sp|F4JYG0|PIAL2_ARATH ----> E4 SUMO-protein ligase PIAL2
Intron 1 GTTCTTTTAC ... AACTGTTGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.66 | 69 | 7 | 13 |
| A2 | 16.36 | 46 | 5 | 13 |
| A3 | 19.15 | 95 | 16 | 29 |
| A4 | 19.08 | 70 | 14 | 19 |
| A5 | 10.92 | 53 | 7 | 6 |
| A6 | 17.07 | 17 | 2 | 5 |
| A7 | 15.44 | 63 | 9 | 14 |
| A8 | 14.67 | 32 | 6 | 5 |
| A9 | 14.71 | 58 | 6 | 14 |
| A10 | 21.09 | 58 | 11 | 20 |
>TRINITY_DN39837_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoformCCCTGTCATGGTATTTTGGGGGCACAATCAAATATTCTTTCATTTGATCCTGCGAAACGGGCCTGGACCGTGGAAGCAGAGAGCAACGCGGAGGGGGCTTTCATGGGTTTTGAGCAGACGAGGGGAGGGGGAGGGGGAGGAGGAGTAGGAGTGGGTGCGAAGATGACGCAGCAGCAGGTGGTAACTACGGAATTGGTGCG
ACAGTCAACTGAGCGCTTGAGAAAACTTTGCAAGACGGGCGTCAAAGTCGAACTCAGAGATTTCTTTCAGCTCTGCATCGTGCTCGCCAAGTCAATTGATTCTGCAGTCATATATAACCAAATTCCAATTTCGGTACATGAGTTGCCACAATTAGTAAGACAGGTTTTTGAACGCAAAGATGACATTCGACTTCAGCCAG
CAATCATGGTGCTTATGCTCTCTGTGAAGAATGCTTGTAGAAGTGGTTGGTTTCGTGTCACAGACACAGATGAACTGCTAACTATGTCAAAGGAGTTATCAAGTCGCTTTACGAGTACGGGGGAGCTTTCATCACCTGAAACACACAATGCTACACAAATCATTTCTGGAATAATTCCTCGGTTTTACCCACGATTGAGC
CTGGGGGCTATTATAGTTTCTCTTGAAGCTAAGCCAGGCTATGAAGTTCTCGTGGTGGACTTTCATATTGTTAAAAAGCCTGCTTCTCATGAAAAAATATATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCTTGTCTTATAACTCCACCTCAAGTAAATTTCCTGCTAAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAG
AAGTATTGTCTCAATGGATACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAATGCAGGCAATTGGTGAATTCAATGGTAATTATATAATCGCTATAACTATAATGAGTGGCTGTCCATCCGCTTCACCAGCTGCAAAGCTGTTTGATTACGTTCCCCCTGCTGCTTCATCATTTT
CACAAGATGATGAGATAATCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATAAGTTATCGGCGCATTGTGACACCTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTAATTCAAGACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGCAATAGATCTATCAGCTGCCCAGAT
CTGCGGATTGACCAAAAGATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTCAGATGTGCTGATATCTGGAGATGGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGATATGGAGGCAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTTTGAGGGAAAAGGAATCATTGTGAA
TAATATTATTGACTTAACAGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGGGGCATTCCGTTGGTTTACAGGGTTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAAACCTGATTCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTGCTGATTCACTGCCTAATACCTTAT
TGGGCAATACCATTGCACAGCCAAGCAGCAGATTCAATCCACAGGTGGCAGATGCTCTGGCAAGGGAAAGAAGTCAGGTTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGGTCACTGATAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGATGCAGTTACTCCTGCACTCAATAGG
GCACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAAGTTTGTCTTCGACCAGGCATTTTTTGCCTGCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAAGTTGAGAGACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGCACCAATTGCAATTCAGGCTTTGCC
AGCACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCACTCCGACCAAATTCTGCAACCCAAGTTGGAGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATACAGCATTTCAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGCTTTCAAGACAGCATCAAAATATGC
AGTCCATTTTAGAGCTTCCAGCATCTCCACCAATACCGTTCCAGTCACAGTCACAGAATCGGGAGCTTCAGGACCGTCCGCAGCGGATAATTCAGAGTTTTCAGCCAGCTATGACCATGCAGGTACCTCCACAAACTGGGGGAAGAAATAATTTAGATCCACAACGCATATCAGCTAGCAGGAGCTCTTTTCAGCTATCC
CAAGAACAGCAAAATCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTACTTAATCAATGGATGCAGCAGTCTTCAATCCAACATGATTCTGGTATTCGACATCACCAAAGGGTTCCTCAGTTTCAGCAAGTTGCACACCCTAGTCTAGGGTCCTCGCCCAATGTTTCCAATGCCTCTGGTTTTGTACCATTACCTGTGCTGAATCAGCATCC
TCACCCAACCCAAAGAACCATGCCAAATGCAAGACCACCTTCATTGCAATTTTCAAGATCTTTATCAGCTACAAATGTAGCCTTTCAAAGGAACAACCCTGCACAAACTGTTGATCATTCAAGACTTACAGGGGGGGACCAAAGATGGAATTCATCAACGTCGTCTCTCACGTCACGGCCAGAAGGATCCAAAGAAGGAG
GAATAGAACAAGCTTGGAGGCCTACAGGAAGGATGAGAGGGAGTATTGTTGGTGCAGGACGTCTTGGAAACACTGCTACAAACCCTTATTTAAATCAGCAAATCACATCAGGCAATTCAAGGGCATTTATTGGGTCATCCCAATCTGCTGGTCAAGCAGGTTTGGTAGGGTCAACCCATTCCAGTATGATGCAAAGGCCT
CCAATGAATGCATGGAATACTGATTTAGTAAATTCTGGTTCACACTGGACACCTAATGATGGGACGCTTATGAGATCTGCTGGAAGTAATGTGGCCGCACAAGTGCAAGGTCATGATCAAAACAATAACACAGCATTCATGCCAGGCACTGATTCTGAGTGGATTGGATTACTATCAGATCTGCAAATGCCTCAAACTGA
TACTTAACAGATGCTGGACTGAAGAAAGGTACCTAATGAGGCCCTTCAGGTCGTTTTGTTATTTTAGATTGCTATTAGTGTTTAAAGTGACAGGTCGTTTTGTTTTGTTAGTCCAATGTAGTCCAATACCATGGACTACATTGTTGTGATCAAACTTGCATAGAAGCTTCATAGAAGTAATGGTTTGCTGATGTTATTTG
CTGTGTCCTTTCTACTGATATTTGCTTTCAAGTTTCGGCATAAGCAATGTAGACATACAGCAGAAATTAGCTTGTAAATCTGGTTGAATTGAGCATGTGTGGAGGCAGTTAGCATCTGTATTTGATGTTTGGATCGATGTTGTATTGGTTCAAGTGTATTCATTTTATCTTGAACGTAATGGAGTTATTTATGCTGAGTG
CAAAAGACCTAGAAATGAAAGACTCTTCAGATTTTAGTATTGATCATCATTTTCCCCGTTTGACATTTTGTCAGCCTATGTAAATCATGAAGATTGAAGAGTTTCATCCTTTAAAAGTAACTGAAGATGTGTATATATAAGGCTAGCTTTAGAGGAATTTATATATGCTGAAGAGCTTGCAACTAATGATATCTTTCTCT
TTTCTGAGATATCTGCTACAATCCTTAGATACTTTTATGTTGTGTGTATTTTTCTATTCAACGATATAGGATCTCCACCATTTGTCAAACTGATCCCTTGGTAAGTGC
>TRINITY_DN39837_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:CCCTGTCATGGTATTTTGGGGGCACAATCAAATATTCTTTCATTTGATCCTGCGAAACGGGCCTGGACCGTGGAAGCAGAGAGCAACGCGGAGGGGGCTTTCATGGGTTTTGAGCAGACGAGGGGAGGGGGAGGGGGAGGAGGAGTAGGAGTGGGTGCGAAGATGACGCAGCAGCAGGTGGTAACTACGGAATTGGTGCG
ACAGTCAACTGAGCGCTTGAGAAAACTTTGCAAGACGGGCGTCAAAGTCGAACTCAGAGATTTCTTTCAGCTCTGCATCGTGCTCGCCAAGTCAATTGATTCTGCAGTCATATATAACCAAATTCCAATTTCGGTACATGAGTTGCCACAATTAGTAAGACAGGTTTTTGAACGCAAAGATGACATTCGACTTCAGCCAG
CAATCATGGTGCTTATGCTCTCTGTGAAGAATGCTTGTAGAAGTGGTTGGTTTCGTGTCACAGACACAGATGAACTGCTAACTATGTCAAAGGAGTTATCAAGTCGCTTTACGAGTACGGGGGAGCTTTCATCACCTGAAACACACAATGCTACACAAATCATTTCTGGAATAATTCCTCGGTTTTACCCACGATTGAGC
CTGGGGGCTATTATAGTTTCTCTTGAAGCTAAGgttcttttacaaatataccactctcaaatgccatgttgttgaaactgttgagCCAGGCTATGAAGTTCTCGTGGTGGACTTTCATATTGTTAAAAAGCCTGCTTCTCATGAAAAAATATATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCTTGTCTTA
TAACTCCACCTCAAGTAAATTTCCTGCTAAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAGAAGTATTGTCTCAATGGATACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAATGCAGGCAATTGGTGAATTCAATGGTAATTATATAATCGCTATAACTATAATGAGTGGCTGTCCATCCGCT
TCACCAGCTGCAAAGCTGTTTGATTACGTTCCCCCTGCTGCTTCATCATTTTCACAAGATGATGAGATAATCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATAAGTTATCGGCGCATTGTGACACCTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTAATTCAAG
ACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGCAATAGATCTATCAGCTGCCCAGATCTGCGGATTGACCAAAAGATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTCAGATGTGCTGATATCTGGAGATGGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGATATGGAGG
CAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTTTGAGGGAAAAGGAATCATTGTGAATAATATTATTGACTTAACAGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGGGGCATTCCGTTGGTTTACAGGGTTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAAACCTGAT
TCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTGCTGATTCACTGCCTAATACCTTATTGGGCAATACCATTGCACAGCCAAGCAGCAGATTCAATCCACAGGTGGCAGATGCTCTGGCAAGGGAAAGAAGTCAGGTTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGGTCACTGA
TAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGATGCAGTTACTCCTGCACTCAATAGGGCACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAAGTTTGTCTTCGACCAGGCATTTTTTGCCTGCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAAGTTGAGA
GACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGCACCAATTGCAATTCAGGCTTTGCCAGCACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCACTCCGACCAAATTCTGCAACCCAAGTTGGAGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATACAGCATTT
CAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGCTTTCAAGACAGCATCAAAATATGCAGTCCATTTTAGAGCTTCCAGCATCTCCACCAATACCGTTCCAGTCACAGTCACAGAATCGGGAGCTTCAGGACCGTCCGCAGCGGATAATTCAGAGTTTTCAGCCAGCTATGACCATGCAGGTACCTCCACAAACTGGGGGAAGAAA
TAATTTAGATCCACAACGCATATCAGCTAGCAGGAGCTCTTTTCAGCTATCCCAAGAACAGCAAAATCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTACTTAATCAATGGATGCAGCAGTCTTCAATCCAACATGATTCTGGTATTCGACATCACCAAAGGGTTCCTCAGTTTCAGCAAGTTGCACACCCTAGTCTAGGGTCCTCGCCCA
ATGTTTCCAATGCCTCTGGTTTTGTACCATTACCTGTGCTGAATCAGCATCCTCACCCAACCCAAAGAACCATGCCAAATGCAAGACCACCTTCATTGCAATTTTCAAGATCTTTATCAGCTACAAATGTAGCCTTTCAAAGGAACAACCCTGCACAAACTGTTGATCATTCAAGACTTACAGGGGGGGACCAAAGATGG
AATTCATCAACGTCGTCTCTCACGTCACGGCCAGAAGGATCCAAAGAAGGAGGAATAGAACAAGCTTGGAGGCCTACAGGAAGGATGAGAGGGAGTATTGTTGGTGCAGGACGTCTTGGAAACACTGCTACAAACCCTTATTTAAATCAGCAAATCACATCAGGCAATTCAAGGGCATTTATTGGGTCATCCCAATCTGC
TGGTCAAGCAGGTTTGGTAGGGTCAACCCATTCCAGTATGATGCAAAGGCCTCCAATGAATGCATGGAATACTGATTTAGTAAATTCTGGTTCACACTGGACACCTAATGATGGGACGCTTATGAGATCTGCTGGAAGTAATGTGGCCGCACAAGTGCAAGGTCATGATCAAAACAATAACACAGCATTCATGCCAGGCA
CTGATTCTGAGTGGATTGGATTACTATCAGATCTGCAAATGCCTCAAACTGATACTTAACAGATGCTGGACTGAAGAAAGGTACCTAATGAGGCCCTTCAGGTCGTTTTGTTATTTTAGATTGCTATTAGTGTTTAAAGTGACAGGTCGTTTTGTTTTGTTAGTCCAATGTAGTCCAATACCATGGACTACATTGTTGTG
ATCAAACTTGCATAGAAGCTTCATAGAAGTAATGGTTTGCTGATGTTATTTGCTGTGTCCTTTCTACTGATATTTGCTTTCAAGTTTCGGCATAAGCAATGTAGACATACAGCAGAAATTAGCTTGTAAATCTGGTTGAATTGAGCATGTGTGGAGGCAGTTAGCATCTGTATTTGATGTTTGGATCGATGTTGTATTGG
TTCAAGTGTATTCATTTTATCTTGAACGTAATGGAGTTATTTATGCTGAGTGCAAAAGACCTAGAAATGAAAGACTCTTCAGATTTTAGTATTGATCATCATTTTCCCCGTTTGACATTTTGTCAGCCTATGTAAATCATGAAGATTGAAGAGTTTCATCCTTTAAAAGTAACTGAAGATGTGTATATATAAGGCTAGCT
TTAGAGGAATTTATATATGCTGAAGAGCTTGCAACTAATGATATCTTTCTCTTTTCTGAGATATCTGCTACAATCCTTAGATACTTTTATGTTGTGTGTATTTTTCTATTCAACGATATAGGATCTCCACCATTTGTCAAACTGATCCCTTGGTAAGTGC
Intron 2 GTAAAGTATG ... TTCTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 49.02 | 26 | 2 | 25 |
| A2 | 27.27 | 32 | 0 | 12 |
| A3 | 34.69 | 32 | 0 | 17 |
| A4 | 32 | 34 | 1 | 16 |
| A5 | 14.29 | 12 | 5 | 2 |
| A6 | 46.15 | 7 | 2 | 6 |
| A7 | 20 | 32 | 1 | 8 |
| A8 | 36.67 | 19 | 5 | 11 |
| A9 | 10.71 | 25 | 0 | 3 |
| A10 | 23.53 | 39 | 0 | 12 |
>TRINITY_DN39837_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoformGTATTGGAATCTGAGTTTTGTTTTCCTTACATCAAATCTTGAAAGGATATTACTCTGAATGAAGAAGATAATTGATGGACTTTATATTTTGTTTTCAAATTATAAAGAAATACTTTGAACTGTTGCAGTATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCTTGTCTTATAACTCCACCTCAATTTCCTGCT
AAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAGAAGTATTGTCTCAATGGATACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAATGCAGGCAATTGGTGAATTCAATGGTAATTATATAATCGCTATAACTATAATGAGTGGCTGTCCATCCGCTTCACCAGCTGCAAAGCTGTTTGATTACG
TTCCCCCTGCTGCTTCATCATTTTCACAAGATGATGAGATAATCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATAAGTTATCGGCGCATTGTGACACCTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTAATTCAAGACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGC
AATAGATCTATCAGCTGCCCAGATCTGCGGATTGACCAAAAGATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTCAGATGTGCTGATATCTGGAGATGGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGATATGGAGGCAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTT
TGAGGGAAAAGGAATCATTGTGAATAATATTATTGACTTAACAGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGGGGCATTCCGTTGGTTTACAGGGTTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAAACCTGATTCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTG
CTGATTCACTGCCTAATACCTTATTGGGCAATACCATTGCACAGCCAAGCAGCAGATTCAATCCACAGGTGGCAGATGCTCTGGCAAGGGAAAGAAGTCAGGTTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGGTCACTGATAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGAT
GCAGTTACTCCTGCACTCAATAGGGCACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAAGTTTGTCTTCGACCAGGCATTTTTTGCCTGCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAAGTTGAGAGACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGC
ACCAATTGCAATTCAGGCTTTGCCAGCACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCACTCCGACCAAATTCTGCAACCCAAGTTGGAGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATACAGCATTTCAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGC
TTTCAAGACAGCATCAAAATATGCAGTCCATTTTAGAGCTTCCAGCATCTCCACCAATACCGTTCCAGTCACAGTCACAGAATCGGGAGCTTCAGGACCGTCCGCAGCGGATAATTCAGAGTTTTCAGCCAGCTATGACCATGCAGGTACCTCCACAAACTGGGGGAAGAAATAATTTAGATCCACAACGCATATCAGCT
AGCAGGAGCTCTTTTCAGCTATCCCAAGAACAGCAAAATCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTACTTAATCAATGGATGCAGCAGTCTTCAATCCAACATGATTCTGGTATTCGACATCACCAAAGGGTTCCTCAGTTTCAGCAAGTTGCACACCCTAGTCTAGGGTCCTCGCCCAATGTTTCCAATGCCTCTGGTTTTGTACC
ATTACCTGTGCTGAATCAGCATCCTCACCCAACCCAAAGAACCATGCCAAATGCAAGACCACCTTCATTGCAATTTTCAAGATCTTTATCAGCTACAAATGTAGCCTTTCAAAGGAACAACCCTGCACAAACTGTTGATCATTCAAGACTTACAGGGGGGGACCAAAGATGGAATTCATCAACGTCGTCTCTCACGTCAC
GGCCAGAAGGATCCAAAGAAGGAGGAATAGAACAAGCTTGGAGGCCTACAGGAAGGATGAGAGGGAGTATTGTTGGTGCAGGACGTCTTGGAAACACTGCTACAAACCCTTATTTAAATCAGCAAATCACATCAGGCAATTCAAGGGCATTTATTGGGTCATCCCAATCTGCTGGTCAAGCAGGTTTGGTAGGGTCAACC
CATTCCAGTATGATGCAAAGGCCTCCAATGAATGCATGGAATACTGATTTAGTAAATTCTGGTTCACACTGGACACCTAATGATGGGACGCTTATGAGATCTGCTGGAAGTAATGTGGCCGCACAAGTGCAAGGTCATGATCAAAACAATAACACAGCATTCATGCCAGGCACTGATTCTGAGTGGATTGGATTACTATC
AGATCTGCAAATGCCTCAAACTGATACTTAACAGATGCTGGACTGAAGAAAGGTACCTAATGAGGCCCTTCAGGTCGTTTTGTTATTTTAGATTGCTATTAGTGTTTAAAGTGACAGGTCGTTTTGTTTTGTTAGTCCAATGTAGTCCAATACCATGGACTACATTGTTGTGATCAAACTTGCATAGAAGCTTCATAGAA
GTAATGGTTTGCTGATGTTATTTGCTGTGTCCTTTCTACTGATATTTGCTTTCAAGTTTCGGCATAAGCAATGTAGACATACAGCAGAAATTAGCTTGTAAATCTGGTTGAATTGAGCATGTGTGGAGGCAGTTAGCATCTGTATTTGATGTTTGGATCGATGTTGTATTGGTTCAAGTGTATTCATTTTATCTTGAACG
TAATGGAGTTATTTATGCTGAGTGCAAAAGACCTAGAAATGAAAGACTCTTCAGATTTTAGTATTGATCATCATTTTCCCCGTTTGACATTTTGTCAGCCTATGTAAATCATGAAGATTGAAGAGTTTCATCCTTTAAAAGTAACTGAAGATGTGTATATATAAGGCTAGCTTTAGAGGAATTTATATATGCTGAAGAGC
TTGCAACTAATGATATCTTTCTCTTTTCTGAGATATCTGCTACAATCCTTAGATACTTTTATGTTGTGTGTATTTTTCTATTCAACGATATAGGATCTCCACCATTTGTCAAACTGATCCCTTGGTAAGTGC
>TRINITY_DN39837_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTATTGGAATCTGAGTTTTGTTTTCCTTACATCAAATCTTGAAAGGATATTACTCTGAATGAAGAAGATAATTGATGGACTTTATATTTTGTTTTCAAATTATAAAGAAATACTTTGAACTGTTGCAGTATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCTTGTCTTATAACTCCACCTCAAgtaaagtat
gttggtttatgtttttgatctaattgactaataaatttatgcgtattttatctggaaattagaataacagaattgtatgttctttgtagTTTCCTGCTAAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAGAAGTATTGTCTCAATGGATACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAAT
GCAGGCAATTGGTGAATTCAATGGTAATTATATAATCGCTATAACTATAATGAGTGGCTGTCCATCCGCTTCACCAGCTGCAAAGCTGTTTGATTACGTTCCCCCTGCTGCTTCATCATTTTCACAAGATGATGAGATAATCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATAAGTTATCGGCGCATTGTGACAC
CTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTAATTCAAGACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGCAATAGATCTATCAGCTGCCCAGATCTGCGGATTGACCAAAAGATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTCAGATGTGCTGATATCTGGAGAT
GGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGATATGGAGGCAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTTTGAGGGAAAAGGAATCATTGTGAATAATATTATTGACTTAACAGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGGGGCATTCCGTTGGTTTACAGGG
TTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAAACCTGATTCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTGCTGATTCACTGCCTAATACCTTATTGGGCAATACCATTGCACAGCCAAGCAGCAGATTCAATCCACAGGTGGCAGATGCTCTGGCAAGGGAAAGAAGTCAGG
TTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGGTCACTGATAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGATGCAGTTACTCCTGCACTCAATAGGGCACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAAGTTTGTCTTCGACCAGGCATTTTTTGCCT
GCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAAGTTGAGAGACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGCACCAATTGCAATTCAGGCTTTGCCAGCACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCACTCCGACCAAATTCTGCAACCCAAGTTGG
AGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATACAGCATTTCAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGCTTTCAAGACAGCATCAAAATATGCAGTCCATTTTAGAGCTTCCAGCATCTCCACCAATACCGTTCCAGTCACAGTCACAGAATCGGGAGCTTCAGGACCGTC
CGCAGCGGATAATTCAGAGTTTTCAGCCAGCTATGACCATGCAGGTACCTCCACAAACTGGGGGAAGAAATAATTTAGATCCACAACGCATATCAGCTAGCAGGAGCTCTTTTCAGCTATCCCAAGAACAGCAAAATCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTACTTAATCAATGGATGCAGCAGTCTTCAATCCAACATGATTCT
GGTATTCGACATCACCAAAGGGTTCCTCAGTTTCAGCAAGTTGCACACCCTAGTCTAGGGTCCTCGCCCAATGTTTCCAATGCCTCTGGTTTTGTACCATTACCTGTGCTGAATCAGCATCCTCACCCAACCCAAAGAACCATGCCAAATGCAAGACCACCTTCATTGCAATTTTCAAGATCTTTATCAGCTACAAATGT
AGCCTTTCAAAGGAACAACCCTGCACAAACTGTTGATCATTCAAGACTTACAGGGGGGGACCAAAGATGGAATTCATCAACGTCGTCTCTCACGTCACGGCCAGAAGGATCCAAAGAAGGAGGAATAGAACAAGCTTGGAGGCCTACAGGAAGGATGAGAGGGAGTATTGTTGGTGCAGGACGTCTTGGAAACACTGCTA
CAAACCCTTATTTAAATCAGCAAATCACATCAGGCAATTCAAGGGCATTTATTGGGTCATCCCAATCTGCTGGTCAAGCAGGTTTGGTAGGGTCAACCCATTCCAGTATGATGCAAAGGCCTCCAATGAATGCATGGAATACTGATTTAGTAAATTCTGGTTCACACTGGACACCTAATGATGGGACGCTTATGAGATCT
GCTGGAAGTAATGTGGCCGCACAAGTGCAAGGTCATGATCAAAACAATAACACAGCATTCATGCCAGGCACTGATTCTGAGTGGATTGGATTACTATCAGATCTGCAAATGCCTCAAACTGATACTTAACAGATGCTGGACTGAAGAAAGGTACCTAATGAGGCCCTTCAGGTCGTTTTGTTATTTTAGATTGCTATTAG
TGTTTAAAGTGACAGGTCGTTTTGTTTTGTTAGTCCAATGTAGTCCAATACCATGGACTACATTGTTGTGATCAAACTTGCATAGAAGCTTCATAGAAGTAATGGTTTGCTGATGTTATTTGCTGTGTCCTTTCTACTGATATTTGCTTTCAAGTTTCGGCATAAGCAATGTAGACATACAGCAGAAATTAGCTTGTAAA
TCTGGTTGAATTGAGCATGTGTGGAGGCAGTTAGCATCTGTATTTGATGTTTGGATCGATGTTGTATTGGTTCAAGTGTATTCATTTTATCTTGAACGTAATGGAGTTATTTATGCTGAGTGCAAAAGACCTAGAAATGAAAGACTCTTCAGATTTTAGTATTGATCATCATTTTCCCCGTTTGACATTTTGTCAGCCTA
TGTAAATCATGAAGATTGAAGAGTTTCATCCTTTAAAAGTAACTGAAGATGTGTATATATAAGGCTAGCTTTAGAGGAATTTATATATGCTGAAGAGCTTGCAACTAATGATATCTTTCTCTTTTCTGAGATATCTGCTACAATCCTTAGATACTTTTATGTTGTGTGTATTTTTCTATTCAACGATATAGGATCTCCAC
CATTTGTCAAACTGATCCCTTGGTAAGTGC
Intron 3 GTTCTTTTAC ... TGTGTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.36 | 69 | 6.1 | 22.9 |
| A2 | 10.3 | 46 | 2.8 | 7.9 |
| A3 | 7.01 | 95 | 7.5 | 7.4 |
| A4 | 6.35 | 70 | 6.2 | 3.7 |
| A5 | 8.62 | 53 | 2.6 | 7.5 |
| A6 | 6.79 | 17 | 1.2 | 1.4 |
| A7 | 1.4 | 63 | 0.8 | 1.3 |
| A8 | 4.29 | 32 | 0.5 | 2.5 |
| A9 | 1.34 | 58 | 0.5 | 1.3 |
| A10 | 2.74 | 58 | 1 | 2.8 |
>TRINITY_DN131205_c4_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGGGGCACAATCAAATATTCTTTCATTTGATCCTGCGAAACGGGCCTGGACCGTGGAAGCAGAGAGCAACGCGGAGGGGGCTTTCATGGGTTTTGAGCAGACGAGGGGAGGGGGAGGGGGAGGAGGAGTAGGAGTGGGTGCGAAGATGACGCAGCAGCAGGTGGTAACTACGGAATTGGTGCGACAGTCAACTGAGCGCTT
GAGAAAACTTTGCAAGACGGGCGTCAAAGTCGAACTCAGAGATTTCTTTCAGCTCTGCATCGTGCTCGCCAAGTCAATTGATTCTGCAGTCATATATAACCAAATTCCAATTTCGGTACATGAGTTGCCACAATTAGTAAGACAGGTTTTTGAACGCAAAGATGACATTCGACTTCAGCCAGCAATCATGGTGCTTATGC
TCTCTGTGAAGAATGCTTGTAGAAGTGGTTGGTTTCGTGTCACAGACACAGATGAACTGCTAACTATGTCAAAGGAGTTATCAAGTCGCTTTACGAGTACGGGGGAGCTTTCATCACCTGAAACACACAATGCTACACAAATCATTTCTGGAATAATTCCTCGGTTTTACCCACGATTGAGCCTGGGGGCTATTATAGTT
TCTCTTGAAGCTAAGCCAGGCTATGAAGTTCTCGTGGTGGACTTTCATATTGTTAAAAAGCCTGCTTCTCATGAAAAAATATATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCTTGTCTTATAACTCCACCTCAAGTAAATTTCCTGCTAAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAGAAGTATTGTCTCAATGGA
TACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAATGCAGGCAATTGGTGAATTCAATGGTAATTATATAATCGCTATAACTATAATGAGTGGCTGTCCATCCGCTTCACCAGCTGCAAAGCTGTTTGATTACGTTCCCCCTGCTGCTTCATCATTTTCACAAGATGATGAGATAA
TCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATAAGTTATCGGCGCATTGTGACACCTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTAATTCAAGACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGCAATAGATCTATCAGCTGCCCAGATCTGCGGATTGACCAAAAG
ATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTCAGATGTGCTGATATCTGGAGATGGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGATATGGAGGCAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTTTGAGGGAAAAGGAATCATTGTGAATAATATTATTGACTTAAC
AGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGGGGCATTCCGTTGGTTTACAGGGTTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAAACCTGATTCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTTTTTGATTCACTGCCTAAGCAGCAGATTCAATCCACAGGTGGC
AGATGCTCTGGCAATGGAAAGAAGTCAGGTTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGGTCACTGATAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGATGCAGTTACTCCTGCACTCAATAGGGCACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAA
GTTTGTCTTCGACCAGGCATTTTTTGCCTGCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAAGTTGAGAGACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGCACCAATTGCAATTCAGGCTTTGCCAGCACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCA
CTCCGACCAAATTCTGCAACCCAAGTTGGAGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATACAGCATTTCAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGCTTTCAAGACAGCATCAAAATATGCAGTCCATTTTAGAGCTTCCAGCATCTCCACCAATACCGTTCCAGTCACA
GTCACAGAATCGGGAGCTTCAGGACCGTCCGCAGCGGATAATTCAGAGTTTTCAGCCAGCTATGACCATGCAGGTACCTCCACAAACTGGGGGAAGAAATAATTTAGATCCACAACGCATATCAGCTAGCAGGAGTTCTTTTCAGCTATCCCAAGAACAGCAAAATCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTACTTAATCAATGGA
TGCAGCAGTCTTCAATCCAACATGATTCTGGTATTCGACATCACCAAAGGGTTCCTCAGTTTCAGCAAGTTGCACACCCTAGTCTAGGGTCCTCGCCCAATGTTTCCAATGCCTCTGGTTTTGTACCATTACCTGTGCTGAATCAGCATCCTCACCCAACCCAAAGAACCATGCCAAATGCAAGACCACCTTCATTGCAA
TTTTCAAGATCTTTATCAGCTACAAATGTAGCCTTTCAAAGGAACAACCCTGCACAAACTGTTGATCATTCAAGACTTACAGGGGGGGACCAAAGATGGAATTCATCAACGTCGTCTCTCACGTCACGGCCAGAAGGATCCAAAGAAGGAGGAATAGAACAAGCTTGGAGGCCTACAGGAAGGATGAGAGGGAGTATTGT
