sp|Q9FME2|NTF2_ARATH ----> Nuclear transport factor 2

Intron 1 GTATGTGTTC ... CGGTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.25	114	0	21
A2	25.73	120.5	2	39
A3	23.97	180.5	1	54
A4	17.06	94	0	18
A5	23.46	86.5	0	25
A6	21.57	166.5	0	42
A7	24.55	231.5	0	71
A8	21.15	124.5	0	32
A9	21.45	246	0	64
A10	19.72	243.5	0	55

>TRINITY_DN108295_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTTAATGCTGAATTTAGTAGGGTTTGTTTCTTGCTGTGAAAGGTTTTAGACCGTTTTACTCTCCCCTATTGAAGGCTTTCTTCATGGTGGAGTGCCTGCGTGACTGAGTTTTCTATAGAGTTGTATGTTGTTGTATGCCTTTGACACCCATGGTGTTGCATGCGGAATTTAATTTTCCATGTTTTCAAGGCTAGGACTG
GTACTGCTTTTATTTTCAGAACGACTTTATGAGCTGAAGGCACAAAACTTGTTTCCAGTCTGTTCAATTTTCTCCTTCCGCCTTTTCTCTCTCCCCCTTTTCTTAAGTTCTTTATTTGGGGATTTGATTATTGAGATGGCAATTATTAGGCATCGGTATTCTGTATAGATATTTTCCTCAGCCTTTGGAGGTTAAGCTAG
CTATCTTTATCGAGCTCACAAAATTTATATTAGATATCTGGTGGTTTGAAATGTCATTGTAGAAACATGGCGACTCAGCAAGTGAGCCCTGCAGTAGCTGTCCCTCCTGCCTCAGTGGTTGGAAACGCCTTTGTGCATCAATATTACCATGTTCTCCACCAGTCTCCTCAAATGGTATTCAGGTTTTATCAGGATTCGAG
CAAGCTTGGACGCCCAGAGCCTAATGGAGAAATGAGCTGTACAACAACCATGGAGTCTATAAATGAAAAGATTATCTCACTAGAATACAGTGAATACACAGCAGAGATAAAGACTGTAGACTCTCAGGATTCTTACAACCAGGGAGTCCTTGTCCTTGTAACGGGTGCTCTGAATGGAAAAGATGGTATAAAACGGAATT
TCACACAGTCTTTCTTCCTTGCTCCTCAGGACAAGGGCTACTTCGTTTTAAATGATGTGTTCAGGTACTTGGACGAGCCTCCACAGCCAGAGACCACTAACATATTCATTAATGGTGTCTCTGAACAAACTTCTAAGGTCCCTGCACCCGAGCCAGTTGCAGAGCCAGCACCTCCACAAGAACTACATGTAGTTGACCAA
CCAGTTTCTGAATTGGAGAAAGATCCTGAGGTTGAAGAAGTATATGTTCATGGAGACCCTGGAGAAGGACCAGTGGCTGTAGAGGAAGCTCCACATTTGCAGGTTCATGATAGTGTTGAGAATGAGCAGCAGCCAGAAGCTGAAGTTCTAGTTTTAGCCCAAGAAGAGGCACCCAAGAAATCTTATGCATCAATTGTGAA
GGTTCCGCCACCAGTGCATGCACCGGTTCAGGTACCATCTATTCCGAAGACAATACCAGTAAATGTTGAGCGACAACCAATTGTCCCTACACAAATGCCGATTCCCTCTGAATCATCACCATCTGCTCCCAATTCCACAGAGAACAATAGTTCTCTTGAAGCAGAAGCCGATGGACGCTCGATCTATATTAAAAATTTGC
CTTTGAATGCTACAAGTTCCCAACTTGAAGAAGAGTTCAAGAGGTTTGGGCCTATTAAGCCCGACGGTGTCCAAGTTAGAAGTAACAAGCAACAAGGCTTCTGCTATGGTTTCGTGGAGTTCGAGTCATCAAGTTCCATGCAGAGCGCTATAGAGGCATCACCAATTACCATTGGTGGACGCCCAGCATATGTTGAGGAG
AAGAGGCCCGCTGGCTCTAGAGCTATACGTGGACGGTTCACACCTGGAAGAGGTTCCTTTCGAAATGATAATGGGAGGGGGCGTGGTGGTTATGGAGGTCGTAGCTTTGGAAGAGGTGATTATGGAAACAGGGGTGATTTTGCTGGTCGTGGGCGAGGTTCTTCTGGGCGTGGTGGTTCTGAAGGATACCAAAGGGTTGA
TCAATTTGGCAATGGTGTTAGGGGTGGTCGGTCTGGTGGTGCGAATCAGATGTCCAGAAATGGGCAGAGGGTTGGCTCTGTTGCTACATGATCTGTTTAAAAATTGAAAATATGACTGACCAGATTGTGTATTGTGTTGAGTTCACTCAGGGTAATAATGTTAAATGGTTTTAAGGTATGAAAGCAAAGCTCCAGTTTTT
GAGGTAGTGAGATACTGTTTTTGGCAATGGCATTGGTTTGCCTCATTGGATTACGACATGGATCAGCTATATAGGGGTTCCTGGGGCAGAATGCTCCAAGGCAATCTGTTGTGTTAGAAAATTTTAATCTCATTTACGGCAATCAATTGTGTCAGAAAATTTTAATCTCATCTTCTTGCACTTTAGTGAAAATTTTAGAA
TTGGTGTTTAAAATATCCATTGTCGGCTCTTGGAAAAATGAAGTTAGGATCCTATCTCATTCGAACAAGAGCCGAAAGTTTTTATGATGTACGGTGGTTCAGGAGATCTTTCCTAGGATATTCATACATTCAATATATTCAATTTTGTTTAGAAGAGAACATGCCTGATATTATTTTGACTTGTATGACATCATTCCCTA
CAGTCACAGTTTACGGGAGTGATCATTCAAACAGATACTGTTCAATATATTTTTGTACTTCACATATTTGCATTAGATGGTTGAACTGGGCAGAATGATGCAATTACCTTATTTGTATGACTAGATACCAAACTTCACAACTATTTGCGATTTAGCTTATTTGTATGTGATGGTGTAGCTGGAAATGCACCAAATTATAC
TTGAAAGTTGTGGTTGCTAGAG

