sp|Q9M3B6|PKP4_ARATH ----> Plastidial pyruvate kinase 4, chloroplastic

Intron 1 GTCAGTAATA ... ATTCAGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.65	148.5	67.5	46
A2	32.32	90	48	38
A3	28.15	118	65.5	27
A4	31.13	104	59	35
A5	29.41	48	24	16
A6	30.26	41.5	26	10
A7	30.46	137	57	63
A8	32.66	50	27.5	21
A9	28.71	108	48	39
A10	33.33	102	49	53

>TRINITY_DN106384_c0_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

GCCAATACCAATATTAACTACATTAGTCCACTTTCGATTTCAACGTACGGCCGGACACGAGCCGCCCACGCTTCTGAAATTTATATATCTCTCTCATCAGGCGCTGCAAAATCCCTCTGACTCCAATTCCACAATCACAGCCGTCGATTTCCTTAATTTCATTTTTTATACTTACCGCTGGATGGCAAGGGCAAGGTATT
TTACCTGCCAGATCGTCTTACCAGCAGTGGGAGTCACTCCCAGGGGTAGCTGAAATCGCAGACGAGGGAGGAAACGGACTAGAAAGCTTTGCTAAATTCCAGTGGAAGGAGGAGAAACGAAGTCTGCGAAGAGGAATTTCTTAGGTTCCATTCAAAGTATAGGTATACATTTGTGATCAGTTGGAGAGCGTTTTTTTGGT
TTGATATCATTGTTCTAATGCCAATACCAATATTAACTACATCCAAGCCTTCATCATTTTTCTTGGGAATTAACAGAGGAGCATTTCCCAATGTTGCTTTCAGGAAACAAAGATATACTGTTCAACACTCACATAGGGTGTCCTCTTCAAATGCATTTCCGAGAAAACATATGATTAAAGCTTTGCAGGATCCAAACAAG
AAACCGGATTCAGATTCTTCTGTTTCAGGAAATGCAAACAGTGATCTTTCACAGACGAAAAGTACAAAACTGAAGAAAAACAAAAATTACAAACACCATCCTTGCAGTGAAGCATTTAAATCCATCTCCATGCCCTCAGATGGTGATGATGTATCAGACATTACAGATTTGGAATTCTCTGATTCACATGACACTTCAGA
AGATGAAGATGCGAACTATACAGCCTTCCTGAACTCGTTTTCGAAGGGACTTGTTAAGAATCAAAATGCTGTGCTTGTCCAAGTTCTTGATAAGTTGGAGGCTGTGCGATTGCATGCTTTGGCCTTGGAGCAGTGGAATGCATTGCGTTTAAAAGAGTGTTACAGATTTTATCGTGCCAGTGCAACAAATCTCATACATT
ATGTGGCTTTGCGTTCCATAGATATTCATCAACTTCAGGAAGCACTTTCCATTCTCGGTCTTTCAAATATTGAGGGAGTAAATGCACACATCATGGCAAGTTTAACATCAGTTGTCCAAATCTTACAGAGTCTGACTCAATCATCCAAAACAAATAATGAATGGAAATTTGACAATGAGGTCCAACGTCCTGGTAATGAA
GTTGCAATGAAAAGTAAACCTATTAGTGACCTGCAAAGCTCATTACTGTCTGCTAATGGGAAGTCTGAAGAAATTTCTTTACTTGCAATGAAAAACCATGCACGCTATAATGCAGAATTACTTTTTGGACCAACTATTGAGGGTAGGAATTCTCGTATTATGGTTACAGTTGGTAGTGAAGCTGCTGACAATGAGGACTT
TACTTACAATCTAATTAAGTCTGGAGTTAATATAATTCGAATAAATTGTGCACATGATAATCCAGATGTATGGAGGTGTATAATTGAAAATGTAAGGAGTTCTTCTCAGATGCTGGAACAGCCATGCAGGGTGCTGATGGATCTCGCTGGACCAAAGCTGAGGACTGGTCCTTTCAAGCCTGGTCCAAATGTTAAGAAGA
TCAAACCATTGAAAGATGCCAGAGGAGTTGTTATTTCTCCAGCGTTAGTTTGGATTGCTCCTCCAGAAGTGAACCCTCCAACCCATAGATCTCAAGTTGCTGTAGTGCCTGTGGATGACAGTCTGTGGATCAGAAGCCTAGAGGTTGGTGATGTGCTAAAATTTTGTGATGCAAGAGGAAAAAGACGCTTGTTAAAGATT
ACCGAGAAGTTCCCCACATCCTCTGATATTGGTTGTTGGGCTGAATGCTATGAGACGGCCTATGTGGAATCAGGGACAGAATTTCATGTCAAAGGAAAAAAACCTAAAATTGGAAATGGCAGAGTAGCTGAACTACCCACAGTGCAACAGTATGTTCAGGTTAAACAAGGTGATTTGCTTGTAATAACAAGAGAGCCATG
CTTGGCACCATCCACAATATCAAAAAATGATCCCTTAGGACCTGCAAAGGTAACTTGTTCTCTGGGACTCCTTTTTGATTCTGTCAAACCTGGCGAACCAATTGAGTTTGATGATGGAAAGATTCAAGCGGTGATTCGAGGTGTCAATATCTCGGAGATTTGTGTAGAAATTACACATGCAGGTCAAAATGGATCAAAGT
TGGGTCCTGAAAAATCAATTAATTTGCCTAGAAGTAAGCTGCATTTTGAAGGACTCACTGTGAAGGACTTAATGGATCTAGACTTTATTGCTGCTAATGCAGATTTGGTTGGTGTCTCTTTTGTTAATGATGTCAATGATGTTAGTATCCTTCAACAAGAGCTTAATAAGAGGAAACTCAAAAACTTAGGAATTGTGTTG
AAGATTGAAACCAAGGGAGGTTTTGAGAGACTCCCACTTCTTCTGTTGCAAGCAATGCAGTCACCAAATCCACTGGGTGTGATGATTGCTAGGGGGGATCTTGCAGTAGAGTGTGGATGGGAGAAATTAGCCGAGATGCAGGAAGAAATTTTGTCAATCTGTGAAGCTGCCCATGTACCATCCATCTGGGCAACTCAAGT
ACTAGAAACCCTTGCTAAGTCAGGACTACCAACAAGAGCAGAAATTACAGATGCTGCTGTAGGTGGAAGGGCTGATTGTGTGATGCTGAACAAAGGGAGGCACATCATAAAAGCTGTTTTAACACTAGATTCTATATTGAGGAGCACTTCTATGCAGCAGCCTAAGTTGAAGCCAGTTTTGAAGCCCCTCTTGTTTTCTA
GCCTCTTTTGAAATACAGAGAATGATCATAGCCTTTTGTATTGCTCATCTCTTGCTGCTCACATGAGGTGACTGTATTACAGTATTTGAATTCTGCAAGAAAAACATCAATAGTGTTAATAGCCTTATTTACTTTTAACATGGTGAGAATTGTAGAGGAAGATCTAATATGACCATTAGTAACAAAAAATGGCCGCTTTG
CTTCTTGTCTCTGTTTCTTTAACCTTTTTCTGGTTCACAAAGGAAAAATAATTGAAAAATGGCAGAGTCAGTCGACAGTTCCAATGACCATACCAGACATCATACTACCGGTAAAAACAATTATTTTTGTTTTGTTCAATCCTAATGCTAAGCTTTTAGCTTATGCATTTTTGCTACAGTGTCTCCTCCATGACTCCATG
ATGACATCTTTCCACTTCGGCCAGATCTCCATGACATTTTTGTTTTTGA

