sp|Q07469|BSPA_POPDE ----> Bark storage protein A

Intron 1 GTAATGTGAT ... CTGGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.86	4	0	3
A2	35.71	9	0	5
A3	27.78	13	0	5
A4	75	1	1	3
A5	0	2	0	0
A6	31.11	31	0	14
A7	43.41	73	1	56
A8	39.73	44	6	29
A9	41.51	62	0	44
A10	41.46	72	2	51

>TRINITY_DN38060_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

GAATATCTTTCGGCAATTGGTCTGTTTTTGACCTAGAAACATCGTTTTAGTGTTTTTATAAACAATAATAATACGCTGGACCAATCGGCGACTTCTTTATATCCTTCCTTTCAGATACCCGATTCCTCTGTTCGCTTTGATTTGGGAATCGTAGGCTTCGTGATTGGAAGAGAAGCAGGGATTACAATTATATTACAGAG
TCTGCACGGTATGGAACTCAAAGCAGTGTCTCTTTATGTTACAGTTATGGTAATGGTGGTGACGGCTTCAGCTCTTCCTTGGAACAAGAAGGCTCTTAGAATAGCTGCTGAGATCAATAAAGAAGGGCCATGGATTGGTTTGGTCACTGTGTATCCACCAGAAGAAGCTGCATTCATGTCCTCAAAAGTTCTGAAGCCTC
ATCCCAAATACCCTTTGCTGGACTTTTCTGGTCGCAGATTTCGCATTGGAACAATCTATGGCAAAAAAGTGATCTATGTAAGATGCGGTGTAGGAATGTGGAATGCAGGTGTAACGACTCAGATGATGTCAGATCTGTTTAATATAGTTGGTGTCGTGCATTTTGGTATTGCTGGCAATGCAAACAACTCTCTGTCAATA
GGAGATGTAACAGTCCCCAAATATGTTGCCCACACCGGAATCTGGGAGTGGCTGAAACCAGAGGACACTGAGGAGACAGTCAGCGTGGGAAGGTTACTAGTAGGGGACTACAATGTTCCCCAAGGAAAGAAAATTAATCGTCTGGGGAAGATATCGTACCAACCCGAGGAGTTTTATAGCGAATCAGGGAAATCCAATGT
GCCCGAAAACTTACTCTGGGCCAAAACGAGCTCACAGTGGTTTGAAGTTGCAAGAAAATTTGAGGGAATTAAATTGTTATCATGTCTGAACTCAACTGTTTGCCTTAAAAGGCCAGCTAAAATGGTTGTTGGGCTGAGGGCCTCCACTGCAAATATTTTTATTGACAATGGTCCTTATAGAGAGTTTCTTTTCAAGCATT
TCCAAGTGGCTTCTGTGGATGAAGAAAGTGCAGCAGTAGTTTTGACTTGTTTGTCAAACAAACTGAATGTCATTGTTTTCAGAGGGATGTCTGATTTGGCTGGATCGCAGCAGGGGGAGAATCCGATCGCTATTTTTGGGCCTCTGGCAGCCAGGAATACTGTTAAGGCTACATTGGAGTTCATCAAGAGATTGCCCAAA
TCTGCTCTTGTTACATAATCAAACACAAATTCTAGTTTTTTTTGAAAAACAAGCAATACAGCAAAGTCAATACTTTGTTGCACAAACAATCTTGTTTATTTTGATGTAACATTGGAAATCTCACTTACATCATATACATTTGGTGTTTCTTTAGGTATGTCATGAGGAAAATATTCCACTGTTTTATAGCCCAAGTGGAG
GCAGAGTCTGTGATTACTCTTATATATATGTATGTATTAGGTTTTTTTTAATTGATTGATATGATAAATAAGTTATCATGATTCATGGAATAACATAATTGGTTGTTATAATAAATATAGAAAAAGGGAAG

>TRINITY_DN38060_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AAATTTGTCCAGTGTCAAAAATATTTTGGCTTTTCTCATACGATTCTTTGAAATTTATGCAGGTCGCAGATTTCGCATTGGAACAATCTATGGCAAAAAAGTGATCTATGTAAGATGCGGTGTAGGAATGgtaatgtgatcctaagcccttttaaaatttaaacccatttaaatatcaaagggatgcattagtctttgct
tgtgtggttggtggttgagggatggagataaagattttgcaatgcctggtaacagTGGAATGCAGGTGTAACGACTCAGATGATGTCAGATCTGTTTAATATAGTTGGTGTCGTGCATTTTGGTATTGCTGGCAATGCAAACAACTCTCTGTCAATAGGAGATGTAACAGTCCCCAAATATGTTGCCCACACCGGAATCT
GGGAGTGGCTGAAACCAGAGGACACTGAGGAGACAGTCAGCGTGGGAAGGTTACTAGTAGGGGACTACAATGTTCCCCAAGGAAAGAAAATTAATCGTCTGGGGAAGATATCGTACCAACCCGAGGAGTTTTATAGCGAATCAGGGAAATCCAATGTGCCCGAAAACTTACTCTGGGCCAAAACGAGCTCACAGTGGTTT
GAAGTTGCAAGAAAATTTGAGGGAATTAAATTGTTATCATGTCTGAACTCAACTGTTTGCCTTAAAAGGCCAGCTAAAATGGTTGTTGGGCTGAGGGCCTCCACTGCAAATATTTTTATTGACAATGGTCCTTATAGAGAGTTTCTTTTCAAGCATTTCCAAGTGGCTTCTGTGGATGAAGAAAGTGCAGCAGTAGTTTT
GACTTGTTTGTCAAACAAACTGAATGTCATTGTTTTCAGAGGGATGTCTGATTTGGCTGGATCGCAGCAGGGGGAGAATCCGATCGCTATTTTTGGGCCTCTGGCAGCCAGGAATACTGTTAAGGCTACATTGGAGTTCATCAAGAGATTGCCCAAATCTGCTCTTGTTACATAATCAAACACAAATTCTAGTTTTTTTT
GAAAAACAAGCAATACAGCAAAGTCAATACTTTGTTGCACAAACAATCTTGTTTATTTTGATGTAACATTGGAAATCTCACTTACATCATATACATTTGGTGTTTCTTTAGGTATGTCATGAGGAAAATATTCCACTGTTTTATAGCCCAAGTGGAGGCAGAGTCTGTGATTACTCTTATATATATGTATGTATTAGGTT
TTTTTTAATTGATTGATATGATAAATAAGTTATCATGATTCATGGAATAACATAATTGGTTGTTATAATAAATATAGAAAAAGGGAAG

