sp|Q9LV85|CPR5_ARATH ----> Protein CPR-5

Intron 1 GTAGCTCTTC ... ACTTGTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.18	31	5.8	30
A2	51.61	15	3.8	16
A3	46.15	14	2.7	12
A4	47.73	23	3.7	21
A5	55.56	8	1	10
A6	47.83	12	0	11
A7	45.59	37	4	31
A8	53.85	30	5.8	35
A9	45	22	2	18
A10	41.3	27	3.5	19

>TRINITY_DN117316_c3_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GCATCAAAAGGGTGGAGTTTTAAACCATGTACTATGGCAAATAATATGGAGAATTTGCTGAAAAATAAAGATGAACAAGATACTGCTGAAATTTTTGCTTCTGAAGGTGTATACATTGACAATGGAAGGAAAAAAGGACGTGCTGAACTCCAGCTAGTGGATGCTCTTGGTTCTCCCCTTGGCATGTCAATTGCAGCTGT
TTTGGCTGAGAGTCTGGAAAGCAATTATCAGTTGAAACATGACATCTCAGCAGAAAAATTATCCCAGCTTCTGGGGTTGGGATTAAAGGAATCACTCCACCAGGATAGAAACATGGCAGGTTCAGTCCTTTGGGTTGCAGCTTTTGGGCAGTGGATGTAATCGTCTGGCAAGGGACTTCGAGGCAGCATTTATAACAACT
TTTAAGACAATCAGACTGGTCAAGCAAGTACATTGTGAAAAATGGAGAATATCTTCCCTCTCAGAGGAAGACATTTCAAATCCACAGGGCCAGATGCCTCGATTAGCTACAGATGGTTGTGTTAATGATACAAAAGTGGAACATACAGATGTTTCGGCAAGCCTAGGAGGAAAACTAAAACAGAAATCAGAATGCAGAAA
GATTACTCAAGAACATTATTGTAGGTTGCGTTCTGCACAGGAAAATGGAATGAATGGCATAGGTAAGCAGTTTTGCAAACCAAGCTTCATGGAAGCTGATATGCAGGCACCTTTAAGTCCTAGACATGAACCCTCTAAAAGAAATTGCATAGTTGATTGCCACAGAAATAAAAGATGTGAAACTACTGCTGTCAGTGATG
CAAAGTGCAATTGTTGCAGTTGTCTGAACTCTTCTATATTAAATGAACCTACTGGAGACGGTCCAACATCTTTTTGGAAGACTGGTTTCGCCAAGAACGAAATTGAGGAAATTAGCAAAAAGTTAAAAAATATAAAACTTGAATCTGCAGATTGCAAAGATATTTCCATGGGAGATCTTCCTCATGTTGCCACCAAAAGA
ACTCCTACAGACAAAAAGATTGGAGAAAATGTTTCTGAAATAACAAGGATAGTATATGACAATTGTAAAACATCTAATATGTCAAGTTCTTCTGTGGGAGCCTTCCCTTTTGTAGCCACTGACAGGAAAAGTCCTACAGGAGAAAGGAATGGACAACATCTTTGTGAATTAAAGAAGGCAATATATGACAATGGTAAAAC
ATCTAGTATGCCAGGTTCAAATCTCAATCAGCAAGTTGTTTTGCGTGGGCAGTTTCAGCAACAGCTGACCTATGCTGCTTATCCACAATGGCAGCAATCGATATGTAATGTTTTTGAGAAGTCTGCCATTGAGCAGGAACGGTGTAATGATCTAAGAGAAATTGAGATTGGACTTACAATGAGGCGATTGCATCTTGAAG
ATTCAAAGTTGTATGTTGATGCAGAGTCAAATGACTTAAGAAGACAAAATATATCTTTCAATCAGTCCAAAGCATTATTCAGAGAGAGCAAATTCATTGATGAGAAATTGAATAGTGCATACATTGAACTTAGTCAAACATGTGCAGATCATCTGGTAGCTGGACTGGTGGTCATGCTTTTCTGTCTTGCATATGGTGGT
TGGAAGTACTCATATGCACGTCTTTCAGAAGCAGTTGCGATGTGCCAGCCATCTTCGAAGGAGTCACAGAAATCGTCTTGGTTTTATAACCCAATTGGTTCTGTAATGAAATCAGCTGGGCTTTACAATCCAATTGGTTCTTTAACAGGGCACTTCCAAATCCTTGTATGTGAACTTACAGTAATTTTCCGCATGCTGCT
TGGTTTCGCAGCTATTGCAGTTATTGCTTCTACACTTGTACGGAACACAGTTGCAAGCACTAGTCAGGCTAGGCCTACAACTATCATCATACTTTTGCTAGGACTCATATGTGGTTGTGCTGGTAAGTTCTCTGTGGATACCTTGGGTGGCAGCGGTTTTCATTGGTTGGTACAATGGGAGGTTTTTTGTTTATTGCATG
