sp|Q9STF2|PTA16_ARATH ----> Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 16, chloroplastic


Intron 1 GTGAACAATT ... TTCATGGCAG

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>TRINITY_DN44813_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform
CCTATCTATTTCATGCGTAAGAGATGGCAACTACACCATCTACGTTCTCACGCAGAATAGTTGATTCGCACTGCCTGCTACTCAAGAATCCAATCTCACCAATTTATCCATCCTCCTCCTCTTTAACTCTAGGCCGCACGAAGCACCCAAAGCACAACATTAATGGCAGACATAATGCAAAGCGCTTGGTCTTAGTCACA
GCCCAGCAGTCCTCGTTTTTCAAGAACTTCAACTTGGGATTCAGTAACAAGAAGGAAAATGATGAAGATGAGGATGAGGATGAGGATGAGGATGAGGGTTTAGAACGTCCCAGGTTCAAATTCGGTCCATTTGCCAATTCAGAAGGATCAAACATCATATTACGTAACCAATTTATCCCTCTTTCCTTGGGTGGATCGCG
CCAGCAAGATCCCTCCACAGTGTTTGTTGCGGGAGCGACGGGTCAATTTGGTGCCAGGATTTCACAGAAGCTGTTACGCCAAGGTTTTGCAGTTAGAGCTGCTGTTTCAGACCTCTCATTTGCTCAGGAGTTAGCGCAGTTTGCAACCCAATATAAGATAATTGCTGCAAAGGATGCCAAGCGACTTAATGCAGTCGAAT
TCAATTCCGAGGATATTGAATCTACAGCTAAAGCCATAGGAAATGCAAGTAAAGCAGTGGTATCCATAGGACCTGCAGAGGATGGACCTAGTTCTAAAGTTACTACAACTGATGCTTTGAATGTTATTGAAGCAGCCAAGCTAGCAAATGTGAATCATGTTGTTGTGGTTTATGAATCTGATGAAGCAGCTCCAAATGTT
CTTGATGGAATCTCTTCATTTTTCAGCAACTTGTTTGGAAAATCAGAATTATCATTATCGGAGCTTATTGAAAGAATTGTGGAAATGGGATTAAGTTACACTATCCTGAAGGCCAGTTCCACAGATGATTTTATTTCAGAGAAAGACTACAACCTTGTTCTTAAGGCAGAAGGAAGTGCAGACGTAAACAACAAAGTAAT
CAATGCAAATTCAGCATTGCATTCCATGGTTTAAGGTGTCAAAGACACAAGTTGCATCTGTGGTTGCTGAGGTTTTTGCGAACACTTCCATCTCAGAGAACAAGACTATTGAAGTTGCAGCCAGCCCATCTGCACCTTCTCTGCCAGTTTCTGAGCTTTTGAGTGCCATTCCAACAGATGGAAGAAAGGAAGCTTTTGCA
GAGGCCCAAGCGAAAGCCAAAGCTGAAGAGGAAGCTCGTACGGCTGTAGAAAATGCACGAAAAAAAAGAGAGCTTGTTGATCAACTTGAAGCAGAAGCAAAAAGGCTTGCAGAAAAAGAGGTTGAAGCCACTGAACTTGCTGCCCAAGTTAAGGCAGGTGCTGCAAATGCTTCGTTTGACTATTTTGCAAGCAGAGCTAA
AGCATTTGGTGTAGATATTTTTGGGGGAAACAAAGGAACTCAAATCATAACATCATCTAATTCTCAGCCTCCAAATAATCTGGAAAGTCCAGTTGTCACTGTGAAAGGAGAAGAAAAAAAAGCAACTTTACAGCCAAAGAAAGGTTCTACCAGTGTATCCAAACTACCAGCATTAAACAAGATAACGGAAGGCTTGTTTA
ACAAAGAAACCATCTATGTAGATGATGATTAATTAATTTTATTATTTCCTTCCTACTTCTCATAGAATCTTTCTGTTGCATTAACTTGTAGAACGGGCAATTTCAATAAACTCCTTTCTGTGCAAGATTTGGCGACAAGAATGTTATCTAGATTGCATTACTACCCTAGTTATGTCTGAATTGTTTTGGGTTTGAGCAAT
GGTGAATGAAATCTATGCATAGATTTTGGAAGGAGAATTCACCATCATTTTTCTAATTGGGCATATTGTTTTTTTTGCTTCTGGCAGAGATTGGCATGTAAGTATTTACCAATCACTTTACTGTCAGTTGTTTCATGCCCAGAGGTACCTTCAAATTATGCTGATGTAAGGCTTATATAAATGTAATTAACATGAAATCT


