sp|Q84WV1|TCPG_ARATH ----> T-complex protein 1 subunit gamma

Intron 1 GTATGCAAAT ... TCTTCCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.6	320	11.9	83
A2	23.08	310	12.7	93
A3	25.08	248	11.1	83
A4	21.03	184	8.4	49
A5	27.85	114	4.7	44
A6	23.83	892	24.1	279
A7	22.59	1419	50.1	414
A8	23.19	1716	47	518
A9	22.21	1387	42.4	396
A10	24.01	1073	33	339

>TRINITY_DN107587_c0_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

AAAAGGTACTTAAAAGAGACCGACTTCATCAGTCTTAAATCTTCACAGGTTTCCGCTTTTTCTTGCTTTCGTTGCTCGCAAGGGTTTTGGGGCTCTGACTCGAATCGCGTATCATTGAAGAGTTGTTTTTAAGTGCCGTTTTGGCTTCTAATACCTAGCTACCCTCGAAGCTGTCATTATTCTCAGCTTGTTGACTGTTT
CTTCTTCGAAATCCGCGGTGATTTAGCGGCTTTTGGTACAGTTTACTGTTTCTTCTTCGACGGACTTTTAGCGGCCGTCATTTGCAGTCATGCATGCTCCGGTTCTCGTTCTGAATGATTCTGTAAAGCGCGAGACTGGTAATAGGGTGCACCATGGAAATATTCAAGCATCAAAGGCTGTTGCCGATATTATTCGAACC
ACTTTAGGTCCTCGTTCTATGTTAAAGATGCTACTTGATGCATCAGGAGGTATTTGCAGAGATTGTCTTTGAAGCACTAAATATAGTGATTTTTTGTAGCTCAGAAGTCAATGACTTTGGCATATTTCAAATCATATTTACTGAGTTCTTTTGCAGAGATCATCCTGAAGTACTAAATATAGTGATGTATTTGTAGCTTA
GTAGCCAACGACTTTGGTCTATTTCATATCATATATGGGGAGTTATTTTTTGATTTTTATTACAAATTTACTTATGCCTCTAGACTTGATGGGAAAATTTTGTCTATTGACTTTCTATTATATACTGAATTTTTCACTTTTTTGTGCAATATATGTATACCTCTTTGGGATATGCTTTCCGATACTTGTAAGATGTCAAC
AAGCTTTGAGAGCTTATTTGGACTTGGGAATGGAACTCTTGTTTGCCTAGGTGCATGGAAAATCAGTAATCTTTATGCTTCAGCTCATGAATTTGGTACATTCCATTCAACAATTAATGCATCGTATAAGTTCTTTACTTAACGACCTACAGGGATGAAGGGCTATTCTGTGCACTGTGATTCCAATATTCCAATAGCCC
TTTATTACTTTTTAGTATTTACATGCCTTAGAAGCTCCCTAGAGGGTTTTTGATTGTTTCTTCAATTACCTGGTAATGACCTGTAGGTGAGTTCTAGTTTCATTTTTGCGAGTTTCAGAGTCTAGTGTGCAATTGAAATTCCAATGGTAGTTGCTTCTTTCACTTGTTAGAGGTGATTTCATTATTTGAATAATGTATGC
ATGCAAACTTCAAAGCTGTAGTTTTACTTTATATGATTCAATTCCTGTATTTTCCCGATGTCATGGTTAAATCATATAACCGGATATATTTGCTTGGTTACTATGAAGAGTATGAATTTATTGATATTCCTAGCTTATTATTGTATGTAACAGGTATTGTGGTTACAAATGATGGTAATGCCATCTTGCGGGAGTTGGAT
TTGGCACATCCAGCTGCAAAGTCTATGATCGAATTAAGTCGCACTCAGGATGAGGAAGTAGGTGATGGAACGACATCTGTGATTGTGCTAGCTGGTGAGATGCTGCATGTAGCTGAAGCTTTCATTGACAAGGCTTTTCATCCTACTGTAATTTGCAGAGCCTACAGTAAAGCTCTCGAGGATGCTATTGCTGTTCTTGA
CAAGATTGCTATTCCTATTGATGTGAATGACCGTCCAACAATGTTGAAAATGGTTAAAAGCTGTATTGGCACAAAATTTACTGGCCAATTTGGAGACCTCATTGCGGATATGGCAATTGATGCAACTACTACTGTGGGTGTTGATCTTGGGAATGGGTTACGTGATGTTGATATAAAGAAGTATGTTAAAGTTGAGAAGG
TTCCTGGAGGACAGTTAGAAGATTCTAAGGTTCTCAAGGGTGTTATGTTCAACAAAGATGTGGTAGCACCTGGTAAAATGAGGAGAAAAATTGTCAATCCTCGAATCATTCTTTTGGACTGTCCGCTTGAGTACAAAAAGGGAGAAAACATGACAAATGCAGAATTAATTAGAGAAGATGACTGGGGTGTTCTACTGAAG
ATGGAAGAGGATTATATTGAAAAAATATGTATGCAAATTTTATGTTTCAAGCCAGATTTAGTAATCACTGAAAAGGGGCTTAGTGATCTTGCTGCTCACTACTTGAGTAAAGCAGGAGTTAGTGCAATCAGAAGACTAAGGAAAACGGATAACAATAGAATTGCTAAAGCTTGTGGAGCTACAGTTGTAAACAGACCAGA
GGAACTGCAAGAAAGTGATGTTGGAACTGGGGCAGGATTGTTTGAGGTCCAAAAGATTGGGGATGAGTATTTTACTTATATTGTTGAGTGCAAGGATCCAAAAGCTTGCACAGTTCTTTTGAGAGGTGCCAGCAAAGACCTATTAAACGAGGTTGAACGAAATTTGCAGGATGCCATGTCTGTAGCCCGAAACATGATCA
AGAATCCAAAGCTTGTTCCGGGTGGTGGTGCAACAGAACTTACAGTATCAGCAACTTTGAAACAAAAGAGTTCATCCGTTGAGGGCATAGACAAGTGGCCTTATGAAGCCGTGGCTTTAGCTTTTGAGTCAATTCCAAGAACTTTGGCCCAGAATTGTGGCGTGAACGTCATTAGAACCATGACAGCATTGCAAGCAAAG
CATGCCAATGGGGAAAATGTATGGACTGGGATAGATGGCAACACAGGAGCAATCACTGACATGAAAGAGCGTGGGATATGGGATGCTTATAATGTGAAGGCCCAAACCTTCAAAACAGCAATTGAGGCAGCGTGCATGCTTCTTAGAATTGATGATATTGTAAGCGGAATAAAGAAGAAACAAGCTCCAGGCAGTTCAGC
AGCAGCAAAACCTCAAGTGGAGGATGAAAAGGACGTTGACAGTGAGCAGATGATTCCAGAATAATGAGATATCTTTTTACAATTAAGTCAAGCTTGTCAACTCCATCACTGTTCATTATGCTTTGGATGATGATGCTTATGTCAACGAGTAATAACACTTATTAATGAATTCAAGCGGCATGTCCAAGGAATTCGTTTTG
GAATGATGAATGCAATGAGAGGAAAGGGAGGGGTGTGTGTGAGTTTGTGAGTACATTGCAAATTTTCAAGGGGTTTTGTTCTCTAATTTTTACTTGCAGATGGGTGGTAAGCATGCATTTATTTTAGACTACAACTTATTATAGTCGATAGAACAATTGCAGTTTCCGGCCTACTGCTGCTATCATTTCATAGAACATGA
AATATTTTTGCACAGCGTTAACAGTTTTGCCCATGGAAAAGCCAGAATACATTTTAAACAATGTATTTCTAGTTTTTTGCAATGAGTTTATAGAATCCGATGTCAAGAATTTGACAAACAATATGGGTTATTAATAGATGTTCATTGTATTTATAAAGTATTAAGTAGATTGTTATCCCATAATTTCAGTATATTCAACT
CTG