CCTTTTCCGTCTACTTTCCAGCCTCTCTATTCTGGATTTTGAATGGTCCTGCTTCCAGCTCTGTGGGAATCAAGAAAAATCCACTTTTGTTTCCTTCCTGGATTCGTAAATTTGTTTTTCACTCTGTCCTATTGGTTCTTCCAGTAATGGCTGGTCTAACACCATTTGCACCAATTAGAGAGTGGGCAGAGCATATTTCC
CTTGTCGTTTTTGACAATGTCTTGAAGCCTATGAGGACATCTGTCACCAGTGGTCTTGAACAGTTTTTCTCTATGTAATTTTGGGAGCACATAGATTTATTGATCGTTTCTGGGCAATCATGCAGGCTGATATGAGATCATATTTGAAAGGGATAGATCACCATTCTTAATGGTTTTGCTTCCTCATTTACTGTGAGAAA
TTGCAGAATGCTCATGCCTTTAGATCTTGTATTTTGTAGCAGCTAGGTAGAATGTATGTGGAATGACAATAATGATATATTATTTGTACTAGGTTAAGTGACAAAAGTCACTGAGTATCTTCTGTAATATTTGATTGCTCTCTTCTGGATTCTTGACCATGCATTTTAACACTTGCAAATTGCCATTTGCGTTAAACCCA
AAGTTTAATATGAATGGTAACTGATTAAGAAGGATTTCATTATGGGATAACAAGCTTTAGTCCCAGTAATTTTCGTTGCCCGA

>TRINITY_DN117316_c3_g2_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTAGTGTTGTAAAATTTGTTGTAATAAAGTTATTTCAGATCTGTTATATGCATGGAAAAGTGTGCCCTATGTGATGTATTTTGTTTACTGAGCTGCCTATGATTTTCCTGTATTTTCCACACATTACAGGATAGAAACATGGCAGGTTCAGTCCTTTGGGTTGCAGgtagctcttcatgagtcattcttgttagatta
aaacaaattttatgtatctaattagccttgatcttttatttgtaggtttgagaaatatgtaatataatctgtttaatgataagtttttcaacgtacagtttgaattttgaagtagtggcacaaagcagctgatggttgacttgtatagCTTTTGGGCAGTGGATGTAATCGTCTGGCAAGGGACTTCGAGGCAGCATTTA
TAACAACTTTTAAGACAATCAGACTGGTCAAGCAAGTACATTGTGAAAAATGGAGAATATCTTCCCTCTCAGAGGAAGACATTTCAAATCCACAGGGCCAGATGCCTCGATTAGCTACAGATGGTTGTGTTAATGATACAAAAGTGGAACATACAGATGTTTCGGCAAGCCTAGGAGGAAAACTAAAACAGAAATCAGAA
TGCAGAAAGATTACTCAAGAACATTATTGTAGGTTGCGTTCTGCACAGGAAAATGGAATGAATGGCATAGGTAAGCAGTTTTGCAAACCAAGCTTCATGGAAGCTGATATGCAGGCACCTTTAAGTCCTAGACATGAACCCTCTAAAAGAAATTGCATAGTTGATTGCCACAGAAATAAAAGATGTGAAACTACTGCTGT
CAGTGATGCAAAGTGCAATTGTTGCAGTTGTCTGAACTCTTCTATATTAAATGAACCTACTGGAGACGGTCCAACATCTTTTTGGAAGACTGGTTTCGCCAAGAACGAAATTGAGGAAATTAGCAAAAAGTTAAAAAATATAAAACTTGAATCTGCAGATTGCAAAGATATTTCCATGGGAGATCTTCCTCATGTTGCCA
CCAAAAGAACTCCTACAGACAAAAAGATTGGAGAAAATGTTTCTGAAATAACAAGGATAGTATATGACAATTGTAAAACATCTAATATGTCAAGTTCTTCTGTGGGAGCCTTCCCTTTTGTAGCCACTGACAGGAAAAGTCCTACAGGAGAAAGGAATGGACAACATCTTTGTGAATTAAAGAAGGCAATATATGACAAT
GGTAAAACATCTAGTATGCCAGGTTCAAATCTCAATCAGCAAGTTGTTTTGCGTGGGCAGTTTCAGCAACAGCTGACCTATGCTGCTTATCCACAATGGCAGCAATCGATATGTAATGTTTTTGAGAAGTCTGCCATTGAGCAGGAACGGTGTAATGATCTAAGAGAAATTGAGATTGGACTTACAATGAGGCGATTGCA
TCTTGAAGATTCAAAGTTGTATGTTGATGCAGAGTCAAATGACTTAAGAAGACAAAATATATCTTTCAATCAGTCCAAAGCATTATTCAGAGAGAGCAAATTCATTGATGAGAAATTGAATAGTGCATACATTGAACTTAGTCAAACATGTGCAGATCATCTGGTAGCTGGACTGGTGGTCATGCTTTTCTGTCTTGCAT
