sp|Q9SZ52|PP344_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g31850, chloroplastic
Intron 1 GTATTCCCTT ... TCCATTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 54.05 | 17 | 23 | 17 |
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| A4 | 70.21 | 14 | 32 | 34 |
| A5 | 54.1 | 14 | 19 | 14 |
| A6 | 37.5 | 5 | 4 | 2 |
| A7 | 44 | 7 | 7 | 4 |
| A8 | 50 | 2 | 2 | 2 |
| A9 | 68.42 | 3 | 5 | 8 |
| A10 | 28.57 | 10 | 7 | 1 |
>TRINITY_DN126971_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformAAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTTGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACTGACATATAGCATTAGCCGAAGACAGTAAACTATTGGGCCCATTGAATTGCTGTAATTTAGTTAACCGG
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TTGCAATTAACGCGCATCCAAATCCCAAAACTAATATGACTTACACGCTAATGCATCAGGCTGGTACTGCCAGTGGGTTAACTTCCGACCATGTAATACAAGTCCTTAAATCACATTCTGATCCAGAGCAGGCATTGGGTTTTTTCTTCTGGGCTGCCAGACAAAAACAGTTTATGCACACCACAGATTCCTACAACTCC
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ACCTGTACACCTTCACACTCTGCATAAAGATCCACGGGAGAGCTGGCAAGGTAGATGAAGCATGCGGCCTGTGGAGACAAATGAAGGAGGAGGGCTGCAAACCTGATGTCGTGGCTTTCACCACATTAATGGCTGCTCTCAGCAATGCAGGCAGATTGGATGAGGCGGCAGCATTACTGAAAGAGATGAGAAGCAGCAAA
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GGAGAGAGGGAGTTCTCCCAATTTGTACACTTACAATTCATTGATTGGAGGTCTTCTTAAGAATAACAGATTGGAGGACGCGCAGAAGTTTTTTCAGATTATGCACACTAAAGGCTGTGAGCCCACATCTTTAACCTACAGCTTATTCATCAATTACTATGGAAATAATGGTAAGGCCGATGAAGCATATGAGGTGTTTC
TGCAGATGAAGAGGAAAGGAATTTCTCCAAATGTTGTTTCCTTCAATGTTTGTATAGATAGCCTCGGGAGGGTAGGAAGGATTAAAGAAGTGAATGAACTTTTTGAAGAAATGAAACAAACAGGTATATCTCCTGATGTAATCACGTATAATATGATGATATGCTGCTATGCTAAGGCAGGGAAAGTGGATGAAGCTATT
GGGATGGTCTTGCGGATGATAGAAAGTGGATGTGATCCAGACACTGTCACTAACAACACTTTGATCGATATTCTTTACAAGGAAGACAGAACAGACGAGGCATGGAAGATGTTCCACAAAATGCAGCAGATGAACCTTTTCCCCACTGTCATAACCTATAATATTCTGGTGGATGGGCTTGGCAAAGATGGCAAGATTAA
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ATAGAATTGATGATGCTTGCCAGCTCTTTGAAGATATGAAAAACAAACTTTCTCCAAACCTTGTAACTTTGGGTACGCTTTTGCCAGGGCTTGCAAAAGCTGGAAAAATGGATTATGCTGTGAGAGTGTTCAAAGAGTTCTATGATGTTATGGGATTACTTCCCGATGATGTTGCTTGTGCAGCCCTAACTGATGGCTTA
GGCAGAGCAGGCAGGTTGGATGAGGCAATCTTGATCTATGAAGAAATGTTGGCCAAGGGTGCCAGTCAATACACATATGTAGTATGCTCTCTCATCAAATCCCTATGCAAAGCAGGAAGAGTGTTTGATGCTCACAGATTGTTTGAGGAATCAAAAGATCGGGGCGTTGCCCTCAACACTATAGCTTACAATACTCTTAT
TAATGGGCTATGTAAAACTGACCATATCCATATTGCCTGGGATCTTTTCAAACAGATGAAGAAGTCAGGTCATATTCCAAATGTTTTCACTTACAATGCCTTCTTTGATGCCCTTGGAAAGGATGGAAAGATGGATGATGCTTTCAAGCTTCTTGATGAGATGCGTGCTAGAGGATGCAAGATGAGTACAATAAACTACA
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GCAGTTTACAATATTCTCATGAATGCCTTTGGAAAGGTAGGGGATGTAGATGAAGCTTGTCAGCTTTTCGAGAGAATGGTAGCAGATGGCATAAAACCAGATGTAAGATCGTACACTATTATCATAGACAGTCTTTTTATGGTGGACAGGGTAGATGAGGCTTTTCATTTCTTTGTAGAACTGAAGTCTAGTGGCTTGAA
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GGGGGTATGAACCAAATGTCGCTACCTACAATGCACTAATTCGTGCATTTAGCATAGCGGGCAGAGTGGATCGTGCATATGCAATCTTTGAAGAGATGATGGCCAGCGGCTGTGAGCCAAATCCATTAACATATTCTAATCTACCAAATCAGTTTTGAAAGGGTTGGTGATGGTTTAACAGGAGTGTGATGTTTTGTCAT
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ATTTTCTTTTCCTTTATCAATTTTGAAACTTATCCTTTTTGTTGCAGTCTCTGCCACTAAAAACACTATCTTCTGGTCACTATTAGTACTGCTTTCTCGTTCCTAGAATTTCTCCTACTTGCTGCAAAGGTCCTGCTTATAATTTGCTGAAAGGTCTTCTGTCATAAAGTACTAATGTTCAGGATTAACTAGTTCAAGCT
GGTCTCTTCTAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTCACAAGAAATTTATTGAAGACAAATAAGGAGATACTTTGGCAGAAACAGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCC
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CTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGTAATCCCAGCTTGATTAACTACTTCTCAGAATTTCTGGTGTTTAAATTTTCGCATGGCTGTACAAGAAACGCAAGACGAGATTTGTAGGAAAGATTTATGCACACTTTTTCC
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CTACTGTTAATGTGAAAGAAAATCGAATTTCAGGAAATGTTGTTTTTTTAATGAGAAATGCTTCACATATTACTTAAC
>TRINITY_DN126971_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTTGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACTGACATATAGCATTAGCCGAAGgtattcccttgcctctgaacttcatgctctccatgcaaactttgaat
gggttattctgattgtgttcaatgtttttttcactctctgaaaaatctatttccattttagACAGTAAACTATTGGGCCCATTGAATTGCTGTAATTTAGTTAACCGGGGCAGGAGTGATGGAGACATGCTTAATAGAAATTTCCAATGGAGGACAAGTGGAGTTGTTCTGTAGTTGTACAGATAGAGCAGGAGTAGGAG
GAGGGTCTGCTGCAGTGGGGTACTTTGGGTTCAAAAGACGAACAAAAACAAGTGGTTCATTAGCTTTTAATTTGTGTTCCATGAAGGTCTCTTGCGTACAAACTGTACTTGCAATTAACGCGCATCCAAATCCCAAAACTAATATGACTTACACGCTAATGCATCAGGCTGGTACTGCCAGTGGGTTAACTTCCGACCAT
GTAATACAAGTCCTTAAATCACATTCTGATCCAGAGCAGGCATTGGGTTTTTTCTTCTGGGCTGCCAGACAAAAACAGTTTATGCACACCACAGATTCCTACAACTCCATGCTAAAAATCCTGGGAAGAACCCACAAGGTCAAGGAAATGGCATATGTTTTAGATTTGATGCAAACTCAACGCTGTAGACTTAATTCCCA
GACCTATTTAATAATTCTCCGCAACCTCGGAATAGCAGGAGGTATAGAGCAAGTTCCTCAAGCCCTGGATGAGATGAAGAAATCCGGGCTTATGCTGAGTGGCTTTGCTTACAATGGTCTCATAGGATTACTGATCAAATCAGGCTTTCGGGAAGAAGCCATGGTGGTGTACAGGAAGATGATATCAGAAGGATTGTTGC
CCAGCCTAAAATGTTATTCTGTACTAATGGGTGCCTGTGGAGAAAAGGGCGATACGGGGCAGGTGATGGGACTACTAGCTGAAATGCGAAAACATGGCTTGAGACCCAACCTGTACACCTTCACACTCTGCATAAAGATCCACGGGAGAGCTGGCAAGGTAGATGAAGCATGCGGCCTGTGGAGACAAATGAAGGAGGAG
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GATAGCTGATGGATGTGCCCCAACTGTGGTTACCTTTACTACTATTATTAATGCGCTATGCACAGGTGGAAAAATTGATGAAGCAATTGCGGTGTTGGATGAAATGGTGGAGAGAGGGAGTTCTCCCAATTTGTACACTTACAATTCATTGATTGGAGGTCTTCTTAAGAATAACAGATTGGAGGACGCGCAGAAGTTTT
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AATGAACTTTTTGAAGAAATGAAACAAACAGGTATATCTCCTGATGTAATCACGTATAATATGATGATATGCTGCTATGCTAAGGCAGGGAAAGTGGATGAAGCTATTGGGATGGTCTTGCGGATGATAGAAAGTGGATGTGATCCAGACACTGTCACTAACAACACTTTGATCGATATTCTTTACAAGGAAGACAGAAC
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GCAAAAGCTGGAAAAATGGATTATGCTGTGAGAGTGTTCAAAGAGTTCTATGATGTTATGGGATTACTTCCCGATGATGTTGCTTGTGCAGCCCTAACTGATGGCTTAGGCAGAGCAGGCAGGTTGGATGAGGCAATCTTGATCTATGAAGAAATGTTGGCCAAGGGTGCCAGTCAATACACATATGTAGTATGCTCTCT
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CCATCTACTTATGGTCCTCTTATTGATGGACTTGGTAAGGCAGGAAGAGTGTCTGAGGCCAATCACTTCTTTCAAGAAATGATTGAAAATGGGTGCAGGCCTAATTGTGCAGTTTACAATATTCTCATGAATGCCTTTGGAAAGGTAGGGGATGTAGATGAAGCTTGTCAGCTTTTCGAGAGAATGGTAGCAGATGGCAT
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TTGGGAAACTGGGTTTCCTTTGTTGCCATGCTATGGATGATAAAGCTGGCATAGTTTCTTGCAGTTTTAATACATCGATGCTTAAGAGATTCTGCTTGTACTCATGATATTTTCTTTTCCTTTATCAATTTTGAAACTTATCCTTTTTGTTGCAGTCTCTGCCACTAAAAACACTATCTTCTGGTCACTATTAGTACTGC
TTTCTCGTTCCTAGAATTTCTCCTACTTGCTGCAAAGGTCCTGCTTATAATTTGCTGAAAGGTCTTCTGTCATAAAGTACTAATGTTCAGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTCACA
AGAAATTTATTGAAGACAAATAAGGAGATACTTTGGCAGAAACAGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCCCAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATAT
GCTAAGAATCAAGATGGACATGGAAGCTGTGAAATTTCTTCCATGGAAATAGACAAAATCCCATCAGCAGAACATAAAATTGCTAGTGGAGAAATTAAGAGGGCTTCAATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAAACTATTTGCTGCAAAGTTCCCCCTTATAATTT
GCTGAAAGGCCTTTTGTCATAAAGTACAAGTTTTCAGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCAGAAAAGTATCACAAATGCTCAAAGTTACAACCACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCAGAAACAGAGGGGGATGT
TTTTTAATTTTTATCAGATTAATGGGTGATGTAGTGCCCTGAGAGGACAGACTTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAATTTAAGCTTCAGAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCATAGAAATAGACGGAATCC
CTTCAGCAGAACATAAAATTGCTATTGGAGAAATTGGGAGGGCTTCAATTATAGGCAAGGCAACAGAACCTGAGATTAGAAAGACTATTTGTGACAAAGGTAATTAAGAGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGCATTGCTTCTTTGGAGAA
GCTGAACAGTGAAAACATTGTATGGTGAAATTGAGTTGGGCAGAATTGGAAGTAAAGACTTTTACATTAAATTTGTAAAATGATCTCCAACTACAGATACAAGTCAATCTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGTAAT
CCCAGCTTGATTAACTACTTCTCAGAATTTCTGGTGTTTAAATTTTCGCATGGCTGTACAAGAAACGCAAGACGAGATTTGTAGGAAAGATTTATGCACACTTTTTCCTGCTAGTCGACCACGTGATAGAGTTATCAGTGTGATTAATGTGAAAATAGAGGAGGTTTTAGCCTTTCAGCCTGCTTCATATCCAGCTTATC
TATCTTACAGTAGTAAAGATGAATATCTCTTCTTGATAACTATATAACTGATCAGAAATCCAATCCTGCATAAATTGGCCAGTTGAGTCAGGGTACATTAATTGTTACAGTGGTGTTCTGATGCTTGTCACATAGGGTGGTGATGCAGCATCTATGCTTCCCTTGAAGATGGTCAGGGTATACTTAATCAATATATCAGT
TCAGATGGGCCAGTAACCTTTTTCCTCAAATCTTGAGACTAAGTGAGATTCCTTCCCACACTGTTTACTATTGCTAATTCTCACTGCCACCTAGAGAGCAGACAGACACTACTGTTAATGTGAAAGAAAATCGAATTTCAGGAAATGTTGTTTTTTTAATGAGAAATGCTTCACATATTACTTAAC
Intron 2 GTATTCCCTT ... GTTTTGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 72.41 | 8 | 24 | 18 |
| A2 | 64.04 | 16 | 26 | 31 |
| A3 | 73.58 | 7 | 27 | 12 |
| A4 | 62.89 | 18 | 32 | 29 |
| A5 | 75 | 4 | 19 | 5 |
| A6 | 100 | 0 | 4 | 25 |
| A7 | 73.81 | 11 | 7 | 55 |
| A8 | 91.3 | 2 | 2 | 40 |
| A9 | 65.22 | 12 | 5 | 40 |
| A10 | 75.38 | 8 | 7 | 42 |
>TRINITY_DN44495_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformTTTATAAGTACCTGTATAAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTCGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACTGACATATAGCATTAGCCGAAGGGTTGGTGATGGTTTAACAGGATTGTGATG
TTTTGTCATGAATACCACTCCACTTCAGTGCAGGAAGTTCTCTATTTATCTGAGATGATTTTGAACCAAGATACAAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTCACAAGAAATTTATTGAAGACAAATAAGGAGATACTTTGGCAGAAAC
AGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCCCAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGAGAACACAAGACAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGACATGGAAGCTGTGAAATTTCTTCCA
TGGAAATAGACAAAATCCCATCAGCAGAACATAAAATTGCTAGTGGAGAAATTAAGAGGGCTTCAATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAGACTATTTGCTGCAAAGTTCCCCCTTATAATTTGCTGAAAGGCCTTTTGTCATAAAGTACAAGTTTTCGGGATTAA
CTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCAGAAAAGTATCACAAATGCTCAAAGTTACAACCACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCAGAAACAGAGGGGGATGTTTTTTAATTTTTATCAGATTAATGGGTGATGTAGTGCCCTGAG
AGGACAGACTTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAATTTAAGCTTCAGAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCATAGAAATAGACGGAATCCCTTCAGCAGAACATAAAATTGCTATTGGAGAAATTGGGAGGGC
TTCAATTATAGGCAAGGCAACAGAACCTGAGATTAGAAAGACTATTTGTGACAAAGGTAATTAAGAGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGCATTGCTTCTTTGGAGAAGCTGAACAGTGAAAACATTGTATGGTGAAATTGAGTTGGGCAG
AATTGGAAGTAAAGACTTTTACATTAAATTTGTAAAATGATCTCCAACTACAGATACAAGTCAATCTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGTAATCCCAGCTTGATTAACTACTTCTCAGAATTTCTGGTGTTTAAAT
TTTCGCATGGCTGTACAAGAAACGCAAGACGAGATTTGTAGGAAAGATTTATGCACACTTTTTCCTGCTAGTCGACCACGTGATAGAGTTATCAGTGTGATTAATGTGAAAATAGAGGAGGTTTTAGCCTTTCAGCCTGCTTCATATCCAGCTTATCTATCTTACAGTAGTAAAGATGAATATCTCTTCTTGATAACTAT
ATAACTGATCAGAAATCCAATCCTGCATAAATTGGCCAGTTGAGTCAGGGTACATTAATTGTTACAGTGGTGTTCTGATGCTTGTCACATAGGGTGGTGATGCAGCATCTATGCTTCCCTTGAAGATGGTCAGGGTATACTTAATCAATATATCAGTTCAGATGGGCCAGTAACCTTTTTCCTCAAATCTTGAGACTAAG
TGAGATTCCTTCCCACACTGTTTACTATTGCTAATTCTCACTGCCACCTAGAGAGCAGACAGACACTACTGTTAATGTGAAAGAAAATCGAATTTCAGGAAATGTTGTTTTTTTAATGAGAAATGCTTCACATATTACTTAACGGAAGAAAGAGTTACGCTATGCAAATATTGTTTATGTTTTTCCAGGTAATGTGGATG
