sp|Q9S9N4|MRS21_ARATH ----> Magnesium transporter MRS2-1
Intron 1 GTAAGCTTCT ... TTGAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 96.88 | 1 | 49 | 13 |
| A2 | 96.23 | 1 | 32 | 19 |
| A3 | 100 | 0 | 46 | 22 |
| A4 | 100 | 0 | 25 | 11 |
| A5 | 100 | 0 | 28 | 7 |
| A6 | 91.84 | 14 | 187 | 128 |
| A7 | 91.47 | 11 | 135 | 101 |
| A8 | 90.72 | 16 | 203 | 110 |
| A9 | 91.58 | 12 | 147 | 114 |
| A10 | 92.96 | 5 | 97 | 35 |
>TRINITY_DN40009_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoformGCATAAGCGGTTGATGCCACTGTTTGCTGCATACTGCAAACCCTCAAATTCATGAGGATCAAGCAGAGAAGCTCGTTATCCTCATTATTCAGGTTTCAGGTCAATATTCTTCTTGATGCATTTGTATTGCAAAGAATAACTGAAGTCTTGTTCTGATCTTAATCAACTGAAAATTGATTCTTCCAACAAACTGTGGTTCA
CCCTCAGAGACGTGTCCTCGATGTGTTTGACATTTTTTGATAGTCTTCATGGATAGCAATCCTCCGAGTTCAAGATATGATTTGCATTATTCATTAAACAGATAGTTATTAGC
>TRINITY_DN40009_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGTTTTTTTATTGGTTTCAAGGGCGAGTGATTGTCTTATTCTCCACGTTTCTGTGGAGCAAGAAGATTGACGAGGGCGGTAGTACCAGGGGATTGTCTTATTTGCTTCAGCTTGTAAAATTCTCGCTACAGTGTCCATTTGTCAATCTCTAAACTATCTTTGTGTATGTGTTGTGTTGTTGGATCGATCCTCTCATGGCA
TCCAATAAAATGGAAGCCTGCTTGCTTTAATCATTTCCGACCAAACATATATATGTGCTGAGTTTCTCGATTCCATCTATATGATTGGAGCTACCATTAATGAATTCAAGTAATTTGGGTGTTTGTTTCAACTGCTTCATCGAGAACAAACTGCAAAAATAGTTTGCCGGTCTTCACACATTCACGCCTCTCTCTATTTA
AATCTTCGAACCCTAGTTTCTTCTCCCACTCTTCGATTCTTCCGCACATGAATTTCCGTAGGCTGTTTCATTCATTCCGAAGATCAATTTTCGAGCATGCTGGAATTGCCGTATTGGGGGACACCGCCTTTCAAGCATTGCACTTCAAGCTCACAACGTCTGGGAACCAACTGGAGGTTCACTGTGGACATTTACTTGTT
CTATGCTCAAGAGCCAGAGATTTCTATTTGTTTCCTGGAATCAACCTACATATTCTTTCATGAAATGAGGACGACTTTTGGAAATGGTTGTTACCTTCTGAATTGGTAAAATGGCATTGGTCGATTGTCTTTATCTCTGTTCAAGGAGTCTTGCAGTTATGAGGTAGTAGAGTTGGAGCGCTCAGTGCAAGGTTCACCTA
TAGCAATGTGAGGCAATTAGTTTTAGTTGCTTGTGGAATTGGAGCTTGCAAAGCCTTTCTTTCAAAATAGATATAAAAATTCAGAAGGAAATATATTGTTCAGAGGCACACATTACTTGTTGATAACTAATAGACACAGGTTTGGAGACTCGGATCTGGTGACAATAAGTTCTCGGGACCTGAAAAGCAGTATTATATGG
CAGACTTGAAAGAGCCCCTTCTTCCTCCACGGCCTTCTGTTGCTGTGCTTCGCGAAGCTCCTTGTCGATCGACTGTGCCCGGCAGGCCTCTGTTTCAAGGGCTAGACCTTTTGGGAGTTAAAAAGAGAGGGCAGGGGATTCGGTCATGGATAAGGATAGATAAAAATGGGAGTTCTCAAGTTTTGGAGGTTGATAAATTA
ACAATAATGAAGCGTTGTGACTTGCCAGCTAGGGATCTCCGTCTTTTGGATCCATTATTTGTATATCCTTCAACTATTCTGGGCCGAGAGAGAGCAATTGTTGTGAATCTAGAACAGATAAGGTGTATAATCACAGCTGATGAGGTACTGCTGTTGAATTCTTTGGATAGCTACGTTCTGCAGTATGTGGCAGAACTACA
GAGGCGTCTGAATGTTAAAACTGATATGGTTAGCAATCTATGGCATTCTAGAGAACATGGAAGCTCAAGATTTCCACTAGTGTCGAGTAGACAAGAACTGAGGGCTGATGCCATGTCAGGGAGCGCACAGTCGAGCCAACAAAAATCCATTAGTGATGCTGAACTTTTCAGTGGCTCATCTGCAGATGACTTGCCCTTTG
AATTCAGGGCACTGGAGGTTGCTTTGGAGGCAGCTTGCACATTTCTAGATACTCAGGCAGCAGAGCTGGAAATTGAAGCGTATCCTGTATTAGATGAATTGACTTCAAAGATCAGCACACTGAACTTAGAGCGTGTTCGGAGACTCAAAAGTAGGCTTGTCGCATTGACTCGCAGGGTTCAAAAGGTCCGAGATGAGATA
GAGCAACTTATGGATGATGATGGAGATATGGCTGAGATGTATCTAACTGAGAAAAAAGAGCGAATGGAGGCTGCCTTTTATCGAGATCAATCTTTATTCGGTTATGGTTCTGTTGGAACTGGGGCTTCAGTTTCAGCCCCAGTTTCTCCCATATGTTCCCCACCTGATTCTCGGAAGTTGGAAAAAACTCTAAGCTTAGC
ACGAAGCAGGCATGAAAGTATGAGAGATTCTGAAAACAATGATGAACATATTCAGGAGTTAGAAATGTTACTTGAGGCTTATTTTGTGGTTATTGACAGTACTTTGAACAAGCTAACATCACTGAAGGAGTATATAGATGATACAGAGGATTTCATAAACATTCAACTGGACAATGTTCGGAACCAGCTGATACAGTTTG
AACTATTGCTCACAACTGCAACCTTTGTTGTTGCTATATTTGGAGTTGTGGCAGGAGTTTTTGGCATGAATATTCCAATGGAATTGTTTGAAGAACCTAAGGCTTTCAAGTGGGTTCTGATAATAACTGGAATTGTTGGGCTTATCATTTTTTGCTCTTTTCTATGGTTTTTCAAGCATAAGCGGTTGATGCCACTgtaa
gcttctgtattatagcctggttaaaagtatgtgaaaattatttatgtggagatggtgtcttagactggtttttctagattgacaattgtaaaatgcagtaatttattggattttggatgagcagcacggtttagaacaattccttttcttagttcaactcaagtttctgcaaattagtcgtgctactgaactgaagtctc
agatataaaataaagaattgaatgcagGTTTGCTGCATACTGCAAACCCTCAAATTCATGAGGATCAAGCAGAGAAGCTCGTTATCCTCATTATTCAGGTTTCAGGTCAATATTCTTCTTGATGCATTTGTATTGCAAAGAATAACTGAAGTCTTGTTCTGATCTTAATCAACTGAAAATTGATTCTTCCAACAAACTGT
GGTTCACCCTCAGAGACGTGTCCTCGATGTGTTTGACATTTTTTGATAGTCTTCATGGATAGCAATCCTCCGAGTTCAAGATATGATTTGCATTATTCATTAAACAGATAGTTATTAGC
