NA ----> NA

Intron 1 GTATCGAGAC ... TTTTGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.5	38	18.4	8.3
A2	16.37	36.4	9.3	7.3
A3	25.85	39.5	9.1	14.3
A4	25.63	32.4	12.5	11
A5	8.46	19.1	2.9	1.8
A6	19.96	243	54.1	60.8
A7	18.1	222.3	39.9	50.3
A8	23.5	198.5	37.4	62.9
A9	20.91	147.4	29.8	40.4
A10	24.34	133.7	25.1	44.9

>TRINITY_DN114326_c0_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

ATAATTGGTTTAGTATGGAAGGTGACAAAGAAAATAACAATGTTGATTGCCAACCAGTCATGTCATGTCACGCAATATTAAAGTACATCGCAAAATATGCTTTGAAAGCTAAACGAAGATCAGAAAGTTATCAAGATATCTTAACAAGAATCTCCAATGATGTGGACGTTGAAGATCCCTCCTGAACAAAGATCAAAAAG
TTATAAGACGTCTTAACAAGAATCTCCAATGATGTGGATGTTGAAGATCCCTCTATATGTGCATATAAAAAGTTCATTGCTGAAACAATTGTGGATAGAGACATAGGAGCGCAAGAAATGTGCCATATGTTGATGTCCTCCATACATGCTATGAAGCGAGACTGTTGAATGCACAATTGTTACGATGATTACAAATTTTT
GCTACATTCAGCTCAAAAAACAGGTTGAATCGCAAGCATAAGGATTTTGTTTTAGGAATTTCTTAACCACTTCAACAATGGCGCATAACATAAGGATTTTGTTTTAGGTATTGGCACAGGTTGAATCGCAAGCACTGACGGCGGCTGCATTGTGAATCATTGAATTTCAGGTTTTCGCAAATACAGAACAAAGACACATC
AAAGTTGAGGTTTTCGCAACCGAGATGAAAGCCCTGTTACAAATGGAGATAGGCTAGCAGTCCAGTTCTTTGACCAGTCGGTTGAACTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGAATACGAGTTAGCTGTTGACCAGTCGGTTGCTCTTAATACATCCAGACCGTCGCCTTATTGCGCCAGAACTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGT
TGGGGATCCGAGATAGGACCTTGTAAGCCTGTAAACTCTGAAATAAGGATTCAGTTTTTTATTTATTAGTTAGATCCAAGAAAATCCCTGTATAACACTATCGATGCCAGCGCTGTACACGGGTTTGGTTGGTCTCGGTTAATTTTTAGGGTGACTGCGTTCGTATTAATGGGTTAGTTATTTGAGTAGTAACTCTGTTT
TGGAATGCATGGCGTTGAAATGTACGCAGGCCCTTTTTCCCGCTTACCTTTCTGCTTATACATAAAATTTCATGGTCTCCGTTAATTTTTAGGGTGACTCCGTATTAATGGATCTGTCCCATTTTATTTAATTTAGGCCCTTTTTCCCGCTTACCTTTTTGCTTGATCCGAGATAGGACCTTGTAAG

