sp|Q9S775|PKL_ARATH ----> CHD3-type chromatin-remodeling factor PICKLE
Intron 1 GTGTTGTCTT ... CCTTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.49 | 38 | 7 | 19 |
| A2 | 26.32 | 28 | 17 | 3 |
| A3 | 27.62 | 38 | 12 | 17 |
| A4 | 27.78 | 39 | 17 | 13 |
| A5 | 38.46 | 12 | 12 | 3 |
| A6 | 20 | 4 | 1 | 1 |
| A7 | 25 | 15 | 3 | 7 |
| A8 | 25 | 6 | 0 | 4 |
| A9 | 29.41 | 18 | 10 | 5 |
| A10 | 25.49 | 19 | 9 | 4 |
>TRINITY_DN116214_c0_g3_i6 from sample A3 / Example spliced isoformAATCTCCACTTTTTTTCTATGATTACATAGTAAAAGCAGCGCGGAGTAGCGCGGTATTATGGGAGAAGGCAATATAAATACCAAGCACACCTTACGCCTATAAATAATCTTCAAACCCTCCATTCTTCTGTCATGTCAAGCAGGCTGAGCACGCATTCCTCGTATCCAATCATCCAGACATTTATATTCCGATACCGATC
GCGCCCTTGTGCTCGTCTACTTTTATCAAGGTCAAAGTCCAGTTAAAATCACAATCTGTATGGACAATAATCTGTGCTTCAATTTGGGTTTGTTTTAAGATTTTCAAGATTCGGGGAAATTTACATAAACCCAATGGAAAACTGAAGAAAACTTCGTTGTTCTGGTTCAGTATGCCAGAGTATACAATTAAGGCCGGAGA
TGCCATCTCCATTTATTGGGATGGAGATAAACGGTGGTATTCTGGGGAGGTTTTGGAAGCAGATGAGCAGGGTAACTGTCATGTTCTGTACGAAGACGGAGAGCAGGAGCGCCTTAATCTCGGCGAAGTTAAGTATCGTACAGGTAGGAATTGGAAGGGTTCCCTCAGAGGAAAGAAGAGCAAGGATGGCAAAGACCCTA
TTTTTAAAGCCATTGGAGATATCCTTTTCGATATAGAGGACAGGCTTCCTCCAAAGGGAGTGTTGAGGAATAAATTGGAGTGGTGGGACAAATGGCATAAAACCATTTTACATGCTGTTGAAAGCGGGGACATTAAAGATATTGCAAAGGCTACACTTGAAATTGCTCTCCAATTGAAGAAAAGTATCACAACTACCTGG
TGGCGCTCTAATCATGCTGAATGGAAGAAACAGTTAAAGAAAGCAAGCACAGTTTCAGATATAGATTTGTTGGTGAAGGAGTTACGGATTAAGGTTGTTGATTGGTCTGCTGCAAGGCAACTCTTTGGACATGTTCAGTCACAGCATGGACAGGAGCAAAAGGTTAGTACTGGGGAGAATCAGGATGCTTGCAAGGCAGG
GGAGCAAAGTCACATACAGGAAAGGAAACTCATCACTGTGCATACAAGGCAGAGTAGGAAACGGAAGATGGAAGATCCTCCTGATAAAAATGAAAATAATAGTTCTCTAGAAAATGACCCTGACAATGAAGTTAACAGTCATTGCTTCAGACCAGCGGTCAATGCCATCAAAGAAAATTCATTGACTATACCTTCTGATT
TTGGGATGAAAGAGGAGCATGTATTGTCAAATGGAAAAGGAAGTTTGCTTATGGGAGAGACAGTTGATTCCGAGAATATGGCCCGGCATGGAAACCAAGATGAAGAACAAAATGATGTGCCAGCAAAGGAGAAATGTTACAGTTCAATGGAAACAGATACGTCTAAAAAAAAGGGTAATGACCATAACCTGCACACATAT
GAAAATTCCAATGACACAAGTCAAAGTGCAAAGCAAGAAAAAGAAGAAAATAGTTCTCAGGGGAAAAACATTGTTGTTGTATCCAATAGAACAATTCCTTTTATGTCCATGAATTTAGTGCAGGATAAAGAGCAATTTAGAACTCCTAAAGAACGTAAACATGAAAGAGAGACTTATGCCCAACACATTGACCATAATAT
CAGTGCTGAACAAGAATGTATATCTGATCAGTGGCATAATGATGAATCTAGCTGTAAACAAAAACGGTTGGAGGAAACAAAGACGCTTTCTGGATTGCATGGGTCGTTACTGGTTGAGGGGGAGTCTTCTTTAAAGCAACGTTCTCATGAAAGGAATTCAGCTGAAGATAGTTATCATCTGGAAAGGCACAAGTCATGCG
