sp|P52783|GLNA_PINSY ----> Glutamine synthetase cytosolic isozyme


Intron 1 GTACTCGCTG ... CTAAATGGAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A165.2281812
A289.742314
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A451.528413
A552.38556
A657.02262643
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A869.05133226
A959.72294244
A1064.1142327



>TRINITY_DN42145_c0_g3_i7 from sample A9 / Example spliced isoform
GCACAACTTCACATCAACCGTCACAATTCTTTGCCACTAGTTGTGAATGTATGATGGATTGGGCGGATTGGACACCTTGGAATTAATACAGGCAGCAAATATTCTTCCCCGATTTGCATTACTAGTTTCATGCAGAGTCAGGGAATGGCCAGTTTGAAATAGCCTTGGGGCATTCACCTTGTATGGAGGCAGCTGATAAC
TTAGTTTGCTTAAAAGAGGCTATAAGGGCAATTGCAAACAGAAATGGTCTTCTTGCGACGTTTATACCCAAGTATATTTCAACTGATATTGGTTCAGGATGCCATGTACATCTAAGTTTATGGCAAAATGGCAAGAACAAGTTCATGGCTGAAGATGGGTCAATTAGTAAGCATGGTATGTCCACGATTGGGGAGGAGTT
TATGGCTGGTGTCTTCCACCATCTTCCATCCATATTGGCCTTTACTGCTCCATTGCCAAACAGTTATGAGCGATTGAAGCCTAATACATGGAGTGGAGCATATCATTGTTGGGGGAAGGAAAATCGAGAAGCTCCGATCCGGACAGCATGCCCTCCTGGGATTTCAAGTGAAGTTGTGAGCAACTTTGAGATTAAAGCAT
TTGATGGTTGTGCCAATCCACATCTGGGACTAGCAGCAATTATAGCTGCCGGAATAGATGGCCTGCGGAAGCACCTTGTTTTGCCAGAACCTGTTGACTCAAATCCATATGATCTCAAGGAAGGTGCAGTGCACAGATTGCCCACATCATTGGACGAGTCTGTTACAGAACTCAGAAATAATGAAGTTTTGAGGAGCTTT
ATTGGTGATAAACTCATGAATGCAATAATTGCTGTCCGCGAGGCTGAAGTTCGACATTATTCAGTTAACAAAGATGTTATGGAGCAATTGATCCATACGTATTGACATCAAAATTTATGACAAGACAATGGCATGTCACAATAACTTATTCGATGTTATTTGACAAAATGTCTGGGATTTTCATTTTGTAACAATTTTGA
AGACGTCAAGTGGATATCTTTCTTGAATCACATCAATAATGAGCTTGTTAACAAGGAATATTTAGTGGTTAATTAGCGGTCCATGGACGATGCATATAATTATACTTTAAAAATATTGCAAATTAAAGAGCACGGGTATATTTGTCAAAACCTACTCATAGCCTTAACCAAAAAAGGATTTCATGTAGTAAATATTTGTT
ATATTATTCGATCATTAAAGTTCTCATATTTAAACTTTATTAACATTGTAAGTTTCCTGTTCTTCTTGGAAAAAAGTTTCCTGTGTAAATAGAATTTTATCTTTATAGAAGTTATTATTTGTAATTAACAAAATTTGTGGGCAACTTGTAACCAAAATAAATGATTAATCTTGCAAGTAATACAAGTTAAGTGTAAGCAT
CATAACATAGCTCGGGGATGGCTATTCC


>TRINITY_DN42145_c0_g3_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:
GCACAACTTCACATCAACCGTCACAATTCTTTGCCACTAGTTGTGAATGTATGATGGATTGGGCGGATTGGACACCTTGGAATTAATACAGGCAGCAAATATTCTTCCCCGATTTGCATTACTAGgtactcgctgtttgaagtaaactttcaacagattcgtcctcccgtgaatctttctcaagtgattgtctacagggt
tttagcaacctttcggttttggtgtaatctcaattgtataaccgctcgatcagtggctgggacagtggcaactagacagaaaacgaatgatggttgatgacttattccaattctttgctagcgacccgtctgaccactgaggaataataacgttttcctgaaaaaccctgacgcgactccgatttattcgtcaggcggat
tgacgtcgaggcaatctaattaaaatctctaattcccttcgaatgaatttctgccaccgtggacagaaaaatttcgttctaaatggag
TTTCATGCAGAGTCAGGGAATGGCCAGTTTGAAATAGCCTTGGGGCATTCACCTTGTATGGAGGCAGCTGATAACTTAGTTTGCTTAAAAGAGGCTATAAGGGCAATTGCAA
ACAGAAATGGTCTTCTTGCGACGTTTATACCCAAGTATATTTCAACTGATATTGGTTCAGGATGCCATGTACATCTAAGTTTATGGCAAAATGGCAAGAACAAGTTCATGGCTGAAGATGGGTCAATTAGTAAGCATGGTATGTCCACGATTGGGGAGGAGTTTATGGCTGGTGTCTTCCACCATCTTCCATCCATATTG
GCCTTTACTGCTCCATTGCCAAACAGTTATGAGCGATTGAAGCCTAATACATGGAGTGGAGCATATCATTGTTGGGGGAAGGAAAATCGAGAAGCTCCGATCCGGACAGCATGCCCTCCTGGGATTTCAAGTGAAGTTGTGAGCAACTTTGAGATTAAAGCATTTGATGGTTGTGCCAATCCACATCTGGGACTAGCAGC
AATTATAGCTGCCGGAATAGATGGCCTGCGGAAGCACCTTGTTTTGCCAGAACCTGTTGACTCAAATCCATATGATCTCAAGGAAGGTGCAGTGCACAGATTGCCCACATCATTGGACGAGTCTGTTACAGAACTCAGAAATAATGAAGTTTTGAGGAGCTTTATTGGTGATAAACTCATGAATGCAATAATTGCTGTCC
GCGAGGCTGAAGTTCGACATTATTCAGTTAACAAAGATGTTATGGAGCAATTGATCCATACGTATTGACATCAAAATTTATGACAAGACAATGGCATGTCACAATAACTTATTCGATGTTATTTGACAAAATGTCTGGGATTTTCATTTTGTAACAATTTTGAAGACGTCAAGTGGATATCTTTCTTGAATCACATCAAT
AATGAGCTTGTTAACAAGGAATATTTAGTGGTTAATTAGCGGTCCATGGACGATGCATATAATTATACTTTAAAAATATTGCAAATTAAAGAGCACGGGTATATTTGTCAAAACCTACTCATAGCCTTAACCAAAAAAGGATTTCATGTAGTAAATATTTGTTATATTATTCGATCATTAAAGTTCTCATATTTAAACTT
TATTAACATTGTAAGTTTCCTGTTCTTCTTGGAAAAAAGTTTCCTGTGTAAATAGAATTTTATCTTTATAGAAGTTATTATTTGTAATTAACAAAATTTGTGGGCAACTTGTAACCAAAATAAATGATTAATCTTGCAAGTAATACAAGTTAAGTGTAAGCATCATAACATAGCTCGGGGATGGCTATTCC




