sp|Q0JNI9|PIL15_ORYSJ ----> Transcription factor PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR-LIKE 15
Intron 1 GTAACCATAT ... TAATGTTGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 75.51 | 12 | 28 | 46 |
| A2 | 86.41 | 7 | 34 | 55 |
| A3 | 77.36 | 12 | 41 | 41 |
| A4 | 79.59 | 15 | 48 | 69 |
| A5 | 80 | 6 | 15 | 33 |
| A6 | 73.61 | 45 | 113 | 138 |
| A7 | 74.86 | 45 | 115 | 153 |
| A8 | 70.87 | 45 | 102 | 117 |
| A9 | 77.94 | 30 | 93 | 119 |
| A10 | 79.31 | 33 | 110 | 143 |
>TRINITY_DN113941_c2_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoformGAGAAGTCGAATTTCGCCAACTTGTCTAAATGTTCTTTACGGACTTACGGACAAATGTAATGATATCGGTAATTATGGACACATGTAACGAAATAGCTTTTTGCCTAGCTTTTTGGCAGTAGCTTTTTTTTGTCTGTCCGAATCTGTGCCTAGCTTTTTTGCAGTAGCGTTTTTTGTCTGTATATTGTTGCAGGCCTTCA
ACGGCTCGAAAACCTCATGTATCTAGCCGTTGGGTGCTTGCTGTCTATTTAAACACAATATCAATTCGATCCTGGTTACAACTTCGAGAAATTAGATTAAAACCTCCACATGTACGATTCTTATCGGTGTTTGAGGCTCCGCTGTGGTTGATTAAATATTCCAACCAGGCATAGAGTTTGAGTGATATTCTTCAGGATTA
CCAGTCTCTAGCAGCTCCAGAGGATTTGTTTAAATTGAAGCCCCTAACACGCTGCTACAGAGGATGGGTTTTTCGGTAAGGAAAGGCATTTGAGAGACGTGTTCCTAAACAATATTTTTCAGCCCAGTTATTGCCAAGTTTTTATTAGAAATCAGGGTTTATTAGATATCAAAGGGTCTGTAAAGTTAAATGCATTGATT
CTTCTCTGATTTCTGGCAGCTGCAGAGGATTTGTCTAAATTGAAGCCACCAACATGCTGCTACAAAGGATGGGTTTTTCATGCATTGGAGAAATCCAGCTATGATCTACTAGGTCTCGAAGGACTTGCTCAAGCTTTATGCATAAATTTTTGGAAAAGATGACTGCCCTAACTATAAATTTTTGGACCTACCAATCAATT
CTATGTTGAAGATGCATGTAAAGCCTGACGTATGAAGATGCATTTCCAAAATATTGAACAAGCACTCCTGGAAGCCGCATAGCAC
>TRINITY_DN113941_c2_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:CGGAGAAGAAAAAATAGCATTATGTCCGAATCTGTGCCTTGCCTTTTTGCAGTAGCTTTTTTTGTCTGTATATTGTTGCAGGCCTTCAACGGCTCGAAAACCTCATGTATCTAGCCGTTGGGTGCTTGCTGTCTATTTAAACACAATATCAATTCGATCCTGGTTACAACTTCGAGAAATTgtaaccatattttctgtgt
tttcttggttttgcttgcccttcctttctttactgattatatgcgcgcattgctgtttttgatttgtgaattttttattgcgagtataccatcttgtttctctggtttcccttttgtgctgtatatttcgtttttctcattactgtagtgtttaatgtttctttatttttaacaatcttgcctcgcttttctggcatttt
aatgttgagAGATTAAAACCTCCACATGTACGATTCTTATCGGTGTTTGAGGCTCCGCTGTGGTTGATTAAATATTCCAACCAGGCATAGAGTTTGAGTGATATTCTTCAGGATTACCAGTCTCTAGCAGCTCCAGAGGATTTGTTTAAATTGAAGCCCCTAACACGCTGCTACAGAGGATGGGTTTTTCGGTAAGGAAA
GGCATTTGAGAGACGTGTTCCTAAACAATATTTTTCAGCCCAGTTATTGCCAAGTTTTTATTAGAAATCAGGGTTTATTAGATATCAAAGGGTCTGTAAAGTTAAATGCATTGATTCTTCTCTGATTTCTGGCAGCTGCAGAGGATTTGTCTAAATTGAAGCCACCAACATGCTGCTACAAAGGATGGGTTTTTCATGCA
TTGGAGAAATCCAGGTGAACACTATTTCACACCCATTCACTGTTTTTGCAAATTGATGCACAACTTAATGCAATATAGAACGGCATAGAATTAAAAATGATATGAACAGGGAGAAAAGAAGTAAATAGTAGTTATAGAATGGTGTTCAATTTAGCAACACAGAAAAATGATGTTAGCATAACTTATTCAACATTCATATA
TTTTGTATTTTTATTTGCTTTCCATATATATATGCTAACTTGAATACGTGCTAAATAATACACTTCAATATATGTATAATTTTGAAAACCCTAGGTCTAAATAATACACTTCAATATATGTATAATTTTGAAAACCCTAGGTCTAAATAATACACTTCAATATAT
Intron 2 GTAAGGAAAG ... AAATTTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.97 | 26 | 21.3 | 7.5 |
| A2 | 41.13 | 23.3 | 17 | 14.8 |
| A3 | 22.73 | 39.3 | 13 | 9.5 |
| A4 | 37.23 | 40.3 | 26.5 | 19.8 |
| A5 | 19.55 | 10.5 | 1.8 | 3 |
| A6 | 16.96 | 120 | 26.5 | 21 |
| A7 | 18.16 | 110.3 | 15.8 | 32 |
| A8 | 17.2 | 106.3 | 22.3 | 21 |