>TRINITY_DN44813_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:
GGTATAGAAATTTTCATTAATAAAAATCCTCATTTATGAAAAATGGGAAGCATATTTAAATGTATCCAAACTTTTACTTTTGCATTGGATACCGCTTTTACTGACATATGCAACAATGCACATTTCGGCTTACAAAAACTGTTTATGTTGTAGACTATTGAAGTTGCAGCCAGCCCATCTGCACCTTCTCTGCCAGTTTC
TGAGCTTTTGAGgtgaacaattcatttgactgttcataatgttcatattcttttatgtgccttttgacatcccttattagaaacctttcaatatgaaaatgtttgcaactttgtatcatttgcattcaagttaatatatcttgctactttgcagaggtatgtatacttatttaaaaattttgtatttttttgcatttagc
ttgaagatgtgtatggcactctactgggatactatacatgatgtatttggcagtctgatgggcactttttgggttaaacttatctgtgaagtaaatataactttctgcactaattaggaagaagataatatagcttctttcgttgtcttttacacttggcagtcctctgagtagttgctgtgatgatttatttatgtttg
ttatttcatggcag
TGCCATTCCAACAGATGGAAGAAAGGAAGCTTTTGCAGAGGCCCAAGCGAAAGCCAAAGCTGAAGAGGAAGCTCGTACGGCTGTAGAAAATGCACGAAAAAAAAGAGAGCTTGTTGATCAACTTGAAGCAGAAGCAAAAAGGCTTGCAGAAAAAGAGGTTGAAGCCACTGAACTTGCTGCCCAAGT
TAAGGCAGGTGCTGCAAATGCTTCGTTTGACTATTTTGCAAGCAGAGCTAAAGCATTTGGTGTAGATATTTTTGGGGGAAACAAAGGAACTCAAATCATAACATCATCTAATTCTCAGCCTCCAAATAATCTGGAAAGTCCAGTTGTCACTGTGAAAGGAGAAGAAAAAAAAGCAACTTTACAGCCAAAGAAAGGTTCTA
CCAGTGTATCCAAACTACCAGCATTAAACAAGATAACGGAAGGCTTGTTTAACAAAGAAACCATCTATGTAGATGATGATTAATTAATTTTATTATTTCCTTCCTACTTCTCATAGAATCTTTCTGTTGCATTAACTTGTAGAACGGGCAATTTCAATAAACTCCTTTCTGTGCAAGATTTGGCGACAAGAATGTTATCT
AGATTGCATTACTACCCTAGTTATGTCTGAATTGTTTTGGGTTTGAGCAATGGTGAATGAAATCTATGCATAGATTTTGGAAGGAGAATTCACCATCATTTTTCTAATTGGGCATATTGTTTTTTTTGCTTCTGGCAGAGATTGGCATGTAAGTATTTACCAATCACTTTACTGTCAGTTGTTTCATGCCCAGAGGTACC
TTCAAATTATGCTGATGTAAGGCTTATATAAATGTAATTAACATGAAATCT




Intron 2 GTCAAACTGT ... ACTTGTACAG

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>TRINITY_DN39558_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform
TAAGAGATGGCAACTACACCATCTACGTTCTCACGCAGAATAGTTGATTCGCACTGCCTGCTACTCAAGTATCCAATCTCACCAATTTATCCATCCTCCTCCTCTTTAACTCTAGGCCGCACGAAGCACCCAAAGCACAACATTAATGGCAGACATAATGCAAAGCGCTTGGTCTTAGTCACAGCCCAGCAGTCCTCGTT
TTTCAAGAACTTCAACTTGGGATTCAGTAACAAGAACGAAAATGATGAAGATGGGGATGAGGATGAGGATGAGGGTTTAGAACGTCCCAGGTTCAAATTCGGTCCATTTGCCAATTCAGAAGGATCAAACATCATATTACGTAACCAATTTATCCCTCTTTCCTTGGGTGGATCGCGCCAGCAAGATCCCTCCACAGTGT
TTGTTGCGGGAGCGACGGGTCAATTTGGTGCCAGGATTTCACAGAAGCTGTTACGCCAAGGTTTTGCAGTTAGAGCTGCTGTTTCAGACCTCTCATTTGCTCAGGAGTTAGCGCAGTTTGCAACCCAATATAAGATAATTGCTGCAAAGGATGCCAAGCGACTTAATGCAGTCGAATTCAATTCCGAGGATATTGAATCT
ACAGCTAAAGCCATAGGAAATGCAAGTAAAGCAGTGGTATCCATAGGACCTGCAGAGGATGGACCTAGTTCTAAAGTTACTACAACTGATGCTTTGAATGTTATTGAAGCAGCCAAGCTAGCAAATGTGAATCATGTTGTTGTGGTTTATGAATCTGATGAAGCAGCTCCAAATGTTCTTGATGGAATCTCTTCATTTTT
CAGCAACTTGTTTGGAAAATCAGAATTATCATTATCGGAGCTTATTGAAAGAATTGTGGAAATGGGATTAAGTTACACTATCCTGAAGGCCAGTTCCACAGATGATTTTATTTCAGAGAAAGACTACAACCTTGTTCTTAAGGCAGAAGGAAGTGCAGACGTAAACAACAAAGTAATCAATGCAAATTCAGCATTGCATT
CCATGGTTTAAGGTGTCAAAGACACAAGTTGCATCTGTGGTTGCTGAGGTTTTTGCGAACACTTCCATCTCAGAGAACAAGACTATTGAAGTTGCAGCCAGCCCATCTGCACCTTCTCTGCCAGTTTCTGAGCTTTTGAGCTTGAAGATGTGTATGGCACTCTACTGGGATACTATACATGATGTATTTGACAGTCTGAT
GGGCACTTTTTGGGTTATAACTTATCTGTGAATGCCATTCCAACAGATGGAAGAAAGGAAGCTTTTGCAGAGGCCCAAGCGAAAGCCAAAGCTGAAGAGGAAGCTCGTACGGCTGTAGAAAATGCACGAAAAAAAAGAGAGCTTGTTGATCAACTTGAAGCAGAAGCAAAAAGGCTTGCAGAAAAAGAGGTTGAAGCCAC
TGAACTTGCTGCCCAAGTTAAGGCAGGTGCTGCAAATGCTTCGTTTGACTATTTTGCAAGCAGAGCTAAAGCATTTGGTGTAGATATTTTTGGGGGAAACAAAGGAACTCAAATCATAACATCATCTAATTCTCAGCCTCCAAATAATCTGGAAAGTCCAGTTGTCACTGTGAAAGGAGAAGAAAAAAAAGCAACTTTAC
AGCCAAAGAAAGGTTCTACCAGTGTATCCAAACTACCAGCATTAAACAAGATAACGGAAGGCTTGTTTAACAAAGAAACCATCTATGTAGATGATGATTAATTAATTTTATTATTTCCTTCCTACTTCTCATAGAATCTTTCTGTTGCATTAACTTGTAGAACGGGCAATTTCAATAAACTCCTTTCTGTGCAAGATTTG
GCGACAAGAATGTTATCTAGATTGCATTACTACCCTAGTTATGTCTGAATTGTTTTGGGTTTGAGCAATGGTGAATGAAATCTATGCATAGATTTTGGAAGGAGAATTCACCATCATTTTTCTAATTGGGCATATTGTTTTTTTTGCTTCTGGCAGAGATTGGCATGTAAGTATTTACCAATCACTTTACTGTCAGTTGT
TTCATGCCCAGAGGTACCTTCAAATTATGCTGATGTAAGGCTTATATAAATGTAATTAACA