GTAATAAACAAAAGGCTCTACCTTGTAAGATTGAATTTCATATAAACTTTGACTGGTAAATGTTATAATTTCACCCTAGCTTTATGTTTTTCTGACAGTGTAAAACTTGAAACATCGTGAAGAGAAGATAACAGGTTGTCCATGTTCTCATTGTTTTCATAGTTGGAAATGCTGCAGTAGATGGTTGGAGCTATTTCGTA
GGCCGATAAAATTCCTCTAAAGATAGACTGAACAAATCAACTTTGAAACATAAAATTTCATTGGAAAAAATCCGCTCCAAATTGAAAAACGTTTTCTGCAATGGAAAACGTGTTTTTCTTGCTGTAGATGCTCTCTCTTTCTGAAATAACACTTTCAAACAGAACGCCCAGTGGCTGAGCATTCATCTCTTCAAGCATTG
ATCTCTTTGTAGATTGTTCGATATGTGTGACTGTGCAAAACGTGGAGCACAGTATCATTTTGCTTATTCCAGCTTTGAGCAATTTGTCTCTTTGCAGAGTGTCTTTGAAGGAGGTATGTGTATTAATCTTTAAAATCTCAATAGTAATTTGAGGATTTGGTAGGAAGCAATTTAAAAAGTTTGTCAATTAAGGATATGGG
CTTGTCAGGATTTTTGGCAATAAACAGTTGGCATATGGTAGTGGTGCACACAACAGAATTTGTGAATTTCTATTGTAGTTTTATAGTGCTGCAGTAAGTTATTGCTTTGTCTGCATTGCCCATCAAGCTCTTGAGTTTGCTTCATAAGTACTGGTGAAAATATCTCTGTTGGTTGCAAAAATCTCAGGGTAATTGTTTAA
AATATGAATTCTTCAGCTTTGCAAAGTAAAGGTCTCTTTCCTTTCCAAATTGTTTACCAAACAATTAATCATCTACTTGAGGCAAAAGTGATTAAGATATTTCCTATGGCTTATGTACTATATGTGGATTGAGGTGGAGGTATCCAACATTGTTTTCCTCAATCTGGACCAACTCCATTAGAACAGAGATTTTTTGCAGA
GATTATAAGAAAAGAGCTTGCATTCCAAAGAGCAATCAGTGGACTGCACTGTAGAGGAAGTATGTGGCCTTAGCACCATAAGCAAAGCATAATCAAATAAACCAAAGTATTCAGAAGCCTATTTTCATTGAAAGCCTGGTGGAGCTGCGTACAAACTGGTGGAGACCTGAGAGTGGGTTGTTGTTGCATATTTGTTTGGT
ATCCTCTACATTTTGTATCATCTCTGGAGAAGTCTCAAAACCCTAAATTTTGATAGCAGAAATT
>TRINITY_DN44495_c0_g1_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:TTTATAAGTACCTGTATAAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTCGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACTGACATATAGCATTAGCCGAAGgtattcccttgcctctgaacttcatgctct
ccatgcaaactttgaatgggttattctgattgtgttcaatgtttttttcactctctgaaaaatctatttccattttagacagtaaactattgggcccattgaattgctgtaatttagttaaccggggcaggagtgatggagacatgcttaatagaaatttccaatggaggacaagtggagttgttctgtagttgtacaga
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tgtagacttaattcccagacctatttaataattctccgcaacctcggaatagcaggaggtatagagcaagttcctcaagccctggatgagatgaagaaatccgggcttatgctgagtggctttgcttacaatggtctcataggattactgatcaaatcaggctttcgggaagaagccatggtggtgtacaggaagatgat
atcagaaggattgttgcccagcctaaaatgttattctgtactaatgggtgcctgtggagaaaagggcgatacggggcaggtgatgggactactagctgaaatgcgaaaacatggcttgagacccaacctgtacaccttcacactctgcataaagatccacgggagagctggcaaggtagatgaagcatgcggcctgtgga
gacaaatgaaggaggagggctgcaaacctgatgtcgtggctttcaccacattaatggctgctctcagcaatgcaggcagattggatgaggcggcagcattactgaaagagatgagaagcagcaaatgtaggcctgattctatcacatacaatactttgatagataaatatggggattctggtgatgtcgatgctgcatgg
gagctttggaaggagatgatagctgatggatgtgccccaactgtggttacctttactactattattaatgcgctatgcacaggtggaaaaattgatgaagcaattgcggtgttggatgaaatggtggagagagggagttctcccaatttgtacacttacaattcattgattggaggtcttcttaagaataacagattgga
ggacgcgcagaagttttttcagattatgcacactaaaggctgtgagcccacatctttaacctacagcttattcatcaattactatggaaataatggtaaggccgatgaagcatatgaggtgtttctgcagatgaagaggaaaggaatttctccaaatgttgtttccttcaatgtttgtatagatagcctcgggagggtag
gaaggattaaagaagtgaatgaactttttgaagaaatgaaacaaacaggtatatctcctgatgtaatcacgtataatatgatgatatgctgctatgctaaggcagggaaagtggatgaagctattgggatggtcttgcggatgatagaaagtggatgtgatccagacactgtcactaacaacactttgatcgatattctt
tacaaggaagacagaacagacgaggcatggaagatgttccacaaaatgcagcagatgaaccttttccccactgtcataacctataatattctggtggatgggcttggcaaagatggcaagattaaggaagcaatagagttatttcaacgaatgggggaaacaggatgcaccccaaatgttattacacacaattcaatgct
gaatggtctctgcaagaataatgaggtagatttggctttcaaaataatgcaagagatgacagaaaatgggtatttccctgatgagattacttacaacatactgattgatggtttcataaaaacaaatagaattgatgatgcttgccagctctttgaagatatgaaaaacaaactttctccaaaccttgtaactttgggta
ctcttttgccagggcttgcaaaagctggaaaaatggattatgctgtgagagtgttcaaagagttctatgatgttatgggattacttcccgatgatgttgcttgtgcagccctaactgatggcttaggcagagcaggcaggttggatgaggcaatcttgatctatgaagaaatgttggccaagggtgccagtcaatacaca
tatgtagtatgctctctcatcaaatccctatgcaaagcaggaagagtgtttgatgctcacagattgtttgaggaatcaaaagatcggggcgttgccctcaacactatagcttacaatactcttattaatgggctatgtaaaactgaccatatccatattgcctgggatcttttcaaacagatgaagaagtcaggtcatat
tccaaatgttttcacttacaatgccttctttgatgcccttggaaaggatggaaagatggatgatgctttcaagcttcttgatgagatgcgtgctagaggatgcaagatgagtacaataaactacaacaccctcatatcaggtcttgtgatggctggtagagtggatgaggccatagatttgtatggtcatatggtgaaga
gggggtatcctctctccccatctacttatagtcctcttattgatggacttggtaaggcaggaagagtgtctgaggccaatcacttctttcaagaaatgattgaaaatgggtgcaggcctaattgtgcagtttacaatattctcatgaatgcctttggaaaggtaggggatgtagatgaagcttgtcagcttttcgagaga
atggtagcagatggcataaaaccagatgtaagatcgtacactattatcatagacagtctttttatggtggacagggtagatgaggcttttcatttctttgtagaactgaagtctagtggcttgaagcctgatacaatcatgtataatatcatcattgatggactgggaaaagctgaaaagttagaggaagcattacaagt
ttttgaggaaatgaagaacagtgattctgttccaaacttgtttgcttacaattccttgatagatcaccttggaaagcttggtatgatagaggaagctagcaaggtatatgcagaactcctttcaagggggtatgaaccaaatgtcgctacctacaatgcactaattcgtgcatttagcatagcgggcagagtggatcgtg
catatgcaatctttgaagagatgatggccagcggctgtgagccaaatccattaacatattctaatctaccaaatcagttttgaaagGGTTGGTGATGGTTTAACAGGATTGTGATGTTTTGTCATGAATACCACTCCACTTCAGTGCAGGAAGTTCTCTATTTATCTGAGATGATTTTGAACCAAGATACAAGGTAATAG
TGAATGGTGTTAACCCTTTGGGAAACTGGGTTTCCTTTGTTGCCATGCTATGGATGATAAAGCTGGCATAGTTTCTTGCAGTTTTAATACATCGATGCTTAAGAGATTCTGCTTGTACTCATGATATTTTCTTTTCCTTTATCAATTTTGAAACTTATCCTTTTTGTTGCAGTCTCTGCCACTAAAAACACTATCTTCTG
GTCACTATTAGTACTGCTTTCTCGTTCCTAGAATTTCTCCTACTTGCTGCAAAGGTCCTGCTTATAATTTGCTGAAAGGTCTTCTGTCATAAAGTACTAATGTTCAGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTG
GCATAATAGCTTTCACAAGAAATTTATTGAAGACAAATAAGGAGATACTTTGGCAGAAACAGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCCCAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGAGAACA
CAAGACAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGACATGGAAGCTGTGAAATTTCTTCCATGGAAATAGACAAAATCCCATCAGCAGAACATAAAATTGCTAGTGGAGAAATTAAGAGGGCTTCAATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAGACTATTTGCTGCAAA
GTTCCCCCTTATAATTTGCTGAAAGGCCTTTTGTCATAAAGTACAAGTTTTCGGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCAGAAAAGTATCACAAATGCTCAAAGTTACAACCACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCA
GAAACAGAGGGGGATGTTTTTTAATTTTTATCAGATTAATGGGTGATGTAGTGCCCTGAGAGGACAGACTTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAATTTAAGCTTCAGAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCAT
AGAAATAGACGGAATCCCTTCAGCAGAACATAAAATTGCTATTGGAGAAATTGGGAGGGCTTCAATTATAGGCAAGGCAACAGAACCTGAGATTAGAAAGACTATTTGTGACAAAGGTAATTAAGAGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGC
ATTGCTTCTTTGGAGAAGCTGAACAGTGAAAACATTGTATGGTGAAATTGAGTTGGGCAGAATTGGAAGTAAAGACTTTTACATTAAATTTGTAAAATGATCTCCAACTACAGATACAAGTCAATCTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAA
ATTAGTATGGATGTAATCCCAGCTTGATTAACTACTTCTCAGAATTTCTGGTGTTTAAATTTTCGCATGGCTGTACAAGAAACGCAAGACGAGATTTGTAGGAAAGATTTATGCACACTTTTTCCTGCTAGTCGACCACGTGATAGAGTTATCAGTGTGATTAATGTGAAAATAGAGGAGGTTTTAGCCTTTCAGCCTGC
TTCATATCCAGCTTATCTATCTTACAGTAGTAAAGATGAATATCTCTTCTTGATAACTATATAACTGATCAGAAATCCAATCCTGCATAAATTGGCCAGTTGAGTCAGGGTACATTAATTGTTACAGTGGTGTTCTGATGCTTGTCACATAGGGTGGTGATGCAGCATCTATGCTTCCCTTGAAGATGGTCAGGGTATAC
TTAATCAATATATCAGTTCAGATGGGCCAGTAACCTTTTTCCTCAAATCTTGAGACTAAGTGAGATTCCTTCCCACACTGTTTACTATTGCTAATTCTCACTGCCACCTAGAGAGCAGACAGACACTACTGTTAATGTGAAAGAAAATCGAATTTCAGGAAATGTTGTTTTTTTAATGAGAAATGCTTCACATATTACTT
AACGGAAGAAAGAGTTACGCTATGCAAATATTGTTTATGTTTTTCCAGGTAATGTGGATGGTAATAAACAAAAGGCTCTACCTTGTAAGATTGAATTTCATATAAACTTTGACTGGTAAATGTTATAATTTCACCCTAGCTTTATGTTTTTCTGACAGTGTAAAACTTGAAACATCGTGAAGAGAAGATAACAGGTTGTC
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CTGAAATAACACTTTCAAACAGAACGCCCAGTGGCTGAGCATTCATCTCTTCAAGCATTGATCTCTTTGTAGATTGTTCGATATGTGTGACTGTGCAAAACGTGGAGCACAGTATCATTTTGCTTATTCCAGCTTTGAGCAATTTGTCTCTTTGCAGAGTGTCTTTGAAGGAGGTATGTGTATTAATCTTTAAAATCTCA
ATAGTAATTTGAGGATTTGGTAGGAAGCAATTTAAAAAGTTTGTCAATTAAGGATATGGGCTTGTCAGGATTTTTGGCAATAAACAGTTGGCATATGGTAGTGGTGCACACAACAGAATTTGTGAATTTCTATTGTAGTTTTATAGTGCTGCAGTAAGTTATTGCTTTGTCTGCATTGCCCATCAAGCTCTTGAGTTTGC
TTCATAAGTACTGGTGAAAATATCTCTGTTGGTTGCAAAAATCTCAGGGTAATTGTTTAAAATATGAATTCTTCAGCTTTGCAAAGTAAAGGTCTCTTTCCTTTCCAAATTGTTTACCAAACAATTAATCATCTACTTGAGGCAAAAGTGATTAAGATATTTCCTATGGCTTATGTACTATATGTGGATTGAGGTGGAGG
TATCCAACATTGTTTTCCTCAATCTGGACCAACTCCATTAGAACAGAGATTTTTTGCAGAGATTATAAGAAAAGAGCTTGCATTCCAAAGAGCAATCAGTGGACTGCACTGTAGAGGAAGTATGTGGCCTTAGCACCATAAGCAAAGCATAATCAAATAAACCAAAGTATTCAGAAGCCTATTTTCATTGAAAGCCTGGT
GGAGCTGCGTACAAACTGGTGGAGACCTGAGAGTGGGTTGTTGTTGCATATTTGTTTGGTATCCTCTACATTTTGTATCATCTCTGGAGAAGTCTCAAAACCCTAAATTTTGATAGCAGAAATTGTATTGCAGAAATTTCATTGCAATTTGTATTTTTCAAATCATATCAAGTGCTATTCTTGCAGAGATCATATTGTTT
TTGCAGAGACTTAGACCTGCACATAATGTAAGCTTTTTTGAATATTTATGTAGAGATTGGTGTAGTACTTGTTTATTGCAGATTGCAAAGCAAAGTATGTTGGCCACCAGTGATGCCTATCTACTGTCCACTAACTTCGAAACCTTTTTCCAAGTATTGAGAGTGCATAGTGTTGGTGCTATAAGTGACCATTGATGTTC
CATGGAGACTTATCTTTGTAGGCAATCGCATCTGAGCACACTTGTATTTTGGCCTGTGCATCACAACAGAGCTGCATCAAAGAACCAAGAGCATTTTGAGCAGAAGAGGTTGGCAATTTTACCTTAGTACACTCGATCATTCATATCAAATTCCACTTGCAAACTATTTTTTTTTGTATTTGCTCTCTTGTAAGTGTC
Intron 3 GTATTCCCTT ... AATGCATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.74 | 17.1 | 23.6 | 34 |
| A2 | 66.58 | 13.6 | 26 | 28 |
| A3 | 82.09 | 6 | 27 | 28 |
| A4 | 67.44 | 14 | 32 | 26 |
| A5 | 75.78 | 5.4 | 19 | 15 |
| A6 | 80.25 | 0.9 | 4 | 1 |
| A7 | 45.45 | 6 | 7 | 3 |
| A8 | 42.86 | 2 | 2 | 1 |
| A9 | 73.91 | 3 | 5 | 12 |
| A10 | 77.78 | 2 | 7 | 7 |
>TRINITY_DN96594_c1_g2_i7 from sample A4 / Example spliced isoformTGAATATTTAAAACGATAATGTATAAGTTCTTATTTTTGGTGTGCAGATATTTTATAAGTACCTGTATAAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTTGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACT
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AATGGCATATGTTTTAGATTTGATGCAAACTCAACGCTGTAGACTTAATTCCCAGACCTATTTAATAATTCTCCGCAACCTCGGAATAGCAGGAGGTATAGAGCAAGTTCCTCAAGCCCTGGATGAGATGAAGAAATCCGGGCTTATGCTGAGTGGCTTTGCTTACAATGGTCTCATAGGATTACTGATCAAATCAGGCT
TTCGGGAAGAAGCCATGGTGGTGTACAGGAAGATGATATCAGAAGGATTGTTGCCCAGCCTAAAATGTTATTCTGTACTAATGGGTGCCTGTGGAGAAAAGGGCGATACGGGGCAGGTGATGGGACTACTAGCTGAAATGCGAAAACATGGCTTGAGACCCAACCTGTACACCTTCACACTCTGCATAAAGATCCACGGG
AGAGCTGGCAAGGTAGATGAAGCATGCGGCCTGTGGAGACAAATGAAGGAGGAGGGCTGCAAACCTGATGTCGTGGCTTTCACCACATTAATGGCTGCTCTCAGCAATGCAGGCAGATTGGATGAGGCGGCAGCATTACTGAAAGAGATGAGAAGCAGCAAATGTAGGCCTGATTCTATCACATACAATACTTTGATAGA
TAAATATGGGGATTCTGGTGATGTCGATGCTGCATGGGAGCTTTGGAAGGAGATGATAGCTGATGGATGTGCCCCAACTGTGGTTACCTTTACTACTATTATTAATGCGCTATGCACAGGTGGAAAAATTGATGAAGCAATTGCGGTGTTGGATGAAATGGTGGAGAGAGGGAGTTCTCCCAATTTGTACACTTACAATT
CATTGATTGGAGGTCTTCTTAAGAATAACAGATTGGAGGACGCGCAGAAGTTTTTTCAGATTATGCACACTAAAGGCTGTGAGCCCACATCTTTAACCTACAGCTTATTCATCAATTACTATGGAAATAATGGTAAGGCCGATGAAGCATATGAGGTGTTTCTGCAGATGAAGAGGAAAGGAATTTCTCCAAATGTTGTT
TCCTTCAATGTTTGTATAGATAGCCTCGGGAGGGTAGGAAGGATTAAAGAAGTGAATGAACTTTTTGAAGAAATGAAACAAACAGGTATATCTCCTGATGTAATCACGTATAATATGATGATATGCTGCTATGCTAAGGCAGGGAAAGTGGATGAAGCTATTGGGATGGTCTTGCGGATGATAGAAAGTGGATGTGATCC
AGACACTGTCACTAACAACACTTTGATCGATATTCTTTACAAGGAAGACAGAACAGACGAGGCATGGAAGATGTTCCACAAAATGCAGCAGATGAACCTTTTCCCCACTGTCATAACCTATAATATTCTGGTGGATGGGCTTGGCAAAGATGGCAAGATTAAGGAAGCAATAGAGTTATTTCAACGAATGGGGGAAACAG