ATGATGCTGAAGATCATCATAAGGATTTAAATTTCAAGCTTCTAAAAGTGGATGAACCCAGTGTCAAAGCTAAAATGAATTGCGGAGAGGTGAATTCTAAGAGTGATTCTGCAGCTGAAGATAGTCATCATTTGGAAAGACACAAGTTATGTCATAATGCTGAGGACAATGATAAGAAACTAAATTTAAAGCCTCTGAAA
GTGGATGAGCCCAATGTTAAGGCTAAAAAGAAGGCGAGGAAAGCAAATTCCTCCTTAAATAAGTATTCTCATGAAAGGAATTCAGCTGAAGATAAGTTGGAAAGAGAAACGTTATGTCATATTTCTGAGGATCATAACAAAAATTTAAATCTTAAACCTCCAAAACAGGATGGACCTAATGTTATGTCTAAAAGGAAGTT
GAGAAGTTCAGATAAGGTTTTAAATCTAGGAAAATTAGCATCATCTAATAATGAGGAGGCTGAAGGAAAGGGTGATTCTGGTTATGCTCTTAGTGTGAAGGATATTGCTTCAAAAAATGAATTCTCTGTTTCTAGTCCAGGATATTCAGTGGGAGCTCTGACGATTGGTAAAACAAAGGCCACAGGAAAAGGTGAAAAGA
CACATAGTCGAAGAAATGCAAATAAGTCTAAAATAGGAAAGGAAGAACATTGGAAGATCGAAGCAATGCCTGATTTGTTGACTCTCCGGATGACTAGGAGCAAAACTACTGAAGTTTCTTCTACAGATGGAGGTATAGGCACGGCATTGCAGGAGCATGATGGTGGCAAAGTTTCTGGTGCAAACTCAAGTACAGATCCT
AATGAAGATGAATTAAGTCACATTACTCTTAATCAGCTTTGTTATGTATGCCAGTTTGGAGGGGCAGACAGTCTTTTACTTCTATGTGATGGGAAGGATTGCATTCATTCTTTCCACACATTTTGCTTACGACCTCCTTTGTTGACGATCCCTGATGGAGATTGGCTTTGCCCCTATTGCAAAGAATTATCATCTGTGAA
CTTCAAAAGGTACAATAAGGGTGGTAATCACTACCCTTCAAAGAAAATTGAAAAGATCATAGGTCGAAGGCAGGTCCAAGTTGGAACTGAGCTCAATGAAGTACAGCTTGAGTATTTAGTGAAATGGGTCTCTTTTTCTCACCATCATGACACTTGGGTTCCAGAGAATTGGGTTCTATATCATGATCGTGCACGTGTTA
TCAACTTTCAGCGGAAGTTCCCAATCAATAATGGCTCTGCACCAGTTTTGGTTGATGAGAGAAAGCCAGAGTGGTTGAAAATTGACCGTGTTATTGCATGTCGGGAAAAAGCAGACAGTGACAACAGTTTGTATAAGGTTGAAAAGCCCTCTATAACAGGTCCCAAGAAGAATGGAAAGTACGAATTTCTTGTGAAGTGG
ATGGGTCTTGATTACTGTGATGTAACATGGGAAGAGAGTTGCAGTGAAGAGCTATTGGGTACAGCTGATAAGCTTGTTGAGAGACACCAAAAAGCTAGTGAGCGGGTTGAAACTGATTCTGGACATCTTGTTGGACTCACCCTGAAGAAACAACCAAGCTATTTGAATGGTGGGATTCTTCATGGTTACCAGCTACAAGG
AATAAAATGGCTATTGACCAATTTTGAACAGAGGAGAAATGTGATTCTTGCAGATGAGATGGGCCTCGGAAAAACAATACAAGCTATCGCTTTCCTTGTGTGCATGAAGAATGAAAAGCTTAGCAGTAAGCCAGTCCTTGTAATTGCTCCAAAAAGTACTCTTCCTGGGTGGGATCAGGAATTCAGGAAGTGGGGATCAG
ATCTAAATGTGATTCTTTATCAGGGTGATAAGGACTCACGTTCCTCTATTCGTGAGCATGAATTTTACACGCCTACGAAGAGAGTGCTTTTCGATGTCTTGGTTACTAGTTTTGAACTAGCAATGGTTGATAATTCCGTTCTGCAAAAGTTCAAGTGGTCAAGCATCATTGTTGATGAGGGTCATCGAATTAAAAACTTT
CGTTCCAAACTTGGTACCCTTCTGAAGCAACAGGCAACAGATTTCCGCTTGCTTTTAACTGGAACTCCGCTTCAAAATACATTAGCAGAGTTATTTGCATTGCTTCATTTCCTGGATCCATCTGAAGTTCCAGATCCAGAATATGCAGCTTGTGCATTTTCAGAAATTGGTGTCAAATCTGACCAATGTGATAGCACAAA
AAGTGCTGAAAGTATATCGCGAATTCATGAACTTTTGCAGCCAAGGATGTTAAGAAGGCTTAAATCTGAGGTGCTCCAGGATATGATACCTGGGAAACGATTAGTGGAAGTGCCATGTGCACTTGCCAGACCTCAGCGACATTTGTATGTGAACCTCTTAAAAAAAAACTACAAGGAGTTGAACAAAGGCATTCGCAATG
