NA ----> NA
Intron 1 GTATTCTGAA ... TTCAAATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.14 | 41 | 56 | 37 |
| A2 | 53.59 | 55 | 80 | 47 |
| A3 | 50.14 | 89 | 117 | 62 |
| A4 | 50.88 | 70 | 79 | 66 |
| A5 | 52.17 | 55 | 68 | 52 |
| A6 | 50 | 6 | 9 | 3 |
| A7 | 56.25 | 21 | 42 | 12 |
| A8 | 62.5 | 3 | 7 | 3 |
| A9 | 37.7 | 19 | 16 | 7 |
| A10 | 65.93 | 23 | 63 | 26 |
>TRINITY_DN122425_c7_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformAGAAAAGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAAG
AAAAATTGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGGTAATAGAGCCATCGACTGTATATTTACCAGTCTGGAAATCACAGGGATTAGGTACGGTATTTTGAATGTTAGTGTTTGAAGATTGG
CGAGGTTTCCTTGTCTGCAATTTGAATCAAGGGCAATTGTGAGATTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCG
ATCGTTGCACTCCACGGGGCATAAATTCCAGCAAGCGGCCCCGGTGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCAT
CCGCGTCCCCGGGCATCTCTGGGCAGACGATCCAGGAGAGCATGAGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGC
GTGTGGAGGATGTCAGGGTTCTTGTCTGAGAATCGGCCGGTGCAGACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGT
TATGCTTGATCGGCTCATTTGGAGTACACAGTTTGAGAATTTCTTGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCA
ATGTCGTAAGGAAGCCATTGAGACAGATTTTCAGCGAGTTCAGCGGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCA
GTTGTTGTTGGGAAAACTAGAGCAAAACAGTATTATTCAAATGACAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCAC
AACTGATCCCAAAGCCGGAAGGTCTTCACAATACTGTACAGATGTTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGA
TCGACGAGCCATCTTTTACACAACCTAAAATGTATAAGGTGATTCGAAACCATCCACGGGCATTGGATTTGTATGAAAAGCAGCTAATAGAAATGGGGCAGTTGTCAAAGGAAGAAATTGATGATTTGCACAATAAGGTCAGTTCAATTTTGAATGAAGAGTTCATAAACAGCAAGGAGTATGTCCCAAACCGACGAGAT
TGGCTTGCAGCATATTGGACTGGTTTCAAGTCACCAGAGCAACTCTCACGTATACGTAATACAGGGGTCAAACCGGAGATATTGAAAAACGTCGGGAAAGCAATAACTTCTCTACCAGAAACATTCAAGCCTCATAGAGCTGTAAAGAGGATCTTTGACCAACGTGCACAAATGATTGAAACAGAGGAAGGTGTTGATTG
GGCTGTTGGTGAAGCACTTGCATTTGCAACTCTGCTGGTGGAGGGTAACCATGTGAGGCTGAGTGGCCAGGATGTTGAGAGAGGTACTTTCAGTCACCGACATTCAGTTCTTCATGACCAGGAAACAGGAGAAAGATATTGCCCATATGACCATGTTATCATAAATCAACCTGAGGAGATGTTTACTGTGAGCAACAG
>TRINITY_DN122425_c7_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGAAAAGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAAG
AAAAATTGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGGTAATAGAGCCATCGACTGTATATTTACCAGgtattctgaaactcaaatgcctgggattttggatgaatttcgattatttttggtga
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TGTCTGCAATTTGAATCAAGGGCAATTGTGAGATTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCGATCGTTGCACT
CCACGGGGCATAAATTCCAGCAAGCGGCCCCGGTGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCATCCGCGTCCCCG
GGCATCTCTGGGCAGACGATCCAGGAGAGCATGAGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGCGTGTGGAGGAT
GTCAGGGTTCTTGTCTGAGAATCGGCCGGTGCAGACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGTTATGCTTGATC
GGCTCATTTGGAGTACACAGTTTGAGAATTTCTTGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCAATGTCGTAAGG
AAGCCATTGAGACAGATTTTCAGCGAGTTCAGCGGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCAGTTGTTGTTGG
GAAAACTAGAGCAAAACAGTATTATTCAAATGACAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCACAACTGATCCCA
AAGCCGGAAGGTCTTCACAATACTGTACAGATGTTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGATCGACGAGCCA
TCTTTTACACAACCTAAAATGTATAAGGTGATTCGAAACCATCCACGGGCATTGGATTTGTATGAAAAGCAGCTAATAGAAATGGGGCAGTTGTCAAAGGAAGAAATTGATGATTTGCACAATAAGGTCAGTTCAATTTTGAATGAAGAGTTCATAAACAGCAAGGAGTATGTCCCAAACCGACGAGATTGGCTTGCAGC
ATATTGGACTGGTTTCAAGTCACCAGAGCAACTCTCACGTATACGTAATACAGGGGTCAAACCGGAGATATTGAAAAACGTCGGGAAAGCAATAACTTCTCTACCAGAAACATTCAAGCCTCATAGAGCTGTAAAGAGGATCTTTGACCAACGTGCACAAATGATTGAAACAGAGGAAGGTGTTGATTGGGCTGTTGGTG
AAGCACTTGCATTTGCAACTCTGCTGGTGGAGGGTAACCATGTGAGGCTGAGTGGCCAGGATGTTGAGAGAGGTACTTTCAGTCACCGACATTCAGTTCTTCATGACCAGGAAACAGGAGAAAGATATTGCCCATATGACCATGTTATCATAAATCAACCTGAGGAGATGTTTACTGTGAGCAACAG
Intron 2 GTAATAGAGC ... TTCAAATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.58 | 29 | 60 | 37 |
| A2 | 59.57 | 38 | 65 | 47 |
| A3 | 58.64 | 61 | 111 | 62 |
| A4 | 55.73 | 56 | 75 | 66 |
| A5 | 60.4 | 40 | 70 | 52 |
| A6 | 57.89 | 4 | 8 | 3 |
| A7 | 60.61 | 13 | 28 | 12 |
| A8 | 53.85 | 3 | 4 | 3 |
| A9 | 43.48 | 13 | 13 | 7 |
| A10 | 78.95 | 10 | 49 | 26 |
>TRINITY_DN122425_c7_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAGAAAAGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAAG
AAAAATTGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGTCTGGAAATCACAGGGATTAGGTACGGTATTTTGAATGTTAGTGTTTGAAGATTGGCGAGGTTTCCTTGTCTGCAATTTGAATCAAG
GGCAATTGTGAGATTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCGATCGTTGCACTCCACGGGGCATAAATTCCAG
CAAGCGGCCCCGGTGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCATCCGCGTCCCCGGGCATCTCTGGGCAGACGAT
CCAGGAGAGCATGAGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGCGTGTGGAGGATGTCAGGGTTCTTGTCTGAGA
ATCGGCCGGTGCAGACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGTTATGCTTGATCGGCTCATTTGGAGTACACAG
TTTGAGAATTTCTTGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCAATGTCGTAAGGAAGCCATTGAGACAGATTTT
CAGCGAGTTCAGCGGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCAGTTGTTGTTGGGAAAACTAGAGCAAAACAGT
ATTATTCAAATGACAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCACAACTGATCCCAAAGCCGGAAGGTCTTCACAA
TACTGTACAGATGTTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGATCGACGAGCCATCTTTTACACAACCTAAAAT
GTATAAGGTATGTATTCCCTGCACTTCATAAAATGCATGGTAAATGATGCTTATTGAGGTTAAATTAGGACACATTAAAAACAGAATAATTGCAGTGTAGAATAACCTGTCTTTCAAATGTATTAAAGAGTTTTATTTTTATTTTTATAAGTAAGTATCCATGGGGATTTGAACTTGTGACCTTCCATTTACAACTTCTC
ATCTCAATTACTCATTACCAATTGCTGTACAACTTATGGGATAAAATGT
>TRINITY_DN122425_c7_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGAAAAGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAAG
AAAAATTGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGgtaatagagccatcgactgtatatttaccaggtattctgaaactcaaatgcctgggattttggatgaatttcgattatttttggtga
atgtttgggtttgagaattggtaaggtttccttgtctagaatttgaataaagggcaattgttgaatcaagggcaattgtaaggaggcgttttttgtttgtttgtttgtttttggttttatgttttcaaatcagTCTGGAAATCACAGGGATTAGGTACGGTATTTTGAATGTTAGTGTTTGAAGATTGGCGAGGTTTCCT
TGTCTGCAATTTGAATCAAGGGCAATTGTGAGATTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCGATCGTTGCACT
CCACGGGGCATAAATTCCAGCAAGCGGCCCCGGTGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCATCCGCGTCCCCG
GGCATCTCTGGGCAGACGATCCAGGAGAGCATGAGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGCGTGTGGAGGAT
GTCAGGGTTCTTGTCTGAGAATCGGCCGGTGCAGACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGTTATGCTTGATC
GGCTCATTTGGAGTACACAGTTTGAGAATTTCTTGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCAATGTCGTAAGG
AAGCCATTGAGACAGATTTTCAGCGAGTTCAGCGGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCAGTTGTTGTTGG
GAAAACTAGAGCAAAACAGTATTATTCAAATGACAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCACAACTGATCCCA
AAGCCGGAAGGTCTTCACAATACTGTACAGATGTTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGATCGACGAGCCA
TCTTTTACACAACCTAAAATGTATAAGGTATGTATTCCCTGCACTTCATAAAATGCATGGTAAATGATGCTTATTGAGGTTAAATTAGGACACATTAAAAACAGAATAATTGCAGTGTAGAATAACCTGTCTTTCAAATGTATTAAAGAGTTTTATTTTTATTTTTATAAGTAAGTATCCATGGGGATTTGAACTTGTGA
CCTTCCATTTACAACTTCTCATCTCAATTACTCATTACCAATTGCTGTACAACTTATGGGATAAAATGT
Intron 3 GTAATAGAGC ... GAAATCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.06 | 35 | 52 | 41 |
| A2 | 61.54 | 35 | 49 | 63 |
| A3 | 60.25 | 64 | 100 | 94 |
| A4 | 60.36 | 44 | 69 | 65 |
| A5 | 59.18 | 40 | 58 | 58 |
| A6 | 75 | 2 | 7 | 5 |
| A7 | 68.25 | 10 | 24 | 19 |
| A8 | 45.45 | 3 | 2 | 3 |
| A9 | 67.21 | 10 | 18 | 23 |
| A10 | 72.41 | 8 | 21 | 21 |
>TRINITY_DN105105_c1_g2_i4 from sample A5 / Example spliced isoformCAGAAAAGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAA
GAAAAATTGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGGGATTAGGTACGGTATTTTGAATGTTAGTGTTTGAAGATTGGCGAGGTTTCCTTGTCTGCAATTTGAATCAAGGGCAATTGTGAGA
TTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCGATCGTTGCACTCCACGGGGCATAAATTCCAGCAAGCGGCCCCGG
TGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCATCCGCGTCCCCGGGCATCTCTGGGCAGACGATCCAGGAGAGCATG
AGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGCGTGTGGAGGATGTCAGGGTTCTTGTCTGAGAATCGGCCGGTGCA
GACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGTTATGCTTGATCGGCTCATTTGGAGTACACAGTTTGAGAATTTCT
TGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCAATGTCGTAAGGAAGCCATTGAGACAGATTTTCAGCGAGTTCAGC
GGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCAGTTGTTGTTGGGAAAACTAGAGCAAAACAGTATTATTCAAATGA
CAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCACAACTGATCCCAAAGCCGGAAGGTCTTCACAATACTGTACAGATG
TTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGATCGACGAGCCATCTTTTACACAACCTAAAATGTATAAGGTGATT
