NA ----> NA
Intron 1 GTGCAGATAT ... GTCTCTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.75 | 73 | 25 | 18 |
| A2 | 25.22 | 43 | 22 | 7 |
| A3 | 32.5 | 54 | 37 | 15 |
| A4 | 31.75 | 72 | 36 | 31 |
| A5 | 23.08 | 35 | 15 | 6 |
| A6 | 27.27 | 20 | 8 | 7 |
| A7 | 21.52 | 31 | 6 | 11 |
| A8 | 37.5 | 5 | 4 | 2 |
| A9 | 25.66 | 42 | 20 | 9 |
| A10 | 45.95 | 30 | 30 | 21 |
>TRINITY_DN108103_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformTTGGTTTACAAGCTGGTCTTGGCCCATCGATGGTCGTGAGCTTGCTTCTTTACATTGTTGTACTGGGATTGTCTTGGTTCCCAAAACAGCCTTTCGAAGGCCTCACTTGCCGTTTTCACCACGAGGAGGCTTTGGGGGTTCTGGCTTCGCTCCAGACCTCCCCTCTTTGCTGACCTGAGATTTCAGCTGTTATACGTTCA
TTGAATACTGCGTTTGGTTTCTGTGAAACTATGCTTACCAATGGTGTGACGGCTTGTCATGGAAAACTGAGTGTTTAACAAGGGTTTGGCGTTCTGCATCGTGATCAACTCCTCCCGGCGGCGGCTTCTGTTCAGGGTATAAGACTATCAGGTTGAGGGCAATAACAAAGAGGAGATGGTACGCTCCAATAAGAAAGCTA
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AATACCAGTGTTCGCAAAGATGCATTGTCTGGAATAAAAGATTTGTTTCTACGGCATCCGAAAGAAATAAAGTTGCATAAACTTGCAATAATTGAGAAACTGAGCCCTCGTATTAGTGATGCTGACAAGGGTGTAAGAGATACATTGTTTCTACTGTTCAAATCGACAATATTTCCATGTCTTGAAGAGGCCACAATGGG
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TGCTTGCAAGCGCTTGTACCAGTATTACTCGAGGGTTGGGCAGAGTGTGCTGCATCAGTGTGTTCAGTGCCTACTCCTGATAGTGCTTGTCTTGAGTGTATGGTTTGTATACTTCAGAGTTTGAGCCTTGTACTCAAATGCATGAGAAGGATGGAAACATATGATTCAGGGGGATTATCATTTGGAACATCAAGAATATC
AATGGAAGTGGTGATGCAGAAGTGGGTCAAGTCTATGCTCCCTTTTCTAATACACCGGTTGCTTACTTTGTTTCCACTTAGTCCATCACTTCAGTGTTCGCAGAAGGTTCAAGAACGATTTGTCACCTTAAATACTGGTATTTGTGAGATTGCTTTGGAGATTATAAATTGGGTTGGCATTAATTGTCTTCCTATGGAAA
GAATTCTTCAATACATGGAGAATTCATTACAGGGCCAGATGCTGCCAGCACACTCTAAACGATTTTTTGAAAAGCATGTTGTTTCCCTAGTTCCTTTTATTCCAATTCTTATATCGAATGTAACTGTAGAATGGAAAGAAAGGCTATTGAAGGCCTTTACTCGAGCATTCACACAGTGTAATACAAATTCGACAATGAAC
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TGCAGAATATACAGAATTACAGCCAATGTTTGTGCCATTTTTCAGTATGCATCTACCAACATGCCGAAATAAAGTAAAGGTGGTCTATGGTCCATTCGTAAAACTTCCAAAAGATTGCCAGGAGCTTGCAGTTGATTCTATTTATTATTATTCCAATTTCTCTTTGACATTCCTTGAATCATTAGCACGTTGCTGCCTCT
