sp|Q8GUK7|RMA3_ARATH ----> E3 ubiquitin-protein ligase RMA3

Intron 1 GTAGGTATCG ... TTTTTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.67	518	61.7	135
A2	17.95	585	73.9	128
A3	19.13	613	63.1	145
A4	17.05	501	71.3	103
A5	17.42	237	33.6	50
A6	20.1	2970	339.6	747
A7	19.62	3236	304.6	790
A8	20.04	2055	245.1	515
A9	19.23	3154	377.3	751
A10	20.06	2718	268.9	682

>TRINITY_DN115792_c8_g3_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TAATTTTTCTAATAATTTATAGTTAATTTTTCTAATAATTTATAGTTAATTTTTCTAATAATTTATAGTAGGAAAGTGATTGCATCCATCGAATTCCACATATAACGAAAACCTGGAAACTTCGGGAGTGACCGTCGAATTTCGCGATAAAATAATGATCGGTTTATTGCTGACTCTTTTAGAGGCTCAGGCATTTCTTT
GGTTTTGAGATCGGGAGATCGGAATTTCTGCAACGCTTCATTGTCAATCAAAAAATTTTGCAGATGGACGAGGGATCATCATTCGCGGCATCATCGAGTCGTAATTCAAGCTTTTCCAGTGGCTATGATAACCCACAGAACTCAAATAAGAATGCTTCTTCGAGTGGCGCTGGTGATGCCGGAAGCTTTGAATGCAACAT
CTGTCTTGAATTGGCTCAGGACCCAATTGTGACACTCTGCGGTCACCTCTTCTGCTGGCCTTGCCTGTACAAATGGCTTCACATTCATTCCAAGTCTCAAGACTGCCCTGTCTGTAAGGCTTTGGTGGAAGAGGACAAGATTATTCCCTTGTATGGGCGTGGGAAAGTGGGTTCTCCAGATCCAAGGTCCAAAGCTATTC
CCGGTCTAAATATTCCCAACAGGCCTGCTGGGCGACGCCCTGAAACAGCTCCATCTCCAGGTCATCATCATTTCCAGCAACAGCCTTTTGGCTTTATGGGTGGCGGTCCAGCTCCAATGGCAGCTGCCAGGTTTGGGAATTTCACTTTCTCTGCAGGATTTGGGTTGTTTCCATCTCTGTTTGGATTCCAGATGCACGGC
TTTCCAGATGGTGTCGGGTACGGGGCCGCTCCAGGGTATAACTATGGCTTTTCCAATCCATTTCAAGGTGGACATCCCCACACATTTCATCAGCCTATGACCAGAGAGCAGGAACAAGAAGCCATGCTGTCAAAGTACCTGTTAATTATTGGAGCTTTTGTCATTTTATGTTTACTTTTCTTGTAATCGGGCTGTAAATT
CATTTATTAGCTTGTTGGTATTATTGGCAGCTAGATTGTGGCAAGTCAATCAAGGGTTCAAGGGCTTTTCGGGTTCAAGGGCTTTTCTTCTCCCTTAAATATATTAATGTATTAAAGTTCCCCTAAACATATTAATGTGCTGAAGTTTTGTGACCGATTTGATCAGTCAACTTGCTTGGACTCGATAAAAACAATTGGGA
ATAATGTCGCAATAGACAATTTCTTTGTAAACTTCTTGAAAAATGCATGGGATTTTTACCTAATTATAGTTTGCTTCTGCTGATAAACCAAGCAGGACTAGTGAATTTGGGGAAATTGGAGATATTTAGTTGCAGAGTACTAAACTTGTTTGAGTTAAGATACAGACTTTACCTGCATTGGTGTTTTTTTGGTGCCATGA
TTTAACATATCAAATGTTCAGTGGATGTTTGAAAGGTTGTGAGTTTCGAAGTTCTGAATGTGTGAGAGATCTTGAATAAGCTTTTTATTGATATTTTAAAGCAAAATTATGGCTATGTACCC

>TRINITY_DN115792_c8_g3_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TAATTTTTCTAATAATTTATAGTTAATTTTTCTAATAATTTATAGTTAATTTTTCTAATAATTTATAGTAGGAAAGTGATTGCATCCATCGAATTCCACATATAACGAAAACCTGGAAACTTCGGGAGTGACCGTCGAATTTCGCGATAAAATAATGATCGGTTTATTGCTGACTCTTTTAGAGGCTCAGGCATTTCTTT
