sp|Q9CA58|PP120_ARATH ----> Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74580

Intron 1 GTGTGATAAA ... TGCTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.9	8	11	15
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A3	44.44	10	7	9
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A8	45.79	29	16	33
A9	41.03	23	8	24
A10	36	24	17	10

>TRINITY_DN44468_c1_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCGGCCAAAAACAAAGGGGAGTTTACTGTTATATATATAAAGAATACCCTTAGCATACAACTCAGTGACACGTCCTGGCAGTTTGATCCTGCCCTGGGTCTTTCCTGTAAACAAATCCCTGAAGCCCATTGCAGTCGATTGTATGTATGAATGAGCATGACGTTAGAAGGTCGATTCCCATCATCCACACTCTCCATGG
CAACCAGTCACTGGCAATCCGGTATGTCTTTTTCTATTCTCTTTTCAACTTTCGACTGTTTCTGTTAATCAGAAGCCATGAGGTCCTCAATTCTCAAGCTTTCAAAAGCTTTAGCCTCCTCAAAATCATTGCCATCGAAGGCTGGCAACTCTCGCCCAGTCGCCACACCCACAGAGTCTCGACCTCACGACCTTCCAATA
CAGAGAAAATATGCGCAAGAAGACAAAATGCCACTAAATATACTAGTAAGGAGCATTGCCTCCATAGTGAAAAGAACGGAACGGTGGGAAAGCTGTGTAAATGAAATATTATCCGCGGCTTCTTCTCAACTCACCCCCAAAATAGCAGTTCAAGTCATTAAACGAATACACAACCGAAAATTATCTCTGAATTTCTTTGA
ATGGTTGGAGCTGAACGAGGGCTTTCAACATGATGCCTATACTTTCTCAGCAATCATTAAAGTATTAACCAAGAACACAGGCAAGAGTGGTTATTACATATATCAGGCAAATGCTATACTGGAGGAAATGATTGGCCGGGGTTTTGATCCTGGGTCCAAAGATTTTGATGGTATCATTAAGGGTTTTGTTCAAGCTGGGA
GAGTGGAGGATGCTCTGCAGTCTCTAGCTCATATGAAATCCCGAGGACTCGTACAGGCGACCTCAACATCCAATGAAGTCCTGGATGCTCTTTGTTATCGGAATAAGGCGGAGGAAGCCTGGGAAATTTTTAATGACTTGATAGAAGGTGGTGAGGATAGGGGGTTTGATCACAGAACCTTTAACGTAATGATTAAATTG
CTTTGCATTCAAGGCAAGATGGCTGATGCTGATGAGCTTTTTGATCGAATGAGGCAAAGAGGTTGTGTGCCAGACTTGGTCACATACAATATCCTCATTGAGGGGCACTGCAAGAAGGGCAGTATGGAGGAGGTCTGTAGGCTTGTACAGAGGATGTTGGAGCAGGGATGCAGGCCCGATAGTTTTACTATAAATTCACT
TATTACCGAACTTTGCAAGCATGGCCGGCCGGATTATGCGAATGCATTGTTCAACCACATGAGGAAGGTAGGCTGGCTGGATAGGAAGTTTACTTATAACAGTTTGGTTGATGGCCTCTGTAAATATGGGTGGTTGCTGAAGGCAGTTAAAATCTTTACCAAAATGCTGCGAAGAGGCCATCATCCCAATGTTTCTGTGT
ATAATAATCTGATAGAACGGCTCTGCACTGAACAACTGTTGCGAGAGGCTTGGCGATTGCGAGACTTGATTGTTGACAAAGGATTTATTTCTAATGTTAAGAATTACAATGCTGTGATCAATGGACTCTGTATGGCAGGCAGAATCAAAATGGCTCACAAGGTTTTCCAGGAAATGTTATATAAGGATTGGATTCCTAAC
CACCATACATACAATATTCTTTTCAGAGGTCACTGTATTCATGGGGATATAGCAGAGGCCATGATGTTTCTTGATGAAATGCGGCAAAAGGACTGGCAACCTGACTTTGACGCATGCAATACATTGATCAGGGATCTTTGCAGTAGTGGGAGTGCTGAAAAGGCTTCTGCATTGCGAAACATGATGGTCGAGAAAGTTTG
CAAGATTGATCTTGTCACGGACAATGTTTTACTTTGTGAACTTTGCAAAGTTGGGGATATGCACGGGGCTTCAAAACTATTACATGAAATGCTGGATGAGGGTTTAGTTTTTGAAAATATCAGCTACGATGCTGTGATTGATGGTTATTGCAAGAAACAGAATACTGCTGAAGCTATGAAGGTCTTCAATGAAATTATGC
AGAGAGGTTGTCAGCCAAATATCTCAACCTACAACATTTTGATGAATGGGCTTGTCAATGATGGCAGAGTGGGTGAAGGTGTTAAGCTGCGAGATTCTATGTTGAATAAAGGCTGTGCCCCAGACTTGACAACTTATAACTTGTTAATTGGTGGGCTGTGCAAAGAAGGAGATCTGCAAGGGGCAGACCTCCTTTTGCTT
CATTTGGTGGAGGATGGTTTGGTTCCTAACAACTTTACTTTTATGGTGTTCTTTGACAAGCTCTACAGGGAAGGGAAATTGCAAACCGGTGTCTCTGAATTGGACGAATTGCTGAGTGAATTCTGTTTGAATGCAGTTTTGTAGTATCGGGTTTCCAGCCACTTTATATTAAATGTTTTTGCTGTACTTTTGTAGTGAAT
ACTGAAATGAATGACCTTCAAATACCATTGAAAAGCTGCTCTTCGATCAAGGAAGAGACAAAGCTAGATCATTACAAAACATCCTTCTTGCCATTGAAATGAGAAGTTGAAACAAATTACAGAGATGGAATTCATATGGGCACAAATTACAGAGTTGAAACAAATTAAAATCTTAGCGAAGGATCTCTCAAAACTTGATG
GGCTATAATATTGGTATTCATATGGGCACAAAGATATTCTAGTTGCCCTGTTATCTACATGCTTACCAATCTGAGATATGGCTCTTTTTATCCATGCTCTGCTTTCCATTTTTCACCTGGGATGGAACCATTCTTGTGTTGTTAACCCCCAATCGTGCCTGCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGG
CTGGTTACATTGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGTTGAGTTAGTAAAAGAAGCAAGTCCCAATGAAATTACTTATTTGTATTTTTATTCTGTTCTTTTTGGGCATGTCTATTATTACCATTTTCTTTATGTGACAGGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCA
AGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTGGATAGAAGAATGTTGAGTTAAGAACACGAGTAAAGGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTGGCTCCCAGATCTCTTTCCTGTCAAGACAGAATTGTAAGAAGCAGCCA
GAAAACAGTGATGGCAGCATGCAATTGCAGATTTGGAGGTTTCCTAAGACAAAAAAATCAATAGACAGCAGACTGCTGGGTTGTAGCAAATCAAAAGCAGAGATCTGCTCTCACTTTTTACAGGTAGATGTCTACAAGAATGATGATTGACAGAATACCAAGAACCTGCAGTCAAAACAGCCAATTATTAGGTGAGATTA
AGTGCCAAAATCTGCTGTCCTAAGCACATTTGACAGCAAGGAAAGCCTCCAAAAACCTGCATTAACAAACTCAAAACATTGTATGAAGAAAGCACATGTATGAGGGTACATGTATCACTGTTGAAGAGGCTAATAAGAGGGGTGCATTGGAAAGAAGGAGAAGGGTGCACTTAAGGAAGGTGAAGACCACAAGTTGGGGG
AGGAACTAACCCTTTGTTGGAGACGTGGGTTCACGCATGAGAAGGTTACTTCAGTTAGTTAGTGGGCGCATGGATGGAGCAAAGGTGTTGTTTTGTGTTAGTCAATAGGCAGGGCTCCGGCGCACATCAGTTTAGCTGTCAGTTAAAAGACCACTTCATGGCCAGTTTGCATGCATGGTTTAGTTAAGTGAAGCATGTGA
AAGAAGGCTTGAGTGCGAACTAATTAGTTGTAACAACAGTTAAGAAGGGGTGCACCATGCTTGCAAATTAGTCCAAGTTAAGAAGAGGGGTGCACCTACCAAAGAGGCAGTTAAGGAGGGGCACAGCTTACCTAAGAGAACAAATAGTACTACTTGAGGATTAAATATGCATGAGCTTAGTTTTGGAGTTCAGTGGACAT
AAACATGAGAGGAGGGTGCCTAGCACACATTCAAAGAGGAGTCCTTCACCAGACTACTACAACAATTAGAGGTTGACTTGCATGAGGTCTCTCTTGGAGGTCTTTATTATTCAGAGTTTGAGCAAGAGGAAAGGTTAGACATTCGTTTTGGGAGCACTATTGGCCGCAGCGGAACTCTCTTCACTTCTCCATCCACCATT
CTCCAACCACCACTATCATTTGCTGGCGAGGAGATCATTGGCAGCCTGTTGCATGTCAACCACTATGGTGCAAACAGTCACTTCGTAAGGTGTTGGCTGAAGCCTGTGAAATCTTAAAGGTTCTCAAGCAATTAGAGGTCCCCAAGAAAATTAATTTGCTCCAATGTGCAACATTCTTTTGCCTGGAGGCAAATCATATC
TTGATAGACGGAAGGTTGCTGCTCTTCCCAAGTTACTGCCTCCTACTGATCTAAAAATATCACGAGGACACTCAGAAATTGCCCTTGGGAAAGTGAATCTGATACAAGTTTACTCATATTAGTCCTTTTACATACCATGGAGCTTTGCCAAGTCCAAGCTGAAATGAATTGGCGGCTACAGTATTACTATGTCCAAATGT
GGAATTCTGTATGTAGATTCATCAACGTACTTAAAATATATAATTTCAAATTGGTATCTGTTGTAATCTTGGCATGTTCAGCACGATAGATATGCCATATATTTGCATGAAACGTACACTGCAATATGCTTTTATGACTGTTAATTGCCGTTGGAAGCACCCAATCTTGGCAATCTTTGTTCTTAACTGCTACCAAGGTT
TGATTCCTTGGACCGAAATCAATAATGGCCGAGCCTGATAACTTCTCCTTCATATGTAGTGGCATTGGAGCTTTGGTAATGACTGTCCTTGTGCAACTAAACTAATTGTACCTAGCTGAAACCTCTAGATCTCGTGCTCTTATAGTATCCAAATAAAGAAGCACAGACTGGAAAATTGATACTGAGCACAGCCCATGCAA
GCTGCAGGTATTCCACATCCTCATGGAAATATCCTCGAGAGTTGGAAATCATCGGGACTGAATGAATTGACATTGTTATGTCAGTGGCTCTCATGATAATATTCCACCTTTTGTAGTAATTGCAGGTTTACAATCTGGGGTTAGAACATGCAGTTTAAAATTTCATTAGTAAATGATCATCATAATCACTTGAAGGGCAT
CCCACCGAGTGATTGTCATCAGCTAATAATAATAGGATCCAAAAGGATATGCAGTAGAATAGTATGTTTGCAATTTGGCCTTAATCTTAAGTCCTATGCCACCAACATGTACATTTGGGATATAGTTATTTTTCTAAGTACAGTACTTTATTATTTGGGGTTGATAGTTATATGGTTATCTCTTACATGGTGGTTATTGG
TTAATGTATTTTATATGTAACTTATGTGTAAATACAAGATTGATTTTGGCTTTTGCTTTTGTTTTTTTTTGCCATCTCCCTATCTTTATGGTTATTCTTCTTTTTCTT

