sp|Q6Z382|COPG2_ORYSJ ----> Coatomer subunit gamma-2

Intron 1 GTTACATTTT ... TCATCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.23	115	2	31
A2	22.22	98	0	28
A3	29.09	117	0	48
A4	26.77	93	1	34
A5	24.07	41	0	13
A6	30.62	349	0	154
A7	26.16	347.3	0	123
A8	22.48	362	0	105
A9	25.6	311	2	107
A10	29.47	268	1	112

>TRINITY_DN104971_c1_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoform

CTACTGCATAAAACCTTGGCATTGTGTCATCAAATCTATTCATTCATTTTCATTGTTTATATTTTCTCATTATATTCTTCTAACTGATCACAGAGGTAGTGGTTGTCTAATCTGCTCCCTAATCTCTGAATATCATTAGACCATATAGGCATGGCAACTGAAGATGTTGAAACAGTAACAAGTGTGAAAAATTTGACCTT
CAGAGATGTAAAGGGAAAATCTCATGGAGAGAATTATCCAAAAGTACAGTCCTTTTATGGCTATGTTTTGAACAAGTCAATTATAATGCACTATATATATTATAACGGGTCAAATATTTTAATTTATCAATCTGCTTTACTTATTATGTCAGATAATTGTGTAGCATATTAGTGATAACGCATTTCTTTTGCAGATTCTT
CATTTTCTCGGTAATGAAGGACCAAAGACTGCAGACCCTAGCAAGTATATTCGTTATATTTATAATCGAGTTATTCTTGAAAATGCAACAGTTAGGGCAAGTGCTGTAAGTGCGCTAGCAAAGTTTGGGGCACTGGTCGAGTCTCTAAAGCCTCGCATATTTGTATTGTTGCGGCGGTGTCTCTTTGACAATGATGATGA
GGTTCGGGATCGAGCAACACTCTACCTAAATGCTCTTGGTGGAGATGCTTCTTCAAATAATGATGGGAGGGATTTGAAAGAGTTTATTTATGGTACCTTACACTTGCCACTGGTTAACCTTGAAGCAAGTTTACAAGCCTATGAGGCTAGTGAAGAGCCTTTCAACCTGGCTGCTGTTCCAAAAGAGGTCAAATCACAGC
CCTTGGCAGAGAAGAAAGCCCCTGGGAAAAAATCAGCGGCAACAAATGTTGGGCCTACTACTGTTACCTCAATTGGAGAAACATATGAAAAATTACTTGCCTCTATTCCTGAGTTTTCAGAATTTGGAAAACTTTTCAAGTCTTCACCACCTGTAGAGCTGACTGAAGCAGAGACGGAGTATGCAGTGAATGTTGTGAAG
CACATATTTTCTAACCATGTTGTGTTTCAGTATAACTGCACGAACACTATACCAGAACAAGTTTTGGAAGATGTTCATGTAATAGTAGATGCATCTGAAGCAGAAGAATTTTCGGAAGTGGCATCTAAACCTCTGAAGTCATTGCCTTATGACTCACCTGGACAGACTTTTGTGGCATTTGAAAAACCAGAAGGAGCTTT
GTCTACTGGAAAATTTTCAAATATGCTGAAATTTGTTGTGAAAGAGGTCGATTCTGCTACTGGTGATGTAGAAGAGGAGGGAGTTGAAGACGAATATCAACTCGAGGACCTAGAGGTGACTCCAGCTGATTACATTTTGAAGGGTGGAGTTTCAAATTTCAAAAATGCATGGGAGTCCTTAGGAGCAGACTTTGAACGTG
TTGATGAGTATGGTCTTGGTGTGAGGGAGAGTTTGTCTGAGGCAGTACAGGCTGTAATTAATCTTCTAGGAATGCAGTCTTGTGAGGGTACTGATGTAGTCCCAAGCAATTCACGGTCACACACTTGCCTATTGGCTGGTAGATTCATTGGCAATGTTCAAGTACTTGTTAGACTATCTTTTGGCATTGATGGACCTAAA
CAAGTTGCAATGAAGCTTGCAGTGAGGTCTGAAGACCAATTTGTAAGTGATGCCATACATGAAATTGTTGCTAATGGCTAAGTGCGCACGTATCTTGCATTATTGCAAGCTGTTGGTTGAAGTAGAACGTGCAAATACATTTGCTATGTCTGGTAGATATTTCCACAGCCATATCAATTTTCCATAGTGTGCTAAATTTA
GCACCTCACTGAGAAAATGCTCTAGGGCAAATCATGCATTTTATTTTTGAGTTTATTCCCAATGGTATTTGAAATAACCTGTTGAGGACAGGTTGAAGCTAGAGCTTCTTAGTACTTATTGATTCATTTGCCTTTTTAATAGTGAAAGTGGGGTTTGAAGGAACAAAATGCTAATAATGCTGATGATTTGTTCCATTCGA
AGTTTTTTGTATGTAATAGTACATCATTCGAAGAGCTAGAGATGTAAGACTTTGATATGACACGTTCAAAGAGCTCTAGATATGTAAGACTCTTGGTATGGAATTTTCATTTTTTTGGAGAACTTGTAGTGGCA