>TRINITY_DN39558_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CATTGCATTCCATGGTTTAAGgtcaaactgtctgccaatttcaaaatatttacaggagttgtctagtgtcgagttcaatcttcttcttcccttctgtccagtccagtatgcagcttgtgatttttcaatacaagttttctgtttattgttgggaagtctagaatgttttgttatgaaaaacctcaggttgtacacagata
catttctattggtcacacttcgaagtaaatcttgttatagcttgccaagtaaataatctattcattggactttgagatgtcactacgtccactcaaattaatcccagatgatgggtgacgtgtctcaccagaaacgttggtataaataaaaattgatgcagcgacatcccaaaactcaataaataaagaagcttcgaaag
cttacataattcaagtaaacaatctgctttactagtgaaatctaccttggttaacattctgtgtagggtggctttgttttttatttaatgttgttatgctctgttttgaatgtagttattctatatgtataggttagttctcttatcacttacccattttctacacttgtacag
GTGTCAAAGACACAAGTTGCATCTGT
GGTTGCTGAGGTTTTTGCGAACACTTCCATCTCAGAGAACAAGACTATTGAAGTTGCAGCCAGCCCATCTGCACCTTCTCTGCCAGTTTCTGAGCTTTTGAGGTGAACAATTCATTTGACTGTTCATAATGTTCATATTCTTTTATGTGCCTTTTGACATCCCTTGTTAGAAACCTTTCAATATGAAAATGTTTGCAACT
TTGTATCATTTGCATTCAAGTTAATATATCTTGCTACTTTGCAGAGGTATGTATACTTATTTAAAAATTTTGTATTTTTTTGCATTTAGCTTGAAGATGTGTATGGCACTCTACTGGGATACTATACATGATGTATTTGACAGTCTGATGGGCACTTTTTGGGTTATAACTTATCTGTGAAGTAAATATAACTTTCTGCA
CTAATTAGGAAGAAGATAATATAGCTTCTTTCGTTGTCTTTTACACTTGGCAGTCCTCTGAGTAGTTGCTGTGATGATTTATTTATGTTTGTTATTTCATGGCAGTGCCATTCCAACAGATGGAAGAAAGGAAGCTTTTGCAGAGGCCCAAGCGAAAGCCAAAGCTGAAGAGGAAGCTCGTACGGCTGTAGAAAATGCAC
GAAAAAAAAGAGAGCTTGTTGATCAACTTGAAGCAGAAGCAAAAAGGCTTGCAGAAAAAGAGGTTGAAGCCACTGAACTTGCTGCCCAAGTTAAGGCAGGTGCTGCAAATGCTTCGTTTGACTATTTTGCAAGCAGAGCTAAAGCATTTGGTGTAGATATTTTTGGGGGAAACAAAGGAACTCAAATCATAACATCATCT
AATTCTCAGCCTCCAAATAATCTGGAAAGTCCAGTTGTCACTGTGAAAGGAGAAGAAAAAAAAGCAACTTTACAGCCAAAGAAAGGTTCTACCAGTGTATCCAAACTACCAGCATTAAACAAGATAACGGAAGGCTTGTTTAACAAAGAAACCATCTATGTAGATGATGATTAATTAATTTTATTATTTCCTTCCTACTT
CTCATAGAATCTTTCTGTTGCATTAACTTGTAGAACGGGCAATTTCAATAAACTCCTTTCTGTGCAAGATTTGGCGACAAGAATGTTATCTAGATTGCATTACTACCCTAGTTATGTCTGAATTGTTTTGGGTTTGAGCAATGGTGAATGAAATCTATGCATAGATTTTGGAAGGAGAATTCACCATCATTTTTCTAATT
GGGCATATTGTTTTTTTTGCTTCTGGCAGAGATTGGCATGTAAGTATTTACCAATCACTTTACTGTCAGTTGTTTCATGCCCAGAGGTACCTTCAAATTATGCTGATGTAAGGCTTATATAAATGTAATTAACA




Intron 3 GTAAATATAA ... TTCATGGCAG

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A5-1000
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A935.4820418
A1036.8412410



