sp|Q9LRP2|PT317_ARATH ----> Probable sugar phosphate/phosphate translocator At3g17430
Intron 1 GTATTGTGTT ... TATTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.37 | 125 | 34 | 51 |
| A2 | 18.85 | 99 | 29 | 17 |
| A3 | 22.54 | 110 | 34 | 30 |
| A4 | 23.78 | 141 | 38 | 50 |
| A5 | 30.88 | 47 | 26 | 16 |
| A6 | 25.89 | 385 | 164 | 105 |
| A7 | 29.93 | 357 | 220 | 85 |
| A8 | 23.87 | 338 | 98 | 114 |
| A9 | 22.16 | 302 | 83 | 89 |
| A10 | 21.97 | 293 | 99 | 66 |
>TRINITY_DN46856_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoformCTTTGCTAGAGTAATTTTGAGAATTCCACATTTTTCAGGACAGGTTGAATCTGCAACATATGCATTGGCATGCTGCTGGTCGTGCTTGCGGATTTCAGCTTTATTTGTCCTTTTGAAAGTTAGGTGTAAGTCTGCTTTCGAGAATGAGCATAGCATACTGTCTGCCTTTTGTTCTTTGTGGGTGGGATGAGATTCGCCAT
TAGCGCCTGGCCAAGGGTGCTCTGTTGATCAAAGATGTCCAATCTCTTCATCCCAAAGCGTATTCTGATTTTATTTCAGTCTTGGTCTCTTTATGGAAGAGGGTGTGATGTCCATTGTATATATCCTTCCACTTTTTGCATTACTGTTTGTAAATGTCTTTTTGTAAATTTAAGACGTTTTTCAAAAAACAAATCTGTTT
CTGGTTTAATTCTTGTTTTGGCGTAATATTTGTGGCTTAGATTTTATGTTTATGTTTGTGGCTTGTTATTTTGAACAGGCCAGTGTTGAAAATTGAAATTCTCTGGAAGACACTTATGATTTTGACTTGATTAAAATCTTCATAGTATGGCTTTAAATTTGTATGTCAATCATTGTGTTTACCAATCATGCTTGGTTTCA
AAACAAATACAATTTTTTTCCATTGAGTTTTGATGCTTTGTTCATTTCTGCAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCA
ACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGT
TGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGT
TGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCA
ATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAG
TGGTCCCAATTCAGCAACCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGT
GCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAA
TATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAG
GAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCACGAGATATCTCATTGTGTTGATGTGTCTCACCCTCCAAGCATGGCACCTTTATTTCACCAGATGTTTAATATTATACACACTTGTTC
>TRINITY_DN46856_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:AAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCCACGGAGC
TCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCAAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGGTGAAGGC
CATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGCATACCTT
CAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTGTCATCAG
GTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCA
TCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAA
CATAGTTAGAACGGTTTACCAAGTTACAGGCATATTTCCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGgtattgtgtttgccactgagcatccaattatgaagattttcaagtgtttgctacttggaaaaagggat
tttttcaagttatgccattataatttatagcatgattgaaaatagccaattaaggaaacatattctttaaaaacaaagaattgcatatgacgtgcttagcttattctatggtctatgaaccacatgactgtcgttttcaattttaacctttttacaaaaaatagtgatatcaaagtatctgctactgtgataaagtttca
tctgattatattgtgatgttgtttttttctgtcttcttatgtgactgctaacgtctgtctttatgctttggcctttgatatcatttgtttgtttatttggaatgtctatctatgctcctatcacagatttcatagtccttggatttcatacagagttatcgtcagtatggaaaatcagtgttaacagatgttgataaaac
tgcagataaccttttaaagaggtataacaaacttagcaaatctaccttgacatgcacatttggtgtgtccatagaggtgctcaaggcttcatatcttgagctttgtgtataatcatagtattcccatgtttgttttgagttctgcatattcttaataatttaaatttgtcaaccatgtacccttaataaactcatctgtc
atacacacagaaattttaaatcatcaatatgcaaagaaattaatcctcatgcttagcattttgctaaatgcttcttagatatatacctttatgcatcttgctgttctttcagtttatcatgatgggtggaggttaaaagtttccatgcttagctgatattcattacataatggttttctgtctctcttttagtcttgggt
ttgctatgcaatactaaatgacaaaactcttgaaattgttatcctgtttattttccttataatttttttcttaaattaacattgtttcgtcccctctatcatcttaattttttctttgtattttgcagTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAA
TTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTT
GTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAACCCCTGACGTGGATGAAGAAGCT
CCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGA
TCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACAT
CAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCC
ACGAGATATCTCATTGTGTTGATGTGTCTCACCCTCCAAGCATGGCACCTTTATTTCACCAGATGTTTAATATTATACACACTTGTTC
Intron 2 GTATGCTTTT ... ATGCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 92 | 1 | 9 | 14 |
| A2 | 100 | 0 | 4 | 17 |
| A3 | 88.89 | 1 | 6 | 10 |
| A4 | 100 | 0 | 10 | 10 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 68 | 4 | 1 | 16 |
| A7 | 67.09 | 13 | 17 | 36 |
| A8 | 73.58 | 7 | 10 | 29 |
| A9 | 84.62 | 3 | 5 | 28 |
| A10 | 93.94 | 1 | 11 | 20 |
>TRINITY_DN46856_c0_g1_i12 from sample A7 / Example spliced isoformAAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCCACGGAGC
TCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCAAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGGTGAAGGC
CATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGCATACCTT
CAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTGTCATCAG
GTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCA
TCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAA
CATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGC
AGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATCCTCTTTTTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTAAAGCAGTCACTGTTGTTTGGATGCAGCTCTGTGTTGTGGTAATGTATAGCTACTTGAAGGTGAAGAATGGGTGGGCCACGATTCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCA
AAAGCATAAATCAAGAGCTAATCACCAGCAAGAACCAACTTTTGTGCAATATGGTCCAAGATAGCCCTCGCTGCAATTTTTGATAAACTATTTCTCCTGGAAAGCAACAATGTTGTTTCGCCTTTCTGGTTTACAAGACTACAGTCAGCATCTGCTTGACCTTGTTTTGCAGCAAGCATTAATGGAGTGTAACCATCCTT
GTCAAGGGTATTGACTGCATATCCTCATTTCAGAAGTTTCCCTATAGCCACCAGATCCCCTTTCTATGAAGCATAATGCAGAGCTTTGAATTCCTCTCCTTTTAAGCCATACGCTAGAGTGGCATACAACATAACATTTTCAAAAAGTTCTCTTTTTTCATGGGCTTGAGCTAAACTAACTGTTGTTTCACCCTTCTTAT
TCTTCAACTTCAAATCAGCTCCAGCGAATATAAGCACTTTGAAAGCCTCAACATGACCCTCTTTTGCAGCTATCATTGCACCAGAAAAACCATGCATCTCTTGCTCATTCAAATTAAGTCATGGTGGTTGTAAAAGTTTCTGAAGGACCAGAGAATCACCAAATCTGGCCATAAAATGAAGTGGAGAAAACACATGGGGA
TTGCTGGAGTAAATTGTTTTCCTTGATTTTATTGCATCTGAAATAATTTGATGGATAGAGGAAACACAATTGTTTATTTCTGCTATGTTGACTATATTTTTCCCATCCATGTTTACTTTTGCCATATTCAGCTCCTAAAAATAACAATTCCTTGAAGCATTCTTGGTGATTAGCCTTTACAGACAGCATAAGTGCAGTTT
CTCCTCTCTCAGTCATCACATTCAAATCACATCCATGCACT
>TRINITY_DN46856_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:AAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCCACGGAGC
TCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCAAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGGTGAAGGC
CATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGCATACCTT
CAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTGTCATCAG
GTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCA
TCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAA
CATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGC
AGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATCCTCTTTTTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTAAAGCAGTCACTGTTGTTTGGATGCAGCTCTGTGTTGTGGTAATGTATAGCTACTTGAAGGTGAAGAATGGGTGGGCCACGATTCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCA
AAAGCATAAATCAAGgtatgcttttatgtgtatttgaattttgtagagctcatgctaattttaaaagatggtccaatatgtggagcacctttaccctgttttgtatgcttgcagAGCTAATCACCAGCAAGAACCAACTTTTGTGCAATATGGTCCAAGATAGCCCTCGCTGCAATTTTTGATAAACTATTTCTCCTGGA
AAGCAACAATGTTGTTTCGCCTTTCTGGTTTACAAGACTACAGTCAGCATCTGCTTGACCTTGTTTTGCAGCAAGCATTAATGGAGTGTAACCATCCTTGTCAAGGGTATTGACTGCATATCCTCATTTCAGAAGTTTCCCTATAGCCACCAGATCCCCTTTCTATGAAGCATAATGCAGAGCTTTGAATTCCTCTCCTT
TTAAGCCATACGCTAGAGTGGCATACAACATAACATTTTCAAAAAGTTCTCTTTTTTCATGGGCTTGAGCTAAACTAACTGTTGTTTCACCCTTCTTATTCTTCAACTTCAAATCAGCTCCAGCGAATATAAGCACTTTGAAAGCCTCAACATGACCCTCTTTTGCAGCTATCATTGCACCAGAAAAACCATGCATCTCT
TGCTCATTCAAATTAAGTCATGGTGGTTGTAAAAGTTTCTGAAGGACCAGAGAATCACCAAATCTGGCCATAAAATGAAGTGGAGAAAACACATGGGGATTGCTGGAGTAAATTGTTTTCCTTGATTTTATTGCATCTGAAATAATTTGATGGATAGAGGAAACACAATTGTTTATTTCTGCTATGTTGACTATATTTTT
CCCATCCATGTTTACTTTTGCCATATTCAGCTCCTAAAAATAACAATTCCTTGAAGCATTCTTGGTGATTAGCCTTTACAGACAGCATAAGTGCAGTTTCTCCTCTCTCAGTCATCACATTCAAATCACATCCATGCACT
Intron 3 GTAAGAATTT ... CATATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.86 | 110 | 29 | 8 |
| A2 | 11.9 | 74 | 10 | 0 |
| A3 | 25 | 90 | 30 | 1 |
| A4 | 18.45 | 137 | 31 | 3 |
