sp|Q10RI7|RH38_ORYSJ ----> DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 38


Intron 1 GTAAGTTATG ... GACAATACAG

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A1018.181844



>TRINITY_DN38842_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform
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TATACTGAGATGGGATTTCAGAGGCCAAGCAAGATCCAGGCAGTAACGCTTCCGATGATCCTTAGGCCACCTTATCTGAATTTGGTTGCTCAGGCTCACAATGGTTCTGGGAAAACCACTTGTTTTGTACTCGGTGTGTTGAGCCGAATTGATCCAAAGTCACCTGTACCACAGGCGCTTTGTGTCTGCCCAACAAGGGA
ATTGGTAATACAGAATCAGGAGGTTCTCCAAAAAATGGGGAGAAATATTGGCATAGGATCAATATGTGCTATACCTACTGATATTAGGAATTATGTGACGACATCAAAACGCGCAGAAGTTAATGAACAGGTTGTCATTGGTACACCGGGTACAGTGAAGAAATGGATATCCAACAAAGTTTTGCGTACAAGGTATATCA
AGATTCTTGTGTTTGATGAGGCTGATCACATGTTGGCTCAGGATGGATTTCAAGATGATTCAATGAGAATAATAAGGGACATCCAAAAAAATGGACAAAGTTGTCAGATACTGTTATTTTCAGCCACCTTTAATGACAATGTCAAGATGTTCATAAGCAGAATGATTCCAACTGCAAATGAGGTATTTGAGAAAGAGGAG
GATTTGTCGTTGGATGCTATTAAACAATACCGTGTGAAATGCCCAAGCGAACTTGCAAAAATTGAGGTATTAAAAGACAGAATTTTCCCACTAGCAGAGAAGCTTGGGCAAACAATAATATTTGTTCGCACAAGAGAGAGTGCAAGTAAGCTGCATAGTATGTTAGAAGCAGAGGGTCACAGATGCACTTCCATGCAAGG
TCGTCTCAAACTGGAGGACAGGGATCGCATAATTAGGGAATTTAGATCAGGGATGACAAGGATTCTTATATCAACTGATGTTATTGCACGAGGGTTTGACCAAGCACAGGTTACCTTGGTTGTCAATTTTGACCTCCCTGTGAGAGTTTATTCTACAGACGAACCTGATTATGAAGTCTATTTGCACAGAATTGGTCGAA
GTGGACGTTTCGGTCGCAAGGGAGCGGCTTTTAATTTCCTGGTCACAACACAGGATGAGGAAAACATGACCAAAATTGAAGGACATTTCCAGCGATATGCAACTAAGGTTCGTTGGGATAATGAAGGTGATTTTGAGAATGCGTTGAAAGATGCAGGCCTTGCTTAACTTGTGCCCTGGGATAATGAAGATACATTTAAA
GGTTGTTTTCTGTAAAATGTGCATTCAACAACTTTGTCAGCTAACACTACCAATCAGGGTTATTGTATCTATCTGTACATGGTGATAACTAAGTTATATTTGATAGTGCAGTTTAGCCATCTCACTGGTGACTATTCCAAGCTGCTTTCTGAATATTTTTGTAATAGGGCTTCCAAATTAGAGGATGAGGAAGCCAGTCT
AAATTCATACATGGTAGTCTAAAGAGTGCTGGTGAAGCCTACCACATCATTAAGTCCCCATGGAGTTGTATTGCGTATTGCTTAGTTTCTAGATGTGTCTTCATCATATCAGTTTTGGTACTTGAATATGTGCATAGTCCAAGAGCCAGTTGTGTCCATCCTAGTAATAGTTTTCAAAGTAATTTGTGTTGGGATTCATG
CTATTGATATTGGTCCAGCATAAAACCATATTTTTTATGTTAGTTGCATCAAATATAACCAAGG


>TRINITY_DN38842_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:
TAGTAGATAAAAATTCAGAGCATATTGATGGCCAGGGAAGTGTGGACATGCCTTCAAACACTGGGCAAACTGACATACAAAATGATGAGCCCGATCTGGATGAAGCTGGCATCAAAACAGTTACTGCTGGTGACAATCCTTATACTTCAGCTACGACATTTGAGGATTTAAATCTTTCTGCTGAATTACTCAAGGGTGTA
