sp|Q9LXA8|BXL6_ARATH ----> Probable beta-D-xylosidase 6
Intron 1 GTAGACAATT ... AACATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.36 | 120.7 | 11.7 | 34.3 |
| A2 | 10.05 | 103.6 | 11.7 | 12 |
| A3 | 16.07 | 81.9 | 3.7 | 17.3 |
| A4 | 11.57 | 66.8 | 5.7 | 9.3 |
| A5 | 14.25 | 58.9 | 5 | 10.7 |
| A6 | 17.69 | 186.4 | 12.3 | 44.7 |
| A7 | 16.66 | 314.7 | 24 | 69 |
| A8 | 16.6 | 196.1 | 9.3 | 43 |
| A9 | 15.16 | 292.4 | 15.7 | 57.3 |
| A10 | 16.62 | 295.8 | 18 | 65.3 |
>TRINITY_DN121620_c3_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCCTGCTCAAAGTGATATGAAGTTTACAATTCAAAAAACGGTTTGAAAGGAATTTGACCGTTTGTAAATCCAAGAAGACCCACTAATTAGAAACATATTCAACTTTTCAAGAGTACTTTCCTGAGATGATAGTTATTCTCCATTTTAATACGAGATTTTAAAGTATTTATTAGTTGATTCCAAACGTTGAATGTTAGTTTC
GTGGAAAAAGAGGAATCTACAGTGAAAGCATCTTCTGGCTTCCAAGTGGAAATGGATAAGTATGGATGGATTCGACTTCTCATTGCTTTGTTGGTGCTCATGGCTGCAATCTCTGCACAGTGGAAATCCTGCAGAGGAGATGACGATGGGGAAAATAATTCTAAAAGTATTTACAAGGATCCTGGCCAACCAGTTGAAGC
AAGAGTTGAGGATTTGCTTTCTCGGATGACTGTGGATGAGAAAATTGGGCAGATGACTCAGATTGAGCGTGCGGTAACCAGCCCTGATGTAATTAAGAAGTTTGGAATAGGGAGCATTTTGAATGGTGGAGGGAGTACACCTGCACCACAGGCGTCTGCTAGTGTGTGGGCTGATATGGTTGATAGCTTCCAGGATGCAG
CTATGAGCACTCGCCTCGGCATTCCTATGATTTTTGGAACAGATGCTGTACATGGTCACAACAATGTTTACGGTGCAACAATTTTCCCACACAATATAGGCCTTGGGGCAACCAGAGATCCTGATTTGGTTAAAAGAATAGGAGCTGCCACTGCCCTTGAGGTCAGGGCTACTGGTATACCATATGCGTTTTCTCCTTGT
TTAGCTGTATGCCGTGACCCAAGATGGGGAAGGTGCTATGAGAGTTACAGTGAAGACACAGAAGTGGTCCGAAGCATGACTGATATTATATTGGGCATACAGGGCTCTCCTCCCGAGGGACATCCTAATGGATATCCATATGTGGCTGGAGGAACGACTGTTGTGGCCTGCGCAAAGCATTTTGTTGGAGATGGTGGAAC
CACCAGAGGAATCAATGAGAACAATACAGTTGCAAGCTACAACGAGCTTTATCATATTCACATGCACCCATATCTGGATGCCTTGGCAAAGGGAGTATCGACTGTCATGGCATCTTACTCAAGCTGGAACGGAGTGAAAATGCATGCCAGCCATGACCTTCTAACTCGCATCTTGAAAAACAGAATGGGATTCAAGGGAT
TCATCATTTCAGATTGGGAAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGAGCAAACTATAGCTACAGTATTTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGACATGGTGATGGTCCCTTTCAACTTCCAAACTTACATCGATGAGCTCACAGCTTTAGTGAACTCGAGGGTGATCTCCATGAGCAGAATAGATGATGCAGTTAGG
AGGATTCTAAGAGTCAAATTCATCGCTGGTTTGTTTGAGCACCCTGTAACAGACCGCTCCTTGTTGAGCACGGTTGGCAATCTTGCACATAGAGAGTTGGCGAGAGAAGCGGTACGCAAGTCTCTCGTTCTCTTGAAGAATGGGAAAATGCCTGGAAAGCCATTACTGCCTCTTGACAAGAATGCCCCAAAGATACTTGT
AGCAGGCAGTCATGCACACAATCTGGGGTACCAGTGTGGTGGATGGACTATAAGCTGGGAAGGTAGCAGTGGTGCAACAACCGTAGGTAAGCACAATAAATATAAAAGGGCTGGTTTCCACAAATAGTTATTTTCTATCACAAACTCAACTAACAGAAGGTCTGATATGCATCTCATTGAGCTTCAACATTTCTGGCCAT
TTGGACCAATTTTTGAAGTTGAGATATGTATTCTGGAACTTTACAATTTCAGGTAACATCAGATTCCATTTAGATAGGTTAGTGTTGGGATGGGATCGATATTCAATGAACCCAATGTGTCAATTAGATGCCTCATATGCATCTCTTTGTGCTTCAATATTACTATCCATTTGGACCAACTTGTGAAGTTGAGATATGTA
TTCTGGAACTTTACAATTTCAGGTGAACATCAGATTCCATTCAGATAGGTCTGGGTTGGGATGGGATCTATATTCAATGCACCCAATGTGTTGATTAGATATAAATGTTGATGGATCTACCCCACCCCCATAGGAACTAGATAGATGCGTCTGCTCTGATCTATAAATTCAATGGACCCAATACTTACTGCAGTGTCATA
TCCCATCTTGAGGCTGTTTGAGCTTCAATATTTGATCTATCAGACTTCAACTTGCCATTTGTGCACGCCAAC
>TRINITY_DN121620_c3_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAAATGCAGAAACATTTTCCAAATACTATTTTAATGATGTATCTGCTTTTGATTTATTTAAGTGAGAAAAATGATATCAGAGTACTGCAGGTTGCAGCTGGCTGTGGTAAGAAATTAATAGTAAAAAAATGTTCTTTCACGCTGGTTTTGTTCCCTGCTCTGGACAATTGTCATCGGCATAAATATTTGGAAAACCCCTT
ATGCTATTGCCACTTCAAAAAGTTTCCTAAGATTTTGCTTTGTTTGGCCATTGTTGGAAATCACGTCTCTATATTTGTCTGATAAAAATGTGATTGTCCTTTTTCGTGAAACCCTTTTTTCCATAATTCCCAATTGCCGTTTGGATCTACACTTTGTTTTTTTGTGATGTTGTCAAATTTCTAATAATGCTTCAGAACTC
AATTGCTTTGAAATTCTCACTGTGGTTTCAGATGAATCCCATTTTTGAGGAACAAATATATTTTTCAGTTTTGTCAGGACCATGTTGTAATTCTAGAAATGCTGCTGATAAAAGTTCCAGGACTAAGTTGGAATCCTAGAAATACTGCCTATAAATTTTCGGACCACAGTAAAATGATTCCTTAATAATTTAAGATGTTA
AGGGCATTCTGAGCAGGATTTTCTGGATAAACCCAATCCTAATGGTTTAGGTCTGACATTTTGAATCAGACTAGCATTGTCCATCTCCAGGAAATGTTTAGTCTGATTCGAAATGTCTATGACCTAAACTATGAAGATGCCGTCTCCCAGAAAATCTTGCTCAGGAGGAATCTAACCGCAGAAGCTAGTGAACTGATATA
ATATGGGCATTTTATAAAGAAGAAAAAAGGCCACAGATGCAGCCTATAGAGCGCAAGTGTCTGGAGTCAGAGAAATAAAAATTGCCTTATTTCAGTTAAAAAATGCTAGACAAGCTTAATATCCTAGCCAATAAAGCGCGCAAGTGTCTGGAATCAGAGAAATGAAAATTGCCTTATTTCAGTACAAAATTGCTAGACAA
GCTTAATAGCCTAGCCAATAAAGCGCAAGTGTCTGGAATCAGAGAAATGAAAATTGTCTTATTTCAGTACAATTCTGCTAGACAAGTCTAATAGCCTAGCCAATACATTTACCAGCCATTAAACAGATATAAAACAGGCCAGCGTGTCCACACAACTAGAAGAGTCCAAAAAGCCAGAAGCATAAATTAACTGCTGTGGG
AATCATGCCTGCATTGGGCTGTGGGTTGTCATGAGAAGTGCCCCTCAACAAGTAATATAGGTTATGCTAGAGCCATCTAATCTTGTAGCAAACTTCTTCCCTCCAGCTGCTGGAATCCGGTGACACGGGAAGCCAGTGATCAATTTTTTGAGGACCTAGGTTGATTCAACCCATGCATGAGTCATTCCACCATTCACCAA
ACTTAGATCATAATGGAATTCTGATCACGCCTCATTTCTGTTAGATTCTTGTCAGATTTGTGGCTAGAAAGTGGGTCCTTTTGCTAAAGCAATAGCTTACTCTGGTTATGTCTAACTATTATTCAGAGTATTGTAAAAATGTTAACAGAAGGATCCAGTCTTTTGCCTAATATTCCTCATGAGGCCAAACATGATCCACA
AGTATATGGCAATTATATTATTTCTGAGTAAGACATGACAGTCACCCTGAGTTTCCCTGGTCAGGCTGTACTTAAGCCAGTTGTGGAGCATTTATTGGCATTGATCATTCTTTTGATTATTTCGTACAGGGATTCATCATTTCAGATTGGGAAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGAGCAAACTATAGCTACAG
TATTTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGACATGgtagacaattctgttttacatttgcttctttaatatgtttgtactctgttttgctaactttgttctgtttcaagtttcaactcattactaggttctgatggtttatgccatatggtatttagtattgctgatgaaatatattgttattaaacattgcagGTGATGG
TCCCTTTCAACTTCCAAACTTACATCGATGAGCTCACAGCTTTAGTGAACTCGAGGGTGATCTCCATGAGCAGAATAGATGATGCAGTTAGGAGGATTCTAAGAGTCAAATTCATCGCTGGTTTGTTTGAGCACCCTGTAACAGACCGCTCCTTGTTGAGCACGGTTGGCAATCTTGTAAGCATAACATTTTTCTTCCTT
CCATTCTCCATATTCTTCCACTCACTATATGATCATCTAACATTATTCCGATTCGCACGACTTTACTCCTGTAAATAGTACAAGTTTTGATTCTCCCAAGATCCATTTGATTCATAAATCTATTGGCTTTTTTTACGATTCAGGCACATAGAGAGTTGGCGAGAGAAGCGGTACGCAAGTCTCTCGTTCTCTTGAAGAAT
GGGAAAATGCCTGGAAAGCCATTACTGCCTCTTGACAAGAATGCCCCAAAGATACTTGTAGCAGGCAGTCATGCACACAATCTGGGGTACCAGTGTGGTGGATGGACTATAAGCTGGGAAGGCAGCAGTGGTGCAACAACCGTAGGAACCACCATTCTGGATGCCATAAAACAAGCCGTCAGTCCATCAACCGAAGTAGT
