sp|Q9FGK5|RAA5A_ARATH ----> Ras-related protein RABA5a
Intron 1 GTAACGTGTG ... TCTTCCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.62 | 12 | 7 | 27 |
| A2 | 42.17 | 24 | 13 | 22 |
| A3 | 54.05 | 17 | 12 | 28 |
| A4 | 43.69 | 29 | 19 | 26 |
| A5 | 79.31 | 3 | 8 | 15 |
| A6 | 56.99 | 20 | 17 | 36 |
| A7 | 51.32 | 46 | 33 | 64 |
| A8 | 60 | 8 | 7 | 17 |
| A9 | 42.5 | 46 | 20 | 48 |
| A10 | 57.01 | 24.1 | 24 | 40 |
>TRINITY_DN95000_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformGCTGATTGGTGGCGTCTTTTTCCGTCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAAACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACAGTAAGTAAATAAATAATTTATCCCTTTA
ATTTTTCTCGGCCCCACTGCGAATTTGGCAACTTTTACATTAAAGAAAAGGTGGCTCAGGAGTCAGGACTCTACTCTACTCCACACTGGACTGGCTTTCTGTTTAAGCTTCTGGTATCAATAATTAAATCTTTACAGCAACATTGAATTTCGAAGTGCTCTCTGTGAGTCTTTCTCATCGGTATTGTCAGTTTTCTGGTC
CTGTAAGCATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAA
TTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGC
TCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCAGAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGGATTCAACAAATGTCCAACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATT
TACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGTTAAGTAATGGAAAAACAGTCGTTTTGCATGAAGCAGAGAGTGAATCTATGGCAAAACAAACTGGAAAGCTTTGGTGCTGTTCTGGTTAGGTTTGTTTATTTTAATACTTTTCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCT
AGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGCTGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATTCATAGCAGTGATATGTGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCC
ATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACACCTTTTGACATCCAGATTTGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTGTTCTTTTATAATACATTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGC
TTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGGGTTTGGACATTGGCAAAGCAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAGTTAAATCATAACAGTGCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGCTTTT
ATTTTGATAGTTCTATTGATGAAA
>TRINITY_DN95000_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:GCTGATTGGTGGCGTCTTTTTCCGTCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAAACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACAGTAAGTAAATAAATAATTTATCCCTTTA
ATTTTTCTCGGCCCCACTGCGAATTTGGCAACTTTTACATTAAAGAAAAGGTGGCTCAGGAGTCAGGACTCTACTCTACTCCACACTGGACTGGCTTTCTGTTTAAGCTTCTGGTATCAATAATTAAATCTTTACAGCAACATTGAATTTCGAAGTGCTCTCTGTGAGTCTTTCTCATCGGTATTGTCAGTTTTCTGGTC
CTGTAAGgtaacgtgtgcgctatttttcatctctttttttggcattgttttattttcgtgtttatttaatcgatcgccaaaaaaattgcaaaaaatttcggctgtggtgtaaatgtgctatatttatgtccgatttttctctgtagcactttatttcatggtatttccccactttcgggcgtctattttgttttctgtct
agaagtttaagtttctgtatttttctcagattcagctttgttatgatttatattatttaatacaaatgtcagtactgtagatctttcgtgtataaagagttgcctcctcggcatagagctgatatttaacggaaaatcatcttctctggacattttgtcatgatccttgcttttcgatcagagttattattccagagacc
ctaggacatgtggaaaatcagcttctcagtaaatttatcaagattcttgcttttcgtagcagagttgttattccggagaccccaggatatgtattgagcacattatcgttgattcttgatagaatttgatttctctttttcgagaattttcaaaaccaaattttctactcaatgttctggatcccttgctgataaggcta
agttttgatacttggagaatatttttcgcttctacttgttccatggttttcttcatatcgaagtctttcattgtccttgcccatccgctgtgacggcgagccctaagtttttctatttgaatggtgcttttcggatctttaacataaattcatcatcgactgcatttaaaaaaatcggtttcttccgcagCATTCTTGCC
TCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCG
GAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCG
CATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCAGAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGGATTCAACAAATGTCCAACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAG
GAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGTTAAGTAATGGAAAAACAGTCGTTTTGCATGAAGCAGAGAGTGAATCTATGGCAAAACAAACTGGAAAGCTTTGGTGCTGTTCTGGTTAGGTTTGTTTATTTTAATACTTTTCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATG
TGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGCTGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATTCATAGCAGTGATATTTCAGCACAGGTGGGGTGATTGGACTGGGACTGGAACTATAGCTGTTTTC
TCTTGAGATGAAGGATCAGGACCTTGCCACAGGCTTGACTTCAGCATAGATTTTTATTAACGCACTTTGGAGTTTGGACATCCTTTTTGCTCTACTTCATCTCTGTTTAGCTTCTCTTGAACATGGGGTGAAGCCTACAAGGGGTCAGTCG
Intron 2 GTAACGTGTG ... AGTACTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.97 | 8 | 7 | 16 |
| A2 | 71.43 | 5 | 13 | 12 |
| A3 | 57.14 | 9 | 12 | 12 |
| A4 | 53.85 | 18 | 19 | 23 |
| A5 | 75 | 3 | 8 | 10 |
| A6 | 59.26 | 11 | 17 | 15 |
| A7 | 65.45 | 19 | 33 | 39 |
| A8 | 64.29 | 5 | 7 | 11 |
| A9 | 54.05 | 17 | 20 | 20 |
| A10 | 62.5 | 18 | 24 | 36 |