TATACTGAGATGGGATTTCAGAGGCCAAGCAAGATCCAGGCAGTAACGCTTCCGATGATCCTTAGGCCACCTTATCTGAATTTGGTTGCTCAGGCTCACAATGGTTCTGGGAAAACCACTTGTTTTGTACTCGGTGTGTTGAGCCGAATTGATCCAAAGTCACCTGTACCACAGGCGCTTTGTGTCTGCCCAACAAGGGA
ATTGGTAATACAGAATCAGGAGGTTCTCCAAAAAATGGGGAGAAATATTGGCATAGGATCAATATGTGCTATACCTACTGATATTAGGAATTATGTGACGACATCAAAACGCGCAGAAGTTAATGAACAGGTTGTCATTGGTACACCGGGTACAGTGAAGAAATGGATATCCAACAAAGTTTTGCGTACAAGGTATATCA
AGATTCTTGTGTTTGATGAGGCTGATCACATGTTGGCTCAGGATGGATTTCAAGATGATTCAATGAGAATAATAAGGGACATCCAAAAAAATGGACAAAGTTGTCAGATACTGTTATTTTCAGCCACCTTTAATGACAATGTCAAGATGTTCATAAGCAGAATGATTCCAACTGCAAATGAGGTATTTGAGAAAGAGGAG
GATTTGTCGTTGGATGCTATTAAACAATACCGTGTGAAATGCCCAAGCGAACTTGCAAAAATTGAGGTATTAAAAGACAGAATTTTCCCACTAGCAGAGAAGCTTGGGCAAACAATAATATTTGTTCGCACAAGAGAGAGTGCAAGTAAGCTGCATAGTATGTTAGAAGCAGAGGGTCACAGATGCACTTCCATGCAAGG
TCGTCTCAAACTGGAGGACAGGGATCGCATAATTAGGGAATTTAGATCAGGGATGACAAGGATTCTTATATCAACTGATGTTATTGCACGAGGGTTTGACCAAGCACAGGTTACCTTGGTTGTCAATTTTGACCTCCCTGTGAGAGTTTATTCTACAGACGAACCTGATTATGAAGTCTATTTGCACAGAATTGGTCGAA
GTGGACGTTTCGGTCGCAAGGGAGCGGCTTTTAATTTCCTGGTCACAACACAGGATGAGGAAAACATGACCAAAATTGAAGGACATTTCCAGCGATATGCAACTAAGgtaagttatgctgttatgaattgtcatgtcactttacaaaagagagtactgcaggaaatatgagtaaagcaggacaggctcgtaagcgtagtc
taaagctaattcagttttatgtttggactctactcatatactaatgtctgcgactctgcatagtcgaaagctaattcagttttaagtttggactctactctccctattctaatgtcttaattgagtttcagtctccccagatatctgcttattgtgttggtttatgcccatttcttcttggcgataaaagagttatggca
gcaactttcataaattgaaaatttcaggtgacatatgtaattgtactttcttccattaatgacacatcctcaagactcatgatatgatactgttcaaagatacaaacatctcttgccaactcttcctatctggtttatttgccatgtggcacatgttaggactgttgttcaaggtgtctcccttggagcaaacctgtctt
gagtttggccaagctggggaactacacaacatatcacaaggcccgaactctagtagaaaactaagtctttttctttcttgaagtcttgagttgaaccattatgagtggtgagggtggcttgtcaatctgtgtttcaatctctcaaatatttttgtctacctgcgtaccgatactggttctaatatgccacatcactactt
cccaagaggtcaaccatcttagtattaaactagagtgaacagaaatacctgcgagtgttgtgtttgaaatatggagcaacatactgttcctgtaattagatagaacgagagacatgacattatagatattgatttggtagttctagactgctgttgcatgtaatcacacactactatatggataattatttgatagtctg