>TRINITY_DN114326_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATAATTGGTTTAGTATGGAAGGTGACAAAGAAAATAACAATGTTGATTGCCAACCAGTCATGTCATGTCACGCAATATTAAAGTACATCGCAAAATATGCTTTGAAAGCTAAACGAAGATCAGAAAGTTATCAAGATATCTTAACAAGAATCTCCAATGATGTGGACGTTGAAGATCCCTCCTGAACAAAGATCAAAAAG
TTATAAGACGTCTTAACAAGAATCTCCAATGATGTGGATGTTGAAGATCCCTCTATATGTGCATATAAAAAGTTCATTGCTGAAACAATTGTGGATAGAGACATAGGAGCGCAAGAAATGTGCCATATGTTGATGTCCTCCATACATGCTATGAAGCGAGACTGTTGAATGCACAATTGTTACGATGATTACAAATTTTT
GCTACATTCAGCTCAAAAAACAGGTTGAATCGCAAGCATAAGGATTTTGTTTTAGGAATTTCTTAACCACTTCAACAATGGCGCATAACATAAGGATTTTGTTTTAGGTATTGGCACAGGTTGAATCGCAAGCACTGACGGCGGCTGCATTGTGAATCATTGAATTTCAGGTTATCATGAATGTCGTTTTTGTTACATAA
ATAATATTGTTTTGCTTGCATTGGATGCTGAGGAATATGCCCTTTTTGCAGGTTTTCGCAAATACAGAACAAAGACACATCAAAGTTGAGgtatcgagacacattttttatacagaattagtacaggtttgcttgcattggatattaactatggcttttgttcagGTTTTCGCAACCGAGATGAAAGCCCTGTTACAAAT
GGAGATAGGCTAGCAGTCCAGTTCTTTGACCAGTCGGTTGAACTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGAATACGAGTTAGCTGTTGACCAGTCGGTTGCTCTTAATACATCCAGACCGTCGCCTTATTGCGCCAGAACTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGTTGGGGATCCGAGATAGGACCTTGTAAGCCTGTAAACTCTGAAAT
AAGGATTCAGTTTTTTATTTATTAGTTAGATCCAAGAAAATCCCTGTATAACACTATCGATGCCAGCGCTGTACACGGGTTTGGTTGGTCTCGGTTAATTTTTAGGGTGACTGCGTTCGTATTAATGGGTTAGTTATTTGAGTAGTAACTCTGTTTTGGAATGCATGGCGTTGAAATGTACGCAGGCCCTTTTTCCCGCT
TACCTTTCTGCTTATACATAAAATTTCATGGTCTCCGTTAATTTTTAGGGTGACTCCGTATTAATGGATCTGTCCCATTTTATTTAATTTAGGCCCTTTTTCCCGCTTACCTTTTTGCTTGATCCGAGATAGGACCTTGTAAG

Intron 2 GTATTGGCAC ... CTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	85	3	17	10
A2	47.06	18	16	7
A3	68.75	10	22	5
A4	77.14	8	27	7
A5	86.96	3	20	1
A6	72.41	48	126	11
A7	72.77	52	139	6
A8	74.48	37	108	5
A9	76	24	76	0
A10	80	21	84	3

>TRINITY_DN103455_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTGAATCGCAAGCATAAGGATTTTGTTTTAGGAATTTCTTAACCACTTCAACAATGGCGCATAACATAAGGATTTTGTTTTAGGTTTTCGCAAATACAGAACAAAGACACATCAAAGTTGAGGTTTTCGCAACCGAGATGAAAGCCCTGTTACAAATGGAGATAGGCTAGCAGTCCAGTTCTTTGACCAGTCGGTTGAA
CTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGAATACGAGTTAGCTGTTGACCAGTCGGTTGCTCTTAATACATCCAGACCGTCGCCTTATTGCGCCAGAACTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGTTGGGGATCCGAGATAGGACCTTGTAAGCCTGTAAACTCTGAAATAAGGATTCAGTTTTTTATTTATTAGTTAGATCCAAGAAAATC
CCTGTATAACACTATCGATGCCAGCGCTGTACACGGGTTTGGTTGGTCTCGGTTAATTTTTAGGGTGACTGCGTTCGTATTAATGGGTTAGTTATTTGAGTAGTAACTCTGTTTTGGAATGCATGGCGTTGAAATGTACGCAGGCCCTTTTTCCCGCTTACCTT

>TRINITY_DN103455_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTGAATCGCAAGCATAAGGATTTTGTTTTAGGAATTTCTTAACCACTTCAACAATGGCGCATAACATAAGGATTTTGTTTTAGgtattggcacaggttgaatcgcaagcactgacggcggctgcattgtgaatcattgaatttcaggttatcatgaatgtcgtttttgttacataaataatattgttttgcttgcattg
gatgctgaggaatatgccctttttgcagGTTTTCGCAAATACAGAACAAAGACACATCAAAGTTGAGGTATCGAGACACATTTTTTATACAGAATTAGTACAGGTTTGCTTGCATTGGATATTAACTATGGCTTTTGTTCAGGTTTTCGCAACCGAGATGAAA

Intron 3 GTTATCATGA ... CTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.6	47.6	18	9.4
A2	31.89	44.4	20	10
A3	34.3	46.4	24	6
A4	38.93	41.6	26	7.8
A5	35.26	30.2	16	1.8
A6	27.82	292.6	110	18.4
A7	31.92	289.8	133	15.6
A8	29.92	225.8	94	11.2
A9	28.89	178	71	5
A10	31.28	160.2	72	6

