sp|Q2R0W8|SP1L2_ORYSJ ----> Protein SPIRAL1-like 2

Intron 1 GTAAATGCTT ... CATGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.73	138	2	126
A2	46.83	151	6	133
A3	43.08	181	1	137
A4	40.22	110	3	74
A5	45.95	100	2	85
A6	44.84	1102	2	896
A7	45.64	873	0	733
A8	45.95	688	1	585
A9	45.47	848	5	707
A10	45.9	745	0	632

>TRINITY_DN35464_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTGCTTTACGCTCACTTCTCCTTCTTATTCAAGGAAATTGCTCTTCGCTTGGATAAGTGGCCTCTGCTATCAGATCCTTCGAAATCTGCTTCAGTCGGTCGGCTTCCGCCAGATCTGTACATCCAGAGTTCAGGGTAAATCTCAGGTCGAAGGAAGATCTACGGGAAATTTACTGTCTTTGTGTGTCGGCCGTTCTTT
TATCCTGTAAATTTGGGTTGCCGGGCTTTGCTGGCAGCACCTGTTTTCTTGTAATTTTCTCCGGTGCCACTTGGAAAACTGTATTTGAAAGATGGGTCGTGGTGTCAGTAGCGGTGGTGGTCAAAGCTCTCTGGGCTACTTGTTTGGCAGTGATGAGCCAGTGAAACCAGTGCCTATCCGTACAGAGCCTGTGCAGAACC
CAGCACCTTTGGTCAGTGAAGCTCCACCGAAGCCAAAGCCAGTTTCTTCTAAATCTCCAGAAAATGGAAATGAAGTCCCTGCAGGTGTGCACGGGTCAAATGCTAACAACTATTTTCGTGCTGAAGGACAGAACTGTGGAAACTTTATAACGGATCGACCATCAACCAAAGTACATGCTGCTCCTGGTGGTGGTTCTTCT
CTTGGGTACCTTTTTGGTGCCCCACCGGGTAAATGAAAGGGATGGGTGATTGGAACTTTGAAGTTATAACTATTTGCTGTTTATGCCAATTTTAGTTTAGATGCTTCTCGTGAATTGAAGCTTTTCTCAGGACAATCTCCTTTAACAAACATTTGGCATTCTGTCATTCACAACTGACTAAGTTGGCATTTTGTCATTTT
CGATTGACTATGTTTGTTATTGCTCTGGTTGTTGTGAAAGGCAGTGGATTTATGTAATATAATGACGGACCTATATTTTTGATGAACTAGAATTTGGTTATGTTTAAACTTGAAGTTGACACTTCCATCCATACACGCTGATAAATGTTGGATACTGTAATGGATGGCATCAAATTGTCTAAGCGTTGATATTTGTTTGA
AAATCCTGCTGATTTTAGTGTGTGTTTATTGCATGATTGTATTTGAAGCCCTACCAAATTGTCCAGAATTTGATAAATATTCTGAGATTCGTGGAAGAAAACAAGAACCAGTCTTTCCTGTTATTACATTTAGCATTTTCAATTATTATTTGAATTTTGATCTGAAATGTGGATGTCAAATAATTTGATTGATATATTTT
TTTTGGTTGAGTTTCTGGAGTGGCAGTGG