>TRINITY_DN107587_c0_g2_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTCAAGTAGTTTGAGTTGTAATCGTCATATTTATAGCTGTGATTATGTGCATGTTTTCTCCATTTCTTTTTGTGCACTTTCCAATTGCTTTTTGACAGTTTTATTAGTCTAGCTCTGAATTGTTCTTTATTCTTGTAGCATGCCAATGGGGAAAATGTATGGACTGGGATAGATGGCAACACAGGAGCAATCACTGACAT
GAAAGAGCGTGGGgtatgcaaattgaacagatgttttggatctttccaaaattatatagtttatgcaaatgctttaacgattgttttcttcctcagATATGGGATGCTTATAATGTGAAGGCCCAAACCTTCAAAACAGCAATTGAGGCAGCGTGCATGCTTCTTAGAATTGATGATATTGTAAGCGGAATAAAGAAGAA
ACAAGCTCCAGGCAGTTCAGCAGCAGCAAAACCTCAAGTGGAGGATGAAAAGGACGTTGACAGTGAGCAGATGATTCCAGAATAATGAGATATCTTTTTACAATTAAGTCAAGCTTGTCAACTCCATCACTGTTCATTATGCTTTGGATGATGATGCTTATGTCAACGAGTAATAACACTTATTAATGAATTCAAGCGGC
ATGTCCAAGGAATTCGTTTTGGAATGATGAATGCAATGAGAGGAAAGGGAGGGGTGTGTGTGAGTTTGTGAGTACATTGCAAATTTTCAAGGGGTTTTGTTCTCTAATTTTTACTTGCAGATGGGTGGTAAGCATGCATTTATTTTAGACTACAACTTATTATAGTCGATAGAACAATTGCAGTTTCCGGCCTACTGCTG
CTATCATTTCATAGAACATGAAATATTTTTGCACAGCGTTAACAGTTTTGCCCATGGAAAAGCCAGAATACATTTTAAACAATGTATTTCTAGTTTTTTGCAATGAGTTTATAGAATCCGATGTCAAGAATTTGACAAACAATATGGGTTATTAATAGATGTTCATTGTATTTATAAAGTATTAAGTAGATTGTTATCCC
ATAATTTCAGTATATTCAACTCTG

Intron 2 GTAACTCAAA ... TTTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.98	300	33.5	79
A2	17.37	297.5	29.5	62
A3	18.38	344	26.5	77
A4	19.29	308.3	28.5	73
A5	20.88	122.8	18	32
A6	20.23	215.5	21.5	54
A7	16.81	568.3	49.5	114
A8	16.8	378.3	31	76
A9	16.45	576	65	112
A10	18.65	578.3	62	131