>TRINITY_DN108295_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCTGTCCCTCCTGCCTCAGTGgtatgtgttccgtatcttgctgtttttatattgaggactgaaatgggattcatgtattgtttagctacaagtgaaaccgagatagtgaccttgtgactgtcggttggcagGTTGGAAACGCCTTTGTGCATCAATATTACCATGTTCTCCACCAGTCTCCTCAAATGGTATTCAGGTTT
TATCAGGATTCGAGCAAGCTTGGACGCCCAGAGCCTAATGGAGAAATGAGCTGTACAACAACCATGGAGTCTATAAATGAAAAGATTATCTCACTAGAATACAGTGAATACACAGCAGAGATAAAGACTGTAGACTCTCAGGATTCTTACAACCAGGGAGTCCTTGTCCTTGTAACGGGTGCTCTGAATGGAAAAGATGG
TATAAAACGGAATTTCACACAGTCTTTCTTCCTTGCTCCTCAGGACAAGGGCTACTTCGTTTTAAATGATGTGTTCAGGTACTTGGACGAGCCTCCACAGCCAGAGACCACTAACATATTCATTAATGGTGTCTCTGAACAAACTTCTAAGGTCCCTGCACCCGAGCCAGTTGCAGAGCCAGCACCTCCACAAGAACTAC
ATGTAGTTGACCAACCAGTTTCTGAATTGGAGAAAGATCCTGAGGTTGAAGAAGTATATGTTCATGGAGACCCTGGAGAAGGACCAGTGGCTGTAGAGGAAGCTCCACATTTGCAGGTTCATGATAGTGTTGAGAATGAGCAGCAGCCAGAAGCTGAAGTTCTAGTTTTAGCCCAAGAAGAGGCACCCAAGAAATCTTAT
GCATCAATTGTGAAGGTTCCGCCACCAGTGCATGCACCGGTTCAGGTACCATCTATTCCGAAGACAATACCAGTAAATGTTGAGCGACAACCAATTGTCCCTACACAAATGCCGATTCCCTCTGAATCATCACCATCTGCTCCCAATTCCACAGAGAACAATAGTTCTCTTGAAGCAGAAGCCGATGGACGCTCGATCTA
TATTAAAAATTTGCCTTTGAATGCTACAAGTTCCCAACTTGAAGAAGAGTTCAAGAGGTTTGGGCCTATTAAGCCCGACGGTGTCCAAGTTAGAAGTAACAAGCAACAAGGCTTCTGCTATGGTTTCGTGGAGTTCGAGTCATCAAGTTCCATGCAGAGCGCTATAGAGGCATCACCAATTACCATTGGTGGACGCCCAG
CATATGTTGAGGAGAAGAGGCCCGCTGGCTCTAGAGCTATACGTGGACGGTTCACACCTGGAAGAGGTTCCTTTCGAAATGATAATGGGAGGGGGCGTGGTGGTTATGGAGGTCGTAGCTTTGGAAGAGGTGATTATGGAAACAGGGGTGATTTTGCTGGTCGTGGGCGAGGTTCTTCTGGGCGTGGTGGTTCTGAAGGA
TACCAAAGGGTTGATCAATTTGGCAATGGTGTTAGGGGTGGTCGGTCTGGTGGTGCGAATCAGATGTCCAGAAATGGGCAGAGGGTTGGCTCTGTTGCTACATGATCTGTTTAAAAATTGAAAATATGACTGACCAGATTGTGTATTGTGTTGAGTTCACTCAGGGTAATAATGTTAAATGGTTTTAAGGTATGAAAGCA
AAGCTCCAGTTTTTGAGGTAGTGAGATACTGTTTTTGGCAATGGCATTGGTTTGCCTCATTGGATTACGACATGGATCAGCTATATAGGGGTTCCTGGGGCAGAATGCTCCAAGGCAATCTGTTGTGTTAGAAAATTTTAATCTCATTTACGGCAATCAATTGTGTCAGAAAATTTTAATCTCATCTTCTTGCACTTTAG
TGAAAATTTTAGAATTGGTGTTTAAAATATCCATTGTCGGCTCTTGGAAAAATGAAGTTAGGATCCTATCTCATTCGAACAAGAGCCGAAAGTTTTTATGATGTACGGTGGTTCAGGAGATCTTTCCTAGGATATTCATACATTCAATATATTCAATTTTGTTTAGAAGAGAACATGCCTGATATTATTTTGACTTGTAT
GACATCATTCCCTACAGTCACAGTTTACGGGAGTGATCATTCAAACAGATACTGTTCAATATATTTTTGTACTTCACATATTTGCATTAGATGGTTGAACTGGGCAGAATGATGCAATTACCTTATTTGTATGACTAGATACCAAACTTCACAACTATTTGCGATTTAGCTTATTTGTATGTGATGGTGTAGCTGGAAAT
GCACCAAATTATACTTGAAAGTTGTGGTTGCTAGAG

Intron 2 GTAGGTTGAT ... TTTGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.48	256	0	83
A2	25.05	173.5	0	58
A3	21.05	210	3	56
A4	23.65	155	1	48
A5	32.48	79	0	38
A6	25.28	328	0	111
A7	26.53	426.5	0	154
A8	26.2	270.5	0	96
A9	24.48	438	0	142
A10	24.76	389	0	128

