NA ----> NA
Intron 1 GTTAGTGAAC ... CAATATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.62 | 866 | 0 | 225 |
| A2 | 19.32 | 764 | 0 | 183 |
| A3 | 21.32 | 797 | 0 | 216 |
| A4 | 20.71 | 628 | 4 | 164 |
| A5 | 21.68 | 336 | 0 | 93 |
| A6 | 22.37 | 2454 | 2 | 707 |
| A7 | 21.11 | 2754 | 2 | 737 |
| A8 | 22.49 | 2940 | 4 | 853 |
| A9 | 22.18 | 2730 | 1 | 778 |
| A10 | 20.84 | 2230 | 0 | 587 |
>TRINITY_DN113293_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCATTTTAGAACAAATACAGGAATGATATCTTTAAGTCAAAAAATCATCACAAATGTGTCCCCTCTCTAAACATTGAACAAGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGCTTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTCA
GGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTT
GCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGC
AGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCT
GGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGA
CCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTG
GACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTTTATTTTTTTAAAAAAAAT
>TRINITY_DN113293_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:CATATTATTGTAATTGCGACCAGgttagtgaactacagttaactcatctagttttcttgtaattattttgtaaatcctattagcagtgaatcttatgtgctatttttcaatatgcagCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGC
AACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATA
CTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGG
GCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGAC
AATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTTTATTTTTTTAAAAAAAAT
Intron 2 GTGAGGATAA ... TGTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.65 | 589 | 88.5 | 135 |
| A2 | 16 | 524 | 81.6 | 99.8 |
| A3 | 15.6 | 514 | 88.5 | 95 |
| A4 | 15.95 | 542 | 84.1 | 102.9 |
| A5 | 17.41 | 261 | 43.3 | 55 |
| A6 | 19.15 | 441 | 59.8 | 104.4 |
| A7 | 17.53 | 861 | 128.9 | 183 |
| A8 | 20.52 | 523 | 70.1 | 135 |
| A9 | 15.53 | 895 | 143.8 | 164.5 |
| A10 | 13.39 | 880 | 144.4 | 136 |
>TRINITY_DN113293_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformCTCAAGAAAACTGGCAAGGTCATAGTCTAATTTACAAGGGAATTCAGATTTTGATTATAGAAATACTACTTTATTTGTTGTCTGTTTTTATGAAGCTTACTGAGTTCTTGTTGCACAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCT
TCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGAAGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAG
GGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAGGAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAG
AATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCCAAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAA
GTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGCAGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGC
AACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTACTAATGTCACCCTTTTACCCTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCT
CCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAATGAAATTATGGTTAATGATATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGAT
GGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCAGGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGA
TTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAAAAATTATTCAATGAATTATCTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAA
GTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGCTTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTCAGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTT
AGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAA
GCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGCAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCC
TCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTT
TCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTT
CCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGT
ATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTTTATTTTTTTAAAAAAAAT
>TRINITY_DN113293_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTGATAAAATTAAGgtgaggataattagaagctgctgagatgtaagacttggtcttcttttggataaagtaagcagataatttatttcctccacatatgttttgcagGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGA
CTCGTGAAAGAAGTCAGGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTC
AAAAGCATCTCATGAAAAATTATTCAATGAATTATCTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTA
GTTACTTGCAAAAAGCTTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTCAGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTG
ACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAAC
ACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGCAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCA
TTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTG
GCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATT
TGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAG
TTCTTATTGCGGGATTCCTCTTTATTTTTTTAAAAAAAAT
Intron 3 GTATTTCTGC ... TGTTACCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.4 | 417 | 137.5 | 142 |
| A2 | 24.66 | 275 | 98.5 | 90 |
| A3 | 23.92 | 283 | 97.5 | 89 |
| A4 | 23.71 | 296 | 86.8 | 92 |
| A5 | 22.1 | 141 | 47.2 | 40 |
| A6 | 25.17 | 532.3 | 146.7 | 179 |
| A7 | 25.61 | 735 | 194.7 | 253 |
| A8 | 25.94 | 631 | 189.7 | 221 |
| A9 | 25.53 | 662 | 151.2 | 227 |
| A10 | 23.24 | 578 | 158.7 | 175 |
>TRINITY_DN96674_c0_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoformGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGTCATAGTCTAATTTACAAGGGAATTCAGATTTTGATTATAGAAATACTACTTTATTTGTTGTCTGTTTTTATGAAGCTTACTGAGTTCTTGTTGCACAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCG
TTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGAAGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAA
ACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAGGAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATT
CCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCCAAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATG
GAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGCAGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATG
GAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTACTAATGTCACCCTTTTACCCTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAA
ACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAATGAAATTATGGTTAATGATATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTG
GGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCAGGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTT
TGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAAAAATTATTCAATGAATTATCTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACAT
ATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGCTTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTCAGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGA
TTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAG
TAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGCAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACT
GTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGT
ATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAA
AGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACA
ATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTGTTATGTTGGTGTGTATCTCAATTTAATGGTCATACTGTGTCTAAAACTTTAACAATTGCCAAACAACGTATATTGTCCATGGTGAAATATTTAGTTCGATATTTTTTTCTTATTTTTTAA
TCAAG
>TRINITY_DN96674_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCCGGGACTTCTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGGCCCAGAATAGACAATTTTT
CTGAAGCTTGTCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCCTTTGAAGTAGACGTGACGG
ACTCCAATGGGTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCGAAGTCCAACTCGTTCCGCA
AACTCTGAAGACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTGAATCCCGTGTGCAGCAGGC
AGAGATAAACAGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGTCTTATAGAGGCTGAAAAAA
CTCGTGCACATGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCGCCACAAAATGTACAAGCAT
GGGGACCGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGAAGGCACTTCTTGCTCGCAT
TGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAGGAACTGTTAAGATATCCAG
TACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCCAAATGCAGCATCTGATGAT
TGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGCAGAAATGCAAGATAACATC
AGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTACTAATGTCACCCTTTTACC
CTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAATGAAATTATGGTTAATGAT
ATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCAGGGATGAGCTTCTCTCATT
GATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAAAAATTATTCAATGAATTAT
CTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGgtatttctgctgtatgtgattgatgcacacattattccattttagtaactaatgcttccatgtcatgtttttttatatacctacaaattggaaaatggtatgcttgtt
tgtggtgttttgaaagatggacgagttagggtcaacatccgtttagagaaatttctggtttattaatgttattttaaatctttttaatatttcatgctttcttatttatattttaattttttttggaaagtgcattagatatttaatttctgaataatataatatacatcaggaatgatatctttaagtcaaaaaatcat
cacaaatgtgtcccctctctaaacattgaacaagtgagtaatatttgctttggctccaatgttaatagaatctatttctttccttaatataccatcctggttaagagctctgatctaacagctgttagttctccttgttgaaaggcctattacttgcaaataacaagggattgcttatttatcagtgatgcattattggt
accatcagtgaacattctttttattgttctgttacctagGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGCTTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTCAGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTT
AGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAG
GTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGCAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTA
TTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTT
GAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTG
TAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGT
GTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTGTTATGTTGGTGTGTATCTCAATTTAATGGTCATACTGTGTCTAAAACTTTAACAATTGCCAAACAA
CGTATATTGTCCATGGTGAAATATTTAGTTCGATATTTTTTTCTTATTTTTTAATCAAG
Intron 4 GTTTGAATTA ... CATTTTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.46 | 768 | 156 | 239 |
| A2 | 18.8 | 622 | 146 | 142 |
| A3 | 17.7 | 751 | 124 | 199 |
| A4 | 16.56 | 544 | 74 | 142 |
| A5 | 19.13 | 315 | 63 | 86 |
| A6 | 18.69 | 409 | 61 | 127 |
| A7 | 19.01 | 867 | 119 | 288 |
| A8 | 19.4 | 459 | 60 | 161 |
| A9 | 18.8 | 827 | 122 | 261 |
| A10 | 16.95 | 919 | 139 | 236 |
>TRINITY_DN40735_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformTGTAAGAATCATTTTGTTACTTCTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGGCCCAGAA
TAGACAATTTTTCTGAAGCTTGTCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCCTTTGAAG
TAGACGTGACGGACTCCAATGGGTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCGAAGTCCA
ACTCGTTCCGCAAACTCTGAAGACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTGAATCCCG
TGTGCAGCAGGCAGAGATAAACAGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGTCTTATAG
AGGCTGAAAAAACTCGTGCACATGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCGCCACAAA
ATGTACAAGCATGGGGACCGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGAAGGCACT
TCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAGGAACTGT
TAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCCAAATGCA
GCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGCAGAAATG
CAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTACTAATGT
CACCCTTTTACCCTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAATGAAATT
ATGGTTAATGATATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCAGGGATGA
GCTTCTCTCATTGATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAAAAATTAT
TCAATGAATTATCTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGCTTTCACT
ACTCGCTATGGCTCTTCTTCAGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCA
ATTGGATTTTGGAAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACA
TTGGAAGGTTGCGGAAGGTGCAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTG
TCTCAGCTTTGCTTGCCATCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAAT
TGGTGCTGCTGGGCTTATTGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGT
AGTAGAGAGGACTCGCATGTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTTT
TATGTTGGTGTGTATCTCAATTTAATGGTCATACTGTGTCTAAAACTTTAACAATT
>TRINITY_DN40735_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:TGTAAGAATCATTTTGTTACTTCTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGGCCCAGAA
TAGACAATTTTTCTGAAGCTTGTCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCCTTTGAAG
TAGACGTGACGGACTCCAATGGGTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCGAAGTCCA
ACTCGTTCCGCAAACTCTGAAGACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTGAATCCCG
TGTGCAGCAGGCAGAGATAAACAGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGTCTTATAG
AGGCTGAAAAAACTCGTGCACATGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCGCCACAAA
ATGTACAAGCATGGGGACCGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGAAGGCACT
TCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAGGAACTGT
TAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCCAAATGCA
GCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGCAGAAATG
CAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGgtttgaattactattttatattcacatgcactcggtattcccatgttcataccgagtgtatagttggtttgaaattttgtagaatgcattaactgagtgtttagttattattatttatctatgagaatggcacgcgtga
catcaaatattacttataaataaaggagcttaatattatgacctgtgttgtatcttttacgatggaatttgtcacatctaatgggacaatcttgttggcggatacacgaggaagagattaacgattgagatcaatgattttactagaaggttttgcagggtgtatttgtttacatattggtttacatggatctgggatcg
taaaaaccactaaccaccacaggcacaccttagtaactccagcaatacgttgctggtttgccacagaagttggttttggattttttttgttttttgtgtttgaactttttgagaaaatgctgcacctcttaaacacacctcttcagataatctgtttgtcttttatgtaccattaattaatcctagtaagatgatatttt
ttctttgtatggaatactttcttcaatctcaatatgggcttttttaattacccaatttgagtgtaaattctctcattacatgcattttatagGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATG
GAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTACTAATGTCACCCTTTTACCCTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACT
TGAGGCAAAATTGTTAAATGACAATGAAATTATGGTTAATGATATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGG
TTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCAGGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGAT
AAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAAAAATTATTCAATGAATTATCTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGC
AGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGCTTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTCAGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTAC
CTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAG
GAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGCAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGC
TATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCC
GATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAG
AAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATT
TTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTTTTATGTTGGTGTGTATCTCAATTTAATGGTCATACTGTGTCTAAAACTTTAACAATT
Intron 5 GTATTTCTGC ... TATACATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 98.8 | 2 | 164 | 9 |
| A2 | 100 | 0 | 118 | 4 |
| A3 | 100 | 0 | 117 | 6 |
| A4 | 100 | 0 | 103 | 16 |
| A5 | 100 | 0 | 56 | 3 |
| A6 | 100 | 0 | 176 | 4 |
| A7 | 99.15 | 2 | 233 | 16 |
| A8 | 100 | 0 | 227 | 6 |
| A9 | 100 | 0 | 181 | 10 |
| A10 | 99.48 | 1 | 190 | 11 |
>TRINITY_DN113293_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCATTTTAGAACAAATACAGGAATGATATCTTTAAGTCAAAAAATCATCACAAATGTGTCCCCTCTCTAAACATTGAACAAGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGCTTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTCA
GGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTT
GCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGC
AGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCT
GGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGA
CCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTG
GACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTTTATTTTTTTAAAAAAAAT
>TRINITY_DN113293_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTGCCCTTGTAAGAATCATTTTGTTACTTCTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGG
CCCAGAATAGACAATTTTTCTGAAGCTTGTCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCC
TTTGAAGTAGACGTGACGGACTCCAATGGGTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCG
AAGTCCAACTCGTTCCGCAAACTCTGAAGACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTG
AATCCCGTGTGCAGCAGGCAGAGATAAACAGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGT
CTTATAGAGGCTGAAAAAACTCGTGCACATGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCG
CCACAAAATGTACAAGCATGGGGACCGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGA
AGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAG
GAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCC
AAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGC
AGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTA
CTAATGTCACCCTTTTACCCTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAA
TGAAATTATGGTTAATGATATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCA
GGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAA
AAATTATTCAATGAATTATCTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGgtatttctgctgtatgtgattgatgcacacattattccattttagtaactaatgcttccatgtcatgtttttttatatacctacaaatt
ggaaaatggtatgcttgtttgtggtgttttgaaagatggacgagttagggtcaacatccgtttagagaaatttctggtttattaatgttattttaaatctttttaatatttcatgctttcttatttatattttaattttttttggaaagtgcattagatatttaatttctgaataatataatatacatcagGAATGATAT
CTTTAAGTCAAAAAATCATCACAAATGTGTCCCCTCTCTAAACATTGAACAAGTGAGTAATATTTGCTTTGGCTCCAATGTTAATAGAATCTATTTCTTTCCTTAATATACCATCCTGGTTAAGAGCTCTGATCTAACAGCTGTTAGTTCTCCTTGTTGAAAGGCCTATTACTTGCAAATAACAAGGGATTGCTTATTTA
TCAGTGATGCATTATTGGTACCATCAGTGAACATTCTTTTTATTGTTCTGTTACCTAGGTTCTGAA
Intron 6 GTATGTATTC ... ATTATTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.04 | 1390 | 162 | 306 |
| A2 | 18.16 | 1265 | 149.8 | 280.6 |
| A3 | 18.25 | 1702 | 184.2 | 380 |
| A4 | 17.43 | 1236 | 183 | 261 |
| A5 | 18.41 | 796 | 93.8 | 179.6 |
| A6 | 17.93 | 389 | 43.2 | 85 |
| A7 | 19.18 | 1264 | 126.4 | 300 |
| A8 | 16.38 | 342 | 44 | 67 |
| A9 | 17.42 | 1019 | 113 | 215 |
| A10 | 18.71 | 1681 | 170.4 | 387 |
>TRINITY_DN113293_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGTGCCCTTGTAAGAATCATTTTGTTACTTCTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGG
CCCAGAATAGACAATTTTTCTGAAGCTTGTCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCC
TTTGAAGTAGACGTGACGGACTCCAATGGGTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCG
AAGTCCAACTCGTTCCGCAAACTCTGAAGACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTG
AATCCCGTGTGCAGCAGGCAGAGATAAACAGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGT
CTTATAGAGGCTGAAAAAACTCGTGCACATGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCG
CCACAAAATGTACAAGCATGGGGACCGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGA
AGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAG
GAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCC
AAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGC
AGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTA
CTAATGTCACCCTTTTACCCTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAA
TGAAATTATGGTTAATGATATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCA
GGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAA
AAATTATTCAATGAATTATCTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGC
TTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTCAGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAG
GTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTTTGTCAATACCTTGCACTAGCTTTGAGTTTTTTATGGACCAGCTTTTGTGAAAGTGGCAAATATAGAGATACGCTGTCTGGC
>TRINITY_DN113293_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTGCCCTTGTAAGAATCATTTTGTTACTTCTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGG
CCCAGAATAGACAATTTTTCTGAAGCTTGTCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCC
TTTGAAGTAGACGTGACGGACTCCAATGGGTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCG
AAGTCCAACTCGTTCCGCAAACTCTGAAGACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTG
AATCCCGTGTGCAGCAGGCAGAGATAAACAGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGT
CTTATAGAGGCTGAAAAAACTCGTGCACATGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGgtatgtattcatggtgtactttatttcagcaatctttttcttcttacttgcctgaagctcatttgtcc
caatgtaattattacagGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCGCCACAAAATGTACAAGCATGGGGACCGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGT
GAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGAAGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTC
TTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAGGAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGG
CTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCCAAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAA
TTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGCAGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTT
Intron 7 GTGCTATTTC ... GCTCATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.19 | 662 | 122 | 67 |
| A2 | 9.52 | 567 | 119 | 59.6 |
| A3 | 10.79 | 645 | 126.6 | 78 |
| A4 | 9.73 | 563 | 108.7 | 60.6 |
| A5 | 10.5 | 326 | 64.9 | 38.3 |
| A6 | 10 | 776 | 156.9 | 86.3 |
| A7 | 9.95 | 1285 | 261.4 | 142 |
| A8 | 11.09 | 850 | 156.5 | 106 |
| A9 | 10.95 | 1204 | 242.5 | 148 |
| A10 | 7.34 | 1086 | 214.6 | 86 |
>TRINITY_DN113293_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformCTCAAGAAAACTGGCAAGGTCATAGTCTAATTTACAAGGGAATTCAGATTTTGATTATAGAAATACTACTTTATTTGTTGTCTGTTTTTATGAAGCTTACTGAGTTCTTGTTGCACAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCT
TCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGAAGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAG
GGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAGGAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAG
AATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCCAAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAA
GTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGCAGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGC
AACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTACTAATGTCACCCTTTTACCCTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCT
CCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAATGAAATTATGGTTAATGATATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGAT
GGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCAGGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGA
TTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAAAAATTATTCAATGAATTATCTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAA
GTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGCTTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTCAGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTT
AGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAA
GCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGCAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCC
TCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTT
TCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTT
CCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGT
ATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTTTATTTTTTTAAAAAAAAT
>TRINITY_DN113293_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTGCCCTTGTAAGAATCATTTTGTTACTTCTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGG
CCCAGAATAGACAATTTTTCTGAAGCTTGTCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCC
TTTGAAGTAGACGTGACGGACTCCAATGGGTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCG
AAGTCCAACTCGTTCCGCAAACTCTGAAGACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTG
AATCCCGTGTGCAGCAGGCAGAGATAAACAGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGT
CTTATAGAGGCTGAAAAAACTCGTGCACATGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCG
CCACAAAATGTACAAGCATGGGGACCGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGA
AGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAG
GAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCC
AAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGC
AGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTA
CTAATGTCACCCTTTTACCCTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAA
TGAAATTATGGTTAATGATATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCA
GGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGgtgctatttctttggaagtgataatgctgttgtggcattgtattgttgtggattttgagtgacttttgtctttttctttgctcattcagATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGT
ATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAAAAATTATTCAATGAATTATCTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAG
GT
Intron 8 GTTTTGTCAA ... CTTATTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.62 | 639 | 215 | 97 |
| A2 | 19.84 | 499 | 161 | 86 |
| A3 | 20.67 | 541 | 172 | 110 |
| A4 | 20 | 530 | 158 | 107 |
| A5 | 20.27 | 297 | 86 | 65 |
| A6 | 19.27 | 1211 | 342 | 236 |
| A7 | 18.04 | 1758 | 479 | 295 |
| A8 | 18.52 | 1626 | 406 | 333 |
| A9 | 17.78 | 1718 | 437 | 306 |
| A10 | 18.76 | 1288 | 368 | 227 |
>TRINITY_DN105519_c1_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoformCTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGTATGTATTCATGGTGTACTTTATTTCAGCAATCTTTTTCTTCTTACTTGCCTGAAGCTCATTTGTCCCAATGTAATTATTACAGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCGCCACAAAATGTACAAGCATGGGGAC
CGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGAAGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAG
TCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAGGAACTGTTAAGATATCCAGTACGTG
TCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCCAAATGCAGCATCTGATGATTGGGGT
TCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGCAGAAATGCAAGATAACATCAGGGGA
TGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTACTAATGTCACCCTTTTACCCTGCAT
CATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAATGAAATTATGGTTAATGATATTCTT
CATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCAGGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCC
TGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAAAAATTATTCAATGAATTATCTGAGA
TAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGCTTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCT
TCAGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAG
CTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGG
TGCAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCA
TCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTAT
TGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCAT
GTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTTTTAAAAAAA
>TRINITY_DN105519_c1_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTTGTTACTTCTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGGCCCAGAATAGACAATTTTT
CTGAAGCTTGTCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCCTTTGAAGTAGACGTGACGG
ACTCCAATGGGTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCGAAGTCCAACTCGTTCCGCA
AACTCTGAAGACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTGAATCCCGTGTGCAGCAGGC
AGAGATAAACAGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGTCTTATAGAGGCTGAAAAAA
CTCGTGCACATGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCGCCACAAAATGTACAAGCAT
GGGGACCGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGAAGGCACTTCTTGCTCGCAT
TGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAGGAACTGTTAAGATATCCAG
TACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCCAAATGCAGCATCTGATGAT
TGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGCAGAAATGCAAGATAACATC
AGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTACTAATGTCACCCTTTTACC
CTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAATGAAATTATGGTTAATGAT
ATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCAGGGATGAGCTTCTCTCATT
GATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAAAAATTATTCAATGAATTAT
CTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGCTTTCACTACTCGCTATGGC
TCTTCTTCAGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGG
AAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGgttttgtcaataccttgcactagctttgagttttttatggaccagcttttgtgaaagttgcaaatatagagatacgctgtctggcctatgtttgagttttcattttcttattgtagGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAA
GTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGCAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAG
TTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTT
TTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTC
ATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACA
TTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTTTTAAAAAAA
Intron 9 GTTTGAATTA ... CATTTTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.23 | 768 | 156 | 283 |
| A2 | 20.66 | 622 | 146 | 178 |
| A3 | 20.61 | 751 | 124 | 266 |
| A4 | 20 | 544 | 74 | 198 |
| A5 | 21.84 | 315 | 63 | 113 |
| A6 | 21.42 | 409 | 61 | 162 |
| A7 | 22.07 | 867 | 119 | 372 |
| A8 | 21.74 | 459 | 60 | 195 |
| A9 | 21.2 | 827 | 122 | 323 |
| A10 | 20.5 | 919 | 139 | 335 |
>TRINITY_DN100245_c0_g2_i6 from sample A3 / Example spliced isoformCTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGGCCCAGAATAGACAATTTTTCTGAAGCTTG
TCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCCTTTGAAGTAGACGTGACGGACTCCAATGG
GTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCGAAGTCCAACTCGTTCCGCAAACTCTGAAG
ACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTGAATCCCGTGTGCAGCAGGCAGAGATAAAC
AGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGTCTTATAGAGGCTGAAAAAACTCGTGCACA
TGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCGCCACAAAATGTACAAGCATGGGGACCGCC
TCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGAAGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGT
TTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAGGAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTT
TCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCCAAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTG
AAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGCAGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAG
GGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTACTAATGTCACCCTTTTACCCTGCATCATT
TTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAATGAAATTATGGTTAATGATATTCTTCATG
ACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCAGGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTGAA
AGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAAAAATTATTCAATGAATTATCTGAGATAGT
AGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGCTTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTCAG
GAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTTG
CCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGCA
GAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCTG
GGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGAC
CAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTGG
ACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTTTTATGTTGGTGTGTATCTCAATT
TAATGGTCATACTGTGTCTAAAACTTTAACAATTGCCAAACAACGTATATTGTCCATGG
>TRINITY_DN100245_c0_g2_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGGCCCAGAATAGACAATTTTTCTGAAGCTTG
TCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCCTTTGAAGTAGACGTGACGGACTCCAATGG
GTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCGAAGTCCAACTCGTTCCGCAAACTCTGAAG
ACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTGAATCCCGTGTGCAGCAGGCAGAGATAAAC
AGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGTCTTATAGAGGCTGAAAAAACTCGTGCACA
TGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCGCCACAAAATGTACAAGCATGGGGACCGCC
TCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGAAGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGT
TTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAGGAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTT
TCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCCAAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTG
AAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGCAGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAG
GGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGgtttgaattactattttatattcacatgcactcggtattcccatgttcataccgagtgtatagttggtttgaaattttgtagaatgcattaactgagtgtttagttattattatttatctatgagaatggcacgcgtgacatcaaatattacttataaata
aaggagcttaatattatgacctgtgttgtatcttttacgatggaatttgtcacatctaatgggacaatcttgttggcggatacacgaggaagagattaacgattgagatcaatgattttactagaaggttttgcagggtgtatttgtttacatattggtttacatggatctgggatcgtaaaaaccactaaccaccacag
gcacaccttagtaactccagcaatacgttgctggtttgccacagaagttggttttggattttttttgttttttgtgtttgaactttttgagaaaatgctgcacctcttaaacacacctcttcagataatctgtttgtcttttatgtaccattaattaatcctagtaagatgatattttttctttgtatggaatactttct
tcaatctcaatatgggcttttttaattacccaatttgagtgtaaattctcatcattacatgcattttatagGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCT
CTACTAATGTCACCCTTTTACCCTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGA
CAATGAAATTATGGTTAATGATATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAG
TCAGGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCAT
GAAAAATTATTCAATGAATTATCTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAA
AGCTTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTCAGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAA
CAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTG
AAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGCAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGG
CCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTC
TGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCA
AAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGG
ATTCCTCTTTTATGTTGGTGTGTATCTCAATTTAATGGTCATACTGTGTCTAAAACTTTAACAATTGCCAAACAACGTATATTGTCCATGG
Intron 10 GTTTGAATTA ... CATTTTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.23 | 768 | 156 | 283 |
| A2 | 20.66 | 622 | 146 | 178 |
| A3 | 20.61 | 751 | 124 | 266 |
| A4 | 20 | 544 | 74 | 198 |
| A5 | 21.84 | 315 | 63 | 113 |
| A6 | 21.42 | 409 | 61 | 162 |
| A7 | 22.07 | 867 | 119 | 372 |
| A8 | 21.74 | 459 | 60 | 195 |
| A9 | 21.2 | 827 | 122 | 323 |
| A10 | 20.5 | 919 | 139 | 335 |
>TRINITY_DN39563_c8_g3_i7 from sample A9 / Example spliced isoformGTGCCCTTGTAAGAATCATTTTGTTACTTCTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGG
CCCAGAATAGACAATTTTTCTGAAGCTTGTCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCC
TTTGAAGTAGACGTGACGGACTCCAATGGGTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCG
AAGTCCAACTCGTTCCGCAAACTCTGAAGACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTG
AATCCCGTGTGCAGCAGGCAGAGATAAACAGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGT
CTTATAGAGGCTGAAAAAACTCGTGCACATGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCG
CCACAAAATGTACAAGCATGGGGACCGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGA
AGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAG
GAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCC
AAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGC
AGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTA
CTAATGTCACCCTTTTACCCTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAA
TGAAATTATGGTTAATGATATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCA
GGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAA
AAATTATTCAATGAATTATCTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGC
TTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTCAGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAG
GTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAA
CTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGCAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCA
ATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGA
AGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAG
TGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGC
>TRINITY_DN39563_c8_g3_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:GTGCCCTTGTAAGAATCATTTTGTTACTTCTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGG
CCCAGAATAGACAATTTTTCTGAAGCTTGTCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCC
TTTGAAGTAGACGTGACGGACTCCAATGGGTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCG
AAGTCCAACTCGTTCCGCAAACTCTGAAGACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTG
AATCCCGTGTGCAGCAGGCAGAGATAAACAGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGT
CTTATAGAGGCTGAAAAAACTCGTGCACATGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCG
CCACAAAATGTACAAGCATGGGGACCGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGA
AGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAG
GAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCC
AAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGC
AGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGgtttgaattactattttatattcacatgcactcggtattcccatgttcataccgagtgtatagttggtttgaaattttgtagaatgcattaactgagtgtttagttattattatttatctatgagaatggca
cgcgtgacatcaaatattacttataaataaaggagcttaatattatgacctgtgttgtatcttttacgatggaatttgtcacatctaatgggacaatcttgttggcggatacacgaggaagagattaacgattgagatcaatgattttactagaaggttttgcagggtgtatttgtttacatattggtttacatggatct
gggatcgtaaaaaccactaaccaccacaggcacaccttagtaactccagcaatacgttgctggtttgccacagaagttggttttggattttttttgttttttgtgtttgaactttttgagaaaatgctgcacctcttaaacacacctcttcagataatctgtttgtcttttatgtaccattaattacagcaatacgttgc
tggtttgccacagaagttggttttggattgttttttgttttttgtgtttgaactttttgagaaaatgctgcacctcttaaacacacctcttcagataatctgtttgtcttttatgtaccattaattaatcctagtaagatgatattttttctttgtatggaatactttcttcaatctcaatatgggcttttttaattacc
caatttgagtgtaaattctcatcattacatgcattttatagGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTACTAATGTCACCCTTTTACCCTGCATCA
TTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAATGAAATTATGGTTAATGATATTCTTCA
TGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCAGGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTG
AAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAAAAATTATTCAATGAATTATCTGAGATA
GTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGCTTTCACTACTCGCTATGGCTCTTCTTC
AGGAGCTAAAAGGGCTTTGCCTCAAACTGTACAATGGCTTACTTTAGTGCGGCAATCTGTGGAGGAGCAAAGAAGTGATTTTGAAGCTGTATCGACTGATTTTAGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCT
TGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAAGCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTG
CAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCCTCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATC
TGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTTTCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTG
ACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTTCCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGT
GGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGTATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGC
Intron 11 GTCATAGTCT ... TGTTGCACAG