Intron 2 GTACTCGCTG ... TTTGTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A354.67172021
A440.74847
A565.525514
A653.98262635
A757.98252841
A867.9133223
A956.72294234
A1062.67142324



>TRINITY_DN42145_c0_g3_i7 from sample A9 / Example spliced isoform
GCACAACTTCACATCAACCGTCACAATTCTTTGCCACTAGTTGTGAATGTATGATGGATTGGGCGGATTGGACACCTTGGAATTAATACAGGCAGCAAATATTCTTCCCCGATTTGCATTACTAGTTTCATGCAGAGTCAGGGAATGGCCAGTTTGAAATAGCCTTGGGGCATTCACCTTGTATGGAGGCAGCTGATAAC
TTAGTTTGCTTAAAAGAGGCTATAAGGGCAATTGCAAACAGAAATGGTCTTCTTGCGACGTTTATACCCAAGTATATTTCAACTGATATTGGTTCAGGATGCCATGTACATCTAAGTTTATGGCAAAATGGCAAGAACAAGTTCATGGCTGAAGATGGGTCAATTAGTAAGCATGGTATGTCCACGATTGGGGAGGAGTT
TATGGCTGGTGTCTTCCACCATCTTCCATCCATATTGGCCTTTACTGCTCCATTGCCAAACAGTTATGAGCGATTGAAGCCTAATACATGGAGTGGAGCATATCATTGTTGGGGGAAGGAAAATCGAGAAGCTCCGATCCGGACAGCATGCCCTCCTGGGATTTCAAGTGAAGTTGTGAGCAACTTTGAGATTAAAGCAT
TTGATGGTTGTGCCAATCCACATCTGGGACTAGCAGCAATTATAGCTGCCGGAATAGATGGCCTGCGGAAGCACCTTGTTTTGCCAGAACCTGTTGACTCAAATCCATATGATCTCAAGGAAGGTGCAGTGCACAGATTGCCCACATCATTGGACGAGTCTGTTACAGAACTCAGAAATAATGAAGTTTTGAGGAGCTTT
ATTGGTGATAAACTCATGAATGCAATAATTGCTGTCCGCGAGGCTGAAGTTCGACATTATTCAGTTAACAAAGATGTTATGGAGCAATTGATCCATACGTATTGACATCAAAATTTATGACAAGACAATGGCATGTCACAATAACTTATTCGATGTTATTTGACAAAATGTCTGGGATTTTCATTTTGTAACAATTTTGA
AGACGTCAAGTGGATATCTTTCTTGAATCACATCAATAATGAGCTTGTTAACAAGGAATATTTAGTGGTTAATTAGCGGTCCATGGACGATGCATATAATTATACTTTAAAAATATTGCAAATTAAAGAGCACGGGTATATTTGTCAAAACCTACTCATAGCCTTAACCAAAAAAGGATTTCATGTAGTAAATATTTGTT
ATATTATTCGATCATTAAAGTTCTCATATTTAAACTTTATTAACATTGTAAGTTTCCTGTTCTTCTTGGAAAAAAGTTTCCTGTGTAAATAGAATTTTATCTTTATAGAAGTTATTATTTGTAATTAACAAAATTTGTGGGCAACTTGTAACCAAAATAAATGATTAATCTTGCAAGTAATACAAGTTAAGTGTAAGCAT
CATAACATAGCTCGGGGATGGCTATTCC


