sp|Q6KAE5|XB32_ORYSJ ----> Probable E3 ubiquitin-protein ligase XBOS32
Intron 1 GTGAATTTTC ... TGACATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.82 | 294 | 32 | 0 |
| A2 | 15.74 | 182 | 34 | 0 |
| A3 | 10.07 | 241 | 27 | 0 |
| A4 | 11.42 | 225 | 29 | 0 |
| A5 | 12.32 | 121 | 17 | 0 |
| A6 | 12.04 | 453 | 62 | 0 |
| A7 | 9.84 | 614 | 67 | 0 |
| A8 | 11.26 | 394 | 50 | 0 |
| A9 | 9.72 | 585 | 63 | 0 |
| A10 | 11.02 | 517 | 64 | 0 |
>TRINITY_DN118979_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformCGCATGCAATAAAAACAAAAAAACCGTCTCGTAAATCGTCTTTATTTCGACGGAGAATTCAAGAATAAATGCGTCGTAGGATCGAATCCCGACCGCTGCCAAATATTTGCTGATGCGGAGGCCCAGAGCAGGATTTTGTGGAACCTGAGGACCTTCATTAGCCAAGGAGGCATGCGCATCTCACTGCGTGTAGCTTTAGA
TTGGAGTTTCGGGAGCCATCCAGTTCGGTAACTCATTTGAAGCCTTGTCAAACAAAATGAGAATATTGAATTTCATGGGCAATTCCTTTGGATGTTCTGCTTCTGGAGAACGTCTGGTTTCTGCTGCTAGAGATGGAGATTTGCAAGAGGCTAAGGCTTTATTGGAATGCAACCCTCGTCTTGCAAAGTATTCAACTTTT
GGTGTTCGAAATTCTCCTCTGCATTATTCAGCAGCTCAAGGACACAATGAGATTGTCTCTCTCTTGCTTGAATCTGGGGTTGATGTGAATATCCGGAACTATTGTGGTCAGACAGCTTTGATGCAAGCTTGTAGATATGGTCACTGGGAGGTGGTTCAGACACTTGTGTTGCATAAGGCAAATGTCAACAGAGCAGACTA
TCTTAATGGTCGAACTGCTCTTCATTTTGCAGCCGTAAATGGCCATTCCCGATGTGTGAGACTTCTTTTTGCTGATGCTGTACCCAGTGTACCCGATTTCTGGAACAGCTTAAGGGCAGACCAAGGACAAGAAGAATCATTAGTTAACTTTGATCTGAGTGCATGCTCTAGGATTGCGAACAAACCAGCAGATGGAGGTA
TTACTGCCCTTCACATGGCAGCACTGAATGGGCATCCAGAGTCTGTACAGTTACTCCTTGATTTAGGGGCCAATATATCAACCGTGACAGTTCAAGATGGATCAACTATTGACCTTATAGGTGCAGGTAGTACACCTCTCCACTATGCTACTTGTGGTGGCAACATTCAGTGTTGCCAGATTTTGATTGCTCGTGGAGCA
AGTTGCAGTGCTGAAAATGCCAACGGGTGGACACCATTGCAAGTGGCTCGTCTTTGGCGCAGACATTGGCTTGAAGGGCTGCTAGCCCGTGGCTCCCAATCTGGTGTACCATATTTTCCGCCATCACGATTTTTAGCCCTGCCTCTCATGAGCATTGTGCAAATTGCTAGAGAATGTGGATGGAGAAATTCAGATCCCCT
CCCTGTAGGAGTTGAACCATGTGCTGTATGTATTGAACGGAGATGTACAGTTGCTGCTGAAGGTTGTGGTCATGAGCTATGTACTCGATGTGCTTTGTACCTTTGTTCAACAAATAATATTGCTACTGCAGTATCGGGTCCTTTTGGTTCTATACCATGTCCTATGTGCCGACATGGTATAGTTTCCTTCATAAAACTTG
CTAGTACGCCTGCAATAAAGGAATTGGGAAGATCAAACCTGCCATTATGTCTCTGCACAGCTTGCTCGACAGAGGTTGCTGAGCCCACTTCATTGCCAACTGCCCTTTACAAAGAAGATTACAATGGCAGCAGGGTGTCTCCTGTGTCAACTGGTTCAATTCGTGCTTTAACCTGTCAACCATTTGCATTGAACTTTCAT