ATCGCCAATTAGATTTGAGTATAATGGCACGCATAATTCAAGTACTAAAAGCAGCATTCTGCAAAGGTCATATCAAGATGGCAGATCAACTTAACTTCTTGCTTACACTAATTGTGTCTTGCAAGGCTAGTGATGATAATGCTCTAGTATCTTCTGAAAGTAAGGAAGGTGAGACAGATCTGTGTCTGGGGTTTGCAAGA
TACAAGGCCATCACCAGCATTGTTTGTTTATGTCTCTCTGAAATGGGCAATGAAAATCTTGTGCTGCATCTCGTGCTGCCTACAATCTTTCAAGAGCTTGCCCACAATCCACCTCCTGACATCACATGTGCCTTGCTTAGGGTGGTGGTAGTGCTCAGCTCAAAAATCATGCAGCTACCTATGCAGTTTATTCATGTTTT
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TCTTTAAACAATGTCTCTCATCAAAATGTATTCCAAAAAATTTGCCACTGTTGGGAAGCAAAATCCCCATCATGCAACAGAAGATTCAATATCTCTGCAAGAATATAACTATGCTTCTGTATTTTGATATCCAAAATCTATTCAGATCCAATTTTTTTAGGAATTACCTTCCTCCTATGTTCGAACAGTTTGTTTATGAT
GCCGCACTAAGCCA
>TRINITY_DN108103_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:TTGGTTTACAAGCTGGTCTTGGCCCATCGATGGTCGTGAGCTTGCTTCTTTACATTGTTGTACTGGGATTGTCTTGGTTCCCAAAACAGCCTTTCGAAGGCCTCACTTGCCGTTTTCACCACGAGGAGGCTTTGGGGGTTCTGGCTTCGCTCCAGACCTCCCCTCTTTGCTGACCTGAGATTTCAGCTGTTATACGTTCA
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AGAGAACGGGTGCTGACTTCAAGAAAATAAAACACAAAGTTGGAAGAAGGTTGCCACCGCCTAAAAATGCAACGAAGATTGAAATAAAATCAAAAGCTATTATTCTGCCTGAGCAGAGCTTGACTGTAGAGAAAGAAGGCTTGGCTGTCAACAGGAAGCAGCAAACCTTGAAAGAACTTCTTATGCAGACTACTCATCAT
AATACCAGTGTTCGCAAAGATGCATTGTCTGGAATAAAAGATTTGTTTCTACGGCATCCGAAAGAAATAAAGTTGCATAAACTTGCAATAATTGAGAAACTGAGCCCTCGTATTAGTGATGCTGACAAGGGTGTAAGAGATACATTGTTTCTACTGTTCAAATCGACAATATTTCCATGTCTTGAAGAGgtgcagatatg
aagtttgctggttttgtctctttagGCCACAATGGGACCCCTTATTTCAATAATAGTGGCACATATTTTCAATGCAATGACACAGTTGGCATTTGACATACGCCTAATGGCATTCAAATTCCTGGATCTTGTTGTACAGCATTACCAATCAACTGTTGTTCATAATTATGTTGATAAGGTTTTGCCACACTTTGCAGACT
TGTTAGGAAAAACCAGTGGTTTTACCCAAGATAAAGGCAAATTAATGGATATTCTTACGAGCTTAGTGCACTATCTGTCTTGTTTGCAGTCAAGTACACAGCTAATGAACCTGGCACCTGATCAAGAAAACAACAAACTGGGTTCTTTGCATGGATACAAAAGTGTTTTGCCGAAGAAGGTTTCAGCAGTTGGCATAGTG
AACATTACTGAGAATGGGATATCTGTGCTCCCTGAGTGCTTGCAAGCGCTTGTACCAGTATTACTCGAGGGTTGGGCAGAGTGTGCTGCATCAGTGTGTTCAGTGCCTACTCCTGATAGTGCTTGTCTTGAGTGTATGGTTTGTATACTTCAGAGTTTGAGCCTTGTACTCAAATGCATGAGAAGGATGGAAACATATGA
