NA ----> NA
Intron 1 GTAGAGCTAC ... TGCTGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 10 | 2 | 5 |
| A2 | 7.14 | 13 | 2 | 1 |
| A3 | 13.04 | 20 | 0 | 3 |
| A4 | 20 | 16 | 0 | 4 |
| A5 | 18.18 | 9 | 0 | 2 |
| A6 | 10 | 54 | 0 | 6 |
| A7 | 16.36 | 46 | 0 | 9 |
| A8 | 7.69 | 36 | 0 | 3 |
| A9 | 10.64 | 42 | 0 | 5 |
| A10 | 17.24 | 24 | 0 | 5 |
>TRINITY_DN113667_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCTTGGGCCTTGGCTAGGTGTTCACAAAACCGCCAAGCAAGCAAGCACAGGACATGCTGCTAGGCTGGAAACTGAGACAGCCGACGAGAGGTAAGATATAGACATACCTATATATAATGTATATACACATGGGTAAAATGATAGATAGATAAGCCAAAGGCATCCCCGTGCAGATGCATAGACTATATCGCATTCTGGTGT
GCTCGCCTTTATCACCTGCGGGACATCCTTCGGTATCCTTCCACACCTGTAGTGATTTGGTGCGCGACAAATTGAAAGGCCGAATCATGGAAAATGGTAGTGTGTGCAGAGAATTATTATTATTTTTATCGGTGCAAATGCGCAAATAATCAATTACCAAGGGCGGGCAGTTGTCCGATCGAACTGGACCGGTGTTTCGA
TCTTTGGCTGTTTTGTGAAAGATTTAGGAGGGCCATTCCCAATAATGGATTGGCAATACAGAGCAGGGCTGGTGCTGATTGGCGTTGTGGTTGTCATATGGGTTACCTCTGCCGAAGTCACTCAGAGCATATTTTTGGCTTACAAACAACCATTCGCACTTACATATCTGGGGGCATCCCTTATGGTTGTTTATCTTCCT
ATATCTGTTGCAAAGGATTATGTCTGCAATGCTATACGGAAGCGCTGCAGAAAAAACAGCAAAGTGACAGAAACTGGTGTTGACAGTTCTTGTTGCCTCGATTCCCCTTTTAAGGTCAATGCTACGCATGGTTTAGAGGCTGAAATGCAACTTTACTTCTCAGGAAAGGGTAGCAATGTTAACATGGGTGGAGAAGATGA
AGAAGGGACCCTAATTCCAAAGCATCATGGAGATTCACAAGTTATGAAACTCCAAACAGAGCTAACCCAATTGCAAGTTGCAAAAATCAGCTGTTTACTAACACCAATCTGGTTCGCCACAGAGTATTTTTCTAATGCAGCCTTGGCAAGAACAAGTGTGGCAAGCACAACAATCTTATCTTCAACTTCAGCACTATTCA
CACTTTTCTTTGGAGCACTGTTTGGCCAGGATACCCTCAATATTGCAAAAGTCGTTGCAGTATGTGTGAGTATGGCTGGTGTAGCCATGACCACTCTTGGAAAAACTTGGGCTGCTGATGATGCCGTTGAGAGTAATTCTTTGTTAGTTATCTATCCCTCTCTATTTTGGTGGGTCTCCAAGAGGGAGATTTTCAAGCAT
GGTTAAGATTCTGTATCTCTTTGGGAATAATATGGGATCTCTTTTTCATATATAATATAGTCAGCTGTGACATTAGTATTATGTTTATTTGTTATTGGGATTTAAAGAAGGAATTCCACCATTATCTGTAAAGGATTTTAAGGTTTATGTTTGAAATGGGCTTTGCTTTGCAATTTATAGATGGTACTTATTGAGGACTT
AGAATATGGACACTATAATGCACACCCAGAGACACGTTCTCAAGTATAAGTTGTAGTTGGTTTTGCTTCTTGACTGTTGATGAACAGGAATGGTGAGCACTCAATTGTGGGAGACATATTTGGACTTCTTTCAGCAGTCTGTTATGGCTTATTCACTGTAATGCTTAAAAAACTTGTGGGTGCTGAGGGCGAAAAGGCTG
