sp|Q9FPS4|UBP23_ARATH ----> Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 23
Intron 1 GTGAGTCCAT ... AACTTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 70.12 | 192 | 523 | 378 |
| A2 | 71.97 | 141 | 440 | 284 |
| A3 | 71.71 | 146 | 400 | 340 |
| A4 | 67.93 | 148 | 352 | 275 |
| A5 | 71.88 | 54 | 188 | 88 |
| A6 | 69.35 | 344 | 846 | 711 |
| A7 | 71.93 | 478 | 1376 | 1074 |
| A8 | 69.5 | 524 | 1242 | 1146 |
| A9 | 68.81 | 536 | 1240 | 1125 |
| A10 | 71.03 | 384 | 1070 | 813 |
>TRINITY_DN43329_c4_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoformCGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTAGCCTGGACCCTGAAGTGATGAGTGATTTGAAGGTCATTGGTTCTCCAAAATCTGTAGTGGAAGAGGCTGTCACAAGCGATGGTTCTAATTCTCCTCTGAGTGACTCGTATGGTGATTTGAGTGAGACTGATGCTGGTATTTCAGTTGGAATGCAGTTGGATGAGAAGCTTGA
AATGCTTTTGACTGGCACTATAAAGGATGTGGAGAGTTCTGATGCAGATTATTTGTCAACGAAGGTTGTATTCAGTAATATTCATGCATCTGCCACAGTGAGTGACTCTGATGCCTCTGCCACTTCAATAATTTCTGATGGGGAACTTGCTTGTTCTACAAAATTTTCTCAGGATGATGATATAGATATAAATATGGATA
AGGAGTCATTGGGTGATAGTTTGGAGGATAAACATAGAAATGATCCACAGGATTCTGAGTTCCCTAAAGGAACTTGTGGGGACAACATGCTTCCATATCTGACACCTGGTGCAAAAGGCACAAAGATCCAAGGCATTGGTAAGAAGAGGTTTGCGCCACAAACTGGTCCCCTGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGCAGGTA
ATGAGTGAAAAGGGCAATGCTTAGCACAGATTTGCAGCTGTTCCTCCATTTAGGAGACAGAAGACTTCCAGACTTTGCAGCCACACTCCTTGCCCCCCTTTGAGACGTTGATTTGATTACAAAGCCTTTGTTTTTAGTAAGGGTGCTTTGGATTCTCCACATCTGAAAATATTGGATCATTCATTGGCAGCTATTTATGT
CAAATATAAATGAGGTGTTCTTCTTTGGAGGACTTTGGTAGGAACTAGGAACCAGTGTTGTTGTCTGGCTTTCCTTCTTACTAGTGGACTATGGCTAGAGCTGCAGGGTGGCTTTATGGCTAGAGCTGCAGGGTGGCTTTGTAAAATTTTCTTCTTATGTGGGCAAGAAAAGGCTTTTTCAGTGGCATTACTATTTGGCA
GCTGCAATTGACTTCTTATAACTGACTTCTTCGCGACACCTCTGGTTTTTGTGTGGTGAACTGGTATATGGCTATAGATGTCTTTTGAAGAGAAAATGATCTCGTTTAGTAATTTTTCTTTAGTTCAGTGGAGAACAGGTATAAATATACCATGCTTAGCTGTCTGGATGTTGAGTTGAGAGAAATCTGTCCAAATGCGA
AGTATTGGTTGGACTGTTTTTATAATACCATTTTCTGCCATTTGTGGTTTGTAAAACTTTTAGTGTCATTATATATAGCCATTATCTCGCTAAACTATTTTATTACCCTAAATTACATGAAAGGAATATTTTTCATATTTGAAATGATGTTCTTGGTGCTCAATTGATGTTGAAGGCTCTCAATCATTGGACCTGACAAG
TATCTTCAAATAGCATGCGGTCTATCTTCTACATGGCACAGCCCAATAGATTCATTTGTTTATGTTTTGGTTAGGGACATGCAGAATTGGAAGCCATGGGAAGGTGGGAAGTATTCCTTTTCTAGAGGTGGAAGTTATGTTGACTATTTGTCTGTTTTATTAAGCAATAGCAAGGTGGAAATTTTGGAGTTGCATCTTCA
ATTTAATTTGTTTTATTAAGCAATAGCAAGGTGGAAATTTTGGAGTTGCATCTTCAATTTAATTTTTTGCATTCTGAGTCACTACCTGATATTTTAGTGCCTTACTACGTTGACTTAATTAACTTATGAATTTAGCACTTATGATCATTGATGATTTGGAAATGGGGATTTTATGAGAAGCCAAGAATCAGGTCATCATC
TCAAGTCTTCGAGTTACTGTAAAGGTGGGATTTTATTAACCAGAAAAGCACAAGAGACTGGCAGAAAGCTACTAAAACCTGAGCACGAAACATCTAGAATCCTGCGTTAAACACTACCATTACCGGGCTTTGAGTTTGCTGGCTACAATGCTTGTTTTGTAATATAGTCAGAATTTGTTGTTTGCAATAGGCCAAGGCTA
AGATTTTTTATTTTATACAATTAATGCAAAATTGGAATTTCAC
>TRINITY_DN43329_c4_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:CGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTAGCCTGGACCCTGAAGTGATGAGTGATTTGAAGGTCATTGGTTCTCCAAAATCTGTAGTGGAAGAGGCTGTCACAAGCGATGGTTCTAATTCTCCTCTGAGTGACTCGTATGGTGATTTGAGTGAGACTGATGCTGGTATTTCAGTTGGAATGCAGTTGGATGAGAAGCTTGA
AATGCTTTTGACTGGCACTATAAAGGATGTGGAGAGTTCTGATGCAGATTATTTGTCAACGAAGGTTGTATTCAGTAATATTCATGCATCTGCCACAGTGAGTGACTCTGATGCCTCTGCCACTTCAATAATTTCTGATGGGGAACTTGCTTGTTCTACAAAATTTTCTCAGGATGATGATATAGATATAAATATGGATA
AGGAGTCATTGGGTGATAGTTTGGAGGATAAACATAGAAATGATCCACAGGATTCTGAGTTCCCTAAAGGAACTTGTGGGGACAACATGCTTCCATATCTGACACCTGGTGCAAAAGGCACAAAGATCCAAGGCATTGGTAAGAAGAGGTTTGCGCCACAAACTGGTCCCCTGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGCAGGTA
ATGAGTGAAAAGGGCAATGCTTAGCACAGATTTGCAGCTGTTCCTCCATTTAGGAGACAGAAGAgtgagtccatctttcagagcctagagatgatcttttaaggttcaagagcctaatttactgaaagggcttgtattgtgcacagtgatccatgtatctttgattttgaatctgaatcatctcgtgggaaattttcaga
atattatttgtagacaaagctagaattgagaattggtctttgaatagcggcacagagctaattggcctttaggtttgtatatattcttagtctaacttgttgaacttctcagCTTCCAGACTTTGCAGCCACACTCCTTGCCCCCCTTTGAGACGTTGATTTGATTACAAAGCCTTTGTTTTTAGTAAGGGTGCTTTGGA
TTCTCCACATCTGAAAATATTGGATCATTCATTGGCAGCTATTTATGTCAAATATAAATGAGGTGTTCTTCTTTGGAGGACTTTGGTAGGAACTAGGAACCAGTGTTGTTGTCTGGCTTTCCTTCTTACTAGTGGACTATGGCTAGAGCTGCAGGGTGGCTTTATGGCTAGAGCTGCAGGGTGGCTTTGTAAAATTTTCT
TCTTATGTGGGCAAGAAAAGGCTTTTTCAGTGGCATTACTATTTGGCAGCTGCAATTGACTTCTTATAACTGACTTCTTCGCGACACCTCTGGTTTTTGTGTGGTGAACTGGTATATGGCTATAGATGTCTTTTGAAGAGAAAATGATCTCGTTTAGTAATTTTTCTTTAGTTCAGTGGAGAACAGGTATAAATATACCA