GGTTTTGAGATCGGGAGATCGGAATTTCTGCAACGCTTCATTGTCAATCAAAAAgtaggtatcggatctgcgtcttttcgtattctgcatttaatttgttttttaattggtgtataagggtttcgttggaatatgtttgatgaggatctgtgagaagtttttcaacatattcgatgatgatctgtgtgaaacttcacaat
cacgaatatttatttaatttttcttttcttttctcttttttgttgttgtttaaattctgtctagttgtaggaacacccggttttcatttagttttagtcgtctgctataatgtattttggtttcggcagttttacagaaatggggttgagtgtttttttttcaaattttagtttggggtttcagcagattagcgtttcat
cgagtgggtatttgtaaatcaattgttacgagatcaattcccgtggagaagttttggtttctgtataattagttttcgtcaatcctatatttgcttcattcaggatctcatttggttttttggggagagaattgttgtatttttgcatatttgacgagtttatggtgtttgtgttttgtctgtatgatttctggcatttt
ggtttctgtagtttcacaaaactagggttgtgggccttgataatttcagatcctagattggactttcagattaattgagtttcatcttgtcaatctgtggttgcaaggtcaattctcatggagtgattttctgttttttcattttctaagagtgttttcaggatacatgcacaaacgttgaaccctacatcttaggcact
agtgataaccattacgccaaaatcacctgggacttgagctgagccacaattggagatggcattccgatagggctgacaatagcagaaataggaatctgaggaaagcttaatactccattgatgttatcagtgaaccaaggccctgttggcaatatggaatagatttggagtttttgtggtgttatttttataaaaaaatc
ggtcttcattggccctaaacattatctcttgggtttcatctttgaggtttttaatttagttttggagaatattattgtatttgtatatttttatatttgagggatttttttagcagATTTTGCAGATGGACGAGGGATCATCATTCGCGGCATCATCGAGTCGTAATTCAAGCTTTTCCAGTGGCTATGATAACCCACAG
AACTCAAATAAGAATGCTTCTTCGAGTGGCGCTGGTGATGCCGGAAGCTTTGAATGCAACATCTGTCTTGAATTGGCTCAGGACCCAATTGTGACACTCTGCGGTCACCTCTTCTGCTGGCCTTGCCTGTACAAATGGCTTCACATTCATTCCAAGTCTCAAGACTGCCCTGTCTGTAAGGCTTTGGTGGAAGAGGACAA
GATTATTCCCTTGTATGGGCGTGGGAAAGTGGGTTCTCCAGATCCAAGGTCCAAAGCTATTCCCGGTCTAAATATTCCCAACAGGCCTGCTGGGCGACGCCCTGAAACAGCTCCATCTCCAGGTCATCATCATTTCCAGCAACAGCCTTTTGGCTTTATGGGTGGCGGTCCAGCTCCAATGGCAGCTGCCAGGTTTGGGA
ATTTCACTTTCTCTGCAGGATTTGGGTTGTTTCCATCTCTGTTTGGATTCCAGATGCACGGCTTTCCAGATGGTGTCGGGTACGGGGCCGCTCCAGGGTATAACTATGGCTTTTCCAATCCATTTCAAGGTGGACATCCCCACACATTTCATCAGCCTATGACCAGAGAGCAGGAACAAGAAGCCATGCTGTCAAAGTAC
CTGTTAATTATTGGAGCTTTTGTCATTTTATGTTTACTTTTCTTGTAATCGGGCTGTAAATTCATTTATTAGCTTGTTGGTATTATTGGCAGCTAGATTGTGGCAAGTCAATCAAGGGTTCAAGGGCTTTTCGGGTTCAAGGGCTTTTCTTCTCCCTTAAATATATTAATGTATTAAAGTTCCCCTAAACATATTAATGT
GCTGAAGTTTTGTGACCGATTTGATCAGTCAACTTGCTTGGACTCGATAAAAACAATTGGGAATAATGTCGCAATAGACAATTTCTTTGTAAACTTCTTGAAAAATGCATGGGATTTTTACCTAATTATAGTTTGCTTCTGCTGATAAACCAAGCAGGACTAGTGAATTTGGGGAAATTGGAGATATTTAGTTGCAGAGT
