NA ----> NA
Intron 1 GTATGTTCTC ... CTGGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 1 | 0 | 2 |
| A2 | 60 | 2 | 1 | 5 |
| A3 | 50 | 2 | 4 | 0 |
| A4 | 57.89 | 4 | 8 | 3 |
| A5 | 100 | 0 | 0 | 1 |
| A6 | 37.04 | 17 | 13 | 7 |
| A7 | 36.36 | 14 | 6 | 10 |
| A8 | 53.19 | 22 | 20 | 30 |
| A9 | 40.74 | 8 | 4 | 7 |
| A10 | 40.54 | 11 | 5 | 10 |
>TRINITY_DN42901_c0_g2_i4 from sample A8 / Example spliced isoformAAAAAATTCACTCACAAAGTCTTAAAAAATAAATGAATAAATTACAAAATAGTTAATCCCTAGAAAAAATGATGTGGAAGAAGAGAATGAGGGAGGAAACGGAGGCAATGGACATTAGAATATTCTTCCGAAATTGGGGGACCTACTAAATCCACCGCTAAAATAGAGGGACCAAGACATCTCCACATAATCCAAACCCC
CATTTCTCTCGTCGTCCTCGTCTCGTCCCTCATTCATTCATTCCTTCCTTCCCTTTTGTCAAAGAATTTACGAGCGCGCGTGCTAAATTGAGTCCAACCTTTAGCGAAAAGAGGAGCCCGTAGAGGTGAATCAATCCATAGTCGAATTATGCAAAACTTTCTGTGGTTAAATTAGTTGGGGATTGAAGTACACTCGAGGG
TTATTACCTGCAACAAAAAAAAACTAGAAGTCTTGAAACCCTCAATGTCGGATCGATCGCGGCCACTTCACTGATCACCACAGGTTCTGTGTAATGCCATGTGTAGATGAAATTTGGTTGAGCTAATGTGGAGAAGAATTTAAGGAAGTGCTCTACTGAGATGGATATTTGATAGAATCATTGCTGGAAAATTATGTGGC
GGCTAGTTAATTGGTGTTGGATCTCTGTATTTTCATGGTTTAGATTGAGGATTTTTTAGTTTGTAAACAGCTTAGAGCAATGGCAGGCAATTCGAGGTTTGATATATCCTCCAGTAGCCCAGATGGATCAAATTTTACTGGCTATCCAAATGGGCCACGGAGTCACTTTATAAGTGCTTCAATCTTGGAAAGGTCAAGCA
GCTCCCGAGAAAACTTGGAAAGCCGGAATTTAATGGCAGGATCAAATTTGCCTAGGGGTGGTGCCTCATCACACGGAGAACATTTGCCTCTCTCACAGATCCTATTTTTAGATACACTGTCAATGGGAGATCAGAAATGTACACGTCAAGTTGAGCTGAGAAGGGTGATTAATGCTGCTTTGGGAATTCAACCAGAAGAT
CCATCATTGGGAGCAGTGCCTGCCAAAGCCCTTTCTTCACTTGGGTCAGATGAGCTCAAGAGACTGAGGTCAATTATTAATGAAAATTCTCTAAAGGCGAGGGAGAGAGTGAAAATTATGAATGAAGCAATGTCGAAACTGGATAAATTTCGTGCTCCATTGTCGTCAAGAAAGAGGTCTCGAACAGAAATGTCAACTTC
TAGCACATTGTCAGTGGATCGCTCTGCTGTAGGTGGAAGTTTATTGAAAGCTGGATCTCAAAATCACACGGCTTCAAATTCTGTGGACACCAGCTCCCAGAGATCCGATGAAAGAAAATCTGCTGTTCCTAACAAGAGAGTTCGGACATCAATGGTGGATACACGGTTGGAAAGCCGTTCCAACAATTTGTCTAGACCAT
CTATAATGGCAGATAGAGAGAGAGATTTGTTCCGGCCTGGAAATACTGCAAGTCAGTCAGAAGATAAAGAGCGGACATTGCCAGCTGGGAGTGAAGGCTGGGAAAAGACAAAATTAAAAGGAAGGCGTTCTGGAATAAAGTCAGATATGTCTCTCAGTACAGTGGCAAATAGAACAATTGATGGCGATCGAGATCATAAA
CGGGTTATACAGCAAAGGCCTAACATTGATAACCGCTCTAGGCCTAGTGAAGGCCATGGTTTTAGGTCTAGTGGGCCTGTTCATGGAATTGTTTCCATGCTCAAAATGGAAAATTCTTCTTCCCAACCAAGTGGTTTAAATGTGCGTGCTATTGCAAGAAATGAACATGATAGTACTACTACAAATGAGAAGAGGGATCG
ATCTATTGTCTCGGAGAAAGACCGAACTGTTCTCAAGAGCAGTATTAAGACAAACATTCGTGATGAAATTCGTGCAGCAAGTCCCACGACAATTACAAAAGGGAAGGCTTCTCGAGCACCGCGGTCCAGTTCAGGTGCATCAGTTAATTCATCCCCACATTTTGCACGCACATCTTCTACTTTTGATGCCTGGGAGCGAC
CTTCAAGTGCAAACAGAGTTCAGGTCACTGGTGGCACAAACAATCGCAAGCGTCCCCTGCCAACAAGATCTTCATCACCACCTGTAGCCCAATGGGCTGGGCAAAGGCCACCAAAGATGTCACGTGCAAGAAGAGTAAACATGATGCCAGTGCCACCAGTTTCGAATCGTGATGACCTGTCAAGTTTGGCAGAGGGATCT
CCTAATCCTGAATCTGGTGCTAAACCTGATTCGATTGAGAGCAATGGTGCAGGTTTCCCAAGGCGCTCAGCAAACAATAGTGCTCCCCAGCAAAGCAAATTAAAGACTGAAAATGTCTCTTCTTCTGCTGGGTTATCTGAGAGTGAGGAATCAGGTGCTGTTGACAACAAGTGCAAGGACAAGAACAAGAAGCAAGGGGA
TGCAGAGGAAAAGGTTGCTCCTGCCAGTCAAAAGGTTGGATCGTTAGTTTTGCCATCAAAGAAGACAAAGATTGTTACTAAAGAAGAAACTGGGGATGGTGTGCGTAGACAAGGACGGAGTGGGCGGAGTGTAACTCCATTCAGGGCAAATATTCCTCCTCCAAGTGGAAAACTAGAAAATGCTGCAACAGCAAAGCAAC
TAAGGAGCACGAGGCCGGGTACTGATAAAGTAGAAAGTAAGACTGGTCGACCTCCAACCAAGAAAATATCATCGGATCGGAAGCCCCTTACACGTCCAAGGCGCCCAATGAACAGTGGATCATCAGATTTTACAGGGGAGTCAGATGATGATCGTGAAGAAATCCTTGCAGCTGCAAATGCTGCTATCAGTGCAAGTGAG
TCGGCATGTTCAGGAAAATTTTGGAAGCAGATGGAGCCTTTTTTTGCATTTCTCACTCAGGATGATCTAGATTTCCTCAAGCAGCAAATCAGACAGGTAGAGGATGCAGATGCAGCTGCAGCTGCAGCTGCAGTTGCAGTTTTTCCATCTGGCAATCATCAGAATGGAAAGGCTGGTCTCATATGTAACTCACTGCCGGC
ATCTCCAACTCCAATTAATGCAAGTAAGCAAAGAAGTTTGCCAAATGGAAGTGTGGATAATGAGGCCTTGAGACCTGGAAGTTTGAATGACACAAAGGATACGGAGCGATCATCTAGAAAACACAGATGGCTTGACAAGATGCTTCCACTTTCTCAACGGGTGCTTTCAGCTTTAATTAATGAAGAAGACTTCAAAGAAA
CCAGCAAAATTCTATATGATGGACAACATGATGACTCTGTTCAATTCATTAGTGAGGATTCTCCCTGTGGTACTAGTCAGATTGACGATGACACTAATGACACAAAGAGAGTGGAATCAGAGATAGAGTTGTTGGAAGTGGAATTAAAAAAACGGAAGCGACACATGTTAGATGTTTCTCGTTGTGACAGCCATACTGCT
TCAAATGGGCATTGGAATTATGCTGTGGGAAACAGTAATGAGGATGAACTCAAGCAGGAAGATGATATTGTAGTATGTTCAGAAATTGAAAATTTTAATTCAGACTTTGGACAGTGGGATGAAAGGCATATGCATGGACGGCAAAAGAATCAAGATGAGTCACAATCCAATTTTCAAACTATTGGATTGATCTCTGGTAT
TGCAACTTATGACTTGCCGTCGCAGCAAATGTGCCTAGATCAGAGGATTCTATTGGAACTACATACTCTTGGACTGTTTCCAGAATTTGTGCCGGATTTGTCACAGAGGGAAGATGAGGAGATAAAAGAAGATATTTGTAAGCTTCAGGAACAGCTTCAGCAACAGGTTTCCAGAAACAAAAATCAAGTGTACAAATTGG
AAAAAGCTGTCTTCAAAAGACAGGAAGTTGAAGAAAGGGAACGCGAGATTCTTGCCTTCAACAAACTTCTAGAGATAGCGTACAACAAACATATGGGGTGCCGAGGTGCCAATGCATCTGGTGGCAAGAGTGCAGGGAATAAAGTCGCAAAGCAGGCTGCCTTGGCTTTTGTTAAACGCACACTGGATAAATGTCAAAAG
TTTGATGAGACTGGCAAGAGCTGCTTTTCAGAAGCTTCCCTAAAAGAGAGACTCTTCTGCACATCCTCACGGGAGATAGATCCAAAACTACTTGATGATGTTATAGAGGTGGCCACTTCAAATGTGTTTGTTGGATCTACACCGTTTCTTTCAGATCTGAAGCCTTCAGCTGTGTCTGTCACTGCTTCTGAGAATGCTAC
TACTGTTAGTGCGCATATACTGAAAACTGAGAATGGAGACAGGGAATCATGTGACACACTCCAGGCAATTGCACCTTATTCAGAACAAACTATTGTAAAAGATGAATTGTGGTCAACACGAGTAAAAAAGAGGGAACTTCCACTTGAAGAAGTTGTTGGCAGTGACATCTCAAGGGGTGCGCCTGCTCTTGAGGCTACTC
TTGTTGGTGGGACAAAGGGAAAGCGCAGTGAAAGAGACAGAGAGGGTAAGGGACAGAGCAAAGAGATCTTGACCAGATCTGGTACTGCTAAAAGTGGTCGACCAGGTTTAGGAAATGCCAAGGGGGAAAGAAAGAACAAGCCTAAACCAAGGCAAAAGACTGCCCAACTTTCAGCTACTAATGGTCTTCTTGGCAAGCCA
GCCGAAGCACCAAAGTTGTCAGTGTCAGATTCTTGTGAAAAGGCCAGTGATAAATTGGTTAAACAGAAAAATGACCACAATCCTGGTGCTACCCAGGATATATCACATGACAACGAGGGAGCTATTGATTTGTCACACTTGCAGCTCCCTGGCATGGAAGACTTTGTTGTTACTGACGATTTAGGTGGCCAAGGTCAGGA
CTTGGGTTCCTGGTTGAACTTTGAAGATGAGGCCTTTCAAGATGGTGCTGGTGATTTTATGGGTCTTGATGTGCCCATGGATGACCTCTCTGAGCTGCCAATGATCGCCTAACAAAGAATATTATTGTTTATGACCTAATTGGAAGCTGTGATGAAGCAGTTGTCAAAGGCGATCACTGACACAAGTCATCTTTCTTTTG
GATACTTGTATTGTATTAGAATAGTTAAATTCTTTCGAAGATTTCTTGTACAAGTCAGCTATGCAGTTGGGAGCAAAATTGTTTTTAATCATCACAGGAATTGCTCCCTTTGTAACAAAATAGCAAACCATTACTTCTGTCAGTCTTGGTTTTGCTCTTTACAAGCCAGCTTTCCCTATCGTCCAAGGTTTTCACTTACC
AGCATTTTGCCTTGGTTGTAACTTTCAACCCTGAACGGGGGAACAGACTGGATAGTACATTCATTTTGTGTCATTAATAATTGTTGATCATGCTTTTGCTGTGGCCAAACCCCATGTGCTGCAGAATCTGCCTGCATTTTTATTCAGTTCTTTAGACTGGAAAATTTCACATTTTTGTGTTATGGATGCCTGTTCTGGCG