TCGAGTTTTTGTGCTGGAGATCCTGAAAGTGGCCCTTCAGCAGCACCTTGTGATTCTGAAATGCCTGAAAACCCAAGAGAGTCTTGGTCAATCATAAACACAACACCCACAGGTGCTTCATCTATGCACACTACTCCTCTGCAGATTAGCCAGTCTGCTCCAAAGCCTCACTCGGTGCATGCACAAGACTCTGGATCTCA
AGTTGAAAACAGGTGGTGGCGTCCAAATTTGTTTTCATGGAGCCAGTATACTGTAGCCTCTCAGAGCTGAAGCCTGAAACTTTTGTGATAAGCTAGACTTATTCTTTATTACAATGTCCATATTTCCTTTTGCGAGATAAAATATTTCTTCTATTGTTTAATTTGCATTACAGGTCACTAGAATCTTTCCAAGGTGCGGT
GGTTTAGAGTTGTACCTTCAGCTGCAGTGACTGCTTTTGGTTCTATAAGGATGTAGTGGGATTGTAACATATATTGGCTTCTAACATCATTTGAAAGGTGAAATAAATGCCGATGTTATTGACATAAATATGTAATATTGATTAGTGGCTTTAGCAGTAATGGGTTGTTTTTAGCAGATTGTACTCACTATATCATTGTC
TTCTTTATATGCATGCAAATTTCTTATTACTTGGATAATGAATTGACAACCAGAAACATCTGACATTTGAAATTGGTCTCATCCATTTCCATGTTAAATTTATCTGCCATGATGCTTATTATTGACAATCTGGACAGGAAATTCTCC
>TRINITY_DN118979_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGCATGCAATAAAAACAAAAAAACCGTCTCGTAAATCGTCTTTATTTCGACGGAGAATTCAAGAATAAATGCGTCGTAGGATCGAATCCCGACCGCTGCCAAATATTTGCTGATGCGGAGGCCCAGAGCAGATTGGAGTTTCGGGAGCCATCCAGTTCGGTAACTCATTTGAAGCCTTGTCAAACAAAATGAGAATATTG
AATTTCATGGGCAATTCCTTTGGATGTTCTGCTTCTGGAGAACGTCTGGTTTCTGCTGCTAGAGATGGAGATTTGCAAGAGGCTAAGGCTTTATTGGAATGCAACCCTCGTCTTGCAAAGTATTCAACTTTTGGTGTTCGAAATTCTCCTCTGCATTATTCAGCAGCTCAAGGACACAATGAGATTGTCTCTCTCTTGCT
TGAATCTGGGGTTGATGTGAATATCCGGAACTATTGTGGTCAGACAGCTTTGATGCAAGCTTGTAGATATGGTCACTGGGAGGTGGTTCAGACACTTGTGTTGCATAAGGCAAATGTCAACAGAGCAGACTATCTTAATGGTCGAACTGCTCTTCATTTTGCAGCCGTAAATGGCCATTCCCGATGTGTGAGACTTCTTT
TTGCTGATGCTGTACCCAGTGTACCCGATTTCTGGAACAGCTTAAGGGCAGACCAAGGACAAGAAGAATCATTAGTTAACTTTGATCTGAGTGCATGCTCTAGGATTGCGAACAAACCAGCAGATGGAGGTATTACTGCCCTTCACATGGCAGCACTGAATGGGCATCCAGAGTCTGTACAGTTACTCCTTGATTTAGGG
GCCAATATATCAACCGTGACAGTTCAAGATGGATCAACTATTGACCTTATAGGTGCAGGTAGTACACCTCTCCACTATGCTACTTGTGGTGGCAACATTCAGTGTTGCCAGgtgaattttcttattttcagaccctgatcaaacttgcagtattttcaacattttcttgttgaaaaattagaaggattgaacctgtgatt
aaattttcaaaatatatatctgacatgcagATTTTGATTGCTCGTGGAGC
Intron 2 GTAAGATAAT ... GGCTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.6 | 523 | 46 | 180 |
| A2 | 26.01 | 421 | 48 | 148 |
| A3 | 25.24 | 462 | 41 | 156 |
| A4 | 25.48 | 465 | 29 | 159 |
| A5 | 24.72 | 268 | 22 | 88 |
| A6 | 26.33 | 750 | 75 | 268 |
| A7 | 24.42 | 1346 | 94 | 435 |
| A8 | 28.5 | 690 | 43 | 275 |
| A9 | 25.81 | 1196 | 108 | 416 |
| A10 | 24.87 | 1163 | 99 | 385 |