>TRINITY_DN42145_c0_g3_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:
GCACAACTTCACATCAACCGTCACAATTCTTTGCCACTAGTTGTGAATGTATGATGGATTGGGCGGATTGGACACCTTGGAATTAATACAGGCAGCAAATATTCTTCCCCGATTTGCATTACTAGgtactcgctgtttgaagtaaactttcaacagattcgtcctcccgtgaatctttctcaagtgattgtctacagggt
tttagcaacctttcggttttggtgtaatctcaattgtataaccgctcgatcagtggctgggacagtggcaactagacagaaaacgaatgatggttgatgacttattccaattctttgctagcgacccgtctgaccactgaggaataataacgttttcctgaaaaaccctgacgcgactccgatttattcgtcaggcggat
tgacgtcgaggcaatctaattaaaatctctaattcccttcgaatgaatttctgccaccgtggacagaaaaatttcgttctaaatggagatgagtgtgctctaaattttttagatttttattaacattttataacgagtgtatttgcatcataccaagtgctccgtggtgaagttattgagagaagcctcttttcttaatt
ctttcagtttaaaattgtttaatattcagttctggtagtcggttggcaaaatgatttaatccgtatgctctatatgctagttaagaagtttgttttggtctacatataaattggtcgcatattttttgttgcag
TTTCATGCAGAGTCAGGGAATGGCCAGTTTGAAATAGCCTTGGGGCATTCACCTTGTATGGAGGCA
GCTGATAACTTAGTTTGCTTAAAAGAGGCTATAAGGGCAATTGCAAACAGAAATGGTCTTCTTGCGACGTTTATACCCAAGTATATTTCAACTGATATTGGTTCAGGATGCCATGTACATCTAAGTTTATGGCAAAATGGCAAGAACAAGTTCATGGCTGAAGATGGGTCAATTAGTAAGCATGGTATGTCCACGATTGG
GGAGGAGTTTATGGCTGGTGTCTTCCACCATCTTCCATCCATATTGGCCTTTACTGCTCCATTGCCAAACAGTTATGAGCGATTGAAGCCTAATACATGGAGTGGAGCATATCATTGTTGGGGGAAGGAAAATCGAGAAGCTCCGATCCGGACAGCATGCCCTCCTGGGATTTCAAGTGAAGTTGTGAGCAACTTTGAGA
TTAAAGCATTTGATGGTTGTGCCAATCCACATCTGGGACTAGCAGCAATTATAGCTGCCGGAATAGATGGCCTGCGGAAGCACCTTGTTTTGCCAGAACCTGTTGACTCAAATCCATATGATCTCAAGGAAGGTGCAGTGCACAGATTGCCCACATCATTGGACGAGTCTGTTACAGAACTCAGAAATAATGAAGTTTTG
AGGAGCTTTATTGGTGATAAACTCATGAATGCAATAATTGCTGTCCGCGAGGCTGAAGTTCGACATTATTCAGTTAACAAAGATGTTATGGAGCAATTGATCCATACGTATTGACATCAAAATTTATGACAAGACAATGGCATGTCACAATAACTTATTCGATGTTATTTGACAAAATGTCTGGGATTTTCATTTTGTAA
CAATTTTGAAGACGTCAAGTGGATATCTTTCTTGAATCACATCAATAATGAGCTTGTTAACAAGGAATATTTAGTGGTTAATTAGCGGTCCATGGACGATGCATATAATTATACTTTAAAAATATTGCAAATTAAAGAGCACGGGTATATTTGTCAAAACCTACTCATAGCCTTAACCAAAAAAGGATTTCATGTAGTAA
ATATTTGTTATATTATTCGATCATTAAAGTTCTCATATTTAAACTTTATTAACATTGTAAGTTTCCTGTTCTTCTTGGAAAAAAGTTTCCTGTGTAAATAGAATTTTATCTTTATAGAAGTTATTATTTGTAATTAACAAAATTTGTGGGCAACTTGTAACCAAAATAAATGATTAATCTTGCAAGTAATACAAGTTAAG
TGTAAGCATCATAACATAGCTCGGGGATGGCTATTCC




Intron 3 GTATTAGAAC ... CATTGTATAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A135.481083
A226.9823413
A319.151972
A43513410
A514.29611
A633.33220
A79.82323
A816.131341
A924.2425106
A1022.581261



>TRINITY_DN117392_c0_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoform
AGAAACTCAGTTTGAAAAATAGTAAAACAATTGCTTCCCTAAGAGAAATCTATATAATAATAATAATAATTATAAACGGTAAAGTCATGAACCACGCGATGAAGATAATTCTCTACAGTAAACAGAAAAGTCATAAGTCGCGGCCTGCCAATTGTGACCGGGTCCATGTACTATATATTTAACTTGTGGCCATGAAACAA
CCGCAGGGGAGGAGCCACTGTGTGTCAGAGGTGAGAGAGAAAGCAGACCAGTCCGTGCAAAATGGCGACGACAACTACTACGGAGACGATGTTAAGTGAGGTGGTGGACAGAATATCGATGATAGACGCTCATGCCCACAACATTGTGTCCCTTGATTCTCAATTTCCTTTTCTGCGCTGCTTCTCAGAGGCCGAAGGTG
AAGCTGCCAAGGATGTCTGCCATACCCTATCCTTTAAGAGAAGTATACGGGACATTGCAAAGCTTTACAATTGTGATGCGACATTAGAGGGGATTGAGGTGTGCCGCAATTCTTTGGGTCTAGAGAGTATTTGCTTAAAGTGTTTCAGTGCTGCCAATATTTCTACAGTGCTCATCGATGATGGAATCCACTTTGATAAA
ATGTATCCTGTGGGCTGGCATAAGAACTATGTGCCAGCTGTGGGTAGGATTTTAAGGATTGAGACTGTTGCTGAAGCGATTCTTAATCAGGGTCCACCCGATGGCACAACATGGTCACTAGAGAGGTTTATTCAGCTCTTTCAGTCGACATTGAAATCACATGCCAAGGGTGTTGTTGCTTTTAAGAGTATAGCTGCCTA
TCGCAGTGGTCTTAATATAAATCCATTGGTGAAAAGTCAAGAGGCAGAAGATGGTCTTTACAAAGATTTATGCGCCAGGAAGCCTGTACGCATCAGTAACAAAAGCTTCATTGACTACATCTTTACGGTCAGCTTGGAAGTGGCTGCATCTTTTGATTGTCCCATGCAAATACATACAGGTTTTGGAGACAAGGACCTGG
ATCTGAGGCTTGCAAACCCTCTTCATCTTCGGGCAATCTTGGAAGATGATCGGTTCAAAAATTGTCGGATTGTGCTTCTTCATGCGTCCCATCCCTACTCAAAGGAAGCATCTTATTTGGCTTCTGTTTATCCACAGGTCTACTTGGACTTTGGCCTAGCAGTACCAAAGCTCAGTGTTCATGGGATGCTCTCTGCAGTT
AAGGGTCTTTTAGAACTGTGCCCACTAAACAAGGTGATGTTTAGCACAGATGGATATGCATTTCCTGAAACATATTATCTTGGTGCAAAATGGGCACGCAAAGTAATTGTATCTGTTCTTTCTGATGCTTGTGATGGTGGGGATCTCTCTATTCAAGAAGCTATCGAAGCCGCACAAAATATCCTAAGGGACAATGCAGT
CAGTTTCTATAAGCTGGATGAATATAGTACACAAAATATGATATCTGAAGTGGGTACGTCAGCCACTAATTCTCAGATTCTGGATCTAGAGGCTAACAAAGGAAAACCTAAGTTTGTTCGTCTCCTTTGGGTTGATAATTCAGGTCAACAAAGATGTCGAGTTGTTCCAGAAAACCGTTTCAACCAAGTAGTGAAGGATC
ATGGAGTGGGTTTAACGCATGCATGCATGGGTATGCCCTCATTCTCAGATGGTCCAGCTGAAGGTTCCAATCTTACAGGTGTTGGTGAAATCCGACTGATGCCTGACATGAAAACACTACGCAGTTTGCCCTGGTCTGACCAAGAGAAGATGGTATTCGTTGATATGCACTTGAAACCTAGCCATCCTTGGGAATATTGC
CCAAGGACAGCCTTACGAAGAGTTGCTATGACATTGGAAGAAGAATTTGGTTTGGTTGTGAATGCTGGTTTTGAGAGTGAGTTCTACATTTTGAGGCAAACAATGAGGGAAGGTAATAACAAGTGGGTGCCCATTGATTTCACACCATACTGCTCAACTTCAGGATTTGATGCTGCAACTCCTCTTCTATTAGAAGTTAT
TGAAGTTCTCCAGAGCATGCACATTTCTGTAGAACAGTTTCATGCAGAGTCAGGGAATGGCCAGTTTGAAATAGCCTTGGGGCATTCACCTTGTATGGAGGCAGCTGATAACTTAGTTTGCTTAAAAGAGGCTATAAGGGCAATTGCAAACAGAAATGGTCTTCTTGCGACGTTTATACCCAAGTATATTTCAACTGATA
TTGGTTCAGGATGCCATGTACATCTAAGTTTATGGCAAAATGGCAAGAACAAGTTCATGGCTGAAGATGGGTCAATTAGTAAGCATGGTATGTCCACGATTGGGGAGGAGTTTATGGCTGGTGTCTTCCACCATCTTCCATCCATATTGGCCTTTACTGCTCCATTGCCAAACAGTTATGAGCGATTGAAGCCTAATACA
TGGAGTGGAGCATATCATTGTTGGGGGAAGGAAAATCGAGAAGCTCCGATCCGGACAGCATGCCCTCCTGGGATTTCAAGTGAAGTTGTGAGCAACTTTGAGATTAAAGCATTTGATGGTTGTGCCAATCCACATCTGGGACTAGCAGCAATTATAGCTGCCGGAATAGATGGCCTGCGGAAGCACCTTGTTTTGCCAGA
ACCTGTTGACTCAAATCCATATGATCTCAAGGAAGGTGCAGTGCACAGATTGCCCACATCATTGGACGAGTCTGTTACAGAACTCAGAAATAATGAAGTTTTGAGGAGCTTTATTGGTGATAAACTCATGAATGCAATAATTGCTGTCCGCGAGGCTGAAGTTCGACATTATTCAGTTAACAAAGATGTTATGGAGCAAT
TGATCCATACGTATTGACATCAAAATTTATGACAAGACAATGGCATGTCACAATAACTTATTCGATGTTATTTGACAAAATGTCTGGGATTTTCATTTTGTAACAATTTTGAAGACGTCAAGTGGATATCTTTCTTGAATCACATCAATAATGAGCTTGTTAACAAGGAATATTTAGTGGTTAATTAGCGGTCCATGGAC
GATGCATATAATTATACTTTAAAAATATTGCAAATTAAAGAGCACGGGTATATTTGTCAAAACCTACTCATAGCCTTAACCAAAAAAGGATTTCATGTAGTAAATATTTGTTATATTATTCGATCATTAAAGTTCTCATATTTAAACTTTAT