| A5 | 15 | 51 | 9 | 1 |
| A6 | 16.19 | 233 | 45 | 0 |
| A7 | 14.07 | 281 | 46 | 1 |
| A8 | 15.88 | 143 | 27 | 0 |
| A9 | 19.73 | 236 | 58 | 0 |
| A10 | 21.53 | 215 | 59 | 0 |
>TRINITY_DN106128_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATACTTAGGGCAAAACCCACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCG
GACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGGTGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTC
GATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGCATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCC
AGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTGTCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAG
TGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAA
TACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACC
AGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTT
TTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAAT
GTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGTATGCTTTTATGTGTATTTGTAGAGCTCATGCTAATTCTAAAAGATGGTGTATGCCAAACTTCTTGCTACTGTTGTTAGCATTTATGAAAAAGTTATTACAAAAGCAAATT
TAGACTCAATAAACAAGCATGATCGTTGAT
>TRINITY_DN106128_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATACTTAGGGCAAAACCCACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCG
GACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGGTGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTC
GATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGCATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCC
AGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTGTCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAG
TGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATgtaagaatttctacaaagtcaggttcacttagtatttttgattcgtttaatattttagca
tttgaccttttctttccataatgcttaccttaattgcatatttcagATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTACATCAAGTCTCTGGTAAGTGTTTTTAAATAATACAATTTATATCAGTCTGGCAAAGTAGAATAAAAATTAACTTGCAGAAAATTCCATAAATTTCAATATTATCTAGATAGATATT
TACACTACCAATAAAATTCATGTTTTCTCTAAATGTCTGTGTGGGTGCTATTTGATTGAGGCCTACCTGGAGAGCAAGTTACTGCAGAGACTCTAGAGCAATGCATTAGGCAGTCATAAAATGGTACTATCCATTTCTATAGTTTCTGATCGTATTTCTGTTGCTATTTCCAGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATAT
TTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTG
CAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGT
GCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGT
GAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAACCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATA
TAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTA
TCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTAC
CAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCACGAGATATCTCATTGTGTTGATGTGTCTCA
CCCTCCAAGCATGGCACCTTTATTTCACCAGATGTTTAATATTATACACACTTGTTCGATAAACTTCATTGCCAGATTTTAACATTTGCC
Intron 4 GTAAGAATTT ... TGCATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.17 | 110 | 31 | 47 |
| A2 | 24.87 | 74 | 10 | 39 |
| A3 | 23.4 | 90 | 30 | 25 |
| A4 | 21.94 | 137 | 31 | 46 |
| A5 | 20.93 | 51 | 10 | 17 |
| A6 | 23.86 | 233 | 45 | 101 |
| A7 | 21.29 | 281 | 46 | 106 |
| A8 | 21.86 | 143 | 27 | 53 |
| A9 | 24.12 | 236 | 58 | 92 |
| A10 | 25.09 | 215 | 59 | 85 |
>TRINITY_DN117289_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGCACCACAAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCC
ACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGG
TGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGC
ATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTG
TCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTT
CTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTC
ATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAG
CAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATA
TGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAAGCCCTGACG
TGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACA
GCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTT
GTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATG
CAGATCATAGTGCCG
>TRINITY_DN117289_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCACCACAAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCC
ACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGG
TGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGC
ATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTG
TCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATgtaagaatttctacaaagtcaggttcacttagt
atttttgattcgtttaatattttagcatttgaccttttctttccataaagcttaccttaattgcatttcagATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTT
CCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGT
TGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCA
GTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAA
GTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAAGCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAA
AATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGA
TTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTC
TGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCG
Intron 5 GTAAGTGTTT ... CTATTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.3 | 111 | 7 | 46 |
| A2 | 25 | 90 | 1 | 30 |
| A3 | 21.69 | 65 | 0 | 18 |
| A4 | 23.48 | 101 | 6 | 31 |
| A5 | 34.29 | 46 | 0 | 24 |
| A6 | 21.71 | 220 | 0 | 61 |
| A7 | 20.51 | 279 | 1 | 72 |
| A8 | 24.68 | 116 | 0 | 38 |
| A9 | 24.25 | 203 | 0 | 65 |
| A10 | 24.07 | 183 | 1 | 58 |
>TRINITY_DN106128_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoformTCCCCAACTAAGTCCTGCAATCCTTATTTCATGATGACAGGATTACCATAGTCATGCACCAGCGTAACTGGTGAGGCTCGAACGGGGTTGTAACTCTGGTCAAGATTTCATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTACATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCA
GTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGA
AGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCAT
TGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAG
GATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAACCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGG
TCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCAT
TTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAAT
TCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCACGAGATATCTCATTGTGTTGATGTGTCTCACCCT
CCAAGCATGGCACCTTTATTTCACCAGATGTTTAATATTATACACACTTGTTCGATAAACTTCATTGCCAGATTTTAACATTTGCC
>TRINITY_DN106128_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATACTTAGGGCAAAACCCACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCG
GACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGGTGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTC
GATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGCATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCC
AGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTGTCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAG
TGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATGTAAGAATTTCTACAAAGTCAGGTTCACTTAGTATTTTTGATTCGTTTAATATTTTAGCA
TTTGACCTTTTCTTTCCATAATGCTTACCTTAATTGCATATTTCAGATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTACATCAAGTCTCTGgtaagtgtttttaaataatacaatttatatcagtctggcaaagtagaataaaaattaacttgcagaaaattccataaatttcaatattatctagatagatatt
tacactaccaataaaattcatgttttctctaaatgtctgtgtgggtgctatttgattgaggcctacctggagagcaagttactgcagagactctagagcaatgcattaggcagtcataaaatggtactatccatttctatagtttctgatcgtatttctgttgctatttccagGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATAT
TTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTG
CAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGT
GCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGT
GAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAACCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATA
TAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTA
TCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTAC
CAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCACGAGATATCTCATTGTGTTGATGTGTCTCA
CCCTCCAAGCATGGCACCTTTATTTCACCAGATGTTTAATATTATACACACTTGTTCGATAAACTTCATTGCCAGATTTTAACATTTGCC