TGCTTAGCTGTCTGGATGTTGAGTTGAGAGAAATCTGTCCAAATGCGAAGTATTGGTTGGACTGTTTTTATAATACCATTTTCTGCCATTTGTGGTTTGTAAAACTTTTAGTGTCATTATATATAGCCATTATCTCGCTAAACTATTTTATTACCCTAAATTACATGAAAGGAATATTTTTCATATTTGAAATGATGTTC
TTGGTGCTCAATTGATGTTGAAGGCTCTCAATCATTGGACCTGACAAGTATCTTCAAATAGCATGCGGTCTATCTTCTACATGGCACAGCCCAATAGATTCATTTGTTTATGTTTTGGTTAGGGACATGCAGAATTGGAAGCCATGGGAAGGTGGGAAGTATTCCTTTTCTAGAGGTGGAAGTTATGTTGACTATTTGTC
TGTTTTATTAAGCAATAGCAAGGTGGAAATTTTGGAGTTGCATCTTCAATTTAATTTGTTTTATTAAGCAATAGCAAGGTGGAAATTTTGGAGTTGCATCTTCAATTTAATTTTTTGCATTCTGAGTCACTACCTGATATTTTAGTGCCTTACTACGTTGACTTAATTAACTTATGAATTTAGCACTTATGATCATTGAT
GATTTGGAAATGGGGATTTTATGAGAAGCCAAGAATCAGGTCATCATCTCAAGTCTTCGAGTTACTGTAAAGGTGGGATTTTATTAACCAGAAAAGCACAAGAGACTGGCAGAAAGCTACTAAAACCTGAGCACGAAACATCTAGAATCCTGCGTTAAACACTACCATTACCGGGCTTTGAGTTTGCTGGCTACAATGCT
TGTTTTGTAATATAGTCAGAATTTGTTGTTTGCAATAGGCCAAGGCTAAGATTTTTTATTTTATACAATTAATGCAAAATTGGAATTTCAC
Intron 2 GTAATTGCTT ... GGCATTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.58 | 504.5 | 103.8 | 157.5 |
| A2 | 22.63 | 365.3 | 90.6 | 122.8 |
| A3 | 21.8 | 414.5 | 76.3 | 154.8 |
| A4 | 23.03 | 364 | 86.5 | 131.3 |
| A5 | 23.38 | 192.5 | 43.1 | 74.3 |
| A6 | 21.52 | 380.3 | 76 | 132.3 |
| A7 | 21.3 | 705.5 | 135.9 | 245.8 |
| A8 | 21.53 | 396.5 | 79.4 | 138.3 |
| A9 | 21.06 | 657 | 130.5 | 219.8 |
| A10 | 21.96 | 685.1 | 130.8 | 254.5 |
>TRINITY_DN110558_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformAAAGCGTCGGCCTCCATAACTATAAGTCGGTGTGGCGGGAGACGCTTTCCTCCTTCAAAAGGTGTAGAAGTCATTATCCATATCCTTCTTCGAAAACGCAGAGATTTCATTATTCAGTCAATCTCGAAGGAGCAGAACAATTGCCTGATCGAGTTGCACAAAATCAAATGGCCTTTTCCCTTCCTTCTACATCAATTTCT
GTTTCCGAGGGAGCAGTTTTACAGCAGCTTGAACCTTCGACTTCTTCGTCCTCGAGCGGAATCGAACACCAGAGCTCGTGGCCTCTGGATGTGGGTTATCAGAACGCGGGGTCTTTAGTTGTTGTTTTACCTCAATCCGAGGCTTCAACTCCAGAGCGAAGGGAGAGCTATACATTTTGCGATAATAACATCGGTGCAGG
GCTTCGTAATCTGGGAAATACTTGCTTTCTCAATGCTGTCTTGCAGTGCATGACATACACGCCATCGTTGGTTGAGTCCCTTCGTAATTGGAACCATGAAATTCCATGCACTATCGAGGGTTTCTGCGCCTTCTGTGCGCTCCAAGAGCATGTGGAATTATCACTATCCTCGAGGGGGGAAGTCATAGAGCCTTGGGGTT
TGGTGAATAATTTGAGCAATATGTCGACTTCTTTTCAGAGGTGGGAGCAGGAAGATGCTCATGAGTACATGCATTGTCTTCTTGAGGATTTGCACAACTGCGCCTTAGGTCCAGAGCCTTCGAACCCATACTTAAGTTTTGAAGAAGACACGTTTATCAAAAACATATTTGGTGGATGCCTCAGAAGTCAGATAAAGTGC
ATGAATTGCTTGCACTGCTCAGACACGTTTGAACGTTCAATTGATTTGAGCTTAGCAATAAATGAAGCGGATTCACTAACAGATGCTCTGAAATCCTTTACCAAGGTAGAAACTGTTGATGATGTTAACCATGCTTGCGAAAATTGTTGTCAACCTGTTCAAGTCTTAAAGCAACTCACAGTCAGCCAGCTTCCTGATGT
TCTAGTGATCCATCTCAAGCGTTTTATTGGTTATGAATTTTCTAGTGAGAAAGTACACAAGATAATTGATTACCCAAAAGTCTTAGACATGGAGCCCTTTGTATGTGATACCCAACTGAATATGGGACAGCTGAAATATGAGCTTTATGCAGTGCTTGTGCATTCTGGATACACTTTGAATTTTGGCCATTATTACTGTT
TCGTCCGTTCCTCACCTGATGGCTGGTACGAGATGGATGATTGGCAGGTGAATAGAGTAACCGAGGGAACTGTTCTTAATCAGCAAGCCTACATTCTTTTTTATTTTCGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTGGCCTGGAACCTGAAGTGATGAGTGAATTGAAGATCACTGATTCTCCAAAATCTATAGTAGAAGAG
GCTGTCACAAGGGATAGTTCTATTTCTCCCCTAAGCGACTCATCTGGTGACTTCAGTGAGGCTGATGCTGGCATTTCAGTTGAAATACATTTAGATGGGAACTTTGACATGCTTTTGACTGATACAATTAAAGTTGTGGAGAGTCCTGATGCAGATTATTTGCGAACAAAGATTCCATTAAGTAATATTCATGCATCTAC
CACAGTGAGTGACACAGATGCATCTGCCTCTTCAATCATTTCTGATGGAGAGCTTGCCTGTTCTACAAAATTATCTCAGTATAATGGTATACATATAAACATGGATAAGGAGTCCTTGAGGAGTGATAGTTTGGAGGAGAAACATTGACATGATCCACAGGATTCTGAGTTGTCCCTGAAAGGAACTTGTGGGGACAGCA
TGTTTCCATATCTGACACTCGATGTGAAAAGCACAAATGTCCAGGACAGTGGTAAGAAGAGGTTCGCACGAAAAATTGTACCCCGGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGTAGGTAATGAGTGAAAAGGGCAATGCTCAGCATGGTTTTGCAGCTTTTCCTTCATTTAGGAGACAGGGGAACTTGAAGAGTGTTAGTCCATCT
TTGAGATTCTAGAGATGATCTTTGAAGCCATGTTACATGAGTTTGCAATTCCGAGGGTAGGGAATGCACTCCATGTGTTCCCATGCTTCTGGGACGTGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATTTGAAGCCATGTTACATGGGTTTGCAATTCCGAGGATACG
GAATGCACTCCATGTGTTCCCCATGCTTCTGGGACGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATGTTTCCCTTAAAAAACAGAGGCTCCATGCTCCCTTTGACCAAAGTTCGCTGTTTTGAGGAAGAACGACAAAAATGCAATGTAAAAAAAACTAAAATGAATGT
AAACCTAATGCACAGGGAGATGAGGAGGGACTTGATAAGGCACAACTCGGGTTGGTTTGTCTGCCATTGAGTATTCTTGACTCTTGAGAATGCAAATGATTCTGATTCAAATAGTGACATTCTCATGATTGGTCCTTATTCCTTACATGGATGCAGAGACTGAGCAGTTCCTCATTTGTCATTTGCCTGTTCTTACATTG
AGACTTAGATCCG