>TRINITY_DN112680_c0_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGAATGCATTTAAATAATTTAATAGAGAATTTGCAGAGTTGTCAGTTTGCCTTTTGGATGGTTAAATAATTCAATTGTGCTCTGGTCAAGGCTGAGTTTCTTTTTCTATTTCACACCTTTTGGCAGCTGGTGAGATGCTGCATGTAGCTGAAGCTTTCATTGACAAGGCTTTTCATCCTACTGTAATTTGCAGAGCCT
ACAGTAAAGCTCTCGAGGATGCTATTGCTGTTCTTGACAAGATTGCTATTCCTATTGATGTGAATGACCGTCCAACAATGTTGAAAATGGTTAAAAGCTGTATTGGCACAAAATTTACTGGCCAATTTGGAGACCTCATTGCGGATATGGCAATTGATGCAACTACTACTGTGGGTGTTGATCTTGGGAATGGGTTACGT
GATGTTGATATAAAGAAGTATGTTAAAGTTGAGAAGGTTCCTGGAGGACAGTTAGAAGATTCTAAGGTTCTCAAGGGTGTTATGTTCAACAAAGATGTGGTAGCACCTGGTAAAATGAGGAGAAAAATTGTCAATCCTCGAATCATTCTTTTGGACTGTCCGCTTGAGTACAAAAAGGGAGAAAACATGACAAATGCAGA
ATTAATTAGAGAAGATGACTGGGGTGTTCTACTGAAGATGGAAGAGGATTATATTGAAAAAATATGTATGCAAATTTTATGTTTCAAGCCAGATTTAGTAATCACTGAAAAGGGGCTTAGTGATCTTGCTGCTCACTACTTGAGTAAAGCAGGAGTTAGTGCAATCAGAAGACTAAGGAAAACGGATAACAATAGAATTG
CTAAAGCTTGTGGAGCTACAGTTGTAAACAGACCAGAGGAACTGCAAGAAAGTGATGTTGGAACTGGGGCAGGATTGTTTGAGGTCCAAAAGATTGGGGATGAGTATTTTACTTATATTGTTGAGTGCAAGGATCCAAAAGCTTGCACAGTTCTTTTGAGAGGTGCCAGCAAAGACCTATTAAACGAGGTTGAACGAAAT
TTGCAGGATGCCATGTCTGTAGCCCGAAACATGATCAAGAATCCAAAGCTTGTTCCGGGTGGTGGTGCAACAGAACTTACAGTATCAGCAACTTTGAAACAAAAGAGTTCATCCGTTGAGGGCATAGACAAGTGGCCTTATGAAGCCGTGGCTTTAGCTTTTGAGTCAATTCCAAGAACTTTGGCCCAGAATTGTGGCGT
GAACGTCATTAGAACCATGACAGCATTGCAAGCAAAGCATGCCAATGGGGAAAATGTATGGACTGGGATAGATGGCAACACAGGAGCAATCACTGACATGAAAGAGCGTGGGATATGGGATGCTTATAATGTGAAGGCCCAAACCTTCAAAACAGCAATTGAGGCAGCGTGCATGCTTCTTAGAATTGATGATATTGTAA
GCGGAATAAAGAAGAAACAAGCTCCAGGCAGTTCAGCAGCAGCAAAACCTCAAGTGGAGGATGAAAAGGACGTTGACAGTGAGCAGATGATTCCAGAATAATGAGATATCTTTTTACAATTAAGTCAAGCTTGTCAACTCCATCACTGTTCATTATGCTTTGGATGATGATGCTTATGTCAACGAGTAATAACACTTATT
AATGAATTCAAGCGGCATGTCCAAGGAATTCGTTTTGGAATGATGAATGCAATGAGAGGAAAGGGAGGGGTGTGTGTGAGTTTGTGAGTACATTGCAAATTTTCAAGGGGTTTTGTTCTCTAATTTTTACTTGCAGATGGGTGGTAAGCATGCATTTATTTTAGACTACAACTTATTATAGTCGATAGAACAATTGCAGT
TTCCGGCCTACTGCTGCTATCATTTCATAGAACATGAAATATTTTTGCACAGCGTTAACAGTTTTGCCCATGGAAAAGCCAGAATACATTTTAAACAATGTATTTCTAGTTTTTTGCAATGAGTTTATAGAATCCGATGTCAAGAATTTGACAAACAATATGGGTTATTAATAGATGTTCATTGTATTTATAAAGTATTA
AGTAGATTGTTATCCCATAATTTCAGTATATTCAACTCTGGTCATTGTGACAAACATATGCCTGT

>TRINITY_DN112680_c0_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTGTTGCCGATATTATTCGAACCACTTTAGGTCCTCGTTCTATGTTAAAGATGCTACTTGATGCATCAGGAGGTATTGTGGTTACAAATGATGGTAATGCCATCTTGCGGGAGTTGGATTTGGCACATCCAGCTGCAAAGTCTATGATCGAATTAAGTCGCACTCAGGATGAGGAAGTAGGTGATGGAACGACATCTGTG
ATTGTGCTAGCTGGTGAGATGCTGCATGTAGCTGAAGCTTTCATTGACAAGGCTTTTCATCCTACTGTAATTTGCAGAGgtaactcaaatcttttaagtctagttatgttcattcatggtatttttgcaagtttaaaatttgtaatatatcatctttaagagttatctgaaagtacagttaagtaaatttgagtcttttt
gtgcagCCTACAGTAAAGCTCTCGAGGATGCTATTGCTGTTCTTGACAAGATTGCTATTCCTATTGATGTGAATGACCGTCCAACAATGTTGAAAATGGTTAAAAGCTGTATTGGCACAAAATTTACTGGCCAATTTGGAGACCTCATTGCGGATATGGCAATTGATGCAACTACTACTGTGGGTGTTGATCTTGGGAAT
GGGTTACGTGATGTTGATATAAAGAAGTATGTTAAAGTTGAGAAGGTTCCTGGAGGACAGTTAGAAGATTCTAAGGTTCTCAAGGGTGTTATGTTCAACAAAGATGTGGTAGCACCTGGTAAAATGAGGAGAAAAATTGTCAATCCTCGAATCATTCTTTTGGACTGTCCGCTTGAGTACAAAAAGGGAGAAAACATGAC
AAATGCAGAATTAATTAGAGAAGATGACTGGGGTGTTCTACTGAAGATGGAAGAGGATTATATTGAAAAAATATGTATGCAAATTTTATGTTTCAAGCCAGATTTAGTAATCACTGAAAAGGGGCTTAGTGATCTTGCTGCTCACTACTTGAGTAAAGCAGGAGTTAGTGCAATCAGAAGACTAAGGAAAACGGATAACA
ATAGAATTGCTAAAGCTTGTGGAGCTACAGTTGTAAACAGACCAGAGGAACTGCAAGAAAGTGATGTTGGAACTGGGGCAGGATTGTTTGAGGTCCAAAAGATTGGGGATGAGTATTTTACTTATATTGTTGAGTGCAAGGATCCAAAAGCTTGCACAGTTCTTTTGAGAGGTGCCAGCAAAGACCTATTAAACGAGGTT
GAACGAAATTTGCAGGATGCCATGTCTGTAGCCCGAAACATGATCAAGAATCCAAAGCTTGTTCCGGGTGGTGGTGCAACAGAACTTACAGTATCAGCAACTTTGAAACAAAAGAGTTCATCCGTTGAGGGCATAGACA