ATACGAGCTTAACCCAGATGCAAATTTCATCAAAGGGAAAGGATTCTCTTACGCCATTGCAGTGATTGGGGAGCATCCCTACGCGGAAACAACGGGCGATAATGCCGACCTGACGATTCCTCTAGGGGGAATCGACGTGATAAACAACGTATGCAATGATAAGCACAGCAGTATTCCGTGCCTGGTTATCTTGATATCGG
GGAGGCCATTGGTAGTGGAATCCTATTTGAACAGGATGGACGCACTCGTAGCTGCATGGCTGCCTGGTAGTGAAGGGCAGGGCATTACAGATGTTATATTCGGGGATTATGATTTTCAAGGCCAACTGCCCAGAACGTGGTTTAAACGCGTGGATCAGCTGCCTATGAATGTGGGCGATAAGGATTACGATCCACTGTTT
CCTTTTGGATTCAGTATGACTATGAATTTGCAGAGCGGCCATCATCATCATCATCAGTAGCAAAAAAACAAACAAACGAGACAAATGAAACAATCATGGCTGCCGCAAATGTAAATGTAAATTGATCTTGGTGTTCCTCTGCTGATTATCCATCAGCTCTTTGGTGTTCTTCTGTTGATTATCTATCAGCTCTTTGTATT
CTTATAGATTATAGAATCATGAATTATTGGTTTCACTTGTTAAAAAGGGTCGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTTATTATTTTGAGAATGTTAAGATTTTAGTAATTTGATTTTCTGTTTGATATTGAGCCTGGCGTTTGCATAAACTATTAAATGGAGGGGTCAGGGGCAGGAGCAGGGGCTGCTCAAAGCAGGGT
GAGGGTAATGATCGTCTCAGAGTTGTCAGCATGGTCCTACATGTGAAAAGAGTGACGGTCCATCTGTACTATGGATGATGTAAGGTGGCATTGTCCTGTGACCACCATGTAGCATAATATCGGTATTCCATGTAAAATAACATAGTATGGATTGCTCGGCATAACATCGGTGACAGTGGCATTTACATCACTTGCTGCTG
CAAATGTAAATTAAATGGATCCTGGTGCCTCTCTGCTGATTATTCATCATCTCTTTGTACTCTGATAGATGCTAGATTATAGAATCATGGAATTATTGGTTTTTGTTAAAAAGGGTTGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTAATTATTTTGAGAATGATGAGATTTTAGTAAATTTGATATTCTGTTTTATTTGAGCC
TGGTGTTTGCATAAACTATCAGATGTATAGGGGTCAGGGGAAGGAGCAGGGGCAGGGGCTGCTAAAAATGGGTCGAGAGTAAAGATTGTCGAAAAGTTCTCATATTGGTACTATATGTGAAAAGAGTAGCGGCTCATCTTTACTATGCATGATGGGAGGTAGCACTGACTTGTGACCACCATGTAACCATAGTAGCAAGA
TTCGAGTACAGATTCGAAAACGATTCGGATACAATACGGAAAAAATACGTAAAGAAAAAATCAAGTATGGCTAAAATACGGG
Intron 2 GTGAGTAATG ... CCTTGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.53 | 9 | 23 | 27 |
| A2 | 64.71 | 6 | 11 | 11 |
| A3 | 39.47 | 23 | 3 | 27 |
| A4 | 56.1 | 9 | 9 | 14 |
| A5 | 52 | 12 | 11 | 15 |
| A6 | 48.15 | 7 | 3 | 10 |
| A7 | 36.67 | 19 | 1 | 21 |
| A8 | 37.93 | 18 | 1 | 21 |
| A9 | 50.68 | 18 | 16 | 21 |
| A10 | 41.09 | 38 | 6 | 47 |
>TRINITY_DN111709_c0_g5_i2 from sample A5 / Example spliced isoformGAAATAAATGTTTCTAGGCAGTGATAAGAAGTCCTTATATTAAAAATGTTTTAAAACTTTAAAACATGAGTATTGATGGTATTACATAAAGCAGATAGAAACAGTCATGTATGCCGTGACCCAAGATGGGGAAGGTGCTATGAGAGTTACAGTGAAGACACAGAAGTGGTCCGAAGCATGACTGATATTATATTGGGCAT
ACAGGGTTCTCCTCCTGAGGGACATCCTAATGGATATCCATATGTGGCTGGAGGAACGACTGTTGTGGCCTGCGCAAAGCATTTTGTTGGAGATGGTGGAACCACCAGAGGAATCAATGAGAACAATACAGTTGCAAGCTACAACGAGCTTTATCATATTCACATGCACCCATATCTGGATGCCTTGGCAAAGGGAGTAT
CGACTGTCATGGCATCTTACTCAAGCTGGAACGGAGTGAAAATGCATGCCAACCATGACCTTCTAACTCGCATCTTGAAAAACAGAATGGGATTCCAGGGATTCATCATTTCAGATTGGGAAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGAGCAAACTATAGCTACAGTATTTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGAC
ATGGTGATGGTCCCTTTCAACTTCCAAACTTACATCGATGAGCTCACAGCTTTAGTGAACTCGAGGGTGATCTCCATGAGCAGAATAGATGATGCAGTTAGGAGGATTCTAAGAGTCAAATTCATCGCTGGTTTGTTTGAGCACCCTGTAACAGACCGCTCCTTGTTGAGCACGGTTGGCAATCTTGCACATAGAGAGTT
GGCGAGAGAAGCGGTACGCAAGTCTCTCGTTCTCTTGAAGAATGGGAAAATGCCTGGAAAGCCATTACTGCCTCTTGACAAGAATGCCCCAAAGATACTTGTAGCAGGCAGTCATGCACACAATCTGGGGTACCAGTGTGGTGGATGGACTATAAGCTGGGAAGGTAGCAGTGGTGCAACAACCGTAGGAACCACCATTC
TGGATGCCATAAAACAAGCCGTCAGTCCATCAACCGAAGTAGTATACGAGCTTAACCCAGATGCAAATTTCATCAAAGGGAAAGGATTCTCTTACGCCATTGCAGTGATTGGGGAGCATCCCTACGCGGAAACAACGGGCGATAATGCCGACCTGACGATTCCTCTAGGGGGAATCGACGTGATAAACAACGTATGCAAT
GATAAGCACAGCAGTATTCCGTGCCTGGTTATCTTGATATCGGGGAGGCCATTGGTAGTGGAATCCTATTTGAACAGGATGGACGCACTCGTAGCTGCATGGCTGCCTGGTAGTGAAGGGCAGGGCATTACAGATGTTATATTCGGGGATTATGATTTTCAAGGCCAACTGCCCAGAACGTGGTTTAAACGCGTGGATCA
GCTGCCTATGAATGTGGGCGATAAGGATTACGATCCACTGTTTCCTTTTGGATTCAGTATGACTATGAATTTGCAGAGCGGCCATCATCATCATCATCAGTAGCAAAAAAACAAACAAACGAGACAAATGAAACAATCATGGCTGCCGCAAATGTAAATGTAAATTGATCTTGGTGTTCCTCTGCTGATTATCCATCAGC
TCTTTGGTGTTCTTCTGTTGATTATCTATCAGCTCTTTGTATTCTTATAGATTATAGAATCATGAATTATTGGTTTCACTTGTTAAAAAGGGTCGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTTATTATTTTGAGAATGTTAAGATTTTAGTAATTTCATTTTCTGTTTGATATTGAGCCTGGCGTTTGCATAAACTATTAAA
TGGAGGGGTCAGGGGCAGGAGCAGGGGCTGCTCAAAGCAGGGTGAGGGTAATGATCGTCTCAGAGTTGTCAGCATGGTCCTACATGTGAAAAGAGTGACGGTCCATCTGTACTATGGATGATGTAAGGTGGCATTGTCCTGTGACCACCATGTAGCATAATATCGGTATTCCATGTAAAATAACATAGTATGGATTGCTC
GGCATAACATCGGTGACAGTGGCATTTACATCACTTGCTGCTGCAAATGTAAATTAAATGGATCCTGGTGCCTCTCTGCTGATTATTCATCATCTCTTTGTACTCTGATAGATGCTAGATTATAGAATCATGGAATTATTGGTTTTTGTTAAAAAGGGTTGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTTATTATTTTGAGAA
TGTTAAGATTTTAGTAATTT
>TRINITY_DN111709_c0_g5_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:GAAATAAATGTTTCTAGGCAGTGATAAGAAGTCCTTATATTAAAAATGTTTTAAAACTTTAAAACATGAGTATTGATGGTATTACATAAAGCAGATAGAAACAGTCATgtgagtaatggtagttaaggtctggaaatatatttatgcacatttattgtagttttttactcggtgacataatgccatatacaggatgtccc
cagaaagtaaataaaactattctatatactctccttgaacagGTATGCCGTGACCCAAGATGGGGAAGGTGCTATGAGAGTTACAGTGAAGACACAGAAGTGGTCCGAAGCATGACTGATATTATATTGGGCATACAGGGTTCTCCTCCTGAGGGACATCCTAATGGATATCCATATGTGGCTGGAGGAACGACTGTTGT
GGCCTGCGCAAAGCATTTTGTTGGAGATGGTGGAACCACCAGAGGAATCAATGAGAACAATACAGTTGCAAGCTACAACGAGCTTTATCATATTCACATGCACCCATATCTGGATGCCTTGGCAAAGGGAGTATCGACTGTCATGGCATCTTACTCAAGCTGGAACGGAGTGAAAATGCATGCCAACCATGACCTTCTAA
CTCGCATCTTGAAAAACAGAATGGGATTC
Intron 3 GTAAGCACTT ... CCTTGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.39 | 121 | 9 | 29.1 |
| A2 | 14.86 | 63 | 9 | 11 |
| A3 | 21.26 | 101.6 | 7 | 27.4 |
| A4 | 12.49 | 104 | 4 | 14.9 |
| A5 | 22.73 | 51 | 3 | 15 |
| A6 | 9.05 | 109 | 4 | 10.9 |
| A7 | 8.2 | 240 | 8 | 21.4 |
| A8 | 17.79 | 99 | 4 | 21.4 |
| A9 | 9.96 | 209 | 9 | 23.1 |
| A10 | 14.27 | 279 | 7 | 46.4 |
>TRINITY_DN121620_c3_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformCCTGCTCAAAGTGATATGAAGTTTACAATTCAAAAAACGGTTTGAAAGGAATTTGACCGTTTGTAAATCCAAGAAGACCCACTAATTAGAAACATATTCAACTTTTCAAGAGTACTTTCCTGAGATGATAGTTATTCTCCATTTTAATACGAGATTTTAAAGTATTTATTAGTTGATTCCAAACGTTGAATGTTAGTTTC
GTGGAAAAAGAGGAATCTACAGTGAAAGCATCTTCTGGCTTCCAAGTGGAAATGGATAAGTATGGATGGATTCGACTTCTCATTGCTTTGTTGGTGCTCATGGCTGCAATCTCTGCACAGTGGAAATCCTGCAGAGGAGATGACGATGGGGAAAATAATTCTAAAAGTATTTACAAGGATCCTGGCCAACCAGTTGAAGC