>TRINITY_DN110558_c0_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:AAAGCGTCGGCCTCCATAACTATAAGTCGGTGTGGCGGGAGACGCTTTCCTCCTTCAAAAGGTGTAGAAGTCATTATCCATATCCTTCTTCGAAAACGCAGAGATTTCATTATTCAGTCAATCTCGAAGGAGCAGAACAATTGCCTGATCGAGTTGCACAAAATCAAATGGCCTTTTCCCTTCCTTCTACATCAATTTCT
GTTTCCGAGGGAGCAGTTTTACAGCAGCTTGAACCTTCGACTTCTTCGTCCTCGAGCGGAATCGAACACCAGAGCTCGTGGCCTCTGGATGTGGGTTATCAGAACGCGGGGTCTTTAGTTGTTGTTTTACCTCAATCCGAGGCTTCAACTCCAGAGCGAAGGGAGAGCTATACATTTTGCGATAATAACATCGGTGCAGG
GCTTCGTAATCTGGGAAATACTTGCTTTCTCAATGCTGTCTTGCAGTGCATGACATACACGCCATCGTTGGTTGAGTCCCTTCGTAATTGGAACCATGAAATTCCATGCACTATCGAGGGTTTCTGCGCCTTCTGTGCGCTCCAAGAGCATGTGGAATTATCACTATCCTCGAGGGGGGAAGTCATAGAGCCTTGGGGTT
TGGTGAATAATTTGAGCAATATGTCGACTTCTTTTCAGAGGTGGGAGCAGGAAGATGCTCATGAGTACATGCATTGTCTTCTTGAGGATTTGCACAACTGCGCCTTAGGTCCAGAGCCTTCGAACCCATACTTAAGTTTTGAAGAAGACACGTTTATCAAAAACATATTTGGTGGATGCCTCAGAAGTCAGATAAAGTGC
ATGAATTGCTTGCACTGCTCAGACACGTTTGAACGTTCAATTGATTTGAGCTTAGCAATAAATGAAGCGGATTCACTAACAGATGCTCTGAAATCCTTTACCAAGGTAGAAACTGTTGATGATGTTAACCATGCTTGCGAAAATTGTTGTCAACCTGTTCAAGTCTTAAAGCAACTCACAGTCAGCCAGCTTCCTGATGT
TCTAGTGATCCATCTCAAGCGTTTTATTGGTTATGAATTTTCTAGTGAGAAAGTACACAAGATAATTGATTACCCAAAAGTCTTAGACATGGAGCCCTTTGTATGTGATACCCAACTGAATATGGGACAGCTGAAATATGAGCTTTATGCAGTGCTTGTGCATTCTGGATACACTTTGAATTTTGGCCATTATTACTGTT
TCGTCCGTTCCTCACCTGATGGCTGGTACGAGATGGATGATTGGCAGgtaattgcttttagatgttataactttgtttatattagtaagtgctacgtggatctaaatctgattggcattctagGTGAATAGAGTAACCGAGGGAACTGTTCTTAATCAGCAAGCCTACATTCTTTTTTATTTTCGACAAGGATCTCCATG
GTTTTCAAGTGGCCTGGAACCTGAAGTGATGAGTGAATTGAAGATCACTGATTCTCCAAAATCTATAGTAGAAGAGGCTGTCACAAGGGATAGTTCTATTTCTCCCCTAAGCGACTCATCTGGTGACTTCAGTGAGGCTGATGCTGGCATTTCAGTTGAAATACATTTAGATGGGAACTTTGACATGCTTTTGACTGATA
CAATTAAAGTTGTGGAGAGTCCTGATGCAGATTATTTGCGAACAAAGATTCCATTAAGTAATATTCATGCATCTACCACAGTGAGTGACACAGATGCATCTGCCTCTTCAATCATTTCTGATGGAGAGCTTGCCTGTTCTACAAAATTATCTCAGTATAATGGTATACATATAAACATGGATAAGGAGTCCTTGAGGAGT
GATAGTTTGGAGGAGAAACATTGACATGATCCACAGGATTCTGAGTTGTCCCTGAAAGGAACTTGTGGGGACAGCATGTTTCCATATCTGACACTCGATGTGAAAAGCACAAATGTCCAGGACAGTGGTAAGAAGAGGTTCGCACGAAAAATTGTACCCCGGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGTAGGTAATGAGTGAAAA
GGGCAATGCTCAGCATGGTTTTGCAGCTTTTCCTTCATTTAGGAGACAGGGGAACTTGAAGAGTGTTAGTCCATCTTTGAGATTCTAGAGATGATCTTTGAAGCCATGTTACATGAGTTTGCAATTCCGAGGGTAGGGAATGCACTCCATGTGTTCCCATGCTTCTGGGACGTGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCT
TTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATTGTGTAGGGAATTTGAAGCCATGTTACATGGGTTTGCAATTCCGAGGATACGGAATGCACTCCATGTGTTCCCCATGCTTCTGGGACGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATGTTTCCCTTAAAAA
ACAGAGGCTCCATGCTCCCTTTGACCAAAGTTCGCTGTTTTGAGGAAGAACGACAAAAATGCAATGTAAAAAAAACTAAAATGAATGTAAACCTAATGCACAGGGAGATGAGGAGGGACTTGATAAGGCACAACTCGGGTTGGTTTGTCTGCCATTGAGTATTCTTGACTCTTGAGAATGCAAATGATTCTGATTCAAAT
AGTGACATTCTCATGATTGGTCCTTATTCCTTACATGGATGCAGAGACTGAGCAGTTCCTCATTTGTCATTTGCCTGTTCTTACATTGAGACTTAGATCCG
Intron 3 GTAAATGTTT ... TTTGTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.78 | 74 | 16 | 0 |
| A2 | 18.6 | 70 | 16 | 0 |
| A3 | 13.27 | 98 | 15 | 1 |
| A4 | 18.18 | 99 | 22 | 1 |
| A5 | 17.54 | 47 | 10 | 0 |
| A6 | 29.41 | 48 | 20 | 0 |
| A7 | 25.41 | 91 | 31 | 0 |
| A8 | 20.27 | 59 | 15 | 0 |
| A9 | 22.41 | 90 | 26 | 2 |
| A10 | 23.08 | 130 | 39 | 0 |
>TRINITY_DN108070_c1_g1_i9 from sample A4 / Example spliced isoformACAACACATTACGGGAGAAGAGAAATTCAATATGACCACAACGTCGGCATTCATAACTATAAATAGGTGTGGCGGGAGACGCTGTTCTCCCTATTCAAAACCGCCGAAGCCATTATCCAATTCTTTCTTCGAAATTGCAGAGATTTCATCATTTAGTCAATCTAGAAGAAGAAGAAAAAGCAATTTCTTGATCGGATAGT
ACAGAATCCAATGGCTTATTCCCTTCCTTCTGCGTCGAATTCTGCTCCCGATGGAGTAGTTCTACAGCAGGTTGAACCTTCGGATTCTTTCTCCTCGAGCGCAATCAAACACCAGACCCCGCGGCCTATGGATGTGGATTATCAGAACACGGAGCCTTTCGATTTTGTTTTCCCTCAAACAGATGCTTCCACTTCACATC
CTAGGGAGAGCTACATGTTTTGCAATAATACTATCGGTGCAGGGCTTGGTGCAGGGCTTTGTAATTTGGGAAATACTTGCTTTCTCAATGCTGTCTTGCAGTGCATGACGTATACGCAACCGTTGGTTGAAAACCTTCGTAATGGGAACCATAAAATCCCATGCACGATCGAGGGTTTCTGCGCCTTCTGTGCGCTCCAA
GAGCATGTGGAATTATCACTATCCTCGATGGGGAAAATCATAGCGCCTTGGGATTTGGTGAATAATTTAAGCAATATGTCGACCTATTTTCAGAGGTGGGAGCAGGAGGATGCTCATGAGTACATGCATTGCCTGCTTGAGGATTTAGACAGCTGCGCCTTAGGTCCTCTCTGTTTTGAACGCAACACATTTACCCAAAA
TATATTTGGTGGTTGCCTCAGAAGTCGGATAAAGTGCATGAATTGCTTCTACTGCTCAGACACATTTGAACGTTCAATCGATTTGAGCTTGGCAATAAATGAAGTGGATTCATTAATAGATGCTCTGAAATCTTTCACCATGGTAGAAACGGTTGATGATGTTAATCATGCTTGCGAAAATTGTTGTCAACCCGTTCAAG