Intron 3 GTATTTGCAG ... TATGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.88	356	59	96
A2	17.65	357	46	107
A3	19.26	392	78	109
A4	16.68	402	67	94
A5	16.67	185	33	41
A6	17.02	295	48	73
A7	17.34	615	125	133
A8	17.88	326	63	79
A9	17.84	608	148	116
A10	17.72	571	126	120

>TRINITY_DN107587_c0_g2_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

AAAAGGTACTTAAAAGAGACCGACTTCATCAGTCTTAAATCTTCACAGGTTTCCGCTTTTTCTTGCTTTCGTTGCTCGCAAGGGTTTTGGGGCTCTGACTCGAATCGCGTATCATTGAAGAGTTGTTTTTAAGTGCCGTTTTGGCTTCTAATACCTAGCTACCCTCGAAGCTGTCATTATTCTCAGCTTGTTGACTGTTT
CTTCTTCGAAATCCGCGGTGATTTAGCGGCTTTTGGTACAGTTTACTGTTTCTTCTTCGACGGACTTTTAGCGGCCGTCATTTGCAGTCATGCATGCTCCGGTTCTCGTTCTGAATGATTCTGTAAAGCGCGAGACTGGTAATAGGGTGCACCATGGAAATATTCAAGCATCAAAGGCTGTTGCCGATATTATTCGAACC
ACTTTAGGTCCTCGTTCTATGTTAAAGATGCTACTTGATGCATCAGGAGGTATTGTGGTTACAAATGATGGTAATGCCATCTTGCGGGAGTTGGATTTGGCACATCCAGCTGCAAAGTCTATGATCGAATTAAGTCGCACTCAGGATGAGGAAGTAGGTGATGGAACGACATCTGTGATTGTGCTAGCTGGTGAGATGCT
GCATGTAGCTGAAGCTTTCATTGACAAGGCTTTTCATCCTACTGTAATTTGCAGAGCCTACAGTAAAGCTCTCGAGGATGCTATTGCTGTTCTTGACAAGATTGCTATTCCTATTGATGTGAATGACCGTCCAACAATGTTGAAAATGGTTAAAAGCTGTATTGGCACAAAATTTACTGGCCAATTTGGAGACCTCATTG
CGGATATGGCAATTGATGCAACTACTACTGTGGGTGTTGATCTTGGGAATGGGTTACGTGATGTTGATATAAAGAAGTATGTTAAAGTTGAGAAGGTTCCTGGAGGACAGTTAGAAGATTCTAAGGTTCTCAAGGGTGTTATGTTCAACAAAGATGTGGTAGCACCTGGTAAAATGAGGAGAAAAATTGTCAATCCTCGA
ATCATTCTTTTGGACTGTCCGCTTGAGTACAAAAAGGGAGAAAACATGACAAATGCAGAATTAATTAGAGAAGATGACTGGGGTGTTCTACTGAAGATGGAAGAGGATTATATTGAAAAAATATGTATGCAAATTTTATGTTTCAAGCCAGATTTAGTAATCACTGAAAAGGGGCTTAGTGATCTTGCTGCTCACTACTT
GAGTAAAGCAGGAGTTAGTGCAATCAGAAGACTAAGGAAAACGGATAACAATAGAATTGCTAAAGCTTGTGGAGCTACAGTTGTAAACAGACCAGAGGAACTGCAAGAAAGTGATGTTGGAACTGGGGCAGGATTGTTTGAGGTCCAAAAGATTGGGGATGAGTATTTTACTTATATTGTTGAGTGCAAGGATCCAAAAG
CTTGCACAGTTCTTTTGAGAGGTGCCAGCAAAGACCTATTAAACGAGGTTGAACGAAATTTGCAGGATGCCATGTCTGTAGCCCGAAACATGATCAAGAATCCAAAGCTTGTTCCGGGTGGTGGTGCAACAGAACTTACAGTATCAGCAACTTTGAAACAAAAGAGTTCATCCGTTGAGGGCATAGACAAGTGGCCTTAT
GAAGCCGTGGCTTTAGCTTTTGAGTCAATTCCAAGAACTTTGGCCCAGAATTGTGGCGTGAACGTCATTAGAACCATGACAGCATTGCAAGCAAAGCATGCCAATGGGGAAAATGTATGGACTGGGATAGATGGCAACACAGGAGCAATCACTGACATGAAAGAGCGTGGGATATGGGATGCTTATAATGTGAAGGCCCA
AACCTTCAAAACAGCAATTGAGGCAGCGTGCATGCTTCTTAGAATTGATGATATTGTAAGCGGAATAAAGAAGAAACAAGCTCCAGGCAGTTCAGCAGCAGCAAAACCTCAAGTGGAGGATGAAAAGGACGTTGACAGTGAGCAGATGATTCCAGAATAATGAGATATCTTTTTACAATTAAGTCAAGCTTGTCAACTCC
ATCACTGTTCATTATGCTTTGGATGATGATGCTTATGTCAACGAGTAATAACACTTATTAATGAATTCAAGCGGCATGTCCAAGGAATTCGTTTTGGAATGATGAATGCAATGAGAGGAAAGGGAGGGGTGTGTGTGAGTTTGTGAGTACATTGCAAATTTTCAAGGGGTTTTGTTCTCTAATTTTTACTTGCAGATGGG
TGGTAAGCATGCATTTATTTTAGACTACAACTTATTATAGTCGATAGAACAATTGCAGTTTCCGGCCTACTGCTGCTATCATTTCATAGAACATGAAATATTTTTGCACAGCGTTAACAGTTTTGCCCATGGAAAAGCCAGAATACATTTTAAACAATGTATTTCTAGTTTTTTGCAATGAGTTTATAGAATCCGATGTC
AAGAATTTGACAAACAATATGGGTTATTAATAGATGTTCATTGTATTTATAAAGTATTAAGTAGATTGTTATCCCATAATTTCAGTATATTCAACTCTG

