sp|Q6ZJ05|URH1_ORYSJ ----> Probable uridine nucleosidase 1

Intron 1 GTACACTGAC ... GGTGTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.8	61	79	75
A2	54.88	67	96	67
A3	57.21	49	82	49
A4	56.06	58	73	75
A5	57.8	23	37	26
A6	47.49	68	53	70
A7	56.54	108	159	122
A8	54.89	53	63	66
A9	60.1	82	127	120
A10	54.52	83	118	81

>TRINITY_DN113013_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

GTCACTGTACTCTTCTGAGAGTCTCACAAGCCCCTGTTACTTCCCATTAGCTGGCACTGTGAAAAGTCCCAATCAGCGGGAAATCAAGGGCGATTTTTTTGACCCAATCAGCTAGAAATCAAACCTAGACTCCGAGGCAAATTTTTTTACTGGTGGAGGCGGAGGGTACCACTTCAATGGTTATATCACACCATTATTGT
GGCATACCCTCTTCGAAACCATGAAACAAAGTACACTCCGAGAACGTGCCACAGACTAGTTGGATTACTCTCAACGCAACCCACCATGGGATGATCCCATTTTTCTATGGGAAAAGACAAATTGGAAGCAAATCACAATGTGCGGTCAGACTGTATTTGTGTTTAAAAACGAATCGAATCAGGGAGGAGTATCCAATTGA
GGCCCAATTGAGGAATTTTGGAACTTGTCTCTCCGACCCCGGTGGAGCAAATTGAGCATAAATGCGTTGGTGGTTGTCTGCTTTTTAAAGAATGTGAAAGGGAATCATAAGCCATCATCTAATTAAATTACCTTTATTGTTTATATTTTCAATCGGAGATCTGCCGGGATCGAAGTTTCAGCTGATTCTTCTATTGTGGG
GCGTTGGATTCCAGTAAAGCTGGAGGCCATTACACAAGGAAGCAAGGAAGCAAGGATGGTGCAGAGTTTAGATTCAGAAGTAATTGCAGATTCAGATTGTTGCTCCGTTAGTTTGCCTGTTCAGAAAACGAAACTTATAATCGATACAGATCCTGGAGTTGATGATGCAATTACAATATTAATGGCATTCCAGTTGCCTG
ATGTAGAGGTGATTGGTCTGACAACAATCTTTGGTAATGTGACCACTAAGGATGCCACACAAAACGCTTTGCACTTGTGTGAAGTTGCAGGGTTTCCAGATATACCAGTTGCTGAAGGCATCCCAGAGCCTTTAAAGAGAGGTCCACCTTTTATTGCAGACTTTATTCATGGATCTGATGGGCTAGGGAACACTTTTCCT
CTTCCTCCAAAAAACAAAAAGATCGACAAAAATGCCTGTGAATTTCTAGTTGACAAAGTGTCTGAATATCCGGGTGAAGTGACCATTCTTGCATTAGGACCATTAACTAATATTGCTTTGGCAGTTAAAAAGGATAGGTTATTTGCAAGCAAAGTGAAAAAGATTGTGATACTTGGCGGTTCATTTTTTGCAAGTGGCAA
CATAAACCCTGCTGCAGAAGCTAATGTTTACGGGGATCCTGAAGCTGCTGATATTGTGTTCACTTGTGGAGCAGAAATTGTAGTAATTGGCCTAAATGTTACCACACAGGTCCTGATGACCTATCAGGACCTGTGTGAATTGCGGGATTCAGAAGGAAGATATGGAAGATACATCTATAACATTTGTCAGTTCTACAGAG
ATTGGCATGTGAAGTCAGATGGCATTGATGGGATTTATCTACATGATCCCACTTGTTTTGCAGCCTTACTTAAACCTCATCTTTTCGAATTTAAGAAGGGTGCTGTACGTGTAGAGACTCAGGGTATCTGCACCGGGCATACTTTAATGGATCTGGGATTGAAAAATTGGAATTCAGCCAATCCTTGGACAGACGTTCAA
CCTGTTTCAGTTGCTTGGACAGTTGATGCTGCAGCAGTCATCAATCTTGTAAAGGAGCTTTTGAAGAAGCCTTGAAGAATTCTTAAACTTTTTCGTGGTTCATTTCTCCATTTGGAGGTGTGTCTCATATTACGTGTATAACAAAGAAACTGATTACAATTGACAGCGAATATGACTGATATCATCCCTGCCAAGGCCCA
GAATTCTTGGGTCATGTGGCTTATACTTGTTTTCAGGTTGTCAAATCTCGGTAACAAGCCTAATATGTGCATGTAATTTCTGGGGAACGATTAGAGGCCTTCTCTACTAACATTCCTTCCTGGTAATTATTGGAAAAACACAATCTTGATTTCTGTGTTGTTCATGGGAAGTAATTGTGAATTTTAGTTACACTGATCTG
TATACAAAATATATTCATGTAGCATAATCAACACATCTATACAAAATATATTCATGTACCATACTCAACACATCTATAAAG