actaccgttgcattcaagtacacactctgcaagaatatcttctcgtttagggagaatacgtaagttatatcgtaactctgttctgtttacctttttagagtttgcatgatactaattgttagacaatacagGTTCGTTGGGATAATGAAGGTGATTTTGAGAATGCGTTGAAAGATGCAGGCCTTGCTTAACTTGTGCCC
TGGGATAATGAAGATACATTTAAAGGTTGTTTTCTGTAAAATGTGCATTCAACAACTTTGTCAGCTAACACTACCAATCAGGGTTATTGTATCTATCTGTACATGGTGATAACTAAGTTATATTTGATAGTGCAGTTTAGCCATCTCACTGGTGACTATTCCAAGCTGCTTTCTGAATATTTTTGTAATAGGGCTTCCAA
ATTAGAGGATGAGGAAGCCAGTCTAAATTCATACATGGTAGTCTAAAGAGTGCTGGTGAAGCCTACCACATCATTAAGTCCCCATGGAGTTGTATTGCGTATTGCTTAGTTTCTAGATGTGTCTTCATCATATCAGTTTTGGTACTTGAATATGTGCATAGTCCAAGAGCCAGTTGTGTCCATCCTAGTAATAGTTTTCA
AAGTAATTTGTGTTGGGATTCATGCTATTGATATTGGTCCAGCATAAAACCATATTTTTTATGTTAGTTGCATCAAATATAACCAAGG



Intron 2 GTCTCTCTCT ... AAAATTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A115.9666.71411
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A914.2251.3125
A1015.2251.3108



>TRINITY_DN47636_c1_g1_i12 from sample A7 / Example spliced isoform
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ATCGAAGACGATAAAGGCCAGATGGAAGCCATGCTTTTAACTGATGAAAAGCTTCAGAAAACGGGTTCGGTCATGGAAAAGAAGATGGGTCCGGTGGTTGGAGGTCTTAATATAGTTGAGGTCAACAAGGTCTTTGTAGATGAACCTGGTAGGGTGGTGGAGCCTGAATGCGATGGAACTGTAGTAAATGATGACCAGGG
CTTGGCAACAGAAAAGCACATCACTGAGGAAACAAATGAAGCTGAGGTACCTGACGTGAAGGAGAATTGCAGAGATGTGCCTAATGAGCATAAAGTTTGTGAAGAGAGTGCCAAAGAGGGAGTTGTAAACAATGAGCACCAGGATACATTTGAAGTTGCAAAAAAAGTGAAAAGGGATGATGTTGCAGCAGATTTAGTAG
ATATAACTTCACTGAATATTGATGACCAGGGAAGTGTGGACATGCCTCCAAACACTGTGGAAACTGACATACAAAATGATGAGCCCAAGCTGGATGAAACTGACTTCAAAAGAGGATTGGCAACATCAAAGTGCATCACTGAGGAAACAAATGAAGCTGATGTACCTGATGTGAAGGAGAATTGCAGACATGTGCCTAAT
GAGTATAAAGTTTGTGAAGAGAGTGCCAAAGAGGGAGTTGTAAACAATGACAATCTGGATACATATGAAGTTGCACAAAACGTGAAAAGGGATGATGTTGCAGCAGATTTAGTAGATATAACTTCACAGAATATTGATGACCAGGGAAGTGTGGACATGCCTCCAAATACTGTGGAATCTGACATACAAAATGATGAACC
CAAGCTGGATGAAGCTGACATCAAAAGAGTCTTGGAAACAGCAAAGCACATCACTGAGGAAACAAATGAAGCTGATGTACCTGAGGTGAAGGAGATTTTCAGAGATGTGCCTAATGAGCATAAAGTTTGTGAAGAGAGTGCCAAAGATGGAGTTGTAAACAAAGAGCATCTGGATACATATGAAGTTGCAGAAAAAGTGA
AAAGGGATGATGTTGCAGCTGATTTAGTAGATATAACTTCACAGAATATTGATGACCAGGGAAGTGTGGACATGCCTCCAAACACTTTGGAAACTGACAAACAAAATAATGAGCCCGAGCTGGATGAATCTGACATCAAAAGAGGCTTGGTAACAGCAAAGCACATCACTGAGGAAACAAATGATGCTGATGTACCTGAT
