sp|Q6AWX7|GRF12_ORYSJ ----> Growth-regulating factor 12
Intron 1 GTTGGGCTCA ... TTTGATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 100 | 0 | 2 | 0 |
| A2 | 52.38 | 5 | 7 | 4 |
| A3 | 33.33 | 2 | 1 | 1 |
| A4 | 50 | 2 | 4 | 0 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 11.11 | 4 | 1 | 0 |
| A7 | 28.57 | 15 | 3 | 9 |
| A8 | 41.67 | 7 | 4 | 6 |
| A9 | 33.33 | 21 | 12 | 9 |
| A10 | 29.41 | 12 | 4 | 6 |
>TRINITY_DN40943_c0_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoformGCAAGAAGCAGATTAAAATAGTACCGATTCATCGGGATATCAATAAGCAGCACATATTAATATAATTATATTCATATCCCGTATCCTGAGAATTCAATCAAGCAAATGGATTGGGAAAGGTTATATAGAAATTTTATTTACTTCAACGGTGCTCGATTTTTTTGTGGAGATACCATTTTCATAATGATGGGGCTGTCAGT
TATGTGACTTTCTTTTCTACTGGTGTTCTTTTGGTTAACGCGGAGCCACATTTTGTTCAAGTTGGTCTCTCTGTGGAGCTGGAGTTTATTTACTAATTGAACAGGGATTACACTATGAATTGAGTATGGGTGAACTTCTTGTTTGTTGGGAGCCTTAGTAACTGCCAGGGAAAAAGGAGATCCCTTCACTTCACTTCATT
TCAGTTAACTGGGACTCCTCAGCCATTATAAATTTGCTCAGAAGAATTCACATGCTTCAAGTTCCACTTTTAACTCATTCATTACTTGCATATATCTAGGAATTACAATGTGAAAGCTGATATCCTCTCCAATTGAAGAAACTGGCAGAAGATAATGAATAGCAAGAAGTTTTTTTCTTTTGGAAAAAAAATGGATTGGG
AAAGGAATGATGCTACCTGAGCACCTTATAAACATGGAAGAACAGCTGTGGTCGCAAAAGGGTTTTGAGGCAAACCAAAATAACGGTGGAGAGAGCAAGAAAGTAGATTGCAGATGGAACGGTAGTATGAGAAATCAATGGGACAATATCAGACTGTTTACAAAGGAAGGAACTCAAGGAGCCCTTCTCATGAAGGAATA
CACGTCAAGCATTGTCGAGAAAGAGATAACAGGAGGCCGTGATGAGGAATCAAAGTTGCAAAAACCAGGCCTTTTTGACATGGGGACTTCGTGGAGGCAACAGAAGAATTTGCACAGCGTCAAGCTGAAAAGAAGCAATGATGAGATTGGGTATATCAAGCGATGGAAGGATGATGAAACAAAGACCACTAAAAAGCTGA
GGCAGGAAGATGGGGGTAAAGTGGATGACAAAGTGAGGCCTATTAGTAATCACGAAGCAGAAGGGTTTCAATGCAGGCGGAGGAACGGGCGAGGGTGGAGGTGTTCTCAGCGAATTCTTGTAGGGTATTCTCTGTGCGAACACCATCTGGCTAAGGACAGGCTTAAGAGTAAAAGTAGCAATAATTATAACAACGCTAAT
ACAGTTACCTTGAATAACAAGGCTGGTACCTGCAAACTCAAAGAGTTGCGTCTCATAGATGCTTCTTGATCTTGATCTTATAGACGATTCTTGATCTTAATCCTGAATTATTAATCTTCTTGATCTTATAAACGCTTCTTGATCTTGATCTTGTAATATGCAGCTAATGACAAACCCATGAATGAAATTATAAAAGTTGT
AATCTTGATTTTGTAATATGCAGCCAGCTAATGACAAAGCCATGAATGAAATTATAAAGGTTGTAGTGTTGAATTAGTTAAGTGGTATGATATAGTAAGCTGTCAGAATACAAAGTGACGATTTGTATTTACAATTCGAATTCATGACAAATGTACTATATTGTACACTCTGCCCGTTGAGCTTCCTGTGCGTGAACCGT
TGAACTGCCTGTGCGTGAGCTGTTGAGCTCATTGTTATTAACGATAAGTATAGGAATTGAAACCTCGATCCTTGCATCTAGATTCACCGGTGATGGTTCATTAAAGTACATTGTGCAATTATACGTGTCATGGCTTATAAGTATCTTGCATATGC