>TRINITY_DN117392_c0_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AGAAACTCAGTTTGAAAAATAGTAAAACAATTGCTTCCCTAAGAGAAATCTATATAATAATAATAATAATTATAAACGGTAAAGTCATGAACCACGCGATGAAGATAATTCTCTACAGTAAACAGAAAAGTCATAAGTCGCGGCCTGCCAATTGTGACCGGGTCCATGTACTATATATTTAACTTGTGGCCATGAAACAA
CCGCAGGGGAGGAGCCACTGTGTGTCAGAGGTGAGAGAGAAAGCAGACCAGTCCGTGCAAAATGGCGACGACAACTACTACGGAGACGATGTTAAGTGAGGTGGTGGACAGAATATCGATGATAGACGCTCATGCCCACAACATTGTGTCCCTTGATTCTCAATTTCCTTTTCTGCGCTGCTTCTCAGAGGCCGAAGGTG
AAGCTGCCAAGGATGTCTGCCATACCCTATCCTTTAAGAGAAGTATACGGGACATTGCAAAGCTTTACAATTGTGATGCGACATTAGAGGGGATTGAGGTGTGCCGCAATTCTTTGGGTCTAGAGAGTATTTGCTTAAAGTGTTTCAGTGCTGCCAATATTTCTACAGTGCTCATCGATGATGGAATCCACTTTGATAAA
ATGTATCCTGTGGGCTGGCATAAGAACTATGTGCCAGCTGTGGGTAGGATTTTAAGGATTGAGACTGTTGCTGAAGCGATTCTTAATCAGGGTCCACCCGATGGCACAACATGGTCACTAGAGAGGTTTATTCAGCTCTTTCAGTCGACATTGAAATCACATGCCAAGGGTGTTGTTGCTTTTAAGAGTATAGCTGCCTA
TCGCAGTGGTCTTAATATAAATCCATTGGTGAAAAGTCAAGAGGCAGAAGATGGTCTTTACAAAGATTTATGCGCCAGGAAGCCTGTACGCATCAGTAACAAAAGCTTCATTGACTACATCTTTACGGTCAGCTTGGAAGTGGCTGCATCTTTTGATTGTCCCATGCAAATACATACAGGTTTTGGAGACAAGGACCTGG
ATCTGAGGCTTGCAAACCCTCTTCATCTTCGGGCAATCTTGGAAGATGATCGGTTCAAAAATTGTCGGATTGTGCTTCTTCATGCGTCCCATCCCTACTCAAAGGAAGCATCTTATTTGGCTTCTGTTTATCCACAGGTCTACTTGGACTTTGGCCTAGCAGTACCAAAGCTCAGTGTTCATGGGATGCTCTCTGCAGTT
AAGGGTCTTTTAGAACTGTGCCCACTAAACAAGGTGATGTTTAGCACAGATGGATATGCATTTCCTGAAACATATTATCTTGGTGCAAAATGGGCACGCAAAGTAATTGTATCTGTTCTTTCTGATGCTTGTGATGGTGGGGATCTCTCTATTCAAGAAGCTATCGAAGCCGCACAAAATATCCTAAGGGACAATGCAGT
CAGTTTCTATAAGCTGGATGAATATAGTACACAAAATATGATATCTGAAGTGGGTACGTCAGCCACTAATTCTCAGATTCTGGATCTAGAGGCTAACAAAGGAAAACCTAAGTTTGTTCGTCTCCTTTGGGTTGATAATTCAGGTCAACAAAGATGTCGAGTTGTTCCAGAAAACCGTTTCAACCAAGTAGTGAAGGATC
ATGGAGTGGGTTTAACGCATGCATGCATGGGTATGCCCTCATTCTCAGATGGTCCAGCTGAAGGTTCCAATCTTACAGGTGTTGGTGAAATCCGACTGATGCCTGACATGAAAACACTACGCAGTTTGCCCTGGTCTGACCAAGAGAAGATGGTATTCGTTGATATGCACTTGAAACCTAGCCATCCTTGGGAATATTGC
CCAAGGACAGCCTTACGAAGAGTTGCTATGACATTGGAAGAAGAATTTGGTTTGgtattagaacttgatctccttaatgtggacaaacaaatcatcacttgttattattcttgatttgtagaaatagttaagttttgctatgtggctacatttaaccaaagagtgatttgtgacctcaaatattttcattgtatagGTTG
TG
AATGCTGGTTTTGAGAGTGAGTTCTACATTTTGAGGCAAACAATGAGGGAAGGTAATAACAAGTGGGTGCCCATTGATTTCACACCATACTGCTCAACTTCAGGATTTGATGCTGCAA