>TRINITY_DN44468_c1_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCCGGCCAAAAACAAAGGGGAGTTTACTGTTATATATATAAAGAATACCCTTAGCATACAACTCAGTGACACGTCCTGGCAGTTTGATCCTGCCCTGGGTCTTTCCTGTAAACAAATCCCTGAAGCCCATTGCAGTCGATTGTATGTATGAATGAGCATGACGTTAGAAGGTCGATTCCCATCATCCACACTCTCCATGG
CAACCAGTCACTGGCAATCCGGTATGTCTTTTTCTATTCTCTTTTCAACTTTCGACTGTTTCTGTTAATCAGAAGCCATGAGGTCCTCAATTCTCAAGCTTTCAAAAGCTTTAGCCTCCTCAAAATCATTGCCATCGAAGGCTGGCAACTCTCGCCCAGTCGCCACACCCACAGAGTCTCGACCTCACGACCTTCCAATA
CAGAGAAAATATGCGCAAGAAGACAAAATGCCACTAAATATACTAGTAAGGAGCATTGCCTCCATAGTGAAAAGAACGGAACGGTGGGAAAGCTGTGTAAATGAAATATTATCCGCGGCTTCTTCTCAACTCACCCCCAAAATAGCAGTTCAAGTCATTAAACGAATACACAACCGAAAATTATCTCTGAATTTCTTTGA
ATGGTTGGAGCTGAACGAGGGCTTTCAACATGATGCCTATACTTTCTCAGCAATCATTAAAGTATTAACCAAGAACACAGGCAAGAGTGGTTATTACATATATCAGGCAAATGCTATACTGGAGGAAATGATTGGCCGGGGTTTTGATCCTGGGTCCAAAGATTTTGATGGTATCATTAAGGGTTTTGTTCAAGCTGGGA
GAGTGGAGGATGCTCTGCAGTCTCTAGCTCATATGAAATCCCGAGGACTCGTACAGGCGACCTCAACATCCAATGAAGTCCTGGATGCTCTTTGTTATCGGAATAAGGCGGAGGAAGCCTGGGAAATTTTTAATGACTTGATAGAAGGTGGTGAGGATAGGGGGTTTGATCACAGAACCTTTAACGTAATGATTAAATTG
CTTTGCATTCAAGGCAAGATGGCTGATGCTGATGAGCTTTTTGATCGAATGAGGCAAAGAGGTTGTGTGCCAGACTTGGTCACATACAATATCCTCATTGAGGGGCACTGCAAGAAGGGCAGTATGGAGGAGGTCTGTAGGCTTGTACAGAGGATGTTGGAGCAGGGATGCAGGCCCGATAGTTTTACTATAAATTCACT
TATTACCGAACTTTGCAAGCATGGCCGGCCGGATTATGCGAATGCATTGTTCAACCACATGAGGAAGGTAGGCTGGCTGGATAGGAAGTTTACTTATAACAGTTTGGTTGATGGCCTCTGTAAATATGGGTGGTTGCTGAAGGCAGTTAAAATCTTTACCAAAATGCTGCGAAGAGGCCATCATCCCAATGTTTCTGTGT
ATAATAATCTGATAGAACGGCTCTGCACTGAACAACTGTTGCGAGAGGCTTGGCGATTGCGAGACTTGATTGTTGACAAAGGATTTATTTCTAATGTTAAGAATTACAATGCTGTGATCAATGGACTCTGTATGGCAGGCAGAATCAAAATGGCTCACAAGGTTTTCCAGGAAATGTTATATAAGGATTGGATTCCTAAC
CACCATACATACAATATTCTTTTCAGAGGTCACTGTATTCATGGGGATATAGCAGAGGCCATGATGTTTCTTGATGAAATGCGGCAAAAGGACTGGCAACCTGACTTTGACGCATGCAATACATTGATCAGGGATCTTTGCAGTAGTGGGAGTGCTGAAAAGGCTTCTGCATTGCGAAACATGATGGTCGAGAAAGTTTG
CAAGATTGATCTTGTCACGGACAATGTTTTACTTTGTGAACTTTGCAAAGTTGGGGATATGCACGGGGCTTCAAAACTATTACATGAAATGCTGGATGAGGGTTTAGTTTTTGAAAATATCAGCTACGATGCTGTGATTGATGGTTATTGCAAGAAACAGAATACTGCTGAAGCTATGAAGGTCTTCAATGAAATTATGC
AGAGAGGTTGTCAGCCAAATATCTCAACCTACAACATTTTGATGAATGGGCTTGTCAATGATGGCAGAGTGGGTGAAGGTGTTAAGCTGCGAGATTCTATGTTGAATAAAGGCTGTGCCCCAGACTTGACAACTTATAACTTGTTAATTGGTGGGCTGTGCAAAGAAGGAGATCTGCAAGGGGCAGACCTCCTTTTGCTT
CATTTGGTGGAGGATGGTTTGGTTCCTAACAACTTTACTTTTATGGTGTTCTTTGACAAGCTCTACAGGGAAGGGAAATTGCAAACCGGTGTCTCTGAATTGGACGAATTGCTGAGTGAATTCTGTTTGAATGCAGTTTTGTAGTATCGGGTTTCCAGCCACTTTATATTAAATGTTTTTGCTGTACTTTTGTAGTGAAT
ACTGAAATGAATGACCTTCAAATACCATTGAAAAGCTGCTCTTCGATCAAGGAAGAGACAAAGCTAGATCATTACAAAACATCCTTCTTGCCATTGAAATGAGAAGTTGAAACAAATTACAGAGATGGAATTCATATGGGCACAAATTACAGAGTTGAAACAAATTAAAATCTTAGCGAAGGATCTCTCAAAACTTGATG
GGCTATAATATTGGTATTCATATGGGCACAAAGATATTCTAGTTGCCCTGTTATCTACATGCTTACCAATCTGAGATATGGCTCTTTTTATCCATGCTCTGCTTTCCATTTTTCACCTGGGATGGAACCATTCTTGTGTTGTTAACCCCCAATCGTGCCTGCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGG
CTGGTTACATTGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGTTGAGTTAGTAAAAGAAGCAAGTCCCAATGAAATTACTTATTTGTATTTTTATTCTGTTCTTTTTGGGCATGTCTATTATTACCATTTTCTTTATGTGACAGGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCA
AGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTGGATAGAAGAATGTTGAGTTAAGAACACGAGTAAAGGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTGGCTCCCAGATCTCTTTCCTGTCAAGACAGAATTGTAAGAAGCAGCCA
GAAAACAGTGATGGCAGCATGCAATTGCAGATTTGGAGGTTTCCTAAGACAAAAAAATCAATAGACAGCAGACTGCTGGGTTGTAGCAAATCAAAAGCAGAGATCTGCTCTCACTTTTTACAGGTAGATGTCTACAAGAATGATGATTGACAGAATACCAAGAACCTGCAGTCAAAACAGCCAATTATTAGGTGAGATTA
AGTGCCAAAATCTGCTGTCCTAAGCACATTTGACAGCAAGGAAAGCCTCCAAAAACCTGCATTAACAAACTCAAAACATTGTATGAAGAAAGCACATGTATGAGGGTACATGTATCACTGTTGAAGAGGCTAATAAGAGGGGTGCATTGGAAAGAAGGAGAAGGGTGCACTTAAGGAAGGTGAAGACCACAAGTTGGGGG
AGGAACTAACCCTTTGTTGGAGACGTGGGTTCACGCATGAGAAGGTTACTTCAGTTAGTTAGTGGGCGCATGGATGGAGCAAAGGTGTTGTTTTGTGTTAGTCAATAGGCAGGGCTCCGGCGCACATCAGTTTAGCTGTCAGTTAAAAGACCACTTCATGGCCAGTTTGCATGCATGGTTTAGTTAAGTGAAGCATGTGA
AAGAAGGCTTGAGTGCGAACTAATTAGTTGTAACAACAGTTAAGAAGGGGTGCACCATGCTTGCAAATTAGTCCAAGTTAAGAAGAGGGGTGCACCTACCAAAGAGGCAGTTAAGGAGGGGCACAGCTTACCTAAGAGAACAAATAGTACTACTTGAGGATTAAATATGCATGAGCTTAGTTTTGGAGTTCAGTGGACAT
AAACATGAGAGGAGGGTGCCTAGCACACATTCAAAGAGGAGTCCTTCACCAGACTACTACAACAATTAGAGGTTGACTTGCATGAGGTCTCTCTTGGAGGTCTTTATTATTCAGAGTTTGAGCAAGAGGAAAGGTTAGACATTCGTTTTGGGAGCACTATTGGCCGCAGCGGAACTCTCTTCACTTCTCCATCCACCATT
CTCCAACCACCACTATCATTTGCTGGCGAGGAGATCATTGGCAGCCTGTTGCATGTCAACCACTATGGTGCAAACAGTCACTTCGTAAGgtgtgataaattggattatgctttatactagttctttttctcgtttgatgttaattgattattgggaaatgttcggtgtttccctcttgctcttgttttgatttatttaat
cgctcaacgacgcaaatttcttcatttcttttcattggtttttcttgttaaagtctctttaaaatattgttctgaaccttcaagttcgacattttagataaccctccctctttaaatgctttaggacagtcaaaagggagctatagatgctgttttctcttacttttctgtgcagatttgcagatcaaattatagcatgt
gacctctggggacaccctccttggactggaaaagcacccccgttggactggaaaagcaccagtccgaaacggagagacatctagctgtgacaggactaggaggcctataattattgggctgatctattggtgcagatccgtgcgataacacgtgtgaacctttctgtcaccctctttggttgagcaagtgcgattgccac
cctctcctcttgatcaaatcaaaggtgcacaaaattataacactagcatcaataacccatggaaccaataccatgttaaaattgaacattattgcaccaataagagctagtaggaagagaggcaaaaatataaagcatctatgaattaaaaactcattttttgtcaatagaggtttaccaggttcgtaaaagcaggcttc
tgttatttctctctccaggtcaagtctctgtagagaagttttctcttcatgggttgtttgtgcgtgtgcttttaactgcgttggggccaagggcaaaccatgggcatctttggcagaatagatacctcccacttgcagcttcttagctgaaggagcttgagtgattgaattttgtaagccagcttcgcttcattgaatat
attcttatattgtgaagttgcatgcttgccacattaaaatatgagaagcataggtcaaaaaagaaaaaaattagtacacaatttgaataagttgagctttttatacaaacttggcataaagtagcgacctcagcattctaaatttgttaacagttaaccaactaatcattttaaatctgctcacgctgactaataactaa
tacgaatcaacactgagttttactgaattgtgttaaaatctagaactcacttaagtacacaagatttgaattgaaatcatcttgagtttcattataataaattgaagaatagaggatgtcagagatgtaactccaaaaggaccgctgcaattttactcttaaatgaaatacaatctggagcagtgcaatatagaaaagaa
accaaagattcttatgccaattctgatttttctaaacttctctccatcacactctcacagcagaccaactataaaataaaaaaagagagagaaggtactacaagtaaagaacaccaagaaatagaaaaaaatgcagttgctatttgccaggcccagtcagaaaatgctgattgagaagaaaaccctcaaatgatcgtagc
tacagatatttactatttgtagtaatggtttttcttttcctgggtataattaactttcatgttgagcattgtgtgcttttcagGTGTTGGCTGAAGCCTGTGAAATCTTAAAGGTTCTCAAGCAATTAGAGGTCCCCAAGAAAATTAATTTGCTCCAATGTGCAACATTCTTTTGCCTGGAGGCAAATCATATCTTGATA
GACGGAAGGTTGCTGCTCTTCCCAAGTTACTGCCTCCTACTGATCTAAAAATATCACGAGGACACTCAGAAATTGCCCTTGGGAAAGTGAATCTGATACAAGTTTACTCATATTAGTCCTTTTACATACCATGGAGCTTTGCCAAGTCCAAGCTGAAATGAATTGGCGGCTACAGTATTACTATGTCCAAATGTGGAATT
CTGTATGTAGATTCATCAACGTACTTAAAATATATAATTTCAAATTGGTATCTGTTGTAATCTTGGCATGTTCAGCACGATAGATATGCCATATATTTGCATGAAACGTACACTGCAATATGCTTTTATGACTGTTAATTGCCGTTGGAAGCACCCAATCTTGGCAATCTTTGTTCTTAACTGCTACCAAGGTTTGATTC
CTTGGACCGAAATCAATAATGGCCGAGCCTGATAACTTCTCCTTCATATGTAGTGGCATTGGAGCTTTGGTAATGACTGTCCTTGTGCAACTAAACTAATTGTACCTAGCTGAAACCTCTAGATCTCGTGCTCTTATAGTATCCAAATAAAGAAGCACAGACTGGAAAATTGATACTGAGCACAGCCCATGCAAGCTGCA
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GAGTGATTGTCATCAGCTAATAATAATAGGATCCAAAAGGATATGCAGTAGAATAGTATGTTTGCAATTTGGCCTTAATCTTAAGTCCTATGCCACCAACATGTACATTTGGGATATAGTTATTTTTCTAAGTACAGTACTTTATTATTTGGGGTTGATAGTTATATGGTTATCTCTTACATGGTGGTTATTGGTTAATG
TATTTTATATGTAACTTATGTGTAAATACAAGATTGATTTTGGCTTTTGCTTTTGTTTTTTTTTGCCATCTCCCTATCTTTATGGTTATTCTTCTTTTTCTT

Intron 2 GTATGTCTTT ... GCCATGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	4	7	5
A2	51.02	12	13	12
A3	71.43	3	4	11
A4	70	3	12	2
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A6	33.33	1	1	0
A7	72.41	4	9	12
A8	57.14	6	6	10
A9	60	2	4	2
A10	66.67	4	11	5

>TRINITY_DN44468_c1_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCGGCCAAAAACAAAGGGGAGTTTACTGTTATATATATAAAGAATACCCTTAGCATACAACTCAGTGACACGTCCTGGCAGTTTGATCCTGCCCTGGGTCTTTCCTGTAAACAAATCCCTGAAGCCCATTGCAGTCGATTGTATGTATGAATGAGCATGACGTTAGAAGGTCGATTCCCATCATCCACACTCTCCATGG
CAACCAGTCACTGGCAATCCGGGATGGAACCATTCTTGTGTTGTTAACCCCCAATCGTGCCTGCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGGCTGGTTACATTGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGTTGAGTTAGTAAAAGAAGCAAGTCC
CAATGAAATTACTTATTTGTATTTTTATTCTGTTCTTTTTGGGCATGTCTATTATTACCATTTTCTTTATGTGACAGGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCAAGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTGGATAGAAGAATGTTGAGTTAAGAA
CACGAGTAAAGGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTGGCTCCCAGATCTCTTTCCTGTCAAGACAGAATTGTAAGAAGCAGCCAGAAAACAGTGATGGCAGCATGCAATTGCAGATTTGGAGGTTTCCTAAGACAAAAAAATCAATAGACAGCAGACTGCTGGGTTGTAGCAAATCAAAAGC
AGAGATCTGCTCTCACTTTTTACAGGTAGATGTCTACAAGAATGATGATTGACAGAATACCAAGAACCTGCAGTCAAAACAGCCAATTATTAGGTGAGATTAAGTGCCAAAATCTGCTGTCCTAAGCACATTTGACAGCAAGGAAAGCCTCCAAAAACCTGCATTAACAAACTCAAAACATTGTATGAAGAAAGCACATG
TATGAGGGTACATGTATCACTGTTGAAGAGGCTAATAAGAGGGGTGCATTGGAAAGAAGGAGAAGGGTGCACTTAAGGAAGGTGAAGACC