| A9 | 15.8 | 110.3 | 17.5 | 23.3 |
| A10 | 15.56 | 95 | 20.3 | 14.3 |
>TRINITY_DN112907_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformATGATATCGGTAATTATGGACAAATGTAACGAGATGACCATCTGAGTAGAAATTTCACGCCAATGATAGCCGGAGAAGAAAAAATAGCATTATGTCCGAATCTGTGCCTTGCCTTTTTGCAGTAGCTTTTTTTGTCTGTATATTGTTGCAGGCCTTCAACGGCTCGAAAACCTCATGTATCTAGCCGTTGGGTGCTTGCT
GTCTATTTAAACACAATATCAATTCGATCCTGGTTACAACTTCGAGAAATTGTAACCATATTTTCTGTGTTTTCTTGGTTTTGCTTGCCCTTCCTTTCTTTACTGATTATATGCGCGCATTGCTGTTTTTGATTTGTGAATTTTTTATTGCGAGTATACCATCTTGTTTCTCTGGTTTCCCTTTTGTGCTGTATATTTCG
TTTTTCTCATTACTGTAGTGTTTAATGTTTCTTTATTTTTAACAATCTTGCCTCGCTTTTCTGGCATTTTAATGTTGAGAGATTAAAACCTCCACATGTACGATTCTTATCGGTGTTTGAGGCTCCGCTGTGGTTGATTAAATATTCCAACCAGGCATAGAGTTTGAGTGATATTCTTCAGGATTACCAGTCTCTAGCAG
CTCCAGAGGATTTGTTTAAATTGAAGCCACTAACACGCTGCTACAGAGGATGGGTTTTTCGTGCATTTGAGAGACCCAGTTTCTGGCAGCTCCAGAGGATTTGTCTAAATTGAAGCCACTAACATGCTGCTACAGAGGATAGGTTTTTCATGCATTGGAGAAATCCAGGTGAACACTATTTCAAACCCATTCACTGTTTT
TGCAACTATTTCAAACCCATTCACTGTTTTTGCAAATTGATGCACAACTTAATGCAATATAGAACGGCATAGAATTAAAAATGATATGAACAGGGAGAAAAGAAGTAAATAGTAGTTATAGAATGGTGTTCAATTTAGCAACACAGAAAAATGATGGTAGCATAGCTTATTCAACCTTCATATATTTTGTATTTTTATTT
GCTTTCCATATATATATGCTAACTTGAATACGTGCTAAATAATACACTTCAATATATGTATAATTTTGAAAACCCTAGGTCTAAATAATACACTTCAATATATGTATAATTTTGAAAACCCTAGGTTTAATTAATATATAGTAGAAGTATTTTGAAAACCATAGGGTTAATTAATTAATGGAGTTGTATCTATCATTCTA
GCTTAATATATGTTATATTTTTTAAGACCCTAGGTTTAAATAATAGATAAAATAGAAATCAAATTGAGGCAGCTGGAGCGTTGGACTTTTAGGAGGTGAAAATTAGTTTGTTCTGCTGCTTCTTAACCCTAAATGTTTCAAGCAACTAAATCTTTTGACTGGAATTTTTTTATCATTTTGATCTGGATAAAATGGCTCCA
TTTTAGTTATAGAAGCACGACCAGATCTATATGTTTTTGAAATGTCTTAGCTTAAGAAAGTGCAGATGGTACTCAGCATATAGATTAGAATAGGGTAACACTTAACTCATAAAGCAAATTTAACAAAATTACTTTGTGTGGAAAATCAAGGGGGTTAGGTCCACACGCTTTTGTCCGAAAAGCTATGCTGCAAATCGTTT
TCTAGATGGTGTAGGACTTGAAGCCACAATGGCTTGAAGGGCGATGGCAGATAGGGTAGTCGTAGTACTTATACATTGAACGTATGACATTAGGATAGCGAGTACCCGTTCATATATTAAAGGTTTCATATATATGCTGCAAATCGAACAACCTAAAATAAAGGTATAGGAGATTAGCATTATATAAAGGAGTGAAGAGA
CATAGACAATGTTATAAATATGAATTGAACATATAGATTAGAATAACATAGCATCATAATGAACAAATTTACTCCATATGAAGAATTCATGTGGATCTTCGTTTCTATATTCTCCATTTTTCTTAAATGTACATCCAGCATCCATGTTCTCCATGTTTATGTATAGAATCCATGTGGTTACCCTTTTTTCTCTCTATGTG
TACCACTAATTGTGGGAGGGCACAGACCTGTATTTATTTCCATGTGATTGTGGGAGGCATTGGCCTAAACTTTTGAGGCTATAGGTCAATTGAATTCCAAATCAGGAGAAGTGGCAAGGTAGAAATAGTACTACTCATCAATTGAATTCTAAACGACTAGAAGTGGAAGGGGAAGTGACCTTATGACCTTGGTTAGCGGG
AG
>TRINITY_DN112907_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATGATATCGGTAATTATGGACAAATGTAACGAGATGACCATCTGAGTAGAAATTTCACGCCAATGATAGCCGGAGAAGAAAAAATAGCATTATGTCCGAATCTGTGCCTTGCCTTTTTGCAGTAGCTTTTTTTGTCTGTATATTGTTGCAGGCCTTCAACGGCTCGAAAACCTCATGTATCTAGCCGTTGGGTGCTTGCT
GTCTATTTAAACACAATATCAATTCGATCCTGGTTACAACTTCGAGAAATTGTAACCATATTTTCTGTGTTTTCTTGGTTTTGCTTGCCCTTCCTTTCTTTACTGATTATATGCGCGCATTGCTGTTTTTGATTTGTGAATTTTTTATTGCGAGTATACCATCTTGTTTCTCTGGTTTCCCTTTTGTGCTGTATATTTCG
TTTTTCTCATTACTGTAGTGTTTAATGTTTCTTTATTTTTAACAATCTTGCCTCGCTTTTCTGGCATTTTAATGTTGAGAGATTAAAACCTCCACATGTACGATTCTTATCGGTGTTTGAGGCTCCGCTGTGGTTGATTAAATATTCCAACCAGGCATAGAGTTTGAGTGATATTCTTCAGGATTACCAGgtaaggaaag