>TRINITY_DN113013_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTCACTGTACTCTTCTGAGAGTCTCACAAGCCCCTGTTACTTCCCATTAGCTGGCACTGTGAAAAGTCCCAATCAGCGGGAAATCAAGGGCGATTTTTTTGACCCAATCAGCTAGAAATCAAACCTAGACTCCGAGGCAAATTTTTTTACTGGTGGAGGCGGAGGGTACCACTTCAATGGTTATATCACACCATTATTGT
GGCATACCCTCTTCGAAACCATGAAACAAAGTACACTCCGAGAACGTGCCACAGACTAGTTGGATTACTCTCAACGCAACCCACCATGGGATGATCCCATTTTTCTATGGGAAAAGACAAATTGGAAGCAAATCACAATGTGCGGTCAGACTGTATTTGTGTTTAAAAACGAATCGAATCAGGGAGGAGTATCCAATTGA
GGCCCAATTGAGGAATTTTGGAACTTGTCTCTCCGACCCCGGTGGAGCAAATTGAGCATAAATGCGTTGGTGGTTGTCTGCTTTTTAAAGAATGTGAAAGGGAATCATAAGCCATCATCTAATTAAATTACCTTTATTGTTTATATTTTCAATCGGgtacactgacaaggtcacgctccctgttcttcggattgccttat
cagacagaatccattctgaatcctttatttttcatttgggtgtctcagAGATCTGCCGGGATCGAAGTTTCAGCTGATTCTTCTATTGTGGGGCGTTGGATTCCAGTAAAGCTGGAGGCCATTACACAAGGAAGCAAGGAAGCAAGGATGGTGCAGAGTTTAGATTCAGAAGTAATTGCAGATTCAGATTGTTGCTCCGT
TAGTTTGCCTGTTCAGAAAACGAAACTTATAATCGATACAGATCCTGGAGTTGATGATGCAATTACAATATTAATGGCATTCCAGTTGCCTGATGTAGAGGTGATTGGTCTGACAACAATCTTTGGTAATGTGACCACTAAGGATGCCACACAAAACGCTTTGCACTTGTGTGAAGTTGCAGGGTTTCCAGATATACCAG
TTGCTGAAGGCATCCCAGAGCCTTTAAAGAGAGGTCCACCTTTTATTGCAGACTTTATTCATGGATCTGATGGGCTAGGGAACACTTTTCCTCTTCCTCCAAAAAACAAAAAGATCGACAAAAATGCCTGTGAATTTCTAGTTGACAAAGTGTCTGAATATCCGGGTGAAGTGACCATTCTTGCATTAGGACCATTAACT
AATATTGCTTTGGCAGTTAAAAAGGATAGGTTATTTGCAAGCAAAGTGAAAAAGATTGTGATACTTGGCGGTTCATTTTTTGCAAGTGGCAACATAAACCCTGCTGCAGAAGCTAATGTTTACGGGGATCCTGAAGCTGCTGATATTGTGTTCACTTGTGGAGCAGAAATTGTAGTAATTGGCCTAAATGTTACCACACA
GGTCCTGATGACCTATCAGGACCTGTGTGAATTGCGGGATTCAGAAGGAAGATATGGAAGATACATCTATAACATTTGTCAGTTCTACAGAGATTGGCATGTGAAGTCAGATGGCATTGATGGGATTTATCTACATGATCCCACTTGTTTTGCAGCCTTACTTAAACCTCATCTTTTCGAATTTAAGAAGGGTGCTGTAC
GTGTAGAGACTCAGGGTATCTGCACCGGGCATACTTTAATGGATCTGGGATTGAAAAATTGGAATTCAGCCAATCCTTGGACAGACGTTCAACCTGTTTCAGTTGCTTGGACAGTTGATGCTGCAGCAGTCATCAATCTTGTAAAGGAGCTTTTGAAGAAGCCTTGAAGAATTCTTAAACTTTTTCGTGGTTCATTTCTC
CATTTGGAGGTGTGTCTCATATTACGTGTATAACAAAGAAACTGATTACAATTGACAGCGAATATGACTGATATCATCCCTGCCAAGGCCCAGAATTCTTGGGTCATGTGGCTTATACTTGTTTTCAGGTTGTCAAATCTCGGTAACAAGCCTAATATGTGCATGTAATTTCTGGGGAACGATTAGAGGCCTTCTCTACT
AACATTCCTTCCTGGTAATTATTGGAAAAACACAATCTTGATTTCTGTGTTGTTCATGGGAAGTAATTGTGAATTTTAGTTACACTGATCTGTATACAAAATATATTCATGTAGCATAATCAACACATCTATACAAAATATATTCATGTACCATACTCAACACATCTATAAAG