>TRINITY_DN106384_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCCAATACCAATATTAACTACATTAGTCCACTTTCGATTTCAACGTACGGCCGGACACGAGCCGCCCACGCTTCTGAAATTTATATATCTCTCTCATCAGGCGCTGCAAAATCCCTCTGACTCCAATTCCACAATCACAGCCGTCGATTTCCTTAATTTCATTTTTTATACTTACCGCTGGATGGCAAGGGCAAGGTATT
TTACCTGCCAGATCGTCTTACCAGCAGTGGGAGTCACTCCCAGGGGTAGCTGAAATCGCAGACGAGGGAGGAAACGGACTAGAAAGCTTTGCTAAATTCCAGTGGAAGGAGGAGAAACGAAGTCTGCGAAGAGGAATTTCTTAGGTTCCATTCAAAGTATAGGTATACATTTGTGATCAGTTGGAGAGCGTTTTTTTGGT
TTGATATCATTGTTCTAATGCCAATACCAATATTAACTACATCCAAGCCTTCATCATTTTTCTTGgtcagtaataacttcggaccttctagtcatctgcaaactctattgccaaatcgggtttaaatatggtgattatgcaagaagatttatacgagatgtgtggatcaattgctataagcattgtttaatgcttatgag
aagtatctctgatttccacgagattatcatctaatgctgaacagaataagcatattcagaaagGGAATTAACAGAGGAGCATTTCCCAATGTTGCTTTCAGGAAACAAAGATATACTGTTCAACACTCACATAGGGTGTCCTCTTCAAATGCATTTCCGAGAAAACATATGATTAAAGCTTTGCAGGATCCAAACAAGAA
ACCGGATTCAGATTCTTCTGTTTCAGGAAATGCAAACAGTGATCTTTCACAGACGAAAAGTACAAAACTGAAGAAAAACAAAAATTACAAACACCATCCTTGCAGTGAAGCATTTAAATCCATCTCCATGCCCTCAGATGGTGATGATGTATCAGACATTACAGATTTGGAATTCTCTGATTCACATGACACTTCAGAAG
ATGAAGATGCGAACTATACAGCCTTCCTGAACTCGTTTTCGAAGGGACTTGTTAAGAATCAAAATGCTGTGCTTGTCCAAGTTCTTGATAAGTTGGAGGCTGTGCGATTGCATGCTTTGGCCTTGGAGCAGTGGAATGCATTGCGTTTAAAAGAGTGTTACAGATTTTATCGTGCCAGTGCAACAAATCTCATACATTAT
GTGGCTTTGCGTTCCATAGATATTCATCAACTTCAGGAAGCACTTTCCATTCTCGGTCTTTCAAATATTGAGGGAGTAAATGCACACATCATGGCAAGTTTAACATCAGTTGTCCAAATCTTACAGAGTCTGACTCAATCATCCAAAACAAATAATGAATGGAAATTTGACAATGAGGTCCAACGTCCTGGTAATGAAGT
TGCAATGAAAAGTAAACCTATTAGTGACCTGCAAAGCTCATTACTGTCTGCTAATGGGAAGTCTGAAGAAATTTCTTTACTTGCAATGAAAAACCATGCACGCTATAATGCAGAATTACTTTTTGGACCAACTATTGAGGGTAGGAATTCTCGTATTATGGTTACAGTTGGTAGTGAAGCTGCTGACAATGAGGACTTTA
CTTACAATCTAATTAAGTCTGGAGTTAATATAATTCGAATAAATTGTGCACATGATAATCCAGATGTATGGAGGTGTATAATTGAAAATGTAAGGAGTTCTTCTCAGATGCTGGAACAGCCATGCAGGGTGCTGATGGATCTCGCTGGACCAAAGCTGAGGACTGGTCCTTTCAAGCCTGGTCCAAATGTTAAGAAGATC
AAACCATTGAAAGATGCCAGAGGAGTTGTTATTTCTCCAGCGTTAGTTTGGATTGCTCCTCCAGAAGTGAACCCTCCAACCCATAGATCTCAAGTTGCTGTAGTGCCTGTGGATGACAGTCTGTGGATCAGAAGCCTAGAGGTTGGTGATGTGCTAAAATTTTGTGATGCAAGAGGAAAAAGACGCTTGTTAAAGATTAC
CGAGAAGTTCCCCACATCCTCTGATATTGGTTGTTGGGCTGAATGCTATGAGACGGCCTATGTGGAATCAGGGACAGAATTTCATGTCAAAGGAAAAAAACCTAAAATTGGAAATGGCAGAGTAGCTGAACTACCCACAGTGCAACAGTATGTTCAGGTTAAACAAGGTGATTTGCTTGTAATAACAAGAGAGCCATGCT
TGGCACCATCCACAATATCAAAAAATGATCCCTTAGGACCTGCAAAGGTAACTTGTTCTCTGGGACTCCTTTTTGATTCTGTCAAACCTGGCGAACCAATTGAGTTTGATGATGGAAAGATTCAAGCGGTGATTCGAGGTGTCAATATCTCGGAGATTTGTGTAGAAATTACACATGCAGGTCAAAATGGATCAAAGTTG
GGTCCTGAAAAATCAATTAATTTGCCTAGAAGTAAGCTGCATTTTGAAGGACTCACTGTGAAGGACTTAATGGATCTAGACTTTATTGCTGCTAATGCAGATTTGGTTGGTGTCTCTTTTGTTAATGATGTCAATGATGTTAGTATCCTTCAACAAGAGCTTAATAAGAGGAAACTCAAAAACTTAGGAATTGTGTTGAA
GATTGAAACCAAGGGAGGTTTTGAGAGACTCCCACTTCTTCTGTTGCAAGCAATGCAGTCACCAAATCCACTGGGTGTGATGATTGCTAGGGGGGATCTTGCAGTAGAGTGTGGATGGGAGAAATTAGCCGAGATGCAGGAAGAAATTTTGTCAATCTGTGAAGCTGCCCATGTACCATCCATCTGGGCAACTCAAGTAC
TAGAAACCCTTGCTAAGTCAGGACTACCAACAAGAGCAGAAATTACAGATGCTGCTGTAGGTGGAAGGGCTGATTGTGTGATGCTGAACAAAGGGAGGCACATCATAAAAGCTGTTTTAACACTAGATTCTATATTGAGGAGCACTTCTATGCAGCAGCCTAAGTTGAAGCCAGTTTTGAAGCCCCTCTTGTTTTCTAGC
CTCTTTTGAAATACAGAGAATGATCATAGCCTTTTGTATTGCTCATCTCTTGCTGCTCACATGAGGTGACTGTATTACAGTATTTGAATTCTGCAAGAAAAACATCAATAGTGTTAATAGCCTTATTTACTTTTAACATGGTGAGAATTGTAGAGGAAGATCTAATATGACCATTAGTAACAAAAAATGGCCGCTTTGCT
TCTTGTCTCTGTTTCTTTAACCTTTTTCTGGTTCACAAAGGAAAAATAATTGAAAAATGGCAGAGTCAGTCGACAGTTCCAATGACCATACCAGACATCATACTACCGGTAAAAACAATTATTTTTGTTTTGTTCAATCCTAATGCTAAGCTTTTAGCTTATGCATTTTTGCTACAGTGTCTCCTCCATGACTCCATGAT
GACATCTTTCCACTTCGGCCAGATCTCCATGACATTTTTGTTTTTGA