>TRINITY_DN35464_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TAAATCTCAGGTCGAAGGAAGATCTACGGGAAATTTACTGTCTTTGTGTGTCGGCCGTTCTTTTATCCTGTAAATTTGGGTTGCCGgtaaatgcttgcctcgaagttttgttttgcttcgatcatggctaaaatgtggcttttttgggggcatattttccattattttttacttttagcagtgttttgctggctttaaat
atctgcagtagtttggatcgcatggcgttaaatgtttgacttagggtatgtttgtacttcgtaaaaattaattacatatttttaaactatgtatgttgtgccgcctgacatatccgttcattagattttaactggaatgcagtatggtgaaaccagttctgtgaatgtgctgccattgttttcattttgggatttaggtt
cttttcgtcggaactgttctttgatgttctaccgtattttttgagggggttttatttggtttggctctatatggacctttcatccgaccataccgagaggctgagttaaacaagcggactgttaacctaaggtttgcattgctgaatttgataaaatggtatcgagtggaattgaagaatggggtttgcttttctcgagt
atcgtgtgagcaactttgaaatatttggaagtccgattttcaaatataactcacagatttgcgatttctgtcgagtgaggaaattggtctctttcaaatgtctcttatttagggttgtgggatatcaataattgtaggaaatctagggtttatatacactgttgtttgataaataatattctttacagagattaccttat
gttcctaattttagagcaatattttttcatgatattgggagcaactcaatactgattgactgccaaatgtccagtaactaaatggtgaataccatccgagtgtggcagtgtagggtcgtaatctgtttccttggatctaaatcatatccttatctttaatagcactgcagtttttgatggacatctaaagatttcatctt
ccagtgtttctgtttttgtctgatctagtatcttgtataatgaaagatctaaatggtgtttttttaatctgcattgcaatatttttttatttctgagtgatgctggtatgaattaagattgcagttttgtttagttgaatgcctcggcctttttttaataattacagttgacattttattttgtagtacaatgaaactag
gttctaggcgtacaacttaatcagtttttgatatatgttctttctgttttttacaataaaatatttgcacttctttttctacaattaatcggtaagctgcaatgcaatagaaggtattaactattaagttgcttttcccctctgttttctgtatgttttgatctgcagatatttataatctttgcctttttttgaatgtt
gaatttgtctaaatgcattggtttttggttgctcatgttttagGGCTTTGCTGGCAGCACCTGTTTTCTTGTAATTTTCTCCGGTGCCACTTGGAAAACTGTATTTGAAAGATGGGTCGTGGTGTCAGTAGCGGTGGTGGTCAAAGCTCTCTGGGCTACTTGTTTGGCAGTGATGAGCCAGTGAAACCAGTGCCTATCCG
TACAGAGCCTGTGCAGAACCCAGCACCTTTGGTCAGTGAAGCTCCACCGAAGCCAAAGCCAGTTTCTTCTAAATCTCCAGAAAATGGAAATGAAGTCCCTGCAGGTGTGCACGGGTCAAATGCTAACAACTATTTTCGTGCTGAAGGACAGAACTGTGGAAACTTTATAACGGATCGACCATCAACCAAAGTACATGCTG
CTCCTGGTGGTGGTTCTTCTCTTGGGTACCTTTTTGGTGCCCCACCGGGTAAATGAAAGGGATGGGTGATTGGAACTTTGAAGTTATAACTATTTGCTGTTTATGCCAATTTTAGTTTAGATGCTTCTCGTGAATTGAAGCTTTTCTCAGGACAATCTCCTTTAACAAACATTTGGCATTCTGTCATTCACAACTGACTA
AGTTGGCATTTTGTCATTTTCGATTGACTATGTTTGTTATTGCTCTGGTTGTTGTGAAAGGCAGTGGATTTATGTAATATAATGACGGACCTATATTTTTGATGAACTAGAATTTGGTTATGTTTAAACTTGAAGTTGACACTTCCATCCATACACGCTGATAAATGTTGGATACTGTAATGGATGGCATCAAATTGTCT
AAGCGTTGATATTTGTTTGAAAATCCTGCTGATTTTAGTGTGTGTTTATTGCATGATTGTATTTGAAGCCCTACCAAATTGTCCAGAATTTGATAAATATTCTGAGATTCGTGGAAGAAAACAAGAACCAGTCTTTCCTGTTATTACATTTAGCATTTTCAATTATTATTTGAATTTTGATCTGAAATGTGGATGTCAAA
TAATTTGATTGATATATTTTTTTTGGTTGAGTTTCTGGAGTGGCAGTGG