ACTAAACTTGTTTGAGTTAAGATACAGACTTTACCTGCATTGGTGTTTTTTTGGTGCCATGATTTAACATATCAAATGTTCAGTGGATGTTTGAAAGGTTGTGAGTTTCGAAGTTCTGAATGTGTGAGAGATCTTGAATAAGCTTTTTATTGATATTTTAAAGCAAAATTATGGCTATGTACCC

Intron 2 GTAGGTATCG ... TTTTTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.45	518	84	135
A2	16.25	585	99	128
A3	15.91	613	87	145
A4	16.64	501	97	103
A5	16.84	237	46	50
A6	17.06	2970	475	747
A7	15.79	3236	424	790
A8	17.25	2055	342	515
A9	16.84	3154	526	751
A10	16.25	2718	373	682

>TRINITY_DN98937_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoform

AAAACCTGGAAACTTCGGGAGTGACCGTCGAATTTCGCGATAAAATAATGATCGGTTTATTGCTGACTCTTTTAGAGGCTCAGGCATTTCTTTGGTTTTGAGATCGGGAGATCGGAATTTCTGCAACGCTTCATTGTCAATCAAAAAATTTTGCAGATGGACGAGGGATCATCATTCGCGGCATCATCGAGTCGTAATTC
AAGCTTTTCCAGTGGCTATGATAACCCACAGAACTCAAATAAGAATGCTTCTTCGAGTGGCGCTGGTGATGCCGGAAGCTTTGAATGCAACATCTGTCTTGAATTGGCTCAGGACCCAATTGTGACACTCTGCGGTCACCTCTTCTGCTGGCCTTGCCTGTACAAATGGCTTCACATTCATTCCAAGTCTCAAGACTGCC
CTGTCTGTAAGGCTTTGGTGGAAGAGGACAAGATTATTCCCTTGTATGGGCGTGGGAAAGTGGGTTCTCCAGATCCAAGGTCCAAAGCTATTCCCGGTCTAAATATTCCCAACAGGCCTGCTGGGCGACGCCCTGAAACAGCTCCATCTCCAGGTCATCATCATTTCCAGCAACAGCCTTTTGGCTTTATGGGTGGCGGT
CCAGCTCCAATGGCAGCTGCCAGGTTTGGGAATTTCACTTTCTCTGCAGGATTTGGGTTGTTTCCATCTCTGTTTGGATTCCAGATGCACGGCTTTCCAGATGGTGTCGGGTACGGGGCCGCTCCAGGGTATAACTATGGCTTTTCCAATCCATTTCAAGGTGGACATCCCCACACATTTCATCAGCCTATGACCAGAGA
GCAGGAACAAGAAGCCATGCTGTCAAAGTACCTGTTAATTATTGGAGCTTTTGTCATTTTATGTTTACTTTTCTTGTAATCGGGCTGTAAATTCATTTATTAGCTTGTTGGTATTATTGGCAGCTAGATTGTGGCAAGTCAATCAAGGGTTCAAGGGCTTTTCGGGTTCAAGGGCTTTTCTTCTCCCTTAAATATATTAA
TGTATTAAAGTTCCCCTAAACATATTAATGTGCTGAAGTTTTGTGACCGATTTGATCAGTCAACTTGCTTGGACTCGATAAAAACAATTGGGAATAATGTCGCAATAGACAATTTCTTTGTAAACTTCTTGAAAAATGCATGGGATTTTTACCTAATTATAGTTTGCTTCTGCTGATAAACCAAGCAGGACTAGTGAATT
TGGGGAAATTGGAGATATTTAGTTGCAGAGTACTAAACTTGTTTGAGTTAAGATACAGACTTTACCTGCATTGGTGTTTTTTTGGTGCCATGATTTAACATATCAAATGTTCAGTGGATGTTTGAAAGGTTGTGAGTTTCGAAGTTCTGAATGTGTGAGAGATCTTGAATAAGCTTTTTATTGATATTTTAAAGCAAAAT
TATGGCTATGTACCCTTGTTTGATTAAGCTAGAATAAAGTGTGAAGCAGACAGGGCTTCTCTCGCAAATAATTACGAGCAATATTGATGTAAAACTAGACCATTGCATTATGTCTTTTGCAGTGAGACTACCATTGCGTTATGTCTTTTGCAGTGAGACTAGACAATTGCATTCTGTCTTTTGCAGTTGTTTTCTTATTG