AAGAGTTGAGGATTTGCTTTCTCGGATGACTGTGGATGAGAAAATTGGGCAGATGACTCAGATTGAGCGTGCGGTAACCAGCCCTGATGTAATTAAGAAGTTTGGAATAGGGAGCATTTTGAATGGTGGAGGGAGTACACCTGCACCACAGGCGTCTGCTAGTGTGTGGGCTGATATGGTTGATAGCTTCCAGGATGCAG
CTATGAGCACTCGCCTCGGCATTCCTATGATTTTTGGAACAGATGCTGTACATGGTCACAACAATGTTTACGGTGCAACAATTTTCCCACACAATATAGGCCTTGGGGCAACCAGAGATCCTGATTTGGTTAAAAGAATAGGAGCTGCCACTGCCCTTGAGGTCAGGGCTACTGGTATACCATATGCGTTTTCTCCTTGT
TTAGCTGTATGCCGTGACCCAAGATGGGGAAGGTGCTATGAGAGTTACAGTGAAGACACAGAAGTGGTCCGAAGCATGACTGATATTATATTGGGCATACAGGGCTCTCCTCCCGAGGGACATCCTAATGGATATCCATATGTGGCTGGAGGAACGACTGTTGTGGCCTGCGCAAAGCATTTTGTTGGAGATGGTGGAAC
CACCAGAGGAATCAATGAGAACAATACAGTTGCAAGCTACAACGAGCTTTATCATATTCACATGCACCCATATCTGGATGCCTTGGCAAAGGGAGTATCGACTGTCATGGCATCTTACTCAAGCTGGAACGGAGTGAAAATGCATGCCAGCCATGACCTTCTAACTCGCATCTTGAAAAACAGAATGGGATTCCAGGTAA
ATGCAGAAACATTTTCCAAATACTATTTTAATGATGTATCTGCTTTTGATTTATTTAAGTGAGAAAAATGATATCAGAGTACTGCAGGTTGCAGCTGGCTGTGGTAAGAAATTAATAGTAAAAAAATGTTCTTTCACGCTGGTTTTGTTCCCTGCTCTGGACAATTGTCATCGGCATAAATATTTGGAAAACCCCTTATG
CTATTGCCACTTCAAAAAGTTTCCTAAGATTTTGCTTTGTTTGGCCATTGTTGGAAATCACGTCTCTATATTTGTCTGATAAAAATGTGATTGTCCTTTTTCGTGAAACCCTTTTTTCCATAATTCCCAATTGCCGTTTGGATCTACACTTTGTTTTTTTGTGATGTTGTCAAATTTCTAATAATGCTTCAGAACTCAAT
TGCTTTGAAATTCTCACTGTGGTTTCAGATGAATCCCATTTTTGAGGAACAAATATATTTTTCAGTTTTGTCAGGACCATGTTGTAATTCTAGAAATGCTGCTGATAAAAGTTCCAGGACTAAGTTGGAATCCTAGAAATACTGCCTATAAATTTTCGGACCACAGTAAAATGATTCCTTAATAATTTAAGATGTTAAGG
GCATTCTGAGCAGGATTTTCTGGATAAACCCAATCCTAATGGTTTAGGTCTGACATTTTGAATCAGACTAGCATTGTCCATCTCCAGGAAATGTTTAGTCTGATTCGAAATGTCTATGACCTAAACTATGAAGATGCCGTCTCCCAGAAAATCTTGCTCAGGAGGAATCTAACCGCAGAAGCTAGTGAACTGATATAATA
TGGGCATTTTATAAAGAAGAAAAAAGGCCACAGATGCAGCCTATAGAGCGCAAGTGTCTGGAGTCAGAGAAATAAAAATTGCCTTATTTCAGTTAAAAAATGCTAGACAAGCTTAATATCCTAGCCAATAAAGCGCGCAAGTGTCTGGAATCAGAGAAATGAAAATTGCCTTATTTCAGTACAAAATTGCTAGACAAGCT
TAATAGCCTAGCCAATAAAGCGCAAGTGTCTGGAATCAGAGAAATGAAAATTGTCTTATTTCAGTACAATTCTGCTAGACAAGTCTAATAGCCTAGCCAATACATTTACCAGCCATTAAACAGATATAAAACAGGCCAGCGTGTCCACACAACTAGAAGAGTCCAAAAAGCCAGAAGCATAAATTAACTGCTGTGGGAAT
CATGCCTGCATTGGGCTGTGGGTTGTCATGAGAAGTGCCCCTCAACAAGTAATATAGGTTATGCTAGAGCCATCTAATCTTGTAGCAAACTTCTTCCCTCCAGCTGCTGGAATCCGGTGACACGGGAAGCCAGTGATCAATTTTTTGAGGACCTAGGTTGATTCAACCCATGCATGAGTCATTCCACCATTCACCAAACT
TAGATCATAATGGAATTCTGATCACGCCTCATTTCTGTTAGATTCTTGTCAGATTTGTGGCTAGAAAGTGGGTCCTTTTGCTAAAGCAATAGCTTACTCTGGTTATGTCTAACTATTATTCAGAGTATTGTAAAAATGTTAACAGAAGGATCCAGTCTTTTGCCTAATATTCCTCATGAGGCCAAACATGATCCACAAGT
ATATGGCAATTATATTATTTCTGAGTAAGACATGACAGTCACCCTGAGTTTCCCTGGTCAGGCTGTACTTAAGCCAGTTGTGGAGCATTTATTGGCATTGATCATTCTTTTGATTATTTCGTACAGGGATTCATCATTTCAGATTGGGAAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGAGCAAACTATAGCTACAGTAT
TTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGACATGGT
>TRINITY_DN121620_c3_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCTGCTCAAAGTGATATGAAGTTTACAATTCAAAAAACGGTTTGAAAGGAATTTGACCGTTTGTAAATCCAAGAAGACCCACTAATTAGAAACATATTCAACTTTTCAAGAGTACTTTCCTGAGATGATAGTTATTCTCCATTTTAATACGAGATTTTAAAGTATTTATTAGTTGATTCCAAACGTTGAATGTTAGTTTC
GTGGAAAAAGAGGAATCTACAGTGAAAGCATCTTCTGGCTTCCAAGTGGAAATGGATAAGTATGGATGGATTCGACTTCTCATTGCTTTGTTGGTGCTCATGGCTGCAATCTCTGCACAGTGGAAATCCTGCAGAGGAGATGACGATGGGGAAAATAATTCTAAAAGTATTTACAAGGATCCTGGCCAACCAGTTGAAGC
AAGAGTTGAGGATTTGCTTTCTCGGATGACTGTGGATGAGAAAATTGGGCAGATGACTCAGATTGAGCGTGCGGTAACCAGCCCTGATGTAATTAAGAAGTTTGGAATAGGGAGCATTTTGAATGGTGGAGGGAGTACACCTGCACCACAGGCGTCTGCTAGTGTGTGGGCTGATATGGTTGATAGCTTCCAGGATGCAG
CTATGAGCACTCGCCTCGGCATTCCTATGATTTTTGGAACAGATGCTGTACATGGTCACAACAATGTTTACGGTGCAACAATTTTCCCACACAATATAGGCCTTGGGGCAACCAGGCAAGTGTTATAGGTCTCCATGGTTACACGAAGTCTAGTGTCTGCAAGCATATTATGTTTTAATATAAAAATATTTAGCATGACC
TTTGTAGACTAATTGACAGACTTTTTCTTGATTTCTATATTCAGAGATCCTGATTTGGTTAAAAGAATAGGAGCTGCCACTGCCCTTGAGGTCAGGGCTACTGGTATACCATATGCGTTTTCTCCTTGTTTAGCTgtaagcacttgatctgaaacttaaatgttgtatgtggcctcaataatacctgaaatggctcgtat
cggctttgtttttctgtatagtttgtcagtaaggcagcttattaggcctgaggtccttgtgttacctagatttttttggggttgtattaggcctcattcctttatcagagatacaggatgtttgttcaaattttcagtctgctagatttcctagcttttaataagattcttggttcttggttttagttttctgctctatt
aggtgtcgtagattactttagatttccttgagttctgttctttattttcttttatccaatctatttaggcttcatagatgttcttgatgcttgttttagtgcatagattgaggggaaataaatgtttctaggcagtgataataagtccttatattaaaaatgttttaagactttaaaacatgagtattgatggtattaca
taaagcagatagaaacagtcatgtgagtaatggtagttaaggtctggaaatatatttatgcacatttattgtagttttttactcggtgacataatgccatatacaggatgtccccagaaagtaaataaaactattctatatactctccttgaacagGTATGCCGTGACCCAAGATGGGGAAGGTGCTATGAGAGTTACAG
TGAAGACACAGAAGTGGTCCGAAGCATGACTGATATTATATTGGGCATACAGGGTTCTCCTCCTGAGGGACATCCTAATGGATATCCATATGTGGCTGGAGGAACGACTGTTGTGGCCTGCGCAAAGCATTTTGTTGGAGATGGTGGAACCACCAGAGGAATCAATGAGAACAATACAGTTGCAAGCTACAACGAGCTTT
ATCATATTCACATGCACCCATATCTGGATGCCTTGGCAAAGGGAGTATCGACTGTCATGGCATCTTACTCAAGCTGGAACGGAGTGAAAATGCATGCCAGCCATGACCTTCTAACTCGCATCTTGAAAAACAGAATGGGATTCCAGGGATTCATCATTTCAGATTGGGAAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGA
GCAAACTATAGCTACAGTATTTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGACATGGTGATGGTCCCTTTCAACTTCCAAACTTACATCGATGAGCTCACAGCTTTAGTGAACTCGAGGGTGATCTCCATGAGCAGAATAGATGATGCAGTTAGGAGGATTCTAAGAGTCAAATTCATCGCTGGTTTGTTTGAGCACCCTGTAAC
AGACCGCTCCTTGTTGAGCACGGTTGGCAATCTTGCACATAGAGAGTTGGCGAGAGAAGCGGTACGCAAGTCTCTCGTTCTCTTGAAGAATGGGAAAATGCCTGGAAAGCCATTACTGCCTCTTGACAAGAATGCCCCAAAGATACTTGTAGCAGGCAGTCATGCACACAATCTGGGGTACCAGTGTGGTGGATGGACTA
TAAGCTGGGAAGGCAGCAGTGGTGCAACAACCGTAGGAACCACCATTCTGGATGCCATAAAACAAGCCGTCAGTCCATCAACCGAAGTAGTATACGAGCTTAACCCAGATGCAAATTTCATCAAAGGGAAAGGATTCTCTTACGCCATTGCAGTGATTGGGGAGCATCCCTACGCGGAAACAACGGGCGATAATGCCGAC
CTGACGATTCCTCTAGGGGGAATCGACGTGATAAACAACGTATGCAATGATAAGCACAGCAGTATTCCGTGCCTGGTTATCTTGATATCGGGGAGGCCATTGGTAGTGGAATCCTATTTGAACAGGATGGACGCACTCGTAGCTGCATGGCTGCCTGGTAGTGAAGGGCAGGGCATTACAGATGTTATATTCGGGGATTA