>TRINITY_DN110743_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformGTTGATTGAGTTTTAAGAATTAAATCGGCGAGAATGACGGAAATTTGTTAGATCAACGAGTGCCAAATGGTCCGGCATCGTTTGAAGTACAAGTTACGAAATTAATTGTATATGAAAACAGAAATCCAGTTTTATGCAGAAAATCCGTGGAAAAACGAGTCTAAATTCGTATAAAATGCAATGCGAAGATTGACTGTATA
TGTCTGAAGGTAGAGTTTAAGAAAAGGAAATTAAAGTTGGAAATTGCTGTACTGGCCATGTCCCGCGGAAAGTATTATTGTTGAAACCCTAAAATAGTGAACATTATTGAACGGAAGAGCTACGATGAACAAATGACAGGGTGTTTGAAAGGAATTTAGTGCGCAATCGTTGAAGATTGGAGGCCGGCTGAAAATTTTAA
ATTTACTGGTTGAATTTTGAACATCTTTTGAGTCAAATTTAGGACATAATTTTATTGGCTGGATCAGAGGATTCGGGCGAATTTTGATCATCCATCAAAATTTGAGTAGAAGCTAGGAAAGAATAATAATGAAATGACAAATAATAGTACAAACAAGCAAGTTTCCGAGATATTAGCAACCGAAGCAAAATCTTTATATT
TGATAAGCCATGCCAATTTTGAGTAAATCAAATCTCCAATGAAATCTTAGCAAAGGCCAGCAAAATTTAACAAAAGATAATGTTGACCAAAGAATCAAACAACGGAATCTAAGAGCAAGGAAATGATGAAAATTTAAGCGGAGAAACAAAATATTAATGCATGGGAAAGACTTCCGTTGATTCGCAGGATTTTGTGGAAC
CTGAGGACCTTCATTAGCCAAGGAGGCATGCGCATCTCACTGCGTGTAGCTTTAGATTGGAGTTTCGGGAGCCATCCAGTTCGGTAACTCATTTGAAGCCTTGTCAAACAAAATGAGAATATTGAATTTCATGGGCAATTCCTTTGGATGTTCTGCTTCTGGAGAACGTCTGGTTTCTGCTGCTAGAGATGGAGATTTGC
AAGAGGCTAAGGCTTTATTGGAATGCAACCCTCGTCTTGCAAAGTATTCAACTTTTGGTGTTCGAAATTCTCCTCTGCATTATTCAGCAGCTCAAGGACACAATGAGATTGTCTCTCTCTTGCTTGAATCTGGGGTTGATGTGAATATCCGGAACTATTGTGGTCAGACAGCTTTGATGCAAGCTTGTAGATATGGTCAC
TGGGAGGTGGTTCAGACACTTGTGTTGCATAAGGCAAATGTCAACAGAGCAGACTATCTTAATGGTCGAACTGCTCTTCATTTTGCAGCCGTAAATGGCCATTCCCGATGTGTGAGACTTCTTTTTGCTGATGCTGTACCCAGTGTACCCGATTTCTGGAACAGCTTAAGGGCAGACCAAGGACAAGAAGAATCATTAGT
TAACTTTGATCTGAGTGCATGCTCTAGGATTGCGAACAAACCAGCAGATGGAGGTATTACTGCCCTTCACATGGCAGCACTGAATGGGCATCCAGAGTCTGTACAGTTACTCCTTGATTTAGGGGCCAATATATCAACCGTGACAGTTCAAGATGGATCAACTATTGACCTTATAGGTGCAGGTAGTACACCTCTCCACT
ATGCTACTTGTGGTGGCAACATTCAGTGTTGCCAGATTTTGATTGCTCGTGGAGCAAGTTGCAGTGCTGAAAATGCCAACGGGTGGACACCATTGCAAGTGGCTCGTCTTTGGCGCAGACATTGGCTTGAAGGGCTGCTAGCCCGTGGCTCCCAATCTGGTGTACCATATTTTCCGCCATCACGATTTTTAGCCCTGCCT
CTCATGAGCATTGTGCAAATTGCTAGAGAATGTGGATGGAGAAATTCAGATCCCCTCCCTGTAGGAGTTGAACCATGTGCTGTATGTATTGAACGGAGATGTACAGTTGCTGCTGAAGGTTGTGGTCATGAGCTATGTACTCGATGTGCTTTGTACCTTTGTTCAACAAATAATATTGCTACTGCAGTATCGGGTCCTTT
TGGTTCTATACCATGTCCTATGTGCCGACATGGTATAGTTTCCTTCATAAAACTTGCTAGTACGCCTGCAATAAAGGAATTGGGAAGATCAAACCTGCCATTATGTCTCTGCACAGCTTGCTCGACAGAGGTTGCTGAGCCCACTTCATTGCCAACTGCCCTTTACAAAGAAGATTACAATGGCAGCAGGGTGTCTCCTG