>TRINITY_DN36350_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformCAAAATTCATCCAAGTCGAGTGATCTCAAGCGGCTCGAAGGTATCTCTAAGAAAAACACTTGCAACTTGGTTCAACGGCAAACTCAAACAAGTGCCATGTAGGCTGCCAACAAATTGATCACGAGGACGGTTTGACATGCAAATTCGGCTGGGCGTTCAGCGAGATTAGCCCTTCCATGAGGGTTTTCCAACGATCAAAT
TGTGGCACAATTCCTCCAAACTTAGCTGTTAGATGGCAGTCACATGGAGAAACACAGAAAGCACATGAGGACATCGGTGCTTAAAAAGCGTTATGTCGGCACATATAAAATATCGTTGCAACGCTGATTGGTGGCGTCTTTTTCCGTCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAA
ACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACAGTAAGTAAATAAATAATTTATCCCTTTAATTTTTCTCGGCCCCACTGCGAATTTGGCAACTTTTACATTAAAGAAAAGGTGGCTCAGGAGTCAGGACTCTACTCTA
CTCCACACTGGACTGGCTTTCTGTTTAAGCTTCTGGTATCAATAATTAAATCTTTACAGCAACATTGAATTTCGAAGTGCTCTCTGTGAGTCTTTCTCATCGGTATTGTCAGTTTTCTGGTCCTGTAAGATCTTTCGTGTATAAAGAGTTGCCTCCTCGGCATAGAGCTGATATTTAACGGAAAATCATCTTCTCTGGAC
ATTTTGTCATGATCCTTGCTTTTCGATCAGAGTTATTATTCCAGAGACCCTAGGACATGTGGAAAATCAGCTTCTCAGTAAATTTATCAAGATTCTTGCTTTTCGTAGCAGAGTTGTTATTCCGGAGACCCCAGGATATGTATTGAGCACATTATCGTTGATTCTTGATAGAATTTGATTTCTCTTTTTCGAGAATTTTC
AAAACCAAATTTTCTACTCAATGTTCTGGATCCCTTGCTGATAAGGCTAAGTTTTGATACTTGGAGAATATTTTTCGCTTCTACTTGTTCCATGGTTTTCTTCATATCGAAGTCTTTCATTGTCCTTGCCCATCCGCTGTGACGGCGAGCCCTAAGTTTTTCTATTTGAATGGTGCTTTTCGGATCTTTAACATAAATTC
ATCATCGACTGCATTTAAAAAAATCGGTTTCTTCCGCAGCATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTT
GCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAG
GCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCAGAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGGATTCAACAAATGTCC
AACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGTTAAGTAATGGAAAAACAGTCGTTTTGCATGAAGCAGAGAGTGAATCTATGGCAAAACAAACTGGAAAGCTTTGGTGCTGTTCTGGTTAGGTTTGTTTATTTTAATACTTT
TCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGCTGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATTCATAGCAGTGATATG
TGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACACCTTTTGACATCCAGATTTGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTGTTCTTTTATAATACA
TTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGGGTTTGGACATTGGCAAAGCAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAGTTAAATCATAACAGT
GCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGCTTTTATTTTGATAGTTCTATTGATG
>TRINITY_DN36350_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:CAAAATTCATCCAAGTCGAGTGATCTCAAGCGGCTCGAAGGTATCTCTAAGAAAAACACTTGCAACTTGGTTCAACGGCAAACTCAAACAAGTGCCATGTAGGCTGCCAACAAATTGATCACGAGGACGGTTTGACATGCAAATTCGGCTGGGCGTTCAGCGAGATTAGCCCTTCCATGAGGGTTTTCCAACGATCAAAT
TGTGGCACAATTCCTCCAAACTTAGCTGTTAGATGGCAGTCACATGGAGAAACACAGAAAGCACATGAGGACATCGGTGCTTAAAAAGCGTTATGTCGGCACATATAAAATATCGTTGCAACGCTGATTGGTGGCGTCTTTTTCCGTCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAA
ACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACAGTAAGTAAATAAATAATTTATCCCTTTAATTTTTCTCGGCCCCACTGCGAATTTGGCAACTTTTACATTAAAGAAAAGGTGGCTCAGGAGTCAGGACTCTACTCTA
CTCCACACTGGACTGGCTTTCTGTTTAAGCTTCTGGTATCAATAATTAAATCTTTACAGCAACATTGAATTTCGAAGTGCTCTCTGTGAGTCTTTCTCATCGGTATTGTCAGTTTTCTGGTCCTGTAAGgtaacgtgtgcgctatttttcatctctttttttggcattgttttattttcgtgtttatttaatcgatcgcc
aaaaaaattgcaaaaaatttcggctgtggtgtaaatgtgctatatttatgtccgatttttctctgtagcactttatttcatggtatttccccaatttcgggcgtctattttgttttctgtctagaagtttaagtttctgtatttttctcagattcagctttgttatgatttatattatttaatacagatgtcagtactgt
agATCTTTCGTGTATAAAGAGTTGCCTCCTCGGCATAGAGCTGATATTTAACGGAAAATCATCTTCTCTGGACATTTTGTCATGATCCTTGCTTTTCGATCAGAGTTATTATTCCAGAGACCCTAGGACATGTGGAAAATCAGCTTCTCAGTAAATTTATCAAGATTCTTGCTTTTCGTAGCAGAGTTGTTATTCCGGAG
ACCCCAGGATATGTATTGAGCACATTATCGTTGATTCTTGATAGAATTTGATTTCTCTTTTTCGAGAATTTTCAAAACCAAATTTTCTACTCAATGTTCTGGATCCCTTGCTGATAAGGCTAAGTTTTGATACTTGGAGAATATTTTTCGCTTCTACTTGTTCCATGGTTTTCTTCATATCGAAGTCTTTCATTGTCCTT
GCCCATCCGCTGTGACGGCGAGCCCTAAGTTTTTCTATTTGAATGGTGCTTTTCGGATCTTTAACATAAATTCATCATCGACTGCATTTAAAAAAATCGGTTTCTTCCGCAGCATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGA
AGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAG
AGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAA
GAAGGAGCAGCATTGGCAGAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGGATTCAACAAATGTCCAACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGTTAAGTAATGGAAAAACAGTCGTTTTGCATGAAGCAGA
GAGTGAATCTATGGCAAAACAAACTGGAAAGCTTTGGTGCTGTTCTGGTTAGGTTTGTTTATTTTAATACTTTTCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTG
GGAATCTTCATTTTTGGCTGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATTCATAGCAGTGATATGTGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACA
CCTTTTGACATCCAGATTTGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTGTTCTTTTATAATACATTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGG
GTTTGGACATTGGCAAAGCAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAGTTAAATCATAACAGTGCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGCTTTTATTTTGATAGTTCTATTGATG
