NA ----> NA

Intron 1 GTGTGATTTG ... ACTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.74	28.3	40	21.2
A2	59.69	22.2	32.5	6.8
A3	61.84	17.8	33.8	17.8
A4	55.86	16	20.5	7.7
A5	75.3	7.2	25	4.7
A6	49.45	103.3	149.3	43.2
A7	53.38	204.3	335.8	81.3
A8	52.51	248	395.2	88.8
A9	52.02	170.5	278.7	44.7
A10	52.5	203.5	318.2	58.8

>TRINITY_DN45063_c0_g2_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

CTGGGTTTGGTTTGTTATGGTGAAGAGAAAAGAATAGCAGATGAGGGATCGAACTTTACATTCTGCTGGGCATCTGAGTGGGCAAAGGCAGAGTTGTACAAGCAAACATGGTTATGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGGTGGTTGTTGATGTATTGAAGTGCATGACATAG
AAATATTATTAGCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGGTATGAAGGTGGTTTTGGTGGTTGATGTATTAAAGTGCATGACAAAGAAAGATTTTTAAGAAAGATTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAG
AAGTAACATGTGACAGAGGATAAATTGTAGGAATTTATGAAAATGCAATCTCATGTTTTAAATTGTAAATTGTATTACCATTTTTTTTTATGTAACACCAAAACCTATATATTAATAAAATTATTATTATTTTAA

>TRINITY_DN45063_c0_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATTTTAGTATCTTAGAGGTGATTCTATTAGTGTGATTTGTTTGCTTTCTTAGGTTTTTGTGTGAGTATATTGATGTGTATTTGTTGAAAAGTATGGGTGAAATGACCTGATGATCTTGTGTTATGCAGTTGTACAAGCAAACATGGTTATGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGA
AGGTGGTTGTTGATGTATTGAAGTGCATGACATAGAAATATTATTAGgtgtgatttgttttctttcgtaggtatttgtgttagtatattgatgtgtttatgttgaaaagtatgggtgaaatggcctgatgatgacttatgcagCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAAT
ATGGTATGAAGGTGGTTTTGGTGGTTGATGTATTAAAGTGCATGACAAAGAAAGATTTTTAAGAAAGATTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGTAACATGTGACAGAGGATAAATTGTAGGAATTTATGAAAATGCAATCTCATGTTTTAAATTGTAAA
TTGTATTACCATTTTTTTTTATGTAACACCAAAACCTATATATTAATAAAATTATTATTATTTTAA

Intron 2 GTGGTTGTTG ... ACTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.08	7	23	15
A2	44.68	13	16	5
A3	52.63	9	8	12
A4	56.76	8	15	6
A5	56.25	7	10	8
A6	35.38	63	46	23
A7	36.6	168	133	61
A8	41.88	170	184	61
A9	40	111	115	33
A10	42.48	109	127	34

>TRINITY_DN48179_c0_g1_i9 from sample A10 / Example spliced isoform

TTTTGTCTGTGTATTTTTTTAATGGTTCAGTTTCTATTTTGGATACATTTTATTTGTTTGGGCCTGGGTTTGGTTTGTTATGGTGAAGAGAAAAGAATAGCAGATGAGGGATCGAACTTTACATTCTGCTGGGCATCTGAGTGGGCAAAGGCAGAGTTGTACAAGCAAACATGGTTATGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACT
TGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGTTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGACAGACCTTGTAGGAATTTATGAAAATGCAATCTC
ATATTTTAAATTGTAAATTGTATTA

>TRINITY_DN48179_c0_g1_i7 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GAGTTGTACAAGCAAACATGGTTATGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGgtggttgttgatgtattgaagtgcatgacatagaaatattattaggtgtgatttgttttctttcgtaggtatttgtgttagtgtattgaagtgcatgacatagaaatattattaggtgtgatt
tgttttctttcgtaggtatttgtgttagtatattgatgtgtttatgttgaaaagtatgggtgaaatggcctgatgatgacttatgcagCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGTTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGAT
ACTTCAACAAGAAG

Intron 3 GTGGTTGTTG ... ATATTATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	86.41	18	94.3	34.3
A2	78.99	22.3	77.2	26.8
A3	77.67	24.8	73.2	21.2
A4	78.17	13.5	43.5	19
A5	82.47	8.2	34.5	8.7
A6	80.57	137.3	494.5	125
A7	79.06	310.3	1041	244.8
A8	80.29	325	1164.5	296.2
A9	81.9	259.7	937.3	205
A10	80.02	258.2	848.7	242.5

>TRINITY_DN123348_c1_g4_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

AGAGAAGAGAGAAGAATAGCAGATGAGGGATCGAACCTGGGCATCTGAGTGGGCAAAGGCAGAGTTGTACAAGCAAACATGGTTATGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGGT
ATGAAGGTGGTTTTGGTGGTTGATGTATTAAAGTGCATGACAAAGAAAGATTTTTAAGAAAGATTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGACAGACCTTGTAGG

>TRINITY_DN123348_c1_g4_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGAGAAGAGAGAAGAATAGCAGATGAGGGATCGAACCTGGGCATCTGAGTGGGCAAAGGCAGAGTTGTACAAGCAAACATGGTTATGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGgtggttgttgatgtattgaagtgcatgacatagaaatattattagCTGTTCAAGCAAACATG
GTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGGTATGAAGGTGGTTTTGGTGGTTGATGTATTAAAGTGCATGACAAAGAAAGATTTTTAAGAAAGATTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGACAGACCTTGTAGG

Intron 4 GTGGTTGTTG ... ACTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	85.72	11	72.9	21.6
A2	66.57	16	49.1	6.9
A3	74.59	13	50.4	18.3
A4	71.67	9.5	27.9	7.9
A5	80.85	5	32	4.4
A6	61.55	77.4	243.2	44.1
A7	63.44	180	536.3	82.5
A8	65	184.2	594.5	90.3
A9	64.94	120.6	434.1	45.6
A10	65.71	134.7	458.3	60.7

>TRINITY_DN118914_c0_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAAACCTAGAGAGGAGCGGCTGAGCATTCTGGCCAGAGCCAAACGGAAGGAGCCGAGCCGAGCCGAGCCGAACGGAACGGAAGGAGCCGAACTGCTCTGCCCAAAGAAGGAGCCGAACGGAAGGAGCCCAAGAGACAGTAGCAGCGGATTTGGGGTTATATGAATGTCTGTGGGATTGCATTTTTAAAATTTTTCTTCA
GCATGGCCATGCTTTTATTTTTTTGTCCGTGTTTTTCATTTTAATGGTTCAGTTTCTGTCTATGTTTTTTTTAATTGTTCAGTTTTTGTCTCTGTATTTTTTTAATGGTTCAGTTTCTATTTTGGATACGTTTTATTTGTTTGGGTCTGGGGTTTTGGGTCTGGGTTTGGTTTGTTATGGTGAAGAGAAAAGAATAGCAG
ATGAGGGATCGAACTTTACATTCTGCTGGGCATCTGAGTGGGCAAAGGCAGAGTTGTACAAGCAAACATGGTTATGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTCTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGGTATGAAGGTGGT
TTTGGTGGTTGATGTATTAAAGTGCATGACAAAGAAAGATTTTTAAGAAAGATTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGACAGACCTTGTAGGAATTTATGAAAATGCAATCTCATGTTTTAAATTGTAAATTGTATTACCATTTTTTTTTA
TGTAACACCAAAACCTATATATTAATAAAATTATTATATTTTTATGAGAAAGGGCCA

>TRINITY_DN118914_c0_g1_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTAGAGGTTAGTGAAGTTTTTTGGCAACAAGTTAGTGAAGAGTTCTGTATTGAATTTGTGTTATTTTCTTTTATAAAATAATAAAGAGGAGGTTATAGCTTTATATATATTTATTTATTTTAATTTTTGGATAGCAAATAAACAGAAATGTATTCATTAGAGGTTAGTGAAGTTTTTTGGCAACAAGTTAGTGAAGAGT
TCTGTATTGAACTTTGACAAATGGACAGTGCAGCTTCATGTTATAATTTTTTTTTTTTTTTGGTAGCAAATAAACATAAATGCATTCATTCAGTATTCAGTATGTTGCAAGTGATATTTCCTTTCATCTACTGCTTGATAGTGAAATCACTGTTAGTTTTCTTTATACTCCATTTATAAAGGAGGTTGCCTTTGTTTTGC
TTGCTTATGACCATTATTTTAGTATCTTAGAGGTGATTATATTAGTGTGATTTGTTTGCTTTCTTAGGTTTTTGTGTGAGTATATTGATGTGTATTTGTTGAAAAGTATGGGTGAAATGACCTGATGATCTTGTGTTATGCAGTTGTACAAGCAAACATGGTTATGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTCTGCAAGCAAAC
ACAGTTATGCTATGAAGgtggttgttgatgtattgaagtgcatgacatagaaatattattaggtgtgatttgttttctttcgtaggtatttgtgttagtatattgatgtgtttatgttgaaaagtatgggtgaaatggcctgatgatgacttatgcagCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGA
GTTCTGCAAGCAAATATGGTATGAAGGTGGTTTTGGTGGTTGATGTATTAAAGTGCATGACAAAGAAAGATTTTTAAGAAAGATTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGACAGACCTTGTAGGAATTTATGAAAATGCAATCTCATGTTTT
AAATTGTAAATTGTATTACCATTTTTTTTTATGTAACACCAAAACCTATATATTAATAAAATTATTATATTTTTATGAGAAAGGGCCA

Intron 5 GTGGTTGTTG ... ATATTATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90.28	7	65	0
A2	80.6	13	54	0
A3	84.75	9	50	2
A4	80	8	32	2
A5	81.58	7	31	0
A6	83.8	63	326	1
A7	79.95	168	670	8
A8	81.95	170	772	15
A9	83.56	111	564	3
A10	84.6	109	599	17

>TRINITY_DN48179_c0_g1_i9 from sample A10 / Example spliced isoform

TTTTGTCTGTGTATTTTTTTAATGGTTCAGTTTCTATTTTGGATACATTTTATTTGTTTGGGCCTGGGTTTGGTTTGTTATGGTGAAGAGAAAAGAATAGCAGATGAGGGATCGAACTTTACATTCTGCTGGGCATCTGAGTGGGCAAAGGCAGAGTTGTACAAGCAAACATGGTTATGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACT
TGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGTTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGACAGACCTTGTAGGAATTTATGAAAATGCAATCTC
ATATTTTAAATTGTAAATTGTATTA

>TRINITY_DN48179_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GCATTCCGCTGGGCATCTGAGTGGGCAAAGGCAGAGTTGTACAAGCAAACATGGTTATGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGgtggttgttgatgtattgaagtgcatgacatagaaatattattaggtgtgatttgttttctttcgtaggtatttgtgttagtgtattgaa
gtgcatgacatagaaatattattagCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGTTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAG