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Intron 1 GTATTGTGTT ... TATTTTGCAG

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A1021.972939966



>TRINITY_DN46856_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform
CTTTGCTAGAGTAATTTTGAGAATTCCACATTTTTCAGGACAGGTTGAATCTGCAACATATGCATTGGCATGCTGCTGGTCGTGCTTGCGGATTTCAGCTTTATTTGTCCTTTTGAAAGTTAGGTGTAAGTCTGCTTTCGAGAATGAGCATAGCATACTGTCTGCCTTTTGTTCTTTGTGGGTGGGATGAGATTCGCCAT
TAGCGCCTGGCCAAGGGTGCTCTGTTGATCAAAGATGTCCAATCTCTTCATCCCAAAGCGTATTCTGATTTTATTTCAGTCTTGGTCTCTTTATGGAAGAGGGTGTGATGTCCATTGTATATATCCTTCCACTTTTTGCATTACTGTTTGTAAATGTCTTTTTGTAAATTTAAGACGTTTTTCAAAAAACAAATCTGTTT
CTGGTTTAATTCTTGTTTTGGCGTAATATTTGTGGCTTAGATTTTATGTTTATGTTTGTGGCTTGTTATTTTGAACAGGCCAGTGTTGAAAATTGAAATTCTCTGGAAGACACTTATGATTTTGACTTGATTAAAATCTTCATAGTATGGCTTTAAATTTGTATGTCAATCATTGTGTTTACCAATCATGCTTGGTTTCA
AAACAAATACAATTTTTTTCCATTGAGTTTTGATGCTTTGTTCATTTCTGCAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCA
ACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGT
TGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGT
TGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCA
ATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAG
TGGTCCCAATTCAGCAACCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGT
GCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAA
TATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAG
GAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCACGAGATATCTCATTGTGTTGATGTGTCTCACCCTCCAAGCATGGCACCTTTATTTCACCAGATGTTTAATATTATACACACTTGTTC


>TRINITY_DN46856_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:
AAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCCACGGAGC
TCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCAAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGGTGAAGGC
CATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGCATACCTT
CAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTGTCATCAG
GTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCA
TCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAA
CATAGTTAGAACGGTTTACCAAGTTACAGGCATATTTCCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGgtattgtgtttgccactgagcatccaattatgaagattttcaagtgtttgctacttggaaaaagggat
tttttcaagttatgccattataatttatagcatgattgaaaatagccaattaaggaaacatattctttaaaaacaaagaattgcatatgacgtgcttagcttattctatggtctatgaaccacatgactgtcgttttcaattttaacctttttacaaaaaatagtgatatcaaagtatctgctactgtgataaagtttca
tctgattatattgtgatgttgtttttttctgtcttcttatgtgactgctaacgtctgtctttatgctttggcctttgatatcatttgtttgtttatttggaatgtctatctatgctcctatcacagatttcatagtccttggatttcatacagagttatcgtcagtatggaaaatcagtgttaacagatgttgataaaac
tgcagataaccttttaaagaggtataacaaacttagcaaatctaccttgacatgcacatttggtgtgtccatagaggtgctcaaggcttcatatcttgagctttgtgtataatcatagtattcccatgtttgttttgagttctgcatattcttaataatttaaatttgtcaaccatgtacccttaataaactcatctgtc
atacacacagaaattttaaatcatcaatatgcaaagaaattaatcctcatgcttagcattttgctaaatgcttcttagatatatacctttatgcatcttgctgttctttcagtttatcatgatgggtggaggttaaaagtttccatgcttagctgatattcattacataatggttttctgtctctcttttagtcttgggt
ttgctatgcaatactaaatgacaaaactcttgaaattgttatcctgtttattttccttataatttttttcttaaattaacattgtttcgtcccctctatcatcttaattttttctttgtattttgcag
TTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAA
TTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTT
GTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAACCCCTGACGTGGATGAAGAAGCT
CCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGA
TCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACAT
CAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCC
ACGAGATATCTCATTGTGTTGATGTGTCTCACCCTCCAAGCATGGCACCTTTATTTCACCAGATGTTTAATATTATACACACTTGTTC