>TRINITY_DN114326_c0_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

ATAATTGGTTTAGTATGGAAGGTGACAAAGAAAATAACAATGTTGATTGCCAACCAGTCATGTCATGTCACGCAATATTAAAGTACATCGCAAAATATGCTTTGAAAGCTAAACGAAGATCAGAAAGTTATCAAGATATCTTAACAAGAATCTCCAATGATGTGGACGTTGAAGATCCCTCCTGAACAAAGATCAAAAAG
TTATAAGACGTCTTAACAAGAATCTCCAATGATGTGGATGTTGAAGATCCCTCTATATGTGCATATAAAAAGTTCATTGCTGAAACAATTGTGGATAGAGACATAGGAGCGCAAGAAATGTGCCATATGTTGATGTCCTCCATACATGCTATGAAGCGAGACTGTTGAATGCACAATTGTTACGATGATTACAAATTTTT
GCTACATTCAGCTCAAAAAACAGGTTGAATCGCAAGCATAAGGATTTTGTTTTAGGAATTTCTTAACCACTTCAACAATGGCGCATAACATAAGGATTTTGTTTTAGGTATTGGCACAGGTTGAATCGCAAGCACTGACGGCGGCTGCATTGTGAATCATTGAATTTCAGGTTTTCGCAAATACAGAACAAAGACACATC
AAAGTTGAGGTTTTCGCAACCGAGATGAAAGCCCTGTTACAAATGGAGATAGGCTAGCAGTCCAGTTCTTTGACCAGTCGGTTGAACTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGAATACGAGTTAGCTGTTGACCAGTCGGTTGCTCTTAATACATCCAGACCGTCGCCTTATTGCGCCAGAACTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGT
TGGGGATCCGAGATAGGACCTTGTAAGCCTGTAAACTCTGAAATAAGGATTCAGTTTTTTATTTATTAGTTAGATCCAAGAAAATCCCTGTATAACACTATCGATGCCAGCGCTGTACACGGGTTTGGTTGGTCTCGGTTAATTTTTAGGGTGACTGCGTTCGTATTAATGGGTTAGTTATTTGAGTAGTAACTCTGTTT
TGGAATGCATGGCGTTGAAATGTACGCAGGCCCTTTTTCCCGCTTACCTTTCTGCTTATACATAAAATTTCATGGTCTCCGTTAATTTTTAGGGTGACTCCGTATTAATGGATCTGTCCCATTTTATTTAATTTAGGCCCTTTTTCCCGCTTACCTTTTTGCTTGATCCGAGATAGGACCTTGTAAG

>TRINITY_DN114326_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATAATTGGTTTAGTATGGAAGGTGACAAAGAAAATAACAATGTTGATTGCCAACCAGTCATGTCATGTCACGCAATATTAAAGTACATCGCAAAATATGCTTTGAAAGCTAAACGAAGATCAGAAAGTTATCAAGATATCTTAACAAGAATCTCCAATGATGTGGACGTTGAAGATCCCTCCTGAACAAAGATCAAAAAG
TTATAAGACGTCTTAACAAGAATCTCCAATGATGTGGATGTTGAAGATCCCTCTATATGTGCATATAAAAAGTTCATTGCTGAAACAATTGTGGATAGAGACATAGGAGCGCAAGAAATGTGCCATATGTTGATGTCCTCCATACATGCTATGAAGCGAGACTGTTGAATGCACAATTGTTACGATGATTACAAATTTTT
GCTACATTCAGCTCAAAAAACAGGTTGAATCGCAAGCATAAGGATTTTGTTTTAGGAATTTCTTAACCACTTCAACAATGGCGCATAACATAAGGATTTTGTTTTAGGTATTGGCACAGGTTGAATCGCAAGCACTGACGGCGGCTGCATTGTGAATCATTGAATTTCAGgttatcatgaatgtcgtttttgttacataa
ataatattgttttgcttgcattggatgctgaggaatatgccctttttgcagGTTTTCGCAAATACAGAACAAAGACACATCAAAGTTGAGGTATCGAGACACATTTTTTATACAGAATTAGTACAGGTTTGCTTGCATTGGATATTAACTATGGCTTTTGTTCAGGTTTTCGCAACCGAGATGAAAGCCCTGTTACAAAT
GGAGATAGGCTAGCAGTCCAGTTCTTTGACCAGTCGGTTGAACTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGAATACGAGTTAGCTGTTGACCAGTCGGTTGCTCTTAATACATCCAGACCGTCGCCTTATTGCGCCAGAACTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGTTGGGGATCCGAGATAGGACCTTGTAAGCCTGTAAACTCTGAAAT
AAGGATTCAGTTTTTTATTTATTAGTTAGATCCAAGAAAATCCCTGTATAACACTATCGATGCCAGCGCTGTACACGGGTTTGGTTGGTCTCGGTTAATTTTTAGGGTGACTGCGTTCGTATTAATGGGTTAGTTATTTGAGTAGTAACTCTGTTTTGGAATGCATGGCGTTGAAATGTACGCAGGCCCTTTTTCCCGCT
TACCTTTCTGCTTATACATAAAATTTCATGGTCTCCGTTAATTTTTAGGGTGACTCCGTATTAATGGATCTGTCCCATTTTATTTAATTTAGGCCCTTTTTCCCGCTTACCTTTTTGCTTGATCCGAGATAGGACCTTGTAAG