ATGTGCAAAAGATTTTTGGTTATATTGGATTATTCACTCTACTAGCTCTTTGGTGGCCAGTGTGGCCTTTGGCTGCTATTGGCATTGAGCCAAAGTTTAGCATTCCAACCTCTGCTAAAGTGGATGAAGTTGTGATTGCTAATGGCTTCATAGGAAGTGTTCTCGCAGATTACTTCTGGGCACTATCTGTGGTGTGGACC
ACACCTCTAGTTGCCACATTGGGAATGTCTCTCACTATTCCTCTTGCCATGATAGCTGACATGGTAATTCACATGCGTCACTATTCTGCAATCTATGTGCTTGGTTCAGCACAGGTATTTGCAGGATTTGTGATTGCAAATCTTTCAGACCAATTTTCAAAGAAGTTGGGTTTGTGATATGGCAATGCATTTGGAGGATT
ATCTTGTTCAAGAAACAAATATTCTTTTACTACATCAAGGCAAATCTGGATTCGCAGACCAGGTTCTTACATAGGTCATTCATGGAAATTTGTGTTTGTGGCATGATGGTGACTCATTTTGGTCCAGCTAAGAGTTAGGTATCAGTCAATGTATCGATGTTGCTGCAAACTGCTGTATGAGTATGTAAAGATTTTTTTGG
TTCCAACAACATTCTATCCTGAAATTTTGGAAATATATTTCTTCAACTCCAAACCATTTAACTGGCATAAGGGCATTTTTTTTCATTATGACCTTGAAGGCATTTATAAAGTTGCAACC
>TRINITY_DN113667_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCTTATTCACTGgtagagctacctttgttttccaagcttttcctttttctactgccatatttatcagatatgtttttctgcttttgtaataagattttcatgttcaataattatgattctcaagataacattggcatgactatatttgctgcacagTAATGCTTAAAAAACTTGTGGGTGCTGAGGGCGAAAAGGCTGAT
GTGCAAAAGATTTTTGGTTATATTGGATTATTCACTCTACTAGCTCTTTGGTGGCCAGTGTGGCCTTTGGCTGCTATTGGCATTGAGCCAAAGTTTAGCATTCCAACCTCTGCTAAAGTGGATGAAGTTGTGATTGCTAATGGCTTCATAGGAAGTGTTCTCGCAGATTACTTCTGGGCACTATCTGTGGTGTGGACCAC
ACCTCTAGTTGCCACATTGGGAATGTCTCTCACTATTCCTCTTGCCATGATAGCTGACATGGTAATTCACATGCGTCACTATTCTGCAATCTATGTGCTTGGTTCAGCACAGGTATTTGCAGGATTTGTGATTGCAAATCTTTCAGACCAATTTTCAAAGAAGTTGGGTTTGTGATATGGCAATGCATTTGGAGGATTAT
CTTGTTCAAGAAACAAATATTCTTTTACTACATCAAGGCAAATCTGGATTCGCAGACCAGGTTCTTACATAGGTCATTCATGGAAATTTGTGTTTGTGGCATGATGGTGACTCATTTTGGTCCAGCTAAGAGTTAGGTATCAGTCAATGTATCGATGTTGCTGCAAACTGCTGTATGAGTATGTAAAGATTTTTTTGGTT
CCAACAACATTCTATCCTGAAATTTTGGAAATATATTTCTTCAACTCCAAACCATTTAACTGGCATAAGGGCATTTTTTTTCATTATGACCTTGAAGGCATTTATAAAGTTGCAACC
Intron 2 GTTAGTTATC ... TGATGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.58 | 25 | 12 | 9 |
| A2 | 25.58 | 16 | 4 | 7 |
| A3 | 30.43 | 16 | 4 | 10 |
| A4 | 20 | 22 | 5 | 6 |
| A5 | 35.29 | 11 | 8 | 4 |
| A6 | 27.27 | 68 | 13 | 38 |
| A7 | 30.95 | 58 | 23 | 29 |
| A8 | 26.72 | 48 | 14 | 21 |
| A9 | 26.73 | 74 | 31 | 23 |