TGGTGCAGGACGTCTTGGAAACACTGCTACAAACCCTTATTTAAATCAGCAAATCACATCAGGCAATTCAAGGGCATTTATTGGGTCATCCCAATCTGCTGGTCAAGCAGGTTTGGTAGGGTCAACCCATTCCAGTATGATGCAAAGGCCTCCAATGAATGCATGGAATACTGATTTAGTAAATTCTGGTTCACACTGGA
CACCTAATGATGGGACGCTTATGAGATCTGCTGGAAGTAATGTGGCCGCACAAGTGCAAGGTCATGATCAAAACAATAACACAGCATTCATGCCAGGCACTGATTCTGAGTGGATTGGATTACTATCAGATCTGCAAATGCCTCAAACTGATACTTAACAGATGCTGGACTGAAGAAAGGTACCTAATGAGGCCCTTCAG
GTCGTTTTGTTATTTTAGATTGCTATTAGTGTTTAAAGTGACAGGTCGTTTTGTTTTGTTAGTCCAATGTAGTCCAATACCATGGACTACATTGTTGTGATCAAACTTGCATAGAAGCTTCATAGAAGTAATGGTTTGCTGATGTTATTTGCTGTGTCCTTTCTACTGATATTTGCTTTCAAGTTTCGGCATAAGCAATG
TAGACATACAGCAGAAATTAGCTTGTAAATCTGGTTGAATTGAGCATGTGTGGAGGCAGTTAGCATCTGTATTTGATGTTTGGATCGATGTTGTATTGGTTCAAGTGTATTCATTTTATCTTGAACGTAATGGAGTTATTTATGCTGAGTGCAAAAGACCTAGAAATGAAAGACTCTTCAGATTTTAGTATTGATCATCA
TTTTCCCCGTTTGACATTTTGTCAGCCTATGTAAATCATGAAGATTGAAGAGTTTCATCCTTTAAAAGTAACTGAAGATGTGTATATATAAGGCTAGCTTTAGAGGAATTTATATATGCTGAAGAGCTTGCA
>TRINITY_DN131205_c4_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTATCTTCCTGTCTTTTTCTTTGTTCTCTCTATCTGCAGGGCTGAATGGTTAGCTAAGAATTCTCTATCATAGTTAAATAATTCTTTTGGTCTTTTTATTTTTGAATGATGTCCAATGCCTTTCTCTTTAATTAGTTGCATTTGATTTGTTACTCAATTAATGGTTGAAAGTTTCCTTTTATGCAGGTTTTACCCACGAT
TGAGCCTGGGGGCTATTATAGTTTCTCTTGAAGCTAAGgttcttttacaaatataccactctcaaatgccatgttgttgaaactgttgaggcatgccttgcctcagattgctgttttcatgatttgattattggtgtagatgtttgtcgatgaggttggacaaggctagcatgctaccatggtcatacatttcattattt
gggcttttgtaccgtgcctgagcataattagctgctaattcacctgcatttaatatctacaagttttgagcgatgggttcgtgtgcttgtgttacagCCAGGCTATGAAGTTCTCGTGGTGGACTTTCATATTGTTAAAAAGCCTGCTTCTCATGAAAAAATAGTAAGCATTTACTTTAAAATCATTTCATTGTGGCATA
CTTACGCTATCGCACTGTTCCCATGTTTTCTACTTTGAAAAAAAAATTGTTGAAGCATTTTAAGGTAGATTTCCAATTGTTTTCTGATTTTTTATTGGAATAAGTTTAAGCATTGAAAAAGATTTCTAGGCGTATTTTCCAAAGTTTAGTGTTTTGTATGGTTAATTTTGAAGAAGAAAAAATGATTATGTAATTGTTTT
GACTCTGGGTTAGCAGTGCAATTTTTACCATAATTTAAAATGGACTATTGAGTTTGTCGTGGTACAAAAAATAGTTCCTAGTATGTAGAATGTTATGAAAGTTTTGTTCAGGGCATTTGTCAAATAAAGAAGTTTGCTTTACCAACTTTGTTGAAAGTTTTGTTGTAGCTATCCCACTTATTGTCTATAGTAGTGCTTTA
TTGCTAAGTTACCGGAAATGCCTAAGCAACCTTTGTGAAACGTCGTTCCCCGTATCGGATCCTGAAACGGAGGGGATACGGCCTTGAAATGTCACCGATACGTATCATATTGGTACGGATACATTTCAGCCTAGAGGTGACACGTTTCAGCGAAATGGTAATATTAAATTCTTAAAGTAAAAGTGGCATTCTCCTT
Intron 4 GTATGTTGGT ... TTCTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.46 | 40.4 | 9.5 | 17.3 |
| A2 | 14.04 | 40.5 | 2.7 | 7.4 |
| A3 | 18.07 | 51.5 | 5.4 | 12 |
| A4 | 16 | 45.5 | 3.7 | 9.8 |
| A5 | 5.38 | 20.8 | 3.8 | 1.2 |
| A6 | 29.1 | 11.5 | 2.4 | 4.8 |
| A7 | 7.45 | 58 | 7.2 | 4.9 |
| A8 | 22.6 | 23.5 | 4.2 | 7.5 |
| A9 | 3.85 | 45 | 3.8 | 1.8 |
| A10 | 11.85 | 50.3 | 3.1 | 7.4 |
>TRINITY_DN131205_c4_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGGGGCACAATCAAATATTCTTTCATTTGATCCTGCGAAACGGGCCTGGACCGTGGAAGCAGAGAGCAACGCGGAGGGGGCTTTCATGGGTTTTGAGCAGACGAGGGGAGGGGGAGGGGGAGGAGGAGTAGGAGTGGGTGCGAAGATGACGCAGCAGCAGGTGGTAACTACGGAATTGGTGCGACAGTCAACTGAGCGCTT
GAGAAAACTTTGCAAGACGGGCGTCAAAGTCGAACTCAGAGATTTCTTTCAGCTCTGCATCGTGCTCGCCAAGTCAATTGATTCTGCAGTCATATATAACCAAATTCCAATTTCGGTACATGAGTTGCCACAATTAGTAAGACAGGTTTTTGAACGCAAAGATGACATTCGACTTCAGCCAGCAATCATGGTGCTTATGC
TCTCTGTGAAGAATGCTTGTAGAAGTGGTTGGTTTCGTGTCACAGACACAGATGAACTGCTAACTATGTCAAAGGAGTTATCAAGTCGCTTTACGAGTACGGGGGAGCTTTCATCACCTGAAACACACAATGCTACACAAATCATTTCTGGAATAATTCCTCGGTTTTACCCACGATTGAGCCTGGGGGCTATTATAGTT
TCTCTTGAAGCTAAGCCAGGCTATGAAGTTCTCGTGGTGGACTTTCATATTGTTAAAAAGCCTGCTTCTCATGAAAAAATATATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCTTGTCTTATAACTCCACCTCAAGTAAATTTCCTGCTAAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAGAAGTATTGTCTCAATGGA
TACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAATGCAGGCAATTGGTGAATTCAATGGTAATTATATAATCGCTATAACTATAATGAGTGGCTGTCCATCCGCTTCACCAGCTGCAAAGCTGTTTGATTACGTTCCCCCTGCTGCTTCATCATTTTCACAAGATGATGAGATAA
TCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATAAGTTATCGGCGCATTGTGACACCTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTAATTCAAGACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGCAATAGATCTATCAGCTGCCCAGATCTGCGGATTGACCAAAAG
ATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTCAGATGTGCTGATATCTGGAGATGGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGATATGGAGGCAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTTTGAGGGAAAAGGAATCATTGTGAATAATATTATTGACTTAAC
AGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGGGGCATTCCGTTGGTTTACAGGGTTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAAACCTGATTCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTTTTTGATTCACTGCCTAAGCAGCAGATTCAATCCACAGGTGGC
AGATGCTCTGGCAATGGAAAGAAGTCAGGTTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGGTCACTGATAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGATGCAGTTACTCCTGCACTCAATAGGGCACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAA
GTTTGTCTTCGACCAGGCATTTTTTGCCTGCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAAGTTGAGAGACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGCACCAATTGCAATTCAGGCTTTGCCAGCACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCA
CTCCGACCAAATTCTGCAACCCAAGTTGGAGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATACAGCATTTCAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGCTTTCAAGACAGCATCAAAATATGCAGTCCATTTTAGAGCTTCCAGCATCTCCACCAATACCGTTCCAGTCACA
GTCACAGAATCGGGAGCTTCAGGACCGTCCGCAGCGGATAATTCAGAGTTTTCAGCCAGCTATGACCATGCAGGTACCTCCACAAACTGGGGGAAGAAATAATTTAGATCCACAACGCATATCAGCTAGCAGGAGTTCTTTTCAGCTATCCCAAGAACAGCAAAATCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTACTTAATCAATGGA
TGCAGCAGTCTTCAATCCAACATGATTCTGGTATTCGACATCACCAAAGGGTTCCTCAGTTTCAGCAAGTTGCACACCCTAGTCTAGGGTCCTCGCCCAATGTTTCCAATGCCTCTGGTTTTGTACCATTACCTGTGCTGAATCAGCATCCTCACCCAACCCAAAGAACCATGCCAAATGCAAGACCACCTTCATTGCAA
TTTTCAAGATCTTTATCAGCTACAAATGTAGCCTTTCAAAGGAACAACCCTGCACAAACTGTTGATCATTCAAGACTTACAGGGGGGGACCAAAGATGGAATTCATCAACGTCGTCTCTCACGTCACGGCCAGAAGGATCCAAAGAAGGAGGAATAGAACAAGCTTGGAGGCCTACAGGAAGGATGAGAGGGAGTATTGT
TGGTGCAGGACGTCTTGGAAACACTGCTACAAACCCTTATTTAAATCAGCAAATCACATCAGGCAATTCAAGGGCATTTATTGGGTCATCCCAATCTGCTGGTCAAGCAGGTTTGGTAGGGTCAACCCATTCCAGTATGATGCAAAGGCCTCCAATGAATGCATGGAATACTGATTTAGTAAATTCTGGTTCACACTGGA
CACCTAATGATGGGACGCTTATGAGATCTGCTGGAAGTAATGTGGCCGCACAAGTGCAAGGTCATGATCAAAACAATAACACAGCATTCATGCCAGGCACTGATTCTGAGTGGATTGGATTACTATCAGATCTGCAAATGCCTCAAACTGATACTTAACAGATGCTGGACTGAAGAAAGGTACCTAATGAGGCCCTTCAG
GTCGTTTTGTTATTTTAGATTGCTATTAGTGTTTAAAGTGACAGGTCGTTTTGTTTTGTTAGTCCAATGTAGTCCAATACCATGGACTACATTGTTGTGATCAAACTTGCATAGAAGCTTCATAGAAGTAATGGTTTGCTGATGTTATTTGCTGTGTCCTTTCTACTGATATTTGCTTTCAAGTTTCGGCATAAGCAATG
TAGACATACAGCAGAAATTAGCTTGTAAATCTGGTTGAATTGAGCATGTGTGGAGGCAGTTAGCATCTGTATTTGATGTTTGGATCGATGTTGTATTGGTTCAAGTGTATTCATTTTATCTTGAACGTAATGGAGTTATTTATGCTGAGTGCAAAAGACCTAGAAATGAAAGACTCTTCAGATTTTAGTATTGATCATCA
TTTTCCCCGTTTGACATTTTGTCAGCCTATGTAAATCATGAAGATTGAAGAGTTTCATCCTTTAAAAGTAACTGAAGATGTGTATATATAAGGCTAGCTTTAGAGGAATTTATATATGCTGAAGAGCTTGCA
>TRINITY_DN131205_c4_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGGGCACAATCAAATATTCTTTCATTTGATCCTGCGAAACGGGCCTGGACCGTGGAAGCAGAGAGCAACGCGGAGGGGGCTTTCATGGGTTTTGAGCAGACGAGGGGAGGGGGAGGGGGAGGAGGAGTAGGAGTGGGTGCGAAGATGACGCAGCAGCAGGTGGTAACTACGGAATTGGTGCGACAGTCAACTGAGCGCTT