TGATTTTCAAGGCCAACTGCCCAGAACGTGGTTTAAACGCGTGGATCAGCTGCCTATGAATGTGGGCGATAAGGATTACGATCCACTGTTTCCTTTTGGATTCAGTATGACTATGAATTTGCAGAGCGGCCATCATCATCATCATCAGTAGCAAAAAAACAAACAAACGAGACAAATGAAACAATCATGGCTGCCGCAAA
TGTAAATGTAAATTGATCTTGGTGTTCCTCTGCTGATTATCCATCAGCTCTTTGGTGTTCTTCTGTTGATTATCTATCAGCTCTTTGTATTCTTATAGATTATAGAATCATGAATTATTGGTTTCACTTGTTAAAAAGGGTCGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTTATTATTTTGAGAATGTTAAGATTTTAGTAAT
TTGATTTTCTGTTTGATATTGAGCCTGGCGTTTGCATAAACTATTAAATGGAGGGGTCAGGGGCAGGAGCAGGGGCTGCTCAAAGCAGGGTGAGGGTAATGATCGTCTCAGAGTTGTCAGCATGGTCCTACATGTGAAAAGAGTGACGGTCCATCTGTACTATGGATGATGTAAGGTGGCATTGTCCTGTGACCACCATG
TAGCATAATATCGGTATTCCATGTAAAATAACATAGTATGGATTGCTCGGCATAACATCGGTGACAGTGGCATTTACATCACTTGCTGCTGCAAATGTAAATTAAATGGATCCTGGTGCCTCTCTGCTGATTATTCATCATCTCTTTGTACTCTGATAGATGCTAGATTATAGAATCATGGAATTATTGGTTTTTGTTAA
AAAGGGTTGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTAATTATTTTGAGAATGATGAGATTTTAGTAAATTTGATATTCTGTTTTATTTGAGCCTGGTGTTTGCATAAACTATCAGATGTATAGGGGTCAGGGGAAGGAGCAGGGGCAGGGGCTGCTAAAAATGGGTCGAGAGTAAAGATTGTCGAAAAGTTCTCATATTGGT
ACTATATGTGAAAAGAGTAGCGGCTCATCTTTACTATGCATGATGGGAGGTAGCACTGACTTGTGACCACCATGTAACCATAGTAGCAAGATTCGAGTACAGATTCGAAAACGATTCGGATACAATACGGAAAAAATACGTAAAGAAAAAATCAAGTATGGCTAAAATACGGG
Intron 4 GTATGTTGGG ... TGAATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.24 | 201 | 0 | 51 |
| A2 | 12.7 | 165 | 1 | 24 |
| A3 | 15.19 | 240 | 0 | 43 |
| A4 | 11.79 | 187 | 0 | 25 |
| A5 | 22.88 | 118 | 0 | 35 |
| A6 | 16.27 | 319 | 0 | 62 |
| A7 | 15.22 | 585 | 0 | 105 |
| A8 | 16.86 | 291 | 0 | 59 |
| A9 | 15.37 | 490 | 0 | 89 |
| A10 | 17.07 | 588 | 0 | 121 |
>TRINITY_DN115082_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformGTGTTATAGGTCTCCATGGTTACACGAAGTCTAGTGTCTGCAAGCATATTATGTTTTAATATAAAAATATTTAGCATGACCTTTGTAGACTAATTGACAGACTTTTTCTTGATTTCTATATTCAGAGATCCTGATTTGGTTAAAAGAATAGGAGCTGCCACTGCCCTTGAGGTCAGGGCTACTGGTATACCATATGCGTT
TTCTCCTTGTTTAGCTGTAAGCACTTGATCTGAAACTTAAATGTTGTATGTGGCCTCAATAATACCTGAAATGGCTGGTATCGGCTTTGTTTTTCTGTATAGTATGTCAGTAAGGCAGCTTATTAGGCCTGAGGTCCTTGTGTTACCTAGATTTTTTTGGGGTTGTATTAGGCCTCATTCCTTTATCAGAGATACAGGAT
GTTTGTTCAAATTTTCAATCTGCTAGATTTCCTAGCTTTTAATAAGATTCTTGGTTCTTGGTTTTAGTTTTCTGTTCTATTAGGTGTCGTAGATTACTTTAGATTTCCTTGAGTTCTGTTCTTTATTTTCTTTTATCCAATCTATTTAGGCTTCATAGATGTTCTTGATGCTTGTTTTAGTGCATAGATTGAGGGGAAAT
AAATGTTTCTAGGCAGTGATAAGAAGTCCTTATATTAAAAATGTTTTAAAACTTTAAAACATGAGTATTGATGGTATTACATAAAGCAGATAGAAACAGTCATGTGAGTAATGGTAGTTAAGGTCTGGAAATATATTTATGCACATTTATTGTAGTTTTTTACTCGGTGACATAATGCCATATACAGGATGTCCCCAGAA
AGTAAATAAAACTATTCTATATACTCTCCTTGAACAGGTATGCCGTGACCCAAGATGGGGAAGGTGCTATGAGAGTTACAGTGAAGACACAGAAGTGGTCCGAAGCATGACTGATATTATATTGGGCATACAGGGTTCTCCTCCTGAGGGACATCCTAATGGATATCCATATGTGGCTGGAGGAACGACTGTTGTGGCCT
GCGCAAAGCATTTTGTTGGAGATGGTGGAACCACCAGAGGAATCAATGAGAACAATACAGTTGCAAGCTACAACGAGCTTTATCATATTCACATGCACCCATATCTGGATGCCTTGGCAAAGGGAGTATCGACTGTCATGGCATCTTACTCAAGCTGGAACGGAGTGAAAATGCATGCCAGCCATGACCTTCTAACTCGC
ATCTTGAAAAACAGAATGGGATTCCAGGGATTCATCATTTCAGATTGGGAAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGAGCAAACTATAGCTACAGTATTTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGACATGGTGATGGTCCCTTTCAACTTCCAAACTTACATCGATGAGCTCACAGCTTTAGTGAACTCGAGGGTGAT
CTCCATGAGCAGAATAGATGATGCAGTTAGGAGGATTCTAAGAGTCAAATTCATCGCTGGTTTGTTTGAGCACCCTGTAACAGACCGCTCCTTGTTGAGCACGGTTGGCAATCTTGCACATAGAGAGTTGGCGAGAGAAGCGGTACGCAAGTCTCTCGTTCTCTTGAAGAATGGGAAAATGCCTGGAAAGCCATTACTGC
CTCTTGACAAGAATGCCCCAAAGATACTTGTAGCAGGCAGTCATGCACACAATCTGGGGTACCAGTGTGGTGGATGGACTATAAGCTGGGAAGGCAGCAGTGGTGCAACAACCGTAGGAACCACCATTCTGGATGCCATAAAACAAGCCGTCAGTCCATCAACCGAAGTAGTATACGAGCTTAACCCAGATGCAAATTTC
ATCAAAGGGAAAGGATTCTCTTACGCCATTGCAGTGATTGGGGAGCATCCCTACGCGGAAACAACGGGCGATAATGCCGACCTGACGATTCCTCTAGGGGGAATCGACGTGATAAACAACGTATGCAATGATAAGCACAGCAGTATTCCGTGCCTGGTTATCTTGATATCGGGGAGGCCATTGGTAGTGGAATCCTATTT
GAACAGGATGGACGCACTCGTAGCTGCATGGCTGCCTGGTAGTGAAGGGCAGGGCATTACAGATGTTATATTCGGGGATTATGATTTTCAAGGCCAACTGCCCAGAACGTGGTTTAAACGCGTGGATCAGCTGCCTATGAATGTGGGCGATAAGGATTACGATCCACTGTTTCCTTTTGGATTCAGTATGACTATGAATT
TGCAGAGCGGCCATCATCATCATCATCAGTAGCAAAAAAACAAACAAAGGAGACAAATGAAACAATCATGGCTGCCGCAAATGTAAATGTAAATTGATCTTGGTGTTCCTCTGCTGATTATCCATCAGCTCTTTGGTGTTCTTCTGTTGATTATCTATCAGCTCTTTGTATTCTTATAGATTATAGAATCATGAATTATT
GGTTTCACTTGTTAAAAAGGGTCGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTTATTATTTTGAGAATGTTAAGATTTTAGTAATTTGATTTTCTGTTTGATATTGAGCCTGGCGTTTGCATAAACTATTAAATGGAGGGGTCAGGGGCAGGAGCAGGGGCTGCTCAAAGCAGGGTGAGGGTAATGATCGTCTCAGAGTTGTCA
GCATGGTCCTACATGTGAAAAGAGTGACGGTCCATCTGTACTATGGATGATGTAAGGTGGCATTGTCCTGTGACCACCATGTAGCATAATATCGGTATTCCATGTAAAATAACATAGTATGGATTGCTCGGCATAACATCGGTGACAGTGGCATTTACATCACTTGCTGCTGCAAATGTAAATTAAATGGATCCTGGTGC
CTCTCTGCTGATTATTCATCATCTCTTTGTACTCTGATAGATGCTAGATTATAGAATCATGGAATTATTGGTTTTTGTTAAAAAGG
>TRINITY_DN115082_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGATATCCATATGTGGCTGGAGGgtatgttgggcgctatcttttgccctgtgatttgtaaggtcattttgtaatattaaatgcgctttacatttcccattagaatgtattcttattgtaaattttgaattgcagAACGACTGTTGTGGCCTGCGCAAAGCATTTTGTTGGAGATGGTGGAACCACCAGAGGAATCAATGA
GAACAATACAGTTGCAAGCTACAACGAGCTTTATCATATTCACATGCACCCATATCTGGATGCCTTGGCAAAGGGAGTATCGACTGTCATGGCATCTTACTCAAGCTGGAACGGAGTGAAAATGCATGCCAGCCATGACCTTCTAACTCGCATCTTGAAAAACAGAATGGGATTCCAGGGATTCATCATTTCAGATTGGG
AAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGAGCAAACTATAGCTACAGTATTTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGACATGGTGATGGTCCCTTTCAACTTCCAAACTTACATCGATGAGCTCACAGCTTTAGTGAACTCGAGGGTGATCTCCATGAGCAGAATAGATGATGCAGTTAGGAGGATTCTAAGAGTCAAA
TTCATCGCTGGTTTGTTTGAGCACCCTGTAACAGACCGCTCCTTGTTGAGCACGGTTGGCAATCTTGCACATAGAGAGTTGGCGAGAGAAGCGGTACGCAAGTCTCTCGTTCTCTTGAAGAATGGGAAAATGCCTGGAAAGCCATTACTGCCTCTTGACAAGAATGCCCCAAAGATACTTGTAGCAGGCAGTCATGCACA
CAATCTGGGGTACCAGTGTGGTGGATGGACTATAAGCTGGGAAGGCAGCAGTGGTGCAACAACCGTAGGAACCACCATTCTGGATGCCATAAAACAAGCCGTCAGTCCATCAACCGAAGTAGTATACGAGCTTAACCCAGATGCAAATTTCATCAAAGGGAAAGGATTCTCTTACGCCATTGCAGTGATTGGGGAGCATC