Intron 2 GTAATCATTT ... ATTGAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.08	49	4	34
A2	39.47	48	5	35.4
A3	35.8	57	9	35.4
A4	33.84	33	6	18.6
A5	49.97	28	5	29.1
A6	30.78	16	2	8.1
A7	36.55	50	7	32.3
A8	42.86	12	6	9.7
A9	31.32	44	0	23.4
A10	30.52	54	9	27.7

>TRINITY_DN120257_c4_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

CACTTTCGATTTCAACGTACGGCCGGACACGAGCCGCCCACGCTTCTGAAATTTATATATCTCTCTCATCAGGCGCTGCAAAATCCCTCTGACTCCAATTCCACAATCACAGCCGTCGATTTCCTTAATTTCATTTTTTATACTTACCGCTGGATGGCAAGGGCAAGGTATTTTACCTGCCAGATCGTCTTACCAGCAGT
GGGAGTCACTCCCAGGGGTAGCTGAAATCGCAGGTGACGTTGATCTTTCTTTTCTGCGGGGTGAAATTACTGACGAGGGAGGAAACGGACTAGAAAGCTTTGCTAAATTCCAGTGGAAGGAGGAGAAACGAAGTCTGCGAAGAGGAATTTCTTAGGTTCCATTCAAAGTATAGGTATACATTTGTGATCAGTTGGAGAGC
GTTTTTTTGGTTTGATATCATTGTTCTAATGCCAATACCAATATTAACTACATCCAAGCCTTCATCATTTTTCTTGGGAATTAACAGAGGAGCATTTCCCAATGTTGCTTTCAGGAAACAAAGATATACTGTTCAACACTCACATAGGGTGTCCTCTTCAAATGCATTTCCGAGAAAACATATGATTAAAGCTTTGCAGG
ATCCAAACAAGAAACCGGATTCAGATTCTTCTGTTTCAGGAAATGCAAACAGTGATCTTTCACAGACGAAAAGTACAAAACTGAAGAAAAACAAAAATTACAAACACCATCCTTGCAGTGAAGCATTTAAATCCATCTCCATGCCCTCAGATGGTGATGATGTATCAGACATTACAGATTTGGAATTCTCTGATTCACAT
GACACTTCAGAAGATGAAGATGCGAACTATACAGCCTTCCTGAACTCGTTTTCGAAGGGACTTGTTAAGAATCAAAATGCTGTGCTTGTCCAAGTTCTTGATAAGTTGGAGGCTGTGCGATTGCATGCTTTGGCCTTGGAGCAGTGGAATGCATTGCGTTTAAAAGAGTGTTACAGATTTTATCGTGCCAGTGCAACAAA
TCTCATACATTATGTGGCTTTGCGTTCCATAGATATTCATCAACTTCAGGAAGCACTTTCCATTCTCGGTCTTTCAAATATTGAGGGAGTAAATGCACACATCATGGCAAGTTTAACATCAGTTGTCCAAATCTTACAGAGTCTGACTCAATCATCCAAAACAAATAATGAATGGAAATTTGACAATGAGGTCCAACGTC
CTGGTAATGAAGTTGCAATGAAAAGTAAACCTATTAGTGACCTGCAAAGCTCATTACTGTCTGCTAATGGGAAGTCTGAAGAAATTTCTTTACTTGCAATGAAAAACCATGCACGCTATAATGCAGAATTACTTTTTGGACCAACTATTGAGGGTAGGAATTCTCGTATTATGGTTACAGTTGGTAGTGAAGCTGCTGAC
AATGAGGACTTTACTTACAATCTAATTAAGTCTGGAGTTAATATAATTCGAATAAATTGTGCACATGATAATCCAGATGTATGGAGGTGTATAATTGAAAATGTAAGGAGTTCTTCTCAGATGCTGGAACAGCCATGCAGGGTGCTGATGGATCTCGCTGGACCAAAGCTGAGGACTGGTCCTTTCAAGCCTGGTCCAAA
TGTTAAGAAGATCAAACCATTGAAAGATGCCAGAGGAGTTGTTATTTCTCCAGCGTTAGTTTGGATTGCTCCTCCAGAAGTGAACCCTCCAACCCATAGATCTCAAGTTGCTGTAGTGCCTGTGGATGACAGTCTGTGGATCAGAAGCCTAGAGGTTGGTGATGTGCTAAAATTTTGTGATGCAAGAGGAAAAAGACGCT
TGTTAAAGATTACCGAGAAGTTCCCCACATCCTCTGATATTGGTTGTTGGGCTGAATGCTATGAGACGGCCTATGTGGAATCAGGGACAGAATTTCATGTCAAAGGAAAAAAACCTAAAATTGGAAATGGCAGAGTAGCTGAACTACCCACAGTGCAACAGTATGTTCAGGTTAAACAAGGTGATTTGCTTGTAATAACA
AGAGAGCCATGCTTGGCACCATCCACAATATCAAAAAATGATCCCTTAGGACCTGCAAAGGTAACTTGTTCTCTGGGACTCCTTTTTGATTCTGTCAAACCTGGCGAACCAATTGAGTTTGATGATGGAAAGATTCAAGCGGTGATTCGAGGTGTCAATATCTCGGAGATTTGTGTAGAAATTACACATGCAGGTCAAAA
TGGATCAAAGTTGGGTCCTGAAAAATCAATTAATTTGCCTAGAAGTAAGCTGCATTTTGAAGGACTCACTGTGAAGGACTTAATGGATCTAGACTTTATTGCTGCTAATGCAGATTTGGTTGGTGTCTCTTTTGTTAATGATGTCAATGATGTTAGTATCCTTCAACAAGAGCTTAATAAGAGGAAACTCAAAAACTTAG
GAATTGTGTTGAAGATTGAAACCAAGGGAGGTTTTGAGAGACTCCCACTTCTTCTGTTGCAAGCAATGCAGTCACCAAATCCACTGGGTGTGATGATTGCTAGGGGGGATCTTGCAGTAGAGTGTGGATGGGAGAAATTAGCCGAGATGCAGGAAGAAATTTTGTCAATCTGTGAAGCTGCCCATGTACCATCCATCTGG
GCAACTCAAGTACTAGAAACCCTTGCTAAGTCAGGACTACCAACAAGAGCAGAAATTACAGATGCTGCTGTAGGTGGAAGGGCTGATTGTGTGATGCTGAACAAAGGGAGGCACATCATAAAAGCTGTTTTAACACTAGATTCTATATTGAGGAGCACTTCTATGCAGCAGCCTAAGTTGAAGCCAGTTTTGAAGCCCCT
CTTGTTTTCTAGCCTCTTTTGAAATACAGAGAATGATCATAGCCTTTTGTATTGCTCATCTCTTGCTGCTCACATGAGGTGACTGTATTACAGTATTTGAATTCTGCAAGAAAAACATCAATAGTGTTAATAGCCTTATTTACTTTTAACATGGTGAGAATTGTAGAGGAAGATCTAATATGACCATTAGTAACAAAAAA
TGGCCGCTTTGCTTCTTGTCTCTGTTTCTTTAACCTTTTTCTGGTTCACAAAGGAAAAATAATTGAAAAATGGCAGAGTCAGTCGACAGTTCCAATGACCATACCAGACATCATACTACCGGTAAAAACAATTATTTTTGTTTTGTTCAATCCTAATGCTAAGCTTTTAGCTTATGCATTTTTGCTACAGTGTCTCCTCC
ATGACTCCATGATGACATCTTTCCACTTCGGCCAGATCTCCATGACATTTTTGTTTTTGAGGAATTATAAAATTATTGGTG