TTTTCTTTTTTTAATTTATGATCATGGT

>TRINITY_DN98937_c0_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AAAACCTGGAAACTTCGGGAGTGACCGTCGAATTTCGCGATAAAATAATGATCGGTTTATTGCTGACTCTTTTAGAGGCTCAGGCATTTCTTTGGTTTTGAGATCGGGAGATCGGAATTTCTGCAACGCTTCATTGTCAATCAAAAAgtaggtatcggatctgcgtcttttcgtattctgcatttaatttgttttttaat
tggtgtataagggtttcgttggaatatgtttgatgaggatctgtgagaagtttttcaacatattcgatgatgatctgtgtgaaacttcacaatcacgaatatttatttaatttttcttttcttttctcttttttgttgttgtttaaattctgtctagttgtaggaacacccggttttcatttagttttagtcgtctgcta
taatgtattttggtttcggcagttttacagaaatggggttgagtgttttttttttcaaattttagtttggggtttcagcagattagcgtttcatcgagtgggtatttgtaaatcaattgttacgagatcaattcccgtggagaagttttggtttctgtataattagttttcgtcaatcctatatttgcttcattcaggat
ctcatttggttttttggggagagaattgttgtatttttgcatatttgacgagtttatggtgtttgtgttttgtctgtatgatttctggcattttggtttctgtagtttcacaaaactagggttgtgggccttgataatttcagatcctagattggactttcagattaattgagtttcatcttgtcaatctgtggttgcaa
ggtcaattctcatggagtgattttctgttttttcattttctaagagtgttttcaggatacatgcacaaacgttgaaccctacatcttaggcactagtgataaccattacgccaaaatcacctgggacttgagctgagccacaattggagatggcattccgatagggctgacaatagcagaaataggaatctgaggaaagc
ttaatactccattgatgttatcagtgaaccaaggccctgttggcaatatggaatagatttggagtttttgtggtgttatttttataaaaaaatcggtcttcattggccctaaacattatctcttgggtttcatctttgaggtttttaatttagttttggagaatattattgtatttgtatatttttatatttgagggatt
tttttagcagATTTTGCAGATGGACGAGGGATCATCATTCGCGGCATCATCGAGTCGTAATTCAAGCTTTTCCAGTGGCTATGATAACCCACAGAACTCAAATAAGAATGCTTCTTCGAGTGGCGCTGGTGATGCCGGAAGCTTTGAATGCAACATCTGTCTTGAATTGGCTCAGGACCCAATTGTGACACTCTGCGGTC
ACCTCTTCTGCTGGCCTTGCCTGTACAAATGGCTTCACATTCATTCCAAGTCTCAAGACTGCCCTGTCTGTAAGGCTTTGGTGGAAGAGGACAAGATTATTCCCTTGTATGGGCGTGGGAAAGTGGGTTCTCCAGATCCAAGGTCCAAAGCTATTCCCGGTCTAAATATTCCCAACAGGCCTGCTGGGCGACGCCCTGAA
ACAGCTCCATCTCCAGGTCATCATCATTTCCAGCAACAGCCTTTTGGCTTTATGGGTGGCGGTCCAGCTCCAATGGCAGCTGCCAGGTTTGGGAATTTCACTTTCTCTGCAGGATTTGGGTTGTTTCCATCTCTGTTTGGATTCCAGATGCACGGCTTTCCAGATGGTGTCGGGTACGGGGCCGCTCCAGGGTATAACTA
TGGCTTTTCCAATCCATTTCAAGGTGGACATCCCCACACATTTCATCAGCCTATGACCAGAGAGCAGGAACAAGAAGCCATGCTGTCAAAGTACCTGTTAATTATTGGAGCTTTTGTCATTTTATGTTTACTTTTCTTGTAATCGGGCTGTAAATTCATTTATTAGCTTGTTGGTATTATTGGCAGCTAGATTGTGGCAA
GTCAATCAAGGGTTCAAGGGCTTTTCGGGTTCAAGGGCTTTTCTTCTCCCTTAAATATATTAATGTATTAAAGTTCCCCTAAACATATTAATGTGCTGAAGTTTTGTGACCGATTTGATCAGTCAACTTGCTTGGACTCGATAAAAACAATTGGGAATAATGTCGCAATAGACAATTTCTTTGTAAACTTCTTGAAAAAT