>TRINITY_DN103379_c0_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoform

GATTTGATTATTGAGATGGCAATTATTAGGCATCGGTATTCTGTATAGATATTTTCCTCAGCCTTTGGAGGTTAAGCTAGCTATCTTTATCGAGCTCACAAAATTTATATTAGATATCTGGTGGTTTGAAATGTCATTGTAGAAACATGGCGACTCAGCAAGTGAGCCCTGCAGTAGCTGTCCCTCCTGCCTCAGTGGTT
GGAAACGCCTTTGTGCATCAATATTACCATGTTCTCCACCAGTCTCCTCAAATGGTATTCAGGTTTTATCAGGATTCGAGCAAGCTTGGACGCCCAGAGCCTAATGGAGAAATGAGCTGTACAACAACCATGGAGTCTATAAATGAAAAGATTATCTCACTAGAATACAGTGAATACACAGCAGAGATAAAGACTGTAGA
CTCTCAGGATTCTTACAACCAGGGAGTCCTTGTCCTTGTAACGGGTGCTCTGAATGGAAAAGATGGTATAAAACGGAATTTCACACAGTCTTTCTTCCTTGCTCCTCAGGACAAGGGCTACTTCGTTTTAAATGATGTGTTCAGGTACTTGGACGAGCCTCCACAGCCAGAGACCACTAACATATTCATTAATGGTGTCT
CTGAACAAACTTCTAAGGTCCCTGCACCCGAGCCAGTTGCAGAGCCAGCACCTCCACAAGAACTACATGTAGTTGACCAACCAGTTTCTGAATTGGAGAAAGATCCTGAGGTTGAAGAAGTATATGTTCATGGAGACCCTGGAGAAGGACCAGTGGCTGTAGAGGAAGCTCCACATTTGCAGGTTCATGATAGTGTTGAG
AATGAGCAGCAGCCAGAAGCTGAAGTTCTAGTTTTAGCCCAAGAAGAGGCACCCAAGAAATCTTATGCATCAATTGTGAAGGTTCCGCCACCAGTGCATGCACCGGTTCAGGTACCATCTATTCCGAAGACAATACCAGTAAATGTTGAGCGACAACCAATTGTCCCTACACAAATGCCGATTCCCTCTGAATCATCACC
ATCTGCTCCCAATTCCACAGAGAACAATAGTTCTCTTGAAGCAGAAGCCGATGGACGCTCGATCTATATTAAAAATTTGCCTTTGAATGCTACAAGTTCCCAACTTGAAGAAGAGTTCAAGAGGTTTGGGCCTATTAAGCCCGACGGTGTCCAAGTTAGAAGTAACAAGCAACAAGGCTTCTGCTATGGTTTCGTGGAGT
TCGAGTCATCAAGTTCCATGCAGAGCGCTATAGAGGCATCACCAATTACCATTGGTGGACGCCCAGCATATGTTGAGGAGAAGAGGCCCGCTGGCTCTAGAGCTATACGTGGACGGTTCACACCTGGAAGAGGCCCGCTGGCTCTAGAGCTATACGTGGACGGTTCACACCTGGAAGAGGTTCCTTTCGAAATGATAATG
GGAGGGGGCGTGGTGGTTATGGAGGTCGTAGCTTTGGAAGAGGTGATTATGGAAACAGGGGTGATTTTGCTGGTCGTGGGCGAGGTTCTTCTGGGCGTGGTGGTTCTGAAGGATACCAAAGGGTTGATCAATTTGGCAATGGTGTTAGGGGTGGTCGGTCTGGTGGTGCGAATCAGATGTCCAGAAATGGGCAGAGGGTT
GGCTCTGTTGCTACATGATCTGTTTAAAAATTGAAAATATGACTGACCAGATTGTGTATTGTGTTGAGTTCACTCAGGGTAATAATGTTAAATGGTTTTAAGGTATGAAAGCAAAGCTCCAGTTTTTGAGGTAGTGAGATACTGTTTTTGGCAATGGCATTGGTTTGCCTCATTGGATTACGACATGGATCAGCTATATA
GGGGTTCCTGGGGCAGAATGCTCCAAGGCAATCTGTTGTGTTAGAAAATTTTAATCTCATTTACGGCAATCAATTGTGTCAGAAAATTTTAATCTCATCTTCTTGCACTTTAGTGAAAATTTTAGAATTGGTGTTTAAAATATCCATTGTCGGCTCTTGGAAAAATGAAGTTAGGATCCTATCTCATTCGAACAAGAGCC
GAAAGTTTTTATGATGTACGGTGGTTCAGGAGATCTTTCCTAGGATATTCATACATTCAATATATTCAATTTTGTTTAGAAGAGAACATGCC