Intron 4 GTATTGGCAC ... TGAATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	93.88	3	42	50
A2	67.86	18	27	49
A3	80.77	10	35	49
A4	82.98	8	33	45
A5	90.63	3	25	33
A6	85.25	48	238	317
A7	83.72	52	222	313
A8	84.84	37	169	245
A9	87.47	24	144	191
A10	87.79	21	132	170

>TRINITY_DN103455_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTGAATCGCAAGCATAAGGATTTTGTTTTAGGAATTTCTTAACCACTTCAACAATGGCGCATAACATAAGGATTTTGTTTTAGGTTTTCGCAAATACAGAACAAAGACACATCAAAGTTGAGGTTTTCGCAACCGAGATGAAAGCCCTGTTACAAATGGAGATAGGCTAGCAGTCCAGTTCTTTGACCAGTCGGTTGAA
CTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGAATACGAGTTAGCTGTTGACCAGTCGGTTGCTCTTAATACATCCAGACCGTCGCCTTATTGCGCCAGAACTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGTTGGGGATCCGAGATAGGACCTTGTAAGCCTGTAAACTCTGAAATAAGGATTCAGTTTTTTATTTATTAGTTAGATCCAAGAAAATC
CCTGTATAACACTATCGATGCCAGCGCTGTACACGGGTTTGGTTGGTCTCGGTTAATTTTTAGGGTGACTGCGTTCGTATTAATGGGTTAGTTATTTGAGTAGTAACTCTGTTTTGGAATGCATGGCGTTGAAATGTACGCAGGCCCTTTTTCCCGCTTACCTT

>TRINITY_DN103455_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTGAATCGCAAGCATAAGGATTTTGTTTTAGGAATTTCTTAACCACTTCAACAATGGCGCATAACATAAGGATTTTGTTTTAGgtattggcacaggttgaatcgcaagcactgacggcggctgcattgtgaatcattgaatttcagGTTTTCGCAAATACAGAACAAAGACACATCAAAGTTGAGGTTTTCGCAACCGA
GATGAAAGCCCTGTTACAAATGGAGATAGGCTAGCAGTCCAGTTCTTTGACCAGTCGGTTGAACTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGAATACGAGTTAGCTGTTGACCAGTCGGTTGCTCTTAATACATCCAGACCGTCGCCTTATTGCGCCAGAACTCTGCTGTGTTTCGTTTTTCGTTGGGGATCCGAGATAGGACCTTG
TAAGCCTGTAAACTCTGAAATAAGGATTCAGTTTTTTATTTATTAGTTAGATCCAAGAAAATCCCTGTATAACACTATCGATGCCAGCGCTGTACACGGGTTTGGTTGGTCTCGGTTAATTTTTAGGGTGACTGCGTTCGTATTAATGGGTTAGTTATTTGAGTAGTAACTCTGTTTTGGAATGCATGGCGTTGAAATGT
ACGCAGGCCCTTTTTCCCGCTTACCTT