Intron 2 GTATGCTTTT ... ATGCTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN46856_c0_g1_i12 from sample A7 / Example spliced isoform
AAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCCACGGAGC
TCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCAAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGGTGAAGGC
CATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGCATACCTT
CAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTGTCATCAG
GTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCA
TCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAA
CATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGC
AGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATCCTCTTTTTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTAAAGCAGTCACTGTTGTTTGGATGCAGCTCTGTGTTGTGGTAATGTATAGCTACTTGAAGGTGAAGAATGGGTGGGCCACGATTCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCA
AAAGCATAAATCAAGAGCTAATCACCAGCAAGAACCAACTTTTGTGCAATATGGTCCAAGATAGCCCTCGCTGCAATTTTTGATAAACTATTTCTCCTGGAAAGCAACAATGTTGTTTCGCCTTTCTGGTTTACAAGACTACAGTCAGCATCTGCTTGACCTTGTTTTGCAGCAAGCATTAATGGAGTGTAACCATCCTT
GTCAAGGGTATTGACTGCATATCCTCATTTCAGAAGTTTCCCTATAGCCACCAGATCCCCTTTCTATGAAGCATAATGCAGAGCTTTGAATTCCTCTCCTTTTAAGCCATACGCTAGAGTGGCATACAACATAACATTTTCAAAAAGTTCTCTTTTTTCATGGGCTTGAGCTAAACTAACTGTTGTTTCACCCTTCTTAT
TCTTCAACTTCAAATCAGCTCCAGCGAATATAAGCACTTTGAAAGCCTCAACATGACCCTCTTTTGCAGCTATCATTGCACCAGAAAAACCATGCATCTCTTGCTCATTCAAATTAAGTCATGGTGGTTGTAAAAGTTTCTGAAGGACCAGAGAATCACCAAATCTGGCCATAAAATGAAGTGGAGAAAACACATGGGGA
TTGCTGGAGTAAATTGTTTTCCTTGATTTTATTGCATCTGAAATAATTTGATGGATAGAGGAAACACAATTGTTTATTTCTGCTATGTTGACTATATTTTTCCCATCCATGTTTACTTTTGCCATATTCAGCTCCTAAAAATAACAATTCCTTGAAGCATTCTTGGTGATTAGCCTTTACAGACAGCATAAGTGCAGTTT
CTCCTCTCTCAGTCATCACATTCAAATCACATCCATGCACT


>TRINITY_DN46856_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:
AAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCCACGGAGC
TCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCAAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGGTGAAGGC
CATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGCATACCTT
CAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTGTCATCAG
GTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCA
TCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAA
CATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGC
AGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATCCTCTTTTTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTAAAGCAGTCACTGTTGTTTGGATGCAGCTCTGTGTTGTGGTAATGTATAGCTACTTGAAGGTGAAGAATGGGTGGGCCACGATTCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCA
AAAGCATAAATCAAGgtatgcttttatgtgtatttgaattttgtagagctcatgctaattttaaaagatggtccaatatgtggagcacctttaccctgttttgtatgcttgcagAGCTAATCACCAGCAAGAACCAACTTTTGTGCAATATGGTCCAAGATAGCCCTCGCTGCAATTTTTGATAAACTATTTCTCCTGGA
AAGCAACAATGTTGTTTCGCCTTTCTGGTTTACAAGACTACAGTCAGCATCTGCTTGACCTTGTTTTGCAGCAAGCATTAATGGAGTGTAACCATCCTTGTCAAGGGTATTGACTGCATATCCTCATTTCAGAAGTTTCCCTATAGCCACCAGATCCCCTTTCTATGAAGCATAATGCAGAGCTTTGAATTCCTCTCCTT
TTAAGCCATACGCTAGAGTGGCATACAACATAACATTTTCAAAAAGTTCTCTTTTTTCATGGGCTTGAGCTAAACTAACTGTTGTTTCACCCTTCTTATTCTTCAACTTCAAATCAGCTCCAGCGAATATAAGCACTTTGAAAGCCTCAACATGACCCTCTTTTGCAGCTATCATTGCACCAGAAAAACCATGCATCTCT
TGCTCATTCAAATTAAGTCATGGTGGTTGTAAAAGTTTCTGAAGGACCAGAGAATCACCAAATCTGGCCATAAAATGAAGTGGAGAAAACACATGGGGATTGCTGGAGTAAATTGTTTTCCTTGATTTTATTGCATCTGAAATAATTTGATGGATAGAGGAAACACAATTGTTTATTTCTGCTATGTTGACTATATTTTT
CCCATCCATGTTTACTTTTGCCATATTCAGCTCCTAAAAATAACAATTCCTTGAAGCATTCTTGGTGATTAGCCTTTACAGACAGCATAAGTGCAGTTTCTCCTCTCTCAGTCATCACATTCAAATCACATCCATGCACT