GAGAAAACTTTGCAAGACGGGCGTCAAAGTCGAACTCAGAGATTTCTTTCAGCTCTGCATCGTGCTCGCCAAGTCAATTGATTCTGCAGTCATATATAACCAAATTCCAATTTCGGTACATGAGTTGCCACAATTAGTAAGACAGGTTTTTGAACGCAAAGATGACATTCGACTTCAGCCAGCAATCATGGTGCTTATGC
TCTCTGTGAAGAATGCTTGTAGAAGTGGTTGGTTTCGTGTCACAGACACAGATGAACTGCTAACTATGTCAAAGGAGTTATCAAGTCGCTTTACGAGTACGGGGGAGCTTTCATCACCTGAAACACACAATGCTACACAAATCATTTCTGGAATAATTCCTCGGTTTTACCCACGATTGAGCCTGGGGGCTATTATAGTT
TCTCTTGAAGCTAAGCCAGGCTATGAAGTTCTCGTGGTGGACTTTCATATTGTTAAAAAGCCTGCTTCTCATGAAAAAATATATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCTTGTCTTATAACTCCACCTCAAGTAAAgtatgttggtttatgtttttgatctaattgactaataaatttatgcgtatt
ttatctggaaattagaataacagaattgtatgttctttgtagTTTCCTGCTAAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAGAAGTATTGTCTCAATGGTTTGTAAGCTGATGGTTTTTATAGTGTGATTCAAAGTTGTTGCAGTATATAATGTTTTGGCATCAGTGGTGACAAAGAGTGTCCTAATCCATTCTTTTTCAAGCATTA
CTGATATGCACTGCTATGCGTAACAGGATACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAATGCAGGCAATTGGTGAATTCAATGGTAATTATATAATCGCTATAACTATAATGAGTGGCTGTCCATCCGCTTCACCAGCTGCAAAGCTGTTTGATTACGTTCCCCCTGCTGCT
TCATCATTTTCACAAGATGATGAGATAATCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATAAGTTATCGGCGCATTGTGACACCTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTAATTCAAGACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGCAATAGATCTATCAG
CTGCCCAGATCTGCGGATTGACCAAAAGATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTCAGATGTGCTGATATCTGGAGATGGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGATATGGAGGCAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTTTGAGGGAAAAGGAA
TCATTGTGAATAATATTATTGACTTAACAGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGGGGCATTCCGTTGGTTTACAGGGTTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAAACCTGATTCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTGCTGATTCACTGCCT
AATACCTTATTGGGCAATACCATTGCACAGCCAAGCAGCAGATTCAATCCGCAGGTGGCAGATGCTCTGGCAAGGGAAAGAAGTCAGGTTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGGTCACTGATAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGATGCAGTTACTCCTGC
ACTCAATAGGGCACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAAGTTTGTCTTCGACCAGGCATTTTTTGCCTGCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAAGTTGAGAGACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGCACCAATTGCAATTC
AGGCTTTGCCAGCACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCACTCCGACCAAATTCTGCAACCCAAGTTGGAGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATACAGCATTTCAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGCTTTCAAGACAGCAT
CAAAATATGCAGTCCATTTTAGAGCTTCCAGCATCTCCACCAATACCGTTCCAGTCACAGTCACAGAATCGGGAGCTTCAGGACCGTCCGCAGCGGATAATTCAGAGTTTTCAGCCAGCTATGACCATGCAGGTACCTCCACAAACTGGGGGAAGAAATAATTTAGATCCACAACGCATATCAGCTAGCAGGAGTTCTTT
TCAGCTATCCCAAGAACAACAAAATCAGCAGCAGCAGCAGCTACTTACTCAATGGATGACAGCAAATAACAGGATTTGAATTCCATTGAGTCCGTGGCAGCCATTTGATCGATTGCCCTAATCGTAACAATCAGT
Intron 5 GTTTGTAAGC ... TGCGTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.53 | 54.6 | 8 | 35 |
| A2 | 30.22 | 47.6 | 0 | 20 |
| A3 | 42.41 | 80.8 | 1 | 53 |
| A4 | 30.47 | 59.6 | 3 | 24 |
| A5 | 35.17 | 22.8 | 0 | 12 |
| A6 | 40.86 | 19 | 2 | 12 |
| A7 | 39.82 | 67.2 | 0 | 42 |
| A8 | 32.85 | 34.2 | 1 | 16 |
| A9 | 33.05 | 48.2 | 0 | 23 |
| A10 | 24.79 | 63.4 | 0 | 20 |
>TRINITY_DN131205_c4_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGGGGCACAATCAAATATTCTTTCATTTGATCCTGCGAAACGGGCCTGGACCGTGGAAGCAGAGAGCAACGCGGAGGGGGCTTTCATGGGTTTTGAGCAGACGAGGGGAGGGGGAGGGGGAGGAGGAGTAGGAGTGGGTGCGAAGATGACGCAGCAGCAGGTGGTAACTACGGAATTGGTGCGACAGTCAACTGAGCGCTT
GAGAAAACTTTGCAAGACGGGCGTCAAAGTCGAACTCAGAGATTTCTTTCAGCTCTGCATCGTGCTCGCCAAGTCAATTGATTCTGCAGTCATATATAACCAAATTCCAATTTCGGTACATGAGTTGCCACAATTAGTAAGACAGGTTTTTGAACGCAAAGATGACATTCGACTTCAGCCAGCAATCATGGTGCTTATGC
TCTCTGTGAAGAATGCTTGTAGAAGTGGTTGGTTTCGTGTCACAGACACAGATGAACTGCTAACTATGTCAAAGGAGTTATCAAGTCGCTTTACGAGTACGGGGGAGCTTTCATCACCTGAAACACACAATGCTACACAAATCATTTCTGGAATAATTCCTCGGTTTTACCCACGATTGAGCCTGGGGGCTATTATAGTT
TCTCTTGAAGCTAAGCCAGGCTATGAAGTTCTCGTGGTGGACTTTCATATTGTTAAAAAGCCTGCTTCTCATGAAAAAATATATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCTTGTCTTATAACTCCACCTCAAGTAAATTTCCTGCTAAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAGAAGTATTGTCTCAATGGA
TACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAATGCAGGCAATTGGTGAATTCAATGGTAATTATATAATCGCTATAACTATAATGAGTGGCTGTCCATCCGCTTCACCAGCTGCAAAGCTGTTTGATTACGTTCCCCCTGCTGCTTCATCATTTTCACAAGATGATGAGATAA
TCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATAAGTTATCGGCGCATTGTGACACCTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTAATTCAAGACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGCAATAGATCTATCAGCTGCCCAGATCTGCGGATTGACCAAAAG
ATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTCAGATGTGCTGATATCTGGAGATGGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGATATGGAGGCAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTTTGAGGGAAAAGGAATCATTGTGAATAATATTATTGACTTAAC
AGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGGGGCATTCCGTTGGTTTACAGGGTTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAAACCTGATTCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTTTTTGATTCACTGCCTAAGCAGCAGATTCAATCCACAGGTGGC
AGATGCTCTGGCAATGGAAAGAAGTCAGGTTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGGTCACTGATAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGATGCAGTTACTCCTGCACTCAATAGGGCACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAA
GTTTGTCTTCGACCAGGCATTTTTTGCCTGCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAAGTTGAGAGACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGCACCAATTGCAATTCAGGCTTTGCCAGCACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCA
CTCCGACCAAATTCTGCAACCCAAGTTGGAGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATACAGCATTTCAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGCTTTCAAGACAGCATCAAAATATGCAGTCCATTTTAGAGCTTCCAGCATCTCCACCAATACCGTTCCAGTCACA
GTCACAGAATCGGGAGCTTCAGGACCGTCCGCAGCGGATAATTCAGAGTTTTCAGCCAGCTATGACCATGCAGGTACCTCCACAAACTGGGGGAAGAAATAATTTAGATCCACAACGCATATCAGCTAGCAGGAGTTCTTTTCAGCTATCCCAAGAACAGCAAAATCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTACTTAATCAATGGA
TGCAGCAGTCTTCAATCCAACATGATTCTGGTATTCGACATCACCAAAGGGTTCCTCAGTTTCAGCAAGTTGCACACCCTAGTCTAGGGTCCTCGCCCAATGTTTCCAATGCCTCTGGTTTTGTACCATTACCTGTGCTGAATCAGCATCCTCACCCAACCCAAAGAACCATGCCAAATGCAAGACCACCTTCATTGCAA
TTTTCAAGATCTTTATCAGCTACAAATGTAGCCTTTCAAAGGAACAACCCTGCACAAACTGTTGATCATTCAAGACTTACAGGGGGGGACCAAAGATGGAATTCATCAACGTCGTCTCTCACGTCACGGCCAGAAGGATCCAAAGAAGGAGGAATAGAACAAGCTTGGAGGCCTACAGGAAGGATGAGAGGGAGTATTGT
TGGTGCAGGACGTCTTGGAAACACTGCTACAAACCCTTATTTAAATCAGCAAATCACATCAGGCAATTCAAGGGCATTTATTGGGTCATCCCAATCTGCTGGTCAAGCAGGTTTGGTAGGGTCAACCCATTCCAGTATGATGCAAAGGCCTCCAATGAATGCATGGAATACTGATTTAGTAAATTCTGGTTCACACTGGA
CACCTAATGATGGGACGCTTATGAGATCTGCTGGAAGTAATGTGGCCGCACAAGTGCAAGGTCATGATCAAAACAATAACACAGCATTCATGCCAGGCACTGATTCTGAGTGGATTGGATTACTATCAGATCTGCAAATGCCTCAAACTGATACTTAACAGATGCTGGACTGAAGAAAGGTACCTAATGAGGCCCTTCAG