Intron 2 GTATGAATTC ... GAAACAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.68	75	22	0
A2	9.59	66	7	0
A3	17.02	78	16	0
A4	19.47	91	22	2
A5	8.33	33	3	2
A6	15.08	152	27	0
A7	17.41	204	43	0
A8	17.44	142	30	0
A9	18.41	195	44	0
A10	24.37	180	58	0

>TRINITY_DN98517_c0_g2_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

CTCATAGATACGTCACTGTACTCTTCTGAGAGTCTCACAAGCCCCTGTTACTTCCCATTAGCTGGCACTGTGAAAAGTCCCAATCAGCGGGAAATCAAGGGCGATTTTTTTGACCCAATCAGCTAGAAATCAAACCTAGACTCCGAGGCAAATTTTTTTACTGGTGGAGGCGGAGGGTACCACTTCAATGGTTATATCAC
ACCATTATTGTGGCATACCCTCTTCGAAACCATGAAACAAAGTACACTCCGAGAACGTGCCACAGACTAGTTGGATTACTCTCAACGCAACCCACCATGGGATGATCCCATTTTTCTATGGGAAAAGACAAATTGGAAGCAAATCACAATGTGCGGTCAGACTGTATTTGTGTTTAAAAACGAATCGAATCAGGGAGGAG
TATCCAATTGAGGCCCAATTGAGGAATTTTGGAACTTGTCTCTCCGACCCCGGTGGAGCAAATTGAGCATAAATGCGTTGGTGGTTGTCTGCTTTTTAAAGAATGTGAAAGGGAATCATAAGCCATCATCTAATTAAATTACCTTTATTGTTTATATTTTCAATCGGGTACACTGACAAGGTCACGCTCCCTGTTCTTCG
GATTGCCTTATCAGACAGAATCCATTCTGAATCCTTTATTTTTCATTTGGGTGTCTCAGAGATCTGCCGGGATCGAAGTTTCAGCTGATTCTTCTATTGTGGGGCGTTGGATTCCAGTAAAGCTGGAGGCCATTACACAAGGAAGCAAGGAAGCAAGGATGGTGCAGAGTTTAGATTCAGAAGTAATTGCAGATTCAGAT
TGTTGCTCCGTTAGTTTGCCTGTTCAGAAAACGAAACTTATAATCGATACAGATCCTGGAGTTGATGATGCAATTACAATATTAATGGCATTCCAGTTGCCTGATGTAGAGGTGATTGGTCTGACAACAATCTTTGGTAATGTGACCACTAAGGATGCCACACAAAACGCTTTGCACTTGTGTGAAGTTGCAGGGTTTCC
AGATATACCAGTTGCTGAAGGCATCCCAGAGCCTTTAAAGAGAGGTCCACCTTTTATTGCAGACTTTATTCATGGATCTGATGGGCTAGGGAACACTTTTCCTCTTCCTCCAAAAAACAAAAAGATCGACAAAAATGCCTGTGAATTTCTAGTTGACAAAGTGTCTGAATATCCGGGTGAAGTGACCATTCTTGCATTAG
GACCATTAACTAATATTGCTTTGGCAGTTAAAAAGGATAGGTTATTTGCAAGCAAAGTGAAAAAGATTGTGATACTTGGCGGTTCATTTTTTGCAAGTGGCAACATAAACCCTGCTGCAGAAGCTAATGTTTACGGGGATCCTGAAGCTGCTGATATTGTGTTCACTTGTGGAGCAGAAATTGTAGTAATTGGCCTAAAT
GTTACCACACAGGTCCTGATGACCTATCAGGACCTGTGTGAATTGCGGGATTCAGAAGGAAGATATGGAAGATACATCTATAACATTTGTCAGTTCTACAGAGATTGGCATGTGAAGTCAGATGGCATTGATGGGATTTATCTACATGATCCCACTTGTTTTGCAGCCTTACTTAAACCTCATCTTTTCGAATTTAAGAA
GGGTGCTGTACGTGTAGAGACTCAGGGTATCTGCACCGGGCATACTTTAATGGATCTGGGATTGAAAAATTGGAATTCAGCCAATCCTTGGACAGACGTTCAACCTGTTTCAGTTGCTTGGACAGTTGATGCTGCAGCAGTCATCAATCTTGTAAAGGAGCTTTTGAAGAAGCCTTGAAGAATTCTTAAACTTTTTCGTG
GTTCATTTCTCCATTTGGAGGTGTGTCTCATATTACGTGTATAACAAAGAAACTGATTACAATTGACAGCGAATATGACTGATATCATCCCTGCCAAGGCCCAGAATTCTTGGGTCATGTGGCTTATACTTGTTTTCAGGTTGTCAAATCTCGGTAACAAGCCTAATATGTGCATGTAATTTCTGGGGAACGATTAGAGG
CCTTCTCTACTAACATTCCTTCCTGGTAATTATTGGAAAAACACAATCTTGATTTCTGTGTTGTTCATGGGAAGTAATTGTGAATTTTAGTTACACTGATCTGTATACAAAATATATTCATGTAGCATAATCAACACATCTATACAAAATATATTCAT