>TRINITY_DN103379_c0_g1_i6 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TGAGCTGTACAACAACCATGGAGgtaggttgattgatgatgtaaatattgcttcatacaatcaaccatgttttggaaatcagttgcttagtttcatgggtcatgatgtgatatttctttttctgatcgttctttttgatgcagTCTATAAATGAAAAGATTATCTCACTAGAATACAGTGAATACACAGCAGAGATAAAG
ACTGTAGACTCTCAGGATTCTTACAACCAGGGAGTCCTTGTCCTTGTAACGGGTGCTCTGAATGGAAAAGATGGTATAAAACGGAATTTCACACAGTCTTTCTTCCTTGCTCCTCAGGACAAGGGCTACTTCGTTTTAAATGATGTGTTCAGGTACTTGGACGAGCCTCCACAGCCAGAGACCACTAACATATTCATTAA
TGGTGTCTCTGAACAAACTTCTAAGGTCCCTGCACCCGAGCCAGTTGCAGAGCCAGCACCTCCACAAGAACTACATGTAGTTGACCAACCAGTTTCTGAATTGGAGAAAGATCCTGAGGTTGAAGAAGTATATGTTCATGGAGACCCTGGAGAAGGACCAGTGGCTGTAGAGGAAGCTCCACATTTGCAGGTTCATGATA
GTGTTGAGAATGAGCAGCAGCCAGAAGCTGAAGTTCTAGTTTTAGCCCAAGAAGAGGCACCCAAGAAATCTTATGCATCAATTGTGAAGGTTCCGCCACCAGTGCATGCACCGGTTCAGGTACCATCTATTCCGAAGACAATACCAGTAAATGTTGAGCGACAACCAATTGTCCCTACACAAATGCCGATTCCCTCTGAA
TCATCACCATCTGCTCCCAATTCCACAGAGAACAATAGTTCTCTTGAAGCAGAAGCCGATGGACGCTCGATCTATATTAAAAATTTGCCTTTGAATGCTACAAGTTCCCAACTTGAAGAAGAGTTCAAGAGGTTTGGGCCTATTAAGCCCGACGGTGTCCAAGTTAGAAGTAACAAGCAACAAGGCTTCTGCTATGGTTT
CGTGGAGTTCGAGTCATCAAGTTCCATGCAGAGCGCTATAGAGGCATCACCAATTACCATTGGTGGACGCCCAGCATATGTTGAGGAGAAGAGGCCCGCTGGCTCTAGAGCTATACGTGGACGGTTCACACCTGGAAGAGGCCCGCTGGCTCTAGAGCTATACGTGGACGGTTCACACCTGGAAGAGGTTCCTTTCGAAA
TGATAATGGGAGGGGGCGTGGTGGTTATGGAGGTCGTAGCTTTGGAAGAGGTGATTATGGAAACAGGGGTGATTTTGCTGGTCGTGGGCGAGGTTCTTCTGGGCGTGGTGGTTCTGAAGGATACCAAAGGGTTGATCAATTTGGCAATGGTGTTAGGGGTGGTCGGTCTGGTGGTGCGAATCAGATGTCCAGAAATGGGC
AGAGGGTTGGCTCTGTTGCTACATGATCTGTTTAAAAATTGAAAATATGACTGACCAGATTGTGTATTGTGTTGAGTTCACTCAGGGTAATAATGTTAAATGGTTTTAAGGTATGAAAGCAAAGCTCCAGTTTTTGAGGTAGTGAGATACTGTTTTTGGCAATGGCATTGGTTTGCCTCATTGGATTACGACATGGATCA
GCTATATAGGGGTTCCTGGGGCAGAATGCTCCAAGGCAATCTGTTGTGTTAGAAAATTTTAATCTCATTTACGGCAATCAATTGTGTCAGAAAATTTTAATCTCATCTTCTTGCACTTTAGTGAAAATTTTAGAATTGGTGTTTAAAATATCCATTGTCGGCTCTTGGAAAAATGAAGTTAGGATCCTATCTCATTCGAA
CAAGAGCCGAAAGTTTTTATGATGTACGGTGGTTCAGGAGATCTTTCCTAGGATATTCATACATTCAATATATTCAATTTTGTTTAGAAGAGAACATGCC

Intron 3 GTTTGGCTTC ... TTGTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18	131.3	27	15.3
A2	16.03	65.7	10	17
A3	16.68	151	27	27.3
A4	24.18	90.7	27	17.7
A5	28.65	74.3	26	19
A6	17.74	398.3	76.7	73.7
A7	18.03	473.3	90	106
A8	18.9	470.3	97.7	83.3
A9	17.37	443.3	81	92.3
A10	15.41	383.3	62	75.7

>TRINITY_DN101608_c7_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

GGGAGAGGAAAAGGCATCGGAAAAGCATTAGAACAAGCGCGCCCTGCCCTCTGTGGTTCTTTAAGGTATCCTTATAGAAGAAAGAGATCGGACCCATCTGCTCTAAAGCCTTCCCTTTGATCTATTTCTTCCTATTTGGGTTGAAGGGAATCTGTGCATTGGGGCTCTGTGATATACACGGAGGGCATCGCTGAAAGGAG
CCTCTACTGGTTTCACTTGCTCAAGGCACCCATTTGGTTGGTTTTCGCTCGCTTCTTCAGTAGATCGGTTCAGAAACATGGCGACTCAGCAAGTGAGCCCTGCAGTAGCTGTCCCTCCTGCCTCAGTGGTTGGAAACGCCTTTGTGCATCAATATTACCATGTTCTCCACCAGTCTCCTCAAATGGTATTCAGGTTTTAT
CAGGATTCGAGCAAGCTTGGACGCCCAGAGCCTAATGGAGAAATGAGCTGTACAACAACCATGGAGTCTATAAATGAAAAGATTATCTCACTAGAATACAGTGAATACACAGCAGAGATAAAGACTGTAGACTCTCAGGATTCTTACAACCAGGGAGTCCTTGTCCTTGTAACGGGTGCTCTGAATGGAAAAGATGGTAT
AAAACGGAATTTCACACAGTCTTTCTTCCTTGCTCCTCAGGACAAGGGCTACTTCGTTTTAAATGATGTGTTCAGGTACTTGGACGAGCCTCCACAGCCAGAGACCACTAACATATTCATTAATGGTGTCTCTGAACAAACTTCTAAGGTCCCTGCACCCGAGCCAGTTGCAGAGCCAGCACCTCCACAAGAACTACATG
TAGTTGACCAACCAGTTTCTGAATTGGAGAAAGATCCTGAGGTTGAAGAAGTATATGTTCATGGAGACCCTGGAGAAGGACCAGTGGCTGTAGAGGAAGCTCCACATTTGCAGGTTCATGATAGTGTTGAGAATGAGCAGCAGCCAGAAGCTGAAGTTCTAGTTTTAGCCCAAGAAGAGGCACCCAAGAAATCTTATGCA
TCAATTGTGAAGGTTCCGCCACCAGTGCATGCACCGGTTCAGGTACCATCTATTCCGAAGACAATACCAGTAAATGTTGAGCGACAACCAATTGTCCCTACACAAATGCCGATTCCCTCTGAATCATCACCATCTGCTCCCAATTCCACAGAGAACAATAGTTCTCTTGAAGCAGAAGCCGATGGACGCTCGATCTATAT
TAAAAATTTGCCTTTGAATGCTACAAGTTCCCAACTTGAAGAAGAGTTCAAGAGGTTTGGGCCTATTAAGCCCGACGGTGTCCAAGTTAGAAGTAACAAGCAACAAGGCTTCTGCTATGGTTTCGTGGAGTTCGAGTCATCAAGTTCCATGCAGAGCGCTATAGAGGCATCACCAATTACCATTGGTGGACGCCCAGCAT
ATGTTGAGGAGAAGAGGCCCGCTGGCTCTAGAGCTATACGTGGACGGTTCACACCTGGAAGAGGTTCCTTTCGAAATGATAATGGGAGGGGGCGTGGTGGTTATGGAGGTCGTAGCTTTGGAAGAGGTGATTATGGAAACAGGGGTGATTTTGCTGGTCGTGGGCGAGGTTCTTCTGGGCGTGGTGGTTCTGAAGGATAC
CAAAGGGTTGATCAATTTGGCAATGGTGTTAGGGGTGGTCGGTCTGGTGGTGCGAATCAGATGTCCAGAAATGGGCAGAGGGTTGGCTCTGTTGCTACATGATCTGTTTAAAAATTGAAAATATGACTGACCAGATTGTGTATTGTGTTGAGTTCACTCAGGGTAATAATGTTAAATGGTTTTAAGGTATGAAAGCAAAG
CTCCAGTTTTTGAGGTAGTGAGATACTGTTTTTGGCAATGGCATTGGTTTGCCTCATTGGATTACGACATGGATCAGCTATATAGGGGTTCCTGGGGCAGAATGCTCCAAGGCAATCTGTTGTGTTAGAAAATTTTAATCTCATTTACGGCAATCAATTGTGTCAGAAAATTTTAATCTCATCTTCTTGCACTTTAGTGA
AAATTTTAGAATTGGTGTTTAAAATATCCATTGTCGGCTCTTGGAAAAATGAAGTTAGGATCCTATCTCATTCGAACAAGAGCCGAAAGTTTTTATGATGTACGGTGGTTCAGGAGATCTTTCCTAGGATATTCATACATTCAATATATTCAATTTTGTTTAGAAGAGAACATGCCTGATATTATTTTGACTTGTATGAC
ATCATTCCCTACAGTCACAGTTTACGGGAGTGACCATTCAAACAGATACTGTTCAATATATTTTTGTACTTCACATATTTGCATTAGATGGTTGAACTGGGCAGAATGATGCAATTACCTTATTTGTATGACTAGATACCAAACTTCACAACTATTTGCGATTTAGCTTATTTGTATGTGATGGTGTAGCTGGAAATGCA
CCAAATTATACTTGAAAGTTGTGGTTGCTAGAGAAA