tgttcctaaacaatatttttcagcttattgccaagtttttattagaaatcagggtttattagatatcaaagggtctgtaaagttaaatgcattgattcttctctgaggcgatgtttctagcgttatgaaacgatgattttagcattatacattgatttttcaaggttatgctcttcttgtattactaggtctgtaattta
attaaatataaatttctagTCTCTAGCAGCTCCAGAGGATTTGTTTAAATTGAAGCCACTAACACGCTGCTACAGAGGATGGGTTTTTCGTGCATTTGAGAGACCCAGTTTCTGGCAGCTCCAGAGGATTTGTCTAAATTGAAGCCACCAACATGCTGCTACAAAGGATGGGTTTTTCATGCATTGGAGAAATCCAGCTA
TGATCTACTAGGTCTCGAAGGACTTGCTCTAGCTTTATGCATAAATTTTTGGAAAAGATGACTGCCCTAACTATAAATTTTTGGACCTAC
Intron 3 GTGGGATACT ... GTGTTATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 92.98 | 2 | 24 | 29 |
| A2 | 71.43 | 1 | 2 | 3 |
| A3 | 75.44 | 7 | 25 | 18 |
| A4 | 100 | 0 | 25 | 7 |
| A5 | 100 | 0 | 9 | 6 |
| A6 | 70.67 | 50 | 159 | 82 |
| A7 | 71.43 | 24 | 74 | 46 |
| A8 | 82.42 | 24 | 123 | 102 |
| A9 | 80.37 | 21 | 100 | 72 |
| A10 | 84.76 | 8 | 49 | 40 |
>TRINITY_DN113941_c2_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoformGAGAAGTCGAATTTCGCCAACTTGTCTAAATGTTCTTTACGGACTTACGGACAAATGTAATGATATCGGTAATTATGGACACATGTAACGAAATAGCTTTTTGCCTAGCTTTTTGGCAGTAGCTTTTTTTTGTCTGTCCGAATCTGTGCCTAGCTTTTTTGCAGTAGCGTTTTTTGTCTGTATATTGTTGCAGGCCTTCA
ACGGCTCGAAAACCTCATGTATCTAGCCGTTGGGTGCTTGCTGTCTATTTAAACACAATATCAATTCGATCCTGGTTACAACTTCGAGAAATTAGATTAAAACCTCCACATGTACGATTCTTATCGGTGTTTGAGGCTCCGCTGTGGTTGATTAAATATTCCAACCAGGCATAGAGTTTGAGTGATATTCTTCAGGATTA
CCAGTCTCTAGCAGCTCCAGAGGATTTGTTTAAATTGAAGCCCCTAACACGCTGCTACAGAGGATGGGTTTTTCGGTAAGGAAAGGCATTTGAGAGACGTGTTCCTAAACAATATTTTTCAGCCCAGTTATTGCCAAGTTTTTATTAGAAATCAGGGTTTATTAGATATCAAAGGGTCTGTAAAGTTAAATGCATTGATT
CTTCTCTGATTTCTGGCAGCTGCAGAGGATTTGTCTAAATTGAAGCCACCAACATGCTGCTACAAAGGATGGGTTTTTCATGCATTGGAGAAATCCAGCTATGATCTACTAGGTCTCGAAGGACTTGCTCAAGCTTTATGCATAAATTTTTGGAAAAGATGACTGCCCTAACTATAAATTTTTGGACCTACCAATCAATT
CTATGTTGAAGATGCATGTAAAGCCTGACGTATGAAGATGCATTTCCAAAATATTGAACAAGCACTCCTGGAAGCCGCATAGCAC
>TRINITY_DN113941_c2_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:CGGAGAAGAAAAAATAGCATTATGTCCGAATCTGTGCCTTGCCTTTTTGCAGTAGCTTTTTTTGTCTGTATATTGTTGCAGGCCTTCAACGGCTCGAAAACCTCATGTATCTAGCCGTTGGGTGCTTGCTGTCTATTTAAACACAATATCAATTCGATCCTGGTTACAACTTCGAGAAATTGTAACCATATTTTCTGTGT
TTTCTTGGTTTTGCTTGCCCTTCCTTTCTTTACTGATTATATGCGCGCATTGCTGTTTTTGATTTGTGAATTTTTTATTGCGAGTATACCATCTTGTTTCTCTGGTTTCCCTTTTGTGCTGTATATTTCGTTTTTCTCATTACTGTAGTGTTTAATGTTTCTTTATTTTTAACAATCTTGCCTCGCTTTTCTGGCATTTT
AATGTTGAGAGATTAAAACCTCCACATGTACGATTCTTATCGGTGTTTGAGGCTCCGCTGTGGTTGATTAAATATTCCAACCAGGCATAGAGTTTGAGTGATATTCTTCAGGATTACCAGTCTCTAGCAGCTCCAGAGGATTTGTTTAAATTGAAGCCCCTAACACGCTGCTACAGAGGATGGGTTTTTCGGTAAGGAAA
GGCATTTGAGAGACGTGTTCCTAAACAATATTTTTCAGCCCAGTTATTGCCAAGTTTTTATTAGAAATCAGGGTTTATTAGATATCAAAGGGTCTGTAAAGTTAAATGCATTGATTCTTCTCTGATTTCTGGCAGCTGCAGAGGATTTGTCTAAATTGAAGCCACCAACATGCTGCTACAAAGGATGGGTTTTTCATGCA
TTGGAGAAATCCAGCTATGATCTACTAGGTCTCGAAGGACTTGCTCAAGCTTTATGCATAAATTTTTGGAAAAGATGACTGCCCTAACTATAAATTTTTGGACCTACCAATCAATTCTATGTTGAAGATGCATGTAAAGCCTGACGTATGAAGATGCATTTCCAAAATATTGAACAAGCAgtgggatactcagacttaat
tcacacttaattttgatgtgctcgttatttacacgttatttagcatgccttacagttttgcttcacttttgcttatgcttttaaagcttattagctgactatgtgttattagCTCCTGGAAGCCGCATAGCACAGTCCAAGTTTTGTATGGTTACTAAAATCAAAGGTATCTCTTTTCACTCTCTTTTTCAGCC
