sp|Q8VYJ2|AHL1_ARATH ----> AT-hook motif nuclear-localized protein 1
Intron 1 GTATTTCGAG ... AGGTTGGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.16 | 57 | 40.6 | 24 |
| A2 | 33.68 | 63 | 41 | 23 |
| A3 | 36.96 | 71 | 44.3 | 39 |
| A4 | 29.08 | 53.1 | 23.6 | 20 |
| A5 | 33.85 | 43 | 32 | 12 |
| A6 | 27.31 | 115.8 | 50 | 37 |
| A7 | 31.03 | 154 | 71.6 | 67 |
| A8 | 26.92 | 76 | 36 | 20 |
| A9 | 29.65 | 112 | 42.4 | 52 |
| A10 | 28.55 | 124.6 | 55.6 | 44 |
>TRINITY_DN116366_c3_g2_i10 from sample A1 / Example spliced isoformTTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAATAAAAAAGA
AATTTTTAGAAATTTGAAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGGG
GCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGCG
GCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCTT
TGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCGCCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGATA
ATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTTTAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTGT
GTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTC
GGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGTCAATGGCTTGGACAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGATAACTGGGGCGTTAGGATTGGTTGGGGTCAATACAAACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCAAGCAAAAGTTGGAAACTGACT
AATATTACTAATAGTCTTCCAGAACAGGATGCAAAAGCTGTTATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCTTCGACACAGGCCTTGCACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCTAA
TTTGTATTGCTATTAATGTGTGGATTTTAGTTTTATTTGTAACCCTTGAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTATGTTGGAGCAGTGGCCAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCTCA
AAGTTTAAACCATACAGACATATTTATCTGCGCTTCAGTTTATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATGAA
CTGCACACTCTACGTTTTCCTTCTTATTGATCTAGCAG
>TRINITY_DN116366_c3_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAATAAAAAAGA
AATTTTTAGAAATTTGAAGgtatttcgagaaatttaatggtaatttgaagaaatttaaaggtattttcagtaggttcgggtttgttgctaaatttgttgtaggttggtagGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATA
CAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTT
Intron 2 GTAAGATTAC ... TGATGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.91 | 64 | 1 | 30 |
| A2 | 25.45 | 41 | 0 | 14 |
| A3 | 34.07 | 60 | 0 | 31 |
| A4 | 28.21 | 56 | 0 | 22 |
| A5 | 21.88 | 25 | 0 | 7 |
| A6 | 24.91 | 205 | 0 | 68 |
| A7 | 22.71 | 211 | 0 | 62 |
| A8 | 25.62 | 151 | 0 | 52 |
| A9 | 29.79 | 165 | 0 | 70 |
| A10 | 29.68 | 109 | 0 | 46 |
>TRINITY_DN116366_c3_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformTTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAATAAAAAAGA
AATTTTTAGAAATTTGAAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTGTGAGTGCATTGTGTTTTATTTATTCTCCTGCTCCTCTTTATTTT
TTTGAATGCCTGGTATTTTTCTGGCGGCATTGGAAAACAGAGTCTTTTTTTTGAAATGCGCCTCTGAAATGGCGGTTACTGGAAGTAACAGCAGCAGAAGTAGTGTTGTTTTAGCTGAACATTTAAGTGGAAAACGGAGGCTCTGTAGCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGG
GGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGC
GGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCT
TTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCGCCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGAT
AATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTTTAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTG
TGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCT
CGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGGTAGTCCTCCATTGAATCAAAATACTGGGGGTTCAGCTATTAGTAATACTAATCAACAACCAATTCACAACATGACTTCTTTTCAGTCAATGGCTTGGACAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGATA
ACTGTACGTAGACTTGAACTCTTTTTTACAAGAAAGATTTTGTTCCTTTTCTCAGATTTAGCAGACTGACTACAGGGGGCGTTAGGATTGGTTGGGGTCAATACAAACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCAAGCAAAAGTTGGAAACTGACTAATATTACTAATAGTCTTCCAGAACAGGATGCAAAAGCTGT
TATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCTTCGACACAGGCCTTGCACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCTAATTTGTATTGCTATTAATGTGTGGATTTTAGTTTTATTTGTA
ACCCTTGAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTATGTTGGAGCAGTGGCCAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCTCAAAGTTTAAACCATACAGACATATTTATCTGCGCTTCAGTTT
ATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATGAACTGCACACTCTACGTTTTCCTTCTTATTGATCTAGCAG
>TRINITY_DN116366_c3_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGgtaagattacaagtttgacttctttttatagcgtcattttgtgatcacttctaagatttaatatgtccaggctgtattgatgtgcagGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGC
ATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAG
Intron 3 GTAGTCCTCC ... GCTTGGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.66 | 11.3 | 22 | 21 |