Intron 3 GTAAGTAAAT ... GGTGGCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.11 | 23 | 22 | 4 |
| A2 | 36.73 | 31 | 29 | 7 |
| A3 | 37.37 | 31 | 25 | 12 |
| A4 | 37.25 | 32 | 26 | 12 |
| A5 | 41.03 | 23 | 25 | 7 |
| A6 | 34.78 | 30 | 23 | 9 |
| A7 | 46.03 | 51 | 58 | 29 |
| A8 | 39.05 | 32 | 28 | 13 |
| A9 | 38.25 | 67 | 59 | 24 |
| A10 | 36.19 | 67 | 67 | 9 |
>TRINITY_DN40231_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformCGCAAAAGTGGGGAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAAACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACAGAGTCAGGACTCTACTCTACTCCACACTGGACTGGCTTTCT
GTTTAAGCTTCTGGTATCAATAATTAAATCTTTACAGCAACATTGAATTTCGAAGTGCTCTCTGTGAGTCTTTCTCATCGGTATTGTCAGTTTTCTGGTCCTGTAAGGTAACGTGTGCGCTATTTTTCATCTCTTTTTTTGGCATTGTTTTATTTTCGTGTTTATTTAATCGATCGCCAAAAAAATTGCAAAAAATTTCG
GCTGTGGTGTAAATGTGCTATATTTATGTCCGATTTTTCTCTGTAGCACTTTATTTCATGGTATTTCCCCACTTTCGGGCGTCTATTTTGTTTTCTGTCTAGAAGTTTAAGTTTCTGTATTTTTCTCAGATTCAGCTTTGTTATGATTTATATTATTTAATACAAATGTCAGTACTGTAGATCTTTCGTGTATAAAGAGT
TGCCTCCTCGGCATAGAGCTGATATTTAACGGAAAATCATCTTCTCTGGACATTTTGTCATGATCCTTGCTTTTCGATCAGAGTTATTATTCCAGAGACCCTAGGACATGTGGAAAATCAGCTTCTCAGTAAATTTATCAAGATTCTTGCTTTTCGTAGCAGAGTTGTTATTCCGGAGACCCCAGGATATGTATTGAGCA
CATTATCGTTGATTCTTGATAGAATTTGATTTCTCTTTTTCGAGAATTTTCAAAACCAAATTTTCTACTCAATGTTCTGGATCCCTTGCTGATAAGGCTAAGTTTTGATACTTGGAGAATATTTTTCGCTTCTACTTGTTCCATGGTTTTCTTCATATCGAAGTCTTTCATTGTCCTTGCCCATCCGCTGTGACGGCGAG
CCCTAAGTTTTTCTATTTGAATGGTGCTTTTCGGATCTTTAACATAAATTCATCATCGACTGCATTTAAAAAAATCGGTTTCTTCCGCAGCATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTC
TTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTC
GGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCAGAGG
CTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGGATTCAACAAATGTCCAACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGTTAAGTAATGGAAAAACAGTCGTTTTGCATGAAGCAGAGAGTGAATCTATGGCAAAACAA
ACTGGAAAGCTTTGGTGCTGTTCTGGTTAGGTTTGTTTATTTTAATACTTTTCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGCTGGT
TTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATTCATAGCAGTGATATGTGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACACCTTTTGACATCCAGATTTGGC
ATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTGTTCTTTTATAATACATTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGGGTTTGGACATTGGCAAAGCAGT
TATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAGTTAAATCATAACAGTGCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGC
>TRINITY_DN40231_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:CGCAAAAGTGGGGAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAAACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACAgtaagtaaataaataatttatccctttaatttttctcggcc
ccactgcgaatttggcaacttttacattaaagaaaaggtggctcagGAGTCAGGACTCTACTCTACTCCACACTGGACTGGCTTTCTGTTTAAGCTTCTGGTATCAATAATTAAATCTTTACAGCAACATTGAATTTCGAAGTGCTCTCTGTGAGTCTTTCTCATCGGTATTGTCAGTTTTCTGGTCCTGTAAGGTAACG
TGTGCGCTATTTTTCATCTCTTTTTTTGGCATTGTTTTATTTTCGTGTTTATTTAATCGATCGCCAAAAAAATTGCAAAAAATTTCGGCTGTGGTGTAAATGTGCTATATTTATGTCCGATTTTTCTCTGTAGCACTTTATTTCATGGTATTTCCCCACTTTCGGGCGTCTATTTTGTTTTCTGTCTAGAAGTTTAAGTT
TCTGTATTTTTCTCAGATTCAGCTTTGTTATGATTTATATTATTTAATACAAATGTCAGTACTGTAGATCTTTCGTGTATAAAGAGTTGCCTCCTCGGCATAGAGCTGATATTTAACGGAAAATCATCTTCTCTGGACATTTTGTCATGATCCTTGCTTTTCGATCAGAGTTATTATTCCAGAGACCCTAGGACATGTGG
AAAATCAGCTTCTCAGTAAATTTATCAAGATTCTTGCTTTTCGTAGCAGAGTTGTTATTCCGGAGACCCCAGGATATGTATTGAGCACATTATCGTTGATTCTTGATAGAATTTGATTTCTCTTTTTCGAGAATTTTCAAAACCAAATTTTCTACTCAATGTTCTGGATCCCTTGCTGATAAGGCTAAGTTTTGATACTT
GGAGAATATTTTTCGCTTCTACTTGTTCCATGGTTTTCTTCATATCGAAGTCTTTCATTGTCCTTGCCCATCCGCTGTGACGGCGAGCCCTAAGTTTTTCTATTTGAATGGTGCTTTTCGGATCTTTAACATAAATTCATCATCGACTGCATTTAAAAAAATCGGTTTCTTCCGCAGCATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCT
GAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCA
GACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGA
ATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCAGAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGGATTCAACAAATGTCCAACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCA
TGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGTTAAGTAATGGAAAAACAGTCGTTTTGCATGAAGCAGAGAGTGAATCTATGGCAAAACAAACTGGAAAGCTTTGGTGCTGTTCTGGTTAGGTTTGTTTATTTTAATACTTTTCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTA
AAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGCTGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATTCATAGCAGTGATATGTGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCA
ATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACACCTTTTGACATCCAGATTTGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTGTTCTTTTATAATACATTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACA
TTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGGGTTTGGACATTGGCAAAGCAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAGTTAAATCATAACAGTGCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGC
Intron 4 GTAAGTAAAT ... TCTTCCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.78 | 88 | 22 | 27 |
| A2 | 19.84 | 103 | 29 | 22 |
| A3 | 24.65 | 81 | 25 | 28 |
| A4 | 22.61 | 89 | 26 | 26 |
| A5 | 28.99 | 49 | 25 | 15 |
| A6 | 28.23 | 75 | 23 | 36 |
| A7 | 26.07 | 173 | 58 | 64 |
| A8 | 21.13 | 84 | 28 | 17 |
| A9 | 22.15 | 188 | 59 | 48 |
| A10 | 21.79 | 192 | 67 | 40 |
>TRINITY_DN36350_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoformCAAAATTCATCCAAGTCGAGTGATCTCAAGCGGCTCGAAGGTATCTCTAAGAAAAACACTTGCAACTTGGTTCAACGGCAAACTCAAACAAGTGCCATGTAGGCTGCCAACAAATTGATCACGAGGACGGTTTGACATGCAAATTCGGCTGGGCGTTCAGCGAGATTAGCCCTTCCATGAGGGTTTTCCAACGATCAAAT
TGTGGCACAATTCCTCCAAACTTAGCTGTTAGATGGCAGTCACATGGAGAAACACAGAAAGCACATGAGGACATCGGTGCTTAAAAAGCGTTATGTCGGCACATATAAAATATCGTTGCAACGCTGATTGGTGGCGTCTTTTTCCGTCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAA
ACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACACATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTA
CCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGA
CCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCA
GAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGGATTCAACAAATGTCCAACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGTTAAGTAATGGAAAAACAGTCGTTTTGCATGAAGCAGAGAGTGAATCTATGGCAAA
ACAAACTGGAAAGCTTTGGTGCTGTTCTGGTTAGGTTTGTTTATTTTAATACTTTTCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGC
TGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATTCATAGCAGTGATATGTGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACACCTTTTGACATCCAGATT
TGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTGTTCTTTTATAATACATTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGGGTTTGGACATTGGCAAAG
CAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAGTTAAATCATAACAGTGCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGCTTTTATTTTGATAGTTCTATTGATG
>TRINITY_DN36350_c0_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:CAAAATTCATCCAAGTCGAGTGATCTCAAGCGGCTCGAAGGTATCTCTAAGAAAAACACTTGCAACTTGGTTCAACGGCAAACTCAAACAAGTGCCATGTAGGCTGCCAACAAATTGATCACGAGGACGGTTTGACATGCAAATTCGGCTGGGCGTTCAGCGAGATTAGCCCTTCCATGAGGGTTTTCCAACGATCAAAT
TGTGGCACAATTCCTCCAAACTTAGCTGTTAGATGGCAGTCACATGGAGAAACACAGAAAGCACATGAGGACATCGGTGCTTAAAAAGCGTTATGTCGGCACATATAAAATATCGTTGCAACGCTGATTGGTGGCGTCTTTTTCCGTCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAA
ACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACAgtaagtaaataaataatttatccctttaatttttctcggccccactgcgaatttggcaacttttacattaaagaaaaggtggctcaggagtcaggactctactcta
ctccacactggactggctttctgtttaagcttctggtatcaataattaaatctttacagcaacattgaatttcgaagtgctctctgtgagtctttctcatcggtattgtcagttttctggtcctgtaagatctttcgtgtataaagagttgcctcctcggcatagagctgatatttaacggaaaatcatcttctctggac
attttgtcatgatccttgcttttcgatcagagttattattccagagaccctaggacatgtggaaaatcagcttctcagtaaatttatcaagattcttgcttttcgtagcagagttgttattccggagaccccaggatatgtattgagcacattatcgttgattcttgatagaatttgatttctctttttcgagaattttc
aaaaccaaattttctactcaatgttctggatcccttgctgataaggctaagttttgatacttggagaatatttttcgcttctacttgttccatggttttcttcatatcgaagtctttcattgtccttgcccatccgctgtgacggcgagccctaagtttttctatttgaatggtgcttttcggatctttaacataaattc
atcatcgactgcatttaaaaaaatcggtttcttccgcagCATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTT
GCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAG
GCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCAGAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGGATTCAACAAATGTCC
AACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGTTAAGTAATGGAAAAACAGTCGTTTTGCATGAAGCAGAGAGTGAATCTATGGCAAAACAAACTGGAAAGCTTTGGTGCTGTTCTGGTTAGGTTTGTTTATTTTAATACTTT
TCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGCTGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATTCATAGCAGTGATATG
TGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACACCTTTTGACATCCAGATTTGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTGTTCTTTTATAATACA
TTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGGGTTTGGACATTGGCAAAGCAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAGTTAAATCATAACAGT
GCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGCTTTTATTTTGATAGTTCTATTGATG
Intron 5 GTAAGTAAAT ... GTCCTGTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12 | 88 | 16.5 | 12 |
| A2 | 18.9 | 103 | 22 | 24 |
| A3 | 17.35 | 81 | 19 | 17 |
| A4 | 24.58 | 89 | 19.8 | 29 |
| A5 | 5.77 | 49 | 19.3 | 3 |
| A6 | 21.05 | 75 | 17.3 | 20 |
| A7 | 21 | 173 | 44.8 | 46 |
| A8 | 8.7 | 84 | 21.3 | 8 |
| A9 | 19.66 | 188 | 45.5 | 46 |