AGGGTTCAGGATCTGTAGTTCATCTTTTCTCTTGTATATAGATTCTATTGACTGTCTGTAAGGACTGGACTTTTTGCCAACTGGATGTGGAAATCTTCTAGCTGTAGATTTGTCACTGATTATATCATGCTTTTCTCACTAGTTATTCCTTCAATTCAATTCTTTTGAAAATCAGTTTCTTGCAGGGCTGAATACTGATG
TGTTCATACCTTTATGACTCAAATAGGAGTTATGCAACTACATATCATCTATGATTCTGGGAATGAGTCTCCAATTGCTAAATTTCCCTAAAAAGGCAACATAGTATAGTAATGTGTTTATTAGGTCTTGATGTTCTACCTAGTATTTGAGTAGCAGCAGTAAGGGCATGTATCCAGCATCATACCAGAACTGATTGTAA
AGATAACAGCAACTCAATCGCTATATTGCTATTTATAAAGTTATAGACTTGCCCAAAGTGTTTCAGAATGTTGTAAGGAGGCACCATTTTGTCAAGTCAAAAAGCTGCCTTTGATGACCAAAGAGCTTTACAGCTTTGAGTTTGTTCAACAAGTTCAACAATGGACGTTATAATCATGTGTTCCTATTCAGTTTTTTAGT
ATCTACAGATTTTTTGCTCAGTGTCTTCCAAACAGGATATCTTTAATAGTGGTCCCTGGATGGATGAACATTCAATAACTCTGGAGTCTGAATCAGGATTCAAAAGCCCACTTATAGATTTTGCAGTGGCAGCATGCCTTGCTGTGCATCATGCAGCTCACAAACTACAAATCTATGTTTCTTATCAAAAAATATTTAAT
GCATGATTCTTGTACATATCTGTATTTGTTATAAACATGGTAAAGCTCGTCTTGGATGTTAAGTGTTGCCAGCTACAGCTAGGCAAGTTCAATTATCCACTCCAAAGTATTCGATATTTAATGTGATCAAATTGTTTTCAAAACTGGACTATACTTCATTTTTGTTTTTGGTCAAATTTCCAGTGAATATCTGTTCTTTC
CACAAGGGGTTATTTTTCTTTGCTGGAATAGCTTATTATGATAAAATTTAACTGATTTTGGAGAGCTTTTGGGCAGGATATCCAAGCAATACAGAAGGTGTTTTCATATTTAGAAGCTTGGCGTAACAATTGTGGTGCAGTTCTTGTATATCTGGCATTCTGTATGCCATAAATTAGTCATCGAAGCATAGAAAATGTGA
TATTCATCCTGGAAACGTTAATACAACTCGAGTAAGGTGCTGGCTAATAATCTATGGCTAAACACTTTATAACATTTGGTCTGGCAATATTTTAATCGAAATAAGGGGATGGAAGCTAACTATGTCTGTGACTATTATTTGTCAAATCAACAAGGTGGACGATGTCTTTAGTCATTATTTTGCCTTTACGGTTGAGTTGT
ATATTTCATGATCCTTTGTAATATGAGCTTTAATATAGACGGGTAATTGAAATAGTGGAGTCTTTAGGGGAGAAGACATTCTATTCCTTTTTGGATAGGGAGTGTCCAAGAGTCTTATTTTATTTCAGCACCTAGATTATCCTAGCTATATGTAGTTACCTTCAAGATTTCATTTAAATTTCTTTTTGGTCTTTATGATT
GGCATTACTGAAATTGATGTGGAG
>TRINITY_DN42901_c0_g2_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:AAAAAATTCACTCACAAAGTCTTAAAAAATAAATGAATAAATTACAAAATAGTTAATCCCTAGAAAAAATGATGTGGAAGAAGAGAATGAGGGAGGAAACGGAGGCAATGGACATTAGAATATTCTTCCGAAATTGGGGGACCTACTAAATCCACCGCTAAAATAGAGGGACCAAGACATCTCCACATAATCCAAACCCC
CATTTCTCTCGTCGTCCTCGTCTCGTCCCTCATTCATTCATTCCTTCCTTCCCTTTTGTCAAAGAATTTACGAGCGCGCGTGCTAAATTGAGTCCAACCTTTAGCGAAAAGAGGAGCCCGTAGAGGTGAATCAATCCATAGTCGAATTATGCAAAACTTTCTGTGGTTAAATTAGTTGGGGATTGAAGTACACTCGAGGG
TTATTACCTGCAACAAAAAAAAACTAGAAGTCTTGAAACCCTCAATGTCGGATCGATCGCGGCCACTTCACTGATCACCACAGGTTCTGTGTAATGCCATGTGTAGATGAAATTTGGTTGAGCTAATGTGGAGAAGAATTTAAGGAAGTGCTCTACTGAGATGGATATTTGATAGAATCATTGCTGGAAAATTATGTGGC
GGCTAGTTAATTGGTGTTGGATCTCTGTATTTTCATGGTTTAGATTGAGGATTTTTTAGTTTGTAAACAGCTTAGAGCAATGGCAGGCAATTCGAGGTTTGATATATCCTCCAGTAGCCCAGATGGATCAAATTTTACTGGCTATCCAAATGGGCCACGGAGTCACTTTATAAGTGCTTCAATCTTGGAAAGGTCAAGCA
GCTCCCGAGAAAACTTGGAAAGCCGGAATTTAATGGCAGGATCAAATTTGCCTAGGGGTGGTGCCTCATCACACGGAGAACATTTGCCTCTCTCACAGATCCTATTTTTAGATACACTGTCAATGGGAGATCAGAAATGTACACGTCAAGTTGAGCTGAGAAGGGTGATTAATGCTGCTTTGGGAATTCAACCAGAAGAT
CCATCATTGGGAGCAGTGCCTGCCAAAGCCCTTTCTTCACTTGGGTCAGATGAGCTCAAGAGACTGAGGTCAATTATTAATGAAAATTCTCTAAAGGCGAGGGAGAGAGTGAAAATTATGAATGAAGCAATGTCGAAACTGGATAAATTTCGTGCTCCATTGTCGTCAAGAAAGAGGTCTCGAACAGAAATGTCAACTTC
TAGCACATTGTCAGTGGATCGCTCTGCTGTAGGTGGAAGTTTATTGAAAGCTGGATCTCAAAATCACACGGCTTCAAATTCTGTGGACACCAGCTCCCAGAGATCCGATGAAAGAAAATCTGCTGTTCCTAACAAGAGAGTTCGGACATCAATGGTGGATACACGGTTGGAAAGCCGTTCCAACAATTTGTCTAGACCAT
CTATAATGGCAGATAGAGAGAGAGATTTGTTCCGGCCTGGAAATACTGCAAGTCAGTCAGAAGATAAAGAGCGGACATTGCCAGCTGGGAGTGAAGGCTGGGAAAAGACAAAATTAAAAGGAAGGCGTTCTGGAATAAAGTCAGATATGTCTCTCAGTACAGTGGCAAATAGAACAATTGATGGCGATCGAGATCATAAA
CGGGTTATACAGCAAAGGCCTAACATTGATAACCGCTCTAGGCCTAGTGAAGGCCATGGTTTTAGGTCTAGTGGGCCTGTTCATGGAATTGTTTCCATGCTCAAAATGGAAAATTCTTCTTCCCAACCAAGTGGTTTAAATGTGCGTGCTATTGCAAGAAATGAACATGATAGTACTACTACAAATGAGAAGAGGGATCG
ATCTATTGTCTCGGAGAAAGACCGAACTGTTCTCAAGAGCAGTATTAAGACAAACATTCGTGATGAAATTCGTGCAGCAAGTCCCACGACAATTACAAAAGGGAAGGCTTCTCGAGCACCGCGGTCCAGTTCAGGTGCATCAGTTAATTCATCCCCACATTTTGCACGCACATCTTCTACTTTTGATGCCTGGGAGCGAC
CTTCAAGTGCAAACAGAGTTCAGGTCACTGGTGGCACAAACAATCGCAAGCGTCCCCTGCCAACAAGATCTTCATCACCACCTGTAGCCCAATGGGCTGGGCAAAGGCCACCAAAGATGTCACGTGCAAGAAGAGTAAACATGATGCCAGTGCCACCAGTTTCGAATCGTGATGACCTGTCAAGTTTGGCAGAGGGATCT
CCTAATCCTGAATCTGGTGCTAAACCTGATTCGATTGAGAGCAATGGTGCAGGTTTCCCAAGGCGCTCAGCAAACAATAGTGCTCCCCAGCAAAGCAAATTAAAGACTGAAAATGTCTCTTCTTCTGCTGGGTTATCTGAGAGTGAGGAATCAGGTGCTGTTGACAACAAGTGCAAGGACAAGAACAAGAAGCAAGGGGA
TGCAGAGGAAAAGGTTGCTCCTGCCAGTCAAAAGGTTGGATCGTTAGTTTTGCCATCAAAGAAGACAAAGATTGTTACTAAAGAAGAAACTGGGGATGGTGTGCGTAGACAAGGACGGAGTGGGCGGAGTGTAACTCCATTCAGGGCAAATATTCCTCCTCCAAGTGGAAAACTAGAAAATGCTGCAACAGCAAAGCAAC
TAAGGAGCACGAGGCCGGGTACTGATAAAGTAGAAAGTAAGACTGGTCGACCTCCAACCAAGAAAATATCATCGGATCGGAAGCCCCTTACACGTCCAAGGCGCCCAATGAACAGTGGATCATCAGATTTTACAGGGGAGTCAGATGATGATCGTGAAGAAATCCTTGCAGCTGCAAATGCTGCTATCAGTGCAAGTGAG
TCGGCATGTTCAGGAAAATTTTGGAAGCAGATGGAGCCTTTTTTTGCATTTCTCACTCAGGATGATCTAGATTTCCTCAAGCAGCAAATCAGACAGGTAGAGGATGCAGATGCAGCTGCAGCTGCAGCTGCAGTTGCAGTTTTTCCATCTGGCAATCATCAGAATGGAAAGGCTGGTCTCATATGTAACTCACTGCCGGC
ATCTCCAACTCCAATTAATGCAAGTAAGCAAAGAAGTTTGCCAAATGGAAGTGTGGATAATGAGGCCTTGAGACCTGGAAGTTTGAATGACACAAAGGATACGGAGCGATCATCTAGAAAACACAGATGGCTTGACAAGATGCTTCCACTTTCTCAACGGGTGCTTTCAGCTTTAATTAATGAAGAAGACTTCAAAGAAA
CCAGCAAAATTCTATATGATGGACAACATGATGACTCTGTTCAATTCATTAGTGAGGATTCTCCCTGTGGTACTAGTCAGATTGACGATGACACTAATGACACAAAGAGAGTGGAATCAGAGATAGAGTTGTTGGAAGTGGAATTAAAAAAACGGAAGCGACACATGTTAGATGTTTCTCGTTGTGACAGCCATACTGCT
TCAAATGGGCATTGGAATTATGCTGTGGGAAACAGTAATGAGGATGAACTCAAGCAGGAAGATGATATTGTAGTATGTTCAGAAATTGAAAATTTTAATTCAGACTTTGGACAGTGGGATGAAAGGCATATGCATGGACGGCAAAAGAATCAAGATGAGTCACAATCCAATTTTCAAACTATTGGATTGATCTCTGGTAT
TGCAACTTATGACTTGCCGTCGCAGCAAATGTGCCTAGATCAGAGGATTCTATTGGAACTACATACTCTTGGACTGTTTCCAGAATTTGTGCCGGATTTGTCACAGAGGGAAGATGAGGAGATAAAAGAAGATATTTGTAAGCTTCAGGAACAGCTTCAGCAACAGGTTTCCAGAAACAAAAATCAAGTGTACAAATTGG
AAAAAGCTGTCTTCAAAAGACAGGAAGTTGAAGAAAGGGAACGCGAGATTCTTGCCTTCAACAAACTTCTAGAGATAGCGTACAACAAACATATGGGGTGCCGAGGTGCCAATGCATCTGGTGGCAAGAGTGCAGGGAATAAAGTCGCAAAGCAGGCTGCCTTGGCTTTTGTTAAACGCACACTGGATAAATGTCAAAAG
TTTGATGAGACTGGCAAGAGCTGCTTTTCAGAAGCTTCCCTAAAAGAGAGACTCTTCTGCACATCCTCACGGGAGATAGATCCAAAACTACTTGATGATGTTATAGAGGTGGCCACTTCAAATGTGTTTGTTGGATCTACACCGTTTCTTTCAGATCTGAAGCCTTCAGCTGTGTCTGTCACTGCTTCTGAGAATGCTAC