GCATGGGATTTTTACCTAATTATAGTTTGCTTCTGCTGATAAACCAAGCAGGACTAGTGAATTTGGGGAAATTGGAGATATTTAGTTGCAGAGTACTAAACTTGTTTGAGTTAAGATACAGACTTTACCTGCATTGGTGTTTTTTTGGTGCCATGATTTAACATATCAAATGTTCAGTGGATGTTTGAAAGGTTGTGAGT
TTCGAAGTTCTGAATGTGTGAGAGATCTTGAATAAGCTTTTTATTGATATTTTAAAGCAAAATTATGGCTATGTACCCTTGTTTGATTAAGCTAGAATAAAGTGTGAAGCAGACAGGGCTTCTCTCGCAAATAATTACGAGCAATATTGATGTAAAACTAGACCATTGCATTATGTCTTTTGCAGTGAGACTACCATTGC
GTTATGTCTTTTGCAGTGAGACTAGACAATTGCATTCTGTCTTTTGCAGTTGTTTTCTTATTGTTTTCTTTTTTTAATTTATGATCATGGT

Intron 3 GTAGGTATCG ... ATTTTCTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.56	67	4	23
A2	6.67	70	7	5
A3	17.44	71	2	15
A4	19	81	5	19
A5	29.31	41	0	17
A6	6.17	426	1	28
A7	7.69	360	5	30
A8	8.44	293	3	27
A9	4.61	476	4	23
A10	6.43	320	6	22

>TRINITY_DN40483_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GCCCGATAGTTAATTTTTCTAATAATTTATAGTAGGAAAGTGATTGCATCCATCGAATTCCACATATAACGAAAACCTGGAAACTTCGGGAGTGACCGTCGAATTTCGCGATAAAATAATGATCGGTTTATTGCTGACTCTTTTAGAGGCTCAGGCATTTCTTTGGTTTTGAGATCGGGAGATCGGAATTTCTGCAACGC
TTCATTGTCAATCAAAAAAGTGTTTTCAGGATACATGCACAAACGTTGAACCCTACATCTTAGGCACTAGTGATAACCATTACGCCAAAATCACCTGGGACTTGAGCTGAGCCACAATTGGAGATGGCATTCCGATAGGGCTGACAATAGCAGAAATAGGAATCTGAGGAAAGCTTAATACTCCATTGATGTTATCAGTG
AACCAAGGCCCTGTTGGCAATATGGAATAGATTTGGAGTTTTTGTGGTGTTATTTTTATAAAAAAATCGGTCTTCATTGGCCCTAAACATTATCTCTTGGGTTTCATCTTTGAGGTTTTTAATTTAGTTTTGGAGAATATTATTGTATTTGTATATTTTTATATTTGAGGGATTTTTTTAGCAGATTTTGCAGATGGACG
AGGGATCATCATTCGCGGCATCATCGAGTCGTAATTCAAGCTTTTCCAGTGGCTATGATAACCCACAGAACTCAAATAAGAATGCTTCTTCGAGTGGCGCTGGTGATGCCGGAAGCTTTGAATGCAACATCTGTCTTGAATTGGCTCAGGACCCAATTGTGACACTCTGCGGTCACCTCTTCTGCTGGCCTTGCCTGTAC
AAATGGCTTCACATTCATTCCAAGTCTCAAGACTGCCCTGTCTGTAAGGCTTTGGTGGAAGAGGACAAGATTATTCCCTTGTATGGGCGTGGGAAAGTGGGTTCTCCAGATCCAAGGTCCAAAGCTATTCCCGGTCTAAATATTCCCAACAGGCCTGCTGGGCGACGCCCTGAAACAGCTCCATCTCCAGGTCATCATCA
TTTCCAGCAACAGCCTTTTGGCTTTATGGGTGGCGGTCCAGCTCCAATGGCAGCTGCCAGGTTTGGGAATTTCACTTTCTCTGCAGGATTTGGGTTGTTTCCATCTCTGTTTGGATTCCAGATGCACGGCTTTCCAGATGGTGTCGGGTACGGGGCCGCTCCAGGGTATAACTATGGCTTTTCCAATCCATTTCAAGGTG