>TRINITY_DN98517_c0_g2_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AGATCTGCCGGGATCGAAGTTTCAGCTGATTCTTCTATTGTGGGGCGTTGGATTCCAGTAAAGCTGGAGGCCATTACACAAGGAAGCAAGGAAGCAAGGATGGTGCAGAGTTTAGATTCAGAAGTAATTGCAGATTCAGATTGTTGCTCCGTTAGTTTGCCTGTTCAGAAAACGAAACTTATAATCGATACAGATCCTGG
AGTTGATGATGCAATTACAATATTAATGGCATTCCAGTTGCCTGATGTAGAGGTGATTGGTCTGACAACAATCTTTGGTAATGTGACCACTAAGGATGCCACACAAAACGCTTTGCACTTGgtatgaattcagagttgttttctacttttttgccttgttccatttaggctttcaatatgttagattcatcaaatggaaa
atataagtgttaatcaaaatgaatgacaaggcagctgttcatagtgatttgattctggctcatgtctaagattgctattgtttcctaaagctgatagattggctctctgtatctatgaggtttctaatagggaaacaacagTGTGAAGTTGCAG

Intron 3 GTGGTTGTCT ... GGTGTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55	63	79	75
A2	55.47	61	85	67
A3	59.06	52	101	49
A4	54.98	61	74	75
A5	57.69	22	34	26
A6	52.89	57	58	70
A7	61.93	75	122	122
A8	61	39	56	66
A9	59.4	81	117	120
A10	53.89	80	106	81

>TRINITY_DN35108_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

AAAAAATATTCTCATAGATACGTCACTGTACTCTTCTGAGAGTCTCACAAGCCCCTGTTACTTCCCATTAGCTGGCACTGTGAAAAGTCCCAATCAGCGGGAAATCAAGGGCGATTTTTTTGACCCAATCAGCTAGAAATCAAACCTAGACTCCGAGGCAAATTTTTTTACTGGTGGAGGCGGAGGGTACCACTTCAATG
GTTATATCACACCATTATTGTGGCATACCCTCTTCGAAACCATGAAACAAAGTACACTCCGAGAACGTGCCACAGACTAGTTGGATTACTCTCAACGCAACCCACCATGGGATGATCCCATTTTTCTATGGGAAAAGACAAATTGGAAGCAAATCACAATGTGCGGTCAGACTGTATTTGTGTTTAAAAACGAATCGAAT
CAGGGAGGAGTATCCAATTGAGGCCCAATTGAGGAATTTTGGAACTTGTCTCTCCGACCCCGGTGGAGCAAATTGAGCATAAATGCGTTGAGATCTGCCGGGATCGAAGTTTCAGCTGATTCTTCTATTGTGGGGCGTTGGATTCCAGTAAAGCTGGAGGCCATTACACAAGGAAGCAAGGAAGCAAGGATGGTGCAGAG
TTTAGATTCAGAAGTAATTGCAGATTCAGATTGTTGCTCCGTTAGTTTGCCTGTTCAGAAAACGAAACTTATAATCGATACAGATCCTGGAGTTGATGATGCAATTACAATATTAATGGCATTCCAGTTGCCTGATGTAGAGGTGATTGGTCTGACAACAATCTTTGGTAATGTGACCACTAAGGATGCCACACAAAACG
CTTTGCACTTG

