NA ----> NA

Intron 1 GTAAGCTACC ... TAAATGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	15	0	5
A2	8.7	21	0	2
A3	9.52	19	0	2
A4	14.29	12	0	2
A5	25	9	0	3
A6	17.01	122	0	25
A7	19.8	81	0	20
A8	21.68	112	0	31
A9	12.9	108	0	16
A10	15	51	0	9

>TRINITY_DN37161_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GGGGCACGATGCATTGGGGTTTAGGGTACTCTTAAAACCGTGGAACTCTGCAAACAAATATATGGCAACTCTGCCCTCAAGTAGGCGCCGATGACGTTGAATATGGAGACGGAGAGAACACCTGGAAGTGTAAAGAGGAGATGCAAAACAGCCGAGGCTGAAATTGAGGTCCTCCCCACTACCAAAATCACACAGTCTTG
CAAGGATCGCCTTCTCAAATTAGTCCAGGCAGAGCTCAATTCTCTGTCGCGCTTGCCCATTTCCGCAGGCCCCATCAGTACGAACATTGGCTACGTGGAATCTATTCTATATGTTGTGCAACAACCATTTGTAAGTGGAGTTACCTGTGTATGTAAGACGATCCAAGGAGAAAGGCCTTTCAGTACTGAACTGAGTACTC
ATGTTGATATAGTTAGTAATTTTGATGGAAAGCCAGTGTGGTTTGTTGTCTCCAGTCGAAATCCCAAGTATATTTCTTGGTCAGATAAATGCAACAGGAAAGGATTGAAAGCACGTTTGGACCTGCTTCTGAAAGCTGCATTGACCACTGTTATTCTGCATCCTATTTCCATTATTCTTTGTTTTGCCCATGGGATTGAA
GAGATTGTTTCCCAGAGACTCAAAGAGGAGTTTAGAGCTGTGGAGATTTTTGATTTTAAGCAAAAAAAATCTGTTATACAAGATAAAACTGAAGAATGTCCAGGAATACGAGGGACATCCTCTCAGTTCAATATTTTTCAGGATGTTGAGGGTGGTGAGTGGGTCAATATTCTTGGTATGAAAGAAATGTACACAGAATG
CGTGAGAAATGATTATGAACATGGGCATCGAAATCAAGGTTGGGTGACATTTGAGATGAAAATTGATCAAGCAGACATCATTGACCACAAATATATTGAGTATGGAACTGGCAAGGTTATATGTGGGGACAAAAAGTTTCCTGAGCATACCCTTATCCAAAAAAATGAAAATTTGGGTCAATTGGATAATCTGTCTGGTC
TTACTTTAGGATCGTTGGAAGAATGCACCCTCCCATTGGATAAGAAGTTTTGTTCTTTACTTGCTGCAATGGAAACATTATATGATAAACCAGTTGATGACAAAGGAATAATCAGTTTGAAAAACAGGTTGATTAACTTGGATACAACAGCCTTGGTGGCACTTGTATCTGGTTTAAGCAATGGTAGTGCAAAGAAGTTG
GTGGCAACGTCAGAGCAGGACATGAACAAGCGCTTCAAGAACACGGCTAACTTTATGAGGGAGCAGGCAAAATCTGAGCTTGAGCACCCCCTCTTGGAGGATGTAATATCTGTTTTAGAAGGAAAGAAAGCAGTGATTTGTGACTATGCTTATGAGGAATTCAAGAATCTAATTTCAATGTGCAGTGGACCTAATGAAAA
ACGAAGGGCAGAATGCTTGCTGAAGCGTATATTGGTTTTACCAAATGAGCCTTCCATTCGTGTGACGGGCCTTCCGGACACTGGGAAAATAAAAATGAAGAACAAACTTATCTTTGGTACTGGAGATCATTGGCAGGCTCCCACTTTGACTGCTAATATGGGGTTTGTAAGAGCAGTAATGCAGACAGGGATGTCCTTAT
TGGTTTTAGAGCATAGGCCTCGTGCCTTAATTGGTGACTAGTCGAAAAAAAAACTTGAGAGATTCAATGAGAAAATGGATATGGGAGATGGGAAATCTCTAGGTATAGATGGGCTTTCATTTGAATTCTATAGGAACTATGGTTTGTGGTTGGTGATGATGTACTACTGGTTATTTTGATTGAAAATTGTTAGATATAAT
GGTCATGAATAGGGAATACAGTCTTATTTAGGGTATTTTTGATAAATTGATGTAATTGGGAGTTAATTAATGTAGTGATTAGAAGATTAGGTATATGGAAGTTACGTAACTACTCCCTCTTTCCTACTATGTAAAGAGACATTGCATCACTCTCTATCTATCAATCCATACTCTCATTCTTATGTG

