sp|P48489|PP1_ORYSJ ----> Serine/threonine-protein phosphatase PP1
Intron 1 GTTGAAGTGA ... AAGCCTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.65 | 372 | 71 | 111 |
| A2 | 18.75 | 234 | 54 | 54 |
| A3 | 17.23 | 293 | 58 | 64 |
| A4 | 16.67 | 275 | 47 | 63 |
| A5 | 17.92 | 126 | 25 | 30 |
| A6 | 16.33 | 1122 | 233 | 205 |
| A7 | 17.82 | 1268 | 273 | 277 |
| A8 | 19.05 | 1279 | 332 | 270 |
| A9 | 18.47 | 1395 | 327 | 305 |
| A10 | 18.83 | 989 | 224 | 235 |
>TRINITY_DN99635_c2_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoformCTGGCTTACAAAATAAAATACCCAGAGAACTTTTTCCTTTTGAGAGGCAATCATGAATGTGCCTCAATCAATCGGATATATGGATTCTATGATGAGTGTAAACGCAGATTCAATATTAGATTATGGAAATCTTTTACTGAATGCTTCAACTGTCTACCGGTGGCTGCTCTCATAGATGAGAAGATACTTTGCATGCATGG
AGGTCTTTCACCTGATCTAAACCACTTAGATCAAATCAGGAACTTAACTCGTCCAACAGATGTTCCAGATACAGGGTTGTTATGTGATCTTCTTTGGTCAGATCCAAGCAAAGATGTTCAAGGATGGGGGATGAATGACCGAGGGGTGTCATACACTTTTGGTCCTGACAAAGTGTCCGAATTTCTCCAAAAGCATGACC
TAGATCTTATCTGTCGTGCACATCAGGTTGTTGAGGATGGATATGAATTTTTTGCTGACAGACAGCTTGTTACAATATTTTCAGCACCTAATTATTGTGGTGAATTTGATAATGCGGGTGCAATGATGAGTGTGGATGAAACGCTAATGTGCTCTTTCCAGATTCTTAAGCCAGCAGAAAAGAAACCGAAATTTGGTTAT
GGCAACTCAAATGCTGCCACAGCTAAACCTGGAACACCTCCCCGTGGAATGAGGGTATCTTTGCTCTGACTTTATGCCGAGTCTTTCCTGGGGGCCAAAGGATAGCTTGTACATGTTGCAGTAGGTCAAAGTTATATTGAAATTATCTTGGCTAAGCAAGAGAGTTGCCAGTGGCATTAGTTACAACTTTGCAACAGATT
ATATTAATTCATGCCCATATGTTGGGTATAAAGCTTTAATCGCTTCTGAAGGTGATGCTTTTTGGAAGTTCCTTCTAGAGGCAAATTTATATTGATCATTTAAATGTGCAAGGAAAAGCATACAAACTATGAAGAGTTCTGGAGATTTTAGCATGTTTGCATACAAGTTCATACAGTGTTGTGCTTTTTTTAATGTACAC
TAGTAACAGAGTGTGTTAATGTTCTCGCTCATAGTACAACCATGTTGGTATTGGTCAATATTGTACTGCTACATCATACATGAGTTCATTGTAAGGTATTGTTTTGAGCAGTGTGGCAGAAAATCATGGATTGATTTCTCTGATTACTTGTTTCTAGTGTCAATGTACTATTCTGGAGAAGGTTTTTGTACAAGGCATTC
ATATAAGCATTTGTGCAAGTTGTGATAGTGACTAGTAAAATTATTGCTTCTGAACTACATCAGACATTGCATGGAAGAAACTGCTATTTTATGCTTATTGGGCATCGAGATTCCTATGGAAAATATCTGTTTTTTGTGGAATGTTGCATTGAGAGTTGGAGAGCTTGGTTTTGGTCACTGTGAGTTCCATTCAAGCTGCC
AAATGTGATCCATCTTCCAAGTTTAACATTTGTCTTTGGTATTCTTGCTCCACTGACTTCTGTAATGGTAGAAAGTCT
>TRINITY_DN99635_c2_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:CTGGCTTACAAAATAAAATACCCAGAGAACTTTTTCCTTTTGAGAGGCAATCATGAATGTGCCTCAATCAATCGGATATATGGATTCTATGATGAGTGTAAACGCAGATTCAATATTAGATTATGGAAATCTTTTACTGAATGCTTCAACTGTCTACCGGTGGCTGCTCTCATAGATGAGAAGATACTTTGCATGCATGG
AGGTCTTTCACCTGATCTAAACCACTTAGATCAAATCAGGAACTTAACTCGTCCAACAGATGTTCCAGATACAGGGTTGTTATGTGATCTTCTTTGGTCAGATCCAAGCAAAGATGTTCAAGGATGGGGGATGAATGACCGAGGGGTGTCATACACTTTTGGTCCTGACAAAGTGTCCGAATTTCTCCAAAAGCATGACC
TAGATCTTATCTGTCGTGCACATCAGGTTGTTGAGGATGGATATGAATTTTTTGCTGACAGACAGCTTGTTACAATATTTTCAGCACCTAATTATTGTGGTGAATTTGATAATGCGGGTGCAATGATGAGTGTGGATGAAACGCTAATGTGCTCTTTCCAGATTCTTAAGCCAGCAGAAAAGAAACCGAAATTTGGTTAT
GGCAACTCAAATGCTGCCACAGCTAAACCTGGAACACCTCCCCGTGGAATGAGGGTATCTTTGCTCTGACTTTATGCCGAGgttgaagtgaatttgcatgttaattgtttattttctatgttgaaaaatgttatgatataagatgaaagccaaaatgatcaaagtccagagctgtttttcattgtttgcatcatctccta
aggctaaaagtgtgcatgttttccataattcatgaaaatgcatgcaaggtttaccctttctcagtatatgaatggccttttatctgtcttaagacccaagttggtgtggagctggagggcagctaacaatatgagttagtttcctggtgtcagaccaattgttgccttgcggataatttactacattaatgagtctgctc
ttgatttttatcgaaacagattttggctggtttgtttccaaacaatttcgcactcttatagatcatggtgaattctatgcatatgttcaaaaactgtaatttctagtattctatactgtgcagttttttgttcctgtgttataagtaggccgtctattatgtggaagataagtcatcaggaaggaaagagtttcaattca
acaattgagtgtatgagtacttaaaaatgattacttacatgcataaattggcttaggaaaatgtgcaagaaaggagtgccattgaacaaatacatggttttgaatgttggaggcaattctttctctttggtgtcatgcataagggatgcacatttgaagcctgaagTCTTTCCTGGGGGCCAAAGGATAGCTTGTACATG
TTGCAGTAGGTCAAAGTTATATTGAAATTATCTTGGCTAAGCAAGAGAGTTGCCAGTGGCATTAGTTACAACTTTGCAACAGATTATATTAATTCATGCCCATATGTTGGGTATAAAGCTTTAATCGCTTCTGAAGGTGATGCTTTTTGGAAGTTCCTTCTAGAGGCAAATTTATATTGATCATTTAAATGTGCAAGGAA