>TRINITY_DN40943_c0_g2_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCAAGAAGCAGATTAAAATAGTACCGATTCATCGGGATATCAATAAGCAGCACATATTAATATAATTATATTCATATCCCGTATCCTGAGAATTCAATCAAGCAAATGGATTGGGAAAGGTTATATAGAAATTTTATTTACTTCAACGGTGCTCGATTTTTTTGTGGAGATACCATTTTCATAATGATGGGGCTGTCAGT
TATGTGACTTTCTTTTCTACTGGTGTTCTTTTGGTTAACGCGGAGCCACATTTTGTTCAAGTTGGTCTCTCTGTGGAGCTGGAGTTTATTTACTAATTGAACAGGGATTACACTATGAATTGAGTATGGGTGAACTTCTTGTTTGTTGGGAGCCTTAGTAACTGCCAGGGAAAAAGGAGATCCCTTCACTTCACTTCATT
TCAGTTAACTGGGACTCCTCAGCCATTATAAATTTGCTCAGAAGAATTCACATGCTTCAAGTTCCACTTTTAACTCATTCATTACTTGCATATATCTAGGAATTACAATGTGAAAGCTGATATCCTCTCCAATTGAAGAAACTGGCAGAAGgttgggctcatcttagtggtgatcaagaccataatcttattgaagacat
tcagcttcgattttattgataggcatttagtagatattttggagaattcagggactttggtatcaccagatattagatgaggtttaacttgttcgtttagaattattctgccttgaaagatgtcgaaatacctgtaattgacagtaaattaatgaggtttaacttgttcttttagattttagaattattctgcctcgaca
aaaatacttgtaattgacagtaaatttgcatgattgtaacttctttgattcagataatgtttgattcagATAATGAATAGCAAGAAGTTTTTTTCTTTTGGAAAAAAAATGGATTGGGAAAGGAATGATGCTACCTGAGCACCTTATAAACATGGAAGAACAGCTGTGGTCGCAAAAGGGTTTTGAGGCAAACCAAAATG
TAATCCCCTTTAAGAATAGGTTAAATCTGTTTTATTGTCTAATCTCAAGCTGCACTAAAATCTTGTTTTGGGTTTCGTCTCGTTTTGCGCAGAACGGTGGAGAGAGCAAGAAAGTAGATTGCAGATGGAACGGTAGTATGAGAAATCAATGGGACAATATCAGACTGTTTACAAAGGAAGGAACTCAAGGAGCCCTTCTC
ATGAAGGAATACACGTCAAGCATTGTCGAGAAAGAGATAACAGGAGGCCGTGATGAGGAATCAAAGTTGCAAAAACCAGGCCTTTTTGACATGGGGACTTCGTGGAGGCAACAGAAGAATTTGCACAGCGTCAAGCTGAAAAGAAGCAATGATGAGATTGGGTATATCAAGCGATGGAAGGATGATGAAACAAAGACCAC
TAAAAAGCTGAGGCAGGAAGATGGGGGTAAAGTGGATGACAAAGTGAGGCCTATTAGTAATCACGAAGCAGAAGGGTTTCAATGCAGGCGGAGGAACGGGCGAGGGTGGAGGTGTTCTCAGCGAATTCTTGTAGGGTATTCTCTGTGCGAACACCATCTGGCTAAGGACAGGCTTAAGAGTAAAAGTAGCAATAATTATA
ACAACGCTAATACAGTTACCTTGAATAACAAGGCTGGTACCTGCAAACTCAAAGAGTTGCGTCTCATAGATGCTTCTTGATCTTGATCTTATAGACGATTCTTGATCTTAATCCTGAATTATTAATCTTCTTGATCTTATAAACGCTTCTTGATCTTGATCTTGTAATATGCAGCTAATGACAAACCCATGAATGAAATT
ATAAAAGTTGTAATCTTGATTTTGTAATATGCAGCCAGCTAATGACAAAGCCATGAATGAAATTATAAAGGTTGTAGTGTTGAATTAGTTAAGTGGTATGATATAGTAAGCTGTCAGAATACAAAGTGACGATTTGTATTTACAATTCGAATTCATGACAAATGTACTATATTGTACACTCTGCCCGTTGAGCTTCCTGT
GCGTGAACCGTTGAACTGCCTGTGCGTGAGCTGTTGAGCTCATTGTTATTAACGATAAGTATAGGAATTGAAACCTCGATCCTTGCATCTAGATTCACCGGTGATGGTTCATTAAAGTACATTGTGCAATTATACGTGTCATGGCTTATAAGTATCTTGCATATGC