GTCGTTTTGTTATTTTAGATTGCTATTAGTGTTTAAAGTGACAGGTCGTTTTGTTTTGTTAGTCCAATGTAGTCCAATACCATGGACTACATTGTTGTGATCAAACTTGCATAGAAGCTTCATAGAAGTAATGGTTTGCTGATGTTATTTGCTGTGTCCTTTCTACTGATATTTGCTTTCAAGTTTCGGCATAAGCAATG
TAGACATACAGCAGAAATTAGCTTGTAAATCTGGTTGAATTGAGCATGTGTGGAGGCAGTTAGCATCTGTATTTGATGTTTGGATCGATGTTGTATTGGTTCAAGTGTATTCATTTTATCTTGAACGTAATGGAGTTATTTATGCTGAGTGCAAAAGACCTAGAAATGAAAGACTCTTCAGATTTTAGTATTGATCATCA
TTTTCCCCGTTTGACATTTTGTCAGCCTATGTAAATCATGAAGATTGAAGAGTTTCATCCTTTAAAAGTAACTGAAGATGTGTATATATAAGGCTAGCTTTAGAGGAATTTATATATGCTGAAGAGCTTGCA
>TRINITY_DN131205_c4_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGGGCACAATCAAATATTCTTTCATTTGATCCTGCGAAACGGGCCTGGACCGTGGAAGCAGAGAGCAACGCGGAGGGGGCTTTCATGGGTTTTGAGCAGACGAGGGGAGGGGGAGGGGGAGGAGGAGTAGGAGTGGGTGCGAAGATGACGCAGCAGCAGGTGGTAACTACGGAATTGGTGCGACAGTCAACTGAGCGCTT
GAGAAAACTTTGCAAGACGGGCGTCAAAGTCGAACTCAGAGATTTCTTTCAGCTCTGCATCGTGCTCGCCAAGTCAATTGATTCTGCAGTCATATATAACCAAATTCCAATTTCGGTACATGAGTTGCCACAATTAGTAAGACAGGTTTTTGAACGCAAAGATGACATTCGACTTCAGCCAGCAATCATGGTGCTTATGC
TCTCTGTGAAGAATGCTTGTAGAAGTGGTTGGTTTCGTGTCACAGACACAGATGAACTGCTAACTATGTCAAAGGAGTTATCAAGTCGCTTTACGAGTACGGGGGAGCTTTCATCACCTGAAACACACAATGCTACACAAATCATTTCTGGAATAATTCCTCGGTTTTACCCACGATTGAGCCTGGGGGCTATTATAGTT
TCTCTTGAAGCTAAGCCAGGCTATGAAGTTCTCGTGGTGGACTTTCATATTGTTAAAAAGCCTGCTTCTCATGAAAAAATATATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCTTGTCTTATAACTCCACCTCAAGTAAAGTATGTTGGTTTATGTTTTTGATCTAATTGACTAATAAATTTATGCGTATT
TTATCTGGAAATTAGAATAACAGAATTGTATGTTCTTTGTAGTTTCCTGCTAAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAGAAGTATTGTCTCAATGgtttgtaagctgatggtttttatagtgtgattcaaagttgttgcagtatataatgttttggcatcagtggtgacaaagagtgtcctaatccattctttttcaagcatta
ctgatatgcactgctatgcgtaacagGATACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAATGCAGGCAATTGGTGAATTCAATGGTAATTATATAATCGCTATAACTATAATGAGTGGCTGTCCATCCGCTTCACCAGCTGCAAAGCTGTTTGATTACGTTCCCCCTGCTGCT
TCATCATTTTCACAAGATGATGAGATAATCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATAAGTTATCGGCGCATTGTGACACCTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTAATTCAAGACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGCAATAGATCTATCAG
CTGCCCAGATCTGCGGATTGACCAAAAGATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTCAGATGTGCTGATATCTGGAGATGGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGATATGGAGGCAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTTTGAGGGAAAAGGAA
TCATTGTGAATAATATTATTGACTTAACAGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGGGGCATTCCGTTGGTTTACAGGGTTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAAACCTGATTCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTGCTGATTCACTGCCT
AATACCTTATTGGGCAATACCATTGCACAGCCAAGCAGCAGATTCAATCCGCAGGTGGCAGATGCTCTGGCAAGGGAAAGAAGTCAGGTTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGGTCACTGATAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGATGCAGTTACTCCTGC
ACTCAATAGGGCACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAAGTTTGTCTTCGACCAGGCATTTTTTGCCTGCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAAGTTGAGAGACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGCACCAATTGCAATTC
AGGCTTTGCCAGCACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCACTCCGACCAAATTCTGCAACCCAAGTTGGAGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATACAGCATTTCAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGCTTTCAAGACAGCAT
CAAAATATGCAGTCCATTTTAGAGCTTCCAGCATCTCCACCAATACCGTTCCAGTCACAGTCACAGAATCGGGAGCTTCAGGACCGTCCGCAGCGGATAATTCAGAGTTTTCAGCCAGCTATGACCATGCAGGTACCTCCACAAACTGGGGGAAGAAATAATTTAGATCCACAACGCATATCAGCTAGCAGGAGTTCTTT
TCAGCTATCCCAAGAACAACAAAATCAGCAGCAGCAGCAGCTACTTACTCAATGGATGACAGCAAATAACAGGATTTGAATTCCATTGAGTCCGTGGCAGCCATTTGATCGATTGCCCTAATCGTAACAATCAGT
Intron 6 GCATGCCTTG ... TGTGTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.86 | 13 | 5 | 22 |
| A2 | 56.67 | 13 | 3 | 17 |
| A3 | 51.67 | 29 | 9 | 31 |
| A4 | 52.5 | 19 | 6 | 21 |
| A5 | 66.67 | 6 | 3 | 12 |
| A6 | 50 | 5 | 1 | 5 |
| A7 | 50 | 14 | 0 | 14 |
| A8 | 58.33 | 5 | 0 | 7 |
| A9 | 50 | 14 | 1 | 14 |
| A10 | 51.22 | 20 | 1 | 21 |
>TRINITY_DN39837_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoformCCCTGTCATGGTATTTTGGGGGCACAATCAAATATTCTTTCATTTGATCCTGCGAAACGGGCCTGGACCGTGGAAGCAGAGAGCAACGCGGAGGGGGCTTTCATGGGTTTTGAGCAGACGAGGGGAGGGGGAGGGGGAGGAGGAGTAGGAGTGGGTGCGAAGATGACGCAGCAGCAGGTGGTAACTACGGAATTGGTGCG
ACAGTCAACTGAGCGCTTGAGAAAACTTTGCAAGACGGGCGTCAAAGTCGAACTCAGAGATTTCTTTCAGCTCTGCATCGTGCTCGCCAAGTCAATTGATTCTGCAGTCATATATAACCAAATTCCAATTTCGGTACATGAGTTGCCACAATTAGTAAGACAGGTTTTTGAACGCAAAGATGACATTCGACTTCAGCCAG
CAATCATGGTGCTTATGCTCTCTGTGAAGAATGCTTGTAGAAGTGGTTGGTTTCGTGTCACAGACACAGATGAACTGCTAACTATGTCAAAGGAGTTATCAAGTCGCTTTACGAGTACGGGGGAGCTTTCATCACCTGAAACACACAATGCTACACAAATCATTTCTGGAATAATTCCTCGGTTTTACCCACGATTGAGC
CTGGGGGCTATTATAGTTTCTCTTGAAGCTAAGGTTCTTTTACAAATATACCACTCTCAAATGCCATGTTGTTGAAACTGTTGAGCCAGGCTATGAAGTTCTCGTGGTGGACTTTCATATTGTTAAAAAGCCTGCTTCTCATGAAAAAATATATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCTTGTCTTA
TAACTCCACCTCAAGTAAATTTCCTGCTAAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAGAAGTATTGTCTCAATGGATACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAATGCAGGCAATTGGTGAATTCAATGGTAATTATATAATCGCTATAACTATAATGAGTGGCTGTCCATCCGCT
TCACCAGCTGCAAAGCTGTTTGATTACGTTCCCCCTGCTGCTTCATCATTTTCACAAGATGATGAGATAATCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATAAGTTATCGGCGCATTGTGACACCTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTAATTCAAG
ACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGCAATAGATCTATCAGCTGCCCAGATCTGCGGATTGACCAAAAGATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTCAGATGTGCTGATATCTGGAGATGGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGATATGGAGG
CAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTTTGAGGGAAAAGGAATCATTGTGAATAATATTATTGACTTAACAGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGGGGCATTCCGTTGGTTTACAGGGTTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAAACCTGAT
TCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTGCTGATTCACTGCCTAATACCTTATTGGGCAATACCATTGCACAGCCAAGCAGCAGATTCAATCCACAGGTGGCAGATGCTCTGGCAAGGGAAAGAAGTCAGGTTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGGTCACTGA
TAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGATGCAGTTACTCCTGCACTCAATAGGGCACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAAGTTTGTCTTCGACCAGGCATTTTTTGCCTGCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAAGTTGAGA
GACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGCACCAATTGCAATTCAGGCTTTGCCAGCACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCACTCCGACCAAATTCTGCAACCCAAGTTGGAGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATACAGCATTT
CAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGCTTTCAAGACAGCATCAAAATATGCAGTCCATTTTAGAGCTTCCAGCATCTCCACCAATACCGTTCCAGTCACAGTCACAGAATCGGGAGCTTCAGGACCGTCCGCAGCGGATAATTCAGAGTTTTCAGCCAGCTATGACCATGCAGGTACCTCCACAAACTGGGGGAAGAAA
TAATTTAGATCCACAACGCATATCAGCTAGCAGGAGCTCTTTTCAGCTATCCCAAGAACAGCAAAATCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTACTTAATCAATGGATGCAGCAGTCTTCAATCCAACATGATTCTGGTATTCGACATCACCAAAGGGTTCCTCAGTTTCAGCAAGTTGCACACCCTAGTCTAGGGTCCTCGCCCA