TGTCAACTGGTTCAATTCGTGCTTTAACCTGTCAACCATTTGCATTGAACTTTCATTCGAGTTTTTGTGCTGGAGATCCTGAAAGTGGCCCTTCAGCAGCACCTTGTGATTCTGAAATGCCTGAAAACCCAAGAGAGTCTTGGTCAATCATAAACACAACACCCACAGGTGCTTCATCTATGCACACTACTCCTCTGCAG
ATTAGCCAGTCTGCTCCAAAGCCTCACTCGGTGCATGCACAAGACTCTGGATCTCAAGTTGAAAACAGGTGGTGGCGTCCAAATTTGTTTTCATGGAGCCAGTATACTGTAGCCTCTCAGAGCTGAAGCCTGAAACTATTGTGATAAGCTAGACTTATTCTTTATTACAATGTCCATATTTCCTTTTGCGAGATAAAATA
TTTTTTCTATTGTTTAATTTGCATTACAGGTCACTAGAATCTTTCCAAGGTGCGGTGGTTTAGAGTTGTACCTTCAGCTGCAGTGACTGCTTTTGGTTCTATAAGGATGTAGTGGGATTGTAACATATATTGGCTTCTAACATCATTTGAAAGGTGAAATAAATGCCGATGTTATTGACATAAATATGTAATATTGATTA
GTGGCTTTAGCAGTAATGGGTTGTTTTTAGCAGATTGTACTCACTATATCATTGTCTTCTTTATATGCATGCAAATTTCTTATTACTTGGATAATGAATTGACAACCAGAAACATCTGACATTTGAAATTGGTCTCATCCATTTCCATGTTAAATTTATCTGCCATGATGCTTATTATTGACAATCTGGACAGGAAATTC
TCCACAAAATTCTTGATAATATGAGTGTGTCAGTGC
>TRINITY_DN110743_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATTGGAGTTTCGGGAGCCATCCAGTTCGGTAACTCATTTGAAGCCTTGTCAAACAAAATGAGAATATTGAATTTCATGGGCAATTCCTTTGGATGTTCTGCTTCTGGAGAACGTCTGGTTTCTGCTGCTAGAGATGGAGATTTGCAAGAGGCTAAGGCTTTATTGGAATGCAACCCTCGTCTTGCAAAGTATTCAACTTT
TGGTGTTCGAAATTCTCCTCTGCATTATTCAGCAGCTCAAGGACACAATGAGATTGTCTCTCTCTTGCTTGAATCTGGGGTTGATGTGAATATCCGGAACTATTGTGGTCAGACAGCTTTGATGCAAGCTTGTAGATATGGTCACTGGGAGGTGGTTCAGACACTTGTGTTGCATAAGGCAAATgtaagataatcccaat
gtctcttactgccagatttgtcttaaccaatctctaaggaagtttaatttaacagttcaagctccacctggctttgcagGTCAACAGAGCAGACTATCTTAATGGTCGAACTGCTCTTCATTTTGCAGCCGTAAATGGCCATTCCCGATGTGTGAGACTTCTTTTTGCTGATGCTGTACCCAGTGTACCCGATTTCTGGA
ACAGCTTAAGGGCAGACCAAGGACAAGAAGAATCATTAGTTAACTTTGATCTGAGTGCATGCTCTAGGATTGCGAACAAACCAGCAGATGGAGGTATTACTGCCCTTCACATGGCAGCACTGAATGGGCATCCAGAGTCTGTACAGTTACTCCTTGATTTAGGGGCCAATATATCAACCGTGACAGTTCAAGATGGATCA
ACTATTGACCTTATAGGTGCAGGTAGTACACCTCTCCACTATGCTACTTGTGGTGGCAACATTCAGTGTTGCCAGATTTTGATTGCTCGTGGAGCAAGTTGCAGTGCTGAAAATGCCAACGGGT
Intron 3 GTATTTTGCT ... GTAGCTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.3 | 373 | 33 | 212.5 |
| A2 | 38.1 | 299 | 14.5 | 184 |
| A3 | 32.59 | 360 | 19.5 | 174 |
| A4 | 34.28 | 369 | 19 | 192.5 |
| A5 | 35.95 | 158.5 | 9.5 | 89 |
| A6 | 31.84 | 371.5 | 33.5 | 173.5 |
| A7 | 30.63 | 591 | 55.5 | 261 |
| A8 | 28.25 | 195.5 | 21.5 | 77 |
