sp|Q8L6Y1|UBP14_ARATH ----> Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14
Intron 1 GTAACCGTTG ... AACATGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.78 | 98.1 | 29.1 | 39.1 |
| A2 | 20.59 | 87.5 | 19.1 | 26.3 |
| A3 | 23.75 | 103.3 | 37.1 | 27.3 |
| A4 | 17.36 | 107.3 | 20.1 | 25 |
| A5 | 22.1 | 39.1 | 14.1 | 8.1 |
| A6 | 12.89 | 41.4 | 2.1 | 10.1 |
| A7 | 10.8 | 171.5 | 14.2 | 27.4 |
| A8 | 11.08 | 40.1 | 4 | 6 |
| A9 | 9.27 | 99.3 | 5 | 15.3 |
| A10 | 11.16 | 108.1 | 8.1 | 19.1 |
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i20 from sample A1 / Example spliced isoformAATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCTTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTTCCATGACCAGAACTCTACGG
CGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGAAAAGGAAGGTGTTCGCCCGC
CACAGTTTTCTTCTTTAAGGTCGCAAATGCTATCACTGGATGCAATGTAGTGACATCGACATGTTCTGTGTTGCTTTTAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACT
CCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACTCCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCACATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCG
AGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCCATTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATATGCAATGAACTTGC
AACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAAGGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAGTAAAGCTTGGTACC
ATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGGTAATGAATGTTTACATTTTCAGCTAAATTTTTCTCATTTATCTGTGATTGATAGCT
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCTTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTTCCATGACCAGAACTCTACGG
CGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGAAAAGGAAGGTGTTCGCCCGC
CACAGTTTTCTTCTTTAAGGTCGCAAATGCTATCACTGGATGCAATGTAGTGACATCGACATGTTCTGTGTTGCTTTTAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACT
CCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACTCCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCACATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATGGTTCATTAAAGGTCATCGCT
TTTTTCTTCCAGGGAGAAGATGCCCCTGGCACTCCGCTAATATTACTTGCTATTGGCATATTCTGGTTATTAAATATTATTTAATTTCATTTTGAGAGCTGGTTAGACAAGTTTGTTGTAGAGTACTTGGGACAGATCTCTGGTTCAGATAGTTTCAAACCCTTTGTTACACAAGATTGTGCTGCAAGGATTTGTAAGTT
ACGGTTGTTTTTATGTCATTTTCTCTATCTAGCAAAGTAAAAAATGCTCTAGAAGAACTCTTGAAAATTTTGGCTTGGCGAAGGGAAAGCTATAAAGATAAAATTGTACTTCTGCTTCAAACAGTGAATAGGGCTAGATGCTGTGTCTATTACTTTATTGTGCGTATATTCTGATTCACTGTAGATTTATGAAGAGAAGG
GTGCTGAGAGAATTTGTTTGTTTATCTTGTTTATGTGTATTCTTTGTACACATTGCGTTGCATGCTTTACAATTGCCTTTCCCAGGTAATTGTAGATGCAGCTGGCCATTGTTTTGTCCAGGTTATGTTCAAATCATCTCAGTGAAAAAATATGCGATAAAGAAATATACATCCAACAGTTTATGTATTTGCTGGTTCTT
GTAGTTCTGCGGAGGTTGTCTTACTTGTGGTAGCTCTGCCTACATGCCTCTTTTCAAAATTAATTATGATTCACAGATCATTTGTCTCTTGTATCTGAGTAATGCATCTATGCAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCGAGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCC
ATTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGgtaaccgttgtagaggctgttttacactgaccattgtctctaattagaagagcttaatatccagttgaatataataatttatggcaaccacctctgtagttcctaaaagcacagaatttagtggatttaatttttgttatgttacaagtcttaacaaaagtatgcatgcaat
gtcctttcactcaggggaggcttaattaaatttagcaagttgttgaaatggctctaacttgactttcacgtgtctaataatggaaattgtagtttgaagtttgtggttgagaggtaaagcataaatccatttcattaagtggaaacttatatgactttctattattgattttttctttttcatgcatttgaatgctttaa
acatgtcagGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATATGCAATGAACTTGCAACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAAGGTTGACAATTTGTGGCT
CAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAGTAAAGCTTGGTACCATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGATGTTTATTCTTACCCTGAGGATGAAACTGTTGAAGATCCTCTATTAGCTCAAC
ATTTATCATTTTTTGGTATTGACTTCTCATCTTTGAAAAAGACGGAGTTGACAACCGCTGAAAAGGAACTGGATCAGAATACAAACTTTGATTGGAATCGTATTCAAGAAAGTGGCAAGGAATCAGAGCCTCTATTTGGGCCTGGTTATACAGGACTTATCAATCTTGGAAACAGTTGTTACTTGGCATCTATCATGCAA
ACAGTATTCTCCACAAGGGATTTTAGCCTGCGTTATTTTGGAACTCAAAAATTGGATGAAGCTTTTGAAAGGGCTCCTGCAGATCCAACTGTTGACTTGAATACACAGCTGGTGAAACTTGGACATGGGTTGCTCTCTGGCAAGTATTCAACTCCTGTTAAAGAGGCTTGTGAGGCAGATGACTGTGAGAATGCGACCTT
GAAACCTAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCATCCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCATTGGAGTTCTTTCAACATCTACTTGACCATGTTGAGCGAAACAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAGTTTTGCGTTGAAGAGCGAATTC
TTTGCCCATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATATTCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGATGAGGTAGCGGCATTTGAGAAGAAAAAAACAGAGAAGGAATTGGCAGGAGAGAAATTTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCAGCATGTCTAGCGAGT
TTCTCAGCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGTTAAAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGTCATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATAT
GCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAAAGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTCACATGGAGGACCCAG
ATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTAATAGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGATTCTGTTGGCATGGAC
CTGGATGCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACATGGGCACGTCTACTCAGTGTGGACACTACGTAGCACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTCATGTGAACCTCCCAA
GGATATGGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGACATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGCGCCTTTGGAAGAGTGAGGCATTGCCTTTCCTAACACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTATACATGAAGAGTCCAA
TATTGTTTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCCATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAGTCTTGGAAACCAATCTAAAATTCGTCCAATTAATGGTCACTATTTGGTAGCAGTAGC
Intron 2 GTATTGGTTT ... TGGGTATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.84 | 66 | 23 | 4 |
| A2 | 18.56 | 79 | 18 | 5 |
| A3 | 26.05 | 88 | 31 | 0 |
| A4 | 22.39 | 104 | 30 | 9 |
| A5 | 25.53 | 35 | 12 | 0 |
| A6 | 17.65 | 70 | 15 | 1 |
| A7 | 18.9 | 103 | 24 | 0 |
| A8 | 19.57 | 74 | 18 | 1 |
| A9 | 20.31 | 102 | 26 | 0 |
| A10 | 20.54 | 89 | 23 | 0 |
>TRINITY_DN105573_c0_g3_i7 from sample A4 / Example spliced isoformAATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCTTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTTCCATGACCAGAACTCTACGG
CGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGAAAAGGAAGGTGTTCGCCCGC
CACAGTTTTCTTCTTTAAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACTCCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACT
CCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCACATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCGAGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCCA
TTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATATGCAATGAACTTGCAACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAA
GGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAGTAAAGCTTGGTACCATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGGAATCAGTTAAGCAAGTGACTGAATATCTATGAACT