CCTACGCGGAAACAACGGGCGATAATGCCGACCTGACGATTCCTCTAGGGGGAATCGACGTGATAAACAACGTATGCAATGATAAGCACAGCAGTATTCCGTGCCTGGTTATCTTGATATCGGGGAGGCCATTGGTAGTGGAATCCTATTTGAACAGGATGGACGCACTCGTAGCTGCATGGCTGCCTGGTAGTGAAGGG
CAGGGCATTACAGATGTTATATTCGGGGATTATGATTTTCAAGGCCAACTGCCCAGAACGTGGTTTAAACGCGTGGATCAGCTGCCTATGAATGTGGGCGATAAGGATTACGATCCACTGTTTCCTTTTGGATTCAGTATGACTATGAATTTGCAGAGCGGCCATCATCATCATCATCAGTAGCAAAAAAACAAACAAAG
GAGACAAATGAAACAATCATGGCTGCCGCAAATGTAAATGTAAATTGATCTTGGTGTTCCTCTGCTGATTATCCATCAGCTCTTTGGTGTTCTTCTGTTGATTATCTATCAGCTCTTTGTATTCTTATAGATTATAGAATCATGAATTATTGGTTTCACTTGTTAAAAAGGGTCGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATT
TATTATTTTGAGAATGTTAAGATTTTAGTAATTTGATTTTCTGTTTGATATTGAGCCTGGCGTTTGCATAAACTATTAAATGGAGGGGTCAGGGGCAGGAGCAGGGGCTGCTCAAAGCAGGGTGAGGGTAATGATCGTCTCAGAGTTGTCAGCATGGTCCTACATGTGAAAAGAGTGACGGTCCATCTGTACTATGGATG
ATGTAAGGTGGCATTGTCCTGTGACCACCATGTAGCATAATATCGGTATTCCATGTAAAATAACATAGTATGGATTGCTCGGCATAACATCGGTGACAGTGGCATTTACATCACTTGCTGCTGCAAATGTAAATTAAATGGATCCTGGTGCCTCTCTGCTGATTATTCATCATCTCTTTGTACTCTGATAGATGCTAGAT
TATAGAATCATGGAATTATTGGTTTTTGTTAAAAAGG
Intron 5 GTAAATGCAG ... TTTCGTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.9 | 82 | 23 | 2 |
| A2 | 17.65 | 84 | 18 | 7 |
| A3 | 20.19 | 83 | 21 | 4 |
| A4 | 17 | 83 | 17 | 4 |
| A5 | 25.58 | 64 | 22 | 1 |
| A6 | 17 | 166 | 34 | 1 |
| A7 | 17.01 | 239 | 49 | 7 |
| A8 | 17.71 | 158 | 34 | 8 |
| A9 | 17.97 | 242 | 53 | 1 |
| A10 | 16.57 | 287 | 57 | 3 |
>TRINITY_DN121620_c3_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformCCTGCTCAAAGTGATATGAAGTTTACAATTCAAAAAACGGTTTGAAAGGAATTTGACCGTTTGTAAATCCAAGAAGACCCACTAATTAGAAACATATTCAACTTTTCAAGAGTACTTTCCTGAGATGATAGTTATTCTCCATTTTAATACGAGATTTTAAAGTATTTATTAGTTGATTCCAAACGTTGAATGTTAGTTTC
GTGGAAAAAGAGGAATCTACAGTGAAAGCATCTTCTGGCTTCCAAGTGGAAATGGATAAGTATGGATGGATTCGACTTCTCATTGCTTTGTTGGTGCTCATGGCTGCAATCTCTGCACAGTGGAAATCCTGCAGAGGAGATGACGATGGGGAAAATAATTCTAAAAGTATTTACAAGGATCCTGGCCAACCAGTTGAAGC
AAGAGTTGAGGATTTGCTTTCTCGGATGACTGTGGATGAGAAAATTGGGCAGATGACTCAGATTGAGCGTGCGGTAACCAGCCCTGATGTAATTAAGAAGTTTGGAATAGGGAGCATTTTGAATGGTGGAGGGAGTACACCTGCACCACAGGCGTCTGCTAGTGTGTGGGCTGATATGGTTGATAGCTTCCAGGATGCAG
CTATGAGCACTCGCCTCGGCATTCCTATGATTTTTGGAACAGATGCTGTACATGGTCACAACAATGTTTACGGTGCAACAATTTTCCCACACAATATAGGCCTTGGGGCAACCAGGCAAGTGTTATAGGTCTCCATGGTTACACGAAGTCTAGTGTCTGCAAGCATATTATGTTTTAATATAAAAATATTTAGCATGACC
TTTGTAGACTAATTGACAGACTTTTTCTTGATTTCTATATTCAGAGATCCTGATTTGGTTAAAAGAATAGGAGCTGCCACTGCCCTTGAGGTCAGGGCTACTGGTATACCATATGCGTTTTCTCCTTGTTTAGCTGTAAGCACTTGATCTGAAACTTAAATGTTGTATGTGGCCTCAATAATACCTGAAATGGCTCGTAT
CGGCTTTGTTTTTCTGTATAGTTTGTCAGTAAGGCAGCTTATTAGGCCTGAGGTCCTTGTGTTACCTAGATTTTTTTGGGGTTGTATTAGGCCTCATTCCTTTATCAGAGATACAGGATGTTTGTTCAAATTTTCAGTCTGCTAGATTTCCTAGCTTTTAATAAGATTCTTGGTTCTTGGTTTTAGTTTTCTGCTCTATT
AGGTGTCGTAGATTACTTTAGATTTCCTTGAGTTCTGTTCTTTATTTTCTTTTATCCAATCTATTTAGGCTTCATAGATGTTCTTGATGCTTGTTTTAGTGCATAGATTGAGGGGAAATAAATGTTTCTAGGCAGTGATAATAAGTCCTTATATTAAAAATGTTTTAAGACTTTAAAACATGAGTATTGATGGTATTACA
TAAAGCAGATAGAAACAGTCATGTGAGTAATGGTAGTTAAGGTCTGGAAATATATTTATGCACATTTATTGTAGTTTTTTACTCGGTGACATAATGCCATATACAGGATGTCCCCAGAAAGTAAATAAAACTATTCTATATACTCTCCTTGAACAGGTATGCCGTGACCCAAGATGGGGAAGGTGCTATGAGAGTTACAG
TGAAGACACAGAAGTGGTCCGAAGCATGACTGATATTATATTGGGCATACAGGGTTCTCCTCCTGAGGGACATCCTAATGGATATCCATATGTGGCTGGAGGAACGACTGTTGTGGCCTGCGCAAAGCATTTTGTTGGAGATGGTGGAACCACCAGAGGAATCAATGAGAACAATACAGTTGCAAGCTACAACGAGCTTT
ATCATATTCACATGCACCCATATCTGGATGCCTTGGCAAAGGGAGTATCGACTGTCATGGCATCTTACTCAAGCTGGAACGGAGTGAAAATGCATGCCAGCCATGACCTTCTAACTCGCATCTTGAAAAACAGAATGGGATTCCAGGGATTCATCATTTCAGATTGGGAAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGA
GCAAACTATAGCTACAGTATTTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGACATGGTGATGGTCCCTTTCAACTTCCAAACTTACATCGATGAGCTCACAGCTTTAGTGAACTCGAGGGTGATCTCCATGAGCAGAATAGATGATGCAGTTAGGAGGATTCTAAGAGTCAAATTCATCGCTGGTTTGTTTGAGCACCCTGTAAC
AGACCGCTCCTTGTTGAGCACGGTTGGCAATCTTGCACATAGAGAGTTGGCGAGAGAAGCGGTACGCAAGTCTCTCGTTCTCTTGAAGAATGGGAAAATGCCTGGAAAGCCATTACTGCCTCTTGACAAGAATGCCCCAAAGATACTTGTAGCAGGCAGTCATGCACACAATCTGGGGTACCAGTGTGGTGGATGGACTA
TAAGCTGGGAAGGCAGCAGTGGTGCAACAACCGTAGGAACCACCATTCTGGATGCCATAAAACAAGCCGTCAGTCCATCAACCGAAGTAGTATACGAGCTTAACCCAGATGCAAATTTCATCAAAGGGAAAGGATTCTCTTACGCCATTGCAGTGATTGGGGAGCATCCCTACGCGGAAACAACGGGCGATAATGCCGAC
CTGACGATTCCTCTAGGGGGAATCGACGTGATAAACAACGTATGCAATGATAAGCACAGCAGTATTCCGTGCCTGGTTATCTTGATATCGGGGAGGCCATTGGTAGTGGAATCCTATTTGAACAGGATGGACGCACTCGTAGCTGCATGGCTGCCTGGTAGTGAAGGGCAGGGCATTACAGATGTTATATTCGGGGATTA
TGATTTTCAAGGCCAACTGCCCAGAACGTGGTTTAAACGCGTGGATCAGCTGCCTATGAATGTGGGCGATAAGGATTACGATCCACTGTTTCCTTTTGGATTCAGTATGACTATGAATTTGCAGAGCGGCCATCATCATCATCATCAGTAGCAAAAAAACAAACAAACGAGACAAATGAAACAATCATGGCTGCCGCAAA
TGTAAATGTAAATTGATCTTGGTGTTCCTCTGCTGATTATCCATCAGCTCTTTGGTGTTCTTCTGTTGATTATCTATCAGCTCTTTGTATTCTTATAGATTATAGAATCATGAATTATTGGTTTCACTTGTTAAAAAGGGTCGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTTATTATTTTGAGAATGTTAAGATTTTAGTAAT
TTGATTTTCTGTTTGATATTGAGCCTGGCGTTTGCATAAACTATTAAATGGAGGGGTCAGGGGCAGGAGCAGGGGCTGCTCAAAGCAGGGTGAGGGTAATGATCGTCTCAGAGTTGTCAGCATGGTCCTACATGTGAAAAGAGTGACGGTCCATCTGTACTATGGATGATGTAAGGTGGCATTGTCCTGTGACCACCATG
TAGCATAATATCGGTATTCCATGTAAAATAACATAGTATGGATTGCTCGGCATAACATCGGTGACAGTGGCATTTACATCACTTGCTGCTGCAAATGTAAATTAAATGGATCCTGGTGCCTCTCTGCTGATTATTCATCATCTCTTTGTACTCTGATAGATGCTAGATTATAGAATCATGGAATTATTGGTTTTTGTTAA
AAAGGGTTGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTAATTATTTTGAGAATGATGAGATTTTAGTAAATTTGATATTCTGTTTTATTTGAGCCTGGTGTTTGCATAAACTATCAGATGTATAGGGGTCAGGGGAAGGAGCAGGGGCAGGGGCTGCTAAAAATGGGTCGAGAGTAAAGATTGTCGAAAAGTTCTCATATTGGT
ACTATATGTGAAAAGAGTAGCGGCTCATCTTTACTATGCATGATGGGAGGTAGCACTGACTTGTGACCACCATGTAACCATAGTAGCAAGATTCGAGTACAGATTCGAAAACGATTCGGATACAATACGGAAAAAATACGTAAAGAAAAAATCAAGTATGGCTAAAATACGGG