>TRINITY_DN44468_c1_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCCGGCCAAAAACAAAGGGGAGTTTACTGTTATATATATAAAGAATACCCTTAGCATACAACTCAGTGACACGTCCTGGCAGTTTGATCCTGCCCTGGGTCTTTCCTGTAAACAAATCCCTGAAGCCCATTGCAGTCGATTGTATGTATGAATGAGCATGACGTTAGAAGGTCGATTCCCATCATCCACACTCTCCATGG
CAACCAGTCACTGGCAATCCGgtatgtctttttctattctcttttcaactttcgactgtttctgttaatcagaagccatgaggtcctcaattctcaagctttcaaaagctttagcctcctcaaaatcattgccatcgaaggctggcaactctcgcccagtcgccacacccacagagtctcgacctcacgaccttccaata
cagagaaaatatgcgcaagaagacaaaatgccactaaatatactagtaaggagcattgcctccatagtgaaaagaacggaacggtgggaaagctgtgtaaatgaaatattatccgcggcttcttctcaactcacccccaaaatagcagttcaagtcattaaacgaatacacaaccgaaaattatctctgaatttctttga
atggttggagctgaacgagggctttcaacatgatgcctatactttctcagcaatcattaaagtattaaccaagaacacaggcaagagtggttattacatatatcaggcaaatgctatactggaggaaatgattggccggggttttgatcctgggtccaaagattttgatggtatcattaagggttttgttcaagctggga
gagtggaggatgctctgcagtctctagctcatatgaaatcccgaggactcgtacaggcgacctcaacatccaatgaagtcctggatgctctttgttatcggaataaggcggaggaagcctgggaaatttttaatgacttgatagaaggtggtgaggatagggggtttgatcacagaacctttaacgtaatgattaaattg
ctttgcattcaaggcaagatggctgatgctgatgagctttttgatcgaatgaggcaaagaggttgtgtgccagacttggtcacatacaatatcctcattgaggggcactgcaagaagggcagtatggaggaggtctgtaggcttgtacagaggatgttggagcagggatgcaggcccgatagttttactataaattcact
tattaccgaactttgcaagcatggccggccggattatgcgaatgcattgttcaaccacatgaggaaggtaggctggctggataggaagtttacttataacagtttggttgatggcctctgtaaatatgggtggttgctgaaggcagttaaaatctttaccaaaatgctgcgaagaggccatcatcccaatgtttctgtgt
ataataatctgatagaacggctctgcactgaacaactgttgcgagaggcttggcgattgcgagacttgattgttgacaaaggatttatttctaatgttaagaattacaatgctgtgatcaatggactctgtatggcaggcagaatcaaaatggctcacaaggttttccaggaaatgttatataaggattggattcctaac
caccatacatacaatattcttttcagaggtcactgtattcatggggatatagcagaggccatgatgtttcttgatgaaatgcggcaaaaggactggcaacctgactttgacgcatgcaatacattgatcagggatctttgcagtagtgggagtgctgaaaaggcttctgcattgcgaaacatgatggtcgagaaagtttg
caagattgatcttgtcacggacaatgttttactttgtgaactttgcaaagttggggatatgcacggggcttcaaaactattacatgaaatgctggatgagggtttagtttttgaaaatatcagctacgatgctgtgattgatggttattgcaagaaacagaatactgctgaagctatgaaggtcttcaatgaaattatgc
agagaggttgtcagccaaatatctcaacctacaacattttgatgaatgggcttgtcaatgatggcagagtgggtgaaggtgttaagctgcgagattctatgttgaataaaggctgtgccccagacttgacaacttataacttgttaattggtgggctgtgcaaagaaggagatctgcaaggggcagacctccttttgctt
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actgaaatgaatgaccttcaaataccattgaaaagctgctcttcgatcaaggaagagacaaagctagatcattacaaaacatccttcttgccattgaaatgagaagttgaaacaaattacagagatggaattcatatgggcacaaattacagagttgaaacaaattaaaatcttagcgaaggatctctcaaaacttgatg
ggctataatattggtattcatatgggcacaaagatattctagttgccctgttatctacatgcttaccaatctgagatatggctctttttatccatgctctgctttccatttttcacctggtaaatttttacacgatactttcaagcttccaaaatttgaagtacatttttatattttaattggtggaatttgcatccgtg
ttaccatttatatcttctgatgtatttagtaaattttgatatacagattacagacctcttaagcaccacaatatgaagtataagcaaaagacactctttctacctttcatttatctagacttacatgacagacaaacaaaagtacataaaatataaccttatgttaatagttccatcattatcttgactgagctgttaaa
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tgctaacacttaaaccaactattaattctaaatctgctcacaccgactgatacaaatcaaaactgatctttactcaattctatgaaatattaaaaatcttaaactcactcatgatacctatatcttgtgactctcttattgtcatttgtctcttcttttagcatctaggagtgttcttggcacttccatggtttattgac
cattgcttgtactctttagttccattgaatttctcttaatcatttgttgaactttaataaattatcttagcttatcttatacaatatctgaatcgatccaatcttgagttttattatagcaggtctaagaataaagtatgttgagttgtatccccacccctccccctacaacaaacatctaactaacaactacttatttg
atggtttcatctaactacatgcaacctcttcctccacaatcaagcatttctgttatgtacatcagaacttctattacaggcttctcaaaaggtaggatctccatctcatccattattgaaagcaaaatccatagcctaaccgcaaccaatgattagcctaagtagatttttttattgccttttatctcctcttgcacctc
aaagtcacacaaggaagcataccaaaaatgcttcttatcaagaacctttatcttatgcattgtgagttctttgcatccattcatggtttgataaagcaatatgttgttgtcatggttttataaagcaatacgttgtcgatgttgacaatgatatttgcttcatcttaagatcgtttttgctcttaattctgaaataaagt
tgcatcttcattgccatgtcagGGATGGAACCATTCTTGTGTTGTTAACCCCCAATCGTGCCTGCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGGCTGGTTACATTGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGTTGAGTTAGTAAAAGAAGCAAGTC
CCAATGAAATTACTTATTTGTATTTTTATTCTGTTCTTTTTGGGCATGTCTATTATTACCATTTTCTTTATGTGACAGGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCAAGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTGGATAGAAGAATGTTGAGTTAAGA
ACACGAGTAAAGGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTGGCTCCCAGATCTCTTTCCTGTCAAGACAGAATTGTAAGAAGCAGCCAGAAAACAGTGATGGCAGCATGCAATTGCAGATTTGGAGGTTTCCTAAGACAAAAAAATCAATAGACAGCAGACTGCTGGGTTGTAGCAAATCAAAAG
CAGAGATCTGCTCTCACTTTTTACAGGTAGATGTCTACAAGAATGATGATTGACAGAATACCAAGAACCTGCAGTCAAAACAGCCAATTATTAGGTGAGATTAAGTGCCAAAATCTGCTGTCCTAAGCACATTTGACAGCAAGGAAAGCCTCCAAAAACCTGCATTAACAAACTCAAAACATTGTATGAAGAAAGCACAT
GTATGAGGGTACATGTATCACTGTTGAAGAGGCTAATAAGAGGGGTGCATTGGAAAGAAGGAGAAGGGTGCACTTAAGGAAGGTGAAGACCACAAGTTGGGGGAGGAACTAACCCTTTGTTGGAGACGTGGGTTCACGCATGAGAAGGTTACTTCAGTTAGTTAGTGGGCGCATGGATGGAGCAAAGGTGTTGTTTTGTG
TTAGTCAATAGGCAGGGCTCCGGCGCACATCAGTTTAGCTGTCAGTTAAAAGACCACTTCATGGCCAGTTTGCATGCATGGTTTAGTTAAGTGAAGCATGTGAAAGAAGGCTTGAGTGCGAACTAATTAGTTGTAACAACAGTTAAGAAGGGGTGCACCATGCTTGCAAATTAGTCCAAGTTAAGAAGAGGGGTGCACCT
ACCAAAGAGGCAGTTAAGGAGGGGCACAGCTTACCTAAGAGAACAAATAGTACTACTTGAGGATTAAATATGCATGAGCTTAGTTTTGGAGTTCAGTGGACATAAACATGAGAGGAGGGTGCCTAGCACACATTCAAAGAGGAGTCCTTCACCAGACTACTACAACAATTAGAGGTTGACTTGCATGAGGTCTCTCTTGG
AGGTCTTTATTATTCAGAGTTTGAGCAAGAGGAAAGGTTAGACATTCGTTTTGGGAGCACTATTGGCCGCAGCGGAACTCTCTTCACTTCTCCATCCACCATTCTCCAACCACCACTATCATTTGCTGGCGAGGAGATCATTGGCAGCCTGTTGCATGTCAACCACTATGGTGCAAACAGTCACTTCGTAAGGTGTGATA
AATTGGATTATGCTTTATACTAGTTCTTTTTCTCGTTTGATGTTAATTGATTATTGGGAAATGTTCGGTGTTTCCCTCTTGCTCTTGTTTTGATTTATTTAATCGCTCAACGACGCAAATTTCTTCATTTCTTTTCATTGGTTTTTCTTGTTAAAGTCTCTTTAAAATATTGTTCTGAACCTTCAAGTTCGACATTTTAG
ATAACCCTCCCTCTTTAAATGCTTTAGGACAGTCAAAAGGGAGCTATAGATGCTGTTTTCTCTTACTTTTCTGTGCAGATTTGCAGATCAAATTATAGCATGTGACCTCTGGGGACACCCTCCTTGGACTGGAAAAGCACCCCCGTTGGACTGGAAAAGCACCAGTCCGAAACGGAGAGACATCTAGCTGTGACAGGACT
AGGAGGCCTATAATTATTGGGCTGATCTATTGGTGCAGATCCGTGCGATAACACGTGTGAACCTTTCTGTCACCCTCTTTGGTTGAGCAAGTGCGATTGCCACCCTCTCCTCTTGATCAAATCAAAGGTGCACAAAATTATAACACTAGCATCAATAACCCATGGAACCAATACCATGTTAAAATTGAACATTATTGCAC
CAATAAGAGCTAGTAGGAAGAGAGGCAAAAATATAAAGCATCTATGAATTAAAAACTCATTTTTTGTCAATAGAGGTTTACCAGGTTCGTAAAAGCAGGCTTCTGTTATTTCTCTCTCCAGGTCAAGTCTCTGTAGAGAAGTTTTCTCTTCATGGGTTGTTTGTGCGTGTGCTTTTAACTGCGTTGGGGCCAAGGGCAAA
CCATGGGCATCTTTGGCAGAATAGATACCTCCCACTTGCAGCTTCTTAGCTGAAGGAGCTTGAGTGATTGAATTTTGTAAGCCAGCTTCGCTTCATTGAATATATTCTTATATTGTGAAGTTGCATGCTTGCCACATTAAAATATGAGAAGCATAGGTCAAAAAAGAAAAAAATTAGTACACAATTTGAATAAGTTGAGC
TTTTTATACAAACTTGGCATAAAGTAGCGACCTCAGCATTCTAAATTTGTTAACAGTTAACCAACTAATCATTTTAAATCTGCTCACGCTGACTAATAACTAATACGAATCAACACTGAGTTTTACTGAATTGTGTTAAAATCTAGAACTCACTTAAGTACACAAGATTTGAATTGAAATCATCTTGAGTTTCATTATAA
TAAATTGAAGAATAGAGGATGTCAGAGATGTAACTCCAAAAGGACCGCTGCAATTTTACTCTTAAATGAAATACAATCTGGAGCAGTGCAATATAGAAAAGAAACCAAAGATTCTTATGCCAATTCTGATTTTTCTAAACTTCTCTCCATCACACTCTCACAGCAGACCAACTATAAAATAAAAAAAGAGAGAGAAGGTA
CTACAAGTAAAGAACACCAAGAAATAGAAAAAAATGCAGTTGCTATTTGCCAGGCCCAGTCAGAAAATGCTGATTGAGAAGAAAACCCTCAAATGATCGTAGCTACAGATATTTACTATTTGTAGTAATGGTTTTTCTTTTCCTGGGTATAATTAACTTTCATGTTGAGCATTGTGTGCTTTTCAGGTGTTGGCTGAAGC
CTGTGAAATCTTAAAGGTTCTCAAGCAATTAGAGGTCCCCAAGAAAATTAATTTGCTCCAATGTGCAACATTCTTTTGCCTGGAGGCAAATCATATCTTGATAGACGGAAGGTTGCTGCTCTTCCCAAGTTACTGCCTCCTACTGATCTAAAAATATCACGAGGACACTCAGAAATTGCCCTTGGGAAAGTGAATCTGAT
ACAAGTTTACTCATATTAGTCCTTTTACATACCATGGAGCTTTGCCAAGTCCAAGCTGAAATGAATTGGCGGCTACAGTATTACTATGTCCAAATGTGGAATTCTGTATGTAGATTCATCAACGTACTTAAAATATATAATTTCAAATTGGTATCTGTTGTAATCTTGGCATGTTCAGCACGATAGATATGCCATATATT
TGCATGAAACGTACACTGCAATATGCTTTTATGACTGTTAATTGCCGTTGGAAGCACCCAATCTTGGCAATCTTTGTTCTTAACTGCTACCAAGGTTTGATTCCTTGGACCGAAATCAATAATGGCCGAGCCTGATAACTTCTCCTTCATATGTAGTGGCATTGGAGCTTTGGTAATGACTGTCCTTGTGCAACTAAACT
AATTGTACCTAGCTGAAACCTCTAGATCTCGTGCTCTTATAGTATCCAAATAAAGAAGCACAGACTGGAAAATTGATACTGAGCACAGCCCATGCAAGCTGCAGGTATTCCACATCCTCATGGAAATATCCTCGAGAGTTGGAAATCATCGGGACTGAATGAATTGACATTGTTATGTCAGTGGCTCTCATGATAATATT
CCACCTTTTGTAGTAATTGCAGGTTTACAATCTGGGGTTAGAACATGCAGTTTAAAATTTCATTAGTAAATGATCATCATAATCACTTGAAGGGCATCCCACCGAGTGATTGTCATCAGCTAATAATAATAGGATCCAAAAGGATATGCAGTAGAATAGTATGTTTGCAATTTGGCCTTAATCTTAAGTCCTATGCCACC
AACATGTACATTTGGGATATAGTTATTTTTCTAAGTACAGTACTTTATTATTTGGGGTTGATAGTTATATGGTTATCTCTTACATGGTGGTTATTGGTTAATGTATTTTATATGTAACTTATGTGTAAATACAAGATTGATTTTGGCTTTTGCTTTTGTTTTTTTTTGCCATCTCCCTATCTTTATGGTTATTCTTCTTT
TTCTT

Intron 3 GTGTGATAAA ... TGCTTTTCAG

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>TRINITY_DN41636_c2_g3_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