TACTGTTAGTGCGCATATACTGAAAACTGAGAATGGAGACAGGGAATCATGTGACACACTCCAGGCAATTGCACCTTATTCAGAACAAACTATTGTAAAAGATGAATTGTGGTCAACACGAGTAAAAAAGAGGGAACTTCCACTTGAAGAAGTTGTTGGCAGTGACATCTCAAGGGGTGCGCCTGCTCTTGAGGCTACTC
TTGTTGGTGGGACAAAGGGAAAGCGCAGTGAAAGAGACAGAGAGGGTAAGGGACAGAGCAAAGAGATCTTGACCAGATCTGGTACTGCTAAAAGTGGTCGACCAGGTTTAGGAAATGCCAAGGGGGAAAGAAAGAACAAGCCTAAACCAAGGCAAAAGACTGCCCAACTTTCAGCTACTAATGGTCTTCTTGGCAAGCCA
GCCGAAGCACCAAAGTTGTCAGTGTCAGATTCTTGTGAAAAGGCCAGTGATAAATTGGTTAAACAGAAAAATGACCACAATCCTGGTGCTACCCAGGATATATCACATGACAACGAGGGAGCTATTGATTTGTCACACTTGCAGCTCCCTGGCATGGAAGACTTTGTTGTTACTGACGATTTAGGTGGCCAAGGTCAGGA
CTTGGGTTCCTGGTTGAACTTTGAAGATGAGGCCTTTCAAGATGGTGCTGGTGATTTTATGGGTCTTGATGTGCCCATGGATGACCTCTCTGAGCTGCCAATGATCGCCTAACAAAGAATATTATTGTTTATGACCTAATTGGAAGCTGTGATGAAGCAGTTGTCAAAGGCGATCACTGACACAAGTCATCTTTCTTTTG
GATACTTGTATTGTATTAGAATAGTTAAATTCTTTCGAAGATTTCTTGTACAAGTCAGCTATGCAGTTGGGAGCAAAATTGTTTTTAATCATCACAGGAATTGCTCCCTTTGTAACAAAATAGCAAACCATTACTTCTGTCAGTCTTGGTTTTGCTCTTTACAAGCCAGCTTTCCCTATCGTCCAAGGTTTTCACTTACC
AGCATTTTGCCTTGGTTGTAACTTTCAACCCTGAACGGGGGAACAGACTGGATAGTACATTCATTTTGTGTCATTAATAATTGTTGATCATGCTTTTGCTGTGGCCAAACCCCATGTGCTGCAGAATCTGCCTGCATTTTTATTCAGTTCTTTAGACTGGAAAATTTCACATTTTTGTGTTATGGATGCCTGTTCTGGCG
AGGGTTCAGGATCTGTAGTTCATCTTTTCTCTTGTATATAGATTCTATTGACTGTCTGTAAGGACTGGACTTTTTGCCAACTGGATGTGGAAATCTTCTAGCTGTAGATTTGTCACTGATTATATCATGCTTTTCTCACTAGTTATTCCTTCAATTCAATTCTTTTGAAAATCAGTTTCTTGCAGGGCTGAATACTGATG
TGTTCATACCTTTATGACTCAAATAGGAGTTATGCAACTACATATCATCTATGATTCTGGGAATGAGTCTCCAATTGCTAAATTTCCCTAAAAAGGCAACATAGTATAGTAATGTGTTTATTAGGTCTTGATGTTCTACCTAGTATTTGAGTAGCAGCAGTAAGGGCATGTATCCAGCATCATACCAGAACTGATTGTAA
AGATAACAGCAACTCAATCGCTATATTGCTATTTATAAAGTTATAGACTTGCCCAAAGTGTTTCAGAATGTTGTAAGGAGGCACCATTTTGTCAAGTCAAAAAGCTGCCTTTGATGACCAAAGAGCTTTACAGCTTTGAGTTTGTTCAACAAGTTCAACAATGGACGTTATAATCATGTGTTCCTATTCAGTTTTTTAGT
ATCTACAGATTTTTTGCTCAGTGTCTTCCAAACAGGATATCTTTAATAGTGGTCCCTGGATGGATGAACATTCAATAACTCTGGAGTCTGAATCAGgtatgttctcaataattcatgaatatttttgtgaatatcgaatgagtaacgagttacttaacaggaaggtgactgaatttgtgtggccgagttaatagttcctt
catgtcagtgcattcatgtatggagctcattgctcagttgctggtgcacttacataggaggtaactgttgatattctttaatttaatatatatatttgtaagcaattgtttttactggatgcagGATTCAAAAGCCCACTTATAGATTTTGCAGTGGCAGCATGCCTTGCTGTGCATCATGCAGCTCACAAACTACAAAT
CTATGTTTCTTATCAAAAAATATTTAATGCATGATTCTTGTACATATCTGTATTTGTTATAAACATGGTAAAGCTCGTCTTGGATGTTAAGTGTTGCCAGCTACAGCTAGGCAAGTTCAATTATCCACTCCAAAGTATTCGATATTTAATGTGATCAAATTGTTTTCAAAACTGGACTATACTTCATTTTTGTTTTTGGT
CAAATTTCCAGTGAATATCTGTTCTTTCCACAAGGGGTTATTTTTCTTTGCTGGAATAGCTTATTATGATAAAATTTAACTGATTTTGGAGAGCTTTTGGGCAGGATATCCAAGCAATACAGAAGGTGTTTTCATATTTAGAAGCTTGGCGTAACAATTGTGGTGCAGTTCTTGTATATCTGGCATTCTGTATGCCATAA
ATTAGTCATCGAAGCATAGAAAATGTGATATTCATCCTGGAAACGTTAATACAACTCGAGTAAGGTGCTGGCTAATAATCTATGGCTAAACACTTTATAACATTTGGTCTGGCAATATTTTAATCGAAATAAGGGGATGGAAGCTAACTATGTCTGTGACTATTATTTGTCAAATCAACAAGGTGGACGATGTCTTTAGT
CATTATTTTGCCTTTACGGTTGAGTTGTATATTTCATGATCCTTTGTAATATGAGCTTTAATATAGACGGGTAATTGAAATAGTGGAGTCTTTAGGGGAGAAGACATTCTATTCCTTTTTGGATAGGGAGTGTCCAAGAGTCTTATTTTATTTCAGCACCTAGATTATCCTAGCTATATGTAGTTACCTTCAAGATTTCA
TTTAAATTTCTTTTTGGTCTTTATGATTGGCATTACTGAAATTGATGTGGAG
Intron 2 GTGGCGTACT ... TTATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.06 | 324 | 64 | 60 |
| A2 | 13.53 | 230 | 36 | 36 |
| A3 | 16.55 | 232 | 36 | 56 |
| A4 | 19.4 | 189 | 33 | 58 |
| A5 | 13.11 | 106 | 7 | 25 |
| A6 | 13.55 | 472 | 54 | 94 |
| A7 | 15.11 | 503 | 69 | 110 |
| A8 | 14.38 | 375 | 45 | 81 |
| A9 | 13.45 | 415 | 45 | 84 |
| A10 | 11.53 | 399 | 40 | 64 |
>TRINITY_DN106644_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformAGGAAACGGAGGCAATGGACATTAGAATATTCTTCCGAAATTGGGGGATCTACTAAATCCACCGCTAAAATAGAGGGACCAAGACATCTCCACATAATCCAAACCCCCATTTCTCTCGTCGTCCTCGTCTCGTCCCTCATTCATTCATTCCTTCCTTCCCTTTTGTCAAAGAATTTACGAGCGCGCGTGCTAAATTGAGT
CCAACCTTTAGCGAAAAGAGGAGCCCGTAGAGGTGAATCAATCCATAGTCGAATTATGCAAAACTTTCTGTGGTTAAATTAGTTGGGGATTGAAGTACACTCGAGGGTTATTACCTGCAACAAAAAAAAACTAAAAGTCTTGAAACCCTCAATGTCGGATCGATCGCGGCCACTTCACTGATCACCACAGGTTCTGTGTA
ATGCCATGTGTAGATGAAATTTGGTTGAGCTAATGTGGAGAAGAATTTAAGGAAGTGCTCTACTGAGATGGATATTTGATAGAATCATTGCTGGAAAATTATGTGGCGGCTAGTTAATTGGTGTTGGATCTCTGTATTTTCATGGTTTAGATTGAGGATTTTTTAGTTTGTAAACAGCTTAGAGCAATGGCAGGCAATTC
GAGGTTTGATATATCCTCCAGTAGCCCAGATGGATCAAATTTTACTGGCTATCCAAATGGGCCGCGGAGTCACTTTATAAGTGCTTCAATCTTGGAAAGGTCAAGCAGCTCCCGAGAAAACTTGGAAAGCCGGAATTTAATGGCAGGATCAAATTTGCCTAGGGGTGGTGCCTCATCACACGGAGAACATTTGCCTCTCT
CACAGATCCTATTTTTAGATACACTGTCAATGGGAGATCAGAAATGTACACGTCAAGTTGAGCTGAGAAGGGTGATTAATGCTGCTTTGGGAATTCAACCAGAAGATCCATCATTGGGAGCAGTGCCTGCCAAAGCCCTTTCTTCACTTGGGTCAGATGAGCTCAAGAGACTGAGGTCAATTATTAATGAAAATTCTCTA
AAGGCGAGGGAGAGAGTGAAAATTATGAATGAAGCAATGTCGAAACTGGATAAATTTCGTGCTCCGTTGTCGTCAAGAAAGAGGTCTCGAACAGAAATGTCAACTTCTAGCACATTGTCAGTGGATCGCTCTGCTGTAGGTGGAAGTTTATTGAAAGCTGGATCTCAAAATCACACGGCTTCAAATTCTGTGGACACCAG
CTCCCAGAGATCCGATGAAAGAAAATCTGCTGTTCCTAACAAGAGAGTTCGGACATCAATGGTGGATACACGGTTGGAAAGCCGTTCCAACAATTTGTCTAGACCATCTATAATGGCAGATAGAGAGAGAGATTTGTTCCGGCCTGGAAATACTGCAAGTCAGTCAGAAGATAAAGAGCGGACATTGCCAGCTGGGAGTG
AAGGCTGGGAAAAGACAAAATTAAAAGGAAGGCGTTCTGGAATAAAGTCAGATATGTCTCTCAGTACAGTGGCAAATAGAACAGTTGATGGCGATCGAGATCATAAACGGGTTATACAGCAAAGGCCTAACATTGATAACCGCTCTAGGCCTAGTGAAGGCCATGGTTTTAGGTCTAGTGGGCCTGTTCATGGAATTGTT
TCCATGCTCAAAATGGAAAATTCTTCTTCCCAACCAAGTGGTTTAAATGTGCGTGCTATTGCAAGAAATGAACATGATAGTACTACTACAAATGAGAAGAGGGATCGATCTATTGTCTCGGAGAAAGACCGAACTGTTCTCAAGAGCAGTATTAAGACAAACATTCGTGATGAAATTCGTGCAGCAAGTCCCACGACAAT
TACAAAAGGGAAGGCTTCTCGAGCACCGCGGTCCAGTTCAGGTGCATCAGTTAATTCATCCCCACATTTTGCACGCACATCTTCTACTTTTGATGCCTGGGAGCGACCTTCAAGTGCAAACAGAGTTCAGGTCACTGGTGGCACAAACAATCGCAAGCGTCCCCTGCCAACAAGATCTTCATCACCACCTGTAGCCCAAT
GGGCTGGGCAAAGGCCACCAAAGATGTCACGTGCAAGAAGAGTAAACATGATGCCAGTGCCACCAGTTTCGAATCGTGATGACCTGTCAAGTTTGGCAGAGGGATCTCCTAATCCTGAATCTGGTGCTAAACCTGATTCGATTGAGAGCAATGGTGCAGGTTTCCCAAGGCGCTCAGCAAACAATAGTGCTCCCCAGCAA
AGCAAATTAAAGACTGAAAATGTCTCTTCTTCTGCTGGGTTATCTGAGAGTGAGGAATCAGGTGCTGTTGACAACAAGTGCAAGGACAAGAACAAGAAGCAAGGGGATGCAGAGGAAAAGGTTGCTCCTGCCAGTCAAAAGGTTGGATCGTTAGTTTTGCCATCAAAGAAGACAAAGATTGTTACTAAAGAAGAAACTGG