>TRINITY_DN35108_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAAAAATATTCTCATAGATACGTCACTGTACTCTTCTGAGAGTCTCACAAGCCCCTGTTACTTCCCATTAGCTGGCACTGTGAAAAGTCCCAATCAGCGGGAAATCAAGGGCGATTTTTTTGACCCAATCAGCTAGAAATCAAACCTAGACTCCGAGGCAAATTTTTTTACTGGTGGAGGCGGAGGGTACCACTTCAATG
GTTATATCACACCATTATTGTGGCATACCCTCTTCGAAACCATGAAACAAAGTACACTCCGAGAACGTGCCACAGACTAGTTGGATTACTCTCAACGCAACCCACCATGGGATGATCCCATTTTTCTATGGGAAAAGACAAATTGGAAGCAAATCACAATGTGCGGTCAGACTGTATTTGTGTTTAAAAACGAATCGAAT
CAGGGAGGAGTATCCAATTGAGGCCCAATTGAGGAATTTTGGAACTTGTCTCTCCGACCCCGGTGGAGCAAATTGAGCATAAATGCGTTGgtggttgtctgctttttaaagaatgtgaaagggaatcataagccatcatctaattaaattacctttattgtttatattttcaatcgggtacactgacaaggtcacgctcc
ctgttcttcggattgccttatcagacagaatccattctgaatcctttatttttcatttgggtgtctcagAGATCTGCCGGGATCGAAGTTTCAGCTGATTCTTCTATTGTGGGGCGTTGGATTCCAGTAAAGCTGGAGGCCATTACACAAGGAAGCAAGGAAGCAAGGATGGTGCAGAGTTTAGATTCAGAAGTAATTGC
AGATTCAGATTGTTGCTCCGTTAGTTTGCCTGTTCAGAAAACGAAACTTATAATCGATACAGATCCTGGAGTTGATGATGCAATTACAATATTAATGGCATTCCAGTTGCCTGATGTAGAGGTGATTGGTCTGACAACAATCTTTGGTAATGTGACCACTAAGGATGCCACACAAAACGCTTTGCACTTGGGTTTCCAGA
TATACCAGTTGCTGAAGGCATCCCAGAGCCTTTAAAGAGAGGTCCACCTTTTATTGCAGACTTTATTCATGGATCTGATGGGCTAGGGAACACTTTTCCTCTTCCTCCAAAAAACAAAAAGATCGACAAAAATGCCTGTGAATTTCTAGTTGACAAAGTGTCTGAATATCCGGGTGAAGTGACCATTCTTGCATTAGGAC
CATTAACTAATATTGCTTTGGCAGTTAAAAAGGATAGGTTATTTGCAAGCAAAGTGAAAAAGATTGTGATACTTGGCGGTTCATTTTTTGCAAGTGGCAACATAAACCCTGCTGCAGAAGCTAATGTTTACGGGGATCCTGAAGCTGCTGATATTGTGTTCACTTGTGGAGCAGAAATTGTAGTAATTGGCCTAAATGTT
ACCACACAGGTCCTGATGACCTATCAGGACCTGTGTGAATTGCGGGATTCAGAAGGAAGATATGGAAGATACATCTATAACATTTGTCAGTTCTACAGAGATTGGCATGTGAAGTCAGATGGCATTGATGGGATTTATCTACATGATCCCACTTGTTTTGCAGCCTTACTTAAACCTCATCTTTTCGAATTTAAGAAGGG
TGCTGTACGTGTAGAGACTCAGGGTATCTGCACCGGGCATACTTTAATGGATCTGGGATTGAAAAATTGGAATTCAGCCAATCCTTGGACAGACGTTCAACCTGTTTCAGTTGCTTGGACAGTTGATGCTGCAGCAGTCATCAATCTTGTAAAGGAGCTTTTGAAGAAGCCTTGAAGAATTCTTAAACTTTTTCCTGGTT
CATTTCTCCATTTGGAGGTGTGTCTCATATTACGTGTATAACAAAGAAACTGATTACAATTGACAGCGAATATGACTGATATCATCCCTGCCAAGGCCCAGAATTCTTGGGTCATGTGGCTTATACTTGTTTTCAGGTTGTCAAATCTCGGTAACAAGCCTAATATGTGCATGTAATTTCTGGGGAACGATTAGAGGCCT
TCTCTACTAACATTCCTTCCTGGTAATTATTGGAAAAACACAATCTTGATTTCTGTGTTGTTCATGGGAAGTAATTGTGAATTTTAGTTACACTGATCTGTATACAAAATATATTCATGTAGCATAATCAACACATCTATACAAAATATATTCATGTACCATACTCAACACATCTATAAAGCTTAGGTTTAATTTCCAGC
GATGTAGTTTTTCTAAACAGTTATGAATTTGATTTAGAGCTTGGAAGCATAGGTCTTGAACTTAACTCCATGCTTATTACGCACAGCACATAAATTTTGGGTTATTGAGGC