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AAAATATGCGCAAGAAGACAAAATGCCACTAAATATACTAGTAAGGAGCATTGCCTCCATAGTGAAAAGAACGGAACGGTGGGAAAGCTGTGTAAATGAAATATTATCCGCGGCTTCTTCTCAACTCACCCCCAAAATAGCAGTTCAAGTCATTAAACGAATACACAACCGAAAATTATCTCTGAATTTCTTTGAATGGT
TGGAGCTGAACGAGGGCTTTCAACATGATGCCTATACTTTCTCAGCAATCATTAAAGTATTAACCAAGAACACAGGCAAGAGTGGTTATTACATATATCAGGCAAATGCTATACTGGAGGAAATGATTGGCCGGGGTTTTGATCCTGGGTCCAAAGATTTTGATGGTATCATTAAGGGTTTTGTTCAAGCTGGGAGAGTG
GAGGATGCTCTGCAGTCTCTAGCTCATATGAAATCCCGAGGACTCGTACAGGCGACCTCAACATCCAATGAAGTCCTGGATGCTCTTTGTTATCGGAATAAGGCGGAGGAAGCCTGGGAAATTTTTAATGACTTGATAGAAGGTGGTGAGGATAGGGGGTTTGATCACAGAACCTTTAACGTAATGATTAAATTGCTTTG
CATTCAAGGCAAGATGGCTGATGCTGATGAGCTTTTTGATCGAATGAGGCAAAGAGGTTGTGTGCCAGACTTGGTCACATACAATATCCTCATTGAGGGGCACTGCAAGAAGGGCAGTATGGAGGAGGTCTGTAGGCTTGTACAGAGGATGTTGGAGCAGGGATGCAGGCCCGATAGTTTTACTATAAATTCACTTATTA
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AATCTGATAGAACGGCTCTGCACTGAACAACTGTTGCGAGAGGCTTGGCGATTGCGAGACTTGATTGTTGACAAAGGATTTATTTCTAATGTTAAGAATTACAATGCTGTGATCAATGGACTCTGTATGGCAGGCAGAATCAAAATGGCTCACAAGGTTTTCCAGGAAATGTTATATAAGGATTGGATTCCTAACCACCA
TACATACAATATTCTTTTCAGAGGTCACTGTATTCATGGGGATATAGCAGAGGCCATGATGTTTCTTGATGAAATGCGGCAAAAGGACTGGCAACCTGACTTTGACGCATGCAATACATTGATCAGGGATCTTTGCAGTAGTGGGAGTGCTGAAAAGGCTTCTGCATTGCGAAACATGATGGTCGAGAAAGTTTGCAAGA
TTGATCTTGTCACGGACAATGTTTTACTTTGTGAACTTTGCAAAGTTGGGGATATGCACGGGGCTTCAAAACTATTACATGAAATGCTGGATGAGGGTTTAGTTTTTGAAAATATCAGCTACGATGCTGTGATTGATGGTTATTGCAAGAAACAGAATACTGCTGAAGCTATGAAGGTCTTCAATGAAATTATGCAGAGA
GGTTGTCAGCCAAATATCTCAACCTACAACATTTTGATGAATGGGCTTGTCAATGATGGCAGAGTGGGTGAAGGTGTTAAGCTGCGAGATTCTATGTTGAATAAAGGCTGTGCCCCAGACTTGACAACTTATAACTTGTTAATTGGTGGGCTGTGCAAAGAAGGAGATCTGCAAGGGGCAGACCTCCTTTTGCTTCATTT
GGTGGAGGATGGTTTGGTTCCTAACAACTTTACTTTTATGGTGTTCTTTGACAAGCTCTACAGGGAAGGGAAATTGCAAACCGGTGTCTCTGAATTGGACGAATTGCTGAGTGAATTCTGTTTGAATGCAGTTTTGTAGTATCGGGTTTCCAGCCACTTTATATTAAATGTTTTTGCTGTACTTTTGTAGTGAATACTGA
AATGAATGACCTTCAAATACCATTGAAAAGCTGCTCTTCGATCAAGGAAGAGACAAAGCTAGATCATTACAAAACATCCTTCTTGCCATTGAAATGAGAAGTTGAAACAAATTACAGAGATGGAATTCATATGGGCACAAATTACAGAGTTGAAACAAATTAAAATCTTAGCGAAGGATCTCTCAAAACTTGATGGGCTA
TAATATTGGTATTCATATGGGCACAAAGATATTCTAGTTGCCCTGTTATCTACATGCTTACCAATCTGAGATATGGCTCTTTTTATCCATGCTCTGCTTTCCATTTTTCACCTGGGATGGAACCATTCTTGTGTTGTTAACCCCCAATCGTGCCTGCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGGCTGGT
TACATTGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGTTGAGTTAGTAAAAGAAGCAAGTCCCAATGAAATTACTTATTTGTATTTTTATTCTGTTCTTTTTGGGCATGTCTATTATTACCATTTTCTTTATGTGACAGGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCAAGCAA
TAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTGGATAGAAGAATGTTGAGTTAAGAACACGAGTAAAGGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTGGCTCCCAGATCTCTTTCCTGTCAAGACAGAATTGTAAGAAGCAGCCAGAAAA
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CAAAATCTGCTGTCCTAAGCACATTTGACAGCAAGGAAAGCCTCCAAAAACCTGCATTAACAAACTCAAAACATTGTATGAAGAAAGCACATGTATGAGGGTACATGTATCACTGTTGAAGAGGCTAATAAGAGGGGTGCATTGGAAAGAAGGAGAAGGGTGCACTTAAGGAAGGTGAAGACCACAAGTTGGGGGAGGAA
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GGCTTGAGTGCGAACTAATTAGTTGTAACAACAGTTAAGAAGGGGTGCACCATGCTTGCAAATTAGTCCAAGTTAAGAAGAGGGGTGCACCTACCAAAGAGGCAGTTAAGGAGGGGCACAGCTTACCTAAGAGAACAAATAGTACTACTTGAGGATTAAATATGCATGAGCTTAGTTTTGGAGTTCAGTGGACATAAACA
TGAGAGGAGGGTGCCTAGCACACATTCAAAGAGGAGTCCTTCACCAGACTACTACAACAATTAGAGGTTGACTTGCATGAGGTCTCTCTTGGAGGTCTTTATTATTCAGAGTTTGAGCAAGAGGAAAGGTTAGACATTCGTTTTGGGAGCACTATTGGCCGCAGCGGAACTCTCTTCACTTCTCCATCCACCATTCTCCA
ACCACCACTATCATTTGCTGGCGAGGAGATCATTGGCAGCCTGTTGCATGTCAACCACTATGGTGCAAACAGTCACTTCGTAAGGTGTTGGCTGAAGCCTGTGAAATCTTAAAGGTTCTCAAGCAATTAGAGGTCCCCAAGAAAATTAATTTGCTCCAATGTGCAACATTCTTTTGCCTGGAGGCAAATCATATCTTGAT
AGACGGAAGGTTGCTGCTCTTCCCAAGTTACTGCCTCCTACTGATCTAAAAATATCACGAGGACACTCAGAAATTGCCCTTGGGAAAGTGAATCTGATACAAGTTTACTCATATTAGTCCTTTTACATACCATGGAGCTTTGCCAAGTCCAAGCTGAAATGAATTGGCGGCTACAGTATTACTATGTCCAAATGTGGAAT
TCTGTATGTAGATTCATCAACGTACTTAAAATATATAATTTCAAATTGGTATCTGTTGTAATCTTGGCATGTTCAGCACGATAGATATGCCATATATTTGCATGAAACGTACACTGCAATATGCTTTTATGACTGTTAATTGCCGTTGGAAGCACCCAATCTTGGCAATCTTTGTTCTTAACTGCTACCAAGGTTTGATT
CCTTGGACCGAAATCAATAATGGCCGAGCCTGATAACTTCTCCTTCATATGTAGTGGCATTGGAGCTTTGGTAATGACTGTCCTTGTGCAACTAAACTAATTGTACCTAGCTGAAACCTCTAGATCTCGTGCTCTTATAGTATCCAAATAAAGAAGCACAGACTGGAAAATTGATACTGAGCACAGCCCATGCAAGCTGC
AGGTATTCCACATCCTCATGGAAATATCCTCGAGAGTTGGAAATCATCGGGACTGAATGAATTGACATTGTTATGTCAGTGGCTCTCATGATAATATTCCACCTTTTGTAGTAATTGCAGGTTTACAATCTGGGGTTAGAACATGCAGTTTAAAATTTCATTAGTAAATGATCATCATAATCACTTGAAGGGCATCCCAC
CGAGTGATTGTCATCAGCTAATAATAATAGGATCCAAAAGGATATGCAGTAGAATAGTATGTTTGCAATTTGGCCTTAATCTTAAGTCCTATGCCAC

>TRINITY_DN41636_c2_g3_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CCGAAAACAAAGGGGAGTTTACTGTTATATATATAAAGAATACCCTTAGCATACAACTCAGTGACACGTCCTGGCAGTTTGATCCTGCCCTGGGTCTTTCCTGTAAACAAATCCCTGAAGCCCATTGCAGTCGATTGTATGTATGAATGAGCATGACGTTAGAAGGTCGATTCCCATCATCCACACTCTCCATGGCAACC
AGTCACTGGCAATCCGGTATGTCTTTTTCTATTCTCTTTTCAACTTTCGACTGTTTCTGTTAATCAGAAGCCATGAGGTCCTCAATTCTCAAGCTTTCAAAAGCTTTAGCCTCCTCAAAATCATTGCCATCGAAGGCTGGCAACTCTCGCCCAGTCGCCACACCCACAGAGTCTCGACCTCACGACCTTCCAATACAGAG
AAAATATGCGCAAGAAGACAAAATGCCACTAAATATACTAGTAAGGAGCATTGCCTCCATAGTGAAAAGAACGGAACGGTGGGAAAGCTGTGTAAATGAAATATTATCCGCGGCTTCTTCTCAACTCACCCCCAAAATAGCAGTTCAAGTCATTAAACGAATACACAACCGAAAATTATCTCTGAATTTCTTTGAATGGT
TGGAGCTGAACGAGGGCTTTCAACATGATGCCTATACTTTCTCAGCAATCATTAAAGTATTAACCAAGAACACAGGCAAGAGTGGTTATTACATATATCAGGCAAATGCTATACTGGAGGAAATGATTGGCCGGGGTTTTGATCCTGGGTCCAAAGATTTTGATGGTATCATTAAGGGTTTTGTTCAAGCTGGGAGAGTG
GAGGATGCTCTGCAGTCTCTAGCTCATATGAAATCCCGAGGACTCGTACAGGCGACCTCAACATCCAATGAAGTCCTGGATGCTCTTTGTTATCGGAATAAGGCGGAGGAAGCCTGGGAAATTTTTAATGACTTGATAGAAGGTGGTGAGGATAGGGGGTTTGATCACAGAACCTTTAACGTAATGATTAAATTGCTTTG
CATTCAAGGCAAGATGGCTGATGCTGATGAGCTTTTTGATCGAATGAGGCAAAGAGGTTGTGTGCCAGACTTGGTCACATACAATATCCTCATTGAGGGGCACTGCAAGAAGGGCAGTATGGAGGAGGTCTGTAGGCTTGTACAGAGGATGTTGGAGCAGGGATGCAGGCCCGATAGTTTTACTATAAATTCACTTATTA
CCGAACTTTGCAAGCATGGCCGGCCGGATTATGCGAATGCATTGTTCAACCACATGAGGAAGGTAGGCTGGCTGGATAGGAAGTTTACTTATAACAGTTTGGTTGATGGCCTCTGTAAATATGGGTGGTTGCTGAAGGCAGTTAAAATCTTTACCAAAATGCTGCGAAGAGGCCATCATCCCAATGTTTCTGTGTATAAT
AATCTGATAGAACGGCTCTGCACTGAACAACTGTTGCGAGAGGCTTGGCGATTGCGAGACTTGATTGTTGACAAAGGATTTATTTCTAATGTTAAGAATTACAATGCTGTGATCAATGGACTCTGTATGGCAGGCAGAATCAAAATGGCTCACAAGGTTTTCCAGGAAATGTTATATAAGGATTGGATTCCTAACCACCA
TACATACAATATTCTTTTCAGAGGTCACTGTATTCATGGGGATATAGCAGAGGCCATGATGTTTCTTGATGAAATGCGGCAAAAGGACTGGCAACCTGACTTTGACGCATGCAATACATTGATCAGGGATCTTTGCAGTAGTGGGAGTGCTGAAAAGGCTTCTGCATTGCGAAACATGATGGTCGAGAAAGTTTGCAAGA
TTGATCTTGTCACGGACAATGTTTTACTTTGTGAACTTTGCAAAGTTGGGGATATGCACGGGGCTTCAAAACTATTACATGAAATGCTGGATGAGGGTTTAGTTTTTGAAAATATCAGCTACGATGCTGTGATTGATGGTTATTGCAAGAAACAGAATACTGCTGAAGCTATGAAGGTCTTCAATGAAATTATGCAGAGA
GGTTGTCAGCCAAATATCTCAACCTACAACATTTTGATGAATGGGCTTGTCAATGATGGCAGAGTGGGTGAAGGTGTTAAGCTGCGAGATTCTATGTTGAATAAAGGCTGTGCCCCAGACTTGACAACTTATAACTTGTTAATTGGTGGGCTGTGCAAAGAAGGAGATCTGCAAGGGGCAGACCTCCTTTTGCTTCATTT
GGTGGAGGATGGTTTGGTTCCTAACAACTTTACTTTTATGGTGTTCTTTGACAAGCTCTACAGGGAAGGGAAATTGCAAACCGGTGTCTCTGAATTGGACGAATTGCTGAGTGAATTCTGTTTGAATGCAGTTTTGTAGTATCGGGTTTCCAGCCACTTTATATTAAATGTTTTTGCTGTACTTTTGTAGTGAATACTGA
AATGAATGACCTTCAAATACCATTGAAAAGCTGCTCTTCGATCAAGGAAGAGACAAAGCTAGATCATTACAAAACATCCTTCTTGCCATTGAAATGAGAAGTTGAAACAAATTACAGAGATGGAATTCATATGGGCACAAATTACAGAGTTGAAACAAATTAAAATCTTAGCGAAGGATCTCTCAAAACTTGATGGGCTA
TAATATTGGTATTCATATGGGCACAAAGATATTCTAGTTGCCCTGTTATCTACATGCTTACCAATCTGAGATATGGCTCTTTTTATCCATGCTCTGCTTTCCATTTTTCACCTGGGATGGAACCATTCTTGTGTTGTTAACCCCCAATCGTGCCTGCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGGCTGGT
TACATTGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGTTGAGTTAGTAAAAGAAGCAAGTCCCAATGAAATTACTTATTTGTATTTTTATTCTGTTCTTTTTGGGCATGTCTATTATTACCATTTTCTTTATGTGACAGGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCAAGCAA
TAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTGGATAGAAGAATGTTGAGTTAAGAACACGAGTAAAGGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTGGCTCCCAGATCTCTTTCCTGTCAAGACAGAATTGTAAGAAGCAGCCAGAAAA
CAGTGATGGCAGCATGCAATTGCAGATTTGGAGGTTTCCTAAGACAAAAAAATCAATAGACAGCAGACTGCTGGGTTGTAGCAAATCAAAAGCAGAGATCTGCTCTCACTTTTTACAGGTAGATGTCTACAAGAATGATGATTGACAGAATACCAAGAACCTGCAGTCAAAACAGCCAATTATTAGGTGAGATTAAGTGC
CAAAATCTGCTGTCCTAAGCACATTTGACAGCAAGGAAAGCCTCCAAAAACCTGCATTAACAAACTCAAAACATTGTATGAAGAAAGCACATGTATGAGGGTACATGTATCACTGTTGAAGAGGCTAATAAGAGGGGTGCATTGGAAAGAAGGAGAAGGGTGCACTTAAGGAAGGTGAAGACCACAAGTTGGGGGAGGAA
CTAACCCTTTGTTGGAGACGTGGGTTCACGCATGAGAAGGTTACTTCAGTTAGTTAGTGGGCGCATGGATGGAGCAAAGGTGTTGTTTTGTGTTAGTCAATAGGCAGGGCTCCGGCGCACATCAGTTTAGCTGTCAGTTAAAAGACCACTTCATGGCCAGTTTGCATGCATGGTTTAGTTAAGTGAAGCATGTGAAAGAA
GGCTTGAGTGCGAACTAATTAGTTGTAACAACAGTTAAGAAGGGGTGCACCATGCTTGCAAATTAGTCCAAGTTAAGAAGAGGGGTGCACCTACCAAAGAGGCAGTTAAGGAGGGGCACAGCTTACCTAAGAGAACAAATAGTACTACTTGAGGATTAAATATGCATGAGCTTAGTTTTGGAGTTCAGTGGACATAAACA
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gccacattaaaatatgagaagcataggtcaaaaaagaaaaaaattagtacacaatttgaataagttgagctttttatacaaacttggcataaagtagcgacctcagcattctaaatttgttaacagttaaccaactaatcattttaaatctgctcacgctgactaataactaatacgaatcaacactgagttttactgaa
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ttttctaaacttctctccatcacactctcacagcagaccaactataaaataaaaaaagagagagaaggtactacaagtaaagaacaccaagaaatagaaaaaaatgcagttgctatttgccaggcccagtcagaaaatgctgattgagaagaaaaccctcaaatgatcgtagctacagatatttactatttgtagtaatg
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CTCGAGAGTTGGAAATCATCGGGACTGAATGAATTGACATTGTTATGTCAGTGGCTCTCATGATAATATTCCACCTTTTGTAGTAATTGCAGGTTTACAATCTGGGGTTAGAACATGCAGTTTAAAATTTCATTAGTAAATGATCATCATAATCACTTGAAGGGCATCCCACCGAGTGATTGTCATCAGCTAATAATAAT
AGGATCCAAAAGGATATGCAGTAGAATAGTATGTTTGCAATTTGGCCTTAATCTTAAGTCCTATGCCAC