>TRINITY_DN101608_c7_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTGAGTTAATTTATTGTAACTGCTGACAGGATTTTTTTGGGCTTCAATTCAGGACTTATACTCTTATCTAATTTTCCTTGTAATTTGTTTTCCGAGTTTTGTTTCTAATGTTGTCAATATCAATTACATCCAGCCGATGGACGCTCGATCTATATTAAAAATTTGCCTTTGAATGCTACAAGTTCCCAACTTGAAGAAGA
GTTCAAGAGGTTTGGGCCTATTAAGCCCGACGGTGTCCAAGTTAGAAGTAACAAGgtttggcttcagaaggaatttattatcttaattgtgtttattatcttaattttattaaattcttacaatacctgaaaaattgtttacagCAACAAGGCTTCTGCTATGGTTTCGTGGAGTTCGAGTCATCAAGTTCCATGCAGAG
CGCTATAGAGGTACTTTGAATTTATTAATATTCTGAAATAGTGAGATTTGTTTGTTGTTACACCAAGTGATCTTTGTGATGTTTATTTCTTGTTGGGTATCTTTTTTTTATTCTAAATAGCT

Intron 4 GTGGTGACTT ... TTACATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.98	142	41.3	27
A2	10	72	18	8
A3	18.75	104	15.3	24
A4	27.78	91	17.3	35
A5	22.11	74	12.7	21
A6	21.81	294	50	82
A7	20.39	367	78.7	94
A8	22.54	330	48.7	96
A9	20.6	320	66.7	83
A10	17.13	266	60	55