Intron 6 GTAATATACA ... TTGGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.73 | 137.7 | 25 | 47 |
| A2 | 17.69 | 114 | 24 | 25 |
| A3 | 13.99 | 110.7 | 11 | 25 |
| A4 | 18.55 | 112 | 11 | 40 |
| A5 | 12.15 | 47 | 5 | 8 |
| A6 | 17.4 | 389.3 | 84 | 80 |
| A7 | 16.72 | 371 | 63 | 86 |
| A8 | 15.66 | 420 | 80 | 76 |
| A9 | 17.97 | 349.3 | 70 | 83 |
| A10 | 15.39 | 239.3 | 31 | 56 |
>TRINITY_DN117289_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGCACCACAAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCC
ACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGG
TGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGC
ATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTG
TCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTT
CTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTC
ATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAG
CAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATA
TGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAAGCCCTGACG
TGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACA
GCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTT
GTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATG
CAGATCATAGTGCCG
>TRINITY_DN117289_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCACCACAAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCC
ACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGG
TGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGC
ATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTG
TCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTT
CTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTC
ATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAG
CAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATA
TGCTATTGgtaatatacatgcttctgtcgtacaaatgtatatgatcctttttcaaaatgtaatgttgtctgagtgtgagcctgctggaaaactgttgtttggatgcagCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCG
AAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAAGCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATC
CTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTAT
CCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGT
GAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCG
Intron 7 GTATTGTGTT ... TATTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.88 | 125 | 35 | 3 |
| A2 | 27.21 | 99 | 37 | 1 |
| A3 | 24.55 | 110.7 | 36 | 0 |
| A4 | 23.37 | 141 | 43 | 2 |
| A5 | 36.03 | 46.2 | 26 | 1 |
| A6 | 31.25 | 385 | 175 | 1 |
| A7 | 38.97 | 357 | 228 | 2 |
| A8 | 24.25 | 337.3 | 108 | 0 |
| A9 | 23.93 | 302 | 95 | 2 |
| A10 | 27.11 | 293 | 109 | 1 |
>TRINITY_DN46856_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoformCTTTGCTAGAGTAATTTTGAGAATTCCACATTTTTCAGGACAGGTTGAATCTGCAACATATGCATTGGCATGCTGCTGGTCGTGCTTGCGGATTTCAGCTTTATTTGTCCTTTTGAAAGTTAGGTGTAAGTCTGCTTTCGAGAATGAGCATAGCATACTGTCTGCCTTTTGTTCTTTGTGGGTGGGATGAGATTCGCCAT
TAGCGCCTGGCCAAGGGTGCTCTGTTGATCAAAGATGTCCAATCTCTTCATCCCAAAGCGTATTCTGATTTTATTTCAGTCTTGGTCTCTTTATGGAAGAGGGTGTGATGTCCATTGTATATATCCTTCCACTTTTTGCATTACTGTTTGTAAATGTCTTTTTGTAAATTTAAGACGTTTTTCAAAAAACAAATCTGTTT
CTGGTTTAATTCTTGTTTTGGCGTAATATTTGTGGCTTAGATTTTATGTTTATGTTTGTGGCTTGTTATTTTGAACAGGCCAGTGTTGAAAATTGAAATTCTCTGGAAGACACTTATGATTTTGACTTGATTAAAATCTTCATAGTATGGCTTTAAATTTGTATGTCAATCATTGTGTTTACCAATCATGCTTGGTTTCA
AAACAAATACAATTTTTTTCCATTGAGTTTTGATGCTTTGTTCATTTCTGCAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCA
ACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGT
TGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGT
TGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCA
ATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAG
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>TRINITY_DN46856_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGGGGATGTCACACATTTGCTCCAGGATTTGTCCCTCGGAGTCTTCAATCTGTCATCTCACTCACATTTACACCAGGGTTCGAGTTTCACCCAAGGAAATTCGTTAATGAAGGAAACGATGCACAGGAACGGTTCAATTATTCCTTGTTGCGGCCTGCCTCAGTCTCCAAGTTTGATTGAGGATTACCATAGTCATGCAC
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