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TTCAAGGTGGTGGCTCAAGCAGAGCCTTGCTCATCTCGAATCTTTATTGAGGAGCCTCGGTGCCCCTTTGATTACCAAGAGATCTACAAATAGTCTCTCTGCTATTCTCCAAGTTATTCAAGCCACTGGAGCCACGAAGCTATTCTACAATCATCTCTATGATCCTTTGTCACTTGTTCGTGATCACAAGTTGAAGCAGG
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TCAGATGATCTAAACCTGGAGGATGAATCTGAAAAGGCCAGCAATGCACTTTTGGCAAGGGCATGGTCACCTGGTTGGAGCAGTGCTGACAAGGCTCTAACTGCATTTATCAATGGACCTTTGATTGAATATGCAATAAACCGTCAGAAAGCAGATAGTGCAACAACTTCTTTGCTGTCACCTCATCTGCATTTTGGGGA
GTTGAGTGTTAAAAAGGTTTTCCACCTTCTTCGCATCAGACAAGTTTCGTGGGCTAATGAGGGAAATACTTCAGGAGAACAGAGTGTGAATCTGTTTCTGAAGTCAATTGGTCTCCGGGAATATTCAAGATATTTGAGTTTCAATTTTCCTTGCAGCCATGAGAGGCCACTTCTTTCACATCTTAATTATTTCCCATGGA
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GATCTAGAGTGTGATGCTCTTGGATGGCAGTACATTTCTGGCTGCTTACCAGATGGCCGCGAGATGGATCGAATAGATAATCCTCAGTTTGAAGGCTACAAATTTGATCCAGTGGGAGAATATGTCCGGCGCTGGCTTCCAGAGTTGGCTAGATTGCCCACAGAGTGGATACATCATCCATGGGATGCACCACAAGCTGT
TCTTCAGGCTGCTGGAGTTGAGCTGGGTTCCAACTATCCACTACCCATTGTAGAGATATCGGCAGCTAAAGAACGGTTGCAAGAAGCCCTTCAAGAAATGTGGCAACGTGAAGCAGCTGCTAGAGCTTCTTTGGAAAATGGCACAGAAGAAGGTTTGGGAGAATCATTGGAAAATGGCAATGCTTCATATATGGATGTTG
ACAGAGAGCCAGTTAGAAACAACACAGATTTTGCAGCAAGGTCACATGAGGACCAACTGGTGCCAAGTATAAGCAATGCGGTGCAAAGGGAAAATGTAACTTATACTCTGAGTCAGGCTGCATCTTTTGCCCCATCCGAACAAGCAGAAGTACCTTTTAATACAGATTCAGGAACAGCTTCTGCAGCCTCATCTCGACAA
TTTTTAGGGCGGTCCACTTGGTCCATGACAAGGGGTTTAATTGAAGATTTACCAAATGCGAATAGTGATTTTCCCCAAATACAAGTCCTAGATGAACAGAATGAATCTTATTCAACCGCAGATTCTTCTAGCAGCTTGAGAAGGCGAGATGATGTGAGTAGTGGAGGCATTGTACCAGTTTGGTCACAGTCTTTATCAGG
ACATTCACAGCAGTTCCCAGAGGAAGGAACTGTCCCTGGAACTGCTGAATCTAGTCTTCAACAACAATTACACAACCATTCAATGGGAACCTGGAGACATGGGCATAATCAAGGAAGGCTCACAATCATGCTAGACCAAGGAGCTAGGAGCTAGGAGCTAGAGAATGTCTGCAGTGTAAAGATATGTTGAAAGCTACAAC
CCCTGTAGGAGTTGAATGAAGTACGGGACTCTTATCGGTGAGAGACTTAGATTCAAGAGTGTTTTTAGTAACTCTAATCAAATAAGACATTCATGTACCCACAATGCTTTGGATTATCATACGTAGTGGATCAAATCCTATGTTGTAATGGCCAAGGATAATAGCTTATACTCTTGTTTGTTTAATCCCTATACTCAAAT