>TRINITY_DN37161_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AATGCTTGCTGAAGCGTATATTgtaagctacccatgccaacttccacctggatgttttgaacctgaatttagtgtagtgtcacccaactttatctttttttttttaaattaggttctgttatttttgttcataaatttgtaattgtcttgtaaatatcataactgattaattttccctagcatagaaatcaattgatctt
atttaaatgacagGGTTTTACCAAATGAGCCTTCCATTCGTGTGACGGGCCTTCCGGACACTGGGAAAATAAAAATGAAGAACAAACTTATCTTTGGTACTGGAGATCATTGGCAGGCTCCCACTTTGACTGCTAATATGGGGTTTGTAAGAGCAGTAATGCAGACAGGGATGTCCTTATTGGTTTTAGAGCATAGGCCT
CGTGCCTTAATTGGTGACTAGTCGAAAAAAAAACTTGAGAGATTCAATGAGAAAATGGATATGGGAGATGGGAAATCTCTAGGTATAGATGGGCTTTCATTTGAATTCTATAGGAACTATGGTTTGTGGTTGGTGATGATGTACTACTGGTTATTTTGATTGAAAATTGTTAGATATAATGGTCATGAATAGGGAATACA
GTCTTATTTAGGGTATTTTTGATAAATTGATGTAATTGGGAGTTAATTAATGTAGTGATTAGAAGATTAGGTATATGGAAGTTACGTAACTACTCCCTCTTTCCTACTATGTAAAGAGACATTGCATCACTCTCTATCTATCAATCCATACTCTCATTCTTATGTG

Intron 2 GTAATTTGTT ... TGCTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.43	2	5	0.8
A2	63.16	7	12	0
A3	55.56	8	10	0
A4	80	1	4	0
A5	50	2	2	0
A6	74.42	44	128	2
A7	72.45	27	71	2.6
A8	75.19	32	97	5.8
A9	65.45	38	72	1
A10	64.86	13	24	0

>TRINITY_DN38351_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

ATTCAACAGTCAAAAGACTTTAGATTCTCTTAATGTAGAGGGGCACGATGCATTGGGGTTTAGGGTACTCTTAAAACCGTGGAACTCTGCAAACAAATATATGGCAACTCTGCCCTCAAGTAGGCGCCGATGACGTTGAATATGGAGACGGAGAGAACACCTGGAAGTGTAAAGAGGAGATGCAAAACAGCCGAGGCTGA
AATTGAGGTCCTCCCCACTACCAAAATCACACAGTCTTGCAAGGATCGCCTTCTCAAATTAGTCCAGGCAGAGCTCAATTCTCTGTCGCGCTTGCCCATTTCCGCAGGCCCCATCAGTACGAACATTGGCTACGTGGAATCTATTCTATATGTTGTGCAACAACCATTTGTAAATGGAGTTACCTGTGTATGTAAGACGA
TCCAAGGAGAAAGGCCTTTCAGTACTGAACTGAGTACTCATGTTGATATAGTTAGTAATTTTGATGGAAAGCCAGTGTGGTTTGTTGTCTCCAGTCGAAATCCCAAGTATATTTCTTGGTCAGATAAATGCAACAGGAAAGGATTGAAAGCACGTTTGGACCTGCTTCTGAAAGCTGCATTGACCACTGTTATTCTGCAT
CCTATTTCCATTATTCTTTGTTTTGCCCATGGGATTGAAGAGATTGTTTCCCAGAGACTCAAAGAGGAGTTTAGAGCTGTGGAGATTTTTGATTTTAAGCAAAAAAAATCTGTTATACAAGATAAAACTGAAGAATGTCCAGGAATACGAGGGACATCCTCTCAGTTCAATATTTTTCAGGATGTTGAGGGTGGTGAGTG
GGTCAATATTCTTGGTATGAAAGAAATGTACACAGAATGCGTGAGAAATGATTATGAACATGGGCATCGAAATCAAGGTTGGGTGACATTTGAGATGAAAATTGATCAAGCAGACATCATTGACCACAAATATATTGAGTATGGAACTGGCAAGGTTATATGTGGGGACAAAAAGTTTCCTGAGCATACCCTTATCCAAA
AAAATGAAAATTTGGGTCAATTGGATAATCTGTCTGGTCTTACTTTAGGATCGTTGGAAGAATGCACCCTCCCATTGGATAAGAAGTTTTGTTCTTTACTTGCTGCAATGGAAACATTATATGATAAACCAGTTGATGACAAAGGAATAATCAGTTTGAAAAACAGGTTGATTAACTTGGATACAACAGCCTTGGTGGCA
CTTGTATCTGGTTTAAGCAATGGTAGTGCAAAGAAGTTGGTGGCAACGTCAGAGCAGGACATGAACAAGCGCTTCAAGAACACGGCTAACTTTATGAGGGAGCAGGCAAAATCTGAGCTTGAGCACCCCCTCTTGGAGGATGTAATATCTGTTTTAGAAGGAAAGAAAGCAGTGATTTGTGACTATGCTTATGAGGAATT
CAAGAATCTAATTTCAATGTGCAGTGGACCTAATGAAAAACGAAGGGCAGAATGCTTGCTGAAGCGTATATTGGTTTTACCAAATGAGCCTTCCATTCGTGTGACGGGCCTTCCGGACACTGGGAAAATAAAAATGAAGAACAAACTTATCTTTGGTACTGGAGATCATTGGCAGGCTCCCACTTTGACTGCTAATATGG
GGTTTGTAAGAGCAGTAATGCAGACAGGGATGTCCTTATTGGTTTTAGAGCATAGGCCTCGTGCCTTAATTGGTGACTAGTCGAAAAAAAAACTTGAGAGATTCAATGAGAAAATGGATATGGGAGATGGGAAATCTCTAGGTATAGATGGGCTTTCATTTGAATTCTATAGGAACTATGGTTTGTGGTTGGTGATGATG
TACTACTGGTTATTTTGATTGAAAATTGTTAGATATAATGGTCATGAATAGGGAATACAGTCTTATTTAGGGTATTTTTGATAAATTGATGTAATTGGGAGTTAATTAATGTAGTGATTAGAAGATTAGGTATATGGAAGTTACGTAACTACTCCCTCTTTCCTACTATGTAAAGAGACATTGCATCACTCTCTATCTAT
CAATCCAT

