sp|O64647|TCP9_ARATH ----> Transcription factor TCP9
Intron 1 GCAAGCAGTA ... GCCATCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.36 | 7 | 3 | 4 |
| A2 | 66.67 | 3 | 2 | 6 |
| A3 | 50 | 10 | 0 | 10 |
| A4 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A5 | 75 | 1 | 0 | 3 |
| A6 | 71.43 | 6 | 0 | 15 |
| A7 | 60.87 | 9 | 1 | 14 |
| A8 | 44.44 | 5 | 4 | 4 |
| A9 | 62.5 | 6 | 0 | 10 |
| A10 | 66.67 | 5 | 0 | 10 |
>TRINITY_DN37061_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformTGAGAATTCAATGCTGCCATTGACGTTTTTAATGAATTCAAAACATGTTTCGTGATCTACAAGCCACAAAAATGAATATCTTAAGGCCGCCATTCATGACTGAAGGTCTCATTTGATGAGGGAATCAGCAGGCGGATGTTTTATTCTTAAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTGCATGTGCATGTGGGTGTTTTCTT
CTTCAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTCCAGATTTGGGCGGCCTGTGCTTCGTTGGGACTTTACACCAATTCATTATAACCATAGGTTGAGCCCGGGAATTTGAAACTGAAGAGGGGAAACTCGTTGGTTCCTTCTATAAAAAGGGTGCATGCATAATAGCGATTAGGGTTTTCGGTTCTGCAATTTTTATTGGCG
TCTTTTTTTTATCTGAACACTGGGATTACCCATTTCCGGATACACTTAAGATTGCCGAGATTGTAACTGAAAATGAGTTCAGAGGTGCAAAATCAATCTGATGAGAGGTTTTTGCTGGAGGGTCCCAAGAGCAATGATCCAACAAGGAAGGCATTGGTAGTCAAGAAGCCCTCCACTAAAGACAGGCACACCAAGGTGAA
TGGGCGAGGTCGGAGGGTTAGAATACCCGCAGCCAGTGCAGCGCGGATCTTTCAGCTAACGCGTGAGTTGGGTCACAAGTCAGATGGAGAAACAATTCAATGGCTTCTCAACAAGGCCGAGCCAGCGATCATGGCAGCAACAGGTACATGTACTGTTCCTGCTTTGCCTATATCCATTGTAGGTTCAGGTACAGGTACGG
TTCCTGCTTTGCCTGTGTCCATTTTAGGTTCAGGTACAAGTTCTTTTCCTGCTTTGCCTATGCCCATTGTAGGTCCTGTTTCTTCAAATCCTTCAAAATTGCAGCAGCACCCACAAGCCCCACCTTCAGCTCATGGTATTCTGGCCCTGTCGGCATTCGGCTCCTCGGCTGGAATGGGTTTCGAATTTCAGGGGGAACAG
TTGAGTCACAGGCCATACACTTCCATGCTCTGGGGGACTGAAGATCCAGCATTGGATGAACATAGAATTGACCATTCCTTGCAGCAAAACAACTGCCATTGCTATTGATTCTGCCAAAAGAACGTCGTTTTGTCCATAATTTTGATTTCGCGTGCGATTTCTGCATAGACTAACTGCTTTTTTACTGCGTTATAAGTCAG
GAGGGCATTCCCATTTTGGAATTTTGACTTTTTGAACAGATCTTGTGCTCAAAGCACCTACAAGAATTTTTTTGCTTTGCATAGGTGTCCTATTAAAAGCTTTAAGTGAAAGATATAGATTGCACTCTAACTGGAATGCATTCTACATGATGGGCATATTCTTGTTGCAGTATTTTCAAGAGAGATATGAAGACTTTTTG
CATCAAAATTTATGGGCCTTGCTACAAGAAGGCAAACGGCCAGCATCCGATACTACGATAACATAGTTTTGCTCAACCATTTAGTTTTTGCAGTATTAATTACTGTATCTGTTGCTAACTTGCTATCCAATTTCTCGTTTCTTTTGGATGTAATGATGGACAATGATTAGCTATCAACCATAGACAACTTTTCATGAGTT
GATTTCAGAAAGCCAGCTTATTAAATTTAGGCTTGCTGGATGTTCAATCCTGTTGCATTTGATGTTTAACATTGGTCCATATGCAATTGTTAGAGGAATTGCTTGCTTTTACCAAGGAGGAATACATTCAGAAACTGCTAATTCTCCTATGTTCTTATTTTTGGGGTAATGGTTAATTTACCTAGTTACATGCTCTTCAC