GGCACAAGAGAAGTCTGAATAGCCTTTTAGTGGATTTGAAGATGTGTTGTAATCATCCATATCTTTTCCCAGGACAAGAACCAGTAAACACTTCTGTAGAAAAAGCATTTGAGATGCTAGTTGGAGCGTCTGGAAAGCTTCAGCTATTGGAAAAGCTGCTTCCACGATTGAAACAAGGTGGACATCGTGTGCTACTCTTC
TCGCAAATGACAAGGATGCTTGATATATTGGAAGACTTCTTGAACTTTCTAGGATTTGTATATTGTCGAATGGATGGGAGCACTTCAGCATCAGAAAGGCAGCATCGGATAAAGAATTTCAGTAGCCCTGATAGCAGTATTTTTATTTTTCTTATTTCAACTCGGGCAGGGGGCCTTGGAATCAATTTGCCAGGTGCGGA
TACAGTTATTATATATGATCCAGATTTCAATCCCTTTGTTGATCTACAAGCTCAAGCACGAGCTCACAGGATAGGCCAAAAAAAACCTGTGATTGTATATCAGTTGATAACAAAGTGTTCTGTTGAGGAGAGAATATTGGAGCGGTCAAGAAGTAAACTGGCTTTGGAGAATCTGGTGATGAATCCTTGTAGAAATGAAA
CTTTTATGGAATTGCATGAAATACTACTACATGGTGCACGGAATATTCTCGATGAAAAGGATATTGCAGCCACATCTATCAATTATACTGATGAAGATATAGAAATCCTTCTTAATAGAGACATTAAGGTAGGTGAAAAGGATGGTTCAGAATTGAATGGCTACCTTGGTGCCATTCAAGGTATGCCGATGGTTCAAGAA
GAAGAGCCAAAGCCTGCAGTGAATGGGAAGCAATGGGAAGAGCTTCTTGGACCAATTGTTGACCCTGCAGATGAGGAGGAGGAGCTGGGGAGGGGAAAGAGACAAAGGAAGGAAGTGACATATGCTTGTGATCCTGTGTCAGATGATGATGAAGAATATTCACCCACCACTAGTAGCTCTAGTGAGGAAAACAGTTCACT
GTGCGAGTACAGTATCACAAAGAATCCACATAAAGCAACAGGTGTTCCAGAAACATCTTTGGAGAAGCAGGAACGAAAACCAGAAATTGGTTCTTTTGCAGGAAGTGAAGCTGTGCATGGGCTTCACTCCGAAGGTAAAACAGGTCAGTTACCTTCAAGGAAAGATTTTGAATGCTTCCAAGATCAGCTTGTTGCAACTC
GGATACCTGGATATCCTCCATCACATGTTAATTATGCCAATAGAGCAGAATGTAACAAATTACTGTTGCCAGCTTCGCTAGCTTCAATGAAGCAGTTCCAATCCTCAATACATGATCGAGAGCAATATCCAATGTTGCAAAGTCTTGGTCTATTAGACAAGTTGAACGTCCCTCACAAGGATGATCTCTCGCATAAGGGG
GTGCTGAGATGTTCTCAAATTCCCCAAGATTCTACTTCTCGAGACTCTCATTCAAGGGAGCAATTTCTTCCAAAGCAGAGATTTGATCCATTGACACAAATCAAGAAAAAGGCAGATGCAATTTTGGAGAGAGTATCGCAAATAACACCAAAGAGTATTTCAACTGTGAAGGATTTCAAGCATGTTACTGCTGATGACAT
GAGTAGATCACCTTTGATAACAGATACAAGTTCTTTCCCAAATTTGAGGCATTTCAGTGAAAAGTCTTTGCCAGATATGAAAGTTGACACAGTCAAGCAGATTAACCATATATCTCATCAGATTAAAAGGGAGCCTGGTTTAAGTTGAGGCATTTTCATCAGTGCAGTTGCAATCAATTACTGCAAAAATCTTGCCCTGT
ATCAGTGCAGTTCAACTGATTTTTGTAATATATCATGTACCTATACATGCATGCCAATTTCTTTAGCATGCTTCCTGTTGTAATTGATATTGCGTGGGTGCGGCAGGCTAAATGCAGGTCTGCAAGCAGCTGTGGCAAGGGACGAAACTATTCCAACTATACGTGTATCAGTGCAGTTAATTTCCTTTGTATAGGAAGGG
GTCATTGAGATATGGGTGTGGCAGGTATGGATACAGCTGGTGTGGGCACAGAAGAAGCCATGCAATCCTGGTTGTAATGATAGTCTTATTTGACATTCTAAATTCCAGATAAAGGAAAAAATCGTTGGCATTCCATCTCACGTGAAATTTTGTACTATTTGAAATATTAATGCTAATTAGGAAATCAGAGCAGATATCAG