CGAAACCATCCACGGGCATTGGATTTGTATGAAAAGCAGCTAATAGAAATGGGGCAGTTGTCAAAGGAAGAAATTGATGATTTGCACAATAAGGTCAGTTCAATTTTGAATGAAGAGTTCATAAACAGCAAGGAGTATGTCCCAAACCGACGAGATTGGCTTGCAGCATATTGGACTGGTTTCAAGTCACCAGAGCAACT
CTCACGTATACGTAATACAGGGGTCAAACCGGAGATATTGAAAAACGTCGGGAAAGCAATAACTTCTCTACCAGAAACATTCAAGCCTCATAGAGCTGTAAAGAGGATCTTTGACCAACGTGCACAAATGATTGAAACAGAGGAAGGTGTTGATTGGGCTGTTGGTGAAGCACTTGCATTTGCAACTCTGCTGGTGGAGG
GTAACCATGTGAGGCTGAGTGGCCAGGATGTTGAGAGAGGTACTTTCAGTCACCGACATTCAGTTCTTCATGACCAGGAAACAGGAGAAAGATATTGCCCATATGACCATGTTATCATAAATCAACCTGAGGAGATGTTTACTGTGAGCAACAGTTCTCTGTCAGAATTTGGTGTCCTGGGTTTTGAATTGGGTTATTCA
ATGGAAAATCCCAATTCATTGGTCCTGTGGGAAGCTCAGTTTGGTGATTTTGCAAATGGTGCTCAAGTCATTTTTGATCAATTCATAAGCAGTGGGGAATCAAAATGGCTTCGCCAAAGTGGACTTGTTGTTTTGCTTCCTCATGGATATGATGGCCAGGGTCCAGAGCATTCCAGTGCAAGATTAGAGCGCTTTCTTCA
GATGAGTGATGACAATCCTTTTGTGATCCCCGAGATGGATCCTACACTACGCACTCAAATTCAGCAGTGCAACTGGCAAGTTGTAAATGTGACAACTCCTGCCAACTATTTTCATGTTCTTCGTCGCCAGATAAATCGGGATTTCCGTAAACCTTTGATTGTCATGTCTCCAAAGAATCTCCTTCGGCACAAGGACTGCA
AGTCAAATCTATCTGAATTTGATGATGTGCAAGGTCATCCAGGATTTGACAAGCAGGGAACCCGATTTAAACGTCTCATTAAGGATCAGAATGATCACTCTGACCTAGAGGAAGGCATCAAGCGTCTGGTACTTTGTTCTGGAAAGATCTATTATGAGCTGGATGAGGAAAGACGACGGATTCAAAGAAAAGATGTTGCT
ATTTGTCGGGTTGAGCAACTATGCCCATTCCCATATGATCTGGTTCAGCGAGAGTTGAAGCGGTATCCAAATGCAGAGATTGTTTGGTGCCAGGAAGAGCCTATGAATATGGGAGCATACAACTATATTACTCCACGTCTTGCAACCTCTATGACAACATTAGGTCGAGGTAAATATGAGGATATCAAGTATGTTGGTCG
AGCTCCTTCAGCTGCCTCAGCAACAGGGTTTTCTCAGGTGCATGTAAAGGAACAAAGAGAGGTTGTAGAAACAGCATTGCAATCTGCTCCAATCATCTTTCCTTGATGTTTACCTGTATAGACAAGTGGTGTTTATGGATATTAATAATCAGCATGGAAAATTTTCAGCATCCTGTTTCTCTTATTAGTTCAAGGCTGGA
TGTGAAACTTAGTTTTTAGCATGCCTTTTTCAGGGTGTTAGTGAGTTCCCTTAGTTGAAGGCAGGCATGCTATTAGTCAACAGCATTATCATTTTTTCTGTATCATTAATGTTTTGCGTACGATAAGATTCAGATCCCTTTGTTGGAATGAGAGACTATTTTTTTAGGATCAGTTTTGACCTAAATAATAAAGGTAATAA
ATTTTCAGAGCTGACCAGATTGAATCATGATGAAAATTTTGACTGGAAAATTGGAATTTTAGCATTTATAAATTGGAGAATGATGAACTAGGTCTAATGACCTGGAGGTTCCAATGTCATAGACATAAA
>TRINITY_DN105105_c1_g2_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:CAGAAAAGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAA
GAAAAATTGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGgtaatagagccatcgactgtatatttaccagtctggaaatcacagGGATTAGGTACGGTATTTTGAATGTTAGTGTTTGAAGATTG
GCGAGGTTTCCTTGTCTGCAATTTGAATCAAGGGCAATTGTGAGATTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTC
GATCGTTGCACTCCACGGGGCATAAATTCCAGCAAGCGGCCCCGGTGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCA
TCCGCGTCCCCGGGCATCTCTGGGCAGACGATCCAGGAGAGCATGAGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGG
CGTGTGGAGGATGTCAGGGTTCTTGTCTGAGAATCGGCCGGTGCAGACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATG
TTATGCTTGATCGGCTCATTTGGAGTACACAGTTTGAGAATTTCTTGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGC
AATGTCGTAAGGAAGCCATTGAGACAGATTTTCAGCGAGTTCAGCGGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCC
AGTTGTTGTTGGGAAAACTAGAGCAAAACAGTATTATTCAAATGACAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCA
CAACTGATCCCAAAGCCGGAAGGTCTTCACAATACTGTACAGATGTTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAG
ATCGACGAGCCATCTTTTACACAACCTAAAATGTATAAGGTGATTCGAAACCATCCACGGGCATTGGATTTGTATGAAAAGCAGCTAATAGAAATGGGGCAGTTGTCAAAGGAAGAAATTGATGATTTGCACAATAAGGTCAGTTCAATTTTGAATGAAGAGTTCATAAACAGCAAGGAGTATGTCCCAAACCGACGAGA
TTGGCTTGCAGCATATTGGACTGGTTTCAAGTCACCAGAGCAACTCTCACGTATACGTAATACAGGGGTCAAACCGGAGATATTGAAAAACGTCGGGAAAGCAATAACTTCTCTACCAGAAACATTCAAGCCTCATAGAGCTGTAAAGAGGATCTTTGACCAACGTGCACAAATGATTGAAACAGAGGAAGGTGTTGATT
GGGCTGTTGGTGAAGCACTTGCATTTGCAACTCTGCTGGTGGAGGGTAACCATGTGAGGCTGAGTGGCCAGGATGTTGAGAGAGGTACTTTCAGTCACCGACATTCAGTTCTTCATGACCAGGAAACAGGAGAAAGATATTGCCCATATGACCATGTTATCATAAATCAACCTGAGGAGATGTTTACTGTGAGCAACAGT
TCTCTGTCAGAATTTGGTGTCCTGGGTTTTGAATTGGGTTATTCAATGGAAAATCCCAATTCATTGGTCCTGTGGGAAGCTCAGTTTGGTGATTTTGCAAATGGTGCTCAAGTCATTTTTGATCAATTCATAAGCAGTGGGGAATCAAAATGGCTTCGCCAAAGTGGACTTGTTGTTTTGCTTCCTCATGGATATGATGG
CCAGGGTCCAGAGCATTCCAGTGCAAGATTAGAGCGCTTTCTTCAGATGAGTGATGACAATCCTTTTGTGATCCCCGAGATGGATCCTACACTACGCACTCAAATTCAGCAGTGCAACTGGCAAGTTGTAAATGTGACAACTCCTGCCAACTATTTTCATGTTCTTCGTCGCCAGATAAATCGGGATTTCCGTAAACCTT
TGATTGTCATGTCTCCAAAGAATCTCCTTCGGCACAAGGACTGCAAGTCAAATCTATCTGAATTTGATGATGTGCAAGGTCATCCAGGATTTGACAAGCAGGGAACCCGATTTAAACGTCTCATTAAGGATCAGAATGATCACTCTGACCTAGAGGAAGGCATCAAGCGTCTGGTACTTTGTTCTGGAAAGATCTATTAT
GAGCTGGATGAGGAAAGACGACGGATTCAAAGAAAAGATGTTGCTATTTGTCGGGTTGAGCAACTATGCCCATTCCCATATGATCTGGTTCAGCGAGAGTTGAAGCGGTATCCAAATGCAGAGATTGTTTGGTGCCAGGAAGAGCCTATGAATATGGGAGCATACAACTATATTACTCCACGTCTTGCAACCTCTATGAC