AATGGTGGTTCATGGATTTTAAACATTACAGAGAAAGATGGTGTTCGATTAAATTGTCCAGGTGATGCAAAATTCTTAATTTATGACCCTTTTTTGATACACAGGAGATCTATGTTATATCAGGTACTTGATAGTTGGGAGTTTTATAACATGGAATGCTCTAACGTGACTGAAGTCTATGTCCATTCTGTAATGTATGA
TCTGAGTAATAATGTTCTTCTGGTTTGTTTTGTCAAAAATATGTGATCAGTTTTAAATTACTGTAATTAAGGTGCAGGGAAATACATATGTATGATTTTGATTTGAAAAAATGCGTTATTATTTTAGATGAAACAATACATGTTTCTCATTGACACTCTTCTCAG
>TRINITY_DN37061_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGAGAATTCAATGCTGCCATTGACGTTTTTAATGAATTCAAAACATGTTTCGTGATCTACAAGCCACAAAAATGAATATCTTAAGGCCGCCATTCATGACTGAAGGTCTCATTTGATGAGgcaagcagtatttcctctttatcatttgatgagacaagcctgtacttcttgtctatacccaactgggttgaaaattgtca
agattaggagccgcatgaatttcgattgtcctgtcaccctgtgtagccgtattaatttatagcaaaatatgaatgaagccttgtcaatatactggacccctttagcttgggctctgtgcgcttttaatctcagctttttccggtctttctgtcttttctatctcagccccccttccaaatttaattcaaaagaccatgtg
aagaaaaatcccccatatatatatatataatctctatactcttctgatttgttctgctctgcatgttctgcccgcccaaatgcattgatctccacaccgttttgccatcacagGGAATCAGCAGGCGGATGTTTTATTCTTAAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTGCATGTGCATGTGGGTGTTTTCTTCTTCAAG
ACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTCCAGATTTGGGCGGCCTGTGCTTCGTTGGGACTTTACACCAATTCATTATAACCATAGGTTGAGCCCGGGAATTTGAAACTGAAGAGGGGAAACTCGTTGGTTCCTTCTATAAAAAGGGTGCATGCATAATAGCGATTAGGGTTTTCGGTTCTGCAATTTTTATTGGCGTCTTTTT
TTTATCTGAACACTGGGATTACCCATTTCCGGATACACTTAAGATTGCCGAGATTGTAACTGAAAATGAGTTCAGAGGTGCAAAATCAATCTGATGAGAGGTTTTTGCTGGAGGGTCCCAAGAGCAATGATCCAACAAGGAAGGCATTGGTAGTCAAGAAGCCCTCCACTAAAGACAGGCACACCAAGGTGAATGGGCGA
GGTCGGAGGGTTAGAATACCCGCAGCCAGTGCAGCGCGGATCTTTCAGCTAACGCGTGAGTTGGGTCACAAGTCAGATGGAGAAACAATTCAATGGCTTCTCAACAAGGCCGAGCCAGCGATCATGGCAGCAACAGGTACATGTACTGTTCCTGCTTTGCCTATATCCATTGTAGGTTCAGGTACAGGTACGGTTCCTGC
TTTGCCTGTGTCCATTTTAGGTTCAGGTACAAGTTCTTTTCCTGCTTTGCCTATGCCCATTGTAGGTCCTGTTTCTTCAAATCCTTCAAAATTGCAGCAGCACCCACAAGCCCCACCTTCAGCTCATGGTATTCTGGCCCTGTCGGCATTCGGCTCCTCGGCTGGAATGGGTTTCGAATTTCAGGGGGAACAGTTGAGTC
ACAGGCCATACACTTCCATGCTCTGGGGGACTGAAGATCCAGCATTGGATGAACATAGAATTGACCATTCCTTGCAGCAAAACAACTGCCATTGCTATTGATTCTGCCAAAAGAACGTCGTTTTGTCCATAATTTTGATTTCGCGTGCGATTTCTGCATAGACTAACTGCTTTTTTACTGCGTTATAAGTCAGGAGGGCA
TTCCCATTTTGGAATTTTGACTTTTTGAACAGATCTTGTGCTCAAAGCACCTACAAGAATTTTTTTGCTTTGCATAGGTGTCCTATTAAAAGCTTTAAGTGAAAGATATAGATTGCACTCTAACTGGAATGCATTCTACATGATGGGCATATTCTTGTTGCAGTATTTTCAAGAGAGATATGAAGACTTTTTGCATCAAA