| A10 | 25.23 | 40 | 15 | 12 |
>TRINITY_DN113667_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformCTTGGGCCTTGGCTAGGTGTTCACAAAACCGCCAAGCAAGCAAGCACAGGACATGCTGCTAGGCTGGAAACTGAGACAGCCGACGAGAGGTAAGATATAGACATACCTATATATAATGTATATACACATGGGTAAAATGATAGATAGATAAGCCAAAGGCATCCCCGTGCAGATGCATAGACTATATCGCATTCTGGTGT
GCTCGCCTTTATCACCTGCGGGACATCCTTCGGTATCCTTCCACACCTGTAGTGATTTGGTGCGCGACAAATTGAAAGGCCGAATCATGGAAAATGGTAGTGTGTGCAGAGAATTATTATTATTTTTATCGGTGCAAATGCGCAAATAATCAATTACCAAGGGCGGGCAGTTGTCCGATCGAACTGGACCGGTGTTTCGA
TCTTTGGCTGTTTTGTGAAAGATTTAGGAGGGCCATTCCCAATAATGGATTGGCAATACAGAGCAGGGCTGGTGCTGATTGGCGTTGTGGTTGTCATATGGGTTACCTCTGCCGAAGTCACTCAGAGCATATTTTTGGCTTACAAACAACCATTCGCACTTACATATCTGGGGGCATCCCTTATGGTTGTTTATCTTCCT
ATATCTGTTGCAAAGGATTATGTCTGCAATGCTATACGGAAGCGCTGCAGAAAAAACAGCAAAGTGACAGAAACTGGTGTTGACAGTTCTTGTTGCCTCGATTCCCCTTTTAAGGTCAATGCTACGCATGGTTTAGAGGCTGAAATGCAACTTTACTTCTCAGGAAAGGGTAGCAATGTTAACATGGGTGGAGAAGATGA
AGAAGGGACCCTAATTCCAAAGCATCATGGAGATTCACAAGTTATGAAACTCCAAACAGAGCTAACCCAATTGCAAGTTGCAAAAATCAGCTGTTTACTAACACCAATCTGGTTCGCCACAGAGTATTTTTCTAATGCAGCCTTGGCAAGAACAAGTGTGGCAAGCACAACAATCTTATCTTCAACTTCAGCACTATTCA
CACTTTTCTTTGGAGCACTGTTTGGCCAGGATACCCTCAATATTGCAAAAGTCGTTGCAGTATGTGTGAGTATGGCTGGTGTAGCCATGACCACTCTTGGAAAAACTTGGGCTGCTGATGATGCCGTTGAGAGTAATTCTTTGAATGGTGAGCACTCAATTGTGGGAGACATATTTGGACTTCTTTCAGCAGTCTGTTAT
GGCTTATTCACTGTAATGCTTAAAAAACTTGTGGGTGCTGAGGGCGAAAAGGCTGATGTGCAAAAGATTTTTGGTTATATTGGATTATTCACTCTACTAGCTCTTTGGTGGCCAGTGTGGCCTTTGGCTGCTATTGGCATTGAGCCAAAGTTTAGCATTCCAACCTCTGCTAAAGTGGATGAAGTTGTGATTGCTAATGG
CTTCATAGGAAGTGTTCTCGCAGATTACTTCTGGGCACTATCTGTGGTGTGGACCACACCTCTAGTTGCCACATTGGGAATGTCTCTCACTATTCCTCTTGCCATGATAGCTGACATGGTAATTCACATGCGTCACTATTCTGCAATCTATGTGCTTGGTTCAGCACAGGTATTTGCAGGATTTGTGATTGCAAATCTTT
CAGACCAATTTTCAAAGAAGTTGGGTTTGTGATATGGCAATGCATTTGGAGGATTATCTTGTTCAAGAAACAAATATTCTTTTACTACATCAAGGCAAATCTGGATTCGCAGACCAGGTTCTTACATAGGTCATTCATGGAAATTTGTGTTTGTGGCATGATGGTGACTCATTTTGGTCCAGCTAAGAGTTAGGTATCAG
TCAATGTATCGATGTTGCTGCAAACTGCTGTATGAGTATGTAAAGATTTTTTTGGTTCCAACAACATTCTATCCTGAAATTTTGGAAATATATTTCTTCAACTCCAAACCATTTAACTGGCATAAGGGCATTTTTTTTCATTATGACCTTGAAGGCATTTATAAAGTTGCAACC