>TRINITY_DN120257_c4_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CACTTTCGATTTCAACGTACGGCCGGACACGAGCCGCCCACGCTTCTGAAATTTATATATCTCTCTCATCAGGCGCTGCAAAATCCCTCTGACTCCAATTCCACAATCACAGCCGTCGATTTCCTTAATTTCATTTTTTATACTTACCGCTGGATGGCAAGGGCAAGGTATTTTACCTGCCAGATCGTCTTACCAGCAGT
GGGAGTCACTCCCAGGGGTAGCTGAAATCGCAGGTGACGTTGATCTTTCTTTTCTGCGGGGTGAAATTACTGgtaatcatttcttgcttgcttgattacactcattcctattctccaatgctcaacccttctaattgaatcagACGAGGGAGGAAACGGACTAGAAAGCTTTGCTAAATTCCAGTGGAAGGAGGAGAAAC
GAAGTCTGCGAAGAGGAATTTCTTAGGTTCCATTCAAAGTATAGGTATACATTTGTGATCAGTTGGAGAGCGTTTTTTTGGTTTGATATCATTGTTCTAATGCCAATACCAATATTAACTACATCCAAGCCTTCATCATTTTTCTTGGGAATTAACAGAGGAGCATTTCCCAATGTTGCTTTCAGGAAACAAAGATATAC
TGTTCAACACTCACATAGGGTGTCCTCTTCAAATGCATTTCCGAGAAAACATATGATTAAAGCTTTGCAGGATCCAAACAAGAAACCGGATTCAGATTCTTCTGTTTCAGGAAATGCAAACAGTGATCTTTCACAGACGAAAAGTACAAAACTGAAGAAAAACAAAAATTACAAACACCATCCTTGCAGTGAAGCATTTA
AATCCATCTCCATGCCCTCAGATGGTGATGATGTATCAGACATTACAGATTTGGAATTCTCTGATTCACATGACACTTCAGAAGATGAAGATGCGAACTATACAGCCTTCCTGAACTCGTTTTCGAAGGGACTTGTTAAGAATCAAAATGCTGTGCTTGTCCAAGTTCTTGATAAGTTGGAGGCTGTGCGATTGCATGCT
TTGGCCTTGGAGCAGTGGAATGCATTGCGTTTAAAAGAGTGTTACAGATTTTATCGTGCCAGTGCAACAAATCTCATACATTATGTGGCTTTGCGTTCCATAGATATTCATCAACTTCAGGAAGCACTTTCCATTCTCGGTCTTTCAAATATTGAGGGAGTAAATGCACACATCATGGCAAGTTTAACATCAGTTGTCCA
AATCTTACAGAGTCTGACTCAATCATCCAAAACAAATAATGAATGGAAATTTGACAATGAGGTCCAACGTCCTGGTAATGAAGTTGCAATGAAAAGTAAACCTATTAGTGACCTGCAAAGCTCATTACTGTCTGCTAATGGGAAGTCTGAAGAAATTTCTTTACTTGCAATGAAAAACCATGCACGCTATAATGCAGAAT
TACTTTTTGGACCAACTATTGAGGGTAGGAATTCTCGTATTATGGTTACAGTTGGTAGTGAAGCTGCTGACAATGAGGACTTTACTTACAATCTAATTAAGTCTGGAGTTAATATAATTCGAATAAATTGTGCACATGATAATCCAGATGTATGGAGGTGTATAATTGAAAATGTAAGGAGTTCTTCTCAGATGCTGGAA
CAGCCATGCAGGGTGCTGATGGATCTCGCTGGACCAAAGCTGAGGACTGGTCCTTTCAAGCCTGGTCCAAATGTTAAGAAGATCAAACCATTGAAAGATGCCAGAGGAGTTGTTATTTCTCCAGCGTTAGTTTGGATTGCTCCTCCAGAAGTGAACCCTCCAACCCATAGATCTCAAGTTGCTGTAGTGCCTGTGGATGA
CAGTCTGTGGATCAGAAGCCTAGAGGTTGGTGATGTGCTAAAATTTTGTGATGCAAGAGGAAAAAGACGCTTGTTAAAGATTACCGAGAAGTTCCCCACATCCTCTGATATTGGTTGTTGGGCTGAATGCTATGAGACGGCCTATGTGGAATCAGGGACAGAATTTCATGTCAAAGGAAAAAAACCTAAAATTGGAAATG
GCAGAGTAGCTGAACTACCCACAGTGCAACAGTATGTTCAGGTTAAACAAGGTGATTTGCTTGTAATAACAAGAGAGCCATGCTTGGCACCATCCACAATATCAAAAAATGATCCCTTAGGACCTGCAAAGGTAACTTGTTCTCTGGGACTCCTTTTTGATTCTGTCAAACCTGGCGAACCAATTGAGTTTGATGATGGA
AAGATTCAAGCGGTGATTCGAGGTGTCAATATCTCGGAGATTTGTGTAGAAATTACACATGCAGGTCAAAATGGATCAAAGTTGGGTCCTGAAAAATCAATTAATTTGCCTAGAAGTAAGCTGCATTTTGAAGGACTCACTGTGAAGGACTTAATGGATCTAGACTTTATTGCTGCTAATGCAGATTTGGTTGGTGTCTC
TTTTGTTAATGATGTCAATGATGTTAGTATCCTTCAACAAGAGCTTAATAAGAGGAAACTCAAAAACTTAGGAATTGTGTTGAAGATTGAAACCAAGGGAGGTTTTGAGAGACTCCCACTTCTTCTGTTGCAAGCAATGCAGTCACCAAATCCACTGGGTGTGATGATTGCTAGGGGGGATCTTGCAGTAGAGTGTGGAT
GGGAGAAATTAGCCGAGATGCAGGAAGAAATTTTGTCAATCTGTGAAGCTGCCCATGTACCATCCATCTGGGCAACTCAAGTACTAGAAACCCTTGCTAAGTCAGGACTACCAACAAGAGCAGAAATTACAGATGCTGCTGTAGGTGGAAGGGCTGATTGTGTGATGCTGAACAAAGGGAGGCACATCATAAAAGCTGTT
TTAACACTAGATTCTATATTGAGGAGCACTTCTATGCAGCAGCCTAAGTTGAAGCCAGTTTTGAAGCCCCTCTTGTTTTCTAGCCTCTTTTGAAATACAGAGAATGATCATAGCCTTTTGTATTGCTCATCTCTTGCTGCTCACATGAGGTGACTGTATTACAGTATTTGAATTCTGCAAGAAAAACATCAATAGTGTTA
ATAGCCTTATTTACTTTTAACATGGTGAGAATTGTAGAGGAAGATCTAATATGACCATTAGTAACAAAAAATGGCCGCTTTGCTTCTTGTCTCTGTTTCTTTAACCTTTTTCTGGTTCACAAAGGAAAAATAATTGAAAAATGGCAGAGTCAGTCGACAGTTCCAATGACCATACCAGACATCATACTACCGGTAAAAAC
AATTATTTTTGTTTTGTTCAATCCTAATGCTAAGCTTTTAGCTTATGCATTTTTGCTACAGTGTCTCCTCCATGACTCCATGATGACATCTTTCCACTTCGGCCAGATCTCCATGACATTTTTGTTTTTGAGGAATTATAAAATTATTGGTG