AAATAAGAATTTGCATGCTCATTAGGA


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AAAATACTACCAAATAGTTGCCATAAAAATACATTTATATAAAAGAAAAAATGCATTTATCGTGGATAATACGCACCTCTATCCACAAGTAACCATTGACTGCAATATTACAGGAGCCCACATGTTCCTGTGACCTTTTGCACGAACCTGTCCACCCAAAGAGCCCTCCTAAGGTTAATGGAAGGAGAGCCTAATTGAAG
AGAGCGACGATCATTAAGAGTCCCCAAGTGAAATTGAGTGGTTGAAGAGGAAATATGTCAGATTGTAGTATAGTATGGTTTAGAAGAGATCTCAGAGTGGAGGACAATCCAGCCCTTGCAGCTGGAGTGAGAGCAGGGGCAGTGATAGTAGTTTATATTTGGTCTCCAGAGGAAGAGGGCCAGTATTACCCTGGTAGAGT
TTCAAGGTGGTGGCTCAAGCAGAGCCTTGCTCATCTCGAATCTTTATTGAGGAGCCTCGGTGCCCCTTTGATTACCAAGAGATCTACAAATAGTCTCTCTGCTATTCTCCAAGTTATTCAAGCCACTGGAGCCACGAAGCTATTCTACAATCATCTCTATGATCCTTTGTCACTTGTTCGTGATCACAAGTTGAAGCAGG
ATCTCTCTTCTCGAGGCATACTGGTGAGATCATTCAATTCAGATTTACTCTATGAGCCCTGGGAGGTCAATGATGAGGAAGGACATGCATTTTCTACCTTTCAAGCTTATTGGAATAAGTGCCTTAATATGCCATATGATCCGTTGGCTCCCCTTCTTCCTCCCAAAAGGATTGTTGCAGGTGACGTGTCTAACTGCCCA
TCAGATGATCTAAACCTGGAGGATGAATCTGAAAAGGCCAGCAATGCACTTTTGGCAAGGGCATGGTCACCTGGTTGGAGCAGTGCTGACAAGGCTCTAACTGCATTTATCAATGGACCTTTGATTGAATATGCAATAAACCGTCAGAAAGCAGATAGTGCAACAACTTCTTTGCTGTCACCTCATCTGCATTTTGGGGA
GTTGAGTGTTAAAAAGGTTTTCCACCTTCTTCGCATCAGACAAGTTTCGTGGGCTAATGAGGGAAATACTTCAGGAGAACAGAGTGTGAATCTGTTTCTGAAGTCAATTGGTCTCCGGGAATATTCAAGATATTTGAGTTTCAATTTTCCTTGCAGCCATGAGAGGCCACTTCTTTCACATCTTAATTATTTCCCATGGA
GGGTTGACAGGGATTACTTTAAATCTTGGAGGCAAGGTAGGACTGGCTATCCACTAGTTGATGCCGGAATGCGGGAACTTTGGGCAACAGGATGGTTGCATGATCGAATCCGAGTGGTGGTCTCTAGTTTCTTTGTTAAGGTCCTCCAGCTTCCGTGGAGATGGGGTATGAAGTATTTCTGGGACACGCTGTTGGATGCT
GATCTAGAGTGTGATGCTCTTGGATGGCAGTACATTTCTGGCTGCTTACCAGATGGCCGCGAGATGGATCGAATAGATAATCCTCAGTTTGAAGGCTACAAATTTGATCCAGTGGGAGAATATGTCCGGCGCTGGCTTCCAGAGTTGGCTAGATTGCCCACAGAGTGGATACATCATCCATGGGATGCACCACAAGCTGT
TCTTCAGGCTGCTGGAGTTGAGCTGGGTTCCAACTATCCACTACCCATTGTAGAGATATCGGCAGCTAAAGAACGGTTGCAAGAAGCCCTTCAAGAAATGTGGCAACGTGAAGCAGCTGCTAGAGCTTCTTTGGAAAATGGCACAGAAGAAGGTTTGGGAGAATCATTGGAAAATGGCAATGCTTCATATATGGATGTTG