TCTTAAAGCAGCTCACAGTCAGCCAGCTTCCTGATGTTCTAATGATCCATCTCAAGCGTTTTATCGGATATGAAATTTTTAGTGGGAAAGTAAACAAGATAATTGAATACCCAAAAGTCTTAGACATGGAGCCCTTTGTGAGTGATACCCAACTGAATCAGGGACAGCTGAAATATGAACTTTATGCAGTGCTTGTGCAT
TCTGGATACACTTTGAATTCTGGCCATTATTACTGTTTTGTCCGTTCCTCACCTGACAGCTGGTATGAGATGGATGATTGGCAGGTGCATAGAGTATCCGAGGGGACTGTTCTGAATCAGCAAGCCTACATTCTTTTTTATTTTCGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTGGCCTGGAACCTGAAGTGATGAGTGAATT
GAAGATCACTGATTCTCCAAAATCTATAGTAGAAGAGGCTGTCACAAGGGATAGTTCTATTTCTCCCCTAAGCGACTCATCTGGTGACTTCAGTGAGGCTGATGCTGGCATTTCAGTTGAAATACATTTAGATGGGAACTTTGACATGCTTTTGACTGATACAATTAAAGTTGTGGAGAGTCCTGATGCAGATTATTTGC
GAACAAAGATTCCATTAAGTAATATTCATGCATCTACCACAGTGAGTGACACAGATGCATCTGCCTCTTCAATCATTTCTGATGGAGAGCTTGCCTGTTCTACAAAATTATCTCAGTATAATGGTATACATATAAACATGGATAAGGAGTCCTTGAGGAGTGATAGTTTGGAGGAGAAACATTGACATGATCCACAGGAT
TCTGAGTTGTCCCTGAAAGGAACTTGTGGGGACAGCATGTTTCCATATCTGACACTCGATGTGAAAAGCACAAATGTCCAGGACGGTGGTAAGAAGAGGTTCGCACGAAAAATTGTACCCCGGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGTAGGTAATGAGTGAAAAGGGCAATGCTCAGCATGGTTTTGCAGCTTTTCCTTCATT
TAGGAGACAGGGGAACTTGAAGAGTGTTAGTCCATCTTTGAGATTCTAGAGATGATCTTTGAAGCCATGTTACATGAGTTTGTAATTCCGAGGGTAGGGAATGCACTCCATGTGTTCCCCATGCTTCTGGGACGTGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATTG
TGTAGGGAATTTGAAGCCATGTTACATGGGTTTGCAATTCCGAGGATAGGGAATGCACTCCATGTGTTCCCCATGCTTCTGGGACGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATGTTTCCCTTAAAAAACAGAGGCTCCATGCTCCCTTTGACCAAAGTTCGCTGT
TTTGAGGAAGAACGACAAAAATGCAATGTAAAAAAAACTAAAATGAATGTAAACCTAATGCACAGGGAGATGAGGAGGGACTTGATGAGGCACAACTCGGGTTGGTTTGTCTGCCATTGAGTATTCTTGACTCTTGAGAATGCAAATGATTCTGATTCAAATAGTGACATTCTCATGATTGGTCCTTATTCCTTAGATGG
ATGCATAGACTGAGCAGTTCCTCATTTGTCATTTGCCTGTTCTTACATTGAGACTTAGATCCATATCTTTTGAATTTTCTTGATATAATGAGAATCGCAATGGTGATGGAGGATTTGTGAATCTAGATTATTATGTTATTTTACATCATTACATGTATTATAAATGACTTATTATGTTACAATGTAA
>TRINITY_DN108070_c1_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:ACAACACATTACGGGAGAAGAGAAATTCAATATGACCACAACGTCGGCATTCATAACTATAAATAGGTGTGGCGGGAGACGCTGTTCTCCCTATTCAAAACCGCCGAAGCCATTATCCAATTCTTTCTTCGAAATTGCAGAGATTTCATCATTTAGTCAATCTAGAAGAAGAAGAAAAAGCAATTTCTTGATCGGATAGT
ACAGAATCCAATGGCTTATTCCCTTCCTTCTGCGTCGAATTCTGCTCCCGATGGAGTAGTTCTACAGCAGGTTGAACCTTCGGATTCTTTCTCCTCGAGCGCAATCAAACACCAGACCCCGCGGCCTATGGATGTGGATTATCAGAACACGGAGCCTTTCGATTTTGTTTTCCCTCAAACAGATGCTTCCACTTCAGAGC
CAAGGGAGAGCTACATTTTTTGCAATAATACTATCGTTGCAGGGCTTGGTTCAGGGCTTTGTAATTTGGGAAATACTTGCTTTCTCAATGCTGTCTTGCAGTGCATGACGTATACGCAACCGTTGGTTGAAAACCTTCGTAATGGGAACCATAAAATCCCATGTAAGTATGTTAAATTCTGTTTAAGCAAAACACATGCT
GGTAATCAGGATTTGTGTACCTTGAAAACCTATAACATTTATAAATTTCATTGCAAGAAAAAATCATGTAAATTATTTGCCCCTAGGGTTTGTGCAGTGTTGAAAATGACGTCCTACCCCGCACAAAGAAAAATCAAACATGAGGGCTAAAAATTTACAATGCACGGCATTTGGTAATATAGCATTTATTTACTTTAGAT
AATAACAGTTTTTTATCCCTATTTTATTTATACAAATATTTTGTCACTACATATGATGGCCACCTTTTTTATTTGCAGGTCATTCCAAAAATTAATTACCTTTTTAGATCTCCAAAACCACAGTAAATGTTCATAGGGCTGTCAATCTTTAACACAAAAACGTTCATATGACTGTCGGTTTTTAACCATTGATTTGCGTG
CTTTCAAAAAACAATCAGAGGCTTATGGAATTTCCCCTTAATTGCTTTTTATTTAATATATGTTATGATTTGAACTGAAGGCACGATCGAGGGTTTCTGCGCCTTCTGTGCGCTCCAAGAGCATGTGGAATTATCACTATCCTCGATGGGGAAAATCATAGCGCCTTGGGATTTGGTGAATAATTTAAGCAATATGTCGA
CCTATTTTCAGAGGTGGGAGCAGGAGGATGCTCATGAGTACATGCATTGCCTGCTTGAGGATTTAGACAGCTGCGCCTTAGGTCCTCTCTGTTTTGAACGCAACACATTTACCCAAAATATATTTGGTGGTTGCCTCAGAAGTCGGgtaaatgtttatattcacccaattttggtcctatttttatgtcaattttggttg
agatggacaagcttataagatgataccttttgtcacagATAAAGTGCATG
Intron 4 GTAAGCAAAC ... TCTTGTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 39.13 | 7 | 8 | 1 |
| A2 | 48.61 | 5.7 | 6 | 4 |
| A3 | 29.81 | 17.7 | 12 | 3 |
| A4 | 50 | 2 | 2 | 2 |
| A5 | 20 | 2 | 0 | 1 |
| A6 | 24.32 | 29.7 | 9 | 10 |
| A7 | 26.48 | 31 | 12 | 10 |
| A8 | 30.47 | 55 | 32 | 16 |
| A9 | 19.09 | 29.7 | 13 | 1 |
| A10 | 21.62 | 29 | 13 | 3 |
>TRINITY_DN43329_c4_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformCGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTAGCCTGGACCCTGAAGTGATGAGTGATTTGAAGGTCATTGGTTCTCCAAAATCTGTAGTGGAAGAGGCTGTCACAAGCGATGGTTCTAATTCTCCTCTGAGTGACTCGTATGGTGATTTGAGTGAGACTGATGCTGGTATTTCAGTTGGAATGCAGTTGGATGAGAAGCTTGA