>TRINITY_DN113667_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTGGGCCTTGGCTAGGTGTTCACAAAACCGCCAAGCAAGCAAGCACAGGACATGCTGCTAGGCTGGAAACTGAGACAGCCGACGAGAGGTAAGATATAGACATACCTATATATAATGTATATACACATGGGTAAAATGATAGATAGATAAGCCAAAGGCATCCCCGTGCAGATGCATAGACTATATCGCATTCTGGTGT
GCTCGCCTTTATCACCTGCGGGACATCCTTCGGTATCCTTCCACACCTGTAGTGATTTGGTGCGCGACAAATTGAAAGGCCGAATCATGGAAAATGGTAGTGTGTGCAGAGAATTATTATTATTTTTATCGGTGCAAATGCGCAAATAATCAATTACCAAGGGCGGGCAGTTGTCCGATCGAACTGGACCGGTGTTTCGA
TCTTTGGCTGTTTTGTGAAAGATTTAGGAGGGCCATTCCCAATAATGGATTGGCAATACAGAGCAGGGCTGGTGCTGATTGGCGTTGTGGTTGTCATATGGGTTACCTCTGCCGAAGTCACTCAGAGCATATTTTTGGCTTACAAACAACCATTCGCACTTACATATCTGGGGGCATCCCTTATGGTTGTTTATCTTCCT
ATATCTGTTGCAAAGGATTATGTCTGCAATGCTATACGGAAGCGCTGCAGAAAAAACAGCAAAGTGACAGAAACTGGTGTTGACAGTTCTTGTTGCCTCGATTCCCCTTTTAAGGTCAATGCTACGCATGGTTTAGAGGCTGAAATGCAACTTTACTTCTCAGGAAAGGGTAGCAATGTTAACATGGGTGGAGAAGATGA
AGAAGGGACCCTAATTCCAAAGCATCATGGAGATTCACAAGTTATGAAACTCCAAACAGAGCTAACCCAATTGCAAGTTGCAAAAATCAGCTGTTTACTAACACCAATCTGGTTCGCCACAGAGTATTTTTCTAATGCAGCCTTGGCAAGAACAAGTGTGGCAAGCACAACAATCTTATCTTCAACTTCAGCACTATTCA
CACTTTTCTTTGGAGCACTGTTTGGCCAGGATACCCTCAATATTGCAAAAGTCGTTGCAGTATGTGTGAGTATGGCTGGTGTAGCCATGACCACTCTTGGAAAAACTTGGGCTGCTGATGATGCCGTTGAGAGTAATTCTTTgttagttatctatccctctctattttggtgggtctccaagagggagattttcaagcat
ggttaagattctgtatctctttgggaataatatgggatctctttttcatatataatatagtcagctgtgacattagtattatgtttatttgttattgggatttaaagaaggaattccaccattatctgtaaaggattttaaggtttatgtttgaaatgggctttgctttgcaatttatagatggtacttattgaggactt
agaatatggacactataatgcacacccagagacacgttctcaagtataagttgtagttggttttgcttcttgactgttgatgaacagGAATGGTGAGCACTCAATTGTGGGAGACATATTTGGACTTCTTTCAGCAGTCTGTTATGGCTTATTCACTGTAATGCTTAAAAAACTTGTGGGTGCTGAGGGCGAAAAGGCTG
ATGTGCAAAAGATTTTTGGTTATATTGGATTATTCACTCTACTAGCTCTTTGGTGGCCAGTGTGGCCTTTGGCTGCTATTGGCATTGAGCCAAAGTTTAGCATTCCAACCTCTGCTAAAGTGGATGAAGTTGTGATTGCTAATGGCTTCATAGGAAGTGTTCTCGCAGATTACTTCTGGGCACTATCTGTGGTGTGGACC
ACACCTCTAGTTGCCACATTGGGAATGTCTCTCACTATTCCTCTTGCCATGATAGCTGACATGGTAATTCACATGCGTCACTATTCTGCAATCTATGTGCTTGGTTCAGCACAGGTATTTGCAGGATTTGTGATTGCAAATCTTTCAGACCAATTTTCAAAGAAGTTGGGTTTGTGATATGGCAATGCATTTGGAGGATT