Intron 2 GTTGGGCTCA ... TTTTGCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.45 | 18 | 2 | 15 |
| A2 | 33.33 | 8 | 7 | 4 |
| A3 | 46.67 | 16 | 1 | 14 |
| A4 | 47.92 | 25 | 4 | 23 |
| A5 | 80 | 1 | 0 | 4 |
| A6 | 53.85 | 12 | 1 | 14 |
| A7 | 45.26 | 52 | 3 | 43 |
| A8 | 46.88 | 34 | 4 | 30 |
| A9 | 44.94 | 49 | 12 | 40 |
| A10 | 46 | 54 | 4 | 46 |
>TRINITY_DN40943_c0_g2_i9 from sample A9 / Example spliced isoformGCAAGAAGCAGATTAAAATAGTACCGATTCATCGGGATATCAATAAGCAGCACATATTAATATAATTATATTCATATCCCGTATCCTGAGAATTCAATCAAGCAAATGGATTGGGAAAGGTTATATAGAAATTTTATTTACTTCAACGGTGCTCGATTTTTTTGTGGAGATACCATTTTCATAATGATGGGGCTGTCAGT
TATGTGACTTTCTTTTCTACTGGTGTTCTTTTGGTTAACGCGGAGCCACATTTTGTTCAAGTTGGTCTCTCTGTGGAGCTGGAGTTTATTTACTAATTGAACAGGGATTACACTATGAATTGAGTATGGGTGAACTTCTTGTTTGTTGGGAGCCTTAGTAACTGCCAGGGAAAAAGGAGATCCCTTCACTTCACTTCATT
TCAGTTAACTGGGACTCCTCAGCCATTATAAATTTGCTCAGAAGAATTCACATGCTTCAAGTTCCACTTTTAACTCATTCATTACTTGCATATATCTAGGAATTACAATGTGAAAGCTGATATCCTCTCCAATTGAAGAAACTGGCAGAAGAACGGTGGAGAGAGCAAGAAAGTAGATTGCAGATGGAACGGTAGTATGA
GAAATCAATGGGACAATATCAGACTGTTTACAAAGGAAGGAACTCAAGGAGCCCTTCTCATGAAGGAATACACGTCAAGCATTGTCGAGAAAGAGATAACAGGAGGCCGTGATGAGGAATCAAAGTTGCAAAAACCAGGCCTTTTTGACATGGGGACTTCGTGGAGGCAACAGAAGAATTTGCACAGCGTCAAGCTGAAA
AGAAGCAATGATGAGATTGGGTATATCAAGCGATGGAAGGATGATGAAACAAAGACCACTAAAAAGCTGAGGCAGGAAGATGGGGGTAAAGTGGATGACAAAGTGAGGCCTATTAGTAATCACGAAGCAGAAGGGTTTCAATGCAGGCGGAGGAACGGGCGAGGGTGGAGGTGTTCTCAGCGAATTCTTGTAGGGTATTC
TCTGTGCGAACACCATCTGGCTAAGGACAGGCTTAAGAGTAAAAGTAGCAATAATTATAACAACGCTAATACAGTTACCTTGAATAACAAGGCTGGTACCTGCAAACTCAAAGAGTTGCGTCTCATAGATGCTTCTTGATCTTGATCTTATAGACGATTCTTGATCTTAATCCTGAATTATTAATCTTCTTGATCTTATA
AACGCTTCTTGATCTTGATCTTGTAATATGCAGCTAATGACAAACCCATGAATGAAATTATAAAAGTTGTAATCTTGATTTTGTAATATGCAGCCAGCTAATGACAAAGCCATGAATGAAATTATAAAGGTTGTAGTGTTGAATTAGTTAAGTGGTATGATATAGTAAGCTGTCAGAATACAAAGTGACGATTTGTATTT
ACAATTCGAATTCATGACAAATGTACTATATTGTACACTCTGCCCGTTGAGCTTCCTGTGCGTGAACCGTTGAACTGCCTGTGCGTGAGCTGTTGAGCTCATTGTTATTAACGATAAGTATAGGAATTGAAACCTCGATCCTTGCATCTAGATTCACCGGTGATGGTTCATTAAAGTACATTGTGCAATTATACGTGTCA
TGGCTTATAAGTATCTTGCATATGC