Intron 2 GTAAGTTGAT ... TGTTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	1	1	1
A2	33.33	5	5	0
A3	33.33	3	3	0
A4	0	1	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	13.33	13	4	0
A7	50	4	3	5
A8	50	7	8	6
A9	27.27	8	5	1
A10	35.71	9	8	2

>TRINITY_DN41801_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

AGAATATCTTTCGGCAATTGGTCTGTTTTTGACCTAGAAACATCGTTTTAGTGTTTTTATAAACAATAATAATACGCTGGACCAATCGGCGACTTCTTTATATCCTTCCTTTCAGATACCCGATTCCTCTGTTCGCTTTGATTTGGGAATCGTAGGCTTCGTGATTGGAAGAGAAGCAGGGATTACAATTATATTACAGA
GTCTGGACGGTATGGAACTCAAAGCAGTGTCTCTTTATGTTACAGTTATGGTAATGGTGGTGACGGCTTCAGCTCTTCCTTGGAACAAGAAGGCTCTTAGAATAGCTGCTGAGATCAATAAAGAAGGGCCATGGATTGGTTTGGTCACTGTGTATCCACCAGAAGAAGCTGCATTCATGTCCTCAAAAGTTCTGAAGCCT
CATCCCAAATACCCTTTGCTGGACTTTTCTGGTCGCAGATTTCGCATTGGAACAATCTATGGCAAAAAAGTGATCTATGTAAGATGCGGTGTAGGAATGTGGAATGCAGGTGTAACGACTCAGATGATGTCAGATCTGTTTAATATAGTTGGTGTCGTGCATTTTGGTATTGCTGGCAATGCAAACAACTCTCTGTCAAT
AGGAGATGTAACAGTCCCCAAATATGTTGCCCACACCGGAATCTGGGAGTGGCTGAAACCAGAGGACACTGAGGAGACAGTCAGCGTGGGAAGGTTACTAGTAGGGGACTACAATGTTCCCCAAGGAAAGAAAATTAATCGTCTGGGGAAGATATCGTACCAACCCGAGGAGTTTTATAGCGAATCAGGGAAATCCAATG
TGCCCGAAAACTTACTCTGGGCCAAAACGAGCTCACAGTGGTTTGAAGTTGCAAGAAAATTTGAGGGAATTAAATTGTTATCATGTCTGAACTCAACTGTTTGCCTTAAAAGGCCAGCTAAAATGGTTGTTGGGCTGAGGGCCTCCACTGCAAATATTTTTATTGACAATGGTCCTTATAGAGAGTTTCTTTTCAAGCAT
TTCCAAGTGGCTTCTGTGGATGAAGAAAGTGCAGCAGTAGTTTTGGTTGATCAGTATCCATCTTAGAATCTTTTAAGTTCCAAGCTGTGACTTTGATATTTTTACTTGTTTGTCAAACAAACTGAATGTCATTGTTTTCAGAGGGATGTCTGATTTGGCTGGATCGCAGCAGGGGGAGAATCCGATCGCTATTTTTGGGC
CTCTGGCAGCCAGGAATACTGTTAAGGCTACATTGGAGTTCATCAAGAGATTGCCCAAATCTGCTCTTGTTACATAATCAAACACAAATTCTAGTTTTTTTTGAAAAACAAGCAATACAGCAAAGTCAATACTTTGTTGCACAAACAATCTTGTTTATTTTGATGTAACATTGGAAATCTCACTTACATCATATACATTT
GGTGTTTCTTTAGGTATGTCATGAGGAAAATATTCCACTGTTTTATAGCCCAAGTGGAGGCAGAGTCTGTGATTACTCTTATATATATGTATGTATTAGGTTTTTTTTAATTGATTGATATGATAAATAAGTTATCATGATTCATGGAATAACATAATTGGTTGTTATAATAAATATAGAAAAAGGGAAGTTAGTTCACC
TGCCCTGTATATAAGGCAAAAGAGGATTGATTTCCTTTTTTTTTGAATTTCT