Intron 2 GTAGGCTTGT ... GGTTCAAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.25 | 14 | 16 | 20 |
| A2 | 49.47 | 24 | 26 | 21 |
| A3 | 59.38 | 26 | 43 | 33 |
| A4 | 50.62 | 20 | 21 | 20 |
| A5 | 53.85 | 9 | 11 | 10 |
| A6 | 51.06 | 23 | 21 | 27 |
| A7 | 60.03 | 28 | 44 | 40.1 |
| A8 | 62.96 | 15 | 27 | 24 |
| A9 | 60.71 | 11 | 17 | 17 |
| A10 | 64.38 | 26 | 53 | 41 |
>TRINITY_DN109651_c0_g2_i9 from sample A2 / Example spliced isoformGTTTTTTTATTGGTTTCAAGGGCGAGTGATTGTCTTATTCTCCACGTTTCTGTGGAGCAAGAAGATTGACGAGGGCGGTAGTACCAGGGGATTGTCTTATTTGCTTCAGCTTGTAAAATTCTCGCTACAGTGTCCATTTGTCAATCTCTAAACTATCTTTGTGTATGTGTTGTGTTGTTGGATCGATCCTCTCATGGCAT
CCAATAAAATGGAAGCCTGCCTGCTTTAATCATTTCCGACCAAACATATATATGTGCTGAGTTTCTCGATTCCATCTATATGATTGGAGCTACCATTAATGAATTCAAGTAATTTGGGTGTTTGTTTCAACTGCTTCATCGAGAACAAACTGCAAAAATAGTTTGCCGGTCTTCACACATTCACGCCTCTCTCTATTTAA
ATCTTCGAACCCTAGTTTCTTCTCCCACTCTTCGATTCTTCCGCACATGAATTTCCGTAGGCTGTTTCATTCATTGCGAAGATCAATTTTCGAGCATGCTGGAATTGCCGTATTGGGGGACACCGCCTTTCAAGCATTGCACTTCAAGCTCACAACGTCTGGGAACCAACTGGAGGTTCACTGTGGACATTTACTTGTTC
TATGCTCAAGAGCCAGAGATTTCTATTTGTTTCCTGGAGTCAACCTACATATTCTTTCATGAAATGAGGACGACTTTTGGAAATGGTTGTTACCTTCTGAATTGGTAAAATGGCATTGGTCGATTGTCTTTATCTCTGTTCAAGGAGTCTTGCAGTTATGAGGTAGTAGAGTTGGAGCGCTCAGTGCAAGGTTCACCTAT
AGCAATGTGAGGCAATTAGTTTTAGTTGCTTGTGGAATTGGAGCTTGCAAAGCCTTTCTTTCGAAATAGATATAAAAATTCAGAAGGAAATATATTGTTCAGAGGCACACATTACTTGTTGATAACTAATAGACACAGGTTTGGAGACTCGGATCTGGTGACAATAAGTTCTCGGGACCTGAAAAGCAGTATTATATGGC
AGACTTGAAAGAGCCCCTTCTTCCTCCACGGCCTTCTGTTGCTGTGCTTCGCGAAGCTCCTTGTCGATCGACTGTGCCCGGCAGGCCTCTGTTTCAAGGGCTAGACCTTTTGGGAGTTAAAAAGAGAGGGCAGGGGATTCGGTCATGGATAAGGATAGATAAAAATGGGAGTTCTCAAGTTTTGGAGGTTGATAAATTAA
CAATAATGAAGCGTTGTGACTTGCCAGCTAGGGATCTCCGTCTTTTGGATCCATTATTTGTATATCCTTCAACTATTCTGGGCCGAGAGAGAGCAATTGTTGTGAATCTAGAACAGATAAGGTGTATAATCACAGCTGATGAGGTACTGCTGTTGAATTCTTTGGATAGCTACGTTCTGCAGTATGTGGCAGAACTACAG
AGGCGTCTGAATGTTAAAACTGATATGGTTAGCAATCTATGGCATTCTAGAGAACATGGAAGCTCAAGATTTCCACTAGTGTCGAGTAGACAAGAACTGAGGGCTGATGCCATGTCAGGGAGCGCACAGTCGAGCCAACAAAAATCCATTAGTGATGCTGAACTTTTCAGTGGCTCATCTGCAGATGACTTGCCCTTTGA
ATTCAGGGCACTGGAGGTTGCTTTGGAGGCAGCTTGCACATTTCTAGATACTCAGGCAGCAGAGCTGGAAATTGAAGCGTATCCTGTATTAGATGAATTGACTTCAAAGATCAGCACACTGAACTTAGAGCGTGTTCGGAGACTCAAAAGTCCGAGATGAGATAGAGCAACTTATGGATGATGATGGAGATATGGCTGAG
ATGTATCTAACTGAGAAAAAAGAGCGAATGGAGGCTGCCTTTTATCGAGATCAATCTTTATTCGGTTATGGTTCTGTTGGAACTGGGGCTTCAGTTTCAGCCCCAGTTTCTCCCATATGTTCCCCACCTGATTCTCGGAAGTTGGAAAAAACTCTAAGCTTAGCACGAAGCAGGCATGAAAGTATGAGAGATTCTGAAAA
CAATGATGAACATATTCAGGAGTTAGAAATGTTACTTGAGGCTTATTTTGTGGTTATTGACAGTACTTTGAACAAGCTAACATCACTGAAGGAGTATATAGATGATACAGAGGATTTCATAAACATTCAACTGGACAATGTTCGGAACCAGCTGATACAGTTTGAACTATTGCTCACAACTGCAACCTTTGTTGTTGCTA
TATTTGGAGTTGTGGCAGGAGTTTTTGGCATGAATATTCCAATGGAATTGTTTGAAGAACCTAAGGCTTTCAAGTGGGTTCTGATAATAACTGGAATTGTTGGGCTTATCATTTTTTGCTCTTTTCTATGGTTTTTCAAGCATAAGCGGTTGATGCCACTGTAAGCTTCTGTATTATAGCCTGGTTAAAAGTATGTGAAA
ATTATTTATGTGGAGATGGTGTCTTAGACTGGTTTTTCTAGATTGACAATTGTAAAATGCAGTAATTTATTGGATTTTGGATGAGCAGCACGGTTTAGAACAATTCCTTTTCTTAGTTCAACTCAAGTTTCTGCAAATTAGTCGTGCTACTGAACTGAAGTCTCAGATATAAAATAAAGAATTGAATGCAGGTTTGCTGC
ATACTGCAAACCCTCAAATTCATGAGGATCAAGCAGAGAAGCTCGTTATCCTCATTATTCAGGTTTCAGGTCAATATTCTTCTTGATGCATTTGTATTGCAAAGAATAACTGAAGTCTTGTTCTGATCTTAATCAACTGAAAATTGATTCTTCCAACAAACTGTGGTTCACCCTCAGAGACGTGTCCTCGATGTGTTTGA
CATTTTTTGATAGTCTTCATGGATAGCAATCCTCCGAGTTCAAGATATGATTTGCATTATTCATTAAACAGATAGTTATTAGCATATATATTTGATTTTTCATTTCTTGGGACA
>TRINITY_DN109651_c0_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTTTTTTTATTGGTTTCAAGGGCGAGTGATTGTCTTATTCTCCACGTTTCTGTGGAGCAAGAAGATTGACGAGGGCGGTAGTACCAGGGGATTGTCTTATTTGCTTCAGCTTGTAAAATTCTCGCTACAGTGTCCATTTGTCAATCTCTAAACTATCTTTGTGTATGTGTTGTGTTGTTGGATCGATCCTCTCATGGCAT
CCAATAAAATGGAAGCCTGCCTGCTTTAATCATTTCCGACCAAACATATATATGTGCTGAGTTTCTCGATTCCATCTATATGATTGGAGCTACCATTAATGAATTCAAGTAATTTGGGTGTTTGTTTCAACTGCTTCATCGAGAACAAACTGCAAAAATAGTTTGCCGGTCTTCACACATTCACGCCTCTCTCTATTTAA