Intron 3 GTGAAGAAAA ... GTATATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.48	101	27	35
A2	21.66	85	23	24
A3	24.32	70	26	19
A4	23.22	81	32	17
A5	18.37	40	9	9
A6	31.62	40	21	16
A7	23.16	136	33	49
A8	25.49	76	28	24
A9	24.07	82	24	28
A10	23.51	96	16	43

>TRINITY_DN44117_c6_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoform

CGGGCTACACAAAACCATTAGTCCACTTTCGATTTCAACGTACGGCCGGACACGAGCCGCCCACGCTTCTGAAATTTATATATCTCTCTCATCAGGCGCTGCAAAATCCCTCTGACTCCAATTCCACAATCACAGCCGTCGATTTCCTTAATTTCATTTTTTATACTTACCGCTGGATGGCAAGGGCAAGGTATTTTACC
TGCCAGATCGTCTTACCAGCAGTGGGAGTCACTCCCAGGGGTAGCTGAAATCGCAGACGAGGGAGGAAACGGACTAGAAAGCTTTGCTAAATTCCAGTGGAAGGAGGAGAAACGAAGTCTGCGAAGAGGAATTTCTTAGGTTCCATTCAAAGTATAGGTATACATTTGTGATCAGTTGGAGAGCGTTTTTTTGGTTTGAT
ATCATTGTTCTAATGCCAATACCAATATTAACTACATCCAAGCCTTCATCATTTTTCTTGGTCAGTAATAACTTCGGACCTTCTAGTCATGGAATTAACAGAGGAGCATTTCCCAATGTTGCTTTCAGGAAACAAAGATATACTGTTCAACACTCACATAGGGTGTCCTCTTCAAATGCATTTCCGAGAAAACATATGAT
TAAAGCTTTGCAGGATCCAAACAAGAAACCGGATTCAGATTCTTCTGTTTCAGGAAATGCAAACAGTGATCTTTCACAGACGAAAAGTACAAAACTGAAGAAAAACAAAAATTACAAACACCATCCTTGCAGTGAAGCATTTAAATCCATCTCCATGCCCTCAGATGGTGATGATGTATCAGACATTACAGATTTGGAAT
TCTCTGATTCACATGACACTTCAGAAGATGAAGATGCGAACTATACAGCCTTCCTGAACTCGTTTTCGAAGGGACTTGTTAAGAATCAAAATGCTGTGCTTGTCCAAGTTCTTGATAAGTTGGAGGCTGTGCGATTGCATGCTTTGGCCTTGGAGCAGTGGAATGCATTGCGTTTAAAAGAGTGTTACAGATTTTATCGT
GCCAGTGCAACAAATCTCATACATTATGTGGCTTTGCGTTCCATAGATATTCATCAACTTCAGGAAGCACTTTCCATTCTCGGTCTTTCAAATATTGAGGGAGTAAATGCACACATCATGGCAAGTTTAACATCAGTTGTCCAAATCTTACAGAGTCTGACTCAATCATCCAAAACAAATAATGAATGGAAATTTGACAA
TGAGGTCCAACGTCCTGGTAATGAAGTTGCAATGAAAAGTAAACCTATTAGTGACCTGCAAAGCTCATTACTGTCTGCTAATGGGAAGTCTGAAGAAATTTCTTTACTTGCAATGAAAAACCATGCACGCTATAATGCAGAATTACTTTTTGGACCAACTATTGAGGGTAGGAATTCTCGTATTATGGTTACAGTTGGTA
GTGAAGCTGCTGACAATGAGGACTTTACTTACAATCTAATTAAGTCTGGAGTTAATATAATTCGAATAAATTGTGCACATGATAATCCAGATGTATGGAGGTGTATAATTGAAAATGTAAGGAGTTCTTCTCAGATGCTGGAACAGCCATGCAGGGTGCTGATGGATCTCGCTGGACCAAAGCTGAGGACTGGTCCTTTC
AAGCCTGGTCCAAATGTTAAGAAGATTAAACCATTGAAAGATGCCAGAGGAGTTGTTATTTCTCCAGCGTTAGTTTGGATTGCTCCTCCAGAAGTGAACCCTCCAACCCATAGATCTCAAGTTGCTGTAGTGCCTGTGGATGACAGTCTGTGGATCAGAAGCCTAGAGGTTGGTGATGTGCTAAAATTTTGTGATGCAAG
AGGAAAAAGACGCTTGTTAAAGATTACCGAGAAGTTCCCCACATCCTCTGATATTGGTTGTTGGGCTGAATGCTATGAGACGGCCTATGTGGAATCAGGGACAGAATTTCATGTCAAAGGAAAAAAACCTAAAATTGGAAATGGCAGAGTAGCTGAACTACCCACAGTGCAACAGTATGTTCAGGTTAAACAAGGTGATT
TGCTTGTAATAACAAGAGAGCCATGCTTGGCACCATCCACAATATCAAAAAATGATCCCTTAGGACCTGCAAAGGTAACTTGTTCTCTGGGACTCCTTTTTGATTCTGTCAAACCTGGCGAACCAATTGAGTTTGATGATGGAAAGATTCAAGCGGTGATTCGAGGTGTCAATATCTCGGAGATTTGTGTAGAAATTACA
CATGCAGGTCAAAATGGATCAAAGTTGGGTCCTGAAAAATCAATTAATTTGCCTAGAAGTAAGCTGCATTTTGAAGGACTCACTGTGAAGGACTTAATGGATCTAGACTTTATTGCTGCTAATGCAGATTTGGTTGGTGTCTCTTTTGTTAATGATGTCAATGATGTTAGTATCCTTCAACAAGAGCTTAATAAGAGGAA
ACTCAAAAACTTAGGAATTGTGTTGAAGATTGAAACCAAGGGAGGTTTTGAGAGACTCCCACTTCTTCTGTTGCAAGCAATGCAGTCACCAAATCCACTGGGTGTGATGATTGCTAGGGGGGATCTTGCAGTAGAGTGTGGATGGGAGAAATTAGCCGAGATGCAGGAAGAAATTTTGTCAATCTGTGAAGCTGCCCATG
TACCATCCATCTGGGCAACTCAAGTACTAGAAACCCTTGCTAAGTCAGGACTACCAACAAGAGCAGAAATTACAGATGCTGCTGTAGGTGGAAGGGCTGATTGTGTGATGCTGAACAAAGGGAGGCACATCATAAAAGCTGTTTTAACACTAGATTCTATATTGAGGAGCACTTCTATGCAGCAGCCTAAGTTGAAGCCA
GTTTTGAAGCCCCTCTTGTTTTCTAGCCTCTTTTGAAATACAGAGAATGATCATAGCCTTTTGTATTGCTCATCTCTTGCTGCTCACATGAGGTGACTGTATTACAGTATTTGAATTCTGCAAGAAAAACATCAATAGTGTTAATAGCCTTATTTACTTTTAACATGGTGAGAATTGTAGAGGAAGATCTAATATGACCA
TTAGTAACAAAAAATGGCCGCTTTGCTTCTTGTCTCTGTTTCTTTAACCTTTTTCTGGTTCACAAAGGAAAAATAATTGAAAAATGGCAGAGTCAGTCGACAGTTCCAATGACCATACCAGACATCATACTACCGGTAAAAACAATTATTTTTGTTTTGTTCAATCCTAATGCTAAGCTTTTAGCTTATGCATTTTTGCT
ACAGTGTCTCCTCCATGACTCCATGATGACATCTTTCCACTTCGGCCAGATCTCCATGACATTTTTGTTTTTGAGGAATTATAAAATTATTGGTGAAATTGATCTATATGAGGAAGTGTTTCTTTGCCATTAATGTATTGACTCAGATCATTTTGGTAACTATTGCCGCCTTTCACACACCTGGGGGTTAACCTGGCT