GACATCCCCACACATTTCATCAGCCTATGACCAGAGAGCAGGAACAAGAAGCCATGCTGTCAAAGTACCTGTTAATTATTGGAGCTTTTGTCATTTTATGTTTACTTTTCTTGTAATCGGGCTGTAAATTCATTTATTAGCTTGTTGGTATTATTGGCAGCTAGATTGTGGCAAGTCAATCAAGGGTTCAAGGGCTTTTC
GGGTTCAAGGGCTTTTCTTCTCCCTTAAATATATTAATGTATTAAAGTTCCCCTAAACATATTAATGTGCTGAAGTTTTGTGACCGATTTGATCAGTCAACTTGCTTGGACTCGATAAAAACAATTGGGAATAATGTCGCAATAGACAATTTCTTTGTAAACTTCTTGAAAAATGCATGGGATTTTTACCTAATTATAGT
TTGCTTCTGCTGATAAACCAAGCAGGACTAGTGAATTTGGGGAAATTGGAGATATTTAGTTGCAGAGTACTAAACTTGTTTGAGTTAAGATACAGACTTTACCTGCATTGGTGTTTTTTTGGTGCCATGATTTAACATATCAAATGTTCAGTGGATGTTTGAAAGGTTGTGAGTTTCGAAGTTCTGAATGTGTGAGAGAT
CTTGAATAAGCTTTTTATTGATATTTTAAAGCAAAATTATGGCTATGTACCCTTGTTTGATTAAGCTAGAATAAAGTGTGAAGCAGACAGGGCTTCTCTCGCAAATAATTACGAGCAATATTGATGTAAAACTAGACCATTGCATTATGTCTTTTGCAGTGAGACTACCATTGCGTTATGTCTTTTGCAGTGAGACTAGA
CAATTGCATTCTGTCTTTTGCAGTTGTTTTCTTATTGTTTTCTTTTTTTAATTTATGATCATGGTTGTTCGAGATGTTTTAGCTGTGCAAATAGCTTTATTTAAATATGTGCATAAGTTTGATTCTCATTTTTTGGTTCC

>TRINITY_DN40483_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AACGCTTCATTGTCAATCAAAAAgtaggtatcggatctgcgtcttttcgtattctgcatttaatttgttttttaattggtgtataagggtttcgttggaatatgtttgatgaggatctgtgagaagtttttcaacatattcgatgatgatctgtgtgaaacttcacaatcacgaatatttatttaatttttcttttcttt
tctcttttttgttgttgtttaaattctgtctagttgtaggaacacccggttttcatttagttttagtcgtctgctataatgtattttggtttcggcagttttacagaaatggggttgagtgtttttttttcaaattttagtttggggtttcagcagattagcgtttcatcgagtgggtatttgtaaatcaattgttacga
gatcaattcccgtggagaagttttggtttctgtataattagttttcgtcaatcctatatttgcttcattcaggatctcatttggttttttggggagagaattgttgtatttttgcatatttgacgagtttatggtgtttgtgttttgtctgtatgatttctggcattttggtttctgtagtttcacaaaactagggttgt
gggccttgataatttcagatcctagattggactttcagattaattgagtttcatcttgtcaatctgtggttgcaaggtcaattctcatggagtgattttctgttttttcattttctaagAGTGTTTTCAGGATACATGCACAAACGTTGAACCCTACATCTTAGGCACTAGTGATAACCATTACGCCAAAATCACCTGGG
ACTTGAGCTGAGCCACAATTGGAGATGGCATTCCGATAGGGCTGACAATAGCAGAAATAGGAATCTGAGGAAAGCTTAATACTCCATTGATGTTATCAGTGAACCAAGGCCCTGTTGGCAATATGGAATAGATTTGGAGTTTTTGTGGTGTTATTTTTATAAAAAAATCGGTCTTCATTGGCCCTAAACATTATCTCTTG
GGTTTCATCTTTGAGGTTTTTAATTTAGTTTTGGAGAATATTATTGTATTTGTATATTTTTATATTTGAGGGATTTTTTTAGCAGATTTTGCAGATGGACGAGGGATCATCATTCGCGGCATCATCGAGTCGTAATTCAAGCTTTTCCAGTGGCTATGATAACCCACAGAACTCAAATAAGAATGCTTCTTCGAGTGGCG