>TRINITY_DN104971_c1_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CGAGGACCTAGAGgttacattttccttgtgatgataaagataatatagcttaactgctcattgttttactggagggctaaaacctagaagtttaattactctcttttcatctacagGTGACTCCAGCTGATTACATTTTGAAGGGTGGAGTTTCAAATTTCAAAAATGCATGGGAGTCCTTAGGAGCAGACTTTGAACGT
GTTGATGAGTATGGTCTTGGTGTGAGGGAGAGTTTGTCTGAGGCAGTACAGGCTGTAATTAATCTTCTAGGAATGCAGTCTTGTGAGGGTACTGATGTAGTCCCAAGCAATTCACGGTCACACACTTGCCTATTGGCTGGTAGATTCATTGGCAATGTTCAAGTACTTGTTAGACTATCTTTTGGCATTGATGGACCTAA
ACAAGTTGCAATGAAGCTTGCAGTGAGGTCTGAAGACCAATTTGTAAGTGATGCCATACATGAAATTGTTGCTAATGGCTAAGTGCGCACGTATCTTGCATTATTGCAAGCTGTTGGTTGAAGTAGAACGTGCAAATACATTTGCTATGTCTGGTAGATATTTCCACAGCCATATCAATTTTCCATAGTGTGCTAAATTT
AGCACCTCACTGAGAAAATGCTCTAGGGCAAATCATGCATTTTATTTTTGAGTTTATTCCCAATGGTATTTGAAATAACCTGTTGAGGACAGGTTGAAGCTAGAGCTTCTTAGTACTTATTGATTCATTTGCCTTTTTAATAGTGAAAGTGGGGTTTGAAGGAACAAAATGCTAATAATGCTGATGATTTGTTCCATTCG
AAGTTTTTTGTATGTAATAGTACATCATTCGAAGAGCTAGAGATGTAAGACTTTGATATGACACGTTCAAAGAGCTCTAGATATGTAAGACTCTTGGTATGGAATTTTCATTTTTTTGGAGAACTTGTAGTGGCA

Intron 2 GTAATGTGGG ... CTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.08	183	0	30
A2	15.96	179	1	34
A3	6.02	234	0	15
A4	12.12	145	1	20
A5	16.5	86	1	17
A6	10.34	286	1	33
A7	8.07	433	0	38
A8	9.59	264	0	28
A9	9.69	317	0	34
A10	6.85	272	0	20

