sp|P29610|CY12_SOLTU ----> Cytochrome c1-2, heme protein, mitochondrial (Fragment)

Intron 1 GTAACCACTT ... TTGTGGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.31	116	2	26
A2	13.56	102	1	16
A3	16.96	93	0	19
A4	13.89	93	3	15
A5	11.11	72	0	9
A6	18.78	480	0	111
A7	19.07	331	2	78
A8	16.12	411	2	79
A9	18.68	383	1	88
A10	13.77	263	4	42

>TRINITY_DN40831_c5_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

GATCTCATTCTCAACCATCATTTCCATCGATCTCATTCTCAACCATCATTTCCATCGATCTCATTCTCAACCATCATTTTCTCTTCGGATAGCGATCTCAAACCGTAGGTGTAAATTTTCCCCTACAAAAGTCATTTCCCTTTGGACGAACTTGGTATGAAAAGTCCGGAAGAAGAGAAGCGGAGCAAATCACAGCGTGG
GCATCATGGCATCGCCGATGAAGATGAAGGGTGCTTTGCACAAAATAAGCAATTGGGTGGCCACTAGACATTGCACAGTATTAAGCAACCGCCACACAAGATACGGTCTTCGCTACGACGATCTATGCGATCAAGCCCAAAACGCGGAGGCTTGTAATGAGAGTATCAAGCGTGCAGTCGATCTCTCCTCGAATCAGCAA
CTGCAGGTGGCTGCAGCATTTACTTCGAAGCAAAATCAGACTGGAGGCAACTCTGTTGGCATGAAGTCATTAAAGGCTTTGGCACTTCTTGGGGCAGGAGTGTCTGGCTTATTTGGATTTGCTGGTATAGCAGCTGCTGATGAGTCAGAACATGGCTTAGAGTGCCCAAGCTACCCATGGCCGCATAAGGGAATTCTAAG
TTCTTACGATCATGCATCAATTCGGCGTGGACATCAGGTCTTTCAGCAAGTTTGTGCATCTTGCCATAGTATGTCCTTGGTTACATACCGTGATCTCGTTGGAGTTGCCTACACTGAAGAAGAAGCAAAAGCTTTAGCAACAGAGATAGAAGTAGAGGATGGGCCAAATGATGAAGGTGAAATGTTTACACGGCCTGGAA
AACTAAGTGATCGTTTTCCTAAGCCATATGCTAATGAACAGGCAGCAAGATTCGCCAACGGAGGGGCCTATCCTCCAGACCTCAGCCTGATTACAAAGGCACGCCATAATGGTCAGAACTATGTTTTTTCCTTGCTCACTGGATATCGTGATCCGCCAGCTGGAGTTTCGATTCGAGAGGGTTTGCACTATAATCCTTAT
TTTCCTGGTGGTGCAATAGCAATGCCCAAGATGCTTAATGATGGTGCAGTTGAGTATGAAGACGGAACACCTGCAACAGAATCTCAGATGGGAAAAGATGTGGTCACATTCTTGTCCTGGGCAGCTGAGCCTGAGATGGAGGAACGGAAACTGATGGGGTTCAAATGGATTTTTATTTTTTCACTCGCTCTTCTTCAAGC
TGGTTTCTATAGGAGATGGAAATGGGCTCCTGTTAAGTCACGCAAAATGGTTCTTGATGTTGTTAATTAATTTTTGCCTATTGAGTTCTATGCTTTGGTGCATTGGGAGGTCCAAAGCATTATTCTATTTTTAAGAAAATTCTATTTCTTAAGCGGAATATATTATTTAAATTGTCAATAAAGTGCACAGATAGCATTAA
TGCTGGTATGGAATATACCACAGTGCGATGCAACAATTTTCTGCCTGGGATGTTATTTTTTGATCATTGACTGGTATCTTTGATCATATTTAAGCTTTGCATTCAGTATTCATGCAATGGTGTTAGAAACTGTGGTATGAAGAGAACGTGCCTTGATACGTTGTATGCTTTGAAGCTAAAACCAAAACCCTTAACAAAAT
CATGCTTATAACCGTTGTTTTCAAAATTTATTTTTGTTAAACTTGAAACTGAGGAATTGTTATTTTGCTCCAGTCAATTTCAGGGCATTACAATGGTAGTTTTGCATCATTAGTTATTTTTGTG