GGATGGTGTGCGTAGACAAGGACGGAGTGGGCGGAGTGTAACTCCATTCAGGGCAAATATTCCTCCTCCAAGTGGAAAACTAGAAAATGCTGCAACAGCAAAGCAACTAAGGAGCACGAGGCCGGGTACTGATAAAGTAGAAAGTAAGACTGGTCGACCTCCAACCAAGAAAATATCATCGGATCGGAAGCCCCTTACAC
GTCCAAGGCGCCCAATGAACAGTGGATCATCAGATTTTACAGGGGAGTCAGATGATGATCGTGAAGAAATCCTTGCAGCTGCAAATGCTGCTATCAGTGCAAGTGAGTCGGCATGTTCAGGAAAATTTTGGAAGCAGATGGAGCCTTTTTTTGCATTTCTCACTCAGGATGATCTAGATTTCCTCAAGCAGCAAATCAGA
CAGGTAGAGGATGCAGATGCAGATGCAGCTGCAGCTGCAGTTGCAGTTTTTCCATCTGGCAATCATCAGAATGGAAAGGCTGGTCTCATATGTAACTCACTGCCGGCATCTCCAACTCCAATTAATGCAAGTAAGCAAAGAAGTTTGCCAAATGGAAGTGTGGATAATGAGGCCTTGAGACCTGGAAGTTTGAATGACAC
AAAGGATACGGAGCGATCATCTAGAAAACACAGATGGCTTGACAAGATGCTTCCACTTTCTCAACGGGTGCTTTCAGCTTTAATTAATGAAGAAGACTTCAAAGAAACCAGCAAAATTCTATATGATGGACAACATGATGACTCTGTTCAATTCATTAGTGAGGATTCTCCCTGTGGTACTAGTCAGATTGACGATGACA
CTAATGACACAAAGAGAGTGGAATCAGAGATAGAGTTGTTGGAAGTGGAATTAAAAAAACGGAAGCGACACATGTTAGATGTTTCTCGTTGTGACAGCCATACTGCTTCAAATGGGCATTGGAATTATGCTGTGGGAAACAGTAATGAGGATGAACTCAAGCAGGAAGATGATATTGTAGTATGTTCAGAAATTGAAAAT
TTTAATTCAGACTTTGGACAGTGGGATGAAAGGCATATGCATGGACGGCAAAAGAATCAAGATGAGTCACAATCCAATTTTCAAACTATTGGATTGATCTCTGGTATTGCAACTTATGACTTGCCGTCGCAGCAAATGTGCCTAGATCAGAGGATTCTATTGGAACTACATACTCTTGGACTGTTTCCAGAATTTGTGCC
GGATTTGTCACAGAGGGAAGATGAGGAGATAAAAGAAGATATTTGTAAGCTTCAGGAACAGCTTCAGCAACAGGTTTCCAGAAACAAAAATCAAGTGTACAAATTGGAAAAAGCTGTCTTCAAAAGACAGGAAGTTGAAGAAAGGTAATCATGGCTGACTGAAACAATTTTTCTGAATGCTTGGTTGATATACAATACCA
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CAGGCTGCCTTGGCTTTTGTTAAACGCACACTGGATAAATGTCAAAAGTTTGATGAGACTGGCAAGAGCTGCTTTTCAGAAGCTTCCCTAAAAGAGAGACTCTTCTGCACATCCTCACGGGAGATAGATCCAAAACTACTTGATGATGTTATAGAGGTGGCCACTTCAAATGTGTTTGTTGGATCTACACCGTTTCTTTC
AGATCTGAAGCCTTCAGCTGTGTCTGTCACTGCTTCTGAGAATGCTACTACTGTTAGTGCGCATATACTGAAAACTGAGAATGGAGACAGGGAATCATGTGACACACTCCAGGCAATTGCACCTTATTCAGAACAAACTATTGTAAAAGATGAATTGTGGTCAACACGAGTAAAAAAGAGGGAACTTCCACTTGAAGAAG
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CAAAAGACTGCCCAACTTTCAGCTACTAATGGTCTTCTTGGCAAGCCAGCCGAAGCACCAAAGTTGTCAGTGTCAGATTCTTGTGAAAAGGCCAGTGATAAATTGGTTAAACAGAAAAATGACCACAATCCTGGTGCTACCCAGGATATATCACATGACAACGAGGGAGCTATTGATTTGTCACACTTGCAGCTCCCTGG
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CAATTCAATTCTTTTGAAAATCAGTTTCTTGCAGGGCTGAATACTGATGTGTTCATACCTTTATGACTCAAATAGGAGTTATGCAACTACATATCATCTATGATTCTGGGAATGAGTCTCCAATTGCTAAATTTCCCTAAAAAGGCAACATAGTATAGTAATGTGTTTATTAGGTCTTGATGTTCTACCTAGTATTTGAG
TAGCAGCAGTAAGGGCATGTATCCAGCATCATACCAGAACTGATTGTAAAGATAACAGCAACTCAATCGCTATATTGCTATTTATAAAGTTATAGACTTGCCCAAAGTGTTTCAGAATGTTGTAAGGAGGCACCATTTTGTCAAGTCAAAAAGCTGCCTTTGATGACCAAAGAGCTTTACAGCTTTGAGTTTGTTCAACA
AGTTCAACAATGGACGTTATAATCATGTGTTCCTATTCAGTTTTTTAGTATCTACAGATTTTTTGCTCAGTGTCTTCCAAACAGGATATCTTTAATAGTGGTCCCTGGATGGATGAACATTCAATAACTCTGGAGTCTGAATCAGGTATGTTCTCAATAATTCATGAATATTTTTGTGAATATCGAATGAGTAACGAGTT
ACTTAACAGGAAGGTGACTGAATTTGTGTGGCCGAGTTAATAGTTCCTTCATGTCAGTGCATT
>TRINITY_DN106644_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:AGGAAACGGAGGCAATGGACATTAGAATATTCTTCCGAAATTGGGGGATCTACTAAATCCACCGCTAAAATAGAGGGACCAAGACATCTCCACATAATCCAAACCCCCATTTCTCTCGTCGTCCTCGTCTCGTCCCTCATTCATTCATTCCTTCCTTCCCTTTTGTCAAAGAATTTACGAGCGCGCGTGCTAAATTGAGT
CCAACCTTTAGCGAAAAGAGGAGCCCGTAGAGGTGAATCAATCCATAGTCGAATTATGCAAAACTTTCTGTGGTTAAATTAGTTGGGGATTGAAGTACACTCGAGGGTTATTACCTGCAACAAAAAAAAACTAAAAGTCTTGAAACCCTCAATGTCGGATCGATCGCGGCCACTTCACTGATCACCACAGGTTCTGTGTA
ATGCCATGTGTAGATGAAATTTGGTTGAGCTAATGTGGAGAAGAATTTAAGGAAGTGCTCTACTGAGATGGATATTTGATAGAATCATTGCTGGAAAATTATGTGGCGGCTAGTTAATTGGTGTTGGATCTCTGTATTTTCATGGTTTAGATTGAGGATTTTTTAGTTTGTAAACAGCTTAGAGCAATGGCAGGCAATTC
GAGGTTTGATATATCCTCCAGTAGCCCAGATGGATCAAATTTTACTGGCTATCCAAATGGGCCGCGGAGTCACTTTATAAGTGCTTCAATCTTGGAAAGGTCAAGCAGCTCCCGAGAAAACTTGGAAAGCCGGAATTTAATGGCAGGATCAAATTTGCCTAGGGGTGGTGCCTCATCACACGGAGAACATTTGCCTCTCT
CACAGATCCTATTTTTAGATACACTGTCAATGGGAGATCAGAAATGTACACGTCAAGTTGAGCTGAGAAGGGTGATTAATGCTGCTTTGGGAATTCAACCAGAAGATCCATCATTGGGAGCAGTGCCTGCCAAAGCCCTTTCTTCACTTGGGTCAGATGAGCTCAAGAGACTGAGGTCAATTATTAATGAAAATTCTCTA
AAGGCGAGGGAGAGAGTGAAAATTATGAATGAAGCAATGTCGAAACTGGATAAATTTCGTGCTCCGTTGTCGTCAAGAAAGAGGTCTCGAACAGAAATGTCAACTTCTAGCACATTGTCAGTGGATCGCTCTGCTGTAGGTGGAAGTTTATTGAAAGCTGGATCTCAAAATCACACGGCTTCAAATTCTGTGGACACCAG
CTCCCAGAGATCCGATGAAAGAAAATCTGCTGTTCCTAACAAGAGAGTTCGGACATCAATGGTGGATACACGGTTGGAAAGCCGTTCCAACAATTTGTCTAGACCATCTATAATGGCAGATAGAGAGAGAGATTTGTTCCGGCCTGGAAATACTGCAAGTCAGTCAGAAGATAAAGAGCGGACATTGCCAGCTGGGAGTG
AAGGCTGGGAAAAGACAAAATTAAAAGGAAGGCGTTCTGGAATAAAGTCAGATATGTCTCTCAGTACAGTGGCAAATAGAACAGTTGATGGCGATCGAGATCATAAACGGGTTATACAGCAAAGGCCTAACATTGATAACCGCTCTAGGCCTAGTGAAGGCCATGGTTTTAGGTCTAGTGGGCCTGTTCATGGAATTGTT
TCCATGCTCAAAATGGAAAATTCTTCTTCCCAACCAAGTGGTTTAAATGTGCGTGCTATTGCAAGAAATGAACATGATAGTACTACTACAAATGAGAAGAGGGATCGATCTATTGTCTCGGAGAAAGACCGAACTGTTCTCAAGAGCAGTATTAAGACAAACATTCGTGATGAAATTCGTGCAGCAAGTCCCACGACAAT
TACAAAAGGGAAGGCTTCTCGAGCACCGCGGTCCAGTTCAGGTGCATCAGTTAATTCATCCCCACATTTTGCACGCACATCTTCTACTTTTGATGCCTGGGAGCGACCTTCAAGTGCAAACAGAGTTCAGGTCACTGGTGGCACAAACAATCGCAAGCGTCCCCTGCCAACAAGATCTTCATCACCACCTGTAGCCCAAT
GGGCTGGGCAAAGGCCACCAAAGATGTCACGTGCAAGAAGAGTAAACATGATGCCAGTGCCACCAGTTTCGAATCGTGATGACCTGTCAAGTTTGGCAGAGGGATCTCCTAATCCTGAATCTGGTGCTAAACCTGATTCGATTGAGAGCAATGGTGCAGGTTTCCCAAGGCGCTCAGCAAACAATAGTGCTCCCCAGCAA
AGCAAATTAAAGACTGAAAATGTCTCTTCTTCTGCTGGGTTATCTGAGAGTGAGGAATCAGGTGCTGTTGACAACAAGTGCAAGGACAAGAACAAGAAGCAAGGGGATGCAGAGGAAAAGGTTGCTCCTGCCAGTCAAAAGGTTGGATCGTTAGTTTTGCCATCAAAGAAGACAAAGATTGTTACTAAAGAAGAAACTGG
GGATGGTGTGCGTAGACAAGGACGGAGTGGGCGGAGTGTAACTCCATTCAGGGCAAATATTCCTCCTCCAAGTGGAAAACTAGAAAATGCTGCAACAGCAAAGCAACTAAGGAGCACGAGGCCGGGTACTGATAAAGTAGAAAGTAAGACTGGTCGACCTCCAACCAAGAAAATATCATCGGATCGGAAGCCCCTTACAC
GTCCAAGGCGCCCAATGAACAGTGGATCATCAGATTTTACAGGGGAGTCAGATGATGATCGTGAAGAAATCCTTGCAGCTGCAAATGCTGCTATCAGTGCAAGTGAGTCGGCATGTTCAGGAAAATTTTGGAAGCAGATGGAGCCTTTTTTTGCATTTCTCACTCAGGATGATCTAGATTTCCTCAAGCAGCAAATCAGA
CAGGTAGAGGATGCAGATGCAGATGCAGCTGCAGCTGCAGTTGCAGTTTTTCCATCTGGCAATCATCAGAATGGAAAGGCTGGTCTCATATGTAACTCACTGCCGGCATCTCCAACTCCAATTAATGCAAGTAAGCAAAGAAGTTTGCCAAATGGAAGTGTGGATAATGAGGCCTTGAGACCTGGAAGTTTGAATGACAC
