAGGATGGTAC
ATTGTTTAGCAGACTGCGTACACATTGCTTATGTGACTACGTTGAATTCAAAATATTTCAGTGCG

Intron 2 GTAAGTATCA ... CTCTAAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.09	5	0	1
A2	27.27	4	2	1
A3	14.29	3	0	1
A4	50	3	2	4
A5	33.33	1	1	0
A6	19.1	60	14	14.3
A7	24.79	44	6	23
A8	35.14	36	18	21
A9	18.43	59	7	19.7
A10	17.74	34	7	7.7

>TRINITY_DN43559_c0_g2_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GAGCTTTAGATATTTAGATATTGAAGATTAGTAGCTTGTCAGAAGATAAAATTCTTAACCTAGCATCATGCAGATTTTGAAAGTTCAGCTGTACATTAATTCTGGCAGCCAGCTTGAATCGTCTAGGTCTATAGGCCAGGGCTGCTGAAGATTACCAGCTTATCTGAACAGAATGCTAATTTCGAAAATTCAACTGTACA
TTAATTCGGGAGGCCTTGAAACCTCGGCGAGGAGGTAACGAGTATAGGGCACCGCTATGCTTGGGTTCATGGATTTTACACAAATTTAAAGCTTTTCAAAGGTCTTACAAGATCAAGAAGGTATGGACTGTAAAAAAAGATTGGTTTCAGAAGCTTCCTCTTCTCATGCTCCGGCCAGTGGTGAAATTAGAAAACCTGAT
TCTTATATTATGGAAGATGCCCGGAAAATAAAGGTTCCAAGAAATGGAAAATCGCCACATGAATCACAATTTTGTGGAGCAGTACTTCCTGATCATCATCTTGGTTTTGGTTTTTCTATGCTGGAAACGTCCGTTTCCAAACCTGTTTCACGCCCTGTTCAGAGAAGCGTCAAATTGTTTGGTGTTAATTTGATTGAAAC
TCAACATAAAGCACGGCAAAATCCTCAGCGGAGTTGCACCAAGGTATTTAAACAGCATAATTATATTGGAAGATCTGTGGATCTTACTAAATTTGAAGGTTATCCAGAGCTTATTGCTAAGTTGGAGGGATTGTTCAATCTTGAAGGACAACTGCGAGATTCCAGCAAAGGATGGTTAGTTGTATACGAAGATATTGAAG
GAGACATGATCCTTATTGGGGACGAGCCATGGCAAGAGTTTTGTAGTTTAGCGGCAAAGATTTTTATACATACACGTGAGGTGATTGAGAAAATGACTATCGACGTTCCCCCGATATTGAGGCTGCGTAACTGATCAGAATTTTTTATGTTATGTCAAGTGTTCGGGATCCAAATTTTTAATATTGTGAGAAGTGTTTGG
AACTTCTGGGTATTTTATATTTAGGTTGTTGAGGGATCGGAATTTTTAATATTGTGAGAAGTGTTTGGAACTTCTGGGTATTTTATATTTAGGTTGTTGAGGGATCGGAATTTTTAATATTGTGA

>TRINITY_DN43559_c0_g2_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAGCTTTAGATATTTAGATATTGAAGATTAGTAGCTTGTCAGAAGATAAAATTCTTAACCTAGCATCATGCAGATTTTGAAAGTTCAGCTGTACATTAATTCTGGCAGCCAGCTTGAATCGTCTAGGTCTATAGGCCAGGGCTGCTGAAGATTACCAGCTTATCTGAACAGAATGCTAATTTCGAAAATTCAACTGTACA
TTAATTCGGGAGGCCTTGAAACCTCGGCGAGGAGGTAACGAGTATAGGGCACCGCTATGCTTGGGTTCATGGATTTTACACAAATTTAAAGCTTTTCAAAGGTCTTACAAGATCAAGAAGGTATGGACTGTAAAAAAAGATTGGTTTCAGAAGCTTCCTCTTCTCATGCTCCGGCCAGTGGTGAAATTAGAAAACCTGAT
TCTTATATTATGGAAGATGCCCGGAAAATAAAGGTTCCAAGAAATGGAAAATCGCCACATGAATCACAATTTTGTGGAGCAGTACTTCCTGATCATCATCTTGGTTTTGGTTTTTCTATGCTGGAAACGTCCGTTTCCAAACCTGTTTCACGCCCTGTTCAGAGAAGCGTCAAATTGTTTGGTGTTAATTTGATTGAAAC
TCAACATAAAGCACGGCAAAATCCTCAGCGGAGTTGCACCAAGGTATTTAAACAGCATAATTATATTGGAAGATCTGTGGATCTTACTAAATTTGAAGGTTATCCAGAGCTTATTGCTAAGTTGGAGGGATTGTTCAATCTTGAAGGACAACTGCGAGATTCCAGCAAAGGATGGTTAGTTGTATACGAAGATATTGAAG
GAGACATGATCCTTATTGGGGACGAGCCATGGCAgtaagtatcagttaatgtattttatcaagttatttatttatttgagcttttttttatttgtttatttatttgaattgttttttttttctctaaatagAGAGTTTTGTAGTTTAGCGGCAAAGATTTTTATACATACACGTGAGGTGATTGAGAAAATGACTATCGA
CGTTCCCCCGATATTGAGGCTGCGTAACTGATCAGAATTTTTTATGTTATGTCAAGTGTTCGGGATCCAAATTTTTAATATTGTGAGAAGTGTTTGGAACTTCTGGGTATTTTATATTTAGGTTGTTGAGGGATCGGAATTTTTAATATTGTGAGAAGTGTTTGGAACTTCTGGGTATTTTATATTTAGGTTGTTGAGGG
ATCGGAATTTTTAATATTGTGAGGAACTTCTCGGTAATTTATATATACTAAGGATGGTACATTGTTTAGCAGACTGCGTACACATTGCTTATGTGACTACGTTGAATTCAAAATATTTCAGTGATATTTATCTATATTTTGTGTTCAGTGGTTGAATGATTTACATTTTGGTAGAAAATAAG