Intron 4 GTAAGGCTCA ... TATGTCTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A1252709
A29.521942
A38.331101
A431.581346
A520401
A6-1000
A70800
A80100
A941.67705
A1025301



>TRINITY_DN99287_c1_g2_i8 from sample A4 / Example spliced isoform
CATGAACCACGCGATGAAGATAATTCTCTACAGTAAACAGAAAAGTCATAAGTCGCGGCCTGCCAATTGTGACCGGGTCCATGTACTATATATTTAACTTGTGGCCATGAAACAACCGCAGGGGAGGAGCCACTGTGTGTCAGAGGTGAGAGAGAAAGCAGACCAGTCCGTGCAAAATGGCGACGACAACTACTACTGAG
ACGATGTTAAGTGAGGTGGTGGACAGAATATCGATGATAGACGCTCATGCCCACAACATTGTGTCCCTTGATTCTCAATTTCCTTTTCTGCGCTGCTTCTCAGAGGCCGAAGGTGAAGCTGCCAAGGATGTCTGCCATACCCTATCCTTTAAGAGAAGTATACGGGACATTGCAAAGCTTTACAATTGTGATGCGACATT
AGAGGGGATTGAGGTGTGCCGCAATTCTTTGGGTCTAGAGAGTATTTGCTTAAAGTGTTTCAGTGCTGCCAATATTTCTACAGTGCTCATCGATGATGGAATCCACTTTGATAAAATGTATCCTGTGGGCTGGCATAAGAACTATGTGCCAGCTGTGGGTAGGATTTTAAGGATTGAGACTGTTGCTGAAGCGATTCTTA
ATCAGGGTCCACCCGATGGCACAACATGGTCACTAGAGAGGTTTATTCAGCTCTTTCAGTCGACATTGAAATCACATGCCAAGGGTGTTGTTGCTTTTAAGAGTATAGCTGCCTATCGCAGTGGTCTTAATATAAATCCATTGGTGAAAAGTCAAGAGGCAGAAGATGGTCTTTACAAAGATTTATGCGCCAGGAAGCCT
GTACGCATCAGTAACAAAAGCTTCATTGACTACATCTTTACGGTCAGCTTGGAAGTGGCTGCATCTTTTGATTGTCCCATGCAAATACATACAGGTTTTGGAGACAAGGACCTGGATCTGAGGCTTGCAAACCCTCTTCATCTTCGGGCAATCTTGGAAGATGATCGGTTCAAAAATTGTCGGATTGTGCTTCTTCATGC
GTCCCATCCCTACTCAAAGGAAGCATCTTATTTGGCTTCTGTTTATCCACAGGTCTACTTGGACTTTGGCCTAGCAGTACCAAAGCTCAGTGTTCATGGGATGCTCTCTGCAGTTAAGGGTCTTTTAGAACTGTGCCCACTAAACAAGGTGATGTTTAGCACAGATGGATATGCATTTCCTGAAACATATTATCTTGGTG
CAAAATGGGCACGCAAAGTAATTGTATCTGTTCTTTCTGATGCTTGTGATGGTGGGGATCTCTCTATTCAAGAAGCTATCGAAGCCGCACAAAATATCCTAAGGGACAATGCAGTCAGTTTCTATAAGCTGGATGAATATAGTACACAAAATATGATATCTGAAGTGGGTACGTCAGCCACTAATTCTCAGATTCTGGAT
CTAGAGGCTAACAAAGGAAAACCTAAGTTTGTTCGTCTCCTTTGGGTTGATAATTCAGGTCAACAAAGATGTCGAGTTGTTCCAGAAAACCGTTTC