CTTTTCGGCATAATAGCTGCAAAATGGGTAGAGGCATATGAAAAATGGCAGTACAAATGTTACTAGCCATGACCACTTTAAAGAGTACTTTGGTTCTGCTGAAGTACTTGTTCGAAATGTTTAATGTAAGAGACG
>TRINITY_DN116214_c0_g3_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:GTGATCGGTTATCTTGTGTGACCTATGGTTTTTCACATTTGTGCTGAGATGGTTTAGCATATGTCTGTTCATGGGAGTGTATGTCAATTTGATCTTCCTGGTTGTTTGAACAGTATTTATTGGGATTATCACTTAACATAATATTTATAATATGAATTGCAGAATCAATAATGGCTCTGCACCAGTTTTGGTTGATGAGA
GAAAGCCAGAGTGGTTGAAAATTGACCGTGTTATTGCATGTCGGGAAAAAGCAGACAGTGACAACAGTTTGTATAAGGTTGAAAAGCCCTCTATAACAGGTCCCAAGAAGAATGGAAAGTACGAATTTCTTGTGAAGTGGATGGGTCTTGATTACTGTGATGTAACATGGGAAGAGAGTTGCAGTGAAGAGCTATTGGGT
ACAGCTGATAAGCTTGTTGAGAGACACCAAAAAGCTAGTGAGCGGGTTGAAACTGATTCTGGACATCTTGTTGGACTCACCCTGAAGAAACAACCAAGCTATTTGAATGGTGGGATTCTTCATGGTTACCAGCTACAAGGAATAAAATGGCTATTGACCAATTTTGAACAGAGGAGAAATGTGATTCTTGCAGATGAGAT
GGGCCTCGGAAAAACAATACAAGCTATCGCTTTCCTTGTGTGCATGAAGAATGAAAAGCTTAGCAGTAAGCCAGTCCTTGTAATTGCTCCAAAAAGTACTCTTCCTGGGTGGGATCAGGAATTCAGGAAGTGGGGATCAGATCTAAATGTGATTCTTTATCAGGGTGATAAGGACTCACGTTCCTCTATTCGTGAGCATG
AATTTTACACGCCTACGAAGAGAGTGCTTTTCGATGTCTTGGTTACTAGTTTTGAACTAGCAATGGTTGATAATTCCGTTCTGCAAAAGTTCAAGTGGTCAAGCATCATTGTTGATGAGGGTCATCGAATTAAAAACTTTCGTTCCAAACTTGGTACCCTTCTGAAGCAACAGGCAACAGATTTCCGCTTGCTTTTAACT
GGAACTCCGCTTCAAAATACATTAGCAGAGTTATTTGCATTGCTTCATTTCCTGGATCCATCTGAAGTTCCAGATCCAGAATATGCAGCTTGTGCATTTTCAGAAATTGGTGTCAAATCTGACCAATGTGATAGCACAAAAAGTGCTGAAAGTATATCGCGAATTCATGAACTTTTGCAGCCAAGgtgttgtcttatatt
acccattttgatgctgattaactgagggaatatttgattagaaataatgtacaagactttaatttttgtttatccattgaccttctgcagGATGTTAAGAAGGCTTAAATCTGAGGTGCTCCAGGATATGATACCTGGGAAACGATTAGTGGAAGTGCCATGTGCACTTGCCAGACCTCAGCGACATTTGTATGTGAACC
TCTTAAAAAAAAACTACAAGGAGTTGAACAAAGGCATTCGCAATGGGCACAAGAGAAGTCTGAATAGCCTTTTAGTGGATTTGAAGATGTGTTGTAATCATCCATATCTTTTCCCAGGACAAGAACCAGTAAACACTTCTGTAGAAAAAGCATTTGAGATGCTAGTTGGAGCGTCTGGAAAGCTTCAGCTATTGGAAAAG
CTGCTTCCACGATTGAAACAAGGTGGACATCGTGTGCTACTCTTCTCGCAAATGACAAGGATGCTTGATATATTGGAAGACTTCTTGAACTTTCTAGGATTTGTATATTGTCGAATGGATGGGAGCACTTCAGCATCAGAAAGGCAGCATCGGATAAAGAATTTCAGTAGCCCTGATAGCAGTATTTTTATTTTTCTTAT
TTCAACTCGGGCAGGGGGCCTTGGAATCAATTTGCCAGGTGCGGATACAGTTATTATATATGATCCAGATTTCAATCCCTTTGTTGATCTACAAGCTCAAGCACGAGCTCACAGGATAGGCCAAAAAAAACCTGTGATTGTATATCAGTTGATAACAAAGTGTTCTGTTGAGGAGAGAATATTGGAGCGGTCAAGAAGTA
AACTGGCTTTGGAGAATCTGGTGATGAATCCTTGTAGAAATGAAACTTTTATGGAATTGCATGAAATACTACTACATGGTGCACGGAATATTCTCGATGAAAAGGATATTGCAGCCACATCTATCAATTATACTGATGAAGATATAGAAATCCTTCTTAATAGAGACATTAAGGTAGGTGAAAAGGATGGTTCAGAATTG