>TRINITY_DN40943_c0_g2_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCAAGAAGCAGATTAAAATAGTACCGATTCATCGGGATATCAATAAGCAGCACATATTAATATAATTATATTCATATCCCGTATCCTGAGAATTCAATCAAGCAAATGGATTGGGAAAGGTTATATAGAAATTTTATTTACTTCAACGGTGCTCGATTTTTTTGTGGAGATACCATTTTCATAATGATGGGGCTGTCAGT
TATGTGACTTTCTTTTCTACTGGTGTTCTTTTGGTTAACGCGGAGCCACATTTTGTTCAAGTTGGTCTCTCTGTGGAGCTGGAGTTTATTTACTAATTGAACAGGGATTACACTATGAATTGAGTATGGGTGAACTTCTTGTTTGTTGGGAGCCTTAGTAACTGCCAGGGAAAAAGGAGATCCCTTCACTTCACTTCATT
TCAGTTAACTGGGACTCCTCAGCCATTATAAATTTGCTCAGAAGAATTCACATGCTTCAAGTTCCACTTTTAACTCATTCATTACTTGCATATATCTAGGAATTACAATGTGAAAGCTGATATCCTCTCCAATTGAAGAAACTGGCAGAAGgttgggctcatcttagtggtgatcaagaccataatcttattgaagacat
tcagcttcgattttattgataggcatttagtagatattttggagaattcagggactttggtatcaccagatattagatgaggtttaacttgttcgtttagaattattctgccttgaaagatgtcgaaatacctgtaattgacagtaaattaatgaggtttaacttgttcttttagattttagaattattctgcctcgaca
aaaatacttgtaattgacagtaaatttgcatgattgtaacttctttgattcagataatgtttgattcagataatgaatagcaagaagtttttttcttttggaaaaaaaatggattgggaaaggaatgatgctacctgagcaccttataaacatggaagaacagctgtggtcgcaaaagggttttgaggcaaaccaaaatg
taatcccctttaagaataggttaaatctgttttattgtctaatctcaagctgcactaaaatcttgttttgggtttcgtctcgttttgcgcagAACGGTGGAGAGAGCAAGAAAGTAGATTGCAGATGGAACGGTAGTATGAGAAATCAATGGGACAATATCAGACTGTTTACAAAGGAAGGAACTCAAGGAGCCCTTCTC
ATGAAGGAATACACGTCAAGCATTGTCGAGAAAGAGATAACAGGAGGCCGTGATGAGGAATCAAAGTTGCAAAAACCAGGCCTTTTTGACATGGGGACTTCGTGGAGGCAACAGAAGAATTTGCACAGCGTCAAGCTGAAAAGAAGCAATGATGAGATTGGGTATATCAAGCGATGGAAGGATGATGAAACAAAGACCAC
TAAAAAGCTGAGGCAGGAAGATGGGGGTAAAGTGGATGACAAAGTGAGGCCTATTAGTAATCACGAAGCAGAAGGGTTTCAATGCAGGCGGAGGAACGGGCGAGGGTGGAGGTGTTCTCAGCGAATTCTTGTAGGGTATTCTCTGTGCGAACACCATCTGGCTAAGGACAGGCTTAAGAGTAAAAGTAGCAATAATTATA
ACAACGCTAATACAGTTACCTTGAATAACAAGGCTGGTACCTGCAAACTCAAAGAGTTGCGTCTCATAGATGCTTCTTGATCTTGATCTTATAGACGATTCTTGATCTTAATCCTGAATTATTAATCTTCTTGATCTTATAAACGCTTCTTGATCTTGATCTTGTAATATGCAGCTAATGACAAACCCATGAATGAAATT
ATAAAAGTTGTAATCTTGATTTTGTAATATGCAGCCAGCTAATGACAAAGCCATGAATGAAATTATAAAGGTTGTAGTGTTGAATTAGTTAAGTGGTATGATATAGTAAGCTGTCAGAATACAAAGTGACGATTTGTATTTACAATTCGAATTCATGACAAATGTACTATATTGTACACTCTGCCCGTTGAGCTTCCTGT
GCGTGAACCGTTGAACTGCCTGTGCGTGAGCTGTTGAGCTCATTGTTATTAACGATAAGTATAGGAATTGAAACCTCGATCCTTGCATCTAGATTCACCGGTGATGGTTCATTAAAGTACATTGTGCAATTATACGTGTCATGGCTTATAAGTATCTTGCATATGC