>TRINITY_DN38351_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATTCAACAGTCAAAAGACTTTAGATTCTCTTAATGTAGAGGGGCACGATGCATTGGGGTTTAGGGTACTCTTAAAACCGTGGAACTCTGCAAACAAATATATGGCAACTCTGCCCTCAAGTAGGCGCCGATGACGTTGAATATGGAGACGGAGAGAACACCTGGAAGTGTAAAGAGGAGATGCAAAACAGCCGAGGCTGA
AATTGAGGTCCTCCCCACTACCAAAATCACACAGTCTTGCAAGGATCGCCTTCTCAAATTAGTCCAGGCAGAGCTCAATTCTCTGTCGCGCTTGCCCATTTCCGCAGGCCCCATCAGTACGAACATTGGCTACGTGGAATCTATTCTATATGTTGTGCAACAACCATTTGTAAATGGAGTTACCTGTGTATGTAAGACGA
TCCAAGGAGAAAGGCCTTTCAGTACTGAACTGAGTACTCATGTTGATATAGTTAGTAATTTTGATGGAAAGCCAGTGTGGTTTGTTGTCTCCAGTCGAAATCCCAAGTATATTTCTTGGTCAGATAAATGCAACAGGAAAGGATTGAAAGCACGTTTGGACCTGCTTCTGAAAGCTGCATTGACCACTGTTATTCTGCAT
CCTATTTCCATTATTCTTTGTTTTGCCCATGGGATTGAAGAGATTGTTTCCCAGAGACTCAAAGAGGAGTTTAGAGCTGTGGAGATTTTTGATTTTAAGCAAAAAAAATCTGTTATACAAGATAAAACTGAAGAATGTCCAGGAATACGAGGGACATCCTCTCAGTTCAATATTTTTCAGGATGTTGAGGGTGGTGAGTG
GGTCAATATTCTTGGTATGAAAGAAATGTACACAGAATGCGTGAGAAATGATTATGAACATGGGCATCGAAATCAAGGTTGGGTGACATTTGAGATGAAAATTGATCAAGCAGACATCATTGACCACAAATATATTGAGTATGGAACTGGCAAGGTTATATGTGGGGACAAAAAGTTTCCTGAGCATACCCTTATCCAAA
AAAATGAAAATTTGGGTCAATTGGATAATCTGTCTGGTCTTACTTTAGGATCGTTGGAAGAATGCACCCTCCCATTGGATAAGAAGTTTTGTTCTTTACTTGCTGCAATGGAAACATTATATGATAAACCAGTTGATGACAAAGGAATAATCAGTTTGAAAAACAGGTTGATTAACTTGGATACAACAGCCTTGGTGGCA
CTTGTATCTGGTTTAAGCAATGGTAGTGCAAAGAAGTTGGTGGCAACGTCAGAGCAGGACATGAACAAGCGCTTCAAGAACACGGCTAACTTTATGAGGGAGCAGGCAAAATCTGAGCTTGAGCACCCCCTCTTGGAGGATGTAATATCTGTTTTAGAAGGAAAGAAAGCAGTGATTTGTGACTATGCTTATGAGGAATT
CAAGAATCTAATTTCAATGTGCAGTGGACCTAATGAAAAACGAAGGGCAGAATGCTTGCTGAAGCGTATATTGGTTTTACCAAATGAGCCTTCCATTCGTGTGACGGGCCTTCCGGACACTGGGAAAATAAAAATGAAGAACAAACTTATCTTTGGTACTGGAGATCATTGGCAGGCTCCCACTTTGACTGCTAATATGG
GGTTTGTAAGAGCAGTAATGCAGACAGGGATGTCCTTATTGGTTTTAGAGCATAGGCCTCGTGCCTTAATTGGTGACTAGTCGAAAAAAAAACTTGAGAGATTCAATGAGAAAATGgtaatttgtttacttgaaaacattccagatctgctgttgtattcagtaattatgttctttttaattgtattcaatatacttgat
gcaagagtttgattaaagaatattttctttgatatattctctatcaaaatgctggtcaaatatatttaccattatggcccttggataacatgacgtatttgatgctttacagGATATGGGAGATGGGA