>TRINITY_DN111278_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GGAAAAGGCATCGGAAAAGCATTAGAACAAGCGCGCCCTGCCCTCTGTGGTTCTTTAAGGTATCCTTATAGAAGAAAGAGATCGGACCCATCTGCTCTAAAGCCTTCCCTTTGATCTATTTCTTCCTATTTGGGTTGAAGGGAATCTGTGCATTGGGGCTCTGTGATATACACGGAGGGCATCGCTGAAAGGAGCCTCTA
CTGGTTTCACTTGCTCAAGGCACCCATTTGGTTGGTTTTCGCTCGCTTCTTCAGTAGATCGGTTCAGAAACATGGCGACTCAGCAAGTGAGCCCTGCAGTAGCTGTCCCTCCTGCCTCAGTGGTTGGAAACGCCTTTGTGCATCAATATTACCATGTTCTCCACCAGTCTCCTCAAATGGTATTCAGGTTTTATCAGGAT
TCGAGCAAGCTTGGACGCCCAGAGCCTAATGGAGAAATGAGCTGTACAACAACCATGGAGTCTATAAATGAAAAGATTATCTCACTAGAATACAGTGAATACACAGCAGAGATAAAGACTGTAGACTCTCAGGATTCTTACAACCAGGGAGTCCTTGTCCTTGTAACGGGTGCTCTGAATGGAAAAGATGGTATAAAACG
GAATTTCACACAGTCTTTCTTCCTTGCTCCTCAGGACAAGGGCTACTTCGTTTTAAATGATGTGTTCAGGTACTTGGACGAGCCTCCACAGCCAGAGACCACTAACATATTCATTAATGGTGTCTCTGAACAAACTTCTAAGGTCCCTGCACCCGAGCCAGTTGCAGAGCCAGCACCTCCACAAGAACTACATGTAGTTG
ACCAACCAGTTTCTGAATTGGAGAAAGATCCTGAGGTTGAAGAAGTATATGTTCATGGAGACCCTGGAGAAGGACCAGTGGCTGTAGAGGAAGCTCCACATTTGCAGGTTCATGATAGTGTTGAGAATGAGCAGCAGCCAGAAGCTGAAGTTCTAGTTTTAGCCCAAGAAGAGGCACCCAAGAAATCTTATGCATCAATT
GTGAAGGTTCCGCCACCAGTGCATGCACCGGTTCAGGTACCATCTATTCCGAAGACAATACCAGTAAATGTTGAGCGACAACCAATTGTCCCTACACAAATGCCGATTCCCTCTGAATCATCACCATCTGCTCCCAATTCCACAGAGAACAATAGTTCTCTTGAAGCAGAAGCCGATGGACGCTCGATCTATATTAAAAA
TTTGCCTTTGAATGCTACAAGTTCCCAACTTGAAGAAGAGTTCAAGAGGTTTGGGCCTATTAAGCCCGACGGTGTCCAAGTTAGAAGTAACAAGCAACAAGGCTTCTGCTATGGTTTCGTGGAGTTCGAGTCATCAAGTTCCATGCAGAGCGCTATAGAGGCATCACCAATTACCATTGGTGGACGCCCAGCATATGTTG
AGGAGAAGAGGCCCGCTGGCTCTAGAGCTATACGTGGACGGTTCACACCTGGAAGAGGTTCCTTTCGAAATGATAATGGGAGGGGGCGTGGTGGTTATGGAGGTCGTAGCTTTGGAAGAGGTGATTATGGAAACAGGGGTGATTTTGCTGGTCGTGGGCGAGGTTCTTCTGGGCGTGGTGGTTCTGAAGGATACCAAAGG
GTTGATCAATTTGGCAATGGTGTTAGGGGTGGTCGGTCTGGTGGTGCGAATCAGATGTCCAGAAATGGGCAGAGGGTTGGCTCTGTTGCTACATGATCTGTTTAAAAATTGAAAATATGACTGACCAGATTGTGTATTGTGTTGAGTTCACTCAGGGTAATAATGTTAAATGGTTTTAAGGTATGAAAGCAAAGCTCCAG
TTTTTGAGGTAGTGAGATACTGTTTTTGGCAATGGCATTGGTTTGCCTCATTGGATTACGACATGGATCAGCTATATAGGGGTTCCTGGGGCAGAATGCTCCAAGGCAATCTGTTGTGTTAGAAAATTTTAATCTCATTTACGGCAATCAATTGTGTCAGAAAATTTTAATCTCATCTTCTTGCACTTTAGTGAAAATTT
TAGAATTGGTGTTTAAAATATCCATTGTCGGCTCTTGGAAAAATGAAGTTAGGATCCTATCTCATTCGAACAAGAGCCGAAAGTTTTTATGATGTACGGTGGTTCAGGAGATCTTTCCTAGGATATTCATACATTCAATATATTCAATTTTGTTTAGAAGAGAACATGCCTGATATTATTTTGACTTGTATGACATCATT
CCCTACAGTCACAGTTTACGGGAGTGATCATTCAAACAGATACTGTTCAATATATTTTTGTACTTCACATATTTGCATTAGATGGTTGAACTGGGCAGAATGATGCAATTACCTTATTTGTATGACTAGATACCAAACTTCACAACTATTTGCGATTTAGCTTATTTGTATGTGATGGTGTAG