AAGCATACAAACTATGAAGAGTTCTGGAGATTTTAGCATGTTTGCATACAAGTTCATACAGTGTTGTGCTTTTTTTAATGTACACTAGTAACAGAGTGTGTTAATGTTCTCGCTCATAGTACAACCATGTTGGTATTGGTCAATATTGTACTGCTACATCATACATGAGTTCATTGTAAGGTATTGTTTTGAGCAGTGTG
GCAGAAAATCATGGATTGATTTCTCTGATTACTTGTTTCTAGTGTCAATGTACTATTCTGGAGAAGGTTTTTGTACAAGGCATTCATATAAGCATTTGTGCAAGTTGTGATAGTGACTAGTAAAATTATTGCTTCTGAACTACATCAGACATTGCATGGAAGAAACTGCTATTTTATGCTTATTGGGCATCGAGATTCCT
ATGGAAAATATCTGTTTTTTGTGGAATGTTGCATTGAGAGTTGGAGAGCTTGGTTTTGGTCACTGTGAGTTCCATTCAAGCTGCCAAATGTGATCCATCTTCCAAGTTTAACATTTGTCTTTGGTATTCTTGCTCCACTGACTTCTGTAATGGTAGAAAGTCT
Intron 2 GTATCTTTGC ... AAGCCTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.11 | 526 | 91 | 111 |
| A2 | 12.18 | 375 | 50 | 54 |
| A3 | 13.08 | 432 | 66 | 64 |
| A4 | 12.2 | 432 | 57 | 63 |
| A5 | 15.13 | 202 | 42 | 30 |
| A6 | 12.8 | 1648 | 282 | 202 |
| A7 | 13.38 | 1861 | 299 | 276 |
| A8 | 15.31 | 1798 | 382 | 268 |
| A9 | 14.54 | 1913 | 346 | 305 |
| A10 | 15.1 | 1437 | 276 | 235 |
>TRINITY_DN45256_c1_g1_i8 from sample A10 / Example spliced isoformGTAAAAACTAATTTAAAACGCGGAGGGGGCAATCTGGGAGAATATGTGGCCGTTGAAGGGACGACCGAAAACTAACAACCAAAAAAAAGAAAAGCAACAAAGCAAAGAAAAACCACCACCCTCCTCCCTGTGTATGGGGTTTTCGTATTAATTTCTTCCAACACATCCTTCACCCACCTTCATCTCTTTTCTACAATATT
TCTCTCGCTCCGTTCACAATCTGCTCTCGGCCTCTTCTCTGCAAATCCTAACCTCGCATAAATCTCCAGTGTTTAAATTCCTGTAGGGCCACTGATATCTCCACCCTACGGAGGGTTAGTTGACCTAACCCAACCCCGCTTACGCCTCGGCTTGGCTCGATCGGCGGTCTCAGAGGAGGAGGCGGGGGAAGGGTGGTCAC
AGCTGTACCAGTACGAATGCAAAGCTGACTGCCTGAGAGATACCCATCTCCATCAGTCTGTGGTCTGGGGCAAGGTGTGGATCCATCTAGGTAGGTTTGGAACAGGGAAGGGCAGGGGTGATTTCATGGACCCTGCCGTCTTAGACGATATAATAAACCGGTTGCTGGAGGTCAGAGGTTCGAGGCCTGGCAAGCAGGTC
CAGCTCTCCGAGGCAGAGATCCGGCAGCTTTGTATCACATCTAAAGATATTTTTATCAGCCAGCCCAACTTGTTGGAGCTCGAGGCGCCAATTAAGATTTGCGGTGATATTCATGGCCAGTATTCTGATCTTTTAAGACTTTTTGAGTATGGTGGCTTACCGCCACAAGCCAATTACTTATTCTTAGGAGATTATGTGGA
TCGAGGCAAGCAAAGTCTAGAGACAATATGCCTTCTCCTGGCTTACAAAATAAAATACCCAGAGAACTTTTTCCTTTTGAGAGGCAATCATGAATGTGCCTCAATCAATCGGATATATGGATTCTATGATGAGTGTAAACGCAGATTCAATATTAGATTATGGAAATCTTTTACTGAATGCTTCAACTGTCTACCGGTGG
CTGCTCTCATAGATGAGAAGATACTTTGCATGCATGGAGGTCTTTCACCTGATCTAAACCACTTAGATCAAATCAGGAACTTAACTCGTCCAACAGATGTTCCAGATACAGGGTTGTTATGTGATCTTCTTTGGTCAGATCCAAGCAAAGATGTTCAAGGATGGGGGATGAATGACCGAGGGGTGTCATACACTTTTGGT
CCTGACAAAGTGTCCGAATTTCTCCAAAAGCATGACCTAGATCTTATCTGTCGTGCACATCAGGTTGTTGAGGATGGATATGAATTTTTTGCTGACAGACAGCTTGTTACAATATTTTCAGCACCTAATTATTGTGGTGAATTTGATAATGCGGGTGCAATGATGAGTGTGGATGAAACGCTAATGTGCTCTTTCCAGAT
TCTTAAGCCAGCAGAAAAGAAACCGAAATTTGGTTATGGCAACTCAAATGCTGCCACAGCTAAACCTGGAACACCTCCCCGTGGAATGAGGTCTTTCCTGGGGGCCAAAGGATAGCTTGTACATGTTGCAGTAGGTCAAAGTTATATTGAAATTATCTTGGCTAAGCAAGAGAGTTGCCAGTGGCATTAGTTACAACTTT
GCAACAGATTATATTAATTCATGCCCATATGTTGGGTATAAAGCTTTAATCGCTTCTGAAGGTGATGCTTTTTGGAAGTTCCTTCTAGAGGCAAATTTATATTGATCATTTAAATGTGCAAGGAAAAGCATACAAACTATGAAGAGTTCTGGAGATTTTAGCATGTTTGCATACAAGTTCATACAGTGTTGTGCTTTTTT
TAATGTACACTAGTAACAGAGTGTGTTAATGTTCTCGCTCATAGTACAACCATGTTGGTATTGGTCAATATTGTACTGCTACATCATACATGAGTTCATTGTAAGGTATTGTTTTGAGCAGTGTGGCAGAAAATCATGGATTGATTTCTCTGATTACTTGTTTCTAGTGTCAATGTACTATTCTGGAGAAGGTTTTTGTA
CAAGGCATTCATATAAGCATTTGTGCAAGTTGTGATAGTGACTAGTAAAATTATTGCTTCTGAACTACATCAGACATTGCATGGAAGAAACTGCTATTTTATGCTTATTGGGCATCGAGATTCCTATGGAAAATATCTGTTTTTTGTGGAATGTTGCATTGAGAGTTGGAGAGCTTGGTTTTGGTCACTGTGAGTTCCAT
TCAAGCTGCCAAATGTGATCCATCTTCCAAGTTTAACATTTGTCTTTGGTATTCTTGCTCCACTGACTTCTGTAATGGTAGAAAGTCTTACATGGTTTGAAATTTGTTC
>TRINITY_DN45256_c1_g1_i10 from sample A10 / Example unspliced isoform:GCTAATGTGCTCTTTCCAGATTCTTAAGCCAGCAGAAAAGAAACCGAAATTTGGTTATGGCAACTCAAATGCTGCCACAGCTAAACCTGGAACACCTCCCCGTGGAATGAGGgtatctttgctctgactttatgccgaggttgaagtgaatttgcatgttaattgtttattttctatgttgaaaaatgttatgatataag
atgaaagccaaaatgatcaaagtccagagctgtttttcattgtttgcatcatctcctaaggctaaaagtgtgcatgttttccataattcatgaaaatgcatgcaaggtttaccctttctcagtatatgaatggccttttatctgtcttaagacccaagttggtgtggagctggagggcagctaacaatatgagttagttt