>TRINITY_DN41801_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGAATATCTTTCGGCAATTGGTCTGTTTTTGACCTAGAAACATCGTTTTAGTGTTTTTATAAACAATAATAATACGCTGGACCAATCGGCGACTTCTTTATATCCTTCCTTTCAGATACCCGATTCCTCTGTTCGCTTTGATTTGGGAATCGTAGGCTTCGTGATTGGAAGAGAAGCAGGGATTACAATTATATTACAGA
GTCTGGACGGTATGGAACTCAAAGCAGTGTCTCTTTATGTTACAGTTATGGTAATGGTGGTGACGGCTTCAGCTCTTCCTTGGAACAAGAAGGCTCTTAGAATAGCTGCTGAGATCAATAAAGAAGGGCCATGGATTGGTTTGGTCACTGTGTATCCACCAGAAGAAGCTGCATTCATGTCCTCAAAAGTTCTGAAGCCT
CATCCCAAATACCCTTTGCTGGACTTTTCTGGTCGCAGATTTCGCATTGGAACAATCTATGGCAAAAAAGTGATCTATGTAAGATGCGGTGTAGGAATGTGGAATGCAGGTGTAACGACTCAGATGATGTCAGATCTGTTTAATATAGTTGGTGTCGTGCATTTTGGTATTGCTGGCAATGCAAACAACTCTCTGTCAAT
AGGAGATGTAACAGTCCCCAAATATGTTGCCCACACCGGAATCTGGGAGTGGCTGAAACCAGAGGACACTGAGGAGACAGTCAGCGTGGGAAGGTTACTAGTAGGGGACTACAATGTTCCCCAAGGAAAGAAAATTAATCGTCTGGGGAAGATATCGTACCAACCCGAGGAGTTTTATAGCGAATCAGGGAAATCCAATG
TGCCCGAAAACTTACTCTGGGCCAAAACGAGCTCACAGTGGTTTGAAGTTGCAAGAAAATTTGAGGGAATTAAATTGTTATCATGTCTGAACTCAACTGTTTGCCTTAAAAGGCCAGCTAAAATGGTTGTTGGGCTGAGGGCCTCCACTGCAAATATTTTTATTGACAATGGTCCTTATAGAGAGTTTCTTTTCAAGCAT
TTCCAAGTGGCTTCTGTGGATGAAGAAAGTGCAGCAGTAGTTTTGgtaagttgattagtatccatcttaacttagcttaggatcttttaagttccgaaatgtgactttgatgttttgtagGTTGATCAGTATCCATCTTAGAATCTTTTAAGTTCCAAGCTGTGACTTTGATATTTTTGTAAGTTGATCACTATCCATCT
TAACTTAGAATCTCTTTAAGTTCAGAGCTGTGACTTTGATGTTTTTGATCCCTGTACAATGGATCTTATATTTATCTCTTTCTTACAAAAGAGGAGGAGGGCATAGTAGGCTATGAATGCCGTTTCTTTAAGGTTCCCTTGTTGTATTCTGGTTAACTGGGTAGTGTCTGCATGTTGAATGTTTAGATTGGAGTTTGGTG
AATTGATTAATGTTGAATATACTGATCTTTTCTTTGGGTAATTGCAGACTTGTTTGTCAAACAAACTGAATGTCATTGTTTTCAGAGGGATGTCTGATTTGGCTGGATCGCAGCAGGGGGAGAATCCGATCGCTATTTTTGGGCCTCTGGCAGCCAGGAATACTGTTAAGGCTACATTGGAGTTCATCAAGAGATTGCCC
AAATCTGCTCTTGTTACATAATCAAACACAAATTCTAGTTTTTTTTGAAAAACAAGCAATACAGCAAAGTCAATACTTTGTTGCACAAACAATCTTGTTTATTTTGATGTAACATTGGAAATCTCACTTACATCATATACATTTGGTGTTTCTTTAGGTATGTCATGAGGAAAATATTCCACTGTTTTATAGCCCAAGTG
GAGGCAGAGTCTGTGATTACTCTTATATATATGTATGTATTAGGTTTTTTTTAATTGATTGATATGATAAATAAGTTATCATGATTCATGGAATAACATAATTGGTTGTTATAATAAATATAGAAAAAGGGAAGTTAGTTCACCTGCCCTGTATATAAGGCAAAAGAGGATTGATTTCCTTTTTTTTTGAATTTCT

Intron 3 GTAAGTTGAT ... GTAATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.44	5	1	4
A2	25	6	5	2
A3	0	8	3	0
A4	16.67	5	0	1
A5	33.33	4	0	2
A6	46.43	30	4	26
A7	39.51	49	3	32
A8	35.06	50	8	27
A9	24.44	34	5	11
A10	53.09	38	8	43

>TRINITY_DN41801_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

AGAATATCTTTCGGCAATTGGTCTGTTTTTGACCTAGAAACATCGTTTTAGTGTTTTTATAAACAATAATAATACGCTGGACCAATCGGCGACTTCTTTATATCCTTCCTTTCAGATACCCGATTCCTCTGTTCGCTTTGATTTGGGAATCGTAGGCTTCGTGATTGGAAGAGAAGCAGGGATTACAATTATATTACAGA
GTCTGGACGGTATGGAACTCAAAGCAGTGTCTCTTTATGTTACAGTTATGGTAATGGTGGTGACGGCTTCAGCTCTTCCTTGGAACAAGAAGGCTCTTAGAATAGCTGCTGAGATCAATAAAGAAGGGCCATGGATTGGTTTGGTCACTGTGTATCCACCAGAAGAAGCTGCATTCATGTCCTCAAAAGTTCTGAAGCCT
CATCCCAAATACCCTTTGCTGGACTTTTCTGGTCGCAGATTTCGCATTGGAACAATCTATGGCAAAAAAGTGATCTATGTAAGATGCGGTGTAGGAATGTGGAATGCAGGTGTAACGACTCAGATGATGTCAGATCTGTTTAATATAGTTGGTGTCGTGCATTTTGGTATTGCTGGCAATGCAAACAACTCTCTGTCAAT
AGGAGATGTAACAGTCCCCAAATATGTTGCCCACACCGGAATCTGGGAGTGGCTGAAACCAGAGGACACTGAGGAGACAGTCAGCGTGGGAAGGTTACTAGTAGGGGACTACAATGTTCCCCAAGGAAAGAAAATTAATCGTCTGGGGAAGATATCGTACCAACCCGAGGAGTTTTATAGCGAATCAGGGAAATCCAATG
TGCCCGAAAACTTACTCTGGGCCAAAACGAGCTCACAGTGGTTTGAAGTTGCAAGAAAATTTGAGGGAATTAAATTGTTATCATGTCTGAACTCAACTGTTTGCCTTAAAAGGCCAGCTAAAATGGTTGTTGGGCTGAGGGCCTCCACTGCAAATATTTTTATTGACAATGGTCCTTATAGAGAGTTTCTTTTCAAGCAT
TTCCAAGTGGCTTCTGTGGATGAAGAAAGTGCAGCAGTAGTTTTGACTTGTTTGTCAAACAAACTGAATGTCATTGTTTTCAGAGGGATGTCTGATTTGGCTGGATCGCAGCAGGGGGAGAATCCGATCGCTATTTTTGGGCCTCTGGCAGCCAGGAATACTGTTAAGGCTACATTGGAGTTCATCAAGAGATTGCCCAA
ATCTGCTCTTGTTACATAATCAAACACAAATTCTAGTTTTTTTTGAAAAACAAGCAATACAGCAAAGTCAATACTTTGTTGCACAAACAATCTTGTTTATTTTGATGTAACATTGGAAATCTCACTTACATCATATACATTTGGTGTTTCTTTAGGTATGTCATGAGGAAAATATTCCACTGTTTTATAGCCCAAGTGGA
GGCAGAGTCTGTGATTACTCTTATATATATGTATGTATTAGGTTTTTTTTAATTGATTGATATGATAAATAAGTTATCATGATTCATGGAATAACATAATTGGTTGTTATAATAAATATAGAAAAAGGGAAGTTAGTTCACCTGCCCTGTATATAAGGCAAAAGAGGATTGATTTCCTTTTTTTTTGAATTTCT