ATGGTGGTTGGAAGTACTCATATGCACGTCTTTCAGAAGCAGTTGCGATGTGCCAGCCATCTTCGAAGGAGTCACAGAAATCGTCTTGGTTTTATAACCCAATTGGTTCTGTAATGAAATCAGCTGGGCTTTACAATCCAATTGGTTCTTTAACAGGGCACTTCCAAATCCTTGTATGTGAACTTACAGTAATTTTCCGC
ATGCTGCTTGGTTTCGCAGCTATTGCAGTTATTGCTTCTACACTTGTACGGAACACAGTTGCAAGCACTAGTCAGGCTAGGCCTACAACTATCATCATACTTTTGCTAGGACTCATATGTGGTTGTGCTGGTAAGTTCTCTGTGGATACCTTGGGTGGCAGCGGTTTTCATTGGTTGGTACAATGGGAGGTTTTTTGTTT
ATTGCATGCCTTTTCCGTCTACTTTCCAGCCTCTCTATTCTGGATTTTGAATGGTCCTGCTTCCAGCTCTGTGGGAATCAAGAAAAATCCACTTTTGTTTCCTTCCTGGATTCGTAAATTTGTTTTTCACTCTGTCCTATTGGTTCTTCCAGTAATGGCTGGTCTAACACCATTTGCACCAATTAGAGAGTGGGCAGAGC
ATATTTCCCTTGTCGTTTTTGACAATGTCTTGAAGCCTATGAGGACATCTGTCACCAGTGGTCTTGAACAGTTTTTCTCTATGTAATTTTGGGAGCACATAGATTTATTGATCGTTTCTGGGCAATCATGCAGGCTGATATGAGATCATATTTGAAAGGGATAGATCACCATTCTTAATGGTTTTGCTTCCTCATTTACT
GTGAGAAATTGCAGAATGCTCATGCCTTTAGATCTTGTATTTTGTAGCAGCTAGGTAGAATGTATGTGGAATGACAATAATGATATATTATTTGTACTAGGTTAAGTGACAAAAGTCACTGAGTATCTTCTGTAATATTTGATTGCTCTCTTCTGGATTCTTGACCATGCATTTTAACACTTGCAAATTGCCATTTGCGT
TAAACCCAAAGTTTAATATGAATGGTAACTGATTAAGAAGGATTTCATTATGGGATAACAAGCTTTAGTCCCAGTAATTTTCGTTGCCCGA

Intron 2 GTAGCTCTTC ... TTTTGGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.97	37	6	40
A2	52.89	18.8	4	21
A3	46.4	18.5	3	16
A4	50.97	31.8	4	33
A5	56	11	1	14
A6	49.34	18.5	0	18
A7	50.4	36.5	4	37
A8	55.43	40.3	6	50
A9	50.3	23.8	2	24
A10	49.39	35	3.3	34

>TRINITY_DN108825_c11_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoform

GAAATTGTTAAGTGTTAACACATATCTTGAAGATAAGAGGGTAGATTTAGTGTTGTAAAATTTGTTGTAATAAAGTTATTTCAGATCTGTTATATGCATGGAAAAGTGTGCCCTATGTGATCTATTTTGTTTACTGAGCTGCCTATGATTTTCCTGTATTTTCCACACATTACAGGATAGAAACATGGCAGGTTCAGTCC
TTTGGGTTGCAGTGGATGTAATCGTCTGGCAAGGGACTTCGAGGCAGCATTTATAACAACTTTTAAGACAATCAGACTGGTCAAGCAAGTACATTGTGAAAAATGGAGAATATCTTCCCTCTCAGAGGAAGACATTTCAAATCCACAGGGCCAGATGCCTCGATTAGCTACAGATGGTTGTGTTAATGATACAAAAGTGG
AACATACAGATGTTTCGGCAAGCCTAGGAGGAAAACTAAAACAGAAATCAGAATGCAGAAAGATTACTCAAGAACATTATTGTAGGTTGCGTTCTGCACAGGAAAATGGAATGAATGGCATAGGTAAGCAGTTTTGCAAACCAAGCTTCATGGAAGCTGATATGCAGGCACCTTTAAGTCCTAGACATGAACCCTCTAAA
AGAAATTGCATAGTTGATTGCCACAGAAATAAAAGATGTGAAACTACTGCTGTCAGTGATGCAAAGTGCAATTGTTGCAGTTGTCTGAACTCTTCTATATTAAATGAACCTACTGGAGACGGTCCAACATCTTTTTGGAAGACTGGTTTCGCCAAGAACGAAATTGAGGAAATTAGCAAAAAGTTAAAAAATATAAAACT
TGAATCTGCAGATTGCAAAGATATTTCCATGGGAGATCTTCCTCATGTTGCCACCAAAAGAACTCCTACAGACAAAAAGATTGGAGAAAATGTTTCTGAAATAACAAGGATAGTATATGACAATTGTAAAACATCTAATATGTCAAGTTCTTCTGTGGGAGCCTTCCCTTTTGTAGCCACTGACAGGAAAAGTCCTACAG