>TRINITY_DN44117_c6_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGAATTAACAGAGGAGCATTTCCCAATGTTGCTTTCAGGAAACAAAGATATACTGTTCAACACTCACATAGGGTGTCCTCTTCAAATGCATTTCCGAGAAAACATATGATTAAAGCTTTGCAGGATCCAAACAAGAAACCGGATTCAGATTCTTCTGTTTCAGGAAATGCAAACAGTGATCTTTCACAGACGAAAAGTAC
AAAACTGAAGAAAAACAAAAATTACAAACACCATCCTTGCAGTGAAGCATTTAAATCCATCTCCATGCCCTCAGATGGTGATGATGTATCAGACATTACAGATTTGGAATTCTCTGATTCACATGACACTTCAGAAGATGAAGATGCGAACTATACAGCCTTCCTGAACTCGTTTTCGAAGGGACTTGTTAAGAATCAAA
ATGCTGTGCTTGTCCAAGTTCTTGATAAGTTGGAGGCTGTGCGATTGCATGCTTTGGCCTTGGAGCAGTGGAATGCATTGCGTTTAAAAGAGTGTTACAGgtgaagaaaaataaagcaaggacaatcttgttgctgaatttaaattggaaaagttgatttatttctattacaaatcggcataatttagtggagcaaatct
aaaacagtctttataatgcactcatccatgttttaatgtataatgcatcgatatttataaacattgaactgggataattacttaaaaatatcggggattgatttgcctaaagaaataatcttaacactaatggtttcagaagggctataattattccaatatcaagcactcaactgaatgattgaacttccatagtggat
tattaaattttattatacatatttattcttccttagcatatgggaattacataacttgatgttgtatatacagATTTTATCGTGCCAGTGCAACAAATCTCATACATTATGTGGCTTTGCGTTCCATAGATATTCATCAACTTCAGGAAGCACTTTCCATTCTCGGTCTTTCAAATATTGAGGGAGTAAATGCACACATC
ATGGCAAGTTTAACATCAGTTGTCCAAATCTTACAGAGTCTGACTCAATCATCCAAAACAAATAATGAATGGAAATTTGACAATGAGGTCCAACGTCCTGGTAATGAAGTTGCAATGAAAAGTAAACCTATTAGTGACCTGCAAAGCTCATTACTGTCTGCTAATGGGAAGTCTGAAGAAATTTCTTTACTTGCAATGAA
AAACCATGCACGCTATAATGCAGAATTACTTTTTGGACCAACTATTGAGGGTAGGAATTCTCGTATTATGGTTACAGTTGGTAGTGAAGCTGCTGACAATGAGGACTTTACTTACAATCTAATTAAGTCTGGAGTTAATATAATTCGAATAAATTGTGCACATGATAATCCAGATGTATGGAGGTGTATAATTGAAAATG
TAAGGAGTTCTTCTCAGATGCTGGAACAGCCATGCAGGGTGCTGATGGATCTCGCTGGACCAAAGCTGAGGACTGGTCCTTTCAAGCCTGGTCCAAATGTTAAGAAGATTAAACCATTGAAAGATGCCAGAGGAGTTGTTATTTCTCCAGCGTTAGTTTGGATTGCTCCTCCAGAAGTGAACCCTCCAACCCATAGATCT
CAAGTTGCTGTAGTGCCTGTGGATGACAGTCTGTGGATCAGAAGCCTAGAGGTTGGTGATGTGCTAAAATTTTGTGATGCAAGAGGAAAAAGACGCTTGTTAAAGATTACCGAGAAGTTCCCCACATCCTCTGATATTGGTTGTTGGGCTGAATGCTATGAGACGGCCTATGTGGAATCAGGGACAGAATTTCATGTCAA
AGGAAAAAAACCTAAAATTGGAAATGGCAGAGTAGCTGAACTACCCACAGTGCAACAGTATGTTCAGGTTAAACAAGGTGATTTGCTTGTAATAACAAGAGAGCCATGCTTGGCACCATCCACAATATCAAAAAATGATCCCTTAGGACCTGCAAAGGTAACTTGTTCTCTGGGACTCCTTTTTGATTCTGTCAAACCTG
GCGAACCAATTGAGTTTGATGATGGAAAGATTCAAGCGGTGATTCGAGGTGTCAATATCTCGGAGATTTGTGTAGAAATTACACATGCAGGTCAAAATGGATCAAAGTTGGGTCCTGAAAAATCAATTAATTTGCCTAGAAGTAAGCTGCATTTTGAAGGACTCACTGTGAAGGACTTAATGGATCTAGACTTTATTGCT
GCTAATGCAGATTTGGTTGGTGTCTCTTTTGTTAATGATGTCAATGATGTTAGTATCCTTCAACAAGAGCTTAATAAGAGGAAACTCAAAAACTTAGGAATTGTGTTGAAGATTGAAACCAAGGGAGGTTTTGAGAGACTCCCACTTCTTCTGTTGCAAGCAATGCAGTCACCAAATCCACTGGGTGTGATGATTGCTAG
GGGGGATCTTGCAGTAGAGTGTGGATGGGAGAAATTAGCCGAGATGCAGGAAGAAATTTTGTCAATCTGTGAAGCTGCCCATGTACCATCCATCTGGGCAACTCAAGTACTAGAAACCCTTGCTAAGTCAGGACTACCAACAAGAGCAGAAATTACAGATGCTGCTGTAGGTGGAAGGGCTGATTGTGTGATGCTGAACA
AAGGGAGGCACATCATAAAAGCTGTTTTAACACTAGATTCTATATTGAGGAGCACTTCTATGCAGCAGCCTAAGTTGAAGCCAGTTTTGAAGCCCCTCTTGTTTTCTAGCCTCTTTTGAAATACAGAGAATGATCATAGCCTTTTGTATTGCTCATCTCTTGCTGCTCACATGAGGTGACTGTATTACAGTATTTGAATT
CTGCAAGAAAAACATCAATAGTGTTAATAGCCTTATTTACTTTTAACATGGTGAGAATTGTAGAGGAAGATCTAATATGACCATTAGTAACAAAAAATGGCCGCTTTGCTTCTTGTCTCTGTTTCTTTAACCTTTTTCTGGTTCACAAAGGAAAAATAATTGAAAAATGGCAGAGTCAGTCGACAGTTCCAATGACCATA
CCAGACATCATACTACCGGTAAAAACAATTATTTTTGTTTTGTTCAATCCTAATGCTAAGCTTTTAGCTTATGCATTTTTGCTACAGTGTCTCCTCCATGACTCCATGATGACATCTTTCCACTTCGGCCAGATCTCCATGACATTTTTGTTTTTGAGGAATTATAAAATTATTGGTGAAATTGATCTATATGAGGAAGT
GTTTCTTTGCCATTAATGTATTGACTCAGATCATTTTGGTAACTATTGCCGCCTTTCACACACCTGGGGGTTAACCTGGCT