AATGGCTACCTTGGTGCCATTCAAGGTATGCCGATGGTTCAAGAAGAAGAGCCAAAGCCTGCAGTGAATGGGAAGCAATGGGAAGAGCTTCTTGGACCAATTGTTGACCCTGCAGATGAGGAGGAGGAGCTGGGGAGGGGAAAGAGACAAAGGAAGGAAGTGACATATGCTTGTGATCCTGTGTCAGATGATGATGAAGA
ATATTCACCCACCACTAGTAGCTCTAGTGAGGAAAACAGTTCACTGTGCGAGTACAGTATCACAAAGAATCCACATAAAGCAACAGGTGTTCCAGAAACATCTTTGGAGAAGCAGGAACGAAAACCAGAAATTGGTTCTTTTGCAGGAAGTGAAGCTGTGCATGGGCTTCACTCCGAAGGTAAAACAGGTCAGTTACCTT
CAAGGAAAGATTTTGAATGCTTCCAAGATCAGCTTGTTGCAACTCGGATACCTGGATATCCTCCATCACATGTTAATTATGCCAATAGAGCAGAATGTAACAAATTACTGTTGCCAGCTTCGCTAGCTTCAATGAAGCAGTTCCAATCCTCAATACATGATCGAGAGCAATATCCAATGTTGCAAAGTCTTGGTCTATTA
GACAAGTTGAACGTCCCTCACAAGGATGATCTCTCGCATAAGGGGGTGCTGAGATGTTCTCAAATTCCCCAAGATTCTACTTCTCGAGACTCTCATTCAAGGGAGCAATTTCTTCCAAAGCAGAGATTTGATCCATTGACACAAATCAAGAAAAAGGCAGATGCAATTTTGGAGAGAGTATCGCAAATAACACCAAAGAG
TATTTCAACTGTGAAGGATTTCAAGCATGTTACTGCTGATGACATGAGTAGATCACCTTTGATAACAGATACAAGTTCTTTCCCAAATTTGAGGCATTTCAGTGAAAAGTCTTTGCCAGATATGAAAGTTGACACAGTCAAGCAGATTAACCATATATCTCATCAGATTAAAAGGGAGCCTGGTTTAAGTTGAGGCATTT
TCATCAGTGCAGTTGCAATCAATTACTGCAAAAATCTTGCCCTGTATCAGTGCAGTTCAACTGATTTTTGTAATATATCATGTACCTATACATGCATGCCAATTTCTTTAGCATGCTTCCTGTTGTAATTGATATTGCGTGGGTGCGGCAGGCTAAATGCAGGTCTGCAAGCAGCTGTGGCAAGGGACGAAACTATTCCA
ACTATACGTGTATCAGTGCAGTTAATTTCCTTTGTATAGGAAGGGGTCATTGAGATATGGGTGTGGCAGGTATGGATACAGCTGGTGTGGGCACAGAAGAAGCCATGCAATCCTGGTTGTAATGATAGTCTTATTTGACATTCTAAATTCCAGATAAAGGAAAAAATCGTTGGCATTCCATCTCACGTGAAATTTTGTAC
TATTTGAAATATTAATGCTAATTAGGAAATCAGAGCAGATATCAGCTTTTCGGCATAATAGCTGCAAAATGGGTAGAGGCATATGAAAAATGGCAGTACAAATGTTACTAGCCATGACCACTTTAAAGAGTACTTTGGTTCTGCTGAAGTACTTGTTCGAAATGTTTAATGTAAGAGACG
Intron 2 GTGTTGTCTT ... CCTTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 38 | 0 | 19 |
| A2 | 9.68 | 28 | 0 | 3 |
| A3 | 29.63 | 38 | 0 | 16 |
| A4 | 25 | 39 | 3 | 13 |
| A5 | 20 | 12 | 2 | 3 |
| A6 | 20 | 4 | 0 | 1 |
| A7 | 31.82 | 15 | 0 | 7 |
| A8 | 40 | 6 | 0 | 4 |
| A9 | 21.74 | 18 | 1 | 5 |
| A10 | 17.39 | 19 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN109818_c0_g2_i8 from sample A4 / Example spliced isoformCGTAGGCAAGGGTAAGAATAAAAAATAATACTAAACACCGTCTGAATAACGTAACGTCGGGTTTATTTCCATGTACCATGGCAGAAAAATCTCCACTTTTTTCTATGATTACATAGTAAAAGCAGCGCGGAGTAGCGCGGTATTATGGGAGAAGGCAATATAAATACCAAGCACACCTTACGCCTATAAATAATCTTCAA