CGCTACCTTAAGGACAATTGCATTGATTCTAAGACTCAGTACAAAGTACTCGTCATGTGTTCATTCATTAATGCTATTTGTATACTCTATCTACATCAGCATTTTTCTGAGGTTGGCTTTTTGTTTTGGGCCAAGATTGTCATTCCCCAAAGCAATATGAAATGGTGGGGGTGGTGTAAAACAAATTGACTATCAATTTT
CGCGATAACTATTTTGAAAAAATGTATGTATGTGTTATTTGGGTATCTTAGTTAAAATTGTTTATTGTTAATAAAAAGAGGTTAGTTTTATTTCATATTTTTAAGTTTTTAACACGTTTATTTTATTGTGGTTCACTTAGATGTTTATTCTTACCCTGAGGATGAAACTGTTGAAGATCCTCTATTAGCTCAACATTTAT
CATTTTTTGGTATTGACTTCTCATCTTTGAAAAAGACGGAGTTGACAACCGCTGAAAAGGAACTGGATCAGAATACAAACTTTGATTGGAATCGTATTCAAGAAAGTGGCAAGGAATCAGAGCCTCTATTTGGGCCTGGTTATACAGGACTTATCAATCTTGGAAACAGTTGTTACTTGGCATCTATCATGCAAACAGTA
TTCTCCACAAGGGATTTTAGCCTGCGTTATTTTGGAACTCAAAAATTGGATGAAGCTTTTGAAAGGGCTCCTGCAGATCCAACTGTTGACTTGAATACACAGCTGGTGAAACTTGGACATGGGTTGCTCTCTGGCAAGTATTCAACTCCTGTTAAAGAGGCTTGTGAGGCAGATGACTGTGAGAATGCGACCTTGAAACC
TAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCATCCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCATTGGAGTTCTTTCAACATCTACTTGACCATGTTGAGCGAAGCAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAGTTTTGCGTTGAAGAGCGAATTCTTTGCC
CATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATATTCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGATGAGGTAGCGGCATTTGAGAAGAAAAAAACAGAGAAGGAATTGGCAGGAGAGAAATTTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCAGCATGTCTAGCGAGTTTCTCA
GCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGTTAAAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGTCATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATATGCATAG
CAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAAAGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTCACATGGAGGACCCAGATATTG
ATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTAATAGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGATTCTGTTGGCATGGACCTGGAT
GCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACATGGGCACGTCTACTCAGTGTGGACACTACGTAGCACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTCATGTGAACCTCCCAAGGATAT
GGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGACATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGCGCCTTTGGAAGAGTGAGGCATTGCCTTTCCTAACACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTATACATGAAGAGTCCAATATTGT
TTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCCATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAGTCTTGGAAACCAATCTAAAATTCGTCCAATTAATGGTCACTATTTGGTAGCAGTAGCAGGC
>TRINITY_DN105573_c0_g3_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:AATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCTTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTTCCATGACCAGAACTCTACGG
CGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGAAAAGGAAGGTGTTCGCCCGC
CACAGTTTTCTTCTTTAAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACTCCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACT
CCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCACATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCGAGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCCA
TTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATATGCAATGAACTTGCAACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAA
GGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAGTAAAGCTTGGTACCATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGATGTTTATTCTTACCCTGAGGATGAAACTGTTGAAG
ATCCTCTATTAGCTCAACATTTATCATTTTTTGGTATTGACTTCTCATCTTTGAAAAAGACGGAGTTGACAACCGCTGAAAAGGAACTGGATCAGAATACAAACTTTGATTGGAATCGTATTCAAGAAAGTGGCAAGGAATCAGAGCCTCTATTTGGGCCTGGTTATACAGGACTTATCAATCTTGGAAACAGTTGTTAC
TTGGCATCTATCATGCAAACAGTATTCTCCACAAGGGATTTTAGCCTGCGTTATTTTGGAACTCAAAAATTGGATGAAGCTTTTGAAAGGGCTCCTGCAGATCCAACTGTTGACTTGAATACACAGCTGGTGAAACTTGGACATGGGTTGCTCTCTGGCAAGTATTCAACTCCTGTTAAAGAGgtattggtttcgttatt
ctgtcctcactgtttgtctcttctttgttggaatcaatctaatgatgaataccttgatatttggttctgtgggtatcagGCTTGTGAGGCAGATGACTGTGAGAATGCGACCTTGAAACCTGTAAGTATTTTTCCATGTTTCATGTATAAATAGTTGCAGCTTTGCAAGTTACTGGTGTCATAAGAAGGAAGAAATGCCA
TTTGAAGGATATATATATATATGACATTGGTCATTAATTATATGACATCAGTGCATATTGCCTATGATTGTGTGTTTGCATCATGGTAACTGTAGTATCAGTTTGATTAGCCGAGTGTCCAATAAATTAATCATGAAACTATTGTTTTACTTTTGTTTTAAG
Intron 3 GTATGTATGT ... GTTCACTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.62 | 35 | 8 | 26 |
| A2 | 48.78 | 21 | 4 | 20 |
| A3 | 46.77 | 33 | 0 | 29 |
| A4 | 52.27 | 21 | 2 | 23 |
| A5 | 52.94 | 8 | 3 | 9 |
| A6 | 50 | 15 | 0 | 15 |
| A7 | 49.47 | 48 | 0 | 47 |
| A8 | 44 | 14 | 0 | 11 |
| A9 | 47.17 | 28 | 0 | 25 |
| A10 | 48.33 | 31 | 1 | 29 |
>TRINITY_DN105573_c0_g3_i6 from sample A4 / Example spliced isoformAATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCTTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTTCCATGACCAGAACTCTACGG
CGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGAAAAGGAAGGTGTTCGCCCGC
CACAGTTTTCTTCTTTAAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACTCCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACT
CCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCACATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCGAGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCCA
TTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATATGCAATGAACTTGCAACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAA
GGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAGTAAAGCTTGGTACCATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGATTGTCATTCCCCAAAGCAATATGAAATGGTGGGGG
TGGTGTAAAACAAATTGACTATCAATTTTCGCGATAACTATTTTGAAAAAATATGTTTATTCTTACCCTGAGGATGAAACTGTTGAAGATCCTCTATTAGCTCAACATTTATCATTTTTTGGTATTGACTTCTCATCTTTGAAAAAGACGGAGTTGACAACCGCTGAAAAGGAACTGGATCAGAATACAAACTTTGATTG
GAATCGTATTCAAGAAAGTGGCAAGGAATCAGAGCCTCTATTTGGGCCTGGTTATACAGGACTTATCAATCTTGGAAACAGTTGTTACTTGGCATCTATCATGCAAACAGTATTCTCCACAAGGGATTTTAGCCTGCGTTATTTTGGAACTCAAAAATTGGATGAAGCTTTTGAAAGGGCTCCTGCAGATCCAACTGTTG
ACTTGAATACACAGCTGGTGAAACTTGGACATGGGTTGCTCTCTGGCAAGTATTCAACTCCTGTTAAAGAGGCTTGTGAGGCAGATGACTGTGAGAATGCGACCTTGAAACCTAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCATCCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCA
TTGGAGTTCTTTCAACATCTACTTGACCATGTTGAGCGAAGCAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAGTTTTGCGTTGAAGAGCGAATTCTTTGCCCATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATATTCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGATGAGGT
AGCGGCATTTGAGAAGAAAAAAACAGAGAAGGAATTGGCAGGAGAGAAATTTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCAGCATGTCTAGCGAGTTTCTCAGCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGTTAAAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTG
ATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGTCATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATATGCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCA
GCCATGGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAAAGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTCACATGGAGGACCCAGATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGG
ATTTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTAATAGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGATTCTGTTGGCATGGACCTGGATGCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACA
TGGGCACGTCTACTCAGTGTGGACACTACGTAGCACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTCATGTGAACCTCCCAAGGATATGGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGACATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGC
GCCTTTGGAAGAGTGAGGCATTGCCTTTCCTAACACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTATACATGAAGAGTCCAATATTGTTTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCCATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAG
TCTTGGAAACCAATCTAAAATTCGTCCAATTAATGGTCACTATTTGGTAGCAGTAGCAGGC
>TRINITY_DN105573_c0_g3_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:AATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCTTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTTCCATGACCAGAACTCTACGG
CGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGAAAAGGAAGGTGTTCGCCCGC
CACAGTTTTCTTCTTTAAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACTCCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACT
CCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCACATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCGAGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCCA
TTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATATGCAATGAACTTGCAACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAA
GGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAGTAAAGCTTGGTACCATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGGAATCAGTTAAGCAAGTGACTGAATATCTATGAACT
CGCTACCTTAAGGACAATTGCATTGATTCTAAGACTCAGTACAAAGTACTCGTCATGTGTTCATTCATTAATGCTATTTGTATACTCTATCTACATCAGCATTTTTCTGAGGTTGGCTTTTTGTTTTGGGCCAAGATTGTCATTCCCCAAAGCAATATGAAATGGTGGGGGTGGTGTAAAACAAATTGACTATCAATTTT
CGCGATAACTATTTTGAAAAAATgtatgtatgtgttatttgggtatcttagttaaaattgtttattgttaataaaaagaggttagttttatttcatatttttaagtttttaacacgtttattttattgtggttcacttagATGTTTATTCTTACCCTGAGGATGAAACTGTTGAAGATCCTCTATTAGCTCAACATTTAT
CATTTTTTGGTATTGACTTCTCATCTTTGAAAAAGACGGAGTTGACAACCGCTGAAAAGGAACTGGATCAGAATACAAACTTTGATTGGAATCGTATTCAAGAAAGTGGCAAGGAATCAGAGCCTCTATTTGGGCCTGGTTATACAGGACTTATCAATCTTGGAAACAGTTGTTACTTGGCATCTATCATGCAAACAGTA
TTCTCCACAAGGGATTTTAGCCTGCGTTATTTTGGAACTCAAAAATTGGATGAAGCTTTTGAAAGGGCTCCTGCAGATCCAACTGTTGACTTGAATACACAGCTGGTGAAACTTGGACATGGGTTGCTCTCTGGCAAGTATTCAACTCCTGTTAAAGAGGCTTGTGAGGCAGATGACTGTGAGAATGCGACCTTGAAACC
TAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCATCCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCATTGGAGTTCTTTCAACATCTACTTGACCATGTTGAGCGAAGCAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAGTTTTGCGTTGAAGAGCGAATTCTTTGCC
CATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATATTCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGATGAGGTAGCGGCATTTGAGAAGAAAAAAACAGAGAAGGAATTGGCAGGAGAGAAATTTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCAGCATGTCTAGCGAGTTTCTCA
GCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGTTAAAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGTCATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATATGCATAG
CAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAAAGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTCACATGGAGGACCCAGATATTG
ATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTAATAGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGATTCTGTTGGCATGGACCTGGAT
GCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACATGGGCACGTCTACTCAGTGTGGACACTACGTAGCACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTCATGTGAACCTCCCAAGGATAT
GGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGACATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGCGCCTTTGGAAGAGTGAGGCATTGCCTTTCCTAACACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTATACATGAAGAGTCCAATATTGT
TTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCCATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAGTCTTGGAAACCAATCTAAAATTCGTCCAATTAATGGTCACTATTTGGTAGCAGTAGCAGGC
Intron 4 GTTCGTTAGC ... CGAGGAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.53 | 70 | 27 | 21 |
| A2 | 23.81 | 80 | 31 | 19 |
| A3 | 19.05 | 102 | 22 | 26 |
| A4 | 19.79 | 75 | 16 | 21 |
| A5 | 25.52 | 54 | 26 | 11 |
| A6 | 28 | 18 | 8 | 6 |
| A7 | 17.46 | 78 | 22 | 11 |
| A8 | 23.08 | 20 | 7 | 5 |
| A9 | 10.96 | 65 | 8 | 8 |
| A10 | 14.94 | 74 | 14 | 12 |
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i20 from sample A1 / Example spliced isoformAATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCTTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTTCCATGACCAGAACTCTACGG
CGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGAAAAGGAAGGTGTTCGCCCGC
CACAGTTTTCTTCTTTAAGGTCGCAAATGCTATCACTGGATGCAATGTAGTGACATCGACATGTTCTGTGTTGCTTTTAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACT
CCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACTCCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCACATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCG
AGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCCATTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATATGCAATGAACTTGC
AACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAAGGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAGTAAAGCTTGGTACC
ATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGGTAATGAATGTTTACATTTTCAGCTAAATTTTTCTCATTTATCTGTGATTGATAGCT
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGCAAATGCTATCACTGGATGCAATGTAGTGACATCGACATGTTCTGTGTTGCTTTTAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACTCCGgttcgttagctgcctcta
ctaaattttggtttatgggattgggtcgctgtttttcatcttctgtccttttgggtttttggtgaaattaattactgtctgttttccgaggagcagAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACTCCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCA
CATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATGGTTCATTAAAGGTCATCGCTTTTTTCTTCCAGGGAGAAGATGCCCCTGGCACTCCGCTAATATTACTTGCTATTGGCATATTCTGGTTATTAAATATTATTTAATTTCATTTTGAGAGCTGGTTAGA
CAAGTTTGTTGTAGAGTACTTGGGACAGATCTCTGGTTCAGATAGTTTCAAACCCTTTGTTACACAAGATTGTGCTGCAAGGATTTGTAAGTTACGGTTGTTTTTATGTCATTTTCTCTATCTAGCAAAGTAAAAAATGCTCTAGAAGAACTCTTGAAAATTTTGGCTTGGCGAAGGGAAAGCTATAAAGATAAAATTGT
ACTTCTGCTTCAAACAGTGAATAGGGCTAGATGCTGTGTCTATTACTTTATTGTGCGTATATTCTGATTCACTGTAGATTTATGAAGAGAAGGGTGCTGAGAGAATTTGTTTGTTTATCTTGTTTATGTGTATTCTTTGTACACATTGCGTTGCATGCTTTACAATTGCCTTTCCCAGGTAATTGTAGATGCAGCTGGCC
ATTGTTTTGTCCAGGTTATGTTCAAATCATCTCAGTGAAAAAATATGCGATAAAGAAATATACATCCAACAGTTTATGTATTTGCTGGTTCTTGTAGTTCTGCGGAGGTTGTCTTACTTGTGGTAGCTCTGCCTACATGCCTCTTTTCAAAATTAATTATGATTCACAGATCATTTGTCTCTTGTATCTGAGTAATGCAT
CTATGCAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCGAGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCCATTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTAACCGTTGTAGAGGCTGTTTTACACTGACCATTGTCTCTAATTAGAAGAGCTTAATATCCAGTTGAATATAATAATT
TATGGCAACCACCTCTGTAGTTCCTAAAAGCACAGAATTTAGTGGATTTAATTTTTGTTATGTTACAAGTCTTAACAAAAGTATGCATGCAATGTCCTTTCACTCAGGGGAGGCTTAATTAAATTTAGCAAGTTGTTGAAATGGCTCTAACTTGACTTTCACGTGTCTAATAATGGAAATTGTAGTTTGAAGTTTGTGGT