GAGAAAGGAATGGACAACATCTTTGTGAATTAAAGAAGGCAATATATGACAATGGTAAAACATCTAGTATGCCAGGTTCAAATCTCAATCAGCAAGTTGTTTTGCGTGGGCAGTTTCAGCAACAGCTGACCTATGCTGCTTATCCACAATGGCAGCAATCGATATGTAATGTTTTTGAGAAGTCTGCCATTGAGCAGGAA
CGGTGTAATGATCTAAGAGAAATTGAGATTGGACTTACAATGAGGCGATTGCATCTTGAAGATTCAAAGTTGTATGTTGATGCAGAGTCAAATGACTTAAGAAGACAAAATATATCTTTCAATCAGTCCAAAGCATTATTCAGAGAGAGCAAATTCATTGATGAGAAATTGAATAGTGCATACATTGAACTTAGTCAAAC
ATGTGCAGATCATCTGGTAGCTGGACTGGTGGTCATGCTTTTCTGTCTTGCATATGGTGGTTGGAAGTACTCATATGCACGTCTTTCAGAAGCAGTTGCGATGTGCCAGCCATCTTCGAAGGAGTCACAGAAATCGTCTTGGTTTTATAACCCAATTGGTTCTGTAATGAAATCAGCTGGGCTTTACAATCCAATTGGTT
CTTTAACAGGGCACTTCCAAATCCTTGTATGTGAACTTACAGTAATTTTCCGCATGCTGCTTGGTTTCGCAGCTATTGCAGTTATTGCTTCTACACTTGTACGGAACACAGTTGCAAGCACTAGTCAGGCTAGGCCTACAACTATCATCATACTTTTGCTAGGACTCATATGTGGTTGTGCTGGTAAGTTCTCTGTGGAT
ACCTTGGGTGGCAGCGGTTTTCATTGGTTGGTACAATGGGAGGTTTTTTGTTTATTGCATGCCTTTTCCGTCTACTTTCCAGCCTCTCTATTCTGGATTTTGAATGGTCCTGCTTCCAGCTCTGTGGGAATCAAGAAAAATCCACTTTTGTTTCCTTCCTGGATTCGTAAATTTGTTTTTCACTCTGTCCTATTGGTTCT
TCCAGTAATGGCTGGTCTAACACCATTTGCACCAATTAGAGAGTGGGCAGAGCATATTTCCCTTGTCGTTTTTGACAATGTCTTGAAGCCTATGAGGACATCTGTCACCAGTGGTCTTGAACAGTTTTTCTCTATGTAATTTTGGGAGCACATAGATTTATTGATCGTTTCTGGGCAATCATGCAGGCTGATATGAGATC
ATATTTGAAAGGGATAGATCACCATTCTTAATGGTTTTGCTTCCTCATTTACTGTGAGAAATTGCAGAATGCTCATGCCTTTAGATCTTGTATTTTGTAGCAGCTAGGTAGAATGTATGTGGAATGACAATAATGATATATTATTTGTACTAGGTTAAGTGACAAAAGTCACTGAGTATCTTCTGTAATATTTGATTGCT
CTCTTCTGGATTCTTGACCATGCATTTTAACACTTGCAAATTGCCATTTGCGTTAAACCCAAAGTTTAATATGAATGGTAACTGATTAAGAAGGATTTCATTATGG

>TRINITY_DN108825_c11_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTTGAAGAGATTGACTTGTACCAGCTTTGTGATAATGCTGTGGTATGTACTTGTACTTCATCTTTTACATATATATGAAGTGTTTCAGCTATCCAAAATTGTGTACTTGCATATTTTATTTTCAGCCTATGTTGTTTTCTTGATTGGGTGGATTCCAGCTGTTGTTGTTCATGCTGATTTGACATATTATATTGCTGAA
ATTGAGTGATTTAATTTTTTAACACACACCTTGAAGATATAATAGAATATTTTCTTCTGTAATAAAGTTATTTCAGATCTGTTATATGCATGGAAAAGTGTGCCCTATGTGATCTATTTTGTTTACTGAGCTGCCTATGATTTTCCTGTATTTTCCACACATTACAGGATAGAAACATGGCAGGTTCAGTCCTTTGGGTT
GCAGgtagctcttcatgagtcattcttgttagattaaaacaaattttatgtatctaattagccttgatcttttatttgtaggtttgagaaatatgtaatataatctgtttaatgataagtttttcaacgtacagtttgaattttgaagtagtggcacaaagcagctgatggttgacttgtatagcttttgggcagTGGAT
GTAATCGTCTGGCAAGGGACTTCGAGGCAGCATTTATAACAACTTTTAAGACAATCAGACTGGTCAAGCAAGTACATTGTGAAAAATGGAGAATATCTTCCCTCTCAGAGGAAGACATTTCAAATCCACAGGGCCAGATGCCTCGATTAGCTACAGATGGTTGTGTTAATGATACAAAAGTGGAACATACAGATGTTTCG
GCAAGCCTAGGAGGAAAACTAAAACAGAAATCAGAATGCAGAAAGATTACTCAAGAACATTATTGTAGGTTGCGTTCTGCACAGGAAAATGGAATGAATGGCATAGGTAAGCAGTTTTGCAAACCAAGCTTCATGGAAGCTGATATGCAGGCACCTTTAAGTCCTAGACATGAACCCTCTAAAAGAAATTGCATAGTTGA