| A9 | 29.3 | 529.5 | 40.5 | 219.5 |
| A10 | 32.3 | 649.5 | 37.5 | 310 |
>TRINITY_DN118979_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformCGCATGCAATAAAAACAAAAAAACCGTCTCGTAAATCGTCTTTATTTCGACGGAGAATTCAAGAATAAATGCGTCGTAGGATCGAATCCCGACCGCTGCCAAATATTTGCTGATGCGGAGGCCCAGAGCAGATTGGAGTTTCGGGAGCCATCCAGTTCGGTAACTCATTTGAAGCCTTGTCAAACAAAATGAGAATATTG
AATTTCATGGGCAATTCCTTTGGATGTTCTGCTTCTGGAGAACGTCTGGTTTCTGCTGCTAGAGATGGAGATTTGCAAGAGGCTAAGGCTTTATTGGAATGCAACCCTCGTCTTGCAAAGTATTCAACTTTTGGTGTTCGAAATTCTCCTCTGCATTATTCAGCAGCTCAAGGACACAATGAGATTGTCTCTCTCTTGCT
TGAATCTGGGGTTGATGTGAATATCCGGAACTATTGTGGTCAGACAGCTTTGATGCAAGCTTGTAGATATGGTCACTGGGAGGTGGTTCAGACACTTGTGTTGCATAAGGCAAATGTCAACAGAGCAGACTATCTTAATGGTCGAACTGCTCTTCATTTTGCAGCCGTAAATGGCCATTCCCGATGTGTGAGACTTCTTT
TTGCTGATGCTGTACCCAGTGTACCCGATTTCTGGAACAGCTTAAGGGCAGACCAAGGACAAGAAGAATCATTAGTTAACTTTGATCTGAGTGCATGCTCTAGGATTGCGAACAAACCAGCAGATGGAGGTATTACTGCCCTTCACATGGCAGCACTGAATGGGCATCCAGAGTCTGTACAGTTACTCCTTGATTTAGGG
GCCAATATATCAACCGTGACAGTTCAAGATGGATCAACTATTGACCTTATAGGTGCAGGTAGTACACCTCTCCACTATGCTACTTGTGGTGGCAACATTCAGTGTTGCCAGGTGAATTTTCTTATTTTCAGACCCTGATCAAACTTGCAGTATTTTCAACATTTTCTTGTTGAAAAATTAGAAGGATTGAACCTGTGATT
AAATTTTCAAAATATATATCTGACATGCAGATTTTGATTGCTCGTGGAGC
>TRINITY_DN118979_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGCATGCAATAAAAACAAAAAAACCGTCTCGTAAATCGTCTTTATTTCGACGGAGAATTCAAGAATAAATGCGTCGTAGGATCGAATCCCGACCGCTGCCAAATATTTGCTGATGCGGAGGCCCAGAGCAGgtattttgctgatacagatctcgctgaaattttgtgcgatgaagcctttattactgtctttaacgttat
tgttgattgagttttaagaattaaatcggcgagaatgacggaaatttgttagatcaacgagtgccaaatggtccggcatcgtttgaagtacaagttacgaaattaattgtatatgaaaacagaaatccagttttatgcagaaaatccgtggaaagacgagtctaaattcgtataaaatgcaatgcgaagattgactgtat
atgtctgaaggtagagttcaagaaaaggaaattaaagttgaaaattgctgtactggccatgtcccgcggaaagtattattgttgaaaccctaaaatagtgaacattattgaacggaagagctacgatgaacaaatgacagggtgtttgaaaggaatttagtgcgcaatcgttgaagattggaggccggctgaaaatttta
aatttactggttgaattttgaacatcttttgagtcaaatttaggacataattttattggctggatcagaggattcgggcgaattttgatcatccatcaaaatttgagtagaagctaggaaagaataataatgaaatgacaaataatagtacaaacaagcaagtttccgagatattagcaaccgaagcaaaatctttatat
ttgataagccatgtcaattttgagtaaatcaaatctccaatgaaatcttagcaaaggccggcaaaatttaacaaaagataatgttgaccaaagaatcaaacaacggaatctaagagcaaggaaatgatgaaaatttaagcggagaaacaaaatattaatgcatgggaaagacttccgttgattcgcaggattttgtggaa
