NA ----> NA

Intron 1 ATGAATGAAT ... GTTGGGCTAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.25	119.7	168.3	139
A2	58.83	60.7	93	80
A3	62.61	58	114	80
A4	51.58	80.3	86	85
A5	57.34	44.7	68	52
A6	56.32	179.7	249	214
A7	55.41	322.7	447	354
A8	56.08	283.3	389	333
A9	57.59	207.7	312.7	250.7
A10	57.29	242.7	354	296

>TRINITY_DN122092_c0_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GGTTCCAAGTATCTAAAAGCTGAATGAAAGTGGGTTGAGCTACATGGTCTCCAAAAGCTTTACATGAACAAAAGCTCATACAGTGCAAGTATCTAAAAGCTGAATGAAAGTGGGTTGAGCTACATGGTCTCCAAAAGTTTTACATGAACAAAAGCTCATACAGTGGCTTAGTGGGATGGGTGGCCCTGCAGGCTTTGTGA
AGCATAAGAGTGGTTAGTGGGTGCCCTGTAGGCTTTGTGAAGAGCATAAAAGTTGTGCTACCAGGTCTCCAAAAGCTTTCCCAAAGCTTTATTGAAATCAAATCTCAATATCTTAAGATGTTTGCACCATTTGGACCATCCCCAGATAGTTGGAATTAAGAAGTTTACATGGTATCCACGCTTTACATGAATTCTACATG
GTATCCACGCTTTACATGAATGAAAGCTCATACAGTGCTTGGTGGGTGTCTTCGCTTCTTAATGAAGAACAAGGAGTTGTGCTACATTGTCTCCAGAAGCTCTCCAAAGGCTTTACAGTAGTGAAAGCTCATAAAGTTCTTGGCTTTAAATGCTTTACATGTATCTAAAGAGTGGGGCTAAAAATATCCAAAAGCGCGTT
GGCCTACATGGTATCATGAAGCTCATACAGTTCTTGGTGGGTGCCTTAAATGGTTTGTAAAGCACAAAGACTTGTGCTAGCTGGTATCCAAAAGCCTTACATGAATGAAAGCTTGTATAGTACCTGGTGGGGGCATACAATAAAGCTAATGCAATAGAGTTCTGCATCCAAAGGCTTTACATGAATGAAAGTTCATAGAA
TTTCATGATTTGTGGCTTAAATGCTTTGTAATACAGAGTCGGCTTACAGAAAGCACGTA

>TRINITY_DN122092_c0_g2_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCCAAAAGTTTTACATGAACAAAAGCTCATACAGTGGTTAATGGGTGCCCTGCAGGCTTTGTGAAGCATAAAAGTTGTGCTACCAGGTCTCCAAAAGCTTTCCCAAAGCTTTATTGAAATCAAATCTCAATATCTTAAGATGTTTGCACCATTTGGACCATCCCCAGATAGTTGGAATTAAGAAGTTTACatgaatgaa
tgcaggttgggctacATGGTATCCACGCTTTACATGAATTCTACATGGTATCCACGCTTTACATGAATGAAAGCTCATACAGTGCTTGGTGGGTGTCTTCGCTTCTTAATGAAGAACAAGGAGTTGTGCTACATTGTCTCCAGAAGCTCTCCAAAGGCTTTACAGTAGTGAAAGCTCATAAAGTTCTTGGCTTTAAATGC
TTTACATGTATCTAAAGAGTGGGGCTAAAAATATCCAAAAGCGCGTTGGCCTACATGGTATCATGAAGCTCATACAGTTCTTGGTGGGTGCCTTAAATGGTTTGTAAAGCACAAAGACTTGTGCTAGCTGGTATCCAAAAGCCTTACATGAATGAAAGCTTGTATAGTACCTGGTGGGGGCATACAATAAAGCTAATGCA
ATAGAGTTCTGCATCCAAAGGCTTTACATGAATGAAAGTTCATAGAATTTCATGATTTGTGGCTTAAATGCTTTGTAATACAGAGTCGGCTTACAGAAAGCACGTA

Intron 2 GTCTCCAAAA ... ATGAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	93.75	8	79	161
A2	100	0	59	98
A3	100	0	45	104
A4	93.89	4	35	88
A5	93.22	4	40	70
A6	99.46	1	132	238
A7	96.98	10	225	418
A8	97.55	7	207	351
A9	99.54	1	160	270
A10	96.4	9	174	308

>TRINITY_DN132438_c1_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

GCATAAAAGTTGTGCTACCAGGTTGGGCTACATGGTATCCACGCTTTAGATGAATGAAAGCTCATACAGTGCTTGGTGGGTGCCTTCGCTTCTTAATGAAGCACAAAGAGTTGTGCTACATTGTCTCTAAGCACAAAGAGTTGTGCTACATTGTCTCCAGAAGCTCTCCAAAGGCTTTACAGTAGTGAAAGCTCATAAAG
TTCTTGGCTTTAAATGCTTTACATGTATCTAAAGAGTGGGGCTAAAAGCATCCAAAAGCGCGTTGGCCTACATGGTATCATGAAGCTCATACAGTTCTTGGTGGGTGCCTTAAATGGTTTGTAAAGCACAAAGACTTGTGCTATCTGGTATCCAAAAGCCTTACATGAATGAAAGCTTGTATAGTACCTGGTGGTACATG
AATGGAAGCTCGTATAGTACCT