ACAGAGAGCCAGTTAGAAACAACACAGATTTTGCAGCAAGGTCACATGAGGACCAACTGGTGCCAAGTATAAGCAATGCGGTGCAAAGGGAAAATGTAACTTATACTCTGAGTCAGGCTGCATCTTTTGCCCCATCCGAACAAGCAGAAGTACCTTTTAATACAGATTCAGGAACAGCTTCTGCAGCCTCATCTCGACAA
TTTTTAGGGCGGTCCACTTGGTCCATGACAAGGGGTTTAATTGAAGATTTACCAAATGCGAATAGTGATTTTCCCCAAATACAAGTCCTAGATGAACAGAATGAATCTTATTCAACCGCAGATTCTTCTAGCAGCTTGAGAAGGCGAGATGATGTGAGTAGTGGAGGCATTGTACCAGTTTGGTCACAGTCTTTATCAGG
ACATTCACAGCAGTTCCCAGAGGAAGGAACTGTCCCTGGAACTGCTGAATCTAGTCTTCAACAACAATTACACAACCATTCAATGGGAACCTGGAGACATGGGCATAATCAAGGAAGGCTCACAATCATGCTAGACCAAGGAGCTAGGAGCTAGGAGCTAGAGAATgtagtacagtcaaatgctgtagtgtagttttgta
ttcttgtcaagaactgccatggatgttgaaatcccctatgcttgaattgctagaaacataag
GTCTGCAGTGTAAAGGTATTAGTATTGTTTCAAGAGGGGAGGAAATACCAACAAAGCTTGCAGTCTAGTTTGTCTTCGTATATTGAGGAGTTTTAAGCCTTATACAAGCACAGTGTATACTTATCTACGTATTCCAGA
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TCGAGTTGCATAGACATTCCCTCTGAATTTACATGCCTTTCTTCTAAAAGATTTGCTGAAGTTTTGTTTTCATTTGAATATATTGAATTTGTTTACTTTGGTTGCCCCGTTTTCTGTAATTCTCATTTGCCACTTCGTGCAACTGAAATATGTAAAGTGTCCTATATCAATTTCTATATTTTTCACTCCGATTTTCTTTC
TTTGTTTCAGTGTGAGAATAACAATTCTGTCAGTTTTTCTATTGAGAAAGATGCATCGATGTCAGAAATGTGTCAGATTGTTCTAGTTCACTGAAATGCCATGTAGGGAAGTTCTAAGAAG




Intron 2 GTGTTTATAT ... TCCTTTGCAG

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CCACAAGTAACCATTGACTGCAATATTACAGGAGCCCACATGTTCCTGTGACCTTTTGCACGAACCTGTCCACCCAAAGAGCCCTCCTAAGGTTAATGGAAGGAGAGCCTAATTGAAGAGAGCGACGATCATTAAGAGTCCCCAAGTGAAATTGAGTGGTTGAAGAGGAAATATGTCAGATTGTAGTATAGTATGGTTTA
GAAGAGATCTCAGAGTGGAGGACAATCCAGCCCTTGCAGCTGGAGTGAGAGCAGGGGCAGTGATAGTAGTTTATATTTGGTCTCCAGAGGAAGAGGGCCAGTATTACCCTGGTAGAGTTTCAAGGTGGTGGCTCAAGCAGAGCCTTGCTCATCTCGAATCTTTATTGAGGAGCCTCGGTGCCCCTTTGATTACCAAGAGA
TCTACAAATAGTCTCTCTGCTATTCTCCAAGTTATTCAAGCCACTGGAGCCACGAAGCTATTCTACAATCATCTCTATGATCCTTTGTCACTTGTTCGTGATCACAAGTTGAAGCAGGATCTCTCTTCTCGAGGCATACTGGTGAGATCATTCAATTCAGATTTACTCTATGAGCCCTGGGAGGTCAATGATGAGGAAGG