>TRINITY_DN121620_c3_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCTGCTCAAAGTGATATGAAGTTTACAATTCAAAAAACGGTTTGAAAGGAATTTGACCGTTTGTAAATCCAAGAAGACCCACTAATTAGAAACATATTCAACTTTTCAAGAGTACTTTCCTGAGATGATAGTTATTCTCCATTTTAATACGAGATTTTAAAGTATTTATTAGTTGATTCCAAACGTTGAATGTTAGTTTC
GTGGAAAAAGAGGAATCTACAGTGAAAGCATCTTCTGGCTTCCAAGTGGAAATGGATAAGTATGGATGGATTCGACTTCTCATTGCTTTGTTGGTGCTCATGGCTGCAATCTCTGCACAGTGGAAATCCTGCAGAGGAGATGACGATGGGGAAAATAATTCTAAAAGTATTTACAAGGATCCTGGCCAACCAGTTGAAGC
AAGAGTTGAGGATTTGCTTTCTCGGATGACTGTGGATGAGAAAATTGGGCAGATGACTCAGATTGAGCGTGCGGTAACCAGCCCTGATGTAATTAAGAAGTTTGGAATAGGGAGCATTTTGAATGGTGGAGGGAGTACACCTGCACCACAGGCGTCTGCTAGTGTGTGGGCTGATATGGTTGATAGCTTCCAGGATGCAG
CTATGAGCACTCGCCTCGGCATTCCTATGATTTTTGGAACAGATGCTGTACATGGTCACAACAATGTTTACGGTGCAACAATTTTCCCACACAATATAGGCCTTGGGGCAACCAGAGATCCTGATTTGGTTAAAAGAATAGGAGCTGCCACTGCCCTTGAGGTCAGGGCTACTGGTATACCATATGCGTTTTCTCCTTGT
TTAGCTGTATGCCGTGACCCAAGATGGGGAAGGTGCTATGAGAGTTACAGTGAAGACACAGAAGTGGTCCGAAGCATGACTGATATTATATTGGGCATACAGGGCTCTCCTCCCGAGGGACATCCTAATGGATATCCATATGTGGCTGGAGGAACGACTGTTGTGGCCTGCGCAAAGCATTTTGTTGGAGATGGTGGAAC
CACCAGAGGAATCAATGAGAACAATACAGTTGCAAGCTACAACGAGCTTTATCATATTCACATGCACCCATATCTGGATGCCTTGGCAAAGGGAGTATCGACTGTCATGGCATCTTACTCAAGCTGGAACGGAGTGAAAATGCATGCCAGCCATGACCTTCTAACTCGCATCTTGAAAAACAGAATGGGATTCCAGgtaa
atgcagaaacattttccaaatactattttaatgatgtatctgcttttgatttatttaagtgagaaaaatgatatcagagtactgcaggttgcagctggctgtggtaagaaattaatagtaaaaaaatgttctttcacgctggttttgttccctgctctggacaattgtcatcggcataaatatttggaaaaccccttatg
ctattgccacttcaaaaagtttcctaagattttgctttgtttggccattgttggaaatcacgtctctatatttgtctgataaaaatgtgattgtcctttttcgtgaaacccttttttccataattcccaattgccgtttggatctacactttgtttttttgtgatgttgtcaaatttctaataatgcttcagaactcaat
tgctttgaaattctcactgtggtttcagatgaatcccatttttgaggaacaaatatatttttcagttttgtcaggaccatgttgtaattctagaaatgctgctgataaaagttccaggactaagttggaatcctagaaatactgcctataaattttcggaccacagtaaaatgattccttaataatttaagatgttaagg
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tgggcattttataaagaagaaaaaaggccacagatgcagcctatagagcgcaagtgtctggagtcagagaaataaaaattgccttatttcagttaaaaaatgctagacaagcttaatatcctagccaataaagcgcgcaagtgtctggaatcagagaaatgaaaattgccttatttcagtacaaaattgctagacaagct
taatagcctagccaataaagcgcaagtgtctggaatcagagaaatgaaaattgtcttatttcagtacaattctgctagacaagtctaatagcctagccaatacatttaccagccattaaacagatataaaacaggccagcgtgtccacacaactagaagagtccaaaaagccagaagcataaattaactgctgtgggaat
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atatggcaattatattatttctgagtaagacatgacagtcaccctgagtttccctggtcaggctgtacttaagccagttgtggagcatttattggcattgatcattcttttgattatttcgtacagGGATTCATCATTTCAGATTGGGAAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGAGCAAACTATAGCTACAGTAT
TTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGACATGGT
Intron 6 GTAAGCATAA ... TACGATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.03 | 150 | 33 | 22 |
| A2 | 14.66 | 99 | 17 | 14.5 |
| A3 | 11.97 | 125 | 17 | 17.5 |
| A4 | 22.67 | 116 | 34 | 12.5 |
| A5 | 6.82 | 41 | 3 | 9.5 |
| A6 | 17.41 | 299 | 63 | 36 |
| A7 | 14.42 | 445 | 75 | 43.5 |
| A8 | 10.62 | 303 | 36 | 39 |
| A9 | 16.11 | 401 | 77 | 51.5 |
| A10 | 14.56 | 399 | 68 | 48 |
>TRINITY_DN121620_c3_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCCTGCTCAAAGTGATATGAAGTTTACAATTCAAAAAACGGTTTGAAAGGAATTTGACCGTTTGTAAATCCAAGAAGACCCACTAATTAGAAACATATTCAACTTTTCAAGAGTACTTTCCTGAGATGATAGTTATTCTCCATTTTAATACGAGATTTTAAAGTATTTATTAGTTGATTCCAAACGTTGAATGTTAGTTTC
GTGGAAAAAGAGGAATCTACAGTGAAAGCATCTTCTGGCTTCCAAGTGGAAATGGATAAGTATGGATGGATTCGACTTCTCATTGCTTTGTTGGTGCTCATGGCTGCAATCTCTGCACAGTGGAAATCCTGCAGAGGAGATGACGATGGGGAAAATAATTCTAAAAGTATTTACAAGGATCCTGGCCAACCAGTTGAAGC
AAGAGTTGAGGATTTGCTTTCTCGGATGACTGTGGATGAGAAAATTGGGCAGATGACTCAGATTGAGCGTGCGGTAACCAGCCCTGATGTAATTAAGAAGTTTGGAATAGGGAGCATTTTGAATGGTGGAGGGAGTACACCTGCACCACAGGCGTCTGCTAGTGTGTGGGCTGATATGGTTGATAGCTTCCAGGATGCAG
CTATGAGCACTCGCCTCGGCATTCCTATGATTTTTGGAACAGATGCTGTACATGGTCACAACAATGTTTACGGTGCAACAATTTTCCCACACAATATAGGCCTTGGGGCAACCAGAGATCCTGATTTGGTTAAAAGAATAGGAGCTGCCACTGCCCTTGAGGTCAGGGCTACTGGTATACCATATGCGTTTTCTCCTTGT
TTAGCTGTATGCCGTGACCCAAGATGGGGAAGGTGCTATGAGAGTTACAGTGAAGACACAGAAGTGGTCCGAAGCATGACTGATATTATATTGGGCATACAGGGCTCTCCTCCCGAGGGACATCCTAATGGATATCCATATGTGGCTGGAGGAACGACTGTTGTGGCCTGCGCAAAGCATTTTGTTGGAGATGGTGGAAC
CACCAGAGGAATCAATGAGAACAATACAGTTGCAAGCTACAACGAGCTTTATCATATTCACATGCACCCATATCTGGATGCCTTGGCAAAGGGAGTATCGACTGTCATGGCATCTTACTCAAGCTGGAACGGAGTGAAAATGCATGCCAGCCATGACCTTCTAACTCGCATCTTGAAAAACAGAATGGGATTCAAGGGAT
TCATCATTTCAGATTGGGAAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGAGCAAACTATAGCTACAGTATTTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGACATGGTGATGGTCCCTTTCAACTTCCAAACTTACATCGATGAGCTCACAGCTTTAGTGAACTCGAGGGTGATCTCCATGAGCAGAATAGATGATGCAGTTAGG
AGGATTCTAAGAGTCAAATTCATCGCTGGTTTGTTTGAGCACCCTGTAACAGACCGCTCCTTGTTGAGCACGGTTGGCAATCTTGCACATAGAGAGTTGGCGAGAGAAGCGGTACGCAAGTCTCTCGTTCTCTTGAAGAATGGGAAAATGCCTGGAAAGCCATTACTGCCTCTTGACAAGAATGCCCCAAAGATACTTGT
AGCAGGCAGTCATGCACACAATCTGGGGTACCAGTGTGGTGGATGGACTATAAGCTGGGAAGGTAGCAGTGGTGCAACAACCGTAGGTAAGCACAATAAATATAAAAGGGCTGGTTTCCACAAATAGTTATTTTCTATCACAAACTCAACTAACAGAAGGTCTGATATGCATCTCATTGAGCTTCAACATTTCTGGCCAT
TTGGACCAATTTTTGAAGTTGAGATATGTATTCTGGAACTTTACAATTTCAGGTAACATCAGATTCCATTTAGATAGGTTAGTGTTGGGATGGGATCGATATTCAATGAACCCAATGTGTCAATTAGATGCCTCATATGCATCTCTTTGTGCTTCAATATTACTATCCATTTGGACCAACTTGTGAAGTTGAGATATGTA
TTCTGGAACTTTACAATTTCAGGTGAACATCAGATTCCATTCAGATAGGTCTGGGTTGGGATGGGATCTATATTCAATGCACCCAATGTGTTGATTAGATATAAATGTTGATGGATCTACCCCACCCCCATAGGAACTAGATAGATGCGTCTGCTCTGATCTATAAATTCAATGGACCCAATACTTACTGCAGTGTCATA
TCCCATCTTGAGGCTGTTTGAGCTTCAATATTTGATCTATCAGACTTCAACTTGCCATTTGTGCACGCCAAC
>TRINITY_DN121620_c3_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAAATGCAGAAACATTTTCCAAATACTATTTTAATGATGTATCTGCTTTTGATTTATTTAAGTGAGAAAAATGATATCAGAGTACTGCAGGTTGCAGCTGGCTGTGGTAAGAAATTAATAGTAAAAAAATGTTCTTTCACGCTGGTTTTGTTCCCTGCTCTGGACAATTGTCATCGGCATAAATATTTGGAAAACCCCTT