Intron 4 GTTCGACTGC ... TGCAACACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.27 | 5.5 | 5 | 7 |
| A2 | 59.21 | 4.5 | 7 | 6 |
| A3 | 6.28 | 7.5 | 0 | 1 |
| A4 | 25 | 3 | 1 | 1 |
| A5 | 63.64 | 2 | 4 | 3 |
| A6 | 36 | 8 | 2 | 7 |
| A7 | 17.51 | 16.5 | 2 | 5 |
| A8 | 31.37 | 11 | 3 | 7 |
| A9 | 17.88 | 11.5 | 0 | 5 |
| A10 | 14.01 | 21.5 | 3 | 4 |
>TRINITY_DN41251_c0_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoformGTTTTTCTGGGCCGCTTGGAATTCTATGTCATTGTTGTACATTGAAATATTATGACAGATCCGGATGCACCTAATCCTTGTATCGAACGCGAGTATTTACACTGAAGTCGCAAGAAGATTCTGGTGAAAATTTTAAACAGTGCTCGACTGGGACATCTTCTTCAAAAAGAAGCAGGGCAGCTGAAGTTCACAATTTGTCA
GAAAAGAGGCGGAGGAATAGAATCAATGAAAAAATGAAAGCCCTTCAGAATCTCATTCCCAACTCTAATAAGACTGACAAAGCTTCCATGCTGGACGAAGCAATCGAGTACCTTAAGAAGCTTCAATTACAAGTGCAGATGCTTTCTGCAAGGAGTGGAATTGATGTTTCATCCATACGATGGTTGGCGCAGATGCCACA
CTTGCAGATACAGCAAATGCCAAAAGCATGTGTGACCACAGACCAGCATGCAGGAGTTTCCCTAAGTATGCCTGTGGGATCAGGGCTTATAAACACTAACCAAGCTAGCGAAAAGAGGCCTTTGCATGATCTATATAATTCTGCAGCCCTTGGCAATACCGCCATTCCTATAAATTTGTCGTCAGCCAGGATTGATGATC
ATCAGGCCTGCAAAATGGATCGTCCTCAAGGCCACTTTACTTTGCCTCAATTGCCACCAACGACTCAGGAAGTTCATGCTGCACTTTCCTTGCAAGAGAAATAAAGTATACATGATCTCATTCTAGCAAGAGTTCATGCGGTCAACTCTTGTAGCATTCACTAAATACTATTACCAGCCGCATCACTGACATGATCATAG
TTAGTTCTAGGCCAAGACATTATCTATGTGTCCTAATACATTCCTCGTCCAAGAAAGGGCCGAGGAAAAGATATGGGAAGAAAACAATACTGGAAAGAACAATTTATGGCTGCCATTTTCTTCTCAGGGACGGTTAACATAGTTAACATAGTTATGTTAATCAATGTATATAAAGTTCAAGCATGGATTTAACGTTTCAA
AGTCCTATGCTGTACATGCTAATTAGTTTATCGAACCATCTTAGAGATTGTCTATTTGTTTAATTATACCTTGCCCAGACTTTGTTCTTTGTTCTGCTTCTCATGGTTCTCTTTTATCACATATTGTTCCTGTTCAGTATATCAGTTTGAATTTGTAGCCGAACATTTTGTTACATTATGTTGGAGATGAAAGAGCTTTT
CCGAAATGCTAAAGCGTGGTACCTTGTATTTTATGTCTGTTAGCAGGTCTCATAATGCCCCCCACTATGGTGGGCAGGCCATGGACAGAATTACAGCTGGTGAAAATATAAAAGTCAAAATTGTACTGGACAGATGTATAGAATTTTTGTTGTTTACCTAGTTTCCACGAAAGTAAAGATTCCCAAACAGTTTTGAATAA
TGCTTAACAGTATTATGTGAATGTATTTACCCAGAAAGAACGATCCGATTGCCTCGGGTTCTGAGACGACTGAATACACGACAGGCCTGGTGGGTTAGTAGGTG
>TRINITY_DN41251_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:CCAGCCCTTCTACAAAAATAGGGGATATTATTTTTACCAACTACTTAATTGATATAATTACAGAAGTCGCAAGAAGATTCTGGTGAAAATTTTAAACAGTGCTCGACTGGGACATCTTCTTCAAAAAGAAGCAGGGCAGCTGAAGTTCACAATTTGTCAGAAAAGgttcgactgctataccccaccccatttctctttcg
ttaagaaaatacttcttgtattcaaaagtaagaatatgtacaaaatttacatgggataatctagcacaacaaatcatctctgctttattggtcagattaaggttataacaaggtcagagtaagcccgagtgagatatcctttgcatctctaacaacggttcactctctgatcaggccaggctgccctctggagtctggct
ccttatctctatgtcatttcagcggatgctctcggttatcttgtatcagggactgcctttgactgttatgcttcatttctatttcggtgtagttattctgaacttgacatttcgccgtttgtgtgcaacacagAGGCGGAGGAATAGAATCAATGAAAAAATGAAAGCCCTTCAGAATCTCATTCCCAACTCTAATAAGA
CTGACAAAGCTTCCATGCTGGACGAAGCAATCGAGTACCTTAAGAAGCTTCAATTACAAGTGCAGATGCTTTCTGCAAGGAGTGGAATTGATGTTTCATCCATACGATGGTTGGCGCAGATGCCACACTTGCAGATACAGCAAATGCCAAAAGCATGTGTGACCACAGACCAGCATGCAGGAGTTTCCCTAAGTATGCCT
GTGGGATCAGGGCTTATAAACACTAACCAAGCTAGCGAAAAGAGGCCTTTGCATGATCTATATAATTCTGCAGCCCTTGGCAATACCGCCATTCCTATAAATTTGTCGTCAGCCAGGATTGATGATCATCAGGCCTGCAAAATGGATCGTCCTCAAGGCCACTTTACTTTGCCTCAATTGCCACCAACGACTCAGGAAGT