ACCCTCCATTCTTCTGTCATGTCAAGCAGGCTGAGCACGCATTCCTCGTATCCAATCATCCAGACATTTATATTCCGATACCGATCGTGCCCTTGTGCTCGTCTACTTTTATCAAGGTCAAAGTCCAGTTAAAATCACAATCTGTATGGACAATAATCTGTGCTTCAATTTGGGTTTGTTTTAAGATTTTCAAGATTCGG
GGAAATTTACATAAACCCAATGGAAAACTGAAGAAAACTTCGTTGTTCTGGTTCAGTATGCCAGAGTATACAATTAAGGCCGGAGATGCCATCTCCATTTATTGGGATGGAGATAAACGGTGGTATTCTGGGGAGGTTTTGGAAGCAGATGAGCAGGGTAACTGTCATGTTCTGTACGAAGACGGAGAGCAGGAGCGCCT
TAATCTCGGCGAAGTTAAGTATCGTACAGGTAGGAATTGGAAGGGTTCCCTCAGAGGAAAGAAGAGCAAGGATGGCAAAGACCCTATTTTTAAAGCCATTGGAGATATCCTTTTCGATATAGAGGACAGGCTTCCTCCAAAGGGAGTGTTGAGGAATAAATTGGAGTGGTGGGACAAATGGCATAAAACCATTTTACATG
CTGTTGAAAGCGGGGACATTAAAGATATTGCAAAGGCTACACTTGAAATTGCTCTCCAATTGAAGAAAAGTATCACAACTACCTGGTGGCGCTCTAATCATGCTGAATGGAAGAAACAGTTAAAGAAAGCAAGCACAGTTTCAGATATAGATTTGTTGGTGAAGGAGTTACGGATTAAGGTTGTTGATTGGTCTGCTGCA
AGGCAACTCTTTGGACATGTTCAGTCACAGCATGGACAGGAGCAAAAGGTTAGTACTGGGGAGAATCAGGATGCTTGCAAGGCAGGGGAGCAAAGTCACATACAGGAAAGGAAACTCATCACTGTGCATACAAGGCAGAGTAGGAAACGGAAGATGGAAGATCCTCCTGATAAAAATGAAAATAATAGTTCTCTAGAAAA
TGACCCTGACAATGAAGTTAACAGTCATTGCTTCAGACCAGCGGTCAATGCCATCAAAGAAAATTCATTGACTATACCTTCTGATTTTGGGATGAAAGAGGAGCATGTATTGTCAAATGGAAAAGGAAGTTTGCTTATGGGAGAGACAGTTGATTCCGAGAATATGGCCCGGCATGGAAACCAAGATGAAGAACAAAATG
ATGTGCCAGCAAAGGAGAAATGTTACAGTTCAATGGAAACAGATATGTCTAAAAAAAAGGGTAATGACCATAACCTGCACACATATGAAAATTCCAATGACACAAGTCAAAGTGCAAAGCAAGAAAAAGAAGAAAATAGTTCTCAGGGGAAAAACATTGTTGTTGTATCCAATAGAACAATTCCTTTTATGTCCATGAAT
TTAGTGCAGGATAAAGAGCAATTTAGAACTCCTAAAGAACGTAAACATGAAAGAGAGACTTATGCTCAACACATTGACCATAATATCAGTGCTGAACAAGAATGTATATCTGATCAGTGGCATAATGATGAATCTAGCTGTAAACAAAAACGGTTGGAGGAAACAAAGACACTTTCTGGATTGCATGGGTCGTTACTGGT
TGAGGGGGAGTCTTCTTTAAAGCAACGTTCTCATGAAAGGAATTCAGCTGAAGATAGTTATCATCTGGAAAGGCACAAGTCATGCGATGATGCTGAAGATCATCATAAGGATTTAAATTTCAAGCTTCTAAAAGTGGATGAACCCAGTGTCAAAGCTAAAATGAATTGCGGAGAGGTGAATTCTAAGAGTGATTCTGCAG
CTGAAGATAGTCATCATTTGGAAAGACACAAGTTATGTCATAATGCTGAGGACAATGATAAGAAACTAAATTTAAAGCCTCTGAAAGTGGATGAGCCCAATGTTAAGGCTAAAAAGAAGGCGAGGAAAGCAAATTCCTCCTTAAATAAGTATTCTCGTGAAAGGAATTCAGCTGAAGATAGTTATAAGTTGGAAAGAGAA
ACGTTATGTCATATTTCTGAGGATCATAACAAAAATTTAAATCTTAAACCTCCAAAACAGGATGGACCTAATGTTATGTCTAAAAGGAAGTTGAGAAGTTCAGATAAGGTTTTAAATCTAGGAAAATTAGCATCATCTAATAATGAGGAGGCTGAAGGAAAGGGTGATTCTGGTTATGCTCTTAGTGTGAAGGATATTGC
TTCAAAAAATGAATTCTCTGTTTCTAGTCCAGGATATTCAGTGGGAGCTCTGACGATTGGTAAAACAAAGGCCACAGGAAAAGGTGAAAAGACACATAGTCGAAGAAATGCAAATAAGTCTAAAATAGGAAAGGAAGAACATTGGAAGATCGAAGCAATGCCTGATTTGTTGACTCTCCGGATGACTAGGAGCAAAACTA