>TRINITY_DN107587_c0_g2_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AAAAGGTACTTAAAAGAGACCGACTTCATCAGTCTTAAATCTTCACAGGTTTCCGCTTTTTCTTGCTTTCGTTGCTCGCAAGGGTTTTGGGGCTCTGACTCGAATCGCGTATCATTGAAGAGTTGTTTTTAAGTGCCGTTTTGGCTTCTAATACCTAGCTACCCTCGAAGCTGTCATTATTCTCAGCTTGTTGACTGTTT
CTTCTTCGAAATCCGCGGTGATTTAGCGGCTTTTGGTACAGTTTACTGTTTCTTCTTCGACGGACTTTTAGCGGCCGTCATTTGCAGTCATGCATGCTCCGGTTCTCGTTCTGAATGATTCTGTAAAGCGCGAGACTGGTAATAGGGTGCACCATGGAAATATTCAAGCATCAAAGGCTGTTGCCGATATTATTCGAACC
ACTTTAGGTCCTCGTTCTATGTTAAAGATGCTACTTGATGCATCAGGAGgtatttgcagagattgtctttgaagcactaaatatagtgattttttgtagctcagaagtcaatgactttggcatatttcaaatcatatttactgagttcttttgcagagatcatcctgaagtactaaatatagtgatgtatttgtagctta
gtagccaacgactttggtctatttcatatcatatatggggagttattttttgatttttattacaaatttacttatgcctctagacttgatgggaaaattttgtctattgactttctattatatactgaatttttcacttttttgtgcaatatatgtatacctctttgggatatgctttccgatacttgtaagatgtcaac
aagctttgagagcttatttggacttgggaatggaactcttgtttgcctaggtgcatggaaaatcagtaatctttatgcttcagctcatgaatttggtacattccattcaacaattaatgcatcgtataagttctttacttaacgacctacagggatgaagggctattctgtgcactgtgattccaatattccaatagccc
tttattactttttagtatttacatgccttagaagctccctagagggtttttgattgtttcttcaattacctggtaatgacctgtaggtgagttctagtttcatttttgcgagtttcagagtctagtgtgcaattgaaattccaatggtagttgcttctttcacttgttagaggtgatttcattatttgaataatgtatgc
atgcaaacttcaaagctgtagttttactttatatgattcaattcctgtattttcccgatgtcatggttaaatcatataaccggatatatttgcttggttactatgaagagtatgaatttattgatattcctagcttattattgtatgtaacagGTATTGTGGTTACAAATGATGGTAATGCCATCTTGCGGGAGTTGGAT
TTGGCACATCCAGCTGCAAAGTCTATGATCGAATTAAGTCGCACTCAGGATGAGGAAGTAGGTGATGGAACGACATCTGTGATTGTGCTAGCTGGTGAGATGCTGCATGTAGCTGAAGCTTTCATTGACAAGGCTTTTCATCCTACTGTAATTTGCAGAGCCTACAGTAAAGCTCTCGAGGATGCTATTGCTGTTCTTGA
CAAGATTGCTATTCCTATTGATGTGAATGACCGTCCAACAATGTTGAAAATGGTTAAAAGCTGTATTGGCACAAAATTTACTGGCCAATTTGGAGACCTCATTGCGGATATGGCAATTGATGCAACTACTACTGTGGGTGTTGATCTTGGGAATGGGTTACGTGATGTTGATATAAAGAAGTATGTTAAAGTTGAGAAGG
TTCCTGGAGGACAGTTAGAAGATTCTAAGGTTCTCAAGGGTGTTATGTTCAACAAAGATGTGGTAGCACCTGGTAAAATGAGGAGAAAAATTGTCAATCCTCGAATCATTCTTTTGGACTGTCCGCTTGAGTACAAAAAGGGAGAAAACATGACAAATGCAGAATTAATTAGAGAAGATGACTGGGGTGTTCTACTGAAG
ATGGAAGAGGATTATATTGAAAAAATATGTATGCAAATTTTATGTTTCAAGCCAGATTTAGTAATCACTGAAAAGGGGCTTAGTGATCTTGCTGCTCACTACTTGAGTAAAGCAGGAGTTAGTGCAATCAGAAGACTAAGGAAAACGGATAACAATAGAATTGCTAAAGCTTGTGGAGCTACAGTTGTAAACAGACCAGA
GGAACTGCAAGAAAGTGATGTTGGAACTGGGGCAGGATTGTTTGAGGTCCAAAAGATTGGGGATGAGTATTTTACTTATATTGTTGAGTGCAAGGATCCAAAAGCTTGCACAGTTCTTTTGAGAGGTGCCAGCAAAGACCTATTAAACGAGGTTGAACGAAATTTGCAGGATGCCATGTCTGTAGCCCGAAACATGATCA
AGAATCCAAAGCTTGTTCCGGGTGGTGGTGCAACAGAACTTACAGTATCAGCAACTTTGAAACAAAAGAGTTCATCCGTTGAGGGCATAGACAAGTGGCCTTATGAAGCCGTGGCTTTAGCTTTTGAGTCAATTCCAAGAACTTTGGCCCAGAATTGTGGCGTGAACGTCATTAGAACCATGACAGCATTGCAAGCAAAG
CATGCCAATGGGGAAAATGTATGGACTGGGATAGATGGCAACACAGGAGCAATCACTGACATGAAAGAGCGTGGGATATGGGATGCTTATAATGTGAAGGCCCAAACCTTCAAAACAGCAATTGAGGCAGCGTGCATGCTTCTTAGAATTGATGATATTGTAAGCGGAATAAAGAAGAAACAAGCTCCAGGCAGTTCAGC
AGCAGCAAAACCTCAAGTGGAGGATGAAAAGGACGTTGACAGTGAGCAGATGATTCCAGAATAATGAGATATCTTTTTACAATTAAGTCAAGCTTGTCAACTCCATCACTGTTCATTATGCTTTGGATGATGATGCTTATGTCAACGAGTAATAACACTTATTAATGAATTCAAGCGGCATGTCCAAGGAATTCGTTTTG
GAATGATGAATGCAATGAGAGGAAAGGGAGGGGTGTGTGTGAGTTTGTGAGTACATTGCAAATTTTCAAGGGGTTTTGTTCTCTAATTTTTACTTGCAGATGGGTGGTAAGCATGCATTTATTTTAGACTACAACTTATTATAGTCGATAGAACAATTGCAGTTTCCGGCCTACTGCTGCTATCATTTCATAGAACATGA
AATATTTTTGCACAGCGTTAACAGTTTTGCCCATGGAAAAGCCAGAATACATTTTAAACAATGTATTTCTAGTTTTTTGCAATGAGTTTATAGAATCCGATGTCAAGAATTTGACAAACAATATGGGTTATTAATAGATGTTCATTGTATTTATAAAGTATTAAGTAGATTGTTATCCCATAATTTCAGTATATTCAACT
CTG