ACATGCATTTTCTACCTTTCAAGCTTATTGGAATAAGTGCCTTAATATGCCATATGATCCGTTGGCTCCCCTTCTTCCTCCCAAAAGGATTGTTGCAGGTGACGTGTCTAACTGCCCATCAGATGATCTAAACCTGGAGGATGAATCTGAAAAGGCCAGCAATGCACTTTTGGCAAGGGCATGGTCACCTGGTTGGAGCA
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AGTGTGAATCTGTTTCTGAAGTCAATTGGTCTCCGGGAATATTCAAGATATTTGAGTTTCAATTTTCCTTGCAGCCATGAGAGGCCACTTCTTTCACATCTTAATTATTTCCCATGGAGGGTTGACAGGGATTACTTTAAATCTTGGAGGCAAGGTAGGACTGGCTATCCACTAGTTGATGCCGGAATGCGGGAACTTTG
GGCAACAGGATGGTTGCATGATCGAATCCGAGTGGTGGTCTCTAGTTTCTTTGTTAAGGTCCTCCAGCTTCCGTGGAGATGGGGTATGAAGTATTTCTGGGACACGCTGTTGGATGCTGATCTAGAGTGTGATGCTCTTGGATGGCAGTACATTTCTGGCTGCTTACCAGATGGCCGCGAGATGGATCGAATAGATAATC
CTCAGTTTGAAGGCTACAAATTTGATCCAGTGGGAGAATATGTCCGGCGCTGGCTTCCAGAGTTGGCTAGATTGCCCACAGAGTGGATACATCATCCATGGGATGCACCACAAGCTGTTCTTCAGGCTGCTGGAGTTGAGCTGGGTTCCAACTATCCACTACCCATTGTAGAGATATCGGCAGCTAAAGAACGGTTGCAA
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AAGTCCTAGATGAACAGAATGAATCTTATTCAACCGCAGATTCTTCTAGCAGCTTGAGAAGGCGAGATGATGTGAGTAGTGGAGGCATTGTACCAGTTTGGTCACAGTCTTTATCAGGACATTCACAGCAGTTCCCAGAGGAAGGAACTGTCCCTGGAACTGCTGAATCTAGTCTTCAACAACAATTACACAACCATTCA
ATGGGAACCTGGAGACATGGGCATAATCAAGGAAGGCTCACAATCATGCTAGACCAAGGAGCTAGGAGCTAGGAGCTAGAGAATGTAGTACAGTCAAATGCTGTAGTGTAGTTTTGTATTCTTGTCAAGAACTGCCATGGATGTTGAAATCCCCTATGCTTGAATTGCTAGAAACATAAGGTCTGCAGTGTAAAGGTATT
AGTATTGTTTCAAGAGGGGAGGAAATACCAACAAAGCTTGCAGTCTAGTTTGTCTTCGTATATTGAGGAGTTTTAAGCCTTATACAAGCACAGTGTATACTTATCTACGTATTCCAGACTCTAAATGTTGGTTTAGTCACAAAAAAACTTCTCCGGGACGAAGACTGCTGTAATATATTATTTTATCATGTATTATTTGT
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>TRINITY_DN39814_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:
CCACAAGTAACCATTGACTGCAATATTACAGGAGCCCACATGTTCCTGTGACCTTTTGCACGAACCTGTCCACCCAAAGAGCCCTCCTAAGGTTAATGGAAGGAGAGCCTAATTGAAGAGAGCGACGATCATTAAGAGTCCCCAAGTGAAATTGAGTGGTTGAAGAGGAAATATGTCAGATTGTAGTATAGTATGGTTTA