>TRINITY_DN41801_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGAATATCTTTCGGCAATTGGTCTGTTTTTGACCTAGAAACATCGTTTTAGTGTTTTTATAAACAATAATAATACGCTGGACCAATCGGCGACTTCTTTATATCCTTCCTTTCAGATACCCGATTCCTCTGTTCGCTTTGATTTGGGAATCGTAGGCTTCGTGATTGGAAGAGAAGCAGGGATTACAATTATATTACAGA
GTCTGGACGGTATGGAACTCAAAGCAGTGTCTCTTTATGTTACAGTTATGGTAATGGTGGTGACGGCTTCAGCTCTTCCTTGGAACAAGAAGGCTCTTAGAATAGCTGCTGAGATCAATAAAGAAGGGCCATGGATTGGTTTGGTCACTGTGTATCCACCAGAAGAAGCTGCATTCATGTCCTCAAAAGTTCTGAAGCCT
CATCCCAAATACCCTTTGCTGGACTTTTCTGGTCGCAGATTTCGCATTGGAACAATCTATGGCAAAAAAGTGATCTATGTAAGATGCGGTGTAGGAATGTGGAATGCAGGTGTAACGACTCAGATGATGTCAGATCTGTTTAATATAGTTGGTGTCGTGCATTTTGGTATTGCTGGCAATGCAAACAACTCTCTGTCAAT
AGGAGATGTAACAGTCCCCAAATATGTTGCCCACACCGGAATCTGGGAGTGGCTGAAACCAGAGGACACTGAGGAGACAGTCAGCGTGGGAAGGTTACTAGTAGGGGACTACAATGTTCCCCAAGGAAAGAAAATTAATCGTCTGGGGAAGATATCGTACCAACCCGAGGAGTTTTATAGCGAATCAGGGAAATCCAATG
TGCCCGAAAACTTACTCTGGGCCAAAACGAGCTCACAGTGGTTTGAAGTTGCAAGAAAATTTGAGGGAATTAAATTGTTATCATGTCTGAACTCAACTGTTTGCCTTAAAAGGCCAGCTAAAATGGTTGTTGGGCTGAGGGCCTCCACTGCAAATATTTTTATTGACAATGGTCCTTATAGAGAGTTTCTTTTCAAGCAT
TTCCAAGTGGCTTCTGTGGATGAAGAAAGTGCAGCAGTAGTTTTGgtaagttgattagtatccatcttaacttagcttaggatcttttaagttccgaaatgtgactttgatgttttgtaggttgatcagtatccatcttagaatcttttaagttccaagctgtgactttgatatttttgtaagttgatcactatccatct
taacttagaatctctttaagttcagagctgtgactttgatgtttttgatccctgtacaatggatcttatatttatctctttcttacaaaagaggaggagggcatagtaggctatgaatgccgtttctttaaggttcccttgttgtattctggttaactgggtagtgtctgcatgttgaatgtttagattggagtttggtg
aattgattaatgttgaatatactgatcttttctttgggtaattgcagACTTGTTTGTCAAACAAACTGAATGTCATTGTTTTCAGAGGGATGTCTGATTTGGCTGGATCGCAGCAGGGGGAGAATCCGATCGCTATTTTTGGGCCTCTGGCAGCCAGGAATACTGTTAAGGCTACATTGGAGTTCATCAAGAGATTGCCC
AAATCTGCTCTTGTTACATAATCAAACACAAATTCTAGTTTTTTTTGAAAAACAAGCAATACAGCAAAGTCAATACTTTGTTGCACAAACAATCTTGTTTATTTTGATGTAACATTGGAAATCTCACTTACATCATATACATTTGGTGTTTCTTTAGGTATGTCATGAGGAAAATATTCCACTGTTTTATAGCCCAAGTG
GAGGCAGAGTCTGTGATTACTCTTATATATATGTATGTATTAGGTTTTTTTTAATTGATTGATATGATAAATAAGTTATCATGATTCATGGAATAACATAATTGGTTGTTATAATAAATATAGAAAAAGGGAAGTTAGTTCACCTGCCCTGTATATAAGGCAAAAGAGGATTGATTTCCTTTTTTTTTGAATTTCT