Intron 4 GTGTGATAAA ... TTCTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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>TRINITY_DN136557_c3_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

AACAAAGGGGAGTTTACTGTTATATATATAAAGAATACCCTTAGCATACAACTCAGTGACACGTCCTGGCAGTTTGATCCTGCCCTGGGTCTTTCCTGTAAACAAATCCCTGAAGCCCATTGCAGTCGATTGTATGTATGAATGAGCATGACGTTAGAAGGTCGATTCCCATCATCCACACTCTCCATGGCAACCAGTCA
CTGGCAATCCGGTATGTCTTTTTCTATTCTCTTTTCAACTTTCGACTGTTTCTGTTAATCAGAAGCCATGAGGTCCTCAATTCTCAAGCTTTCAAAAGCTTTAGCCTCCTCAAAATCATTGCCATCGAAGGCTGGCAACTCTCGCCCAGTCGCCACACCCACAGAGTCTCGACCTCACGACCTTCCAATACAGAGAAAAT
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CTGAACGAGGGCTTTCAACATGATGCCTATACTTTCTCAGCAATCATTAAAGTATTAACCAAGAACACAGGCAAGAGTGGTTATTACATATATCAGGCAAATGCTATACTGGAGGAAATGATTGGCCGGGGTTTTGATCCTGGGTCCAAAGATTTTGATGGTATCATTAAGGGTTTTGTTCAAGCTGGGAGAGTGGAGGA
TGCTCTGCAGTCTCTAGCTCATATGAAATCCCGAGGACTCGTACAGGCGACCTCAACATCCAATGAAGTCCTGGATGCTCTTTGTTATCGGAATAAGGCGGAGGAAGCCTGGGAAATTTTTAATGACTTGATAGAAGGTGGTGAGGATAGGGGGTTTGATCACAGAACCTTTAACGTAATGATTAAATTGCTTTGCATTC
AAGGCAAGATGGCTGATGCTGATGAGCTTTTTGATCGAATGAGGCAAAGAGGTTGTGTGCCAGACTTGGTCACATACAATATCCTCATTGAGGGGCACTGCAAGAAGGGCAGTATGGAGGAGGTCTGTAGGCTTGTACAGAGGATGTTGGAGCAGGGATGCAGGCCCGATAGTTTTACTATAAATTCACTTATTACCGAA
CTTTGCAAGCATGGCCGGCCGGATTATGCGAATGCATTGTTCAACCACATGAGGAAGGTAGGCTGGCTGGATAGGAAGTTTACTTATAACAGTTTGGTTGATGGCCTCTGTAAATATGGGTGGTTGCTGAAGGCAGTTAAAATCTTTACCAAAATGCTGCGAAGAGGCCATCATCCCAATGTTTCTGTGTATAATAATCT
GATAGAACGGCTCTGCACTGAACAACTGTTGCGAGAGGCTTGGCGATTGCGAGACTTGATTGTTGACAAAGGATTTATTTCTAATGTTAAGAATTACAATGCTGTGATCAATGGACTCTGTATGGCAGGCAGAATCAAAATGGCTCACAAGGTTTTCCAGGAAATGTTATATAAGGATTGGATTCCTAACCACCATACAT
ACAATATTCTTTTCAGAGGTCACTGTATTCATGGGGATATAGCAGAGGCCATGATGTTTCTTGATGAAATGCGGCAAAAGGACTGGCAACCTGACTTTGACGCATGCAATACATTGATCAGGGATCTTTGCAGTAGTGGGAGTGCTGAAAAGGCTTCTGCATTGCGAAACATGATGGTCGAGAAAGTTTGCAAGATTGAT
CTTGTCACGGACAATGTTTTACTTTGTGAACTTTGCAAAGTTGGGGATATGCACGGGGCTTCAAAACTATTACATGAAATGCTGGATGAGGGTTTAGTTTTTGAAAATATCAGCTACGATGCTGTGATTGATGGTTATTGCAAGAAACAGAATACTGCTGAAGCTATGAAGGTCTTCAATGAAATTATGCAGAGAGGTTG
TCAGCCAAATATCTCAACCTACAACATTTTGATGAATGGGCTTGTCAATGATGGCAGAGTGGGTGAAGGTGTTAAGCTGCGAGATTCTATGTTGAATAAAGGCTGTGCCCCAGACTTGACAACTTATAACTTGTTAATTGGTGGGCTGTGCAAAGAAGGAGATCTGCAAGGGGCAGACCTCCTTTTGCTTCATTTGGTGG
AGGATGGTTTGGTTCCTAACAACTTTACTTTTATGGTGTTCTTTGACAAGCTCTACAGGGAAGGGAAATTGCAAACCGGTGTCTCTGAATTGGACGAATTGCTGAGTGAATTCTGTTTGAATGCAGTTTTGTAGTATCGGGTTTCCAGCCACTTTATATTAAATGTTTTTGCTGTACTTTTGTAGTGAATACTGAAATGA
ATGACCTTCAAATACCATTGAAAAGCTGCTCTTCGATCAAGGAAGAGACAAAGCTAGATCATTACAAAACATCCTTCTTGCCATTGAAATGAGAAGTTGAAACAAATTACAGAGATGGAATTCATATGGGCACAAATTACAGAGTTGAAACAAATTAAAATCTTAGCGAAGGATCTCTCAAAACTTGATGGGCTATAATA
TTGGTATTCATATGGGCACAAAGATATTCTAGTTGCCCTGTTATCTACATGCTTACCAATCTGAGATATGGCTCTTTTTATCCATGCTCTGCTTTCCATTTTTCACCTGGGATGGAACCATTCTTGTGTTGTTAACCCCCAATCGTGCCTGCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGGCTGGTTACAT
TGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGTTGAGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCAAGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTGGATAGAAGAATGTTGAGTTAAGAACACGAGTAAA
GGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTGGCTCCCAGATCTCTTTCCTGTCAAGACAGAATTGTAAGAAGCAGCCAGAAAACAGTGATGGCAGCATGCAATTGCAGATTTGGAGGTTTCCTAAGACAAAAAAATCAATAGACAGCAGACTGCTGGGTTGTAGCAAATCAAAAGCAGAGATCTGC
TCTCACTTTTTACAGGTAGATGTCTACAAGAATGATGATTGACAGAATACCAAGAACCTGCAGTCAAAACAGCCAATTATTAGGTGAGATTAAGTGCCAAAATCTGCTGTCCTAAGCACATTTGACAGCAAGGAAAGCCTCCAAAAACCTGCATTAACAAACTCAAAACATTGTATGAAGAAAGCACATGTATGAGGGTA
CATGTATCACTGTTGAAGAGGCTAATAAGAGGGGTGCATTGGAAAGAAGGAGAAGGGTGCACTTAAGGAAGGTGAAGACCACAAGTTGGGGGAGGAACTAACCCTTTGTTGGAGACGTGGGTTCACGCATGAGAAGGTTACTTCAGTTAGTTAGTGGGCGCATGGATGGAGCAAAGGTGTTGTTTTGTGTTAGTCAATAG
GCAGGGCTCCGGCGCACATCAGTTTAGCTGTCAGTTAAAAGACCACTTCATGGCCAGTTTGCATGCATGGTTTAGTTAAGTGAAGCATGTGAAAGAAGGCTTGAGTGCGAACTAATTAGTTGTAACAACAGTTAAGAAGGGGTGCACCATGCTTGCAAATTAGTCCAAGTTAAGAAGAGGGGTGCACCTACCAAAGAGGC
AGTTAAGGAGGGGCCCAGCTTACCTAAGAGAACAAATAGTACTACTTGAGGATTAAATATGCATGAGCTTAGTTTTGGAGTTCAGTGGACATAAACATGAGAGGAGGGTGCCTAGCACACATTCAAAGAGGAGTCCTTCACCAGACTACTACAACAATTAGAGGTTGACTTGCATGAGGTCTCTCTTGGAGGTCTTTATT
ATTCAGAGTTTGAGCAAGAGGAAAGGTTAGACATTCGTTTTGGGAGCACTATTGGCCGCAGCGGAACTCTCTTCACTTCTCCATCCACCATTCTCCAACCACCACTATCATTTGCTGGCGAGGAGATCATTGGCAGCCTGTTGCATGTCAACCACTATGGTGCAAACAGTCACTTCGTAAGTTAACCCCCAATCGTGCCT
GCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGGCTGGTTACATTGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGTTGAGTTAGTAAAAGAAGCAAGTCCCAATGAAATTACTTATTTGTATTTTTATTCTGTTCTTTTTGGGCATGTCTATTATTACCATT
TTCTTTATGTGACAGGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCAAGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTGGATAGAAGAATGTTGAGTTAAGAACACGAGTAAAGGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTGGCTCCCA
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>TRINITY_DN136557_c3_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AACAAAGGGGAGTTTACTGTTATATATATAAAGAATACCCTTAGCATACAACTCAGTGACACGTCCTGGCAGTTTGATCCTGCCCTGGGTCTTTCCTGTAAACAAATCCCTGAAGCCCATTGCAGTCGATTGTATGTATGAATGAGCATGACGTTAGAAGGTCGATTCCCATCATCCACACTCTCCATGGCAACCAGTCA
CTGGCAATCCGGTATGTCTTTTTCTATTCTCTTTTCAACTTTCGACTGTTTCTGTTAATCAGAAGCCATGAGGTCCTCAATTCTCAAGCTTTCAAAAGCTTTAGCCTCCTCAAAATCATTGCCATCGAAGGCTGGCAACTCTCGCCCAGTCGCCACACCCACAGAGTCTCGACCTCACGACCTTCCAATACAGAGAAAAT
ATGCGCAAGAAGACAAAATGCCACTAAATATACTAGTAAGGAGCATTGCCTCCATAGTGAAAAGAACGGAACGGTGGGAAAGCTGTGTAAATGAAATATTATCCGCGGCTTCTTCTCAACTCACCCCCAAAATAGCAGTTCAAGTCATTAAACGAATACACAACCGAAAATTATCTCTGAATTTCTTTGAATGGTTGGAG
CTGAACGAGGGCTTTCAACATGATGCCTATACTTTCTCAGCAATCATTAAAGTATTAACCAAGAACACAGGCAAGAGTGGTTATTACATATATCAGGCAAATGCTATACTGGAGGAAATGATTGGCCGGGGTTTTGATCCTGGGTCCAAAGATTTTGATGGTATCATTAAGGGTTTTGTTCAAGCTGGGAGAGTGGAGGA
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AAGGCAAGATGGCTGATGCTGATGAGCTTTTTGATCGAATGAGGCAAAGAGGTTGTGTGCCAGACTTGGTCACATACAATATCCTCATTGAGGGGCACTGCAAGAAGGGCAGTATGGAGGAGGTCTGTAGGCTTGTACAGAGGATGTTGGAGCAGGGATGCAGGCCCGATAGTTTTACTATAAATTCACTTATTACCGAA
CTTTGCAAGCATGGCCGGCCGGATTATGCGAATGCATTGTTCAACCACATGAGGAAGGTAGGCTGGCTGGATAGGAAGTTTACTTATAACAGTTTGGTTGATGGCCTCTGTAAATATGGGTGGTTGCTGAAGGCAGTTAAAATCTTTACCAAAATGCTGCGAAGAGGCCATCATCCCAATGTTTCTGTGTATAATAATCT
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ACAATATTCTTTTCAGAGGTCACTGTATTCATGGGGATATAGCAGAGGCCATGATGTTTCTTGATGAAATGCGGCAAAAGGACTGGCAACCTGACTTTGACGCATGCAATACATTGATCAGGGATCTTTGCAGTAGTGGGAGTGCTGAAAAGGCTTCTGCATTGCGAAACATGATGGTCGAGAAAGTTTGCAAGATTGAT
CTTGTCACGGACAATGTTTTACTTTGTGAACTTTGCAAAGTTGGGGATATGCACGGGGCTTCAAAACTATTACATGAAATGCTGGATGAGGGTTTAGTTTTTGAAAATATCAGCTACGATGCTGTGATTGATGGTTATTGCAAGAAACAGAATACTGCTGAAGCTATGAAGGTCTTCAATGAAATTATGCAGAGAGGTTG
TCAGCCAAATATCTCAACCTACAACATTTTGATGAATGGGCTTGTCAATGATGGCAGAGTGGGTGAAGGTGTTAAGCTGCGAGATTCTATGTTGAATAAAGGCTGTGCCCCAGACTTGACAACTTATAACTTGTTAATTGGTGGGCTGTGCAAAGAAGGAGATCTGCAAGGGGCAGACCTCCTTTTGCTTCATTTGGTGG
AGGATGGTTTGGTTCCTAACAACTTTACTTTTATGGTGTTCTTTGACAAGCTCTACAGGGAAGGGAAATTGCAAACCGGTGTCTCTGAATTGGACGAATTGCTGAGTGAATTCTGTTTGAATGCAGTTTTGTAGTATCGGGTTTCCAGCCACTTTATATTAAATGTTTTTGCTGTACTTTTGTAGTGAATACTGAAATGA
ATGACCTTCAAATACCATTGAAAAGCTGCTCTTCGATCAAGGAAGAGACAAAGCTAGATCATTACAAAACATCCTTCTTGCCATTGAAATGAGAAGTTGAAACAAATTACAGAGATGGAATTCATATGGGCACAAATTACAGAGTTGAAACAAATTAAAATCTTAGCGAAGGATCTCTCAAAACTTGATGGGCTATAATA
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TGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGTTGAGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCAAGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTGGATAGAAGAATGTTGAGTTAAGAACACGAGTAAA
GGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTGGCTCCCAGATCTCTTTCCTGTCAAGACAGAATTGTAAGAAGCAGCCAGAAAACAGTGATGGCAGCATGCAATTGCAGATTTGGAGGTTTCCTAAGACAAAAAAATCAATAGACAGCAGACTGCTGGGTTGTAGCAAATCAAAAGCAGAGATCTGC
TCTCACTTTTTACAGGTAGATGTCTACAAGAATGATGATTGACAGAATACCAAGAACCTGCAGTCAAAACAGCCAATTATTAGGTGAGATTAAGTGCCAAAATCTGCTGTCCTAAGCACATTTGACAGCAAGGAAAGCCTCCAAAAACCTGCATTAACAAACTCAAAACATTGTATGAAGAAAGCACATGTATGAGGGTA
CATGTATCACTGTTGAAGAGGCTAATAAGAGGGGTGCATTGGAAAGAAGGAGAAGGGTGCACTTAAGGAAGGTGAAGACCACAAGTTGGGGGAGGAACTAACCCTTTGTTGGAGACGTGGGTTCACGCATGAGAAGGTTACTTCAGTTAGTTAGTGGGCGCATGGATGGAGCAAAGGTGTTGTTTTGTGTTAGTCAATAG
GCAGGGCTCCGGCGCACATCAGTTTAGCTGTCAGTTAAAAGACCACTTCATGGCCAGTTTGCATGCATGGTTTAGTTAAGTGAAGCATGTGAAAGAAGGCTTGAGTGCGAACTAATTAGTTGTAACAACAGTTAAGAAGGGGTGCACCATGCTTGCAAATTAGTCCAAGTTAAGAAGAGGGGTGCACCTACCAAAGAGGC
AGTTAAGGAGGGGCCCAGCTTACCTAAGAGAACAAATAGTACTACTTGAGGATTAAATATGCATGAGCTTAGTTTTGGAGTTCAGTGGACATAAACATGAGAGGAGGGTGCCTAGCACACATTCAAAGAGGAGTCCTTCACCAGACTACTACAACAATTAGAGGTTGACTTGCATGAGGTCTCTCTTGGAGGTCTTTATT
ATTCAGAGTTTGAGCAAGAGGAAAGGTTAGACATTCGTTTTGGGAGCACTATTGGCCGCAGCGGAACTCTCTTCACTTCTCCATCCACCATTCTCCAACCACCACTATCATTTGCTGGCGAGGAGATCATTGGCAGCCTGTTGCATGTCAACCACTATGGTGCAAACAGTCACTTCGTAAGgtgtgataaattggattat
gctttatactagttctttttctcgtttgatgttaattgattattgggaaatgttcggtgtttccctcttgctcttgttttgatttatttaatcgctcaacgacgcaaatttcttcatttcttttcattggtttttcttgttaaagtctctttaaaatattgttctgaaccttcaagttcgacattttagataaccctccc
tctttaaatgctttaggacagtcaaaagggagctatagatgctgttttctcttacttttctgtgcagTTAACCCCCAATCGTGCCTGCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGGCTGGTTACATTGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGT
TGAGTTAGTAAAAGAAGCAAGTCCCAATGAAATTACTTATTTGTATTTTTATTCTGTTCTTTTTGGGCATGTCTATTATTACCATTTTCTTTATGTGACAGGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCAAGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTG
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AACGGAGAGACATCTAGCTGTGACAGGACTAGGAGGCCTATAATTATTGGGCTGATCTATTGGTGCAGATCCGTGCGATAACACGT