ATTTATGGGCCTTGCTACAAGAAGGCAAACGGCCAGCATCCGATACTACGATAACATAGTTTTGCTCAACCATTTAGTTTTTGCAGTATTAATTACTGTATCTGTTGCTAACTTGCTATCCAATTTCTCGTTTCTTTTGGATGTAATGATGGACAATGATTAGCTATCAACCATAGACAACTTTTCATGAGTTGATTTCA
GAAAGCCAGCTTATTAAATTTAGGCTTGCTGGATGTTCAATCCTGTTGCATTTGATGTTTAACATTGGTCCATATGCAATTGTTAGAGGAATTGCTTGCTTTTACCAAGGAGGAATACATTCAGAAACTGCTAATTCTCCTATGTTCTTATTTTTGGGGTAATGGTTAATTTACCTAGTTACATGCTCTTCACAATGGTG
GTTCATGGATTTTAAACATTACAGAGAAAGATGGTGTTCGATTAAATTGTCCAGGTGATGCAAAATTCTTAATTTATGACCCTTTTTTGATACACAGGAGATCTATGTTATATCAGGTACTTGATAGTTGGGAGTTTTATAACATGGAATGCTCTAACGTGACTGAAGTCTATGTCCATTCTGTAATGTATGATCTGAGT
AATAATGTTCTTCTGGTTTGTTTTGTCAAAAATATGTGATCAGTTTTAAATTACTGTAATTAAGGTGCAGGGAAATACATATGTATGATTTTGATTTGAAAAAATGCGTTATTATTTTAGATGAAACAATACATGTTTCTCATTGACACTCTTCTCAG
Intron 2 GTAAATGCAT ... CAAATTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.57 | 3.4 | 3 | 2 |
| A2 | 78.18 | 1.2 | 7 | 0 |
| A3 | 100 | 0 | 1 | 4 |
| A4 | 44 | 2.6 | 2 | 2 |
| A5 | 90.77 | 0.6 | 6 | 5 |
| A6 | 62.77 | 13.4 | 25 | 15 |
| A7 | 70.96 | 9 | 28 | 15 |
| A8 | 63.64 | 7.6 | 18 | 7 |
| A9 | 72.67 | 7 | 21 | 10 |
| A10 | 80.04 | 5 | 25 | 13 |
>TRINITY_DN37420_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoformCTCAGCTTTTTCCGGTCTTTCTGTCTTTTCTATCTCAGCCCCCCTTCCAAATTTAATTCAAAAGACCATGTGAAGAAAAATCCCCCATATATATATATATAATCTCTATACTCTTCTGATTTGTTCTGCTCTGCATGTTCTGCCCGCCCAAATGCATTGATCTCCACACCGTTTTGCCATCACAGGGAATCAGCAGGCGG
ATGTTTTATTCTTAAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTGCATGTGCATGTGGGTGTTTTCTTCTTCAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTCCAGATTTGGGCGGCCTGTGCTTCGTTGGGACTTTACACCAATTCATTAACCTAATAAATGGGCATCCGCTATTTTCGATATTTATTCACAAATATACCAGATT
TCTGAGAGTTCCCAAGAAATCTTATGAGCGCTTGTGAATACCCAGTTCATTTCCGAGGTGTCTACAGCTCATTACAAGCCTTCAATTTGATTATAATGGCGTGCAGATAACCATAGGTTGAGCCCGGGAATTTGAAACTGAAGAGGGGAAACTCGTTGGTTCCTTCTATAAAAAGGGTGCATGCATAATAGCGATTAGGG
TTTTCGGTTCTGCAATTTTTATTGGCGTCTTTTTTTTATCTGAACACTGGGATTACCCATTTCCGGATACACTTAAGATTGCCGAGATTGTAACTGAAAATGAGTTCAGAGGTGCAAAATCAATCTGATGAGAGGTTTTTGCTGGAGGGTCCCAAGAGCAATGATCCAACAAGGAAGGCATTGGTAGTCAAGAAGCCCTC
CACTAAAGACAGGCACACCAAGGTGAATGGGCGAGGTCGGAGGGTTAGAATACCCGCAGCCAGTGCAGCGCGGATCTTTCAGCTAACGCGTGAGTTGGGTCACAAGTCAGATGGAGAAACAATTCAATGGCTTCTCAACAAGGCCGAGCCAGCGATCATGGCAGCAACAGGTACATGTACTGTTCCTGCTTTGCCTATAT