Intron 4 GTTAAGCTTA ... TTGTATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	1
A2	20	2	1	0
A3	50	2	4	0
A4	27.27	4	2	1
A5	20	2	0	1
A6	18.18	27	6	6
A7	25.25	37	15	10
A8	31.25	33	14	16
A9	27.93	40	19	12
A10	23.88	51	19	13

>TRINITY_DN38060_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

AAATTTGTCCAGTGTCAAAAATATTTTGGCTTTTCTCATACGATTCTTTGAAATTTATGCAGGTCGCAGATTTCGCATTGGAACAATCTATGGCAAAAAAGTGATCTATGTAAGATGCGGTGTAGGAATGGTAATGTGATCCTAAGCCCTTTTAAAATTTAAACCCATTTAAATATCAAAGGGATGCATTAGTCTTTGCT
TGTGTGGTTGGTGGTTGAGGGATGGAGATAAAGATTTTGCAATGCCTGGTAACAGTGGAATGCAGGTGTAACGACTCAGATGATGTCAGATCTGTTTAATATAGTTGGTGTCGTGCATTTTGGTATTGCTGGCAATGCAAACAACTCTCTGTCAATAGGAGATGTAACAGTCCCCAAATATGTTGCCCACACCGGAATCT
GGGAGTGGCTGAAACCAGAGGACACTGAGGAGACAGTCAGCGTGGGAAGGTTACTAGTAGGGGACTACAATGTTCCCCAAGGAAAGAAAATTAATCGTCTGGGGAAGATATCGTACCAACCCGAGGAGTTTTATAGCGAATCAGGGAAATCCAATGTGCCCGAAAACTTACTCTGGGCCAAAACGAGCTCACAGTGGTTT
GAAGTTGCAAGAAAATTTGAGGGAATTAAATTGTTATCATGTCTGAACTCAACTGTTTGCCTTAAAAGGCCAGCTAAAATGGTTGTTGGGCTGAGGGCCTCCACTGCAAATATTTTTATTGACAATGGTCCTTATAGAGAGTTTCTTTTCAAGCATTTCCAAGTGGCTTCTGTGGATGAAGAAAGTGCAGCAGTAGTTTT
GACTTGTTTGTCAAACAAACTGAATGTCATTGTTTTCAGAGGGATGTCTGATTTGGCTGGATCGCAGCAGGGGGAGAATCCGATCGCTATTTTTGGGCCTCTGGCAGCCAGGAATACTGTTAAGGCTACATTGGAGTTCATCAAGAGATTGCCCAAATCTGCTCTTGTTACATAATCAAACACAAATTCTAGTTTTTTTT
GAAAAACAAGCAATACAGCAAAGTCAATACTTTGTTGCACAAACAATCTTGTTTATTTTGATGTAACATTGGAAATCTCACTTACATCATATACATTTGGTGTTTCTTTAGGTATGTCATGAGGAAAATATTCCACTGTTTTATAGCCCAAGTGGAGGCAGAGTCTGTGATTACTCTTATATATATGTATGTATTAGGTT
TTTTTTAATTGATTGATATGATAAATAAGTTATCATGATTCATGGAATAACATAATTGGTTGTTATAATAAATATAGAAAAAGGGAAG

>TRINITY_DN38060_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAATATCTTTCGGCAATTGGTCTGTTTTTGACCTAGAAACATCGTTTTAGTGTTTTTATAAACAATAATAATACGCTGGACCAATCGGCGACTTCTTTATATCCTTCCTTTCAGATACCCGATTCCTCTGTTCGCTTTGATTTGGGAATCGTAGGCTTCGTGATTGGAAGAGAAGCAGGGATTACAATTATATTACAGAG
TCTGCACGGTATGGAACTCAAAGCAGTGTCTCTTTATGTTACAGTTATGGTAATGGTGGTGACGGCTTCAGCTCTTCCTTGGAACAAGAAGGCTCTTAGAATAGCTGCTGAGATCAATAAAGAAGGGCCATGGATTGGTTTGGTCACTGTGTATCCACCAGAAGAAGCTGCATTCATGTCCTCAAAAGTTCTGAAGCCTC
ATCCCAAATACCCTTTGCTGGACTTTTCTGGTCGCAGATTTCGCATTGGAACAATCTATGGCAAAAAAGTGATCTATGTAAGATGCGGTGTAGGAATGTGGAATGCAGGTGTAACGACTCAGATGATGTCAGATCTGTTTAATATAGTTGGTGTCGTGCATTTTGGTATTGCTGGCAATGCAAACAACTCTCTGTCAATA
GGAGATGTAACAGTCCCCAAATATGTTGCCCACACCGGAATCTGGGAGTGGCTGTGATCAGTGTAGGAATGGTACTGGTGGGAAAGTATTCAGGCTTTTATTTTGAAAAATTGAGACAAATTTGAGAAGTCTGTTATCATTACAGAAACCAGAGGACACTGAGGAGACAGTCAGCGTGGGAAGGTTACTAGTAGGGGACT
ACAATGTTCCCCAAGGAAAGAAAATTAATCGTCTGGGGAAGATATCGTACCAACCCGAGGAGTTTTATAGCGAATCAGGGAAATCCAATGTGCCCGAAAACTTACTCTGGGCCAAAACGAGCTCACAGTGGTTTGAAGTTGCAAGAAAATTTGAGgttaagcttatatctctgcctcttctgttcattgcttttgtccac
agtgaggcacacttcttcagttcatagttttaatcattcttaacacctaatacatgtttttgtatatagGGAATTAAATTGTTATCATGTCTGAACTCAACTGTTTGCCTTAAAAGGCCAGCTAAAATGGTTGTTGGGCTGAGGGCCTCCACTGCAAATATTTTTATTGACAATGGTCCTTATAGAGAGTTTCTTTTCAA
GCATTTCCAAGTGGCTTCTGTGGATGAAGAAAGTGCAGCAGTAGTTTTGGTAAGTTGATTAGTATCCATCTTAACTTAGCTTAGGATCTTTTAAGTTCCGAAATGTGACTTTGATGTTTTGTAGGTTGATCAGTATCCATCTTAGAATCTTTTAAGTTCCAAGCTGTGACTTTGATATTTTTGTAAGTTGATCACTATCC
ATCTTAACTTAGAATCTCTTTAAGTTCAGAGCTGTGACTTTGATGTTTTTGATCCCTGTACAATGGATCTTATATTTATCTCTTTCTTACAAAAGAGGAGGAGGGCATAGTAGGCTATGAATGCCGTTTCTTTAAGGTTCCCTTGTTGTATTCTGGTTAACTGGGTAGTGTCTGCATGTTGAATGTTTAGATTGGAGTTT
GGTGAATTGATTAATGTTGAATATACTGATCTTTTCTTTGGGTAATTGCAGACTTGTTTGTCAAACAAACTGAATGTCATTGTTTTCAGAGGGATGTCTGATTTGGCTGGATCGCAGCAGGGGGAGAATCCGATCGCTATTTTTGGGCCTCTGGCAGCCAGGAATACTGTTAAGGCTACATTGGAGTTCATCAAGAGATT
GCCCAAATCTGCTCTTGTTACATAATCAAACACAAATTCTAGTTTTTTTTGAAAAACAAGCAATACAGCAAAGTCAATACTTTGTTGCACAAACAATCTTGTTTATTTTGATGTAACATTGGAAATCTCACTTACATCATATACATTTGGTGTTTCTTTAGGTATGTCATGAGGAAAATATTCCACTGTTTTATAGCCCA
AGTGGAGGCAGAGTCTGTGATTACTCTTATATATATGTATGTATTAGGTTTTTTTTAATTGATTGATATGATAAATAAGTTATCATGATTCATGGAATAACATAATTGGTTGTTATAATAAATATAGAAAAAGGGAAG