AACATTAGGTCGAGGTAAATATGAGGATATCAAGTATGTTGGTCGAGCTCCTTCAGCTGCCTCAGCAACAGGGTTTTCTCAGGTGCATGTAAAGGAACAAAGAGAGGTTGTAGAAACAGCATTGCAATCTGCTCCAATCATCTTTCCTTGATGTTTACCTGTATAGACAAGTGGTGTTTATGGATATTAATAATCAGCAT
GGAAAATTTTCAGCATCCTGTTTCTCTTATTAGTTCAAGGCTGGATGTGAAACTTAGTTTTTAGCATGCCTTTTTCAGGGTGTTAGTGAGTTCCCTTAGTTGAAGGCAGGCATGCTATTAGTCAACAGCATTATCATTTTTTCTGTATCATTAATGTTTTGCGTACGATAAGATTCAGATCCCTTTGTTGGAATGAGAGA
CTATTTTTTTAGGATCAGTTTTGACCTAAATAATAAAGGTAATAAATTTTCAGAGCTGACCAGATTGAATCATGATGAAAATTTTGACTGGAAAATTGGAATTTTAGCATTTATAAATTGGAGAATGATGAACTAGGTCTAATGACCTGGAGGTTCCAATGTCATAGACATAAA
Intron 4 GTAATAGAGC ... TATTTACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.99 | 30.2 | 52.6 | 41.6 |
| A2 | 58.45 | 37.4 | 49 | 56.2 |
| A3 | 60.83 | 61.6 | 99.6 | 91.8 |
| A4 | 56.34 | 53.6 | 68.2 | 69.6 |
| A5 | 59.07 | 40 | 58.6 | 57 |
| A6 | 64.52 | 3.6 | 7 | 5.8 |
| A7 | 64.35 | 12.4 | 23.8 | 20.8 |
| A8 | 43.03 | 3 | 1.8 | 2.8 |
| A9 | 60.43 | 12.4 | 17.8 | 20 |
| A10 | 70.36 | 9.6 | 21.8 | 24 |
>TRINITY_DN122425_c7_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAGAAAAGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAAG
AAAAATTGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGTCTGGAAATCACAGGGATTAGGTACGGTATTTTGAATGTTAGTGTTTGAAGATTGGCGAGGTTTCCTTGTCTGCAATTTGAATCAAG
GGCAATTGTGAGATTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCGATCGTTGCACTCCACGGGGCATAAATTCCAG
CAAGCGGCCCCGGTGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCATCCGCGTCCCCGGGCATCTCTGGGCAGACGAT
CCAGGAGAGCATGAGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGCGTGTGGAGGATGTCAGGGTTCTTGTCTGAGA
ATCGGCCGGTGCAGACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGTTATGCTTGATCGGCTCATTTGGAGTACACAG
TTTGAGAATTTCTTGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCAATGTCGTAAGGAAGCCATTGAGACAGATTTT
CAGCGAGTTCAGCGGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCAGTTGTTGTTGGGAAAACTAGAGCAAAACAGT
ATTATTCAAATGACAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCACAACTGATCCCAAAGCCGGAAGGTCTTCACAA
TACTGTACAGATGTTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGATCGACGAGCCATCTTTTACACAACCTAAAAT
GTATAAGGTATGTATTCCCTGCACTTCATAAAATGCATGGTAAATGATGCTTATTGAGGTTAAATTAGGACACATTAAAAACAGAATAATTGCAGTGTAGAATAACCTGTCTTTCAAATGTATTAAAGAGTTTTATTTTTATTTTTATAAGTAAGTATCCATGGGGATTTGAACTTGTGACCTTCCATTTACAACTTCTC
ATCTCAATTACTCATTACCAATTGCTGTACAACTTATGGGATAAAATGT
>TRINITY_DN122425_c7_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGAAAAGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAAG
AAAAATTGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGgtaatagagccatcgactgtatatttaccagTCTGGAAATCACAGGGATTAGGTACGGTATTTTGAATGTTAGTGTTTGAAGATTGG
CGAGGTTTCCTTGTCTGCAATTTGAATCAAGGGCAATTGTGAGATTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCG
ATCGTTGCACTCCACGGGGCATAAATTCCAGCAAGCGGCCCCGGTGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCAT
CCGCGTCCCCGGGCATCTCTGGGCAGACGATCCAGGAGAGCATGAGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGC
GTGTGGAGGATGTCAGGGTTCTTGTCTGAGAATCGGCCGGTGCAGACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGT
TATGCTTGATCGGCTCATTTGGAGTACACAGTTTGAGAATTTCTTGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCA
ATGTCGTAAGGAAGCCATTGAGACAGATTTTCAGCGAGTTCAGCGGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCA
GTTGTTGTTGGGAAAACTAGAGCAAAACAGTATTATTCAAATGACAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCAC
AACTGATCCCAAAGCCGGAAGGTCTTCACAATACTGTACAGATGTTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGA
TCGACGAGCCATCTTTTACACAACCTAAAATGTATAAGGTGATTCGAAACCATCCACGGGCATTGGATTTGTATGAAAAGCAGCTAATAGAAATGGGGCAGTTGTCAAAGGAAGAAATTGATGATTTGCACAATAAGGTCAGTTCAATTTTGAATGAAGAGTTCATAAACAGCAAGGAGTATGTCCCAAACCGACGAGAT
TGGCTTGCAGCATATTGGACTGGTTTCAAGTCACCAGAGCAACTCTCACGTATACGTAATACAGGGGTCAAACCGGAGATATTGAAAAACGTCGGGAAAGCAATAACTTCTCTACCAGAAACATTCAAGCCTCATAGAGCTGTAAAGAGGATCTTTGACCAACGTGCACAAATGATTGAAACAGAGGAAGGTGTTGATTG
GGCTGTTGGTGAAGCACTTGCATTTGCAACTCTGCTGGTGGAGGGTAACCATGTGAGGCTGAGTGGCCAGGATGTTGAGAGAGGTACTTTCAGTCACCGACATTCAGTTCTTCATGACCAGGAAACAGGAGAAAGATATTGCCCATATGACCATGTTATCATAAATCAACCTGAGGAGATGTTTACTGTGAGCAACAG
Intron 5 GTATTCTGAA ... GAAATCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.11 | 44 | 56 | 36 |
| A2 | 51.97 | 61 | 80 | 52 |
| A3 | 47.98 | 103 | 117 | 73 |
| A4 | 51.08 | 68 | 79 | 63 |
| A5 | 49.22 | 65 | 68 | 58 |
| A6 | 50 | 5 | 9 | 1 |