Intron 4 GTGACGTTGA ... ATTGAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A6	28.97	76	31	7.9
A7	28.96	157	64	31.4
A8	30.59	59	26	9.5
A9	32.35	161	77	22.6
A10	25.66	113	39	26.8

>TRINITY_DN120257_c4_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

CACTTTCGATTTCAACGTACGGCCGGACACGAGCCGCCCACGCTTCTGAAATTTATATATCTCTCTCATCAGGCGCTGCAAAATCCCTCTGACTCCAATTCCACAATCACAGCCGTCGATTTCCTTAATTTCATTTTTTATACTTACCGCTGGATGGCAAGGGCAAGGTATTTTACCTGCCAGATCGTCTTACCAGCAGT
GGGAGTCACTCCCAGGGGTAGCTGAAATCGCAGACGAGGGAGGAAACGGACTAGAAAGCTTTGCTAAATTCCAGTGGAAGGAGGAGAAACGAAGTCTGCGAAGAGGAATTTCTTAGGTTCCATTCAAAGTATAGGTATACATTTGTGATCAGTTGGAGAGCGTTTTTTTGGTTTGATATCATTGTTCTAATGCCAATACC
AATATTAACTACATCCAAGCCTTCATCATTTTTCTTGGGAATTAACAGAGGAGCATTTCCCAATGTTGCTTTCAGGAAACAAAGATATACTGTTCAACACTCACATAGGGTGTCCTCTTCAAATGCATTTCCGAGAAAACATATGATTAAAGCTTTGCAGGATCCAAACAAGAAACCGGATTCAGATTCTTCTGTTTCAG
GAAATGCAAACAGTGATCTTTCACAGACGAAAAGTACAAAACTGAAGAAAAACAAAAATTACAAACACCATCCTTGCAGTGAAGCATTTAAATCCATCTCCATGCCCTCAGATGGTGATGATGTATCAGACATTACAGATTTGGAATTCTCTGATTCACATGACACTTCAGAAGATGAAGATGCGAACTATACAGCCTTC
CTGAACTCGTTTTCGAAGGGACTTGTTAAGAATCAAAATGCTGTGCTTGTCCAAGTTCTTGATAAGTTGGAGGCTGTGCGATTGCATGCTTTGGCCTTGGAGCAGTGGAATGCATTGCGTTTAAAAGAGTGTTACAGATTTTATCGTGCCAGTGCAACAAATCTCATACATTATGTGGCTTTGCGTTCCATAGATATTCA
TCAACTTCAGGAAGCACTTTCCATTCTCGGTCTTTCAAATATTGAGGGAGTAAATGCACACATCATGGCAAGTTTAACATCAGTTGTCCAAATCTTACAGAGTCTGACTCAATCATCCAAAACAAATAATGAATGGAAATTTGACAATGAGGTCCAACGTCCTGGTAATGAAGTTGCAATGAAAAGTAAACCTATTAGTG
ACCTGCAAAGCTCATTACTGTCTGCTAATGGGAAGTCTGAAGAAATTTCTTTACTTGCAATGAAAAACCATGCACGCTATAATGCAGAATTACTTTTTGGACCAACTATTGAGGGTAGGAATTCTCGTATTATGGTTACAGTTGGTAGTGAAGCTGCTGACAATGAGGACTTTACTTACAATCTAATTAAGTCTGGAGTT
AATATAATTCGAATAAATTGTGCACATGATAATCCAGATGTATGGAGGTGTATAATTGAAAATGTAAGGAGTTCTTCTCAGATGCTGGAACAGCCATGCAGGGTGCTGATGGATCTCGCTGGACCAAAGCTGAGGACTGGTCCTTTCAAGCCTGGTCCAAATGTTAAGAAGATCAAACCATTGAAAGATGCCAGAGGAGT
TGTTATTTCTCCAGCGTTAGTTTGGATTGCTCCTCCAGAAGTGAACCCTCCAACCCATAGATCTCAAGTTGCTGTAGTGCCTGTGGATGACAGTCTGTGGATCAGAAGCCTAGAGGTTGGTGATGTGCTAAAATTTTGTGATGCAAGAGGAAAAAGACGCTTGTTAAAGATTACCGAGAAGTTCCCCACATCCTCTGATA
TTGGTTGTTGGGCTGAATGCTATGAGACGGCCTATGTGGAATCAGGGACAGAATTTCATGTCAAAGGAAAAAAACCTAAAATTGGAAATGGCAGAGTAGCTGAACTACCCACAGTGCAACAGTATGTTCAGGTTAAACAAGGTGATTTGCTTGTAATAACAAGAGAGCCATGCTTGGCACCATCCACAATATCAAAAAAT
GATCCCTTAGGACCTGCAAAGGTAACTTGTTCTCTGGGACTCCTTTTTGATTCTGTCAAACCTGGCGAACCAATTGAGTTTGATGATGGAAAGATTCAAGCGGTGATTCGAGGTGTCAATATCTCGGAGATTTGTGTAGAAATTACACATGCAGGTCAAAATGGATCAAAGTTGGGTCCTGAAAAATCAATTAATTTGCC
TAGAAGTAAGCTGCATTTTGAAGGACTCACTGTGAAGGACTTAATGGATCTAGACTTTATTGCTGCTAATGCAGATTTGGTTGGTGTCTCTTTTGTTAATGATGTCAATGATGTTAGTATCCTTCAACAAGAGCTTAATAAGAGGAAACTCAAAAACTTAGGAATTGTGTTGAAGATTGAAACCAAGGGAGGTTTTGAGA
GACTCCCACTTCTTCTGTTGCAAGCAATGCAGTCACCAAATCCACTGGGTGTGATGATTGCTAGGGGGGATCTTGCAGTAGAGTGTGGATGGGAGAAATTAGCCGAGATGCAGGAAGAAATTTTGTCAATCTGTGAAGCTGCCCATGTACCATCCATCTGGGCAACTCAAGTACTAGAAACCCTTGCTAAGTCAGGACTA
CCAACAAGAGCAGAAATTACAGATGCTGCTGTAGGTGGAAGGGCTGATTGTGTGATGCTGAACAAAGGGAGGCACATCATAAAAGCTGTTTTAACACTAGATTCTATATTGAGGAGCACTTCTATGCAGCAGCCTAAGTTGAAGCCAGTTTTGAAGCCCCTCTTGTTTTCTAGCCTCTTTTGAAATACAGAGAATGATCA
TAGCCTTTTGTATTGCTCATCTCTTGCTGCTCACATGAGGTGACTGTATTACAGTATTTGAATTCTGCAAGAAAAACATCAATAGTGTTAATAGCCTTATTTACTTTTAACATGGTGAGAATTGTAGAGGAAGATCTAATATGACCATTAGTAACAAAAAATGGCCGCTTTGCTTCTTGTCTCTGTTTCTTTAACCTTTT
TCTGGTTCACAAAGGAAAAATAATTGAAAAATGGCAGAGTCAGTCGACAGTTCCAATGACCATACCAGACATCATACTACCGGTAAAAACAATTATTTTTGTTTTGTTCAATCCTAATGCTAAGCTTTTAGCTTATGCATTTTTGCTACAGTGTCTCCTCCATGACTCCATGATGACATCTTTCCACTTCGGCCAGATCT
CCATGACATTTTTGTTTTTGAGGAATTATAAAATTATTGGTG