AAAGGATACGGAGCGATCATCTAGAAAACACAGATGGCTTGACAAGATGCTTCCACTTTCTCAACGGGTGCTTTCAGCTTTAATTAATGAAGAAGACTTCAAAGAAACCAGCAAAATTCTATATGATGGACAACATGATGACTCTGTTCAATTCATTAGTGAGGATTCTCCCTGTGGTACTAGTCAGATTGACGATGACA
CTAATGACACAAAGAGAGTGGAATCAGAGATAGAGTTGTTGGAAGTGGAATTAAAAAAACGGAAGCGACACATGTTAGATGTTTCTCGTTGTGACAGCCATACTGCTTCAAATGGGCATTGGAATTATGCTGTGGGAAACAGTAATGAGGATGAACTCAAGCAGGAAGATGATATTGTAGTATGTTCAGAAATTGAAAAT
TTTAATTCAGACTTTGGACAGTGGGATGAAAGGCATATGCATGGACGGCAAAAGAATCAAGATGAGTCACAATCCAATTTTCAAACTATTGGATTGATCTCTGGTATTGCAACTTATGACTTGCCGTCGCAGCAAATGTGCCTAGATCAGAGGATTCTATTGGAACTACATACTCTTGGACTGTTTCCAGAATTTGTGCC
GGATTTGTCACAGAGGGAAGATGAGGAGATAAAAGAAGATATTTGTAAGCTTCAGGAACAGCTTCAGCAACAGGTTTCCAGAAACAAAAATCAAGTGTACAAATTGGAAAAAGCTGTCTTCAAAAGACAGGAAGTTGAAGAAAGGGAACGCGAGATTCTTGCCTTCAACAAACTTCTAGAGATAGCGTACAACAAACATA
TGGGGTGCCGAGGTGCCAATGCATCTGGTGGCAAGAGTGCAGGGAATAAAGTCGCAAAGCAGGCTGCCTTGGCTTTTGTTAAACGCACACTGGATAAATGTCAAAAGTTTGATGAGACTGGCAAGAGCTGCTTTTCAGAAGCTTCCCTAAAAGAGAGACTCTTCTGCACATCCTCACGGGAGATAGATCCAAAACTACTT
GATGATGTTATAGAGGTGGCCACTTCAAATGTGTTTGTTGGATCTACACCGTTTCTTTCAGATCTGAAGCCTTCAGgtggcgtactaaactttaactacttttatccacttcggtctcattgctacagaaatagtctgcaatatatgatggagttcgtagttaaaaacctaaaattctctaggacaaaaataatgtcttg
taggttgcaagatactttttggaattcccttgcaacaagattgttatgctgcagtaaaaaaatgcaaatagtcttcatgccattgtggccttgggagaagggaattgtgtataattcaattgtattaataacattgctgcatatcttaaaagatgtggttttatttgcagCTGTGTCTGTCACTGCTTCTGAGAATGCTA
CTACTGTTAGTGCGCATATACTGAAAACTGAGAATGGAGACAGGGAATCATGTGACACACTCCAGGCAATTGCACCTTATTCAGAACAAACTATTGTAAAAGATGAATTGTGGTCAACACGAGTAAAAAAGAGGGAACTTCCACTTGAAGAAGTTGTTGGCAGTGACATCTCAAGGGGTGCGCCTGCTCTTGAGGCTACT
CTTGTTGGTGGGACAAAGGGAAAGCGCAGTGAAAGAGACAGAGAGGGTAAGGGACAGAGCAAAGAGATCTTGACCAGATCTGGTACTGCTAAAAGTGGTCGACCAGGTTTAGGAAATGCCAAGGGGGAAAGAAAGAACAAGCCTAAACCGAGGCAAAAGACTGCCCAACTTTCAGCTACTAATGGTCTTCTTGGCAAGCC
AGCCGAAGCACCAAAGTTGTCAGTGTCAGATTCTTGTGAAAAGGCCAGTGATAAATTGGTTAAACAGAAAAATGACCACAATCCTGGTGCTACCCAGGATATATCACATGACAACGAGGGAGCTATTGATTTGTCACACTTGCAGCTCCCTGGCATGGAAGACTTTGTTGTTACTGACGATTTAGGTGGCCAAGGTCAGG
ACTTGGGTTCCTGGTTGAACTTTGAAGATGAGGCCTTTCAAGATGGTGCTGGTGATTTTATGGGTCTTGATGTGCCCATGGATGACCTCTCTGAGCTGCCAATGATCGCCTAACAAAGAATATTATTGTTTATGACCTAATTGGAAGCTGTGATGAAGCAGTTGTCAAAAGGCGATCACTGACACAAGTCATCTTTCTTT
TGGATACTTGTATTGTATTAGAATAGTTAAATTCTTTCGAAGATTTCTTGTACAAGTCAGCTATGCAGTTGGGAGCAAAATTGTTTTTAATCATCACAGGAATTGCTCCCTTTGTAACAAAATAGCAAACCATTACTTCTGTCAGTCTTGGTTTTGCTCTTTACAAGCCAGCTTTCCCTATCGTCCAAGGTTTTCACTTA
CCAGCATTTTGCCTTGGTTGTAACTTTCAACCCTGAACGGGGGAACAGACTGGATAGTACATTCATTTTGTGTCATTAATAATTGTTGATCATGCTTTTGCTGTGGCCAAACCCCATGTGCTGCAGAATCTGCCTGCATTTTTATTCAGTTCTTTAGACTGGAAAATTTCACATTTTTGTGTTATGGATGCCTGTTCTGG
CGAGGGTTCAGGATCTGTAGTTCATCTTTTCTCTTGTATATAGATTCTATTGACTGTCTGTAAGGACTGGACTTTTTGCCAACTGGATGTGGAAATCTTCTTGCTGTAGATTTGTCACTGATTATATCATGCTTTTCTCACTAGTTATTCCTTCAATTCAATTCTTTTGAAAATCAGTTTCTTGCAGGGCTGAATACTGA
TGTGTTCATACCTTTATGACTCAAATAGGAGTTATGCAACTACATATCATCTATGATTCTGGGAATGAGTCTCCAATTGCTAAATTTCCCTAAAAAGGCAACATAGTATAGTAATGTGTTTATTAGGTCTTGATGTTCTACCTAGTATTTGAGTAGCAGCAGTAAGGGCATGTATCCAGCATCATACCAGAACTGATTGT
AAAGATAACAGCAACTCAATCGCTATATTGCTATTTATAAAGTTATAGACTTGCCCAAAGTGTTTCAGAATGTTGTAAGGAGGCACCATTTTGTCAAGTCAAAAAGCTGCCTTTGATGACCAAAGAGCTTTACAGCTTTGAGTTTGTTCAACAAGTTCAACAATGGACGTTATAATCATGTGTTCCTATTCAGTTTTTTA
GTATCTACAGATTTTTTGCTCAGTGTCTTCCAAACAGGATATCTTTAATAGTGGTCCCTGGATGGATGAACATTCAATAACTCTGGAGTCTGAATCAGGTATGTTCTCAATAATTCATGAATATTTTTGTGAATATCGAATGAGTAACGAGTTACTTAACAGGAAGGTGACTGAATTTGTGTGGCCGAGTTAATAGTTCC
TTCATGTCAGTGCATT
Intron 3 GTGAGTGGTG ... GGTGGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.64 | 523 | 4 | 136 |
| A2 | 23.76 | 430 | 0 | 134 |
| A3 | 17.74 | 589 | 4 | 127 |
| A4 | 18.63 | 415 | 0 | 95 |
| A5 | 22.92 | 222 | 1 | 66 |
| A6 | 17.98 | 73 | 1 | 16 |
| A7 | 20.78 | 366 | 0 | 96 |
| A8 | 23.45 | 111 | 0 | 34 |
| A9 | 18.6 | 315 | 0 | 72 |
| A10 | 21.46 | 421 | 0 | 115 |
>TRINITY_DN115537_c0_g2_i7 from sample A2 / Example spliced isoformAGGAGGCAGAATGTATCCACTGAGTACAAAGAAAGTTGAAGTTAGGAGGACTAAAAAATTCACTCACAAAGTCTTAAAAAATAAATGAATAAATTACAAAATAGTTATTCCCTAGAAAAAATGATGTGGAAGAAGAGAATGAGGGAGGAAACGGAGGCAATGGACATTAGAATATTCTTCCGAAATTGGGGGATCTACTA
AATCCACCGCTAAAATAGAGGGACCAAGACATCTCCACATAATCCAAACCCCCATTTCTCTCGTCGTCCTCGTCTCGTCCCTCATTCATTCATTCCTTCCTTCCCTTTTGTCAAAGAATTTACGAGCGCGCGTGCTAAATTGAGTCCAACCTTTAGCGAAAAGAGGAGCCCGTAGAGGTGAATCAATCCATAGTCGAATT
ATGCAAAACTTTCTGTGGTTAAATTAGTTGGGGATTGAAGTACACTCGAGGGTTATTACCTGCAACAAAAAAAAACTAAAAGTCTTGAAACCCTCAATGTCGGATCGATCGCGGCCACTTCACTGATCACCACAGGTTCTGTGTAATGCCATGTGTAGATGAAATTTGGTTGAGCTAATGTGGAGAAGAATTTAAGGAAG
TGCTCTACTGAGATGGATATTTGATAGAATCATTGCTGGAAAATTATGTGGCGGCTAGTTAATTGGTGTTGGATCTCTGTATTTTCATGGTTTAGATTGAGGATTTTTTAGTTTGTAAACAGCTTAGAGCAATGGCAGGCAATTCGAGGTTTGATATATCCTCCAGTAGCCCAGATGGATCAAATTTTACTGGCTATCCA
AATGGGCCGCGGAGTCACTTTATAAGTGCTTCAATCTTGGAAAGGTCAAGCAGCTCCCGAGAAAACTTGGAAAGCCGGAATTTAATGGCAGGATCAAATTTGCCTAGGGGTGGTGCCTCATCACACGGAGAACATTTGCCTCTCTCACAGATCCTATTTTTAGATACACTGTCAATGGGAGATCAGAAATGTACACGTCA
AGTTGAGCTGAGAAGGGTGATTAATGCTGCTTTGGGAATTCAACCAGAAGATCCATCATTGGGAGCAGTGCCTGCCAAAGCCCTTTCTTCACTTGGGTCAGATGAGCTCAAGAGACTGAGGTCAATTATTAATGAAAATTCTCTAAAGGCGAGGGAGAGAGTGAAAATTATGAATGAAGCAATGTCGAAACTGGATAAAT
TTCGTGCTCCATTGTCGTCAAGAAAGAGGTCTCGAACAGAAATGTCAACTTCTAGCACATTGTCAGTGGATCGCTCTGCTGTAGGTGGAAGTTTATTGAAAGCTGGATCTCAAAATCACACGGCTTCAAATTCTGTGGACACCAGCTCCCAGAGATCCGATGAAAGAAAATCTGCTGTTCCTAACAAGAGAGTTCGGACA
TCAATGGTGGATACACGGTTGGAAAGCCGTTCCAACAATTTGTCTAGACCATCTATAATGGCAGATAGAGAGAGAGATTTGTTCCGGCCTGGAAATACTGCAAGTCAGTCAGAAGATAAAGAGCGGACATTGCCAGCTGGGAGTGAAGGCTGGGAAAAGACAAAATTAAAAGGAAGGCGTTCTGGAATAAAGTCAGATAT
GTCTCTCAGTACAGTGGCAAATAGAACAGTTGATGGCGATCGAGATCATAAACGGGTTATACAGCAAAGGCCTAACATTGATAACCGCTCTAGGCCTAGTGAAGGCCATGGTTTTAGGTCTAGTGGGCCTGTTCATGGAATTGTTTCCATGCTCAAAATGGAAAATTCTTCTTCCCAACCAAGTGGTTTAAATGTGCGTG
CTATTGCAAGAAATGAACATGATAGTACTACTACAAATGAGAAGAGGGATCGATCTATTGTCTCGGAGAAAGACCGAACTGTTCTCAAGAGCAGTATTAAGACAAACATTCGTGATGAAATTCGTGCAGCAAGTCCCACGACAATTACAAAAGGGAAGGCTTCTCGAGCACCGCGGTCCAGTTCAGGTGCATCAGTTAAT