>TRINITY_DN40831_c5_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTGATCCGCCAGCTGGAGTTTCGgtaaccacttttatagagattttggatttacttggccataacatattcaattgtttagtacaaattgtgagagaaatctcttaatattgtgaagatgcaaactttgtgggcagATTCGAGAGGGTTTGCACTATAATCCTTATTTTCCTGGTGGTGCAATAGCAATGCCCAAGATGC
TTAATGATGGTGCAGTTGAGTATGAAGACGGAACACCTGCAACAGAATCTCAGATGGGAAAAGATGTGGTCACATTCTTGTCCTGGGCAGCTGAGCCTGAGATGGAGGAACGGAAACTGATGGGGTTCAAATGGATTTTTATTTTTTCACTCGCTCTTCTTCAAGCTGGTTTCTATAGGAGATGGAAATGGGCTCCTGTT
AAGTCACGCAAAATGGTTCTTGATGTTGTTAATTAATTTTTGCCTATTGAGTTCTATGCTTTGGTGCATTGGGAGGTCCAAAGCATTATTCTATTTTTAAGAAAATTCTATTTCTTAAGCGGAATATATTATTTAAATTGTCAATAAAGTGCACAGATAGCATTAATGCTGGTATGGAATATACCACAGTGCGATGCAAC
AATTTTCTGCCTGGGATGTTATTTTTTGATCATTGACTGGTATCTTTGATCATATTTAAGCTTTGCATTCAGTATTCATGCAATGGTGTTAGAAACTGTGGTATGAAGAGAACGTGCCTTGATACGTTGTATGCTTTGAAGCTAAAACCAAAACCCTTAACAAAATCATGCTTATAACCGTTGTTTTCAAAATTTATTTT
TGTTAAACTTGAAACTGAGGAATTGTTATTTTGCTCCAGTCAATTTCAGGGCATTACAATGGTAGTTTTGCATCATTAGTTATTTTTGTG

Intron 2 GTACATACAA ... ATCAATCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.72	165	63	38
A2	18.18	198	62.9	44
A3	12.03	212	95.7	29
A4	18.41	164	59.8	37
A5	19.85	109	38	27
A6	15.16	520	220.4	92.9
A7	16.34	527	205.8	102.9
A8	18.97	252	104.1	59
A9	16.71	477	222.2	95.7
A10	17.38	494	206.8	103.9

>TRINITY_DN104962_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

ATTTCCATCGATCTCATTCTCAACCATCATTTTCTCTTCGGATAGCGATCTCAAACCGTAGGTGTAAATTTTCCCCTACAAAAGTCATTTCCCTTTGGACGAACTTGGTATGAAAAGTCCGGAAGAAGAGAAGCGGAGCAAATCACAGCGTGGGCATCATGGCATCGCCGATGAAGATGAAGGGTGCTTTGCACAAAATA
AGCAATTGGGTGGCCACTAGACATTGCACAGTATTAAGCAACCGCCACACAAGATACGGTCTTCGCTACGACGATCTATGCGATCAAGCCCAAAACGCGGAGGCTTGTAATGAGAGTATCAAGCGTGCAGTCGATCTCTCCTCGAATCAGCAACTGCAGGTGGCTGCAGCATTTACTTCGAAGCAAAATCAGACTGGAGG
CAACTCTGTTGGCATGAAGTCATTAAAGGCTTTGGCACTTCTTGGGGCAGGAGTGTCTGGCTTATTTGGATTTGCTGGTATAGCAGCTGCTGATGAGTCAGAACATGGCTTAGAGTGCCCAAGCTACCCATGGCCGCATAAGGGAATTCTAAGTTCTTACGATCATGCATCAATTCGGCGTGGACATCAGGTCTTTCAGC
AAGTTTGTGCATCTTGCCATAGTATGTCCTTGGTTACATACCGTGATCTCGTTGGAGTTGCCTACACTGAAGAAGAAGCAAAAGCTTTAGCAACAGAGATAGAAGTAGAGGATGGGCCAAATGATGAAGGTGAAATGTTTACACGACCTGGAAAACTAAGTGATCGTTTTCCTAAGCCATATGCTAATGAACAGGCAGCA
AGATTCGCCAACGGAGGGGCCTATCCTCCAGACCTCAGCCTGATTACAAAGGCACGCCATAATGGTCAGAACTATGTTTTTTCCTTGCTCACTGGATATCGTGATCCGCCAGCTGGAGTTTCGATTCGAGAGGGTTTGCACTATAATCCTTATTTTCCTGGTGGTGCAATAGCAATGCCCAAGATGCTTAATGATGGTGC
AGTTGAGTATGAAGACGGAACACCTGCAACAGAATCTCAGATGGGAAAAGATGTGGTCACATTCTTGTCCTGGGCAGCTGAGCCTGAGATGGAGGAACGGAAACTGATGGGGTTCAAATGGATTTTTATTTTTTCACTCGCTCTTCTTCAAGCTGGTTTCTATAGGAGATGGAAATGGGCTCCTGTTAAGTCACGCAAAA
TGGTTCTTGATGTTGTTAATTAATTTTTGCCTATTGAGTTCTATGCTTTGGTGCATTGGGAGGTCCAAAGCATTATTCTATTTTTAAGAAAATTCTATTTCTTAAGCGGAATATATTATTTAAATTGTCAATAAAGTGCACAGATAGCATTAATGCTGGTATGGAATATACCACAGTGCGATGCAACAATTTTCTGCCTG
GGATGTTATTTTTTGATCATTGACTGGTATCTTTGATCATATTTAAGCTTTGCATTCAGTATTCATGCAATGGTGTTAGAAACTGTGGTATGAAGAGAACGTGCCTTGATACGTTGTATGCTTTGAAGCTAAAACCAAAACCCTTAACAAAATCACGCTTATAACCATTGTTTTCAAAATTTATTTTTGTTAAAC