| A10 | 11.21 | 192 | 50.8 | 24.3 |
>TRINITY_DN117399_c2_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoformCTTTTTCCGTCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAAACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACACATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTA
TTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCG
ACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTGTAAGTACTAAAATTTAAAAGCGATAGTTCTGTTC
TTTTCTGTGTTTTCTCATCTTGTTTCCCCTCTTAAAAGTCTTTCTAAGAAGTTTTGTTTTTTCTATTGCCTTTTCTGTTCCTAATCCATACAACAATAATGGTTGTTCCTTACTCCAAATAAAATAGAGTTCAAATTGTTCAAATTCATTTCTTGTTCCGTCATTCTTTCTTCACTTTGGCTAATTTTCAC
>TRINITY_DN117399_c2_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:ACACGCGCCCGATCTTGTAGACAgtaagtaaataaataatttatccctttaatttttctcggccccactgcgaatttggcaacttttacattaaagaaaaggtggctcaggagtcaggactctactctactccacactggactggctttctgtttaagcttctggtatcaataattaaatctttacagcaacattgaatt
tcgaagtgctctctgtgagtctttctcatcggtattgtcagttttctggtcctgtaagCATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGT
GGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTG
TCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCAGAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCA
CTGGATTCAACAAATGTCCAACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGTTAAGTAATGGAAAAACAGTCGTTTTGCATGAAGCAGAGAGTGAATCTATGGCAAAACAAACTGGAAAGCTTTGGTGCTGTTCTGGTTAGGT
TTGTTTATTTTAATACTTTTCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGCTGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCT
GATTCATAGCAGTGATATGTGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACACCTTTTGACATCCAGATTTGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTA
CTTGTTCTTTTATAATACATTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGGGTTTGGACATTGGCAAAGCAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGA
AAAGTTAAATCATAACAGTGCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGCTTTTATTTTGATAGTTCTATTGATGCATTTGAAGTCTGTCATGATAAGTTTAACGTCTCAAAGACTCAACAAAGATGATGGAGATGTTTACATGTCAACTAACATTGTGTTACCTATGTGTAGCCCAGATTTGGTAGATTGGTTATATAGAAG
ACAGAATATGCCATGCGTAAACTTTACATGTATAAGACGAAACATTTCCACACAGTAGCATACATGGTCACTGGTTCCCTGCCTAAATGGTCCACAAGTTCCACCAAGCTAATTATTTTTCCCTAGAACATCTTTTAACCCCAAGATGCACAATTCTTTGGATCACAACACACTCTTAATTAATATTTATGCTTTTTCAC
TGTAATTGTTCTTTGCAACATTAGCTGATCTTTTTCGTAGTATCAGTTGAGCTGCTGGTAATTTGGTTGATCTTTTCTAGCCTTTGGTTGATCTCTTGATCTGGCTAGTCCACCTCTTGCCATGACTGCATGGTTCTATTTTCAGCCCAATAATTACAATTGTGCTCGATTGCTCAATTGGTGTTAATATTGAGCTGGGT
TATTTTCCATGGCTGATTGATCTTACAAGTCTGTTGTATATCTTGCCTTTTCTTGCACTGCTTTCTCATTCATAATGACGCTGGATGACATTGGATATTAGCTGGCTTTATGTTTTTTCCTGCAAAAGACCGTGGTTCAGAAATGTAGCTATAAGACTTTGCAGTTTCTTTGTGAATCCAATTTCAGGTATAGTGGTTGA
AAAACAGTGAACTTTGTAAACTTTAGTGTGTTTGTATATTGGTTGAAAAGCAGTAAATTTTGTGTCCCGTGCTTCTGTGTCAGACACCTGAACACTTGGAACACTCATACCCTGAGTGTTGGACAAGCACAGGGCTAGTGTTGGACAAGCACGGGACTTGTGTCCTAATTATGGCATGTGCCCT
Intron 6 GTTAAGTAAT ... TGATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.69 | 22.3 | 47 | 48 |
| A2 | 66.12 | 21 | 39 | 39 |
| A3 | 65.81 | 21.2 | 47 | 31 |
| A4 | 58.99 | 23.8 | 33 | 32 |
| A5 | 70.76 | 9.2 | 17 | 27 |
| A6 | 66.07 | 63.4 | 99 | 142 |
| A7 | 77.35 | 50.5 | 143 | 196 |
| A8 | 71.07 | 72.7 | 154 | 197 |
| A9 | 71.72 | 66.7 | 145 | 188 |
| A10 | 65.58 | 83.7 | 149 | 161 |
>TRINITY_DN112223_c0_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAAACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACACATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATAC
ATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGA
GATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAA
CTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCAGAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGGATTCAACAAATGTCCAACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGGTC
TTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGCTGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATTCATAGCAGTGATATGTGAGCAAGTCATATTTTCT
CCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACACCTTTTGACATCCAGATTTGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTGTTCTTTTATAATACATTAGACTTGCCATTTGTGT
CAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGGGTTTGGACATTGGCAAAGCAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAGTTAAATCATAACAGTGCAATGCTAAACATGGCAA
TATTCTGGCTTTTATTTTGATAGTTCTA
>TRINITY_DN112223_c0_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAAACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACAGTAAGTAAATAAATAATTTATCCCTTTAATTTTTCTCGGCCCCACTGCGAATT
TGGCAACTTTTACATTAAAGAAAAGGTGGCTCAGGAGTCAGGACTCTACTCTACTCCACACTGGACTGGCTTTCTGTTTAAGCTTCTGGTATCAATAATTAAATCTTTACAGCAACATTGAATTTCGAAGTGCTCTCTGTGAGTCTTTCTCATCGGTATTGTCAGTTTTCTGGTCCTGTAAGGTAACGTGTGCGCTATTT