ATGTTTCCAATGCCTCTGGTTTTGTACCATTACCTGTGCTGAATCAGCATCCTCACCCAACCCAAAGAACCATGCCAAATGCAAGACCACCTTCATTGCAATTTTCAAGATCTTTATCAGCTACAAATGTAGCCTTTCAAAGGAACAACCCTGCACAAACTGTTGATCATTCAAGACTTACAGGGGGGGACCAAAGATGG
AATTCATCAACGTCGTCTCTCACGTCACGGCCAGAAGGATCCAAAGAAGGAGGAATAGAACAAGCTTGGAGGCCTACAGGAAGGATGAGAGGGAGTATTGTTGGTGCAGGACGTCTTGGAAACACTGCTACAAACCCTTATTTAAATCAGCAAATCACATCAGGCAATTCAAGGGCATTTATTGGGTCATCCCAATCTGC
TGGTCAAGCAGGTTTGGTAGGGTCAACCCATTCCAGTATGATGCAAAGGCCTCCAATGAATGCATGGAATACTGATTTAGTAAATTCTGGTTCACACTGGACACCTAATGATGGGACGCTTATGAGATCTGCTGGAAGTAATGTGGCCGCACAAGTGCAAGGTCATGATCAAAACAATAACACAGCATTCATGCCAGGCA
CTGATTCTGAGTGGATTGGATTACTATCAGATCTGCAAATGCCTCAAACTGATACTTAACAGATGCTGGACTGAAGAAAGGTACCTAATGAGGCCCTTCAGGTCGTTTTGTTATTTTAGATTGCTATTAGTGTTTAAAGTGACAGGTCGTTTTGTTTTGTTAGTCCAATGTAGTCCAATACCATGGACTACATTGTTGTG
ATCAAACTTGCATAGAAGCTTCATAGAAGTAATGGTTTGCTGATGTTATTTGCTGTGTCCTTTCTACTGATATTTGCTTTCAAGTTTCGGCATAAGCAATGTAGACATACAGCAGAAATTAGCTTGTAAATCTGGTTGAATTGAGCATGTGTGGAGGCAGTTAGCATCTGTATTTGATGTTTGGATCGATGTTGTATTGG
TTCAAGTGTATTCATTTTATCTTGAACGTAATGGAGTTATTTATGCTGAGTGCAAAAGACCTAGAAATGAAAGACTCTTCAGATTTTAGTATTGATCATCATTTTCCCCGTTTGACATTTTGTCAGCCTATGTAAATCATGAAGATTGAAGAGTTTCATCCTTTAAAAGTAACTGAAGATGTGTATATATAAGGCTAGCT
TTAGAGGAATTTATATATGCTGAAGAGCTTGCAACTAATGATATCTTTCTCTTTTCTGAGATATCTGCTACAATCCTTAGATACTTTTATGTTGTGTGTATTTTTCTATTCAACGATATAGGATCTCCACCATTTGTCAAACTGATCCCTTGGTAAGTGC
>TRINITY_DN39837_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:CCCTGTCATGGTATTTTGGGGGCACAATCAAATATTCTTTCATTTGATCCTGCGAAACGGGCCTGGACCGTGGAAGCAGAGAGCAACGCGGAGGGGGCTTTCATGGGTTTTGAGCAGACGAGGGGAGGGGGAGGGGGAGGAGGAGTAGGAGTGGGTGCGAAGATGACGCAGCAGCAGGTGGTAACTACGGAATTGGTGCG
ACAGTCAACTGAGCGCTTGAGAAAACTTTGCAAGACGGGCGTCAAAGTCGAACTCAGAGATTTCTTTCAGCTCTGCATCGTGCTCGCCAAGTCAATTGATTCTGCAGTCATATATAACCAAATTCCAATTTCGGTACATGAGTTGCCACAATTAGTAAGACAGGTTTTTGAACGCAAAGATGACATTCGACTTCAGCCAG
CAATCATGGTGCTTATGCTCTCTGTGAAGAATGCTTGTAGAAGTGGTTGGTTTCGTGTCACAGACACAGATGAACTGCTAACTATGTCAAAGGAGTTATCAAGTCGCTTTACGAGTACGGGGGAGCTTTCATCACCTGAAACACACAATGCTACACAAATCATTTCTGGAATAATTCCTCGGTTTTACCCACGATTGAGC
CTGGGGGCTATTATAGTTTCTCTTGAAGCTAAGGTTCTTTTACAAATATACCACTCTCAAATGCCATGTTGTTGAAACTGTTGAGgcatgccttgcctcagattgctgttttcatgatttgattattggtgtagatgtttgtcgatgaggttggacaaggctagcatgctaccatggtcatacatttcattatttgggct
tttgtaccgtgcctgagcataattagctgctaattcacctgcatttaatatctacaagttttgagcgatgggttcgtgtgcttgtgttacagCCAGGCTATGAAGTTCTCGTGGTGGACTTTCATATTGTTAAAAAGCCTGCTTCTCATGAAAAAATATATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCT
TGTCTTATAACTCCACCTCAAGTAAATTTCCTGCTAAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAGAAGTATTGTCTCAATGGATACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAATGCAGGCAATTGGTGAATTCAATGGTAATTATATAATCGCTATAACTATAATGAGTGGCTGTCC
ATCCGCTTCACCAGCTGCAAAGCTGTTTGATTACGTTCCCCCTGCTGCTTCATCATTTTCACAAGATGATGAGATAATCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATAAGTTATCGGCGCATTGTGACACCTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTA
ATTCAAGACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGCAATAGATCTATCAGCTGCCCAGATCTGCGGATTGACCAAAAGATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTCAGATGTGCTGATATCTGGAGATGGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGAT
ATGGAGGCAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTTTGAGGGAAAAGGAATCATTGTGAATAATATTATTGACTTAACAGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGGGGCATTCCGTTGGTTTACAGGGTTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAA
ACCTGATTCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTGCTGATTCACTGCCTAATACCTTATTGGGCAATACCATTGCACAGCCAAGCAGCAGATTCAATCCACAGGTGGCAGATGCTCTGGCAAGGGAAAGAAGTCAGGTTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGG
TCACTGATAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGATGCAGTTACTCCTGCACTCAATAGGGCACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAAGTTTGTCTTCGACCAGGCATTTTTTGCCTGCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAA
GTTGAGAGACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGCACCAATTGCAATTCAGGCTTTGCCAGCACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCACTCCGACCAAATTCTGCAACCCAAGTTGGAGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATAC
AGCATTTCAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGCTTTCAAGACAGCATCAAAATATGCAGTCCATTTTAGAGCTTCCAGCATCTCCACCAATACCGTTCCAGTCACAGTCACAGAATCGGGAGCTTCAGGACCGTCCGCAGCGGATAATTCAGAGTTTTCAGCCAGCTATGACCATGCAGGTACCTCCACAAACTGGGG
GAAGAAATAATTTAGATCCACAACGCATATCAGCTAGCAGGAGCTCTTTTCAGCTATCCCAAGAACAGCAAAATCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTACTTAATCAATGGATGCAGCAGTCTTCAATCCAACATGATTCTGGTATTCGACATCACCAAAGGGTTCCTCAGTTTCAGCAAGTTGCACACCCTAGTCTAGGGTCC
TCGCCCAATGTTTCCAATGCCTCTGGTTTTGTACCATTACCTGTGCTGAATCAGCATCCTCACCCAACCCAAAGAACCATGCCAAATGCAAGACCACCTTCATTGCAATTTTCAAGATCTTTATCAGCTACAAATGTAGCCTTTCAAAGGAACAACCCTGCACAAACTGTTGATCATTCAAGACTTACAGGGGGGGACCA
AAGATGGAATTCATCAACGTCGTCTCTCACGTCACGGCCAGAAGGATCCAAAGAAGGAGGAATAGAACAAGCTTGGAGGCCTACAGGAAGGATGAGAGGGAGTATTGTTGGTGCAGGACGTCTTGGAAACACTGCTACAAACCCTTATTTAAATCAGCAAATCACATCAGGCAATTCAAGGGCATTTATTGGGTCATCCC
AATCTGCTGGTCAAGCAGGTTTGGTAGGGTCAACCCATTCCAGTATGATGCAAAGGCCTCCAATGAATGCATGGAATACTGATTTAGTAAATTCTGGTTCACACTGGACACCTAATGATGGGACGCTTATGAGATCTGCTGGAAGTAATGTGGCCGCACAAGTGCAAGGTCATGATCAAAACAATAACACAGCATTCATG
CCAGGCACTGATTCTGAGTGGATTGGATTACTATCAGATCTGCAAATGCCTCAAACTGATACTTAACAGATGCTGGACTGAAGAAAGGTACCTAATGAGGCCCTTCAGGTCGTTTTGTTATTTTAGATTGCTATTAGTGTTTAAAGTGACAGGTCGTTTTGTTTTGTTAGTCCAATGTAGTCCAATACCATGGACTACAT
TGTTGTGATCAAACTTGCATAGAAGCTTCATAGAAGTAATGGTTTGCTGATGTTATTTGCTGTGTCCTTTCTACTGATATTTGCTTTCAAGTTTCGGCATAAGCAATGTAGACATACAGCAGAAATTAGCTTGTAAATCTGGTTGAATTGAGCATGTGTGGAGGCAGTTAGCATCTGTATTTGATGTTTGGATCGATGTT
GTATTGGTTCAAGTGTATTCATTTTATCTTGAACGTAATGGAGTTATTTATGCTGAGTGCAAAAGACCTAGAAATGAAAGACTCTTCAGATTTTAGTATTGATCATCATTTTCCCCGTTTGACATTTTGTCAGCCTATGTAAATCATGAAGATTGAAGAGTTTCATCCTTTAAAAGTAACTGAAGATGTGTATATATAAG
GCTAGCTTTAGAGGAATTTATATATGCTGAAGAGCTTGCAACTAATGATATCTTTCTCTTTTCTGAGATATCTGCTACAATCCTTAGATACTTTTATGTTGTGTGTATTTTTCTATTCAACGATATAGGATCTCCACCATTTGTCAAACTGATCCCTTGGTAAGTGC
Intron 7 GTAATTATAT ... GCTTCACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 70.91 | 24 | 63 | 54 |
| A2 | 63.64 | 24 | 42 | 42 |
| A3 | 72.82 | 39 | 129 | 80 |
| A4 | 60.42 | 38 | 72 | 44 |
| A5 | 70.91 | 8 | 20 | 19 |
| A6 | 68.57 | 11 | 26 | 22 |
| A7 | 71.82 | 31 | 80 | 78 |
| A8 | 78.57 | 9 | 37 | 29 |
| A9 | 74.58 | 15 | 45 | 43 |
| A10 | 69.94 | 26 | 67 | 54 |
>TRINITY_DN110334_c0_g1_i5 from sample A5 / Example spliced isoformCTGTCTTGGTTTTTTGGGGGCACAATAAAATATTCTTTCATTTGATCCTGCGAAACGGGCCTGGACCGTGGAAGCAGAGAGCAACGCGGAGGGGGCTTTCATGGGTTTTGAGCAGACGAGGGGAGGGGGAGGGGGAGGAGGAGTAGGAGTGGGTGCGAAGATGACGCAGCAGCAGGTGGTAACTACGGAATTGGTGCGAC
AGTCAACTGAGCGCTTGAGAAAACTTTGCAAGACGGGCGTCAAAGTCGAACTCAGAGATTTCTTTCAGCTCTGCATCGTGCTCGCCAAGTCAATTGATTCTGCAGTCATATATAACCAAATTCCAATTTCGGTACATGAGTTGCCACAATTAGTAAGACAGGTTTTTGAACGCAAAGATGACATTCGACTTCAGCCAGCA