cctggtgtcagaccaattgttgccttgcggataatttactacattaatgagtctgctcttgatttttatcgaaacagattttggctggaaaatgtgcaagaaaggagtgccattgaacaaatacatggttttgaatgttggaggcaattctttctctttggtgtcatgcataagggatgcacatttgaagcctgaagTCT
TTCCTGGGGGCCAAAGGATAGCTTGTACATGTTGCAGTAGGTCAAAGTTATATTGAAATTATCTTGGCTAAGCAAGAGAGTTGCCAGTGGCATTAGTTACAACTTTGCAACAGATTATATTAATTCATGCCCATATGTTGGGTATAAAGCTTTAATCGCTTCTGAAGGTGATGCTTTTTGGAAGTTCCTTCTAGAGGCAA
ATTTATATTGATCATTTAAATGTGCAAGGAAAAGCATACAAACTATGAAGAGTTCTGGAGATTTTAGCATGTTTGCATACAAGTTCATACAGTGTTGTGCTTTTTTTAATGTACACTAGTAACAGAGTGTGTTAATGTTCTCGCTCATAGTACAACCATGTTGGTATTGGTCAATATTGTACTGCTACATCATACATGAG
TTCATTGTAAGGTATTGTTTTGAGCAGTGTGGCAGAAAATCATGGATTGATTTCTCTGATTACTTGTTTCTAGTGTCAATGTACTATTCTGGAGAAGGTTTTTGTACAAGGCATTCATATAAGCATTTGTGCAAGTTGTGATAGTGACTAGTAAAATTATTGCTTCTGAACTACATCAGACATTGCATGGAAGAAACTGC
TATTTTATGCTTATTGGGCATCGAGATTCCTATGGAAAATATCTGTTTTTTGTGGAATGTTGCATTGAGAGTTGGAGAGCTTGGTTTTGGTCACTGTGAGTTCCATTCAAGCTGCCAAATGTGATCCATCTTCCAAGTTTAACATTTGTCTTTGGTATTCTTGCTCCACTGACTTCTGTAATGGTAGAAAGTCTTACATG
GTTTGAAATTTGTTC
Intron 3 GTATCTTTGC ... TTATGCCGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.95 | 526 | 420 | 372 |
| A2 | 41.72 | 375 | 303 | 234 |
| A3 | 42.67 | 432 | 350 | 293 |
| A4 | 42.17 | 432 | 355 | 275 |
| A5 | 42.37 | 202 | 171 | 126 |
| A6 | 43.56 | 1648 | 1422 | 1122 |
| A7 | 43.21 | 1861 | 1564 | 1268 |
| A8 | 44.27 | 1798 | 1577 | 1279 |
| A9 | 44.06 | 1913 | 1619 | 1395 |
| A10 | 43.7 | 1437 | 1242 | 989 |
>TRINITY_DN117021_c0_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGGGGGGGCAATCTGGGAGAATATGTGGCCGTTGAAGGGACGACCGAAAACTAACAACCAAAAAAAAGAAAAGCAACAAAGCAAAGAAAAACCACCACCCTCCTCCCTGTGTATGGGGTTTTCGTATTAATTTCTTCCAACACATCCTTCACCCACCTTCATCTCTTTTCTACAATATTTCTCTCGCTCCGTTCACAATCT
GCTCTCGGCCTCTTCTCTGCAAATCCTAACCTCGCATAAATCTCCAGTGTTTAAATTCCTGTAGGGCCACTGATATCTCCACCCTACGGAGGGTTAGTTGACCTAACCCAACCCCGCTTACGCCTCGGCTTGGCTCGATCGGCGGTCTCAGAGGAGGAGGCGGGGGAAGGGTGGTCACAGCTGTACCAGTACGAATGCAA
AGCTGACTGCCTGAGAGATACCCATCTCCATCAGTCTGTGGTCTGGGGCAAGGTGTGGATCCATCTAGGTAGGTTTGGAACAGGGAAGGGCAGGGGTGATTTCATGGACCCTGCCGTCTTAGACGATATAATAAACCGGTTGCTGGAGGTCAGAGGTTCGAGGCCTGGCAAGCAGGTCCAGCTCTCCGAGGCAGAGATCC
GGCAGCTTTGTATCACATCTAAAGATATTTTTATCAGCCAGCCCAACTTGTTGGAGCTCGAGGCGCCAATTAAGATTTGCGGTGATATTCATGGCCAGTATTCTGATCTTTTAAGACTTTTTGAGTATGGTGGCTTACCGCCACAAGCCAATTACTTATTCTTAGGAGATTATGTGGATCGAGGCAAGCAAAGTCTAGAG
ACAATATGCCTTCTCCTGGCTTACAAAATAAAATACCCAGAGAACTTTTTCCTTTTGAGAGGCAATCATGAATGTGCCTCAATCAATCGGATATATGGATTCTATGATGAGTGTAAACGCAGATTCAATATTAGATTATGGAAATCTTTTACTGAATGCTTCAACTGTCTACCGGTGGCTGCTCTCATAGATGAGAAGAT
ACTTTGCATGCATGGAGGTCTTTCACCTGATCTAAACCACTTAGATCAAATCAGGAACTTAACTCGTCCAACAGATGTTCCAGATACAGGGTTGTTATGTGATCTTCTTTGGTCAGATCCAAGCAAAGATGTTCAAGGATGGGGGATGAATGACCGAGGGGTGTCATACACTTTTGGTCCTGACAAAGTGTCCGAATTTC
TCCAAAAGCATGACCTAGATCTTATCTGTCGTGCACATCAGGTTGTTGAGGATGGATATGAATTTTTTGCTGACAGACAGCTTGTTACAATATTTTCAGCACCTAATTATTGTGGTGAATTTGATAATGCGGGTGCAATGATGAGTGTGGATGAAACGCTAATGTGCTCTTTCCAGATTCTTAAGCCAGCAGAAAAGAAA
CCGAAATTTGGTTATGGCAACTCAAATGCTGCCACAGCTAAACCTGGAACACCTCCCCGTGGAATGAGGTCTTTCCTGGGGGCCAAAGGATAGCTTGTACATGTTGCAGTAGGTCAAAGTTATATTGAAATTATCTTGGCTAAGCAAGAGAGTTGCCAGTGGCATTAGTTACAACTTTGCAACAGATTATATTAATTCAT
GCCCATATGTTGGGTATAAAGCTTTAATCGCTTCTGAAGGTGATGCTTTTTGGAAGTTCCTTCTAGAGGCAAATTTATATTGATCATTTAAATGTGCAAGGAAAAGCATACAAACTATGAAGAGTTCTGGAGATTTTAGCATGTTTGCATACAAGTTCATACAGTGTTGTGCTTTTTTTAATGTACACTAGTAACAGAGT
GTGTTAATGTTCTCGCTCATAGTACAACCATGTTGGTATTGGTCAATATTGTACTGCTACATCATACATGAGTTCATTGTAAGGTATTGTTTTGAGCAGTGTGGCAGAAAATCATGGATTGATTTCTCTGATTACTTGTTTCTAGTGTCAATGTACTATTCTGGAGAAGGTTTTTGTACAAGGCATTCATATAAGCATTT
GTGCAAGTTGTGATAGTGACTAGTAAAATTATTGCTTCTGAACTACATCAGACATTGCATGGAAGAAACTGCTATTTTATGCTTATTGGGCATCGAGATTCCTATGGAAAATATCTGTTTTTTGTGGAATGTTGCATTGAGAGTTGGAGAGCTTGGTTTTGGTCACTGTGAGTTCCATTCAAGCTGCCAAATGTGATCCA