TTCATCTCTTTTTTTGGCATTGTTTTATTTTCGTGTTTATTTAATCGATCGCCAAAAAAATTGCAAAAAATTTCGGCTGTGGTGTAAATGTGCTATATTTATGTCCGATTTTTCTCTGTAGCACTTTATTTCATGGTATTTCCCCAATTTCGGGCGTCTATTTTGTTTTCTGTCTAGAAGTTTAAGTTTCTGTATTTTTC
TCAGATTCAGCTTTGTTATGATTTATATTATTTAATACAGATGTCAGTACTGTAGATCTTTCGTGTATAAAGAGTTGCCTCCTCGGCATAGAGCTGATATTTAACGGAAAATCATCTTCTCTGGACATTTTGTCATGATCCTTGCTTTTCGATCAGAGTTATTATTCCAGAGACCCTAGGACATGTGGAAAATCAGCTTC
TCAGTAAATTTATCAAGATTCTTGCTTTTCGTAGCAGAGTTGTTATTCCGGAGACCCCAGGATATGTATTGAGCACATTATCGTTGATTCTTGATAGAATTTGATTTCTCTTTTTCGAGAATTTTCAAAACCAAATTTTCTACTCAATGTTCTGGATCCCTTGCTGATAAGGCTAAGTTTTGATACTTGGAGAATATTTT
TCGCTTCTACTTGTTCCATGGTTTTCTTCATATCGAAGTCTTTCATTGTCCTTGCCCATCCGCTGTGACGGCGAGCCCTAAGTTTTTCTATTTGAATGGTGCTTTTCGGATCTTTAACATAAATTCATCATCGACTGCATTTAAAAAAATCGGTTTCTTCCGCAGCATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGAT
TTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCAT
GGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAG
TAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCAGAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGGATTCAACAAATGTCCAACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAG
AAACTCGAATCAAAgttaagtaatggaaaaacagtcgttttgcatgaagcagagagtgaatctatggcaaaacaaactggaaagctttggtgctgttctggttaggtttgtttattttaatacttttcaagtgatttgcagGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGC
AGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGCTGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATTCATAGCAGTGATATGTGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGA
GTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACACCTTTTGACATCCAGATTTGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTGTTCTTTTATAATACATTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTA
TTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGGGTTTGGACATTGGCAAAGCAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAGTTAAATCATAACAGTGCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGCTTTTATTTTGATAGTTCTA
Intron 7 GTAAGTAAAT ... TCTTCCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.78 | 88 | 22 | 27 |
| A2 | 19.84 | 103 | 29 | 22 |
| A3 | 24.65 | 81 | 25 | 28 |
| A4 | 22.61 | 89 | 26 | 26 |
| A5 | 28.99 | 49 | 25 | 15 |
| A6 | 28.23 | 75 | 23 | 36 |
| A7 | 26.07 | 173 | 58 | 64 |
| A8 | 21.13 | 84 | 28 | 17 |
| A9 | 22.15 | 188 | 59 | 48 |
| A10 | 21.79 | 192 | 67 | 40 |
>TRINITY_DN36350_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoformCAAAATTCATCCAAGTCGAGTGATCTCAAGCGGCTCGAAGGTATCTCTAAGAAAAACACTTGCAACTTGGTTCAACGGCAAACTCAAACAAGTGCCATGTAGGCTGCCAACAAATTGATCACGAGGACGGTTTGACATGCAAATTCGGCTGGGCGTTCAGCGAGATTAGCCCTTCCATGAGGGTTTTCCAACGATCAAAT
TGTGGCACAATTCCTCCAAACTTAGCTGTTAGATGGCAGTCACATGGAGAAACACAGAAAGCACATGAGGACATCGGTGCTTAAAAAGCGTTATGTCGGCACATATAAAATATCGTTGCAACGCTGATTGGTGGCGTCTTTTTCCGTCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAA
ACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACACATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTA
CCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGA
CCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCA
GAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGGATTCAACAAATGTCCAACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGTTAAGTAATGGAAAAACAGTCGTTTTGCATGAAGCAGAGAGTGAATCTATGGCAAA
ACAAACTGGAAAGCTTTGGTGCTGTTCTGGTTAGGTTTGTTTATTTTAATACTTTTCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGC
TGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATTCATAGCAGTGATATGTGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACACCTTTTGACATCCAGATT
TGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTGTTCTTTTATAATACATTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGGGTTTGGACATTGGCAAAG
CAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAGTTAAATCATAACAGTGCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGCTTTTATTTTGATAGTTCTATTGATG
>TRINITY_DN36350_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:CAAAATTCATCCAAGTCGAGTGATCTCAAGCGGCTCGAAGGTATCTCTAAGAAAAACACTTGCAACTTGGTTCAACGGCAAACTCAAACAAGTGCCATGTAGGCTGCCAACAAATTGATCACGAGGACGGTTTGACATGCAAATTCGGCTGGGCGTTCAGCGAGATTAGCCCTTCCATGAGGGTTTTCCAACGATCAAAT
TGTGGCACAATTCCTCCAAACTTAGCTGTTAGATGGCAGTCACATGGAGAAACACAGAAAGCACATGAGGACATCGGTGCTTAAAAAGCGTTATGTCGGCACATATAAAATATCGTTGCAACGCTGATTGGTGGCGTCTTTTTCCGTCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAA
ACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACAgtaagtaaataaataatttatccctttaatttttctcggccccactgcgaatttggcaacttttacattaaagaaaaggtggctcaggagtcaggactctactcta
ctccacactggactggctttctgtttaagcttctggtatcaataattaaatctttacagcaacattgaatttcgaagtgctctctgtgagtctttctcatcggtattgtcagttttctggtcctgtaagatgtcagtactgtagatctttcgtgtataaagagttgcctcctcggcatagagctgatatttaacggaaaa