>TRINITY_DN39558_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform
TAAGAGATGGCAACTACACCATCTACGTTCTCACGCAGAATAGTTGATTCGCACTGCCTGCTACTCAAGTATCCAATCTCACCAATTTATCCATCCTCCTCCTCTTTAACTCTAGGCCGCACGAAGCACCCAAAGCACAACATTAATGGCAGACATAATGCAAAGCGCTTGGTCTTAGTCACAGCCCAGCAGTCCTCGTT
TTTCAAGAACTTCAACTTGGGATTCAGTAACAAGAACGAAAATGATGAAGATGGGGATGAGGATGAGGATGAGGGTTTAGAACGTCCCAGGTTCAAATTCGGTCCATTTGCCAATTCAGAAGGATCAAACATCATATTACGTAACCAATTTATCCCTCTTTCCTTGGGTGGATCGCGCCAGCAAGATCCCTCCACAGTGT
TTGTTGCGGGAGCGACGGGTCAATTTGGTGCCAGGATTTCACAGAAGCTGTTACGCCAAGGTTTTGCAGTTAGAGCTGCTGTTTCAGACCTCTCATTTGCTCAGGAGTTAGCGCAGTTTGCAACCCAATATAAGATAATTGCTGCAAAGGATGCCAAGCGACTTAATGCAGTCGAATTCAATTCCGAGGATATTGAATCT
ACAGCTAAAGCCATAGGAAATGCAAGTAAAGCAGTGGTATCCATAGGACCTGCAGAGGATGGACCTAGTTCTAAAGTTACTACAACTGATGCTTTGAATGTTATTGAAGCAGCCAAGCTAGCAAATGTGAATCATGTTGTTGTGGTTTATGAATCTGATGAAGCAGCTCCAAATGTTCTTGATGGAATCTCTTCATTTTT
CAGCAACTTGTTTGGAAAATCAGAATTATCATTATCGGAGCTTATTGAAAGAATTGTGGAAATGGGATTAAGTTACACTATCCTGAAGGCCAGTTCCACAGATGATTTTATTTCAGAGAAAGACTACAACCTTGTTCTTAAGGCAGAAGGAAGTGCAGACGTAAACAACAAAGTAATCAATGCAAATTCAGCATTGCATT
CCATGGTTTAAGGTGTCAAAGACACAAGTTGCATCTGTGGTTGCTGAGGTTTTTGCGAACACTTCCATCTCAGAGAACAAGACTATTGAAGTTGCAGCCAGCCCATCTGCACCTTCTCTGCCAGTTTCTGAGCTTTTGAGCTTGAAGATGTGTATGGCACTCTACTGGGATACTATACATGATGTATTTGACAGTCTGAT
GGGCACTTTTTGGGTTATAACTTATCTGTGAATGCCATTCCAACAGATGGAAGAAAGGAAGCTTTTGCAGAGGCCCAAGCGAAAGCCAAAGCTGAAGAGGAAGCTCGTACGGCTGTAGAAAATGCACGAAAAAAAAGAGAGCTTGTTGATCAACTTGAAGCAGAAGCAAAAAGGCTTGCAGAAAAAGAGGTTGAAGCCAC
TGAACTTGCTGCCCAAGTTAAGGCAGGTGCTGCAAATGCTTCGTTTGACTATTTTGCAAGCAGAGCTAAAGCATTTGGTGTAGATATTTTTGGGGGAAACAAAGGAACTCAAATCATAACATCATCTAATTCTCAGCCTCCAAATAATCTGGAAAGTCCAGTTGTCACTGTGAAAGGAGAAGAAAAAAAAGCAACTTTAC
AGCCAAAGAAAGGTTCTACCAGTGTATCCAAACTACCAGCATTAAACAAGATAACGGAAGGCTTGTTTAACAAAGAAACCATCTATGTAGATGATGATTAATTAATTTTATTATTTCCTTCCTACTTCTCATAGAATCTTTCTGTTGCATTAACTTGTAGAACGGGCAATTTCAATAAACTCCTTTCTGTGCAAGATTTG
GCGACAAGAATGTTATCTAGATTGCATTACTACCCTAGTTATGTCTGAATTGTTTTGGGTTTGAGCAATGGTGAATGAAATCTATGCATAGATTTTGGAAGGAGAATTCACCATCATTTTTCTAATTGGGCATATTGTTTTTTTTGCTTCTGGCAGAGATTGGCATGTAAGTATTTACCAATCACTTTACTGTCAGTTGT
TTCATGCCCAGAGGTACCTTCAAATTATGCTGATGTAAGGCTTATATAAATGTAATTAACA


>TRINITY_DN39558_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CATTGCATTCCATGGTTTAAGGTCAAACTGTCTGCCAATTTCAAAATATTTACAGGAGTTGTCTAGTGTCGAGTTCAATCTTCTTCTTCCCTTCTGTCCAGTCCAGTATGCAGCTTGTGATTTTTCAATACAAGTTTTCTGTTTATTGTTGGGAAGTCTAGAATGTTTTGTTATGAAAAACCTCAGGTTGTACACAGATA
CATTTCTATTGGTCACACTTCGAAGTAAATCTTGTTATAGCTTGCCAAGTAAATAATCTATTCATTGGACTTTGAGATGTCACTACGTCCACTCAAATTAATCCCAGATGATGGGTGACGTGTCTCACCAGAAACGTTGGTATAAATAAAAATTGATGCAGCGACATCCCAAAACTCAATAAATAAAGAAGCTTCGAAAG
CTTACATAATTCAAGTAAACAATCTGCTTTACTAGTGAAATCTACCTTGGTTAACATTCTGTGTAGGGTGGCTTTGTTTTTTATTTAATGTTGTTATGCTCTGTTTTGAATGTAGTTATTCTATATGTATAGGTTAGTTCTCTTATCACTTACCCATTTTCTACACTTGTACAGGTGTCAAAGACACAAGTTGCATCTGT
GGTTGCTGAGGTTTTTGCGAACACTTCCATCTCAGAGAACAAGACTATTGAAGTTGCAGCCAGCCCATCTGCACCTTCTCTGCCAGTTTCTGAGCTTTTGAGGTGAACAATTCATTTGACTGTTCATAATGTTCATATTCTTTTATGTGCCTTTTGACATCCCTTGTTAGAAACCTTTCAATATGAAAATGTTTGCAACT
TTGTATCATTTGCATTCAAGTTAATATATCTTGCTACTTTGCAGAGGTATGTATACTTATTTAAAAATTTTGTATTTTTTTGCATTTAGCTTGAAGATGTGTATGGCACTCTACTGGGATACTATACATGATGTATTTGACAGTCTGATGGGCACTTTTTGGGTTATAACTTATCTGTGAAgtaaatataactttctgca
ctaattaggaagaagataatatagcttctttcgttgtcttttacacttggcagtcctctgagtagttgctgtgatgatttatttatgtttgttatttcatggcag
TGCCATTCCAACAGATGGAAGAAAGGAAGCTTTTGCAGAGGCCCAAGCGAAAGCCAAAGCTGAAGAGGAAGCTCGTACGGCTGTAGAAAATGCAC
GAAAAAAAAGAGAGCTTGTTGATCAACTTGAAGCAGAAGCAAAAAGGCTTGCAGAAAAAGAGGTTGAAGCCACTGAACTTGCTGCCCAAGTTAAGGCAGGTGCTGCAAATGCTTCGTTTGACTATTTTGCAAGCAGAGCTAAAGCATTTGGTGTAGATATTTTTGGGGGAAACAAAGGAACTCAAATCATAACATCATCT
AATTCTCAGCCTCCAAATAATCTGGAAAGTCCAGTTGTCACTGTGAAAGGAGAAGAAAAAAAAGCAACTTTACAGCCAAAGAAAGGTTCTACCAGTGTATCCAAACTACCAGCATTAAACAAGATAACGGAAGGCTTGTTTAACAAAGAAACCATCTATGTAGATGATGATTAATTAATTTTATTATTTCCTTCCTACTT
CTCATAGAATCTTTCTGTTGCATTAACTTGTAGAACGGGCAATTTCAATAAACTCCTTTCTGTGCAAGATTTGGCGACAAGAATGTTATCTAGATTGCATTACTACCCTAGTTATGTCTGAATTGTTTTGGGTTTGAGCAATGGTGAATGAAATCTATGCATAGATTTTGGAAGGAGAATTCACCATCATTTTTCTAATT
GGGCATATTGTTTTTTTTGCTTCTGGCAGAGATTGGCATGTAAGTATTTACCAATCACTTTACTGTCAGTTGTTTCATGCCCAGAGGTACCTTCAAATTATGCTGATGTAAGGCTTATATAAATGTAATTAACA