| A2 | 43.78 | 17.7 | 14 | 13 |
| A3 | 58.11 | 23.6 | 23 | 40 |
| A4 | 53.51 | 19.6 | 28 | 17 |
| A5 | 54.71 | 9.5 | 16 | 7 |
| A6 | 60.58 | 67.7 | 99 | 107 |
| A7 | 62.67 | 58.6 | 91 | 103 |
| A8 | 54.02 | 77.1 | 90 | 90 |
| A9 | 57.51 | 63.3 | 84 | 84 |
| A10 | 58.94 | 29.1 | 42 | 40 |
>TRINITY_DN45673_c0_g2_i3 from sample A7 / Example spliced isoformGCTGAAAGTTTGCTTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAA
AAAATAAAAAAGAAATTTTTAGAAATTTGAAGGTATTTCGAGAAATTTAATGGTAATTTGAAGAAATTTAAAGGTATTTTCAGTAGGTTCGGGTTTGTTGCTAAATTTGTTGTAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAA
GCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTGTGAGTGCATTGTGTTTTATTTATTCTCCTGCTCCTCTTTATTTTTTTGAATGCCTGGTATTTTTCTGGCGGCATTGGAAAACAGAGTCTTTTTTTTGAAATGCGCCTCTGAAATGGCGGTTACTGGAAGTAACAGCAGCAGAAGTAGT
GTTGTTTTAGCTGAACATTTAAGTGGAAAACGGAGGCTCTGTAGCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGGGGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACA
GCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGCGGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAAC
AGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCTTTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCACCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTT
GGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGATAATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTT
TAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTGTGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAAT
GGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGATAACTGTA
CGTAGACTTGAACTCTTTTTTACAAGAAAGATTTTGTTCCTTTTCTCAGATTTAGCAGACTGACTACAGGGGGCGTTAGGATTGGTTGGGGTCAATACAAACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCAAGCAAAAGTTGGAAACTGACTAATATTACTAATAGTCTTCCAGAACAGGATGCAAAAGCTGTTATTGC
GGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCTTCGACACAGGCCTTGCACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCTAATTTGTATTGCTATTAATGTGTGGATTTTAGTTTTATTTGTAACCCTT
GAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTATGTTGGAGCAGTGGCCAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCTCAAAGTTTAAACCATACAGACATATTTATCTGCGCTTCAGTTTATGTTG
TGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATGAACTGCACACTCTACGTTTTCCTTCTTATTGATCTAGCAGCAAGGATGC
AGATACACATTTGTAACAGTTAGCTGATTAGTGTGGCGAGTTATGTGGATGGCTTATTGTTTAAAATTAGTGGGTG
>TRINITY_DN45673_c0_g2_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:GCTGAAAGTTTGCTTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAA
AAAATAAAAAAGAAATTTTTAGAAATTTGAAGGTATTTCGAGAAATTTAATGGTAATTTGAAGAAATTTAAAGGTATTTTCAGTAGGTTCGGGTTTGTTGCTAAATTTGTTGTAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAA
GCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTGTGAGTGCATTGTGTTTTATTTATTCTCCTGCTCCTCTTTATTTTTTTGAATGCCTGGTATTTTTCTGGCGGCATTGGAAAACAGAGTCTTTTTTTTGAAATGCGCCTCTGAAATGGCGGTTACTGGAAGTAACAGCAGCAGAAGTAGT
GTTGTTTTAGCTGAACATTTAAGTGGAAAACGGAGGCTCTGTAGCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGGGGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACA
GCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGCGGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAAC
AGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCTTTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCACCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTT
GGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGATAATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTT
TAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTGTGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAAT
GGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGgtagtcctccattgaatcaaaatactgggggttcagctattagtaatactaatcaacaaccaattcacaa
catgacttcttttcagtcaatggcttggacagGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGATAACTGTACGTAGACTTGAACTCTTTTTTACAAGAAAGATTTTGTTCCTTTTCTCAGATTTAGCAGACTGACTACAGGGGGCGTTAGGATTGGTTGGGGTCAATAC
AAACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCAAGCAAAAGTTGGAAACTGACTAATATTACTAATAGTCTTCCAGAACAGGATGCAAAAGCTGTTATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCTTCGACACAGGCCTT
GCACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCTAATTTGTATTGCTATTAATGTGTGGATTTTAGTTTTATTTGTAACCCTTGAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTATGTTGGAGCAGTGGC
CAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCTCAAAGTTTAAACCATACAGACATATTTATCTGCGCTTCAGTTTATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGA
ATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATGAACTGCACACTCTACGTTTTCCTTCTTATTGATCTAGCAGCAAGGATGCAGATACACATTTGTAACAGTTAGCTGATTAGTGTGGCGAGTTATGTGGATGGCTTATTGTTTAAAATTAGTGGGTG