AATGCTTTTGACTGGCACTATAAAGGATGTGGAGAGTTCTGATGCAGATTATTTGTCAACGAAGGTTGTATTCAGTAATATTCATGCATCTGCCACAGTGAGTGACTCTGATGCCTCTGCCACTTCAATAATTTCTGATGGGGAACTTGCTTGTTCTACAAAATTTTCTCAGGATGATGATATAGATATAAATATGGATA
AGGAGTCATTGGGTGATAGTTTGGAGGATAAACATAGAAATGATCCACAGGATTCTGAGTTCCCTAAAGGAACTTGTGGGGACAACATGCTTCCATATCTGACACCTGGTGCAAAAGGCACAAAGATCCAAGGCATTGGTAAGAAGAGGTTTGCGCCACAAACTGGTCCCCTGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGCAGGTA
ATGAGTGAAAAGGGCAATGCTTAGCACAGATTTGCAGCTGTTCCTCCATTTAGGAGACAGAAGAGTGAGTCCATCTTTCAGAGCCTAGAGATGATCTTTTAAGGTTCAAGAGCCTAATTTACTGAAAGGGCTTGTATTGTGCACAGTGATCCATGTATCTTTGATTTTGAATCTGAATCATCTCGTGGGAAATTTTCAGA
ATATTATTTGTAGACAAAGCTAGAATTGAGAATTGGTCTTTGAATAGCGGCACAGAGCTAATTGGCCTTTAGGTTTGTATATATTCTTAGTCTAACTTGTTGAACTTCTCAGCTTCCAGACTTTGCAGCCACACTCCTTGCCCCCCTTTGAGACGTTGATTTGATTACAAAGCCTTTGTTTTTAGTAAGGGTGCTTTGGA
TTCTCCACATCTGAAAATATTGGATCATTCATTGGCAGCTATTTATGTCAAATATAAATGAGGTGTTCTTCTTTGGAGGACTTTGGTAGGAACTAGGAACCAGTGTTGTTGTCTGGCTTTCCTTCTTACTAGTGGACTATGGCTAGAGCTGCAGGGTGGCTTTATGGCTAGAGCTGCAGGGTGGCTTTGTAAAATTTTCT
TCTTATGTGGGCAAGAAAAGGCTTTTTCAGTGGCATTACTATTTGGCAGCTGCAATTGACTTCTTATAACTGACTTCTTCGCGACACCTCTGGTTTTTGTGTGGTGAACTGGTATATGGCTATAGATGTCTTTTGAAGAGAAAATGATCTCGTTTAGTAATTTTTCTTTAGTTCAGTGGAGAACAGGTATAAATATACCA
TGCTTAGCTGTCTGGATGTTGAGTTGAGAGAAATCTGTCCAAATGCGAAGTATTGGTTGGACTGTTTTTATAATACCATTTTCTGCCATTTGTGGTTTGTAAAACTTTTAGTGTCATTATATATAGCCATTATCTCGCTAAACTATTTTATTACCCTAAATTACATGAAAGGAATATTTTTCATATTTGAAATGATGTTC
TTGGTGCTCAATTGATGTTGAAGGCTCTCAATCATTGGACCTGACAAGTATCTTCAAATAGCATGCGGTCTATCTTCTACATGGCACAGCCCAATAGATTCATTTGTTTATGTTTTGGTTAGGGACATGCAGAATTGGAAGCCATGGGAAGGTGGGAAGTATTCCTTTTCTAGAGGTGGAAGTTATGTTGACTATTTGTC
TGTTTTATTAAGCAATAGCAAGGTGGAAATTTTGGAGTTGCATCTTCAATTTAATTTGTTTTATTAAGCAATAGCAAGGTGGAAATTTTGGAGTTGCATCTTCAATTTAATTTTTTGCATTCTGAGTCACTACCTGATATTTTAGTGCCTTACTACGTTGACTTAATTAACTTATGAATTTAGCACTTATGATCATTGAT
GATTTGGAAATGGGGATTTTATGAGAAGCCAAGAATCAGGTCATCATCTCAAGTCTTCGAGTTACTGTAAAGGTGGGATTTTATTAACCAGAAAAGCACAAGAGACTGGCAGAAAGCTACTAAAACCTGAGCACGAAACATCTAGAATCCTGCGTTAAACACTACCATTACCGGGCTTTGAGTTTGCTGGCTACAATGCT
TGTTTTGTAATATAGTCAGAATTTGTTGTTTGCAATAGGCCAAGGCTAAGATTTTTTATTTTATACAATTAATGCAAAATTGGAATTTCAC
>TRINITY_DN43329_c4_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:CGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTAGCCTGGACCCTGAAGTGATGAGTGATTTGAAGGTCATTGGTTCTCCAAAATCTGTAGTGGAAGAGGCTGTCACAAGCGATGGTTCTAATTCTCCTCTGAGTGACTCGTATGGTGATTTGAGTGAGACTGATGCTGGTATTTCAGTTGGAATGCAGTTGGATGAGAAGCTTGA
AATGCTTTTGACTGGCACTATAAAGGATGTGGAGAGTTCTGATGCAGATTATTTGTCAACGAAGGTTGTATTCAGTAATATTCATGCATCTGCCACAGTGAGTGACTCTGATGCCTCTGCCACTTCAATAATTTCTGATGGGGAACTTGCTTGTTCTACAAAATTTTCTCAGGATGATGATATAGATATAAATATGGATA
AGGAGTCATTGGGTGATAGTTTGGAGGATAAACATAGAAATGATCCACAGGATTCTGAGTTCCCTAAAGGAACTTGTGGGGACAACATGCTTCCATATCTGACACCTGGTGCAAAAGGCACAAAGATCCAAGGCATTGGTAAGAAGAGGTTTGCGCCACAAACTGGTCCCCTGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGCAGGTA
ATGAGTGAAAAGGGCAATGCTTAGCACAGATTTGCAGCTGTTCCTCCATTTAGGAGACAGAAGAGTGAGTCCATCTTTCAGAGCCTAGAGATGATCTTTTAAGGTTCAAGAGCCTAATTTACTGAAAGGGCTTGTATTGTGCACAGTGATCCATGTATCTTTGATTTTGAATCTGAATCATCTCGTGGGAAATTTTCAGA
ATATTATTTGTAGACAAAGCTAGAATTGAGAATTGGTCTTTGAATAGCGGCACAGAGCTAATTGGCCTTTAGGTTTGTATATATTCTTAGTCTAACTTGTTGAACTTCTCAGCTTCCAGACTTTGCAGCCACACTCCTTGCCCCCCTTTGAGACGTTGATTTGATTACAAAGCCTTTGTTTTTAGTAAGGGTGCTTTGGA
TTCTCCACATCTGAAAATATTGGATCATTCATTGGCAGCTATTTATGTCAAATATAAATGAGGTGTTCTTCTTTGGAGGACTTTGGTAGGAACTAGGAACCAGTGTTGTTGTCTGGCTTTCCTTCTTACTAGTGGACTATGGCTAGAGCTGCAGGGTGGCTTTATGGCTAGAGCTGCAGGGTGGCTTTGTAAAATTTTCT
TCTTATGTGGGCAAGAAAAGGCTTTTTCAGTGGCATTACTATTTGGCAGCTGCAATTGACTTCTTATAACTGACTTCTTCGCGACACCTCTGGTTTTTGTGTGGTGAACTGGTATATGGCTATAGATGTCTTTTGAAGAGAAAATGATCTCGTTTAGTAATTTTTCTTTAGTTCAGTGGAGAACAGGTATAAATATACCA
TGCTTAGCTGTCTGGATGTTGAGTTGAGAGAAATCTGTCCAAATGCGAAGTATTGGTTGGACTGTTTTTATAATACCATTTTCTGCCATTTGTGGTTTGTAAAACTTTTAGTGTCATTATATATAGCCATTATCTCGCTAAACTATTTTATTACCCTAAATTACATGAAAGGAATATTTTTCATATTTGAAATGATGTTC
TTGGTGCTCAATTGATGTTGAAGGCTCTCAATCATTGGACCTGACAAGTATCTTCAAATAGCATgtaagcaaactctttggctagatttcaatgttctgaatttgaatttataagtgatgttaatttccaaagtgtttgcatctatggtgattctcttgacctttaaggcgttgattttaacagttcgttcttgtgtagG
CGGTCTATCTTCTACATGGCACAGCCCAATAGATTCATTTGTTTATGTTTTGGTTAGGGACATGCAGAATTGGAAGCCATGGGAAGGTGGGAAGTATTCCTTTTCTAGAGGTGGAAGTTATGTTGACTATTTGTCTGTTTTATTAAGCAATAGCAAGGTGGAAATTTTGGAGTTGCATCTTCAATTTAATTTGTTTTATT