TTGCCACAGAAATAAAAGATGTGAAACTACTGCTGTCAGTGATGCAAAGTGCAATTGTTGCAGTTGTCTGAACTCTTCTATATTAAATGAACCTACTGGAGACGGTCCAACATCTTTTTGGAAGACTGGTTTCGCCAAGAACGAAATTGAGGAAATTAGCAAAAAGTTAAAAAATATAAAACTTGAATCTGCAGATTGCA
AAGATATTTCCATGGGAGATCTTCCTCATGTTGCCACCAAAAGAACTCCTACAGACAAAAAGATTGGAGAAAATGTTTCTGAAATAACAAGGATAGTATATGACAATTGTAAAACATCTAATATGTCAAGTTCTTCTGTGGGAGCCTTCCCTTTTGTAGCCACTGACAGGAAAAGTCCTACAGGAGAAAGGAATGGACAA
CATCTTTGTGAATTAAAGAAGGCAATATATGACAATGGTAAAACATCTAGTATGCCAGGTTCAAATCTCAATCAGCAAGTTGTTTTGCGTGGGCAGTTTCAGCAACAGCTGACCTATGCTGCTTATCCACAATGGCAGCAATCGATATGTAATGTTTTTGAGAAGTCTGCCATTGAGCAGGAACGGTGTAATGATCTAAG
AGAAATTGAGATTGGACTTACAATGAGGCGATTGCATCTTGAAGATTCAAAGTTGTATGTTGATGCAGAGTCAAATGACTTAAGAAGACAAAATATATCTTTCAATCAGTCCAAAGCATTATTCAGAGAGAGCAAATTCATTGATGAGAAATTGAATAGTGCATACATTGAACTTAGTCAAACATGTGCAGATCATCTGG
TAGCTGGACTGGTGGTCATGCTTTTCTGTCTTGCATATGGTGGTTGGAAGTACTCATATGCACGTCTTTCAGAAGCAGTTGCGATGTGCCAGCCATCTTCGAAGGAGTCACAGAAATCGTCTTGGTTTTATAACCCAATTGGTTCTGTAATGAAATCAGCTGGGCTTTACAATCCAATTGGTTCTTTAACAGGGCACTTC
CAAATCCTTGTATGTGAACTTACAGTAATTTTCCGCATGCTGCTTGGTTTCGCAGCTATTGCAGTTATTGCTTCTACACTTGTACGGAACACAGTTGCAAGCACTAGTCAGGCTAGGCCTACAACTATCATCATACTTTTGCTAGGACTCATATGTGGTTGTGCTGGTAAGTTCTCTGTGGATACCTTGGGTGGCAGCGG
TTTTCATTGGTTGGTACAATGGGAGGTTTTTTGTTTATTGCATGCCTTTTCCGTCTACTTTCCAGCCTCTCTATTCTGGATTTTGAATGGTCCTGCTTCCAGCTCTGTGGGAATCAAGAAAAATCCACTTTTGTTTCCTTCCTGGATTCGTAAATTTGTTTTTCACTCTGTCCTATTGGTTCTTCCAGTAATGGCTGGTC
TAACACCATTTGCACCAATTAGAGAGTGGGCAGAGCATATTTCCCTTGTCGTTTTTGACAATGTCTTGAAGCCTATGAGGACATCTGTCACCAGTGGTCTTGAACAGTTTTTCTCTATGTAATTTTGGGAGCACATAGATTTATTGATCGTTTCTGGGCAATCATGCAGGCTGATATGAGATCATATTTGAAAGGGATAG
ATCACCATTCTTAATGGTTTTGCTTCCTCATTTACTGTGAGAAATTGCAGAATGCTCATGCCTTTAGATCTTGTATTTTGTAGCAGCTAGGTAGAATGTATGTGGAATGACAATAATGATATATTATTTGTACTAGGTTAAGTGACAAAAGTCACTGAGTATCTTCTGTAATATTTGATTGCTCTCTTCTGGATTCTTGA
CCATGCATTTTAACACTTGCAAATTGCCATTTGCGTTAAACCCAAAGTTTAATATGAATGGTAACTGATTAAGAAGGATTTCATTATGG

Intron 3 GTAATGTCAC ... TATTGCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.18	142	44	62
A2	26.57	76	23	32
A3	21.27	87	19	28
A4	18.81	82	25	13
A5	32.31	22	12	9
A6	13.04	30	3	6
A7	19.77	138	40	28
A8	24.21	72	23	23
A9	22.02	108	34	27
A10	18.32	107	27	21

>TRINITY_DN117316_c3_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTTGCAAGAATGTAAAGCGATGAAATGTAATAGAGTCGGCATTTTTTTCCATAAGAAAATAGAGTCGGCATTTGCAAGGATGCAATCGAGGGAAAATTAGCTGCGCCAAGCCCACTCCCAGCAGGCAACCTGGCACTGGGCAGATCAAACCATAAATCTCGATGTTTTGAATGCTACTCTCGTATCGGATTATATTGAT