ATGCTATTGCCACTTCAAAAAGTTTCCTAAGATTTTGCTTTGTTTGGCCATTGTTGGAAATCACGTCTCTATATTTGTCTGATAAAAATGTGATTGTCCTTTTTCGTGAAACCCTTTTTTCCATAATTCCCAATTGCCGTTTGGATCTACACTTTGTTTTTTTGTGATGTTGTCAAATTTCTAATAATGCTTCAGAACTC
AATTGCTTTGAAATTCTCACTGTGGTTTCAGATGAATCCCATTTTTGAGGAACAAATATATTTTTCAGTTTTGTCAGGACCATGTTGTAATTCTAGAAATGCTGCTGATAAAAGTTCCAGGACTAAGTTGGAATCCTAGAAATACTGCCTATAAATTTTCGGACCACAGTAAAATGATTCCTTAATAATTTAAGATGTTA
AGGGCATTCTGAGCAGGATTTTCTGGATAAACCCAATCCTAATGGTTTAGGTCTGACATTTTGAATCAGACTAGCATTGTCCATCTCCAGGAAATGTTTAGTCTGATTCGAAATGTCTATGACCTAAACTATGAAGATGCCGTCTCCCAGAAAATCTTGCTCAGGAGGAATCTAACCGCAGAAGCTAGTGAACTGATATA
ATATGGGCATTTTATAAAGAAGAAAAAAGGCCACAGATGCAGCCTATAGAGCGCAAGTGTCTGGAGTCAGAGAAATAAAAATTGCCTTATTTCAGTTAAAAAATGCTAGACAAGCTTAATATCCTAGCCAATAAAGCGCGCAAGTGTCTGGAATCAGAGAAATGAAAATTGCCTTATTTCAGTACAAAATTGCTAGACAA
GCTTAATAGCCTAGCCAATAAAGCGCAAGTGTCTGGAATCAGAGAAATGAAAATTGTCTTATTTCAGTACAATTCTGCTAGACAAGTCTAATAGCCTAGCCAATACATTTACCAGCCATTAAACAGATATAAAACAGGCCAGCGTGTCCACACAACTAGAAGAGTCCAAAAAGCCAGAAGCATAAATTAACTGCTGTGGG
AATCATGCCTGCATTGGGCTGTGGGTTGTCATGAGAAGTGCCCCTCAACAAGTAATATAGGTTATGCTAGAGCCATCTAATCTTGTAGCAAACTTCTTCCCTCCAGCTGCTGGAATCCGGTGACACGGGAAGCCAGTGATCAATTTTTTGAGGACCTAGGTTGATTCAACCCATGCATGAGTCATTCCACCATTCACCAA
ACTTAGATCATAATGGAATTCTGATCACGCCTCATTTCTGTTAGATTCTTGTCAGATTTGTGGCTAGAAAGTGGGTCCTTTTGCTAAAGCAATAGCTTACTCTGGTTATGTCTAACTATTATTCAGAGTATTGTAAAAATGTTAACAGAAGGATCCAGTCTTTTGCCTAATATTCCTCATGAGGCCAAACATGATCCACA
AGTATATGGCAATTATATTATTTCTGAGTAAGACATGACAGTCACCCTGAGTTTCCCTGGTCAGGCTGTACTTAAGCCAGTTGTGGAGCATTTATTGGCATTGATCATTCTTTTGATTATTTCGTACAGGGATTCATCATTTCAGATTGGGAAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGAGCAAACTATAGCTACAG
TATTTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGACATGGTAGACAATTCTGTTTTACATTTGCTTCTTTAATATGTTTGTACTCTGTTTTGCTAACTTTGTTCTGTTTCAAGTTTCAACTCATTACTAGGTTCTGATGGTTTATGCCATATGGTATTTAGTATTGCTGATGAAATATATTGTTATTAAACATTGCAGGTGATGG
TCCCTTTCAACTTCCAAACTTACATCGATGAGCTCACAGCTTTAGTGAACTCGAGGGTGATCTCCATGAGCAGAATAGATGATGCAGTTAGGAGGATTCTAAGAGTCAAATTCATCGCTGGTTTGTTTGAGCACCCTGTAACAGACCGCTCCTTGTTGAGCACGGTTGGCAATCTTgtaagcataacatttttcttcctt
ccattctccatattcttccactcactatatgatcatctaacattattccgattcgcacgactttactcctgtaaatagtacaagttttgattctcccaagatccatttgattcataaatctattggctttttttacgattcagGCACATAGAGAGTTGGCGAGAGAAGCGGTACGCAAGTCTCTCGTTCTCTTGAAGAAT
GGGAAAATGCCTGGAAAGCCATTACTGCCTCTTGACAAGAATGCCCCAAAGATACTTGTAGCAGGCAGTCATGCACACAATCTGGGGTACCAGTGTGGTGGATGGACTATAAGCTGGGAAGGCAGCAGTGGTGCAACAACCGTAGGAACCACCATTCTGGATGCCATAAAACAAGCCGTCAGTCCATCAACCGAAGTAGT
ATACGAGCTTAACCCAGATGCAAATTTCATCAAAGGGAAAGGATTCTCTTACGCCATTGCAGTGATTGGGGAGCATCCCTACGCGGAAACAACGGGCGATAATGCCGACCTGACGATTCCTCTAGGGGGAATCGACGTGATAAACAACGTATGCAATGATAAGCACAGCAGTATTCCGTGCCTGGTTATCTTGATATCGG
GGAGGCCATTGGTAGTGGAATCCTATTTGAACAGGATGGACGCACTCGTAGCTGCATGGCTGCCTGGTAGTGAAGGGCAGGGCATTACAGATGTTATATTCGGGGATTATGATTTTCAAGGCCAACTGCCCAGAACGTGGTTTAAACGCGTGGATCAGCTGCCTATGAATGTGGGCGATAAGGATTACGATCCACTGTTT
CCTTTTGGATTCAGTATGACTATGAATTTGCAGAGCGGCCATCATCATCATCATCAGTAGCAAAAAAACAAACAAACGAGACAAATGAAACAATCATGGCTGCCGCAAATGTAAATGTAAATTGATCTTGGTGTTCCTCTGCTGATTATCCATCAGCTCTTTGGTGTTCTTCTGTTGATTATCTATCAGCTCTTTGTATT
CTTATAGATTATAGAATCATGAATTATTGGTTTCACTTGTTAAAAAGGGTCGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTTATTATTTTGAGAATGTTAAGATTTTAGTAATTTGATTTTCTGTTTGATATTGAGCCTGGCGTTTGCATAAACTATTAAATGGAGGGGTCAGGGGCAGGAGCAGGGGCTGCTCAAAGCAGGGT
GAGGGTAATGATCGTCTCAGAGTTGTCAGCATGGTCCTACATGTGAAAAGAGTGACGGTCCATCTGTACTATGGATGATGTAAGGTGGCATTGTCCTGTGACCACCATGTAGCATAATATCGGTATTCCATGTAAAATAACATAGTATGGATTGCTCGGCATAACATCGGTGACAGTGGCATTTACATCACTTGCTGCTG
CAAATGTAAATTAAATGGATCCTGGTGCCTCTCTGCTGATTATTCATCATCTCTTTGTACTCTGATAGATGCTAGATTATAGAATCATGGAATTATTGGTTTTTGTTAAAAAGGGTTGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTAATTATTTTGAGAATGATGAGATTTTAGTAAATTTGATATTCTGTTTTATTTGAGCC
TGGTGTTTGCATAAACTATCAGATGTATAGGGGTCAGGGGAAGGAGCAGGGGCAGGGGCTGCTAAAAATGGGTCGAGAGTAAAGATTGTCGAAAAGTTCTCATATTGGTACTATATGTGAAAAGAGTAGCGGCTCATCTTTACTATGCATGATGGGAGGTAGCACTGACTTGTGACCACCATGTAACCATAGTAGCAAGA
TTCGAGTACAGATTCGAAAACGATTCGGATACAATACGGAAAAAATACGTAAAGAAAAAATCAAGTATGGCTAAAATACGGG
Intron 7 GCAAGTGTTA ... CTATATTCAG
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| A3 | 20.37 | 86 | 22 | 3 |
| A4 | 23.7 | 103 | 32 | 6 |
| A5 | 21.67 | 47 | 13 | 5 |
| A6 | 24.47 | 142 | 46 | 3 |
| A7 | 17.06 | 248 | 51 | 6 |
| A8 | 21.32 | 107 | 29 | 1 |
| A9 | 19.01 | 238.5 | 56 | 5 |
| A10 | 18.13 | 262 | 58 | 6 |
>TRINITY_DN121620_c3_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformCCTGCTCAAAGTGATATGAAGTTTACAATTCAAAAAACGGTTTGAAAGGAATTTGACCGTTTGTAAATCCAAGAAGACCCACTAATTAGAAACATATTCAACTTTTCAAGAGTACTTTCCTGAGATGATAGTTATTCTCCATTTTAATACGAGATTTTAAAGTATTTATTAGTTGATTCCAAACGTTGAATGTTAGTTTC
GTGGAAAAAGAGGAATCTACAGTGAAAGCATCTTCTGGCTTCCAAGTGGAAATGGATAAGTATGGATGGATTCGACTTCTCATTGCTTTGTTGGTGCTCATGGCTGCAATCTCTGCACAGTGGAAATCCTGCAGAGGAGATGACGATGGGGAAAATAATTCTAAAAGTATTTACAAGGATCCTGGCCAACCAGTTGAAGC
AAGAGTTGAGGATTTGCTTTCTCGGATGACTGTGGATGAGAAAATTGGGCAGATGACTCAGATTGAGCGTGCGGTAACCAGCCCTGATGTAATTAAGAAGTTTGGAATAGGGAGCATTTTGAATGGTGGAGGGAGTACACCTGCACCACAGGCGTCTGCTAGTGTGTGGGCTGATATGGTTGATAGCTTCCAGGATGCAG
CTATGAGCACTCGCCTCGGCATTCCTATGATTTTTGGAACAGATGCTGTACATGGTCACAACAATGTTTACGGTGCAACAATTTTCCCACACAATATAGGCCTTGGGGCAACCAGAGATCCTGATTTGGTTAAAAGAATAGGAGCTGCCACTGCCCTTGAGGTCAGGGCTACTGGTATACCATATGCGTTTTCTCCTTGT
TTAGCTGTATGCCGTGACCCAAGATGGGGAAGGTGCTATGAGAGTTACAGTGAAGACACAGAAGTGGTCCGAAGCATGACTGATATTATATTGGGCATACAGGGCTCTCCTCCCGAGGGACATCCTAATGGATATCCATATGTGGCTGGAGGAACGACTGTTGTGGCCTGCGCAAAGCATTTTGTTGGAGATGGTGGAAC
CACCAGAGGAATCAATGAGAACAATACAGTTGCAAGCTACAACGAGCTTTATCATATTCACATGCACCCATATCTGGATGCCTTGGCAAAGGGAGTATCGACTGTCATGGCATCTTACTCAAGCTGGAACGGAGTGAAAATGCATGCCAGCCATGACCTTCTAACTCGCATCTTGAAAAACAGAATGGGATTCCAGGTAA
ATGCAGAAACATTTTCCAAATACTATTTTAATGATGTATCTGCTTTTGATTTATTTAAGTGAGAAAAATGATATCAGAGTACTGCAGGTTGCAGCTGGCTGTGGTAAGAAATTAATAGTAAAAAAATGTTCTTTCACGCTGGTTTTGTTCCCTGCTCTGGACAATTGTCATCGGCATAAATATTTGGAAAACCCCTTATG
