sp|Q8VYB9|JMJ27_ARATH ----> Lysine-specific demethylase JMJ27

Intron 1 GTTAGTAAAT ... GGATTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.66	4	7	8.5
A2	66.44	2	4	4
A3	63.6	3	6	4.5
A4	81.2	1	5	4
A5	100	0	3	4.5
A6	46.97	14	10	17
A7	55.5	6	8	7
A8	49.21	4	2	6
A9	41.6	11	3	14.5
A10	40.58	6	2	6.5

>TRINITY_DN42215_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CCGAGAGAAAATGATTTTGCCTTGAAATTCGATTTGAATCTTCTAATTGCCCTTGGAAATCGACTGGTAACTCCCATTCACCCCAGATTTCTACAAATGGCAGTTGCTTGGGGCTGTTTTGCCCTCCACCCACCCCAAAAATTGAGATCACAGTTAAATTCGTCCCAACTTTATGGATAGAATCCAGTTTTACAGTTGCA
TTCACCCCTATATAAGCAACTTTCAATCTTTATTGATTACTCAGCTCAAGCAAGGCTGCGATTTGTGATCCATTGAATCTCCACTTCTAGGTTGGAACATGAAGAAAATTGATTATCTTTCTGGGATTTTTTATCAGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCTACTGCCTTCGGGCTTTCTTAAATTGATTATCTTTCCGGGAT
TTTTATCAGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCCACTTCCTTCGGGCTTCTTATCAAGCTTCACGTGTTATCTTCTACCATAGGTGGCATGGGAGGTTTAAGATGAGCATTTTCATCCCTTCACTCAAGAAGGGTAACCGGTATGATAGATGTATCACCAATTACCTGTAAAGTTTTAGCGGGTTGCATTGGTTGCCAAGCAC
TTTGTTTATATATAAATTTATATATATTTAGTGAGTTGTGGCTGCATAATGTCAGGGGGACAGATCCTTAACACACGGTATTGTCGGGGAAATTTTAGTTGGCCATGTACCTCTTGATCTTAGAAAAGAAAAGAAAATATCACTAGTTTGTTTATCTAGACAAAGAATTACAGATTCTACCAGTAATGCGTCAAAAGGCA
ATAAACTCTATGTTCGTTTTTCTTACGAGGCTATTTAATTATCGTTAGAGTCCGCCTAGCTGGCTATATAAAAGTGCTGATAATCTAAGCGAGC

>TRINITY_DN42215_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCGAGAGAAAATGATTTTGCCTTGAAATTCGATTTGAATCTTCTAATTGCCCTTGGAAATCGACTGGTAACTCCCATTCACCCCAGATTTCTACAAATGGCAGTTGCTTGGGGCTGTTTTGCCCTCCACCCACCCCAAAAATTGAGATCACAGTTAAATTCGTCCCAACTTTATGGATAGAATCCAGTTTTACAGTTGCA
TTCACCCCTATATAAGCAACTTTCAATCTTTATTGATTACTCAGCTCAAGCAAGGCTGCGATTTGTGATCCATTGAATCTCCACTTCTAGGTTGGAACATGAAGAAAATTGATTATCTTTCTGGGATTTTTTATCAGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCTACTGCCTTCGGGCTTTCTTAAATTGATTATCTTTCCGGGAT
TTTTATCAGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCCACTTCCTTCGGGCTTCTTATCAAGgttagtaaatctctatgtattggttatgtctatactgctgttaatattcttatacttttccctctggatgcttggtttcactttcgggtgctactcttggatttttagCTTCACGTGTTATCTTCTACCAGAGGTGGCATGGGAG
GTTTAAGATGAGCATTTTCATCCCTTCACTCAAGAAGGGTAACCGGTATGATAGATGTATCACCAATTACCTGTAAAGTTTTAGCGGGTTGCATTGGTTGCCAAGCACTTTGTTTATATATAAATTTATATATATTTAGTGAGTTGTGGCTGCATAATGTCAGGGGGACAGATCCTTAACACACGGTATTGTCGGGGAAA
TTTTAGTTGGCCATGTACCTCTTGATCTTAGAAAAGAAAAGAAAATATCACTAGTTTGTTTATCTAGACAAAGAATTACAGATTCTACCAGTAATGCGTCAAAAGGCAATAAACTCTATGTTCGTTTTTCTTACGAGGCTATTTAATTATCGTTAGAGTCCGCCTAGCTGGCTATATAAAAGTGCTGATAATCTAAGCGA
GC