| A7 | 57.45 | 20 | 42 | 12 |
| A8 | 71.43 | 2 | 7 | 3 |
| A9 | 36 | 24 | 16 | 11 |
| A10 | 61.38 | 28 | 63 | 26 |
>TRINITY_DN122425_c7_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAGAAAAGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAAG
AAAAATTGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGGTAATAGAGCCATCGACTGTATATTTACCAGGGATTAGGTACGGTATTTTGAATGTTAGTGTTTGAAGATTGGCGAGGTTTCCTTGT
CTGCAATTTGAATCAAGGGCAATTGTGAGATTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCGATCGTTGCACTCCA
CGGGGCATAAATTCCAGCAAGCGGCCCCGGTGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCATCCGCGTCCCCGGGC
ATCTCTGGGCAGACGATCCAGGAGAGCATGAGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGCGTGTGGAGGATGTC
AGGGTTCTTGTCTGAGAATCGGCCGGTGCAGACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGTTATGCTTGATCGGC
TCATTTGGAGTACACAGTTTGAGAATTTCTTGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCAATGTCGTAAGGAAG
CCATTGAGACAGATTTTCAGCGAGTTCAGCGGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCAGTTGTTGTTGGGAA
AACTAGAGCAAAACAGTATTATTCAAATGACAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCACAACTGATCCCAAAG
CCGGAAGGTCTTCACAATACTGTACAGATGTTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGATCGACGAGCCATCT
TTTACACAACCTAAAATGTATAAGGT
>TRINITY_DN122425_c7_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGAAAAGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAAG
AAAAATTGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGGTAATAGAGCCATCGACTGTATATTTACCAGgtattctgaaactcaaatgcctgggattttggatgaatttcgattatttttggtga
atgtttgggtttgagaattggtaaggtttccttgtctagaatttgaataaagggcaattgttgaatcaagggcaattgtaaggaggcgttttttgtttgtttgtttgtttttggttttatgttttcaaatcagtctggaaatcacagGGATTAGGTACGGTATTTTGAATGTTAGTGTTTGAAGATTGGCGAGGTTTCCT
TGTCTGCAATTTGAATCAAGGGCAATTGTGAGATTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCGATCGTTGCACT
CCACGGGGCATAAATTCCAGCAAGCGGCCCCGGTGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCATCCGCGTCCCCG
GGCATCTCTGGGCAGACGATCCAGGAGAGCATGAGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGCGTGTGGAGGAT
GTCAGGGTTCTTGTCTGAGAATCGGCCGGTGCAGACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGTTATGCTTGATC
GGCTCATTTGGAGTACACAGTTTGAGAATTTCTTGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCAATGTCGTAAGG
AAGCCATTGAGACAGATTTTCAGCGAGTTCAGCGGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCAGTTGTTGTTGG
GAAAACTAGAGCAAAACAGTATTATTCAAATGACAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCACAACTGATCCCA
AAGCCGGAAGGTCTTCACAATACTGTACAGATGTTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGATCGACGAGCCA
TCTTTTACACAACCTAAAATGTATAAGGTGATTCGAAACCATCCACGGGCATTGGATTTGTATGAAAAGCAGCTAATAGAAATGGGGCAGTTGTCAAAGGAAGAAATTGATGATTTGCACAATAAGGTCAGTTCAATTTTGAATGAAGAGTTCATAAACAGCAAGGAGTATGTCCCAAACCGACGAGATTGGCTTGCAGC
ATATTGGACTGGTTTCAAGTCACCAGAGCAACTCTCACGTATACGTAATACAGGGGTCAAACCGGAGATATTGAAAAACGTCGGGAAAGCAATAACTTCTCTACCAGAAACATTCAAGCCTCATAGAGCTGTAAAGAGGATCTTTGACCAACGTGCACAAATGATTGAAACAGAGGAAGGTGTTGATTGGGCTGTTGGTG
AAGCACTTGCATTTGCAACTCTGCTGGTGGAGGGTAACCATGTGAGGCTGAGTGGCCAGGATGTTGAGAGAGGTACTTTCAGTCACCGACATTCAGTTCTTCATGACCAGGAAACAGGAGAAAGATATTGCCCATATGACCATGTTATCATAAATCAACCTGAGGAGATGTTTACTGTGAGCAACAG
Intron 6 GTATTCTGAA ... GTGTTTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.47 | 38 | 56 | 51 |
| A2 | 68.59 | 30 | 80 | 51 |
| A3 | 61.64 | 61 | 117 | 79 |
| A4 | 65.77 | 38 | 79 | 67 |
| A5 | 64.25 | 37 | 68 | 65 |
| A6 | 50 | 6 | 9 | 3 |
| A7 | 65.12 | 15 | 42 | 14 |
| A8 | 83.33 | 1 | 7 | 3 |
| A9 | 45.88 | 23 | 16 | 23 |
| A10 | 64.89 | 23 | 63 | 22 |
>TRINITY_DN39368_c0_g4_i6 from sample A9 / Example spliced isoformGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAAGAAAAAT
TGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGGTAATAGAGCCATCGACTGTATATTTACCAGATTGGCGAGGTTTCCTTGTCTGCAATTTGAATCAAGGGCAATTGTGAGATTTTTCCTGGGTT
AGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCGATCGTTGCACTCCACGGGGCATAAATTCCAGCAAGCGGCCCCGGTGCCGCGCTCCGT
GCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCATCCGCGTCCCCGGGCATCTCTGGGCAGACGATCCAGGAGAGCATGAGGCTGTTGCTGC
TCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGCGTGTGGAGGATGTCAGGGTTCTTGTCTGAGAATCGGCCGGTGCAGACTTTGCGGGCA
ATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGTTATGCTTGATCGGCTCATTTGGAGTACACAGTTTGAGAATTTCTTGGCTACAAAGTG
GACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCAATGTCGTAAGGAAGCCATTGAGACAGATTTTCAGCGAGTTCAGCGGTGGCACGAAGC
CTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCAGTTGTTGTTGGGAAAACTAGAGCAAAACAGTATTATTCAAATGACAAAGAGAGGACA
AAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCACAACTGATCCCAAAGCCGGAAGGTCTTCACAATACTGTACAGATGTTGCAAAAGCCTT
GGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGATCGACGAGCCATCTTTTACACAACCTAAAATGTATAAGGTGATTCGAAACCATCCAC
GGGCATTGGATTTGTATGAAAAGCAGCTAATAGAAATGGGGCAGTTGTCAAAGGAAGAAATTGATGATTTGCACAATAAGGTCAGTTCAATTTTGAATGAAGAGTTCATAAACAGCAAGGAGTATGTCCCAAACCGACGAGATTGGCTTGCAGCATATTGGACTGGTTTCAAGTCACCAGAGCAACTCTCACGTATACGT
AATACAGGGGTCAAACCGGAGATATTGAAAAACGTCGGGAAAGCAATAACTTCTCTACCAGAAACATTCAAGCCTCATAGAGCTGTAAAGAGGATCTTTGACCAACGTGCACAAATGATTGAAACAGAGGAAGGTGTTGATTGGGCTGTTGGTGAAGCACTTGCATTTGCAACTCTGCTGGTGGAGGGTAACCATGTGAG
GCTGAGTGGCCAGGATGTTGAGAGAGGTACTTTCAGTCACCGACATTCAGTTCTTCATGACCAGGAAACAGGAGAAAGATATTGCCCATATGACCATGTTATCATAAATCAACCTGAGGAGATGTTTACTGTGAGCAACAGTTCTCTGTCAGAATTTGGTGTCCTGGGTTTTGAATTGGGTTATTCAATGGAAAATCCCA
ATTCATTGGTCCTGTGGGAAGCTCAGTTTGGTGATTTTGCAAATGGTGCTCAAGTCATTTTTGATCAATTCATAAGCAGTGGGGAATCAAAATGGCTTCGCCAAAGTGGACTTGTTGTTTTGCTTCCTCATGGATATGATGGCCAGGGTCCAGAGCATTCCAGTGCAAGATTAGAGCGCTTTCTTCAGATGAGTGATGAC
AATCCTTTTGTGATCCCCGAGATGGATCCTACACTACGCACTCAAATTCAGCAGTGCAACTGGCAAGTTGTAAATGTGACAACTCCTGCCAACTATTTTCATGTTCTTCGTCGCCAGATAAATCGGGATTTCCGTAAACCTTTGATTGTCATGTCTCCAAAGAATCTCCTTCGGCACAAGGACTGCAAGTCAAATCTATC
TGAATTTGATGATGTGCAAGGTCATCCAGGATTTGACAAGCAGGGAACCCGATTTAAACGTCTCATTAAGGATCAGAATGATCACTCTGACCTAGAGGAAGGCATCAAGCGTCTGGTACTTTGTTCTGGAAAGATCTATTATGAGCTGGATGAGGAAAGACGACGGATTCAAAGAAAAGATGTTGCTATTTGTCGGGTTG
AGCAACTATGCCCATTCCCATATGATCTGGTTCAGCGAGAGTTGAAGCGGTATCCAAATGCAGAGATTGTTTGGTGCCAGGAAGAGCCTATGAATATGGGAGCATACAACTATATTACTCCACGTCTTGCAACCTCTATGACAACATTAGGTCGAGGTAAATATGAGGATATCAAGTATGTTGGTCGAGCTCCTTCAGCT
GCCTCAGCAACAGGGTTTTCTCAGGTGCATGTAAAGGAACAAAGAGAGGTTGTAGAAACAGCATTGCAATCTGCTCCAATCATCTTTCCTTGATGTTTACCTGTATAGACAAGTGGTGTTTATGGATATTAATAATCAGCATGGAAAATTTTCAGCATCCTGTTTCTCTTATTAGTTCAAGGCTGGATGTGAAACTTAGT
TTTTAGCATGCCTTTTTCAGGGTGTTAGTGAGTTCCCTTAGTTGAAGGCAGGCATGCTATTAGTCAACAGCATTATCATTTTTTCTGTATCATTAATGTTTTGCGTACGATAAGATTCAGATCCCTTTGTTGGAATGAGAGACTATTTTTTTAGGATCAGTTTTGACCTAAATAATAAAGGTAATAAATTTTCAGAGCTG
ACCAGATTGAATCATGATGAAAA
>TRINITY_DN39368_c0_g4_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAAGAAAAAT
TGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGGTAATAGAGCCATCGACTGTATATTTACCAGgtattctgaaactcaaatgcctgggattttggatgaatttcgattatttttggtgaatgttt
gggtttgagaattggtaaggtttccttgtctagaatttgaataaagggcaattgttgaatcaagggcaattgtaaggaggcgttttttgtttgtttgtttgtttttggttttatgttttcaaatcagtctggaaatcacagggattaggtacggtattttgaatgttagtgtttgaagATTGGCGAGGTTTCCTTGTCTG
CAATTTGAATCAAGGGCAATTGTGAGATTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCGATCGTTGCACTCCACGG
GGCATAAATTCCAGCAAGCGGCCCCGGTGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCATCCGCGTCCCCGGGCATC
TCTGGGCAGACGATCCAGGAGAGCATGAGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGCGTGTGGAGGATGTCAGG
GTTCTTGTCTGAGAATCGGCCGGTGCAGACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGTTATGCTTGATCGGCTCA
TTTGGAGTACACAGTTTGAGAATTTCTTGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCAATGTCGTAAGGAAGCCA
TTGAGACAGATTTTCAGCGAGTTCAGCGGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCAGTTGTTGTTGGGAAAAC
TAGAGCAAAACAGTATTATTCAAATGACAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCACAACTGATCCCAAAGCCG
GAAGGTCTTCACAATACTGTACAGATGTTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGATCGACGAGCCATCTTTT
ACACAACCTAAAATGTATAAGGTGATTCGAAACCATCCACGGGCATTGGATTTGTATGAAAAGCAGCTAATAGAAATGGGGCAGTTGTCAAAGGAAGAAATTGATGATTTGCACAATAAGGTCAGTTCAATTTTGAATGAAGAGTTCATAAACAGCAAGGAGTATGTCCCAAACCGACGAGATTGGCTTGCAGCATATTG
GACTGGTTTCAAGTCACCAGAGCAACTCTCACGTATACGTAATACAGGGGTCAAACCGGAGATATTGAAAAACGTCGGGAAAGCAATAACTTCTCTACCAGAAACATTCAAGCCTCATAGAGCTGTAAAGAGGATCTTTGACCAACGTGCACAAATGATTGAAACAGAGGAAGGTGTTGATTGGGCTGTTGGTGAAGCAC
TTGCATTTGCAACTCTGCTGGTGGAGGGTAACCATGTGAGGCTGAGTGGCCAGGATGTTGAGAGAGGTACTTTCAGTCACCGACATTCAGTTCTTCATGACCAGGAAACAGGAGAAAGATATTGCCCATATGACCATGTTATCATAAATCAACCTGAGGAGATGTTTACTGTGAGCAACAGTTCTCTGTCAGAATTTGGT
GTCCTGGGTTTTGAATTGGGTTATTCAATGGAAAATCCCAATTCATTGGTCCTGTGGGAAGCTCAGTTTGGTGATTTTGCAAATGGTGCTCAAGTCATTTTTGATCAATTCATAAGCAGTGGGGAATCAAAATGGCTTCGCCAAAGTGGACTTGTTGTTTTGCTTCCTCATGGATATGATGGCCAGGGTCCAGAGCATTC