CTATTGCCACTTCAAAAAGTTTCCTAAGATTTTGCTTTGTTTGGCCATTGTTGGAAATCACGTCTCTATATTTGTCTGATAAAAATGTGATTGTCCTTTTTCGTGAAACCCTTTTTTCCATAATTCCCAATTGCCGTTTGGATCTACACTTTGTTTTTTTGTGATGTTGTCAAATTTCTAATAATGCTTCAGAACTCAAT
TGCTTTGAAATTCTCACTGTGGTTTCAGATGAATCCCATTTTTGAGGAACAAATATATTTTTCAGTTTTGTCAGGACCATGTTGTAATTCTAGAAATGCTGCTGATAAAAGTTCCAGGACTAAGTTGGAATCCTAGAAATACTGCCTATAAATTTTCGGACCACAGTAAAATGATTCCTTAATAATTTAAGATGTTAAGG
GCATTCTGAGCAGGATTTTCTGGATAAACCCAATCCTAATGGTTTAGGTCTGACATTTTGAATCAGACTAGCATTGTCCATCTCCAGGAAATGTTTAGTCTGATTCGAAATGTCTATGACCTAAACTATGAAGATGCCGTCTCCCAGAAAATCTTGCTCAGGAGGAATCTAACCGCAGAAGCTAGTGAACTGATATAATA
TGGGCATTTTATAAAGAAGAAAAAAGGCCACAGATGCAGCCTATAGAGCGCAAGTGTCTGGAGTCAGAGAAATAAAAATTGCCTTATTTCAGTTAAAAAATGCTAGACAAGCTTAATATCCTAGCCAATAAAGCGCGCAAGTGTCTGGAATCAGAGAAATGAAAATTGCCTTATTTCAGTACAAAATTGCTAGACAAGCT
TAATAGCCTAGCCAATAAAGCGCAAGTGTCTGGAATCAGAGAAATGAAAATTGTCTTATTTCAGTACAATTCTGCTAGACAAGTCTAATAGCCTAGCCAATACATTTACCAGCCATTAAACAGATATAAAACAGGCCAGCGTGTCCACACAACTAGAAGAGTCCAAAAAGCCAGAAGCATAAATTAACTGCTGTGGGAAT
CATGCCTGCATTGGGCTGTGGGTTGTCATGAGAAGTGCCCCTCAACAAGTAATATAGGTTATGCTAGAGCCATCTAATCTTGTAGCAAACTTCTTCCCTCCAGCTGCTGGAATCCGGTGACACGGGAAGCCAGTGATCAATTTTTTGAGGACCTAGGTTGATTCAACCCATGCATGAGTCATTCCACCATTCACCAAACT
TAGATCATAATGGAATTCTGATCACGCCTCATTTCTGTTAGATTCTTGTCAGATTTGTGGCTAGAAAGTGGGTCCTTTTGCTAAAGCAATAGCTTACTCTGGTTATGTCTAACTATTATTCAGAGTATTGTAAAAATGTTAACAGAAGGATCCAGTCTTTTGCCTAATATTCCTCATGAGGCCAAACATGATCCACAAGT
ATATGGCAATTATATTATTTCTGAGTAAGACATGACAGTCACCCTGAGTTTCCCTGGTCAGGCTGTACTTAAGCCAGTTGTGGAGCATTTATTGGCATTGATCATTCTTTTGATTATTTCGTACAGGGATTCATCATTTCAGATTGGGAAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGAGCAAACTATAGCTACAGTAT
TTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGACATGGT
>TRINITY_DN121620_c3_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCTGCTCAAAGTGATATGAAGTTTACAATTCAAAAAACGGTTTGAAAGGAATTTGACCGTTTGTAAATCCAAGAAGACCCACTAATTAGAAACATATTCAACTTTTCAAGAGTACTTTCCTGAGATGATAGTTATTCTCCATTTTAATACGAGATTTTAAAGTATTTATTAGTTGATTCCAAACGTTGAATGTTAGTTTC
GTGGAAAAAGAGGAATCTACAGTGAAAGCATCTTCTGGCTTCCAAGTGGAAATGGATAAGTATGGATGGATTCGACTTCTCATTGCTTTGTTGGTGCTCATGGCTGCAATCTCTGCACAGTGGAAATCCTGCAGAGGAGATGACGATGGGGAAAATAATTCTAAAAGTATTTACAAGGATCCTGGCCAACCAGTTGAAGC
AAGAGTTGAGGATTTGCTTTCTCGGATGACTGTGGATGAGAAAATTGGGCAGATGACTCAGATTGAGCGTGCGGTAACCAGCCCTGATGTAATTAAGAAGTTTGGAATAGGGAGCATTTTGAATGGTGGAGGGAGTACACCTGCACCACAGGCGTCTGCTAGTGTGTGGGCTGATATGGTTGATAGCTTCCAGGATGCAG
CTATGAGCACTCGCCTCGGCATTCCTATGATTTTTGGAACAGATGCTGTACATGGTCACAACAATGTTTACGGTGCAACAATTTTCCCACACAATATAGGCCTTGGGGCAACCAGgcaagtgttataggtctccatggttacacgaagtctagtgtctgcaagcatattatgttttaatataaaaatatttagcatgacc
tttgtagactaattgacagactttttcttgatttctatattcagAGATCCTGATTTGGTTAAAAGAATAGGAGCTGCCACTGCCCTTGAGGTCAGGGCTACTGGTATACCATATGCGTTTTCTCCTTGTTTAGCTGTAAGCACTTGATCTGAAACTTAAATGTTGTATGTGGCCTCAATAATACCTGAAATGGCTCGTAT
CGGCTTTGTTTTTCTGTATAGTTTGTCAGTAAGGCAGCTTATTAGGCCTGAGGTCCTTGTGTTACCTAGATTTTTTTGGGGTTGTATTAGGCCTCATTCCTTTATCAGAGATACAGGATGTTTGTTCAAATTTTCAGTCTGCTAGATTTCCTAGCTTTTAATAAGATTCTTGGTTCTTGGTTTTAGTTTTCTGCTCTATT
AGGTGTCGTAGATTACTTTAGATTTCCTTGAGTTCTGTTCTTTATTTTCTTTTATCCAATCTATTTAGGCTTCATAGATGTTCTTGATGCTTGTTTTAGTGCATAGATTGAGGGGAAATAAATGTTTCTAGGCAGTGATAATAAGTCCTTATATTAAAAATGTTTTAAGACTTTAAAACATGAGTATTGATGGTATTACA
TAAAGCAGATAGAAACAGTCATGTGAGTAATGGTAGTTAAGGTCTGGAAATATATTTATGCACATTTATTGTAGTTTTTTACTCGGTGACATAATGCCATATACAGGATGTCCCCAGAAAGTAAATAAAACTATTCTATATACTCTCCTTGAACAGGTATGCCGTGACCCAAGATGGGGAAGGTGCTATGAGAGTTACAG
TGAAGACACAGAAGTGGTCCGAAGCATGACTGATATTATATTGGGCATACAGGGTTCTCCTCCTGAGGGACATCCTAATGGATATCCATATGTGGCTGGAGGAACGACTGTTGTGGCCTGCGCAAAGCATTTTGTTGGAGATGGTGGAACCACCAGAGGAATCAATGAGAACAATACAGTTGCAAGCTACAACGAGCTTT
ATCATATTCACATGCACCCATATCTGGATGCCTTGGCAAAGGGAGTATCGACTGTCATGGCATCTTACTCAAGCTGGAACGGAGTGAAAATGCATGCCAGCCATGACCTTCTAACTCGCATCTTGAAAAACAGAATGGGATTCCAGGGATTCATCATTTCAGATTGGGAAGCAATAGACAGGATCACCTCACCACCAGGA
GCAAACTATAGCTACAGTATTTCTGCTTCAATCAATGCAGGAATTGACATGGTGATGGTCCCTTTCAACTTCCAAACTTACATCGATGAGCTCACAGCTTTAGTGAACTCGAGGGTGATCTCCATGAGCAGAATAGATGATGCAGTTAGGAGGATTCTAAGAGTCAAATTCATCGCTGGTTTGTTTGAGCACCCTGTAAC
AGACCGCTCCTTGTTGAGCACGGTTGGCAATCTTGCACATAGAGAGTTGGCGAGAGAAGCGGTACGCAAGTCTCTCGTTCTCTTGAAGAATGGGAAAATGCCTGGAAAGCCATTACTGCCTCTTGACAAGAATGCCCCAAAGATACTTGTAGCAGGCAGTCATGCACACAATCTGGGGTACCAGTGTGGTGGATGGACTA
TAAGCTGGGAAGGCAGCAGTGGTGCAACAACCGTAGGAACCACCATTCTGGATGCCATAAAACAAGCCGTCAGTCCATCAACCGAAGTAGTATACGAGCTTAACCCAGATGCAAATTTCATCAAAGGGAAAGGATTCTCTTACGCCATTGCAGTGATTGGGGAGCATCCCTACGCGGAAACAACGGGCGATAATGCCGAC
CTGACGATTCCTCTAGGGGGAATCGACGTGATAAACAACGTATGCAATGATAAGCACAGCAGTATTCCGTGCCTGGTTATCTTGATATCGGGGAGGCCATTGGTAGTGGAATCCTATTTGAACAGGATGGACGCACTCGTAGCTGCATGGCTGCCTGGTAGTGAAGGGCAGGGCATTACAGATGTTATATTCGGGGATTA
TGATTTTCAAGGCCAACTGCCCAGAACGTGGTTTAAACGCGTGGATCAGCTGCCTATGAATGTGGGCGATAAGGATTACGATCCACTGTTTCCTTTTGGATTCAGTATGACTATGAATTTGCAGAGCGGCCATCATCATCATCATCAGTAGCAAAAAAACAAACAAACGAGACAAATGAAACAATCATGGCTGCCGCAAA
TGTAAATGTAAATTGATCTTGGTGTTCCTCTGCTGATTATCCATCAGCTCTTTGGTGTTCTTCTGTTGATTATCTATCAGCTCTTTGTATTCTTATAGATTATAGAATCATGAATTATTGGTTTCACTTGTTAAAAAGGGTCGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTTATTATTTTGAGAATGTTAAGATTTTAGTAAT
TTGATTTTCTGTTTGATATTGAGCCTGGCGTTTGCATAAACTATTAAATGGAGGGGTCAGGGGCAGGAGCAGGGGCTGCTCAAAGCAGGGTGAGGGTAATGATCGTCTCAGAGTTGTCAGCATGGTCCTACATGTGAAAAGAGTGACGGTCCATCTGTACTATGGATGATGTAAGGTGGCATTGTCCTGTGACCACCATG
TAGCATAATATCGGTATTCCATGTAAAATAACATAGTATGGATTGCTCGGCATAACATCGGTGACAGTGGCATTTACATCACTTGCTGCTGCAAATGTAAATTAAATGGATCCTGGTGCCTCTCTGCTGATTATTCATCATCTCTTTGTACTCTGATAGATGCTAGATTATAGAATCATGGAATTATTGGTTTTTGTTAA
AAAGGGTTGGCAAATTTTTGTTTCTCAACAGATTAATTATTTTGAGAATGATGAGATTTTAGTAAATTTGATATTCTGTTTTATTTGAGCCTGGTGTTTGCATAAACTATCAGATGTATAGGGGTCAGGGGAAGGAGCAGGGGCAGGGGCTGCTAAAAATGGGTCGAGAGTAAAGATTGTCGAAAAGTTCTCATATTGGT
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