TGAGAGGTAAAGCATAAATCCATTTCATTAAGTGGAAACTTATATGACTTTCTATTATTGATTTTTTCTTTTTCATGCATTTGAATGCTTTAAACATGTCAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATA
TGCAATGAACTTGCAACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAAGGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAG
TAAAGCTTGGTACCATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGATGTTTATTCTTACCCTGAGGATGAAACTGTTGAAGATCCTCTATTAGCTCAACATTTATCATTTTTTGGTATTGACTTCTCATCTTTGAAAAAGACGGAGTTGACAACCGCTGAAAAGGAACTGGATCAGAATACAAACTTTGATTGGAATCGTATTCAA
GAAAGTGGCAAGGAATCAGAGCCTCTATTTGGGCCTGGTTATACAGGACTTATCAATCTTGGAAACAGTTGTTACTTGGCATCTATCATGCAAACAGTATTCTCCACAAGGGATTTTAGCCTGCGTTATTTTGGAACTCAAAAATTGGATGAAGCTTTTGAAAGGGCTCCTGCAGATCCAACTGTTGACTTGAATACACA
GCTGGTGAAACTTGGACATGGGTTGCTCTCTGGCAAGTATTCAACTCCTGTTAAAGAGGCTTGTGAGGCAGATGACTGTGAGAATGCGACCTTGAAACCTAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCATCCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCATTGGAGTTCTTTC
AACATCTACTTGACCATGTTGAGCGAAACAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAGTTTTGCGTTGAAGAGCGAATTCTTTGCCCATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATATTCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGATGAGGTAGCGGCATTTGAG
AAGAAAAAAACAGAGAAGGAATTGGCAGGAGAGAAATTTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCAGCATGTCTAGCGAGTTTCTCAGCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGTTAAAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACT
ACATATGCGGAAGTTTGTCATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATATGCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTC
CTCGACTTCATTGTGAAAAGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTCACATGGAGGACCCAGATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGAT
GTTGCTCGAAAAGCATTAATAGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGATTCTGTTGGCATGGACCTGGATGCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACATGGGCACGTCTAC
TCAGTGTGGACACTACGTAGCACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTCATGTGAACCTCCCAAGGATATGGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGACATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGCGCCTTTGGAAGAG
TGAGGCATTGCCTTTCCTAACACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTATACATGAAGAGTCCAATATTGTTTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCCATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAGTCTTGGAAACCAA
TCTAAAATTCGTCCAATTAATGGTCACTATTTGGTAGCAGTAGC
Intron 5 GTAAGACTTT ... ATGACTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 34.69 | 32 | 17 | 3 |
| A2 | 22.22 | 49 | 14 | 1 |
| A3 | 24.68 | 58 | 19 | 2 |
| A4 | 10.78 | 91 | 11 | 2 |
| A5 | 8 | 23 | 2 | 0 |
| A6 | 15.63 | 81 | 15 | 0 |
| A7 | 20 | 124 | 31 | 0 |
| A8 | 16.81 | 94 | 19 | 0 |
| A9 | 15.7 | 102 | 19 | 0 |
| A10 | 15.04 | 96 | 17 | 0 |
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i19 from sample A1 / Example spliced isoformAGCAATTTGCTTGAAGTTTCTCTTGTTCATGCTTCTTGCTAAGGTGATGCCAGAGTTGTTGGTTTAACACATGCACAAGGAGAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCATCCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCATTGGAGTTCTTTCAACATCTACTTGACCATG
TTGAGCGAAACAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAGTTTTGCGTTGAAGAGCGAATTCTTTGCCCATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATATTCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGATGAGGTAGCGGCATTTGAGAAGAAAAAAACAGAGAAG
GAATTGGCAGGAGAGAAATTTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCAGCATGTCTAGCGAGTTTCTCAGCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGTTAAAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGT
CATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATATGCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAA
AGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTCACATGGAGGACCCAGATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTA
ATAGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGATTCTGTTGGCATGGACCTGGATGCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACATGGGCACGTCTACTCAGTGTGGACACTACGT
AGCACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTCATGTGAACCTCCCAAGGATATGGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGACATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGCGCCTTTGGAAGAGTGAGGCATTGCCTTTCCT
AACACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTATACATGAAGAGTCCAATATTGTTTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCCATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAGTCTTGGAAACCAATCTAAAATTCGTCCAATT
AATGGTCACTATTTGGTAGCAGTAGC
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i17 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCTTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTTCCATGACCAGAACTCTACGG
CGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGAAAAGGAAGGTGTTCGCCCGC
CACAGTTTTCTTCTTTAAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACTCCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACT
CCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCACATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATGGTTCATTAAAGGTCATCGCTTTTTTCTTCCAGGGAGAAGATGCCCCTGGCACTCCGCTAATATTACTTGCTATTGGCATAT
TCTGGTTATTAAATATTATTTAATTTCATTTTGAGAGCTGGTTAGACAAGTTTGTTGTAGAGTACTTGGGACAGATCTCTGGTTCAGATAGTTTCAAACCCTTTGTTACACAAGATTGTGCTGCAAGGATTTGTAAGTTACGGTTGTTTTTATGTCATTTTCTCTATCTAGCAAAGTAAAAAATGCTCTAGAAGAACTCT
TGAAAATTTTGGCTTGGCGAAGGGAAAGCTATAAAGATAAAATTGTACTTCTGCTTCAAACAGTGAATAGGGCTAGATGCTGTGTCTATTACTTTATTGTGCGTATATTCTGATTCACTGTAGATTTATGAAGAGAAGGGTGCTGAGAGAATTTGTTTGTTTATCTTGTTTATGTGTATTCTTTGTACACATTGCGTTGC
ATGCTTTACAATTGCCTTTCCCAGGTAATTGTAGATGCAGCTGGCCATTGTTTTGTCCAGGTTATGTTCAAATCATCTCAGTGAAAAAATATGCGATAAAGAAATATACATCCAACAGTTTATGTATTTGCTGGTTCTTGTAGTTCTGCGGAGGTTGTCTTACTTGTGGTAGCTCTGCCTACATGCCTCTTTTCAAAATT
AATTATGATTCACAGATCATTTGTCTCTTGTATCTGAGTAATGCATCTATGCAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCGAGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCCATTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTAACCGTTGTAGAGGCTGTTTTACACTGACCA
TTGTCTCTAATTAGAAGAGCTTAATATCCAGTTGAATATAATAATTTATGGCAACCACCTCTGTAGTTCCTAAAAGCACAGAATTTAGTGGATTTAATTTTTGTTATGTTACAAGTCTTAACAAAAGTATGCATGCAATGTCCTTTCACTCAGGGGAGGCTTAATTAAATTTAGCAAGTTGTTGAAATGGCTCTAACTTG
ACTTTCACGTGTCTAATAATGGAAATTGTAGTTTGAAGTTTGTGGTTGAGAGGTAAAGCATAAATCCATTTCATTAAGTGGAAACTTATATGACTTTCTATTATTGATTTTTTCTTTTTCATGCATTTGAATGCTTTAAACATGTCAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAG
AACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATATGCAATGAACTTGCAACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAAGGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAAC
GATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAGTAAAGCTTGGTACCATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGATGTTTATTCTTACCCTGAGGATGAAACTGTTGAAGATCCTCTATTAGCTCAACATTTATCATTTTTTGGTATTGACTTCTCATCTTTGAAAAAGACGGAGTTGACAACCGCTGA
AAAGGAACTGGATCAGAATACAAACTTTGATTGGAATCGTATTCAAGAAAGTGGCAAGGAATCAGAGCCTCTATTTGGGCCTGGTTATACAGGACTTATCAATCTTGGAAACAGTTGTTACTTGGCATCTATCATGCAAACAGTATTCTCCACAAGGGATTTTAGCCTGCGTTATTTTGGAACTCAAAAATTGGATGAAG