TCTTCCAAGTTTAACATTTGTCTTTGGTATTCTTGCTCCACTGACTTCTGTAATGGTAGAAAGTCTTACATGGTTTGAAATTTGTTCATCTTTGAAATTGATTCAAAAA
>TRINITY_DN117021_c0_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGGGGGGCAATCTGGGAGAATATGTGGCCGTTGAAGGGACGACCGAAAACTAACAACCAAAAAAAAGAAAAGCAACAAAGCAAAGAAAAACCACCACCCTCCTCCCTGTGTATGGGGTTTTCGTATTAATTTCTTCCAACACATCCTTCACCCACCTTCATCTCTTTTCTACAATATTTCTCTCGCTCCGTTCACAATCT
GCTCTCGGCCTCTTCTCTGCAAATCCTAACCTCGCATAAATCTCCAGTGTTTAAATTCCTGTAGGGCCACTGATATCTCCACCCTACGGAGGGTTAGTTGACCTAACCCAACCCCGCTTACGCCTCGGCTTGGCTCGATCGGCGGTCTCAGAGGAGGAGGCGGGGGAAGGGTGGTCACAGCTGTACCAGTACGAATGCAA
AGCTGACTGCCTGAGAGATACCCATCTCCATCAGTCTGTGGTCTGGGGCAAGGTGTGGATCCATCTAGGTAGGTTTGGAACAGGGAAGGGCAGGGGTGATTTCATGGACCCTGCCGTCTTAGACGATATAATAAACCGGTTGCTGGAGGTCAGAGGTTCGAGGCCTGGCAAGCAGGTCCAGCTCTCCGAGGCAGAGATCC
GGCAGCTTTGTATCACATCTAAAGATATTTTTATCAGCCAGCCCAACTTGTTGGAGCTCGAGGCGCCAATTAAGATTTGCGGTGATATTCATGGCCAGTATTCTGATCTTTTAAGACTTTTTGAGTATGGTGGCTTACCGCCACAAGCCAATTACTTATTCTTAGGAGATTATGTGGATCGAGGCAAGCAAAGTCTAGAG
ACAATATGCCTTCTCCTGGCTTACAAAATAAAATACCCAGAGAACTTTTTCCTTTTGAGAGGCAATCATGAATGTGCCTCAATCAATCGGATATATGGATTCTATGATGAGTGTAAACGCAGATTCAATATTAGATTATGGAAATCTTTTACTGAATGCTTCAACTGTCTACCGGTGGCTGCTCTCATAGATGAGAAGAT
ACTTTGCATGCATGGAGGTCTTTCACCTGATCTAAACCACTTAGATCAAATCAGGAACTTAACTCGTCCAACAGATGTTCCAGATACAGGGTTGTTATGTGATCTTCTTTGGTCAGATCCAAGCAAAGATGTTCAAGGATGGGGGATGAATGACCGAGGGGTGTCATACACTTTTGGTCCTGACAAAGTGTCCGAATTTC
TCCAAAAGCATGACCTAGATCTTATCTGTCGTGCACATCAGGTTGTTGAGGATGGATATGAATTTTTTGCTGACAGACAGCTTGTTACAATATTTTCAGCACCTAATTATTGTGGTGAATTTGATAATGCGGGTGCAATGATGAGTGTGGATGAAACGCTAATGTGCTCTTTCCAGATTCTTAAGCCAGCAGAAAAGAAA
CCGAAATTTGGTTATGGCAACTCAAATGCTGCCACAGCTAAACCTGGAACACCTCCCCGTGGAATGAGGgtatctttgctctgactttatgccgagTCTTTCCTGGGGGCCAAAGGATAGCTTGTACATGTTGCAGTAGGTCAAAGTTATATTGAAATTATCTTGGCTAAGCAAGAGAGTTGCCAGTGGCATTAGTTACA
ACTTTGCAACAGATTATATTAATTCATGCCCATATGTTGGGTATAAAGCTTTAATCGCTTCTGAAGGTGATGCTTTTTGGAAGTTCCTTCTAGAGGCAAATTTATATTGATCATTTAAATGTGCAAGGAAAAGCATACAAACTATGAAGAGTTCTGGAGATTTTAGCATGTTTGCATACAAGTTCATACAGTGTTGTGCT
TTTTTTAATGTACACTAGTAACAGAGTGTGTTAATGTTCTCGCTCATAGTACAACCATGTTGGTATTGGTCAATATTGTACTGCTACATCATACATGAGTTCATTGTAAGGTATTGTTTTGAGCAGTGTGGCAGAAAATCATGGATTGATTTCTCTGATTACTTGTTTCTAGTGTCAATGTACTATTCTGGAGAAGGTTT
TTGTACAAGGCATTCATATAAGCATTTGTGCAAGTTGTGATAGTGACTAGTAAAATTATTGCTTCTGAACTACATCAGACATTGCATGGAAGAAACTGCTATTTTATGCTTATTGGGCATCGAGATTCCTATGGAAAATATCTGTTTTTTGTGGAATGTTGCATTGAGAGTTGGAGAGCTTGGTTTTGGTCACTGTGAGT
TCCATTCAAGCTGCCAAATGTGATCCATCTTCCAAGTTTAACATTTGTCTTTGGTATTCTTGCTCCACTGACTTCTGTAATGGTAGAAAGTCTTACATGGTTTGAAATTTGTTCATCTTTGAAATTGATTCAAAAA
Intron 4 GTATCTTTGC ... ATTGGCTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.46 | 175 | 201 | 15 |
| A2 | 51.13 | 136.7 | 143 | 8 |
| A3 | 51.21 | 147.7 | 155 | 15 |
| A4 | 53.23 | 135.3 | 154 | 9 |
| A5 | 53.8 | 73 | 85 | 4 |
| A6 | 52.87 | 585.7 | 657 | 7 |
| A7 | 53.46 | 626.7 | 720 | 9 |
| A8 | 55.53 | 620.7 | 775 | 9 |
| A9 | 54.77 | 595.3 | 721 | 10 |
| A10 | 54.83 | 466.3 | 566 | 1 |
>TRINITY_DN108015_c1_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformTAAAAACTAATTTAAAACGCGGAGGGGGCAATCTGGGAGAATATGTGGCCGTTGAAGGGACGACCGAAAACTAACAACCAAAAAAAAGAAAAGCAACAAAGCAAAGAAAAACCACCACCCTCCTCCCTGTGTATGGGGTTTTCGTATTAATTTCTTCCAACACATCCTTCACCCACCTTCATCTCTTTTCTACAATATTT
CTCTCGCTCCGTTCACAATCTGCTCTCGGCCTCTTCTCTGCAAATCCTAACCTCGCATAAATCTCCAGTGTTTAAATTCCTGTAGGGCCACTGATATCTCCACCCTACGGAGGGTTAGTTGACCTAACCCAACCCCGCTTACGCCTCGGCTTGGCTCGATCGGCGGTCTCAGAGGAGGAGGCGGGGGAAGGGTGGTCACA
GCTGTACCAGTACGAATGCAAAGCTGACTGCCTGAGAGATACCCATCTCCATCAGTCTGTGGTCTGGGGCAAGGTGTGGATCCATCTAGGTAGGTTTGGAACAGGGAAGGGCAGGGGTGATTTCATGGACCCTGCCGTCTTAGACGATATAATAAACCGGTTGCTGGAGGTCAGAGGTTCGAGGCCTGGCAAGCAGGTCC
AGCTCTCCGAGGCAGAGATCCGGCAGCTTTGTATCACATCTAAAGATATTTTTATCAGCCAGCCCAACTTGTTGGAGCTCGAGGCGCCAATTAAGATTTGCGGTGATATTCATGGCCAGTATTCTGATCTTTTAAGACTTTTTGAGTATGGTGGCTTACCGCCACAAGCCAATTACTTATTCTTAGGAGATTATGTGGAT