CTGAAGTTTCTTCTACAGATGGAGGTATAGGCACGGCATTGCAGGAGCATGATGGTGGCAAAGTTTCTGGTGCAAACTCAAGTACAGATCCTAATGAAGATGAATTAAGTCACATTACTCTTAATCAGCTTTGTTATGTATGCCAGTTTGGAGGGGCAGACAGTCTTTTACTTCTGTGTGATGGAAAGGATTGCATTCAT
TCTTTCCACACATTTTGCTTACGACCTCCTTTGTTGACGATCCCTGATGGAGATTGGCTTTGCCCCTATTGCAAAGAATTATCATCTGTGAACTTCAAAAGGTACAATAAGGGTGGTAATCACTACCCTTCAAAGAAAATTGAAAAGATCATAGGTCGAAGGCAGGTCCAAGTTGGAACTGAGCTCAATGAAGTACAGCT
TGAGTATTTAGTGAAATGGGTCTCTTTTTCTCACCATCATGACACTTGGGTTCCAGAGAATTGGGTTCTATATCATGATCGTGCACGTGTTATCAACTTTCAGCGGAAGTTCCCAATCAATAATGGCTCTGCACCAGTTTTGGTTGATGAGAGAAAGCCAGAGTGGTTGAAAATTGACCGTGTTATTGCATGTCGGGAAA
AAGCAGACAGTGACAACAGTTTGTATAAGGTTGAAAAGCCCTCTATAACAGGTCCCAAGAAGAATGGAAAGTACGAATTTCTTGTGAAGTGGATGGGTCTTGATTACTGTGATGTAACATGGGAAGAGAGTTGCAGTGAAGAGCTATTGGGTACAGCTGATAAGCTTGTTGAGAGACACCAAAAAGCTAATGAGCGGGTT
GAAACTGATTCTGGGCATCTTGTTGGACTCACCCTGAAGAAACAACCAAGCTATTTGAATGGTGGGATTCTTCATGGTTACCAGCTACAAGGAATAAAATGGCTATTGACCAATTTTGAACAGAGGAGAAATGTGATTCTTGCAGATGAGATGGGCCTCGGAAAAACAATACAAGCTATCGCTTTCCTTGTGTGCATGAA
GAATGAAAAGCTTAGCAGTAAGCCAGTCCTTGTAATTGCTCCAAAAAGTACTCTTCCTGGGTGGGATCAGGAATTCAGGAAGTGGGGATCAGATCTAAATGTGATTCTTTATCAGGGTGATAAGGACTCACGTTCCTCTATTCGTGAGCATGAATTTTACACGCCTACGAAGAGAGTGCTTTTCGATGTCTTGGTTACTA
GTTTTGAACTAGCAATGGTTGATAATTCCGTTCTGCAAAAGTTCAAGTGGTCAAGCATCATTGTTGATGAGGGCCATCGAATTAAAAACTTTCGTTCCAAACTTGGTACCCTTCTGAAGCAACAGGCAACAGATTTCCGCTTGCTTTTAACTGGAACTCCGCTTCAAAATACATTAGCAGAGTTATTTGCATTGCTTCAT
TTCCTGGATCCATCTGAAGTTCCAGATCCAGAATATGCAGCTTGTGCATTTTCAGAAATTGGTGTCAAATCTGACCAATGTGATAGCACAAAAAGTGCTGAAAGTATATCGCGAATTCATGAACTTTTGCAGCCAAGGATGTTAAGAAGGCTTAAATCTGAGGTGCTCCAGGATATGATACCTGGGAAACGATTAGTGGA
AGTGCCATGTGCACTTGCCAGACCTCAGCGACATTTGTATGTGAACCTCTTAAAAAAAAACTACAAGGAGTTGAACAAAGGCATTCGCAATGGGCACAAGAGAAGTCTAAATAGCCTTTTAGTGGATTTGAAGATGTGTTGTAATCATCCAGTAAGTCATTCAAGTTTTAATTGGAGCTTGTTTTGTCTCATGAAAAATA
TAAGCAATCAGAAGCGGATTTCTTCTTTACATTTCCTTGCAGTTTTCATATCTCCATTCCGTAACAATTTTTGTCAAAATTCAGATGTTTACATGTACATTTTATTACAATAAAATTTGAATAGATGGCAGCACACGTTTCTGCACCTTTACATATATAGGTTCAGAATTTAACAGTAAAAAAGATGGCTTGTTGTAAAG
AGTGATAAACTGATTCATAAAGAATGCAAGTGTGGTGGTGCTATAGTATGTTACTGAAAGTTTTCAGCCATCCCTCCCTGCAATTTCCATTATGGAAACAAGTATGAAATGCCTACGAAAAATGTTGGAAAATTTTCTGAGTTGTTTCTTGCAGTGTTCCATGGGAATATGTCCCCCATGCTTCCCACACCCCTAGGACG