GAAGAGATCTCAGAGTGGAGGACAATCCAGCCCTTGCAGCTGGAGTGAGAGCAGGGGCAGTGATAGTAGTTTATATTTGGTCTCCAGAGGAAGAGGGCCAGTATTACCCTGGTAGAGTTTCAAGGTGGTGGCTCAAGCAGAGCCTTGCTCATCTCGAATCTTTATTGAGGAGCCTCGGTGCCCCTTTGATTACCAAGAGA
TCTACAAATAGTCTCTCTGCTATTCTCCAAGTTATTCAAGCCACTGGAGCCACGAAGCTATTCTACAATCATCTCTATGATCCTTTGTCACTTGTTCGTGATCACAAGTTGAAGCAGGATCTCTCTTCTCGAGGCATACTGGTGAGATCATTCAATTCAGATTTACTCTATGAGCCCTGGGAGGTCAATGATGAGGAAGG
ACATGCATTTTCTACCTTTCAAGCTTATTGGAATAAGTGCCTTAATATGCCATATGATCCGTTGGCTCCCCTTCTTCCTCCCAAAAGGATTGTTGCAGGTGACGTGTCTAACTGCCCATCAGATGATCTAAACCTGGAGGATGAATCTGAAAAGGCCAGCAATGCACTTTTGGCAAGGGCATGGTCACCTGGTTGGAGCA
GTGCTGACAAGGCTCTAACTGCATTTATCAATGGACCTTTGATTGAATATGCAATAAACCGTCAGAAAGCAGATAGTGCAACAACTTCTTTGCTGTCACCTCATCTGCATTTTGGGGAGTTGAGTGTTAAAAAGGTTTTCCACCTTCTTCGCATCAGACAAGTTTCGTGGGCTAATGAGGGAAATACTTCAGGAGAACAG
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GGCAACAGGATGGTTGCATGATCGAATCCGAGTGGTGGTCTCTAGTTTCTTTGTTAAGGTCCTCCAGCTTCCGTGGAGATGGGGTATGAAGTATTTCTGGGACACGCTGTTGGATGCTGATCTAGAGTGTGATGCTCTTGGATGGCAGTACATTTCTGGCTGCTTACCAGATGGCCGCGAGATGGATCGAATAGATAATC
CTCAGTTTGAAGGCTACAAATTTGATCCAGTGGGAGAATATGTCCGGCGCTGGCTTCCAGAGTTGGCTAGATTGCCCACAGAGTGGATACATCATCCATGGGATGCACCACAAGCTGTTCTTCAGGCTGCTGGAGTTGAGCTGGGTTCCAACTATCCACTACCCATTGTAGAGATATCGGCAGCTAAAGAACGGTTGCAA
GAAGCCCTTCAAGAAATGTGGCAACGTGAAGCAGCTGCTAGAGCTTCTTTGGAAAATGGCACAGAAGAAGGTTTGGGAGAATCATTGGAAAATGGCAATGCTTCATATATGGATGTTGACAGAGAGCCAGTTAGAAACAACACAGATTTTGCAGCAAGGTCACATGAGGACCAACTGGTGCCAAGTATAAGCAATGCGGT
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ATACAAGCACAGTGTATACTTATCTACGTATTCCAGACTCTAAATGTTGGTTTAGTCACAAAAAAACTTCTCCGGGACGAAGACTGCTGTAATATATTATTTTATCATGTATTATTTGTAAAGTTGTCTATATTAGAATTTTAGCCAATCAACGAAGAAGTTGGTAGATTTTATTTTGAAAAGCTAAGAGTGCAATTTCT
GGTGTGTAATTGTCATTGCAATCAAGTCCCTGTAATGTCGAGTTGCATAGACATTCCCTCTGAATTTACATGCCTTTCTTCTAAAAGATTTGCTGAAGTTTTGTTTTCATTTGAATATATTGAATTTGTTTACTTTGGTTGCCCCGTTTTCTGTAATTCTCATTTGCCACTTCGTGCAACTGAAATATGTAAAGTGTCCT
ATATCA