ATCATGGTGCTTATGCTCTCTGTGAAGAATGCTTGTAGAAGTGGTTGGTTTCGTGTCACAGACACAGATGAACTGCTAACTATGTCAAAGGAGTTATCAAGTCGCTTTACGAGTACGGGGGAGCTTTCATCACCTGAAACACACAATGCTACACAAATCATTTCTGGAATAATTCCTCGGTTTTACCCACGATTGAGCCT
GGGGGCTATTATAGTTTCTCTTGAAGCTAAGCCAGGCTATGAAGTTCTCGTGGTGGACTTTCATATTGTTAAAAAGCCTGCTTCTCATGAAAAAATATATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCTTGTCTTATAACTCCACCTCAAGTAAATTTCCTGCTAAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAGAA
GTATTGTCTCAATGGATACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAATGCAGGCAATTGGTGAATTCAATGCTTCAAAGCTGTTTGATTACGTTCCCCCTGCTGCTTCATCATTTTCACAAGATGATGAGATAATCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATA
AGTTATCGGCGCATTGTGACACCTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTAATTCAAGACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGCAATAGATCTATCAGCTGCCCAGATCTGCGGATTGACCAAAAGATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTC
AGATGTGCTGATATCTGGAGATGGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGATATGGAGGCAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTTTGAGGGAAAAGGAATCATTGTGAATAATATTATTGACTTAACAGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGG
GGCATTCCGTTGGTTTACAGGGTTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAAACCTGATTCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTGCTGATTCACTGCCTAATACCTTATTGGGCAATACCATTGCACAGCCAAGCAGCAGATTCAATCCACAGGTGGCAGATGCT
CTGGCAAGGGAAAGAAGTCAGGTTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGGTCACTGATAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGATGCAGTTACTCCTGCACTCAATAGGGCACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAAGTTTGTC
TTCGACCAGGCATTTTTTGCCTGCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAAGTTGAGAGACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGCACCAATTGCAATTCAGGCTTTGCCAGCACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCACTCCGAC
CAAATTCTGCAACCCAAGTTGGAGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATACAGCATTTCAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGCTTTCAAGACAGCAGTCTTCAATCCAACATGATTCTGGTATTCGACATCACCAAAGGGTTCCTCAGTTTCAGCAAGTTGCA
CACCCTAGTCTAGGGTCCTCGCCCAATGTTTCCAATGCCTCTGGTTTTGTACCATTACCTGTGCTGAATCAGCATCCTCACCCAACCCAAAGAACCATGCCAAATGCAAGACCACCTTCATTGCAATTTTCAAGATCTTTATCAGCTACAAATGTAGCCTTTCAAAGGAACAACCCTGCACAAACTGTTGATCATTCAAG
ACTTACAGGGGGGGACCAAAGATGGAATTCATCAACGTCGTCTCTCACGTCACGGCCAGAAGGATCCAAAGAAGGAGGAATAGAACAAGCTTGGAGGCCTACAGGAAGGATGAGAGGGAGTATTGTTGGTGCAGGACGTCTTGGAAACACTGCTACAAACCCTTATTTAAATCAGCAAATCACATCAGGCAATTCAAGGG
CATTTATTGGGTCATCCCAATCTGCTGGTCAAGCAGGTTTGGTAGGGTCAACCCATTCCAGTATGATGCAAAGGCCTCCAATGAATGCATGGAATACTGATTTAGTAAATTCTGGTTCACACTGGACACCTAATGATGGGACGCTTATGAGATCTGCTGGAAGTAATGTGGCCGCACAAGTGCAAGGTCATGATCAAAAC
AATAACACAGCATTCATGCCAGGCACTGATTCTGAGTGGATTGGATTACTATCAGATCTGCAAATGCCTCAAACTGATACTTAACAGATGCTGGACTGAAGAAAGGTACCTAATGAGGCCCTTCAGGTCGTTTTGTTATTTTAGATTGCTATTAGTGTTTAAAGTGACAGGTCGTTTTGTTTTGTTAGTCCAATGTAGTC
CAATACCATGGACTACATTGTTGTGATCAAACTTGCATAGAAGCTTCATAGAAGTAATGGTTTGCTGATGTTATTTGCTGTGTCCTTTCTACTGATATTTGCTTTCAAGTTTCGGCGTAAGCAATGTAGACATACAGCAGAAATTAGCTTGTAAATCTGGTTGAATTGAGCATGTGTGGAGGCAGTTAGCATCTGTATTT
GATGTTTGGATCGATGTTGTATTGGTTCAAGTGTATTCATTTTATCTTGAACGTAATGGAGTTATTTATGCTGAGTGCAAAAGACCTAGAAATGAAAGACTCTTCAGATTTTAGTATTGATCATCATTTTCCCCGTTTGACATTTTGTCAGCCTATGTAAATCATGAAGATTGAAGAGTTTCATCCTTTAAAAGTAACTG
AAGATGTGTATATATAAGGCTAGCTTTAGAGGAATTTATATATGCTGAAGAGCTTGCAACTAAAAA
>TRINITY_DN110334_c0_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:CTGTCTTGGTTTTTTGGGGGCACAATAAAATATTCTTTCATTTGATCCTGCGAAACGGGCCTGGACCGTGGAAGCAGAGAGCAACGCGGAGGGGGCTTTCATGGGTTTTGAGCAGACGAGGGGAGGGGGAGGGGGAGGAGGAGTAGGAGTGGGTGCGAAGATGACGCAGCAGCAGGTGGTAACTACGGAATTGGTGCGAC
AGTCAACTGAGCGCTTGAGAAAACTTTGCAAGACGGGCGTCAAAGTCGAACTCAGAGATTTCTTTCAGCTCTGCATCGTGCTCGCCAAGTCAATTGATTCTGCAGTCATATATAACCAAATTCCAATTTCGGTACATGAGTTGCCACAATTAGTAAGACAGGTTTTTGAACGCAAAGATGACATTCGACTTCAGCCAGCA
ATCATGGTGCTTATGCTCTCTGTGAAGAATGCTTGTAGAAGTGGTTGGTTTCGTGTCACAGACACAGATGAACTGCTAACTATGTCAAAGGAGTTATCAAGTCGCTTTACGAGTACGGGGGAGCTTTCATCACCTGAAACACACAATGCTACACAAATCATTTCTGGAATAATTCCTCGGTTTTACCCACGATTGAGCCT
GGGGGCTATTATAGTTTCTCTTGAAGCTAAGCCAGGCTATGAAGTTCTCGTGGTGGACTTTCATATTGTTAAAAAGCCTGCTTCTCATGAAAAAATATATCTGTTTATTGCGCGCACAGATAATATGGAGACATGTGCTTGTCTTATAACTCCACCTCAAGTAAATTTCCTGCTAAATGGCAAGGGTGTGGAGAAAAGAA
GTATTGTCTCAATGGATACAGGTCCACAAATGCCAACAGATGTGACAACCATGTTGAAAATTGGTACAAATTTAATGCAGGCAATTGGTGAATTCAATGgtaattatataatcgctataactataatgagtggctgtccatccgcttcaccagCTTCAAAGCTGTTTGATTACGTTCCCCCTGCTGCTTCATCATTTTCA
CAAGATGATGAGATAATCGAAGGACCATCAAAGATCTCACTTAACTGTCCAATAAGTTATCGGCGCATTGTGACACCTGTTAAGGGATCCACGTGCAGACATCACGAGTGTTTTGACTATGAGAATTTCATGGAAATTAATTCAAGACGGCCTACATGGCGCTGCCCATATTGCAATAGATCTATCAGCTGCCCAGATCT
GCGGATTGACCAAAAGATGTTAAAGGTCTTGAAGGAGGTTGGTGAAAATGCTTCAGATGTGCTGATATCTGGAGATGGATCTTGGAAGGCTATAACTATGAGTGATACCATGAAAGATCTGTCATGTGAGGACAATGATATGGAGGCAGATGATACTGTGGTTAGCAGGGACTTTGAGGGAAAAGGAATCATTGTGAATA
ATATTATTGACTTAACAGTTGAGGGTAGTGAAAGCCTTGTGGATGACATGTTGGGGCATTCCGTTGGTTTACAGGGTTCTACAAGTATCTCTTATCCTGGGCGTAAGGGAAGAGATATCAGTGACATGGAAGAGAGGAAACCTGATTCTGAAACCTTGAGGAGGATTTGCATTGCTGATTCACTGCCTAATACCTTATTG
GGCAATACCATTGCACAGCCAAGCAGCAGATTCAATCCACAGGTGGCAGATGCTCTGGCAAGGGAAAGAAGTCAGGTTTCTATGTCTGGCGGAGTGGGCATGAACTCCATGCCTAGACGGGAGCAGTTTCGTACTGGGGTCACTGATAATTCATTTGCTCCTGTACTAACTGATGCAGTTACTCCTGCACTCAATAGGGC
ACCTGTTGATTCCCAGGATTTGACTCAAGCTGGGAATCTTTTACAAAGTTTGTCTTCGACCAGGCATTTTTTGCCTGCTGAAAATCGTGATTTGCAGTTAGCGCATTCTATGCATGGCAGTTCGTGTGTTAGCACTGAAGTTGAGAGACACTCGAACAGATTTGTAAGTAGAGCACCAATTGCAATTCAGGCTTTGCCAG
CACAGACTCAAGTTGCAAATTCGTTTACAAGGCCAAGAAGCAATCCACTCCGACCAAATTCTGCAACCCAAGTTGGAGGTTCTTCAAATAGTATTCAACAAGTTGCTCCATTGGCATCCTTAAATACAACCTTCGATACAGCATTTCAGGCCGACCTAGAAAGACAACAGTTGCTTTCAAGACAGCAGTCTTCAATCCAA
CATGATTCTGGTATTCGACATCACCAAAGGGTTCCTCAGTTTCAGCAAGTTGCACACCCTAGTCTAGGGTCCTCGCCCAATGTTTCCAATGCCTCTGGTTTTGTACCATTACCTGTGCTGAATCAGCATCCTCACCCAACCCAAAGAACCATGCCAAATGCAAGACCACCTTCATTGCAATTTTCAAGATCTTTATCAGC
TACAAATGTAGCCTTTCAAAGGAACAACCCTGCACAAACTGTTGATCATTCAAGACTTACAGGGGGGGACCAAAGATGGAATTCATCAACGTCGTCTCTCACGTCACGGCCAGAAGGATCCAAAGAAGGAGGAATAGAACAAGCTTGGAGGCCTACAGGAAGGATGAGAGGGAGTATTGTTGGTGCAGGACGTCTTGGAA
ACACTGCTACAAACCCTTATTTAAATCAGCAAATCACATCAGGCAATTCAAGGGCATTTATTGGGTCATCCCAATCTGCTGGTCAAGCAGGTTTGGTAGGGTCAACCCATTCCAGTATGATGCAAAGGCCTCCAATGAATGCATGGAATACTGATTTAGTAAATTCTGGTTCACACTGGACACCTAATGATGGGACGCTT
ATGAGATCTGCTGGAAGTAATGTGGCCGCACAAGTGCAAGGTCATGATCAAAACAATAACACAGCATTCATGCCAGGCACTGATTCTGAGTGGATTGGATTACTATCAGATCTGCAAATGCCTCAAACTGATACTTAACAGATGCTGGACTGAAGAAAGGTACCTAATGAGGCCCTTCAGGTCGTTTTGTTATTTTAGAT
TGCTATTAGTGTTTAAAGTGACAGGTCGTTTTGTTTTGTTAGTCCAATGTAGTCCAATACCATGGACTACATTGTTGTGATCAAACTTGCATAGAAGCTTCATAGAAGTAATGGTTTGCTGATGTTATTTGCTGTGTCCTTTCTACTGATATTTGCTTTCAAGTTTCGGCGTAAGCAATGTAGACATACAGCAGAAATTA
GCTTGTAAATCTGGTTGAATTGAGCATGTGTGGAGGCAGTTAGCATCTGTATTTGATGTTTGGATCGATGTTGTATTGGTTCAAGTGTATTCATTTTATCTTGAACGTAATGGAGTTATTTATGCTGAGTGCAAAAGACCTAGAAATGAAAGACTCTTCAGATTTTAGTATTGATCATCATTTTCCCCGTTTGACATTTT
GTCAGCCTATGTAAATCATGAAGATTGAAGAGTTTCATCCTTTAAAAGTAACTGAAGATGTGTATATATAAGGCTAGCTTTAGAGGAATTTATATATGCTGAAGAGCTTGCAACTAAAAA