ATCTTGTTCAAGAAACAAATATTCTTTTACTACATCAAGGCAAATCTGGATTCGCAGACCAGGTTCTTACATAGGTCATTCATGGAAATTTGTGTTTGTGGCATGATGGTGACTCATTTTGGTCCAGCTAAGAGTTAGGTATCAGTCAATGTATCGATGTTGCTGCAAACTGCTGTATGAGTATGTAAAGATTTTTTTGG
TTCCAACAACATTCTATCCTGAAATTTTGGAAATATATTTCTTCAACTCCAAACCATTTAACTGGCATAAGGGCATTTTTTTTCATTATGACCTTGAAGGCATTTATAAAGTTGCAACC
Intron 3 GTAATTCACA ... TTCAGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.62 | 12.5 | 22 | 15 |
| A2 | 63.5 | 4.5 | 8 | 7 |
| A3 | 46.79 | 18 | 16 | 13 |
| A4 | 58.28 | 11.5 | 14 | 16 |
| A5 | 71.25 | 2.5 | 5 | 6 |
| A6 | 68.13 | 24.5 | 57 | 35 |
| A7 | 71.43 | 18.5 | 44 | 44 |
| A8 | 67.47 | 26.5 | 53 | 54 |
| A9 | 77.15 | 11 | 37 | 36 |
| A10 | 60.61 | 14.5 | 24 | 18 |
>TRINITY_DN39571_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformCTTATTCATTGGCTTATTTGGATTAATACTTTACGTTTGGCATTCATGGCCATATCTTTCGAATTCTATGAAATTAAGTTGGTAAAATTTTATAATTGCAGGGCACTATCTGTGGTGTGGACCACACCTCTAGTTGCCACATTGGGAATGTCTCTCACTATTCCTCTTGCCATGATAGCTGACATGGTATTTGCAGGATT
TGTGATTGCAAATCTTTCAGACCAATTTTCAAAGAAGTTGGGTTTGTGATATGGCAATGCATTTGGAGGATTATCTTGTTCAAGAAACAAATATTCTTTTACTACATCAAGGCAAATCTGGATTCGCAGACCAGGTTCTTACATAGGTCATTCATGGAAATTTGTGTTTGTGGCATGATGGTGACTCATTTTGGTCCAGC
TAAGAGTTAGGTATCAGTCAATGTATCGATGTTGCTGCAAACTGCTGTATGAGTATGTAAAGATTTTTTTGGTTCCAACAACATTCTATCCTGAAATTTTGGAAATATATTTCTTCAAGTCCAAAACATTTAACTGGCATAAGGGCATTTTTTTTCATTATGACCTTGAAGGCATTTATAAAGTTGCAACACAATAAGAA
AATGTGCCAAAGTTTCTGCTTTGGTATGCAGTGTTTTCCTATGAACTGTGTTCCAGTTTTATATGGAAAATATTTGGATTGTGATATTTGTGTGTAAAGCTTTGCTTTCAGAATATCCATGTCTTGAATGACCAACCAAGCTGTAGGTTAGTGTAAGCATGGCCCCTTTTTTCAGGGTTAAGTAGGATTCCTTGTCTTTG
AATGCTTATGCGAAGGTTGATCATCATTGTGAAATTTAGTTTATATGTATCAGCAAGTTACAATGTGATCTCCATTCTTTAGGGTACCTCACAATAGGTTTTGGATATGCTAAATATTATTTATAAGTTTTGTAGGAAACTTAGCGTATACATTTATACAAACAATAGTGGAGACAGAAAATGTCTTTTCAATAAACGTT
GTATCGTTAACCTCTCTTACACTTCATAAATCACCATAGGTGATGATGGGTGTCTATGTTGACCCTTTTTGAGTCAGTTATCCTTTTTGACTTGTTTACACCACCATCATTCACAGAAACAACATTTACCTCTATTTTCC