>TRINITY_DN120257_c4_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CACTTTCGATTTCAACGTACGGCCGGACACGAGCCGCCCACGCTTCTGAAATTTATATATCTCTCTCATCAGGCGCTGCAAAATCCCTCTGACTCCAATTCCACAATCACAGCCGTCGATTTCCTTAATTTCATTTTTTATACTTACCGCTGGATGGCAAGGGCAAGGTATTTTACCTGCCAGATCGTCTTACCAGCAGT
GGGAGTCACTCCCAGGGGTAGCTGAAATCGCAGgtgacgttgatctttcttttctgcggggtgaaattactggtaatcatttcttgcttgcttgattacactcattcctattctccaatgctcaacccttctaattgaatcagACGAGGGAGGAAACGGACTAGAAAGCTTTGCTAAATTCCAGTGGAAGGAGGAGAAAC
GAAGTCTGCGAAGAGGAATTTCTTAGGTTCCATTCAAAGTATAGGTATACATTTGTGATCAGTTGGAGAGCGTTTTTTTGGTTTGATATCATTGTTCTAATGCCAATACCAATATTAACTACATCCAAGCCTTCATCATTTTTCTTGGTCAGTAATAACTTCGGACCTTCTAGTCATGGAATTAACAGAGGAGCATTTCC
CAATGTTGCTTTCAGGAAACAAAGATATACTGTTCAACACTCACATAGGGTGTCCTCTTCAAATGCATTTCCGAGAAAACATATGATTAAAGCTTTGCAGGATCCAAACAAGAAACCGGATTCAGATTCTTCTGTTTCAGGAAATGCAAACAGTGATCTTTCACAGACGAAAAGTACAAAACTGAAGAAAAACAAAAATT
ACAAACACCATCCTTGCAGTGAAGCATTTAAATCCATCTCCATGCCCTCAGATGGTGATGATGTATCAGACATTACAGATTTGGAATTCTCTGATTCACATGACACTTCAGAAGATGAAGATGCGAACTATACAGCCTTCCTGAACTCGTTTTCGAAGGGACTTGTTAAGAATCAAAATGCTGTGCTTGTCCAAGTTCTT
GATAAGTTGGAGGCTGTGCGATTGCATGCTTTGGCCTTGGAGCAGTGGAATGCATTGCGTTTAAAAGAGTGTTACAGATTTTATCGTGCCAGTGCAACAAATCTCATACATTATGTGGCTTTGCGTTCCATAGATATTCATCAACTTCAGGAAGCACTTTCCATTCTCGGTCTTTCAAATATTGAGGGAGTAAATGCACA
CATCATGGCAAGTTTAACATCAGTTGTCCAAATCTTACAGAGTCTGACTCAATCATCCAAAACAAATAATGAATGGAAATTTGACAATGAGGTCCAACGTCCTGGTAATGAAGTTGCAATGAAAAGTAAACCTATTAGTGACCTGCAAAGCTCATTACTGTCTGCTAATGGGAAGTCTGAAGAAATTTCTTTACTTGCAA
TGAAAAACCATGCACGCTATAATGCAGAATTACTTTTTGGACCAACTATTGAGGGTAGGAATTCTCGTATTATGGTTACAGTTGGTAGTGAAGCTGCTGACAATGAGGACTTTACTTACAATCTAATTAAGTCTGGAGTTAATATAATTCGAATAAATTGTGCACATGATAATCCAGATGTATGGAGGTGTATAATTGAA
AATGTAAGGAGTTCTTCTCAGATGCTGGAACAGCCATGCAGGGTGCTGATGGATCTCGCTGGACCAAAGCTGAGGACTGGTCCTTTCAAGCCTGGTCCAAATGTTAAGAAGATCAAACCATTGAAAGATGCCAGAGGAGTTGTTATTTCTCCAGCGTTAGTTTGGATTGCTCCTCCAGAAGTGAACCCTCCAACCCATAG
ATCTCAAGTTGCTGTAGTGCCTGTGGATGACAGTCTGTGGATCAGAAGCCTAGAGGTTGGTGATGTGCTAAAATTTTGTGATGCAAGAGGAAAAAGACGCTTGTTAAAGATTACCGAGAAGTTCCCCACATCCTCTGATATTGGTTGTTGGGCTGAATGCTATGAGACGGCCTATGTGGAATCAGGGACAGAATTTCATG
TCAAAGGAAAAAAACCTAAAATTGGAAATGGCAGAGTAGCTGAACTACCCACAGTGCAACAGTATGTTCAGGTTAAACAAGGTGATTTGCTTGTAATAACAAGAGAGCCATGCTTGGCACCATCCACAATATCAAAAAATGATCCCTTAGGACCTGCAAAGGTAACTTGTTCTCTGGGACTCCTTTTTGATTCTGTCAAA
CCTGGCGAACCAATTGAGTTTGATGATGGAAAGATTCAAGCGGTGATTCGAGGTGTCAATATCTCGGAGATTTGTGTAGAAATTACACATGCAGGTCAAAATGGATCAAAGTTGGGTCCTGAAAAATCAATTAATTTGCCTAGAAGTAAGCTGCATTTTGAAGGACTCACTGTGAAGGACTTAATGGATCTAGACTTTAT
TGCTGCTAATGCAGATTTGGTTGGTGTCTCTTTTGTTAATGATGTCAATGATGTTAGTATCCTTCAACAAGAGCTTAATAAGAGGAAACTCAAAAACTTAGGAATTGTGTTGAAGATTGAAACCAAGGGAGGTTTTGAGAGACTCCCACTTCTTCTGTTGCAAGCAATGCAGTCACCAAATCCACTGGGTGTGATGATTG
CTAGGGGGGATCTTGCAGTAGAGTGTGGATGGGAGAAATTAGCCGAGATGCAGGAAGAAATTTTGTCAATCTGTGAAGCTGCCCATGTACCATCCATCTGGGCAACTCAAGTACTAGAAACCCTTGCTAAGTCAGGACTACCAACAAGAGCAGAAATTACAGATGCTGCTGTAGGTGGAAGGGCTGATTGTGTGATGCTG
AACAAAGGGAGGCACATCATAAAAGCTGTTTTAACACTAGATTCTATATTGAGGAGCACTTCTATGCAGCAGCCTAAGTTGAAGCCAGTTTTGAAGCCCCTCTTGTTTTCTAGCCTCTTTTGAAATACAGAGAATGATCATAGCCTTTTGTATTGCTCATCTCTTGCTGCTCACATGAGGTGACTGTATTACAGTATTTG
AATTCTGCAAGAAAAACATCAATAGTGTTAATAGCCTTATTTACTTTTAACATGGTGAGAATTGTAGAGGAAGATCTAATATGACCATTAGTAACAAAAAATGGCCGCTTTGCTTCTTGTCTCTGTTTCTTTAACCTTTTTCTGGTTCACAAAGGAAAAATAATTGAAAAATGGCAGAGTCAGTCGACAGTTCCAATGAC
CATACCAGACATCATACTACCGGTAAAAACAATTATTTTTGTTTTGTTCAATCCTAATGCTAAGCTTTTAGCTTATGCATTTTTGCTACAGTGTCTCCTCCATGACTCCATGATGACATCTTTCCACTTCGGCCAGATCTCCATGACATTTTTGTTTTTGAGGAATTATAAAATTATTGGTG