Intron 4 GTGAACAATT ... TTGCATTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN39558_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform
TAAGAGATGGCAACTACACCATCTACGTTCTCACGCAGAATAGTTGATTCGCACTGCCTGCTACTCAAGTATCCAATCTCACCAATTTATCCATCCTCCTCCTCTTTAACTCTAGGCCGCACGAAGCACCCAAAGCACAACATTAATGGCAGACATAATGCAAAGCGCTTGGTCTTAGTCACAGCCCAGCAGTCCTCGTT
TTTCAAGAACTTCAACTTGGGATTCAGTAACAAGAACGAAAATGATGAAGATGGGGATGAGGATGAGGATGAGGGTTTAGAACGTCCCAGGTTCAAATTCGGTCCATTTGCCAATTCAGAAGGATCAAACATCATATTACGTAACCAATTTATCCCTCTTTCCTTGGGTGGATCGCGCCAGCAAGATCCCTCCACAGTGT
TTGTTGCGGGAGCGACGGGTCAATTTGGTGCCAGGATTTCACAGAAGCTGTTACGCCAAGGTTTTGCAGTTAGAGCTGCTGTTTCAGACCTCTCATTTGCTCAGGAGTTAGCGCAGTTTGCAACCCAATATAAGATAATTGCTGCAAAGGATGCCAAGCGACTTAATGCAGTCGAATTCAATTCCGAGGATATTGAATCT
ACAGCTAAAGCCATAGGAAATGCAAGTAAAGCAGTGGTATCCATAGGACCTGCAGAGGATGGACCTAGTTCTAAAGTTACTACAACTGATGCTTTGAATGTTATTGAAGCAGCCAAGCTAGCAAATGTGAATCATGTTGTTGTGGTTTATGAATCTGATGAAGCAGCTCCAAATGTTCTTGATGGAATCTCTTCATTTTT
CAGCAACTTGTTTGGAAAATCAGAATTATCATTATCGGAGCTTATTGAAAGAATTGTGGAAATGGGATTAAGTTACACTATCCTGAAGGCCAGTTCCACAGATGATTTTATTTCAGAGAAAGACTACAACCTTGTTCTTAAGGCAGAAGGAAGTGCAGACGTAAACAACAAAGTAATCAATGCAAATTCAGCATTGCATT
CCATGGTTTAAGGTGTCAAAGACACAAGTTGCATCTGTGGTTGCTGAGGTTTTTGCGAACACTTCCATCTCAGAGAACAAGACTATTGAAGTTGCAGCCAGCCCATCTGCACCTTCTCTGCCAGTTTCTGAGCTTTTGAGCTTGAAGATGTGTATGGCACTCTACTGGGATACTATACATGATGTATTTGACAGTCTGAT
GGGCACTTTTTGGGTTATAACTTATCTGTGAATGCCATTCCAACAGATGGAAGAAAGGAAGCTTTTGCAGAGGCCCAAGCGAAAGCCAAAGCTGAAGAGGAAGCTCGTACGGCTGTAGAAAATGCACGAAAAAAAAGAGAGCTTGTTGATCAACTTGAAGCAGAAGCAAAAAGGCTTGCAGAAAAAGAGGTTGAAGCCAC
TGAACTTGCTGCCCAAGTTAAGGCAGGTGCTGCAAATGCTTCGTTTGACTATTTTGCAAGCAGAGCTAAAGCATTTGGTGTAGATATTTTTGGGGGAAACAAAGGAACTCAAATCATAACATCATCTAATTCTCAGCCTCCAAATAATCTGGAAAGTCCAGTTGTCACTGTGAAAGGAGAAGAAAAAAAAGCAACTTTAC
AGCCAAAGAAAGGTTCTACCAGTGTATCCAAACTACCAGCATTAAACAAGATAACGGAAGGCTTGTTTAACAAAGAAACCATCTATGTAGATGATGATTAATTAATTTTATTATTTCCTTCCTACTTCTCATAGAATCTTTCTGTTGCATTAACTTGTAGAACGGGCAATTTCAATAAACTCCTTTCTGTGCAAGATTTG
GCGACAAGAATGTTATCTAGATTGCATTACTACCCTAGTTATGTCTGAATTGTTTTGGGTTTGAGCAATGGTGAATGAAATCTATGCATAGATTTTGGAAGGAGAATTCACCATCATTTTTCTAATTGGGCATATTGTTTTTTTTGCTTCTGGCAGAGATTGGCATGTAAGTATTTACCAATCACTTTACTGTCAGTTGT
TTCATGCCCAGAGGTACCTTCAAATTATGCTGATGTAAGGCTTATATAAATGTAATTAACA