>TRINITY_DN39571_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:TTTTGATGAAAGAGACGTCCAGAATAAAATATTTAAAATTGGTGCAACTTGGGCCTTGGCTAGGTGTTCACAAAACCGCCAAGCAAGCAAGCACAGGACATGCTGCTAGGCTGGAAACTGAGACAGCCGACGAGAGGTAAGATATAGACATACCTATATATAATGTATATACACATGGGTAAAATGATAGATAGATAAGC
CAAAGGCATCCCCGTGCAGATGCATAGACTATATCGCATTCTGGTGTGCTCGCCTTTATCACCTGCGGGACATCCTTCGGTATCCTTCCACACCTGTAGTGATTTGGTGCGCGACAAATTGAAAGGCCGAATCATGGAAAATGGTAGTGTGTGCAGAGAATTATTATTATTTTTATCGGTGCAAATGCGCAAATAATCAA
TTACCAAGGGCGGGCAGTTGTCCGATCGAACTGGACCGGTGTTTCGATCTTTGGCTGTTTTGTGAAAGATTTAGGAGGGCCATTCCCAATAATGGATTGGCAATACAGAGCAGGGCTGGTGCTGATTGGCGTTGTGGTTGTCATATGGGTTACCTCTGCCGAAGTCACTCAGAGCATATTTTTGGCTTACAAACAACCAT
TCGCACTTACATATCTGGGGGCATCCCTTATGGTTGTTTATCTTCCTATATCTGTTGCAAAGGATTATGTCTGCAATGCTATACGGAAGCGCTGCAGAAAAAACAGCAAAGTGACAGAAACTGGTGTTGACAGTTCTTGTTGCCTCGATTCCCCTTTTAAGGTCAATGCTACGCATGGTTTAGAGGCTGAAATGCAACTT
TACTTCTCAGGAAAGGGTAGCAATGTTAACATGGGTGGAGAAGATGAAGAAGGGACCCTAATTCCAAAGCATCATGGAGATTCACAAGTTATGAAACTCCAAACAGAGCTAACCCAATTGCAAGTTGCAAAAATCAGCTGTTTACTAACACCAATCTGGTTCGCCACAGAGTATTTTTCTAATGCAGCCTTGGCAAGAAC
AAGTGTGGCAAGCACAACAATCTTATCTTCAACTTCAGCACTATTCACACTTTTCTTTGGAGCACTGTTTGGCCAGGATACCCTCAATATTGCAAAAGTCGTTGCAGTATGTGTGAGTATGGCTGGTGTAGCCATGACCACTCTTGGAAAAACTTGGGCTGCTGATGATGCCGTTGAGAGTAATTCTTTGAATGGTGAGC
ACTCAATTGTGGGAGACATATTTGGACTTCTTTCAGCAGTCTGTTATGGCTTATTCACTGTAATGCTTAAAAAACTTGTGGGTGCTGAGGGCGAAAAGGCTGATGTGCAAAAGATTTTTGGTTATATTGGATTATTCACTCTACTAGCTCTTTGGTGGCCAGTGTGGCCTTTGGCTGCTATTGGCATTGAGCCAAAGTTT
AGCATTCCAACCTCTGCTAAAGTGGATGAAGTTGTGATTGCTAATGGCTTCATAGGAAGTGTTCTCGCAGATTACTTCTGGGCACTATCTGTGGTGTGGACCACACCTCTAGTTGCCACATTGGGAATGTCTCTCACTATTCCTCTTGCCATGATAGCTGACATGgtaattcacatgcgtcactattctgcaatctatgt
gcttggttcagcacagGTATTTGCAGGATTTGTGATTGCAAATCTTTCAGACCAATTTTCAAAGAAGTTGGGTTTGTGATATGGCAATGCATTTGGAGGATTATCTTGTTCAAGAAACAAATATTCTTTTACTACATCAAGGCAAATCTGGATTCGCAGACCAGGTTCTTACATAGGTCATTCATGGAAATTTGTGTTTG
TGGCATGATGGTGACTCATTTTGGTCCAGCTAAGAGTTAGGTATCAGTCAATGTATCGATGTTGCTGCAAACTGCTGTATGAGTATGTAAAGATTTTTTTGGTTCCAACAACATTCTATCCTGAAATTTTGGAAATATATTTCTTCAAGTCCAAAACATTTAACTGGCATAAGGGCATTTTTTTTCATTATGACCTTGAA