CCATTGTAGGTTCAGGTACAGGTACGGTTCCTGCTTTGCCTGTGTCCATTTTAGGTTCAGGTACAAGTTCTTTTCCTGCTTTGCCTATGCCCATTGTAGGTCCTGTTTCTTCAAATCCTTCAAAATTGCAGCAGCACCCACAAGCCCCACCTTCAGCTCATGGTATTCTGGCCCTGTCGGCATTCGGCTCCTCGGCTGGA
ATGGGTTTCGAATTTCAGGGGGAACAGTTGAGTCACAGGCCATACACTTCCATGCTCTGGGGGACTGAAGATCCAGCATTGGATGAACATAGAATTGACCATTCCTTGCAGCAAAACAACTGCCATTGCTATTGATTCTGCCAAAAGAACGTCGTTTTGTCCATAATTTTGATTTCGCGTGCGATTTCTGCATAGACTAA
CTGCTTTTTTACTGCGTTATAAGTCAGGAGGGCATTCCCATTTTGGAATTTTGACTTTTTGAACAGATCTTGTGCTCAAAGCACCTACAAGAATTTTTTTGCTTTGCATAGGTGTCCTATTAAAAGCTTTAAGTGAAAGATATAGATTGCACTCTAACTGGAATGCATTCTACATGATGGGCATATTCTTGTTGCAGTAT
TTTCAAGAGAGATATGAAGACTTTTTGCATCAAAATTTATGGGCCTTGCTACAAGAAGGCAAACGGCCAGCATCCGATACTACGATAACATAGTTTTGCTCAACCATTTAGTTTTTGCAGTATTAATTACTGTATCTGTTGCTAACTTGCTATCCAATTTCTCGTTTCTTTTGGATGTAATGATGGACAATGATTAGCTA
TCAACCATAGACAACTTTTCATGAGTTGATTTCAGAAAGCCAGCTTATTAAATTTAGGCTTGCTGGATGTTCAATCCTGTTGCATTTGATGTTTAACATTGGTCCATATGCAATTGTTAGAGGAATTGCTTGCTTTTACCAAGGAGGAATACATTCAGAAACTGCTAATTCTCCTATGTTCTTATTTTTGGGGTAATGGT
TAATTTACCTAGTTACATGCTCTTCACAATGGTGGTTCATGGATTTTAAACATTACAGAGAAAGATGGTGTTCGATTAAATTGTCCAGGTGATGCAAAATTCTTAATTTATGACCCTTTTTTGATACACAGGAGATCTATGTTATATCAGGTACTTGATAGTTGGGAGTTTTATAACATGGAATGCTCTAACGTGACTGA
AGTCTATGTCCATTCTGTAATGTATGATCTGAGTAATAATGTTCTTCTGGTTTGTTTTGTCAAAAATATGTGATCAGTTTTAAATTACTGTAATTAAGGTGCGGGG
>TRINITY_DN37420_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTCAGCTTTTTCCGGTCTTTCTGTCTTTTCTATCTCAGCCCCCCTTCCAAATTTAATTCAAAAGACCATGTGAAGAAAAATCCCCCATATATATATATATAATCTCTATACTCTTCTGATTTGTTCTGCTCTGCATGTTCTGCCCGCCCAAATGCATTGATCTCCACACCGTTTTGCCATCACAGGGAATCAGCAGGCGG
ATGTTTTATTCTTAAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTGCATGTGCATGTGGGTGTTTTCTTCTTCAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTCCAGATTTGGGCGGCCTGTGCTTCGTTGGGACTTTACACCAATTCATTgtaaatgcattgctccttgagtccacttattatttgtcgttgtttttactcttcta
ggtttatgcaatattcaatgtttgaattccaattttcaactagccaatcctaattgacacaaattccagAACCTAATAAATGGGCATCCGCTATTTTCGATATTTATTCACAAATATACCAGATTTCTGAGAGTTCCCAAGAAATCTTATGAGCGCTTGTGAATACCCAGTTCATTTCCGAGGTGTCTACAGCTCATTAC
AAGCCTTCAATTTGATTATAATGGCGTGCAGATAACCATAGGTTGAGCCCGGGAATTTGAAACTGAAGAGGGGAAACTCGTTGGTTCCTTCTATAAAAAGGGTGCATGCATAATAGCGATTAGGGTTTTCGGTTCTGCAATTTTTATTGGCGTCTTTTTTTTATCTGAACACTGGGATTACCCATTTCCGGATACACTTA
AGATTGCCGAGATTGTAACTGAAAATGAGTTCAGAGGTGCAAAATCAATCTGATGAGAGGTTTTTGCTGGAGGGTCCCAAGAGCAATGATCCAACAAGGAAGGCATTGGTAGTCAAGAAGCCCTCCACTAAAGACAGGCACACCAAGGTGAATGGGCGAGGTCGGAGGGTTAGAATACCCGCAGCCAGTGCAGCGCGGAT
CTTTCAGCTAACGCGTGAGTTGGGTCACAAGTCAGATGGAGAAACAATTCAATGGCTTCTCAACAAGGCCGAGCCAGCGATCATGGCAGCAACAGGTACATGTACTGTTCCTGCTTTGCCTATATCCATTGTAGGTTCAGGTACAGGTACGGTTCCTGCTTTGCCTGTGTCCATTTTAGGTTCAGGTACAAGTTCTTTTC
CTGCTTTGCCTATGCCCATTGTAGGTCCTGTTTCTTCAAATCCTTCAAAATTGCAGCAGCACCCACAAGCCCCACCTTCAGCTCATGGTATTCTGGCCCTGTCGGCATTCGGCTCCTCGGCTGGAATGGGTTTCGAATTTCAGGGGGAACAGTTGAGTCACAGGCCATACACTTCCATGCTCTGGGGGACTGAAGATCCA
GCATTGGATGAACATAGAATTGACCATTCCTTGCAGCAAAACAACTGCCATTGCTATTGATTCTGCCAAAAGAACGTCGTTTTGTCCATAATTTTGATTTCGCGTGCGATTTCTGCATAGACTAACTGCTTTTTTACTGCGTTATAAGTCAGGAGGGCATTCCCATTTTGGAATTTTGACTTTTTGAACAGATCTTGTGC
TCAAAGCACCTACAAGAATTTTTTTGCTTTGCATAGGTGTCCTATTAAAAGCTTTAAGTGAAAGATATAGATTGCACTCTAACTGGAATGCATTCTACATGATGGGCATATTCTTGTTGCAGTATTTTCAAGAGAGATATGAAGACTTTTTGCATCAAAATTTATGGGCCTTGCTACAAGAAGGCAAACGGCCAGCATCC
GATACTACGATAACATAGTTTTGCTCAACCATTTAGTTTTTGCAGTATTAATTACTGTATCTGTTGCTAACTTGCTATCCAATTTCTCGTTTCTTTTGGATGTAATGATGGACAATGATTAGCTATCAACCATAGACAACTTTTCATGAGTTGATTTCAGAAAGCCAGCTTATTAAATTTAGGCTTGCTGGATGTTCAAT
CCTGTTGCATTTGATGTTTAACATTGGTCCATATGCAATTGTTAGAGGAATTGCTTGCTTTTACCAAGGAGGAATACATTCAGAAACTGCTAATTCTCCTATGTTCTTATTTTTGGGGTAATGGTTAATTTACCTAGTTACATGCTCTTCACAATGGTGGTTCATGGATTTTAAACATTACAGAGAAAGATGGTGTTCGA
TTAAATTGTCCAGGTGATGCAAAATTCTTAATTTATGACCCTTTTTTGATACACAGGAGATCTATGTTATATCAGGTACTTGATAGTTGGGAGTTTTATAACATGGAATGCTCTAACGTGACTGAAGTCTATGTCCATTCTGTAATGTATGATCTGAGTAATAATGTTCTTCTGGTTTGTTTTGTCAAAAATATGTGATC
AGTTTTAAATTACTGTAATTAAGGTGCGGGG
Intron 3 GTAAATGCAT ... TGGCGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80 | 1 | 3 | 5 |
| A2 | 51.74 | 4.4 | 7 | 2 |
| A3 | 46.66 | 2.4 | 1 | 2 |
| A4 | 71.43 | 1 | 2 | 3 |
| A5 | 70.48 | 2.6 | 6 | 6 |
| A6 | 46.36 | 23.4 | 25 | 15 |
| A7 | 72 | 9.6 | 28 | 20 |
| A8 | 60.03 | 8.4 | 18 | 7 |
| A9 | 51.85 | 15 | 21 | 11 |
| A10 | 68.8 | 9 | 25 | 14 |
>TRINITY_DN37420_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformCTCAGCTTTTTCCGGTCTTTCTGTCTTTTCTATCTCAGCCCCCCTTCCAAATTTAATTCAAAAGACCATGTGAAGAAAAATCCCCCATATATATATATATAATCTCTATACTCTTCTGATTTGTTCTGCTCTGCATGTTCTGCCCGCCCAAATGCATTGATCTCCACACCGTTTTGCCATCACAGGGAATCAGCAGGCGG
ATGTTTTATTCTTAAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTGCATGTGCATGTGGGTGTTTTCTTCTTCAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTCCAGATTTGGGCGGCCTGTGCTTCGTTGGGACTTTACACCAATTCATTATAACCATAGGTTGAGCCCGGGAATTTGAAACTGAAGAGGGGAAACTCGTTGGTTC