tcatcttctctggacattttgtcatgatccttgcttttcgatcagagttattattccagagaccctaggacatgtggaaaatcagcttctcagtaaatttatcaagattcttgcttttcgtagcagagttgttattccggagaccccaggatatgtattgagcacattatcgttgattcttgatagaatttgatttctct
ttttcgagaattttcaaaaccaaattttctactcaatgttctggatcccttgctgataaggctaagttttgatacttggagaatatttttcgcttctacttgttccatggttttcttcatatcgaagtctttcattgtccttgcccatccgctgtgacggcgagccctaagtttttctatttgaatggtgcttttcggat
ctttaacataaattcatcatcgactgcatttaaaaaaatcggtttcttccgcagCATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGA
AAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGT
GTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCAGAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGG
ATTCAACAAATGTCCAACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGTTAAGTAATGGAAAAACAGTCGTTTTGCATGAAGCAGAGAGTGAATCTATGGCAAAACAAACTGGAAAGCTTTGGTGCTGTTCTGGTTAGGTTTGT
TTATTTTAATACTTTTCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGCTGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATT
CATAGCAGTGATATGTGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACACCTTTTGACATCCAGATTTGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTG
TTCTTTTATAATACATTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGGGTTTGGACATTGGCAAAGCAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAG
TTAAATCATAACAGTGCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGCTTTTATTTTGATAGTTCTATTGATG
Intron 8 GTAACGTGTG ... TTTAATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 54.55 | 10 | 7 | 17 |
| A2 | 86.21 | 2 | 13 | 12 |
| A3 | 61.11 | 7 | 12 | 10 |
| A4 | 55.56 | 16 | 19 | 21 |
| A5 | 71.43 | 4 | 8 | 12 |
| A6 | 66.67 | 7 | 17 | 11 |
| A7 | 65.77 | 19 | 33 | 40 |
| A8 | 60 | 6 | 7 | 11 |
| A9 | 58.82 | 14 | 20 | 20 |
| A10 | 60.82 | 19 | 24 | 35 |
>TRINITY_DN36350_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoformCAAAATTCATCCAAGTCGAGTGATCTCAAGCGGCTCGAAGGTATCTCTAAGAAAAACACTTGCAACTTGGTTCAACGGCAAACTCAAACAAGTGCCATGTAGGCTGCCAACAAATTGATCACGAGGACGGTTTGACATGCAAATTCGGCTGGGCGTTCAGCGAGATTAGCCCTTCCATGAGGGTTTTCCAACGATCAAAT
TGTGGCACAATTCCTCCAAACTTAGCTGTTAGATGGCAGTCACATGGAGAAACACAGAAAGCACATGAGGACATCGGTGCTTAAAAAGCGTTATGTCGGCACATATAAAATATCGTTGCAACGCTGATTGGTGGCGTCTTTTTCCGTCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAA
ACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACAGTAAGTAAATAAATAATTTATCCCTTTAATTTTTCTCGGCCCCACTGCGAATTTGGCAACTTTTACATTAAAGAAAAGGTGGCTCAGGAGTCAGGACTCTACTCTA
CTCCACACTGGACTGGCTTTCTGTTTAAGCTTCTGGTATCAATAATTAAATCTTTACAGCAACATTGAATTTCGAAGTGCTCTCTGTGAGTCTTTCTCATCGGTATTGTCAGTTTTCTGGTCCTGTAAGATGTCAGTACTGTAGATCTTTCGTGTATAAAGAGTTGCCTCCTCGGCATAGAGCTGATATTTAACGGAAAA
TCATCTTCTCTGGACATTTTGTCATGATCCTTGCTTTTCGATCAGAGTTATTATTCCAGAGACCCTAGGACATGTGGAAAATCAGCTTCTCAGTAAATTTATCAAGATTCTTGCTTTTCGTAGCAGAGTTGTTATTCCGGAGACCCCAGGATATGTATTGAGCACATTATCGTTGATTCTTGATAGAATTTGATTTCTCT
TTTTCGAGAATTTTCAAAACCAAATTTTCTACTCAATGTTCTGGATCCCTTGCTGATAAGGCTAAGTTTTGATACTTGGAGAATATTTTTCGCTTCTACTTGTTCCATGGTTTTCTTCATATCGAAGTCTTTCATTGTCCTTGCCCATCCGCTGTGACGGCGAGCCCTAAGTTTTTCTATTTGAATGGTGCTTTTCGGAT
CTTTAACATAAATTCATCATCGACTGCATTTAAAAAAATCGGTTTCTTCCGCAGCATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGA
AAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGT
GTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAAGAAGGAGCAGCATTGGCAGAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGG
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TTATTTTAATACTTTTCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTGGGAATCTTCATTTTTGGCTGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATT
CATAGCAGTGATATGTGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACACCTTTTGACATCCAGATTTGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTG
TTCTTTTATAATACATTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGGGTTTGGACATTGGCAAAGCAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAG
TTAAATCATAACAGTGCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGCTTTTATTTTGATAGTTCTATTGATG
>TRINITY_DN36350_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:CAAAATTCATCCAAGTCGAGTGATCTCAAGCGGCTCGAAGGTATCTCTAAGAAAAACACTTGCAACTTGGTTCAACGGCAAACTCAAACAAGTGCCATGTAGGCTGCCAACAAATTGATCACGAGGACGGTTTGACATGCAAATTCGGCTGGGCGTTCAGCGAGATTAGCCCTTCCATGAGGGTTTTCCAACGATCAAAT
TGTGGCACAATTCCTCCAAACTTAGCTGTTAGATGGCAGTCACATGGAGAAACACAGAAAGCACATGAGGACATCGGTGCTTAAAAAGCGTTATGTCGGCACATATAAAATATCGTTGCAACGCTGATTGGTGGCGTCTTTTTCCGTCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAA
ACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACAGTAAGTAAATAAATAATTTATCCCTTTAATTTTTCTCGGCCCCACTGCGAATTTGGCAACTTTTACATTAAAGAAAAGGTGGCTCAGGAGTCAGGACTCTACTCTA