GTGAGGGAGAATTGCAGAGATGTGCCTGATAAGCGTAAAGTTTGTGAAGAGAGTGCCAAAGAGGGAGTTGTAAACAATGAGCATCTAGATACATATGAAGTTGCAGAAAAAGTGAAAAGGGATGATGTTGCAGCAGATTTAGTAGATATAACTTCACCGAATATTGATGACCAAGGAAGTGTGGACATGCCTCCAAACAC
TGTGGAAACTGACATACAAAATGATGAACCCGATCTGGATGAAGCTGACATCAAAAGAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTTGGCAACAGCAAAGCACATCACTGAGGAAACAAATGAAGCTGATGTACCTGAGGTGAAGGAGAATTGCAGAGATGTGCCTAATGAGCATAAAGTTTGTGAAAAGAGGGCCAAAGA
GGGAGTTGTAAACATACTAAACAATGAACATCTGGATATATATGAAGTTGCACAAAAAGTGAACAGGGATGATGTTGCAGCAGATTTAGTAGATACAAATTCAGTGCATATTGATGGCCAGGGAAGTGTGGACATGCCTTCAAACACTGGGCAAACTGACATACAAAATGATGAGCCCGATCTGGATGAAGCTGGCATCA
AAACAGTTACTGCTGGTGACAATCCTTATACTTCAGCTACGACATTTGAGGATTTAAATCTTTCTGCTGAATTACTCAAGGGTGTATATACTGAGATGGGATTTCAGAGGCCAAGCAAGATCCAGGCAGTAACGCTTCCGATGATCCTTAGGCCACCTTATCTGAATTTGGTTGCTCAGGCTCACAATGGTTCTGGGAAA
ACCACTTGTTTTGTACTCGGTGTGTTGAGCCGAATTGATCCAAAGTCACCTGTACCACAGGCGCTTTGTGTCTGCCCAACAAGGGAATTGGTAATACAGAATCAGGAGGTTCTCCAAAAAATGGGGAGAAATATTGGCATAGGATCAATATGTGCTATACCTACTGATATTAGGAATTATGTGACGACATCAAAACGCGC
AGAAGTTAATGAACAGGTTGTCATTGGTACACCGGGTACAGTGAAGAAATGGATATCCAACAAAGTTTTGCGTACAAGGTATATCAAGATTCTTGTGTTTGATGAGGCTGATCACATGTTGGCTCAGGATGGATTTCAAGATGATTCAATGAGAATAATAAGGGACATCCAAAAAAATGGACAAAGTTGTCAGATACTG


>TRINITY_DN47636_c1_g1_i14 from sample A7 / Example unspliced isoform:
TAAATCCCTAATTCGGTCTTGATGTATTCATTGCAAGCTTTAAATCCCTAATTCGGTCTTGATGTATTCATTGCAAGCTTTAAATCCCTAATTCGGTCTTGATTGCTGTATGATTTGGCATTCCTAATATCGTTAAGCTCATGGATTCAGTAAGTTCCGGGAAGGTGGTGGAGGATTATGATAATAAAACCCACAAATAT
ATCGAAGACGATAAAGGCCAGATGGAAGCCATGCTTTTAACTGATGAAAAGCTTCAGAAAACGGGTTCGGTCATGGAAAAGAAGATGGGTCCGGTGGTTGGAGGTCTTAATATAGTTGAGGTCAACAAGGTCTTTGTAGATGAACCTGGTAGGGTGGTGGAGCCTGAATGCGATGGAACTGTAGTAAATGATGACCAGGG
CTTGGCAACAGAAAAGCACATCACTGAGGAAACAAATGAAGCTGAGGTACCTGACGTGAAGGAGAATTGCAGAGATGTGCCTAATGAGCATAAAGTTTGTGAAGAGAGTGCCAAAGAGGGAGTTGTAAACAATGAGCACCAGGATACATTTGAAGTTGCAAAAAAAGTGAAAAGGGATGATGTTGCAGCAGATTTAGTAG
ATATAACTTCACTGAATATTGATGACCAGGGAAGTGTGGACATGCCTCCAAACACTGTGGAAACTGACATACAAAATGATGAGCCCAAGCTGGATGAAACTGACTTCAAAAGAGGATTGGCAACATCAAAGTGCATCACTGAGGAAACAAATGAAGCTGATGTACCTGATGTGAAGGAGAATTGCAGACATGTGCCTAAT
GAGTATAAAGTTTGTGAAGAGAGTGCCAAAGAGGGAGTTGTAAACAATGACAATCTGGATACATATGAAGTTGCACAAAACGTGAAAAGGGATGATGTTGCAGCAGATTTAGTAGATATAACTTCACAGAATATTGATGACCAGGGAAGTGTGGACATGCCTCCAAATACTGTGGAATCTGACATACAAAATGATGAACC