Intron 5 GTAAGTTGAT ... GTAATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	2	2	4
A2	66.67	1	0	2
A3	-1	0	0	0
A4	33.33	2	1	1
A5	33.33	4	0	2
A6	50.98	25	0	26
A7	55.17	26	4	32
A8	56.25	21	12	27
A9	45.83	13	4	11
A10	60.56	28	0	43

>TRINITY_DN41801_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

AGAATATCTTTCGGCAATTGGTCTGTTTTTGACCTAGAAACATCGTTTTAGTGTTTTTATAAACAATAATAATACGCTGGACCAATCGGCGACTTCTTTATATCCTTCCTTTCAGATACCCGATTCCTCTGTTCGCTTTGATTTGGGAATCGTAGGCTTCGTGATTGGAAGAGAAGCAGGGATTACAATTATATTACAGA
GTCTGGACGGTATGGAACTCAAAGCAGTGTCTCTTTATGTTACAGTTATGGTAATGGTGGTGACGGCTTCAGCTCTTCCTTGGAACAAGAAGGCTCTTAGAATAGCTGCTGAGATCAATAAAGAAGGGCCATGGATTGGTTTGGTCACTGTGTATCCACCAGAAGAAGCTGCATTCATGTCCTCAAAAGTTCTGAAGCCT
CATCCCAAATACCCTTTGCTGGACTTTTCTGGTCGCAGATTTCGCATTGGAACAATCTATGGCAAAAAAGTGATCTATGTAAGATGCGGTGTAGGAATGTGGAATGCAGGTGTAACGACTCAGATGATGTCAGATCTGTTTAATATAGTTGGTGTCGTGCATTTTGGTATTGCTGGCAATGCAAACAACTCTCTGTCAAT
AGGAGATGTAACAGTCCCCAAATATGTTGCCCACACCGGAATCTGGGAGTGGCTGAAACCAGAGGACACTGAGGAGACAGTCAGCGTGGGAAGGTTACTAGTAGGGGACTACAATGTTCCCCAAGGAAAGAAAATTAATCGTCTGGGGAAGATATCGTACCAACCCGAGGAGTTTTATAGCGAATCAGGGAAATCCAATG
TGCCCGAAAACTTACTCTGGGCCAAAACGAGCTCACAGTGGTTTGAAGTTGCAAGAAAATTTGAGGGAATTAAATTGTTATCATGTCTGAACTCAACTGTTTGCCTTAAAAGGCCAGCTAAAATGGTTGTTGGGCTGAGGGCCTCCACTGCAAATATTTTTATTGACAATGGTCCTTATAGAGAGTTTCTTTTCAAGCAT
TTCCAAGTGGCTTCTGTGGATGAAGAAAGTGCAGCAGTAGTTTTGGTTGATCAGTATCCATCTTAGAATCTTTTAAGTTCCAAGCTGTGACTTTGATATTTTTACTTGTTTGTCAAACAAACTGAATGTCATTGTTTTCAGAGGGATGTCTGATTTGGCTGGATCGCAGCAGGGGGAGAATCCGATCGCTATTTTTGGGC
CTCTGGCAGCCAGGAATACTGTTAAGGCTACATTGGAGTTCATCAAGAGATTGCCCAAATCTGCTCTTGTTACATAATCAAACACAAATTCTAGTTTTTTTTGAAAAACAAGCAATACAGCAAAGTCAATACTTTGTTGCACAAACAATCTTGTTTATTTTGATGTAACATTGGAAATCTCACTTACATCATATACATTT
GGTGTTTCTTTAGGTATGTCATGAGGAAAATATTCCACTGTTTTATAGCCCAAGTGGAGGCAGAGTCTGTGATTACTCTTATATATATGTATGTATTAGGTTTTTTTTAATTGATTGATATGATAAATAAGTTATCATGATTCATGGAATAACATAATTGGTTGTTATAATAAATATAGAAAAAGGGAAGTTAGTTCACC
TGCCCTGTATATAAGGCAAAAGAGGATTGATTTCCTTTTTTTTTGAATTTCT