AAGCAATAGCAAGGTGGAAATTTTGGAGTTGCATCTTCAATTTAATTTTTTGCATTCTGAGTCACTACCTGATATTTTAGTGCCTTACTACGTTGACTTAATTAACTTATGAATTTAGCACTTATGATCATTGATGATTTGGAAATGGGGATTTTATGAGAAGCCAAGAATCAGGTCATCATCTCAAGTCTTCGAGTTAC
TGTAAAGGTGGGATTTTATTAACCAGAAAAGCACAAGAGACTGGCAGAAAGCTACTAAAACCTGAGCACGAAACATCTAGAATCCTGCGTTAAACACTACCATTACCGGGCTTTGAGTTTGCTGGCTACAATGCTTGTTTTGTAATATAGTCAGAATTTGTTGTTTGCAATAGGCCAAGGCTAAGATTTTTTATTTTATA
CAATTAATGCAAAATTGGAATTTCAC
Intron 5 GTAGAAACTG ... AATTTTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 69.25 | 156 | 424.5 | 278.3 |
| A2 | 73.47 | 110 | 347.5 | 261.8 |
| A3 | 68.7 | 169 | 430 | 312 |
| A4 | 71.37 | 126 | 346 | 282 |
| A5 | 69.86 | 74 | 181.5 | 161.5 |
| A6 | 66.78 | 121 | 210.5 | 276 |
| A7 | 67.31 | 260 | 537.5 | 533 |
| A8 | 64.81 | 139 | 273.5 | 238.5 |
| A9 | 66.45 | 269 | 543 | 522.8 |
| A10 | 67.63 | 274 | 544 | 600.8 |
>TRINITY_DN131790_c0_g4_i1 from sample A1 / Example spliced isoformTCTAAATATAAGGAGAAAATACACTAAAAATATAGCCAAAGCGTCGGCCTCCATAACTATAAGTCGGTGTGGCGGGAGACGCTTTCCTCCTTCAAAAGGTGTAGAAGTCATTATCCATATCCTTCTTCGAAAACGCAGAGATTTCATTATTCAGTCAATCTCGAAGGAGCAGAACAATTGCCTGATCGAGTTGCACAAAA
TCAAATGGCCTTTTCCCTTCCTTCTACATCAATTTCTGTTTCCGAGGGAGCAGTTTTACAGCAGCTTGAACCTTCGACTTCTTCGTCCTCGAGCGGAATCGAACACCAGAGCTCGTGGCCTCTGGATGTGGGTTATCAGAACGCGGGGTCTTTAGTTGTTGTTTTACCTCAATCCGAGGCTTCAACTCCAGAGCGAAGGG
AGAGCTATACATTTTGCGATAATAACATCGGTGCAGGGCTTCGTAATCTGGGAAATACTTGCTTTCTCAATGCTGTCTTGCAGTGCATGACATACACGCCATCGTTGGTTGAGTCCCTTCGTAATTGGAACCATGAAATTCCATGCACTATCGAGGGTTTCTGCGCCTTCTGTGCGCTCCAAGAGCATGTGGAATTATCA
CTATCCTCGAGGGGGGAAGTCATAGAGCCTTGGGGTTTGGTGAATAATTTGAGCAATATGTCGACTTCTTTTCAGAGGTGGGAGCAGGAAGATGCTCATGAGTACATGCATTGTCTTCTTGAGGATTTGCACAACTGCGCCTTAGGTCCAGAGCCTTCGAACCCATACTTAAGTTTTGAAGAAGACACGTTTATCAAAAA
CATATTTGGTGGATGCCTCAGAAGTCAGATAAAGTGCATGAATTGCTTGCACTGCTCAGACACGTTTGAACGTTCAATTGATTTGAGCTTAGCAATAAATGAAGCGGATTCACTAACAGATGCTCTGAAATCCTTTACCAAGTGAGAAAGTACACAAGATAATTGATTACCCAAAAGTCTTAGACATGGAGCCCTTTGTA
TGTGATACCCAACTGAATATGGGACAGCTGAAATATGAGCTTTATGCAGTGCTTGTGCATTCTGGATACACTTTGAATTTTGGCCATTATTACTGTTTCGTCCGTTCCTCACCTGATGGCTGGTACGAGATGGATGATTGGCAGGTGAATAGAGTAACCGAGGGAACTGTTCTTAATCAGCAAGCCTACATTCTTTTTTA
TTTTCGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTAGCCTGGACCCTGAAGTGATGAGTGATTTGAAGGTCATTGGTTCTCCAAAATCTGTAGTGGAAGAGGCTGTCACAAGCGATGGTTCTAATTCTCCTCTGAGTGACTCGTATGGTGATTTGAGTGAGACTGATGCTGGTATTTCAGTTGGAATGCAGTTGGATGAGAAGC
TTGAAATGCTTTTGACTGGCACTATAAAGGATGTGGAGAGTTCTGATGCAGATTATTTGTCAACGAAGGTTGTATTCAGTAATATTCATGCATCTGCCACAGTGAGTGACTCTGATGCCTCTGCCACTTCAATAATTTCTGATGGGGAACTTGCTTGTTCTACAAAATTTTCTCAGGATGATGATATAGATATAAATATG
GATAAGGAGTCATTGGGTGATAGTTTGGAGGATAAACATAGAAATGATCCACAGGATTCTGAGTTCCCTAAAGGAACTTGTGGGGACAACATGCTTCCATATCTGACACCTGGTGCAAAAGGCACAAAGATCCAAGGCATTGGTAAGAAGAGGTTTGCGCCACAAACTGGTCCCCTGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGCA
GGTAATGAGTGAAAAGGGCAATGCTTAGCACAGATTTGCAGCTGTTCCTCCATTTAGGAGACAGAAGAGTGAGTCCATCTTTCAGAGCCTAGAGATGATCTTTTAAGGTTCAAGAGCCTAATTTACTGAAAGGGCTTGTATTGTGCACAGTGATCCATGTATCTTTGATTTTGAATCTGAATCATCTCGTGGGAAATTTT
CAGAATATTATTTGTAGACAAAGCTAGAATTGAGAATTGGTCTTTGAATAGCGGCACAGAGCTAATTGGCCTTTAGGTTTGTATATATTCTTAGTCTAACTTGTTGAACTTCTCAGCTTCCAGACTTTGCAGCCACACTCCTTGCCCCCCTTTGAGACGTTGATTTGATTACAAAGCCTTTGTTTTTAGTAAGGGTGCTT
TGGATTCTCCACATCTGAAAATATTGGATCATTCATTGGCAGCTATTTATGTCAAATATAAATGAGGTGTTCTTCTTTGGAGGACTTTGGTAGGAACTAGGAACCAGTGTTGTTGTCTGGCTTTCCTTCTTACTAGTGGACTATGGCTAGAGCTGCAGGGTGGCTTTATGGCTAGAGCTGCAGGGTGGCTTTGTAAAATT
TTCTTCTTATGTGGGCAAGAAAAGGCTTTTTCAGTGGCATTACTATTTGGCAGCTGCAATTGACTTCTTATAACTGACTTCTTCGCGACACCTCTGGTTTTTGTGTGGTGAACTGGTATATGGCTATAGATGTCTTTTGAAGAGAAAATGATCTCGTTTAGTAATTTTTCTTTAGTTCAGTGGAGAACAGGTATAAATAT
ACCATGCTTAGCTGTCTGGATGTTGAGTTGAGAGAAATCTGTCCAAATGCGAAGTATTGGTTGGACTGTTTTTATAATACCATTTTCTGCCATTTGTGGTTTGTAAAACTTTTAGTGTCATTATATATAGCCATTATCTCGCTAAACTATTTTATTACCCTAAATTACATGAAAGGAATATTTTTCATATTTGAAATGAT
GTTCTTGGTGCTCAATTGATGTTGAAGGCTCTCAATCATTGGACCTGACAAGTATCTTCAAATAGCATGCGGTCTATCTTCTACATGGCACAGCCCAATAGATTCATTTGTTTATGTTTTGGTTAGGGACATGCAGAATTGGAAGCCATGGGAAGGTGGGAAGTATTCCTTTTCTAGAGGTGGAAGTTATGTTGACTATT
TGTCTGTTTTATTAAGCAATAGCAAGGTGGAAGTTTTGGAGTTGCATCTTCAATTTAATTTGTTTTATTAAGCAATAGCAAGGTGGAAGTTTTGGAGTTGCATCTTCAATTTAATTTTTTGCATTCTGAGTCATTACCTGATATTTTAGTGCCTTACTACGTTGACTTAATTAACTTATGAATTTAGCACTTAT