CAGTGCAAGATTAGAGCGCTTTCTTCAGATGAGTGATGACAATCCTTTTGTGATCCCCGAGATGGATCCTACACTACGCACTCAAATTCAGCAGTGCAACTGGCAAGTTGTAAATGTGACAACTCCTGCCAACTATTTTCATGTTCTTCGTCGCCAGATAAATCGGGATTTCCGTAAACCTTTGATTGTCATGTCTCCAA
AGAATCTCCTTCGGCACAAGGACTGCAAGTCAAATCTATCTGAATTTGATGATGTGCAAGGTCATCCAGGATTTGACAAGCAGGGAACCCGATTTAAACGTCTCATTAAGGATCAGAATGATCACTCTGACCTAGAGGAAGGCATCAAGCGTCTGGTACTTTGTTCTGGAAAGATCTATTATGAGCTGGATGAGGAAAGA
CGACGGATTCAAAGAAAAGATGTTGCTATTTGTCGGGTTGAGCAACTATGCCCATTCCCATATGATCTGGTTCAGCGAGAGTTGAAGCGGTATCCAAATGCAGAGATTGTTTGGTGCCAGGAAGAGCCTATGAATATGGGAGCATACAACTATATTACTCCACGTCTTGCAACCTCTATGACAACATTAGGTCGAGGTAA
ATATGAGGATATCAAGTATGTTGGTCGAGCTCCTTCAGCTGCCTCAGCAACAGGGTTTTCTCAGGTGCATGTAAAGGAACAAAGAGAGGTTGTAGAAACAGCATTGCAATCTGCTCCAATCATCTTTCCTTGATGTTTACCTGTATAGACAAGTGGTGTTTATGGATATTAATAATCAGCATGGAAAATTTTCAGCATCC
TGTTTCTCTTATTAGTTCAAGGCTGGATGTGAAACTTAGTTTTTAGCATGCCTTTTTCAGGGTGTTAGTGAGTTCCCTTAGTTGAAGGCAGGCATGCTATTAGTCAACAGCATTATCATTTTTTCTGTATCATTAATGTTTTGCGTACGATAAGATTCAGATCCCTTTGTTGGAATGAGAGACTATTTTTTTAGGATCAG
TTTTGACCTAAATAATAAAGGTAATAAATTTTCAGAGCTGACCAGATTGAATCATGATGAAAA
Intron 7 GTAATAGAGC ... GAAATCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.83 | 35 | 60 | 36 |
| A2 | 62.57 | 35 | 65 | 52 |
| A3 | 58.97 | 64 | 111 | 73 |
| A4 | 61.06 | 44 | 75 | 63 |
| A5 | 61.54 | 40 | 70 | 58 |
| A6 | 69.23 | 2 | 8 | 1 |
| A7 | 66.67 | 10 | 28 | 12 |
| A8 | 53.85 | 3 | 4 | 3 |
| A9 | 54.55 | 10 | 13 | 11 |
| A10 | 82.42 | 8 | 49 | 26 |
>TRINITY_DN105105_c1_g2_i4 from sample A5 / Example spliced isoformCAGAAAAGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAA
GAAAAATTGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGGGATTAGGTACGGTATTTTGAATGTTAGTGTTTGAAGATTGGCGAGGTTTCCTTGTCTGCAATTTGAATCAAGGGCAATTGTGAGA
TTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCGATCGTTGCACTCCACGGGGCATAAATTCCAGCAAGCGGCCCCGG
TGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCATCCGCGTCCCCGGGCATCTCTGGGCAGACGATCCAGGAGAGCATG
AGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGCGTGTGGAGGATGTCAGGGTTCTTGTCTGAGAATCGGCCGGTGCA
GACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGTTATGCTTGATCGGCTCATTTGGAGTACACAGTTTGAGAATTTCT
TGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCAATGTCGTAAGGAAGCCATTGAGACAGATTTTCAGCGAGTTCAGC
GGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCAGTTGTTGTTGGGAAAACTAGAGCAAAACAGTATTATTCAAATGA
CAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCACAACTGATCCCAAAGCCGGAAGGTCTTCACAATACTGTACAGATG
TTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGATCGACGAGCCATCTTTTACACAACCTAAAATGTATAAGGTGATT
CGAAACCATCCACGGGCATTGGATTTGTATGAAAAGCAGCTAATAGAAATGGGGCAGTTGTCAAAGGAAGAAATTGATGATTTGCACAATAAGGTCAGTTCAATTTTGAATGAAGAGTTCATAAACAGCAAGGAGTATGTCCCAAACCGACGAGATTGGCTTGCAGCATATTGGACTGGTTTCAAGTCACCAGAGCAACT
CTCACGTATACGTAATACAGGGGTCAAACCGGAGATATTGAAAAACGTCGGGAAAGCAATAACTTCTCTACCAGAAACATTCAAGCCTCATAGAGCTGTAAAGAGGATCTTTGACCAACGTGCACAAATGATTGAAACAGAGGAAGGTGTTGATTGGGCTGTTGGTGAAGCACTTGCATTTGCAACTCTGCTGGTGGAGG
GTAACCATGTGAGGCTGAGTGGCCAGGATGTTGAGAGAGGTACTTTCAGTCACCGACATTCAGTTCTTCATGACCAGGAAACAGGAGAAAGATATTGCCCATATGACCATGTTATCATAAATCAACCTGAGGAGATGTTTACTGTGAGCAACAGTTCTCTGTCAGAATTTGGTGTCCTGGGTTTTGAATTGGGTTATTCA
ATGGAAAATCCCAATTCATTGGTCCTGTGGGAAGCTCAGTTTGGTGATTTTGCAAATGGTGCTCAAGTCATTTTTGATCAATTCATAAGCAGTGGGGAATCAAAATGGCTTCGCCAAAGTGGACTTGTTGTTTTGCTTCCTCATGGATATGATGGCCAGGGTCCAGAGCATTCCAGTGCAAGATTAGAGCGCTTTCTTCA
GATGAGTGATGACAATCCTTTTGTGATCCCCGAGATGGATCCTACACTACGCACTCAAATTCAGCAGTGCAACTGGCAAGTTGTAAATGTGACAACTCCTGCCAACTATTTTCATGTTCTTCGTCGCCAGATAAATCGGGATTTCCGTAAACCTTTGATTGTCATGTCTCCAAAGAATCTCCTTCGGCACAAGGACTGCA
AGTCAAATCTATCTGAATTTGATGATGTGCAAGGTCATCCAGGATTTGACAAGCAGGGAACCCGATTTAAACGTCTCATTAAGGATCAGAATGATCACTCTGACCTAGAGGAAGGCATCAAGCGTCTGGTACTTTGTTCTGGAAAGATCTATTATGAGCTGGATGAGGAAAGACGACGGATTCAAAGAAAAGATGTTGCT
ATTTGTCGGGTTGAGCAACTATGCCCATTCCCATATGATCTGGTTCAGCGAGAGTTGAAGCGGTATCCAAATGCAGAGATTGTTTGGTGCCAGGAAGAGCCTATGAATATGGGAGCATACAACTATATTACTCCACGTCTTGCAACCTCTATGACAACATTAGGTCGAGGTAAATATGAGGATATCAAGTATGTTGGTCG
AGCTCCTTCAGCTGCCTCAGCAACAGGGTTTTCTCAGGTGCATGTAAAGGAACAAAGAGAGGTTGTAGAAACAGCATTGCAATCTGCTCCAATCATCTTTCCTTGATGTTTACCTGTATAGACAAGTGGTGTTTATGGATATTAATAATCAGCATGGAAAATTTTCAGCATCCTGTTTCTCTTATTAGTTCAAGGCTGGA
TGTGAAACTTAGTTTTTAGCATGCCTTTTTCAGGGTGTTAGTGAGTTCCCTTAGTTGAAGGCAGGCATGCTATTAGTCAACAGCATTATCATTTTTTCTGTATCATTAATGTTTTGCGTACGATAAGATTCAGATCCCTTTGTTGGAATGAGAGACTATTTTTTTAGGATCAGTTTTGACCTAAATAATAAAGGTAATAA
ATTTTCAGAGCTGACCAGATTGAATCATGATGAAAATTTTGACTGGAAAATTGGAATTTTAGCATTTATAAATTGGAGAATGATGAACTAGGTCTAATGACCTGGAGGTTCCAATGTCATAGACATAAA