GATGCACCCCAAATGTTATTACACACAATTCAATGCTGAATGGTCTCTGCAAGAATAATGAGGTAGATTTGGCTTTCAAAATAATGCAAGAGATGACAGAAAATGGGTATTTCCCTGATGAGATTACTTACAACATACTGATTGATGGTTTCATAAAAACAAATAGAATTGATGATGCTTGCCAGCTCTTTGAAGATATG
AAAAACAAACTTTCTCCAAACCTTGTAACTTTGGGTACTCTTTTGCCAGGGCTTGCAAAAGCTGGAAAAATGGATTATGCTGTGAGAGTGTTCAAAGAGTTCTATGATGTTATGGGATTACTTCCCGATGATGTTGCTTGTGCAGCCCTAACTGATGGCTTAGGCAGAGCAGGCAGGTTGGATGAGGCAATCTTGATCTA
TGAAGAAATGTTGGCCAAGGGTGCCAGTCAATACACATATGTAGTATGCTCTCTCATCAAATCCCTATGCAAAGCAGGAAGAGTGTTTGATGCTCACAGATTGTTTGAGGAATCAAAAGATCGGGGCGTTGCCCTCAACACTATAGCTTACAATACTCTTATTAATGGGCTATGTAAAACTGACCATATCCATATTGCCT
GGGATCTTTTCAAACAGATGAAGAAGTCAGGTCATATTCCAAATGTTTTCACTTACAATGCCTTCTTTGATGCCCTTGGAAAGGATGGAAAGATGGATGATGCTTTCAAGCTTCTTGATGAGATGCGTGCTAGAGGATGCAAGATGAGTACAATAAACTACAACACCCTCATATCAGGTCTTGTGATGGCTGGTAGAGTG
GATGAGGCCATAGATTTGTATGGTCATATGGTGAAGAGGGGGTATCCTCTCTCCCCATCTACTTATGGTCCTCTTATTGATGGACTTGGTAAGGCAGGAAGAGTGTCTGAGGCCAATCACTTCTTTCAAGAAATGATTGAAAATGGGTGCAGGCCTAATTGTGCAGTTTACAATATTCTCATGAATGCCTTTGGAAAGGT
AGGGGATGTAGATGAAGCTTGTCAGCTTTTCGAGAGAATGGTAGCAGATGGCATAAAACCAGATGTAAGATCGTACACTATTATCATAGACAGTCTTTTTATGGTGGACAGGGTAGATGAGGCTTTTCATTTCTTTGTAGAACTGAAGTCTAGTGGCTTGAAGCCTGATACAATCATGTATAATATCATCATTGATGGAC
TGGGAAAAGCTGAAAAGTTAGAGGAAGCATTACAAGTTTTTGAGGAAATGAAGAACAGTGATTCTGTTCCAAACTTGTTTGCTTACAATTCCTTGATAGATCACCTTGGAAAGCTTGGTATGATAGAGGAAGCTAGCAAGGTATATGCAGAACTCCTTTCAAGGGGGTATGAACCAAATGTCGCTACCTACAATGCACTA
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>TRINITY_DN96594_c1_g2_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:TGAATATTTAAAACGATAATGTATAAGTTCTTATTTTTGGTGTGCAGATATTTTATAAGTACCTGTATAAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTTGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACT
GACATATAGCATTAGCCGAAGgtattcccttgcctctgaacttcatgctctccatgcaaactttgaatgggttattctgattgtgttcaatgtttttttcactctctgaaaaatctatttgcattttagacagtaaactattgggcccattgaattgctgtaatttagttaaccggggcaggagtgatggagacatgctt
aatagaaatttccaatggaggacaagtggagttgttctgtagttgtacagatagagcaggagtaggaggagggtctgctgcagtggggtactttgggttcaaaagacgaacaaaaacaagtggttcattagcttttaatttgtgttccatgaaggtctcttgcgtacaaactgtacttgcaattaacgcgcatccaaatc
ccaaaactaatatgacttacacgctaatgcatcagGCTGGTACTGCCAGTGGGTTAACTTCCGACCATGTAATACAAGTCCTTAAATCACATTCTGATCCAGAGCAGGCATTGGGTTTTTTCTTCTGGGCTGCCAGACAAAAACAGTTTATGCACACCACAGATTCCTACAACTCCATGCTAAAAATCCTGGGAAGAACC
CACAAGGTCAAGGAAATGGCATATGTTTTAGATTTGATGCAAACTCAACGCTGTAGACTTAATTCCCAGACCTATTTAATAATTCTCCGCAACCTCGGAATAGCAGGAGGTATAGAGCAAGTTCCTCAAGCCCTGGATGAGATGAAGAAATCCGGGCTTATGCTGAGTGGCTTTGCTTACAATGGTCTCATAGGATTACT
GATCAAATCAGGCTTTCGGGAAGAAGCCATGGTGGTGTACAGGAAGATGATATCAGAAGGATTGTTGCCCAGCCTAAAATGTTATTCTGTACTAATGGGTGCCTGTGGAGAAAAGGGCGATACGGGGCAGGTGATGGGACTACTAGCTGAAATGCGAAAACATGGCTTGAGACCCAACCTGTACACCTTCACACTCTGCA
TAAAGATCCACGGGAGAGCTGGCAAGGTAGATGAAGCATGCGGCCTGTGGAGACAAATGAAGGAGGAGGGCTGCAAACCTGATGTCGTGGCTTTCACCACATTAATGGCTGCTCTCAGCAATGCAGGCAGATTGGATGAGGCGGCAGCATTACTGAAAGAGATGAGAAGCAGCAAATGTAGGCCTGATTCTATCACATAC
AATACTTTGATAGATAAATATGGGGATTCTGGTGATGTCGATGCTGCATGGGAGCTTTGGAAGGAGATGATAGCTGATGGATGTGCCCCAACTGTGGTTACCTTTACTACTATTATTAATGCGCTATGCACAGGTGGAAAAATTGATGAAGCAATTGCGGTGTTGGATGAAATGGTGGAGAGAGGGAGTTCTCCCAATTT
GTACACTTACAATTCATTGATTGGAGGTCTTCTTAAGAATAACAGATTGGAGGACGCGCAGAAGTTTTTTCAGATTATGCACACTAAAGGCTGTGAGCCCACATCTTTAACCTACAGCTTATTCATCAATTACTATGGAAATAATGGTAAGGCCGATGAAGCATATGAGGTGTTTCTGCAGATGAAGAGGAAAGGAATTT
CTCCAAATGTTGTTTCCTTCAATGTTTGTATAGATAGCCTCGGGAGGGTAGGAAGGATTAAAGAAGTGAATGAACTTTTTGAAGAAATGAAACAAACAGGTATATCTCCTGATGTAATCACGTATAATATGATGATATGCTGCTATGCTAAGGCAGGGAAAGTGGATGAAGCTATTGGGATGGTCTTGCGGATGATAGAA
AGTGGATGTGATCCAGACACTGTCACTAACAACACTTTGATCGATATTCTTTACAAGGAAGACAGAACAGACGAGGCATGGAAGATGTTCCACAAAATGCAGCAGATGAACCTTTTCCCCACTGTCATAACCTATAATATTCTGGTGGATGGGCTTGGCAAAGATGGCAAGATTAAGGAAGCAATAGAGTTATTTCAACG
AATGGGGGAAACAGGATGCACCCCAAATGTTATTACACACAATTCAATGCTGAATGGTCTCTGCAAGAATAATGAGGTAGATTTGGCTTTCAAAATAATGCAAGAGATGACAGAAAATGGGTATTTCCCTGATGAGATTACTTACAACATACTGATTGATGGTTTCATAAAAACAAATAGAATTGATGATGCTTGCCAGC
TCTTTGAAGATATGAAAAACAAACTTTCTCCAAACCTTGTAACTTTGGGTACTCTTTTGCCAGGGCTTGCAAAAGCTGGAAAAATGGATTATGCTGTGAGAGTGTTCAAAGAGTTCTATGATGTTATGGGATTACTTCCCGATGATGTTGCTTGTGCAGCCCTAACTGATGGCTTAGGCAGAGCAGGCAGGTTGGATGAG
GCAATCTTGATCTATGAAGAAATGTTGGCCAAGGGTGCCAGTCAATACACATATGTAGTATGCTCTCTCATCAAATCCCTATGCAAAGCAGGAAGAGTGTTTGATGCTCACAGATTGTTTGAGGAATCAAAAGATCGGGGCGTTGCCCTCAACACTATAGCTTACAATACTCTTATTAATGGGCTATGTAAAACTGACCA
TATCCATATTGCCTGGGATCTTTTCAAACAGATGAAGAAGTCAGGTCATATTCCAAATGTTTTCACTTACAATGCCTTCTTTGATGCCCTTGGAAAGGATGGAAAGATGGATGATGCTTTCAAGCTTCTTGATGAGATGCGTGCTAGAGGATGCAAGATGAGTACAATAAACTACAACACCCTCATATCAGGTCTTGTGA
TGGCTGGTAGAGTGGATGAGGCCATAGATTTGTATGGTCATATGGTGAAGAGGGGGTATCCTCTCTCCCCATCTACTTATGGTCCTCTTATTGATGGACTTGGTAAGGCAGGAAGAGTGTCTGAGGCCAATCACTTCTTTCAAGAAATGATTGAAAATGGGTGCAGGCCTAATTGTGCAGTTTACAATATTCTCATGAAT
GCCTTTGGAAAGGTAGGGGATGTAGATGAAGCTTGTCAGCTTTTCGAGAGAATGGTAGCAGATGGCATAAAACCAGATGTAAGATCGTACACTATTATCATAGACAGTCTTTTTATGGTGGACAGGGTAGATGAGGCTTTTCATTTCTTTGTAGAACTGAAGTCTAGTGGCTTGAAGCCTGATACAATCATGTATAATAT
CATCATTGATGGACTGGGAAAAGCTGAAAAGTTAGAGGAAGCATTACAAGTTTTTGAGGAAATGAAGAACAGTGATTCTGTTCCAAACTTGTTTGCTTACAATTCCTTGATAGATCACCTTGGAAAGCTTGGTATGATAGAGGAAGCTAGCAAGGTATATGCAGAACTCCTTTCAAGGGGGTATGAACCAAATGTCGCTA
CCTACAATGCACTAATTCGTGCATTTAGCATAGCGGGCAGAGTGGATCGTGCATATGCAATCTTTGAAGAGATGATGGCCAGCGGCTGTGAGCCAAATCCATTAACATATTCTAATCTACCAAATCAGTTTTGAAAGGGTTGGTGATGGTTTAACAGGAGTGTGATGTTTTGTCATGAATACCACTCCACTTCAGTGCAG
GAAGTTCTCTATTGATCTGAGATGATTATGAACCAAGATACAAGCTTTCAGGTTCTTCTAAATAATTCCTCAGGCTCACCCAAGATTTTATGTACATTCATTTCTCTTTTTAACCAACCAAACAGTTTGTAAGTGCAATGCTGACGCTGGGACTAAGGTGAGAGCAGGGTATGGCATGCTGCCAGGCATCGGTGATTGTG
TATAAGAGCAGTTGCTTACTTCAAGTTGGTGTGTCATCTGAATATGCTAGTGTGTCATCTGAATCTGCTACAGTACAAGGAGAGGCTGTGTCAGTTGATGCCCCCAAACTTGTACAGGGCTCCCTTTGCCAAGGAATTTGGAGTTCTGGGAAGCAAAATTACATGGCTAATCTTGCTATTTATCCGGGGCGCTTTGAATT
ATCTTTTTTGCCTCAAAATACTCAGGCAGTTATTTTACAGCCGCTTGGTGATGAGGGTGTCATGATTGTTGCAGGAGACAGAATTCGAGGATTTAGCCAAAGTGATCAGAACTTTTTCGGGTTGCCCACATTTTGAGCATGTTTCTAGTTCAAAAGCAAAGAAAATTCCAAAAAATCTCATTAATTTGGGTGCATCTTTG
GGAAGATACCACGAATATTGGGTCGATACC
Intron 4 GTATTCCCTT ... GTTTTGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 72.41 | 8 | 24 | 18 |
| A2 | 64.04 | 16 | 26 | 31 |
| A3 | 73.58 | 7 | 27 | 12 |
| A4 | 62.89 | 18 | 32 | 29 |
| A5 | 75 | 4 | 19 | 5 |
| A6 | 100 | 0 | 4 | 25 |
| A7 | 73.81 | 11 | 7 | 55 |
| A8 | 91.3 | 2 | 2 | 40 |
| A9 | 65.22 | 12 | 5 | 40 |
| A10 | 75.38 | 8 | 7 | 42 |
>TRINITY_DN44495_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformTTTATAAGTACCTGTATAAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTCGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACTGACATATAGCATTAGCCGAAGGGTTGGTGATGGTTTAACAGGATTGTGATG
TTTTGTCATGAATACCACTCCACTTCAGTGCAGGAAGTTCTCTATTTATCTGAGATGATTTTGAACCAAGATACAAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTCACAAGAAATTTATTGAAGACAAATAAGGAGATACTTTGGCAGAAAC
AGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCCCAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGAGAACACAAGACAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGACATGGAAGCTGTGAAATTTCTTCCA
TGGAAATAGACAAAATCCCATCAGCAGAACATAAAATTGCTAGTGGAGAAATTAAGAGGGCTTCAATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAGACTATTTGCTGCAAAGTTCCCCCTTATAATTTGCTGAAAGGCCTTTTGTCATAAAGTACAAGTTTTCGGGATTAA
CTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCAGAAAAGTATCACAAATGCTCAAAGTTACAACCACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCAGAAACAGAGGGGGATGTTTTTTAATTTTTATCAGATTAATGGGTGATGTAGTGCCCTGAG
AGGACAGACTTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAATTTAAGCTTCAGAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCATAGAAATAGACGGAATCCCTTCAGCAGAACATAAAATTGCTATTGGAGAAATTGGGAGGGC
TTCAATTATAGGCAAGGCAACAGAACCTGAGATTAGAAAGACTATTTGTGACAAAGGTAATTAAGAGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGCATTGCTTCTTTGGAGAAGCTGAACAGTGAAAACATTGTATGGTGAAATTGAGTTGGGCAG
AATTGGAAGTAAAGACTTTTACATTAAATTTGTAAAATGATCTCCAACTACAGATACAAGTCAATCTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGTAATCCCAGCTTGATTAACTACTTCTCAGAATTTCTGGTGTTTAAAT
TTTCGCATGGCTGTACAAGAAACGCAAGACGAGATTTGTAGGAAAGATTTATGCACACTTTTTCCTGCTAGTCGACCACGTGATAGAGTTATCAGTGTGATTAATGTGAAAATAGAGGAGGTTTTAGCCTTTCAGCCTGCTTCATATCCAGCTTATCTATCTTACAGTAGTAAAGATGAATATCTCTTCTTGATAACTAT
ATAACTGATCAGAAATCCAATCCTGCATAAATTGGCCAGTTGAGTCAGGGTACATTAATTGTTACAGTGGTGTTCTGATGCTTGTCACATAGGGTGGTGATGCAGCATCTATGCTTCCCTTGAAGATGGTCAGGGTATACTTAATCAATATATCAGTTCAGATGGGCCAGTAACCTTTTTCCTCAAATCTTGAGACTAAG
TGAGATTCCTTCCCACACTGTTTACTATTGCTAATTCTCACTGCCACCTAGAGAGCAGACAGACACTACTGTTAATGTGAAAGAAAATCGAATTTCAGGAAATGTTGTTTTTTTAATGAGAAATGCTTCACATATTACTTAACGGAAGAAAGAGTTACGCTATGCAAATATTGTTTATGTTTTTCCAGGTAATGTGGATG
GTAATAAACAAAAGGCTCTACCTTGTAAGATTGAATTTCATATAAACTTTGACTGGTAAATGTTATAATTTCACCCTAGCTTTATGTTTTTCTGACAGTGTAAAACTTGAAACATCGTGAAGAGAAGATAACAGGTTGTCCATGTTCTCATTGTTTTCATAGTTGGAAATGCTGCAGTAGATGGTTGGAGCTATTTCGTA
GGCCGATAAAATTCCTCTAAAGATAGACTGAACAAATCAACTTTGAAACATAAAATTTCATTGGAAAAAATCCGCTCCAAATTGAAAAACGTTTTCTGCAATGGAAAACGTGTTTTTCTTGCTGTAGATGCTCTCTCTTTCTGAAATAACACTTTCAAACAGAACGCCCAGTGGCTGAGCATTCATCTCTTCAAGCATTG
ATCTCTTTGTAGATTGTTCGATATGTGTGACTGTGCAAAACGTGGAGCACAGTATCATTTTGCTTATTCCAGCTTTGAGCAATTTGTCTCTTTGCAGAGTGTCTTTGAAGGAGGTATGTGTATTAATCTTTAAAATCTCAATAGTAATTTGAGGATTTGGTAGGAAGCAATTTAAAAAGTTTGTCAATTAAGGATATGGG
CTTGTCAGGATTTTTGGCAATAAACAGTTGGCATATGGTAGTGGTGCACACAACAGAATTTGTGAATTTCTATTGTAGTTTTATAGTGCTGCAGTAAGTTATTGCTTTGTCTGCATTGCCCATCAAGCTCTTGAGTTTGCTTCATAAGTACTGGTGAAAATATCTCTGTTGGTTGCAAAAATCTCAGGGTAATTGTTTAA
AATATGAATTCTTCAGCTTTGCAAAGTAAAGGTCTCTTTCCTTTCCAAATTGTTTACCAAACAATTAATCATCTACTTGAGGCAAAAGTGATTAAGATATTTCCTATGGCTTATGTACTATATGTGGATTGAGGTGGAGGTATCCAACATTGTTTTCCTCAATCTGGACCAACTCCATTAGAACAGAGATTTTTTGCAGA
GATTATAAGAAAAGAGCTTGCATTCCAAAGAGCAATCAGTGGACTGCACTGTAGAGGAAGTATGTGGCCTTAGCACCATAAGCAAAGCATAATCAAATAAACCAAAGTATTCAGAAGCCTATTTTCATTGAAAGCCTGGTGGAGCTGCGTACAAACTGGTGGAGACCTGAGAGTGGGTTGTTGTTGCATATTTGTTTGGT
ATCCTCTACATTTTGTATCATCTCTGGAGAAGTCTCAAAACCCTAAATTTTGATAGCAGAAATT
>TRINITY_DN44495_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:TTTATAAGTACCTGTATAAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTCGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACTGACATATAGCATTAGCCGAAGgtattcccttgcctctgaacttcatgctct
ccatgcaaactttgaatgggttattctgattgtgttcaatgtttttttcactctctgaaaaatctatttccattttagacagtaaactattgggcccattgaattgctgtaatttagttaaccggggcaggagtgatggagacatgcttaatagaaatttccaatggaggacaagtggagttgttctgtagttgtacaga
tagagcaggagtaggaggagggtctgctgcagtggggtactttgggttcaaaagacgaacaaaaacaagtggttcattagcttttaatttgtgttccatgaaggtctcttgcgtacaaactgtacttgcaattaacgcgcatccaaatcccaaaactaatatgacttacacgctaatgcatcaggctggtactgccagtg