Intron 3 GTAATCCCCT ... TTTTGCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 15 | 0 | 15 |
| A2 | 50 | 4 | 0 | 4 |
| A3 | 46.67 | 16 | 0 | 14 |
| A4 | 46.94 | 26 | 0 | 23 |
| A5 | 100 | 0 | 4 | 4 |
| A6 | 53.85 | 12 | 1 | 14 |
| A7 | 43.88 | 55 | 8 | 43 |
| A8 | 44.78 | 37 | 5 | 30 |
| A9 | 43.96 | 51 | 11 | 40 |
| A10 | 42.99 | 61 | 6 | 46 |
>TRINITY_DN40943_c0_g2_i2 from sample A9 / Example spliced isoformGCAAGAAGCAGATTAAAATAGTACCGATTCATCGGGATATCAATAAGCAGCACATATTAATATAATTATATTCATATCCCGTATCCTGAGAATTCAATCAAGCAAATGGATTGGGAAAGGTTATATAGAAATTTTATTTACTTCAACGGTGCTCGATTTTTTTGTGGAGATACCATTTTCATAATGATGGGGCTGTCAGT
TATGTGACTTTCTTTTCTACTGGTGTTCTTTTGGTTAACGCGGAGCCACATTTTGTTCAAGTTGGTCTCTCTGTGGAGCTGGAGTTTATTTACTAATTGAACAGGGATTACACTATGAATTGAGTATGGGTGAACTTCTTGTTTGTTGGGAGCCTTAGTAACTGCCAGGGAAAAAGGAGATCCCTTCACTTCACTTCATT
TCAGTTAACTGGGACTCCTCAGCCATTATAAATTTGCTCAGAAGAATTCACATGCTTCAAGTTCCACTTTTAACTCATTCATTACTTGCATATATCTAGGAATTACAATGTGAAAGCTGATATCCTCTCCAATTGAAGAAACTGGCAGAAGATAATGTTTGATTCAGATAATGAATAGCAAGAAGTTTTTTTCTTTTGGA
AAAAAAATGGATTGGGAAAGGAATGATGCTACCTGAGCACCTTATAAACATGGAAGAACAGCTGTGGTCGCAAAAGGGTTTTGAGGCAAACCAAAATAACGGTGGAGAGAGCAAGAAAGTAGATTGCAGATGGAACGGTAGTATGAGAAATCAATGGGACAATATCAGACTGTTTACAAAGGAAGGAACTCAAGGAGCCC
TTCTCATGAAGGAATACACGTCAAGCATTGTCGAGAAAGAGATAACAGGAGGCCGTGATGAGGAATCAAAGTTGCAAAAACCAGGCCTTTTTGACATGGGGACTTCGTGGAGGCAACAGAAGAATTTGCACAGCGTCAAGCTGAAAAGAAGCAATGATGAGATTGGGTATATCAAGCGATGGAAGGATGATGAAACAAAG
ACCACTAAAAAGCTGAGGCAGGAAGATGGGGGTAAAGTGGATGACAAAGTGAGGCCTATTAGTAATCACGAAGCAGAAGGGTTTCAATGCAGGCGGAGGAACGGGCGAGGGTGGAGGTGTTCTCAGCGAATTCTTGTAGGGTATTCTCTGTGCGAACACCATCTGGCTAAGGACAGGCTTAAGAGTAAAAGTAGCAATAA
TTATAACAACGCTAATACAGTTACCTTGAATAACAAGGCTGGTACCTGCAAACTCAAAGAGTTGCGTCTCATAGATGCTTCTTGATCTTGATCTTATAGACGATTCTTGATCTTAATCCTGAATTATTAATCTTCTTGATCTTATAAACGCTTCTTGATCTTGATCTTGTAATATGCAGCTAATGACAAACCCATGAATG
AAATTATAAAAGTTGTAATCTTGATTTTGTAATATGCAGCCAGCTAATGACAAAGCCATGAATGAAATTATAAAGGTTGTAGTGTTGAATTAGTTAAGTGGTATGATATAGTAAGCTGTCAGAATACAAAGTGACGATTTGTATTTACAATTCGAATTCATGACAAATGTACTATATTGTACACTCTGCCCGTTGAGCTT
CCTGTGCGTGAACCGTTGAACTGCCTGTGCGTGAGCTGTTGAGCTCATTGTTATTAACGATAAGTATAGGAATTGAAACCTCGATCCTTGCATCTAGATTCACCGGTGATGGTTCATTAAAGTACATTGTGCAATTATACGTGTCATGGCTTATAAGTATCTTGCATATGC