CTTTTGAAAGGGCTCCTGCAGATCCAACTGTTGACTTGAATACACAGCTGGTGAAACTTGGACATGGGTTGCTCTCTGGCAAGTATTCAACTCCTGTTAAAGAGGCTTGTGAGGCAGATGACTGTGAGAATGCGACCTTGAAACCTAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCAT
CCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCATTGGAGTTCTTTCAACATCTACTTGACCATGTTGAGCGAAACAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAGTTTTGCGTTGAAGAGCGAATTCTTTGCCCATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATAT
TCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGgtaagactttgtcaatcttttgacatgcatttatattcttggaatgggatcacataattgtatattttggatttaataattttgttgtatatgacttcagATGAGGTAGCGGCATTTGAGAAGAAAAAAACAGAGAAGGAATTGGCAGGAGAGAAATTGTAAATTCTCTCAAAG
CACATGAATTATCTTTAGTATTTATA
Intron 6 GTCCTAGACT ... TTCAAAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.53 | 87 | 11 | 16 |
| A2 | 24.44 | 68 | 4.2 | 22 |
| A3 | 22.74 | 68 | 14.2 | 20 |
| A4 | 20.84 | 76 | 10.9 | 20 |
| A5 | 24.39 | 31 | 6.5 | 10 |
| A6 | 19.12 | 202.9 | 26.3 | 48 |
| A7 | 25.32 | 232.9 | 33.9 | 79 |
| A8 | 23.03 | 253.9 | 29.3 | 76 |
| A9 | 22.41 | 225 | 29 | 65 |
| A10 | 17.51 | 179 | 23.8 | 38 |
>TRINITY_DN115360_c2_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoformGAACAATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCCTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTTACATGACCAGAACTCT
ACGGCGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGAAAAGGAAGGTGTTCGC
CCGCCACAGTTTTCTTCTTTAAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACTCCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAG
GACTCCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCACATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCGAGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACT
TCCATTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATATGCAATGAACTTGCAACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTG
ACAAGGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAGTAAAGCTTGGTACCATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGATGTTTATTCTTACCCTGAGGATGAAACTGTT
GAAGATCCTCTATTAGCTCAACATTTATCATTTTTTGGTATTGACTTCTCATCTTTGAAAAAGACGGAGTTGACAACCGCTGAAAAGGAACTGGATCAGAATACAAACTTTGATTGGAATCGTATTCAAGAAAGTGGCAAGGAATCAGAGCCTCTATTTGGGCCTGGTTATACAGGACTTATCAATCTTGGAAACAGTTG
TTACTTGGCATCTATCATGCAAACAGTATTCTCCACAAGGGATTTTAGCCTGCGTTATTTTGGAACTCAAAAATTGGATGAAGCTTTTGAAAGGGCTCCTGCAGATCCAACTGTTGACTTGAATACACAGCTGGTGAAACTTGGACATGGGTTGCTCTCTGGCAAGTATTCAACTCCTGTTAAAGAGGCTTGTGAGGCAG
ATGACTGTGAGAATGCGACCTTGAAACCTAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCATCCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCATTGGAGTTCTTTCAACATCTACTTGACCATGTTGAGCGAAGCAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAG
TTTTGCGTTGAAGAGCGAATTCTTTGCCCATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATATTCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGATGAGGTAGCGGCATTTGAGAAGAAAAAAACAGAGAAGGAATTGGCAGGAGAGAAATTTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACC
ACTATCAGCATGTCTAGCGAGTTTCTCAGCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGTTAAAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGTCATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTG
ACACAATAGATATTAGCCATATGCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAAAGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTT
TTATCTCACATGGAGGACCCAGATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTAATAGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCC
ACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGATTCTGTTGGCATGGACCTGGATGCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAGTAAGCCCACTGACTTAGTTTCATGCTTGTCTGGTCAAGAACATAGATAATTGCGAAGCCTTGATCG
TGTGTAAATCACTGTTGTGTGGTATGTGCAGTGTAGTCAAACTCGGCCGGTTCACTTAGAGATGGCCAAGTTTGACTCGTCTTGGTGTGAAAATGAGCTGAGTTGGCCTTTTTTCTCTGCAGAAGTGGGACAGGTGACTCAGTCTGGCTTGGCCAAGTCACTGTCTGACTTGCCTGAGTCAGTGCCAGGCACTTTTATGT
CTTGTGTGGAAAATAAAATATATTAAAAAACTAAAAATAGATTAAAAAAGCCTAACCCTATCTTATCTGTTCAAAAGCCTCC
>TRINITY_DN115360_c2_g1_i15 from sample A3 / Example unspliced isoform:AGAGGAGTTATTACCTGAAAATGGTAAAAGCCTGAGCAGTATTTCAATCATGTGTAAAAGCCACATCGCAGTTTACTTTTTAAAAGCTCTTCTATGCACATTTGCGCCATGAATGTGAATTCTCTAACACATCATATTTAACATTCAGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCAT
GGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAAAGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTCACATGGAGGACCCAGgtcctagacttagaggatcttattcagcatcttatagtttccttttgtgcctgcattactgaatctctgctgatattggtttatgttcttttatgagct
gaaaatttgaagaagaatcagctttctactgtgcacttgaatatcttatgctgtgaggacttctacatgttaataataattggtttggtgatttttcaaagcagATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGAT
TTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTAATAGCCACAGGTGATGATATTGAGA
Intron 7 GTATCAATCT ... CTGTGCCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 8.14 | 97.7 | 6 | 10.4 |
| A2 | 3.88 | 90.4 | 6 | 4.6 |
| A3 | 1.62 | 87.4 | 6 | 1.7 |
| A4 | 5.31 | 69.5 | 2 | 4.5 |
| A5 | 9.43 | 36.6 | 5 | 4 |
| A6 | 2.62 | 198.3 | 0 | 7.1 |
| A7 | 2.82 | 258.9 | 3 | 10.2 |
| A8 | 2.95 | 257 | 8 | 10 |
| A9 | 2.48 | 227.1 | 4 | 7.5 |
| A10 | 2.63 | 181 | 1 | 6.5 |
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoformAGTATTTATATTCTCCGTGACGTTATGTCAGTTGTTTAGGATGAGGCATTTAATGCATGAGCTATCTGCTTCTTAACCAGTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCAGCATGTCTAGCGAGTTTCTCAGCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGT
TAAGTAAGATACTATGCAAGATAGCTTAAAGCCATACACAATTTTTAACCCAATATAGAATACAGACATGCTGAACAATAACAAGTTTGTTAGGCAGTTCTAACCTTTTATAACTGTCACGATTCACAATTTTTTGTGCAGAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGTCA
TGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATATGCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAAAG
GCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTCACATGGAGGACCCAGATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTAAT
AGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGATTCTGTTGGCATGGACCTGGATGCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACATGGGCACGTCTACTCAGTGTGGACACTACGTAG
CACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTCATGTGAACCTCCCAAGGATATGGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGACATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGCGCCTTTGGAAGAGTGAGGCATTGCCTTTCCTAA
CACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTATACATGAAGAGTCCAATATTGTTTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCCATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAGTCTTGGAAACCAATCTAAAATTCGTCCAATTAA
TGGTCACTATTTGGTAGCAGTAGC
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i21 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGTATTTATATTCTCCGTGACGTTATGTCAGTTGTTTAGGATGAGGCATTTAATGCATGAGCTATCTGCTTCTTAACCAGTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCAGCATGTCTAGCGAGTTTCTCAGCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGT
TAAGTAAGATACTATGCAAGATAGCTTAAAGCCATACACAATTTTTAACCCAATATAGAATACAGACATGCTGAACAATAACAAGTTTGTTAGGCAGTTCTAACCTTTTATAACTGTCACGATTCACAATTTTTTGTGCAGAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGTCA
TGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGgtatcaatcttattctagatgctatcctgtttgattttctgatattgacttttcaaaatgcttattgtctcttttaccattatgttttcagatattaaaataaaagtgtggctgttattgtgttgctattttctctttttgccttaatgcaattttgtgattctcttttg
ttctatttttctgtgcccagATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATATGCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTA
Intron 8 GTATGGTTCA ... ATCTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.05 | 70 | 43 | 21 |
| A2 | 35.29 | 88 | 48 | 20 |
| A3 | 34.04 | 124 | 64 | 24 |
| A4 | 35.34 | 86 | 47 | 18 |
| A5 | 30 | 49 | 21 | 5 |
| A6 | 32.04 | 48.7 | 23 | 4 |
| A7 | 22.56 | 127 | 37 | 9 |
| A8 | 30 | 35 | 15 | 2 |
| A9 | 28.33 | 86 | 34 | 2 |
| A10 | 32.26 | 93.4 | 44.5 | 10 |
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i20 from sample A1 / Example spliced isoformAATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCTTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTTCCATGACCAGAACTCTACGG
CGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGAAAAGGAAGGTGTTCGCCCGC
CACAGTTTTCTTCTTTAAGGTCGCAAATGCTATCACTGGATGCAATGTAGTGACATCGACATGTTCTGTGTTGCTTTTAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACT
CCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACTCCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCACATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCG
AGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCCATTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATATGCAATGAACTTGC
AACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAAGGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAGTAAAGCTTGGTACC
ATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGGTAATGAATGTTTACATTTTCAGCTAAATTTTTCTCATTTATCTGTGATTGATAGCT
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGCAAATGCTATCACTGGATGCAATGTAGTGACATCGACATGTTCTGTGTTGCTTTTAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACTCCGGTTCGTTAGCTGCCTCTA
CTAAATTTTGGTTTATGGGATTGGGTCGCTGTTTTTCATCTTCTGTCCTTTTGGGTTTTTGGTGAAATTAATTACTGTCTGTTTTCCGAGGAGCAGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACTCCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCA
CATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGgtatggttcattaaaggtcatcgcttttttcttccagggagaagatgcccctggcactccgctaatattacttgctattggcatattctggttattaaatattatttaatttcattttgagagctggttaga
caagtttgttgtagagtacttgggacagatctctggttcagatagtttcaaaccctttgttacacaagattgtgctgcaaggatttgtaagttacggttgtttttatgtcattttctctatctagcaaagtaaaaaatgctctagaagaactcttgaaaattttggcttggcgaagggaaagctataaagataaaattgt
acttctgcttcaaacagtgaatagggctagatgctgtgtctattactttattgtgcgtatattctgattcactgtagatttatgaagagaagggtgctgagagaatttgtttgtttatcttgtttatgtgtattctttgtacacattgcgttgcatgctttacaattgcctttcccaggtaattgtagatgcagctggcc
attgttttgtccaggttatgttcaaatcatctcagtgaaaaaatatgcgataaagaaatatacatccaacagtttatgtatttgctggttcttgtagttctgcggaggttgtcttacttgtggtagctctgcctacatgcctcttttcaaaattaattatgattcacagatcatttgtctcttgtatctgagtaatgcat
ctatgcagGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCGAGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCCATTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTAACCGTTGTAGAGGCTGTTTTACACTGACCATTGTCTCTAATTAGAAGAGCTTAATATCCAGTTGAATATAATAATT
TATGGCAACCACCTCTGTAGTTCCTAAAAGCACAGAATTTAGTGGATTTAATTTTTGTTATGTTACAAGTCTTAACAAAAGTATGCATGCAATGTCCTTTCACTCAGGGGAGGCTTAATTAAATTTAGCAAGTTGTTGAAATGGCTCTAACTTGACTTTCACGTGTCTAATAATGGAAATTGTAGTTTGAAGTTTGTGGT
TGAGAGGTAAAGCATAAATCCATTTCATTAAGTGGAAACTTATATGACTTTCTATTATTGATTTTTTCTTTTTCATGCATTTGAATGCTTTAAACATGTCAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATA
TGCAATGAACTTGCAACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAAGGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAG
TAAAGCTTGGTACCATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGATGTTTATTCTTACCCTGAGGATGAAACTGTTGAAGATCCTCTATTAGCTCAACATTTATCATTTTTTGGTATTGACTTCTCATCTTTGAAAAAGACGGAGTTGACAACCGCTGAAAAGGAACTGGATCAGAATACAAACTTTGATTGGAATCGTATTCAA
GAAAGTGGCAAGGAATCAGAGCCTCTATTTGGGCCTGGTTATACAGGACTTATCAATCTTGGAAACAGTTGTTACTTGGCATCTATCATGCAAACAGTATTCTCCACAAGGGATTTTAGCCTGCGTTATTTTGGAACTCAAAAATTGGATGAAGCTTTTGAAAGGGCTCCTGCAGATCCAACTGTTGACTTGAATACACA
GCTGGTGAAACTTGGACATGGGTTGCTCTCTGGCAAGTATTCAACTCCTGTTAAAGAGGCTTGTGAGGCAGATGACTGTGAGAATGCGACCTTGAAACCTAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCATCCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCATTGGAGTTCTTTC
AACATCTACTTGACCATGTTGAGCGAAACAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAGTTTTGCGTTGAAGAGCGAATTCTTTGCCCATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATATTCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGATGAGGTAGCGGCATTTGAG
AAGAAAAAAACAGAGAAGGAATTGGCAGGAGAGAAATTTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCAGCATGTCTAGCGAGTTTCTCAGCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGTTAAAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACT
ACATATGCGGAAGTTTGTCATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATATGCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTC
CTCGACTTCATTGTGAAAAGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTCACATGGAGGACCCAGATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGAT
GTTGCTCGAAAAGCATTAATAGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGATTCTGTTGGCATGGACCTGGATGCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACATGGGCACGTCTAC
TCAGTGTGGACACTACGTAGCACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTCATGTGAACCTCCCAAGGATATGGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGACATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGCGCCTTTGGAAGAG
TGAGGCATTGCCTTTCCTAACACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTATACATGAAGAGTCCAATATTGTTTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCCATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAGTCTTGGAAACCAA
TCTAAAATTCGTCCAATTAATGGTCACTATTTGGTAGCAGTAGC
Intron 9 GTAAGATACT ... TTTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.75 | 73 | 28 | 22.9 |
| A2 | 18.35 | 68 | 16 | 20.9 |
| A3 | 21.98 | 86 | 25.5 | 18.2 |
| A4 | 22.4 | 55 | 16.8 | 12.5 |
| A5 | 24.25 | 28 | 9.4 | 6 |
| A6 | 20.94 | 163 | 45.5 | 25.7 |
| A7 | 21.73 | 192 | 56.3 | 34.1 |
| A8 | 22.08 | 180 | 53.5 | 36 |
| A9 | 21.45 | 177 | 51 | 35.4 |
| A10 | 29.92 | 121 | 54.7 | 19.6 |
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i19 from sample A1 / Example spliced isoformAGCAATTTGCTTGAAGTTTCTCTTGTTCATGCTTCTTGCTAAGGTGATGCCAGAGTTGTTGGTTTAACACATGCACAAGGAGAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCATCCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCATTGGAGTTCTTTCAACATCTACTTGACCATG
TTGAGCGAAACAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAGTTTTGCGTTGAAGAGCGAATTCTTTGCCCATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATATTCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGATGAGGTAGCGGCATTTGAGAAGAAAAAAACAGAGAAG
GAATTGGCAGGAGAGAAATTTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCAGCATGTCTAGCGAGTTTCTCAGCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGTTAAAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGT
CATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATATGCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAA
AGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTCACATGGAGGACCCAGATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTA
ATAGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGATTCTGTTGGCATGGACCTGGATGCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACATGGGCACGTCTACTCAGTGTGGACACTACGT
AGCACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTCATGTGAACCTCCCAAGGATATGGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGACATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGCGCCTTTGGAAGAGTGAGGCATTGCCTTTCCT
AACACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTATACATGAAGAGTCCAATATTGTTTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCCATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAGTCTTGGAAACCAATCTAAAATTCGTCCAATT
AATGGTCACTATTTGGTAGCAGTAGC
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGTATTTATATTCTCCGTGACGTTATGTCAGTTGTTTAGGATGAGGCATTTAATGCATGAGCTATCTGCTTCTTAACCAGTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCAGCATGTCTAGCGAGTTTCTCAGCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGT
TAAgtaagatactatgcaagatagcttaaagccatacacaatttttaacccaatatagaatacagacatgctgaacaataacaagtttgttaggcagttctaaccttttataactgtcacgattcacaattttttgtgcagAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGTCA
TGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATATGCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAAAG
GCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTCACATGGAGGACCCAGATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTAAT
AGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGATTCTGTTGGCATGGACCTGGATGCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACATGGGCACGTCTACTCAGTGTGGACACTACGTAG
CACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTCATGTGAACCTCCCAAGGATATGGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGACATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGCGCCTTTGGAAGAGTGAGGCATTGCCTTTCCTAA
CACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTATACATGAAGAGTCCAATATTGTTTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCCATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAGTCTTGGAAACCAATCTAAAATTCGTCCAATTAA
TGGTCACTATTTGGTAGCAGTAGC
Intron 10 GTAAATTCTC ... TCTTAACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.18 | 90 | 2.3 | 42.7 |
| A2 | 26.6 | 82 | 4.1 | 29.7 |
| A3 | 34.49 | 111 | 4.6 | 58.4 |
| A4 | 21.77 | 115 | 3.7 | 32 |
| A5 | 28.3 | 38 | 1.7 | 15 |
| A6 | 30.51 | 149 | 6.6 | 65.4 |
| A7 | 29.93 | 206 | 7.1 | 88 |
| A8 | 31.86 | 172 | 5.1 | 80.4 |
| A9 | 26.7 | 209 | 9.6 | 76.1 |
| A10 | 28.78 | 170 | 5.7 | 68.7 |
>TRINITY_DN114300_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformTTCAAACTACAAAGACGAACAATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCCTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTT
ACATGACCAGAACTCTACGGCGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGA
AAAGGAAGGTGTTCGCCCGCCACAGTTTTCTTCTTTAAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACTCCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATT
TCTTGCATTTGGGAAGGACTCCGTGTTTTGGTATTGACTTCTCATCTTTGAAAAAGACGGAGTTGACAACCGCTGAAAAGGAACTGGATCAGAATACAAACTTTGATTGGAATCGTATTCAAGAAAGTGGCAAGGAATCAGAGCCTCTATTTGGGCCTGGTTATACAGGACTTATCAATCTTGGAAACAGTTGTTACTTG
GCATCTATCATGCAAACAGTATTCTCCACAAGGGATTTTAGCCTGCGTTATTTTGGAACTCAAAAATTGGATGAAGCTTTTGAAAGGGCTCCTGCAGATCCAACTGTTGACTTGAATACACAGCTGGTGAAACTTGGACATGGGTTGCTCTCTGGCAAGTATTCAACTCCTGTTAAAGAGGCTTGTGAGGCAGATGACTG
TGAGAATGCGACCTTGAAACCTAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCATCCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCATTGGAGTTCTTTCAACATCTACTTGACCATGTTGAGCGAAACAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAGTTTTGCG
TTGAAGAGCGAATTCTTTGCCCATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATATTCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGATGAGGTAGCGGCATTTGAGAAGAAAAAAACAGAGAAGGAATTGGCAGGAGAGAAATTTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCA
GCATGTCTAGCGAGTTTCTCAGCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGTTAAAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGTCATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAAT
AGATATTAGCCATATGCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAAAGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTC
ACATGGAGGACCCAGATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTAATAGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGAT
TCTGTTGGCATGGACCTGGATGCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACATGGGCACGTCTACTCAGTGTGGACACTACGTAGCACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTC
ATGTGAACCTCCCAAGGATATGGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGACATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGCGCCTTTGGAAGAGTGAGGCATTGCCTTTCCTAACACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTAT
ACATGAAGAGTCCAATATTGTTTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCCATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAGTCTTGGAAACCAATCTAAAATTCGTCCAATTAATGGTCACTATTTGGTAA
>TRINITY_DN114300_c0_g1_i17 from sample A2 / Example unspliced isoform:AAGGAATTGGCAGGAGAGAAATTgtaaattctctcaaagcacatgaattatctttagtatttatattctccgtgacgttatgtcagttgtttaggatgaggcatttaatgcatgagctatctgcttcttaaccagTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCAGCATGTCTAGCGAGTTTCTCAGCAC
CAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGTTAAAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGTCATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATATGCATAGCAAA
GGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATG
Intron 11 GTCGCAAATG ... TTGCTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 44.86 | 59 | 39 | 57 |
| A2 | 43.17 | 52 | 25 | 54 |
| A3 | 41.83 | 73 | 48 | 57 |
| A4 | 35.78 | 35 | 13 | 26 |
| A5 | 35.33 | 54 | 28 | 31 |
| A6 | 35.42 | 31 | 14 | 20 |
| A7 | 28.87 | 69 | 22 | 34 |
| A8 | 29.63 | 19 | 4 | 12 |
| A9 | 32.23 | 41 | 16 | 23 |
| A10 | 47.5 | 42 | 35 | 41 |
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoformAATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCTTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTTCCATGACCAGAACTCTACGG
CGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGAAAAGGAAGGTGTTCGCCCGC
CACAGTTTTCTTCTTTAAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACTCCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACT
CCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCACATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCGAGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCCA
TTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATATGCAATGAACTTGCAACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAA
GGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAGTAAAGCTTGGTACCATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGATGTTTATTCTTACCCTGAGGATGAAACTGTTGAAG
ATCCTCTATTAGCTCAACATTTATCATTTTTTGGTATTGACTTCTCATCTTTGAAAAAGACGGAGTTGACAACCGCTGAAAAGGAACTGGATCAGAATACAAACTTTGATTGGAATCGTATTCAAGAAAGTGGCAAGGAATCAGAGCCTCTATTTGGGCCTGGTTATACAGGACTTATCAATCTTGGAAACAGTTGTTAC
TTGGCATCTATCATGCAAACAGTATTCTCCACAAGGGATTTTAGCCTGCGTTATTTTGGAACTCAAAAATTGGATGAAGCTTTTGAAAGGGCTCCTGCAGATCCAACTGTTGACTTGAATACACAGCTGGTGAAACTTGGACATGGGTTGCTCTCTGGCAAGTATTCAACTCCTGTTAAAGAGGCTTGTGAGGCAGATGA
CTGTGAGAATGCGACCTTGAAACCTAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCATCCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCATTGGAGTTCTTTCAACATCTACTTGACCATGTTGAGCGAAACAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAGTTTT
GCGTTGAAGAGCGAATTCTTTGCCCATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATATTCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGGTAAGACTTTGTCAATCTTTTGACATGCATTTATATTCTTGGAATGGGATCACATAATTGTATATTTTGGATTTAATAATTTTGTTGTATATGAC
TTCAGATGAGGTAGCGGCATTTGAGAAGAAAAAAACAGAGAAGGAATTGGCAGGAGAGAAATTGTAAATTCTCTCAAAGCACATGAATTATCTTTAGTATTTATA
>TRINITY_DN125778_c0_g1_i20 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCTTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTTCCATGACCAGAACTCTACGG
CGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGAAAAGGAAGGTGTTCGCCCGC
CACAGTTTTCTTCTTTAAGgtcgcaaatgctatcactggatgcaatgtagtgacatcgacatgttctgtgttgcttttagGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACT
CCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATTTCTTGCATTTGGGAAGGACTCCGTGTTTTGGAATTACAGGAAGAGTGGAAATCCAGTTTACTTGCACATCAAGTCGACTAAAAGGCCTGTCAGTGAAGATAGGCCTTTCAAGAAGCCAACGCTTCTAGCAATAGGTATTGATGGGGGCTTTGAAAACCG
AGAGCAGGAGTATGAAGATTCATATAAAATTGTAATATTGCCTGATAATGTTACACTTCCATTCCCTTCGGTAGAACTACCAGAAAAGGTCAGGCTATCAGTTGATGGTGTATTGTCAGCTGTGGGTGCTGAGCGCAAAGAACAGGTTGCAGCTTGGGTGGATGATAAGAAGCAAGTTAGTGCATATGCAATGAACTTGC
AACAGATTGATAATGGTGTAATGATACGTCCATCTGGATGGAAGTGTGCAAAGTGTGACAAGGTTGACAATTTGTGGCTCAACCTTACAGATGGTATGATTCTTTGTGGGAGAAAGAATTGGGATGGAACTGGAGGAAACGATCACGCTGTTGAGCATTACAATGAAACAAAGTACCCTTTAGCAGTAAAGCTTGGTACC
ATCACGGCAGATCTAGAAACTGCAGGTAATGAATGTTTACATTTTCAGCTAAATTTTTCTCATTTATCTGTGATTGATAGCT
Intron 12 GTAAAAGCCT ... TAACATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.21 | 101 | 22.7 | 21 |
| A2 | 27.27 | 80 | 15.1 | 30 |
| A3 | 29.52 | 74 | 15.8 | 31 |
| A4 | 21.05 | 75 | 11.4 | 20 |
| A5 | 32.56 | 29 | 6.9 | 14 |
| A6 | 22.52 | 234 | 26.9 | 68 |
| A7 | 24.66 | 278 | 43.8 | 91 |
| A8 | 26.54 | 263 | 35.5 | 95 |
| A9 | 26.05 | 264 | 40.9 | 93 |
| A10 | 27.6 | 202 | 31.6 | 77 |
>TRINITY_DN114300_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformTTCAAACTACAAAGACGAACAATCTATCTACCCTTCATATATTTGCTTGAAAGGAGGGCAAGGAATCCTACTACTATTCCATCCTTTTCCTTTTTAAACCCAGCTGCTGCTCGCTGCTTTTACCTGTCCTGCCATTTCTTGTGGCGCTTCATATGAACTTGTTCCGTTTCTAACGCTTTAAATATCTCAATATTGGATTT
ACATGACCAGAACTCTACGGCGTTTAAACAAGAAATCGGTCAGGCCTTAAATCCCGATGTCCATTTCCGTGCTATTATTTTTCAGGCCCGTTTCGTGAGTTCCAACTTTGGCCTTCCCGAGAAATCACAGAGATACCCATCTCTTGTAATTGCTGCCCTGCCCTTTCTACCCAACTGGTCGAGGATTTTGAAGAGGAGGA
AAAGGAAGGTGTTCGCCCGCCACAGTTTTCTTCTTTAAGGTGAAGAGAATGTCAGGAAGGCCAGCAATGGAATTGTTGCGGTCCCATTTATCGAGAGTTAGGATTCCAGAGCCTTCTAATCGAATATACAAGGAGGAGTGCTGCATATCTTTTGATACTCCGAAGTCAGAGGGAGGACTTTTCGTCGACTTGAATTCATT
TCTTGCATTTGGGAAGGACTCCGTGTTTTGGTATTGACTTCTCATCTTTGAAAAAGACGGAGTTGACAACCGCTGAAAAGGAACTGGATCAGAATACAAACTTTGATTGGAATCGTATTCAAGAAAGTGGCAAGGAATCAGAGCCTCTATTTGGGCCTGGTTATACAGGACTTATCAATCTTGGAAACAGTTGTTACTTG
GCATCTATCATGCAAACAGTATTCTCCACAAGGGATTTTAGCCTGCGTTATTTTGGAACTCAAAAATTGGATGAAGCTTTTGAAAGGGCTCCTGCAGATCCAACTGTTGACTTGAATACACAGCTGGTGAAACTTGGACATGGGTTGCTCTCTGGCAAGTATTCAACTCCTGTTAAAGAGGCTTGTGAGGCAGATGACTG
TGAGAATGCGACCTTGAAACCTAGACAAGAAGGCATACCACCTCGTATGTTTAAGACACTTATTGGTGCCGGTCATCCTGAGTTCTCTAGTACTAGACAACAGGATGCATTGGAGTTCTTTCAACATCTACTTGACCATGTTGAGCGAAACAATGCAGGAAACCCTCAGTTGGATCCTTCTAGAAGTTTTAAGTTTTGCG
TTGAAGAGCGAATTCTTTGCCCATCTGGGAAAGTTTCATATAATAAAAGAATTGACAATGTTCTTTCTCTGAATATTCCTTTACATGCAACTATTAATAAGGATGAGGTAGCGGCATTTGAGAAGAAAAAAACAGAGAAGGAATTGGCAGGAGAGAAATTTAACAACGAAGAAATTGTTCGTCCAAGGGTACCACTATCA
GCATGTCTAGCGAGTTTCTCAGCACCAGAGGAGGTTCATGAATTTTATAGCACTGCACTGAATGCTAAAACGACAGCAGTTAAAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGTCATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTTATTGATGTTCCTGACACAAT
AGATATTAGCCATATGCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAAAGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTC
ACATGGAGGACCCAGATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATACAAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTAATAGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGAT
TCTGTTGGCATGGACCTGGATGCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATCAGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACATGGGCACGTCTACTCAGTGTGGACACTACGTAGCACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTC
ATGTGAACCTCCCAAGGATATGGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGACATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGCGCCTTTGGAAGAGTGAGGCATTGCCTTTCCTAACACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTAT
ACATGAAGAGTCCAATATTGTTTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCCATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAGTCTTGGAAACCAATCTAAAATTCGTCCAATTAATGGTCACTATTTGGTAA
>TRINITY_DN114300_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:CAATTTTTAACCCAATATAGAATACAGACATGCTGAACAATAACAAGTTTGTTAGGCAGTTCTAACCTTTTATAACTGTCACGATTCACAATTTTTTGTGCAGAACTGCTGGTCTGGCAACATTTCCTGATTATTTGGTACTACATATGCGGAAGTTTGTCATGGAGGCTGGTTGGGTTCCTAAAAAACTTGATGTTTTT
ATTGATGTTCCTGACACAATAGATATTAGCCATATGCATAGCAAAGGTTTGCAACCAGGAGAGGAGTTATTACCTGAAAATGgtaaaagcctgagcagtatttcaatcatgtgtaaaagccacatcgcagtttactttttaaaagctcttctatgcacatttgcgccatgaatgtgaattctctaacacatcatatttaa
cattcagTTCAGAGAGGGCCTTCAGCCAGTGAAACTATTGTGTCACAACTTGCAGCCATGGGTTTTCCTCGACTTCATTGTGAAAAGGCTGCTATCAACACCTCAAATACAGGAGTTGAGGATGCGATGAATTGGCTTTTATCTCACATGGAGGACCCAGATATTGATACACCTATATCTACTGGAAGGCAAAACGATAC
AAAGCCCAAGCCACCTGTTAATGAAGGACTTGTGGATACTCTTGTTGGATTTGGATTTGAAGCAGATGTTGCTCGAAAAGCATTAATAGCCACAGGTGATGATATTGAGAGAGCAGCTGAGTGGATCTTTTCTCAGCCACAGGATTCTGTTGGCATGGACCTGGATGCCAGTTCTAATAGTGCTCCTAGCACATCTGATC
AGGCATTACCAGATGGAGAAGGAAAATACAAGCTTATGGCATTTGTGAGTCACATGGGCACGTCTACTCAGTGTGGACACTACGTAGCACATATATTTAAAGGAGGAAGATGGGTCATTTTCAATGACTGTAAAGTCGCAGCTTCATGTGAACCTCCCAAGGATATGGGATATCTGTACGTTTTTGAACGTGTTCGTGGA
CATGCTGGAACAGCTTAAGTTGAGAACTCCACCTTTCATTTTCTTAGTCAGTGCGCCTTTGGAAGAGTGAGGCATTGCCTTTCCTAACACATGGAAGCAGTCACTGCGGAATCGTTTGTACATGAAGAGTCAAATATTGTTTTATACATGAAGAGTCCAATATTGTTTTAGTGGGATTCATTGTGACAAGCTAGGATTCC
ATTGTGACAAACTATTTCTCTTACATTGAGGGTGATTTTTCAATTGTTATGAAGTCTTGGAAACCAATCTAAAATTCGTCCAATTAATGGTCACTATTTGGTAA