Intron 4 GTGGATATTT ... ATTCTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0.88	224	0	2
A2	2.04	240	0	5
A3	1.97	249	2	5
A4	2.25	174	0	4
A5	0	92	0	0
A6	0.96	620	0	6
A7	0.55	1087	0	6
A8	0.08	1261	0	1
A9	0.38	1046	1	4
A10	0	915	0	0

>TRINITY_DN34460_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

TAGGCATTTTTAAACCCATGAAATCGTTGAATATATCTCATGTGAAAAAATGAATTTTGAAGATCAATAACAAGCATATGTATGTCGTTCACTTTTAAGTAAGACATGCCTTGGGATATTGGATTTGGATTTCTTGCAGGGGTGTTCTACTGAAGATGGAAGAGGATTATATTGAAAAAATATGTATGCAAATTTTATGT
TTCAAGCCAGATTTAGTAATCACTGAAAAGGGGCTTAGTGATCTTGCTGCTCACTACTTGAGTAAAGCAGGAGTTAGTGCAATCAGAAGACTAAGGAAAACGGATAACAATAGAATTGCTAAAGCTTGTGGAGCTACAGTTGTAAACAGACCAGAGGAACTGCAAGAAAGTGATGTTGGAACTGGGGCAGGATTGTTTGA
GGTCCAAAAGATTGGGGATGAGTATTTTACTTATATTGTTGAGTGCAAGGATCCAAAAGCTTGCACAGTTCTTTTGAGAGGTGCCAGCAAAGACCTATTAAACGAGGTTGAACGAAATTTGCAGGATGCCATGTCTGTAGCCCGAAACATGATCAAGAATCCAAAGCTTGTTCCGGGTGGTGGTGCAACAGAACTTACAG
TATCAGCAACTTTGAAACAAAAGAGTTCATCCGTTGAGGGCATAGACAAGTGGCCTTATGAAGCCGTGGCTTTAGCTTTTGAGTCAATTCCAAGAACTTTGGCCCAGAATTGTGGCGTGAACGTCATTAGAACCATGACAGCATTGCAAGCAAAGCATGCCAATGGGGAAAATGTATGGACTGGGATAGATGGCAACACA
GGAGCAATCACTGACATGAAAGAGCGTGGGATATGGGATGCTTATAATGTGAAGGCCCAAACCTTCAAAACAGCAATTGAGGCAGCGTGCATGCTTCTTAGAATTGATGATATTGTAAGCGGAATAAAGAAGAAACAAGCTCCAGGCAGTTCAGCAGCAGCAAAACCTCAAGTGGAGGATGAAAAGGACGTTGACAGTGA
GCAGATGATTCCAGAATAATGAGATATCTTTTTACAATTAAGTCAAGCTTGTCAACTCCATCACTGTTCATTATGCTTTGGATGATGATGCTTATGTCAACGAGTAATAACACTTATTAATGAATTCAAGCGGCATGTCCAAGGAATTCGTTTTGGAATGATGAATGCAATGAGAGGAAAGGGAGGGGTGTGTGTGAGTT
TGTGAGTACATTGCAAATTTTCAAGGGGTTTTGTTCTCTAATTTTTACTTGCAGATGGGTGGTAAGCATGCATTTATTTTAGACTACAACTTATTATAGTCGATAGAACAATTGCAGTTTCCGGCCTACTGCTGCTATCATTTCATAGAACATGAAATATTTTTGCACAGCGTTAACAGTTTTGCCCATGGAAAAGCCAG
AATACATTTTAAACAATGTATTTCTAGTTTTTTGCAATGAGTTTATAGAATCCGATGTCAAGAATTTGACAAACAATATGGGTTATTAATAGATGTTCATTGTATTTATAAAGTATTAAGTAGATTGTTATCCCATAATTTCAGTATTTTCAACTCTGGTCATTGTGACAAACATATGCCTG

>TRINITY_DN34460_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CCATGACAGCATTGCAAGCAAAGgtggatatttgatttgaaagtgctgttcaacttcaaatctttaactgagtcaagtagtttgagttgtaatcgtcatatttatagctgtgattatgtgcatgttttctccatttctttttgtgcactttccaattgctttttgacagttttattagtctagctctgaattgttcttta
ttcttgtagCATGCCAATGGGGAAAATGTATGGACTGGGATAGATGGCAACACAGGAGCAATCACTGACATGAAAGAGCGTGGGGTATGCAAATTGAACAGATGTTTTGGATCTTTCCAAAATTATATAGTTTATGCAAATGCTTTAACGATTGTTTTCTTCCTCAGATATGGGATGCTTATAATGTGAAGGCCCAAACC
TTCAAAACAGCAATTGAGGCAGCGTGCATGCTTCTTAGAATTGATGATATTGTAAGCGGAATAAAGAAGAAACAAGCTCCAGGCAGTTCAGCAGCAGCAAAACCTCAAGTGGAGGATGAAAAGGACGTTGACAGTGAGCAGATGATTCCAGAATAATGAGATATCTTTTTACAATTAAGTCAAGCTTGTCAACTCCATCA
CTGTTCATTATGCTTTGGATGATGATGCTTATGTCAACGAGTAATAACACTTATTAATGAATTCAAGCGGCATGTCCAAGGAATTCGTTTTGGAATGATGAATGCAATGAGAGGAAAGGGAGGGGTGTGTGTGAGTTTGTGAGTACATTGCAAATTTTCAAGGGGTTTTGTTCTCTAATTTTTACTTGCAGATGGGTGGT
AAGCATGCATTTATTTTAGACTACAACTTATTATAGTCGATAGAACAATTGCAGTTTCCGGCCTACTGCTGCTATCATTTCATAGAACATGAAATATTTTTGCACAGCGTTAACAGTTTTGCCCATGGAAAAGCCAGAATACATTTTAAACAATGTATTTCTAGTTTTTTGCAATGAGTTTATAGAATCCGATGTCAAGA
ATTTGACAAACAATATGGGTTATTAATAGATGTTCATTGTATTTATAAAGTATTAAGTAGATTGTTATCCCATAATTTCAGTATTTTCAACTCTGGTCATTGTGACAAACATATGCCTG