Intron 4 GTAATTTGTG ... TGGAAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.41 | 15 | 25 | 27 |
| A2 | 66.47 | 10.6 | 23 | 19 |
| A3 | 50.87 | 25.6 | 30 | 23 |
| A4 | 84.81 | 6 | 33 | 34 |
| A5 | 53.73 | 31 | 29 | 43 |
| A6 | 56.39 | 29 | 35 | 40 |
| A7 | 62.2 | 31 | 62 | 40 |
| A8 | 66.05 | 12.6 | 24 | 25 |
| A9 | 55.32 | 40.8 | 59 | 42 |
| A10 | 61.34 | 23 | 37 | 36 |
>TRINITY_DN107081_c0_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoformGAAAGTTTGCTTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAA
AATAAAAAAGAAATTTTTAGAAATTTGAAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAAGTCTTTTTTTTGAAATGCGCCTCTGAAATGGCGGTTACTGGAAGTAAC
AGCAGCAGAAGTAGTGTTGTTTTAGCTGAACATTTAAGTGGAAAACGGAGGCTCTGTAGCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGGGGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCG
GCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGCGGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCC
AATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCTTTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCACCTGGCTCCGG
CAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGTATTTCTTCTTCCCCTCCTTAACTCACTCCTTTATACAAGCACATACGAGACCTTTGATCAAGACATTTGATTTCAAGAACATAAATGCCCACTGCTGCATGTGATCTATACACATACGCCTAATCATGGGATTTCAGTTTTTAACTCAACTTGTCTACGATCTCACGGGGGT
GGGACTAGAACTTGCGACCTTTAATCTGTTTATACATGTGATAGTTAGTTTTTTCGTTGGACTTCTTGTGTGATGCTCTTACTCTCTACAGTACCTCCGATAACTTCATTTTGCGCGCCACTATTTATTTACCAAATTTTATCTTCAGTAACTTGTACTTAACCCTAAAGTCACTGAGTAGAGGAAATGTGATAGGACAG
CATTACCTTTTACTTAGCATTGATTCTACAAGCGATGTATTTTACACTGTATTCAAACATCCAGTTGCAACAATTTGATTTTGAGCTGAACCTAAAGTCACTGAGTAGAGG
>TRINITY_DN107081_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAAAGTTTGCTTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAA
AATAAAAAAGAAATTTTTAGAAATTTGAAGGTATTTCGAGAAATTTAATGGTAATTTGAAGAAATTTAAAGGTATTTTCAGTAGGTTCGGGTTTGTTGCTAAATTTGTTGTAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGC
ACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAgtaatttgtgagtgcattgtgttttatttattctcctgctcctctttatttttttgaatgcctggtatttttctggcggcattggaaaacagAGTCTTTTTTTTGAAATGCGCCTCTGAAATGGCGGTTACTGGAAGTAACAGCAGCAGAAGTAGTGT
TGTTTTAGCTGAACATTTAAGTGGAAAACGGAGGCTCTGTAGCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGGGGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGC
AACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGCGGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAG
AAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCTTTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCACCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGG
CTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGATAATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTTTA
ACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTGTGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGG
TCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGGTAGTCCTCCATTGAATCAAAATACTGGGGGTTCAGCTATTAGTAATACTAATCAACAACCAATTCACAACA
TGACTTCTTTTCAGTCAATGGCTTGGACAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGATAACTGTACGTAGACTTGAACTCTTTTTTACAAGAAAGATTTTGTTCCTTTTCTCAGATTTAGCAGACTGACTACAGGGGGCGTTAGGATTGGTTGGGGTCAATACAA
ACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCAAGCAAAAGTTGGAAACTGACTAATATTACTAATAGTCTTCCAGAACAGGATGCAAAAGCTGTTATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCTTCGACACAGGCCTTGC
ACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCTAATTTGTATTGCTATTAATGTGTGGATTTTAGTTTTATTTGTAACCCTTGAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTATGTTGGAGCAGTGGCCA
ATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCTCAAAGTTTAAACCATACAGACATATTTATCTGCGCTTCAGTTTATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAAT
AACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATGAAAA
Intron 5 GTGAGTGCAT ... GAAGTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.03 | 15 | 27 | 22 |
| A2 | 70.49 | 9 | 22 | 21 |
| A3 | 53.4 | 24 | 29 | 26 |
| A4 | 74.19 | 12 | 36 | 33 |
| A5 | 63.64 | 22 | 34 | 43 |
| A6 | 67.68 | 16 | 34 | 33 |
| A7 | 59.76 | 33 | 63 | 35 |
| A8 | 60 | 15 | 25 | 20 |
| A9 | 54.26 | 43 | 59 | 43 |
| A10 | 55.07 | 31 | 38 | 38 |
>TRINITY_DN45952_c3_g1_i8 from sample A10 / Example spliced isoformATACGCTGAAAGTTTGCTTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTT
GAAAAAAATAAAAAAGAAATTTTTAGAAATTTGAAGGTATTTCGAGAAATTTAATGGTAATTTGAAGAAATTTAAAGGTATTTTCAGTAGGTTCGGGTTTGTTGCTAAATTTGTTGTAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGAC
ACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTCAGCAGAAGTAGTGTTGTTTTAGCTGAACATTTAAGTGGAAAACGGAGGCTCTGTAGCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGGGGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTAT
GGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGCGGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACA
GCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCTTTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGA
GGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCACCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGATAATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTG
CATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTTTAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTGTGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTG
GAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGG
>TRINITY_DN45952_c3_g1_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:ATACGCTGAAAGTTTGCTTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTT
GAAAAAAATAAAAAAGAAATTTTTAGAAATTTGAAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTgtgagtgcattgtgttttatttattctc
ctgctcctctttatttttttgaatgcctggtatttttctggcggcattggaaaacagagtcttttttttgaaatgcgcctctgaaatggcggttactggaagtaacagCAGCAGAAGTAGTGTTGTTTTAGCTGAACATTTAAGTGGAAAACGGAGGCTCTGTAGCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGA
TCCTTACGAAGAAAGGGGGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACC
AGCAGCAGTAACAGGGCGGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGC
CCGATGGAAGCATGGCTTTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCACCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAG
GATGTTGCATCAAAGATAATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTTTAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAG
AACTGGTGGTCTGAGTGTGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAG
TTGCTATTCCAATTTCTCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGGTAGTCCTCCATTGAATCAAAATACTGGGGGTTCAGCTATTAGTAATACTAATCAACAACCAATTCACAACATGACTTCTTTTCAGTCAATGGCTTGGACAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATC
TCTTTGCCCGGAGGATAACTGTACGTAGACTTGAACTCTTTTTTACAAGAAAGATTTTGTTCCTTTTCTCAGATTTAGCAGACTGACTACAGGGGGCGTTAGGATTGGTTGGGGTCAATACAAACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCAAGCAAAAGTTGGAAACTGACTAATATTACTAATAGTCTTCCAGAA
CAGGATGCAAAAGCTGTTATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCTTCGACACAGGCCTTGCACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCTAATTTGTATTGCTATTAATGTGTGGA
TTTTAGTTTTATTTGTAACCCTTGAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTATGTTGGAGCAGTGGCCAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCTCAAAGTTTAAACCATACAGACATATT
TATCTGCGCTTCAGTTTATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATGAACTGCACACTCTACGTTTTCCTTCT
TATTGATCTAGCAGCAAGGATGCAGATACACATTTGTAACAGTTAGCTGATTAGTGTGGCGAGTTATGTGGATGGCTTATTGTTTAAAATTAGTGGGTTGCTTCAGTTTGAACCTAAAGTTTTAGATGCTGACTTGGATGTTTAGTTGTTTCATTGAGAATAATGAGGTGCTCTACAGTCCAGTATGGGGGAGATCAAGA
TGTTGTCACGTTACGTCAG
Intron 6 GTGAGTGCAT ... GGCTCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 43.12 | 31 | 27 | 20 |
| A2 | 68.75 | 10 | 22 | 22 |
| A3 | 52.21 | 27 | 29 | 30 |
| A4 | 72.09 | 12 | 36 | 26 |
| A5 | 59.68 | 25 | 34 | 40 |
| A6 | 43.94 | 37 | 34 | 24 |
| A7 | 43.14 | 58 | 63 | 25 |
| A8 | 48.94 | 24 | 25 | 21 |
| A9 | 52.2 | 49 | 59 | 48 |
| A10 | 43.51 | 48 | 38 | 36 |
>TRINITY_DN116366_c3_g2_i10 from sample A1 / Example spliced isoformTTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAATAAAAAAGA
AATTTTTAGAAATTTGAAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGGG
GCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGCG
GCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCTT
TGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCGCCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGATA
ATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTTTAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTGT
GTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTC
GGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGTCAATGGCTTGGACAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGATAACTGGGGCGTTAGGATTGGTTGGGGTCAATACAAACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCAAGCAAAAGTTGGAAACTGACT
AATATTACTAATAGTCTTCCAGAACAGGATGCAAAAGCTGTTATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCTTCGACACAGGCCTTGCACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCTAA
TTTGTATTGCTATTAATGTGTGGATTTTAGTTTTATTTGTAACCCTTGAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTATGTTGGAGCAGTGGCCAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCTCA
AAGTTTAAACCATACAGACATATTTATCTGCGCTTCAGTTTATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATGAA
CTGCACACTCTACGTTTTCCTTCTTATTGATCTAGCAG
>TRINITY_DN116366_c3_g2_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAATAAAAAAGA
AATTTTTAGAAATTTGAAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTgtgagtgcattgtgttttatttattctcctgctcctctttatttt
tttgaatgcctggtatttttctggcggcattggaaaacagagtcttttttttgaaatgcgcctctgaaatggcggttactggaagtaacagcagcagaagtagtgttgttttagctgaacatttaagtggaaaacggaggctctgtagCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGG
GGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGC
GGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCT
TTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCGCCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGTATTTCTTCTTCCCCTCCTTAACTCACTCCTTTATACAAGCACATACGAGACCTTTGATCAAGACATTTGATTTCAAGAACATA
AATGCCCACTGCTGCATGTGATCTATACACATACGCCTAATCATGGGATTTCAGTTTTTAACTCAACTTGTCTACGATCTCACGGGGGTGGGACTAGAACTTGCGACCTTTAATCTGTTTATACATGTGATAGTTAGTTTTTTCGTTGGACTTCTTGTGTGATGCTCTTACTCTCTACAGTACCTCCGATAACTTCATTT
TGCGCGCCACTATTTATTTACCAAATTTTATCTTCAGTAACTTGTACTTAACCCTAAAGTCACTGAGTAGAGGAAA
Intron 7 GTACGTAGAC ... CTGACTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.37 | 12.8 | 33.3 | 37 |
| A2 | 94.27 | 1.8 | 25.1 | 34 |
| A3 | 80.99 | 8.2 | 36.9 | 32 |
| A4 | 85 | 3 | 15 | 19 |
| A5 | 73.25 | 7.8 | 17.3 | 25 |
| A6 | 80.84 | 39.3 | 152.6 | 174.1 |
| A7 | 85.11 | 25.5 | 129 | 162 |
| A8 | 82.77 | 31.9 | 133.2 | 169.8 |
| A9 | 80.99 | 36 | 132.3 | 174 |
| A10 | 76.35 | 25.2 | 67.4 | 95 |
>TRINITY_DN116366_c3_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAAATAAAAAAG
AAATTTTTAGAAATTTGAAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTGTGAGTGCATTGTGTTTTATTTATTCTCCTGCTCCTCTTTATTT
TTTTGAATGCCTGGTATTTTTCTGGCGGCATTGGAAAACAGAGTCTTTTTTTTGAAATGCGCCTCTGAAATGGCGGTTACTGGAAGTAACAGCAGCAGAAGTAGTGTTGTTTTAGCTGAACATTTAAGTGGAAAACGGAGGCTCTGTAGCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGG
GGGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGG
CGGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGC
TTTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCGCCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGA
TAATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTTTAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGT
GTGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTC
TCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGTCAATGGCTTGGACAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGATAACTGGGGCGTTAGGATTGGTTGGGGTCAATACAAACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCAAGCAAAAGTTGGAAACTGA
CTAATATTACTAATAGTCTTCCAGAACAGGATGCAAAAGCTGTTATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCTTCGACACAGGCCTTGCACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCT
AATTTGTATTGCTATTAATGTGTGGATTTTAGTTTTATTTGTAACCCTTGAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTATGTTGGAGCAGTGGCCAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCT
CAAAGTTTAAACCATACAGACATATTTATCTGCGCTTCAGTTTATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATG
AACTGCACACTCTACGTTTTCCTTCTTATTGATCTAGCAG
>TRINITY_DN116366_c3_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAATAAAAAAGA
AATTTTTAGAAATTTGAAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGGG
GCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGCG
GCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCTT
TGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCGCCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGATA
ATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTTTAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTGT
GTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTC
GGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGGTAGTCCTCCATTGAATCAAAATACTGGGGGTTCAGCTATTAGTAATACTAATCAACAACCAATTCACAACATGACTTCTTTTCAGTCAATGGCTTGGACAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGATAA
CTgtacgtagacttgaactcttttttacaagaaagattttgttccttttctcagatttagcagactgactacagGGGGCGTTAGGATTGGTTGGGGTCAATACAAACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCAAGCAAAAGTTGGAAACTGACTAATATTACTAATAGTCTTCCAGAACAGGATGCAAAAGCTGTT
ATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCTTCGACACAGGCCTTGCACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCTAATTTGTATTGCTATTAATGTGTGGATTTTAGTTTTATTTGTAA
CCCTTGAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTATGTTGGAGCAGTGGCCAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCTCAAAGTTTAAACCATACAGACATATTTATCTGCGCTTCAGTTTA
TGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATGAACTGCACACTCTACGTTTTCCTTCTTATTGATCTAGCAG
Intron 8 GTACGTAGAC ... AGTCTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 78.98 | 7 | 32.7 | 20 |
| A2 | 86.29 | 4 | 25.3 | 25 |
| A3 | 85.27 | 5 | 36 | 22 |
| A4 | 64.71 | 9 | 15 | 18 |
| A5 | 88.08 | 2 | 16.7 | 13 |
| A6 | 74.47 | 59 | 147.7 | 197 |