>TRINITY_DN40943_c0_g2_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCAAGAAGCAGATTAAAATAGTACCGATTCATCGGGATATCAATAAGCAGCACATATTAATATAATTATATTCATATCCCGTATCCTGAGAATTCAATCAAGCAAATGGATTGGGAAAGGTTATATAGAAATTTTATTTACTTCAACGGTGCTCGATTTTTTTGTGGAGATACCATTTTCATAATGATGGGGCTGTCAGT
TATGTGACTTTCTTTTCTACTGGTGTTCTTTTGGTTAACGCGGAGCCACATTTTGTTCAAGTTGGTCTCTCTGTGGAGCTGGAGTTTATTTACTAATTGAACAGGGATTACACTATGAATTGAGTATGGGTGAACTTCTTGTTTGTTGGGAGCCTTAGTAACTGCCAGGGAAAAAGGAGATCCCTTCACTTCACTTCATT
TCAGTTAACTGGGACTCCTCAGCCATTATAAATTTGCTCAGAAGAATTCACATGCTTCAAGTTCCACTTTTAACTCATTCATTACTTGCATATATCTAGGAATTACAATGTGAAAGCTGATATCCTCTCCAATTGAAGAAACTGGCAGAAGGTTGGGCTCATCTTAGTGGTGATCAAGACCATAATCTTATTGAAGACAT
TCAGCTTCGATTTTATTGATAGGCATTTAGTAGATATTTTGGAGAATTCAGGGACTTTGGTATCACCAGATATTAGATGAGGTTTAACTTGTTCGTTTAGAATTATTCTGCCTTGAAAGATGTCGAAATACCTGTAATTGACAGTAAATTAATGAGGTTTAACTTGTTCTTTTAGATTTTAGAATTATTCTGCCTCGACA
AAAATACTTGTAATTGACAGTAAATTTGCATGATTGTAACTTCTTTGATTCAGATAATGTTTGATTCAGATAATGAATAGCAAGAAGTTTTTTTCTTTTGGAAAAAAAATGGATTGGGAAAGGAATGATGCTACCTGAGCACCTTATAAACATGGAAGAACAGCTGTGGTCGCAAAAGGGTTTTGAGGCAAACCAAAATg
taatcccctttaagaataggttaaatctgttttattgtctaatctcaagctgcactaaaatcttgttttgggtttcgtctcgttttgcgcagAACGGTGGAGAGAGCAAGAAAGTAGATTGCAGATGGAACGGTAGTATGAGAAATCAATGGGACAATATCAGACTGTTTACAAAGGAAGGAACTCAAGGAGCCCTTCTC
ATGAAGGAATACACGTCAAGCATTGTCGAGAAAGAGATAACAGGAGGCCGTGATGAGGAATCAAAGTTGCAAAAACCAGGCCTTTTTGACATGGGGACTTCGTGGAGGCAACAGAAGAATTTGCACAGCGTCAAGCTGAAAAGAAGCAATGATGAGATTGGGTATATCAAGCGATGGAAGGATGATGAAACAAAGACCAC
TAAAAAGCTGAGGCAGGAAGATGGGGGTAAAGTGGATGACAAAGTGAGGCCTATTAGTAATCACGAAGCAGAAGGGTTTCAATGCAGGCGGAGGAACGGGCGAGGGTGGAGGTGTTCTCAGCGAATTCTTGTAGGGTATTCTCTGTGCGAACACCATCTGGCTAAGGACAGGCTTAAGAGTAAAAGTAGCAATAATTATA
ACAACGCTAATACAGTTACCTTGAATAACAAGGCTGGTACCTGCAAACTCAAAGAGTTGCGTCTCATAGATGCTTCTTGATCTTGATCTTATAGACGATTCTTGATCTTAATCCTGAATTATTAATCTTCTTGATCTTATAAACGCTTCTTGATCTTGATCTTGTAATATGCAGCTAATGACAAACCCATGAATGAAATT
ATAAAAGTTGTAATCTTGATTTTGTAATATGCAGCCAGCTAATGACAAAGCCATGAATGAAATTATAAAGGTTGTAGTGTTGAATTAGTTAAGTGGTATGATATAGTAAGCTGTCAGAATACAAAGTGACGATTTGTATTTACAATTCGAATTCATGACAAATGTACTATATTGTACACTCTGCCCGTTGAGCTTCCTGT
GCGTGAACCGTTGAACTGCCTGTGCGTGAGCTGTTGAGCTCATTGTTATTAACGATAAGTATAGGAATTGAAACCTCGATCCTTGCATCTAGATTCACCGGTGATGGTTCATTAAAGTACATTGTGCAATTATACGTGTCATGGCTTATAAGTATCTTGCATATGC