>TRINITY_DN41801_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGAATATCTTTCGGCAATTGGTCTGTTTTTGACCTAGAAACATCGTTTTAGTGTTTTTATAAACAATAATAATACGCTGGACCAATCGGCGACTTCTTTATATCCTTCCTTTCAGATACCCGATTCCTCTGTTCGCTTTGATTTGGGAATCGTAGGCTTCGTGATTGGAAGAGAAGCAGGGATTACAATTATATTACAGA
GTCTGGACGGTATGGAACTCAAAGCAGTGTCTCTTTATGTTACAGTTATGGTAATGGTGGTGACGGCTTCAGCTCTTCCTTGGAACAAGAAGGCTCTTAGAATAGCTGCTGAGATCAATAAAGAAGGGCCATGGATTGGTTTGGTCACTGTGTATCCACCAGAAGAAGCTGCATTCATGTCCTCAAAAGTTCTGAAGCCT
CATCCCAAATACCCTTTGCTGGACTTTTCTGGTCGCAGATTTCGCATTGGAACAATCTATGGCAAAAAAGTGATCTATGTAAGATGCGGTGTAGGAATGTGGAATGCAGGTGTAACGACTCAGATGATGTCAGATCTGTTTAATATAGTTGGTGTCGTGCATTTTGGTATTGCTGGCAATGCAAACAACTCTCTGTCAAT
AGGAGATGTAACAGTCCCCAAATATGTTGCCCACACCGGAATCTGGGAGTGGCTGAAACCAGAGGACACTGAGGAGACAGTCAGCGTGGGAAGGTTACTAGTAGGGGACTACAATGTTCCCCAAGGAAAGAAAATTAATCGTCTGGGGAAGATATCGTACCAACCCGAGGAGTTTTATAGCGAATCAGGGAAATCCAATG
TGCCCGAAAACTTACTCTGGGCCAAAACGAGCTCACAGTGGTTTGAAGTTGCAAGAAAATTTGAGGGAATTAAATTGTTATCATGTCTGAACTCAACTGTTTGCCTTAAAAGGCCAGCTAAAATGGTTGTTGGGCTGAGGGCCTCCACTGCAAATATTTTTATTGACAATGGTCCTTATAGAGAGTTTCTTTTCAAGCAT
TTCCAAGTGGCTTCTGTGGATGAAGAAAGTGCAGCAGTAGTTTTGGTAAGTTGATTAGTATCCATCTTAACTTAGCTTAGGATCTTTTAAGTTCCGAAATGTGACTTTGATGTTTTGTAGGTTGATCAGTATCCATCTTAGAATCTTTTAAGTTCCAAGCTGTGACTTTGATATTTTTgtaagttgatcactatccatct
taacttagaatctctttaagttcagagctgtgactttgatgtttttgatccctgtacaatggatcttatatttatctctttcttacaaaagaggaggagggcatagtaggctatgaatgccgtttctttaaggttcccttgttgtattctggttaactgggtagtgtctgcatgttgaatgtttagattggagtttggtg
aattgattaatgttgaatatactgatcttttctttgggtaattgcagACTTGTTTGTCAAACAAACTGAATGTCATTGTTTTCAGAGGGATGTCTGATTTGGCTGGATCGCAGCAGGGGGAGAATCCGATCGCTATTTTTGGGCCTCTGGCAGCCAGGAATACTGTTAAGGCTACATTGGAGTTCATCAAGAGATTGCCC
AAATCTGCTCTTGTTACATAATCAAACACAAATTCTAGTTTTTTTTGAAAAACAAGCAATACAGCAAAGTCAATACTTTGTTGCACAAACAATCTTGTTTATTTTGATGTAACATTGGAAATCTCACTTACATCATATACATTTGGTGTTTCTTTAGGTATGTCATGAGGAAAATATTCCACTGTTTTATAGCCCAAGTG
GAGGCAGAGTCTGTGATTACTCTTATATATATGTATGTATTAGGTTTTTTTTAATTGATTGATATGATAAATAAGTTATCATGATTCATGGAATAACATAATTGGTTGTTATAATAAATATAGAAAAAGGGAAGTTAGTTCACCTGCCCTGTATATAAGGCAAAAGAGGATTGATTTCCTTTTTTTTTGAATTTCT

Intron 6 GTTGATCAGT ... TTGTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.14	3	1	4
A2	40	3	5	2
A3	0	3	3	0
A4	66.67	2	1	4
A5	75	2	0	6
A6	66.67	22	13	44
A7	74	13	4	37
A8	60.87	27	7	42
A9	58.33	20	8	28
A10	71.67	17	9	43