TAAGATTATATTAATTAAGGGGTTGAAAATCTTTATCTGCTCGATTTCAGAACGACATTGGCCAAAATAAGCAACTCGGCAACTCTTGGTTAGGAAATTGGGCAACACAGGGATTCGGGCAGTCTGCACTTGGGTAGGAAATCATCGTCTCTGCTTCAAGTCCGGGGAAAAACAACGAATCTGGCATACATTTAACTTGT
AAAGAAGGCATTTGTGAAACCCCCTTGTTTGTAATTGTGACCGTGAAGGTAGAGTAGAGGATTTCGTTCTTGACTATCTGGCTCATGTAATCATTTCAGCAGTCAGCTTTGATCCAAGAACGAGGCAAAATCACCATCTGATCTCCAAGCCCTTTAGTTTTGATAGGTCGGTGGGTTTTGCGCAGTTTTTTGATGGAGTG
CACATGTGATTCTTCAGGCACCTGCTCTATTCAGGATCTATCTCGCAAGGACGTTTTTGAAAATAATTTGCCGCCAATTGTGAGTGGAGTTTTCTCAAATGAAATTGAGGAAGTTATTTCTTCGGGATTCCCGGTTGGCGATGTTGCATCATCGTCTCCTTCTTCTGTTGTCGAGGATAATTTGGACAGTCCTGTTTCTG
ATGATTGTATCGAGTCCCCAGATTTCGAAGAAGATGCCCAACATACCTTTAAATCGTGTAGAGGACAAGTTGAGGAGACCCTTCAAATTGCAGCAGTCACCCATATGGAGGAACTAGATGTCTGTCTGTCCCTGAGAGGTATGCATATATCTTCGGCTCACTTCAATGATAATGGCGGCGATGATAATGAAGATAGATTG
ACAGTTGAAGCTAAGAATCTTCAGCATGAGAACAATGAGGTTAAACAAATGGCATTGCCGCATAATGATGAGGCGTTGGTTAATGTTGCTAATCCGGTCGGCCATGATCAATTTGAATATGTTCCGGAGAGGAAAAAGCTTGATCCAGGATTAATGCCCACAGGCGAAGCCACATTAGAGCCCAATATGCCTGTCATGGA
GAGTTCAGAATCTAGCAGTATTGGTATGCTTCGAAAGTCTTCTGCAAGGGCATCAAAAGGGTGGAGTTTTAAACCATGTACTATGGCAAATAATATGGAGAATTTGCTGAAAAATAAAGATGAACAAGATACTGCTGAAATTTTTGCTTCTGAAGGTGTATACATTGACAATGGAAGGAAAAAAGGACGTGCTGAACTCC
AGCTAGTGGATGCTCTTGGTTCTCCCCTTGGCATGTCAATTGCAGCTGTTTTGGCTGAGAGTCTGGAAAGCAATTATCAGTTGAAACATGACATCTCAGCAGAAAAATTATCCCAGCTTCTGGGGTTGGGATTAAAGGAATCACTCCACCAGCTTTTGGGCAGTGGATGTAATCGTCTGGCAAGGGACTTCGAGGCAGCA
TTTATAACAACTTTTAAGACAATCAGACTGGTCAAGCAAGTACATTGTGAAAAATGGAGAATATCTTCCCTCTCAGAGGAAGACATTTCAAATCCACAGGGCCAGATGCCTCGATTAGCTACAGATGGTTGTGTTAATGATACAAAAGTGGAACATACAGATGTTTCGGCAAGCCTAGGAGGAAAACTAAAACAGAAATC
AGAATGCAGAAAGATTACTCAAGAACATTATTGTAGGTTGCGTTCTGCACAGGAAAATGGAATGAATGGCATAGGTAAGCAGTTTTGCAAACCAAGCTTCATGGAAGCTGATATGCAGGCACCTTTAAGTCCTAGACATGAACCCTCTAAAAGAAATTGCATAGTTGATTGCCACAGAAATAAAAGATGTGAAACTACTG
CTGTCAGTGATGCAAAGTGCAATTGTTGCAGTTGTCTGAACTCTTCTATATTAAATGAACCTACTGGAGACGGTCCAACATCTTTTTGGAAGACTGGTTTCGCCAAGAACGAAATTGAGGAAATTAGCAAAAAGTTAAAAAATATAAAACTTGAATCTGCAGATTGCAAAGATATTTCCATGGGAGATCTTCCTCATGTT
GCCACCAAAAGAACTCCTACAGACAAAAAGATTGGAGAAAATGTTTCTGAAATAACAAGGATAGTATATGACAATTGTAAAACATCTAATATGTCAAGTTCTTCTGTGGGAGCCTTCCCTTTTGTAGCCACTGACAGGAAAAGTCCTACAGGAGAAAGGAATGGACAACATCTTTGTGAATTAAAGAAGGCAATATATGA
CAATGGTAAAACATCTAGTATGCCAGGTTCAAATCTCAATCAGCAAGTTGTTTTGCGTGGGCAGTTTCAGCAACAGCTGACCTATGCTGCTTATCCACAATGGCAGCAATCGATATGTAATGTTTTTGAGAAGTCTGCCATTGAGCAGGAACGGTGTAATGATCTAAGAGAAATTGAGATTGGACTTACAATGAGGCGAT