TTCAGGGGGATTATCATTTGGAACATCAAGAATATCAATGGAAGTGGTGATGCAGAAGTGGGTCAAGTCTATGCTCCCTTTTCTAATACACCGGTTGCTTACTTTGTTTCCACTTAGTCCATCACTTCAGTGTTCGCAGAAGGTTCAAGAACGATTTGTCACCTTAAATACTGGTATTTGTGAGATTGCTTTGGAGATTA
TAAATTGGGTTGGCATTAATTGTCTTCCTATGGAAAGAATTCTTCAATACATGGAGAATTCATTACAGGGCCAGATGCTGCCAGCACACTCTAAACGATTTTTTGAAAAGCATGTTGTTTCCCTAGTTCCTTTTATTCCAATTCTTATATCGAATGTAACTGTAGAATGGAAAGAAAGGCTATTGAAGGCCTTTACTCGA
GCATTCACACAGTGTAATACAAATTCGACAATGAACCTTTCATGCCTTTCTTCAATTGAAGATATGCTTTCTCATGATGTACAAGACAGTCTTCTTCAAGTATTTCAAAGGGAATGGGTCAATTTGCTTCCAAAACTATTATGGGAGTTGAAGCATGACAACCCCAATACATCCAAGGCTGTATTAAAGGTTCTTCTTCA
TATTGGTCGTTCTGCTCCTGTAAATTCTGTGTTGCATGCAGAATATACAGAATTACAGCCAATGTTTGTGCCATTTTTCAGTATGCATCTACCAACATGCCGAAATAAAGTAAAGGTGGTCTATGGTCCATTCGTAAAACTTCCAAAAGATTGCCAGGAGCTTGCAGTTGATTCTATTTATTATTATTCCAATTTCTCTT
TGACATTCCTTGAATCATTAGCACGTTGCTGCCTCTATCGCCAATTAGATTTGAGTATAATGGCACGCATAATTCAAGTACTAAAAGCAGCATTCTGCAAAGGTCATATCAAGATGGCAGATCAACTTAACTTCTTGCTTACACTAATTGTGTCTTGCAAGGCTAGTGATGATAATGCTCTAGTATCTTCTGAAAGTAAG
GAAGGTGAGACAGATCTGTGTCTGGGGTTTGCAAGATACAAGGCCATCACCAGCATTGTTTGTTTATGTCTCTCTGAAATGGGCAATGAAAATCTTGTGCTGCATCTCGTGCTGCCTACAATCTTTCAAGAGCTTGCCCACAATCCACCTCCTGACATCACATGTGCCTTGCTTAGGGTGGTGGTAGTGCTCAGCTCAAA
AATCATGCAGCTACCTATGCAGTTTATTCATGTTTTGCCTCGAAATATCTATCACTACATGATAAATGTCGGTCGTGATCACATGATGAATGAGGAGGCCCAACAATTACATGTTCCTTGTAGATACTATATTTTGCCTTGTATTTATCTATTCTCTAGAAATGAGAAGCTTACAAGTTTGGTGTTTGAACTTTTGGAAT
TTTCTGCATCAGAAGGTTTTGAATCCCAATCTGAGCATTTACAACATCTATGTGCAGTTTCATGGGTTGTTATACAAATTTATAAAATTGAAAGCATGCATTACAGACTTTCAGTTTGTGAGTCATCGACTAAGGCTATTTTAAGGAATATAAATGGATTTCAGGCTTCTCAGCATATGAAAATATCTAATGAAGAAAGG
GATCGACTACAGAAGTTTTATAGCCAGTTGAAAGTCACTGCTAGTGCAGTACATAACTGGAAGACATTTGGAGAAAGTAACTAGGAATCTCCTCAATGAGCACAGGATCTTTGTTACAAAGAGTATGCTAAACTGCTGAACTGCTGGTCGATCTCAATAAAGTGAAGATTATGCATCTGTATAATTTAGGTTGAAGTTTG
TACATTGAACCATTGTAATTCTAATTTGTGGAATATTCTTTAAACAATGTCTCTCATCAAAATGTATTCCAAAAAATTTGCCACTGTTGGGAAGCAAAATCCCCATCATGCAACAGAAGATTCAATATCTCTGCAAGAATATAACTATGCTTCTGTATTTTGATATCCAAAATCTATTCAGATCCAATTTTTTTAGGAAT
TACCTTCCTCCTATGTTCGAACAGTTTGTTTATGATGCCGCACTAAGCCA