NA ----> NA
Intron 1 GTATGTTTGT ... CTTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 72.5 | 2 | 4.3 | 6.5 |
| A2 | 28.13 | 10 | 3 | 4.5 |
| A3 | 37.5 | 5 | 0 | 3.8 |
| A4 | 19.74 | 14 | 0.8 | 3.8 |
| A5 | 42.74 | 7 | 6.3 | 7 |
| A6 | 37.65 | 36 | 5.5 | 26.5 |
| A7 | 34.68 | 49 | 15.8 | 30 |
| A8 | 35.48 | 50 | 23 | 29 |
| A9 | 42.92 | 33 | 12.8 | 27.5 |
| A10 | 35.67 | 32 | 11.5 | 19.8 |
>TRINITY_DN40411_c5_g3_i7 from sample A6 / Example spliced isoformGGCTTTTTGTGGAAAAGCCGCGATGTCCATCGCGGCTTTTTGTGTAAAAGCCGCAATGGGATTTTTCTAAAATTTTTTGTGCTGGGGCTAAAAATTTCTTCTGTTTTCCTGGCAGGATGTTGCGGAGAGCTCAGTCCGTGTGGCGGGAGAGGGAGATCGATGGTGATCTCATGTTGAGGATTGAGACTGATGGAGGGGTT
AGACAGACCCTAGCTATGAGCGGACTTTTGAAGTTCGCTCAGATCCCTCCTATACGTTCAGTGAGGCGACTCCTGAACAAGCTCGTGTAGTGGTGGGTGCCGGCAGAAGGTGCCTTCATTATTGGTGGTGAGAGGTTAGAGATTACTCTCACTGATGTATATTTTTTGACTGGGTTGCCTCGCTTGGGCGAGGTGGGTGA
TATTTCTCCAAGGTTGCCTCCGGGTGTGGATATGGAGGACCTCTTACAGACTTTCTGTGTGGATGACGCTGTTTTGGTAAACAGCTCTATTAGTCTGAAGTTCCTTCGTGAGTGGGATATGCGAGCTGTTGGTGCTTGCGTTTTGAGGATATTGGGTGCTGCTGCACCACATCGTATGTCTAGGGGGCAGACGATGATGG
TGGATTCGGTTCTACGGGGTACTTATTATGCCTGGGCGCAGATGTTCTTGGCTGGTGTCCGGAGAGATCTGGACAAGGCCATTAGAGAGGGAGGCGAGTTTTGTTATGCCTCTTTTTTATGCTGTTTTTTCTTCGAGCGGGTGCTGACCTTGCGGCCACATGTACCCGTTCGTGCTGGTCTTCCGAGTGAGCCTCGTATG
ATGAGGTGGGGGCAGATGATGCCCCGTGCCGGGGGTGGTGTCCGCGGCTACTTCACGGAGGATTTCTATCAGCAGTGGGAGCAGATGCCCCTGGTGATTGAGGACTATCCCTATGCCGGCATGGATTACCGAGGTGACGCAGAGATGCCTCGTGCCCCAGGACAGGCCTGGGGCTTGGACGATGTGGGTCCAGTGCCACC
ACCTGACTATGTGGCTCGGCAGGGGCGGGCGATGGTGGTCGCTCGTCCCCCTGTACCTGTACCTCCTCCGCGTGGTGGAGGATATGCAGCTCGTGGGCGAGGGGTTGGCCCTGATGGTGACGCCATAGATGGTGTCCGACGTACCTTTGCCCGGATTCTAGCTAGGTTCCCCGAGGATGGTTGGAGGGATCTGGATCGGG
ATGTTCTGCAGGGATGTCTTGGTGCGCCACCTGAGTGGCAGGCGCTCCTGTTGAGGACAGCGGTGCTTGCGGCGAGGCACGGGGGTGGTAGAGGAGATGCTCCGGCAGGGCCGGCTCAGGGGAGGATACGTTTGAGGGACGATCCAGCAGGGCCAGCAGAGCGGCGAGTTCGGGGTCATCCTGACCCGGCGGTGCCGGCG
GTGGAGGGGCCGGTGGAGGAGCCAGAGGAGGAGCCGGAGGAGGAGCCGGAGGATCCAGATGAGTAGATGACATTGTACTTGCCCCCAAATGCTCATGAGCATATGGGGGAGCATATTTTTGTATGCCAGGAGTATTTTTGTATATCGGGTGCTGAGGGCACTTATGACATGTTCACTATTTGATTTATATATATATGTGG
AT
>TRINITY_DN40411_c5_g3_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:GGCTTTTTGTGGAAAAGCCGCGATGTCCATCGCGGCTTTTTGTGTAAAAGCCGCAATGGGATTTTTCTAAAATTTTTTGTGCTGGGGCTAAAAATTTCTTCTGTTTTCCTGGCAGGATGTTGCGGAGAGCTCAGTCCGTGTGGCGGGAGAGGGAGATCGATGGTGATCTCATGTTGAGGATTGAGACTGATGGAGGGGTT
AGACAGACCCTAGCTATGAGCGGACTTTTGAAGTTCGCTCAGATCCCTCCTATACGTTCAGTGAGGCGACTCCTGAACAAGCTCGTGTAGTGGTGGGTGCCGGCAGAAGGTGCCTTCATTATTGGTGGTGAGAGGTTAGAGATTACTCTCACTGATGTATATTTTTTGACTGGGTTGCCTCGCTTGGGCGAGGTGGGTGA
TATTTCTCCAAGGTTGCCTCCGGGTGTGGATATGGAGGACCTCTTACAGACTTTCTGTGTGGATGACGCTGTTTTGGTAAACAGCTCTATTAGTCTGAAGTTCCTTCGTGAGTGGGATATGCGAGCTGTTGGTGCTTGCGTTTTGAGGATATTGGGTGCTGCTGCACCACATCGTATGTCTAGGGGGCAGACGATGATGG
TGGATTCGGTTCTACGGGGTACTTATTATGCCTGGGCGCAGATGTTCTTGGCTGGTGTCCGGAGAGATCTGGACAAGGCCATTAGAGAGGGAGGCGAGTTTTGTTATGCCTCTTTTTTATGCTGTTTTTTCTTCGAGCGGGTGCTGACCTTGCGGCCACATGTACCCGTTCGTGCTGGTCTTCCGAGTGAGCCTCGTATG
ATGAGGTGGGGGCAGATGATGCCCCGTGCCGGGGGTGGTGTCCGCGGCTACTTCACGGAGGATTTCTATCAGCAGTGGGAGCAGATGCCCCTGGTGATTGAGGACTATCCCTATGCCGGCATGGATTACCGAGGTGACGCAGAGATGCCTCGTGCCCCAGGACAGGCCTGGGGCTTGGACGgtatgtttgtgttttattt
gatgttgtatcatgtgttgcgtggtttatcatgatgattttgttatatagtatctaatggtttacttgctttgtgcagATGTGGGTCCAGTGCCACCGCC