| A7 | 84.29 | 24 | 128.7 | 129 |
| A8 | 79.57 | 38 | 129.3 | 167 |
| A9 | 80.29 | 34 | 131 | 146 |
| A10 | 87.47 | 10 | 66.7 | 73 |
>TRINITY_DN41236_c2_g2_i4 from sample A8 / Example spliced isoformAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTGTGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGGTCAGAAG
GATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGTCAATGGCTTGGACAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGAT
AACTAACAGGATGCAAAAGCTGTTATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCTTCGACACAGGCCTTGCACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCTAATTTGTATTGCTATTAATG
TGTGGATTTTAGTTTTATTTGTAACCCTTGAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTATGTTGGAGCAGTGGCCAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCTCAAAGTTTAAACCATACAGA
CATATTTATCTGCGCTTCAGTTTATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATGAACTGCACACTCTACGTTTT
CCTTCTCATTGATCTAGCAGCAAGGATGCAGATACACATTTGTAACAGTTAGCTGATTAGTGTGGCGAGTTATGTGGATGGCTTATTGTTTAAAATTAGTGGGTTGCTTCAGTTTGAACCTAAAGTTTTAGATGCTGACTTGGATGTTTAGTTGTTTCATTGAGAATAATGAGGTGCTCTACAGTCCAGTATGGGGGAGA
TCAAGATGTTGTCACGTTACGTCAGTTTTGG
>TRINITY_DN41236_c2_g2_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:ATTTGTTGTACTATACTATTATTATTAGATTTTGAAAATCATAACCACCATTAATTGGATGATGCATCAATCAAGCTTGTTTTAATTTAAAAATACGTCTCGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGC
TCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAAATAAAAAAGAAATTTTTAGAAATTTGAAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCAC
TTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGGGGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCA
ACAGCAACAGCAACATCAATAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGCGGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCC
AACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCTTTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCACCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCG
GTTGGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGATAATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCA
CTTTAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTGTGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCA
AATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGTCAATGGCTTGGACAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTT
TGCCCGGAGGATAACTgtacgtagacttgaactcttttttacaagaaagattttgttccttttctcagatttagcagactgactacagggggcgttaggattggttggggtcaatacaaacagttcattctgattgctgcatacctctccaagcaaaagttggaaactgactaatattactaatagtcttccagAACAGG
ATGCAAAAGCTGTTATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCTTCGACACAGGCCTTGCACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCTAATTTGTATTGCTATTAATGTGTGGATTTT
AGTTTTATTTGTAACCCTTGAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTATGTTGGAGCAGTGGCCAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCTCAAAGTTTAAACCATACAGACATATTTATC
TGCGCTTCAGTTTATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATGAACTGCACACTCTACGTTTTCCTTCTCATT
GATCTAGCAGCAAGGATGCAGATACACATTTGTAACAGTTAGCTGATTAGTGTGGCGAGTTATGTGGATGGCTTATTGTTTAAAATTAGTGGGTTGCTTCAGTTTGAACCTAAAGTTTTAGATGCTGACTTGGATGTTTAGTTGTTTCATTGAGAATAATGAGGTGCTCTACAGTCCAGTATGGGGGAGATCAAGATGTT
GTCACGTTACGTCAGTTTTGG
Intron 9 GTAGTCCTCC ... TTCTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.2 | 11.2 | 22 | 21.9 |
| A2 | 40.93 | 15.9 | 14 | 7.9 |
| A3 | 58.45 | 19.4 | 23 | 30.7 |
| A4 | 59.38 | 14.7 | 28 | 15 |
| A5 | 53.33 | 9.6 | 16 | 6 |
| A6 | 58.57 | 68.4 | 99 | 93.3 |
| A7 | 61.44 | 56.2 | 91 | 87.6 |
| A8 | 54.63 | 74.3 | 90 | 88.6 |
| A9 | 57.24 | 57.6 | 84 | 69.6 |
| A10 | 60.69 | 24.6 | 42 | 33.9 |
>TRINITY_DN116366_c3_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAAATAAAAAAG
AAATTTTTAGAAATTTGAAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTGTGAGTGCATTGTGTTTTATTTATTCTCCTGCTCCTCTTTATTT
TTTTGAATGCCTGGTATTTTTCTGGCGGCATTGGAAAACAGAGTCTTTTTTTTGAAATGCGCCTCTGAAATGGCGGTTACTGGAAGTAACAGCAGCAGAAGTAGTGTTGTTTTAGCTGAACATTTAAGTGGAAAACGGAGGCTCTGTAGCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGG
GGGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGG
CGGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGC
TTTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCGCCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGA
TAATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTTTAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGT
GTGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTC
TCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGTCAATGGCTTGGACAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGATAACTGGGGCGTTAGGATTGGTTGGGGTCAATACAAACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCAAGCAAAAGTTGGAAACTGA
CTAATATTACTAATAGTCTTCCAGAACAGGATGCAAAAGCTGTTATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCTTCGACACAGGCCTTGCACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCT
AATTTGTATTGCTATTAATGTGTGGATTTTAGTTTTATTTGTAACCCTTGAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTATGTTGGAGCAGTGGCCAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCT
CAAAGTTTAAACCATACAGACATATTTATCTGCGCTTCAGTTTATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATG
AACTGCACACTCTACGTTTTCCTTCTTATTGATCTAGCAG
>TRINITY_DN116366_c3_g2_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:CATTACCATAGCAGCAGGGGAGTAAAGTTCGGTACGGTTATGATTGTGCCTTTTTCCTTTAGAAAGAAATGTGTTCACCGAAAGGTCGACATGGATGTTGCATCAAAGATAATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCAC
ATCTGGTGGCACTTTAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTGTGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGA
GCTTTATTTCAAATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGgtagtcctccattgaatcaaaatactgggggttcagctattagtaatactaatcaa
caaccaattcacaacatgacttcttttcagTCAATGGCTTGGACAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGATAACTGTACGTAGACTTGAACTCTTTTTTACAAGAAAGATTTTGTTCCTTTTCTCAGATTTAGCAGACTGACTACAGGGGGCGTTAGGATTG
GTTGGGGTCAATACAAACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCAAGCAAAAGTTGGAAACTGACTAATATTACTAATAGTCTTCCAGAACAGGATGCAAAAGCTGTTATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATGTAAGCTATAAAACTTGCTTCTACGTTTTTACCAGAACTATAAAAGGGACAATTAATTTATGCCCT
TCGACACAGGCCTTGCACATCTCTGCAAGTCATGTATGATGTGTAGCCTTTGCTTTCTGCAAATCCTAATTTGTATTGCTATTAATGTGTGGATTTTAGTTTTATTTGTAACCCTTGAATTTGATCAGTCATTGATATTCATGTACAACAGTTGTTTTCTTGTTTTAATGGAAGTGATGTCTGGATCTTGTTCCATGTAT
GTTGGAGCAGTGGCCAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCTCAAAGTTTAAACCATACAGACATATTTATCTGCGCTTCAGTTTATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCT
TTTAAGTACTGGGAATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATGAACTGCACACTCTACGTTTTCCTTCTTATTGATCTAGCAG
Intron 10 GTAAGCTATA ... GTTGGAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.19 | 11 | 21 | 4 |
| A2 | 59.32 | 12 | 26 | 9 |
| A3 | 57.14 | 12 | 25 | 7 |
| A4 | 58.82 | 7 | 15 | 5 |
| A5 | 64.71 | 3 | 9 | 2 |
| A6 | 60.59 | 94 | 200 | 89 |
| A7 | 57.28 | 66 | 128 | 49 |
| A8 | 59.9 | 82 | 152 | 93 |
| A9 | 58.75 | 66 | 134 | 54 |
| A10 | 64.29 | 25 | 66 | 24 |
>TRINITY_DN107871_c0_g2_i17 from sample A2 / Example spliced isoformTTACACTTAACAAACAGAAGAATTTCCGTGAGATATTTTGGCAGCTTTAAAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAAATAAAAAAGAAATTTTTAGAAATTTGAAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGC
AAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTGTGAGTGCATTGTGTTTTATTTATTCTCCTGCTCCTCTTTATTTTTTTGAATGCCTGGTATTTTTCTGGCGGCATTGGAAAACA
GAGTCTTTTTTTTGAAATGCGCCTCTGAAATGGCGGTTACTGGAAGTAACAGCAGCAGAAGTAGTGTTGTTTTAGCTGAACATTTAAGTGGAAAACGGAGGCTCTGTAGCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGGGGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGA
AGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAATAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGCGGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCA
GCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCTTTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGC
CCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCACCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCCGGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGATAATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCAT
CCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTTTAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCTATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTGTGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAG
GAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAGAGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGGTAGT
CCTCCATTGAATCAAAATACTGGGGGTTCAGCTATTAGTAATACTAATCAACAACCAATTCACAACATGACTTCTTTTCAGTCAATGGCTTGGACAGGCTCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGATAACTGTACGTAGACTTGAACTCTTTTTTACAAGAAAGATT
TTGTTCCTTTTCTCAGATTTAGCAGACTGACTACAGGGGGCGTTAGGATTGGTTGGGGTCAATACAAACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCAAGCAAAAGTTGGAAACTGACTAATATTACTAATAGTCTTCCAGAACAGGATGCAAAAGCTGTTATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATTGGCCAATGCAAAGC
TTCTTCTCAGGGAGAGGATACATATCTTAATATAATTTATCTCAAAGTTTAAACCATACAGACATATTTATCTGCGCTTCAGTTTATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAATAACTAAATC
TGCTCAAGGCAATGTATATATTTTTTTCTGAAGTTCATTATGAACTGCACACTCTACGTTTTCCTTCTTATTGAT
>TRINITY_DN107871_c0_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAATAAAAAAGAAATTTTTAGAAATTTGAAGGT