TCATCCCCACATTTTGCACGCACATCTTCTACTTTTGATGCCTGGGAGCGACCTTCAAGTGCAAACAGAGTTCAGGTCACTGGTGGCACAAACAATCGCAAGCGTCCCCTGCCAACAAGATCTTCATCACCACCTGTAGCCCAATGGGCTGGGCAAAGGCCACCAAAGATGTCACGTGCAAGAAGAGTAAACATGATGCC
AGTGCCACCAGTTTCGAATCGTGATGACCTGTCAAGTTTGGCAGAGGGATCTCCTAATCCTGAATCTGGTGCTAAACCTGATTCGATTGAGAGCAATGGTGCAGGTTTCCCAAGGCGCTCAGCAAACAATAGTGCTCCCCAGCAAAGCAAATTAAAGACTGAAAATGTCTCTTCTTCTGCTGGGTTATCTGAGAGTGAGG
AATCAGGTGCTGTTGACAACAAGTGCAAGGACAAGAACAAGAAGCAAGGGGATGCAGAGGAAAAGGTTGCTCCTGCCAGTCAAAAGGTTGGATCGTTAGTTTTGCCATCAAAGAAGACAAAGATTGTTACTAAAGAAGAAACTGGGGATGGTGTGCGTAGACAAGGACGGAGTGGGCGGAGTGTAACTCCATTCAGGGCA
AATATTCCTCCTCCAAGTGGAAAACTAGAAAATGCTGCAACAGCAAAGCAACTAAGGAGCACGAGGCCGGGTACTGATAAAGTAGAAAGTAAGACTGGTCGACCTCCAACCAAGAAAATATCATCGGATCGGAAGCCCCTTACACGTCCAAGGCGCCCAATGAACAGTGGATCATCAGATTTTACAGGGGAGTCAGATGA
TGATCGTGAAGAAATCCTTGCAGCTGCAAATGCTGCTATCAGTGCAAGTGAGTCGGCATGTTCAGGAAAATTTTGGAAGCAGATGGAGCCTTTTTTTGCATTTCTCACTCAGGATGATCTAGATTTCCTCAAGCAGCAAATCAGACAGGTAGAGGATGCAGATGCAGATGCAGCTGCAGCTGCAGTTGCAGTTTTTCCAT
CTGGCAATCATCAGAATGGAAAGGCTGGTCTCATATGTAACTCACTGCCGGCATCTCCAACTCCAATTAATGCAAGTAAGCAAAGAAGTTTGCCAAATGGAAGTGTGGATAATGAGGCCTTGAGACCTGGAAGTTTGAATGACACAAAGGATACGGAGCGATCATCTAGAAAACACAGATGGCTTGACAAGATGCTTCCA
CTTTCTCAACGGGTGCTTTCAGCTTTAATTAATGAAGAAGACTTCAAAGAAACCAGCAAAATTCTATATGATGGACAACATGATGACTCTGTTCAATTCATTAGTGAGGATTCTCCCTGTGGTACTAGTCAGATTGACGATGACACTAATGACACAAAGAGAGTGGAATCAGAGATAGAGTTGTTGGAAGTGGAATTAAA
AAAACGGAAGCGACACATGTTAGATGTTTCTCGTTGTGACAGCCATACTGCTTCAAATGGGCATTGGAATTATGCTGTGGGAAACAGTAATGAGGATGAACTCAAGCAGGAAGATGATATTGTAGTATGTTCAGAAATTGAAAATTTTAATTCAGACTTTGGACAGTGGGATGAAAGGCATATGCATGGACGGCAAAAGA
ATCAAGATGAGTCACAATCCAATTTTCAAACTATTGGATTGATCTCTGGTATTGCAACTTATGACTTGCCGTCGCAGCAAATGTGCCTAGATCAGAGGATTCTATTGGAACTACATACTCTTGGACTGTTTCCAGAATTTGTGGTATTCTTACCCATCTTAACTGTTTCTCTCTAATAGTGTGTGCCTGCCAAGATTTAG
TATCATACCTATGATTGTTGTAATTATGGAAGCATAGTCCACTTATTCTTTTAGATTTTGATGCTTTACCTTAGGTTTGTTCATTTCTTTTTTTAATTTTCTTGTAACATTCTGATGATCTTCTTTTTCCCAGCCGGAATTGTCAC
>TRINITY_DN115537_c0_g2_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:CCGGGTACTGATAAAGTAGAAAGgtgagtggtgatatgtattaatcacacaaatttcacatgtctctagtttttaatgctgaaacattactcagagaaagtcattaattagaaccaatcattagaataatacatgtttttgggtggttcagTAAGACTGGTCGACCTCCAACCAAGAAAATATCATCGGATCGGAAGCCC
CTTACACGTCCAAGGCGCCCAATGAACAGTGGATCATCAGATTTTACAGGGGAGTCAGATGATGATCGTGAAGAAATCCTTGCAGCTGCAAATGCTGCTATCAGTGCAAGTGAGTCGGCATGTTCAGGAAAATTTTGGAAGCAGATGGAGCCTTTTTTTGCATTTCTCACTCAGGATGATCTAGATTTCCTCAAGCAGCA
AATCAGACAGGTAGAGGATGCAGATGCAGATGCAGCTGCAGCTGCAGTTGCAGTTTTTCCATCTGGCAATCATCAGAATGGAAAGGCTGGTCTCATATGTAACTCACTGCCGGCATCTCCAACTCCAATTAATGCAAGTAAGCAAAGAAGTTTGCCAAATGGAAGTGTGGATAATGAGGCCTTGAGACCTGGAAGTTTGA
ATGACACAAAGGATACGGAGCGATCATCTAGAAAACACAGATGGCTTGACAAGATGCTTCCACTTTCTCAACGGGTGCTTTCAGCTTTAATTAATGAAGAAGACTTCAAAGAAACCAGCAAAATTCTATATGATGGACAACATGATGACTCTGTTCAATTCATTAGTGAGGATTCTCCCTGTGGTACTAGTCAGATTGAC
GATGACACTAATGACACAAAGAGAGTGGAATCAGAGATAGAGTTGTTGGAAGTGGAATTAAAAAAACGGAAGCGACACATGTTAGATGTTTCTCGTTGTGACAGCCATACTGCTTCAAATGGGCATTGGAATTATGCTGTGGGAAACAGTAATGAGGATGAACTCAAGCAGGAAGATGATATTGTAGTATGTTCAGAAAT
TGAAAATTTTAATTCAGACTTTGGACAGTGGGATGAAAGGCATATGCATGGACGGCAAAAGAATCAAGATGAGTCACAATCCAATTTTCAAACTATTGGATTGATCTCTGGTATTGCAACTTATGACTTGCCGTCGCAGCAAATGTGCCTAGATCAGAGGATTCTATTGGAACTACATACTCTTGGACTGTTTCCAGAAT
TTGTGCCGGATTTGTCACAGAGGGAAGATGAGGAGATAAAAGAAGATATTTGTAAGCTTCAGGAACAGCTTCAGCAACAGGTTTCCAGAAACAAAAATCAAGTGTACAAATTGGAAAAAGCTGTCTTCAAAAGACAGGAAGTTGAAGAAAGGGAACGCGAGATTCTTGCCTTCAACAAACTTCTAGAGATAGCGTACAAC
AAACATATGGGGTGCCGAGGTGCCAATGCATCTGGTGGCAAGAGTGCAGGGAATAAAGTCGCAAAGCAGGCTGCCTTGGCTTTTGTTAAACGCACACTGGATAAATGTCAAAAGTTTGATGAGACTGGCAAGAGCTGCTTTTCAGAAGCTTCCCTAAAAGAGAGACTCTTCTGCACATCCTCACGGGAGATAGATCCAAA
ACTACTTGATGATGTTATAGAGGTGGCCACTTCAAATGTGTTTGTTGGATCTACACCGTTTCTTTCAGATCTGAAGCCTTCAGCTGTGTCTGTCACTGCTTCTGAGAATGCTACTACTGTTAGTGCGCATATACTGAAAACTGAGAATGGAGACAGGGAATCATGTGACACACTCCAGGCAATTGCACCTTATTCAGAAC
AAACTATTGTAAAAGATGAATTGTGGTCAACACGAGTAAAAAAGAGGGAACTTCCACTTGAAGAAGTTGTTGGCAGTGACATCTCAAGGGGTGCGCCTGCTCTTGAGGCTACTCTTGTTGGTGGGACAAAGGGAAAGCGCAGTGAAAGAGACAGAGAGGGTAAGGGACAGAGCAAAGAGATCTTGACCAGATCTGGTACT
GCTAAAAGTGGTCGACCAGGTTTAGGAAATGCCAAGGGGGAAAGAAAGAACAAGCCTAAACCGAGGCAAAAGACTGCCCAACTTTCAGCTACTAATGGTCTTCTTGGCAAGCCAGCCGAAGCACCAAAGTTGTCAGTGTCAGATTCTTGTGAAAAGGCCAGTGATAAATTGGTTAAACAGAAAAATGACCACAATCCTGG
TGCTACCCAGGATATATCACATGACAACGAGGGAGCTATTGATTTGTCACACTTGCAGCTCCCTGGCATGGAAGACTTTGTTGTTACTGACGATTTAGGTGGCCAAGGTCAGGACTTGGGTTCCTGGTTGAACTTTGAAGATGAGGCCTTTCAAGATGGTGCTGGTGATTTTATGGGTCTTGATGTGCCCATGGATGACC
TCTCTGAGCTGCCAATGATCGCCTAACAAAGAATATTATTGTTTATGACCTAATTGGAAGCTGTGATGAAGCAGTTGTCAAAGGCGATCACTGACACAAGTCATCTTTCTTTTGGATACTTGTATTGTATTAGAATAGTTAAATTCTTTCGAAGATTTCTTGTACAAGTCAGCTATGCAGTTGGGAGCAAAATTGTTTTT
AATCATCACAGGAATTGCTCCCTTTGTAACAAAATAGCAAACCATTACTTCTGTCAGTCTTGGTTTTGCTCTTTACAAGCCAGCTTTCCCTATCGTCCAAGGTTTTCACTTACCAGCATTTTGCCTTGGTTGTAACTTTCAACCCTGAACGGGGGAACAGACTGGATAGTACATTCATTTTGTGTCATTAATAATTGTTG
ATCATGCTTTTGCTGTGGCCAAACCCCATGTGCTGCAGAATCTGCCTGCATTTTTATTCAGTTCTTTAGACTGGAAAATTTCACATTTTTGTGTTATGGATGCCTGTTCTGGCGAGGGTTCAGGATCTGTAGTTCATCTTTTCTCTTGTATATAGATTCTATTGACTGTCTGTAAGGACTGGACTTTTTGCCAACTGGAT
GTGGAAATCTTCTAGCTGTAGATTTGTCACTGATTATATCATGCTTTTCTCACTAGTTATTCCTTCAATTCAATTCTTTTGAAAATCAGTTTCTTGCAGGGCTGAATACTGATGTGTTCATACCTTTATGACTCAAATAGGAGTTATGCAACTACATATCATCTATGATTCTGGGAATGAGTCTCCAATTGCTAAATTTC
CCTAAAAAGGCAACATAGTATAGTAATGTGTTTATTAGGTCTTGATGTTCTACCTAGTATTTGAGTAGCAGCAGTAAGGGCATGTATCCAGCATCATACCAGAACTGATTGTAAAGATAACAGCAACTCAATCGCTATATTGCTATTTATAAAGTTATAGACTTGCCCAAAGTGTTTCAGAATGTTGTAAGGAGGCACCA
TTTTGTCAAGTCAAAAAGCTGCCTTT
Intron 4 GTAATCATGG ... CTGTATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.62 | 456 | 130 | 65 |
| A2 | 18.36 | 338 | 109 | 43 |
| A3 | 19.43 | 394 | 128 | 62 |
| A4 | 20.1 | 310 | 109 | 47 |
| A5 | 19.42 | 166 | 54 | 26 |
| A6 | 18.48 | 344 | 108 | 48 |
| A7 | 17.88 | 581 | 179 | 74 |
| A8 | 17.76 | 433 | 130 | 57 |