ATCTTCGAACCCTAGTTTCTTCTCCCACTCTTCGATTCTTCCGCACATGAATTTCCGTAGGCTGTTTCATTCATTGCGAAGATCAATTTTCGAGCATGCTGGAATTGCCGTATTGGGGGGTTGAAACTGGGAATTTATGATAAAGTTCTGTGAAATTTTGCTTTGAGATGACTCTGATTTCTGTTTTGAATAACAAGGGA
CACCGCCTTTCAAGCATTGCACTTCAAGCTCACAACGTCTGGGAACCAACTGGAGGTTCACTGTGGACATTTACTTGTTCTATGCTCAAGAGCCAGAGATTTCTATTTGTTTCCTGGAGTCAACCTACATATTCTTTCATGAAATGAGGACGACTTTTGGAAATGGTTGTTACCTTCTGAATTGGTAAAATGGCATTGGT
CGATTGTCTTTATCTCTGTTCAAGGAGTCTTGCAGTTATGAGGTAGTAGAGTTGGAGCGCTCAGTGCAAGGTTCACCTATAGCAATGTGAGGCAATTAGTTTTAGTTGCTTGTGGAATTGGAGCTTGCAAAGCCTTTCTTTCGAAATAGATATAAAAATTCAGAAGGAAATATATTGTTCAGAGGCACACATTACTTGTT
GATAACTAATAGACACAGGTTTGGAGACTCGGATCTGGTGACAATAAGTTCTCGGGACCTGAAAAGCAGTATTATATGGCAGACTTGAAAGAGCCCCTTCTTCCTCCACGGCCTTCTGTTGCTGTGCTTCGCGAAGCTCCTTGTCGATCGACTGTGCCCGGCAGGCCTCTGTTTCAAGGGCTAGACCTTTTGGGAGTTAA
AAAGAGAGGGCAGGGGATTCGGTCATGGATAAGGATAGATAAAAATGGGAGTTCTCAAGTTTTGGAGGTTGATAAATTAACAATAATGAAGCGTTGTGACTTGCCAGCTAGGGATCTCCGTCTTTTGGATCCATTATTTGTATATCCTTCAACTATTCTGGGCCGAGAGAGAGCAATTGTTGTGAATCTAGAACAGATAA
GGTGTATAATCACAGCTGATGAGGTACTGCTGTTGAATTCTTTGGATAGCTACGTTCTGCAGTATGTGGCAGAACTACAGAGGCGTCTGAATGTTAAAACTGATATGGTTAGCAATCTATGGCATTCTAGAGAACATGGAAGCTCAAGATTTCCACTAGTGTCGAGTAGACAAGAACTGAGGGCTGATGCCATGTCAGGG
AGCGCACAGTCGAGCCAACAAAAATCCATTAGTGATGCTGAACTTTTCAGTGGCTCATCTGCAGATGACTTGCCCTTTGAATTCAGGGCACTGGAGGTTGCTTTGGAGGCAGCTTGCACATTTCTAGATACTCAGGCAGCAGAGCTGGAAATTGAAGCGTATCCTGTATTAGATGAATTGACTTCAAAGATCAGCACACT
GAACTTAGAGCGTGTTCGGAGACTCAAAAgtaggcttgtcgcattgactcgcagggttcaaaagGTCCGAGATGAGATAGAGCAACTTATGGATGATGATGGAGATATGGCTGAGATGTATCTAACTGAGAAAAAAGAGCGAATGGAGGCTGCCTTTTATCGAGATCAATCTTTATTCGGTTATGGTTCTGTTGGAACTG
GGGCTTCAGTTTCAGCCCCAGTTTCTCCCATATGTTCCCCACCTGATTCTCGGAAGTTGGAAAAAACTCTAAGCTTAGCACGAAGCAGGCATGAAAGTATGAGAGATTCTGAAAACAATGATGAACATATTCAGGAGTTAGAAATGTTACTTGAGGCTTATTTTGTGGTTATTGACAGTACTTTGAACAAGCTAACATCA
CTGAAGGAGTATATAGATGATACAGAGGATTTCATAAACATTCAACTGGACAATGTTCGGAACCAGCTGATACAGTTTGAACTATTGCTCACAACTGCAACCTTTGTTGTTGCTATATTTGGAGTTGTGGCAGGAGTTTTTGGCATGAATATTCCAATGGAATTGTTTGAAGAACCTAAGGCTTTCAAGTGGGTTCTGAT
AATAACTGGAATTGTTGGGCTTATCATTTTTTGCTCTTTTCTATGGTTTTTCAAGCATAAGCGGTTGATGCCACTGTAAGCTTCTGTATTATAGCCTGGTTAAAAGTATGTGAAAATTATTTATGTGGAGATGGTGTCTTAGACTGGTTTTTCTAGATTGACAATTGTAAAATGCAGTAATTTATTGGATTTTGGATGAG
CAGCACGGTTTAGAACAATTCCTTTTCTTAGTTCAACTCAAGTTTCTGCAAATTAGTCGTGCTACTGAACTGAAGTCTCAGATATAAAATAAAGAATTGAATGCAGGTTTGCTGCATACTGCAAACCCTCAAATTCATGAGGATCAAGCAGAGAAGCTCGTTATCCTCATTATTCAGGTTTCAGGTCAATATTCTTCTTG
ATGCATTTGTATTGCAAAGAATAACTGAAGTCTTGTTCTGATCTTAATCAACTGAAAATTGATTCTTCCAACAAACTGTGGTTCACCCTCAGAGACGTGTCCTCGATGTGTTTGACATTTTTTGATAGTCTTCATGGATAGCAATCCTCCGAGTTCAAGATATGATTTGCATTATTCATTAAACAGATAGTTATTAGCAT
ATATATTTGATTTTTCATTTCTTGGGACA
Intron 3 GTAAGATTAT ... GAATAACAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.38 | 18 | 4 | 34 |
| A2 | 52.38 | 10 | 4 | 11 |
| A3 | 60 | 10 | 9 | 15 |
| A4 | 34.62 | 17 | 11 | 9 |
| A5 | 73.33 | 8 | 1 | 22 |
| A6 | 53.57 | 13 | 4 | 15 |
| A7 | 55.26 | 17 | 7 | 21 |
| A8 | 62.5 | 3 | 2 | 5 |
| A9 | 58.62 | 12 | 2 | 17 |
| A10 | 65.08 | 22 | 5 | 41 |
>TRINITY_DN104352_c0_g3_i2 from sample A4 / Example spliced isoformCTGGCCGTATTGTTTTTTTATTGGTTTCAAGGGCGAGTGATTGTCTTATTCTCCACGTTTCTGTGGAGCAAGAAGATTGACGAGGGCGGTAGTACCAGGGGATTGTCTTATTTGCTTCAGCTTGTAAAATTCTCGCTACAGTGTCCATTTGTCAATCTCTAAACTATCTTTGTGTATGTGTTGTGTTGTTGGATCGATCC
TCTCATGGCATCCAATAAAATGGAAGCCTGCCTGCTTTAATCATTTCCGACCAAACATATATATGTGCTGAGTTTCTCGATTCCATCTATATGATTGGAGCTACCATTAATGAATTCAAGTAATTTGGGTGTTTGTTTCAACTGCTTCATCGAGAACAAACTGCAAAAATAGTTTGCCGGTCTTCACACATTCACGCCTC
TCTCTATTTAAATCTTCGAACCCTAGTTTCTTCTCCCACTCTTCGATTCTTCCGCACATGAATTTCCGTAGGCTGTTTCATTCATTGCGAAGATCAATTTTCGAGCATGCTGGAATTGCCGTATTGGGGGACACCGCCTTTCAAGCATTGCACTTCAAGCTCACAACGTCTGGGAACCAACTGGAGGTTCACTGTGGACA
TTTACTTGTTCTATGCTCAAGAGCCAGAGATTTCTATTTGTTTCCTGGAATCAACCTACATATTCTTTCATGAAATGAGGACGACTTTTGGAAATGGTTGTTACCTTCTGAATTGGTAAAATGGCATTGGTCGATTGTCTTTATCTCTGTTCAAGGAGTCTTGCAGTTATGAGGTAGTAGAGTTGGAGCGCTCAGTGCAA