TCATGCTGCACTTTCCTTGCAAGAGAAATAAAGTATACATGATCTCATTCTAGCAAGAGTTCATGCGGTCAACTCTTGTAGCATTCACTAAATACTATTACCAGCCGCATCACTGACATGATCATAGTTAGTTCTAGGCCAAGACATTATCTATGTGTCCTAATACATTCCTCGTCCAAGAAAGGGCCGAGGAAAAGATA
TGGGAAGAAAACAATACTGGAAAGAACAATTTATGGCTGCCATTTTCTTCTCAGGGACGGTTAACATAGTTAACATAGTTATGTTAATCAATGTATATAAAGTTCAAGCATGGATTTAACGTTTCAAAGTCCTATGCTGTACATGCTAATTAGTTTATCGAACCATCTTAGAGATTGTCTATTTGTTTAATTATACCTTG
CCCAGACTTTGTTCTTTGTTCTGCTTCTCATGGTTCTCTTTTATCACATATTGTTCCTGTTCAGTATATCAGTTTGAATTTGTAGCCGAACATTTTGTTACATTATGTTGGAGATGAAAGAGCTTTTCCGAAATGCTAAAGCGTGGTACCTTGTATTTTATGTCTGTTAGCAGGTCTCATAATGCCCCCCACTATGGTGG
GCAGGCCATGGACAGAATTACAGCTGGTGAAAATATAAAAGTCAAAATTGTACTGGACAGATGTATAGAATTTTTGTTGTTTACCTAGTTTCCACGAAAGTAAAGATTCCCAAACAGTTTTGAATAATGCTTAACAGTATTATGTGAATGTATTTACCCAGAAAGAACGATCCGATTGCCTCGGGTTCTGAGACGACTGA
ATACACGACAGGCCTGGTGGGTTAGTAGGTG
Intron 5 GTAAGGAAAT ... AAATTTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.31 | 30 | 22 | 14.3 |
| A2 | 38.64 | 27 | 17 | 11 |
| A3 | 23.21 | 43 | 13 | 7.3 |
| A4 | 36.76 | 43 | 25 | 16.4 |
| A5 | 7.69 | 12 | 1 | 5 |
| A6 | 15.92 | 132 | 25 | 10.4 |
| A7 | 11.11 | 120 | 15 | 18.8 |
| A8 | 14.81 | 115 | 20 | 12.3 |
| A9 | 11.99 | 117.4 | 16 | 12.8 |
| A10 | 15.13 | 101 | 18 | 7 |
>TRINITY_DN125398_c2_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGTCGAATTTCGCCAACTTGTCTAAATGTTCTTTACGGACTTACGGACAAATGTAATGATATCGGTAATTATGGACACATGTAACGAAATAGCTTTTTGCCTAGCTTTTTGGCAGTAGCTTTTTTTTGTCTGTCCGAATCTGTGCCTAGCTTTTTTGCAGTAGCGTTTTTTGTCTGTATATTGTTGCAGGCCTTCAACGGC
TCGAAAACCTCATGTATCTAGCCGTTGGGTGCTTGCTGTCTATTTAAACACATTTAACTTTGAGAAATTGTAACCATATTTTCTGTGTTTTCTTGGTTTTGCTTGCGCTTCCTTTCTTTCCTGATTATATGCGCGCATTGCTGTTTTAGATTTGTGAATTTTTTGTTGCGAGTATATCATCTTGTTTCTCTGGTTTCCTT
TTTGTGCTGTATATTTCGTTTTTTCTCATTACTGTAGTGTTTAATGTTTCTTTATTTTTAACAATCTTGCCTCGCTTTTCTGGCATTTTAATGTTGAGAGATTAAAACCTCCACATGTACGATTTGTATCGGTGTTTGAGGCTCCGCTGTGGTTGATTAAATATTCCAACCAGGCACAGAGTTTGAGAGATATTCTTCAG
GATTACCGGTCTCTAGCAGCTCCAGAGGATTTGTTTAAATTGAAGCCACTAACACGCTGCTACAGAGGATGGGTTTTTCGTGCATTTGAGAGACCCAGTTTCTGGCAGCTCCAGAGGATTTGTCTAAATTGAAGCCACCAACATGCTGCTACAAAGGATGGGTTTTTCATGCATTGGAGAAATCCAGCTATGATCTACTA
GGTCTCGAAGGACTTGCTCAAGCTTTATGCATAAATTTTTGGAAAAGATGACTGCCCTAACTATAAATTTTTGGACCTACCAATCAATTCTATGTTGAAGATGCATGTAAAGCCTGACGTATGAAGATGCATTTCCAAAATATCGAACAAGCAGTGGGATACTCAGACCTAATTCACACTTAATTTTGATGTGCTCGTTA
TTTACACGTTATTTAGCATGCCTTACAGTTTTGCTTCACTTTTGCTTATGCTTTTAAAGCTTATTAGCTGACTATGTGTTATTAGCTCCTGGAAGCCGCATAGCACAGTCCAAGTTTTGTATGGTTACTAAAATCAAAGGTATCTCTTTTCACTCTCTTTTCCAGTCTCATGCTGTACAAGAATTGGCAAAAATGTATTT
TCAGATATTATTGGCAACAATGCTGATGGTAATAGTTCAGTAGTTGACAACAAAGTTGAGAAATCAGAGAAATTTTCAAGTTTAAATCTTGATAGTCCATTCGATGTTTATGGTTTTAGATCTTAAAAATTTTCCAGTGGAAGTGTTCTTTAATTTCGTCATGTTTGTGTGGAGTGCATATTAACTCTTTAGGAAATTGT
GACTGTTGTTGATTCGAAAGATGGCTAGGGTGTGGAAATCTCTTGTTATGAAACTCACTGTTGTGCACCTGTTGTGGTATGGAGTGGGTATGGACGTGGTATGGACCTTCCTTATACGGTGATGATAAAACGTATTGCTGTGGTTTGGAACACTTATAAGTTATGGACTATATACCTTGGTGATACCTTGAGAGAGAATA