>TRINITY_DN99287_c1_g2_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CATGCCAAGGGTGTTGTTGCTTTTAAGAGTATAGCTGCCTATCGCAGTGGTCTTAATATAAATCCATTGGTGAAAAGTCAAGAGGCAGAAGATGGTCTTTACAAAGATTTATGCGgtaaggctcaatggtgcatttattccttcaattggtgtctagactaaaccattttatgataatgagtgttttaacattattttgt
taagttgattttaatagtaactgatatgttaagtttattttagtagtaactgatggttttgtatttacaagttatgtctcag
CCAGGAAGCCTGTACGCATCAGTAACAAAAGCTTCATTGACTACATCTTTACGGTCAGCTTGGAAGTGGCTGCATCTTTTGATTGTCCCATGCAAATACATACAGGTTTTGGAGACAA
GGACCTGGATCTGAGGCTTGCAAACCCTCTTCATCTTCGGGCAATCTTGGAAGATGATCGGTTCAAAAATTGTCGGATTGTGCTTCTTCATGCGTCCCATCCCTACTCAAAGGAAGCATCTTATTTGGCTTCTGTTTATCCACAGGTGCATTGTCATACTGCCTAGTATATGCCACAAAAAGAATTATGGATTGAATCTA
ATTTCTGAAATGATTGTTGAACAGGTCTACTTGGACTTTGGCCTAGCAGTACCAAAGCTCAGTGTTCATGGGATGCTCTCTGCAGTTAAGGGTCTTTTAGAACTGTGCCCACTAAACAAGGTGATGTTTAGCACAGATGGATATGCATTTCCTGAAACATATTATCTTGGTGCAAAATGGGCACGCAAAGTAATTGTATC
TGTTCTTTCTGATGCTTGTGATGGTGGGGATCTCTCTATTCAAGAAGCTATCGAAGCCGCACAAAATATCCTAAGGGACAATGCAGTCAGTTTCTATAAGCTGGATGAATATAGTACACAAAATATGATATCTGAAGTGGGTACGTCAGCCACTAATTCTCAGATTCTGGATCTAGAGGCTAACAAAGGAAAACCTAAGT
TTGTTCGTCTCCTTTGGGTTGATAATTCAGGTCAACAAAGATGTCGAGTTGTTCCAGAAAACCGTTTC




Intron 5 GTGCATTGTC ... TGTTGAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A126.671117
A216.67520
A30400
A444.44535
A516.67520
A633.33110
A70700
A814.29301
A90200
A100400



>TRINITY_DN99287_c1_g2_i8 from sample A4 / Example spliced isoform
CATGAACCACGCGATGAAGATAATTCTCTACAGTAAACAGAAAAGTCATAAGTCGCGGCCTGCCAATTGTGACCGGGTCCATGTACTATATATTTAACTTGTGGCCATGAAACAACCGCAGGGGAGGAGCCACTGTGTGTCAGAGGTGAGAGAGAAAGCAGACCAGTCCGTGCAAAATGGCGACGACAACTACTACTGAG
ACGATGTTAAGTGAGGTGGTGGACAGAATATCGATGATAGACGCTCATGCCCACAACATTGTGTCCCTTGATTCTCAATTTCCTTTTCTGCGCTGCTTCTCAGAGGCCGAAGGTGAAGCTGCCAAGGATGTCTGCCATACCCTATCCTTTAAGAGAAGTATACGGGACATTGCAAAGCTTTACAATTGTGATGCGACATT
AGAGGGGATTGAGGTGTGCCGCAATTCTTTGGGTCTAGAGAGTATTTGCTTAAAGTGTTTCAGTGCTGCCAATATTTCTACAGTGCTCATCGATGATGGAATCCACTTTGATAAAATGTATCCTGTGGGCTGGCATAAGAACTATGTGCCAGCTGTGGGTAGGATTTTAAGGATTGAGACTGTTGCTGAAGCGATTCTTA
ATCAGGGTCCACCCGATGGCACAACATGGTCACTAGAGAGGTTTATTCAGCTCTTTCAGTCGACATTGAAATCACATGCCAAGGGTGTTGTTGCTTTTAAGAGTATAGCTGCCTATCGCAGTGGTCTTAATATAAATCCATTGGTGAAAAGTCAAGAGGCAGAAGATGGTCTTTACAAAGATTTATGCGCCAGGAAGCCT
GTACGCATCAGTAACAAAAGCTTCATTGACTACATCTTTACGGTCAGCTTGGAAGTGGCTGCATCTTTTGATTGTCCCATGCAAATACATACAGGTTTTGGAGACAAGGACCTGGATCTGAGGCTTGCAAACCCTCTTCATCTTCGGGCAATCTTGGAAGATGATCGGTTCAAAAATTGTCGGATTGTGCTTCTTCATGC
GTCCCATCCCTACTCAAAGGAAGCATCTTATTTGGCTTCTGTTTATCCACAGGTCTACTTGGACTTTGGCCTAGCAGTACCAAAGCTCAGTGTTCATGGGATGCTCTCTGCAGTTAAGGGTCTTTTAGAACTGTGCCCACTAAACAAGGTGATGTTTAGCACAGATGGATATGCATTTCCTGAAACATATTATCTTGGTG
CAAAATGGGCACGCAAAGTAATTGTATCTGTTCTTTCTGATGCTTGTGATGGTGGGGATCTCTCTATTCAAGAAGCTATCGAAGCCGCACAAAATATCCTAAGGGACAATGCAGTCAGTTTCTATAAGCTGGATGAATATAGTACACAAAATATGATATCTGAAGTGGGTACGTCAGCCACTAATTCTCAGATTCTGGAT
CTAGAGGCTAACAAAGGAAAACCTAAGTTTGTTCGTCTCCTTTGGGTTGATAATTCAGGTCAACAAAGATGTCGAGTTGTTCCAGAAAACCGTTTC


>TRINITY_DN99287_c1_g2_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CATGCCAAGGGTGTTGTTGCTTTTAAGAGTATAGCTGCCTATCGCAGTGGTCTTAATATAAATCCATTGGTGAAAAGTCAAGAGGCAGAAGATGGTCTTTACAAAGATTTATGCGGTAAGGCTCAATGGTGCATTTATTCCTTCAATTGGTGTCTAGACTAAACCATTTTATGATAATGAGTGTTTTAACATTATTTTGT
TAAGTTGATTTTAATAGTAACTGATATGTTAAGTTTATTTTAGTAGTAACTGATGGTTTTGTATTTACAAGTTATGTCTCAGCCAGGAAGCCTGTACGCATCAGTAACAAAAGCTTCATTGACTACATCTTTACGGTCAGCTTGGAAGTGGCTGCATCTTTTGATTGTCCCATGCAAATACATACAGGTTTTGGAGACAA
GGACCTGGATCTGAGGCTTGCAAACCCTCTTCATCTTCGGGCAATCTTGGAAGATGATCGGTTCAAAAATTGTCGGATTGTGCTTCTTCATGCGTCCCATCCCTACTCAAAGGAAGCATCTTATTTGGCTTCTGTTTATCCACAGgtgcattgtcatactgcctagtatatgccacaaaaagaattatggattgaatcta
atttctgaaatgattgttgaacag
GTCTACTTGGACTTTGGCCTAGCAGTACCAAAGCTCAGTGTTCATGGGATGCTCTCTGCAGTTAAGGGTCTTTTAGAACTGTGCCCACTAAACAAGGTGATGTTTAGCACAGATGGATATGCATTTCCTGAAACATATTATCTTGGTGCAAAATGGGCACGCAAAGTAATTGTATC
TGTTCTTTCTGATGCTTGTGATGGTGGGGATCTCTCTATTCAAGAAGCTATCGAAGCCGCACAAAATATCCTAAGGGACAATGCAGTCAGTTTCTATAAGCTGGATGAATATAGTACACAAAATATGATATCTGAAGTGGGTACGTCAGCCACTAATTCTCAGATTCTGGATCTAGAGGCTAACAAAGGAAAACCTAAGT
TTGTTCGTCTCCTTTGGGTTGATAATTCAGGTCAACAAAGATGTCGAGTTGTTCCAGAAAACCGTTTC