GGTTCACCTATAGCAATGTGAGGCAATTAGTTTTAGTTGCTTGTGGAATTGGAGCTTGCAAAGCCTTTCTTTCGAAATAGATATAAAAATTCAGAAGGAAATATATTGTTCAGAGGCACACATTACTTGTTGATAACTAATAGACACAGGTTTGGAGACTCGGATCTGGTGACAATAAGTTCTCGGGACCTGAAAAGCAG
TATTATATGGCAGACTTGAAAGAGCCCCTTCTTCCTCCACGGCCTTCTGTTGCTGTGCTTCGCGAAGCTCCTTGTCGATCGACTGTGCCCGGCAGGCCTCTGTTTCAAGGGCTAGACCTTTTGGGAGTTAAAAAGAGAGGGCAGGGGATTCGGTCATGGATAAGGATAGATAAAAATGGGAGTTCTCAAGTTTTGGAGGT
TGATAAATTAACAATAATGAAGCGTTGTGACTTGCCAGCTAGGGATCTCCGTCTTTTGGATCCATTATTTGTATATCCTTCAACTATTCTGGGCCGAGAGAGAGCAATTGTTGTGAATCTAGAACAGATAAGGTGTATAATCACAGCTGATGAGGTACTGCTGTTGAATTCTTTGGATAGCTACGTTCTGCAGTATGTGG
CAGAACTACAGAGGCGTCTGAATGTTAAAACTGATATGGTTAGCAATCTATGGCATTCTAGAGAACATGGAAGCTCAAGATTTCCACTAGTGTCGAGTAGACAAGAACTGAGGGCTGATGCCATGTCAGGGAGCGCACAGTCGAGCCAACAAAAATCCATTAGTGATGCTGAACTTTTCAGTGGCTCATCTGCAGATGAC
TTGCCCTTTGAATTCAGGGCACTGGAGGTTGCTTTGGAGGCAGCTTGCACATTTCTAGATACTCAGGCAGCAGAGCTGGAAATTGAAGCGTATCCTGTATTAGATGAATTGACTTCAAAGATCAGCACACTGAACTTAGAGCGTGTTCGGAGACTCAAAAGTCCGAGATGAGATAGAGCAACTTATGGATGATGATGGAG
ATATGGCTGAGATGTATCTAACTGAGAAAAAAGAGCGAATGGAGGCTGCCTTTTATCGAGATCAATCTTTATTCGGTTATGGTTCTGTTGGAACTGGGGCTTCAGTTTCAGCCCCAGTTTCTCCCATATGTTCCCCACCTGATTCTCGGAAGTTGGAAAAAACTCTAAGCTTAGCACGAAGCAGGCATGAAAGTATGAGA
GATTCTGAAAACAATGATGAACATATTCAGGAGTTAGAAATGTTACTTGAGGCTTATTTTGTGGTTATTGACAGTACTTTGAACAAGCTAACATCACTGAAGGAGTATATAGATGATACAGAGGATTTCATAAACATTCAACTGGACAATGTTCGGAACCAGCTGATACAGTTTGAACTATTGCTCACAACTGCAACCTT
TGTTGTTGCTATATTTGGAGTTGTGGCAGGAGTTTTTGGCATGAATATTCCAATGGAATTGTTTGAAGAACCTAAGGCTTTCAAGTGGGTTCTGATAATAACTGGAATTGTTGGGCTTATCATTTTTTGCTCTTTTCTATGGTTTTTCAAGCATAAGCGGTTGATGCCACTGTAAGCTTCTGTATTATAGCCTGGTTAAA
AGTATGTGAAAATTATTTATGTGGAGATGGTGTCTTAGACTGGTTTTTCTAGATTGACAATTGTAAAATGCAGTAATTTATTGGATTTTGGATGAGCAGCACGGTTTAGAACAATTCCTTTTCTTAGTTCAACTCAAGTTTCTGCAAATTAGTCGTGCTACTGAACTGAAGTCTCAGATATAAAATAAAGAATTGAATGC
AGGTTTGCTGCATACTGCAAACCCTCAAATTCATGAGGATCAAGCAGAGAAGCTCGTTATCCTCATTATTCAGGTTTCAGGTCAATATTCTTCTTGATGCATTTGTATTGCAAAGAATAACTGAAGTCTTGTTCTGATCTTAATCAACTGAAAATTGATTCTTCCAACAAACTGTGGTTCACCCTCAGAGACGTGTCCTC
GATGTGTTTGACATTTTTTGATAGTCTTCATGGATAGCAATCCTCCGAG
>TRINITY_DN104352_c0_g3_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:CTGGCCGTATTGTTTTTTTATTGGTTTCAAGGGCGAGTGATTGTCTTATTCTCCACGTTTCTGTGGAGCAAGAAGATTGACGAGGGCGGTAGTACCAGGGGATTGTCTTATTTGCTTCAGCTTGTAAAATTCTCGCTACAGTGTCCATTTGTCAATCTCTAAACTATCTTTGTGTATGTGTTGTGTTGTTGGATCGATCC
TCTCATGGCATCCAATAAAATGGAAGCCTGCCTGCTTTAATCATTTCCGACCAAACATATATATGTGCTGAGTTTCTCGATTCCATCTATATGATTGGAGCTACCATTAATGAATTCAAGTAATTTGGGTGTTTGTTTCAACTGCTTCATCGAGAACAAACTGCAAAAATAGTTTGCCGGTCTTCACACATTCACGCCTC
TCTCTATTTAAATCTTCGAACCCTAGTTTCTTCTCCCACTCTTCGATTCTTCCGCACATGAATTTCCGTAGGCTGTTTCATTCATTGCGAAGATCAATTTTCGAGCATGCTGGAATTGCCGTATTGGGgtaagattatcacggattttgtgtttttccgttttaccccctctgcagtttgttttattctttttggctttc
gaatacttttcatgggcgggggtttgttcctaacagagataattcttgattgtttttagggcggctgtattgctctttcttacaatggtttcggtaaagtaaaaaccgtgactacagattttcagttgaatttggtcgaaaattgaacccaaaactgtttccttgtcgtgaaaatttacgtaaatatatagcggattgct
gtgcgacttatgtatatttacatagagttgttgtgggtgttgaatttatttattgattcagtcgtttaggtttcaacagggaggtctatacagtaattgacggtaaaaaacgagtatttgcaatgaaaatgacgaaatagatgtccccggtccgagtgatttaggatttgtctcacaaagaaaattatccagtaatgtag
tgagcaattataaagcttcaagattacaaaggaacgagagaatcaaatagtctattcaatttcttaaaattgaagctgtgaattgtacaatcgtcatgcaaaaggtctacccgctttctagtatttttttgatcttactatatttagcaaaatgcgtgatattcttctagtacgttatatgcgaccttaaatagatttgc
agactgttctctttcagtggaaaatatttcatcccttaagatccgccttgcaaaatctacagaggggattttattgttcatcccctaagatttatgctgcaagccaaatttaacagagcatttggaaaaccagaacgaaattaattgtccagattgactatagcaaggcaaattacatagtgttagaaattggataatta
aacttcaggaaggggagatttgttttgaaccatagctagtctacataagagagcctctgttagttgaaatgggttgatgctttgtttgtctgaaagcatacgggggttgaaactgggaatcgataaggggggagcctttgtttgttgaatgggttgatgctttgtttgtttgaatgcatgcggggattgaaactgggaat