CGAGGCAAGCAAAGTCTAGAGACAATATGCCTTCTCCTGGCTTACAAAATAAAATACCCAGAGAACTTTTTCCTTTTGAGAGGCAATCATGAATGTGCCTCAATCAATCGGATATATGGATTCTATGATGAGTGTAAACGCAGATTCAATATTAGATTATGGAAATCTTTTACTGAATGCTTCAACTGTCTACCGGTGGC
TGCTCTCATAGATGAGAAGATACTTTGCATGCATGGAGGTCTTTCACCTGATCTAAACCACTTAGATCAAATCAGGAACTTAACTCGTCCAACAGATGTTCCAGATACAGGGTTGTTATGTGATCTTCTTTGGTCAGATCCAAGCAAAGATGTTCAAGGATGGGGGATGAATGACCGAGGGGTGTCATACACTTTTGGTC
CTGACAAAGTGTCCGAATTTCTCCAAAAGCATGACCTAGATCTTATCTGTCGTGCACATCAGGTTGTTGAGGATGGATATGAATTTTTTGCTGACAGACAGCTTGTTACAATATTTTCAGCACCTAATTATTGTGGTGAATTTGATAATGCGGGTGCAATGATGAGTGTGGATGAAACGCTAATGTGCTCTTTCCAGATT
CTTAAGCCAGCAGAAAAGAAACCGAAATTTGGTTATGGCAACTCAAATGCTGCCACAGCTAAACCTGGAACACCTCCCCGTGGAATGAGGGAAAATGTGCAAGAAAGGAGTGCCATTGAACAAATACATGGTTTTGAATGTTGGAGGCAATTCTTTCTCTTTGGTGTCATGCATAAGGGATGCACATTTGAAGCCTGAAG
GTCTGTTAGACATTTCTCAGTGATATTTTTTATTAAATCATAAAATATTGATAACTATAGTTGGCACTTGAACAGTAGACGAATTTCTGAATTGGAGATACTTTATCCAAGCAAGCAAATGTTTGGAATTATCTTATTAACAGAAAAAGGCCTAGAAGCTCATTTGCATTGTTTTTATCTGAAATTCTTGTTTTGCATGC
CCTTATCTTATTGTTGAATAGTTACGTTTCCTATATGCAGGGGATTGGATTATGATATTCATTGCCTTGAATAAAGTTGACATGTTAAGAAAACTGAGCTATGCTTGTCTGTGTATGAAAGATTTGATAGCTATGATTGAGAATAAGTAATTACTGCTTAATATAGTTGAATAATTACGTTGAATATGTTTCCTTTTAAG
TTTTTACCAATGCATTTCTTCTTGATGTCCATGAAAGCACCCTAAGGTTGTGGTTTTAAAGCAGCATATGTACTTTACTTTGTGATACTGGATCCACTAAGCTTGGGTGTTGGATCCTCTGATCTGATCCACTTTTTAGAAAGTGACAACGAAGGAAGGTCTTCCTGCATGCATGTGTCCTTGCATGCAGAAGACATAAA
TTGGAATCCAATTGTAT
>TRINITY_DN108015_c1_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:GATATTCATGGCCAGTATTCTGATCTTTTAAGACTTTTTGAGTATGGTGGCTTACCGCCACAAGCCAATTACTTATTCTTAGGAGATTATGTGGATCGAGGCAAGCAAAGTCTAGAGACAATATGCCTTCTCCTGGCTTACAAAATAAAATACCCAGAGAACTTTTTCCTTTTGAGAGGCAATCATGAATGTGCCTCAAT
CAATCGGATATATGGATTCTATGATGAGTGTAAACGCAGATTCAATATTAGATTATGGAAATCTTTTACTGAATGCTTCAACTGTCTACCGGTGGCTGCTCTCATAGATGAGAAGATACTTTGCATGCATGGAGGTCTTTCACCTGATCTAAACCACTTAGATCAAATCAGGAACTTAACTCGTCCAACAGATGTTCCAG
ATACAGGGTTGTTATGTGATCTTCTTTGGTCAGATCCAAGCAAAGATGTTCAAGGATGGGGGATGAATGACCGAGGGGTGTCATACACTTTTGGTCCTGACAAAGTGTCCGAATTTCTCCAAAAGCATGACCTAGATCTTATCTGTCGTGCACATCAGGTTGTTGAGGATGGATATGAATTTTTTGCTGACAGACAGCTT
GTTACAATATTTTCAGCACCTAATTATTGTGGTGAATTTGATAATGCGGGTGCAATGATGAGTGTGGATGAAACGCTAATGTGCTCTTTCCAGATTCTTAAGCCAGCAGAAAAGAAACCGAAATTTGGTTATGGCAACTCAAATGCTGCCACAGCTAAACCTGGAACACCTCCCCGTGGAATGAGGgtatctttgctctg
actttatgccgaggttgaagtgaatttgcatgttaattgtttattttctatgttgaaaaatgttatgatataagatgaaagccaaaatgatcaaagtccagagctgtttttcattgtttgcatcatctcctaaggctaaaagtgtgcatgttttccataattcatgaaaatgcatgcaaggtttaccctttctcagtata
tgaatggccttttatctgtcttaagacccaagttggtgtggagctggagggcagctaacaatatgagttagtttcctggtgtcagaccaattgttgccttgcggataatttactacattaatgagtctgctcttgatttttatcgaaacagattttggctggtttgtttccaaacaatttcgcactcttatagatcatgg
tgaattctatgcatatgttcaaaaactgtaatttctagtattctatactgtgcagttttttgttcctgtgttataagtaggccgtctattatgtggaagataagtcatcaggaaggaaagagtttcaattcaacaattgagtgtatgagtacttaaaaatgattacttacatgcataaattggcttagGAAAATGTGCAA
GAAAGGAGTGCCATTGAACAAATACATGGTTTTGAATGTTGGAGGCAATTCTTTCTCTTTGGTGTCATGCATAAGGGATGCACATTTGAAGCCTGAAGGTCTGTTAGACATTTCTCAGTGATATTTTTTATTAAATCATAAAATATTGATAACTATAGTTGGCACTTGAACAGTAGACGAATTTCTGAATTGGAGATACT
TTATCCAAGCAAGCAAATGTTTGGAATTATCTTATTAACAGAAAAAGGCCTAGAAGCTCATTTGCATTGTTTTTATCTGAAATTCTTGTTTTGCATGCCCTTATCTTATTGTTGAATAGTTACGTTTCCTATATGCAGGGGATTGGATTATGATATTCATTGCCTTGAATAAAGTTGACATGTTAAGAAAACTGAGCTAT
GCTTGTCTGTGTATGAAAGATTTGATAGCTATGATTGAGAATAAGTAATTACTGCTTAATATAGTTGAATAATTACGTTGAATATGTTTCCTTTTAAGTTTTTACCAATGCATTTCTTCTTGATGTCCATGAAAGCACCCTAAGGTTGTGGTTTTAAAGCAGCATATGTACTTTACTTTGTGATACTGGATCCACTAAGC
TTGGGTGTTGGATCCTCTGATCTGATCCACTTTTTAGAAAGTGACAACGAAGGAAGGTCTTCCTGCATGCATGTGTCCTTGCATGCAGAAGACATAAATTGGAATCCAATTGTAT