Intron 5 GTTAGTAAAA ... TATGTGACAG

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>TRINITY_DN136557_c3_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

AACAAAGGGGAGTTTACTGTTATATATATAAAGAATACCCTTAGCATACAACTCAGTGACACGTCCTGGCAGTTTGATCCTGCCCTGGGTCTTTCCTGTAAACAAATCCCTGAAGCCCATTGCAGTCGATTGTATGTATGAATGAGCATGACGTTAGAAGGTCGATTCCCATCATCCACACTCTCCATGGCAACCAGTCA
CTGGCAATCCGGTATGTCTTTTTCTATTCTCTTTTCAACTTTCGACTGTTTCTGTTAATCAGAAGCCATGAGGTCCTCAATTCTCAAGCTTTCAAAAGCTTTAGCCTCCTCAAAATCATTGCCATCGAAGGCTGGCAACTCTCGCCCAGTCGCCACACCCACAGAGTCTCGACCTCACGACCTTCCAATACAGAGAAAAT
ATGCGCAAGAAGACAAAATGCCACTAAATATACTAGTAAGGAGCATTGCCTCCATAGTGAAAAGAACGGAACGGTGGGAAAGCTGTGTAAATGAAATATTATCCGCGGCTTCTTCTCAACTCACCCCCAAAATAGCAGTTCAAGTCATTAAACGAATACACAACCGAAAATTATCTCTGAATTTCTTTGAATGGTTGGAG
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CTTGTCACGGACAATGTTTTACTTTGTGAACTTTGCAAAGTTGGGGATATGCACGGGGCTTCAAAACTATTACATGAAATGCTGGATGAGGGTTTAGTTTTTGAAAATATCAGCTACGATGCTGTGATTGATGGTTATTGCAAGAAACAGAATACTGCTGAAGCTATGAAGGTCTTCAATGAAATTATGCAGAGAGGTTG
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TGAGTTAGTAAAAGAAGCAAGTCCCAATGAAATTACTTATTTGTATTTTTATTCTGTTCTTTTTGGGCATGTCTATTATTACCATTTTCTTTATGTGACAGGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCAAGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTG
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>TRINITY_DN136557_c3_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AACAAAGGGGAGTTTACTGTTATATATATAAAGAATACCCTTAGCATACAACTCAGTGACACGTCCTGGCAGTTTGATCCTGCCCTGGGTCTTTCCTGTAAACAAATCCCTGAAGCCCATTGCAGTCGATTGTATGTATGAATGAGCATGACGTTAGAAGGTCGATTCCCATCATCCACACTCTCCATGGCAACCAGTCA
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TCTCACTTTTTACAGGTAGATGTCTACAAGAATGATGATTGACAGAATACCAAGAACCTGCAGTCAAAACAGCCAATTATTAGGTGAGATTAAGTGCCAAAATCTGCTGTCCTAAGCACATTTGACAGCAAGGAAAGCCTCCAAAAACCTGCATTAACAAACTCAAAACATTGTATGAAGAAAGCACATGTATGAGGGTA
CATGTATCACTGTTGAAGAGGCTAATAAGAGGGGTGCATTGGAAAGAAGGAGAAGGGTGCACTTAAGGAAGGTGAAGACCACAAGTTGGGGGAGGAACTAACCCTTTGTTGGAGACGTGGGTTCACGCATGAGAAGGTTACTTCAGTTAGTTAGTGGGCGCATGGATGGAGCAAAGGTGTTGTTTTGTGTTAGTCAATAG
GCAGGGCTCCGGCGCACATCAGTTTAGCTGTCAGTTAAAAGACCACTTCATGGCCAGTTTGCATGCATGGTTTAGTTAAGTGAAGCATGTGAAAGAAGGCTTGAGTGCGAACTAATTAGTTGTAACAACAGTTAAGAAGGGGTGCACCATGCTTGCAAATTAGTCCAAGTTAAGAAGAGGGGTGCACCTACCAAAGAGGC
AGTTAAGGAGGGGCCCAGCTTACCTAAGAGAACAAATAGTACTACTTGAGGATTAAATATGCATGAGCTTAGTTTTGGAGTTCAGTGGACATAAACATGAGAGGAGGGTGCCTAGCACACATTCAAAGAGGAGTCCTTCACCAGACTACTACAACAATTAGAGGTTGACTTGCATGAGGTCTCTCTTGGAGGTCTTTATT
ATTCAGAGTTTGAGCAAGAGGAAAGGTTAGACATTCGTTTTGGGAGCACTATTGGCCGCAGCGGAACTCTCTTCACTTCTCCATCCACCATTCTCCAACCACCACTATCATTTGCTGGCGAGGAGATCATTGGCAGCCTGTTGCATGTCAACCACTATGGTGCAAACAGTCACTTCGTAAGGTGTGATAAATTGGATTAT
GCTTTATACTAGTTCTTTTTCTCGTTTGATGTTAATTGATTATTGGGAAATGTTCGGTGTTTCCCTCTTGCTCTTGTTTTGATTTATTTAATCGCTCAACGACGCAAATTTCTTCATTTCTTTTCATTGGTTTTTCTTGTTAAAGTCTCTTTAAAATATTGTTCTGAACCTTCAAGTTCGACATTTTAGATAACCCTCCC
TCTTTAAATGCTTTAGGACAGTCAAAAGGGAGCTATAGATGCTGTTTTCTCTTACTTTTCTGTGCAGTTAACCCCCAATCGTGCCTGCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGGCTGGTTACATTGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGT
TGAgttagtaaaagaagcaagtcccaatgaaattacttatttgtatttttattctgttctttttgggcatgtctattattaccattttctttatgtgacagGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCAAGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTG
GATAGAAGAATGTTGAGTTAAGAACACGAGTAAAGGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTGGCTCCCAGATCTCTTTCCTGTCAAGACAGATTTGCAGATCAAATTATAGCATGTGACCTCTGGGGACACCCTCCTTGGACTGGAAAAGCACCCCCGTTGGACTGGAAAAGCACCAGTCCGA
AACGGAGAGACATCTAGCTGTGACAGGACTAGGAGGCCTATAATTATTGGGCTGATCTATTGGTGCAGATCCGTGCGATAACACGT

Intron 6 GTGTGATAAA ... TGCTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.9	8	11	15
A2	43.75	9	2	12
A3	44.44	10	7	9
A4	47.37	5	8	1
A5	100	0	1	0
A6	39.53	13	5	12
A7	46.67	24	17	25
A8	45.79	29	16	33
A9	41.03	23	8	24
A10	36	24	17	10

>TRINITY_DN34277_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CGTGCCTGCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGGCTGGTTACATTGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGTTGAGTTAGTAAAAGAAGCAAGTCCCAATGAAATTACTTATTTGTATTTTTATTCTGTTCTTTTTGGGCATGTCTATTAT
TACCATTTTCTTTATGTGACAGGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCAAGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTGGATAGAAGAATGTTGAGTTAAGAACACGAGTAAAGGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTG
GCTCCCAGATCTCTTTCCTGTCAAGACAGAATTGTAAGAAGCAGCCAGAAAACAGTGATGGCAGCATGCAATTGCAGATTTGGAGGTTTCCTAAGACAAAAAAATCAATAGACAGCAGACTGCTGGGTTGTAGCAAATCAAAAGCAGAGATCTGCTCTCACTTTTTACAGGTAGATGTCTACAAGAATGATGATTGACAG
AATACCAAGAACCTGCAGTCAAAACAGCCAATTATTAGGTGAGATTAAGTGCCAAAATCTGCTGTCCTAAGCACATTTGACAGCAAGGAAAGCCTCCAAAAACCTGCATTAACAAACTCAAAACATTGTATGAAGAAAGCACATGTATGAGGGTACATGTATCACTGTTGAAGAGGCTAATAAGAGGGGTGCATTGGAAA
GAAGGAGAAGGGTGCACTTAAGGAAGGTGAAGACCACAAGTTGGGGGAGGAACTAACCCTTTGTTGGAGACGTGGGTTCACGCATGAGAAGGTTACTTCAGTTAGTTAGTGGGCGCATGGATGGAGCAAAGGTGTTGTTTTGTGTTAGTCAATAGGCAGGGCTCCGGCGCACATCAGTTTAGCTGTCAGTTAAAAGACCA
CTTCATGGCCAGTTTGCATGCATGGTTTAGTTAAGTGAAGCATGTGAAAGAAGGCTTGAGTGCGAACTAATTAGTTGTAACAACAGTTAAGAAGGGGTGCACCATGCTTGCAAATTAGTCCAAGTTAAGAAGAGGGGTGCACCTACCAAAGAGGCAGTTAAGGAGGGGCACAGCTTACCTAAGAGAACAAATAGTACTAC
TTGAGGATTAAATATGCATGAGCTTAGTTTTGGAGTTCAGTGGACATAAACATGAGAGGAGGGTGCCTAGCACACATTCAAAGAGGAGTCCTTCACCAGACTACTACAACAATTAGAGGTTGACTTGCATGAGGTCTCTCTTGGAGGTCTTTATTATTCAGAGTTTGAGCAAGAGGAAAGGTTAGACATTCGTTTTGGGA
GCACTATTGGCCGCAGCGGAACTCTCTTCACTTCTCCATCCACCATTCTCCAACCACCACTATCATTTGCTGGCGAGGAGATCATTGGCAGCCTGTTGCATGTCAACCACTATGGTGCAAACAGTCACTTCGTAAGGTGTTGGCTGAAGCCTGTGAAATCTTAAAGGTTCTCAAGCAATTAGAGGTCCCCAAGAAAATTA
ATTTGCTCCAATGTGCAACATTCTTTTGCCTGGAGGCAAATCATATCTTGATAGACGGAAGGTTGCTGCTCTTCCCAAGTTACTGCCTCCTACTGATCTAAAAATATCACGAGGACACTCAGAAATTGCCCTTGGGAAAGTGAATCTGATACAAGTTTACTCATATTAGTCCTTTTACATACCATGGAGCTTTGCCAAGT
CCAAGCTGAAATGAATTGGCGGCTACAGTATTACTATGTCCAAATGTGGAATTCTGTATGTAGATTCATCAACGTACTTAAAATATATAATTTCAAATTGGTATCTGTTGTAATCTTGGCATGTTCAGCACGATAGATATGCCATATATTTGCATGAAACGTACACTGCAATATGCTTTTATGACTGTTAATTGCCGTTG
GAAGCACCCAATCTTGGCAATCTTTGTTCTTAACTGCTACCAAGGTTTGATTCCTTGGACCGAAATCAATAATGGCCGAGCCTGATAACTTCTCCTTCATATGTAGTGGCATTGGAGCTTTGGTAATGACTGTCCTTGTGCAACTAAACTAATTGTACCTAGCTGAAACCTCTAGATCTCGTGCTCTTATAGTATCCAAA
TAAAGAAGCACAGACTGGAAAATTGATACTGAGCACAGCCCATGCAAGCTGCAGGTATTCCACATCCTCATGGAAATATCCTCGAGAGTTGGAAATCATCGGGACTGAATGAATTGACATTGTTATGTCAGTGGCTCTCATGATAATATTCCACCTTTTGTAGTAATTGCAGGTTTACAATCTGGGGTTAGAACATGCAG
TTTAAAATTTCATTAGTAAATGATCATCATAATCACTTGAAGGGCG