caataataaaatacattttttccgatttttctttaagataaatttgaattctgtatcttaaatttgaattctgttctgaatatcttcaatgagtgtgttgatcttttacttgtgtgaatgcaagcaggggttgaaactgggaatttatgataaagttctgtgaaattttgctttgagatgactctgatttctgttttgaa
taacaagGGACACCGCCTTTCAAGCATTGCACTTCAAGCTCACAACGTCTGGGAACCAACTGGAGGTTCACTGTGGACATTTACTTGTTCTATGCTCAAGAGCCAGAGATTTCTATTTGTTTCCTGGAATCAACCTACATATTCTTTCATGAAATGAGGACGACTTTTGGAAATGGTTGTTACCTTCTGAATTGGTAAAA
TGGCATTGGTCGATTGTCTTTATCTCTGTTCAAGGAGTCTTGCAGTTATGAGGTAGTAGAGTTGGAGCGCTCAGTGCAAGGTTCACCTATAGCAATGTGAGGCAATTAGTTTTAGTTGCTTGTGGAATTGGAGCTTGCAAAGCCTTTCTTTCGAAATAGATATAAAAATTCAGAAGGAAATATATTGTTCAGAGGCACAC
ATTACTTGTTGATAACTAATAGACACAGGTTTGGAGACTCGGATCTGGTGACAATAAGTTCTCGGGACCTGAAAAGCAGTATTATATGGCAGACTTGAAAGAGCCCCTTCTTCCTCCACGGCCTTCTGTTGCTGTGCTTCGCGAAGCTCCTTGTCGATCGACTGTGCCCGGCAGGCCTCTGTTTCAAGGGCTAGACCTTT
TGGGAGTTAAAAAGAGAGGGCAGGGGATTCGGTCATGGATAAGGATAGATAAAAATGGGAGTTCTCAAGTTTTGGAGGTTGATAAATTAACAATAATGAAGCGTTGTGACTTGCCAGCTAGGGATCTCCGTCTTTTGGATCCATTATTTGTATATCCTTCAACTATTCTGGGCCGAGAGAGAGCAATTGTTGTGAATCTA
GAACAGATAAGGTGTATAATCACAGCTGATGAGGTACTGCTGTTGAATTCTTTGGATAGCTACGTTCTGCAGTATGTGGCAGAACTACAGAGGCGTCTGAATGTTAAAACTGATATGGTTAGCAATCTATGGCATTCTAGAGAACATGGAAGCTCAAGATTTCCACTAGTGTCGAGTAGACAAGAACTGAGGGCTGATGC
CATGTCAGGGAGCGCACAGTCGAGCCAACAAAAATCCATTAGTGATGCTGAACTTTTCAGTGGCTCATCTGCAGATGACTTGCCCTTTGAATTCAGGGCACTGGAGGTTGCTTTGGAGGCAGCTTGCACATTTCTAGATACTCAGGCAGCAGAGCTGGAAATTGAAGCGTATCCTGTATTAGATGAATTGACTTCAAAGA
TCAGCACACTGAACTTAGAGCGTGTTCGGAGACTCAAAAGTCCGAGATGAGATAGAGCAACTTATGGATGATGATGGAGATATGGCTGAGATGTATCTAACTGAGAAAAAAGAGCGAATGGAGGCTGCCTTTTATCGAGATCAATCTTTATTCGGTTATGGTTCTGTTGGAACTGGGGCTTCAGTTTCAGCCCCAGTTTC
TCCCATATGTTCCCCACCTGATTCTCGGAAGTTGGAAAAAACTCTAAGCTTAGCACGAAGCAGGCATGAAAGTATGAGAGATTCTGAAAACAATGATGAACATATTCAGGAGTTAGAAATGTTACTTGAGGCTTATTTTGTGGTTATTGACAGTACTTTGAACAAGCTAACATCACTGAAGGAGTATATAGATGATACAG
AGGATTTCATAAACATTCAACTGGACAATGTTCGGAACCAGCTGATACAGTTTGAACTATTGCTCACAACTGCAACCTTTGTTGTTGCTATATTTGGAGTTGTGGCAGGAGTTTTTGGCATGAATATTCCAATGGAATTGTTTGAAGAACCTAAGGCTTTCAAGTGGGTTCTGATAATAACTGGAATTGTTGGGCTTATC
ATTTTTTGCTCTTTTCTATGGTTTTTCAAGCATAAGCGGTTGATGCCACTGTAAGCTTCTGTATTATAGCCTGGTTAAAAGTATGTGAAAATTATTTATGTGGAGATGGTGTCTTAGACTGGTTTTTCTAGATTGACAATTGTAAAATGCAGTAATTTATTGGATTTTGGATGAGCAGCACGGTTTAGAACAATTCCTTT
TCTTAGTTCAACTCAAGTTTCTGCAAATTAGTCGTGCTACTGAACTGAAGTCTCAGATATAAAATAAAGAATTGAATGCAGGTTTGCTGCATACTGCAAACCCTCAAATTCATGAGGATCAAGCAGAGAAGCTCGTTATCCTCATTATTCAGGTTTCAGGTCAATATTCTTCTTGATGCATTTGTATTGCAAAGAATAAC
TGAAGTCTTGTTCTGATCTTAATCAACTGAAAATTGATTCTTCCAACAAACTGTGGTTCACCCTCAGAGACGTGTCCTCGATGTGTTTGACATTTTTTGATAGTCTTCATGGATAGCAATCCTCCGAG
Intron 4 GTAGGCTTGT ... TCTACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 34.88 | 14 | 7 | 8 |
| A2 | 35.14 | 24 | 18 | 8 |
| A3 | 36.59 | 26 | 28 | 2 |
| A4 | 35.48 | 20 | 15 | 7 |
| A5 | 37.93 | 9 | 7 | 4 |
| A6 | 34.29 | 23 | 12 | 12 |
| A7 | 36.36 | 28 | 23 | 9 |
| A8 | 44.44 | 15 | 19 | 5 |
| A9 | 40.54 | 11 | 10 | 5 |
| A10 | 43.48 | 26 | 34 | 6 |
>TRINITY_DN42204_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoformGTTTCAAGGGCGAGTGATTGTCTTATTCTCCACGTTTCTGTGGAGCAAGAAGATTGACGAGGGCGGTAGTACCAGGGGATTGTCTTATTTGCTTCAGCTTGTAAAATTCTCGCTACAGTGTCCATTTGTCAATCTCTAAACTATCTTTGTGTATGTGTTGTGTTGTTGGATCGATCCTCTCATGGCATCCAATAAAATGG
AAGCCTGCCTGCTTTAATCATTTCCGACCAAACATATATATGTGCTGAGTTTCTCGATTCCATCTATATGATTGGAGCTACCATTAATGAATTCAAGTAATTTGGGTGTTTGTTTCAACTGCTTCATCGAGAACAAACTGCAAAAATAGTTTGCCGGTCTTCACACATTCACGCCTCTCTCTATTTAAATCTTCGAACCC
TAGTTTCTTCTCCCACTCTTCGATTCTTCCGCACATGAATTTCCGTAGGCTGTTTCATTCATTCCGAAGATCAATTTTCGAGCATGCTGGAATTGCCGTATTGGGGGACACCGCCTTTCAAGCATTGCACTTCAAGCTCACAACGTCTGGGAACCAACTGGAGGTTCACTGTGGACATTTACTTGTTCTATGCTCAAGAG
CCAGAGATTTCTATTTGTTTCCTGGAATCAACCTACATATTCTTTCATGAAATGAGGACGACTTTTGGAAATGGTTGTTACCTTCTGAATTGGTAAAATGGCATTGGTCGATTGTCTTTATCTCTGTTCAAGGAGTCTTGCAGTTATGAGGTAGTAGAGTTGGAGCGCTCAGTGCAAGGTTCACCTATAGCAATGTGAGG