TAACAGTTTGACCACGAGTTTGACAAGTTCGTCTTCTTGGCCCTTGCCAGCCCTTGCCTCTTCACCGTGTCTTCACCACAAAACCCTGGCCTCAAGCAATGCGATTTCCCTGCGACTCTGGTAAGCCCGAGCCTTGCCTCATTGCCATTTCGCGGATATTTGTCAGCCCGCCCGAGCCTTGCCTTTTCATGATTATTTAA
TACCCCAATTTGTTTCCAATGTGTTTGACGAAATGTTGATGTGAATGCAAATTGGTTGTGAAAGTTATAATTCAGTGTAATATTGTTATCTGTTTGAACTTG
>TRINITY_DN125398_c2_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCGAATTTCGCCAACTTGTCTAAATGTTCTTTACGGACTTACGGACAAATGTAATGATATCGGTAATTATGGACACATGTAACGAAATAGCTTTTTGCCTAGCTTTTTGGCAGTAGCTTTTTTTTGTCTGTCCGAATCTGTGCCTAGCTTTTTTGCAGTAGCGTTTTTTGTCTGTATATTGTTGCAGGCCTTCAACGGC
TCGAAAACCTCATGTATCTAGCCGTTGGGTGCTTGCTGTCTATTTAAACACATTTAACTTTGAGAAATTGTAACCATATTTTCTGTGTTTTCTTGGTTTTGCTTGCGCTTCCTTTCTTTCCTGATTATATGCGCGCATTGCTGTTTTAGATTTGTGAATTTTTTGTTGCGAGTATATCATCTTGTTTCTCTGGTTTCCTT
TTTGTGCTGTATATTTCGTTTTTTCTCATTACTGTAGTGTTTAATGTTTCTTTATTTTTAACAATCTTGCCTCGCTTTTCTGGCATTTTAATGTTGAGAGATTAAAACCTCCACATGTACGATTTGTATCGGTGTTTGAGGCTCCGCTGTGGTTGATTAAATATTCCAACCAGGCACAGAGTTTGAGAGATATTCTTCAG
GATTACCGGgtaaggaaattgtccctaaacaatatttttcaggttattgccaagtttttattagaaatcagggtttattagatatcaaagggtctgtaaagttaaatgcattgattcttctctgaagcgatgtttctagcgttatacatttatttttcaagtttatgctcttcttgtattactaggactgtaatttaatt
aatgtaaatttctagTCTCTAGCAGCTCCAGAGGATTTGTTTAAATTGAAGCCACTAACACGCTGCTACAGAGGATGGGTTTTTCGTGCATTTGAGAGACCCAGGTGAATAATGCTTCAGACTCATTCACTGTTTTGACAAATTGATGCACAACTTATTGTAATATAGAGTGGTATTCAATTATTCACATATTTAAATGT
TAATATATAATAGATAATTCAAGTTTATTCTCTTCTTATATTCCTAGGACTGCAATTTAATTAAATATAAATTGCTAGTTTCTGGCAGCTCCAGAGGATTTGTCTAAATTGAAGCCACTAACATGCTGCTACAGAGGATAGGTTTTTCATGCATTGGAGAAATCCAGGTGAACACTATTTCAAACCCATTCACTGTTTTT
GCAACTATTTCAAACCCATTCACTGTTTTTGCAAATTGATGCACAACTTAATGCAATATAGAACGGCATAGAATTAAAAATGATATGAACAGGGAGAAAAGAAGTAAATAGTAGTTATAGAATGGTGTTCAATTTAGCAACACAGAAAAATGATGGTAGCATAGCTTATTCAACCTTCATATATTTTGTATTTTTATTTG
CTTTCCATATATATATGCTAACTTGAATACGTGCTAAATAATACACTTCAATATATGTATAATTTTGAAAACCCTAGGTCTAAATAATACACTTCAATATATGTATAATTTTGAAAACCCTAGGTTTAATTAATATATAGTAGAAGTATTTTGAAAACCATAGGGTTAATTAATTAATGGAGTTGTATCTATCATTCTAG
CTTAATATATGTTATATTTTTTAAGACCCTAGGTTTAAATAATAGATAAAATAGAAATCAAATTGAGGCAGCTGGAGCGTTGGACTTTTAGGAGGTGAAAATTAGTTTGTTCTGCTGCTTCTTAACCCTAAATGTTTCAAGCAACTAAATCTTTTGACTGGAATTTTTTTATCATTTTGATCTGGATAAAATGGCTCCAT
TTTAGTTATAGAAGCACGACCAGATCTACATGTTTTTGAAATGTCTTAGCTTAAGAAAGTGCAGATGGTACTCAGCATATAGATTAGAATAGGGTAACACTTAACTCATAAAGCAAATTTAACAAAATTATTCTGTGTGGAAAATCAAGGGGGTTAGGTCCACACGCTTTTGTCCGAAAAGCTATGCTGCAAATCGTTTT
CTAGATGGTGTAGGACTTGAAGCCACAATGGCTTGAAGGGCGATGGCAGATAGGGTAGTAGTAGTACTTATACATTGAACGTATGACATTAGGATAGCGAGTACCCGTTCATATATTAAAGGTTTCATATATATGCTGCAAATCGAACAACCTAAAATAAAGGTATAGGAGATTAGCATTATATAAAGGAGTGAAGAGAC
ATAGACAATGTTATAAATATGAATTGAACATATAGATTAGAATAACATAGCATCATAATGAACAAATTTACTCCATATGAAGAATTCATGTGGATCTTCGTTTCTATATTCTCCATTTTTCTTAAATGTACATTCAGCATCCATGTTCTCCATGTTTATGTATAGAATCCATGTGGTTACCCTTTTTTCTCTCTATGTGT
ACCACTAATTGTGGGAGGGCACAGACCTGTATTTATTTCCATGTGATTGTGGGAGGCATTGGCCTAATTGTGGGAGGGCACAGACCTGTATTTATTTCCATGTGATTGTGGGAGGCATTGGCCTAAACTTTTGAGGCTATAGGTCAATTGAATTCCAAATCAGGAGAAGTGGCAAGGTAGAAATAGTACTACTCATCAAT
TGAATTCTAAACTACTAGAAGTGGAAGGGGAAGTGACCTTATGACCTTGGTTAGTGGGAGATTACACATCAAGTTGGAGGAGGATTGAACTTATGACATTTAGACAATTATTGGTATGTGGTGAGTTGGAAGTGCTTCTTCGCTTCTTCTTGAATTTTTCTTGTCAAATAATGAATTTCTGAAGGGTTTGACTACTTCAT