>TRINITY_DN39558_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CATTGCATTCCATGGTTTAAGGTCAAACTGTCTGCCAATTTCAAAATATTTACAGGAGTTGTCTAGTGTCGAGTTCAATCTTCTTCTTCCCTTCTGTCCAGTCCAGTATGCAGCTTGTGATTTTTCAATACAAGTTTTCTGTTTATTGTTGGGAAGTCTAGAATGTTTTGTTATGAAAAACCTCAGGTTGTACACAGATA
CATTTCTATTGGTCACACTTCGAAGTAAATCTTGTTATAGCTTGCCAAGTAAATAATCTATTCATTGGACTTTGAGATGTCACTACGTCCACTCAAATTAATCCCAGATGATGGGTGACGTGTCTCACCAGAAACGTTGGTATAAATAAAAATTGATGCAGCGACATCCCAAAACTCAATAAATAAAGAAGCTTCGAAAG
CTTACATAATTCAAGTAAACAATCTGCTTTACTAGTGAAATCTACCTTGGTTAACATTCTGTGTAGGGTGGCTTTGTTTTTTATTTAATGTTGTTATGCTCTGTTTTGAATGTAGTTATTCTATATGTATAGGTTAGTTCTCTTATCACTTACCCATTTTCTACACTTGTACAGGTGTCAAAGACACAAGTTGCATCTGT
GGTTGCTGAGGTTTTTGCGAACACTTCCATCTCAGAGAACAAGACTATTGAAGTTGCAGCCAGCCCATCTGCACCTTCTCTGCCAGTTTCTGAGCTTTTGAGgtgaacaattcatttgactgttcataatgttcatattcttttatgtgccttttgacatcccttgttagaaacctttcaatatgaaaatgtttgcaact
ttgtatcatttgcattcaagttaatatatcttgctactttgcagaggtatgtatacttatttaaaaattttgtatttttttgcatttag
CTTGAAGATGTGTATGGCACTCTACTGGGATACTATACATGATGTATTTGACAGTCTGATGGGCACTTTTTGGGTTATAACTTATCTGTGAAGTAAATATAACTTTCTGCA
CTAATTAGGAAGAAGATAATATAGCTTCTTTCGTTGTCTTTTACACTTGGCAGTCCTCTGAGTAGTTGCTGTGATGATTTATTTATGTTTGTTATTTCATGGCAGTGCCATTCCAACAGATGGAAGAAAGGAAGCTTTTGCAGAGGCCCAAGCGAAAGCCAAAGCTGAAGAGGAAGCTCGTACGGCTGTAGAAAATGCAC
GAAAAAAAAGAGAGCTTGTTGATCAACTTGAAGCAGAAGCAAAAAGGCTTGCAGAAAAAGAGGTTGAAGCCACTGAACTTGCTGCCCAAGTTAAGGCAGGTGCTGCAAATGCTTCGTTTGACTATTTTGCAAGCAGAGCTAAAGCATTTGGTGTAGATATTTTTGGGGGAAACAAAGGAACTCAAATCATAACATCATCT
AATTCTCAGCCTCCAAATAATCTGGAAAGTCCAGTTGTCACTGTGAAAGGAGAAGAAAAAAAAGCAACTTTACAGCCAAAGAAAGGTTCTACCAGTGTATCCAAACTACCAGCATTAAACAAGATAACGGAAGGCTTGTTTAACAAAGAAACCATCTATGTAGATGATGATTAATTAATTTTATTATTTCCTTCCTACTT
CTCATAGAATCTTTCTGTTGCATTAACTTGTAGAACGGGCAATTTCAATAAACTCCTTTCTGTGCAAGATTTGGCGACAAGAATGTTATCTAGATTGCATTACTACCCTAGTTATGTCTGAATTGTTTTGGGTTTGAGCAATGGTGAATGAAATCTATGCATAGATTTTGGAAGGAGAATTCACCATCATTTTTCTAATT
GGGCATATTGTTTTTTTTGCTTCTGGCAGAGATTGGCATGTAAGTATTTACCAATCACTTTACTGTCAGTTGTTTCATGCCCAGAGGTACCTTCAAATTATGCTGATGTAAGGCTTATATAAATGTAATTAACA




Intron 5 GTAATCAATG ... ATGGTTTAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A174.8651512
A282.564.62023
A378.9541218
A492.381.1139
A545.45305
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A777.6110.93441
A882.769.74448
A978.912.74744
A1064.8513.62030