cctgaggaccttcattagccaaggaggcatgcgcatctcactgcgtgtagctttagATTGGAGTTTCGGGAGCCATCCAGTTCGGTAACTCATTTGAAGCCTTGTCAAACAAAATGAGAATATTGAATTTCATGGGCAATTCCTTTGGATGTTCTGCTTCTGGAGAACGTCTGGTTTCTGCTGCTAGAGATGGAGATTTG
CAAGAGGCTAAGGCTTTATTGGAATGCAACCCTCGTCTTGCAAAGTATTCAACTTTTGGTGTTCGAAATTCTCCTCTGCATTATTCAGCAGCTCAAGGACACAATGAGATTGTCTCTCTCTTGCTTGAATCTGGGGTTGATGTGAATATCCGGAACTATTGTGGTCAGACAGCTTTGATGCAAGCTTGTAGATATGGTCA
CTGGGAGGTGGTTCAGACACTTGTGTTGCATAAGGCAAATGTCAACAGAGCAGACTATCTTAATGGTCGAACTGCTCTTCATTTTGCAGCCGTAAATGGCCATTCCCGATGTGTGAGACTTCTTTTTGCTGATGCTGTACCCAGTGTACCCGATTTCTGGAACAGCTTAAGGGCAGACCAAGGACAAGAAGAATCATTAG
TTAACTTTGATCTGAGTGCATGCTCTAGGATTGCGAACAAACCAGCAGATGGAGGTATTACTGCCCTTCACATGGCAGCACTGAATGGGCATCCAGAGTCTGTACAGTTACTCCTTGATTTAGGGGCCAATATATCAACCGTGACAGTTCAAGATGGATCAACTATTGACCTTATAGGTGCAGGTAGTACACCTCTCCAC
TATGCTACTTGTGGTGGCAACATTCAGTGTTGCCAGATTTTGATTGCTCGTGGAGCAAGTTGCAGTGCTGAAAATGCCAACGGGTGGACACCATTGCAAGTGGCTCGTCTTTGGCGCAGACATTGGCTTGAAGGGCTGCTAGCCCGTGGCTCCCAATCTGGTGTACCATATTTTCCGCCATCACGATTTTTAGCCCTGCC
TCTCATGAGCATTGTGCAAATTGCTAGAGAATGTGGATGGAGAAATTCAGATCCCCTCCCTGTAGGAGTTGAACCATGTGCTGTATGTATTGAACGGAGATGTACAGTTGCTGCTGAAGGTTGTGGTCATGAGCTATGTACTCGATGTGCTTTGTACCTTTGTTCAACAAATAATATTGCTACTGCAGTATCGGGTCCTT
TTGGTTCTATACCATGTCCTATGTGCCGACATGGTATAGTTTCCTTCATAAAACTTGCTAGTACGCCTGCAATAAAGGAATTGGGAAGATCAAACCTGCCATTATGTCTCTGCACAGCTTGCTCGACAGAGGTTGCTGAGCCCACTTCATTGCCAACTGCCCTTTACAAAGAAGATTACAATGGCAGCAGGGTGTCTCCT
GTGTCAACTGGTTCAATTCGTGCTTTAACCTGTCAACCATTTGCATTGAACTTTCATTCGAGTTTTTGTGCTGGAGATCCTGAAAGTGGCCCTTCAGCAGCACCTTGTGATTCTGAAATGCCTGAAAACCCAAGAGAGTCTTGGTCAATCATAAACACAACACCCACAGGTGCTTCATCTATGCACACTACTCCTCTGCA
GATTAGCCAGTCTGCTCCAAAGCCTCACTCGGTGCATGCACAAGACTCTGGATCTCAAGTTGAAAACAGGTGGTGGCGTCCAAATTTGTTTTCATGGAGCCAGTATACTGTAGCCTCTCAGAGCTGAAGCCTGAAACTTTTGTGATAAGCTAGACTTATTCTTTATTACAATGTCCATATTTCCTTTTGCGAGATAAAAT
ATTTCTTCTATTGTTTAATTTGCATTACAGGTCACTAGAATCTTTCCAAGGTGCGGTGGTTTAGAGTTGTACCTTCAGCTGCAGTGACTGCTTTTGGTTCTATAAGGATGTAGTGGGATTGTAACATATATTGGCTTCTAACATCATTTGAAAGGTGAAATAAATGCCGATGTTATTGACATAAATATGTAATATTGATT
AGTGGCTTTAGCAGTAATGGGTTGTTTTTAGCAGATTGTACTCACTATATCATTGTCTTCTTTATATGCATGCAAATTTCTTATTACTTGGATAATGAATTGACAACCAGAAACATCTGACATTTGAAATTGGTCTCATCCATTTCCATGTTAAATTTATCTGCCATGATGCTTATTATTGACAATCTGGACAGGAAATT