CTTCTATAAAAAGGGTGCATGCATAATAGCGATTAGGGTTTTCGGTTCTGCAATTTTTATTGGCGTCTTTTTTTTATCTGAACACTGGGATTACCCATTTCCGGATACACTTAAGATTGCCGAGATTGTAACTGAAAATGAGTTCAGAGGTGCAAAATCAATCTGATGAGAGGTTTTTGCTGGAGGGTCCCAAGAGCAAT
GATCCAACAAGGAAGGCATTGGTAGTCAAGAAGCCCTCCACTAAAGACAGGCACACCAAGGTGAATGGGCGAGGTCGGAGGGTTAGAATACCCGCAGCCAGTGCAGCGCGGATCTTTCAGCTAACGCGTGAGTTGGGTCACAAGTCAGATGGAGAAACAATTCAATGGCTTCTCAACAAGGCCGAGCCAGCGATCATGGC
AGCAACAGGTACATGTACTGTTCCTGCTTTGCCTATATCCATTGTAGGTTCAGGTACAGGTACGGTTCCTGCTTTGCCTGTGTCCATTTTAGGTTCAGGTACAAGTTCTTTTCCTGCTTTGCCTATGCCCATTGTAGGTCCTGTTTCTTCAAATCCTTCAAAATTGCAGCAGCACCCACAAGCCCCACCTTCAGCTCATG
GTATTCTGGCCCTGTCGGCATTCGGCTCCTCGGCTGGAATGGGTTTCGAATTTCAGGGGGAACAGTTGAGTCACAGGCCATACACTTCCATGCTCTGGGGGACTGAAGATCCAGCATTGGATGAACATAGAATTGACCATTCCTTGCAGCAAAACAACTGCCATTGCTATTGATTCTGCCAAAAGAACGTCGTTTTGTCC
ATAATTTTGATTTCGCGTGCGATTTCTGCATAGACTAACTGCTTTTTTACTGCGTTATAAGTCAGGAGGGCATTCCCATTTTGGAATTTTGACTTTTTGAACAGATCTTGTGCTCAAAGCACCTACAAGAATTTTTTTGCTTTGCATAGGTGTCCTATTAAAAGCTTTAAGTGAAAGATATAGATTGCACTCTAACTGGA
ATGCATTCTACATGATGGGCATATTCTTGTTGCAGTATTTTCAAGAGAGATATGAAGACTTTTTGCATCAAAATTTATGGGCCTTGCTACAAGAAGGCAAACGGCCAGCATCCGATACTACGATAACATAGTTTTGCTCAACCATTTAGTTTTTGCAGTATTAATTACTGTATCTGTTGCTAACTTGCTATCCAATTTCT
CGTTTCTTTTGGATGTAATGATGGACAATGATTAGCTATCAACCATAGACAACTTTTCATGAGTTGATTTCAGAAAGCCAGCTTATTAAATTTAGGCTTGCTGGATGTTCAATCCTGTTGCATTTGATGTTTAACATTGGTCCATATGCAATTGTTAGAGGAATTGCTTGCTTTTACCAAGGAGGAATACATTCAGAAAC
TGCTAATTCTCCTATGTTCTTATTTTTGGGGTAATGGTTAATTTACCTAGTTACATGCTCTTCACAATGGTGGTTCATGGATTTTAAACATTACAGAGAAAGATGGTGTTCGATTAAATTGTCCAGGTGATGCAAAATTCTTAATTTATGACCCTTTTTTGATACACAGGAGATCTATGTTATATCAGGTACTTGATAGT
TGGGAGTTTTATAACATGGAATGCTCTAACGTGACTGAAGTCTATGTCCATTCTGTAATGTATGATCTGAGTAATAATGTTCTTCTGGTTTGTTTTGTCAAAAATATGTGATCAGTTTTAAATTACTGTAATTAAGGTGCGGGG
>TRINITY_DN37420_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTCAGCTTTTTCCGGTCTTTCTGTCTTTTCTATCTCAGCCCCCCTTCCAAATTTAATTCAAAAGACCATGTGAAGAAAAATCCCCCATATATATATATATAATCTCTATACTCTTCTGATTTGTTCTGCTCTGCATGTTCTGCCCGCCCAAATGCATTGATCTCCACACCGTTTTGCCATCACAGGGAATCAGCAGGCGG
ATGTTTTATTCTTAAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTGCATGTGCATGTGGGTGTTTTCTTCTTCAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTCCAGATTTGGGCGGCCTGTGCTTCGTTGGGACTTTACACCAATTCATTgtaaatgcattgctccttgagtccacttattatttgtcgttgtttttactcttcta