>TRINITY_DN105105_c1_g2_i7 from sample A5 / Example unspliced isoform:CAGAAAAGCAAAAGAAAATCACGTTTCTTCTATCGCGCTAACCTTCGACGTCAGGTTCTCATGGGAACCTGGATTCTCTGATGAATTTGACAGAAACGAAAGTCAATTTCGACAGCGGTATGAGGTCCATCCCAACATTTATTTTTGAATAATTGGATGCTAGAAGCATCCCTGCTATAAATACCGGACTCTGGGACCAA
GAAAAATTGTAAAGAAACGGCAGGCTGTAGGAATGCCCCCCAATAGTTAGAAGATTCATCCCATATATAATAAAACCAGAGGATGGAGGATGCCAGATGATTCAAGCAGAGGAGgtaatagagccatcgactgtatatttaccaggtattctgaaactcaaatgcctgggattttggatgaatttcgattatttttggtg
aatgtttgggtttgagaattggtaaggtttccttgtctagaatttgaataaagggcaattgttgaatcaagggcaattgtaaggaggcgttttttgtttgtttgtttgtttttggttttatgttttcaaatcagtctggaaatcacagGGATTAGGTACGGTATTTTGAATGTTAGTGTTTGAAGATTGGCGAGGTTTCC
TTGTCTGCAATTTGAATCAAGGGCAATTGTGAGATTTTTCCTGGGTTAGGGTTTGATCAGTCTGGAAACCCTAGGTGTCAGCCATGGTCTTGCAAAAAATATCCTCTGGTTTAATCAGGGCAGCTCTCAGAACCCGCCTGGCTCCGTCCTCATATACGAAAAGAGCCCTATGGACCCTTCCGCAGGTTCGATCGTTGCAC
TCCACGGGGCATAAATTCCAGCAAGCGGCCCCGGTGCCGCGCTCCGTGCCTCTGTCGAGGCTGAGCGATAATTTCCTTGACGGCACCAGCAGTGTGTACTTAGAGGAATTACAGAGGGCATGGGAAGCGGATCCGCAGAGCGTGGATGAGTCATGGGACAACTTTTTTCGCAATTTTGTTGGGCAAGCATCCGCGTCCCC
GGGCATCTCTGGGCAGACGATCCAGGAGAGCATGAGGCTGTTGCTGCTCGTGAGGGCTTATCAGGTGAACGGCCACATGAAGGCGCAGCTCGATCCTCTAGGGTTGGAGGAGAGAGAGATTCCCGTGGATTTGGATCCCGGGCTGTATGGATTCACGGAGGCGGATCTGGATCGGGAGTTTTTTCTCGGCGTGTGGAGGA
TGTCAGGGTTCTTGTCTGAGAATCGGCCGGTGCAGACTTTGCGGGCAATTCTGAGTCGATTGGAACAGGCTTACTGTGGCACCATTGGCTATGAATACATGCACATACCGGACCGTGATAAGTGTAATTGGCTGAGGGAGAAGATTGAGACAGTAACTCCCAGGGGATACAATGCAGAGCGCAGGCATGTTATGCTTGAT
CGGCTCATTTGGAGTACACAGTTTGAGAATTTCTTGGCTACAAAGTGGACTGCTGCCAAGCGGTTTGGGCTCGAAGGCGCGGAGACCTTGATCCCAGGTATGAAGGAAATGTTTGATCGGGCAGCTGATATGGGTGTGGAGAGCATAGTTATAGGTATGTCTCATAGAGGAAGATTGAATGTTTTGGGCAATGTCGTAAG
GAAGCCATTGAGACAGATTTTCAGCGAGTTCAGCGGTGGCACGAAGCCTGTGTCTGATGTTGGATCATACACTGGAACAGGGGATGTGAAATATCATTTGGGGACATCATATGATAGGCCTACCAGAGGTGGAAAAAGGATCCACCTTTCATTAGTTGCTAATCCCAGTCACTTAGAGGCAGTTGATCCAGTTGTTGTTG
GGAAAACTAGAGCAAAACAGTATTATTCAAATGACAAAGAGAGGACAAAAAATGTGGCTGTATTGATTCACGGAGATGGAAGTTTTGCTGGGCAAGGTGTGGTCTATGAGACATTGCATTTGAGTGCTCTTCCTAACTACACCACCGGAGGGACCATTCACATCGTGGTCAATAATCAGGTTGCATTCACAACTGATCCC
AAAGCCGGAAGGTCTTCACAATACTGTACAGATGTTGCAAAAGCCTTGGATGCTCCAATTTTCCATGTGAATGGTGATGATGTGGAAGCTGTGGTGCATGCATGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACCTTCCACTCTGATGTTGTTGTGGATATTGTTTGTTACCGTAGGTTCGGGCACAATGAGATCGACGAGCC
ATCTTTTACACAACCTAAAATGTATAAGGTGATTCGAAACCATCCACGGGCATTGGATTTGTATGAAAAGCAGCTAATAGAAATGGGGCAGTTGTCAAAGGAAGAAATTGATGATTTGCACAATAAGGTCAGTTCAATTTTGAATGAAGAGTTCATAAACAGCAAGGAGTATGTCCCAAACCGACGAGATTGGCTTGCAG
CATATTGGACTGGTTTCAAGTCACCAGAGCAACTCTCACGTATACGTAATACAGGGGTCAAACCGGAGATATTGAAAAACGTCGGGAAAGCAATAACTTCTCTACCAGAAACATTCAAGCCTCATAGAGCTGTAAAGAGGATCTTTGACCAACGTGCACAAATGATTGAAACAGAGGAAGGTGTTGATTGGGCTGTTGGT
GAAGCACTTGCATTTGCAACTCTGCTGGTGGAGGGTAACCATGTGAGGCTGAGTGGCCAGGATGTTGAGAGAGGTACTTTCAGTCACCGACATTCAGTTCTTCATGACCAGGAAACAGGAGAAAGATATTGCCCATATGACCATGTTATCATAAATCAACCTGAGGAGATGTTTACTGTGAGCAACAGTTCTCTGTCAGA
ATTTGGTGTCCTGGGTTTTGAATTGGGTTATTCAATGGAAAATCCCAATTCATTGGTCCTGTGGGAAGCTCAGTTTGGTGATTTTGCAAATGGTGCTCAAGTCATTTTTGATCAATTCATAAGCAGTGGGGAATCAAAATGGCTTCGCCAAAGTGGACTTGTTGTTTTGCTTCCTCATGGATATGATGGCCAGGGTCCAG
AGCATTCCAGTGCAAGATTAGAGCGCTTTCTTCAGATGAGTGATGACAATCCTTTTGTGATCCCCGAGATGGATCCTACACTACGCACTCAAATTCAGCAGTGCAACTGGCAAGTTGTAAATGTGACAACTCCTGCCAACTATTTTCATGTTCTTCGTCGCCAGATAAATCGGGATTTCCGTAAACCTTTGATTGTCATG
TCTCCAAAGAATCTCCTTCGGCACAAGGACTGCAAGTCAAATCTATCTGAATTTGATGATGTGCAAGGTCATCCAGGATTTGACAAGCAGGGAACCCGATTTAAACGTCTCATTAAGGATCAGAATGATCACTCTGACCTAGAGGAAGGCATCAAGCGTCTGGTACTTTGTTCTGGAAAGATCTATTATGAGCTGGATGA
GGAAAGACGACGGATTCAAAGAAAAGATGTTGCTATTTGTCGGGTTGAGCAACTATGCCCATTCCCATATGATCTGGTTCAGCGAGAGTTGAAGCGGTATCCAAATGCAGAGATTGTTTGGTGCCAGGAAGAGCCTATGAATATGGGAGCATACAACTATATTACTCCACGTCTTGCAACCTCTATGACAACATTAGGTC
GAGGTAAATATGAGGATATCAAGTATGTTGGTCGAGCTCCTTCAGCTGCCTCAGCAACAGGGTTTTCTCAGGTGCATGTAAAGGAACAAAGAGAGGTTGTAGAAACAGCATTGCAATCTGCTCCAATCATCTTTCCTTGATGTTTACCTGTATAGACAAGTGGTGTTTATGGATATTAATAATCAGCATGGAAAATTTTC
AGCATCCTGTTTCTCTTATTAGTTCAAGGCTGGATGTGAAACTTAGTTTTTAGCATGCCTTTTTCAGGGTGTTAGTGAGTTCCCTTAGTTGAAGGCAGGCATGCTATTAGTCAACAGCATTATCATTTTTTCTGTATCATTAATGTTTTGCGTACGATAAGATTCAGATCCCTTTGTTGGAATGAGAGACTATTTTTTTA
GGATCAGTTTTGACCTAAATAATAAAGGTAATAAATTTTCAGAGCTGACCAGATTGAATCATGATGAAAATTTTGACTGGAAAATTGGAATTTTAGCATTTATAAATTGGAGAATGATGAACTAGGTCTAATGACCTGGAGGTTCCAATGTCATAGACATAAA