>TRINITY_DN34277_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CGTGCCTGCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGGCTGGTTACATTGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGTTGAGTTAGTAAAAGAAGCAAGTCCCAATGAAATTACTTATTTGTATTTTTATTCTGTTCTTTTTGGGCATGTCTATTAT
TACCATTTTCTTTATGTGACAGGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCAAGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTGGATAGAAGAATGTTGAGTTAAGAACACGAGTAAAGGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTG
GCTCCCAGATCTCTTTCCTGTCAAGACAGAATTGTAAGAAGCAGCCAGAAAACAGTGATGGCAGCATGCAATTGCAGATTTGGAGGTTTCCTAAGACAAAAAAATCAATAGACAGCAGACTGCTGGGTTGTAGCAAATCAAAAGCAGAGATCTGCTCTCACTTTTTACAGGTAGATGTCTACAAGAATGATGATTGACAG
AATACCAAGAACCTGCAGTCAAAACAGCCAATTATTAGGTGAGATTAAGTGCCAAAATCTGCTGTCCTAAGCACATTTGACAGCAAGGAAAGCCTCCAAAAACCTGCATTAACAAACTCAAAACATTGTATGAAGAAAGCACATGTATGAGGGTACATGTATCACTGTTGAAGAGGCTAATAAGAGGGGTGCATTGGAAA
GAAGGAGAAGGGTGCACTTAAGGAAGGTGAAGACCACAAGTTGGGGGAGGAACTAACCCTTTGTTGGAGACGTGGGTTCACGCATGAGAAGGTTACTTCAGTTAGTTAGTGGGCGCATGGATGGAGCAAAGGTGTTGTTTTGTGTTAGTCAATAGGCAGGGCTCCGGCGCACATCAGTTTAGCTGTCAGTTAAAAGACCA
CTTCATGGCCAGTTTGCATGCATGGTTTAGTTAAGTGAAGCATGTGAAAGAAGGCTTGAGTGCGAACTAATTAGTTGTAACAACAGTTAAGAAGGGGTGCACCATGCTTGCAAATTAGTCCAAGTTAAGAAGAGGGGTGCACCTACCAAAGAGGCAGTTAAGGAGGGGCACAGCTTACCTAAGAGAACAAATAGTACTAC
TTGAGGATTAAATATGCATGAGCTTAGTTTTGGAGTTCAGTGGACATAAACATGAGAGGAGGGTGCCTAGCACACATTCAAAGAGGAGTCCTTCACCAGACTACTACAACAATTAGAGGTTGACTTGCATGAGGTCTCTCTTGGAGGTCTTTATTATTCAGAGTTTGAGCAAGAGGAAAGGTTAGACATTCGTTTTGGGA
GCACTATTGGCCGCAGCGGAACTCTCTTCACTTCTCCATCCACCATTCTCCAACCACCACTATCATTTGCTGGCGAGGAGATCATTGGCAGCCTGTTGCATGTCAACCACTATGGTGCAAACAGTCACTTCGTAAGgtgtgataaattggattatgctttatactagttctttttctcgtttgatgttaattgattattg
ggaaatgttcggtgtttccctcttgctcttgttttgatttatttaatcgctcaacgacgcaaatttcttcatttcttttcattggtttttcttgttaaagtctctttaaaatattgttctgaaccttcaagttcgacattttagataaccctccctctttaaatgctttaggacagtcaaaagggagctatagatgctgt
tttctcttacttttctgtgcagatttgcagatcaaattatagcatgtgacctctggggacaccctccttggactggaaaagcacccccgttggactggaaaagcaccagtccgaaacggagagacatctagctgtgacaggactaggaggcctataattattgggctgatctattggtgcagatccgtgcgataacacgt
gtgaacctttctgtcaccctctttggttgagcaagtgcgattgccaccctctcctcttgatcaaatcaaaggtgcacaaaattataacactagcatcaataacccatggaaccaataccatgttaaaattgaacattattgcaccaataagagctagtaggaagagaggcaaaaatataaagcatctatgaattaaaaac
tcattttttgtcaatagaggtttaccaggttcgtaaaagcaggcttctgttatttctctctccaggtcaagtctctgtagagaagttttctcttcatgggttgtttgtgcgtgtgcttttaactgcgttggggccaagggcaaaccatgggcatctttggcagaatagatacctcccacttgcagcttcttagctgaagg
agcttgagtgattgaattttgtaagccagcttcgcttcattgaatatattcttatattgtgaagttgcatgcttgccacattaaaatatgagaagcataggtcaaaaaagaaaaaaattagtacacaatttgaataagttgagctttttatacaaacttggcataaagtagcgacctcagcattctaaatttgttaacag
ttaaccaactaatcattttaaatctgctcacgctgactaataactaatacgaatcaacactgagttttactgaattgtgttaaaatctagaactcactaagtacacaagatttgaattgaaatcatcttgagtttcattataataaattgaagaatagaggatgtcagagatgtaactccaaaaggaccgctgcaatttt
actcttaaatgaaatacaatctggagcagtgcaatatagaaaagaaaccaaagattcttatgccaattctgatttttctaaacttctctccatcacactctcacagcagaccaactataaaataaaaaaagagagagaaggtactacaagtaaagaacaccaagaaatagaaaaaaatgcagttgctatttgccaggccc
agtcagaaaatgctgattgagaagaaaaccctcaaatgatcgtagctacagatatttactatttgtagtaatggtttttcttttcctgggtataattaactttcatgttgagcattgtgtgcttttcagGTGTTGGCTGAAGCCTGTGAAATCTTAAAGGTTCTCAAGCAATTAGAGGTCCCCAAGAAAATTAATTTGCT
CCAATGTGCAACATTCTTTTGCCTGGAGGCAAATCATATCTTGATAGACGGAAGGTTGCTGCTCTTCCCAAGTTACTGCCTCCTACTGATCTAAAAATATCACGAGGACACTCAGAAATTGCCCTTGGGAAAGTGAATCTGATACAAGTTTACTCATATTAGTCCTTTTACATACCATGGAGCTTTGCCAAGTCCAAGCT
GAAATGAATTGGCGGCTACAGTATTACTATGTCCAAATGTGGAATTCTGTATGTAGATTCATCAACGTACTTAAAATATATAATTTCAAATTGGTATCTGTTGTAATCTTGGCATGTTCAGCACGATAGATATGCCATATATTTGCATGAAACGTACACTGCAATATGCTTTTATGACTGTTAATTGCCGTTGGAAGCAC
CCAATCTTGGCAATCTTTGTTCTTAACTGCTACCAAGGTTTGATTCCTTGGACCGAAATCAATAATGGCCGAGCCTGATAACTTCTCCTTCATATGTAGTGGCATTGGAGCTTTGGTAATGACTGTCCTTGTGCAACTAAACTAATTGTACCTAGCTGAAACCTCTAGATCTCGTGCTCTTATAGTATCCAAATAAAGAA
GCACAGACTGGAAAATTGATACTGAGCACAGCCCATGCAAGCTGCAGGTATTCCACATCCTCATGGAAATATCCTCGAGAGTTGGAAATCATCGGGACTGAATGAATTGACATTGTTATGTCAGTGGCTCTCATGATAATATTCCACCTTTTGTAGTAATTGCAGGTTTACAATCTGGGGTTAGAACATGCAGTTTAAAA
TTTCATTAGTAAATGATCATCATAATCACTTGAAGGGCG

Intron 7 GTAAATTTTT ... GCCATGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.46	16	15	5
A2	42.11	11	4	12
A3	53.85	6	3	11
A4	42.86	10	13	2
A5	50	1	2	0
A6	60	1	3	0
A7	47.06	9	4	12
A8	61.54	5	6	10
A9	50	5	8	2
A10	39.13	7	4	5