>TRINITY_DN111278_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGAAAAGGCATCGGAAAAGCATTAGAACAAGCGCGCCCTGCCCTCTGTGGTTCTTTAAGGTATCCTTATAGAAGAAAGAGATCGGACCCATCTGCTCTAAAGCCTTCCCTTTGATCTATTTCTTCCTATTTGGGTTGAAGGGAATCTGTGCATTGGGGCTCTGTGATATACACGGAGGGCATCGCTGAAAGGAGCCTCTA
CTGGTTTCACTTGCTCAAGGCACCCATTTGGTTGGTTTTCGCTCGCTTCTTCAGTAGATCGGTTCAGAAACATGGCGACTCAGCAAGTGAGCCCTGCAGTAGCTGTCCCTCCTGCCTCAGTGGTTGGAAACGCCTTTGTGCATCAATATTACCATGTTCTCCACCAGTCTCCTCAAATGGTATTCAGGTTTTATCAGGAT
TCGAGCAAGCTTGGACGCCCAGAGCCTAATGGAGAAATGAGCTGTACAACAACCATGGAGTCTATAAATGAAAAGATTATCTCACTAGAATACAGTGAATACACAGCAGAGATAAAGACTGTAGACTCTCAGGATTCTTACAACCAGGGAGTCCTTGTCCTTGTAACGGGTGCTCTGAATGGAAAAGATGGTATAAAACG
GAATTTCACACAGTCTTTCTTCCTTGCTCCTCAGGACAAGGGCTACTTCGTTTTAAATGATGTGTTCAGGTACTTGGACGAGCCTCCACAGCCAGAGACCACTAACATATTCATTAATGGTGTCTCTGAACAAACTTCTAAGGTCCCTGCACCCGAGCCAGTTGCAGAGCCAGCACCTCCACAAGAACTACATGTAGTTG
ACCAACCAGTTTCTGAATTGGAGAAAGATCCTGAGGTTGAAGAAGTATATGTTCATGGAGACCCTGGAGAAGGACCAGTGGCTGTAGAGGAAGCTCCACATTTGCAGGTTCATGATAGTGTTGAGAATGAGCAGCAGCCAGAAGCTGAAGTTCTAGTTTTAGCCCAAGAAGAGGCACCCAAGAAATCTTATGCATCAATT
GTAAGTCTCCATCTAAATGAATTTCAACTGTTATTTAATGTATAGAATTGATTTTGCCTCTAATTTATTCTGATTCCACAGGTGAAGGTTCCGCCACCAGTGCATGCACCGGTTCAGGTACCATCTATTCCGAAGACAATACCAGTAAATGTTGAGCGACAACCAATTGTCCCTACACAAATGCCGATTCCCTCTGAATC
ATCACCATCTGCTCCCAATTCCACAGAGAACAATAGTTCTCTTGAAGCAGAAGgtggtgacttttgtattctactgtaattgacaagatgtttttgagttaatttattgtaactgctgacaggatttttttgggcttcaattcaggacttatactcttatctaattttccttgtaatttgttttccgagttttgtttcta
atgttgtcaatatcaattacatccagCCGATGGACGCTCGATCTATATTAAAAATTTGCCTTTGAATGCTACAAGTTCCCAACTTGAAGAAGAGTTCAAGAGGTTTGGGCCTATTAAGCCCGACGGTGTCCAAGTTAGAAGTAACAAGCAACAAGGCTTCTGCTATGGTTTCGTGGAGTTCGAGTCATCAAGTTCCATGC
AGAGCGCTATAGAGGCATCACCAATTACCATTGGTGGACGCCCAGCATATGTTGAGGAGAAGAGGCCCGCTGGCTCTAGAGCTATACGTGGACGGTTCACACCTGGAAGAGGTTCCTTTCGAAATGATAATGGGAGGGGGCGTGGTGGTTATGGAGGTCGTAGCTTTGGAAGAGGTGATTATGGAAACAGGGGTGATTTT
GCTGGTCGTGGGCGAGGTTCTTCTGGGCGTGGTGGTTCTGAAGGATACCAAAGGGTTGATCAATTTGGCAATGGTGTTAGGGGTGGTCGGTCTGGTGGTGCGAATCAGATGTCCAGAAATGGGCAGAGGGTTGGCTCTGTTGCTACATGATCTGTTTAAAAATTGAAAATATGACTGACCAGATTGTGTATTGTGTTGAG
TTCACTCAGGGTAATAATGTTAAATGGTTTTAAGGTATGAAAGCAAAGCTCCAGTTTTTGAGGTAGTGAGATACTGTTTTTGGCAATGGCATTGGTTTGCCTCATTGGATTACGACATGGATCAGCTATATAGGGGTTCCTGGGGCAGAATGCTCCAAGGCAATCTGTTGTGTTAGAAAATTTTAATCTCATTTACGGCA
ATCAATTGTGTCAGAAAATTTTAATCTCATCTTCTTGCACTTTAGTGAAAATTTTAGAATTGGTGTTTAAAATATCCATTGTCGGCTCTTGGAAAAATGAAGTTAGGATCCTATCTCATTCGAACAAGAGCCGAAAGTTTTTATGATGTACGGTGGTTCAGGAGATCTTTCCTAGGATATTCATACATTCAATATATTCA
ATTTTGTTTAGAAGAGAACATGCCTGATATTATTTTGACTTGTATGACATCATTCCCTACAGTCACAGTTTACGGGAGTGATCATTCAAACAGATACTGTTCAATATATTTTTGTACTTCACATATTTGCATTAGATGGTTGAACTGGGCAGAATGATGCAATTACCTTATTTGTATGACTAGATACCAAACTTCACAAC
TATTTGCGATTTAGCTTATTTGTATGTGATGGTGTAG

Intron 5 GTAAGTCTCC ... GATTCCACAG

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>TRINITY_DN111278_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

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CTGGTTTCACTTGCTCAAGGCACCCATTTGGTTGGTTTTCGCTCGCTTCTTCAGTAGATCGGTTCAGAAACATGGCGACTCAGCAAGTGAGCCCTGCAGTAGCTGTCCCTCCTGCCTCAGTGGTTGGAAACGCCTTTGTGCATCAATATTACCATGTTCTCCACCAGTCTCCTCAAATGGTATTCAGGTTTTATCAGGAT
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GAATTTCACACAGTCTTTCTTCCTTGCTCCTCAGGACAAGGGCTACTTCGTTTTAAATGATGTGTTCAGGTACTTGGACGAGCCTCCACAGCCAGAGACCACTAACATATTCATTAATGGTGTCTCTGAACAAACTTCTAAGGTCCCTGCACCCGAGCCAGTTGCAGAGCCAGCACCTCCACAAGAACTACATGTAGTTG
ACCAACCAGTTTCTGAATTGGAGAAAGATCCTGAGGTTGAAGAAGTATATGTTCATGGAGACCCTGGAGAAGGACCAGTGGCTGTAGAGGAAGCTCCACATTTGCAGGTTCATGATAGTGTTGAGAATGAGCAGCAGCCAGAAGCTGAAGTTCTAGTTTTAGCCCAAGAAGAGGCACCCAAGAAATCTTATGCATCAATT


GTGAAGGTTCCGCCACCAGTGCATGCACCGGTTCAGGTACCATCTATTCCGAAGACAATACCAGTAAATGTTGAGCGACAACCAATTGTCCCTACACAAATGCCGATTCCCTCTGAATCATCACCATCTGCTCCCAATTCCACAGAGAACAATAGTTCTCTTGAAGCAGAAGCCGATGGACGCTCGATCTATATTAAAAA
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AGGAGAAGAGGCCCGCTGGCTCTAGAGCTATACGTGGACGGTTCACACCTGGAAGAGGTTCCTTTCGAAATGATAATGGGAGGGGGCGTGGTGGTTATGGAGGTCGTAGCTTTGGAAGAGGTGATTATGGAAACAGGGGTGATTTTGCTGGTCGTGGGCGAGGTTCTTCTGGGCGTGGTGGTTCTGAAGGATACCAAAGG
GTTGATCAATTTGGCAATGGTGTTAGGGGTGGTCGGTCTGGTGGTGCGAATCAGATGTCCAGAAATGGGCAGAGGGTTGGCTCTGTTGCTACATGATCTGTTTAAAAATTGAAAATATGACTGACCAGATTGTGTATTGTGTTGAGTTCACTCAGGGTAATAATGTTAAATGGTTTTAAGGTATGAAAGCAAAGCTCCAG
TTTTTGAGGTAGTGAGATACTGTTTTTGGCAATGGCATTGGTTTGCCTCATTGGATTACGACATGGATCAGCTATATAGGGGTTCCTGGGGCAGAATGCTCCAAGGCAATCTGTTGTGTTAGAAAATTTTAATCTCATTTACGGCAATCAATTGTGTCAGAAAATTTTAATCTCATCTTCTTGCACTTTAGTGAAAATTT
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CCCTACAGTCACAGTTTACGGGAGTGATCATTCAAACAGATACTGTTCAATATATTTTTGTACTTCACATATTTGCATTAGATGGTTGAACTGGGCAGAATGATGCAATTACCTTATTTGTATGACTAGATACCAAACTTCACAACTATTTGCGATTTAGCTTATTTGTATGTGATGGTGTAG