Intron 2 GTTAGTAAAT ... GTGTGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.29	6	7	12
A2	64.71	3	4	7
A3	77.78	2	6	8
A4	88.24	1	5	10
A5	73.33	2	3	8
A6	46.67	16	10	18
A7	44.83	16	8	18
A8	37.31	21	2	23
A9	30.61	17	3	12
A10	30.43	8	2	5

>TRINITY_DN42215_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GAATGATAAAGAGGGCGTAGTTTTCTGTTCTAATTGCGAACGAAAGCGCTATTGCTTCAACTGCATTAAAAGATGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCCACTTCCTTCGGGCTTCTTATCAAGGTGGCATGGGAGGTTTAAGATGAGCATTTTCATCCCTTCACTCAAGAAGGGTAACCGGTATGATAGATGTATCACCAAT
TACCTGTAAAGTTTTAGCGGGTTGCATTGGTTGCCAAGCACTTTGTTTATATATAAATTTATATATATTTAGTGAGTTGTGGCTGCATAATGTCAGGGGGACAGATCCTTAACACACGGTATTGTCGGGGAAATTTTAGTTGGCCATGTACCTCTTGATCTTAGAAAAGAAAAGAAAATATCACTAGTTTGTTTATCTAG
ACAAAGAATTACAGATTCTACCAGTAATGCGTCAAAAGGCAATAAACTCTATGTTCGTTTTTCTTACGAGGCTATTTAATTATCGTTAGAGTCCGCCTAGCTGGCTATATAAAAGTGCTGATAATCTAAGCGAGC

>TRINITY_DN42215_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCGAGAGAAAATGATTTTGCCTTGAAATTCGATTTGAATCTTCTAATTGCCCTTGGAAATCGACTGGTAACTCCCATTCACCCCAGATTTCTACAAATGGCAGTTGCTTGGGGCTGTTTTGCCCTCCACCCACCCCAAAAATTGAGATCACAGTTAAATTCGTCCCAACTTTATGGATAGAATCCAGTTTTACAGTTGCA
TTCACCCCTATATAAGCAACTTTCAATCTTTATTGATTACTCAGCTCAAGCAAGGCTGCGATTTGTGATCCATTGAATCTCCACTTCTAGGTTGGAACATGAAGAAAATTGATTATCTTTCTGGGATTTTTTATCAGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCTACTGCCTTCGGGCTTTCTTAAATTGATTATCTTTCCGGGAT
TTTTATCAGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCCACTTCCTTCGGGCTTCTTATCAAGgttagtaaatctctatgtattggttatgtctatactgctgttaatattcttatacttttccctctggatgcttggtttcactttcgggtgctactcttggatttttagcttcacgtgttatcttctaccagaggtaattactctt
atttacttttcttctcctaatttaatcctaatttaagagtgatgatggatatgctatggaatggagccactgattatttagctaggatcatttgtgtttggtttgcatggatgatgacaatgaatgaaaaaatggtgctggtcatgtgtgtttagGTGGCATGGGAGGTTTAAGATGAGCATTTTCATCCCTTCACTCAA
GAAGGGTAACCGGTATGATAGATGTATCACCAATTACCTGTAAAGTTTTAGCGGGTTGCATTGGTTGCCAAGCACTTTGTTTATATATAAATTTATATATATTTAGTGAGTTGTGGCTGCATAATGTCAGGGGGACAGATCCTTAACACACGGTATTGTCGGGGAAATTTTAGTTGGCCATGTACCTCTTGATCTTAGAA
AAGAAAAGAAAATATCACTAGTTTGTTTATCTAGACAAAGAATTACAGATTCTACCAGTAATGCGTCAAAAGGCAATAAACTCTATGTTCGTTTTTCTTACGAGGCTATTTAATTATCGTTAGAGTCCGCCTAGCTGGCTATATAAAAGTGCTGATAATCTAAGCGAGC