>TRINITY_DN44468_c1_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCGGCCAAAAACAAAGGGGAGTTTACTGTTATATATATAAAGAATACCCTTAGCATACAACTCAGTGACACGTCCTGGCAGTTTGATCCTGCCCTGGGTCTTTCCTGTAAACAAATCCCTGAAGCCCATTGCAGTCGATTGTATGTATGAATGAGCATGACGTTAGAAGGTCGATTCCCATCATCCACACTCTCCATGG
CAACCAGTCACTGGCAATCCGGTATGTCTTTTTCTATTCTCTTTTCAACTTTCGACTGTTTCTGTTAATCAGAAGCCATGAGGTCCTCAATTCTCAAGCTTTCAAAAGCTTTAGCCTCCTCAAAATCATTGCCATCGAAGGCTGGCAACTCTCGCCCAGTCGCCACACCCACAGAGTCTCGACCTCACGACCTTCCAATA
CAGAGAAAATATGCGCAAGAAGACAAAATGCCACTAAATATACTAGTAAGGAGCATTGCCTCCATAGTGAAAAGAACGGAACGGTGGGAAAGCTGTGTAAATGAAATATTATCCGCGGCTTCTTCTCAACTCACCCCCAAAATAGCAGTTCAAGTCATTAAACGAATACACAACCGAAAATTATCTCTGAATTTCTTTGA
ATGGTTGGAGCTGAACGAGGGCTTTCAACATGATGCCTATACTTTCTCAGCAATCATTAAAGTATTAACCAAGAACACAGGCAAGAGTGGTTATTACATATATCAGGCAAATGCTATACTGGAGGAAATGATTGGCCGGGGTTTTGATCCTGGGTCCAAAGATTTTGATGGTATCATTAAGGGTTTTGTTCAAGCTGGGA
GAGTGGAGGATGCTCTGCAGTCTCTAGCTCATATGAAATCCCGAGGACTCGTACAGGCGACCTCAACATCCAATGAAGTCCTGGATGCTCTTTGTTATCGGAATAAGGCGGAGGAAGCCTGGGAAATTTTTAATGACTTGATAGAAGGTGGTGAGGATAGGGGGTTTGATCACAGAACCTTTAACGTAATGATTAAATTG
CTTTGCATTCAAGGCAAGATGGCTGATGCTGATGAGCTTTTTGATCGAATGAGGCAAAGAGGTTGTGTGCCAGACTTGGTCACATACAATATCCTCATTGAGGGGCACTGCAAGAAGGGCAGTATGGAGGAGGTCTGTAGGCTTGTACAGAGGATGTTGGAGCAGGGATGCAGGCCCGATAGTTTTACTATAAATTCACT
TATTACCGAACTTTGCAAGCATGGCCGGCCGGATTATGCGAATGCATTGTTCAACCACATGAGGAAGGTAGGCTGGCTGGATAGGAAGTTTACTTATAACAGTTTGGTTGATGGCCTCTGTAAATATGGGTGGTTGCTGAAGGCAGTTAAAATCTTTACCAAAATGCTGCGAAGAGGCCATCATCCCAATGTTTCTGTGT
ATAATAATCTGATAGAACGGCTCTGCACTGAACAACTGTTGCGAGAGGCTTGGCGATTGCGAGACTTGATTGTTGACAAAGGATTTATTTCTAATGTTAAGAATTACAATGCTGTGATCAATGGACTCTGTATGGCAGGCAGAATCAAAATGGCTCACAAGGTTTTCCAGGAAATGTTATATAAGGATTGGATTCCTAAC
CACCATACATACAATATTCTTTTCAGAGGTCACTGTATTCATGGGGATATAGCAGAGGCCATGATGTTTCTTGATGAAATGCGGCAAAAGGACTGGCAACCTGACTTTGACGCATGCAATACATTGATCAGGGATCTTTGCAGTAGTGGGAGTGCTGAAAAGGCTTCTGCATTGCGAAACATGATGGTCGAGAAAGTTTG
CAAGATTGATCTTGTCACGGACAATGTTTTACTTTGTGAACTTTGCAAAGTTGGGGATATGCACGGGGCTTCAAAACTATTACATGAAATGCTGGATGAGGGTTTAGTTTTTGAAAATATCAGCTACGATGCTGTGATTGATGGTTATTGCAAGAAACAGAATACTGCTGAAGCTATGAAGGTCTTCAATGAAATTATGC
AGAGAGGTTGTCAGCCAAATATCTCAACCTACAACATTTTGATGAATGGGCTTGTCAATGATGGCAGAGTGGGTGAAGGTGTTAAGCTGCGAGATTCTATGTTGAATAAAGGCTGTGCCCCAGACTTGACAACTTATAACTTGTTAATTGGTGGGCTGTGCAAAGAAGGAGATCTGCAAGGGGCAGACCTCCTTTTGCTT
CATTTGGTGGAGGATGGTTTGGTTCCTAACAACTTTACTTTTATGGTGTTCTTTGACAAGCTCTACAGGGAAGGGAAATTGCAAACCGGTGTCTCTGAATTGGACGAATTGCTGAGTGAATTCTGTTTGAATGCAGTTTTGTAGTATCGGGTTTCCAGCCACTTTATATTAAATGTTTTTGCTGTACTTTTGTAGTGAAT
ACTGAAATGAATGACCTTCAAATACCATTGAAAAGCTGCTCTTCGATCAAGGAAGAGACAAAGCTAGATCATTACAAAACATCCTTCTTGCCATTGAAATGAGAAGTTGAAACAAATTACAGAGATGGAATTCATATGGGCACAAATTACAGAGTTGAAACAAATTAAAATCTTAGCGAAGGATCTCTCAAAACTTGATG
GGCTATAATATTGGTATTCATATGGGCACAAAGATATTCTAGTTGCCCTGTTATCTACATGCTTACCAATCTGAGATATGGCTCTTTTTATCCATGCTCTGCTTTCCATTTTTCACCTGGGATGGAACCATTCTTGTGTTGTTAACCCCCAATCGTGCCTGCACTACTAGAAGGTTAAAATCCAGCAAGATTCGATCAGG
CTGGTTACATTGTTCGTTGATCCAGGCATGCACATTGATCAGAAGGGCCACATGACATGGGGATTCAAGCATGTTGAGTTAGTAAAAGAAGCAAGTCCCAATGAAATTACTTATTTGTATTTTTATTCTGTTCTTTTTGGGCATGTCTATTATTACCATTTTCTTTATGTGACAGGTACAGGTTCAGTATCAAGTCTTCA
AGCAATAGTATACTATTTTTCGTGGGAAAAAAAGTCTTCAAGCAAGCAATGAGGATGATGGTCAAGGTTTGGTGGATAGAAGAATGTTGAGTTAAGAACACGAGTAAAGGCAGGTTTTTTTGTTGATTTGACAGTGTATATATCCCAGTCTTGGCTCCCAGATCTCTTTCCTGTCAAGACAGAATTGTAAGAAGCAGCCA
GAAAACAGTGATGGCAGCATGCAATTGCAGATTTGGAGGTTTCCTAAGACAAAAAAATCAATAGACAGCAGACTGCTGGGTTGTAGCAAATCAAAAGCAGAGATCTGCTCTCACTTTTTACAGGTAGATGTCTACAAGAATGATGATTGACAGAATACCAAGAACCTGCAGTCAAAACAGCCAATTATTAGGTGAGATTA
AGTGCCAAAATCTGCTGTCCTAAGCACATTTGACAGCAAGGAAAGCCTCCAAAAACCTGCATTAACAAACTCAAAACATTGTATGAAGAAAGCACATGTATGAGGGTACATGTATCACTGTTGAAGAGGCTAATAAGAGGGGTGCATTGGAAAGAAGGAGAAGGGTGCACTTAAGGAAGGTGAAGACCACAAGTTGGGGG
AGGAACTAACCCTTTGTTGGAGACGTGGGTTCACGCATGAGAAGGTTACTTCAGTTAGTTAGTGGGCGCATGGATGGAGCAAAGGTGTTGTTTTGTGTTAGTCAATAGGCAGGGCTCCGGCGCACATCAGTTTAGCTGTCAGTTAAAAGACCACTTCATGGCCAGTTTGCATGCATGGTTTAGTTAAGTGAAGCATGTGA
AAGAAGGCTTGAGTGCGAACTAATTAGTTGTAACAACAGTTAAGAAGGGGTGCACCATGCTTGCAAATTAGTCCAAGTTAAGAAGAGGGGTGCACCTACCAAAGAGGCAGTTAAGGAGGGGCACAGCTTACCTAAGAGAACAAATAGTACTACTTGAGGATTAAATATGCATGAGCTTAGTTTTGGAGTTCAGTGGACAT
AAACATGAGAGGAGGGTGCCTAGCACACATTCAAAGAGGAGTCCTTCACCAGACTACTACAACAATTAGAGGTTGACTTGCATGAGGTCTCTCTTGGAGGTCTTTATTATTCAGAGTTTGAGCAAGAGGAAAGGTTAGACATTCGTTTTGGGAGCACTATTGGCCGCAGCGGAACTCTCTTCACTTCTCCATCCACCATT
CTCCAACCACCACTATCATTTGCTGGCGAGGAGATCATTGGCAGCCTGTTGCATGTCAACCACTATGGTGCAAACAGTCACTTCGTAAGGTGTGATAAATTGGATTATGCTTTATACTAGTTCTTTTTCTCGTTTGATGTTAATTGATTATTGGGAAATGTTCGGTGTTTCCCTCTTGCTCTTGTTTTGATTTATTTAAT
CGCTCAACGACGCAAATTTCTTCATTTCTTTTCATTGGTTTTTCTTGTTAAAGTCTCTTTAAAATATTGTTCTGAACCTTCAAGTTCGACATTTTAGATAACCCTCCCTCTTTAAATGCTTTAGGACAGTCAAAAGGGAGCTATAGATGCTGTTTTCTCTTACTTTTCTGTGCAGATTTGCAGATCAAATTATAGCATGT
GACCTCTGGGGACACCCTCCTTGGACTGGAAAAGCACCCCCGTTGGACTGGAAAAGCACCAGTCCGAAACGGAGAGACATCTAGCTGTGACAGGACTAGGAGGCCTATAATTATTGGGCTGATCTATTGGTGCAGATCCGTGCGATAACACGTGTGAACCTTTCTGTCACCCTCTTTGGTTGAGCAAGTGCGATTGCCAC
CCTCTCCTCTTGATCAAATCAAAGGTGCACAAAATTATAACACTAGCATCAATAACCCATGGAACCAATACCATGTTAAAATTGAACATTATTGCACCAATAAGAGCTAGTAGGAAGAGAGGCAAAAATATAAAGCATCTATGAATTAAAAACTCATTTTTTGTCAATAGAGGTTTACCAGGTTCGTAAAAGCAGGCTTC
TGTTATTTCTCTCTCCAGGTCAAGTCTCTGTAGAGAAGTTTTCTCTTCATGGGTTGTTTGTGCGTGTGCTTTTAACTGCGTTGGGGCCAAGGGCAAACCATGGGCATCTTTGGCAGAATAGATACCTCCCACTTGCAGCTTCTTAGCTGAAGGAGCTTGAGTGATTGAATTTTGTAAGCCAGCTTCGCTTCATTGAATAT
ATTCTTATATTGTGAAGTTGCATGCTTGCCACATTAAAATATGAGAAGCATAGGTCAAAAAAGAAAAAAATTAGTACACAATTTGAATAAGTTGAGCTTTTTATACAAACTTGGCATAAAGTAGCGACCTCAGCATTCTAAATTTGTTAACAGTTAACCAACTAATCATTTTAAATCTGCTCACGCTGACTAATAACTAA
TACGAATCAACACTGAGTTTTACTGAATTGTGTTAAAATCTAGAACTCACTTAAGTACACAAGATTTGAATTGAAATCATCTTGAGTTTCATTATAATAAATTGAAGAATAGAGGATGTCAGAGATGTAACTCCAAAAGGACCGCTGCAATTTTACTCTTAAATGAAATACAATCTGGAGCAGTGCAATATAGAAAAGAA
ACCAAAGATTCTTATGCCAATTCTGATTTTTCTAAACTTCTCTCCATCACACTCTCACAGCAGACCAACTATAAAATAAAAAAAGAGAGAGAAGGTACTACAAGTAAAGAACACCAAGAAATAGAAAAAAATGCAGTTGCTATTTGCCAGGCCCAGTCAGAAAATGCTGATTGAGAAGAAAACCCTCAAATGATCGTAGC
TACAGATATTTACTATTTGTAGTAATGGTTTTTCTTTTCCTGGGTATAATTAACTTTCATGTTGAGCATTGTGTGCTTTTCAGGTGTTGGCTGAAGCCTGTGAAATCTTAAAGGTTCTCAAGCAATTAGAGGTCCCCAAGAAAATTAATTTGCTCCAATGTGCAACATTCTTTTGCCTGGAGGCAAATCATATCTTGATA
GACGGAAGGTTGCTGCTCTTCCCAAGTTACTGCCTCCTACTGATCTAAAAATATCACGAGGACACTCAGAAATTGCCCTTGGGAAAGTGAATCTGATACAAGTTTACTCATATTAGTCCTTTTACATACCATGGAGCTTTGCCAAGTCCAAGCTGAAATGAATTGGCGGCTACAGTATTACTATGTCCAAATGTGGAATT
CTGTATGTAGATTCATCAACGTACTTAAAATATATAATTTCAAATTGGTATCTGTTGTAATCTTGGCATGTTCAGCACGATAGATATGCCATATATTTGCATGAAACGTACACTGCAATATGCTTTTATGACTGTTAATTGCCGTTGGAAGCACCCAATCTTGGCAATCTTTGTTCTTAACTGCTACCAAGGTTTGATTC
CTTGGACCGAAATCAATAATGGCCGAGCCTGATAACTTCTCCTTCATATGTAGTGGCATTGGAGCTTTGGTAATGACTGTCCTTGTGCAACTAAACTAATTGTACCTAGCTGAAACCTCTAGATCTCGTGCTCTTATAGTATCCAAATAAAGAAGCACAGACTGGAAAATTGATACTGAGCACAGCCCATGCAAGCTGCA
GGTATTCCACATCCTCATGGAAATATCCTCGAGAGTTGGAAATCATCGGGACTGAATGAATTGACATTGTTATGTCAGTGGCTCTCATGATAATATTCCACCTTTTGTAGTAATTGCAGGTTTACAATCTGGGGTTAGAACATGCAGTTTAAAATTTCATTAGTAAATGATCATCATAATCACTTGAAGGGCATCCCACC
GAGTGATTGTCATCAGCTAATAATAATAGGATCCAAAAGGATATGCAGTAGAATAGTATGTTTGCAATTTGGCCTTAATCTTAAGTCCTATGCCACCAACATGTACATTTGGGATATAGTTATTTTTCTAAGTACAGTACTTTATTATTTGGGGTTGATAGTTATATGGTTATCTCTTACATGGTGGTTATTGGTTAATG
TATTTTATATGTAACTTATGTGTAAATACAAGATTGATTTTGGCTTTTGCTTTTGTTTTTTTTTGCCATCTCCCTATCTTTATGGTTATTCTTCTTTTTCTT

>TRINITY_DN44468_c1_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCCGGCCAAAAACAAAGGGGAGTTTACTGTTATATATATAAAGAATACCCTTAGCATACAACTCAGTGACACGTCCTGGCAGTTTGATCCTGCCCTGGGTCTTTCCTGTAAACAAATCCCTGAAGCCCATTGCAGTCGATTGTATGTATGAATGAGCATGACGTTAGAAGGTCGATTCCCATCATCCACACTCTCCATGG
CAACCAGTCACTGGCAATCCGGTATGTCTTTTTCTATTCTCTTTTCAACTTTCGACTGTTTCTGTTAATCAGAAGCCATGAGGTCCTCAATTCTCAAGCTTTCAAAAGCTTTAGCCTCCTCAAAATCATTGCCATCGAAGGCTGGCAACTCTCGCCCAGTCGCCACACCCACAGAGTCTCGACCTCACGACCTTCCAATA
CAGAGAAAATATGCGCAAGAAGACAAAATGCCACTAAATATACTAGTAAGGAGCATTGCCTCCATAGTGAAAAGAACGGAACGGTGGGAAAGCTGTGTAAATGAAATATTATCCGCGGCTTCTTCTCAACTCACCCCCAAAATAGCAGTTCAAGTCATTAAACGAATACACAACCGAAAATTATCTCTGAATTTCTTTGA
ATGGTTGGAGCTGAACGAGGGCTTTCAACATGATGCCTATACTTTCTCAGCAATCATTAAAGTATTAACCAAGAACACAGGCAAGAGTGGTTATTACATATATCAGGCAAATGCTATACTGGAGGAAATGATTGGCCGGGGTTTTGATCCTGGGTCCAAAGATTTTGATGGTATCATTAAGGGTTTTGTTCAAGCTGGGA
GAGTGGAGGATGCTCTGCAGTCTCTAGCTCATATGAAATCCCGAGGACTCGTACAGGCGACCTCAACATCCAATGAAGTCCTGGATGCTCTTTGTTATCGGAATAAGGCGGAGGAAGCCTGGGAAATTTTTAATGACTTGATAGAAGGTGGTGAGGATAGGGGGTTTGATCACAGAACCTTTAACGTAATGATTAAATTG
CTTTGCATTCAAGGCAAGATGGCTGATGCTGATGAGCTTTTTGATCGAATGAGGCAAAGAGGTTGTGTGCCAGACTTGGTCACATACAATATCCTCATTGAGGGGCACTGCAAGAAGGGCAGTATGGAGGAGGTCTGTAGGCTTGTACAGAGGATGTTGGAGCAGGGATGCAGGCCCGATAGTTTTACTATAAATTCACT
TATTACCGAACTTTGCAAGCATGGCCGGCCGGATTATGCGAATGCATTGTTCAACCACATGAGGAAGGTAGGCTGGCTGGATAGGAAGTTTACTTATAACAGTTTGGTTGATGGCCTCTGTAAATATGGGTGGTTGCTGAAGGCAGTTAAAATCTTTACCAAAATGCTGCGAAGAGGCCATCATCCCAATGTTTCTGTGT
ATAATAATCTGATAGAACGGCTCTGCACTGAACAACTGTTGCGAGAGGCTTGGCGATTGCGAGACTTGATTGTTGACAAAGGATTTATTTCTAATGTTAAGAATTACAATGCTGTGATCAATGGACTCTGTATGGCAGGCAGAATCAAAATGGCTCACAAGGTTTTCCAGGAAATGTTATATAAGGATTGGATTCCTAAC
CACCATACATACAATATTCTTTTCAGAGGTCACTGTATTCATGGGGATATAGCAGAGGCCATGATGTTTCTTGATGAAATGCGGCAAAAGGACTGGCAACCTGACTTTGACGCATGCAATACATTGATCAGGGATCTTTGCAGTAGTGGGAGTGCTGAAAAGGCTTCTGCATTGCGAAACATGATGGTCGAGAAAGTTTG
CAAGATTGATCTTGTCACGGACAATGTTTTACTTTGTGAACTTTGCAAAGTTGGGGATATGCACGGGGCTTCAAAACTATTACATGAAATGCTGGATGAGGGTTTAGTTTTTGAAAATATCAGCTACGATGCTGTGATTGATGGTTATTGCAAGAAACAGAATACTGCTGAAGCTATGAAGGTCTTCAATGAAATTATGC
AGAGAGGTTGTCAGCCAAATATCTCAACCTACAACATTTTGATGAATGGGCTTGTCAATGATGGCAGAGTGGGTGAAGGTGTTAAGCTGCGAGATTCTATGTTGAATAAAGGCTGTGCCCCAGACTTGACAACTTATAACTTGTTAATTGGTGGGCTGTGCAAAGAAGGAGATCTGCAAGGGGCAGACCTCCTTTTGCTT
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