Intron 4 GTTGGGCTCA ... TTTGATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 100 | 0 | 2 | 0 |
| A2 | 52.38 | 5 | 7 | 4 |
| A3 | 33.33 | 2 | 1 | 1 |
| A4 | 50 | 2 | 4 | 0 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 11.11 | 4 | 1 | 0 |
| A7 | 27.78 | 13 | 3 | 7 |
| A8 | 66.67 | 2 | 4 | 4 |
| A9 | 33.33 | 18 | 12 | 6 |
| A10 | 27.27 | 8 | 4 | 2 |
>TRINITY_DN40943_c0_g2_i2 from sample A9 / Example spliced isoformGCAAGAAGCAGATTAAAATAGTACCGATTCATCGGGATATCAATAAGCAGCACATATTAATATAATTATATTCATATCCCGTATCCTGAGAATTCAATCAAGCAAATGGATTGGGAAAGGTTATATAGAAATTTTATTTACTTCAACGGTGCTCGATTTTTTTGTGGAGATACCATTTTCATAATGATGGGGCTGTCAGT
TATGTGACTTTCTTTTCTACTGGTGTTCTTTTGGTTAACGCGGAGCCACATTTTGTTCAAGTTGGTCTCTCTGTGGAGCTGGAGTTTATTTACTAATTGAACAGGGATTACACTATGAATTGAGTATGGGTGAACTTCTTGTTTGTTGGGAGCCTTAGTAACTGCCAGGGAAAAAGGAGATCCCTTCACTTCACTTCATT
TCAGTTAACTGGGACTCCTCAGCCATTATAAATTTGCTCAGAAGAATTCACATGCTTCAAGTTCCACTTTTAACTCATTCATTACTTGCATATATCTAGGAATTACAATGTGAAAGCTGATATCCTCTCCAATTGAAGAAACTGGCAGAAGATAATGTTTGATTCAGATAATGAATAGCAAGAAGTTTTTTTCTTTTGGA
AAAAAAATGGATTGGGAAAGGAATGATGCTACCTGAGCACCTTATAAACATGGAAGAACAGCTGTGGTCGCAAAAGGGTTTTGAGGCAAACCAAAATAACGGTGGAGAGAGCAAGAAAGTAGATTGCAGATGGAACGGTAGTATGAGAAATCAATGGGACAATATCAGACTGTTTACAAAGGAAGGAACTCAAGGAGCCC
TTCTCATGAAGGAATACACGTCAAGCATTGTCGAGAAAGAGATAACAGGAGGCCGTGATGAGGAATCAAAGTTGCAAAAACCAGGCCTTTTTGACATGGGGACTTCGTGGAGGCAACAGAAGAATTTGCACAGCGTCAAGCTGAAAAGAAGCAATGATGAGATTGGGTATATCAAGCGATGGAAGGATGATGAAACAAAG
ACCACTAAAAAGCTGAGGCAGGAAGATGGGGGTAAAGTGGATGACAAAGTGAGGCCTATTAGTAATCACGAAGCAGAAGGGTTTCAATGCAGGCGGAGGAACGGGCGAGGGTGGAGGTGTTCTCAGCGAATTCTTGTAGGGTATTCTCTGTGCGAACACCATCTGGCTAAGGACAGGCTTAAGAGTAAAAGTAGCAATAA
TTATAACAACGCTAATACAGTTACCTTGAATAACAAGGCTGGTACCTGCAAACTCAAAGAGTTGCGTCTCATAGATGCTTCTTGATCTTGATCTTATAGACGATTCTTGATCTTAATCCTGAATTATTAATCTTCTTGATCTTATAAACGCTTCTTGATCTTGATCTTGTAATATGCAGCTAATGACAAACCCATGAATG
AAATTATAAAAGTTGTAATCTTGATTTTGTAATATGCAGCCAGCTAATGACAAAGCCATGAATGAAATTATAAAGGTTGTAGTGTTGAATTAGTTAAGTGGTATGATATAGTAAGCTGTCAGAATACAAAGTGACGATTTGTATTTACAATTCGAATTCATGACAAATGTACTATATTGTACACTCTGCCCGTTGAGCTT
CCTGTGCGTGAACCGTTGAACTGCCTGTGCGTGAGCTGTTGAGCTCATTGTTATTAACGATAAGTATAGGAATTGAAACCTCGATCCTTGCATCTAGATTCACCGGTGATGGTTCATTAAAGTACATTGTGCAATTATACGTGTCATGGCTTATAAGTATCTTGCATATGC