>TRINITY_DN126597_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTCCCGTGTTTACTCCCAAGAACCCAATATCTGGGGTGCTCTCGGCAAGAACGATAATTTGGGAAAAAAGGAAATATGGTGCTATAAATTTACTCAACCATATAAACCCCCTTGATAGATGATAGAGTAGCAGACTGTGTTTAATCGTGTTTCTCTCATCTCTTACAGTGAGGAGTAGTACGAAATCAGCTTGCTACCA
TTGATTGACAGCCATGGCGCTTGCTCAGCCCCTGGTGAAGAAGGACGACGATCGAGATGACGAAGCGGAGTACTCTCCCTTTCTTGGGATCGAAAAGGGAGCAGTCCTGCAGGAAGCTCGCGTTTTCAATGATCCTCAACTCGATGCAAGGAGATGTGCCCAGGTCATTACGAAACTTCTATATTTAATTAATCAAGGAG
AGACTTTCATGAAGGTTGAAGCTACAGAAGTTTTCTTTGCTGTCACAAAGCTTTTTCAGTCCAAGGATACTGGCTTGAGGAGAATGGTTTATTTGATCATCAAGGAGCTTTCTCCTTCTGCCGATGAGGTTATTATTGTGACAAGTTCATTAATGAAAGACATGAATAGCAAGACAGATATGTATCGGGCCAATGCGATA
CGAGTTTTATGCAGAATCACAGATGGGACCTTGTTGGGTCAAATTGAGAGATATCTTAAACAAGCTATTGTTGACAAGAATCCTGTTGTAGCCAGTGCTGCCCTTGTCAGTGGAATTCACTTGCTCCAGACAAATCCAGAGATAGTGAGACGATGGAGTAATGAGGTCCAGGAAGCAGTTCAGTCCCGAGCTGCTCTTGT
ACAATTTCATGCTCTTGCTTTGCTTCACCAGATTCGACAAAATGACCGTTTGGCTGTAAGCAAGCTGGTGACCAGTTTAACTAGAGGATCAGTTCGTTCACCTTTAGCTCAATGCCTTTTGATCCGTTACACCAGTCAGGTTATACGAGAATCAAGTTTAAATACACAAGCACCTGAGCGCCCTTTTTATGACTATCTGG
AGGGTTGTTTGCGGCACAAAGCAGAAATGGTCATATTTGAAGCTGCAAGATCTATAACAGAGTTGAGTGGAGTGACCAGTCGAGAGTTGACTCCAGCTATTACTGTCTTGCAGCTATTTTTAAGCTCATCAAAGCCAGTTCTCCGGTTTGCAGCTGTTCGTACACTAAACAAGGTAGCAATGACACATCCATTGGCAGTT
ACAAACTGCAATATTGATATGGAGAGCCTGATTTCGGATCAAAACCGGAGCATAGCCACTCTGGCTATTACTACATTGTTGAAAACAGGAAATGAGTCGAGCGTGGATCGTTTGATGAAGCAAATCACGAATTTTATGTCAGATATAGCAGATGAGTTCAAGATTGTGGTTGTGGAAGCGATTCGATCTCTGTGCTTAAA
GTTCCCACAGAAGTATCGAACACTAATGAACTTTCTGAGTAATATACTCCGAGAAGAAGGGGGATTTGAATATAAGAAAGCTATTGTGGACTCTATTCTTATTCTCATACGAGATATCCCTGAAGCAAAAGAAAGTGGCTTGTCTCATCTTTGTGAATTCATTGAAGATTGCGAATTTACTTATCTTTCTACACAGATTC
TTCATTTTCTCGGTAATGAAGGACCAAAGACTGCAGACCCTAGCAAGTATATTCGTTATATTTATAATCGAGTTATTCTTGAAAATGCAACAGTTAGGGCAAGTGCTGTAAGTGCGCTAGCAAAGTTTGGGGCACTGGTCGAGTCTCTAAAGCCTCGCATATTTGTATTGTTGCGGCGGTGTCTCTTTGACAATGATGAT
GAGGTTCGGGATCGAGCAACACTCTACCTAAATGCTCTTGGTGGAGATGCTTCTTCAAATAATGATGGGAGGGATTTGAAAGAGTTTATTTATGGTACCTTACACTTGCCACTGGTTAACCTTGAAGCAAGTTTACAAGCCTATGAGGCTAGTGAAGAGCCTTTCAACCTGGCTGCTGTTCCAAAAGAGGTCAAATCACA
GCCCTTGGCAGAGAAGAAAGCCCCTGGGAAAAAATCAGCGGCAACAAATGTTGGGCCTACTACTGTTACCTCAATTGGAGAAACATATGAAAAATTACTTGCCTCTATTCCTGAGTTTTCAGAATTTGGAAAACTTTTCAAGTCTTCACCACCTGTAGAGCTGACTGAAGCAGAGACGGAGTATGCAGTGAATGTTGTGA
AGCACGTATTTTCTAACCATGTTGTGTTTCAGTATAACTGCACGAACACTATACCAGAACAAGTTTTGGAAGATGTTCATGTAATAGTAGATGCATCTGAAGCAGAAGAATTTTCGGAAGTGGCATCTAAACCTCTGAAGTCATTGCCTTATGACTCACCTGGACAGACTTTTGTGGCATTTGAAAAACCAGAAGGAGCT
TTGTCTACTGGAAAATTTTCAAATATGCTGAAATTTGTTGTGAAAGAGGTCGATTCTGCTACTGGTGATGTAGAAGAGGAGGGAGTTGAAGACGAATATCAACTCGAGGACCTAGAGGTGACTCCAGCTGATTACATTTTGAAGGTTGGAGTTTCAAATTTCAAAAATGCATGGGAGTCCTTAGGAGCAGACTTTGAACG
TGTTGATGAGTATGGTCTTGGTGTGAGGGAGAGTTTGTCTGAGGCAGTACAGGCTGTAATTAATCTTCTAGGAATGCAGTCTTGTGAGGGTACTGATGTAGTCCCAAGCAATTCACGGTCACACACTTGCCTATTGGCTGGTAGATTCATTGGCAATGTTCAAGTACTTGTTAGACTATCTTTTGGCATTGATGGACCTA
AACAAGTTGCAATGAAGCTTGCAGTGAGGTCTGAAGACCAATTTGTAAGTGATGCCATACATGAAATTGTTGCTAATGGCTAAGTGCGCACGTATCTTGCATTATTGCAAGCTGTTGGTTGAAGTAGAACGTGCAAATACATTTGCTATGTCTGGTAGATATTTCCACAGCCATATCAATTTTCCATAGTGTGCTAAATT
TAGCACCTCACTGAGAAAATGCTTTAGGGCAAATCATGCATTTTATTTTTGAGTTTATTCCCAATGGTATTTGAAATAACCTGTTGAGGACAGGTTGAAGCTAGAGCTTCTTAGTACTTATTGATTCATTTGCCTTTTTAATAGTGAAAGTGGGGTTTGAAGGAACAAAATGCTAATAATGCTGATGATTTGTTCCATTT
GAAGTTTTTTGTATGTAATAGTACATCATTCGAAGAGCTAGAGATGTAAGACTTTGATATGACAGGTTCAAAGAGCTCTAGATATGTAAGACTCTTGGTATGGAATTTTCATTTTTTTGGAGAACTTGTAGTGGCATATTTGTTGGTTA