Intron 5 GTAAGTTTAT ... TTATTTGTAG

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A8	23.05	404	0	121
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A10	21.63	558	0	154

>TRINITY_DN95474_c0_g3_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

AAGAGACCGACTTCATCAGTCTTAAATCTTCACAGGTTTCCGCTTTTTCTTGCTTTCGTTGCTCGCAAGGGTTTTGGGGCTCTGACTCGAATCGCGTATCATTGAAGAGTTGTTTTTAAGTGCCGTTTTGGCTTCTAATACCTAGCTACCCTCGAAGCTGTCATTATTCTCAGCTTGTTGACTGTTTCTTCTTCGAAATC
CGCGGTGATTTAGCGGCTTTTGGTACAGTTTACTGTTTCTTCTTCGACGGACTTTTAGCGGCCGTCATTTGCAGTCATGCATGCTCCGGTTCTCGTTCTGAATGATTCTGTAAAGCGCGAGACTGGTAATAGGGTGCACCATGGAAATATTCAAGCATCAAAGGCTGTTGCCGATATTATTCGAACCACTTTAGGTCCTC
GTTCTATGTTAAAGATGCTACTTGATGCATCAGGAGGTATTGTGGTTACAAATGATGGTAATGCCATCTTGCGGGAGTTGGATTTGGCACATCCAGCTGCAAAGTCTATGATCGAATTAAGTCGCACTCAGGATGAGGAAGTAGGTGATGGAACGACATCTGTGATTGTGCTAGCTGGTGAGATGCTGCATGTAGCTGAA
GCTTTCATTGACAAGGCTTTTCATCCTACTGTAATTTGCAGAGCCTACAGTAAAGCTCTCGAGGATGCTATTGCTGTTCTTGACAAGATTGCTATTCCTATTGATGTGAATGACCGTCCAACAATGTTGAAAATGGTTAAAAGCTGTATTGGCACAAAATTTACTGGCCAATTTGGAGACCTCATTGCGGATATGGCAAT
TGATGCAACTACTACTGTGGGTGTTGATCTTGGGAATGGGTTACGTGATGTTGATATAAAGAAGTATGTTAAAGTTGAGAAGGTTCCTGGAGGACAGTTAGAAGATTCTAAGGTTCTCAAGGGTGTTATGTTCAACAAAGATGTGGTAGCACCTGGTAAAATGAGGAGAAAAATTGTCAATCCTCGAATCATTCTTTTGG
ACTGTCCGCTTGAGTACAAAAAGGGAGAAAACATGACAAATGCAGAATTAATTAGAGAAGATGACTGGGGTGTTCTACTGAAGATGGAAGAGGATTATATTGAAAAAATATGTATGCAAATTTTATGTTTCAAGCCAGATTTAGTAATCACTGAAAAGGGGCTTAGTGATCTTGCTGCTCACTACTTGAGTAAAGCAGGA
GTTAGTGCAATCAGAAGACTAAGGAAAACGGATAACAATAGAATTGCTAAAGCTTGTGGAGCTACAGTTGTAAACAGACCAGAGGAACTGCAAGAAAGTGATGTTGGAACTGGGGCAGGATTGTTTGAGGTCCAAAAGATTGGGGATGAGTATTTTACTTATATTGTTGAGTGCAAGGATCCAAAAGCTTGCACAGTTCT
TTTGAGAGGTGCCAGCAAAGACCTATTAAACGAGGTTGAACGAAATTTGCAGGATGCCATGTCTGTAGCCCGAAACATGATCAAGAATCCAAAGCTTGTTCCGGGTGGTGGTGCAACAGAACTTACAGTATCAGCAACTTTGAAACAAAAGAGTTCATCCGTTGAGGGCATAGACAAGTGGCCTTATGAAGCCGTGGCTT
TAGCTTTTGAGTCAATTCCAAGAACTTTGGCCCAGAATTGTGGCGTGAACGTCATTAGAACCATGACAGCATTGCAAGCAAAGCATGCCAATGGGGAAAATGTATGGACTGGGATAGATGGCAACACAGGAGCAATCACTGACATGAAAGAGCGTGGGATATGGGATGCTTATAATGTGAAGGCCCAAACCTTCAAAACA
GCAATTGAGGCAGCGTGCATGCTTCTTAGAATTGATGATATTGTAAGCGGAATAAAGAAGAAACAAGCTCCAGGCAGTTCAGCAGCAGCAAAACCTCAAGTGGAGGATGAAAAGGACGTTGACAGTGAGCAGATGATTCCAGAATAATGAGATATCTTTTTACAATTAAGTCAAGCTTGTCAACTCCATCACTGTTCATT
ATGCTTTGGATGATGATGCTTATGTCAACGAGTAATAACACTTATTAATGAATTCAAGCGGCATGTCCAAGGAATTCGTTTTGGAATGATGAATGCAATGAGAGGAAAGGGAGGGGTGTGTGTGAGTTTGTGAGTACATTGCAAATTTTCAAGGGGTTTTGTTCTCTAATTTTTACTTGCAGATGGGTGGTAAGCATGCA
TTTATTTTAGACTACAACTTATTATAGTCGATAGAACAATTGCAGTTTCCGGCCTACTGCTGCTATCATTTCATAGAACATGAAATATTTTTGCACAGCGTTAACAGTTTTGCCCATGGAAAAGCCAGAATACATTTTAAACAATGTATTTCTAGTTTTTTGCAATGAGTTTATAGAATCCGATGTCAAGAATTTGACAA
ACAATATGGGTTATTAATAGATGTTCATTGTATTTATAAAGTATTAAGTAGATTGTTATCCCATAATTTCAGTATTTTCAACTCTGGTC