ATTTCGAGAAATTTAATGGTAATTTGAAGAAATTTAAAGGTATTTTCAGTAGGTTCGGGTTTGTTGCTAAATTTGTTGTAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAA
GGCCGTAGAAGTAATTTGTGAGTGCATTGTGTTTTATTTATTCTCCTGCTCCTCTTTATTTTTTTGAATGCCTGGTATTTTTCTGGCGGCATTGGAAAACAGAGTCTTTTTTTTGAAATGCGCCTCTGAAATGGCGGTTACTGGAAGTAACAGCAGCAGAAGTAGTGTTGTTTTAGCTGAACATTTAAGTGGAAAACGGA
GGCTCTGTAGCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGGGGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAATAACAATAACAGTAACAG
TGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGCGGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGAC
CGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCTTTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCACCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGGGAATGGGTGGTAGGTTCAGCC
GGTATTGGCTTCACTCCACATGTCATTACCATAGCAGCAGGGGAGGATGTTGCATCAAAGATAATGTCATTTTCACAGCAAGGGCCTCGTGCAGTCTGCATCCTTTCAGCAAATGGTGCTATTTCTAATGTAACGCTTCGTCAGCCTGCCACATCTGGTGGCACTTTAACATATGAGGGGCGCTTTGAAATTCTCTCGCT
ATCAGGTTCATTTATGCTCACAGAAAATGGTGGGACACGTAGTAGAACTGGTGGTCTGAGTGTGTCTTTGGCAAGCCCTGATGGCCGTGTTGTTGGTGGAGGAGTTGCTGGAATGCTAATGGCAGCTAGTCCAGTGCAGGTTGTTGTGGGGAGCTTTATTTCAAATGGTCAGAAGGATCCGCCTAAGCCTGCTAATCCAG
AGCCTTCCATAGGCTTGGCACAAGCAGCTGCATCTGGAGGTCCAGTTGCTATTCCAATTTCTCGGGCACCTCCAAACGATATCTATGGAGGTCCAGGTAGTCCTCCATTGAATCAAAATACTGGGGGTTCAGCTATTAGTAATACTAATCAACAACCAATTCACAACATGACTTCTTTTCAGTCAATGGCTTGGACAGGC
TCACAGTCAATGAAAGAGGCGAGGCATAACACTGATATTAACATCTCTTTGCCCGGAGGATAACTGTACGTAGACTTGAACTCTTTTTTACAAGAAAGATTTTGTTCCTTTTCTCAGATTTAGCAGACTGACTACAGGGGGCGTTAGGATTGGTTGGGGTCAATACAAACAGTTCATTCTGATTGCTGCATACCTCTCCA
AGCAAAAGTTGGAAACTGACTAATATTACTAATAGTCTTCCAGAACAGGATGCAAAAGCTGTTATTGCGGTGTCAACTGTTTTGATgtaagctataaaacttgcttctacgtttttaccagaactataaaagggacaattaatttatgcccttcgacacaggccttgcacatctctgcaagtcatgtatgatgtgtagcc
tttgctttctgcaaatcctaatttgtattgctattaatgtgtggattttagttttatttgtaacccttgaatttgatcagtcattgatattcatgtacaacagttgttttcttgttttaatggaagtgatgtctggatcttgttccatgtatgttggagcagTGGCCAATGCAAAGCTTCTTCTCAGGGAGAGGATACAT
ATCTTAATATAATTTATCTCAAAGTTTAAACCATACAGACATATTTATCTGCGCTTCAGTTTATGTTGTGATATTGGACACTGAAAGATTGTATGGGTTAACTCTTATTGAAAATATATGAATCTTTCCAAGACAATGTATATTTCCACTCTTTTAAGTACTGGGAATAACTAAATCTGCTCAAGGCAATGTATATATTT
TTTTCTGAAGTTCATTATGAACTGCACACTCTACGTTTTCCTTCTTATTGAT
Intron 11 GTATTTCGAG ... TTTGTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.31 | 55 | 40.3 | 19.7 |
| A2 | 39.05 | 64 | 41 | 23.7 |
| A3 | 38.92 | 68 | 43.4 | 35.4 |
| A4 | 32.26 | 49 | 23.3 | 14.7 |
| A5 | 43.84 | 41 | 32 | 9.9 |
| A6 | 32.07 | 105.9 | 50 | 27.6 |
| A7 | 33.76 | 140 | 71.3 | 51.1 |
| A8 | 32.74 | 74 | 36 | 16.7 |
| A9 | 28.5 | 107 | 42.6 | 41.2 |
| A10 | 31.38 | 121 | 55.3 | 37.3 |
>TRINITY_DN116366_c3_g2_i11 from sample A1 / Example spliced isoformTTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAATAAAAAAGA
AATTTTTAGAAATTTGAAGGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATACAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTTGTGAGTGCATTGTGTTTTATTTATTCTCCTGCTCCTCTTTATTTT
TTTGAATGCCTGGTATTTTTCTGGCGGCATTGGAAAACAGAGTCTTTTTTTTGAAATGCGCCTCTGAAATGGCGGTTACTGGAAGTAACAGCAGCAGAAGTAGTGTTGTTTTAGCTGAACATTTAAGTGGAAAACGGAGGCTCTGTAGCTGCAGGTTTTGAATAGAGGAGGTTATCTGTTCGATCCTTACGAAGAAAGGG
GGCGTGGCGTGGTGTGTGTTTTGAAATCTTATGTATGGAAGGCAGAGAATCTTCAATGGGGATGCCTCCACCGTCTGGACAGTCTGGCGGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACATCAACAACAATAACAGTAACAGTGTGATGACTGTCTCGACGGGCTTACATGCCCCGTCCTCAGCACCAGCAGCAGTAACAGGGC
GGCCTGCAAATAACAACAGCAACAACGTGAATAACAGCAGCAGCAGTAACCCTAACGCCGTGAACTCCTCGGCTGCCTTGGTTCCTCCCAATATGACTGCCAACAGAAGCATGGCCATAACCATGGCCATGGGGGGACCGGACTCCCTGAAGAGAAAGAGAGGAAGACCTCGTAAGTACGGGCCCGATGGAAGCATGGCT
TTGGCTTTAGCTCCGCTCTCAGCCTCAGCCCCGGGAGGCCCCTTTTCTCCTCTGCAGAAACGGGGTAGAGGGCGGCCGCCTGGCTCCGGCAAGAAACAGCGGTTGGCTGCACTCGGTATTTCTTCTTCCCCTCCTTAACTCACTCCTTTATACAAGCACATACGAGACCTTTGATCAAGACATTTGATTTCAAGAACATA
AATGCCCACTGCTGCATGTGATCTATACACATACGCCTAATCATGGGATTTCAGTTTTTAACTCAACTTGTCTACGATCTCACGGGGGTGGGACTAGAACTTGCGACCTTTAATCTGTTTATACATGTGATAGTTAGTTTTTTCGTTGGACTTCTTGTGTGATGCTCTTACTCTCTACAGTACCTCCGATAACTTCATTT
TGCGCGCCACTATTTATTTACCAAATTTTATCTTCAGTAACTTGTACTTAACCCTAAAGTCACTGAGTAGAGGAAA
>TRINITY_DN116366_c3_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTACAGTCTTGGTTATTATATTTTAAATTGTTTTTGTCAGATTCAAATAGCGAATAAATTAGGGTATTTTTGGGGTTTGAGAAATTGCAGAGTAAAAAACATGGAGTGCTCCTCGGATTAGGCGCCGATTGGGTGGAATTAATGGTGCAGGCGGCTTCCTGGGAAAAGGAGTGGACTGCACTTGAAAAAAATAAAAAAGA
AATTTTTAGAAATTTGAAGgtatttcgagaaatttaatggtaatttgaagaaatttaaaggtattttcagtaggttcgggtttgttgctaaatttgttgtagGTTGGTAGGTGGAGGCAGGCAAGCTTGCTTATTCCCGCTGTACTTTGCAATGCCATTGACATGGCATCAGCAACAGATGACACAAGCACTTTATGATA
CAAATTTCTGCTCAGAATAAAGGCCGTAGAAGTAATTT