>TRINITY_DN126597_c1_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAGAATTTGGAAAACTTTTCAAGgtaatgtgggtttgtaattttgaatttcatttattttaatagaatggaagtattctgtgtcagatcatgatctacttttgtctaccatacacttattcaagtatcatattttatttcctctgtttgcagTCTTCACCACCTGTAGAGCTGACTGAAGCAGAGACGGAGTATGCAGTG
AATGTTGTGAAGCACGTATTTTCTAACCATGTTGTGTTTCAGTATAACTGCACGAACACTATACCAGAACAAGTTTTGGAAGATGTTCATGTAATAGTAGATGCATCTGAAGCAGAAGAATTTTCGGAAGTGGCATCTAAACCTCTGAAGTCATTGCCTTATGACTCACCTGGACAGACTTTTGTGGCATTTGAAAAACC
AGAAGGAGCTTTGTCTACTGGAAAATTTTCAAATATGCTGAAATTTGTTGTGAAAGAGGTCGATTCTGCTACTGGTGATGTAGAAGAGGAGGGAGTTGAAGACGAATATCAACTCGAGGACCTAGAGGTGACTCCAGCTGATTACATTTTGAAGGTTGGAGTTTCAAATTTCAAAAATGCATGGGAGTCCTTAGGAGCAG
ACTTTGAACGTGTTGATGAGTATGGTCTTGGTGTGAGGGAGAGTTTGTCTGAGGCAGTACAGGCTGTAATTAATCTTCTAGGAATGCAGTCTTGTGAGGGTACTGATGTAGTCCCAAGCAATTCACGGTCACACACTTGCCTATTGGCTGGTAGATTCATTGGCAATGTTCAAGTACTTGTTAGACTATCTTTTGGCATT
GATGGACCTAAACAAGTTGCAATGAAGCTTGCAGTGAGGTCTGAAGACCAATTTGTAAGTGATGCCATACATGAAATTGTTGCTAATGGCTAAGTGCGCACGTATCTTGCATTATTGCAAGCTGTTGGTTGAAGTAGAACGTGCAAATACATTTGCTATGTCTGGTAGATATTTCCACAGCCATATCAATTTTCCATAGT
GTGCTAAATTTAGCACCTCACTGAGAAAATGCTTTAGGGCAAATCATGCATTTTATTTTTGAGTTTATTCCCAATGGTATTTGAAATAACCTGTTGAGGACAGGTTGAAGCTAGAGCTTCTTAGTACTTATTGATTCATTTGCCTTTTTAATAGTGAAAGTGGGGTTTGAAGGAACAAAATGCTAATAATGCTGATGATT
TGTTCCATTTGAAGTTTTTTGTATGTAATAGTACATCATTCGAAGAGCTAGAGATGTAAGACTTTGATATGACAGGTTCAAAGAGCTCTAGATATGTAAGACTCTTGGTATGGAATTTTCATTTTTTTGGAGAACTTGTAGTGGCATATTTGTTGGTTA