GAGGGGTGCCTCGTGAAACGTTTCACCACACCTCCGTTTTGTGAAACA
>TRINITY_DN109818_c0_g2_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:TTCATGAACTTTTGCAGCCAAGgtgttgtcttatattacccattttgatgctgattaactgagggaatatttgattagaaataatgtacaataagatgactttaatttttgtttatccattgaccttctgcagGATGTTAAGAAGGCTTAAATCTGAGGTGCTCCAGGATATGATACCTGGGAAACGATTAGTGGAAGTG
CCATGTGCACTTGCCAGACCTCAGCGACATTTGTATGTGAACCTCTTAAAAAAAAACTACAAGGAGTTGAACAAAGGCATTCGCAATGGGCACAAGAGAAGTCTAAATAGCCTTTTAGTGGATTTGAAGATGTGTTGTAATCATCCA
Intron 3 GTTAGATTCA ... TGTTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.78 | 79 | 20 | 22 |
| A2 | 17.74 | 85 | 22 | 18.3 |
| A3 | 17.59 | 104.6 | 25.3 | 22.3 |
| A4 | 16.19 | 88 | 22.3 | 17 |
| A5 | 28.68 | 29 | 8.7 | 11.7 |
| A6 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 8 | 2.7 | 0 |
| A8 | 0 | 3 | 1.3 | 0 |
| A9 | 11.76 | 15 | 0 | 2 |
| A10 | 13.51 | 32 | 7.3 | 5 |
>TRINITY_DN127523_c0_g2_i13 from sample A1 / Example spliced isoformGTAAGAATAAAAAATAATACTAAACACCGTCTGAATAACGTAACGTCGGGTTTATTTCCATGTACCATGGCAGAAAAATCTCCACTTTTTTCTATGATTACATAGTAAAAGCAGCGCGGAGTAGCGCGGTATTATGGGAGAAGGCAATATAAATACCAAGCACACCTTACGCCTATAAATAATCTTCAAACCCTCCATTC
TTCTGTCATGTCAAGCAGGCTGAGCACGCATTCCTCGTATCCAATCATCCAGACATTTATATTCCGATACCGATCGTGCCCTTGTGCTCGTCTACTTTTATCAAGGTCAAAGTCCAGTTAAAATCACAATCTGTATGGACAATAATCTGTGCTTCAATTTGGGCTTGTTTTAAGATTTTCAAGATTCGGGGAAATTTACA
TAAACCCAATGGAAAACTGAAGAAATCTTCGTTGTTCTGGTTCAGTATGCCAGAGTATACAATTAAGGCCGGAGATGCCATCTCCATTTATTGGGATGGAGATAAACGGTGGTATTCTGGGGAGGTTTTGGAAGCAGATGAGCAGGGTAACTGTCATGTTCTGTACGAAGACGGAGAGCAGGAGCGCCTTAATCTCGGCG
AAGTTAAGTATCGTACAGGTAGGAATTGGAAGGGTTCCCTCAGAGGAAAGAAGAGCAAGGATGGCAAAGACCCTATTTTTAAAGCCATTGGAGATATCCTTTTCGATATAGAGGACAGGCTTCCTCCAAAGGGAGTGTTGAGGAATAAATTGGAGTGGTGGGACAAATGGCATAAAACCATTTTACATGCTGTTGAAAGC
GGGGACATTAAAGATATTGCAAAGGCTACACTTGAAATTGCTCTCCAATTGAAGAAAAGTATCACAACTACCTGGTGGCGCTCTAATCATGCTGAATGGAAGAAACAGTTAAAGAAAGCAAGCACAGTTTCAGATATAGATTTGTTGGTGAAGGAGTTACGGATTAAGGTTGTTGATTGGTCTGCTGCAAGGCAACTCTT
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>TRINITY_DN127523_c0_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTAAGAATAAAAAATAATACTAAACACCGTCTGAATAACGTAACGTCGGGTTTATTTCCATGTACCATGGCAGAAAAATCTCCACTTTTTTCTATGATTACATAGTAAAAGCAGCGCGGAGTAGCGCGGTATTATGGGAGAAGGCAATATAAATACCAAGCACACCTTACGCCTATAAATAATCTTCAAACCCTCCATTC
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