CTCC
Intron 4 GTATTTTGCT ... TGATTCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.48 | 34 | 32 | 15.5 |
| A2 | 43.59 | 22 | 17 | 11.5 |
| A3 | 47.62 | 22 | 20 | 18 |
| A4 | 40.38 | 31 | 21 | 7.5 |
| A5 | 52.38 | 10 | 11 | 7 |
| A6 | 44.16 | 43 | 34 | 7 |
| A7 | 44.88 | 70 | 57 | 10.5 |
| A8 | 45.1 | 28 | 23 | 3 |
| A9 | 42.06 | 62 | 45 | 9.5 |
| A10 | 40.86 | 55 | 38 | 9.5 |
>TRINITY_DN118979_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformCGCATGCAATAAAAACAAAAAAACCGTCTCGTAAATCGTCTTTATTTCGACGGAGAATTCAAGAATAAATGCGTCGTAGGATCGAATCCCGACCGCTGCCAAATATTTGCTGATGCGGAGGCCCAGAGCAGGATTTTGTGGAACCTGAGGACCTTCATTAGCCAAGGAGGCATGCGCATCTCACTGCGTGTAGCTTTAGA
TTGGAGTTTCGGGAGCCATCCAGTTCGGTAACTCATTTGAAGCCTTGTCAAACAAAATGAGAATATTGAATTTCATGGGCAATTCCTTTGGATGTTCTGCTTCTGGAGAACGTCTGGTTTCTGCTGCTAGAGATGGAGATTTGCAAGAGGCTAAGGCTTTATTGGAATGCAACCCTCGTCTTGCAAAGTATTCAACTTTT
GGTGTTCGAAATTCTCCTCTGCATTATTCAGCAGCTCAAGGACACAATGAGATTGTCTCTCTCTTGCTTGAATCTGGGGTTGATGTGAATATCCGGAACTATTGTGGTCAGACAGCTTTGATGCAAGCTTGTAGATATGGTCACTGGGAGGTGGTTCAGACACTTGTGTTGCATAAGGCAAATGTCAACAGAGCAGACTA
TCTTAATGGTCGAACTGCTCTTCATTTTGCAGCCGTAAATGGCCATTCCCGATGTGTGAGACTTCTTTTTGCTGATGCTGTACCCAGTGTACCCGATTTCTGGAACAGCTTAAGGGCAGACCAAGGACAAGAAGAATCATTAGTTAACTTTGATCTGAGTGCATGCTCTAGGATTGCGAACAAACCAGCAGATGGAGGTA
TTACTGCCCTTCACATGGCAGCACTGAATGGGCATCCAGAGTCTGTACAGTTACTCCTTGATTTAGGGGCCAATATATCAACCGTGACAGTTCAAGATGGATCAACTATTGACCTTATAGGTGCAGGTAGTACACCTCTCCACTATGCTACTTGTGGTGGCAACATTCAGTGTTGCCAGATTTTGATTGCTCGTGGAGCA
AGTTGCAGTGCTGAAAATGCCAACGGGTGGACACCATTGCAAGTGGCTCGTCTTTGGCGCAGACATTGGCTTGAAGGGCTGCTAGCCCGTGGCTCCCAATCTGGTGTACCATATTTTCCGCCATCACGATTTTTAGCCCTGCCTCTCATGAGCATTGTGCAAATTGCTAGAGAATGTGGATGGAGAAATTCAGATCCCCT
CCCTGTAGGAGTTGAACCATGTGCTGTATGTATTGAACGGAGATGTACAGTTGCTGCTGAAGGTTGTGGTCATGAGCTATGTACTCGATGTGCTTTGTACCTTTGTTCAACAAATAATATTGCTACTGCAGTATCGGGTCCTTTTGGTTCTATACCATGTCCTATGTGCCGACATGGTATAGTTTCCTTCATAAAACTTG
CTAGTACGCCTGCAATAAAGGAATTGGGAAGATCAAACCTGCCATTATGTCTCTGCACAGCTTGCTCGACAGAGGTTGCTGAGCCCACTTCATTGCCAACTGCCCTTTACAAAGAAGATTACAATGGCAGCAGGGTGTCTCCTGTGTCAACTGGTTCAATTCGTGCTTTAACCTGTCAACCATTTGCATTGAACTTTCAT