CAATTAGTTTTAGTTGCTTGTGGAATTGGAGCTTGCAAAGCCTTTCTTTCGAAATAGATATAAAAATTCAGAAGGAAATATATTGTTCAGAGGCACACATTACTTGTTGATAACTAATAGACACAGGTTTGGAGACTCGGATCTGGTGACAATAAGTTCTCGGGACCTGAAAAGCAGTATTATATGGCAGACTTGAAAGA
GCCCCTTCTTCCTCCACGGCCTTCTGTTGCTGTGCTTCGCGAAGCTCCTTGTCGATCGACTGTGCCCGGCAGGCCTCTGTTTCAAGGGCTAGACCTTTTGGGAGTTAAAAAGAGAGGGCAGGGGATTCGGTCATGGATAAGGATAGATAAAAATGGGAGTTCTCAAGTTTTGGAGGTTGATAAATTAACAATAATGAAGC
GTTGTGACTTGCCAGCTAGGGATCTCCGTCTTTTGGATCCATTATTTGTATATCCTTCAACTATTCTGGGCCGAGAGAGAGCAATTGTTGTGAATCTAGAACAGATAAGGTGTATAATCACAGCTGATGAGGTACTGCTGTTGAATTCTTTGGATAGCTACGTTCTGCAGTATGTGGCAGAACTACAGAGGCGTCTGAAT
GTTAAAACTGATATGGTTAGCAATCTATGGCATTCTAGAGAACATGGAAGCTCAAGATTTCCACTAGTGTCGAGTAGACAAGAACTGAGGGCTGATGCCATGTCAGGGAGCGCACAGTCGAGCCAACAAAAATCCATTAGTGATGCTGAACTTTTCAGTGGCTCATCTGCAGATGACTTGCCCTTTGAATTCAGGGCACT
GGAGGTTGCTTTGGAGGCAGCTTGCACATTTCTAGATACTCAGGCAGCAGAGCTGGAAATTGAAGCGTATCCTGTATTAGATGAATTGACTTCAAAGATCAGCACACTGAACTTAGAGCGTGTTCGGAGACTCAAAAGTCCGAGATGAGATAGAGCAACTTATGGATGATGATGGAGATATGGCTGAGATGTATCTAACT
GAGAAAAAAGAGCGAATGGAGGCTGCCTTTTATCGAGATCAATCTTTATTCGGTTATGGTTCTGTTGGAACTGGGGCTTCAGTTTCAGCCCCAGTTTCTCCCATATGTTCCCCACCTGATTCTCGGAAGTTGGAAAAAACTCTAAGCTTAGCACGAAGCAGGCATGAAAGTATGAGAGATTCTGAAAACAATGATGAACA
TATTCAGGAGTTAGAAATGTTACTTGAGGCTTATTTTGTGGTTATTGACAGTACTTTGAACAAGCTAACATCACTGAAGGAGTATATAGATGATACAGAGGATTTCATAAACATTCAACTGGACAATGTTCGGAACCAGCTGATACAGTTTGAACTATTGCTCACAACTGCAACCTTTGTTGTTGCTATATTTGGAGTTG
TGGCAGGAGTTTTTGGCATGAATATTCCAATGGAATTGTTTGAAGAACCTAAGGCTTTCAAGTGGGTTCTGATAATAACTGGAATTGTTGGGCTTATCATTTTTTGCTCTTTTCTATGGTTTTTCAAGCATAAGCGGTTGATGCCACTGTAAGCTTCTGTATTATAGCCTGGTTAAAAGTATGTGAAAATTATTTATGTG
GAGATGGTGTCTTAGACTGGTTTTTCTAGATTGACAATTGTAAAATGCAGTAATTTATTGGATTTTGGATGAGCAGCACGGTTTAGAACAATTCCTTTTCTTAGTTCAACTCAAGTTTCTGCAAATTAGTCGTGCTACTGAACTGAAGTCTCAGATATAAAATAAAGAATTGAATGCAGGTTTGCTGCATACTGCAAACC
CTCAAATTCATGAGGATCAAGCAGAGAAGCTCGTTATCCTCATTATTCAGGTTTCAGGTCAATATTCTTCTTGATGCATTTGTATTGCAAAGAATAACTGAAGTCTTGTTCTGATCTTAATCAACTGAAAATTGATTCTTCCAACAAACTGTGGTTCACCCTCAGAGACGTGTCCTCGATGTGTTTGACATTTTTTGATA
GTCTTCATGGATAGCAATCCTCCGAGTTCAAGATATGATTTGCATTATTCATTAAACAGATAGTTATTAGCATA
>TRINITY_DN42204_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTTTCAAGGGCGAGTGATTGTCTTATTCTCCACGTTTCTGTGGAGCAAGAAGATTGACGAGGGCGGTAGTACCAGGGGATTGTCTTATTTGCTTCAGCTTGTAAAATTCTCGCTACAGTGTCCATTTGTCAATCTCTAAACTATCTTTGTGTATGTGTTGTGTTGTTGGATCGATCCTCTCATGGCATCCAATAAAATGG
AAGCCTGCCTGCTTTAATCATTTCCGACCAAACATATATATGTGCTGAGTTTCTCGATTCCATCTATATGATTGGAGCTACCATTAATGAATTCAAGTAATTTGGGTGTTTGTTTCAACTGCTTCATCGAGAACAAACTGCAAAAATAGTTTGCCGGTCTTCACACATTCACGCCTCTCTCTATTTAAATCTTCGAACCC
TAGTTTCTTCTCCCACTCTTCGATTCTTCCGCACATGAATTTCCGTAGGCTGTTTCATTCATTCCGAAGATCAATTTTCGAGCATGCTGGAATTGCCGTATTGGGGGACACCGCCTTTCAAGCATTGCACTTCAAGCTCACAACGTCTGGGAACCAACTGGAGGTTCACTGTGGACATTTACTTGTTCTATGCTCAAGAG
CCAGAGATTTCTATTTGTTTCCTGGAATCAACCTACATATTCTTTCATGAAATGAGGACGACTTTTGGAAATGGTTGTTACCTTCTGAATTGGTAAAATGGCATTGGTCGATTGTCTTTATCTCTGTTCAAGGAGTCTTGCAGTTATGAGGTAGTAGAGTTGGAGCGCTCAGTGCAAGGTTCACCTATAGCAATGTGAGG
CAATTAGTTTTAGTTGCTTGTGGAATTGGAGCTTGCAAAGCCTTTCTTTCGAAATAGATATAAAAATTCAGAAGGAAATATATTGTTCAGAGGCACACATTACTTGTTGATAACTAATAGACACAGGTTTGGAGACTCGGATCTGGTGACAATAAGTTCTCGGGACCTGAAAAGCAGTATTATATGGCAGACTTGAAAGA
GCCCCTTCTTCCTCCACGGCCTTCTGTTGCTGTGCTTCGCGAAGCTCCTTGTCGATCGACTGTGCCCGGCAGGCCTCTGTTTCAAGGGCTAGACCTTTTGGGAGTTAAAAAGAGAGGGCAGGGGATTCGGTCATGGATAAGGATAGATAAAAATGGGAGTTCTCAAGTTTTGGAGGTTGATAAATTAACAATAATGAAGC
GTTGTGACTTGCCAGCTAGGGATCTCCGTCTTTTGGATCCATTATTTGTATATCCTTCAACTATTCTGGGCCGAGAGAGAGCAATTGTTGTGAATCTAGAACAGATAAGGTGTATAATCACAGCTGATGAGGTACTGCTGTTGAATTCTTTGGATAGCTACGTTCTGCAGTATGTGGCAGAACTACAGAGGCGTCTGAAT
GTTAAAACTGATATGGTTAGCAATCTATGGCATTCTAGAGAACATGGAAGCTCAAGATTTCCACTAGTGTCGAGTAGACAAGAACTGAGGGCTGATGCCATGTCAGGGAGCGCACAGTCGAGCCAACAAAAATCCATTAGTGATGCTGAACTTTTCAGTGGCTCATCTGCAGATGACTTGCCCTTTGAATTCAGGGCACT
GGAGGTTGCTTTGGAGGCAGCTTGCACATTTCTAGATACTCAGGCAGCAGAGCTGGAAATTGAAGCGTATCCTGTATTAGATGAATTGACTTCAAAGATCAGCACACTGAACTTAGAGCGTGTTCGGAGACTCAAAAgtaggcttgtcgcattgactcgcagggttcaaaaggtgtatgtcctgaacattattatgtaat