CTGGTGATGCCGGAAGCTTTGAATGCAACATCTGTCTTGAATTGGCTCAGGACCCAATTGTGACACTCTGCGGTCACCTCTTCTGCTGGCCTTGCCTGTACAAATGGCTTCACATTCATTCCAAGTCTCAAGACTGCCCTGTCTGTAAGGCTTTGGTGGAAGAGGACAAGATTATTCCCTTGTATGGGCGTGGGAAAGTG
GGTTCTCCAGATCCAAGGTCCAAAGCTATTCCCGGTCTAAATATTCCCAACAGGCCTGCTGGGCGACGCCCTGAAACAGCTCCATCTCCAGGTCATCATCATTTCCAGCAACAGCCTTTTGGCTTTATGGGTGGCGGTCCAGCTCCAATGGCAGCTGCCAGGTTTGGGAATTTCACTTTCTCTGCAGGATTTGGGTTGTT
TCCATCTCTGTTTGGATTCCAGATGCACGGCTTTCCAGATGGTGTCGGGTACGGGGCCGCTCCAGGGTATAACTATGGCTTTTCCAATCCATTTCAAGGTGGACATCCCCACACATTTCATCAGCCTATGACCAGAGAGCAGGAACAAGAAGCCATGCTGTCAAAGTACCTGTTAATTATTGGAGCTTTTGTCATTTTAT
GTTTACTTTTCTTGTAATCGGGCTGTAAATTCATTTATTAGCTTGTTGGTATTATTGGCAGCTAGATTGTGGCAAGTCAATCAAGGGTTCAAGGGCTTTTCGGGTTCAAGGGCTTTTCTTCTCCCTTAAATATATTAATGTATTAAAGTTCCCCTAAACATATTAATGTGCTGAAGTTTTGTGACCGATTTGATCAGTCA
ACTTGCTTGGACTCGATAAAAACAATTGGGAATAATGTCGCAATAGACAATTTCTTTGTAAACTTCTTGAAAAATGCATGGGATTTTTACCTAATTATAGTTTGCTTCTGCTGATAAACCAAGCAGGACTAGTGAATTTGGGGAAATTGGAGATATTTAGTTGCAGAGTACTAAACTTGTTTGAGTTAAGATACAGACTT
TACCTGCATTGGTGTTTTTTTGGTGCCATGATTTAACATATCAAATGTTCAGTGGATGTTTGAAAGGTTGTGAGTTTCGAAGTTCTGAATGTGTGAGAGATCTTGAATAAGCTTTTTATTGATATTTTAAAGCAAAATTATGGCTATGTACCCTTGTTTGATTAAGCTAGAATAAAGTGTGAAGCAGACAGGGCTTCTCT
CGCAAATAATTACGAGCAATATTGATGTAAAACTAGACCATTGCATTATGTCTTTTGCAGTGAGACTACCATTGCGTTATGTCTTTTGCAGTGAGACTAGACAATTGCATTCTGTCTTTTGCAGTTGTTTTCTTATTGTTTTCTTTTTTTAATTTATGATCATGGTTGTTCGAGATGTTTTAGCTGTGCAAATAGCTTTA
TTTAAATATGTGCATAAGTTTGATTCTCATTTTTTGGTTCC

Intron 4 GTAGGTATCG ... TTTTTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.45	518	84	135
A2	16.25	585	99	128
A3	15.91	613	87	145
A4	16.64	501	97	103
A5	16.84	237	46	50
A6	17.06	2970	475	747
A7	15.79	3236	424	790
A8	17.25	2055	342	515
A9	16.84	3154	526	751
A10	16.25	2718	373	682

>TRINITY_DN41179_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

TAATTTTTCTAATAATTTATAGTTAATTTTTCTAATAATTTATAGTTAATTTTTCTAATAATTTATAGTAGGAAAGTGATTGCATCCATCGAATTCCACATATAACGAAAACCTGGAAACTTCGGGAGTGACCGTCGAATTTCGCGATAAAATAATGATCGGTTTATTGCTGACTCTTTTAGAGGCTCAGGCATTTCTTT
GGTTTTGAGATCGGGAGATCGGAATTTCTGCAACGCTTCATTGTCAATCAAAAAATTTTGCAGATGGACGAGGGATCATCATTCGCGGCATCATCGAGTCGTAATTCAAGCTTTTCCAGTGGCTATGATAACCCACAGAACTCAAATAAGAATGCTTCTTCGAGTGGCGCTGGTGATGCCGGAAGCTTTGAATGCAACAT