| A9 | 17.55 | 618 | 190 | 73 |
| A10 | 19.26 | 564 | 195 | 74 |
>TRINITY_DN106644_c0_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoformAGGAAACGGAGGCAATGGACATTAGAATATTCTTCCGAAATTGGGGGATCTACTAAATCCACCGCTAAAATAGAGGGACCAAGACATCTCCACATAATCCAAACCCCCATTTCTCTCGTCGTCCTCGTCTCGTCCCTCATTCATTCATTCCTTCCTTCCCTTTTGTCAAAGAATTTACGAGCGCGCGTGCTAAATTGAGT
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AAGGCTGGGAAAAGACAAAATTAAAAGGAAGGCGTTCTGGAATAAAGTCAGATATGTCTCTCAGTACAGTGGCAAATAGAACAGTTGATGGCGATCGAGATCATAAACGGGTTATACAGCAAAGGCCTAACATTGATAACCGCTCTAGGCCTAGTGAAGGCCATGGTTTTAGGTCTAGTGGGCCTGTTCATGGAATTGTT
TCCATGCTCAAAATGGAAAATTCTTCTTCCCAACCAAGTGGTTTAAATGTGCGTGCTATTGCAAGAAATGAACATGATAGTACTACTACAAATGAGAAGAGGGATCGATCTATTGTCTCGGAGAAAGACCGAACTGTTCTCAAGAGCAGTATTAAGACAAACATTCGTGATGAAATTCGTGCAGCAAGTCCCACGACAAT
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GGGCTGGGCAAAGGCCACCAAAGATGTCACGTGCAAGAAGAGTAAACATGATGCCAGTGCCACCAGTTTCGAATCGTGATGACCTGTCAAGTTTGGCAGAGGGATCTCCTAATCCTGAATCTGGTGCTAAACCTGATTCGATTGAGAGCAATGGTGCAGGTTTCCCAAGGCGCTCAGCAAACAATAGTGCTCCCCAGCAA
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GGATGGTGTGCGTAGACAAGGACGGAGTGGGCGGAGTGTAACTCCATTCAGGGCAAATATTCCTCCTCCAAGTGGAAAACTAGAAAATGCTGCAACAGCAAAGCAACTAAGGAGCACGAGGCCGGGTACTGATAAAGTAGAAAGTAAGACTGGTCGACCTCCAACCAAGAAAATATCATCGGATCGGAAGCCCCTTACAC
GTCCAAGGCGCCCAATGAACAGTGGATCATCAGATTTTACAGGGGAGTCAGATGATGATCGTGAAGAAATCCTTGCAGCTGCAAATGCTGCTATCAGTGCAAGTGAGTCGGCATGTTCAGGAAAATTTTGGAAGCAGATGGAGCCTTTTTTTGCATTTCTCACTCAGGATGATCTAGATTTCCTCAAGCAGCAAATCAGA
CAGGTAGAGGATGCAGATGCAGATGCAGCTGCAGCTGCAGTTGCAGTTTTTCCATCTGGCAATCATCAGAATGGAAAGGCTGGTCTCATATGTAACTCACTGCCGGCATCTCCAACTCCAATTAATGCAAGTAAGCAAAGAAGTTTGCCAAATGGAAGTGTGGATAATGAGGCCTTGAGACCTGGAAGTTTGAATGACAC
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GTGGTCGACCAGGTTTAGGAAATGCCAAGGGGGAAAGAAAGAACAAGCCTAAACCGAGGCAAAAGACTGCCCAACTTTCAGCTACTAATGGTCTTCTTGGCAAGCCAGCCGAAGCACCAAAGTTGTCAGTGTCAGATTCTTGTGAAAAGGCCAGTGATAAATTGGTTAAACAGAAAAATGACCACAATCCTGGTGCTACC
CAGGATATATCACATGACAACGAGGGAGCTATTGATTTGTCACACTTGCAGCTCCCTGGCATGGAAGACTTTGTTGTTACTGACGATTTAGGTGGCCAAGGTCAGGACTTGGGTTCCTGGTTGAACTTTGAAGATGAGGCCTTTCAAGATGGTGCTGGTGATTTTATGGGTCTTGATGTGCCCATGGATGACCTCTCTGA
GCTGCCAATGATCGCCTAACAAAGAATATTATTGTTTATGACCTAATTGGAAGCTGTGATGAAGCAGTTGTCAAAAGGCGATCACTGACACAAGTCATCTTTCTTTTGGATACTTGTATTGTATTAGAATAGTTAAATTCTTTCGAAGATTTCTTGTACAAGTCAGCTATGCAGTTGGGAGCAAAATTGTTTTTAATCAT
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CTTTTGCTGTGGCCAAACCCCATGTGCTGCAGAATCTGCCTGCATTTTTATTCAGTTCTTTAGACTGGAAAATTTCACATTTTTGTGTTATGGATGCCTGTTCTGGCGAGGGTTCAGGATCTGTAGTTCATCTTTTCTCTTGTATATAGATTCTATTGACTGTCTGTAAGGACTGGACTTTTTGCCAACTGGATGTGGAA
ATCTTCTTGCTGTAGATTTGTCACTGATTATATCATGCTTTTCTCACTAGTTATTCCTTCAATTCAATTCTTTTGAAAATCAGTTTCTTGCAGGGCTGAATACTGATGTGTTCATACCTTTATGACTCAAATAGGAGTTATGCAACTACATATCATCTATGATTCTGGGAATGAGTCTCCAATTGCTAAATTTCCCTAAA
AAGGCAACATAGTATAGTAATGTGTTTATTAGGTCTTGATGTTCTACCTAGTATTTGAGTAGCAGCAGTAAGGGCATGTATCCAGCATCATACCAGAACTGATTGTAAAGATAACAGCAACTCAATCGCTATATTGCTATTTATAAAGTTATAGACTTGCCCAAAGTGTTTCAGAATGTTGTAAGGAGGCACCATTTTGT
CAAGTCAAAAAGCTGCCTTTGATGACCAAAGAGCTTTACAGCTTTGAGTTTGTTCAACAAGTTCAACAATGGACGTTATAATCATGTGTTCCTATTCAGTTTTTTAGTATCTACAGATTTTTTGCTCAGTGTCTTCCAAACAGGATATCTTTAATAGTGGTCCCTGGATGGATGAACATTCAATAACTCTGGAGTCTGAA
TCAGGTATGTTCTCAATAATTCATGAATATTTTTGTGAATATCGAATGAGTAACGAGTTACTTAACAGGAAGGTGACTGAATTTGTGTGGCCGAGTTAATAGTTCCTTCATGTCAGTGCATT
>TRINITY_DN106644_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:AGGAAACGGAGGCAATGGACATTAGAATATTCTTCCGAAATTGGGGGATCTACTAAATCCACCGCTAAAATAGAGGGACCAAGACATCTCCACATAATCCAAACCCCCATTTCTCTCGTCGTCCTCGTCTCGTCCCTCATTCATTCATTCCTTCCTTCCCTTTTGTCAAAGAATTTACGAGCGCGCGTGCTAAATTGAGT
CCAACCTTTAGCGAAAAGAGGAGCCCGTAGAGGTGAATCAATCCATAGTCGAATTATGCAAAACTTTCTGTGGTTAAATTAGTTGGGGATTGAAGTACACTCGAGGGTTATTACCTGCAACAAAAAAAAACTAAAAGTCTTGAAACCCTCAATGTCGGATCGATCGCGGCCACTTCACTGATCACCACAGGTTCTGTGTA
ATGCCATGTGTAGATGAAATTTGGTTGAGCTAATGTGGAGAAGAATTTAAGGAAGTGCTCTACTGAGATGGATATTTGATAGAATCATTGCTGGAAAATTATGTGGCGGCTAGTTAATTGGTGTTGGATCTCTGTATTTTCATGGTTTAGATTGAGGATTTTTTAGTTTGTAAACAGCTTAGAGCAATGGCAGGCAATTC
GAGGTTTGATATATCCTCCAGTAGCCCAGATGGATCAAATTTTACTGGCTATCCAAATGGGCCGCGGAGTCACTTTATAAGTGCTTCAATCTTGGAAAGGTCAAGCAGCTCCCGAGAAAACTTGGAAAGCCGGAATTTAATGGCAGGATCAAATTTGCCTAGGGGTGGTGCCTCATCACACGGAGAACATTTGCCTCTCT
CACAGATCCTATTTTTAGATACACTGTCAATGGGAGATCAGAAATGTACACGTCAAGTTGAGCTGAGAAGGGTGATTAATGCTGCTTTGGGAATTCAACCAGAAGATCCATCATTGGGAGCAGTGCCTGCCAAAGCCCTTTCTTCACTTGGGTCAGATGAGCTCAAGAGACTGAGGTCAATTATTAATGAAAATTCTCTA
AAGGCGAGGGAGAGAGTGAAAATTATGAATGAAGCAATGTCGAAACTGGATAAATTTCGTGCTCCGTTGTCGTCAAGAAAGAGGTCTCGAACAGAAATGTCAACTTCTAGCACATTGTCAGTGGATCGCTCTGCTGTAGGTGGAAGTTTATTGAAAGCTGGATCTCAAAATCACACGGCTTCAAATTCTGTGGACACCAG
CTCCCAGAGATCCGATGAAAGAAAATCTGCTGTTCCTAACAAGAGAGTTCGGACATCAATGGTGGATACACGGTTGGAAAGCCGTTCCAACAATTTGTCTAGACCATCTATAATGGCAGATAGAGAGAGAGATTTGTTCCGGCCTGGAAATACTGCAAGTCAGTCAGAAGATAAAGAGCGGACATTGCCAGCTGGGAGTG
AAGGCTGGGAAAAGACAAAATTAAAAGGAAGGCGTTCTGGAATAAAGTCAGATATGTCTCTCAGTACAGTGGCAAATAGAACAGTTGATGGCGATCGAGATCATAAACGGGTTATACAGCAAAGGCCTAACATTGATAACCGCTCTAGGCCTAGTGAAGGCCATGGTTTTAGGTCTAGTGGGCCTGTTCATGGAATTGTT
TCCATGCTCAAAATGGAAAATTCTTCTTCCCAACCAAGTGGTTTAAATGTGCGTGCTATTGCAAGAAATGAACATGATAGTACTACTACAAATGAGAAGAGGGATCGATCTATTGTCTCGGAGAAAGACCGAACTGTTCTCAAGAGCAGTATTAAGACAAACATTCGTGATGAAATTCGTGCAGCAAGTCCCACGACAAT
TACAAAAGGGAAGGCTTCTCGAGCACCGCGGTCCAGTTCAGGTGCATCAGTTAATTCATCCCCACATTTTGCACGCACATCTTCTACTTTTGATGCCTGGGAGCGACCTTCAAGTGCAAACAGAGTTCAGGTCACTGGTGGCACAAACAATCGCAAGCGTCCCCTGCCAACAAGATCTTCATCACCACCTGTAGCCCAAT
GGGCTGGGCAAAGGCCACCAAAGATGTCACGTGCAAGAAGAGTAAACATGATGCCAGTGCCACCAGTTTCGAATCGTGATGACCTGTCAAGTTTGGCAGAGGGATCTCCTAATCCTGAATCTGGTGCTAAACCTGATTCGATTGAGAGCAATGGTGCAGGTTTCCCAAGGCGCTCAGCAAACAATAGTGCTCCCCAGCAA
AGCAAATTAAAGACTGAAAATGTCTCTTCTTCTGCTGGGTTATCTGAGAGTGAGGAATCAGGTGCTGTTGACAACAAGTGCAAGGACAAGAACAAGAAGCAAGGGGATGCAGAGGAAAAGGTTGCTCCTGCCAGTCAAAAGGTTGGATCGTTAGTTTTGCCATCAAAGAAGACAAAGATTGTTACTAAAGAAGAAACTGG