Intron 5 GTTTTTTGTA ... AACTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.32 | 107.7 | 24 | 12 |
| A2 | 18.39 | 91 | 17 | 24 |
| A3 | 21.41 | 123 | 22 | 45 |
| A4 | 22.52 | 86 | 24 | 26 |
| A5 | 24.57 | 58.3 | 14 | 24 |
| A6 | 17.81 | 590.7 | 122 | 134 |
| A7 | 19.36 | 521 | 126 | 124.2 |
| A8 | 21.33 | 575.3 | 144 | 168 |
| A9 | 20.04 | 473 | 128 | 109 |
| A10 | 22.9 | 363.3 | 103 | 112.8 |
>TRINITY_DN110733_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformGGCGGGAAGAGTCTTTGGTATCGGAAGATCACAAGGGAATAGAAGCTTTTCACCAGCCGGTCATCGGGCCGAGCCGGGTCGAGCTTGTTGGTTTTGGATGGACCGTGATGCTCTGGATGATGTTATTAAGCGGCTCCTGGAAGTCCGAGGTTCGAGACCCGGGAAGCAAATTCAACTCTCCGAGACCGAGATTCGGCAGC
TTTGCCTTGCCTCTAAACAGATCTTTATAAATCAACCCAGCTTGTTGGACATCGAAGCTCCCATCAAGATCTGTGGTGATATTCATGGACAGTATTCGGATCTGCTAAGGCTTTTTGAATATGGCGGTTTACCACCACAAGCAAATTACTTATTTTTAGGGGATTATGTAGATCGTGGCAAACAAAGCATAGAAACAATA
TGCCTTCTTTTTGCATACAAAATTAAATACCCCAAAAATTTCTTCTTATTGAGGGGTAATCATGAATGTGCCTCAATCAATCGTATATATGGCTTCTACGACGAATGCAAACGGAGATTCAATGTTAGGTTATGGAAAGTGTTTACCGACTGCTTCAACTGCCTCCCGGTGGCAGCTCTCATAGATGAAAAGATACTATG
CATGCATGGAGGCTTTTCACCAGATCTAAAAAGCTTGGACCAAATCAGGAATATACCTCGGCCTACAGATGTTCCAGATGCAGGACTCTTGTGTGATCTTCTTTGGTCAGATCCTGATAACGATACTCAAGGATGGGGGATGAATGACAGAGGAGTATCATTCACATTTGGTCCTGACACAGTCTCTGACTTCCTTCAGA
AGCATGATCTGGATCTCATATGTCGAGCTCATGAGGTAGTTGAGGATGGCTATGAGTTTTTCGCTCAGAGGCAACTTGTAACAATCTTTTCTGCGCCAAATTACTGTGGTGAATTCGACAATGCTGGTGCAATGATGAGTGTTGATGAAACACTAATGTGCTCTTTCCAGATTCTCAAGGCAGCAGAAAAAAAACCAAAG
TTTGGTTTTGGCATATCTACTGCAGCTAAGCCTGTGATCTTTCCACAAGGATCTCAGGTAAGTTCACTTTGATTGCAAGGAGGGGTTCTGCATGCTATCCTTTATGTGTACTTCCTATCTCGATCATAGTTATATCGAGTAAATTTGTACTGATGGAAGGTTAGAAGCTTTCCACCATGCTTTTCATTATTTCCTGGAAG
TTGTTGCAGTAACAACTCCTACACTGTGTTAGGGAGCTATGCTCCAAATTGGAAGGAGAGCAACATGTTGTAGTCTACTTATTAATTGTATGACACATACGTTTTCTGTCTTTCATACATGTGAACAAACGTTCTATATATTTGTTCATTGTGCGATATTTTAGTGCTGTTTGATCTCCTTACAATGATGTGTTGCTTTC
AAGAAGATCAATATTGTGCAATGTCACTAGGTTCCCTTGTAAGAATCATTTCACTTGATTCTTATCAAGTCGAAAAAGAATGAAAA
>TRINITY_DN110733_c0_g1_i13 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGCGGGAAGAGTCTTTGGTATCGGAAGATCACAAGGGAATAGAAGCTTTTCACCAGCCGGTCATCGGGCCGAGCCGGGTCGAGCTTGTTGGTTTTGGATGGACCGTGATGCTCTGGATGATGTTATTAAGCGGCTCCTGGAAGTCCGAGGTTCGAGACCCGGGAAGCAAATTCAACTCTCCGAGACCGAGATTCGGCAGC
TTTGCCTTGCCTCTAAACAGATCTTTATAAATCAACCCAGCTTGTTGGACATCGAAGCTCCCATCAAGATCTGTGGTGATATTCATGGACAGTATTCGGATCTGCTAAGGCTTTTTGAATATGGCGGTTTACCACCACAAGCAAATTACTTATTTTTAGGGGATTATGTAGATCGTGGCAAACAAAGCATAGAAACAATA
TGCCTTCTTTTTGCATACAAAATTAAATACCCCAAAAATTTCTTCTTATTGAGGGGTAATCATGAATGTGCCTCAATCAATCGTATATATGGCTTCTACGACGAATGCAAACGGAGATTCAATGTTAGGTTATGGAAAGTGTTTACCGACTGCTTCAACTGCCTCCCGGTGGCAGCTCTCATAGATGAAAAGATACTATG
CATGCATGGAGGCTTTTCACCAGATCTAAAAAGCTTGGACCAAATCAGGAATATACCTCGGCCTACAGATGTTCCAGATGCAGGACTCTTGTGTGATCTTCTTTGGTCAGATCCTGATAACGATACTCAAGGATGGGGGATGAATGACAGAGGAGTATCATTCACATTTGGTCCTGACACAGTCTCTGACTTCCTTCAGA
AGCATGATCTGGATCTCATATGTCGAGCTCATGAGgttttttgtattttggataaattagcattgaaaatctttgaaggaaattactgcagattattatattagggtatttatccaactgatgtggatatcaagacagagaagctgctgacaaattctaactctgcagGTAGTTGAGGATGGCTATGAGTTTTTCGCTCA
GAGGCAACTTGTAACAATCTTTTCTGCGCCAAATTACTGTGGTGAATTCGACAATGCTGGTGCAATGATGAGTGTTGATGAAACACTAATGTGCTCTTTCCAGATTCTCAAGGCAGCAGAAAAAAAACCAAAGTTTGGTTTTGGCATATCTACTGCAGCTAAGCCTGTGATCTTTCCACAAGGATCTCAGGTAAGTTCAC
TTTGATTGCAAGGAGGGGTTCTGCATGCTATCCTTTATGTGTACTTCCTATCTCGATCATAGTTATATCGAGTAAATTTGTACTGATGGAAGGTTAGAAGCTTTCCACCATGCTTTTCATTATTTCCTGGAAGTTGTTGCAGTAACAACTCCTACACTGTGTTAGGGAGCTATGCTCCAAATTGGAAGGAGAGCAACATG
TTGTAGTCTACTTATTAATTGTATGACACATACGTTTTCTGTCTTTCATACATGTGAACAAACGTTCTATATATTTGTTCATTGTGCGATATTTTAGTGCTGTTTGATCTCCTTACAATGATGTGTTGCTTTCAAGAAGATCAATATTGTGCAATGTCACTAGGTTCCCTTGTAAGAATCATTTCACTTGATTCTTATCA
AGTCGAAAAAGAATGAAAA
Intron 6 GTATCTTTGC ... AAGCCTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.87 | 526 | 201 | 111 |