TGCATCTTGAAGATTCAAAGTTGTATGTTGATGCAGAGTCAAATGACTTAAGAAGACAAAATATATCTTTCAATCAGTCCAAAGCATTATTCAGAGAGAGCAAATTCATTGATGAGAAATTGAATAGTGCATACATTGAACTTAGTCAAACATGTGCAGATCATCTGGTAGCTGGACTGGTGGTCATGCTTTTCTGTCTT
GCATATGGTGGTTGGAAGTACTCATATGCACGTCTTTCAGAAGCAGTTGCGATGTGCCAGCCATCTTCGAAGGAGTCACAGAAATCGTCTTGGTTTTATAACCCAATTGGTTCTGTAATGAAATCAGCTGGGCTTTACAATCCAATTGGTTCTTTAACAGGGCACTTCCAAATCCTTGTATGTGAACTTACAGTAATTTT
CCGCATGCTGCTTGGTTTCGCAGCTATTGCAGTTATTGCTTCTACACTTGTACGGAACACAGTTGCAAGCACTAGTCAGGCTAGGCCTACAACTATCATCATACTTTTGCTAGGACTCATATGTGGTTGTGCTGGTAAGTTCTCTGTGGATACCTTGGGTGGCAGCGGTTTTCATTGGTTGGTACAATGGGAGGTTTTTT
GTTTATTGCATGCCTTTTCCGTCTACTTTCCAGCCTCTCTATTCTGGATTTTGAATGGTCCTGCTTCCAGCTCTGTGGGAATCAAGAAAAATCCACTTTTGTTTCCTTCCTGGATTCGTAAATTTGTTTTTCACTCTGTCCTATTGGTTCTTCCAGTAATGGCTGGTCTAACACCATTTGCACCAATTAGAGAGTGGGCA
GAGCATATTTCCCTTGTCGTTTTTGACAATGTCTTGAAGCCTATGAGGACATCTGTCACCAGTGGTCTTGAACAGTTTTTCTCTATGTAATTTTGGGAGCACATAGATTTATTGATCGTTTCTGGGCAATCATGCAGGCTGATATGAGATCATATTTGAAAGGGATAGATCACCATTCTTAATGGTTTTGCTTCCTCATT
TACTGTGAGAAATTGCAGAATGCTCATGCCTTTAGATCTTGTATTTTGTAGCAGCTAGGTAGAATGTATGTGGAATGACAATAATGATATATTATTTGTACTAGGTTAAGTGACAAAAGTCACTGAGTATCTTCTGTAATATTTGATTGCTCTCTTCTGGATTCTTGACCATGCATTTTAACACTTGCAAATTGCCATTT
GCGTTAAACCCAAAGTTTAATATGAATGGTAACTGATTAAGAAGGATTTCATTATGGGATAACAAGCTTTAGTCCCAGTAATTTTCGTTGCCCGA

>TRINITY_DN117316_c3_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTGCAAGAATGTAAAGCGATGAAATGTAATAGAGTCGGCATTTTTTTCCATAAGAAAATAGAGTCGGCATTTGCAAGGATGCAATCGAGGGAAAATTAGCTGCGCCAAGCCCACTCCCAGCAGGCAACCTGGCACTGGGCAGATCAAACCATAAATCTCGATGTTTTGAATGCTACTCTCGTATCGGATTATATTGAT
TAAGATTATATTAATTAAGGGGTTGAAAATCTTTATCTGCTCGATTTCAGAACGACATTGGCCAAAATAAGCAACTCGGCAACTCTTGGTTAGGAAATTGGGCAACACAGGGATTCGGGCAGTCTGCACTTGGGTAGGAAATCATCGTCTCTGCTTCAAGTCCGGGGAAAAACAACGAATCTGGCATACATTTAACTTGT
AAAGAAGGCATTTGTGAAACCCCCTTGTTTGTAATTGTGACCGTGAAGGTAGAGTAGAGGATTTCGTTCTTGACTATCTGGCTCATGTAATCATTTCAGCAGTCAGCTTTGATCCAAGAACGAGGCAAAATCACCATCTGATCTCCAAGCCCTTTAGTTTTGATAGGTCGGTGGGTTTTGCGCAGTTTTTTGATGGAGTG
CACATGTGATTCTTCAGGCACCTGCTCTATTCAGGATCTATCTCGCAAGGACGTTTTTGAAAATAATTTGCCGCCAATTGTGAGTGGAGTTTTCTCAAATGAAATTGAGGAAGTTATTTCTTCGGGATTCCCGGTTGGCGATGTTGCATCATCGTCTCCTTCTTCTGTTGTCGAGGATAATTTGGACAGTCCTGTTTCTG
ATGATTGTATCGAGTCCCCAGATTTCGAAGAAGATGCCCAACATACCTTTAAATCGTGTAGAGGACAAGTTGAGGAGACCCTTCAAATTGCAGCAGTCACCCATATGGAGGAACTAGATGTCTGTCTGTCCCTGAGAGGTATGCATATATCTTCGGCTCACTTCAATGATAATGGCGGCGATGATAATGAAGATAGATTG