ggtttatgcaatattcaatgtttgaattccaattttcaactagccaatcctaattgacacaaattccagaacctaataaatgggcatccgctattttcgatatttattcacaaatataccagatttctgagagttcccaagaaatcttatgagcgcttgtgaatacccagttcatttccgaggtgtctacagctcattac
aagccttcaatttgattataatggcgtgcagATAACCATAGGTTGAGCCCGGGAATTTGAAACTGAAGAGGGGAAACTCGTTGGTTCCTTCTATAAAAAGGGTGCATGCATAATAGCGATTAGGGTTTTCGGTTCTGCAATTTTTATTGGCGTCTTTTTTTTATCTGAACACTGGGATTACCCATTTCCGGATACACTTA
AGATTGCCGAGATTGTAACTGAAAATGAGTTCAGAGGTGCAAAATCAATCTGATGAGAGGTTTTTGCTGGAGGGTCCCAAGAGCAATGATCCAACAAGGAAGGCATTGGTAGTCAAGAAGCCCTCCACTAAAGACAGGCACACCAAGGTGAATGGGCGAGGTCGGAGGGTTAGAATACCCGCAGCCAGTGCAGCGCGGAT
CTTTCAGCTAACGCGTGAGTTGGGTCACAAGTCAGATGGAGAAACAATTCAATGGCTTCTCAACAAGGCCGAGCCAGCGATCATGGCAGCAACAGGTACATGTACTGTTCCTGCTTTGCCTATATCCATTGTAGGTTCAGGTACAGGTACGGTTCCTGCTTTGCCTGTGTCCATTTTAGGTTCAGGTACAAGTTCTTTTC
CTGCTTTGCCTATGCCCATTGTAGGTCCTGTTTCTTCAAATCCTTCAAAATTGCAGCAGCACCCACAAGCCCCACCTTCAGCTCATGGTATTCTGGCCCTGTCGGCATTCGGCTCCTCGGCTGGAATGGGTTTCGAATTTCAGGGGGAACAGTTGAGTCACAGGCCATACACTTCCATGCTCTGGGGGACTGAAGATCCA
GCATTGGATGAACATAGAATTGACCATTCCTTGCAGCAAAACAACTGCCATTGCTATTGATTCTGCCAAAAGAACGTCGTTTTGTCCATAATTTTGATTTCGCGTGCGATTTCTGCATAGACTAACTGCTTTTTTACTGCGTTATAAGTCAGGAGGGCATTCCCATTTTGGAATTTTGACTTTTTGAACAGATCTTGTGC
TCAAAGCACCTACAAGAATTTTTTTGCTTTGCATAGGTGTCCTATTAAAAGCTTTAAGTGAAAGATATAGATTGCACTCTAACTGGAATGCATTCTACATGATGGGCATATTCTTGTTGCAGTATTTTCAAGAGAGATATGAAGACTTTTTGCATCAAAATTTATGGGCCTTGCTACAAGAAGGCAAACGGCCAGCATCC
GATACTACGATAACATAGTTTTGCTCAACCATTTAGTTTTTGCAGTATTAATTACTGTATCTGTTGCTAACTTGCTATCCAATTTCTCGTTTCTTTTGGATGTAATGATGGACAATGATTAGCTATCAACCATAGACAACTTTTCATGAGTTGATTTCAGAAAGCCAGCTTATTAAATTTAGGCTTGCTGGATGTTCAAT
CCTGTTGCATTTGATGTTTAACATTGGTCCATATGCAATTGTTAGAGGAATTGCTTGCTTTTACCAAGGAGGAATACATTCAGAAACTGCTAATTCTCCTATGTTCTTATTTTTGGGGTAATGGTTAATTTACCTAGTTACATGCTCTTCACAATGGTGGTTCATGGATTTTAAACATTACAGAGAAAGATGGTGTTCGA
TTAAATTGTCCAGGTGATGCAAAATTCTTAATTTATGACCCTTTTTTGATACACAGGAGATCTATGTTATATCAGGTACTTGATAGTTGGGAGTTTTATAACATGGAATGCTCTAACGTGACTGAAGTCTATGTCCATTCTGTAATGTATGATCTGAGTAATAATGTTCTTCTGGTTTGTTTTGTCAAAAATATGTGATC
AGTTTTAAATTACTGTAATTAAGGTGCGGGG
Intron 4 GTAAATGCAT ... AATATACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 1 | 3 | 1 |
| A2 | 66.67 | 2 | 7 | 1 |
| A3 | 60 | 1 | 1 | 2 |
| A4 | 66.67 | 1 | 2 | 2 |
| A5 | 62.5 | 3 | 6 | 4 |
| A6 | 50.59 | 21 | 25 | 18 |
| A7 | 78.18 | 6 | 28 | 15 |
| A8 | 64.71 | 6 | 18 | 4 |