| A2 | 20.8 | 375 | 143 | 54 |
| A3 | 20.22 | 432 | 155 | 64 |
| A4 | 20.07 | 432 | 154 | 63 |
| A5 | 22.16 | 202 | 85 | 30 |
| A6 | 20.73 | 1648 | 657 | 205 |
| A7 | 21.13 | 1861 | 720 | 277 |
| A8 | 22.52 | 1798 | 775 | 270 |
| A9 | 21.15 | 1913 | 721 | 305 |
| A10 | 21.8 | 1437 | 566 | 235 |
>TRINITY_DN99635_c2_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformCTGGCTTACAAAATAAAATACCCAGAGAACTTTTTCCTTTTGAGAGGCAATCATGAATGTGCCTCAATCAATCGGATATATGGATTCTATGATGAGTGTAAACGCAGATTCAATATTAGATTATGGAAATCTTTTACTGAATGCTTCAACTGTCTACCGGTGGCTGCTCTCATAGATGAGAAGATACTTTGCATGCATGG
AGGTCTTTCACCTGATCTAAACCACTTAGATCAAATCAGGAACTTAACTCGTCCAACAGATGTTCCAGATACAGGGTTGTTATGTGATCTTCTTTGGTCAGATCCAAGCAAAGATGTTCAAGGATGGGGGATGAATGACCGAGGGGTGTCATACACTTTTGGTCCTGACAAAGTGTCCGAATTTCTCCAAAAGCATGACC
TAGATCTTATCTGTCGTGCACATCAGGTTGTTGAGGATGGATATGAATTTTTTGCTGACAGACAGCTTGTTACAATATTTTCAGCACCTAATTATTGTGGTGAATTTGATAATGCGGGTGCAATGATGAGTGTGGATGAAACGCTAATGTGCTCTTTCCAGATTCTTAAGCCAGCAGAAAAGAAACCGAAATTTGGTTAT
GGCAACTCAAATGCTGCCACAGCTAAACCTGGAACACCTCCCCGTGGAATGAGGTCTTTCCTGGGGGCCAAAGGATAGCTTGTACATGTTGCAGTAGGTCAAAGTTATATTGAAATTATCTTGGCTAAGCAAGAGAGTTGCCAGTGGCATTAGTTACAACTTTGCAACAGATTATATTAATTCATGCCCATATGTTGGGT
ATAAAGCTTTAATCGCTTCTGAAGGTGATGCTTTTTGGAAGTTCCTTCTAGAGGCAAATTTATATTGATCATTTAAATGTGCAAGGAAAAGCATACAAACTATGAAGAGTTCTGGAGATTTTAGCATGTTTGCATACAAGTTCATACAGTGTTGTGCTTTTTTTAATGTACACTAGTAACAGAGTGTGTTAATGTTCTCG
CTCATAGTACAACCATGTTGGTATTGGTCAATATTGTACTGCTACATCATACATGAGTTCATTGTAAGGTATTGTTTTGAGCAGTGTGGCAGAAAATCATGGATTGATTTCTCTGATTACTTGTTTCTAGTGTCAATGTACTATTCTGGAGAAGGTTTTTGTACAAGGCATTCATATAAGCATTTGTGCAAGTTGTGATA
GTGACTAGTAAAATTATTGCTTCTGAACTACATCAGACATTGCATGGAAGAAACTGCTATTTTATGCTTATTGGGCATCGAGATTCCTATGGAAAATATCTGTTTTTTGTGGAATGTTGCATTGAGAGTTGGAGAGCTTGGTTTTGGTCACTGTGAGTTCCATTCAAGCTGCCAAATGTGATCCATCTTCCAAGTTTAAC
ATTTGTCTTTGGTATTCTTGCTCCACTGACTTCTGTAATGGTAGAAAGTCT
>TRINITY_DN99635_c2_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:CTGGCTTACAAAATAAAATACCCAGAGAACTTTTTCCTTTTGAGAGGCAATCATGAATGTGCCTCAATCAATCGGATATATGGATTCTATGATGAGTGTAAACGCAGATTCAATATTAGATTATGGAAATCTTTTACTGAATGCTTCAACTGTCTACCGGTGGCTGCTCTCATAGATGAGAAGATACTTTGCATGCATGG
AGGTCTTTCACCTGATCTAAACCACTTAGATCAAATCAGGAACTTAACTCGTCCAACAGATGTTCCAGATACAGGGTTGTTATGTGATCTTCTTTGGTCAGATCCAAGCAAAGATGTTCAAGGATGGGGGATGAATGACCGAGGGGTGTCATACACTTTTGGTCCTGACAAAGTGTCCGAATTTCTCCAAAAGCATGACC
TAGATCTTATCTGTCGTGCACATCAGGTTGTTGAGGATGGATATGAATTTTTTGCTGACAGACAGCTTGTTACAATATTTTCAGCACCTAATTATTGTGGTGAATTTGATAATGCGGGTGCAATGATGAGTGTGGATGAAACGCTAATGTGCTCTTTCCAGATTCTTAAGCCAGCAGAAAAGAAACCGAAATTTGGTTAT
GGCAACTCAAATGCTGCCACAGCTAAACCTGGAACACCTCCCCGTGGAATGAGGgtatctttgctctgactttatgccgaggttgaagtgaatttgcatgttaattgtttattttctatgttgaaaaatgttatgatataagatgaaagccaaaatgatcaaagtccagagctgtttttcattgtttgcatcatctccta
aggctaaaagtgtgcatgttttccataattcatgaaaatgcatgcaaggtttaccctttctcagtatatgaatggccttttatctgtcttaagacccaagttggtgtggagctggagggcagctaacaatatgagttagtttcctggtgtcagaccaattgttgccttgcggataatttactacattaatgagtctgctc
ttgatttttatcgaaacagattttggctggtttgtttccaaacaatttcgcactcttatagatcatggtgaattctatgcatatgttcaaaaactgtaatttctagtattctatactgtgcagttttttgttcctgtgttataagtaggccgtctattatgtggaagataagtcatcaggaaggaaagagtttcaattca
acaattgagtgtatgagtacttaaaaatgattacttacatgcataaattggcttaggaaaatgtgcaagaaaggagtgccattgaacaaatacatggttttgaatgttggaggcaattctttctctttggtgtcatgcataagggatgcacatttgaagcctgaagTCTTTCCTGGGGGCCAAAGGATAGCTTGTACATG
TTGCAGTAGGTCAAAGTTATATTGAAATTATCTTGGCTAAGCAAGAGAGTTGCCAGTGGCATTAGTTACAACTTTGCAACAGATTATATTAATTCATGCCCATATGTTGGGTATAAAGCTTTAATCGCTTCTGAAGGTGATGCTTTTTGGAAGTTCCTTCTAGAGGCAAATTTATATTGATCATTTAAATGTGCAAGGAA
AAGCATACAAACTATGAAGAGTTCTGGAGATTTTAGCATGTTTGCATACAAGTTCATACAGTGTTGTGCTTTTTTTAATGTACACTAGTAACAGAGTGTGTTAATGTTCTCGCTCATAGTACAACCATGTTGGTATTGGTCAATATTGTACTGCTACATCATACATGAGTTCATTGTAAGGTATTGTTTTGAGCAGTGTG