ggattaatattatataatggattataactggcataatttctactgcagGTCCGAGATGAGATAGAGCAACTTATGGATGATGATGGAGATATGGCTGAGATGTATCTAACTGAGAAAAAAGAGCGAATGGAGGCTGCCTTTTATCGAGATCAATCTTTATTCGGTTATGGTTCTGTTGGAACTGGGGCTTCAGTTTCAGC
CCCAGTTTCTCCCATATGTTCCCCACCTGATTCTCGGAAGTTGGAAAAAACTCTAAGCTTAGCACGAAGCAGGCATGAAAGTATGAGAGATTCTGAAAACAATGATGAACATATTCAGGAGTTAGAAATGTTACTTGAGGCTTATTTTGTGGTTATTGACAGTACTTTGAACAAGCTAACATCACTGAAGGAGTATATAG
ATGATACAGAGGATTTCATAAACATTCAACTGGACAATGTTCGGAACCAGCTGATACAGTTTGAACTATTGCTCACAACTGCAACCTTTGTTGTTGCTATATTTGGAGTTGTGGCAGGAGTTTTTGGCATGAATATTCCAATGGAATTGTTTGAAGAACCTAAGGCTTTCAAGTGGGTTCTGATAATAACTGGAATTGTT
GGGCTTATCATTTTTTGCTCTTTTCTATGGTTTTTCAAGCATAAGCGGTTGATGCCACTGTAAGCTTCTGTATTATAGCCTGGTTAAAAGTATGTGAAAATTATTTATGTGGAGATGGTGTCTTAGACTGGTTTTTCTAGATTGACAATTGTAAAATGCAGTAATTTATTGGATTTTGGATGAGCAGCACGGTTTAGAAC
AATTCCTTTTCTTAGTTCAACTCAAGTTTCTGCAAATTAGTCGTGCTACTGAACTGAAGTCTCAGATATAAAATAAAGAATTGAATGCAGGTTTGCTGCATACTGCAAACCCTCAAATTCATGAGGATCAAGCAGAGAAGCTCGTTATCCTCATTATTCAGGTTTCAGGTCAATATTCTTCTTGATGCATTTGTATTGCA
AAGAATAACTGAAGTCTTGTTCTGATCTTAATCAACTGAAAATTGATTCTTCCAACAAACTGTGGTTCACCCTCAGAGACGTGTCCTCGATGTGTTTGACATTTTTTGATAGTCTTCATGGATAGCAATCCTCCGAGTTCAAGATATGATTTGCATTATTCATTAAACAGATAGTTATTAGCATA
Intron 5 GTGTATGTCC ... TCTACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 20 | 2 | 8 |
| A2 | 23.64 | 21 | 5 | 8 |
| A3 | 19.51 | 33 | 14 | 2 |
| A4 | 25.93 | 20 | 7 | 7 |
| A5 | 23.08 | 10 | 2 | 4 |
| A6 | 25 | 27 | 6 | 12 |
| A7 | 19.06 | 40.3 | 10 | 9 |
| A8 | 25 | 24 | 11 | 5 |
| A9 | 22.73 | 17 | 5 | 5 |
| A10 | 21.15 | 41 | 16 | 6 |
>TRINITY_DN42204_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoformGTTTCAAGGGCGAGTGATTGTCTTATTCTCCACGTTTCTGTGGAGCAAGAAGATTGACGAGGGCGGTAGTACCAGGGGATTGTCTTATTTGCTTCAGCTTGTAAAATTCTCGCTACAGTGTCCATTTGTCAATCTCTAAACTATCTTTGTGTATGTGTTGTGTTGTTGGATCGATCCTCTCATGGCATCCAATAAAATGG
AAGCCTGCCTGCTTTAATCATTTCCGACCAAACATATATATGTGCTGAGTTTCTCGATTCCATCTATATGATTGGAGCTACCATTAATGAATTCAAGTAATTTGGGTGTTTGTTTCAACTGCTTCATCGAGAACAAACTGCAAAAATAGTTTGCCGGTCTTCACACATTCACGCCTCTCTCTATTTAAATCTTCGAACCC
TAGTTTCTTCTCCCACTCTTCGATTCTTCCGCACATGAATTTCCGTAGGCTGTTTCATTCATTCCGAAGATCAATTTTCGAGCATGCTGGAATTGCCGTATTGGGGGACACCGCCTTTCAAGCATTGCACTTCAAGCTCACAACGTCTGGGAACCAACTGGAGGTTCACTGTGGACATTTACTTGTTCTATGCTCAAGAG
CCAGAGATTTCTATTTGTTTCCTGGAATCAACCTACATATTCTTTCATGAAATGAGGACGACTTTTGGAAATGGTTGTTACCTTCTGAATTGGTAAAATGGCATTGGTCGATTGTCTTTATCTCTGTTCAAGGAGTCTTGCAGTTATGAGGTAGTAGAGTTGGAGCGCTCAGTGCAAGGTTCACCTATAGCAATGTGAGG
CAATTAGTTTTAGTTGCTTGTGGAATTGGAGCTTGCAAAGCCTTTCTTTCGAAATAGATATAAAAATTCAGAAGGAAATATATTGTTCAGAGGCACACATTACTTGTTGATAACTAATAGACACAGGTTTGGAGACTCGGATCTGGTGACAATAAGTTCTCGGGACCTGAAAAGCAGTATTATATGGCAGACTTGAAAGA
GCCCCTTCTTCCTCCACGGCCTTCTGTTGCTGTGCTTCGCGAAGCTCCTTGTCGATCGACTGTGCCCGGCAGGCCTCTGTTTCAAGGGCTAGACCTTTTGGGAGTTAAAAAGAGAGGGCAGGGGATTCGGTCATGGATAAGGATAGATAAAAATGGGAGTTCTCAAGTTTTGGAGGTTGATAAATTAACAATAATGAAGC
GTTGTGACTTGCCAGCTAGGGATCTCCGTCTTTTGGATCCATTATTTGTATATCCTTCAACTATTCTGGGCCGAGAGAGAGCAATTGTTGTGAATCTAGAACAGATAAGGTGTATAATCACAGCTGATGAGGTACTGCTGTTGAATTCTTTGGATAGCTACGTTCTGCAGTATGTGGCAGAACTACAGAGGCGTCTGAAT
GTTAAAACTGATATGGTTAGCAATCTATGGCATTCTAGAGAACATGGAAGCTCAAGATTTCCACTAGTGTCGAGTAGACAAGAACTGAGGGCTGATGCCATGTCAGGGAGCGCACAGTCGAGCCAACAAAAATCCATTAGTGATGCTGAACTTTTCAGTGGCTCATCTGCAGATGACTTGCCCTTTGAATTCAGGGCACT
GGAGGTTGCTTTGGAGGCAGCTTGCACATTTCTAGATACTCAGGCAGCAGAGCTGGAAATTGAAGCGTATCCTGTATTAGATGAATTGACTTCAAAGATCAGCACACTGAACTTAGAGCGTGTTCGGAGACTCAAAAGTAGGCTTGTCGCATTGACTCGCAGGGTTCAAAAGGTCCGAGATGAGATAGAGCAACTTATGG
ATGATGATGGAGATATGGCTGAGATGTATCTAACTGAGAAAAAAGAGCGAATGGAGGCTGCCTTTTATCGAGATCAATCTTTATTCGGTTATGGTTCTGTTGGAACTGGGGCTTCAGTTTCAGCCCCAGTTTCTCCCATATGTTCCCCACCTGATTCTCGGAAGTTGGAAAAAACTCTAAGCTTAGCACGAAGCAGGCAT
GAAAGTATGAGAGATTCTGAAAACAATGATGAACATATTCAGGAGTTAGAAATGTTACTTGAGGCTTATTTTGTGGTTATTGACAGTACTTTGAACAAGCTAACATCACTGAAGGAGTATATAGATGATACAGAGGATTTCATAAACATTCAACTGGACAATGTTCGGAACCAGCTGATACAGTTTGAACTATTGCTCAC