| A9 | 53.57 | 13 | 21 | 9 |
| A10 | 62.5 | 12 | 25 | 15 |
>TRINITY_DN37420_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoformCTCAGCTTTTTCCGGTCTTTCTGTCTTTTCTATCTCAGCCCCCCTTCCAAATTTAATTCAAAAGACCATGTGAAGAAAAATCCCCCATATATATATATATAATCTCTATACTCTTCTGATTTGTTCTGCTCTGCATGTTCTGCCCGCCCAAATGCATTGATCTCCACACCGTTTTGCCATCACAGGGAATCAGCAGGCGG
ATGTTTTATTCTTAAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTGCATGTGCATGTGGGTGTTTTCTTCTTCAAGACTGCAGGAATTCCAAAGCGTTCTCCAGATTTGGGCGGCCTGTGCTTCGTTGGGACTTTACACCAATTCATTATTTCTGAGAGTTCCCAAGAAATCTTATGAGCGCTTGTGAATACCCAGTTCATTTC
CGAGGTGTCTACAGCTCATTACAAGCCTTCAATTTGATTATAATGGCGTGCAGATAACCATAGGTTGAGCCCGGGAATTTGAAACTGAAGAGGGGAAACTCGTTGGTTCCTTCTATAAAAAGGGTGCATGCATAATAGCGATTAGGGTTTTCGGTTCTGCAATTTTTATTGGCGTCTTTTTTTTATCTGAACACTGGGAT
TACCCATTTCCGGATACACTTAAGATTGCCGAGATTGTAACTGAAAATGAGTTCAGAGGTGCAAAATCAATCTGATGAGAGGTTTTTGCTGGAGGGTCCCAAGAGCAATGATCCAACAAGGAAGGCATTGGTAGTCAAGAAGCCCTCCACTAAAGACAGGCACACCAAGGTGAATGGGCGAGGTCGGAGGGTTAGAATAC
CCGCAGCCAGTGCAGCGCGGATCTTTCAGCTAACGCGTGAGTTGGGTCACAAGTCAGATGGAGAAACAATTCAATGGCTTCTCAACAAGGCCGAGCCAGCGATCATGGCAGCAACAGGTACATGTACTGTTCCTGCTTTGCCTATATCCATTGTAGGTTCAGGTACAGGTACGGTTCCTGCTTTGCCTGTGTCCATTTTA
GGTTCAGGTACAAGTTCTTTTCCTGCTTTGCCTATGCCCATTGTAGGTCCTGTTTCTTCAAATCCTTCAAAATTGCAGCAGCACCCACAAGCCCCACCTTCAGCTCATGGTATTCTGGCCCTGTCGGCATTCGGCTCCTCGGCTGGAATGGGTTTCGAATTTCAGGGGGAACAGTTGAGTCACAGGCCATACACTTCCAT
GCTCTGGGGGACTGAAGATCCAGCATTGGATGAACATAGAATTGACCATTCCTTGCAGCAAAACAACTGCCATTGCTATTGATTCTGCCAAAAGAACGTCGTTTTGTCCATAATTTTGATTTCGCGTGCGATTTCTGCATAGACTAACTGCTTTTTTACTGCGTTATAAGTCAGGAGGGCATTCCCATTTTGGAATTTTG
ACTTTTTGAACAGATCTTGTGCTCAAAGCACCTACAAGAATTTTTTTGCTTTGCATAGGTGTCCTATTAAAAGCTTTAAGTGAAAGATATAGATTGCACTCTAACTGGAATGCATTCTACATGATGGGCATATTCTTGTTGCAGTATTTTCAAGAGAGATATGAAGACTTTTTGCATCAAAATTTATGGGCCTTGCTACA
AGAAGGCAAACGGCCAGCATCCGATACTACGATAACATAGTTTTGCTCAACCATTTAGTTTTTGCAGTATTAATTACTGTATCTGTTGCTAACTTGCTATCCAATTTCTCGTTTCTTTTGGATGTAATGATGGACAATGATTAGCTATCAACCATAGACAACTTTTCATGAGTTGATTTCAGAAAGCCAGCTTATTAAAT
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>TRINITY_DN37420_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTCAGCTTTTTCCGGTCTTTCTGTCTTTTCTATCTCAGCCCCCCTTCCAAATTTAATTCAAAAGACCATGTGAAGAAAAATCCCCCATATATATATATATAATCTCTATACTCTTCTGATTTGTTCTGCTCTGCATGTTCTGCCCGCCCAAATGCATTGATCTCCACACCGTTTTGCCATCACAGGGAATCAGCAGGCGG
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