CTCCACACTGGACTGGCTTTCTGTTTAAGCTTCTGGTATCAATAATTAAATCTTTACAGCAACATTGAATTTCGAAGTGCTCTCTGTGAGTCTTTCTCATCGGTATTGTCAGTTTTCTGGTCCTGTAAGgtaacgtgtgcgctatttttcatctctttttttggcattgttttattttcgtgtttatttaatcgatcgcc
aaaaaaattgcaaaaaatttcggctgtggtgtaaatgtgctatatttatgtccgatttttctctgtagcactttatttcatggtatttccccaatttcgggcgtctattttgttttctgtctagaagtttaagtttctgtatttttctcagattcagctttgttatgatttatattatttaatacagATGTCAGTACTGT
AGATCTTTCGTGTATAAAGAGTTGCCTCCTCGGCATAGAGCTGATATTTAACGGAAAATCATCTTCTCTGGACATTTTGTCATGATCCTTGCTTTTCGATCAGAGTTATTATTCCAGAGACCCTAGGACATGTGGAAAATCAGCTTCTCAGTAAATTTATCAAGATTCTTGCTTTTCGTAGCAGAGTTGTTATTCCGGAG
ACCCCAGGATATGTATTGAGCACATTATCGTTGATTCTTGATAGAATTTGATTTCTCTTTTTCGAGAATTTTCAAAACCAAATTTTCTACTCAATGTTCTGGATCCCTTGCTGATAAGGCTAAGTTTTGATACTTGGAGAATATTTTTCGCTTCTACTTGTTCCATGGTTTTCTTCATATCGAAGTCTTTCATTGTCCTT
GCCCATCCGCTGTGACGGCGAGCCCTAAGTTTTTCTATTTGAATGGTGCTTTTCGGATCTTTAACATAAATTCATCATCGACTGCATTTAAAAAAATCGGTTTCTTCCGCAGCATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGA
AGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAG
AGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTCGCATTCTGATATGAATGTAGTTACAGTAATAGTTGGCAACAAAACTGACCTTATGGATGCCAGAGAGGTTTCTACGGAA
GAAGGAGCAGCATTGGCAGAGGCTCAGAACATATATTTTGTGGAGACCTCAGCACTGGATTCAACAAATGTCCAACTAGCTTTTCAAACGGTTGTCAAAGAAATTTACAACATTCTGAGTAGGAAAGTATTGTCATGCCAGGAACAGAAACTCGAATCAAAGTTAAGTAATGGAAAAACAGTCGTTTTGCATGAAGCAGA
GAGTGAATCTATGGCAAAACAAACTGGAAAGCTTTGGTGCTGTTCTGGTTAGGTTTGTTTATTTTAATACTTTTCAAGTGATTTGCAGGGTCTTTTGCAATGTCTAGCCAGATTATTCCATGTGAAAGAATTCTAAAAGTGTGATGCAGTATGAATTTTTGCTCTGCTACTGGTTATACAGCAGCTTGAAACAAGACTTG
GGAATCTTCATTTTTGGCTGGTTTTGAAGCAATTTCAAATTGAAGGGAAACGCTGATTCATAGCAGTGATATGTGAGCAAGTCATATTTTCTCCGCCCTTGATCCATCTTAATTTCTGTTCCACTTCTGTTATCAATTTTTAGCAGAGTTCAAATCCAAGATTAAGAATGTCACTTGATTCAGTTAAAGGTTTGGCGACA
CCTTTTGACATCCAGATTTGGCATGCAATATCTGTTCTGGGGCAGTTCATTGTACTTGTTCTTTTATAATACATTAGACTTGCCATTTGTGTCAGATCCGTCAGCTTTCAGGCAGCAACAGCACCAGGGAAAACATTTTTTGTATTATTTAAGTTGACGAGAAATAAATATAGAGTTCTGTATTGGTCATTCTCATTTGG
GTTTGGACATTGGCAAAGCAGTTATATGTAAATTCATTAATTCAAAAGATTAGAAAAGTTAAATCATAACAGTGCAATGCTAAACATGGCAATATTCTGGCTTTTATTTTGATAGTTCTATTGATG
Intron 9 GTAAGTAAAT ... TCTTCCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.48 | 88 | 21.1 | 27 |
| A2 | 17.6 | 103 | 27.8 | 22 |
| A3 | 25.69 | 81 | 24 | 28 |
| A4 | 22.61 | 89 | 25 | 26 |
| A5 | 23.44 | 49 | 24 | 15 |
| A6 | 32.43 | 75 | 22 | 36 |
| A7 | 27 | 173 | 55.8 | 64 |
| A8 | 16.83 | 84 | 26.9 | 17 |
| A9 | 20.34 | 188 | 56.8 | 48 |
| A10 | 17.24 | 192 | 64.3 | 40 |
>TRINITY_DN112223_c0_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoformCAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAAACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACACATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGATTTGAGTTATTGAAGATAC
ATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCATGGAAATCGACGGCAAAGA
GATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTGTAAGTACTAAAATTTAAAAGCGATAGTTCTGTTCTTTTCTGTGT
TTTCTCATCTTGTTTCCCCTCA
>TRINITY_DN112223_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAATTTTGTGTGTTCTCCTCCGGGCCGTTGATTACGACGGAAGAAAGCAGAAACTGGTAAGCGAATGTGCGAAAAGGCCCGCAAAAGTGGGGAAATTATGGTGAAGCCTTCCGTGTCTTCGATACACGCGCCCGATCTTGTAGACAgtaagtaaataaataatttatccctttaatttttctcggccccactgcgaatt
tggcaacttttacattaaagaaaaggtggctcaggagtcaggactctactctactccacactggactggctttctgtttaagcttctggtatcaataattaaatctttacagcaacattgaatttcgaagtgctctctgtgagtctttctcatcggtattgtcagttttctggtcctgtaaggtaacgtgtgcgctattt
ttcatctctttttttggcattgttttattttcgtgtttatttaatcgatcgccaaaaaaattgcaaaaaatttcggctgtggtgtaaatgtgctatatttatgtccgatttttctctgtagcactttatttcatggtatttccccaatttcgggcgtctattttgttttctgtctagaagtttaagtttctgtatttttc
tcagattcagctttgttatgatttatattatttaatacagatgtcagtactgtagatctttcgtgtataaagagttgcctcctcggcatagagctgatatttaacggaaaatcatcttctctggacattttgtcatgatccttgcttttcgatcagagttattattccagagaccctaggacatgtggaaaatcagcttc
tcagtaaatttatcaagattcttgcttttcgtagcagagttgttattccggagaccccaggatatgtattgagcacattatcgttgattcttgatagaatttgatttctctttttcgagaattttcaaaaccaaattttctactcaatgttctggatcccttgctgataaggctaagttttgatacttggagaatatttt
tcgcttctacttgttccatggttttcttcatatcgaagtctttcattgtccttgcccatccgctgtgacggcgagccctaagtttttctatttgaatggtgcttttcggatctttaacataaattcatcatcgactgcatttaaaaaaatcggtttcttccgcagCATTCTTGCCTCCGTCAAGGCCTGAATCGGTGGAT
TTGAGTTATTGAAGATACATTTTAGGTTTTAAGATGATGTCATATGCGGGTGAAGAACAAACGGAAGATTACCTCTTCAAAATCGTTTTAATAGGCGATTCTGCTGTGGGAAAATCCAATCTACTTGCAAGATATGCACGGAACGAGTTCTATCCCAATTCCAAATCCACGATCGGAGTGGAATTTCAGACACAGACCAT
GGAAATCGACGGCAAAGAGATCAAAGCACAGATCTGGGACACGGCCGGCCAAGAGCGCTTCAGAGCCGTGACCTCGGCTTATTACAGAGGAGCCGTGGGAGCTCTTGTCGTGTATGACATCAGTAGGCGCCAGACATTCGACAATATTTCTCGATGGCTCGATGAACTGCACTGTAAGTACTAAAATTTAAAAGCGATAG
TTCTGTTCTTTTCTGTGTTTTCTCATCTTGTTTCCCCTCA