>TRINITY_DN131790_c0_g4_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCTAAATATAAGGAGAAAATACACTAAAAATATAGCCAAAGCGTCGGCCTCCATAACTATAAGTCGGTGTGGCGGGAGACGCTTTCCTCCTTCAAAAGGTGTAGAAGTCATTATCCATATCCTTCTTCGAAAACGCAGAGATTTCATTATTCAGTCAATCTCGAAGGAGCAGAACAATTGCCTGATCGAGTTGCACAAAA
TCAAATGGCCTTTTCCCTTCCTTCTACATCAATTTCTGTTTCCGAGGGAGCAGTTTTACAGCAGCTTGAACCTTCGACTTCTTCGTCCTCGAGCGGAATCGAACACCAGAGCTCGTGGCCTCTGGATGTGGGTTATCAGAACGCGGGGTCTTTAGTTGTTGTTTTACCTCAATCCGAGGCTTCAACTCCAGAGCGAAGGG
AGAGCTATACATTTTGCGATAATAACATCGGTGCAGGGCTTCGTAATCTGGGAAATACTTGCTTTCTCAATGCTGTCTTGCAGTGCATGACATACACGCCATCGTTGGTTGAGTCCCTTCGTAATTGGAACCATGAAATTCCATGCACTATCGAGGGTTTCTGCGCCTTCTGTGCGCTCCAAGAGCATGTGGAATTATCA
CTATCCTCGAGGGGGGAAGTCATAGAGCCTTGGGGTTTGGTGAATAATTTGAGCAATATGTCGACTTCTTTTCAGAGGTGGGAGCAGGAAGATGCTCATGAGTACATGCATTGTCTTCTTGAGGATTTGCACAACTGCGCCTTAGGTCCAGAGCCTTCGAACCCATACTTAAGTTTTGAAGAAGACACGTTTATCAAAAA
CATATTTGGTGGATGCCTCAGAAGTCAGATAAAGTGCATGAATTGCTTGCACTGCTCAGACACGTTTGAACGTTCAATTGATTTGAGCTTAGCAATAAATGAAGCGGATTCACTAACAGATGCTCTGAAATCCTTTACCAAGgtagaaactgttgatgatgttaaccatgcttgcgaaaattgttgtcaacctgttcaag
tcttaaagcaactcacagtcagccagcttcctgatgttctagtgatccatctcaagcgttttattggttatgaattttctagTGAGAAAGTACACAAGATAATTGATTACCCAAAAGTCTTAGACATGGAGCCCTTTGTATGTGATACCCAACTGAATATGGGACAGCTGAAATATGAGCTTTATGCAGTGCTTGTGCAT
TCTGGATACACTTTGAATTTTGGCCATTATTACTGTTTCGTCCGTTCCTCACCTGATGGCTGGTACGAGATGGATGATTGGCAGGTGAATAGAGTAACCGAGGGAACTGTTCTTAATCAGCAAGCCTACATTCTTTTTTATTTTCGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTAGCCTGGACCCTGAAGTGATGAGTGATTT
GAAGGTCATTGGTTCTCCAAAATCTGTAGTGGAAGAGGCTGTCACAAGCGATGGTTCTAATTCTCCTCTGAGTGACTCGTATGGTGATTTGAGTGAGACTGATGCTGGTATTTCAGTTGGAATGCAGTTGGATGAGAAGCTTGAAATGCTTTTGACTGGCACTATAAAGGATGTGGAGAGTTCTGATGCAGATTATTTGT
CAACGAAGGTTGTATTCAGTAATATTCATGCATCTGCCACAGTGAGTGACTCTGATGCCTCTGCCACTTCAATAATTTCTGATGGGGAACTTGCTTGTTCTACAAAATTTTCTCAGGATGATGATATAGATATAAATATGGATAAGGAGTCATTGGGTGATAGTTTGGAGGATAAACATAGAAATGATCCACAGGATTCT
GAGTTCCCTAAAGGAACTTGTGGGGACAACATGCTTCCATATCTGACACCTGGTGCAAAAGGCACAAAGATCCAAGGCATTGGTAAGAAGAGGTTTGCGCCACAAACTGGTCCCCTGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGCAGGTAATGAGTGAAAAGGGCAATGCTTAGCACAGATTTGCAGCTGTTCCTCCATTTAGGAG
ACAGAAGAGTGAGTCCATCTTTCAGAGCCTAGAGATGATCTTTTAAGGTTCAAGAGCCTAATTTACTGAAAGGGCTTGTATTGTGCACAGTGATCCATGTATCTTTGATTTTGAATCTGAATCATCTCGTGGGAAATTTTCAGAATATTATTTGTAGACAAAGCTAGAATTGAGAATTGGTCTTTGAATAGCGGCACAGA
GCTAATTGGCCTTTAGGTTTGTATATATTCTTAGTCTAACTTGTTGAACTTCTCAGCTTCCAGACTTTGCAGCCACACTCCTTGCCCCCCTTTGAGACGTTGATTTGATTACAAAGCCTTTGTTTTTAGTAAGGGTGCTTTGGATTCTCCACATCTGAAAATATTGGATCATTCATTGGCAGCTATTTATGTCAAATATA
AATGAGGTGTTCTTCTTTGGAGGACTTTGGTAGGAACTAGGAACCAGTGTTGTTGTCTGGCTTTCCTTCTTACTAGTGGACTATGGCTAGAGCTGCAGGGTGGCTTTATGGCTAGAGCTGCAGGGTGGCTTTGTAAAATTTTCTTCTTATGTGGGCAAGAAAAGGCTTTTTCAGTGGCATTACTATTTGGCAGCTGCAAT
TGACTTCTTATAACTGACTTCTTCGCGACACCTCTGGTTTTTGTGTGGTGAACTGGTATATGGCTATAGATGTCTTTTGAAGAGAAAATGATCTCGTTTAGTAATTTTTCTTTAGTTCAGTGGAGAACAGGTATAAATATACCATGCTTAGCTGTCTGGATGTTGAGTTGAGAGAAATCTGTCCAAATGCGAAGTATTGG
TTGGACTGTTTTTATAATACCATTTTCTGCCATTTGTGGTTTGTAAAACTTTTAGTGTCATTATATATAGCCATTATCTCGCTAAACTATTTTATTACCCTAAATTACATGAAAGGAATATTTTTCATATTTGAAATGATGTTCTTGGTGCTCAATTGATGTTGAAGGCTCTCAATCATTGGACCTGACAAGTATCTTCA
AATAGCATGCGGTCTATCTTCTACATGGCACAGCCCAATAGATTCATTTGTTTATGTTTTGGTTAGGGACATGCAGAATTGGAAGCCATGGGAAGGTGGGAAGTATTCCTTTTCTAGAGGTGGAAGTTATGTTGACTATTTGTCTGTTTTATTAAGCAATAGCAAGGTGGAAGTTTTGGAGTTGCATCTTCAATTTAATT
TGTTTTATTAAGCAATAGCAAGGTGGAAGTTTTGGAGTTGCATCTTCAATTTAATTTTTTGCATTCTGAGTCATTACCTGATATTTTAGTGCCTTACTACGTTGACTTAATTAACTTATGAATTTAGCACTTAT
Intron 6 GTAAGTATGT ... TGAACTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.05 | 350 | 6.4 | 117 |
| A2 | 23.74 | 273 | 5.4 | 85 |
| A3 | 21.22 | 297 | 6 | 80 |
| A4 | 19.85 | 319 | 9 | 79 |
| A5 | 17.73 | 181 | 3.8 | 39 |
| A6 | 22 | 156 | 7.8 | 44 |
| A7 | 20.84 | 452 | 9.6 | 119 |
| A8 | 20.57 | 139 | 3 | 36 |
| A9 | 20.1 | 330 | 10.4 | 83 |
| A10 | 21.22 | 438 | 7.2 | 118 |
>TRINITY_DN108070_c1_g1_i9 from sample A4 / Example spliced isoformACAACACATTACGGGAGAAGAGAAATTCAATATGACCACAACGTCGGCATTCATAACTATAAATAGGTGTGGCGGGAGACGCTGTTCTCCCTATTCAAAACCGCCGAAGCCATTATCCAATTCTTTCTTCGAAATTGCAGAGATTTCATCATTTAGTCAATCTAGAAGAAGAAGAAAAAGCAATTTCTTGATCGGATAGT