Intron 4 GTAAGTAATG ... GTTATTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.24	84	14	21
A2	10.86	78	4	15
A3	18.88	58	16	11
A4	15.12	73	11	15
A5	18.18	36	13	3
A6	13	164	28	21
A7	13.25	203	29	33
A8	15.86	183	29	40
A9	16.03	199	36	40
A10	13.7	189	26	34

>TRINITY_DN38431_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGGAAACAAAAAAATATTCTCATAGATACGTCACTGTACTCTTCTGAGAGTCTCACAAGCCCCTGTTACTTCCCATTAGCTGGCACTGTGAAAAGTCCCAATCAGCGGGAAATCAAGGGCGATTTTTTTGACCCAATCAGCTAGAAATCAAACCTAGACTCCGAGGCAAATTTTTTTACTGGTGGAGGCGGAGGGTACC
ACTTCAATGGTTATATCACACCATTATTGTGGCATACCCTCTTCGAAACCATGAAACAAAGTACACTCCGAGAACGTGCCACAGACTAGTTGGATTACTCTCAACGCAACCCACCATGGGATGATCCCATTTTTCTATGGGAAAAGACAAATTGGAAGCAAATCACAATGTGCGGTCAGACTGTATTTGTGTTTAAAAAC
GAATCGAATCAGGGAGGAGTATCCAATTGAGGCCCAATTGAGGAATTTTGGAACTTGTCTCTCCGACCCCGGTGGAGCAAATTGAGCATAAATGCGTTGGTGGTTGTCTGCTTTTTAAAGAATGTGAAAGGGAATCATAAGCCATCATCTAATTAAATTACCTTTATTGTTTATATTTTCAATCGGGTACACTGACAAGG
TCACGCTCCCTGTTCTTCGGATTGCCTTATCAGACAGAATCCATTCTGAATCCTTTATTTTTCATTTGGGTGTCTCAGAGATCTGCCGGGATCGAAGTTTCAGCTGATTCTTCTATTGTGGGGCGTTGGATTCCAGTAAAGCTGGAGGCCATTACACAAGGAAGCAAGGAAGCAAGGATGGTGCAGAGTTTAGATTCAGA
AGTAATTGCAGATTCAGATTGTTGCTCCGTTAGTTTGCCTGTTCAGAAAACGAAACTTATAATCGATACAGATCCTGGAGTTGATGATGCAATTACAATATTAATGGCATTCCAGTTGCCTGATGTAGAGGTGATTGGTCTGACAACAATCTTTGGTAATGTGACCACTAAGGATGCCACACAAAACGCTTTGCACTTGT
GTGAAGTTGCAGGGTTTCCAGATATACCAGTTGCTGAAGGCATCCCAGAGCCTTTAAAGAGAGGTCCACCTTTTATTGCAGACTTTATTCATGGATCTGATGGGCTAGGGAACACTTTTCCTCTTCCTCCAAAAAACAAAAAGATCGACAAAAATGCCTGTGAATTTCTAGTTGACAAAGTGTCTGAATATCCGGGTGAA
GTGACCATTCTTGCATTAGGACCATTAACTAATATTGCTTTGGCAGTTAAAAAGGATAGGTTATTTGCAAGCAAAGTGAAAAAGATTGTGATACTTGGCGGTTCATTTTTTGCAAGTGGCAACATAAACCCTGCTGCAGAAGCTAATGTTTACGGGGATCCTGAAGCTGCTGATATTGTGTTCACTTGTGGAGCAGAAAT
TGTAGTAATTGGCCTAAATGTTACCACACAGGTCCTGATGACCTATCAGGACCTGTGTGAATTGCGGGATTCAGAAGGAAGATATGGAAGATACATCTATAACATTTGTCAGTTCTACAGAGATTGGCATGTGAAGTCAGATGGCATTGATGGGATTTATCTACATGATCCCACTTGTTTTGCAGCCTTACTTAAACCTC
ATCTTTTCGAATTTAAGAAGGGTGCTGTACGTGTAGAGACTCAGGGTATCTGCACCGGGCATACTTTAATGGATCTGGGATTGAAAAATTGGAATTCAGCCAATCCTTGGACAGACGTTCAACCTGTTTCAGTTGCTTGGACAGTTGATGCTGCAGCAGTCATCAATCTTGTAAAGGAGCTTTTGAAGAAGCCTTGAAGA
ATTCTTAAACTTTTTCGTGGTTCATTTCTCCATTTGGAGGTGTGTCTCATATTACGTGTATAACAAAGAAACTGATTACAATTGACAGCGAATATGACTGATATCATCCCTGCCAAGGCCCAGAATTCTTGGGTCATGTGGCTTATACTTGTTTTCAGGTTGTCAAATCTCGGTAACAAGCCTAATATGTGCATGTAATT
TCTGGGGAACGATTAGAGGCCTTCTCTACTAACATTCCTTCCTGGTAATTATTGGAAAAACACAATCTTGATTTCTGTGTTGTTCATGGGAAGTAATTGTGAATTTTAGTTACACTGATCTGTATACAAAATATATTCATGTAGCATAATCAACACATCTATACAAAATATATTCATGTACCATACTCAACACATCTATA
AAGCTTAGGTTTAATTTCCAGCGATGTAGTTTTTCTAAACAGTTATGAATTTGATTTAG