ggttaacttccgaccatgtaatacaagtccttaaatcacattctgatccagagcaggcattgggttttttcttctgggctgccagacaaaaacagtttatgcacaccacagattcctacaactccatgctaaaaatcctgggaagaacccacaaggtcaaggaaatggcatatgttttagatttgatgcaaactcaacgc
tgtagacttaattcccagacctatttaataattctccgcaacctcggaatagcaggaggtatagagcaagttcctcaagccctggatgagatgaagaaatccgggcttatgctgagtggctttgcttacaatggtctcataggattactgatcaaatcaggctttcgggaagaagccatggtggtgtacaggaagatgat
atcagaaggattgagacccaacctgtacaccttcacactctgcataaagatccacgggagagctggcaaggtagatgaagcatgcggcctgtggagacaaatgaaggaggagggctgcaaacctgatgtcgtggctttcaccacattaatggctgctctcagcaatgcaggcagattggatgaggcggcagcattactga
aagagatgagaagcagcaaatgtaggcctgattctatcacatacaatactttgatagataaatatggggattctggtgatgtcgatgctgcatgggagctttggaaggagatgatagctgatggatgtgccccaactgtggttacctttactactattattaatgcgctatgcacaggtggaaaaattgatgaagcaatt
gcggtgttggatgaaatggtggagagagggagttctcccaatttgtacacttacaattcattgattggaggtcttcttaagaataacagattggaggacgcgcagaagttttttcagattatgcacactaaaggctgtgagcccacatctttaacctacagcttattcatcaattactatggaaataatggtaaggccga
tgaagcatatgaggtgtttctgcagatgaagaggaaaggaatttctccaaatgttgtttccttcaatgtttgtatagatagcctcgggagggtaggaaggattaaagaagtgaatgaactttttgaagaaatgaaacaaacaggtatatctcctgatgtaatcacgtataatatgatgatatgctgctatgctaaggcag
ggaaagtggatgaagctattgggatggtcttgcggatgatagaaagtggatgtgatccagacactgtcactaacaacactttgatcgatattctttacaaggaagacagaacagacgaggcatggaagatgttccacaaaatgcagcagatgaaccttttccccactgtcataacctataatattctggtggatgggctt
ggcaaagatggcaagattaaggaagcaatagagttatttcaacgaatgggggaaacaggatgcaccccaaatgttattacacacaattcaatgctgaatggtctctgcaagaataatgaggtagatttggctttcaaaataatgcaagagatgacagaaaatgggtatttccctgatgagattacttacaacatactgat
tgatggtttcataaaaacaaatagaattgatgatgcttgccagctctttgaagatatgaaaaacaaactttctccaaaccttgtaactttgggtactcttttgccagggcttgcaaaagctggaaaaatggattatgctgtgagagtgttcaaagagttctatgatgttatgggattacttcccgatgatgttgcttgtg
cagccctaactgatggcttaggcagagcaggcaggttggatgaggcaatcttgatctatgaagaaatgttggccaagggtgccagtcaatacacatatgtagtatgctctctcatcaaatccctatgcaaagcaggaagagtgtttgatgctcacagattgtttgaggaatcaaaagatcggggcgttgccctcaacact
atagcttacaatactcttattaatgggctatgtaaaactgaccatatccatattgcctgggatcttttcaaacagatgaagaagtcaggtcatattccaaatgttttcacttacaatgccttctttgatgcccttggaaaggatggaaagatggatgatgctttcaagcttcttgatgagatgcgtgctagaggatgcaa
gatgagtacaataaactacaacaccctcatatcaggtcttgtgatggctggtagagtggatgaggccatagatttgtatggtcatatggtgaagagggggtatcctctctccccatctacttatagtcctcttattgatggacttggtaaggcaggaagagtgtctgaggccaatcacttctttcaagaaatgattgaaa
atgggtgcaggcctaattgtgcagtttacaatattctcatgaatgcctttggaaaggtaggggatgtagatgaagcttgtcagcttttcgagagaatggtagcagatggcataaaaccagatgtaagatcgtacactattatcatagacagtctttttatggtggacagggtagatgaggcttttcatttctttgtagaa
ctgaagtctagtggcttgaagcctgatacaatcatgtataatatcatcattgatggactgggaaaagctgaaaagttagaggaagcattacaagtttttgaggaaatgaagaacagtgattctgttccaaacttgtttgcttacaattccttgatagatcaccttggaaagcttggtatgatagaggaagctagcaaggt
atatgcagaactcctttcaagggggtatgaaccaaatgtcgctacctacaatgcactaattcgtgcatttagcatagcgggcagagtggatcgtgcatatgcaatctttgaagagatgatggccagcggctgtgagccaaatccattaacatattctaatctaccaaatcagttttgaaagGGTTGGTGATGGTTTAACA
GGATTGTGATGTTTTGTCATGAATACCACTCCACTTCAGTGCAGGAAGTTCTCTATTTATCTGAGATGATTTTGAACCAAGATACAAGGTAATAGTGAATGGTGTTAACCCTTTGGGAAACTGGGTTTCCTTTGTTGCCATGCTATGGATGATAAAGCTGGCATAGTTTCTTGCAGTTTTAATACATCGATGCTTAAGAG
ATTCTGCTTGTACTCATGATATTTTCTTTTCCTTTATCAATTTTGAAACTTATCCTTTTTGTTGCAGTCTCTGCCACTAAAAACACTATCTTCTGGTCACTATTAGTACTGCTTTCTCGTTCCTAGAATTTCTCCTACTTGCTGCAAAGGTCCTGCTTATAATTTGCTGAAAGGTCTTCTGTCATAAAGTACTAATGTTC
AGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTCACAAGAAATTTATTGAAGACAAATAAGGAGATACTTTGGCAGAAACAGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATG
GGTGTAGTGCCCCAAAGGCCCAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGAGAACACAAGACAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGACATGGAAGCTGTGAAATTTCTTCCATGGAAATAGACAAAATCCCATCAGCAGAACATAAAATTGCTAGTG
GAGAAATTAAGAGGGCTTCAATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAGACTATTTGCTGCAAAGTTCCCCCTTATAATTTGCTGAAAGGCCTTTTGTCATAAAGTACAAGTTTTCGGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCAGAAAAGTATCAC
AAATGCTCAAAGTTACAACCACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCAGAAACAGAGGGGGATGTTTTTTAATTTTTATCAGATTAATGGGTGATGTAGTGCCCTGAGAGGACAGACTTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAATTTAAGCTTCAGA
AACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCATAGAAATAGACGGAATCCCTTCAGCAGAACATAAAATTGCTATTGGAGAAATTGGGAGGGCTTCAATTATAGGCAAGGCAACAGAACCTGAGATTAGAAAGACTAT
TTGTGACAAAGGTAATTAAGAGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGCATTGCTTCTTTGGAGAAGCTGAACAGTGAAAACATTGTATGGTGAAATTGAGTTGGGCAGAATTGGAAGTAAAGACTTTTACATTAAATTTGTAAAATGATCTCC
AACTACAGATACAAGTCAATCTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGTAATCCCAGCTTGATTAACTACTTCTCAGAATTTCTGGTGTTTAAATTTTCGCATGGCTGTACAAGAAACGCAAGACGAGATTTGTAGGAAA
GATTTATGCACACTTTTTCCTGCTAGTCGACCACGTGATAGAGTTATCAGTGTGATTAATGTGAAAATAGAGGAGGTTTTAGCCTTTCAGCCTGCTTCATATCCAGCTTATCTATCTTACAGTAGTAAAGATGAATATCTCTTCTTGATAACTATATAACTGATCAGAAATCCAATCCTGCATAAATTGGCCAGTTGAGT
CAGGGTACATTAATTGTTACAGTGGTGTTCTGATGCTTGTCACATAGGGTGGTGATGCAGCATCTATGCTTCCCTTGAAGATGGTCAGGGTATACTTAATCAATATATCAGTTCAGATGGGCCAGTAACCTTTTTCCTCAAATCTTGAGACTAAGTGAGATTCCTTCCCACACTGTTTACTATTGCTAATTCTCACTGCC
ACCTAGAGAGCAGACAGACACTACTGTTAATGTGAAAGAAAATCGAATTTCAGGAAATGTTGTTTTTTTAATGAGAAATGCTTCACATATTACTTAACGGAAGAAAGAGTTACGCTATGCAAATATTGTTTATGTTTTTCCAGGTAATGTGGATGGTAATAAACAAAAGGCTCTACCTTGTAAGATTGAATTTCATATAA
ACTTTGACTGGTAAATGTTATAATTTCACCCTAGCTTTATGTTTTTCTGACAGTGTAAAACTTGAAACATCGTGAAGAGAAGATAACAGGTTGTCCATGTTCTCATTGTTTTCATAGTTGGAAATGCTGCAGTAGATGGTTGGAGCTATTTCGTAGGCCGATAAAATTCCTCTAAAGATAGACTGAACAAATCAACTTTG
AAACATAAAATTTCATTGGAAAAAATCCGCTCCAAATTGAAAAACGTTTTCTGCAATGGAAAACGTGTTTTTCTTGCTGTAGATGCTCTCTCTTTCTGAAATAACACTTTCAAACAGAACGCCCAGTGGCTGAGCATTCATCTCTTCAAGCATTGATCTCTTTGTAGATTGTTCGATATGTGTGACTGTGCAAAACGTGG
AGCACAGTATCATTTTGCTTATTCCAGCTTTGAGCAATTTGTCTCTTTGCAGAGTGTCTTTGAAGGAGGTATGTGTATTAATCTTTAAAATCTCAATAGTAATTTGAGGATTTGGTAGGAAGCAATTTAAAAAGTTTGTCAATTAAGGATATGGGCTTGTCAGGATTTTTGGCAATAAACAGTTGGCATATGGTAGTGGT
GCACACAACAGAATTTGTGAATTTCTATTGTAGTTTTATAGTGCTGCAGTAAGTTATTGCTTTGTCTGCATTGCCCATCAAGCTCTTGAGTTTGCTTCATAAGTACTGGTGAAAATATCTCTGTTGGTTGCAAAAATCTCAGGGTAATTGTTTAAAATATGAATTCTTCAGCTTTGCAAAGTAAAGGTCTCTTTCCTTTC
CAAATTGTTTACCAAACAATTAATCATCTACTTGAGGCAAAAGTGATTAAGATATTTCCTATGGCTTATGTACTATATGTGGATTGAGGTGGAGGTATCCAACATTGTTTTCCTCAATCTGGACCAACTCCATTAGAACAGAGATTTTTTGCAGAGATTATAAGAAAAGAGCTTGCATTCCAAAGAGCAATCAGTGGACT
GCACTGTAGAGGAAGTATGTGGCCTTAGCACCATAAGCAAAGCATAATCAAATAAACCAAAGTATTCAGAAGCCTATTTTCATTGAAAGCCTGGTGGAGCTGCGTACAAACTGGTGGAGACCTGAGAGTGGGTTGTTGTTGCATATTTGTTTGGTATCCTCTACATTTTGTATCATCTCTGGAGAAGTCTCAAAACCCTA
AATTTTGATAGCAGAAATTTCATTGCAATTTGTATTTTTCAAATCATATCAAGTGCTATTCTTGCAGAGATCATATTGTTTTTGCAGAGACTTAGACCTGCACATAATGTAAGCTTTTTTGAATATTTATGTAGAGATTGGTGTAGTACTTGTTTATTGCAGATTGCAAAGCAAAGTATGTTGGCCACCAGTGATGCCTA
TCTACTGTCCACTAACTTCGAAACCTTTTTCCAAGTATTGAGAGTGCATAGTGTTGGTGCTATAAGTGACCATTGATGTTCCATGGAGACTTATCTTTGTAGGCAATCGCATCTGAGCACACTTGTATTTTGGCCTGTGCATCACAACAGAGCTGCATCAAAGAACCAAGAGCATTTTGAGCAGAAGAGGTTGGCAATTT
TACCTTAGTACACTCGATCATTCATATCAAATTCCACTTGCAAACTATTTTTTTTTGTATTTGCTCTCTTGTAAGTGTC
Intron 5 GTATTCCCTT ... TGTAATTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
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| A2 | 63.44 | 17 | 26 | 33 |
| A3 | 68.29 | 13 | 27 | 29 |
| A4 | 61.82 | 21 | 32 | 36 |
| A5 | 78.38 | 4 | 19 | 10 |
| A6 | 77.78 | 1 | 4 | 3 |
| A7 | 51.72 | 7 | 7 | 8 |
| A8 | 66.67 | 1 | 2 | 2 |
| A9 | 85.71 | 1 | 5 | 7 |
| A10 | 44.83 | 8 | 7 | 6 |
>TRINITY_DN96594_c1_g2_i11 from sample A4 / Example spliced isoformTGAATATTTAAAACGATAATGTATAAGTTCTTATTTTTGGTGTGCAGATATTTTATAAGTACCTGTATAAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTTGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACT
GACATATAGCATTAGCCGAAGTTAACCGGGGCAGGAGTGATGGAGACATGCTTAATAGAAATTTCCAATGGAGGACAAGTGGAGTTGTTCTGTAGTTGTACAGATAGAGCAGGAGTAGGAGGAGGGTCTGCTGCAGTGGGGTACTTTGGGTTCAAAAGACGAACAAAAACAAGTGGTTCATTAGCTTTTAATTTGTGTTC
CATGAAGGTCTCTTGCGTACAAACTGTACTTGCAATTAACGCGCATCCAAATCCCAAAACTAATATGACTTACACGCTAATGCATCAGGCTGGTACTGCCAGTGGGTTAACTTCCGACCATGTAATACAAGTCCTTAAATCACATTCTGATCCAGAGCAGGCATTGGGTTTTTTCTTCTGGGCTGCCAGACAAAAACAGT
TTATGCACACCACAGATTCCTACAACTCCATGCTAAAAATCCTGGGAAGAACCCACAAGGTCAAGGAAATGGCATATGTTTTAGATTTGATGCAAACTCAACGCTGTAGACTTAATTCCCAGACCTATTTAATAATTCTCCGCAACCTCGGAATAGCAGGAGGTATAGAGCAAGTTCCTCAAGCCCTGGATGAGATGAAG
AAATCCGGGCTTATGCTGAGTGGCTTTGCTTACAATGGTCTCATAGGATTACTGATCAAATCAGGCTTTCGGGAAGAAGCCATGGTGGTGTACAGGAAGATGATATCAGAAGGATTGTTGCCCAGCCTAAAATGTTATTCTGTACTAATGGGTGCCTGTGGAGAAAAGGGCGATACGGGGCAGGTGATGGGACTACTAGC
TGAAATGCGAAAACATGGCTTGAGACCCAACCTGTACACCTTCACACTCTGCATAAAGATCCACGGGAGAGCTGGCAAGGTAGATGAAGCATGCGGCCTGTGGAGACAAATGAAGGAGGAGGGCTGCAAACCTGATGTCGTGGCTTTCACCACATTAATGGCTGCTCTCAGCAATGCAGGCAGATTGGATGAGGCGGCAG
CATTACTGAAAGAGATGAGAAGCAGCAAATGTAGGCCTGATTCTATCACATACAATACTTTGATAGATAAATATGGGGATTCTGGTGATGTCGATGCTGCATGGGAGCTTTGGAAGGAGATGATAGCTGATGGATGTGCCCCAACTGTGGTTACCTTTACTACTATTATTAATGCGCTATGCACAGGTGGAAAAATTGAT
GAAGCAATTGCGGTGTTGGATGAAATGGTGGAGAGAGGGAGTTCTCCCAATTTGTACACTTACAATTCATTGATTGGAGGTCTTCTTAAGAATAACAGATTGGAGGACGCGCAGAAGTTTTTTCAGATTATGCACACTAAAGGCTGTGAGCCCACATCTTTAACCTACAGCTTATTCATCAATTACTATGGAAATAATGG
TAAGGCCGATGAAGCATATGAGGTGTTTCTGCAGATGAAGAGGAAAGGAATTTCTCCAAATGTTGTTTCCTTCAATGTTTGTATAGATAGCCTCGGGAGGGTAGGAAGGATTAAAGAAGTGAATGAACTTTTTGAAGAAATGAAACAAACAGGTATATCTCCTGATGTAATCACGTATAATATGATGATATGCTGCTATG
CTAAGGCAGGGAAAGTGGATGAAGCTATTGGGATGGTCTTGCGGATGATAGAAAGTGGATGTGATCCAGACACTGTCACTAACAACACTTTGATCGATATTCTTTACAAGGAAGACAGAACAGACGAGGCATGGAAGATGTTCCACAAAATGCAGCAGATGAACCTTTTCCCCACTGTCATAACCTATAATATTCTGGTG
GATGGGCTTGGCAAAGATGGCAAGATTAAGGAAGCAATAGAGTTATTTCAACGAATGGGGGAAACAGGATGCACCCCAAATGTTATTACACACAATTCAATGCTGAATGGTCTCTGCAAGAATAATGAGGTAGATTTGGCTTTCAAAATAATGCAAGAGATGACAGAAAATGGGTATTTCCCTGATGAGATTACTTACAA
CATACTGATTGATGGTTTCATAAAAACAAATAGAATTGATGATGCTTGCCAGCTCTTTGAAGATATGAAAAACAAACTTTCTCCAAACCTTGTAACTTTGGGTACTCTTTTGCCAGGGCTTGCAAAAGCTGGAAAAATGGATTATGCTGTGAGAGTGTTCAAAGAGTTCTATGATGTTATGGGATTACTTCCCGATGATG
TTGCTTGTGCAGCCCTAACTGATGGCTTAGGCAGAGCAGGCAGGTTGGATGAGGCAATCTTGATCTATGAAGAAATGTTGGCCAAGGGTGCCAGTCAATACACATATGTAGTATGCTCTCTCATCAAATCCCTATGCAAAGCAGGAAGAGTGTTTGATGCTCACAGATTGTTTGAGGAATCAAAAGATCGGGGCGTTGCC
CTCAACACTATAGCTTACAATACTCTTATTAATGGGCTATGTAAAACTGACCATATCCATATTGCCTGGGATCTTTTCAAACAGATGAAGAAGTCAGGTCATATTCCAAATGTTTTCACTTACAATGCCTTCTTTGATGCCCTTGGAAAGGATGGAAAGATGGATGATGCTTTCAAGCTTCTTGATGAGATGCGTGCTAG
AGGATGCAAGATGAGTACAATAAACTACAACACCCTCATATCAGGTCTTGTGATGGCTGGTAGAGTGGATGAGGCCATAGATTTGTATGGTCATATGGTGAAGAGGGGGTATCCTCTCTCCCCATCTACTTATGGTCCTCTTATTGATGGACTTGGTAAGGCAGGAAGAGTGTCTGAGGCCAATCACTTCTTTCAAGAAA
TGATTGAAAATGGGTGCAGGCCTAATTGTGCAGTTTACAATATTCTCATGAATGCCTTTGGAAAGGTAGGGGATGTAGATGAAGCTTGTCAGCTTTTCGAGAGAATGGTAGCAGATGGCATAAAACCAGATGTAAGATCGTACACTATTATCATAGACAGTCTTTTTATGGTGGACAGGGTAGATGAGGCTTTTCATTTC