CTGTCTTGAATTGGCTCAGGACCCAATTGTGACACTCTGCGGTCACCTCTTCTGCTGGCCTTGCCTGTACAAATGGCTTCACATTCATTCCAAGTCTCAAGACTGCCCTGTCTGTAAGGCTTTGGTGGAAGAGGACAAGATTATTCCCTTGTATGGGCGTGGGAAAGTGGGTTCTCCAGATCCAAGGTCCAAAGCTATTC
CCGGTCTAAATATTCCCAACAGGCCTGCTGGGCGACGCCCTGAAACAGCTCCATCTCCAGGTCATCATCATTTCCAGCAACAGCCTTTTGGCTTTATGGGTGGCGGTCCAGCTCCAATGGCAGCTGCCAGGTTTGGGAATTTCACTTTCTCTGCAGGATTTGGGTTGTTTCCATCTCTGTTTGGATTCCAGATGCACGGC
TTTCCAGATGGTGTCGGGTACGGGGCCGCTCCAGGGTATAACTATGGCTTTTCCAATCCATTTCAAGGTGGACATCCCCACACATTTCATCAGCCTATGACCAGAGAGCAGGAACAAGAAGCCATGCTGTCAAAGTACCTGTTAATTATTGGAGCTTTTGTCATTTTATGTTTACTTTTCTTGTAATCGGGCTGTAAATT
CATTTATTAGCTTGTTGGTATTATTGGCAGCTAGATTGTGGCAAGTCAATCAAGGGTTCAAGGGCTTTTCGGGTTCAAGGGCTTTTCTTCTCCCTTAAATATATTAATGTATTAAAGTTCCCCTAAACATATTAATGTGCTGAAGTTTTGTGACCGATTTGATCAGTCAACTTGCTTGGACTCGATAAAAACAATTGGGA
ATAATGTCGCAATAGACAATTTCTTTGTAAACTTCTTGAAAAATGCATGGGATTTTTACCTAATTATAGTTTGCTTCTGCTGATAAACCAAGCAGGACTAGTGAATTTGGGGAAATTGGAGATATTTAGTTGCAGAGTACTAAACTTGTTTGAGTTAAGATACAGACTTTACCTGCATTGGTGTTTTTTTGGTGCCATGA
TTTAACATATCAAATGTTCAGTGGATGTTTGAAAGGTTGTGAGTTTCGAAGTTCTGAATGTGTGAGAGATCTTGAATAAGCTTTTTATTGATATTTTAAAGCAAAATTATGGCTATGTACCCTTGTTTGATTAAGCTAGAATAAAGTGTGAAGCAGACAGGGCTTCTCTCGCAAATAATTACGAGCAATATTGATGTAAA
ACTAGACCATTGCATTATGTCTTTTGCAGTGAGACTACCATTGCGTTATGTCTTTTGCAGTGAGACTAGACAATTGCATTCTGTCTTTTGCAGTTGTTTTCTTATTGTTTTCTTTTTTTAATTTATGATCATGGTTGTTCGAGATGTTTTAGCTGTGCAAATAGCTTTATTTAAATATGTGCATAAGTTTGATTCTCATT
TTTTGGTTCCTTTAAATCTGCTGTTGATTGCAGTGGTCCCAGTATTTAGTTTGGCTGTTTCAATGAAGCGTGTAAATGTCATTATGGCATATAAAGAAGTATGGTTTCTGATGTAGCACAAGGTTGAGTGCTATTTCATCTCTTTTTCATCGG

>TRINITY_DN41179_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TAATTTTTCTAATAATTTATAGTTAATTTTTCTAATAATTTATAGTTAATTTTTCTAATAATTTATAGTAGGAAAGTGATTGCATCCATCGAATTCCACATATAACGAAAACCTGGAAACTTCGGGAGTGACCGTCGAATTTCGCGATAAAATAATGATCGGTTTATTGCTGACTCTTTTAGAGGCTCAGGCATTTCTTT
GGTTTTGAGATCGGGAGATCGGAATTTCTGCAACGCTTCATTGTCAATCAAAAAgtaggtatcggatctgcgtcttttcgtattctgcatttaatttgttttttaattggtgtataagggtttcgttggaatatgtttgatgaggatctgtgagaagtttttcaacatattcgatgatgatctgtgtgaaacttcacaat
cacgaatatttatttaatttttcttttcttttctcttttttgttgttgtttaaattctgtctagttgtaggaacacccggttttcatttagttttagtcgtctgctataatgtattttggtttcggcagttttacagaaatggggttgagtgtttttttttcaaattttagtttggggtttcagcagattagcgtttcat
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