>TRINITY_DN38431_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGGAAACAAAAAAATATTCTCATAGATACGTCACTGTACTCTTCTGAGAGTCTCACAAGCCCCTGTTACTTCCCATTAGCTGGCACTGTGAAAAGTCCCAATCAGCGGGAAATCAAGGGCGATTTTTTTGACCCAATCAGCTAGAAATCAAACCTAGACTCCGAGGCAAATTTTTTTACTGGTGGAGGCGGAGGGTACC
ACTTCAATGGTTATATCACACCATTATTGTGGCATACCCTCTTCGAAACCATGAAACAAAGTACACTCCGAGAACGTGCCACAGACTAGTTGGATTACTCTCAACGCAACCCACCATGGGATGATCCCATTTTTCTATGGGAAAAGACAAATTGGAAGCAAATCACAATGTGCGGTCAGACTGTATTTGTGTTTAAAAAC
GAATCGAATCAGGGAGGAGTATCCAATTGAGGCCCAATTGAGGAATTTTGGAACTTGTCTCTCCGACCCCGGTGGAGCAAATTGAGCATAAATGCGTTGGTGGTTGTCTGCTTTTTAAAGAATGTGAAAGGGAATCATAAGCCATCATCTAATTAAATTACCTTTATTGTTTATATTTTCAATCGGGTACACTGACAAGG
TCACGCTCCCTGTTCTTCGGATTGCCTTATCAGACAGAATCCATTCTGAATCCTTTATTTTTCATTTGGGTGTCTCAGAGATCTGCCGGGATCGAAGTTTCAGCTGATTCTTCTATTGTGGGGCGTTGGATTCCAGTAAAGCTGGAGGCCATTACACAAGGAAGCAAGGAAGCAAGGATGGTGCAGAGTTTAGATTCAGA
AGTAATTGCAGATTCAGATTGTTGCTCCGTTAGTTTGCCTGTTCAGAAAACGAAACTTATAATCGATACAGATCCTGGAGTTGATGATGCAATTACAATATTAATGGCATTCCAGTTGCCTGATGTAGAGGTGATTGGTCTGACAACAATCTTTGGTAATGTGACCACTAAGGATGCCACACAAAACGCTTTGCACTTGT
GTGAAGTTGCAGGGTTTCCAGATATACCAGTTGCTGAAGGCATCCCAGAGCCTTTAAAGAGAGGTCCACCTTTTATTGCAGACTTTATTCATGGATCTGATGGGCTAGGGAACACTTTTCCTCTTCCTCCAAAAAACAAAAAGATCGACAAAAATGCCTGTGAATTTCTAGTTGACAAAGTGTCTGAATATCCGGGTGAA
GTGACCATTCTTGCATTAGGACCATTAACTAATATTGCTTTGgtaagtaatgatctttgttgcaacttgctaatgattgcttcagttagcttttattcttaatattcttctattctatcgatggcatatttactttaccacttgtgctctatgttgagtgtctagacggggaaaattgatattggactgggctgacaaca
acttttatgctgtgcaaggtttaatggaactttgatttgttattatagGCAGTTAAAAAGGATAGGTTATTTGCAAGCAAAGTGAAAAAGATTGTGATACTTGGCGGTTCATTTTTTGCAAGTGGCAACATAAACCCTGCTGCAGAAGCTAATGTTTACGGGGATCCTGAAGCTGCTGATATTGTGTTCACTTGTGGAGC
AGAAATTGTAGTAATTGGCCTAAATGTTACCACACAGGTCCTGATGACCTATCAGGACCTGTGTGAATTGCGGGATTCAGAAGGAAGATATGGAAGATACATCTATAACATTTGTCAGTTCTACAGAGATTGGCATGTGAAGTCAGATGGCATTGATGGGATTTATCTACATGATCCCACTTGTTTTGCAGCCTTACTTA
AACCTCATCTTTTCGAATTTAAGAAGGGTGCTGTACGTGTAGAGACTCAGGGTATCTGCACCGGGCATACTTTAATGGATCTGGGATTGAAAAATTGGAATTCAGCCAATCCTTGGACAGACGTTCAACCTGTTTCAGTTGCTTGGACAGTTGATGCTGCAGCAGTCATCAATCTTGTAAAGGAGCTTTTGAAGAAGCCT
TGAAGAATTCTTAAACTTTTTCGTGGTTCATTTCTCCATTTGGAGGTGTGTCTCATATTACGTGTATAACAAAGAAACTGATTACAATTGACAGCGAATATGACTGATATCATCCCTGCCAAGGCCCAGAATTCTTGGGTCATGTGGCTTATACTTGTTTTCAGGTTGTCAAATCTCGGTAACAAGCCTAATATGTGCAT
GTAATTTCTGGGGAACGATTAGAGGCCTTCTCTACTAACATTCCTTCCTGGTAATTATTGGAAAAACACAATCTTGATTTCTGTGTTGTTCATGGGAAGTAATTGTGAATTTTAGTTACACTGATCTGTATACAAAATATATTCATGTAGCATAATCAACACATCTATACAAAATATATTCATGTACCATACTCAACACA
TCTATAAAGCTTAGGTTTAATTTCCAGCGATGTAGTTTTTCTAAACAGTTATGAATTTGATTTAG