Intron 3 GTGCTATAAA ... TCTCTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	89.38	8.5	35	91
A2	82.97	18	47	117
A3	87.37	8.5	39.2	76.2
A4	84.15	11.3	24	74.8
A5	91.21	5.5	29	81
A6	89.16	3	15.7	28
A7	81.97	11.5	25	71
A8	84.2	4	6.3	29
A9	80.53	17.5	33	86
A10	82.51	8.5	23.3	53

>TRINITY_DN117956_c0_g2_i10 from sample A2 / Example spliced isoform

CAAACAAAACCTTTTCCCGTGTTTACTCCCAAGAACCCAATATCTGGGGTGCTCTCGGCAAGAACGATAATTTGGGAAAAAAGGAAATATGTGAGGAGTAGTACGAAATCAGCTTGCTACCATTGATTGACAGCCATGGCGCTTGCCCAGCCCCTGGTGAAGAAGGACGACGATCGAGATGACGAAGGTATTCTTGTATC
CATTCTACCAAAATTCCCTTAAAATTTAAAGCATTCATCGAATATTC

>TRINITY_DN117956_c0_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAAACAAAACCTTTTCCCGTGTTTACTCCCAAGAACCCAATATCTGGGGTGCTCTCGGCAAGAACGATAATTTGGGAAAAAAGGAAATATGgtgctataaatttactcaaccatataaacccccttgatagatgatagagtagcagactgtgtttaatcgtgtttctctcatctcttacagTGAGGAGTAGTACGAAATC
AGCTTGCTACCATTGATTGACAGCCATGGCGCTTGCCCAGCCCCTGGTGAAGAAGGACGACGATCGAGATGACGAAGCGGAGTACTCTCCCTTTCTTGGGATCGAAAAGGGAGCAGTCCTGCAGGAAGCTCGCGTTTTCAATGATCCTCAACTCGATGCAAGGAGATGTGCCCAGGTCATTACGAAACTTCTATATTTAA
TTAATCAAGGAGAGACTTTCATGAAGGTTGAAGCTACAGAAGTTTTCTTTGCTGTCACAAAGCTTTTTCAGTCCAAGGATACTGGCTTGAGGAGAATGGTTTATTTGATCATCAAGGAGCTTTCTCCTTCTGCCGATGAGGTTATTATTGTGACAAGTTCATTAATGAAAGACATGAATAGCAAGACAGATATGTATCGG
GCCAATGCGATACGAGTTTTATGCAGAATCACAGATGGGACCTTGTTGGGTCAAATTGAGAGATATCTTAAACAAGCTATTGTTGACAAGAATCCTGTTGTAGCCAGTGCTGCCCTTGTCAGTGGAATTCACTTGCTCCAGACAAATCCAGAGATAGTGAGACGATGGAGTAATGAGGTCCAGGAAGCAGTTCAGTCCCG
AGCTGCTCTTGTACAATTTCATGCTCTTGCTTTGCTTCACCAGATTCGACAAAATGACCGTTTGGCTGTAAGCAAGCTGGTGACCAGTTTAACTAGAGGATCAGTTCGTTCACCTTTAGCTCAATGCCTTTTGATCCGTTACACCAGTCAGGTTATACGAGAATCAAGTTTAAATACACAAGCACCTGAGCGCCCTTTTT
ATGACTATCTGGAGGGTTGTTTGCGGCACAAAGCAGAAATGGTCATATTTGAAGCTGCAAGATCTATAACAGAGTTGAGTGGAGTGACCAGTCGAGAGTTGACTCCAGCTATTACTGTCTTGCAGCTATTTTTAAGCTCATCAAAGCCAGTTCTCCGGTTTGCAGCTGTTCGTACACTAAACAAGGTAGCAATGACACAT
CCATTGGCAGTTACAAACTGCAATATTGATATGGAGAGCCTGATTTCGGATCAAAACCGGAGCATAGCCACTCTGGCTATTACTACATTGTTGAAAACAGGAAATGAGTCGAGCGTGGATCGTTTGATGAAGCAAATCACGAATTTTATGTCAGATATAGCAGATGAGTTCAAGATTGTGGTTGTGGAAGCGATTCGATC
TCTGTGCTTAAAGTTCCCACAGAAGTATCGAACACTAATGAACTTTCTGAGTAATATACTCCGAGAAGAAGGGGGATTTGAATATAAGAAAGCTATTGTGGACTCTATTCTTATTCTCATACGAGATATCCCTGAAGCAAAAGAAAGTGGCTTGTCTCATCTTTGTGAATTCATTGAAGATTGCGAATTTACTTATCTTT
CTACACAGGTAAGTGCTATCTACTGCATAAAACCTTGGCATTGTGTCATCAAATCTATTCATTCATTTTCATTGTTTATATTTTCTCATTATATTCTTCTAACTGATCACAGAGGTAGTGGTTGTCTAATCTGCTCCCTAATCTCTGAATATCATTAGACCATATAGGCATGGCAACTGAAGATGTTGAAACAGTAACAA
GTGTGAAAAATTTGACCTTCAGAGATGTAAAGGGAAAATCTCATGGAGAGC