>TRINITY_DN111278_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGAAAAGGCATCGGAAAAGCATTAGAACAAGCGCGCCCTGCCCTCTGTGGTTCTTTAAGGTATCCTTATAGAAGAAAGAGATCGGACCCATCTGCTCTAAAGCCTTCCCTTTGATCTATTTCTTCCTATTTGGGTTGAAGGGAATCTGTGCATTGGGGCTCTGTGATATACACGGAGGGCATCGCTGAAAGGAGCCTCTA
CTGGTTTCACTTGCTCAAGGCACCCATTTGGTTGGTTTTCGCTCGCTTCTTCAGTAGATCGGTTCAGAAACATGGCGACTCAGCAAGTGAGCCCTGCAGTAGCTGTCCCTCCTGCCTCAGTGGTTGGAAACGCCTTTGTGCATCAATATTACCATGTTCTCCACCAGTCTCCTCAAATGGTATTCAGGTTTTATCAGGAT
TCGAGCAAGCTTGGACGCCCAGAGCCTAATGGAGAAATGAGCTGTACAACAACCATGGAGTCTATAAATGAAAAGATTATCTCACTAGAATACAGTGAATACACAGCAGAGATAAAGACTGTAGACTCTCAGGATTCTTACAACCAGGGAGTCCTTGTCCTTGTAACGGGTGCTCTGAATGGAAAAGATGGTATAAAACG
GAATTTCACACAGTCTTTCTTCCTTGCTCCTCAGGACAAGGGCTACTTCGTTTTAAATGATGTGTTCAGGTACTTGGACGAGCCTCCACAGCCAGAGACCACTAACATATTCATTAATGGTGTCTCTGAACAAACTTCTAAGGTCCCTGCACCCGAGCCAGTTGCAGAGCCAGCACCTCCACAAGAACTACATGTAGTTG
ACCAACCAGTTTCTGAATTGGAGAAAGATCCTGAGGTTGAAGAAGTATATGTTCATGGAGACCCTGGAGAAGGACCAGTGGCTGTAGAGGAAGCTCCACATTTGCAGGTTCATGATAGTGTTGAGAATGAGCAGCAGCCAGAAGCTGAAGTTCTAGTTTTAGCCCAAGAAGAGGCACCCAAGAAATCTTATGCATCAATT


gtaagtctccatctaaatgaatttcaactgttatttaatgtatagaattgattttgcctctaatttattctgattccacagGTGAAGGTTCCGCCACCAGTGCATGCACCGGTTCAGGTACCATCTATTCCGAAGACAATACCAGTAAATGTTGAGCGACAACCAATTGTCCCTACACAAATGCCGATTCCCTCTGAATC
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ATGTTGTCAATATCAATTACATCCAGCCGATGGACGCTCGATCTATATTAAAAATTTGCCTTTGAATGCTACAAGTTCCCAACTTGAAGAAGAGTTCAAGAGGTTTGGGCCTATTAAGCCCGACGGTGTCCAAGTTAGAAGTAACAAGCAACAAGGCTTCTGCTATGGTTTCGTGGAGTTCGAGTCATCAAGTTCCATGC
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GCTGGTCGTGGGCGAGGTTCTTCTGGGCGTGGTGGTTCTGAAGGATACCAAAGGGTTGATCAATTTGGCAATGGTGTTAGGGGTGGTCGGTCTGGTGGTGCGAATCAGATGTCCAGAAATGGGCAGAGGGTTGGCTCTGTTGCTACATGATCTGTTTAAAAATTGAAAATATGACTGACCAGATTGTGTATTGTGTTGAG
TTCACTCAGGGTAATAATGTTAAATGGTTTTAAGGTATGAAAGCAAAGCTCCAGTTTTTGAGGTAGTGAGATACTGTTTTTGGCAATGGCATTGGTTTGCCTCATTGGATTACGACATGGATCAGCTATATAGGGGTTCCTGGGGCAGAATGCTCCAAGGCAATCTGTTGTGTTAGAAAATTTTAATCTCATTTACGGCA
ATCAATTGTGTCAGAAAATTTTAATCTCATCTTCTTGCACTTTAGTGAAAATTTTAGAATTGGTGTTTAAAATATCCATTGTCGGCTCTTGGAAAAATGAAGTTAGGATCCTATCTCATTCGAACAAGAGCCGAAAGTTTTTATGATGTACGGTGGTTCAGGAGATCTTTCCTAGGATATTCATACATTCAATATATTCA
ATTTTGTTTAGAAGAGAACATGCCTGATATTATTTTGACTTGTATGACATCATTCCCTACAGTCACAGTTTACGGGAGTGATCATTCAAACAGATACTGTTCAATATATTTTTGTACTTCACATATTTGCATTAGATGGTTGAACTGGGCAGAATGATGCAATTACCTTATTTGTATGACTAGATACCAAACTTCACAAC
TATTTGCGATTTAGCTTATTTGTATGTGATGGTGTAG