>TRINITY_DN132438_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAGGCTTTGTGAAGCATAAAAGTTGTGCTACCAGgtctccaaaagctttcccaaagctttattggaatgaaatctcaacatcttaagatgtttgcaccatttggaccatccccagatagttggaatacaagtctctaagaagtttacatgaatgaatgcagGTTGGGCTACATGGTATCCACGCTTTACATGAATTCTAC
ATGGTATCCACGCTTTACATGAATGAAAGCTCATACAGTGCTTGGTGGGTGCCTTCGCTTCTTAATGAAGCACAAAGAGTTGTGCTACATTGTCTCTAAGCACAAAGAGTTGTGCTACATTGTCTCCAGAAGCTCTCCAAAGGCTTTACAGTAGTGAAAGCTCATAAAGTTCTTGGCTTTAAATGCTTTACATGTATCTA
AAGAGTGGGGCTAAAGGCATCCAAAAGCGCGTTGGCCTACATGGTATCATGAAGCTCATACAGTTCTTGGTGGGTGCCTTAAATGGTTTGTAAAGCACAAAGACTTGTGCTATCTGGTATCCAAAAGCCTTACATGAATGAAAGCTTGTATAGTACCTGGTGGGGGCATACAATAAAGCTAGTGCAAAAGAGTTCTGCAT
CCAAAGGTTTCACATGAATGAAAGTTCATACAATTTCATGATTTGTGGCTTAAATGCTTTGTAATACAGAGTCGGCTTACATAAATGCTTTGTAATACAGAGTCGGCTTACAGTGTTCATCTACATGAATGAAAGCACGTATAGTACCTGGTGGGGGCATACAATAAAGCTA

Intron 3 ATGGTATCCA ... TGAATTCTAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.66	125.5	117	124
A2	43.95	91	72	71
A3	50.51	66.5	67.5	68.5
A4	52.95	70.5	72.5	87
A5	52.62	40	41.5	46.5
A6	47.53	224	175.5	231.5
A7	50.05	335	305	367.5
A8	48.12	336.5	269	356.5
A9	46.02	258.5	205.5	241
A10	49.03	256.5	222.5	275

>TRINITY_DN122092_c0_g2_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

GCTTTTGTACAAATAATATATTTTGGTTCCAAGTATCTAAAAGCTGAATGAAAGTGCTTTTGTACAAATAATATATTTGGGTTCCAAGTATCTAAAAGCTGAGTGAAAGTGGGTTGAGCTACATGGTTTTCAAAAGCTTTACATGAACAAAAGCTCATACAGTGCAAGTATCTAAAAGCTGAATGAAAGTGGGTTGAGCT
ACATGGTTTCCAAAAGCTTTACATGAACAAAAACTCATATAGTGCTTAGTGGGTGCCCTGCATGCTTTGTGAAGCATAAGAGTTGTGCTACCAAATCTCAAAATCTTAAGATGTTTGCACCATTTGGACCATCCCCAGATAGTTGGAATACAAGTATCTAAGAAGTTTACATGAATGAATGCAGGTTGGGCTACATGGTA

TCCACGCTTTAGATGAATGAAAGCTCATACAGTGCTTGGTGGGTGCCTAAGCACAAAGAGTTGTGCTACATTGTCTCCAGAAGCTCTCCAAAGGCTTTACAGTAGTGAAAGCTCATAAAGTTCTTGGCATTAAATGCTTTACATGTATCTAAAGAGTGGGGCTAAAAGCATCCAAAAGCGCGTTGGCCTACATGGTATCA
TGAAGCTCATACAGTTCTTGGTGGGTGCCTTAAATGGTTTGTAAAGCACAAAGACTTGTGCTACTGGTATCCAAAAGCCTTACATGAATGAAAGCTCTGGTATCCAAAAGCCTTACATGAATGGAAGCTCGTATAGTACCT

>TRINITY_DN122092_c0_g2_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AATCTCAAAATCTTAAGATGTTTGCACCATTTGGACCATCCCCAGATAGTTGGAATACAAGTATCTAAGAAGTTTACATGAATGAATGCAGGTTGGGCTACatggtatccacgctttacatgaattctacATGGTATCCACGCTTTACATGAATGAAAGCTCATACAGTGCTTGGTGGGTGCCTTCGCTTCTTAATGAAG
CACAAAGAGTTGTGCTACCTTGTCTCCAGAAGCTCTCCAAAGGCTTTAACAGTAGTGAAAGCTCATAAAGTTCTTGGCATTAAATGCTTTACATGTATCTAAAGAGTGCGGGCTAAAAGCATCCAAAAGCGCGTTGGCCTACATGGTATCATGAAGCTCATACAGTTCTTGGTGGGTGCCTTAAATGGTTTGTAAAGCAC
AAAGACTTGTGCTA