>TRINITY_DN40943_c0_g2_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCAAGAAGCAGATTAAAATAGTACCGATTCATCGGGATATCAATAAGCAGCACATATTAATATAATTATATTCATATCCCGTATCCTGAGAATTCAATCAAGCAAATGGATTGGGAAAGGTTATATAGAAATTTTATTTACTTCAACGGTGCTCGATTTTTTTGTGGAGATACCATTTTCATAATGATGGGGCTGTCAGT
TATGTGACTTTCTTTTCTACTGGTGTTCTTTTGGTTAACGCGGAGCCACATTTTGTTCAAGTTGGTCTCTCTGTGGAGCTGGAGTTTATTTACTAATTGAACAGGGATTACACTATGAATTGAGTATGGGTGAACTTCTTGTTTGTTGGGAGCCTTAGTAACTGCCAGGGAAAAAGGAGATCCCTTCACTTCACTTCATT
TCAGTTAACTGGGACTCCTCAGCCATTATAAATTTGCTCAGAAGAATTCACATGCTTCAAGTTCCACTTTTAACTCATTCATTACTTGCATATATCTAGGAATTACAATGTGAAAGCTGATATCCTCTCCAATTGAAGAAACTGGCAGAAGgttgggctcatcttagtggtgatcaagaccataatcttattgaagacat
tcagcttcgattttattgataggcatttagtagatattttggagaattcagggactttggtatcaccagatattagatgaggtttaacttgttcgtttagaattattctgccttgaaagatgtcgaaatacctgtaattgacagtaaattaatgaggtttaacttgttcttttagattttagaattattctgcctcgaca
aaaatacttgtaattgacagtaaatttgcatgattgtaacttctttgattcagATAATGTTTGATTCAGATAATGAATAGCAAGAAGTTTTTTTCTTTTGGAAAAAAAATGGATTGGGAAAGGAATGATGCTACCTGAGCACCTTATAAACATGGAAGAACAGCTGTGGTCGCAAAAGGGTTTTGAGGCAAACCAAAATG
TAATCCCCTTTAAGAATAGGTTAAATCTGTTTTATTGTCTAATCTCAAGCTGCACTAAAATCTTGTTTTGGGTTTCGTCTCGTTTTGCGCAGAACGGTGGAGAGAGCAAGAAAGTAGATTGCAGATGGAACGGTAGTATGAGAAATCAATGGGACAATATCAGACTGTTTACAAAGGAAGGAACTCAAGGAGCCCTTCTC
ATGAAGGAATACACGTCAAGCATTGTCGAGAAAGAGATAACAGGAGGCCGTGATGAGGAATCAAAGTTGCAAAAACCAGGCCTTTTTGACATGGGGACTTCGTGGAGGCAACAGAAGAATTTGCACAGCGTCAAGCTGAAAAGAAGCAATGATGAGATTGGGTATATCAAGCGATGGAAGGATGATGAAACAAAGACCAC
TAAAAAGCTGAGGCAGGAAGATGGGGGTAAAGTGGATGACAAAGTGAGGCCTATTAGTAATCACGAAGCAGAAGGGTTTCAATGCAGGCGGAGGAACGGGCGAGGGTGGAGGTGTTCTCAGCGAATTCTTGTAGGGTATTCTCTGTGCGAACACCATCTGGCTAAGGACAGGCTTAAGAGTAAAAGTAGCAATAATTATA
ACAACGCTAATACAGTTACCTTGAATAACAAGGCTGGTACCTGCAAACTCAAAGAGTTGCGTCTCATAGATGCTTCTTGATCTTGATCTTATAGACGATTCTTGATCTTAATCCTGAATTATTAATCTTCTTGATCTTATAAACGCTTCTTGATCTTGATCTTGTAATATGCAGCTAATGACAAACCCATGAATGAAATT
ATAAAAGTTGTAATCTTGATTTTGTAATATGCAGCCAGCTAATGACAAAGCCATGAATGAAATTATAAAGGTTGTAGTGTTGAATTAGTTAAGTGGTATGATATAGTAAGCTGTCAGAATACAAAGTGACGATTTGTATTTACAATTCGAATTCATGACAAATGTACTATATTGTACACTCTGCCCGTTGAGCTTCCTGT
GCGTGAACCGTTGAACTGCCTGTGCGTGAGCTGTTGAGCTCATTGTTATTAACGATAAGTATAGGAATTGAAACCTCGATCCTTGCATCTAGATTCACCGGTGATGGTTCATTAAAGTACATTGTGCAATTATACGTGTCATGGCTTATAAGTATCTTGCATATGC