GGCATTTATAAAGTTGCAACACAATAAGAAAATGTGCCAAAGTTTCTGCTTTGGTATGCAGTGTTTTCCTATGAACTGTGTTCCAGTTTTATATGGAAAATATTTGGATTGTGATATTTGTGTGTAAAGCTTTGCTTTCAGAATATCCATGTCTTGAATGACCAACCAAGCTGTAGGTTAGTGTAAGCATGGCCCCTTTT
TTCAGGGTTAAGTAGGATTCCTTGTCTTTGAATGCTTATGCGAAGGTTGATCATCATTGTGAAATTTAGTTTATATGTATCAGCAAGTTACAATGTGATCTCCATTCTTTAGGGTACCTCACAATAGGTTTTGGATATGCTAAATATTATTTATAAGTTTTGTAGGAAACTTAGCGTATACATTTATACAAACAATAGTG
GAGACAGAAAATGTCTTTTCAATAAACGTTGTATCGTTAACCTCTCTTACACTTCATAAATCACCATAGGTGATGATGGGTGTCTATGTTGACCCTTTTTGAGTCAGTTATCCTTTTTGACTTGTTTACACCACCATCATTCACAGAAACAACATTTACCTCTATTTTCC
Intron 4 GTAAGATATA ... CCCCGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 71.43 | 3 | 7 | 8 |
| A2 | 61.11 | 7 | 8 | 14 |
| A3 | 31.71 | 14 | 7 | 6 |
| A4 | 40.74 | 8 | 4 | 7 |
| A5 | 48.15 | 7 | 3 | 10 |
| A6 | 60 | 14 | 18 | 24 |
| A7 | 51.72 | 14 | 7 | 23 |
| A8 | 50 | 2 | 1 | 3 |
| A9 | 60 | 6 | 10 | 8 |
| A10 | 51.72 | 7 | 6 | 9 |
>TRINITY_DN103687_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoformTAACTAATTTGGGCATCGTCGCGAGTGGCCACAATTCTTTTGATGAAAGAGACGTCCAGAATAAAATATTTAAAATTGGTGCAACTTGGGCCTTGGCTAGGTGTTCACAAAACCGCCAAGCAAGCAAGCACAGGACATGCTGCTAGGCTGGAAACTGAGACAGCCGACGAGAGATGCATAGACTATATCGCATTCTGGTG
TGCTCGCCTTTATCACCTGCGGGACATCCTTCGGTATCCTTCCACACCTGTAGTGATTTGGTGCGCGACAAATTGAAAGGCCGAATCATGGAAAATGGTAGTGTGTGCAGAGAATTATTATTATTTTTATCGGTGCAAATGCGCAAATAATCAATTACCAAGGGCGGGCAGTTGTCCGATCGAACTGGACCGGTGTTTCG
ATCTTTGGCTGTTTTGTGAAAGATTTAGGAGGGCCATTCCCAATAATGGATTGGCAATACAGAGCAGGGCTGGTGCTGATTGGCGTTGTGGTTGTCATATGGGTTACCTCTGCCGAAGTCACTCAGGTACGTACGACTCGAACCTGGACCGCTAGAGAAGGATTTAATCTGTATTTTTCTTCACTGCAAAATTCCAGATC
TGGTACACTGTAGAGGGAATTAAGAATTTTCGTTACAGTATGAAGAATCGATCGAATTAAGGGGCCAAATTATCTAGCTGTCCTGCCCTGGATGTACATGCTATGGCGGGGACTCGACCCAGAACCATTGGATGCGCACCCGGATCTGCTCTGATTTGTTTTTATTCCTTAGAAAGCCCTAGCATGTCAGAGAACGAGGT
ATAGCGACCTTCATTGTTAGCAAAAATGCATGCTCTTTATCGTCAAATGTTAGAGCCTGCAGTGGGCACGAGTTCGAACTGATGTAGTTGCCACAGCTCTTGGGGTTCAAGCCACTTAAACAACAGCTTTTAAAGGTTGCATTTTTTTGGCA