Intron 4 ATGAATGAAA ... AAGGTTTTAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.66	119	100	18
A2	44.71	94	76	25
A3	43.41	103	79	15
A4	43.26	80	61	13
A5	41.61	80	57	19
A6	41.92	629	454	137
A7	43.31	788	602	182
A8	42.05	1166	846	235
A9	42.42	661	487	133
A10	43.57	649	501	160

>TRINITY_DN44830_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

CTCATACAGTGGTTAGTGGGTGCAGTACAAATAATATATTTGGGTTCCAAGTATCTAAAAGCTGAATGAAAGTGGGTTGAGCTACATGGTCTCCAAAAGTTTTACATGAACAAAAGCTCATACAGTGGTTAGTGGGTGCAGTACAAATAATATATTTGGGTTCCAAGTATCTAAAAGCTGAATGAAAGTGGGTTGAGCTA
CATGGTCTCCAAAAGTTTTACATGAACAAAAGCTCATACAGTGGTTAGTGGGTGCCCTGCAGGCTTTGTGAAGCATAAGAGTGGTTAGTGGGTGCCCTGCAGGCTTTGTGAAGCATAAAAGTTGTTGCTGCCAGGTCTCCAAAAGCTTTCCTAAAGCTTTATTGAAATCAAATCTCAATATCTTAAGATGTTTGCACCAT
TTGGACCATCCCCAAATAGTTGGATTTAAGAAGTTTACATGAATGAATGAAGGTTGGGCTACATGGTATCCGCGCTTTACATGAATTCTACATGGTATCCACGCTTTAGATGAATGAAAGCTCATACAATGCTTGGTGGGTGCCGTCGCTTCTTAATGAAGAACAAGGCGTTGTGCTACATTGTCTCCAGAAGCTCTCCA
AAGGCTTTACAGTAGTGAAAGCTCATAAAGTTCTTGGCTTTAAATGCTTTACATGTATCTAAAGAGGGGCTAAAAATATCCAAAAGCGCGTTGGCCTACATGGTATCATGAAGCTCTTACAGTGCTTGGTGGGTGCCTTAAATGGTTTGTAAAGCACAAAGACTTGTGCTAGCTGGTATCCAAAAGCCTTACATGAATGA
AAGCTTGTATAGTACCTGGTGGGGGCATACAATAAAGCTAATGCAATAGAGTTCTGCATCCAAAGGCTTTACATGAATAAAAGTTCATAGAATTTCATGATTTGTGGCATAAATGCTTTGTAATACAGAGTCGGCTTACAGTGTTCATCAATTTGATTTAACCATTTGTGAGGTTTTGTGGGTCATTTGCATACTGCCTG
CTATCTGGTATCCAAAAGCCTTACATGAATGAAAGCACGTAGAGTCGGCTTACAGTGTTCATCAATTTGATTTAACCATTTGTGAGGTTTTGTGGGTCATTTGCATACTGCCTGCTATCTGGTATCCAAAAGCCTTACATGAATGAAAGCACGTATAGTACCTGGTGGGGGCATACAATAAAGCTA

>TRINITY_DN44830_c0_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTCATACAGTGGTTAGTGGGTGCAGTACAAATAATATATTTGGGTTCCAAGTATCTAAAAGCTGAATGAAAGTGGGTTGAGCTACATGGTCTCCAAAAGTTTTACATGAACAAAAGCTCATACAGTGGTTAGTGGGTGCAGTACAAATAATATATTTGGGTTCCAAGTATCTAAAAGCTGAATGAAAGTGGGTTGAGCTA
CATGGTCTCCAAAAGTTTTACATGAACAAAAGCTCATACAGTGGTTAGTGGGTGCCCTGCAGGCTTTGTGAAGCATAAGAGTTGTGCTACCAGGTCTCCAAAAGCTTTCCCAAAGCTTGATTGGAATGAAATCTCAACATGTCAAGATGTTTGCACCATTTGGACCATCCTCAGATATTTGGAATAGAAGTATCTAAGAA
GTTTACATGAATGACTGCAGGTTGGGCTACATGGTATCAACGCTTTACATGAACGAAAGCTCATACAGTGCTTGGTGGGTGCCTTCGCTTCTTAATGAAGCACAAAGAGTTGTGCTACATTGTCTCTAGAAGCTCTCCAAAGGCTTTACAGTAGTGAAAGCTCATAAAGTTCTTGGCATTAAATGCTTTACATGTATCTA
AAGAGTGGGGCTAAAGGCATCCAAAAGCGCGTTGGCCTACATGGTATCATGAAGCTCATACAGTTCTTGGTGGGTGCCTTAATTGGTTTGTAAAGCACAAAGACTTGTGCTATCTGGTATCCAAAAGCCTTACatgaatgaaagcttgtatagtacctggtgggggcatacaataaagctagtgcaaaagagttctgcat
ccaaaggttttacATGAATGAAAGCACGTATAGTACCTGGTGGGGGCATACAATAAAGCTA