TCGAGTTTTTGTGCTGGAGATCCTGAAAGTGGCCCTTCAGCAGCACCTTGTGATTCTGAAATGCCTGAAAACCCAAGAGAGTCTTGGTCAATCATAAACACAACACCCACAGGTGCTTCATCTATGCACACTACTCCTCTGCAGATTAGCCAGTCTGCTCCAAAGCCTCACTCGGTGCATGCACAAGACTCTGGATCTCA
AGTTGAAAACAGGTGGTGGCGTCCAAATTTGTTTTCATGGAGCCAGTATACTGTAGCCTCTCAGAGCTGAAGCCTGAAACTTTTGTGATAAGCTAGACTTATTCTTTATTACAATGTCCATATTTCCTTTTGCGAGATAAAATATTTCTTCTATTGTTTAATTTGCATTACAGGTCACTAGAATCTTTCCAAGGTGCGGT
GGTTTAGAGTTGTACCTTCAGCTGCAGTGACTGCTTTTGGTTCTATAAGGATGTAGTGGGATTGTAACATATATTGGCTTCTAACATCATTTGAAAGGTGAAATAAATGCCGATGTTATTGACATAAATATGTAATATTGATTAGTGGCTTTAGCAGTAATGGGTTGTTTTTAGCAGATTGTACTCACTATATCATTGTC
TTCTTTATATGCATGCAAATTTCTTATTACTTGGATAATGAATTGACAACCAGAAACATCTGACATTTGAAATTGGTCTCATCCATTTCCATGTTAAATTTATCTGCCATGATGCTTATTATTGACAATCTGGACAGGAAATTCTCC
>TRINITY_DN118979_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGCATGCAATAAAAACAAAAAAACCGTCTCGTAAATCGTCTTTATTTCGACGGAGAATTCAAGAATAAATGCGTCGTAGGATCGAATCCCGACCGCTGCCAAATATTTGCTGATGCGGAGGCCCAGAGCAGgtattttgctgatacagatctcgctgaaattttgtgcgatgaagcctttattactgtctttaacgttat
tgttgattgagttttaagaattaaatcggcgagaatgacggaaatttgttagatcaacgagtgccaaatggtccggcatcgtttgaagtacaagttacgaaattaattgtatatgaaaacagaaatccagttttatgcagaaaatccgtggaaagacgagtctaaattcgtataaaatgcaatgcgaagattgactgtat
atgtctgaaggtagagttcaagaaaaggaaattaaagttgaaaattgctgtactggccatgtcccgcggaaagtattattgttgaaaccctaaaatagtgaacattattgaacggaagagctacgatgaacaaatgacagggtgtttgaaaggaatttagtgcgcaatcgttgaagattggaggccggctgaaaatttta
aatttactggttgaattttgaacatcttttgagtcaaatttaggacataattttattggctggatcagaggattcgggcgaattttgatcatccatcaaaatttgagtagaagctaggaaagaataataatgaaatgacaaataatagtacaaacaagcaagtttccgagatattagcaaccgaagcaaaatctttatat
ttgataagccatgtcaattttgagtaaatcaaatctccaatgaaatcttagcaaaggccggcaaaatttaacaaaagataatgttgaccaaagaatcaaacaacggaatctaagagcaaggaaatgatgaaaatttaagcggagaaacaaaatattaatgcatgggaaagacttccgttgattcgcagGATTTTGTGGAA
CCTGAGGACCTTCATTAGCCAAGGAGGCATGCGCATCTCACTGCGTGTAGCTTTAGATTGGAGTTTCGGGAGCCATCCAGTTCGGTAACTCATTTGAAGCCTTGTCAAACAAAATGAGAATATTGAATTTCATGGGCAATTCCTTTGGATGTTCTGCTTCTGGAGAACGTCTGGTTTCTGCTGCTAGAGATGGAGATTTG
CAAGAGGCTAAGGCTTTATTGGAATGCAACCCTCGTCTTGCAAAGTATTCAACTTTTGGTGTTCGAAATTCTCCTCTGCATTATTCAGCAGCTCAAGGACACAATGAGATTGTCTCTCTCTTGCTTGAATCTGGGGTTGATGTGAATATCCGGAACTATTGTGGTCAGACAGCTTTGATGCAAGCTTGTAGATATGGTCA
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CTCC