Intron 3 GTAATTACTC ... GTGTGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.42	6	14	12
A2	60	4	5	7
A3	73.33	2	3	8
A4	89.47	1	7	10
A5	88.89	1	8	8
A6	23.91	35	4	18
A7	46.15	14	6	18
A8	43.33	17	3	23
A9	22.22	28	4	12
A10	26.67	11	3	5

>TRINITY_DN42215_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

CCGAGAGAAAATGATTTTGCCTTGAAATTCGATTTGAATCTTCTAATTGCCCTTGGAAATCGACTGGTAACTCCCATTCACCCCAGATTTCTACAAATGGCAGTTGCTTGGGGCTGTTTTGCCCTCCACCCACCCCAAAAATTGAGATCACAGTTAAATTCGTCCCAACTTTATGGATAGAATCCAGTTTTACAGTTGCA
TTCACCCCTATATAAGCAACTTTCAATCTTTATTGATTACTCAGCTCAAGCAAGGCTGCGATTTGTGATCCATTGAATCTCCACTTCTAGGTTGGAACATGAAGAAAATTGATTATCTTTCTGGGATTTTTTATCAGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCTACTGCCTTCGGGCTTTCTTAAATTGATTATCTTTCCGGGAT
TTTTATCAGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCCACTTCCTTCGGGCTTCTTATCAAGGTTAGTAAATCTCTATGTATTGGTTATGTCTATACTGCTGTTAATATTCTTATACTTTTCCCTCTGGATGCTTGGTTTCACTTTCGGGTGCTACTCTTGGATTTTTAGCTTCACGTGTTATCTTCTACCAGAGGTGGCATGGGAG
GTTTAAGATGAGCATTTTCATCCCTTCACTCAAGAAGGGTAACCGGTATGATAGATGTATCACCAATTACCTGTAAAGTTTTAGCGGGTTGCATTGGTTGCCAAGCACTTTGTTTATATATAAATTTATATATATTTAGTGAGTTGTGGCTGCATAATGTCAGGGGGACAGATCCTTAACACACGGTATTGTCGGGGAAA
TTTTAGTTGGCCATGTACCTCTTGATCTTAGAAAAGAAAAGAAAATATCACTAGTTTGTTTATCTAGACAAAGAATTACAGATTCTACCAGTAATGCGTCAAAAGGCAATAAACTCTATGTTCGTTTTTCTTACGAGGCTATTTAATTATCGTTAGAGTCCGCCTAGCTGGCTATATAAAAGTGCTGATAATCTAAGCGA
GC

>TRINITY_DN42215_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCGAGAGAAAATGATTTTGCCTTGAAATTCGATTTGAATCTTCTAATTGCCCTTGGAAATCGACTGGTAACTCCCATTCACCCCAGATTTCTACAAATGGCAGTTGCTTGGGGCTGTTTTGCCCTCCACCCACCCCAAAAATTGAGATCACAGTTAAATTCGTCCCAACTTTATGGATAGAATCCAGTTTTACAGTTGCA
TTCACCCCTATATAAGCAACTTTCAATCTTTATTGATTACTCAGCTCAAGCAAGGCTGCGATTTGTGATCCATTGAATCTCCACTTCTAGGTTGGAACATGAAGAAAATTGATTATCTTTCTGGGATTTTTTATCAGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCTACTGCCTTCGGGCTTTCTTAAATTGATTATCTTTCCGGGAT
TTTTATCAGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCCACTTCCTTCGGGCTTCTTATCAAGGTTAGTAAATCTCTATGTATTGGTTATGTCTATACTGCTGTTAATATTCTTATACTTTTCCCTCTGGATGCTTGGTTTCACTTTCGGGTGCTACTCTTGGATTTTTAGCTTCACGTGTTATCTTCTACCAGAGgtaattactctt
atttacttttcttctcctaatttaatcctaatttaagagtgatgatggatatgctatggaatggagccactgattatttagctaggatcatttgtgtttggtttgcatggatgatgacaatgaatgaaaaaatggtgctggtcatgtgtgtttagGTGGCATGGGAGGTTTAAGATGAGCATTTTCATCCCTTCACTCAA
GAAGGGTAACCGGTATGATAGATGTATCACCAATTACCTGTAAAGTTTTAGCGGGTTGCATTGGTTGCCAAGCACTTTGTTTATATATAAATTTATATATATTTAGTGAGTTGTGGCTGCATAATGTCAGGGGGACAGATCCTTAACACACGGTATTGTCGGGGAAATTTTAGTTGGCCATGTACCTCTTGATCTTAGAA
AAGAAAAGAAAATATCACTAGTTTGTTTATCTAGACAAAGAATTACAGATTCTACCAGTAATGCGTCAAAAGGCAATAAACTCTATGTTCGTTTTTCTTACGAGGCTATTTAATTATCGTTAGAGTCCGCCTAGCTGGCTATATAAAAGTGCTGATAATCTAAGCGAGC