Intron 6 ATATCCTTGC ... CTTTCTTTAC

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A128.31987
A242.1111115
A319.151954
A441.38171014
A571.43132
A60400
A726.32750
A833.33110
A933.33651
A1033.33761



>TRINITY_DN99287_c1_g2_i8 from sample A4 / Example spliced isoform
CATGAACCACGCGATGAAGATAATTCTCTACAGTAAACAGAAAAGTCATAAGTCGCGGCCTGCCAATTGTGACCGGGTCCATGTACTATATATTTAACTTGTGGCCATGAAACAACCGCAGGGGAGGAGCCACTGTGTGTCAGAGGTGAGAGAGAAAGCAGACCAGTCCGTGCAAAATGGCGACGACAACTACTACTGAG
ACGATGTTAAGTGAGGTGGTGGACAGAATATCGATGATAGACGCTCATGCCCACAACATTGTGTCCCTTGATTCTCAATTTCCTTTTCTGCGCTGCTTCTCAGAGGCCGAAGGTGAAGCTGCCAAGGATGTCTGCCATACCCTATCCTTTAAGAGAAGTATACGGGACATTGCAAAGCTTTACAATTGTGATGCGACATT
AGAGGGGATTGAGGTGTGCCGCAATTCTTTGGGTCTAGAGAGTATTTGCTTAAAGTGTTTCAGTGCTGCCAATATTTCTACAGTGCTCATCGATGATGGAATCCACTTTGATAAAATGTATCCTGTGGGCTGGCATAAGAACTATGTGCCAGCTGTGGGTAGGATTTTAAGGATTGAGACTGTTGCTGAAGCGATTCTTA
ATCAGGGTCCACCCGATGGCACAACATGGTCACTAGAGAGGTTTATTCAGCTCTTTCAGTCGACATTGAAATCACATGCCAAGGGTGTTGTTGCTTTTAAGAGTATAGCTGCCTATCGCAGTGGTCTTAATATAAATCCATTGGTGAAAAGTCAAGAGGCAGAAGATGGTCTTTACAAAGATTTATGCGCCAGGAAGCCT
GTACGCATCAGTAACAAAAGCTTCATTGACTACATCTTTACGGTCAGCTTGGAAGTGGCTGCATCTTTTGATTGTCCCATGCAAATACATACAGGTTTTGGAGACAAGGACCTGGATCTGAGGCTTGCAAACCCTCTTCATCTTCGGGCAATCTTGGAAGATGATCGGTTCAAAAATTGTCGGATTGTGCTTCTTCATGC
GTCCCATCCCTACTCAAAGGAAGCATCTTATTTGGCTTCTGTTTATCCACAGGTCTACTTGGACTTTGGCCTAGCAGTACCAAAGCTCAGTGTTCATGGGATGCTCTCTGCAGTTAAGGGTCTTTTAGAACTGTGCCCACTAAACAAGGTGATGTTTAGCACAGATGGATATGCATTTCCTGAAACATATTATCTTGGTG
CAAAATGGGCACGCAAAGTAATTGTATCTGTTCTTTCTGATGCTTGTGATGGTGGGGATCTCTCTATTCAAGAAGCTATCGAAGCCGCACAAAATATCCTAAGGGACAATGCAGTCAGTTTCTATAAGCTGGATGAATATAGTACACAAAATATGATATCTGAAGTGGGTACGTCAGCCACTAATTCTCAGATTCTGGAT
CTAGAGGCTAACAAAGGAAAACCTAAGTTTGTTCGTCTCCTTTGGGTTGATAATTCAGGTCAACAAAGATGTCGAGTTGTTCCAGAAAACCGTTTC