TTTGTAGAACTGAAGTCTAGTGGCTTGAAGCCTGATACAATCATGTATAATATCATCATTGATGGACTGGGAAAAGCTGAAAAGTTAGAGGAAGCATTACAAGTTTTTGAGGAAATGAAGAACAGTGATTCTGTTCCAAACTTGTTTGCTTACAATTCCTTGATAGATCACCTTGGAAAGCTTGGTATGATAGAGGAAGC
TAGCAAGGTATATGCAGAACTCCTTTCAAGGGGGTATGAACCAAATGTCGCTACCTACAATGCACTAATTCGTGCATTTAGCATAGCGGGCAGAGTGGATCGTGCATATGCAATCTTTGAAGAGATGATGGCCAGCGGCTGTGAGCCAAATCCATTAACATATTCTAATCTACCAAATCAGTTTTGAAAGGGTTGGTGAT
GGTTTAACAGGAGTGTGATGTTTTGTCATGAATACCACTCCACTTCAGTGCAGGAAGTTCTCTATTTATCTGAGATGATTTTGAACCAAGATACAAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTCACAAGAAATTTATTGAAGACAAATAA
GGAGATACTTTGGCAGAAACAGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCCCAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGAGAACACAAGACAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGACATGG
AAGCTGTGAAATTTCTTCCATGGAAATAGACAAAATCCCATCAGCAGAACATAAAATTGCTAGTGGAGAAATTAAGAGGGCTTCAATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAAACTATTTGCTGCAAAGTTCCCCCTTATAATTTGCTGAAAGGCCTTTTGTCATAAA
GTACAAGTTTTCAGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCAGAAAAGTATCACAAATGCTCAAAGTTACAACCACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCAGAAACAGAGGGGGATGTTTTTTAATTTTTATCAGATTAAT
GGGTGATGTAGTGCCCTGAGAGGACAGACTTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAATTTAAGCTTCAGAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCATAGAAATAGACGGAATCCCTTCAGCAGAACATAAAATTGCT
ATTGGAGAAATTGGGAGGGCTTCAATTATAGGCAAGGCAACAGAACCTGAGATTAGAAAGACTATTTGTGACAAAGGTAATTAAGAGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGCATTGCTTCTTTGGAGAAGCTGAACAGTGAAAACATTGTAT
GGTGAAATTGAGTTGGGCAGAATTGGAAGTAAAGACTTTTACATTAAATTTGTAAAATGATCTCCAACTACAGATACAAGTCAATCTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGTAATCCCAGCTTGATTAACTACTTCTC
AGAATTTCTGGTGTTTAAATTTTCGCATGGCTGTACAAGAAACGCAAGACGAGATTTGTAGGAAAGATTTATGCACACTTTTTCCTGCTAGTCGACCACGTGATAGAGTTATCAGTGTGATTAATGTGAAAATAGAGGAGGTTTTAGCCTTTCAGCCTGCTTCATATCCAGCTTATCTATCTTACAGTAGTAAAGATGAA
TATCTCTTCTTGATAACTATATAACTGATCAGAAATCCAATCCTGCATAAATTGGCCAGTTGAGTCAGGGTACATTAATTGTTACAGTGGTGTTCTGATGCTTGTCACATAGGGTGGTGATGCAGCATCTATGCTTCCCTTGAAGATGGTCAGGGTATACTTAATCAATATATCAGTTCAGATGGGCCAGTAACCTTTTT
CCTCAAATCTTGAGACTAAGTGAGATTCCTTCCCACACTGTTTACTATTGCTAATTCTCACTGCCACCTAGAGAGCAGACAGACACTACTGTTAATGTGAAAGAAAATCGAATTTCAGGAAATGTTGTTTTTTTAATGAGAAATGCTTCACATATTACTTAAA
>TRINITY_DN96594_c1_g2_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:TGAATATTTAAAACGATAATGTATAAGTTCTTATTTTTGGTGTGCAGATATTTTATAAGTACCTGTATAAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTTGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACT
GACATATAGCATTAGCCGAAGgtattcccttgcctctgaacttcatgctctccatgcaaactttgaatgggttattctgattgtgttcaatgtttttttcactctctgaaaaatctatttgcattttagacagtaaactattgggcccattgaattgctgtaatttagTTAACCGGGGCAGGAGTGATGGAGACATGCTT
AATAGAAATTTCCAATGGAGGACAAGTGGAGTTGTTCTGTAGTTGTACAGATAGAGCAGGAGTAGGAGGAGGGTCTGCTGCAGTGGGGTACTTTGGGTTCAAAAGACGAACAAAAACAAGTGGTTCATTAGCTTTTAATTTGTGTTCCATGAAGGTCTCTTGCGTACAAACTGTACTTGCAATTAACGCGCATCCAAATC
CCAAAACTAATATGACTTACACGCTAATGCATCAGGCTGGTACTGCCAGTGGGTTAACTTCCGACCATGTAATACAAGTCCTTAAATCACATTCTGATCCAGAGCAGGCATTGGGTTTTTTCTTCTGGGCTGCCAGACAAAAACAGTTTATGCACACCACAGATTCCTACAACTCCATGCTAAAAATCCTGGGAAGAACC
CACAAGGTCAAGGAAATGGCATATGTTTTAGATTTGATGCAAACTCAACGCTGTAGACTTAATTCCCAGACCTATTTAATAATTCTCCGCAACCTCGGAATAGCAGGAGGTATAGAGCAAGTTCCTCAAGCCCTGGATGAGATGAAGAAATCCGGGCTTATGCTGAGTGGCTTTGCTTACAATGGTCTCATAGGATTACT
GATCAAATCAGGCTTTCGGGAAGAAGCCATGGTGGTGTACAGGAAGATGATATCAGAAGGATTGTTGCCCAGCCTAAAATGTTATTCTGTACTAATGGGTGCCTGTGGAGAAAAGGGCGATACGGGGCAGGTGATGGGACTACTAGCTGAAATGCGAAAACATGGCTTGAGACCCAACCTGTACACCTTCACACTCTGCA
TAAAGATCCACGGGAGAGCTGGCAAGGTAGATGAAGCATGCGGCCTGTGGAGACAAATGAAGGAGGAGGGCTGCAAACCTGATGTCGTGGCTTTCACCACATTAATGGCTGCTCTCAGCAATGCAGGCAGATTGGATGAGGCGGCAGCATTACTGAAAGAGATGAGAAGCAGCAAATGTAGGCCTGATTCTATCACATAC
AATACTTTGATAGATAAATATGGGGATTCTGGTGATGTCGATGCTGCATGGGAGCTTTGGAAGGAGATGATAGCTGATGGATGTGCCCCAACTGTGGTTACCTTTACTACTATTATTAATGCGCTATGCACAGGTGGAAAAATTGATGAAGCAATTGCGGTGTTGGATGAAATGGTGGAGAGAGGGAGTTCTCCCAATTT
GTACACTTACAATTCATTGATTGGAGGTCTTCTTAAGAATAACAGATTGGAGGACGCGCAGAAGTTTTTTCAGATTATGCACACTAAAGGCTGTGAGCCCACATCTTTAACCTACAGCTTATTCATCAATTACTATGGAAATAATGGTAAGGCCGATGAAGCATATGAGGTGTTTCTGCAGATGAAGAGGAAAGGAATTT
CTCCAAATGTTGTTTCCTTCAATGTTTGTATAGATAGCCTCGGGAGGGTAGGAAGGATTAAAGAAGTGAATGAACTTTTTGAAGAAATGAAACAAACAGGTATATCTCCTGATGTAATCACGTATAATATGATGATATGCTGCTATGCTAAGGCAGGGAAAGTGGATGAAGCTATTGGGATGGTCTTGCGGATGATAGAA
AGTGGATGTGATCCAGACACTGTCACTAACAACACTTTGATCGATATTCTTTACAAGGAAGACAGAACAGACGAGGCATGGAAGATGTTCCACAAAATGCAGCAGATGAACCTTTTCCCCACTGTCATAACCTATAATATTCTGGTGGATGGGCTTGGCAAAGATGGCAAGATTAAGGAAGCAATAGAGTTATTTCAACG
AATGGGGGAAACAGGATGCACCCCAAATGTTATTACACACAATTCAATGCTGAATGGTCTCTGCAAGAATAATGAGGTAGATTTGGCTTTCAAAATAATGCAAGAGATGACAGAAAATGGGTATTTCCCTGATGAGATTACTTACAACATACTGATTGATGGTTTCATAAAAACAAATAGAATTGATGATGCTTGCCAGC
TCTTTGAAGATATGAAAAACAAACTTTCTCCAAACCTTGTAACTTTGGGTACTCTTTTGCCAGGGCTTGCAAAAGCTGGAAAAATGGATTATGCTGTGAGAGTGTTCAAAGAGTTCTATGATGTTATGGGATTACTTCCCGATGATGTTGCTTGTGCAGCCCTAACTGATGGCTTAGGCAGAGCAGGCAGGTTGGATGAG
GCAATCTTGATCTATGAAGAAATGTTGGCCAAGGGTGCCAGTCAATACACATATGTAGTATGCTCTCTCATCAAATCCCTATGCAAAGCAGGAAGAGTGTTTGATGCTCACAGATTGTTTGAGGAATCAAAAGATCGGGGCGTTGCCCTCAACACTATAGCTTACAATACTCTTATTAATGGGCTATGTAAAACTGACCA
TATCCATATTGCCTGGGATCTTTTCAAACAGATGAAGAAGTCAGGTCATATTCCAAATGTTTTCACTTACAATGCCTTCTTTGATGCCCTTGGAAAGGATGGAAAGATGGATGATGCTTTCAAGCTTCTTGATGAGATGCGTGCTAGAGGATGCAAGATGAGTACAATAAACTACAACACCCTCATATCAGGTCTTGTGA
TGGCTGGTAGAGTGGATGAGGCCATAGATTTGTATGGTCATATGGTGAAGAGGGGGTATCCTCTCTCCCCATCTACTTATGGTCCTCTTATTGATGGACTTGGTAAGGCAGGAAGAGTGTCTGAGGCCAATCACTTCTTTCAAGAAATGATTGAAAATGGGTGCAGGCCTAATTGTGCAGTTTACAATATTCTCATGAAT
GCCTTTGGAAAGGTAGGGGATGTAGATGAAGCTTGTCAGCTTTTCGAGAGAATGGTAGCAGATGGCATAAAACCAGATGTAAGATCGTACACTATTATCATAGACAGTCTTTTTATGGTGGACAGGGTAGATGAGGCTTTTCATTTCTTTGTAGAACTGAAGTCTAGTGGCTTGAAGCCTGATACAATCATGTATAATAT
CATCATTGATGGACTGGGAAAAGCTGAAAAGTTAGAGGAAGCATTACAAGTTTTTGAGGAAATGAAGAACAGTGATTCTGTTCCAAACTTGTTTGCTTACAATTCCTTGATAGATCACCTTGGAAAGCTTGGTATGATAGAGGAAGCTAGCAAGGTATATGCAGAACTCCTTTCAAGGGGGTATGAACCAAATGTCGCTA
CCTACAATGCACTAATTCGTGCATTTAGCATAGCGGGCAGAGTGGATCGTGCATATGCAATCTTTGAAGAGATGATGGCCAGCGGCTGTGAGCCAAATCCATTAACATATTCTAATCTACCAAATCAGTTTTGAAAGGGTTGGTGATGGTTTAACAGGAGTGTGATGTTTTGTCATGAATACCACTCCACTTCAGTGCAG
GAAGTTCTCTATTTATCTGAGATGATTTTGAACCAAGATACAAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTCACAAGAAATTTATTGAAGACAAATAAGGAGATACTTTGGCAGAAACAGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTT
ATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCCCAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGAGAACACAAGACAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGACATGGAAGCTGTGAAATTTCTTCCATGGAAATAGACAAAATCCCATCAGCAGAACATA
AAATTGCTAGTGGAGAAATTAAGAGGGCTTCAATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAAACTATTTGCTGCAAAGTTCCCCCTTATAATTTGCTGAAAGGCCTTTTGTCATAAAGTACAAGTTTTCAGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCA
GAAAAGTATCACAAATGCTCAAAGTTACAACCACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCAGAAACAGAGGGGGATGTTTTTTAATTTTTATCAGATTAATGGGTGATGTAGTGCCCTGAGAGGACAGACTTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAAT
TTAAGCTTCAGAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCATAGAAATAGACGGAATCCCTTCAGCAGAACATAAAATTGCTATTGGAGAAATTGGGAGGGCTTCAATTATAGGCAAGGCAACAGAACCTGAGAT
TAGAAAGACTATTTGTGACAAAGGTAATTAAGAGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGCATTGCTTCTTTGGAGAAGCTGAACAGTGAAAACATTGTATGGTGAAATTGAGTTGGGCAGAATTGGAAGTAAAGACTTTTACATTAAATTTGT
AAAATGATCTCCAACTACAGATACAAGTCAATCTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGTAATCCCAGCTTGATTAACTACTTCTCAGAATTTCTGGTGTTTAAATTTTCGCATGGCTGTACAAGAAACGCAAGACGAG
ATTTGTAGGAAAGATTTATGCACACTTTTTCCTGCTAGTCGACCACGTGATAGAGTTATCAGTGTGATTAATGTGAAAATAGAGGAGGTTTTAGCCTTTCAGCCTGCTTCATATCCAGCTTATCTATCTTACAGTAGTAAAGATGAATATCTCTTCTTGATAACTATATAACTGATCAGAAATCCAATCCTGCATAAATT
GGCCAGTTGAGTCAGGGTACATTAATTGTTACAGTGGTGTTCTGATGCTTGTCACATAGGGTGGTGATGCAGCATCTATGCTTCCCTTGAAGATGGTCAGGGTATACTTAATCAATATATCAGTTCAGATGGGCCAGTAACCTTTTTCCTCAAATCTTGAGACTAAGTGAGATTCCTTCCCACACTGTTTACTATTGCTA
ATTCTCACTGCCACCTAGAGAGCAGACAGACACTACTGTTAATGTGAAAGAAAATCGAATTTCAGGAAATGTTGTTTTTTTAATGAGAAATGCTTCACATATTACTTAAA
Intron 6 GTAATAGTGA ... TCTCTTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.96 | 20.8 | 11 | 19 |
| A2 | 33.69 | 33.2 | 21.5 | 12 |
| A3 | 41.52 | 15.5 | 5 | 17 |
| A4 | 38.61 | 9.7 | 7.5 | 4 |
| A5 | 41.11 | 6.5 | 5 | 4 |
| A6 | 79.26 | 6.3 | 40.5 | 5 |
| A7 | 40.97 | 39 | 36 | 18 |
| A8 | 58.97 | 21.8 | 52 | 10 |
| A9 | 43.83 | 36.1 | 43 | 13 |
| A10 | 55.51 | 19.3 | 26 | 22 |
>TRINITY_DN126971_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformTGAATTGCTGTAATTTAGTTAACCGGGGCAGGAGTGATGGAGACATGCTTAATAGAAATTTCCAATGGAGGACAAGTGGAGTTGTTCTGTAGTTGTACAGATAGAGCAGGAGTAGGAGGAGGGTCTGCTGCAGTGGGGTACTTTGGGTTCAAAAGACGAACAAAAACAAGTGGTTCATTAGCTTTTAATTTGTGTTCCAT
GAAGGTCTCTTGCGTACAAACTGTACTTGCAATTAACGCGCATCCAAATCCCAAAACTAATATGACTTACACGCTAATGCATCAGGCTGGTACTGCCAGTGGGTTAACTTCCGACCATGTAATACAAGTCCTTAAATCACATTCTGATCCAGAGCAGGCATTGGGTTTTTTCTTCTGGGCTGCCAGACAAAAACAGTTTA
TGCACACCACAGATTCCTACAACTCCATGCTAAAAATCCTGGGAAGAACCCACAAGGTCAAGGAAATGGCATATGTTTTAGATTTGATGCAAACTCAACGCTGTAGACTTAATTCCCAGACCTATTTAATAATTCTCCGCAACCTCGGAATAGCAGGAGGTATAGAGCAAGTTCCTCAAGCCCTGGATGAGATGAAGAAA
TCCGGGCTTATGCTGAGTGGCTTTGCTTACAATGGTCTCATAGGATTACTGATCAAATCAGGCTTTCGGGAAGAAGCCATGGTGGTGTACAGGAAGATGATATCAGAAGGATTGTTGCCCAGCCTAAAATGTTATTCTGTACTAATGGGTGCCTGTGGAGAAAAGGGCGATACGGGGCAGGTGATGGGACTACTAGCTGA
AATGCGAAAACATGGCTTGAGACCCAACCTGTACACCTTCACACTCTGCATAAAGATCCACGGGAGAGCTGGCAAGGTAGATGAAGCATGCGGCCTGTGGAGACAAATGAAGGAGGAGGGCTGCAAACCTGATGTCGTGGCTTTCACCACATTAATGGCTGCTCTCAGCAATGCAGGCAGATTGGATGAGGCGGCAGCAT
TACTGAAAGAGATGAGAAGCAGCAAATGTAGGCCTGATTCTATCACATACAATACTTTGATAGATAAATATGGGGATTCTGGTGATGTCGATGCTGCATGGGAGCTTTGGAAGGAGATGATAGCTGATGGATGTGCCCCAACTGTGGTTACCTTTACTACTATTATTAATGCGCTATGCACAGGTGGAAAAATTGATGAA
GCAATTGCGGTGTTGGATGAAATGGTGGAGAGAGGGAGTTCTCCCAATTTGTACACTTACAATTCATTGATTGGAGGTCTTCTTAAGAATAACAGATTGGAGGACGCGCAGAAGTTTTTTCAGATTATGCACACTAAAGGCTGTGAGCCCACATCTTTAACCTACAGCTTATTCATCAATTACTATGGAAATAATGGTAA
GGCCGATGAAGCATATGAGGTGTTTCTGCAGATGAAGAGGAAAGGAATTTCTCCAAATGTTGTTTCCTTCAATGTTTGTATAGATAGCCTCGGGAGGGTAGGAAGGATTAAAGAAGTGAATGAACTTTTTGAAGAAATGAAACAAACAGGTATATCTCCTGATGTAATCACGTATAATATGATGATATGCTGCTATGCTA
AGGCAGGGAAAGTGGATGAAGCTATTGGGATGGTCTTGCGGATGATAGAAAGTGGATGTGATCCAGACACTGTCACTAACAACACTTTGATCGATATTCTTTACAAGGAAGACAGAACAGACGAGGCATGGAAGATGTTCCACAAAATGCAGCAGATGAACCTTTTCCCCACTGTCATAACCTATAATATTCTGGTGGAT
GGGCTTGGCAAAGATGGCAAGATTAAGGAAGCAATAGAGTTATTTCAACGAATGGGGGAAACAGGATGCACCCCAAATGTTATTACACACAATTCAATGCTGAATGGTCTCTGCAAGAATAATGAGGTAGATTTGGCTTTCAAAATAATGCAAGAGATGACAGAAAATGGGTATTTCCCTGATGAGATTACTTACAACAT