>TRINITY_DN37331_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

TGTTTTTATAAACAATAATAATACGCTGGACCAATCGGCGACTTCTTTATATCCTTCCTTTCAGATACCCGATTCCTCTGTTCGCTTTGATTTGGGAATCGTAGGCTTCGTGATTGGAAGAGAAGCAGGGATTACAATTATATTACAGAGTCTGCACGGTATGGAACTCAAAGCAGTGTCTCTTTATGTTACAGTTATGG
TAATGGTGGTGACGGCTTCAGCTCTTCCTTGGAACAAGAAGGCTCTTAGAATAGCTGCTGAGATCAATAAAGAAGGGCCATGGATTGGTTTGGTCACTGTGTATCCACCAGAAGAAGCTGCATTCATGTCCTCAAAAGTTCTGAAGCCTCATCCCAAATACCCTTTGCTGGACTTTTCTGGTCGCAGATTTCGCATTGGA
ACAATCTATGGCAAAAAAGTGATCTATGTAAGATGCGGTGTAGGAATGTGGAATGCAGGTGTAACGACTCAGATGATGTCAGATCTGTTTAATATAGTTGGTGTCGTGCATTTTGGTATTGCTGGCAATGCAAACAACTCTCTGTCAATAGGAGATGTAACAGTCCCCAAATATGTTGCCCACACCGGAATCTGGGAGTG
GCTGAAACCAGAGGACACTGAGGAGACAGTCAGCGTGGGAAGGTTACTAGTAGGGGACTACAATGTTCCCCAAGGAAAGAAAATTAATCGTCTGGGGAAGATATCGTACCAACCCGAGGAGTTTTATAGCGAATCAGGGAAATCCAATGTGCCCGAAAACTTACTCTGGGCCAAAACGAGCTCACAGTGGTTTGAAGTTG
CAAGAAAATTTGAGGGAATTAAATTGTTATCATGTCTGAACTCAACTGTTTGCCTTAAAAGGCCAGCTAAAATGGTTGTTGGGCTGAGGGCCTCCACTGCAAATATTTTTATTGACAATGGTCCTTATAGAGAGTTTCTTTTCAAGCATTTCCAAGTGGCTTCTGTGGATGAAGAAAGTGCAGCAGTAGTTTTGAGGGAT

GTCTGATTTGGCTGGATCGCAGCAGGGGGAGAATCCGATCGCTATTTTTGGGCCTCTGGCAGCCAGGAATACTGTTAAGGCTACATTGGAGTTCATCAAGAGATTGCCCAAATCTGCTCTTGTTACATAATCAAACACAAATTCTAGTTTTTTTTGAAAAACAAGCAATACAGCAAAGTCAATACTTTGTTGCACAAACA
ATCTTGTTTATTTTGATGTAACATTGGAAATCTCACTTACATCATATACATTTGGTGTTTCTTTAGGTATGTCATGAGGAAAATATTCCACTGTTTTATAGCCCAAGTGGAGGCAGAGTCTGTGATTACTCTTATATATATGTATGTATTAGGTTTTTTTTAATTGATTGATATGATAAATAAGTTATCATGATTCATGG
AATAACATAATTGGTTGTTATAATAAATATAGAAAAAGGGAAGTTAGTCCA

>TRINITY_DN37331_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGTTTTTATAAACAATAATAATACGCTGGACCAATCGGCGACTTCTTTATATCCTTCCTTTCAGATACCCGATTCCTCTGTTCGCTTTGATTTGGGAATCGTAGGCTTCGTGATTGGAAGAGAAGCAGGGATTACAATTATATTACAGAGTCTGCACGGTATGGAACTCAAAGCAGTGTCTCTTTATGTTACAGTTATGG
TAATGGTGGTGACGGCTTCAGCTCTTCCTTGGAACAAGAAGGCTCTTAGAATAGCTGCTGAGATCAATAAAGAAGGGCCATGGATTGGTTTGGTCACTGTGTATCCACCAGAAGAAGCTGCATTCATGTCCTCAAAAGTTCTGAAGCCTCATCCCAAATACCCTTTGCTGGACTTTTCTGGTCGCAGATTTCGCATTGGA
ACAATCTATGGCAAAAAAGTGATCTATGTAAGATGCGGTGTAGGAATGTGGAATGCAGGTGTAACGACTCAGATGATGTCAGATCTGTTTAATATAGTTGGTGTCGTGCATTTTGGTATTGCTGGCAATGCAAACAACTCTCTGTCAATAGGAGATGTAACAGTCCCCAAATATGTTGCCCACACCGGAATCTGGGAGTG
GCTGAAACCAGAGGACACTGAGGAGACAGTCAGCGTGGGAAGGTTACTAGTAGGGGACTACAATGTTCCCCAAGGAAAGAAAATTAATCGTCTGGGGAAGATATCGTACCAACCCGAGGAGTTTTATAGCGAATCAGGGAAATCCAATGTGCCCGAAAACTTACTCTGGGCCAAAACGAGCTCACAGTGGTTTGAAGTTG
CAAGAAAATTTGAGGGAATTAAATTGTTATCATGTCTGAACTCAACTGTTTGCCTTAAAAGGCCAGCTAAAATGGTTGTTGGGCTGAGGGCCTCCACTGCAAATATTTTTATTGACAATGGTCCTTATAGAGAGTTTCTTTTCAAGCATTTCCAAGTGGCTTCTGTGGATGAAGAAAGTGCAGCAGTAGTTTTGgttgat
cagtatccatcttagaatcttttaagttccaagctgtgactttgatatttttacttgtttgtcaaacaaactgaatgtcattgttttcagAGGGATGTCTGATTTGGCTGGATCGCAGCAGGGGGAGAATCCGATCGCTATTTTTGGGCCTCTGGCAGCCAGGAATACTGTTAAGGCTACATTGGAGTTCATCAAGAGAT
TGCCCAAATCTGCTCTTGTTACATAATCAAACACAAATTCTAGTTTTTTTTGAAAAACAAGCAATACAGCAAAGTCAATACTTTGTTGCACAAACAATCTTGTTTATTTTGATGTAACATTGGAAATCTCACTTACATCATATACATTTGGTGTTTCTTTAGGTATGTCATGAGGAAAATATTCCACTGTTTTATAGCCC
AAGTGGAGGCAGAGTCTGTGATTACTCTTATATATATGTATGTATTAGGTTTTTTTTAATTGATTGATATGATAAATAAGTTATCATGATTCATGGAATAACATAATTGGTTGTTATAATAAATATAGAAAAAGGGAAGTTAGTCCA