GCAGAAAATCATGGATTGATTTCTCTGATTACTTGTTTCTAGTGTCAATGTACTATTCTGGAGAAGGTTTTTGTACAAGGCATTCATATAAGCATTTGTGCAAGTTGTGATAGTGACTAGTAAAATTATTGCTTCTGAACTACATCAGACATTGCATGGAAGAAACTGCTATTTTATGCTTATTGGGCATCGAGATTCCT
ATGGAAAATATCTGTTTTTTGTGGAATGTTGCATTGAGAGTTGGAGAGCTTGGTTTTGGTCACTGTGAGTTCCATTCAAGCTGCCAAATGTGATCCATCTTCCAAGTTTAACATTTGTCTTTGGTATTCTTGCTCCACTGACTTCTGTAATGGTAGAAAGTCT
Intron 7 GTTGAAGTGA ... AAGCCTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.48 | 372 | 69 | 111 |
| A2 | 18.04 | 234 | 49 | 54 |
| A3 | 16.76 | 293 | 54 | 64 |
| A4 | 16.41 | 275 | 45 | 63 |
| A5 | 17.92 | 126 | 25 | 30 |
| A6 | 15.7 | 1122 | 216 | 202 |
| A7 | 17.15 | 1268 | 249 | 276 |
| A8 | 18.33 | 1279 | 306 | 268 |
| A9 | 17.72 | 1395 | 296 | 305 |
| A10 | 18.43 | 989 | 212 | 235 |
>TRINITY_DN45256_c1_g1_i5 from sample A10 / Example spliced isoformGATATATGGATTCTATGATGAGTGTAAACGCAGATTCAATATTAGATTATGGAAATCTTTTACTGAATGCTTCAACTGTCTACCGGTGGCTGCTCTCATAGATGAGAAGATACTTTGCATGCATGGAGGTCTTTCACCTGATCTAAACCACTTAGATCAAATCAGGAACTTAACTCGTCCAACAGATGTTCCAGATACAG
GGTTGTTATGTGATCTTCTTTGGTCAGATCCAAGCAAAGATGTTCAAGGATGGGGGATGAATGACCGAGGGGTGTCATACACTTTTGGTCCTGACAAAGTGTCCGAATTTCTCCAAAAGCATGACCTAGATCTTATCTGTCGTGCACATCAGGTTGTTGAGGATGGATATGAATTTTTTGCTGACAGACAGCTTGTTACA
ATATTTTCAGCACCTAATTATTGTGGTGAATTTGATAATGCGGGTGCAATGATGAGTGTGGATGAAACGCTAATGTGCTCTTTCCAGATTCTTAAGCCAGCAGAAAAGAAACCGAAATTTGGTTATGGCAACTCAAATGCTGCCACAGCTAAACCTGGAACACCTCCCCGTGGAATGAGGGTATCTTTGCTCTGACTTTA
TGCCGAGTCTTTCCTGGGGGCCAAAGGATAGCTTGTACATGTTGCAGTAGGTCAAAGTTATATTGAAATTATCTTGGCTAAGCAAGAGAGTTGCCAGTGGCATTAGTTACAACTTTGCAACAGATTATATTAATTCATGCCCATATGTTGGGTATAAAGCTTTAATCGCTTCTGAAGGTGATGCTTTTTGGAAGTTCCTT
CTAGAGGCAAATTTATATTGATCATTTAAATGTGCAAGGAAAAGCATACAAACTATGAAGAGTTCTGGAGATTTTAGCATGTTTGCATACAAGTTCATACAGTGTTGTGCTTTTTTTAATGTACACTAGTAACAGAGTGTGTTAATGTTCTCGCTCATAGTACAACCATGTTGGTATTGGTCAATATTGTACTGCTACAT
CATACATGAGTTCATTGTAAGGTATTGTTTTGAGCAGTGTGGCAGAAAATCATGGATTGATTTCTCTGATTACTTGTTTCTAGTGTCAATGTACTATTCTGGAGAAGGTTTTTGTACAAGGCATTCATATAAGCATTTGTGCAAGTTGTGATAGTGACTAGTAAAATTATTGCTTCTGAACTACATCAGACATTGCATGG
AAGAAACTGCTATTTTATGCTTATTGGGCATCGAGATTCCTATGGAAAATATCTGTTTTTTGTGGAATGTTGCATTGAGAGTTGGAGAGCTTGGTTTTGGTCACTGTGAGTTCCATTCAAGCTGCCAAATGTGATCCATCTTCCAAGTTTAACATTTGTCTTTGGTATTCTTGCTCCACTGACTTCTGTAATGGTAGAAA
GTCTTACATGGTTTGAAATTTGTTC
>TRINITY_DN45256_c1_g1_i10 from sample A10 / Example unspliced isoform:GCTAATGTGCTCTTTCCAGATTCTTAAGCCAGCAGAAAAGAAACCGAAATTTGGTTATGGCAACTCAAATGCTGCCACAGCTAAACCTGGAACACCTCCCCGTGGAATGAGGGTATCTTTGCTCTGACTTTATGCCGAGgttgaagtgaatttgcatgttaattgtttattttctatgttgaaaaatgttatgatataag
atgaaagccaaaatgatcaaagtccagagctgtttttcattgtttgcatcatctcctaaggctaaaagtgtgcatgttttccataattcatgaaaatgcatgcaaggtttaccctttctcagtatatgaatggccttttatctgtcttaagacccaagttggtgtggagctggagggcagctaacaatatgagttagttt
cctggtgtcagaccaattgttgccttgcggataatttactacattaatgagtctgctcttgatttttatcgaaacagattttggctggaaaatgtgcaagaaaggagtgccattgaacaaatacatggttttgaatgttggaggcaattctttctctttggtgtcatgcataagggatgcacatttgaagcctgaagTCT
TTCCTGGGGGCCAAAGGATAGCTTGTACATGTTGCAGTAGGTCAAAGTTATATTGAAATTATCTTGGCTAAGCAAGAGAGTTGCCAGTGGCATTAGTTACAACTTTGCAACAGATTATATTAATTCATGCCCATATGTTGGGTATAAAGCTTTAATCGCTTCTGAAGGTGATGCTTTTTGGAAGTTCCTTCTAGAGGCAA
ATTTATATTGATCATTTAAATGTGCAAGGAAAAGCATACAAACTATGAAGAGTTCTGGAGATTTTAGCATGTTTGCATACAAGTTCATACAGTGTTGTGCTTTTTTTAATGTACACTAGTAACAGAGTGTGTTAATGTTCTCGCTCATAGTACAACCATGTTGGTATTGGTCAATATTGTACTGCTACATCATACATGAG
TTCATTGTAAGGTATTGTTTTGAGCAGTGTGGCAGAAAATCATGGATTGATTTCTCTGATTACTTGTTTCTAGTGTCAATGTACTATTCTGGAGAAGGTTTTTGTACAAGGCATTCATATAAGCATTTGTGCAAGTTGTGATAGTGACTAGTAAAATTATTGCTTCTGAACTACATCAGACATTGCATGGAAGAAACTGC
TATTTTATGCTTATTGGGCATCGAGATTCCTATGGAAAATATCTGTTTTTTGTGGAATGTTGCATTGAGAGTTGGAGAGCTTGGTTTTGGTCACTGTGAGTTCCATTCAAGCTGCCAAATGTGATCCATCTTCCAAGTTTAACATTTGTCTTTGGTATTCTTGCTCCACTGACTTCTGTAATGGTAGAAAGTCTTACATG
GTTTGAAATTTGTTC