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| A3 | 17.7 | 780.8 | 0 | 168 |
| A4 | 20.11 | 583.9 | 1 | 147 |
| A5 | 18.78 | 359 | 1 | 83 |
| A6 | 15.17 | 206.9 | 0 | 37 |
| A7 | 17.68 | 651.8 | 0 | 140 |
| A8 | 21.68 | 169.8 | 0 | 47 |
| A9 | 20.63 | 499.9 | 1 | 130 |
| A10 | 19.63 | 818.8 | 0 | 200 |
>TRINITY_DN113293_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGTGCCCTTGTAAGAATCATTTTGTTACTTCTGCAAAGTTCGTTTGCTTAGGGAATGAAGACTTCAAAACCTTCGCCCGCAATCAATACGAACTATTTGCAGTTTTTCTTATATTCGCCGCGCGAATTCCCCTCAGATCGCCTTAGCTCGTCCCGGGCTTTCGTTTGATCTCCGTTTTGCCGTACTCTGCACAGTCTTTGG
CCCAGAATAGACAATTTTTCTGAAGCTTGTCAGTTAAAATTCATTATATTCTGAGGCCCCTGTTCTGTTATTTTAACGCTGAATTGAATTTGATCTGTTCGAGGTTCTTCGATTCTCTGGAGGTTTTATGAAAAATGGCCACTTCTACAAGCTTGGATTTTGTGGGTATTGGCGGAGACAGCCCTGTTGTGGGGATTGCC
TTTGAAGTAGACGTGACGGACTCCAATGGGTCGCCCCAAAGCGTGCCAAAGAGGGTCAGACGACGCCTCTTGGAGACGCCTGAGAATAAGCCCAGGACGCCATCCAGTCTTGAAGAAATTGAAGCTAAGCTCAAAGAAGCCGACCTCAGGCGCCAGCAATTTCATGAGTGGTTGGCAAACAAGGCTCGGCCAAAGCCTCG
AAGTCCAACTCGTTCCGCAAACTCTGAAGACTTGGCACAACGTCTCGAAGCCAAGCTTTCTGCTGCTGAGCAAAAGAGGTTGGACCTTTTGGCACAGGCACAGATGCGCTTAGCCAGGTCAGATGAGCTTCGACAAGCTGCTAAAACGGAAGTGCAACTGCGTGCTGAAAGGGAGCGAGAGGAACTGGAATCAAAAGTTG
AATCCCGTGTGCAGCAGGCAGAGATAAACAGGATGGCTCTTCTTGAGGCAGAGAAACAACGGAGGGCTGCTGTCCAGGAGAGGATGGCACATTCCCTTTTGCATAGGATGTTGCAGGAAGATAAGGATAAAGAGCGTATGGAAACACTTTATGCAACAATATGTCAAAGAGTTGCAGCTGCAGAGGAGAAGCGTTTGGGT
CTTATAGAGGCTGAAAAAACTCGTGCACATGCAATAGTTATGCAAGCAAGAAGGGTCGCAAATTCTGTCTGTATTCAGAGGGAGATGGAAATTAAAAATCTGAAGGAGAACTTGGAAAATCGATTGCAAAGGGCAAAACGTAAAAGAGCAGAACTTTTAAGGCAAAGAGGAAAATGTGGAGGCATCAGTCATGTTAATCG
CCACAAAATGTACAAGCATGGGGACCGCCTCTCAAGAAAACTGGCAAGGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCTTCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGA
AGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAGGGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAG
GAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAGAATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCC
AAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAAGTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGC
AGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGCAACAAGGATGGAAACAGCACTATTAGATGCACGATCTAAATTTATGGAATCAAAGGAGAATGGAGCTCTA
CTAATGTCACCCTTTTACCCTGCATCATTTTCTCCATCTCATAGTCCCTCGGATGCCCAAAAGGGTGGTAATGGAAACCCAAAGAAGGTTGCCCGGTCATTATTTAAGAGCACTTCAGAACCAGAAACCTCCTCTAACACTGAGTCTAACTCCAGCAATAGATTGGGAGATGCACTTGAGGCAAAATTGTTAAATGACAA
TGAAATTATGGTTAATGATATTCTTCATGACAGAGATAGATCATTGGCTGATATTCTCTGTGGAATAAATAAAGGTTCTGATAAAATTAAGGCACAGATTAAATCAACAATGGAGAAAGCCTTTTGGGATGGTGTTGAAGAGTCTCTTGTGCAGGATCGTCCTGATTACAGTTGGGTTATTGGACTCGTGAAAGAAGTCA
GGGATGAGCTTCTCTCATTGATTCCTGAAAGTTGGAAACAAGAACTCCTTGAAAGTATTGATGTGGAGCTCTTTTCTCAGATATTGGAGTCAGGAAGCCAAGATATCGAGTATCTCAGCAGACTTTTGGATTATTCATTAGGTGTTGTATTGAAGCTTGCTATTCCAGCAAATGATAAGGAGTCAAAAGCATCTCATGAA
AAATTATTCAATGAATTATCTGAGATAGTAGCTGCAATGGACAAAAGTTCAAACCGTTCCTTTGCATGTGCATTGGTGAAAGGCCTTCGCTTCATTTTAGAACAAATACAGGTTCTGAAGCAACATATAAGTGCTGCACGAATTAGAGCTCTGGAGCCACTGGTCCAGGGATCAGCAGGTGTTAGTTACTTGCAAAAAGC
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GTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTTTGTCAATACCTTGCACTAGCTTTGAGTTTTTTATGGACCAGCTTTTGTGAAAGTGGCAAATATAGAGATACGCTGTCTGGC
>TRINITY_DN113293_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTCAAGAAAACTGGCAAGgtcatagtctaatttacaagggaattcagattttgattatagaaatactactttatttgttgtctgtttttatgaagcttactgagttcttgttgcacagGGTTTGGAGGCAGTTTCAAAGGTCAAGACGCACAACATATGCTTTAGCACGGGAGTTTTCTGCATGTGAAATTAATCGTTCT
TCTGTTAATTCACTTCCTTTTGAGCAGCTCGCAGCTCGCATACAATCGACTTCCACATTACAGGCTGTGAAGGCACTTCTTGCTCGCATTGAGAGTCGTTTCTTGGTGTCACAAGCAAGTCAGTCTAATGTTGCACAGATAGATCATTTGCTTAAACGGCTATCTCCAGGACACAAGAAAACGTCTTTGACTGGAAACAG
GGCTGCAAAGATGGCTACTTCTCAAGTGTCTGTTAAAGGGACTGCTAGAGGTCAAAATGTTGAAGGAAAGGAACTGTTAAGATATCCAGTACGTGTCTTTCTGTGTGCCTATATGATTTTGGGTCATCCTGAGGCTGTCTTCAGTGGCAGAGGAGACCGTGAAACTGCACTTGCAGAAGCAGCGGCTAAGCTTATTCCAG
AATTTGAATCCTTAATCACTACTATATTGGATGGGCCTTCTTCTAGCTCTCTGTCCAGACCTTCTTCTCCAAATGCAGCATCTGATGATTGGGGTTCTGAAGAACCTCAGGGTTTAATTCAACAGCGGCCATTTGCAGCCCAGCTGGCTGCATTTGATGCTGCCTGGTGCTCTTACTTGTATCAATTTGTGTTATGGAAA
GTCAAGGATGCTCAGTCTCTTGAAGAAGATTTGATTAGAGTGGCTTGCCAGCTTGAAGTTTCAATGCTGCAGAAATGCAAGATAACATCAGGGGATGAGGGTAATGCCAGTCATGATTCAAAGGCCATTCGCAAGCAGGTTCTCGAAGATCAACAACTTCTGCGAGAAAGGGTTCTTCGTTTGAGTGGCAGTGATGGAGC
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AGAAATAGCCAGCCTAGTGGATCAGGTACACAGGCCTCGGGTTTACCTCCAGTGACATCACTCCGAACAGGTGGCCAATTGGATTTTGGAAAAAGCTTGCCAATCACTTCTGCTAACGGCTCAGCAATTCCTTGCTGTACAGGTTCTTCAAGTGAGACAGCCCATGAGATCAAGTGGAACTCTATAGAAATATTAGTAAA
GCTGGGCCTACTGCAATTGGCAAGGAAACCGGATGCTGCAAATGAGGAGACAACACCAGAAACACTGAAACTGAACATTGGAAGGTTGCGGAAGGTGCAGAATGATTTTCAGCATATTATTGTAATTGCGACCAGCATGCTATTGGTGAGACAGACACTTGCTGGGAAGGGAGTTCCAGCTGCAGAGCTAGATACTGTCC
TCCGTGGTGCAAATAAGCAACTGAATGACATCCTTAGTAATCCTGCTATAAGCATTCATCATATTGGCCAATTGTTGTCTCAGCTTTGCTTGCCATCTGGGGAAAACGATGAAGCTAACCAAGAGCTGATGACAAGGATTTTGAGGAGGAGTTTGTCTGCTGATGATGTTGTTTTTGTGAGGGTGTCAACTGCTGTATTT
TCTGCAATTCGAGCAATACTCCTTGTTGGTAAATGTTTACATGGCCGATCTTTGGCAGAGTTGGCTCTGAAGCGAATTGGTGCTGCTGGGCTTATTGACCAGCTTGTAGAGGCAGCTGATATTCTTGACATCATGGCTACTGTAACTTGTCAGGTCCATGGTCCATGGTATTCATGTATAGCTAGGGAAATGTGAAAGTT
CCCTAATATTTGTGCAGGGCATTTAATTCCAAGAAAGTGTAGTAAGAAAAGATTTGGATCAGTGGCAAAGTGGGTGTAGTAGAGAGGACTCGCATGTGGACGAAAGAACATATCTCCTGGAAGTTGTAATTTAATTCACTGTGTATAAGTTAGTTTGGGAAGGCTTCTGTACATTCCAAGTGCCGTTGCCCAAACAATGT
ATATTGTTGACTGCAGACAATTCTATTGGATATTTCATTGTTTATTTTATCAAGTTCTTATTGCGGGATTCCTCTTTATTTTTTTAAAAAAAAT