Intron 3 GTAAGAATTT ... CATATTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A120.86110298
A211.974100
A32590301
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>TRINITY_DN106128_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform
CCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATACTTAGGGCAAAACCCACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCG
GACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGGTGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTC
GATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGCATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCC
AGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTGTCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAG
TGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAA
TACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACC
AGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTT
TTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAAT
GTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGTATGCTTTTATGTGTATTTGTAGAGCTCATGCTAATTCTAAAAGATGGTGTATGCCAAACTTCTTGCTACTGTTGTTAGCATTTATGAAAAAGTTATTACAAAAGCAAATT
TAGACTCAATAAACAAGCATGATCGTTGAT


>TRINITY_DN106128_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATACTTAGGGCAAAACCCACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCG
GACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGGTGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTC
GATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGCATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCC
AGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTGTCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAG
TGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATgtaagaatttctacaaagtcaggttcacttagtatttttgattcgtttaatattttagca
tttgaccttttctttccataatgcttaccttaattgcatatttcag
ATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTACATCAAGTCTCTGGTAAGTGTTTTTAAATAATACAATTTATATCAGTCTGGCAAAGTAGAATAAAAATTAACTTGCAGAAAATTCCATAAATTTCAATATTATCTAGATAGATATT
TACACTACCAATAAAATTCATGTTTTCTCTAAATGTCTGTGTGGGTGCTATTTGATTGAGGCCTACCTGGAGAGCAAGTTACTGCAGAGACTCTAGAGCAATGCATTAGGCAGTCATAAAATGGTACTATCCATTTCTATAGTTTCTGATCGTATTTCTGTTGCTATTTCCAGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATAT
TTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTG
CAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGT
GCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGT
GAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAACCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATA
TAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTA
TCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTAC
CAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCACGAGATATCTCATTGTGTTGATGTGTCTCA
CCCTCCAAGCATGGCACCTTTATTTCACCAGATGTTTAATATTATACACACTTGTTCGATAAACTTCATTGCCAGATTTTAACATTTGCC




Intron 4 GTAAGAATTT ... TGCATTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A126.171103147
A224.87741039
A323.4903025
A421.941373146
A520.93511017
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A821.861432753
A924.122365892
A1025.092155985



>TRINITY_DN117289_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform
GCACCACAAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCC
ACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGG
TGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGC
ATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTG
TCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTT
CTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTC
ATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAG
CAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATA
TGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAAGCCCTGACG
TGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACA
GCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTT
GTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATG
CAGATCATAGTGCCG


>TRINITY_DN117289_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GCACCACAAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCC
ACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGG
TGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGC
ATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTG
TCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATgtaagaatttctacaaagtcaggttcacttagt
atttttgattcgtttaatattttagcatttgaccttttctttccataaagcttaccttaattgcatttcag
ATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTT
CCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGT
TGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCA
GTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAA
GTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAAGCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAA
AATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGA
TTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTC
TGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCG




Intron 5 GTAAGTGTTT ... CTATTTCCAG

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>TRINITY_DN106128_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform
TCCCCAACTAAGTCCTGCAATCCTTATTTCATGATGACAGGATTACCATAGTCATGCACCAGCGTAACTGGTGAGGCTCGAACGGGGTTGTAACTCTGGTCAAGATTTCATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTACATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCA
GTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGA
AGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCAT
TGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAG
GATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAACCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGG
TCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCAT
TTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAAT
TCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCACGAGATATCTCATTGTGTTGATGTGTCTCACCCT
CCAAGCATGGCACCTTTATTTCACCAGATGTTTAATATTATACACACTTGTTCGATAAACTTCATTGCCAGATTTTAACATTTGCC


>TRINITY_DN106128_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATACTTAGGGCAAAACCCACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCG
GACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGGTGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTC
GATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGCATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCC
AGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTGTCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAG
TGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATGTAAGAATTTCTACAAAGTCAGGTTCACTTAGTATTTTTGATTCGTTTAATATTTTAGCA
TTTGACCTTTTCTTTCCATAATGCTTACCTTAATTGCATATTTCAGATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTACATCAAGTCTCTGgtaagtgtttttaaataatacaatttatatcagtctggcaaagtagaataaaaattaacttgcagaaaattccataaatttcaatattatctagatagatatt
tacactaccaataaaattcatgttttctctaaatgtctgtgtgggtgctatttgattgaggcctacctggagagcaagttactgcagagactctagagcaatgcattaggcagtcataaaatggtactatccatttctatagtttctgatcgtatttctgttgctatttccag
GTTTGGCAATACTGCATATCTTCATAT
TTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTG
CAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGT
GCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGT
GAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAACCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATA
TAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTA
TCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTAC
CAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCACGAGATATCTCATTGTGTTGATGTGTCTCA
CCCTCCAAGCATGGCACCTTTATTTCACCAGATGTTTAATATTATACACACTTGTTCGATAAACTTCATTGCCAGATTTTAACATTTGCC