>TRINITY_DN95474_c0_g3_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTCCTATTGATGTGAATGACCgtaagtttattggcctatcctgagcaaataatgatattgatttattttatgatatctttgatattcaacttatcaattaaatgataagtatcactgattttatcaattatatttatttatttttgattagttatttcttaatgaaagtgtagaatgatttttttttttaaattttcccc
tcaaagtagagatgtgaatgccaattgcatcttaggataatgcgaactataatgttaagcatcgactctgtgtaagtgcagaatgaaattctttagtttctctcaacagttgagatgtctgtcacttgcattttagaataacggcagaaataatatctttaatttcccttcacaatagagatatgactgccaattgcatt
ttaggataatgtcaactatgatgtaaagtgctgtaagtgcagaatgaagatttttagttttttgctacagttgagatatctctgccacttgcattttaggataatggcaactatgatgggaaacactgacagtttaatgatttactgttggcttaagtaagccactaatttgatcttttctggttggaagcagttttcag
tttctgttaccatagcagttttttttgacctttggttttcctccagtgttcctgtcattttcattcagttgaaatgtttcacacatagtacacaattgaaactgcacggttttgaattttcatgtaacatgtctttttatttttgtaataaaagtagttgtatgcaattattggcatcttactttgttgcatttatttgt
agGTCCAACAATGTTGAAAATGGTTAAAAGCTGTATTGGCACAAAATTTACTGGCCAATTTGGAGACCTCATTGCGGATATGGCAATTGATGCAACTACTACTGTGGGTGTTGATCTTGGGAATGGGTTACGTGATGTTGATATAAAGAAGTATGTTAAAGTTGAGAAGGTTCCTGGAGGACAGTTAGAAGATTCTAAGG
TTCTCAAGGGTGTTATGTTCAACAAAGATGTGGTAGCACCTGGTAAAATGAGGAGAAAAATTGTCAATCCTCGAATCATTCTTTTGGACTGTCCGCTTGAGTACAAAAAGGGAGAAAACATGACAAATGCAGAATTAATTAGAGAAGATGACTGGGGTGTTCTACTGAAGATGGAAGAGGATTATATTGAAAAAATATGT
ATGCAAATTTTATGTTTCAAGCCAGATTTAGTAATCACTGAAAAGGGGCTTAGTGATCTTGCTGCTCACTACTTGAGTAAAGCAGGAGTTAGTGCAATCAGAAGACTAAGGAAAACGGATAACAATAGAATTGCTAAAGCTTGTGGAGCTACAGTTGTAAACAGACCAGAGGAACTGCAAGAAAGTGATGTTGGAACTGG
GGCAGGATTGTTTGAGGTCCAAAAGATTGGGGATGAGTATTTTACTTATATTGTTGAGTGCAAGGATCCAAAAGCTTGCACAGTTCTTTTGAGAGGTGCCAGCAAAGACCTATTAAACGAGGTTGAACGAAATTTGCAGGATGCCATGTCTGTAGCCCGAAACATGATCAAGAATCCAAAGCTTGTTCCGGGTGGTGGTG
CAACAGAACTTACAGTATCAGCAACTTTGAAACAAAAGAGTTCATCCGTTGAGGGCATAGACAAGTGGCCTTATGAAGCCGTGGCTTTAGCTTTTGAGTCAATTCCAAGAACTTTGGCCCAGAATTGTGGCGTGAACGTCATTAGAACCATGACAGCATTGCAAGCAAAGCATGCCAATGGGGAAAATGTATGGACTGGG
ATAGATGGCAACACAGGAGCAATCACTGACATGAAAGAGCGTGGGATATGGGATGCTTATAATGTGAAGGCCCAAACCTTCAAAACAGCAATTGAGGCAGCGTGCATGCTTCTTAGAATTGATGATATTGTAAGCGGAATAAAGAAGAAACAAGCTCCAGGCAGTTCAGCAGCAGCAAAACCTCAAGTGGAGGATGAAAA
GGACGTTGACAGTGAGCAGATGATTCCAGAATAATGAGATATCTTTTTACAATTAAGTCAAGCTTGTCAACTCCATCACTGTTCATTATGCTTTGGATGATGATGCTTATGTCAACGAGTAATAACACTTATTAATGAATTCAAGCGGCATGTCCAAGGAATTCGTTTTGGAATGATGAATGCAATGAGAGGAAAGGGAG
GGGTGTGTGTGAGTTTGTGAGTACATTGCAAATTTTCAAGGGGTTTTGTTCTCTAATTTTTACTTGCAGATGGGTGGTAAGCATGCATTTATTTTAGACTACAACTTATTATAGTCGATAGAACAATTGCAGTTTCCGGCCTACTGCTGCTATCATTTCATAGAACATGAAATATTTTTGCACAGCGTTAACAGTTTTGC
CCATGGAAAAGCCAGAATACATTTTAAACAATGTATTTCTAGTTTTTTGCAATGAGTTTATAGAATCCGATGTCAAGAATTTGACAAACAATATGGGTTATTAATAGATGTTCATTGTATTTATAAAGTATTAAGTAGATTGTTATCCCATAATTTCAGTATTTTCAACTCTGGTC