ACTGATTGATGGTTTCATAAAAACAAATAGAATTGATGATGCTTGCCAGCTCTTTGAAGATATGAAAAACAAACTTTCTCCAAACCTTGTAACTTTGGGTACGCTTTTGCCAGGGCTTGCAAAAGCTGGAAAAATGGATTATGCTGTGAGAGTGTTCAAAGAGTTCTATGATGTTATGGGATTACTTCCCGATGATGTTG
CTTGTGCAGCCCTAACTGATGGCTTAGGCAGAGCAGGCAGGTTGGATGAGGCAATCTTGATCTATGAAGAAATGTTGGCCAAGGGTGCCAGTCAATACACATATGTAGTATGCTCTCTCATCAAATCCCTATGCAAAGCAGGAAGAGTGTTTGATGCTCACAGATTGTTTGAGGAATCAAAAGATCGGGGCGTTGCCCTC
AACACTATAGCTTACAATACTCTTATTAATGGGCTATGTAAAACTGACCATATCCATATTGCCTGGGATCTTTTCAAACAGATGAAGAAGTCAGGTCATATTCCAAATGTTTTCACTTACAATGCCTTCTTTGATGCCCTTGGAAAGGATGGAAAGATGGATGATGCTTTCAAGCTTCTTGATGAGATGCGTGCTAGAGG
ATGCAAGATGAGTACAATAAACTACAACACCCTCATATCAGGTCTTGTGATGGCTGGTAGAGTGGATGAGGCCATAGATTTGTATGGTCATATGGTGAAGAGGGGGTATCCTCTCTCCCCATCTACTTATGGTCCTCTTATTGATGGACTTGGTAAGGCAGGAAGAGTGTCTGAGGCCAATCACTTCTTTCAAGAAATGA
TTGAAAATGGGTGCAGGCCTAATTGTGCAGTTTACAATATTCTCATGAATGCCTTTGGAAAGGTAGGGGATGTAGATGAAGCTTGTCAGCTTTTCGAGAGAATGGTAGCAGATGGCATAAAACCAGATGTAAGATCGTACACTATTATCATAGACAGTCTTTTTATGGTGGACAGGGTAGATGAGGCTTTTCATTTCTTT
GTAGAACTGAAGTCTAGTGGCTTGAAGCCTGATACAATCATGTATAATATCATCATTGATGGACTGGGAAAAGCTGAAAAGTTAGAGGAAGCATTACAAGTTTTTGAGGAAATGAAGAACAGTGATTCTGTTCCAAACTTGTTTGCTTACAATTCCTTGATAGATCACCTTGGAAAGCTTGGTATGATAGAGGAAGCTAG
CAAGGTATATGCAGAACTCCTTTCAAGGGGGTATGAACCAAATGTCGCTACCTACAATGCACTAATTCGTGCATTTAGCATAGCGGGCAGAGTGGATCGTGCATATGCAATCTTTGAAGAGATGATGGCCAGCGGCTGTGAGCCAAATCCATTAACATATTCTAATCTACCAAATCAGTTTTGAAAGGGTTGGTGATGGT
TTAACAGGAGTGTGATGTTTTGTCATGAATACCACTCCACTTCAGTGCAGGAAGTTCTCTATTTATCTGAGATGATTTTGAACCAAGATACAAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTCACAAGAAATTTATTGAAGACAAATAAGGA
GATACTTTGGCAGAAACAGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCCCAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGACATGGAAG
CTGTGAAATTTCTTCCATGGAAATAGACAAAATCCCATCAGCAGAACATAAAATTGCTAGTGGAGAAATTAAGAGGGCTTCAATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAAACTATTTGCTGCAAAGTTCCCCCTTATAATTTGCTGAAAGGCCTTTTGTCATAAAGTA
CAAGTTTTCAGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCAGAAAAGTATCACAAATGCTCAAAGTTACAACCACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCAGAAACAGAGGGGGATGTTTTTTAATTTTTATCAGATTAATGGG
TGATGTAGTGCCCTGAGAGGACAGACTTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAATTTAAGCTTCAGAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCATAGAAATAGACGGAATCCCTTCAGCAGAACATAAAATTGCTATT
GGAGAAATTGGGAGGGCTTCAATTATAGGCAAGGCAACAGAACCTGAGATTAGAAAGACTATTTGTGACAAAGGTAATTAAGAGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGCATTGCTTCTTTGGAGAAGCTGAACAGTGAAAACATTGTATGGT
GAAATTGAGTTGGGCAGAATTGGAAGTAAAGACTTTTACATTAAATTTGTAAAATGATCTCCAACTACAGATACAAGTCAATCTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGTAATCCCAGCTTGATTAACTACTTCTCAGA
ATTTCTGGTGTTTAAATTTTCGCATGGCTGTACAAGAAACGCAAGACGAGATTTGTAGGAAAGATTTATGCACACTTTTTCCTGCTAGTCGACCACGTGATAGAGTTATCAGTGTGATTAATGTGAAAATAGAGGAGGTTTTAGCCTTTCAGCCTGCTTCATATCCAGCTTATCTATCTTACAGTAGTAAAGATGAATAT
CTCTTCTTGATAACTATATAACTGATCAGAAATCCAATCCTGCATAAATTGGCCAGTTGAGTCAGGGTACATTAATTGTTACAGTGGTGTTCTGATGCTTGTCACATAGGGTGGTGATGCAGCATCTATGCTTCCCTTGAAGATGGTCAGGGTATACTTAATCAATATATCAGTTCAGATGGGCCAGTAACCTTTTTCCT
CAAATCTTGAGACTAAGTGAGATTCCTTCCCACACTGTTTACTATTGCTAATTCTCACTGCCACCTAGAGAGCAGACAGACACTACTGTTAATGTGAAAGAAAATCGAATTTCAGGAAATGTTGTTTTTTTAATGAGAAATGCTTCACATATTACTTAAC
>TRINITY_DN126971_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTTGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACTGACATATAGCATTAGCCGAAGACAGTAAACTATTGGGCCCATTGAATTGCTGTAATTTAGTTAACCGG
GGCAGGAGTGATGGAGACATGCTTAATAGAAATTTCCAATGGAGGACAAGTGGAGTTGTTCTGTAGTTGTACAGATAGAGCAGGAGTAGGAGGAGGGTCTGCTGCAGTGGGGTACTTTGGGTTCAAAAGACGAACAAAAACAAGTGGTTCATTAGCTTTTAATTTGTGTTCCATGAAGGTCTCTTGCGTACAAACTGTAC
TTGCAATTAACGCGCATCCAAATCCCAAAACTAATATGACTTACACGCTAATGCATCAGGCTGGTACTGCCAGTGGGTTAACTTCCGACCATGTAATACAAGTCCTTAAATCACATTCTGATCCAGAGCAGGCATTGGGTTTTTTCTTCTGGGCTGCCAGACAAAAACAGTTTATGCACACCACAGATTCCTACAACTCC
ATGCTAAAAATCCTGGGAAGAACCCACAAGGTCAAGGAAATGGCATATGTTTTAGATTTGATGCAAACTCAACGCTGTAGACTTAATTCCCAGACCTATTTAATAATTCTCCGCAACCTCGGAATAGCAGGAGGTATAGAGCAAGTTCCTCAAGCCCTGGATGAGATGAAGAAATCCGGGCTTATGCTGAGTGGCTTTGC
TTACAATGGTCTCATAGGATTACTGATCAAATCAGGCTTTCGGGAAGAAGCCATGGTGGTGTACAGGAAGATGATATCAGAAGGATTGTTGCCCAGCCTAAAATGTTATTCTGTACTAATGGGTGCCTGTGGAGAAAAGGGCGATACGGGGCAGGTGATGGGACTACTAGCTGAAATGCGAAAACATGGCTTGAGACCCA
ACCTGTACACCTTCACACTCTGCATAAAGATCCACGGGAGAGCTGGCAAGGTAGATGAAGCATGCGGCCTGTGGAGACAAATGAAGGAGGAGGGCTGCAAACCTGATGTCGTGGCTTTCACCACATTAATGGCTGCTCTCAGCAATGCAGGCAGATTGGATGAGGCGGCAGCATTACTGAAAGAGATGAGAAGCAGCAAA
TGTAGGCCTGATTCTATCACATACAATACTTTGATAGATAAATATGGGGATTCTGGTGATGTCGATGCTGCATGGGAGCTTTGGAAGGAGATGATAGCTGATGGATGTGCCCCAACTGTGGTTACCTTTACTACTATTATTAATGCGCTATGCACAGGTGGAAAAATTGATGAAGCAATTGCGGTGTTGGATGAAATGGT
GGAGAGAGGGAGTTCTCCCAATTTGTACACTTACAATTCATTGATTGGAGGTCTTCTTAAGAATAACAGATTGGAGGACGCGCAGAAGTTTTTTCAGATTATGCACACTAAAGGCTGTGAGCCCACATCTTTAACCTACAGCTTATTCATCAATTACTATGGAAATAATGGTAAGGCCGATGAAGCATATGAGGTGTTTC
TGCAGATGAAGAGGAAAGGAATTTCTCCAAATGTTGTTTCCTTCAATGTTTGTATAGATAGCCTCGGGAGGGTAGGAAGGATTAAAGAAGTGAATGAACTTTTTGAAGAAATGAAACAAACAGGTATATCTCCTGATGTAATCACGTATAATATGATGATATGCTGCTATGCTAAGGCAGGGAAAGTGGATGAAGCTATT
GGGATGGTCTTGCGGATGATAGAAAGTGGATGTGATCCAGACACTGTCACTAACAACACTTTGATCGATATTCTTTACAAGGAAGACAGAACAGACGAGGCATGGAAGATGTTCCACAAAATGCAGCAGATGAACCTTTTCCCCACTGTCATAACCTATAATATTCTGGTGGATGGGCTTGGCAAAGATGGCAAGATTAA
GGAAGCAATAGAGTTATTTCAACGAATGGGGGAAACAGGATGCACCCCAAATGTTATTACACACAATTCAATGCTGAATGGTCTCTGCAAGAATAATGAGGTAGATTTGGCTTTCAAAATAATGCAAGAGATGACAGAAAATGGGTATTTCCCTGATGAGATTACTTACAACATACTGATTGATGGTTTCATAAAAACAA
ATAGAATTGATGATGCTTGCCAGCTCTTTGAAGATATGAAAAACAAACTTTCTCCAAACCTTGTAACTTTGGGTACGCTTTTGCCAGGGCTTGCAAAAGCTGGAAAAATGGATTATGCTGTGAGAGTGTTCAAAGAGTTCTATGATGTTATGGGATTACTTCCCGATGATGTTGCTTGTGCAGCCCTAACTGATGGCTTA
GGCAGAGCAGGCAGGTTGGATGAGGCAATCTTGATCTATGAAGAAATGTTGGCCAAGGGTGCCAGTCAATACACATATGTAGTATGCTCTCTCATCAAATCCCTATGCAAAGCAGGAAGAGTGTTTGATGCTCACAGATTGTTTGAGGAATCAAAAGATCGGGGCGTTGCCCTCAACACTATAGCTTACAATACTCTTAT
TAATGGGCTATGTAAAACTGACCATATCCATATTGCCTGGGATCTTTTCAAACAGATGAAGAAGTCAGGTCATATTCCAAATGTTTTCACTTACAATGCCTTCTTTGATGCCCTTGGAAAGGATGGAAAGATGGATGATGCTTTCAAGCTTCTTGATGAGATGCGTGCTAGAGGATGCAAGATGAGTACAATAAACTACA
ACACCCTCATATCAGGTCTTGTGATGGCTGGTAGAGTGGATGAGGCCATAGATTTGTATGGTCATATGGTGAAGAGGGGGTATCCTCTCTCCCCATCTACTTATGGTCCTCTTATTGATGGACTTGGTAAGGCAGGAAGAGTGTCTGAGGCCAATCACTTCTTTCAAGAAATGATTGAAAATGGGTGCAGGCCTAATTGT
GCAGTTTACAATATTCTCATGAATGCCTTTGGAAAGGTAGGGGATGTAGATGAAGCTTGTCAGCTTTTCGAGAGAATGGTAGCAGATGGCATAAAACCAGATGTAAGATCGTACACTATTATCATAGACAGTCTTTTTATGGTGGACAGGGTAGATGAGGCTTTTCATTTCTTTGTAGAACTGAAGTCTAGTGGCTTGAA
GCCTGATACAATCATGTATAATATCATCATTGATGGACTGGGAAAAGCTGAAAAGTTAGAGGAAGCATTACAAGTTTTTGAGGAAATGAAGAACAGTGATTCTGTTCCAAACTTGTTTGCTTACAATTCCTTGATAGATCACCTTGGAAAGCTTGGTATGATAGAGGAAGCTAGCAAGGTATATGCAGAACTCCTTTCAA
GGGGGTATGAACCAAATGTCGCTACCTACAATGCACTAATTCGTGCATTTAGCATAGCGGGCAGAGTGGATCGTGCATATGCAATCTTTGAAGAGATGATGGCCAGCGGCTGTGAGCCAAATCCATTAACATATTCTAATCTACCAAATCAGTTTTGAAAGGGTTGGTGATGGTTTAACAGGAGTGTGATGTTTTGTCAT
GAATACCACTCCACTTCAGTGCAGGAAGTTCTCTATTTATCTGAGATGATTTTGAACCAAGATACAAGgtaatagtgaatggtgttaaccctttgggaaactgggtttcctttgttgccatgctatggatgataaagctggcatagtttcttgcagttttaatacatcgatgcttaagagattctgcttgtactcatgat
attttcttttcctttatcaattttgaaacttatcctttttgttgcagtctctgccactaaaaacactatcttctggtcactattagtactgctttctcgttcctagaatttctcctacttgctgcaaaggtcctgcttataatttgctgaaaggtcttctgtcataaagtactaatgttcaggattaactagttcaagct
ggtctcttctagATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTCACAAGAAATTTATTGAAGACAAATAAGGAGATACTTTGGCAGAAACAGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCC
CAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGACATGGAAGCTGTGAAATTTCTTCCATGGAAATAGACAAAATCCCATCAGCAGAACATAAAATTGCTAGTGGAGAAATTAAGAGGGCTTCA
ATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAAACTATTTGCTGCAAAGTTCCCCCTTATAATTTGCTGAAAGGCCTTTTGTCATAAAGTACAAGTTTTCAGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCAGAAAAGTATCACAAATGCTCAAAGTTACAACC
ACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCAGAAACAGAGGGGGATGTTTTTTAATTTTTATCAGATTAATGGGTGATGTAGTGCCCTGAGAGGACAGACTTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAATTTAAGCTTCAGAAACTACAAGAATATCTGCAA
CTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCATAGAAATAGACGGAATCCCTTCAGCAGAACATAAAATTGCTATTGGAGAAATTGGGAGGGCTTCAATTATAGGCAAGGCAACAGAACCTGAGATTAGAAAGACTATTTGTGACAAAGGTAATTAAG
AGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGCATTGCTTCTTTGGAGAAGCTGAACAGTGAAAACATTGTATGGTGAAATTGAGTTGGGCAGAATTGGAAGTAAAGACTTTTACATTAAATTTGTAAAATGATCTCCAACTACAGATACAAGTCAAT
CTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGTAATCCCAGCTTGATTAACTACTTCTCAGAATTTCTGGTGTTTAAATTTTCGCATGGCTGTACAAGAAACGCAAGACGAGATTTGTAGGAAAGATTTATGCACACTTTTTCC
TGCTAGTCGACCACGTGATAGAGTTATCAGTGTGATTAATGTGAAAATAGAGGAGGTTTTAGCCTTTCAGCCTGCTTCATATCCAGCTTATCTATCTTACAGTAGTAAAGATGAATATCTCTTCTTGATAACTATATAACTGATCAGAAATCCAATCCTGCATAAATTGGCCAGTTGAGTCAGGGTACATTAATTGTTAC
AGTGGTGTTCTGATGCTTGTCACATAGGGTGGTGATGCAGCATCTATGCTTCCCTTGAAGATGGTCAGGGTATACTTAATCAATATATCAGTTCAGATGGGCCAGTAACCTTTTTCCTCAAATCTTGAGACTAAGTGAGATTCCTTCCCACACTGTTTACTATTGCTAATTCTCACTGCCACCTAGAGAGCAGACAGACA
CTACTGTTAATGTGAAAGAAAATCGAATTTCAGGAAATGTTGTTTTTTTAATGAGAAATGCTTCACATATTACTTAAC
Intron 7 GTGAGATTCC ... TTTCTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80 | 3 | 12 | 12 |
| A2 | 75 | 6 | 18 | 2 |
| A3 | 61.54 | 5 | 8 | 2 |
| A4 | 64.29 | 5 | 9 | 3 |
| A5 | 100 | 0 | 1 | 0 |
| A6 | 86.75 | 11 | 72 | 0 |
| A7 | 86.3 | 10 | 63 | 3 |
| A8 | 82.09 | 24 | 110 | 7 |
| A9 | 75.51 | 24 | 74 | 4 |
| A10 | 78.95 | 8 | 30 | 4 |
>TRINITY_DN48866_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoformAAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTTGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACTGACATATAGCATTAGCCGAAGGCTGGTACTGCCAGTGGGTTAACTTCCGACCATGTAATACAAGTCCT
TAAATCACATTCTGATCCAGAGCAGGCATTGGGTTTTTTCTTCTGGGCTGCCAGACAAAAACAGTTTATGCACACCACAGATTCCTACAACTCCATGCTAAAAATCCTGGGAAGAACCCACAAGGTCAAGGAAATGGCATATGTTTTAGATTTGATGCAAACTCAACGCTGTAGACTTAATTCCCAGACCTATTTAATAA
TTCTCCGCAACCTCGGAATAGCAGGAGGTATAGAGCAAGTTCCTCAAGCCCTGGATGAGATGAAGAAATCCGGGCTTATGCTGAGTGGCTTTGCTTACAATGGTCTCATAGGATTACTGATCAAATCAGGCTTTCGGGAAGAAGCCATGGTGGTGTACAGGAAGATGATATCAGAAGGATTGTTGCCCAGCCTAAAATGT
TATTCTGTACTAATGGGTGCCTGTGGAGAAAAGGGCGATACGGGGCAGGTGATGGGACTACTAGCTGAAATGCGAAAACATGGCTTGAGACCCAACCTGTACACCTTCACACTCTGCATAAAGATCCACGGGAGAGCTGGCAAGGTAGATGAAGCATGCGGCCTGTGGAGACAAATGAAGGAGGAGGGCTGCAAACCTGA
TGTCGTGGCTTTCACCACATTAATGGCTGCTCTCAGCAATGCAGGCAGATTGGATGAGGCGGCAGCATTACTGAAAGAGATGAGAAGCAGCAAATGTAGGCCTGATTCTATCACATACAATACTTTGATAGATAAATATGGGGATTCTGGTGATGTCGATGCTGCATGGGAGCTTTGGAAGGAGATGATAGCTGATGGAT
GTGCCCCAACTGTGGTTACCTTTACTACTATTATTAATGCGCTATGCACAGGTGGAAAAATTGATGAAGCAATTGCGGTGTTGGATGAAATGGTGGAGAGAGGGAGTTCTCCCAATTTGTACACTTACAATTCATTGATTGGAGGTCTTCTTAAGAATAACAGATTGGAGGACGCGCAGAAGTTTTTTCAGATTATGCAC