>TRINITY_DN43231_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform
AGTGCAGACGTAAACAACAAAGTGTCAAAGACACAAGTTGCATCTGTGGTTGCTGAGGTTTTTGCGAACACTTCCATCTCAGAGAACAAGACTATTGAAGTTGCAGCCAGCCCATCTGCACCTTCTCTGCCAGTTTCTGAGCTTTTGAGTGCCATTCCAACAGATGGAAGAAAGGAAGCTTTTGCAGAGGCCCAAGCGAA
AGCCAAAGCTGAAGAGGAAGCTCGTACGGCTGTAGAAAATGCACGAAAAAAAAGAGAGCTTGTTGATCAACTTGAAGCAGAAGCAAAAAGGCTTGCAGAAAAAGAGGTTGAAGCCACTGAACTTGCTGCCCAAGTTAAGGCAGGTGCTGCAAATGCTTCGTTTGACTATTTTGCAAGCAGAGCTAAAGCATTTGGTGTAG
ATATTTTTGGGGGAAACAAAGGAACTCAAATCATAACATCATCTAATTCTCAGCCTCCAAATAATCTGGAAAGTCCAGTTGTCACTGTGAAAGGAGAAGAAAAAAAAGCAACTTTACAGCCAAAGAAAGGTTCTACCAGTGTATCCAAACTACCAGCATTAAACAAGATAACGGAAGGCTTGTTTAACAAAGAAACCATC
TATGTAGATGATGATTAATTAATTTTATTATTTCCTTCCTACTTCTCATAGAATCTTTCTGTTGCATTAACTTGTAGAACGGGCAATTTCAATAAACTCCTTTCTGTGCAAGATTTGGCGACAAGAATGTTATCTAGATTGCATTACTACCCTAGTTATGTCTGAATTGTTTTGGGTTTGAGCAATGGTGAATGAAATCT
ATGCATAGATTTTGGAAGGAGAATTCACCATCATTTTTCTAATTGGGCATATTGTTTTTTTTGCTTCTGGCAGAGATTGGCATGTAAGTATTTACCAATCACTTTACTGTCAGTTGTTTCATGCCCAGAGGTACCTTCAAATTATGCTGATGTAAGGCTTATATAAATGTAATTAACATGAAATCTAATTAAATAGTTTT
TTTG


>TRINITY_DN43231_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:
CTACGTTCTCATGCAGAATAGTTGATTCGCACTGCCTGCTACTCAAGAATCCAATCTCACCAATTTATCCATCCTCCTCCTCTTTAACTCTAGGCCGCACGAAGCACCCAAAGCACAACATTAATGGCAGACATAATGCAAAGCGCTTGGTCTTAGTCACAGCCCAGCAGTCCTCGTTTTTCAAGAACTTCAACTTGGGA
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ATTTGGTGCCAGGATTTCACAGAAGCTGTTACGCCAAGGTTTTGCAGTTAGAGCTGCTGTTTCAGACCTCTCATTTGCTCAGGAGTTAGCGCAGTTTGCAACCCAATATAAGATAATTGCTGCAAAGGATGCCAAGCGACTTAATGCAGTCGAATTCAATTCCGAGGATATTGAATCTACAGCTAAAGCCATAGGAAATG
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CACAAGTTGCATCTGTGGTTGCTGAGGTTTTTGCGAACACTTCCATCTCAGAGAACAAGACTATTGAAGTTGCAGCCAGCCCATCTGCACCTTCTCTGCCAGTTTCTGAGCTTTTGAGTGCCATTCCAACAGATGGAAGAAAGGAAGCTTTTGCAGAGGCCCAAGCGAAAGCCAAAGCTGAAGAGGAAGCTCGTACGGCT
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TTCCTTCCTACTTCTCATAGAATCTTTCTGTTGCATTAACTTGTAGAACGGGCAATTTCAATAAACTCCTTTCTGTGCAAGATTTGGCGACAAGAATGTTATCTAGATTGCATTACTACCCTAGTTATGTCTGAATTGTTTTGGGTTTGAGCAATGGTGAATGAAATCTATGCATAGATTTTGGAAGGAGAATTCACCAT
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Intron 6 GTGAACAATT ... TTCATGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN39558_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform
TAAGAGATGGCAACTACACCATCTACGTTCTCACGCAGAATAGTTGATTCGCACTGCCTGCTACTCAAGTATCCAATCTCACCAATTTATCCATCCTCCTCCTCTTTAACTCTAGGCCGCACGAAGCACCCAAAGCACAACATTAATGGCAGACATAATGCAAAGCGCTTGGTCTTAGTCACAGCCCAGCAGTCCTCGTT
TTTCAAGAACTTCAACTTGGGATTCAGTAACAAGAACGAAAATGATGAAGATGGGGATGAGGATGAGGATGAGGGTTTAGAACGTCCCAGGTTCAAATTCGGTCCATTTGCCAATTCAGAAGGATCAAACATCATATTACGTAACCAATTTATCCCTCTTTCCTTGGGTGGATCGCGCCAGCAAGATCCCTCCACAGTGT
TTGTTGCGGGAGCGACGGGTCAATTTGGTGCCAGGATTTCACAGAAGCTGTTACGCCAAGGTTTTGCAGTTAGAGCTGCTGTTTCAGACCTCTCATTTGCTCAGGAGTTAGCGCAGTTTGCAACCCAATATAAGATAATTGCTGCAAAGGATGCCAAGCGACTTAATGCAGTCGAATTCAATTCCGAGGATATTGAATCT
ACAGCTAAAGCCATAGGAAATGCAAGTAAAGCAGTGGTATCCATAGGACCTGCAGAGGATGGACCTAGTTCTAAAGTTACTACAACTGATGCTTTGAATGTTATTGAAGCAGCCAAGCTAGCAAATGTGAATCATGTTGTTGTGGTTTATGAATCTGATGAAGCAGCTCCAAATGTTCTTGATGGAATCTCTTCATTTTT
CAGCAACTTGTTTGGAAAATCAGAATTATCATTATCGGAGCTTATTGAAAGAATTGTGGAAATGGGATTAAGTTACACTATCCTGAAGGCCAGTTCCACAGATGATTTTATTTCAGAGAAAGACTACAACCTTGTTCTTAAGGCAGAAGGAAGTGCAGACGTAAACAACAAAGTGTCAAAGACACAAGTTGCATCTGTGG
TTGCTGAGGTTTTTGCGAACACTTCCATCTCAGAGAACAAGACTATTGAAGTTGCAGCCAGCCCATCTGCACCTTCTCTGCCAGTTTCTGAGCTTTTGAGTGCCATTCCAACAGATGGAAGAAAGGAAGCTTTTGCAGAGGCCCAAGCGAAAGCCAAAGCTGAAGAGGAAGCTCGTACGGCTGTAGAAAATGCACGAAAA
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TCAGCCTCCAAATAATCTGGAAAGTCCAGTTGTCACTGTGAAAGGAGAAGAAAAAAAAGCAACTTTACAGCCAAAGAAAGGTTCTACCAGTGTATCCAAACTACCAGCATTAAACAAGATAACGGAAGGCTTGTTTAACAAAGAAACCATCTATGTAGATGATGATTAATTAATTTTATTATTTCCTTCCTACTTCTCAT
AGAATCTTTCTGTTGCATTAACTTGTAGAACGGGCAATTTCAATAAACTCCTTTCTGTGCAAGATTTGGCGACAAGAATGTTATCTAGATTGCATTACTACCCTAGTTATGTCTGAATTGTTTTGGGTTTGAGCAATGGTGAATGAAATCTATGCATAGATTTTGGAAGGAGAATTCACCATCATTTTTCTAATTGGGCA
TATTGTTTTTTTTGCTTCTGGCAGAGATTGGCATGTAAGTATTTACCAATCACTTTACTGTCAGTTGTTTCATGCCCAGAGGTACCTTCAAATTATGCTGATGTAAGGCTTATATAAATGTAATTAACA