Intron 5 GTGAAAGGGA ... GGTGTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61	52	85	75
A2	65.64	43.8	98	67
A3	55.91	70	116	49
A4	58.79	53.6	75	75
A5	66.12	17	40	26
A6	54.79	52.4	55	70
A7	65.92	77.2	169	122
A8	61.75	41	61	66
A9	59.05	90.8	134	120
A10	60.68	72.4	133	81

>TRINITY_DN113013_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GTCACTGTACTCTTCTGAGAGTCTCACAAGCCCCTGTTACTTCCCATTAGCTGGCACTGTGAAAAGTCCCAATCAGCGGGAAATCAAGGGCGATTTTTTTGACCCAATCAGCTAGAAATCAAACCTAGACTCCGAGGCAAATTTTTTTACTGGTGGAGGCGGAGGGTACCACTTCAATGGTTATATCACACCATTATTGT
GGCATACCCTCTTCGAAACCATGAAACAAAGTACACTCCGAGAACGTGCCACAGACTAGTTGGATTACTCTCAACGCAACCCACCATGGGATGATCCCATTTTTCTATGGGAAAAGACAAATTGGAAGCAAATCACAATGTGCGGTCAGACTGTATTTGTGTTTAAAAACGAATCGAATCAGGGAGGAGTATCCAATTGA
GGCCCAATTGAGGAATTTTGGAACTTGTCTCTCCGACCCCGGTGGAGCAAATTGAGCATAAATGCGTTGGTGGTTGTCTGCTTTTTAAAGAATAGATCTGCCGGGATCGAAGTTTCAGCTGATTCTTCTATTGTGGGGCGTTGGATTCCAGTAAAGCTGGAGGCCATTACACAAGGAAGCAAGGAAGCAAGGATGGTGCA
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>TRINITY_DN113013_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

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