GGATGGTGTGCGTAGACAAGGACGGAGTGGGCGGAGTGTAACTCCATTCAGGGCAAATATTCCTCCTCCAAGTGGAAAACTAGAAAATGCTGCAACAGCAAAGCAACTAAGGAGCACGAGGCCGGGTACTGATAAAGTAGAAAGTAAGACTGGTCGACCTCCAACCAAGAAAATATCATCGGATCGGAAGCCCCTTACAC
GTCCAAGGCGCCCAATGAACAGTGGATCATCAGATTTTACAGGGGAGTCAGATGATGATCGTGAAGAAATCCTTGCAGCTGCAAATGCTGCTATCAGTGCAAGTGAGTCGGCATGTTCAGGAAAATTTTGGAAGCAGATGGAGCCTTTTTTTGCATTTCTCACTCAGGATGATCTAGATTTCCTCAAGCAGCAAATCAGA
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AAAGGATACGGAGCGATCATCTAGAAAACACAGATGGCTTGACAAGATGCTTCCACTTTCTCAACGGGTGCTTTCAGCTTTAATTAATGAAGAAGACTTCAAAGAAACCAGCAAAATTCTATATGATGGACAACATGATGACTCTGTTCAATTCATTAGTGAGGATTCTCCCTGTGGTACTAGTCAGATTGACGATGACA
CTAATGACACAAAGAGAGTGGAATCAGAGATAGAGTTGTTGGAAGTGGAATTAAAAAAACGGAAGCGACACATGTTAGATGTTTCTCGTTGTGACAGCCATACTGCTTCAAATGGGCATTGGAATTATGCTGTGGGAAACAGTAATGAGGATGAACTCAAGCAGGAAGATGATATTGTAGTATGTTCAGAAATTGAAAAT
TTTAATTCAGACTTTGGACAGTGGGATGAAAGGCATATGCATGGACGGCAAAAGAATCAAGATGAGTCACAATCCAATTTTCAAACTATTGGATTGATCTCTGGTATTGCAACTTATGACTTGCCGTCGCAGCAAATGTGCCTAGATCAGAGGATTCTATTGGAACTACATACTCTTGGACTGTTTCCAGAATTTGTGCC
GGATTTGTCACAGAGGGAAGATGAGGAGATAAAAGAAGATATTTGTAAGCTTCAGGAACAGCTTCAGCAACAGGTTTCCAGAAACAAAAATCAAGTGTACAAATTGGAAAAAGCTGTCTTCAAAAGACAGGAAGTTGAAGAAAGgtaatcatggctgactgaaacaatttttctgaatgcttggttgatatacaatacca
tgcaatctcctttaggaggaacaagttgtccttcattaatagaattttgaaatatatccggtgcaccttcagattgaagctgttatcacaagtgaaagctttcaatgataaagtttatatagttaggcttgtaattgggcatcactaggtccttctggcagctttccttgctgtattttcggacacattttccaaggaga
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CAGGCTGCCTTGGCTTTTGTTAAACGCACACTGGATAAATGTCAAAAGTTTGATGAGACTGGCAAGAGCTGCTTTTCAGAAGCTTCCCTAAAAGAGAGACTCTTCTGCACATCCTCACGGGAGATAGATCCAAAACTACTTGATGATGTTATAGAGGTGGCCACTTCAAATGTGTTTGTTGGATCTACACCGTTTCTTTC
AGATCTGAAGCCTTCAGCTGTGTCTGTCACTGCTTCTGAGAATGCTACTACTGTTAGTGCGCATATACTGAAAACTGAGAATGGAGACAGGGAATCATGTGACACACTCCAGGCAATTGCACCTTATTCAGAACAAACTATTGTAAAAGATGAATTGTGGTCAACACGAGTAAAAAAGAGGGAACTTCCACTTGAAGAAG
TTGTTGGCAGTGACATCTCAAGGGGTGCGCCTGCTCTTGAGGCTACTCTTGTTGGTGGGACAAAGGGAAAGCGCAGTGAAAGAGACAGAGAGGGTAAGGGACAGAGCAAAGAGATCTTGACCAGATCTGGTACTGCTAAAAGTGGTCGACCAGGTTTAGGAAATGCCAAGGGGGAAAGAAAGAACAAGCCTAAACCGAGG
CAAAAGACTGCCCAACTTTCAGCTACTAATGGTCTTCTTGGCAAGCCAGCCGAAGCACCAAAGTTGTCAGTGTCAGATTCTTGTGAAAAGGCCAGTGATAAATTGGTTAAACAGAAAAATGACCACAATCCTGGTGCTACCCAGGATATATCACATGACAACGAGGGAGCTATTGATTTGTCACACTTGCAGCTCCCTGG
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TTGCTCTTTACAAGCCAGCTTTCCCTATCGTCCAAGGTTTTCACTTACCAGCATTTTGCCTTGGTTGTAACTTTCAACCCTGAACGGGGGAACAGACTGGATAGTACATTCATTTTGTGTCATTAATAATTGTTGATCATGCTTTTGCTGTGGCCAAACCCCATGTGCTGCAGAATCTGCCTGCATTTTTATTCAGTTCT
TTAGACTGGAAAATTTCACATTTTTGTGTTATGGATGCCTGTTCTGGCGAGGGTTCAGGATCTGTAGTTCATCTTTTCTCTTGTATATAGATTCTATTGACTGTCTGTAAGGACTGGACTTTTTGCCAACTGGATGTGGAAATCTTCTTGCTGTAGATTTGTCACTGATTATATCATGCTTTTCTCACTAGTTATTCCTT
CAATTCAATTCTTTTGAAAATCAGTTTCTTGCAGGGCTGAATACTGATGTGTTCATACCTTTATGACTCAAATAGGAGTTATGCAACTACATATCATCTATGATTCTGGGAATGAGTCTCCAATTGCTAAATTTCCCTAAAAAGGCAACATAGTATAGTAATGTGTTTATTAGGTCTTGATGTTCTACCTAGTATTTGAG
TAGCAGCAGTAAGGGCATGTATCCAGCATCATACCAGAACTGATTGTAAAGATAACAGCAACTCAATCGCTATATTGCTATTTATAAAGTTATAGACTTGCCCAAAGTGTTTCAGAATGTTGTAAGGAGGCACCATTTTGTCAAGTCAAAAAGCTGCCTTTGATGACCAAAGAGCTTTACAGCTTTGAGTTTGTTCAACA
AGTTCAACAATGGACGTTATAATCATGTGTTCCTATTCAGTTTTTTAGTATCTACAGATTTTTTGCTCAGTGTCTTCCAAACAGGATATCTTTAATAGTGGTCCCTGGATGGATGAACATTCAATAACTCTGGAGTCTGAATCAGGTATGTTCTCAATAATTCATGAATATTTTTGTGAATATCGAATGAGTAACGAGTT
ACTTAACAGGAAGGTGACTGAATTTGTGTGGCCGAGTTAATAGTTCCTTCATGTCAGTGCATT
Intron 5 GTATTTCCTG ... TCTTTGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.68 | 122 | 71 | 32 |
| A2 | 25.74 | 101 | 46 | 24 |
| A3 | 23.62 | 131 | 56 | 25 |
| A4 | 26.91 | 91 | 38 | 29 |
| A5 | 24.85 | 62 | 23 | 18 |
| A6 | 40.96 | 173 | 179 | 61 |
| A7 | 38.14 | 292 | 277 | 83 |
| A8 | 47.08 | 240 | 302 | 125 |
| A9 | 42.79 | 242 | 236 | 126 |
| A10 | 37.76 | 192 | 169 | 64 |
>TRINITY_DN106644_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformAGGAAACGGAGGCAATGGACATTAGAATATTCTTCCGAAATTGGGGGATCTACTAAATCCACCGCTAAAATAGAGGGACCAAGACATCTCCACATAATCCAAACCCCCATTTCTCTCGTCGTCCTCGTCTCGTCCCTCATTCATTCATTCCTTCCTTCCCTTTTGTCAAAGAATTTACGAGCGCGCGTGCTAAACCGAGT
CCAACGTTTAGCGAGAAGAGGAACCCGTAGTGGTGAATCAATCCATAGTTGAATTATGCAGAACTTTCTTACCTGCAACAAAAAACTAAAAGGCTTGAAACCCTCACTGTCGGATCGATCGGGGCCACCTCATTGATCACCACAGGTCCTATTGTTAGACACGCTGTCAATGGCAGAACATTTGCCTCTCTCGCAGGTCC
TATTGTTAGACACGCTGTCAATGGCAGAGCATTTGCCTCTCTCGCAGGTCCTATTGTTAGACACGCTGTCAATGGCAGATCAGAAATTTACAGGTCAAGTTGAGTTGAGAAGGGTGATTAATGCTGCCGTGGGAAGTCAACCAGAAGATCGAGCACTGGGAGCAGTGCCTGCCAAAGCCCTTGCTTCACTTGGGGCAGAA
GAGCTCAAGCGAGTGAGATCATTTGTTGGTGAAAATTCTCTAAAGGCGAGTGAGAGAGTGAAATTTCTGAATGAAGCAATTTTCAAACTGGATAAATTTCGTGTTCCGTTGTCGTCAAGAAAGAGGTCTCGAACAGAAATATCAACTTCTGCCACATTGTCAGTGGATTGCTCTGCTGTCCTATTGTTAGACACGCTGTC
AATGGCAGAACATTTGCCTCTCTCGCAGGTCCTATTGTTAGACACGCTGTCAATGGCAGAGCATTTGCCTCTCTCGCAGGTCCT
>TRINITY_DN106644_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:TTGTCAGTGGATTGCTCTGCTGTCCTATTGTTAGACACGCTGTCAATGGCAGAACATTTGCCTCTCTCGCAGGTCCTATTGTTAGACACGCTGTCAATGGCAGAGCATTTGCCTCTCTCGCAGGTCCTATTGTTAGACACGCTGTCAATGGCAGATCAGAAATTTACAGGTCAAGTTGAGTTGAGAAGGGTGATTAATGC
TGCCGTGGGAAGTCAACCAGAAGATCGAGCACTGGGAGCAGTGCCTGCCAAAGCCCTTGCTTCACTTGGGGCAGAAGAGCTCAAGCGAGTGAGATCATTTGTTGGTGAAAATTCTCTAAAGGCGAGgtatttcctgcgaacaagacttaaatatctactcagtgcctcagataatatggctcagcctgctttgtggaact
taacaaggttttttttatatataaaaatttcagtgttaatatatcacctgtaggtaacgctaattatggaagtgctcaatatgatttttagccctagctgcactgcaaaattttaaatattgaatttggcattaaggacattagtctttctttgtttcaccacactcacggtcaatgtaattcttctttgtcagTGAGAG
AGTGAAATTTCTGAATGAAGCGATTTTGAAACTGGATAAATTTCGTGTTCCGTTGTCGTCAAGAAAGAGGTCTCGAACAGAAATATCAACTTCTGCCACATTGTCAGTGGATTGCTCTGCTGTAGGTAGAAGTTGTTTTAAAGCTGGATCTCAAAATATTGTATTTCTATTTTTTTCCCTGCACGTGAATGAAGCGATTT
TGAAACTGGATAAATTTCGTGTTCCGTTGTCGTCAAGAAAGAGGTCTCGAACAGAAATATCAACTTCTGCCACATTGTCAGTGGATTGCTCTGCTGTAGGTAGAAGTTGTTTTAAAGCTGGATCTCAAAATATTGTATTTCTATTTTTTTCCCTGCACGTGAATGAAGCGATTTTGAAACTGCCTATTGTTAGACACGCT
GTCAATGGCAGAACATTTGCCTCTCTCGCAGGTCCTATTGTTAGACACGCTGTCAATGGCAGAGCATTTGCCTCTCTCGCAGGTCCT