AACTGCAACCTTTGTTGTTGCTATATTTGGAGTTGTGGCAGGAGTTTTTGGCATGAATATTCCAATGGAATTGTTTGAAGAACCTAAGGCTTTCAAGTGGGTTCTGATAATAACTGGAATTGTTGGGCTTATCATTTTTTGCTCTTTTCTATGGTTTTTCAAGCATAAGCGGTTGATGCCACTGTAAGCTTCTGTATTAT
AGCCTGGTTAAAAGTATGTGAAAATTATTTATGTGGAGATGGTGTCTTAGACTGGTTTTTCTAGATTGACAATTGTAAAATGCAGTAATTTATTGGATTTTGGATGAGCAGCACGGTTTAGAACAATTCCTTTTCTTAGTTCAACTCAAGTTTCTGCAAATTAGTCGTGCTACTGAACTGAAGTCTCAGATATAAAATAA
AGAATTGAATGCAGGTTTGCTGCATACTGCAAACCCTCAAATTCATGAGGATCAAGCAGAGAAGCTCGTTATCCTCATTATTCAGGTTTCAGGTCAATATTCTTCTTGATGCATTTGTATTGCAAAGAATAACTGAAGTCTTGTTCTGATCTTAATCAACTGAAAATTGATTCTTCCAACAAACTGTGGTTCACCCTCAG
AGACGTGTCCTCGATGTGTTTGACATTTTTTGATAGTCTTCATGGATAGCAATCCTCCGAGTTCAAGATATGATTTGCATTATTCATTAAACAGATAGTTATTAGCATA
>TRINITY_DN42204_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTTTCAAGGGCGAGTGATTGTCTTATTCTCCACGTTTCTGTGGAGCAAGAAGATTGACGAGGGCGGTAGTACCAGGGGATTGTCTTATTTGCTTCAGCTTGTAAAATTCTCGCTACAGTGTCCATTTGTCAATCTCTAAACTATCTTTGTGTATGTGTTGTGTTGTTGGATCGATCCTCTCATGGCATCCAATAAAATGG
AAGCCTGCCTGCTTTAATCATTTCCGACCAAACATATATATGTGCTGAGTTTCTCGATTCCATCTATATGATTGGAGCTACCATTAATGAATTCAAGTAATTTGGGTGTTTGTTTCAACTGCTTCATCGAGAACAAACTGCAAAAATAGTTTGCCGGTCTTCACACATTCACGCCTCTCTCTATTTAAATCTTCGAACCC
TAGTTTCTTCTCCCACTCTTCGATTCTTCCGCACATGAATTTCCGTAGGCTGTTTCATTCATTCCGAAGATCAATTTTCGAGCATGCTGGAATTGCCGTATTGGGGGACACCGCCTTTCAAGCATTGCACTTCAAGCTCACAACGTCTGGGAACCAACTGGAGGTTCACTGTGGACATTTACTTGTTCTATGCTCAAGAG
CCAGAGATTTCTATTTGTTTCCTGGAATCAACCTACATATTCTTTCATGAAATGAGGACGACTTTTGGAAATGGTTGTTACCTTCTGAATTGGTAAAATGGCATTGGTCGATTGTCTTTATCTCTGTTCAAGGAGTCTTGCAGTTATGAGGTAGTAGAGTTGGAGCGCTCAGTGCAAGGTTCACCTATAGCAATGTGAGG
CAATTAGTTTTAGTTGCTTGTGGAATTGGAGCTTGCAAAGCCTTTCTTTCGAAATAGATATAAAAATTCAGAAGGAAATATATTGTTCAGAGGCACACATTACTTGTTGATAACTAATAGACACAGGTTTGGAGACTCGGATCTGGTGACAATAAGTTCTCGGGACCTGAAAAGCAGTATTATATGGCAGACTTGAAAGA
GCCCCTTCTTCCTCCACGGCCTTCTGTTGCTGTGCTTCGCGAAGCTCCTTGTCGATCGACTGTGCCCGGCAGGCCTCTGTTTCAAGGGCTAGACCTTTTGGGAGTTAAAAAGAGAGGGCAGGGGATTCGGTCATGGATAAGGATAGATAAAAATGGGAGTTCTCAAGTTTTGGAGGTTGATAAATTAACAATAATGAAGC
GTTGTGACTTGCCAGCTAGGGATCTCCGTCTTTTGGATCCATTATTTGTATATCCTTCAACTATTCTGGGCCGAGAGAGAGCAATTGTTGTGAATCTAGAACAGATAAGGTGTATAATCACAGCTGATGAGGTACTGCTGTTGAATTCTTTGGATAGCTACGTTCTGCAGTATGTGGCAGAACTACAGAGGCGTCTGAAT
GTTAAAACTGATATGGTTAGCAATCTATGGCATTCTAGAGAACATGGAAGCTCAAGATTTCCACTAGTGTCGAGTAGACAAGAACTGAGGGCTGATGCCATGTCAGGGAGCGCACAGTCGAGCCAACAAAAATCCATTAGTGATGCTGAACTTTTCAGTGGCTCATCTGCAGATGACTTGCCCTTTGAATTCAGGGCACT
GGAGGTTGCTTTGGAGGCAGCTTGCACATTTCTAGATACTCAGGCAGCAGAGCTGGAAATTGAAGCGTATCCTGTATTAGATGAATTGACTTCAAAGATCAGCACACTGAACTTAGAGCGTGTTCGGAGACTCAAAAGTAGGCTTGTCGCATTGACTCGCAGGGTTCAAAAGgtgtatgtcctgaacattattatgtaat
ggattaatattatataatggattataactggcataatttctactgcagGTCCGAGATGAGATAGAGCAACTTATGGATGATGATGGAGATATGGCTGAGATGTATCTAACTGAGAAAAAAGAGCGAATGGAGGCTGCCTTTTATCGAGATCAATCTTTATTCGGTTATGGTTCTGTTGGAACTGGGGCTTCAGTTTCAGC
CCCAGTTTCTCCCATATGTTCCCCACCTGATTCTCGGAAGTTGGAAAAAACTCTAAGCTTAGCACGAAGCAGGCATGAAAGTATGAGAGATTCTGAAAACAATGATGAACATATTCAGGAGTTAGAAATGTTACTTGAGGCTTATTTTGTGGTTATTGACAGTACTTTGAACAAGCTAACATCACTGAAGGAGTATATAG
ATGATACAGAGGATTTCATAAACATTCAACTGGACAATGTTCGGAACCAGCTGATACAGTTTGAACTATTGCTCACAACTGCAACCTTTGTTGTTGCTATATTTGGAGTTGTGGCAGGAGTTTTTGGCATGAATATTCCAATGGAATTGTTTGAAGAACCTAAGGCTTTCAAGTGGGTTCTGATAATAACTGGAATTGTT
GGGCTTATCATTTTTTGCTCTTTTCTATGGTTTTTCAAGCATAAGCGGTTGATGCCACTGTAAGCTTCTGTATTATAGCCTGGTTAAAAGTATGTGAAAATTATTTATGTGGAGATGGTGTCTTAGACTGGTTTTTCTAGATTGACAATTGTAAAATGCAGTAATTTATTGGATTTTGGATGAGCAGCACGGTTTAGAAC
AATTCCTTTTCTTAGTTCAACTCAAGTTTCTGCAAATTAGTCGTGCTACTGAACTGAAGTCTCAGATATAAAATAAAGAATTGAATGCAGGTTTGCTGCATACTGCAAACCCTCAAATTCATGAGGATCAAGCAGAGAAGCTCGTTATCCTCATTATTCAGGTTTCAGGTCAATATTCTTCTTGATGCATTTGTATTGCA
AAGAATAACTGAAGTCTTGTTCTGATCTTAATCAACTGAAAATTGATTCTTCCAACAAACTGTGGTTCACCCTCAGAGACGTGTCCTCGATGTGTTTGACATTTTTTGATAGTCTTCATGGATAGCAATCCTCCGAGTTCAAGATATGATTTGCATTATTCATTAAACAGATAGTTATTAGCATA