Intron 4 GTTAGTTTGT ... TTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.64	157	1	57
A2	23.93	89	3	28
A3	21.92	114	0	32
A4	23.89	137	0	43
A5	23.4	72	0	22
A6	25.76	49	0	17
A7	18.57	114	0	26
A8	25	39	0	13
A9	25.95	97	0	34
A10	12.77	82	0	12

>TRINITY_DN126597_c1_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTCCCGTGTTTACTCCCAAGAACCCAATATCTGGGGTGCTCTCGGCAAGAACGATAATTTGGGAAAAAAGGAAATATGGTGCTATAAATTTACTCAACCATATAAACCCCCTTGATAGATGATAGAGTAGCAGACTGTGTTTAATCGTGTTTCTCTCATCTCTTACAGTGAGGAGTAGTACGAAATCAGCTTGCTACCA
TTGATTGACAGCCATGGCGCTTGCTCAGCCCCTGGTGAAGAAGGACGACGATCGAGATGACGAAGCGGAGTACTCTCCCTTTCTTGGGATCGAAAAGGGAGCAGTCCTGCAGGAAGCTCGCGTTTTCAATGATCCTCAACTCGATGCAAGGAGATGTGCCCAGGTCATTACGAAACTTCTATATTTAATTAATCAAGGAG
AGACTTTCATGAAGGTTGAAGCTACAGAAGTTTTCTTTGCTGTCACAAAGCTTTTTCAGTCCAAGGATACTGGCTTGAGGAGAATGGTTTATTTGATCATCAAGGAGCTTTCTCCTTCTGCCGATGAGGTTATTATTGTGACAAGTTCATTAATGAAAGACATGAATAGCAAGACAGATATGTATCGGGCCAATGCGATA
CGAGTTTTATGCAGAATCACAGATGGGACCTTGTTGGGTCAAATTGAGAGATATCTTAAACAAGCTATTGTTGACAAGAATCCTGTTGTAGCCAGTGCTGCCCTTGTCAGTGGAATTCACTTGCTCCAGACAAATCCAGAGATAGTGAGACGATGGAGTAATGAGGTCCAGGAAGCAGTTCAGTCCCGAGCTGCTCTTGT
ACAATTTCATGCTCTTGCTTTGCTTCACCAGATTCGACAAAATGACCGTTTGGCTGTAAGCAAGCTGGTGACCAGTTTAACTAGAGGATCAGTTCGTTCACCTTTAGCTCAATGCCTTTTGATCCGTTACACCAGTCAGGTTATACGAGAATCAAGTTTAAATACACAAGCACCTGAGCGCCCTTTTTATGACTATCTGG
AGGGTTGTTTGCGGCACAAAGCAGAAATGGTCATATTTGAAGCTGCAAGATCTATAACAGAGTTGAGTGGAGTGACCAGTCGAGAGTTGACTCCAGCTATTACTGTCTTGCAGCTATTTTTAAGCTCATCAAAGCCAGTTCTCCGGTTTGCAGCTGTTCGTACACTAAACAAGGTAGCTTTATTTTTCTAAAACCATTCA
ATATGGCTACATTTTGAGGCTTCCTTTTTCTCTCCCTTTAGGTTAGAAAGTACAGTTCTATAATTTCAATTTAGGAATGCTTTTACCAGGATGCAGCCTGGTCATATTTCTTTCTTTATTGTTCCAAAACCATTTAATATGGCTACATTTTGAGGCTT