>TRINITY_DN99287_c1_g2_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CATGAACCACGCGATGAAGATAATTCTCTACAGTAAACAGAAAAGTCATAAGTCGCGGCCTGCCAATTGTGACCGGGTCCATGTACTATATATTTAACTTGTGGCCATGAAACAACCGCAGGGGAGGAGCCACTGTGTGTCAGAGGTGAGAGAGAAAGCAGACCAGTCCGTGCAAAATGGCGACGACAACTACTACTGAG
ACGATGTTAAGTGAGGTGGTGGACAGAATATCGATGATAGACGCTCATGCCCACAACATTGTGTCCCTTGATTCTCAATTTCCTTTTCTGCGCTGCTTCTCAGAGGCCGAAGGTGAAGCTGCCAAGGATGTCTGCCATACCCTATCCTTTAAGAGAAGTATACGGGACATTGCAAAGCTTTACAATTGTGATGCGACATT
AGAGGGGATTGAGGTGTGCCGCAATTCTTTGGGTCTAGAGAGTATTTGCTTAAAGTGTTTCAGTGCTGCCAATATTTCTACAGTGCTCATCGATGATGGAATCCACTTTGATAAAATGTATCCTGTGGGCTGGCATAAGAACTATGTGCCAGCTGTGGGTAGGATTTTAAGGATTGAGACTGTTGCTGAAGCGATTCTTA
ATCAGGGTCCACCCGATGGCACAACATGGTCACTAGAGAGGTTTATTCAGCTCTTTCAGTCGACATTGAAATCatatccttgcaagattttttccatttttttctcacatttcatatcttatcttcttgaatggaaattaagaagtccatttatttattgggtacacatttttttactacatctttctttacACATGCCA
AGGGTGTTGTTGCTTTTAAGAGTATAGCTGCCTATCGCAGTGGTCTTAATATAAATCCATTGGTGAAAAGTCAAGAGGCAGAAGATGGTCTTTACAAAGATTTATGCGCCAGGAAGCCTGTACGCATCAGTAACAAAAGCTTCATTGACTACATCTTTACGGTCAGCTTGGAAGTGGCTGCATCTTTTGATTGTCCCATG
CAAATACATACAGGTTTTGGAGACAAGGACCTGGATCTGAGGCTTGCAAACCCTCTTCATCTTCGGGCAATCTTGGAAGATGATCGGTTCAAAAATTGTCGGATTGTGCTTCTTCATGCGTCCCATCCCTACTCAAAGGAAGCATCTTATTTGGCTTCTGTTTATCCACAGGTCTACTTGGACTTTGGCCTAGCAGTACC
AAAGCTCAGTGTTCATGGGATGCTCTCTGCAGTTAAGGGTCTTTTAGAACTGTGCCCACTAAACAAGGTGATGTTTAGCACAGATGGATATGCATTTCCTGAAACATATTATCTTGGTGCAAAATGGGCACGCAAAGTAATTGTATCTGTTCTTTCTGATGCTTGTGATGGTGGGGATCTCTCTATTCAAGAAGCTATCG
AAGCCGCACAAAATATCCTAAGGGACAATGCAGTCAGTTTCTATAAGCTGGATGAATATAGTACACAAAATATGATATCTGAAGTGGGTACGTCAGCCACTAATTCTCAGATTCTGGATCTAGAGGCTAACAAAGGAAAACCTAAGTTTGTTCGTCTCCTTTGGGTTGATAATTCAGGTCAACAAAGATGTCGAGTTGTT
CCAGAAAACCGTTTC




Intron 7 GTACGATATC ... TTTGTGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A116.942035.3
A264.585108.5
A324.081335.3
A415.381140
A525.75960.3
A68.33100.3
A711.0792.30
A80100
A920630
A106.67710



>TRINITY_DN111510_c0_g2_i5 from sample A2 / Example spliced isoform
GTCGCGGCCTGCCAATTGTGACCGGGTCCATGTACTATATATTTAACTTGTGGCCATGAAACAACCGCAGGGGAGGAGCCACTGTGTGTCAGAGGTGAGAGAGAAAGCAGACCAGTCCGTGCAAAATGGCGACGACAACTACTACTGAGACGATGTTAAGTGAGGTGGTGGACAGAATATCGATGATAGACGCTCATGCC
CACAACATTGTGTCCCTTGATTCTCAATTTCCTTTTCTGCGCTGCTTCTCAGAGGCCGAAGGTGAAGCTGCCAAGGATGTCTGCCATACCCTATCCTTTAAGAGAAGTATACGGGACATTGCAAAGCTTTACAATTGTGATGCGACATTAGAGGGGATTGAGGTGTGCCGCAATTCTTTGGGTCTAGAGAGTATTTGCTT
AAAGTGTTTCAGTGCTGCCAATATTTCTACAGTGCTCATCGATGATGGAATCCACTTTGATAAAATGTATCCTGTGGGCTGGCATAAGAACTATGTGCCAGCTGTGGGTAGGATTTTAAGGATTGAGACTGTTGCTGAAGCGATTCTTAATCAGGGTCCACCCGATGGCACAACATGGTCACTAGAGAGGTTTATTCAGC
TCTTTCAGTCGACATTGAAATCACATGCCAAGGGTGTTGTTGCTTTTAAGAGTATAGCTGCCTATCGCAGTGGTCTTAATATAAATCCATTGGTGAAAAGTCAAGAGGCAGAAGATGGTCTTTACAAAGATTTATGCGGTAAGGCTCAATGGTGCGTTTATTCCTTCAATTG


>TRINITY_DN111510_c0_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GTCGCGGCCTGCCAATTGTGACCGGGTCCATGTACTATATATTTAACTTGTGGCCATGAAACAACCGCAGGGGAGGAGCCACTGTGTGTCAGAGGTGAGAGAGAAAGCAGACCAGTCCGTGCAAAATGGCGACGACAACTACTACTGAGACGATGTTAAGTGAGGTGGTGGACAGAATATCGATGATAGACGCTCATGCC
CACAACATTGTGTCCCTTGATTCTCAATTTCCTTTTCTGCGCTGCTTCTCAGAGGCCGAAGGTGAAGCTGCCAAGGATGTCTGCCATACCCTATCCTTTAAGAGAAGTATACGGGACATTGCAAAGCTTTACAATTGTGATGCGACATTAGAGGGGATTGAGGTGTGCCGCAATTCTTTGGGTCTAGAGAGTATTTGCTT
AAAGTGTTTCAGTGCTGCCAATATTTCTACAGTGCTCATCGATGATGGAATCCACTTTGATAAAATGTATCCTGTGGGCTGGCATAAGAACTATGTGCCAGCTGTGGGTAGGATTTTAAGGATTGAGACTGTTGCTGAAGCGATTCTTAATCAGgtacgatatctctttaattctattgccagaaggattgagaacattt
ttaacaggaaaaaatatacaattacatcttaatgacatgtaagaggtcattgcagctatggcagagaatcctattgtaagacctgttggcaaccactattatccatcttgtggcaagagaaagcacatcatattctttagagatacattatattgtacttacaaattgaattttgtggcag
GGTCCACCCGATGGCACAA
CATGGTCACTAGAGAGGTTTATTCAGCTCTTTCAGTCGACATTGAAATCATATCCTTGCAAGATTTTTTCCATTTTTTTCTCACATTTCATATCTTATCTTCTTGAATGGAAATTAAGAAGTCCATTTATTTATTGGGTACACATTTTTTTACTACATCTTTCTTTAC