TGACTCTGGTGTACATGATCGTTTACTTTTCTTTATAAGATTAAGTAGTTCATCGGTGAATAGATACAATTAGGTATAATTTCTCGACAATTTTCAAGTGCGTCTTTGCTTTTACTCCTTAATTTTAAGCAGAGCACGGGCACATATACATGAGAAGGCCATCATAGCTCCAAAGTTATCTTTAAACATAATCTGTTCTA
CAAAATTCTACTCGACAAAATTTTTAGACTTTTGATCTCTTTTTTTCAGCTAAATTTGAAACTGAATGATAGTCAAGTCATGCCTAAAAATGACATAGACCCCGTTTCAAGCATTTAGTGCCCAAATAAAAATGTAATAACAAGATCACAGTGGAAATGGGTGAAGAGGCCTCTCTAAGAGAGAATAGTCCCCGTTGTTT
CCTCAAGCAGCATCCTCTAGCATTTAGTGCCCAAATAAAAA
Intron 6 GTGAATAATG ... AAATTGCTAG
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| A1 | 20.81 | 17.4 | 8.7 | 4.7 |
| A2 | 7.72 | 18.6 | 3.7 | 1.7 |
| A3 | 5.15 | 38.8 | 0.7 | 2.2 |
| A4 | 27.5 | 25.3 | 2.3 | 9.7 |
| A5 | 24.5 | 6.1 | 1 | 2.1 |
| A6 | 0.76 | 71.2 | 0 | 0.6 |
| A7 | 6.71 | 63.4 | 2 | 4.6 |
| A8 | 2.26 | 60.4 | 3.4 | 1.4 |
| A9 | 2.11 | 75.3 | 0 | 1.7 |
| A10 | 4.39 | 68.7 | 0 | 3.3 |
>TRINITY_DN125398_c2_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGTCGAATTTCGCCAACTTGTCTAAATGTTCTTTACGGACTTACGGACAAATGTAATGATATCGGTAATTATGGACACATGTAACGAAATAGCTTTTTGCCTAGCTTTTTGGCAGTAGCTTTTTTTTGTCTGTCCGAATCTGTGCCTAGCTTTTTTGCAGTAGCGTTTTTTGTCTGTATATTGTTGCAGGCCTTCAACGGC
TCGAAAACCTCATGTATCTAGCCGTTGGGTGCTTGCTGTCTATTTAAACACATTTAACTTTGAGAAATTGTAACCATATTTTCTGTGTTTTCTTGGTTTTGCTTGCGCTTCCTTTCTTTCCTGATTATATGCGCGCATTGCTGTTTTAGATTTGTGAATTTTTTGTTGCGAGTATATCATCTTGTTTCTCTGGTTTCCTT
TTTGTGCTGTATATTTCGTTTTTTCTCATTACTGTAGTGTTTAATGTTTCTTTATTTTTAACAATCTTGCCTCGCTTTTCTGGCATTTTAATGTTGAGAGATTAAAACCTCCACATGTACGATTTGTATCGGTGTTTGAGGCTCCGCTGTGGTTGATTAAATATTCCAACCAGGCACAGAGTTTGAGAGATATTCTTCAG
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GGTCTCGAAGGACTTGCTCAAGCTTTATGCATAAATTTTTGGAAAAGATGACTGCCCTAACTATAAATTTTTGGACCTACCAATCAATTCTATGTTGAAGATGCATGTAAAGCCTGACGTATGAAGATGCATTTCCAAAATATCGAACAAGCAGTGGGATACTCAGACCTAATTCACACTTAATTTTGATGTGCTCGTTA
TTTACACGTTATTTAGCATGCCTTACAGTTTTGCTTCACTTTTGCTTATGCTTTTAAAGCTTATTAGCTGACTATGTGTTATTAGCTCCTGGAAGCCGCATAGCACAGTCCAAGTTTTGTATGGTTACTAAAATCAAAGGTATCTCTTTTCACTCTCTTTTCCAGTCTCATGCTGTACAAGAATTGGCAAAAATGTATTT
TCAGATATTATTGGCAACAATGCTGATGGTAATAGTTCAGTAGTTGACAACAAAGTTGAGAAATCAGAGAAATTTTCAAGTTTAAATCTTGATAGTCCATTCGATGTTTATGGTTTTAGATCTTAAAAATTTTCCAGTGGAAGTGTTCTTTAATTTCGTCATGTTTGTGTGGAGTGCATATTAACTCTTTAGGAAATTGT
GACTGTTGTTGATTCGAAAGATGGCTAGGGTGTGGAAATCTCTTGTTATGAAACTCACTGTTGTGCACCTGTTGTGGTATGGAGTGGGTATGGACGTGGTATGGACCTTCCTTATACGGTGATGATAAAACGTATTGCTGTGGTTTGGAACACTTATAAGTTATGGACTATATACCTTGGTGATACCTTGAGAGAGAATA
TAACAGTTTGACCACGAGTTTGACAAGTTCGTCTTCTTGGCCCTTGCCAGCCCTTGCCTCTTCACCGTGTCTTCACCACAAAACCCTGGCCTCAAGCAATGCGATTTCCCTGCGACTCTGGTAAGCCCGAGCCTTGCCTCATTGCCATTTCGCGGATATTTGTCAGCCCGCCCGAGCCTTGCCTTTTCATGATTATTTAA
TACCCCAATTTGTTTCCAATGTGTTTGACGAAATGTTGATGTGAATGCAAATTGGTTGTGAAAGTTATAATTCAGTGTAATATTGTTATCTGTTTGAACTTG
>TRINITY_DN125398_c2_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCGAATTTCGCCAACTTGTCTAAATGTTCTTTACGGACTTACGGACAAATGTAATGATATCGGTAATTATGGACACATGTAACGAAATAGCTTTTTGCCTAGCTTTTTGGCAGTAGCTTTTTTTTGTCTGTCCGAATCTGTGCCTAGCTTTTTTGCAGTAGCGTTTTTTGTCTGTATATTGTTGCAGGCCTTCAACGGC