Intron 4 GTTAGTAAAT ... TCTACCAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52	6	7	6
A2	57.14	3	4	4
A3	66.67	2	6	2
A4	75	1	5	1
A5	50	2	3	1
A6	58.44	16	10	35
A7	40.74	16	8	14
A8	31.15	21	2	17
A9	47.69	17	3	28
A10	44.83	8	2	11

>TRINITY_DN42215_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GAATGATAAAGAGGGCGTAGTTTTCTGTTCTAATTGCGAACGAAAGCGCTATTGCTTCAACTGCATTAAAAGATGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCCACTTCCTTCGGGCTTCTTATCAAGGTGGCATGGGAGGTTTAAGATGAGCATTTTCATCCCTTCACTCAAGAAGGGTAACCGGTATGATAGATGTATCACCAAT
TACCTGTAAAGTTTTAGCGGGTTGCATTGGTTGCCAAGCACTTTGTTTATATATAAATTTATATATATTTAGTGAGTTGTGGCTGCATAATGTCAGGGGGACAGATCCTTAACACACGGTATTGTCGGGGAAATTTTAGTTGGCCATGTACCTCTTGATCTTAGAAAAGAAAAGAAAATATCACTAGTTTGTTTATCTAG
ACAAAGAATTACAGATTCTACCAGTAATGCGTCAAAAGGCAATAAACTCTATGTTCGTTTTTCTTACGAGGCTATTTAATTATCGTTAGAGTCCGCCTAGCTGGCTATATAAAAGTGCTGATAATCTAAGCGAGC

>TRINITY_DN42215_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCGAGAGAAAATGATTTTGCCTTGAAATTCGATTTGAATCTTCTAATTGCCCTTGGAAATCGACTGGTAACTCCCATTCACCCCAGATTTCTACAAATGGCAGTTGCTTGGGGCTGTTTTGCCCTCCACCCACCCCAAAAATTGAGATCACAGTTAAATTCGTCCCAACTTTATGGATAGAATCCAGTTTTACAGTTGCA
TTCACCCCTATATAAGCAACTTTCAATCTTTATTGATTACTCAGCTCAAGCAAGGCTGCGATTTGTGATCCATTGAATCTCCACTTCTAGGTTGGAACATGAAGAAAATTGATTATCTTTCTGGGATTTTTTATCAGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCTACTGCCTTCGGGCTTTCTTAAATTGATTATCTTTCCGGGAT
TTTTATCAGATCTCTGAAAGGACGGTGGGCCACTTCCTTCGGGCTTCTTATCAAGgttagtaaatctctatgtattggttatgtctatactgctgttaatattcttatacttttccctctggatgcttggtttcactttcgggtgctactcttggatttttagcttcacgtgttatcttctaccagagGTGGCATGGGAG
GTTTAAGATGAGCATTTTCATCCCTTCACTCAAGAAGGGTAACCGGTATGATAGATGTATCACCAATTACCTGTAAAGTTTTAGCGGGTTGCATTGGTTGCCAAGCACTTTGTTTATATATAAATTTATATATATTTAGTGAGTTGTGGCTGCATAATGTCAGGGGGACAGATCCTTAACACACGGTATTGTCGGGGAAA
TTTTAGTTGGCCATGTACCTCTTGATCTTAGAAAAGAAAAGAAAATATCACTAGTTTGTTTATCTAGACAAAGAATTACAGATTCTACCAGTAATGCGTCAAAAGGCAATAAACTCTATGTTCGTTTTTCTTACGAGGCTATTTAATTATCGTTAGAGTCCGCCTAGCTGGCTATATAAAAGTGCTGATAATCTAAGCGA
GC