>TRINITY_DN126597_c1_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAGGAGAGACTTTCATGAAGgttagtttgttctttggtattgattatctcctttcatttataattgtttgagtttgttgtgcatgatatttgctatctgatgttctgatttatgtctttattttttttgcagGTTGAAGCTACAGAAGTTTTCTTTGCTGTCACAAAGCTTTTTCAGTCCAAGGATACTGGCTTGAGGAG
AATGGTTTATTTGATCATCAAGGAGCTTTCTCCTTCTGCCGATGAGGTTATTATTGTGACAAGTTCATTAATGAAAGACATGAATAGCAAGACAGATATGTATCGGGCCAATGCGATACGAGTTTTATGCAGAATCACAGATGGGACCTTGTTGGGTCAAATTGAGAGATATCTTAAACAAGCTATTGTTGACAAGAATC
CTGTTGTAGCCAGTGCTGCCCTTGTCAGTGGAATTCACTTGCTCCAGACAAATCCAGAGATAGTGAGACGATGGAGTAATGAGGTCCAGGAAGCAGTTCAGTCCCGAGCTGCTCTTGTACAATTTCATGCTCTTGCTTTGCTTCACCAGATTCGACAAAATGACCGTTTGGCTGTAAGCAAGCTGGTGACCAGTTTAACT
AGAGGATCAGTTCGTTCACCTTTAGCTCAATGCCTTTTGATCCGTTACACCAGTCAGGTTATACGAGAATCAAGTTTAAATACACAAGCACCTGAGCGCCCTTTTTATGACTATCTGGAGGGTTGTTTGCGGCACAAAGCAGAAATGGTCATATTTGAAGCTGCAAGATCTATAACAGAGTTGAGTGGAGTGACCAGTCG
AGAGTTGACTCCAGCTATTACTGTCTTGCAGCTATTTTTAAGCTCATCAAAGCCAGTTCTCCGGTTTGCAGCTGTTCGTACACTAAACAAGGTAGCAATGACACATCCATTGGCAGTTACAAACTGCAATATTGATATGGAGAGCCTGATTTCGGATCAAAACCGGAGCATAGCCACTCTGGCTATTACTACATTGTTGA
AAACAGGAAATGAGTCGAGCGTGGATCGTTTGATGAAGCAAATCACGAATTTTATGTCAGATATAGCAGATGAGTTCAAGATTGTGGTTGTGGAAGCGATTCGATCTCTGTGCTTAAAGTTCCCACAGAAGTATCGAACACTAATGAACTTTCTGAGTAATATACTCCGAGAAGAAGGGGGATTTGAATATAAGAAAGCT
ATTGTGGACTCTATTCTTATTCTCATACGAGATATCCCTGAAGCAAAAGAAAGTGGCTTGTCTCATCTTTGTGAATTCATTGAAGATTGCGAATTTACTTATCTTTCTACACAGATTCTTCATTTTCTCGGTAATGAAGGACCAAAGACTGCAGACCCTAGCAAGTATATTCGTTATATTTATAATCGAGTTATTCTTGA
AAATGCAACAGTTAGGGCAAGTGCTGTAAGTGCGCTAGCAAAGTTTGGGGCACTGGTCGAGTCTCTAAAGCCTCGCATATTTGTATTGTTGCGGCGGTGTCTCTTTGACAATGATGATGAGGTTCGGGATCGAGCAACACTCTACCTAAATGCTCTTGGTGGAGATGCTTCTTCAAATAATGATGGGAGGGATTTGAAAG
AGTTTATTTATGGTACCTTACACTTGCCACTGGTTAACCTTGAAGCAAGTTTACAAGCCTATGAGGCTAGTGAAGAGCCTTTCAACCTGGCTGCTGTTCCAAAAGAGGTCAAATCACAGCCCTTGGCAGAGAAGAAAGCCCCTGGGAAAAAATCAGCGGCAACAAATGTTGGGCCTACTACTGTTACCTCAATTGGAGAA
ACATATGAAAAATTACTTGCCTCTATTCCTGAGTTTTCAGAATTTGGAAAACTTTTCAAGTCTTCACCACCTGTAGAGCTGACTGAAGCAGAGACGGAGTATGCAGTGAATGTTGTGAAGCACGTATTTTCTAACCATGTTGTGTTTCAGTATAACTGCACGAACACTATACCAGAACAAGTTTTGGAAGATGTTCATGT
AATAGTAGATGCATCTGAAGCAGAAGAATTTTCGGAAGTGGCATCTAAACCTCTGAAGTCATTGCCTTATGACTCACCTGGACAGACTTTTGTGGCATTTGAAAAACCAGAAGGAGCTTTGTCTACTGGAAAATTTTCAAATATGCTGAAATTTGTTGTGAAAGAGGTCGATTCTGCTACTGGTGATGTAGAAGAGGAGG
GAGTTGAAGACGAATATCAACTCGAGGACCTAGAGGTGACTCCAGCTGATTACATTTTGAAGGTTGGAGTTTCAAATTTCAAAAATGCATGGGAGTCCTTAGGAGCAGACTTTGAACGTGTTGATGAGTATGGTCTTGGTGTGAGGGAGAGTTTGTCTGAGGCAGTACAGGCTGTAATTAATCTTCTAGGAATGCAGTCT
TGTGAGGGTACTGATGTAGTCCCAAGCAATTCACGGTCACACACTTGCCTATTGGCTGGTAGATTCATTGGCAATGTTCAAGTACTTGTTAGACTATCTTTTGGCATTGATGGACCTAAACAAGTTGCAATGAAGCTTGCAGTGAGGTCTGAAGACCAATTTGTAAGTGATGCCATACATGAAATTGTTGCTAATGGCTA
AGTGCGCACGTATCTTGCATTATTGCAAGCTGTTGGTTGAAGTAGAACGTGCAAATACATTTGCTATGTCTGGTAGATATTTCCACAGCCATATCAATTTTCCATAGTGTGCTAAATTTAGCACCTCACTGAGAAAATGCTTTAGGGCAAATCATGCATTTTATTTTTGAGTTTATTCCCAATGGTATTTGAAATAACCT
GTTGAGGACAGGTTGAAGCTAGAGCTTCTTAGTACTTATTGATTCATTTGCCTTTTTAATAGTGAAAGTGGGGTTTGAAGGAACAAAATGCTAATAATGCTGATGATTTGTTCCATTTGAAGTTTTTTGTATGTAATAGTACATCATTCGAAGAGCTAGAGATGTAAGACTTTGATATGACAGGTTCAAAGAGCTCTAGA
TATGTAAGACTCTTGGTATGGAATTTTCATTTTTTTGGAGAACTTGTAGTGGCATATTTGTTGGTTA