TCGAAAACCTCATGTATCTAGCCGTTGGGTGCTTGCTGTCTATTTAAACACATTTAACTTTGAGAAATTGTAACCATATTTTCTGTGTTTTCTTGGTTTTGCTTGCGCTTCCTTTCTTTCCTGATTATATGCGCGCATTGCTGTTTTAGATTTGTGAATTTTTTGTTGCGAGTATATCATCTTGTTTCTCTGGTTTCCTT
TTTGTGCTGTATATTTCGTTTTTTCTCATTACTGTAGTGTTTAATGTTTCTTTATTTTTAACAATCTTGCCTCGCTTTTCTGGCATTTTAATGTTGAGAGATTAAAACCTCCACATGTACGATTTGTATCGGTGTTTGAGGCTCCGCTGTGGTTGATTAAATATTCCAACCAGGCACAGAGTTTGAGAGATATTCTTCAG
GATTACCGGGTAAGGAAATTGTCCCTAAACAATATTTTTCAGGTTATTGCCAAGTTTTTATTAGAAATCAGGGTTTATTAGATATCAAAGGGTCTGTAAAGTTAAATGCATTGATTCTTCTCTGAAGCGATGTTTCTAGCGTTATACATTTATTTTTCAAGTTTATGCTCTTCTTGTATTACTAGGACTGTAATTTAATT
AATGTAAATTTCTAGTCTCTAGCAGCTCCAGAGGATTTGTTTAAATTGAAGCCACTAACACGCTGCTACAGAGGATGGGTTTTTCGTGCATTTGAGAGACCCAGgtgaataatgcttcagactcattcactgttttgacaaattgatgcacaacttattgtaatatagagtggtattcaattattcacatatttaaatgt
taatatataatagataattcaagtttattctcttcttatattcctaggactgcaatttaattaaatataaattgctagTTTCTGGCAGCTCCAGAGGATTTGTCTAAATTGAAGCCACTAACATGCTGCTACAGAGGATAGGTTTTTCATGCATTGGAGAAATCCAGGTGAACACTATTTCAAACCCATTCACTGTTTTT
GCAACTATTTCAAACCCATTCACTGTTTTTGCAAATTGATGCACAACTTAATGCAATATAGAACGGCATAGAATTAAAAATGATATGAACAGGGAGAAAAGAAGTAAATAGTAGTTATAGAATGGTGTTCAATTTAGCAACACAGAAAAATGATGGTAGCATAGCTTATTCAACCTTCATATATTTTGTATTTTTATTTG
CTTTCCATATATATATGCTAACTTGAATACGTGCTAAATAATACACTTCAATATATGTATAATTTTGAAAACCCTAGGTCTAAATAATACACTTCAATATATGTATAATTTTGAAAACCCTAGGTTTAATTAATATATAGTAGAAGTATTTTGAAAACCATAGGGTTAATTAATTAATGGAGTTGTATCTATCATTCTAG
CTTAATATATGTTATATTTTTTAAGACCCTAGGTTTAAATAATAGATAAAATAGAAATCAAATTGAGGCAGCTGGAGCGTTGGACTTTTAGGAGGTGAAAATTAGTTTGTTCTGCTGCTTCTTAACCCTAAATGTTTCAAGCAACTAAATCTTTTGACTGGAATTTTTTTATCATTTTGATCTGGATAAAATGGCTCCAT
TTTAGTTATAGAAGCACGACCAGATCTACATGTTTTTGAAATGTCTTAGCTTAAGAAAGTGCAGATGGTACTCAGCATATAGATTAGAATAGGGTAACACTTAACTCATAAAGCAAATTTAACAAAATTATTCTGTGTGGAAAATCAAGGGGGTTAGGTCCACACGCTTTTGTCCGAAAAGCTATGCTGCAAATCGTTTT
CTAGATGGTGTAGGACTTGAAGCCACAATGGCTTGAAGGGCGATGGCAGATAGGGTAGTAGTAGTACTTATACATTGAACGTATGACATTAGGATAGCGAGTACCCGTTCATATATTAAAGGTTTCATATATATGCTGCAAATCGAACAACCTAAAATAAAGGTATAGGAGATTAGCATTATATAAAGGAGTGAAGAGAC
ATAGACAATGTTATAAATATGAATTGAACATATAGATTAGAATAACATAGCATCATAATGAACAAATTTACTCCATATGAAGAATTCATGTGGATCTTCGTTTCTATATTCTCCATTTTTCTTAAATGTACATTCAGCATCCATGTTCTCCATGTTTATGTATAGAATCCATGTGGTTACCCTTTTTTCTCTCTATGTGT
ACCACTAATTGTGGGAGGGCACAGACCTGTATTTATTTCCATGTGATTGTGGGAGGCATTGGCCTAATTGTGGGAGGGCACAGACCTGTATTTATTTCCATGTGATTGTGGGAGGCATTGGCCTAAACTTTTGAGGCTATAGGTCAATTGAATTCCAAATCAGGAGAAGTGGCAAGGTAGAAATAGTACTACTCATCAAT
TGAATTCTAAACTACTAGAAGTGGAAGGGGAAGTGACCTTATGACCTTGGTTAGTGGGAGATTACACATCAAGTTGGAGGAGGATTGAACTTATGACATTTAGACAATTATTGGTATGTGGTGAGTTGGAAGTGCTTCTTCGCTTCTTCTTGAATTTTTCTTGTCAAATAATGAATTTCTGAAGGGTTTGACTACTTCAT
TGACTCTGGTGTACATGATCGTTTACTTTTCTTTATAAGATTAAGTAGTTCATCGGTGAATAGATACAATTAGGTATAATTTCTCGACAATTTTCAAGTGCGTCTTTGCTTTTACTCCTTAATTTTAAGCAGAGCACGGGCACATATACATGAGAAGGCCATCATAGCTCCAAAGTTATCTTTAAACATAATCTGTTCTA
CAAAATTCTACTCGACAAAATTTTTAGACTTTTGATCTCTTTTTTTCAGCTAAATTTGAAACTGAATGATAGTCAAGTCATGCCTAAAAATGACATAGACCCCGTTTCAAGCATTTAGTGCCCAAATAAAAATGTAATAACAAGATCACAGTGGAAATGGGTGAAGAGGCCTCTCTAAGAGAGAATAGTCCCCGTTGTTT
CCTCAAGCAGCATCCTCTAGCATTTAGTGCCCAAATAAAAA