ACAGTTGAAGCTAAGAATCTTCAGCATGAGAACAATGAGGTTAAACAAATGGCATTGCCGCATAATGATGAGGCGTTGGTTAATGTTGCTAATCCGGTCGGCCATGATCAATTTGAATATGTTCCGGAGAGGAAAAAGCTTGATCCAGGATTAATGCCCACAGGCGAAGCCACATTAGAGCCCAATATGCCTGTCATGGA
GAGTTCAGAATCTAGCAGTATTGGTATGCTTCGAAAGTCTTCTGCAAGgtaatgtcacttccctcctaagattctttgacatttgccctttctcaaaatggaaatcgattggcttgagtgttacaatacagacggaattcggaatcggaagcttccaaaggtccagcctcttcaggttctttcattgacctgtacctttt
ttaacatggagatgaattaggtcagccttttatatggatatcaattggattggttggatagaacacggtgattgaaaatcaggaagcggccagtgcagacctcctaagccacagagttacatttgagccccgagcttgattagctcaaaatcaaaacattaggttttagcatttgtcaactggatatcattagatcaatc
cgctaaagagtcataatttgcaaagatcatatagaccttaattgcaaggaaacatgttccagtttagggaatcggagtttatcacatagagagtgtagtttattcagtatatcgatgctctggttaatattttgcaaaagagtggttttcatctttaagtttacttctgttggacactgataaaggcttctaatgtttca
tatgtccatgaagttatttatttggattgcatgtttaagctattgtgattgagctttgaaactccctaaactgcagggatgccatattaaaaagttctatcgagtttgtactatgttgactggaaatccgtttctattgcccagGGCATCAAAAGGGTGGAGTTTTAAACCATGTACTATGGCAAATAATATGGAGAATT
TGCTGAAAAATAAAGATGAACAAGATACTGCTGAAATTTTTGCTTCTGAAGGTGTATACATTGACAATGGAAGGAAAAAAGGACGTGCTGAACTCCAGCTAGTGGATGCTCTTGGTTCTCCCCTTGGCATGTCAATTGCAGCTGTTTTGGCTGAGGTAGGCCTGATTTAATGTCAATCACTATGCTATTCTCTAGGGCTC
TTGTTGTTATTTCTATTGTCTTATTGAATGCATTGTAGAAACTCTCCTACATACTAGCAAACTGACTGCACCAAATTGTGTGTTCTATCTTGTCTCTTGTTGCACCTCGTTCTATATTTGATCTCCTACACAAACTTTTATGAATTTGTGATTCCAACAAGTTTAGGATGGATCATTCAGTGGGACACTTTTTGTAGCAG
GTTTCAATTTGCATTCATCTAGGCATCTTATAGAATCAAACTTTTATTAATTCATGATTCCAACAAGTTTAGGATGTGTTACCCCCTAGGTTCTCACTCTATGTGAGAGTCCCAACCATACAATGTAATAACCCAAATGTGATTTTAGATTAGCTACTCACTGTCACTTTGGTAACCTTATCTTCTCTCTTAAGGCTAGC
TCTCCTCTAGCTTAAGGGTGAAGTCCCTATGGCAAACTAAGTCCAACCAATGGCAAGTGGAGAAGGTAAGAGATGGACTTAGGGTAAGTATATCTTGAAAGTTTATGGTAATGTGTATATCCAAATTTACTCATGCAAAGATTTCACCTATTAAAGGGTTACTGAAGGCTGAACTGACTCTGGTTATTGAGATTTGGGGC
TGAATATTATAGACTTAATAACCAGAAAAATACAATCCCTTATTTAATGAGCAAATGAAGGCATCTACGGCTGAAAATGAAATCTGAAATGTATTTTAATTCTAATGCTGGAAATTTTAAGATTTCATGTGCAGAAATTTAGGTCCTGTTATTAGTGAAAAAATGAGGGTTTATTGGACTTAATTACCAATATGAATTTC
TTATTTTATTGATGCTAAATTTCAGATTCTCAAACAGATAAAAAAAGAGAAAAAGAAGAAATTGAATTTTATGATTTTACGAGGTGGATGAAAAGGAGAGATCAGTGCCTAATTCCAGATTGGGTTGATGGGGTCAAATGGGCTTCTAAGAGGCCTGATTTTTTCACATATATTAAGATAAGAGTGACAACAACTAACAT
ATCAATCATTTCCTAAATGGCTGGAAATTTTCATTAAAATTTTGTGGTAGGAAAGAGCAAATGAAGTCAACTTTTGAGTTAAGATTCAAGATAGTATTTCATTAGGAGACCTACTAACCAAAAATTTAAACAGTTTCATGCACAAGCTATTTCCTTAATAAAATAAA