Intron 5 GTAAGATTTC ... TTGTCGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.19	201	25.9	36
A2	14.29	126	12.3	21
A3	14.61	170	21.1	29.1
A4	14.55	220	23.6	37.5
A5	10.66	109	16.4	13
A6	15.2	817	81.9	146.5
A7	14.03	831.7	93.5	135.7
A8	15.82	796	100.5	149.5
A9	15.3	689	86.1	124.5
A10	12.55	600	71.8	86.1

>TRINITY_DN126597_c1_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CAGAATTTGGAAAACTTTTCAAGGTAATGTGGGTTTGTAATTTTGAATTTCATTTATTTTAATAGAATGGAAGTATTCTGTGTCAGATCATGATCTACTTTTGTCTACCATACACTTATTCAAGTATCATATTTTATTTCCTCTGTTTGCAGTCTTCACCACCTGTAGAGCTGACTGAAGCAGAGACGGAGTATGCAGTG
AATGTTGTGAAGCACGTATTTTCTAACCATGTTGTGTTTCAGTATAACTGCACGAACACTATACCAGAACAAGTTTTGGAAGATGTTCATGTAATAGTAGATGCATCTGAAGCAGAAGAATTTTCGGAAGTGGCATCTAAACCTCTGAAGTCATTGCCTTATGACTCACCTGGACAGACTTTTGTGGCATTTGAAAAACC
AGAAGGAGCTTTGTCTACTGGAAAATTTTCAAATATGCTGAAATTTGTTGTGAAAGAGGTCGATTCTGCTACTGGTGATGTAGAAGAGGAGGGAGTTGAAGACGAATATCAACTCGAGGACCTAGAGGTGACTCCAGCTGATTACATTTTGAAGGTTGGAGTTTCAAATTTCAAAAATGCATGGGAGTCCTTAGGAGCAG
ACTTTGAACGTGTTGATGAGTATGGTCTTGGTGTGAGGGAGAGTTTGTCTGAGGCAGTACAGGCTGTAATTAATCTTCTAGGAATGCAGTCTTGTGAGGGTACTGATGTAGTCCCAAGCAATTCACGGTCACACACTTGCCTATTGGCTGGTAGATTCATTGGCAATGTTCAAGTACTTGTTAGACTATCTTTTGGCATT
GATGGACCTAAACAAGTTGCAATGAAGCTTGCAGTGAGGTCTGAAGACCAATTTGTAAGTGATGCCATACATGAAATTGTTGCTAATGGCTAAGTGCGCACGTATCTTGCATTATTGCAAGCTGTTGGTTGAAGTAGAACGTGCAAATACATTTGCTATGTCTGGTAGATATTTCCACAGCCATATCAATTTTCCATAGT
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>TRINITY_DN126597_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTAGGAATGCAGTCTTGTGAGgtaagatttctgaactttatgctttctggtaaggttgtactcaaaatattcatgttatcttctagatgttgtcatcttgcaatctggaaggctaatggttggtatttgatgcattatgtttcctgattgattgtcgacagGGTACTGATGTAGTCCCAAGCAATTCACGGTCACACAC
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