Intron 6 GTAATATACA ... TTGGATGCAG

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>TRINITY_DN117289_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform
GCACCACAAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCC
ACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGG
TGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGC
ATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTG
TCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTT
CTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTC
ATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAG
CAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATA
TGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAAGCCCTGACG
TGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACA
GCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTT
GTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATG
CAGATCATAGTGCCG


>TRINITY_DN117289_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GCACCACAAAGCTATCAAGCGGACAATCCTGGCATCATAGCGCTCAATGCAAGATAAACGGAGGTCTGTGCTCTTATATGACCGTGCTCTGCTCCCATCCCCAAAATAGGAGAGCTACGCGGATTTCACAGTACGTCGGCTCACTTTCTATATATAGATCCGGCGATATACACCGTGACTATATAGTTAGGGCAAAACCC
ACGGAGCTCTCCGCCATTTTTTGCGCGGACACCTAAACTGCGCCCCCACGAAAGGCAAAAGGAATACATTGTCTGACAGAAAAGACACCGATCCAGCCACTCTTTCTCCCTAGTACATTTTTACATATGTCGACCCAGTAAGTCCAGGGTTCGATTCGCGGGTCTTTCGGTTTTCTCCAGTAGTTGGTGAAGGGGCGAGG
TGAAGGCCATCGATTTCTTTCTGCCTCGATTTTTCTTTCGATGGCAGTGGTGTCCATCGGCAGACAATTCGGTCTGTTTTCTTTCCCTCATGGGATGCCATTCAGATTATGGCCTTAGGTACATAAAGGAGATATTGGAGATTTTATCCTGCAGTTGCATAGTTTTCTAGTAATGTGCTGCAGTCTGCTGCTGTGAGGGC
ATACCTTCAATTTCCAACTTTCTTTCCAGTGAAAGAAACTCGGGATATTCTCAGCATCTGGGATGCTACTTATGATTTAAGGGAACTTCACAACAAAAAATAAAAGGAGTTGCATTGTTTCCGAGTAAACAAGAGCAACAATGGTGATCAACAAGTCACTTGTACTAACCTATTTGTACCTGCTCATATACATCTCACTG
TCATCAGGTGTTATTCTCTACAACAAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTT
CTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTC
ATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGTTGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAG
CAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCAATCACAGGCCTCAACATAATTGGATA
TGCTATTGgtaatatacatgcttctgtcgtacaaatgtatatgatcctttttcaaaatgtaatgttgtctgagtgtgagcctgctggaaaactgttgtttggatgcagCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCG
AAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAGTGGTCCCAATTCAGCAAGCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATC
CTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGTGCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTAT
CCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAATATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGT
GAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAGGAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCG




Intron 7 GTATTGTGTT ... TATTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN46856_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform
CTTTGCTAGAGTAATTTTGAGAATTCCACATTTTTCAGGACAGGTTGAATCTGCAACATATGCATTGGCATGCTGCTGGTCGTGCTTGCGGATTTCAGCTTTATTTGTCCTTTTGAAAGTTAGGTGTAAGTCTGCTTTCGAGAATGAGCATAGCATACTGTCTGCCTTTTGTTCTTTGTGGGTGGGATGAGATTCGCCAT
TAGCGCCTGGCCAAGGGTGCTCTGTTGATCAAAGATGTCCAATCTCTTCATCCCAAAGCGTATTCTGATTTTATTTCAGTCTTGGTCTCTTTATGGAAGAGGGTGTGATGTCCATTGTATATATCCTTCCACTTTTTGCATTACTGTTTGTAAATGTCTTTTTGTAAATTTAAGACGTTTTTCAAAAAACAAATCTGTTT
CTGGTTTAATTCTTGTTTTGGCGTAATATTTGTGGCTTAGATTTTATGTTTATGTTTGTGGCTTGTTATTTTGAACAGGCCAGTGTTGAAAATTGAAATTCTCTGGAAGACACTTATGATTTTGACTTGATTAAAATCTTCATAGTATGGCTTTAAATTTGTATGTCAATCATTGTGTTTACCAATCATGCTTGGTTTCA
AAACAAATACAATTTTTTTCCATTGAGTTTTGATGCTTTGTTCATTTCTGCAGTGGGTTCTATCAACAAAGCACTTCAATTTTCCATTTCCCATAACTCTGACGATGATTCATATGGGATTTTCTGGAGCAGTTGCATTTATTCTTGTTCGTGTCCTCAAGGTTGTAACTCCGGTCAAGATGACATTTGAAATATATGCA
ACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCCAGTTGCAACCTTCCTGATGGCTGTTATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGT
TGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATCCAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGTTTCCTATTTCTTTTTGTCCCTTGGTATTTGT
TGGAGCAACCAGCAATGGAGGTTCAGCAGTTGCAGTTCAATTTTTGGATTTTTTTCTCAAATGCTCTTTGTGCATTGGCACTAAACTTCTCCATTTTTCTTGTAATTGGGAGAACTGGAGCAGTCACTGTTAGAGTGGCTGGTGTTCTAAAGGATTGGATATTGATTGCGCTTTCAACAGTAATATTTCCAGAGTCAGCA
ATCACAGGCCTCAACATAATTGGATATGCTATTGCTCTTTGTGGTGTGGTAATGTATAACTACTTGAAGGTGAAGGATGGGCGGGCCACGAATCAATTGCCCATTGATGCTGCTACAGAAAAGTCGAAAGCATCAATCAAGGATTGGAAGTTTGAGAAGAAGTCATCGGATGTTTATGATGGCAGTGGAAACAATCTAAG
TGGTCCCAATTCAGCAACCCCTGACGTGGATGAAGAAGCTCCATTGATTCCTTCATCTAGACTTTCACATATAGGTCGGACTCAAACAAGTAATCTTGGGGGTTAATTTCCTTTTCATTTAAAATCCTAGTATTTGCATTTTCCCAAACCAAACTCCCATGGCTGGTATACCTCCACTCATTTTGTTTATTCTGATCAGT
GCTCACAAATGAGCATACAAGGCACAGCATCAATCCATGATCCATCCATTTTTTCATGTGATAGAGCTTTATCATTTTTTGCCAATGAGCCAGACAAAGACAAACTGTATTTACTTCTGGGATTATCCTACCGGATGTTATCCAGGAAGCACTTTTTATCCTGTAATTAGCTCATTGCTTGTATTTGTGATACATGCCAA
TATCGTAACATTGATATTACCTCTTTGTACAAGCTTACATCAATCTCTCATGTAAGCTCTTGCAACTTTACCAATTCAATGGTTTATATAATTCATTTGGAAACAGAAACTTGGTGAGCTTCTGGTGAGCTTGAGCTTAGATATTGCTTATGCATTACTGACATACAATACGCAGAATTATATATTTGACCTGTTTTTAG
GAATTTTGCTTATCTCATGAATGATGCAGATCATAGTGCCACGAGATATCTCATTGTGTTGATGTGTCTCACCCTCCAAGCATGGCACCTTTATTTCACCAGATGTTTAATATTATACACACTTGTTC


>TRINITY_DN46856_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GGGGGATGTCACACATTTGCTCCAGGATTTGTCCCTCGGAGTCTTCAATCTGTCATCTCACTCACATTTACACCAGGGTTCGAGTTTCACCCAAGGAAATTCGTTAATGAAGGAAACGATGCACAGGAACGGTTCAATTATTCCTTGTTGCGGCCTGCCTCAGTCTCCAAGTTTGATTGAGGATTACCATAGTCATGCAC
CAGCGTAACTGGTGAGGCTCGAACGGGGTTGTAACTCTGGTCAAGATCTCATTTGAAATATATGCAACTTGTGTTGTTCCAATCAGCGCTTTCTTTGCATCAAGTCTCTGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCAGATGCTAAAAGCCCTGATGCTAGTTGCAACCTACCTGATGGCTGT
TATCTGTGGTACTGACAAACTGAGATGTGATTTATTCCTCAATATGCTAGTAGTCAGTATTGGAGTTGCTGTTTCTTCATATGGAGAGATTCATTTCAACATAGTTGGAACGGTTTACCAGGTTACAGGCATATTTGCAGAAGCTCTTCGATTGGTATTAACTCAAGTCCTCCTTCAGAAAAAGGGGTTGAGCTTAAATC
CAATCACCAGTTTGTATTACATAGCTCCTTGCAGgtattgtgtttgccactgagcatccaattatgaagattttcaagtgtttgctacttggaaaaagggatttttttcaagttatgccattataatttatagcatgattgaaaatagccaattaaggaaacatattctttaaaaacaaagaattgcatatgacgtgctt
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