CAAGCTGGATGAAGCTGACATCAAAAGAgtctctctctctcttatccacacccacacccacacccacacccacacccacacacacatgcacagagagaaataggaaagcaagaaaatggacctagttgtaaagccttgaagggtattagggcagtctttcaaagagcaatatctagccatctgtcctttcagtgaatttt
aatcttgtgattaacttttttaaaccaaaccattcaatgccacttctataccatattgatttgcatcttgagtcttcaaagcctatttgatttcattttccattatgttcataatttaaaggcacaagactttcctgctttctgtgcaagttaatttcaaatccagtattggtatgaatcaatcctttttatttgtactc
tcttatttctgttggtgtatgaattaattatccttcttcctaaaactgcttaaaatttcagGTCTTGGAAACAGCAAAGCACATCACTGAGGAAACAAATGAAGCTGATGTACCTGAGGTGAAGGAGATTTTCAGAGATGTGCCTAATGAGCATAAAGTTTGTGAAGAGAGTGCCAAAGATGGAGTTGTAAACAAAGAGC
ATCTGGATACATATGAAGTTGCAGAAAAAGTGAAAAGGGATGATGTTGCAGCTGATTTAGTAGATATAACTTCACAGAATATTGATGACCAGGGAAGTGTGGACATGCCTCCAAACACTTTGGAAACTGACAAACAAAATAATGAGCCCGAGCTGGATGAATCTGACATCAAAAGAGGCTTGGTTCTAGCCATCTGTCCT
TTCAGTGAATTTTAATCTTGTGATTAACTTTTGTAAACTGCCAAACCATTCTTTCTGTGCAAGTTAATTTCAAATCCAGTATTGGTATGAATCAATCCTTTTTATTTGTACTCTCTTATTTCTGTTGGTGTATGAATTAATTATCCTTCTTCCTAAAACTGCTTAAAATTTCAGGTCTTGGAAACAGCAAAGCACATCAC
TGAGGAAACAAATGATGCTGATGTACCTGATGTGAGGGAGAATTGCAGAGATGTGCCTGATAAGCGTAAAGTTTGTGAAGAGAGTGCCAAAGAGGGAGTTGTAAACAATGAGCATCTAGATACATATGAAGTTGCAGAAAAAGTGAAAAGGGATGATGTTGCAGCAGATTTAGTAGATATAACTTCACCGAATATTGATG
ACCAAGGAAGTGTGGACATGCCTCCAAACACTGTGGAAACTGACATACAAAATGATGAACCCGATCTGGATGAAGCTGACATCAAAAGAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTTGGCAACAGCAAAGCACATCACTGAGGAAACAAATGAAGCTGATGTACCTGAGGTGAAGGAGAATTGCAGAGATGTGCCTAATG
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GATGAGCCCGATCTGGATGAAGCTGGCATCAAAACAGTTACTGCTGGTGACAATCCTTATACTTCAGCTACGACATTTGAGGATTTAAATCTTTCTGCTGAATTACTCAAGGGTGTATATACTGAGATGGGATTTCAGAGGCCAAGCAAGATCCAGGCAGTAACGCTTCCGATGATCCTTAGGCCACCTTATCTGAATTT
GGTTGCTCAGGCTCACAATGGTTCTGGGAAAACCACTTGTTTTGTACTCGGTGTGTTGAGCCGAATTGATCCAAAGTCACCTGTACCACAGGCGCTTTGTGTCTGCCCAACAAGGGAATTGGTAATACAGAATCAGGAGGTTCTCCAAAAAATGGGGAGAAATATTGGCATAGGATCAATATGTGCTATACCTACTGATA
TTAGGAATTATGTGACGACATCAAAACGCGCAGAAGTTAATGAACAGGTTGTCATTGGTACACCGGGTACAGTGAAGAAATGGATATCCAACAAAGTTTTGCGTACAAGGTATATCAAGATTCTTGTGTTTGATGAGGCTGATCACATGTTGGCTCAGGATGGATTTCAAGATGATTCAATGAGAATAATAAGGGACATC
CAAAAAAATGGACAAAGTTGTCAGATACTG