ACTAAAGGCTGTGAGCCCACATCTTTAACCTACAGCTTATTCATCAATTACTATGGAAATAATGGTAAGGCCGATGAAGCATATGAGGTGTTTCTGCAGATGAAGAGGAAAGGAATTTCTCCAAATGTTGTTTCCTTCAATGTTTGTATAGATAGCCTCGGGAGGGTAGGAAGGATTAAAGAAGTGAATGAACTTTTTGA
AGAAATGAAACAAACAGGTATATCTCCTGATGTAATCACGTATAATATGATGATATGCTGCTATGCTAAGGCAGGGAAAGTGGATGAAGCTATTGGGATGGTCTTGCGGATGATAGAAAGTGGATGTGATCCAGACACTGTCACTAACAACACTTTGATCGATATTCTTTACAAGGAAGACAGAACAGACGAGGCATGGA
AGATGTTCCACAAAATGCAGCAGATGAACCTTTTCCCCACTGTCATAACCTATAATATTCTGGTGGATGGGCTTGGCAAAGATGGCAAGATTAAGGAAGCAATAGAGTTATTTCAACGAATGGGGGAAACAGGATGCACCCCAAATGTTATTACACACAATTCAATGCTGAATGGTCTCTGCAAGAATAATGAGGTAGAT
TTGGCTTTCAAAATAATGCAAGAGATGACAGAAAATGGGTATTTCCCTGATGAGATTACTTACAACATACTGATTGATGGTTTCATAAAAACAAATAGAATTGATGATGCTTGCCAGCTCTTTGAAGATATGAAAAACAAACTTTCTCCAAACCTTGTAACTTTGGGTACGCTTTTGCCAGGGCTTGCAAAAGCTGGAAA
AATGGATTATGCTGTGAGAGTGTTCAAAGAGTTCTATGATGTTATGGGATTACTTCCCGATGATGTTGCTTGTGCAGCCCTAACTGATGGCTTAGGCAGAGCAGGCAGGTTGGATGAGGCAATCTTGATCTATGAAGAAATGTTGGCCAAGGGTGCCAGTCAATACACATATGTAGTATGCTCTCTCATCAAATCCCTAT
GCAAAGCAGGAAGAGTGTTTGATGCTCACAGATTGTTTGAGGAATCAAAAGATCGGGGCGTTGCCCTCAACACTATAGCTTACAATACTCTTATTAATGGGCTATGTAAAACTGACCATATCCATATTGCCTGGGATCTTTTCAAACAGATGAAGAAGTCAGGTCATATTCCAAATGTTTTCACTTACAATGCCTTCTTT
GATGCCCTTGGAAAGGATGGAAAGATGGATGATGCTTTCAAGCTTCTTGATGAGATGCGTGCTAGAGGATGCAAGATGAGTACAATAAACTACAACACCCTCATATCAGGTCTTGTGATGGCTGGTAGAGTGGATGAGGCCATAGATTTGTATGGTCATATGGTGAAGAGGGGGTATCCTCTCTCCCCATCTACTTATGG
TCCTCTTATTGATGGACTTGGTAAGGCAGGAAGAGTGTCTGAGGCCAATCACTTCTTTCAAGAAATGATTGAAAATGGGTGCAGGCCTAATTGTGCAGTTTACAATATTCTCATGAATGCCTTTGGAAAGGTAGGGGATGTAGATGAAGCTTGTCAGCTTTTCGAGAGAATGGTAGCAGATGGCATAAAACCAGATGTAA
GATCGTACACTATTATCATAGACAGTCTTTTTATGGTGGACAGGGTAGATGAGGCTTTTCATTTCTTTGTAGAACTGAAGTCTAGTGGCTTGAAGCCTGATACAATCATGTATAATATCATCATTGATGGACTGGGAAAAGCTGAAAAGTTAGAGGAAGCATTACAAGTTTTTGAGGAAATGAAGAACAGTGATTCTGTT
CCAAACTTGTTTGCTTACAATTCCTTGATAGATCACCTTGGAAAGCTTGGTATGATAGAGGAAGCTAGCAAGGTATATGCAGAACTCCTTTCAAGGGGGTATGAACCAAATGTCGCTACCTACAATGCACTAATTCGTGCATTTAGCATAGCGGGCAGAGTGGATCGTGCATATGCAATCTTTGAAGAGATGATGGCCAG
CGGCTGTGAGCCAAATCCATTAACATATTCTAATCTACCAAATCAGTTTTGAAAGGGTTGGTGATGGTTTAACAGGAGTGTGATGTTTTGTCATGAATACCACTCCACTTCAGTGCAGGAAGTTCTCTATTTATCTGAGATGATTTTGAACCAAGATACAAGGTAATAGTGAATGGTGTTAACCCTTTGGGAAACTGGGT
TTCCTTTGTTGCCATGCTATGGATGATAAAGCTGGCATAGTTTCTTGCAGTTTTAATACATCGATGCTTAAGAGATTCTGCTTGTACTCATGATATTTTCTTTTCCTTTATCAATTTTGAAACTTATCCTTTTTGTTGCAGTCTCTGCCACTAAAAACACTATCTTCTGGTCACTATTAGTACTGCTTTCTCGTTCCTAG
AATTTCTCCTACTTGCTGCAAAGGTCCTGCTTATAATTTGCTGAAAGGTCTTCTGTCATAAAGTACTAATGTTCAGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTCACAAGAAATTTATTGAA
GACAAATAAGGAGATACTTTGGCAGAAACAGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCCCAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGAGAACACAAGACAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGA
TGGACATGGAAGCTGTGAAATTTCTTCCATGGAAATAGACAAAATCCCATCAGCAGAACATAAAATTGCTAGTGGAGAAATTAAGAGGGCTTCAATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAGACTATTTGCTGCAAAGTTCCCCCTTATAATTTGCTGAAAGGCCTTT
TGTCATAAAGTACAAGTTTTCGGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCAGAAAAGTATCACAAATGCTCAAAGTTACAACCACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCAGAAACAGAGGGGGATGTTTTTTAATTTTTAT
CAGATTAATGGGTGATGTAGTGCCCTGAGAGGACAGACTTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAATTTAAGCTTCAGAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCATAGAAATAGACGGAATCCCTTCAGCAGAACAT
AAAATTGCTATTGGAGAAATTGGGAGGGCTTCAATTATAGGCAAGGCAACAGAACCTGAGATTAGAAAGACTATTTGTGACAAAGGTAATTAAGAGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGCATTGCTTCTTTGGAGAAGCTGAACAGTGAAA
ACATTGTATGGTGAAATTGAGTTGGGCAGAATTGGAAGTAAAGACTTTTACATTAAATTTGTAAAATGATCTCCAACTACAGATACAAGTCAATCTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGTAATCCCAGCTTGATTAA
CTACTTCTCAGAATTTCTGGTGTTTAAATTTTCGCATGGCTGTACAAGAAACGCAAGACGAGATTTGTAGGAAAGATTTATGCACACTTTTTCCTGCTAGTCGACCACGTGATAGAGTTATCAGTGTGATTAATGTGAAAATAGAGGAGGTTTTAGCCTTTCAGCCTGCTTCATATCCAGCTTATCTATCTTACAGTAGT
AAAGATGAATATCTCTTCTTGATAACTATATAACTGATCAGAAATCCAATCCTGCATAAATTGGCCAGTTGAGTCAGGGTACATTAATTGTTACAGTGGTGTTCTGATGCTTGTCACATAGGGTGGTGATGCAGCATCTATGCTTCCCTTGAAGATGGTCAGGGTATACTTAATCAATATATCAGTTCAGATGGGCCAGT
AACCTTTTTCCTCAAATCTTGAGACTAATGTAAAACTTGAAACATCGTGAAGAGAAGATAACAGGTTGTCCATGTTCTCATTGTTTTCATAGTTGGAAATGCTGCAGTAGATGGTTGGAGCTATTTCGTAGGCCGATAAAATTCCTCTAAAGATAGACTGAACAAATCAACTTTGAAACATAAAATTTCATTGGAAAAAA
TCCGCTCCAAATTGAAAAACGTTTTCTGCAATGGAAAACGTGTTTTTCTTGCTGTAGATGCTCTCTCTTTCTGAAATAACACTTGCAAACAGAACGCCCAGTGGCTGAGCATTCATCTCTTCAAGCATTGATCTCTTTGTAGATTGTTCGATATGTGTGACTGTGCAAAACGTGGAGCACAGTATCATTTTGCTTATTCC
AGCTTTGAGCAATTTGTCTCTTTGCAGAGTGTCTTTGAAGGAGGTATGTGTATTAATCTTTAAAATCTCAATAGTAATTTGAGGATTTGGTAGGAAGCAATTTAAAAAGTTTGTCAATTAAGGATATGGGCTTGTCAGGATTTTTGGCAATAAACAGTTGGCATATGGTAGTGGTGCACACAACAGAATTTGTGAATTTC
TATTGTAGTTTTATAGTGCTGCAGTAAGTTATTGCTTTGTCTGCATTGCCCATCAAGCTCTTGAGTTTGCTTCATAAGTACTGGTGAAAATATCTCTGTTGGTTGCAAAAATCTCAGGGTAATTGTTTAAAATATGAATTCTTCAGCTTTGCAAAGTAAAGGTCTCTTTCCTTTCCAAATTGTTTACCAAACAATTAATC
ATCTACTTGAGGCAAAAGTGATTAAGATATTTCCTATGGCTTATGTACTATATGTGGATTGAGGTGGAGGTATCCAACATTGTTTTCCTCAATCTGGACCAACTCCATTAGAACAGAGATTTTTTGCAGAGATTATAAGAAAAGAGCTTGCATTCCAAAGAGCAATCAGTGGACTGCACTGTAGAGGAAGTATGTGGCCT
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>TRINITY_DN48866_c0_g1_i12 from sample A7 / Example unspliced isoform:AAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTTGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACTGACATATAGCATTAGCCGAAGACAGTAAACTATTGGGCCCATTGAATTGCTGTAATTTAGTTAACCGG
GGCAGGAGTGATGGAGACATGCTTAATAGAAATTTCCAATGGAGGACAAGTGGAGTTGTTCTGTAGTTGTACAGATAGAGCAGGAGTAGGAGGAGGGTCTGCTGCAGTGGGGTACTTTGGGTTCAAAAGACGAACAAAAACAAGTGGTTCATTAGCTTTTAATTTGTGTTCCATGAAGGTCTCTTGCGTACAAACTGTAC
TTGCAATTAACGCGCATCCAAATCCCAAAACTAATATGACTTACACGCTAATGCATCAGGCTGGTACTGCCAGTGGGTTAACTTCCGACCATGTAATACAAGTCCTTAAATCACATTCTGATCCAGAGCAGGCATTGGGTTTTTTCTTCTGGGCTGCCAGACAAAAACAGTTTATGCACACCACAGATTCCTACAACTCC
ATGCTAAAAATCCTGGGAAGAACCCACAAGGTCAAGGAAATGGCATATGTTTTAGATTTGATGCAAACTCAACGCTGTAGACTTAATTCCCAGACCTATTTAATAATTCTCCGCAACCTCGGAATAGCAGGAGGTATAGAGCAAGTTCCTCAAGCCCTGGATGAGATGAAGAAATCCGGGCTTATGCTGAGTGGCTTTGC
TTACAATGGTCTCATAGGATTACTGATCAAATCAGGCTTTCGGGAAGAAGCCATGGTGGTGTACAGGAAGATGATATCAGAAGGATTGTTGCCCAGCCTAAAATGTTATTCTGTACTAATGGGTGCCTGTGGAGAAAAGGGCGATACGGGGCAGGTGATGGGACTACTAGCTGAAATGCGAAAACATGGCTTGAGACCCA
ACCTGTACACCTTCACACTCTGCATAAAGATCCACGGGAGAGCTGGCAAGGTAGATGAAGCATGCGGCCTGTGGAGACAAATGAAGGAGGAGGGCTGCAAACCTGATGTCGTGGCTTTCACCACATTAATGGCTGCTCTCAGCAATGCAGGCAGATTGGATGAGGCGGCAGCATTACTGAAAGAGATGAGAAGCAGCAAA
TGTAGGCCTGATTCTATCACATACAATACTTTGATAGATAAATATGGGGATTCTGGTGATGTCGATGCTGCATGGGAGCTTTGGAAGGAGATGATAGCTGATGGATGTGCCCCAACTGTGGTTACCTTTACTACTATTATTAATGCGCTATGCACAGGTGGAAAAATTGATGAAGCAATTGCGGTGTTGGATGAAATGGT
GGAGAGAGGGAGTTCTCCCAATTTGTACACTTACAATTCATTGATTGGAGGTCTTCTTAAGAATAACAGATTGGAGGACGCGCAGAAGTTTTTTCAGATTATGCACACTAAAGGCTGTGAGCCCACATCTTTAACCTACAGCTTATTCATCAATTACTATGGAAATAATGGTAAGGCCGATGAAGCATATGAGGTGTTTC
TGCAGATGAAGAGGAAAGGAATTTCTCCAAATGTTGTTTCCTTCAATGTTTGTATAGATAGCCTCGGGAGGGTAGGAAGGATTAAAGAAGTGAATGAACTTTTTGAAGAAATGAAACAAACAGGTATATCTCCTGATGTAATCACGTATAATATGATGATATGCTGCTATGCTAAGGCAGGGAAAGTGGATGAAGCTATT
GGGATGGTCTTGCGGATGATAGAAAGTGGATGTGATCCAGACACTGTCACTAACAACACTTTGATCGATATTCTTTACAAGGAAGACAGAACAGACGAGGCATGGAAGATGTTCCACAAAATGCAGCAGATGAACCTTTTCCCCACTGTCATAACCTATAATATTCTGGTGGATGGGCTTGGCAAAGATGGCAAGATTAA
GGAAGCAATAGAGTTATTTCAACGAATGGGGGAAACAGGATGCACCCCAAATGTTATTACACACAATTCAATGCTGAATGGTCTCTGCAAGAATAATGAGGTAGATTTGGCTTTCAAAATAATGCAAGAGATGACAGAAAATGGGTATTTCCCTGATGAGATTACTTACAACATACTGATTGATGGTTTCATAAAAACAA
ATAGAATTGATGATGCTTGCCAGCTCTTTGAAGATATGAAAAACAAACTTTCTCCAAACCTTGTAACTTTGGGTACGCTTTTGCCAGGGCTTGCAAAAGCTGGAAAAATGGATTATGCTGTGAGAGTGTTCAAAGAGTTCTATGATGTTATGGGATTACTTCCCGATGATGTTGCTTGTGCAGCCCTAACTGATGGCTTA
GGCAGAGCAGGCAGGTTGGATGAGGCAATCTTGATCTATGAAGAAATGTTGGCCAAGGGTGCCAGTCAATACACATATGTAGTATGCTCTCTCATCAAATCCCTATGCAAAGCAGGAAGAGTGTTTGATGCTCACAGATTGTTTGAGGAATCAAAAGATCGGGGCGTTGCCCTCAACACTATAGCTTACAATACTCTTAT
TAATGGGCTATGTAAAACTGACCATATCCATATTGCCTGGGATCTTTTCAAACAGATGAAGAAGTCAGGTCATATTCCAAATGTTTTCACTTACAATGCCTTCTTTGATGCCCTTGGAAAGGATGGAAAGATGGATGATGCTTTCAAGCTTCTTGATGAGATGCGTGCTAGAGGATGCAAGATGAGTACAATAAACTACA
ACACCCTCATATCAGGTCTTGTGATGGCTGGTAGAGTGGATGAGGCCATAGATTTGTATGGTCATATGGTGAAGAGGGGGTATCCTCTCTCCCCATCTACTTATGGTCCTCTTATTGATGGACTTGGTAAGGCAGGAAGAGTGTCTGAGGCCAATCACTTCTTTCAAGAAATGATTGAAAATGGGTGCAGGCCTAATTGT
GCAGTTTACAATATTCTCATGAATGCCTTTGGAAAGGTAGGGGATGTAGATGAAGCTTGTCAGCTTTTCGAGAGAATGGTAGCAGATGGCATAAAACCAGATGTAAGATCGTACACTATTATCATAGACAGTCTTTTTATGGTGGACAGGGTAGATGAGGCTTTTCATTTCTTTGTAGAACTGAAGTCTAGTGGCTTGAA
GCCTGATACAATCATGTATAATATCATCATTGATGGACTGGGAAAAGCTGAAAAGTTAGAGGAAGCATTACAAGTTTTTGAGGAAATGAAGAACAGTGATTCTGTTCCAAACTTGTTTGCTTACAATTCCTTGATAGATCACCTTGGAAAGCTTGGTATGATAGAGGAAGCTAGCAAGGTATATGCAGAACTCCTTTCAA
GGGGGTATGAACCAAATGTCGCTACCTACAATGCACTAATTCGTGCATTTAGCATAGCGGGCAGAGTGGATCGTGCATATGCAATCTTTGAAGAGATGATGGCCAGCGGCTGTGAGCCAAATCCATTAACATATTCTAATCTACCAAATCAGTTTTGAAAGGGTTGGTGATGGTTTAACAGGAGTGTGATGTTTTGTCAT
GAATACCACTCCACTTCAGTGCAGGAAGTTCTCTATTTATCTGAGATGATTTTGAACCAAGATACAAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTCACAAGAAATTTATTGAAGACAAATAAGGAGATACTTTGGCAGAAACAGAGGGGTA
GGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCCCAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGAGAACACAAGACAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGACATGGAAGCTGTGAAATTTCTTCCATGGAAATAG
ACAAAATCCCATCAGCAGAACATAAAATTGCTAGTGGAGAAATTAAGAGGGCTTCAATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAGACTATTTGCTGCAAAGTTCCCCCTTATAATTTGCTGAAAGGCCTTTTGTCATAAAGTACAAGTTTTCGGGATTAACTAGTTCAA
GCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCAGAAAAGTATCACAAATGCTCAAAGTTACAACCACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCAGAAACAGAGGGGGATGTTTTTTAATTTTTATCAGATTAATGGGTGATGTAGTGCCCTGAGAGGACAGAC
TTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAATTTAAGCTTCAGAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCATAGAAATAGACGGAATCCCTTCAGCAGAACATAAAATTGCTATTGGAGAAATTGGGAGGGCTTCAATTAT
AGGCAAGGCAACAGAACCTGAGATTAGAAAGACTATTTGTGACAAAGGTAATTAAGAGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGCATTGCTTCTTTGGAGAAGCTGAACAGTGAAAACATTGTATGGTGAAATTGAGTTGGGCAGAATTGGAAG
TAAAGACTTTTACATTAAATTTGTAAAATGATCTCCAACTACAGATACAAGTCAATCTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGTAATCCCAGCTTGATTAACTACTTCTCAGAATTTCTGGTGTTTAAATTTTCGCATG
GCTGTACAAGAAACGCAAGACGAGATTTGTAGGAAAGATTTATGCACACTTTTTCCTGCTAGTCGACCACGTGATAGAGTTATCAGTGTGATTAATGTGAAAATAGAGGAGGTTTTAGCCTTTCAGCCTGCTTCATATCCAGCTTATCTATCTTACAGTAGTAAAGATGAATATCTCTTCTTGATAACTATATAACTGAT
CAGAAATCCAATCCTGCATAAATTGGCCAGTTGAGTCAGGGTACATTAATTGTTACAGTGGTGTTCTGATGCTTGTCACATAGGGTGGTGATGCAGCATCTATGCTTCCCTTGAAGATGGTCAGGGTATACTTAATCAATATATCAGTTCAGATGGGCCAGTAACCTTTTTCCTCAAATCTTGAGACTAAgtgagattcc