>TRINITY_DN103687_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:TAACTAATTTGGGCATCGTCGCGAGTGGCCACAATTCTTTTGATGAAAGAGACGTCCAGAATAAAATATTTAAAATTGGTGCAACTTGGGCCTTGGCTAGGTGTTCACAAAACCGCCAAGCAAGCAAGCACAGGACATGCTGCTAGGCTGGAAACTGAGACAGCCGACGAGAGgtaagatatagacatacctatatataa
tgtatatacacatgggtaaaatgatagatagataagccaaaggcatccccgtgcagATGCATAGACTATATCGCATTCTGGTGTGCTCGCCTTTATCACCTGCGGGACATCCTTCGGTATCCTTCCACACCTGTAGTGATTTGGTGCGCGACAAATTGAAAGGCCGAATCATGGAAAATGGTAGTGTGTGCAGAGAATTA
TTATTATTTTTATCGGTGCAAATGCGCAAATAATCAATTACCAAGGGCGGGCAGTTGTCCGATCGAACTGGACCGGTGTTTCGATCTTTGGCTGTTTTGTGAAAGATTTAGGAGGGCCATTCCCAATAATGGATTGGCAATACAGAGCAGGGCTGGTGCTGATTGGCGTTGTGGTTGTCATATGGGTTACCTCTGCCGAA
GTCACTCAGAGCATATTTTTGGCTTACAAACAACCATTCGCACTTACATATCTGGGGGCATCCCTTATGGTTGTTTATCTTCCTATATCTGTTGCAAAGGATTATGTCTGCAATGCTATACGGAAGCGCTGCAGAAAAAACAGCAAAGTGACAGAAACTGGTGTTGACAGTTCTTGTTGCCTCGATTCCCCTTTTAAGGT
CAATGCTACGCATGGTTTAGAGGCTGAAATGCAACTTTACTTCTCAGGAAAGGGTAGCAATGTTAACATGGGTGGAGAAGATGAAGAAGGGACCCTAATTCCAAAGCATCATGGAGATTCACAAGTTATGAAACTCCAAACAGAGCTAACCCAATTGCAAGTTGCAAAAATCAGCTGTTTACTAACACCAATCTGGTTCG
CCACAGAGTATTTTTCTAATGCAGCCTTGGCAAGAACAAGTGTGGCAAGCACAACAATCTTATCTTCAACTTCAGCACTATTCACACTTTTCTTTGGAGCACTGTTTGGCCAGGATACCCTCAATATTGCAAAAGTCGTTGCAGTATGTGTGAGTATGGCTGGTGTAGCCATGACCACTCTTGGAAAAACTTGGGCTGCT
GATGATGCCGTTGAGAGTAATTCTTTGAATGGTGAGCACTCAATTGTGGGAGACATATTTGGACTTCTTTCAGCAGTCTGTTATGGCTTATTCACTGTAATGCTTAAAAAACTTGTGGGTGCTGAGGGCGAAAAGGCTGATGTGCAAAAGATTTTTGGTTATATTGGATTATTCACTCTACTAGCTCTTTGGTGGCCAGT
GTGGCCTTTGGCTGCTATTGGCATTGAGCCAAAGTTTAGCATTCCAACCTCTGCTAAAGTGGATGAAGTTGTGATTGCTAATGGCTTCATAGGAAGTGTTCTCGCAGATTACTTCTGGGCACTATCTGTGGTGTGGACCACACCTCTAGTTGCCACATTGGGAATGTCTCTCACTATTCCTCTTGCCATGATAGCTGACA
TGGTAATTCACATGCGTCACTATTCCGCAATCTATGTGCTTGGTTCAGCACAGGTATTTGCAGGATTTGTGATTGCAAATCTTTCAGACCAATTTTCAAAGAAGTTGGGTTTGTGATATGGCAATGCATTTGGAGGATTATCTTGTTCAAGAAACAAATATTCTTTTACTACATCAAGGCAAATCTGGATTCGCAGACCA
GGTTCTTACATAGGTCATTCATGGAAATTTGTGTTTGTGGCATGATGGTGACTCATTTTGGTCCAGCTAAGAGTTAGGTATCAGTCAATGTATCGATGTTGCTGCAAACTGCTGTATGAGTATGTAAAGATTTTTTTGGTTCCAACAACATTCTATCCTGAAATTTTGGAAATATATTTCTTCAAGTCCAAAACATTTAA
CTGGCATAAGGGCATTTTTTTTCATTATGACCTTGAAGGCATTTATAAAGTTGCAACACAATAAGAAAATGTGCCAA