>TRINITY_DN104962_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATTTCCATCGATCTCATTCTCAACCATCATTTTCTCTTCGGATAGCGATCTCAAACCGTAGGTGTAAATTTTCCCCTACAAAAGTCATTTCCCTTTGGACGAACTTGGTATGAAAAGTCCGGAAGAAGAGAAGCGGAGCAAATCACAGCGTGGGCATCATGGCATCGCCGATGAAGATGAAGGGTGCTTTGCACAAAATA
AGCAATTGGGTGGCCACTAGACATTGCACAGTATTAAGCAACCGCCACACAAGATACGgtacatacaagccctttgcttgaatcgaatcacttctttgcttctctcattcatttggtttcgcattgatttttctcaatcaatcaagGTCTTCGCTACGACGATCTATGCGATCAAGCCCAAAACGCGGAGGCTTGTAATG
AGAGTATCAAGCGTGCAGTCGATCTCTCCTCGAATCAGCAACTGCAGGTGGCTGCAGCATTTACTTCGAAGCAAAATCAGACTGGAGGCAACTCTGTTGGCATGAAGTCATTAAAGGCTTTGGCACTTCTTGGGGCAGGAGTGTCTGGCTTATTTGGATTTGCTGGTATAGCAGCTGCTGATGAGTCAGAACATGGCTTA
GAGTGCCCAAGCTACCCATGGCCGCATAAGGGAATTCTAAGTTCTTACGATCATGCATCAATTCGGCGTGGACATCAGGTCTTTCAGCAAGTTTGTGCATCTTGCCATAGTATGTCCTTGGTTACATACCGTGATCTCGTTGGAGTTGCCTACACTGAAGAAGAAGCAAAAGCTTTAGCAACAGAGATAGAAGTAGAGGA
TGGGCCAAATGATGAAGGTGAAATGTTTACACGACCTGGAAAACTAAGTGATCGTTTTCCTAAGCCATATGCTAATGAACAGGCAGCAAGATTCGCCAACGGAGGGGCCTATCCTCCAGACCTCAGCCTGATTACAAAGGCACGCCATAATGGTCAGAACTATGTTTTTTCCTTGCTCACTGGATATCGTGATCCGCCAG
CTGGAGTTTCGATTCGAGAGGGTTTGCACTATAATCCTTATTTTCCTGGTGGTGCAATAGCAATGCCCAAGATGCTTAATGATGGTGCAGTTGAGTATGAAGACGGAACACCTGCAACAGAATCTCAGATGGGAAAAGATGTGGTCACATTCTTGTCCTGGGCAGCTGAGCCTGAGATGGAGGAACGGAAACTGATGGGG
TTCAAATGGATTTTTATTTTTTCACTCGCTCTTCTTCAAGCTGGTTTCTATAGGAGATGGAAATGGGCTCCTGTTAAGTCACGCAAAATGGTTCTTGATGTTGTTAATTAATTTTTGCCTATTGAGTTCTATGCTTTGGTGCATTGGGAGGTCCAAAGCATTATTCTATTTTTAAGAAAATTCTATTTCTTAAGCGGAAT
ATATTATTTAAATTGTCAATAAAGTGCACAGATAGCATTAATGCTGGTATGGAATATACCACAGTGCGATGCAACAATTTTCTGCCTGGGATGTTATTTTTTGATCATTGACTGGTATCTTTGATCATATTTAAGCTTTGCATTCAGTATTCATGCAATGGTGTTAGAAACTGTGGTATGAAGAGAACGTGCCTTGATAC
GTTGTATGCTTTGAAGCTAAAACCAAAACCCTTAACAAAATCACGCTTATAACCATTGTTTTCAAAATTTATTTTTGTTAAAC