ACAGAATCCAATGGCTTATTCCCTTCCTTCTGCGTCGAATTCTGCTCCCGATGGAGTAGTTCTACAGCAGGTTGAACCTTCGGATTCTTTCTCCTCGAGCGCAATCAAACACCAGACCCCGCGGCCTATGGATGTGGATTATCAGAACACGGAGCCTTTCGATTTTGTTTTCCCTCAAACAGATGCTTCCACTTCACATC
CTAGGGAGAGCTACATGTTTTGCAATAATACTATCGGTGCAGGGCTTGGTGCAGGGCTTTGTAATTTGGGAAATACTTGCTTTCTCAATGCTGTCTTGCAGTGCATGACGTATACGCAACCGTTGGTTGAAAACCTTCGTAATGGGAACCATAAAATCCCATGCACGATCGAGGGTTTCTGCGCCTTCTGTGCGCTCCAA
GAGCATGTGGAATTATCACTATCCTCGATGGGGAAAATCATAGCGCCTTGGGATTTGGTGAATAATTTAAGCAATATGTCGACCTATTTTCAGAGGTGGGAGCAGGAGGATGCTCATGAGTACATGCATTGCCTGCTTGAGGATTTAGACAGCTGCGCCTTAGGTCCTCTCTGTTTTGAACGCAACACATTTACCCAAAA
TATATTTGGTGGTTGCCTCAGAAGTCGGATAAAGTGCATGAATTGCTTCTACTGCTCAGACACATTTGAACGTTCAATCGATTTGAGCTTGGCAATAAATGAAGTGGATTCATTAATAGATGCTCTGAAATCTTTCACCATGGTAGAAACGGTTGATGATGTTAATCATGCTTGCGAAAATTGTTGTCAACCCGTTCAAG
TCTTAAAGCAGCTCACAGTCAGCCAGCTTCCTGATGTTCTAATGATCCATCTCAAGCGTTTTATCGGATATGAAATTTTTAGTGGGAAAGTAAACAAGATAATTGAATACCCAAAAGTCTTAGACATGGAGCCCTTTGTGAGTGATACCCAACTGAATCAGGGACAGCTGAAATATGAACTTTATGCAGTGCTTGTGCAT
TCTGGATACACTTTGAATTCTGGCCATTATTACTGTTTTGTCCGTTCCTCACCTGACAGCTGGTATGAGATGGATGATTGGCAGGTGCATAGAGTATCCGAGGGGACTGTTCTGAATCAGCAAGCCTACATTCTTTTTTATTTTCGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTGGCCTGGAACCTGAAGTGATGAGTGAATT
GAAGATCACTGATTCTCCAAAATCTATAGTAGAAGAGGCTGTCACAAGGGATAGTTCTATTTCTCCCCTAAGCGACTCATCTGGTGACTTCAGTGAGGCTGATGCTGGCATTTCAGTTGAAATACATTTAGATGGGAACTTTGACATGCTTTTGACTGATACAATTAAAGTTGTGGAGAGTCCTGATGCAGATTATTTGC
GAACAAAGATTCCATTAAGTAATATTCATGCATCTACCACAGTGAGTGACACAGATGCATCTGCCTCTTCAATCATTTCTGATGGAGAGCTTGCCTGTTCTACAAAATTATCTCAGTATAATGGTATACATATAAACATGGATAAGGAGTCCTTGAGGAGTGATAGTTTGGAGGAGAAACATTGACATGATCCACAGGAT
TCTGAGTTGTCCCTGAAAGGAACTTGTGGGGACAGCATGTTTCCATATCTGACACTCGATGTGAAAAGCACAAATGTCCAGGACGGTGGTAAGAAGAGGTTCGCACGAAAAATTGTACCCCGGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGTAGGTAATGAGTGAAAAGGGCAATGCTCAGCATGGTTTTGCAGCTTTTCCTTCATT
TAGGAGACAGGGGAACTTGAAGAGTGTTAGTCCATCTTTGAGATTCTAGAGATGATCTTTGAAGCCATGTTACATGAGTTTGTAATTCCGAGGGTAGGGAATGCACTCCATGTGTTCCCCATGCTTCTGGGACGTGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATTG
TGTAGGGAATTTGAAGCCATGTTACATGGGTTTGCAATTCCGAGGATAGGGAATGCACTCCATGTGTTCCCCATGCTTCTGGGACGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATGTTTCCCTTAAAAAACAGAGGCTCCATGCTCCCTTTGACCAAAGTTCGCTGT
TTTGAGGAAGAACGACAAAAATGCAATGTAAAAAAAACTAAAATGAATGTAAACCTAATGCACAGGGAGATGAGGAGGGACTTGATGAGGCACAACTCGGGTTGGTTTGTCTGCCATTGAGTATTCTTGACTCTTGAGAATGCAAATGATTCTGATTCAAATAGTGACATTCTCATGATTGGTCCTTATTCCTTAGATGG
ATGCATAGACTGAGCAGTTCCTCATTTGTCATTTGCCTGTTCTTACATTGAGACTTAGATCCATATCTTTTGAATTTTCTTGATATAATGAGAATCGCAATGGTGATGGAGGATTTGTGAATCTAGATTATTATGTTATTTTACATCATTACATGTATTATAAATGACTTATTATGTTACAATGTAA
>TRINITY_DN108070_c1_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:ACAACACATTACGGGAGAAGAGAAATTCAATATGACCACAACGTCGGCATTCATAACTATAAATAGGTGTGGCGGGAGACGCTGTTCTCCCTATTCAAAACCGCCGAAGCCATTATCCAATTCTTTCTTCGAAATTGCAGAGATTTCATCATTTAGTCAATCTAGAAGAAGAAGAAAAAGCAATTTCTTGATCGGATAGT
ACAGAATCCAATGGCTTATTCCCTTCCTTCTGCGTCGAATTCTGCTCCCGATGGAGTAGTTCTACAGCAGGTTGAACCTTCGGATTCTTTCTCCTCGAGCGCAATCAAACACCAGACCCCGCGGCCTATGGATGTGGATTATCAGAACACGGAGCCTTTCGATTTTGTTTTCCCTCAAACAGATGCTTCCACTTCAGAGC
CAAGGGAGAGCTACATTTTTTGCAATAATACTATCGTTGCAGGGCTTGGTTCAGGGCTTTGTAATTTGGGAAATACTTGCTTTCTCAATGCTGTCTTGCAGTGCATGACGTATACGCAACCGTTGGTTGAAAACCTTCGTAATGGGAACCATAAAATCCCATgtaagtatgttaaattctgtttaagcaaaacacatgct
ggtaatcaggatttgtgtaccttgaaaacctataacatttataaatttcattgcaagaaaaaatcatgtaaattatttgcccctagggtttgtgcagtgttgaaaatgacgtcctaccccgcacaaagaaaaatcaaacatgagggctaaaaatttacaatgcacggcatttggtaatatagcatttatttactttagat
aataacagttttttatccctattttatttatacaaatattttgtcactacatatgatggccaccttttttatttgcaggtcattccaaaaattaattacctttttagatctccaaaaccacagtaaatgttcatagggctgtcaatctttaacacaaaaacgttcatatgactgtcggtttttaaccattgatttgcgtg
ctttcaaaaaacaatcagaggcttatggaatttccccttaattgctttttatttaatatatgttatgatttgaactgaagGCACGATCGAGGGTTTCTGCGCCTTCTGTGCGCTCCAAGAGCATGTGGAATTATCACTATCCTCGATGGGGAAAATCATAGCGCCTTGGGATTTGGTGAATAATTTAAGCAATATGTCGA
CCTATTTTCAGAGGTGGGAGCAGGAGGATGCTCATGAGTACATGCATTGCCTGCTTGAGGATTTAGACAGCTGCGCCTTAGGTCCTCTCTGTTTTGAACGCAACACATTTACCCAAAATATATTTGGTGGTTGCCTCAGAAGTCGGGTAAATGTTTATATTCACCCAATTTTGGTCCTATTTTTATGTCAATTTTGGTTG
AGATGGACAAGCTTATAAGATGATACCTTTTGTCACAGATAAAGTGCATG