ttcccacactgtttactattgctaattctcactgccacctagagagcagacagacactactgttaatgtgaaagaaaatcgaatttcaggaaatgttgtttttttaatgagaaatgcttcacatattacttaacggaagaaagagttacgctatgcaaatattgtttatgtttttccaggtaatgtggatggtaataaac
aaaaggctctaccttgtaagattgaatttcatataaactttgactggtaaatgttataatttcaccctagctttatgtttttctgacagTGTAAAACTTGAAACATCGTGAAGAGAAGATAACAGGTTGTCCATGTTCTCATTGTTTTCATAGTTGGAAATGCTGCAGTAGATGGTTGGAGCTATTTCGTAGGCCGATAA
AATTCCTCTAAAGATAGACTGAACAAATCAACTTTGAAACATAAAATTTCATTGGAAAAAATCCGCTCCAAATTGAAAAACGTTTTCTGCAATGGAAAACGTGTTTTTCTTGCTGTAGATGCTCTCTCTTTCTGAAATAACACTTGCAAACAGAACGCCCAGTGGCTGAGCATTCATCTCTTCAAGCATTGATCTCTTTG
TAGATTGTTCGATATGTGTGACTGTGCAAAACGTGGAGCACAGTATCATTTTGCTTATTCCAGCTTTGAGCAATTTGTCTCTTTGCAGAGTGTCTTTGAAGGAGGTATGTGTATTAATCTTTAAAATCTCAATAGTAATTTGAGGATTTGGTAGGAAGCAATTTAAAAAGTTTGTCAATTAAGGATATGGGCTTGTCAGG
ATTTTTGGCAATAAACAGTTGGCATATGGTAGTGGTGCACACAACAGAATTTGTGAATTTCTATTGTAGTTTTATAGTGCTGCAGTAAGTTATTGCTTTGTCTGCATTGCCCATCAAGCTCTTGAGTTTGCTTCATAAGTACTGGTGAAAATATCTCTGTTGGTTGCAAAAATCTCAGGGTAATTGTTTAAAATATGAAT
TCTTCAGCTTTGCAAAGTAAAGGTCTCTTTCCTTTCCAAATTGTTTACCAAACAATTAATCATCTACTTGAGGCAAAAGTGATTAAGATATTTCCTATGGCTTATGTACTATATGTGGATTGAGGTGGAGGTATCCAACATTGTTTTCCTCAATCTGGACCAACTCCATTAGAACAGAGATTTTTTGCAGAGATTATAAG
AAAAGAGCTTGCATTCCAAAGAGCAATCAGTGGACTGCACTGTAGAGGAAGTATGTGGCCTTAGCACCATAAGCAAAGCATAATCAAATAAACCAAAGTATTCAGAAGCCTATTTTCATTGAAAGCCTGGTGGAGCTGCGTACAAACTGGTGGAGACCTGAGAGTGGGTTGTTGTTGCATATTTGTTTGGTATCCTCTAC
ATTTTGTATCATCTCTGGAGAAGTCTCAAAACCCTAAATTTTGATAGCAGAAATTGTATTGCAGAAATTTCATTGCAATTTGTATTTTTCAAATCATATCAAGTGCTATTCTTGCAGAGATCATATTGTTTTTGCAGAGACTTAGACCTGCACATAATGTAAGCTTTTTTGAATATTTATGTAGAGATTGGTGTAGTACT
TGTTTATTGCAGATTGCAAAGCAAAGTATGTTGGCCACCAGTGATGCCTATCTACTGTCCACTAACTTCGAAACCTTTTTCCAAGTATTGAGAGTGCATAGTGTTGGTGCTATAAGTGACCATTGATGTTCCATGGAGACTTATCTTTGTAGGCAATCGCATCTGAGCACACTTGTATTTTGGCCTGTGCATCACAACAG
AGCTGCATCAAAGAACCAAGAGC
Intron 8 GCTGGTACTG ... GTTTTGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.38 | 8 | 18 | 17.3 |
| A2 | 65.71 | 16 | 14 | 30.7 |
| A3 | 63.77 | 7 | 6 | 12.3 |
| A4 | 61.7 | 18 | 14 | 29 |
| A5 | 55.56 | 4 | 5 | 5 |
| A6 | 100 | 0 | 0 | 24 |
| A7 | 83.25 | 11 | 6 | 54.7 |
| A8 | 95.28 | 2 | 2 | 40.3 |
| A9 | 76.92 | 12 | 3 | 40 |
| A10 | 83.89 | 8 | 2 | 41.7 |
>TRINITY_DN44495_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformTTTATAAGTACCTGTATAAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTCGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACTGACATATAGCATTAGCCGAAGGGTTGGTGATGGTTTAACAGGATTGTGATG
TTTTGTCATGAATACCACTCCACTTCAGTGCAGGAAGTTCTCTATTTATCTGAGATGATTTTGAACCAAGATACAAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTCACAAGAAATTTATTGAAGACAAATAAGGAGATACTTTGGCAGAAAC
AGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCCCAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGAGAACACAAGACAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGACATGGAAGCTGTGAAATTTCTTCCA
TGGAAATAGACAAAATCCCATCAGCAGAACATAAAATTGCTAGTGGAGAAATTAAGAGGGCTTCAATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAGACTATTTGCTGCAAAGTTCCCCCTTATAATTTGCTGAAAGGCCTTTTGTCATAAAGTACAAGTTTTCGGGATTAA
CTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCAGAAAAGTATCACAAATGCTCAAAGTTACAACCACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCAGAAACAGAGGGGGATGTTTTTTAATTTTTATCAGATTAATGGGTGATGTAGTGCCCTGAG
AGGACAGACTTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAATTTAAGCTTCAGAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCATAGAAATAGACGGAATCCCTTCAGCAGAACATAAAATTGCTATTGGAGAAATTGGGAGGGC
TTCAATTATAGGCAAGGCAACAGAACCTGAGATTAGAAAGACTATTTGTGACAAAGGTAATTAAGAGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGCATTGCTTCTTTGGAGAAGCTGAACAGTGAAAACATTGTATGGTGAAATTGAGTTGGGCAG
AATTGGAAGTAAAGACTTTTACATTAAATTTGTAAAATGATCTCCAACTACAGATACAAGTCAATCTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGTAATCCCAGCTTGATTAACTACTTCTCAGAATTTCTGGTGTTTAAAT
TTTCGCATGGCTGTACAAGAAACGCAAGACGAGATTTGTAGGAAAGATTTATGCACACTTTTTCCTGCTAGTCGACCACGTGATAGAGTTATCAGTGTGATTAATGTGAAAATAGAGGAGGTTTTAGCCTTTCAGCCTGCTTCATATCCAGCTTATCTATCTTACAGTAGTAAAGATGAATATCTCTTCTTGATAACTAT
ATAACTGATCAGAAATCCAATCCTGCATAAATTGGCCAGTTGAGTCAGGGTACATTAATTGTTACAGTGGTGTTCTGATGCTTGTCACATAGGGTGGTGATGCAGCATCTATGCTTCCCTTGAAGATGGTCAGGGTATACTTAATCAATATATCAGTTCAGATGGGCCAGTAACCTTTTTCCTCAAATCTTGAGACTAAG
TGAGATTCCTTCCCACACTGTTTACTATTGCTAATTCTCACTGCCACCTAGAGAGCAGACAGACACTACTGTTAATGTGAAAGAAAATCGAATTTCAGGAAATGTTGTTTTTTTAATGAGAAATGCTTCACATATTACTTAACGGAAGAAAGAGTTACGCTATGCAAATATTGTTTATGTTTTTCCAGGTAATGTGGATG
GTAATAAACAAAAGGCTCTACCTTGTAAGATTGAATTTCATATAAACTTTGACTGGTAAATGTTATAATTTCACCCTAGCTTTATGTTTTTCTGACAGTGTAAAACTTGAAACATCGTGAAGAGAAGATAACAGGTTGTCCATGTTCTCATTGTTTTCATAGTTGGAAATGCTGCAGTAGATGGTTGGAGCTATTTCGTA
GGCCGATAAAATTCCTCTAAAGATAGACTGAACAAATCAACTTTGAAACATAAAATTTCATTGGAAAAAATCCGCTCCAAATTGAAAAACGTTTTCTGCAATGGAAAACGTGTTTTTCTTGCTGTAGATGCTCTCTCTTTCTGAAATAACACTTTCAAACAGAACGCCCAGTGGCTGAGCATTCATCTCTTCAAGCATTG
ATCTCTTTGTAGATTGTTCGATATGTGTGACTGTGCAAAACGTGGAGCACAGTATCATTTTGCTTATTCCAGCTTTGAGCAATTTGTCTCTTTGCAGAGTGTCTTTGAAGGAGGTATGTGTATTAATCTTTAAAATCTCAATAGTAATTTGAGGATTTGGTAGGAAGCAATTTAAAAAGTTTGTCAATTAAGGATATGGG
CTTGTCAGGATTTTTGGCAATAAACAGTTGGCATATGGTAGTGGTGCACACAACAGAATTTGTGAATTTCTATTGTAGTTTTATAGTGCTGCAGTAAGTTATTGCTTTGTCTGCATTGCCCATCAAGCTCTTGAGTTTGCTTCATAAGTACTGGTGAAAATATCTCTGTTGGTTGCAAAAATCTCAGGGTAATTGTTTAA
AATATGAATTCTTCAGCTTTGCAAAGTAAAGGTCTCTTTCCTTTCCAAATTGTTTACCAAACAATTAATCATCTACTTGAGGCAAAAGTGATTAAGATATTTCCTATGGCTTATGTACTATATGTGGATTGAGGTGGAGGTATCCAACATTGTTTTCCTCAATCTGGACCAACTCCATTAGAACAGAGATTTTTTGCAGA
GATTATAAGAAAAGAGCTTGCATTCCAAAGAGCAATCAGTGGACTGCACTGTAGAGGAAGTATGTGGCCTTAGCACCATAAGCAAAGCATAATCAAATAAACCAAAGTATTCAGAAGCCTATTTTCATTGAAAGCCTGGTGGAGCTGCGTACAAACTGGTGGAGACCTGAGAGTGGGTTGTTGTTGCATATTTGTTTGGT
ATCCTCTACATTTTGTATCATCTCTGGAGAAGTCTCAAAACCCTAAATTTTGATAGCAGAAATT
>TRINITY_DN44495_c0_g1_i18 from sample A9 / Example unspliced isoform:TTTATAAGTACCTGTATAAGTCGGAGGTGCACATATAATAGAAATCGGTGGTCGAAAACAGAAAGCAGGTCCGGCCAGTCGCTAAAGATAACGTCCCTTCATGAATTTCACTGGATATCTTCGAGACCGAGCCAATCCAAATAGACACTGACATATAGCATTAGCCGAAGgctggtactgccagtgggttaacttccgac
catgtaatacaagtccttaaatcacattctgatccagagcaggcattgggttttttcttctgggctgccagacaaaaacagtttatgcacaccacagattcctacaactccatgctaaaaatcctgggaagaacccacaaggtcaaggaaatggcatatgttttagatttgatgcaaactcaacgctgtagacttaattc
ccagacctatttaataattctccgcaacctcggaatagcaggaggtatagagcaagttcctcaagccctggatgagatgaagaaatccgggcttatgctgagtggctttgcttacaatggtctcataggattactgatcaaatcaggctttcgggaagaagccatggtggtgtacaggaagatgatatcagaaggattgt
tgcccagcctaaaatgttattctgtactaatgggtgcctgtggagaaaagggcgatacggggcaggtgatgggactactagctgaaatgcgaaaacatggcttgagacccaacctgtacaccttcacactctgcataaagatccacgggagagctggcaaggtagatgaagcatgcggcctgtggagacaaatgaaggag
gagggctgcaaacctgatgtcgtggctttcaccacattaatggctgctctcagcaatgcaggcagattggatgaggcggcagcattactgaaagagatgagaagcagcaaatgtaggcctgattctatcacatacaatactttgatagataaatatggggattctggtgatgtcgatgctgcatgggagctttggaagga
gatgatagctgatggatgtgccccaactgtggttacctttactactattattaatgcgctatgcacaggtggaaaaattgatgaagcaattgcggtgttggatgaaatggtggagagagggagttctcccaatttgtacacttacaattcattgattggaggtcttcttaagaataacagattggaggacgcgcagaagt
tttttcagattatgcacactaaaggctgtgagcccacatctttaacctacagcttattcatcaattactatggaaataatggtaaggccgatgaagcatatgaggtgtttctgcagatgaagaggaaaggaatttctccaaatgttgtttccttcaatgtttgtatagatagcctcgggagggtaggaaggattaaagaa
gtgaatgaactttttgaagaaatgaaacaaacaggtatatctcctgatgtaatcacgtataatatgatgatatgctgctatgctaaggcagggaaagtggatgaagctattgggatggtcttgcggatgatagaaagtggatgtgatccagacactgtcactaacaacactttgatcgatattctttacaaggaagacag
aacagacgaggcatggaagatgttccacaaaatgcagcagatgaaccttttccccactgtcataacctataatattctggtggatgggcttggcaaagatggcaagattaaggaagcaatagagttatttcaacgaatgggggaaacaggatgcaccccaaatgttattacacacaattcaatgctgaatggtctctgca
agaataatgaggtagatttggctttcaaaataatgcaagagatgacagaaaatgggtatttccctgatgagattacttacaacatactgattgatggtttcataaaaacaaatagaattgatgatgcttgccagctctttgaagatatgaaaaacaaactttctccaaaccttgtaactttgggtactcttttgccaggg
cttgcaaaagctggaaaaatggattatgctgtgagagtgttcaaagagttctatgatgttatgggattacttcccgatgatgttgcttgtgcagccctaactgatggcttaggcagagcaggcaggttggatgaggcaatcttgatctatgaagaaatgttggccaagggtgccagtcaatacacatatgtagtatgctc
tctcatcaaatccctatgcaaagcaggaagagtgtttgatgctcacagattgtttgaggaatcaaaagatcggggcgttgccctcaacactatagcttacaatactcttattaatgggctatgtaaaactgaccatatccatattgcctgggatcttttcaaacagatgaagaagtcaggtcatattccaaatgttttca
cttacaatgccttctttgatgcccttggaaaggatggaaagatggatgatgctttcaagcttcttgatgagatgcgtgctagaggatgcaagatgagtacaataaactacaacaccctcatatcaggtcttgtgatggctggtagagtggatgaggccatagatttgtatggtcatatggtgaagagggggtatcctctc
tccccatctacttatagtcctcttattgatggacttggtaaggcaggaagagtgtctgaggccaatcacttctttcaagaaatgattgaaaatgggtgcaggcctaattgtgcagtttacaatattctcatgaatgcctttggaaaggtaggggatgtagatgaagcttgtcagcttttcgagagaatggtagcagatgg
cataaaaccagatgtaagatcgtacactattatcatagacagtctttttatggtggacagggtagatgaggcttttcatttctttgtagaactgaagtctagtggcttgaagcctgatacaatcatgtataatatcatcattgatggactgggaaaagctgaaaagttagaggaagcattacaagtttttgaggaaatga
agaacagtgattctgttccaaacttgtttgcttacaattccttgatagatcaccttggaaagcttggtatgatagaggaagctagcaaggtatatgcagaactcctttcaagggggtatgaaccaaatgtcgctacctacaatgcactaattcgtgcatttagcatagcgggcagagtggatcgtgcatatgcaatcttt
gaagagatgatggccagcggctgtgagccaaatccattaacatattctaatctaccaaatcagttttgaaagGGTTGGTGATGGTTTAACAGGATTGTGATGTTTTGTCATGAATACCACTCCACTTCAGTGCAGGAAGTTCTCTATTTATCTGAGATGATTTTGAACCAAGATACAAGGTAATAGTGAATGGTGTTAAC
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TGCTTTCTCGTTCCTAGAATTTCTCCTACTTGCTGCAAAGGTCCTGCTTATAATTTGCTGAAAGGTCTTCTGTCATAAAGTACTAATGTTCAGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAGATGTGTGCAGAAGCGTATAACAAATGCTCAAAGTTACAACCAGACAGTTGAAGATTGATGGTGGCATAATAGCTTTC
ACAAGAAATTTATTGAAGACAAATAAGGAGATACTTTGGCAGAAACAGAGGGGTAGGCAGCTAGGCTTTTTAACTTTTTATCAGATTAATGGGTGTAGTGCCCCAAAGGCCCAGACTTCTACTCAAATTAAAAAAGAAATCTAAGCTTCATAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGAGAACACAAGACAAGCTATA
TATGCTAAGAATCAAGATGGACATGGAAGCTGTGAAATTTCTTCCATGGAAATAGACAAAATCCCATCAGCAGAACATAAAATTGCTAGTGGAGAAATTAAGAGGGCTTCAATTATAGGCAAAGCAACAGAAGCTGAGATTAGAAAGACTATTTTGGCAAAGATAATTAAGACTATTTGCTGCAAAGTTCCCCCTTATAA
TTTGCTGAAAGGCCTTTTGTCATAAAGTACAAGTTTTCGGGATTAACTAGTTCAAGCTGGTCTCTTCTAAGTGTGCGCAGAAAAGTATCACAAATGCTCAAAGTTACAACCACAGTTGAAGATTGATGGTGGCGTGGTAGCCTTCACAAGAAATTTGTTGAAGATAATTGAGGAGATACTGTGGCAGAAACAGAGGGGGA
TGTTTTTTAATTTTTATCAGATTAATGGGTGATGTAGTGCCCTGAGAGGACAGACTTGTGCTCAAATTAGAAAGGAAATTTAAGCTTCAGAAACTACAAGAATATCTGCAACTATTCAGTGAATACAGGAGAAGCTATATATGCTAAGAATCAAGATGGAGATGGGAGCTGTGAAATTTCTTCCATAGAAATAGACGGAA
TCCCTTCAGCAGAACATAAAATTGCTATTGGAGAAATTGGGAGGGCTTCAATTATAGGCAAGGCAACAGAACCTGAGATTAGAAAGACTATTTGTGACAAAGGTAATTAAGAGTTTGGTAGCTTTCAGTTTGAGAGTTCAAAGGAAGATGCTATAGATAAAATATGAAGTAGGTTCAGATGTTGGCATTGCTTCTTTGGA
GAAGCTGAACAGTGAAAACATTGTATGGTGAAATTGAGTTGGGCAGAATTGGAAGTAAAGACTTTTACATTAAATTTGTAAAATGATCTCCAACTACAGATACAAGTCAATCTACAATTACTACCTCCAGAATCAAAGAGTGGAAATGTTATAAATTATGTCAAGATTCAGAAAAAGGAATTTGAAATTAGTATGGATGT
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