>TRINITY_DN39558_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CATTGCATTCCATGGTTTAAGGTCAAACTGTCTGCCAATTTCAAAATATTTACAGGAGTTGTCTAGTGTCGAGTTCAATCTTCTTCTTCCCTTCTGTCCAGTCCAGTATGCAGCTTGTGATTTTTCAATACAAGTTTTCTGTTTATTGTTGGGAAGTCTAGAATGTTTTGTTATGAAAAACCTCAGGTTGTACACAGATA
CATTTCTATTGGTCACACTTCGAAGTAAATCTTGTTATAGCTTGCCAAGTAAATAATCTATTCATTGGACTTTGAGATGTCACTACGTCCACTCAAATTAATCCCAGATGATGGGTGACGTGTCTCACCAGAAACGTTGGTATAAATAAAAATTGATGCAGCGACATCCCAAAACTCAATAAATAAAGAAGCTTCGAAAG
CTTACATAATTCAAGTAAACAATCTGCTTTACTAGTGAAATCTACCTTGGTTAACATTCTGTGTAGGGTGGCTTTGTTTTTTATTTAATGTTGTTATGCTCTGTTTTGAATGTAGTTATTCTATATGTATAGGTTAGTTCTCTTATCACTTACCCATTTTCTACACTTGTACAGGTGTCAAAGACACAAGTTGCATCTGT
GGTTGCTGAGGTTTTTGCGAACACTTCCATCTCAGAGAACAAGACTATTGAAGTTGCAGCCAGCCCATCTGCACCTTCTCTGCCAGTTTCTGAGCTTTTGAGgtgaacaattcatttgactgttcataatgttcatattcttttatgtgccttttgacatcccttgttagaaacctttcaatatgaaaatgtttgcaact
ttgtatcatttgcattcaagttaatatatcttgctactttgcagaggtatgtatacttatttaaaaattttgtatttttttgcatttagcttgaagatgtgtatggcactctactgggatactatacatgatgtatttgacagtctgatgggcactttttgggttataacttatctgtgaagtaaatataactttctgca
ctaattaggaagaagataatatagcttctttcgttgtcttttacacttggcagtcctctgagtagttgctgtgatgatttatttatgtttgttatttcatggcag
TGCCATTCCAACAGATGGAAGAAAGGAAGCTTTTGCAGAGGCCCAAGCGAAAGCCAAAGCTGAAGAGGAAGCTCGTACGGCTGTAGAAAATGCAC
GAAAAAAAAGAGAGCTTGTTGATCAACTTGAAGCAGAAGCAAAAAGGCTTGCAGAAAAAGAGGTTGAAGCCACTGAACTTGCTGCCCAAGTTAAGGCAGGTGCTGCAAATGCTTCGTTTGACTATTTTGCAAGCAGAGCTAAAGCATTTGGTGTAGATATTTTTGGGGGAAACAAAGGAACTCAAATCATAACATCATCT
AATTCTCAGCCTCCAAATAATCTGGAAAGTCCAGTTGTCACTGTGAAAGGAGAAGAAAAAAAAGCAACTTTACAGCCAAAGAAAGGTTCTACCAGTGTATCCAAACTACCAGCATTAAACAAGATAACGGAAGGCTTGTTTAACAAAGAAACCATCTATGTAGATGATGATTAATTAATTTTATTATTTCCTTCCTACTT
CTCATAGAATCTTTCTGTTGCATTAACTTGTAGAACGGGCAATTTCAATAAACTCCTTTCTGTGCAAGATTTGGCGACAAGAATGTTATCTAGATTGCATTACTACCCTAGTTATGTCTGAATTGTTTTGGGTTTGAGCAATGGTGAATGAAATCTATGCATAGATTTTGGAAGGAGAATTCACCATCATTTTTCTAATT
GGGCATATTGTTTTTTTTGCTTCTGGCAGAGATTGGCATGTAAGTATTTACCAATCACTTTACTGTCAGTTGTTTCATGCCCAGAGGTACCTTCAAATTATGCTGATGTAAGGCTTATATAAATGTAATTAACA